3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule tags Transferase
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
3CQYA 1TYQB 2OANA 2E2OA 1S22A 3A8YA 5BRHA 1XUPO 4Z94A 3EL2A 4DB3A 2VCPA 2E8AA 3SMSA 1JCFA 2E2QA 1JCGA 3ULEB 4BVOA 2QWQA 5E84A 5JMVA 1YXQA 3DAWA 5AQZA 3LDOA 1BDGA 4QS7A 1IG8A 3JS6A 4FL9A 1K8KA 1X9JA 5AQQA 1BA0A 1TUYA 4BQZA 3VF4A 1BWFO 1MA9B 3ENHA 3A5OC 2FSNA 4H0YB 1NLVA 1LCUA 1ZXOA 1E4GT 1DKGD 1CZAN 4B1WB 5LJVA 3FZHA 4K42A 2AP1A 4H5TA 3R9PA 4MO5A 3VEWA 4WQ5C 2E1YA 1MDUB 5TKYA 1KXPA 3ATUA 1YVNA 2CH5A 3FZKA 1YUWA 1BUPA 1H1VA 1BG3A 2GELA 3CJAA 4H5RA 4WQ5A 4A62A 4IJNA 1NGGA 3A5LC 3MN5A 3QMLA 4M63C 2ZF5O 4BC5A 2D1KA 3DXKB 4JD2A 4B1UB 4BGBA 4M7XA 2GUPA 4BR9A 4BR5A 1HPMA 4EAHD 1NBWA 3F9MA 2P9IA 1SQKA 5E26A 3MMVA 5I9EB 3M3ZA 4BGAA 5AQOA 4BRLA 5KQDA 2QWPA 1RGIA 5FPMA 4BRGA 2E1ZA 4B1YB 1DEJA 4B1XB 4BC4A 4DCHA 3O8MA 4FWOA 3TPQA 4BRMA 3HI0A 4E1JA 4H0OA 3O1WA 3HBTA 3WT0A 3MN6A 5AQKA 5AQRA 2D0OA 3FE1A 2PAVA 1MWMA 2D0PA 1GLJO 3IDHA 5AFUA 1GLEG 2HOEA 3UE5A 3VESA 2KHOA 3GE1A 3VOVA 5AQNA 2ZWHA 1TYQA 4A2AA 2P9SB 4CZJA 3AAPA 4PKIA 3FFKB 1Q18A 4LC9B 5BPMA 2GWKA 4O5FA 3ULEA 4DHYA 4FWNA 2AA4A 5KQ8A 2V7YA 4HTLA 3GDQA 4B1VA 4BRFA 1JCEA 5AQHA 4NB4A 3FGUA 4I6MB 4JD2B 4BRDA 2NLXA 3VGLA 3H1VX 5AQIA 1ESVA 2YHYA 4IWVA 2QWMA 1X3NA 4FPBA 1NGHA 2W40A 4JHDB 1HLUA 3M6GA 5JICA 3DXMA 3CQXA 1P8ZA 3QBWA 4CJ7A 4DQ8A 4PKHA 4NO7A 3I33A 1KAYA 2IVPA 2WUSA 4XH5A 2QWRA 4H5VA 2Q0UA 4F9OA 1Z05A 4FPAA 5F1XA 4B9QA 4BRPA 4FWQA 2BTFA 4J8FA 1LOTB 1QQOA 4BG8A 1NGFA 2YJFA 4EHUA 2BUPA 3VPZA 2F9TA 3DXKA 4FOEA 4BC2A 1BO5O 3WXIA 2A3ZA 3BP8A 1NGCA 5AQLA 5CE3A 2FLOA 2QXLA 1GLFO 3HTVA 4BRNA 4CBUA 4ISFA 4H5NA 3GL1A 2A40A 4GNIA 1QQMA 4CBWA 3AARA 5AQYA 4IO8A 3IFRA 2P9LA 5B8HA 3LDPA 5BPLA 5AQXA 5AZIB 1T44A 4RTFD 1E4FT 3SMPA 1Z6RA 3CETA 2HMPA 1BOTO 2YCHA 2A6AA 3DXMB 3FZMA 3ZX2A 2P9NA 2FXUA 4MLEA 3WXJA 2F9WA 2I7PA 2P9SA 4ISGA 1KAXA 4L3QA 5LY3A 2ZGZA 