3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
4FOEA 4QS9A 3VF4A 3CHWA 2UYTA 3I8BA 4CZHA 3VF2A 5AQMA 1BUPA 3JS6A 1HKCA 4PKGA 2FF6A 2I7PA 3O8MA 4XH1A 3GBTA 1G99A 4BRMA 5BPNA 1BOTO 1Q18A 3H3NO 3VEVA 5AQWA 3SK3A 4B1XB 2VCPA 3SMSA 2QXLA 3H1VX 3WT0A 1DEJA 3QICA 4BRDA 3VENA 3ATUA 4E1JA 5AZJB 4CBUA 1BA0A 2EWSA 4H03B 2QM1A 4BR7A 5FPMA 3VOVA 4FWQA 3DXKB 2YI1A 2YHXA 3DWLA 3J8AA 1R59O 2HF3A 5AQNA 1GLCG 3DJCA 4FPAA 3VEOA 3WXLA 1LOTB 3UKUB 5I9EB 2Q0UA 4CZJA 5KQ8A 4CZFA 3F9MA 2W40A 2D4WA 2FXUA 4Y0WA 3VEWA 2VYPA 2IVPA 4CZLA 4XH4A 4JAXA 4EIAA 5ADXH 4DCHA 1NLVA 3GG4A 3QDKA 1DGKN 5LJWA 4H5TA 4QS7A 3QFPA 2WUSA 2V51B 2YJEA 2NLXA 1GLDG 1YVNA 2CGKA 3GOIA 3M3ZA 1ATSA 3O1BA 4FWOA 5EY4A 2A40A 1NGDA 2D1KA 4H0VB 4GY2B 3ZETB 1ATNA 1HKGA 4WQ5A 3C0BA 2VWBA 4FWPA 1NGEA 4HWIA 2QWOA 5AQHA 1WUAA 1D4XA 4JN4A 3H1QA 3CJ9A 2P9IB 3JXUA 3GL1A 1KAYA 4H0XB 3LDLA 2P9LB 5ADXA 3ZETA 1C0FA 3FE1A 5FPEA 1YXQA 1TYQB 3KVGA 3VETA 1WOQA 3HBTA 3LM2A 3ZEUA 2P9IA 3S41A 4BRGA 4HTLA 5LJVA 4CZIA 3M6GA 3MN7A 4BRCA 5F1XA 3KHYA 3LDNA 1HKBA 4BR2A 3EN9A 5EOYA 4BGAA 1U2VB 5BN8A 3CJ1A 3DAWA 4O8KA 3MCPA 3W0LA 4BQLA 4IWVA 4NB4A 5KPTA 1QQOA 3AAPA 3IUCA 4B1UB 3ENHA 5AFUH 3SJHA 5AZIB 3VF6A 4H5WA 4CI6A 2D0OA 3ZX0A 3WQTA 1GLJO 1ZC6A 2E2OA 4FWSA 4FPBA 1MDUB 3RSEA 4CZMA 5BRDA 2P9SB 3CI5A 5BREA 1P8ZA 3VEYA 3BF3A 4DHYA 2E2PA 5FPNA 3UB5A 1DKGD 3A5OC 2ZWHA 2E2NA 3O1WA 5AFUA 3WXJA 1MA9B 2P9SA 1NGHA 3A5LC 3FZKA 4PL8A 2E8AA 4IJNA 1T44A 1KAZA 4PKIA 5AQGA 3CJBA 4BROA 2Q0RA 5JMVA 5KPZA 1J6ZA 4I6MB 4MO5A 1GLFO 1NGIA 4JHDB 4BRAA 4MLEA 2PAVA 3VGKA 4H5RA 4JD2B 1XQSC 2BTFA 5AQXA 3CJAA 4GNIA 4I6MA 4FWMA 2E88A 2YHYA 3O5BA 3UKRB 1IG8A 5CE3A 3FZLA 5BRFA 2GELA 4CZKA 4CZEA 1QHAA 1T6CA 1SQKA 4M63C 3B8AX 2GWKA 3U8XA 4BC2A 3ZX3A 5AZJA 1S22A 2GWJA 2CH5A 3AY9A 5EVZA 3L6QA 3WXIA 1HPMA 2GEMA 2Q97A 3UKRA 2OANA 4K25A 2P9NB 1EQYA 4FSVA 3VGMA 3O08A 3EKSA 4BG8A 1RFQA 3DXKA 1QQMA 1TUUA 