3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
5AZIA 1X3NA 1NGCA 4GY2B 2D4WA 2QWNA 3QMLA 3UB5A 3H45C 5EVZA 4WQ4A 3VEWA 1NMDA 5AQWA 3CIPA 4AM6A 5AQGA 2ZWHA 3A5MC 3FLCO 1S3XA 2D1KA 2A6AA 3FFKB 1KXPA 1SZ2A 4PL8A 4BR2A 2E1YA 3UKRB 2BTFA 1XC3A 2D0PA 3SMSA 3VF4A 1ZC6A 2Q31A 2FF6A 2P9SA 4FOIA 3DXMB 3BF1A 4BRDA 1JCEA 1MDUB 5EOYA 1NGFA 4BRQA 4CBUA 4BRKA 4FSVA 3U9ZA 4NB4A 1IG8A 2KHOA 1NGAA 2P9NA 3TU5A 1U2VA 1TYQB 2FSJA 3DJCA 4BQLA 2GELA 4CD1A 2P9IA 4I6MA 1WUAA 3HM8A 2P9PB 3EKSA 2E2NA 2ZF5O 3FR0A 4CBXA 5JLFA 4B1VA 3C7NA 5LJWA 2FSNA 5KPRA 3LL3A 3EKUA 3CJBA 2FF3B 4JD2B 3CETA 3H3OB 3MN5A 4K42A 5AQMA 3CHWA 1HUXA 4BC3A 4H5VA 3ULEA 3VETA 5KPZA 3QFUA 3F9MA 4LC9B 4A2AA 3H1QA 3U9DA 4IWVA 3H3NO 4BRHA 3VGLA 3AY9A 4BC4A 3O1WA 4FWMA 2YJFA 2V51B 4CJ7A 3VENA 3IDHA 5AQKA 3ZX3A 3VF6A 2I7NA 1XUPO 4BGAA 2DPNA 3VEOA 4FWRA 1LOTB 5BPNA 4B1WB 2PAVA 2F9TA 4JNEA 3AAPA 2GUPA 1Z6RA 2PBDA 3H46O 3O6WA 3U8XA 1X3MA 2QWQA 2P9IB 4I6MB 1NGHA 3O5BA 3O8MA 4H0VB 4FWLA 3ZETB 2P9LB 4H5RA 1HKBA 1ZBSA 2ZGYA 3KHYA 3ATVA 4QS8A 1KAYA 2AA4A 4PKIA 3M3ZA 2A40A 4FL9A 1T6DA 3WXIA 3VGMA 2YI1A 3H1VX 2P9KA 3RSEA 3A0IX 1ATSA 2ZGZA 3CI5A 1TUUA 1H1VA 3BF3A 1QQOA 3LDQA 1BWFO 4FPBA 1TUYA 5BRFA 4JHDB 2QXLA 2YHWA 1GLDG 3O08A 1BU6O 1WOQA 4B1XB 3SMPA 2WUSA 1E4FT 1RFQA 1YAGA 5BN8A 4ISGA 4WQ5C 4H5NA 5I9EB 4BR5A 4MLEA 2H3GX 4L3QA 3DXKA 1K8KA 1QQMA 3KVGA 2EWSA 4IZ9A 1HLUA 3A5LC 1Q18A 3WEEA 4DQ8A 1S22A 2Q1NA 2UYTA 2YCHA 1BG3A 4M63C 4WQ5A 1QQNA 4CZJA 3R6MA 5F1XA 3A5OC 4EHTA 4K43A 5AQYA 4B1ZA 3MDQA 4M7YA 2QWMA 3DWLA 4IJAA 1SQKA 5BR9A 1KAZA 2IIRA 1C0FA 1NGEA 4DB3A 3CQXA 5ADXA 4JD2A 5AQXA 2QWLA 4FWKA 3VESA 4CZHA 4EAHD 3D2EB 3FZHA 5AQNA 3D2FB 2HF4A 1G99A 3WXKA 4FOEA 4BRAA 3GL1A 3QDKA 4H0PA 5F2RA 1NM1A 2E1ZA 4BRMA 3CJAA 3FZFA 1KAXA 4WQ4C 2IVPA 4XH5A 3LM9A 3OHRA 4PL7A 3HTVA 3VGKA 2Q0RA 2GWJA 1BA0A 3AARA 4EIAA 1CZAN 2YHYA 4KBOA 4H0TB 5BN9A 3HBTA 3FE1A 4M7XA 3QFPA 