3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule tags Transferase
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
3AAPA 5I9EB 2FLOA 2QWRA 4F9OA 2NZTA 1RGIA 5BN8A 2P9LA 3D2FB 3QFUA 3R8EA 2Q36A 5AQFA 3MN5A 5AQLA 3KVGA 5EVZA 3O1BA 3P4IA 1YVNA 3JS6A 4H03B 4BR4A 2QWPA 4BQZA 2E20A 3GL1A 3SMPA 2YHYA 1U6ZA 4IXCA 2W41A 5AQJA 5AQHA 4EFHA 1V4SA 5FPEA 2W40A 1NWKA 3C7NB 4FOIA 3U4LA 5KPRA 2VWBA 4BRQA 1ZC6A 1YXQA 4FWQA 2V7ZA 3UKUA 4CZGA 1NGBA 1OKJA 2ZF5O 4BR0A 1BG3A 2BUPA 3FZKA 4BC5A 1S22A 3CIPA 4BRDA 4CZLA 5FPNA 2P9UB 3O08A 5AZIA 5AZJA 1NGEA 2P9KB 2YCHA 3VEWA 4CZFA 3CJ7A 1NLVA 3BF3A 4JHDA 1SQKA 1JCEA 4JD2A 4WQ5A 3VF4A 3ULEA 3M1FA 5ELZA 4H0VB 1ZBSA 3QB0A 3FGUA 1U2VA 3BP8A 3ID8A 4K41A 1WUAA 3FLCO 2ZGZA 3H3OB 5KPTA 2CH6A 3EKUA 3CJAA 1DGKN 2ASMA 4M7XA 5KQDA 3A5MC 2P9NA 4B1XB 2CGJA 4H5RA 2NLXA 1IG8A 3DXKB 3CETA 3I8BA 1GLFO 4BRHA 4CBXA 3FZMA 3FR0A 2FSJA 3ENHA 4H0XB 2F9TA 5BPMA 2UYTA 4BGAA 5BPNA 4H0OA 2YI1A 3WUHA 3IFRA 1GLAG 1H1VA 2E2QA 1HX1A 1HKCA 4JNEA 1TYQA 4HWIA 3G25A 4M63C 3SMSA 3DAWA 4H0TB 1QZ5A 3A5LC 3CJCA 3BUZB 5AQVA 1J6ZA 4BC4A 4J8FA 3GBTA 1MWKA 3FZLA 4MLEA 3SK3A 3QFPA 4PL8A 3M6GA 5AQQA 2J4RA 5F2RA 3CJBA 3GG4A 1QHAA 1JCGA 3HI0A 3D7EO 1MWMA 4DQ8A 3KHYA 4FWLA 2A41A 4H5NA 4B1ZA 1DEJA 4EAHD 4BR9A 2P9IA 4CBUA 2I7PA 4BG8A 3I33A 3WT0A 3DXMB 2HF3A 3A8YA 3CHWA 3LDPA 4BC3A 2P9SA 3VENA 2GWKA 3H1QA 4WYBA 1CZAN 2Q0RA 4M7YA 1C0GA 5EXWA 5AQIA 1GLJO 4RWTA 4EHUA 3CQYA 1WOQA 3VPZA 4JN4A 3H45C 1QQNA 2HOEA 4FPAA 1E4GT 3LDQA 1BUPA 1GLLO 1BO5O 2KHOA 4K43A 1JCFA 1GLBG 3SJHA 3W0LA 4B1VA 5BRFA 5TKYA 3VOVA 3WQUA 2Q2RA 3WXLA 2IVPA 1V4TA 5AQUA 2QM1A 1XC3A 3MN6A 5AZJB 5AZIB 1Y64A 2FXUA 1HKBA 3FZHA 4FWRA 4B1WB 2QWNA 1NM1A 4CZHA 2E1ZA 4CD1A 1X9JA 3ZX2A 2P9PA 4BROA 4Z94A 4A2AA 3HZ6A 4AM7A 4BRIA 4CZJA 3LDLA 1BOTO 4FO0A 3CQXA 1BDGA 1R59O 4I6MB 1LCUA 4MLHA 3D2EA 3WEEA 4WQ4C 3FFKB 3KZBA 3LDOA 4Y0WA 3UKRB 5AQXA 3VESA 3VEYA 2Q0UA 2E88A 1K8KB 5CE3A 2IIRA 3MN9A 2QXLA 3H1VX 5AQNA 2I7NA 4XEIA 3R6MA 1GLCG 1NGHA 4BRCA 3B8AX 5AQYA 3VGMA 3BEXA 1Q18A 3EO3A 4B9QA 2A42A 4CZKA 3HBTA 1ZXOA 4CZIA 1T44A 3OHRA 5AQZA 5AFUH 4RTFD 1QQOA 3D2FA 4H5VA 3F9MA 3QDKA 1KAXA 3C0BA 3RSEB 3CJ1A 2QW9A 5EOYA 1C0FA 2PAVA 