1GLBG 4RWTA 3VGLA 1XC3A 5TKYA 4FO0A 2I7NA 4CD1A 2A6AA 3WEEB 3M1FA 3WXKA 1YUWA 1QQNA 5AQZA 1KAXA 1HJOA 3DXMB 3UKUA 3MDQA 4LC9B 3GDQA 4O5FA 3MN5A 5AQLA 4CBXA 1NGGA 4A2BA 4H0YB 5JLHA 2A5XA 5F2RA 1BU6O 3HTVA 3C7NB 2CGLA 3HI0A 3HSCA 1NBWA 2AP1A 4FWLA 4EHUA 3EKUA 4BRPA 2Q1NA 3H46O 2FSJA 4PKHA 3ULEB 3HZ6A 3TPQA 3BUZB 3AAQA 4FOIA 3D2EB 3MK6A 1NGJA 3OHRA 1RDWX 5AQOA 4A61A 3CJCA 4BRFA 3R8EA 4K41A 1QZ5A 2P9PB 2QWLA 3D2FB 4BRHA 5BR9A 1X9JA 3CQYA 2HF4A 2Q2RA 3ZX2A 5BRHA 3LDQA 2P9LA 2E2QA 4CBWA 2QWMA 4B1ZA 4CD3A 1TYQA 1BDGA 2QW9A 3QBWA 4IJAA 4CZGA 4M7XA 2J4RA 3QFUA 3QBXA 4ISGA 1ZBSA 3ENOA 5AQKA 1NM1A 5AQPA 3LL3A 3R9PA 3VEXA 4BR4A 1BO5O 2P9UB 5AQTA 3VESA 1U2VA 2YCHA 2ASPA 1TUYA 1V4TA 2Q31A 1C0GA 3WUHA 1E4GT 2QWQA 3O4WA 4WYBA 4WQ4C 5AZIA 3U9ZA 2P9UA 1JCGA 4RCHA 2CH6A 1HX1A 3H6EA 4H0OA 2V7ZA 4EFHA 2D0PA 4BREA 4AM7A 3FR0A 5AQYA 5KPRA 4MO4A 3SLCA 1T6DA 5AQIA 5LY3A 2HOEA 4H5VA 5E84A 5BPLA 2A3ZA 2ITMA 2ASOA 3FZMA 4A2AA 4ISFA 3QB0A 3FZHA 3CQXA 2NZTA 2BUPA 3QMLA 2A41A 3EO3A 2GUPA 2V7YA 2ZGYA 3P4IA 2PBDA 2V52B 4K43A 3A5NC 4QS8A 1HUXA 5AQQA 1GLAG 1SZ2A 4AM6A 1RGIA 1YAGA 2AA4A 3GE1A 2P9KB 4JHDA 2IIRA 4BQZA 2FSKA 4JD2A 4YDUC 5FPDA 3O6WA 5JLFA 4BRIA 4BC4A 3HM8A 1GLLO 1BG3A 2YHWA 3FGUA 3U4LA 1XUPO 4Z94A 1NMDA 2P9KA 1X3NA 5AQFA 4BG9A 3L0QA 4FWKA 3AARA 1NGAA 3U9DA 2CGJA 4BRLA 4L3QA 1ATRA 4XEIA 4H0PA 2E1ZA 3MN9A 4BGBA 4XH5A 2FSNA 4H5NA 3EZWA 3A0IX 3VPZA 4B1VA 2P9NA 3BP8A 3LM9A 2QWNA 4JNEA 1H1VA 2YJFA 2QWRA 3L4IA 4H0TB 4C23A 5KQDA 4WQ4A 1Z6RA 4FWNA 5EX5A 4IO8A 3WEEA 5E26A 3D7EO 3I33A 4BC5A 2H3GX 1HLUA 3IDHA 4M7YA 3DXMA 5AQJA 1K8KB 4BRKA 3TU5A 1X3MA 3LDPA 1V4SA 2W41A 5F0XA 4BVOA 4BRNA 2ZF5O 3MN6A 4FL9A 3A8YA 4NO7A 2NRHA 1NGCA 2IVOA 3C7NA 4EAHD 3R6MA 3H45C 1K8KA 4BR9A 2IVNA 2FF3B 4BC3A 3ATVA 3ULEA 3VERA 1Z05A 1BA1A 1JCEA 4IXCA 4CJ7A 4DQ8A 2E20A 5B8HA 1OKJA 4BR0A 3G25A 5AQRA 3D2EA 1GLEG 4F9OA 1NWKA 5AQUA 2ZGZA 3ZEUB 3IMXA 1LCUA 