2GEMA 2D0OA 2V7YA 2QWPA 4H0XB 1YXQA 5JLHA 4BC2A 2HF3A 4NO7A 5AQLA 3U4LA 4FWSA 2I7PA 3MMVA 1NWKA 4QS9A 5JMVA 4CZMA 2VWBA 3C0BA 4BG8A 1GLLO 2YJEA 3SLCA 3CJ1A 4BRGA 3L6QA 5AQJA 1QZ6A 4BVOA 1ATRA 3FZMA 1NGJA 5AZIB 2A3ZA 3ZX0A 5BRDA 4K41A 3VPZA 4B1YB 3VEXA 3EL2A 2OANA 4BR7A 1GLCG 4Y0WA 3WQTA 4HTLA 4XH4A 3SJHA 4DHYA 3AAQA 4CBWA 3IMXA 2NLXA 3FGUA 4BVPA 3MN7A 3WT0A 5BPLA 2Q0UA 1YUWA 4O8KA 4YDUA 4BR9A 3VF2A 5FPMA 5TKYA 2NZTA 2QW9A 3VOVA 4A61A 5AQFA 2ASPA 2P9SB 1IJJA 4DCHA 5AZJA 2V7ZA 1BDGA 2AP1A 1XQSC 4BRCA 5BRHA 4IJNA 4J8FA 5AQQA 1P8ZA 5EXWA 3ZETA 5AQHA 4ISFA 2Q97A 3D7EO 3DXKB 4AM7A 2ITMA 1U2VB 3MK6A 5ADXH 4PKHA 3G25A 3BUZB 3CJCA 4O5FA 3LM2A 5AFUA 4CZGA 3B8AX 5AQRA 4RTFD 2IVOA 2F9WA 3GBTA 4FPAA 3GDQA 2Q2RA 2A42A 3FZKA 3W3DA 4F9OA 1QHAA 2YHXA 3UE5A 1ATNA 4HWIA 3M6GA 3UKUA 3CJ7A 1X9JA 3IUCA 4CZKA 2QM1A 3MN6A 3LDLA 1NBWA 4MO4A 4CZEA 4CZIA 3WXJA 4H5WA 3CJ9A 1OKJA 4C23A 4CZFA 5AQTA 3MCPA 3I8BA 3WUHA 4IXCA 3W0LA 1YVNA 5AQPA 3A8YA 1LCUA 4BR4A 3D2EA 3LDNA 1V4TA 4IO8A 4JN4A 4BC5A 1GLJO 3QBWA 1GLFO 1RDWX 3ENHA 3CERA 1BUPA 4CD3A 4PKGA 2W40A 2CGJA 3QBXA 4JAXA 2VYPA 1NGDA 3ZX2A 4BRNA 2E2PA 5LJVA 4MLHA 3UKRA 3QICA 2CH5A 3MN9A 1T44A 2Q36A 2P9UB 4XEIA 1RGIA 3BP8A 3KZBA 5AFUH 4FWNA 5FPEA 4FWPA 5KQ8A 2QWOA 3EO3A 3QB0A 5KQDA 3HI0A 1V4SA 2W41A 4MO5A 4FWQA 5AR0A 2P9LA 3UKUB 4BROA 2HOEA 2CGLA 3EZWA 4B1UB 2P9KB 3RSEB 5AQVA 3GOIA 4EFHA 4WYBA 1JCGA 1HPMA 4BRLA 3J8AA 3O80A 5BPMA 2BUPA 2P9PA 1MWMA 1Z05A 2FSKA 1DGKN 3D2FA 4QS7A 3C7NB 3JS6A 5CE3A 3ATUA 3CQYA 1MWKA 1QZ5A 3EN9A 3FZLA 4BRIA 2E2OA 2CH6A 1BO5O 1J6ZA 1C0GA 1D4XA 3TPQA 3S41A 3SK3A 1DEJA 3DAWA 5FPDA 3A5NC 2GWKA 1ESVA 3P4IA 3ULEB 1GLAG 3LDPA 4CZLA 2QWRA 3VEYA 1MA9B 3DXMA 1NLVA 5AQZA 3GG4A 3O1BA 3L0QA 4RWTA 4BQZA 2E2QA 1K8KB 1NGIA 5BREA 4FO0A 2NRHA 1NGBA 2A5XA 2E8AA 4Z94A 2GTDA 5AQUA 1TYQA 3M1FA 4XH1A 4ISEA 3WEEB 1ZXOA 1T6CA 1SAZA 5AQIA 1GLEG 1U6ZA 4BGBA 5EY4A 2CGKA 1E4GT 