2FSNA 1NGDA 4KBOA 1ATNA 4DB3A 4BRGA 5ADXH 1NGCA 3C7NA 4MO5A 3MDQA 5JLHA 1P8ZA 3VEXA 5E26A 3IDHA 1NGFA 3EL2A 1HUXA 4FWNA 4HTLA 4PKGA 2YHXA 4FL9A 2E2PA 5BREA 2P9UA 3J8AA 1HKGA 4GNIA 3GE1A 4PKIA 5AQOA 3WXJA 2OANA 2P9KA 1SAZA 4WQ5C 3A0IX 3ZETA 4EIAA 2GUPA 3MCPA 3VEOA 4YDUA 3A5OC 1BA1A 3AY9A 3LM9A 3LM2A 1NGJA 3HSCA 4NB4A 4FPBA 4BC2A 1RFQA 1LOTB 1T6DA 5FPDA 4CI6A 1YUWA 3GDQA 3WXKA 2GELA 2FF6A 3ZEUB 3U9ZA 4FSVA 3O80A 3CJ9A 3FE1A 4FWSA 2FSKA 2P9LB 1MDUB 3BF1A 2EWSA 4BQLA 1X3NA 4FWMA 2PBDA 3DXKA 4IJNA 3UB5A 1IJJA 4FWKA 3QBXA 3QBWA 1QZ6A 5JICA 1TUUA 4BGBA 2H3GX 5BPLA 3MN7A 3WQTA 3TU5A 5F1XA 2CH5A 3GOIA 2QWOA 3HTVA 4RCHA 4BRNA 1QQMA 2QWMA 4IWVA 1KAYA 4FWPA 1E4FT 1SZ2A 4H0PA 4IZ9A 3TPQA 4CBWA 3S41A 3UKUB 3VEZA 5EX5A 4C23A 3IUCA 3LDNA 1GLEG 4BRKA 1Z05A 1NGAA 4CZMA 2V51B 3DJCA 5AQKA 5AQWA 3MMVA 5AQPA 4JHDB 5FPMA 4BRLA 4JD2B 3ULEB 3SLCA 1BA0A 4BRAA 2A6AA 3W3DA 1DKGD 2GTDA 1BWFO 3DXMA 1YAGA 4L3QA 1RDWX 1U2VB 4DCHA 2D1KA 3H3NO 4AM6A 3AARA 3VEVA 3EN9A 3L6QA 1XQSC 4BRPA 4BR2A 4PL7A 3UE5A 1HLUA 1MA9B 2DPNA 3R9PA 2AA4A 2P9NB 2Q1NA 4FWOA 3VGLA 2YJFA 5F0XA 4EHTA 4B1YB 2CGLA 4XH5A 2FF3B 5BRHA 5E84A 1ESVA 4BREA 4FOEA 4O5FA 3ENOA 4IO8A 4A62A 5AQRA 2HMPA 2GWJA 2Q31A 5JMVA 3CI5A 4LC9B 4BR5A 1TYQB 4QS8A 2BTFA 3HM8A 5BR9A 3EKSA 4H5TA 4PKHA 3ZETB 3U9DA 3WXIA 4XH4A 3CERA 1S3XA 4I6MA 2VCPA 2Q97A 5LJVA 1HJOA 4GY2B 5KQ8A 5EY4A 4H0YB 4BR7A 4QS7A 5JLFA 3UKRA 3M3ZA 1GLDG 2P9IB 3O1WA 3FZFA 3VETA 5AQMA 4BG9A 1K8KA 3IMXA 2A3ZA 4BRMA 2P9SB 2IVOA 4O8KA 4JAXA 3ATVA 1T6CA 3JXUA 4H5WA 2A5XA 2IVNA 4K42A 2D0PA 1BU6O 1TUYA 2VYPA 1X3MA 3VGKA 2F9WA 2ZWHA 2NRHA 2QWLA 1NGIA 4K25A 2ASPA 2V52B 3AAQA 2CGKA 3ATUA 4ISFA 5B8HA 1NGGA 5AQSA 4IJAA 4BVOA 5KPZA 1NMDA 2ASOA 3RSEA 2HF4A 5BN9A 3VF2A 3EZWA 5LY3A 1XUPO 3H6EA 3ZX0A 4ISEA 3H46O 1G99A 2WUSA 1HPMA 3L0QA 4XH1A 3VERA 1NBWA 2AP1A 5BRDA 2P9PB 4CD3A 2E1YA 3ZX3A 2E2OA 2D0OA 5AFUA 5AQTA 2E2NA 3O5BA 3VF6A 3U8XA 4CJ7A 2E8AA 3D2EB 3L4IA 3WEEB 2D4WA 1KXPA 1D4XA 4MO4A 2V7YA 3QICA 5AQGA 3O8MA 4CZEA 4WQ4A 2QWQA 4B1UB 2ZGYA 2ITMA 5LJWA 4YDUC 4ISGA 3DWLA 2YHWA 2YJEA 5ADXA 3O6WA 2GEMA 3QMLA 4QS9A 1KAZA 1EQYA 4NO7A 5AR0A 4DHYA 1ATRA 4A61A 4A2BA 4BRFA 4E1JA 1Z6RA 2A40A 3LL3A 3A5NC 