3CERA 2P9PA 3UE5A 4B1WB 4B9QA 4B1YB 3W3DA 3D2FA 1JCFA 4BRQA 4KBOA 1SAZA 3EL2A 4RTFD 1MWMA 4YDUA 4EHTA 5AQVA 3FLCO 3SMPA 3KZBA 1IJJA 3WQUA 3ID8A 5EXWA 3CIPA 2ASMA 5AQSA 4IZ9A 1U6ZA 1QZ6A 2F9WA 5ELZA 3FZFA 3IFRA 4ISEA 2GTDA 3VEZA 3MMVA 1NGBA 2DPNA 5AR0A 2A42A 1ZXOA 3LDOA 2KHOA 3FFKB 1E4FT 1MWKA 4BVPA 1BWFO 4FWRA 4DB3A 1Y64A 3RSEB 4A62A 3BF1A 3CETA 3O80A 5JICA 4MLHA 1S3XA 3A5MC 3H3OB 4BR5A 4J8FA 1NGFA 1CZAN 2Q36A 4PL7A 2FLOA 5BN9A 2QWPA 2HMPA 1KXPA 4WQ5C 2F9TA 2E1YA 4K42A 3BEXA 5BPMA 1ESVA 3CJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GUIA 4QS9A 3VF4A 3DLEA 3I8BA 1JKHA 4E7JA 2FF6A 3GBTA 1G99A 1BOTO 2HHXA 1SUQA 1VK0A 2QXFA 3K5NA 2XO7A 2KKZA 1T05A 3K2PA 3CCSN 4F3TA 2QXLA 2YKMA 4KI4A 4YY3K 3IAYA 3TSQA 1KLNA 4K8ZA 2ZJRL 4H03B 3VQBA 4IOCL 1YJWN 1DLOA 1YVUA 3LZJA 4CVNE 1IBKK 3J8AA 2RN2A 1R59O 1RDAA 1E3MA 1BIUA 1ITGA 4FW2A 2D5RA 3M8RA 4IFEA 4N41A 4OPJA 3NE6A 2GBZA 5KQ8A 4CZFA 3QLHA 1KFDA 1OH5A 3HPOA 1J5EK 3LP0A 3VQ8A 4YOXA 4FM2A 4JI8K 1TAUA 4DFJA 4CHQA 1NLVA 2UU9K 2W6LA 5GIOA 1GLDG 1NU0A 2CGKA 3SQ0A 3HXMA 3O1BA 3ALYA 1C0UA 1NGDA 4CF2A 3NF8A 4KV8A 2VWBA 4IDHA 4HWIA 3RR7A 1D4XA 3H1QA 2P9IB 2ZJPL 4CK1A 1VQ7N 4QOZB 4Z4FA 4KKOA 3ZETA 4KTWA 4LF5K 2DFHA 1YXQA 1TYQB 3IKMA 4BRGA 4HTLA 5LJVA 1T3VA 3KHYA 3LDNA 1HKBA 3C6HA 4BGAA 5BN8A 1U4BA 4CHZA 1JLAA 4E89A 5C15A 5M1FA 4E7HA 4NB4A 3ULDA 5KPTA 3G4SN 3KLIA 4B1UB 3KK3A 3H08A 3SJHA 2G8WA 4HTUA 3VTIA 3ZX0A 1DTQA 3U3GA 1GLJO 4JKGA 3RRHA 4KTQA 4FM0A 4CGGA 2E2OA 1HYVA 3AO5A 4E3SA 3RSEA 2P9SB 3VEYA 3BF3A 2E2PA 1XNRK 4CEAA 1DKGD 3A5OC 1VSJA 1IBMK 4Z4HA 3C6UA 3FZKA 4BWJA 1ZBHA 2E8AA 4IJNA 5AQGA 2HB5A 3CJBA 3THYB 4QCLA 1IKYA 4BE0A 4JHDB 2KZMA 1N8RO 3ZSWA 3V1RA 4AHTA 3E9OA 3VGKA 4DV0K 3OBYA 4GVEA 4FJ7A 1VSEA 4JV5K 3NF7A 2YHYA 1JLQA 3O5BA 3AO1A 1IG8A 3FZLA 4CZKA 3OS1A 1B9DA 1QHAA 4CE9A 1J9AA 1YTUA 3ZX3A 3TARA 1S22A 1FKPA 4YORA 3AY9A 3OY9A 3WXIA 2GEMA 3HRGA 3UKRA 