3UB5A 4C23A 4CZKA 1HX1A 5FPDA 3CJ7A 1HJOA 2UYTA 3O4WA 3J8AA 2E2PA 2FSKA 3WXLA 5BPNA 4BR4A 2QWLA 3IMXA 4CZLA 3QBXA 5BR9A 3ID8A 2EWSA 3VEXA 3QFUA 3P4IA 2ITMA 2QM1A 4BRHA 4I6MA 3SJHA 3FR0A 4BRKA 4K43A 5EOYA 3CERA 4PKGA 1HUXA 1S3XA 2P9UA 2VWBA 4JHDA 1GLBG 1NGIA 3H6EA 2CH6A 4XH1A 2IVOA 3EKSA 1NMDA 1ZBSA 3DWLA 3VGMA 5FPEA 3MK6A 3ZEUA 2YJEA 2Q97A 2HF3A 1J6ZA 3CIPA 2Q2RA 1D4XA 2P9LB 3H45C 1NGBA 1NGDA 4MO4A 3VEYA 3H46O 4CZEA 5BN8A 3AY9A 4XEIA 1C0GA 3O6WA 4FWMA 3JXUA 4RCHA 4YDUC 2P9NB 3FLCO 3FZFA 3VF6A 4EHTA 2A42A 1QQNA 4WYBA 2QW9A 3O5BA 3W0LA 2Q31A 4YDUA 4BG9A 3EO3A 5AZJA 3MN9A 3ZETB 3CJBA 2IVNA 1T6DA 3TU5A 5F0XA 3I8BA 4IZ9A 3S41A 1TUUA 4CBXA 1NGJA 2E2NA 3U8XA 1DGKN 2NRHA 5AZIA 4QS9A 1V4SA 3MDQA 3ZX3A 3H3OB 2P9UB 4IXCA 5KPZA 4FWPA 5AQPA 2E20A 3GBTA 3C7NA 2P9KB 1SZ2A 1U6ZA 5AQVA 3KVGA 3ZEUB 1HKCA 3D2EB 4FOIA 2YHWA 3CHWA 4BQLA 4H0XB 1X3MA 2ZGYA 3VGKA 4KBOA 3ATVA 3A0IX 3IUCA 2D4WA 3MCPA 1NWKA 2QWOA 4JN4A 1GLDG 2A41A 4CD3A 4CZMA 4H0PA 4ISEA 5EVZA 3VETA 1G99A 3VERA 5AQUA 2FF6A 3DJCA 1MWKA 1NGEA 3CI5A 3D7EO 2QWNA 2NZTA 2V52B 4CI6A 2GWJA 1GLAG 5FPNA 5AQWA 5KPRA 3M1FA 2YI1A 3LL3A 4RWTA 4MLHA 3SLCA 5AZJB 3C0BA 3WXKA 4M7YA 3KHYA 2FF3B 1BA1A 3O1BA 4HWIA 3EKUA 1WOQA 4AM6A 5AQSA 3WQTA 5ELZA 1ATRA 1ATSA 2Q36A 2V7ZA 3BF3A 2HF4A 5F2RA 4QS8A 3A5NC 1RDWX 3C7NB 1Y64A 4GY2B 2VYPA 3UKUA 2Q0RA 4BRAA 3VENA 5KPTA 5ADXH 4FWSA 1HKGA 3ZETA 3CJ9A 4PL7A 3QDKA 4BREA 3BEXA 1HKBA 1BU6O 4B1ZA 1GLLO 1XC3A 4EIAA 3W3DA 4FSVA 3LDQA 2A5XA 3G25A 5AFUH 3EZWA 4BRQA 3UKRA 2CGKA 2J4RA 2W41A 3B8AX 4FO0A 1QHAA 4O8KA 3U4LA 4CD1A 2CGLA 2P9KA 5BRFA 2V51B 3ZX0A 3QFPA 5JLHA 1V4TA 2PBDA 3BF1A 4JAXA 3U9ZA 4BR7A 3U9DA 3D2EA 4BRCA 3HZ6A 3OHRA 5EY4A 4PL8A 3WEEA 3BUZB 4FWRA 2H3GX 3LDLA 1RFQA 1U2VA 4XH4A 5BRDA 4CZIA 4WQ4C 1R59O 3L4IA 1KAZA 2P9PA 3FZLA 5ADXA 3QB0A 1SAZA 3KZBA 2ASMA 5EXWA 4BR0A 4CZGA 5JLFA 3H1QA 3RSEA 2YHXA 4WQ4A 1ZC6A 1NM1A 3UKUB 3GG4A 1K8KB 3O08A 3L6QA 