3ZEUA 5B8HA 5AQSA 4BG9A 3H6EA 5KPTA 5E26A 1Y64A 3O4WA 2V52B 4BRPA 4H5TA 5JICA 3IFRA 3R9PA 2ASMA 4BREA 5E84A 4H0OA 4E1JA 2E20A 2ASOA 4GNIA 4YDUC 3VEZA 4H0YB 5ELZA 3JXUA 2J4RA 4BRFA 4K25A 3L4IA 2VCPA 3VERA 4FWOA 4JHDA 3R8EA 5AZJB 3BEXA 3I33A 1R59O 3HSCA 4RCHA 4A2BA 1BOTO 3GE1A 1BA1A 3WQUA 3HZ6A 5LY3A 1JCFA 3LDOA 2P9UA 1NGGA 3ID8A 4A62A 2FXUA 4CI6A 4EHUA 4B9QA 2E88A 1HX1A 2IVNA 1EQYA 1HKGA 2FLOA 5FPNA 4BR0A 3VEVA 4H03B 2A41A 3ZEUB 1DKGD 5AQOA 1HJOA 2HMPA 1HKCA 1GLBG 3ENOA 3WXLA 2P9NB 5EX5A 5F0XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDAA 4LFBK 1NGCA 1I39A 4GY2B 4R5PA 1XI1A 1YITN 2G8HA 3PX0A 3UB5A 3C95A 3H45C 3TAPA 3HP9A 2XRIA 3EE9A 4O5BA 3CCVN 3L2VA 1MU2A 3CIPA 4AM6A 2ZWHA 1T8EA 3MWTA 3CC2N 1S3XA 4O44A 2A6AA 4DFKA 3C6HA 2E1YA 2KFNA 3OTOK 4EZ9A 3DLGA 1HNWK 2FF6A 1YHQN 2YHBA 3DXMB 3BF1A 2RKIA 4LH5A 1C1BA 3O9UA 1MDUB 1S9EA 4FLXA 2E6LA 2HHQA 2YKMA 1XNQK 3U9ZA 2ATQA 3S9HA 3K58A 3KKSA 2KZZA 2FSJA 2NRVA 2ZJPL 4I2PA 1NK8A 4BQLA 4EZ6A 4HTUA 4I6MA 1WUAA 3HM8A 4FLTA 2O8CB 4IFYA 4OPAA 4RW7A 1SV5A 4EP4A 5JLFA 2FSNA 5KPRA 2HVIA 1QQCA 3KLFA 1KQSM 4Y1DA 1VQ7N 4KH4A 2VG6A 3PSIA 3CETA 4JI5K 3H3OB 4K42A 4JK7A 3CHWA 5T7BA 1TK8A 3ULEA 2FBYA 4LC9B 3CF5L 4M3WA 4CJUA 3U9DA 3TAQA 4CFDA 2YJFA 4CJ7A 2ETJA 4AHRA 4DTPA 2QXFA 5GADP 3MWPA 2Z1IA 3E9OA 3M5RA 3SQ1A 2PAVA 1NK4A 1Z6RA 3H46O 3U8XA 1X3MA 2P9IB 1NGHA 4C1NI 3AO4A 1VSLA 3AVCA 2P9LB 4H5RA 2ZGYA 3LAMA 3ATVA 1KAYA 4PKIA 4FL9A 1JXEA 3C6UA 3TANA 4FJNA 3E01A 1ATSA 1ZBUA 5C2DA 3QEWA 1RDUA 3THVA 3CI5A 1TUUA 3DMJA 1OVYA 3C6AA 3QETA 2DFFA 2KZMA 4R79A 1S72N 5BRFA 1J9AA 3I55N 3E1YA 1GLDG 3AVGA 4AHSA 1WOQA 4B1XB 3CFOA 2W6LA 2YHAA 4OPKA 1E4FT 1RFQA 1TKTA 1YAGA 1ASUA 4OX9K 4H5NA 2JWKA 4DSFA 4NCGA 4L3QA 2LSNA 3KVGA 3MCAB 3VQ5A 2D0AA 4CJVA 2Q1NA 1KC8O 2BGGA 4OLBA 1OH8A 1WBBA 1D8YA 4CZJA 4F3TA 5F1XA 1O13A 2NNWA 3MDQA 4JYAK 4M7YA 3TSUA 2QWMA 2RPIA 3T1YK 4CHPA 3P38A 1KAZA 