1IG9A 1JXBA 1EQYA 4FSVA 1S1UA 3EKSA 2O8EB 1QQMA 5J2NA 4AF1A 2ZJQL 5TKYA 5CYQA 4DTOA 1ZBFA 3WNFA 2VQEK 1QQNA 2BANA 3DXMB 3OYNA 3GDQA 1VQON 4O5FA 4CBXA 3G6EN 4DR5K 1S5JA 1D9DA 3M8QA 2A5XA 4U67L 3HI0A 3HSCA 1BIZA 4CJLA 4EHUA 4BRPA 2Q1NA 4CJWA 2FSJA 4HUFA 2UXBK 3ULEB 1VQLN 4DQPA 4CJPA 1NGJA 4M3UA 1NOZA 4U7BA 4A61A 4DV6K 1Y97A 2B5JA 5GAEP 4BRFA 4IFYA 4O0IA 3PX0A 3F73A 5HRPA 3RMBA 2OZMA 3LDQA 1TKTA 3SI6A 4CBWA 4JKBA 2IOCA 4KHQA 1TYQA 1X9MA 4IJAA 4CZGA 4M7XA 1KFSA 3ENOA 4C8OA 4BR4A 3LL3A 1BO5O 4J2EA 2YCHA 1XC9A 2JLEA 1NJZA 1EX4A 2O4GA 3CCJN 1C0GA 2R7YA 4W5NA 2HHUA 4NCAA 1A5WA 4WYBA 3AVNA 3U9ZA 2CH6A 1HX1A 3H6EA 1L3VA 3AA4A 3AVHA 2QI2A 4BREA 1RILA 5KPRA 4K0KK 3CXCM 1WSIA 3HP6A 3P1GA 4ICLA 4C8MA 3SLCA 3AVIA 5AQIA 1P90A 3N4PA 2ASOA 3FZMA 1Q9YA 4DV7K 3V9ZA 2NZTA 3PO5A 3HVTA 2PBDA 1VSHA 1RTJA 3LP2A 1ASVA 3VQCA 5HRSA 3P31A 3K59A 3B6OA 2Z1JA 1YAGA 2OTJN 2AA4A 2P9KB 4JHDA 4OKJA 5HBMA 1VQMN 4BQZA 4C1NK 1WSEA 4KB1A 3O6WA 1S1VA 4BC4A 3U3YA 4IO9L 3HM8A 1ASWA 1BG3A 3FGUA 4FW1A 3ZSOA 1XUPO 1NMDA 1X3NA 3CM5A 1BGXT 3OYCA 3PX4A 1NGAA 5HRRA 1DT9A 1ATRA 4CF9A 1UAXA 2E1ZA 3MN9A 4BGBA 1UWBA 3D6RA 1K6YA 2FSNA 3VPZA 3N4QA 4B1VA 4RW4A 2QWNA 3NF9A 4JNEA 1M1KO 2HHWA 2O8EA 4FZYA 3QESA 3L4IA 4C23A 3SZ2A 4JRQA 2BH1A 5E26A 4R79A 3DXMA 5AQJA 4JI3K 1XMQK 4PHTX 4IFVA 5F0XA 3RR8A 2NRHA 1S72N 4EAHD 3NH1A 1KC8O 2KFNA 4JKCA 2VQFK 2FF3B 3PSFA 3ENBA 4BC3A 3ULEA 4Q5VA 2E20A 1UA1A 4DF8A 4DR2K 3AVLA 3G25A 5AQRA 3F5TA 5M1OA 3WNHA 5IWAK 5A2QO 2G8VA 4DMNA 3K5MA 2UXCK 3UE5A 4BRQA 3CFOA 1JCFA 4BWMA 4UQGA 4B3SK 2NNWA 3OYIA 1W97L 2G8FA 2UXDK 3QINA 1XNQK 1MWMA 2NRXA 3O9QA 4CK2A 3MECA 3R1XA 3WQUA 4YOYA 4F3OA 3CIPA 1T8EA 3TAPA 1U6ZA 2VG6A 5ELZA 4WFNL 4I9QA 1BL3A 2YHAA 5SZTA 1MWKA 4BVPA 5GIPA 3C65A 5GAGP 1WAJA 3BF1A 3MEGA 4BE2A 4MLHA 4X64K 5EU7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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