3GOIA 5BREA 2Q1NA 5AR0A 3VEOA 2FSJA 2IIRA 1XQSC 4CZHA 5EX5A 2GTDA 4H03B 3VEVA 4AM7A 3D2FA 3VF2A 4BR2A 1EQYA 1NGAA 4JNEA 1QZ5A 2DPNA 3UKRB 3R8EA 4EFHA 1WUAA 3A5MC 3AAQA 2ASOA 3CJCA 3H3NO 4BVPA 3ENOA 4BROA 5LJWA 2CGJA 3WEEB 2I7NA 4CZFA 5AQMA 2E88A 4FWLA 1U2VB 3HM8A 1YAGA 3LM2A 4BC3A 2P9IB 3LM9A 3R6MA 3WUHA 4H0VB 3VEZA 1T6CA 5AQJA 3MN7A 4A2BA 3L0QA 3CJ1A 4A61A 2P9PB 1IJJA 5AQGA 3LDNA 4BRIA 4IJAA 5AQFA 5AQTA 3RSEB 1OKJA 4FWKA 1ATNA 4K25A 4H0TB 2GEMA 3WQUA 3QICA 4Y0WA 1C0FA 1QZ6A 3O80A 1GLCG 4H5WA 3SK3A 5BN9A 2ASPA 3EN9A 4K41A 3D2FB 3HSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTJA 3KK2A 4O4GA 4GV3A 2E2OA 1XUPO 3QEIA 4Z94A 1WN7A 3EL2A 4ID5A 3V1RA 2A1RA 1RILA 5E84A 4Z4HA 5JMVA 3DAWA 4GV9A 3F2KA 3HXMA 3AV9A 3LDOA 4DSFA 1YJWN 3PX4A 1T7PA 1LWEA 4QCLA 3TABA 3ZLJA 3C94A 3HL8A 1TUYA 4BQZA 3THYB 3D0PA 4DR1K 4H0YB 1NLVA 1B9DA 4KTZA 3T1YK 3OYGA 1VRUA 3FZHA 1S1UA 4RG8A 2AP1A 4H5TA 4JKAA 3K5MA 5GIOA 1F21A 4DU4A 3RMBA 2CH5A 4NYFA 3S3OA 1H1VA 2GELA 3EE8A 1RTHA 1K8AO 4Z4EA 3A5LC 3MN5A 4CESA 4DR6K 2UXCK 4DR3K 3DXKB 3AGKA 2KFZA 2GUPA 2VQEK 4EAHD 5DM7L 3DLKA 5E26A 3MMVA 4DFPA 3SQ2A 1X9MA 1J54A 1SKSA 1YVUA 4E19A 5KQDA 5FPMA 4DV3K 1VQ4N 2E1ZA 3AVFA 1Q9YA 3TARA 4FJLA 4DTPA 3T1AA 3HI0A 3O1WA 4CEDA 3ZT3A 3WT0A 2WC9A 3MN6A 5AQRA 3VQ9A 1BIUA 3L3UA 4LF8K 1GLJO 4JI6K 4CJSA 2NNWA 5FRNA 1GLEG 2OYQA 2HOEA 4UQGA 3VESA 3VOVA 2ZWHA 1TYQA 3V1OA 3NH0A 1YTUA 4BE0A 1J5EK 1WSFA 5HRNA 2GWKA 2RN2A 4DHYA 4JI8K 4JI4K 4BRFA 1NK4A 1N34K 4O44A 2ZJQL 4DTOA 4W5TA 3THXA 3JYTA 3KWIA 1SV5A 4NB4A 2RF2A 3DLRA 3ZSOA 5I42A 1YI2N 1FXXA 3T19A 1TKZA 1FKPA 1LV5A 5HOOA 3Q7CA 4OO1J 1QTMA 2QWMA 4FPBA 4JI7K 2F96A 1HLUA 5JICA 3DXMA 1N32K 2FBVA 3LAKA 4B9TA 1P8ZA 1Y97A 4NO7A 1O1WA 4CEFA 4E7LA 4NCAA 3VQ7A 3CC7N 4FYDA 1EP4A 1XMQK 1IBMK 4FCYA 3OS1A 4E7HA 3THVA 4FOEA 1YTAA 1BO5O 3AA4A 1RT1A 2OA8A 5AQLA 4DV1K 3DLHA 1GLFO 4DV4K 3LP2A 4ISFA 4H5NA 3K59A 1HYSA 3S3MA 4OJRA 2XY5A 