2IIRA 1XWLA 3OYDA 2F8TA 3V9XA 3L2RA 2QWLA 4FWKA 4A5BA 1UWBA 3G6EN 3ZSQA 4CZHA 4EAHD 4DV5K 3V9SA 1K73O 3MX2A 1EX4A 4FOEA 4BRAA 1RT7A 5F2RA 1NM1A 2E1ZA 2VWKA 4JLHA 4HHTA 2B5JA 4DTRA 3V9WA 4WQ4C 2HB5A 3LM9A 2GX9A 4LF5K 3OJSA 4I7FA 3CMEN 3T3FA 4CFAA 3SQ4A 4KBOA 4FJIA 2NRZA 4JV5K 4H0XB 2YNIA 4Z4GA 1ZBHA 1QSSA 4LH4A 2VQEK 4FWSA 2I7PA 5JMVA 4NYFA 4QS9A 3OYHA 2VWBA 4BG8A 2OTLN 4BRGA 3G4SN 1WAFA 2IOCA 1ATRA 4DU4A 1FW6A 4GV9A 1X9WA 2HW3A 1NGJA 4ICLA 1Q9YA 3ZX0A 2A3ZA 4K41A 3VQDA 1LV5A 4Q0BA 4PWDA 4CGJA 4PY5A 3EL2A 3O3GA 4HTLA 4KHSA 4FJGA 3NF8A 3MEDA 3FGUA 4BVPA 1LWFA 2QK9A 4F8RA 4DG1A 3L8BA 4BR9A 4DR7K 5KRSA 2O4GA 3HK2A 3VOVA 1SKWA 3RVCA 1BIUA 3ITHA 1HYSA 1KVBA 2ITGA 3JAMO 2BDPA 5AZJA 4JI7K 5JVGL 1JXBA 1XQSC 3VQQA 4BRCA 3MXIA 4DSIA 5BRHA 3DLEA 3ZETA 4N5SA 5AQHA 3RRGA 1U2VB 3MK6A 4PKHA 3G25A 3H08A 3QNOA 3DRRA 3NF6A 3THYB 2F4VK 4RTFD 4WFBL 2IVOA 4FPAA 3EZ5A 4FJLA 4E1MA 3ULDA 1S5JA 1QHAA 2OPRA 3ASMA 3RRHA 1K6YA 2BANA 1BI4A 4CW7B 3NGZA 4H4MA 4DFPA 2QM1A 3MN6A 1NBWA 4O0JA 2VGMA 4CZEA 4H5WA 3CJ9A 4GV3A 3MCPA 3I8BA 5J2QA 3W0LA 5AQPA 1IBKK 1L3TA 3CG7A 4BR4A 1J53A 3D2EA 4ZTJA 2WC9A 4PA1A 1BUPA 3QEXA 4RW8A 3AVIA 5HRNA 4DTUA 5LMNK 1RT3A 1N5YA 2E2PA 1DT9A 5LJVA 4CJFA 2CH5A 1NKCA 3LPUA 1RGIA 2NRRA 3KZBA 3CC7N 5C2FA 1Q82O 1VQKN 1KD1O 3DRSA 3UIQA 4FJ8A 1IV0A 4LFCK 1V4SA 4W5TA 4OO1J 2QI2A 3HOTA 3K5NA 3UKUB 2HOEA 3EZWA 5HBMA 4CIFA 4FLVA 4EFHA 5D3GA 5J2PA 1HNIA 3DLBA 3SUOA 2VWJA 4C1NK 4CJPA 3HSTB 4N76A 3O80A 5BPMA 1OH7A 4ZTFA 3OYGA 3ZCMA 1YI2N 1KFDA 5CE3A 1MWKA 1QZ5A 3RMCA 1S6QA 3HVTA 3RR7A 1BO5O 1LWEA 4DV3K 3NVKA 3S41A 3DAWA 4FK0A 3Q7CA 4JKBA 3OS0A 3P4IA 4CZLA 3AA3A 1J54A 4AHUA 4FZXC 1ZBIA 3NH0A 5FDLA 3GG4A 3O1BA 3IKMA 2O8BB 1K8KB 1NGIA 2Z1GA 3SAFA 5HP1A 1NNEA 4M3ZA 4FO0A 4JEPA 3TTCA 1G15A 4JS5A 4DUYK 1BISA 4FYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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