2WBNA 4KPYA 3MECA 2GV9A 4FW2A 3DRPA 3E01A 3JAMO 5CY4A 4CF8A 3OYCA 3SUPA 3OYJA 1S5JA 3MX2A 3QO9A 5AZIB 4RTFD 1Z6RA 1BOTO 2E6LA 1A5VA 3AVBA 2A6AA 4IKFA 3DXMB 3FZMA 2P9NA 3WXJA 2I7PA 2P9SA 3SQ0A 1KFSA 3J80O 3CF5L 2UUAK 3AO3A 4N5SA 1HJOA 5GAEP 3WXLA 1RT4A 5KGWA 5BPNA 3IMXA 5BR9A 3L3VA 3O9SA 3QFUA 1W0HA 3L2VA 5EOYA 3QLHA 2G8IA 4B8CA 4ZHRA 4JHDA 3VMFB 2OZSA 4G1QA 2FC0A 3DRRA 2IVOA 3NMUA 3AVKA 2IDOA 4GMJB 1REVA 2HHSA 1U48A 3CYMA 4CK2A 1D4XA 2YX6A 4DSLA 4DF4A 4FVUA 3J7ZO 1X1PA 1TL1A 1C0GA 4KH5A 1D5AA 3O6WA 1XNQK 3M8RA 2P9NB 4C8MA 4IO9L 4ELUA 3SUNA 2X78A 1S1WA 3LP0A 1ZBLA 3O5BA 3W0LA 5D3GA 4PY5A 3V1QA 1OH8A 3I8BA 1T05A 3DMJA 1Q82O 4KV8A 3HOSA 4QS9A 2F4VK 3AA3A 4M41A 4IXCA 3ZYYX 2Z1JA 5AQPA 3OYKA 1WBBA 2P5GA 2P9KB 4DTRA 5AQVA 1X9WA 4MQ3A 2UUCK 3V9WA 4RW9A 4FOIA 1U4BA 3CHWA 2HBLA 2G8VA 3ATVA 4M42A 4X62K 4DR4K 4K8ZA 2KQ2A 4HCCA 5CYQA 3HJFA 2A41A 1C0TA 5KGXA 4CZMA 3VETA 1G99A 4LFAK 1ZBHA 4PWDA 3D7EO 5MLCQ 4E7JA 3IS9A 2YI1A 4MLHA 3L4QA 3SLCA 3QETA 3WXKA 3K5NA 1RBRA 1BA1A 4KTWA 4PUOA 5HRRA 1LWCA 5AJ3K 5AQSA 4JK8A 5J2PA 5FRMA 1ATSA 3ZT4A 2HF4A 5F2RA 3SQ4A 4DMNA 1RDWX 2G8HA 4KB0A 4KHQA 4CFAA 1M1KO 1Y64A 2IS3A 4GY2B 4M3RA 3TAEA 2HHTA 2PY5A 5JVHL 4FLXA 4B3SK 4N47A 5KPTA 4JRPA 4BE2A 1TAQA 4FLYA 3CJ9A 1BQNA 4CW7B 3MEDA 4BREA 1BU6O 2UXBK 3ISNC 4EIAA 4KAZA 3E9OA 5AFUH 1A5XA 2ZJPL 2XY7A 2DFFA 1IG9A 4W5QA 2CGKA 2F8SA 2NUBA 4CD1A 2V51B 1V4TA 2PBDA 2KKZA 4CEQA 4JAXA 4OPHA 3U9ZA 3U9DA 3RR8A 5HRSA 3HZ6A 1JLCA 4H8KA 3OHRA 1L3TA 4PL8A 3DLBA 3BUZB 4U67L 4YOVA 3R1XA 2BH1A 4XH4A 3T3FA 1JJ2M 4OX9K 4PHTX 3CCEN 1TGOA 3P5JA 1NKCA 1KAZA 3FZLA 5ADXA 1L3VA 3QB0A 3KZBA 5EXWA 4FLTA 3CMEN 3CPWM 1IKYA 2YHXA 4NCGA 1K8KB 3O4QA 2Q1NA 4OPAA 2FSJA 1FJGK 4LFBK 4JI2K 4KH6A 2Z1IA 2GTDA 2ETJA 1J5OA 1W97L 5JS2A 1YJNN 4CEOA 4BR2A 4K8XA 3CCLN 1NGAA 4JNEA 1WUAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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