3ZEUA 1ATSA 3O4WA 4BVPA 3MK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6LA 4J2AA 5I9EB 2FLOA 4F9OA 2NZTA 2OPSA 3S3OA 4JKCA 4CESA 3SQ4A 2HHXA 3DI6A 3MN5A 5AQLA 3CCVN 3P4IA 4JRQA 3DRRA 4F2RA 4H03B 2OZSA 3QINA 4JI6K 3F2KA 5HOOA 3SUOA 1U6ZA 4GKKK 3PIPL 1WLJA 2XY5A 3DLHA 4LF7K 2W40A 2JWLA 4LFBK 3P38A 2DFHA 2HNZA 1NNEA 1ZC6A 2YKNA 1TKXA 3I0RA 3UKUA 4E0DA 1OKJA 3CMAN 4IEIA 1TK8A 1NJZA 3TSPA 3DM2A 4CJQA 4BC5A 4KTQA 4FW2A 2XO7A 3BGRA 3J7YP 1VAZA 3J81O 2PYLA 4Z4EA 3T69A 3KLEA 1MU2A 1NLVA 3O3FA 1SQKA 4KH6A 1JCEA 2F7TA 3VF4A 1NJWA 5ELZA 1IG9A 4G1QA 1NKEA 1ZBSA 4DTNA 3FGUA 4GKJK 2RHKA 4Z4HA 4EP4A 3BP8A 3MXIA 4CJPA 4MDBA 1C0UA 2ZGZA 1RTJA 2CH6A 1S1WA 5HRRA 4DFJA 4DG1A 5J2NA 1FXXA 3DXKB 3FFIA 1N36K 3SAGA 2WTUA 4CBXA 4LF6K 3FZMA 4XIUA 1S5JA 4H0XB 5DM6L 4YHHK 5BPNA 3T3FA 1QHTA 3VQDA 3RMCA 3DOKA 1HX1A 4JNEA 5HL7L 4HWIA 3G25A 4M63C 3SMSA 3DAWA 3ZT3A 3A5LC 3CJCA 1J6ZA 2LSNA 4J8FA 2O8DB 3J7ZO 3SK3A 3QFPA 3LWMA 3M6GA 2J4RA 3V9ZA 1JCGA 3D7EO 3NGIA 1QSSA 4FWLA 4H5NA 3DRPA 4UQGA 4B9TA 3THYB 4KTZA 2HNDA 3D45A 4HCBA 3DXMB 3A8YA 2HBKA 2YNFA 3CHWA 3LDPA 5CZ1A 4BC3A 3ZT0A 2GWKA 1S1VA 2FBYA 4CEOA 2X6SA 3CQYA 3JAMO 3T1HK 1WOQA 3NMUA 2HHWA 5C12A 3NHGA 2KW4A 4JN4A 1DLOA 1Z26A 1S1XA 4CF2A 1BUPA 1GLLO 2KHOA 4RW9A 4K43A 4CF1A 3K9JA 2ZQBA 3NGZA 5TKYA 2D0AA 3MWTA 1V4TA 5AQUA 1XC3A 4X65K 3OY9A 5LMNK 3FZHA 5C0YA 4CIFA 3ZX2A 1E3MA 4Z94A 2PFUA 3LDLA 5E41A 1QTMA 3CC7N 4FO0A 1SKWA 3LAMA 5FRNA 1VQKN 4J2BA 3CQXA 4MLHA 1QS4A 1VQ6N 4OLAA 3FFKB 2ATQA 4Y0WA 1UA0A 5AQXA 3VESA 4J2EA 3ZT2A 4KFBA 3MN9A 4DV7K 1SUQA 2QXFA 4IOAL 1B9FA 3SAHA 4XEIA 3R6MA 1YJWN 4FXDA 4BRCA 2DY4A 1J9AA 1BL3A 3B8AX 3THXB 4LSLA 1WB9A 4CZKA 1ZXOA 4FLUA 5I3UA 3D2FA 3QDKA 1WN7A 3HP6A 5GIOA 2PAVA 3EE9A 4JI3K 1BCOA 1L3VA 3OYLA 3O9SA 3QEVA 1ATNA 4DB3A 4BRGA 4OVLA 1NGCA 4MO5A 4J2DA 4RW6A 4ILJA 5E26A 1XNQK 1BQMA 3ZSYA 1NKCA 3NF7A 1FKPA 4CEAA 4FWNA 2YHXA 3QLHA 2E4LA 5BREA 1IKXA 1BIZA 3J8AA 4WFBL 4B3SK 3P83D 4YOWA 3O4QA 3DLEA 3O9UA 4C8LA 4PUOA 1KVBA 1RBSA 3VQ7A 2GUPA 5C15A 3IS9A 2NRXA 4PHTX 1CZBA 4CI6A 1L3UA 1YUWA 3BY5A 1X1PA 2XY7A 5TKWA 2VWKA 3CJ9A 4I2PA 5C2FA 4FJNA 4MQ3A 2D5RA 1C0MA 1MDUB 3BZKA 1X3NA 2PBDA 3SI6A 5J2QA 1IJJA 3QBXA 3L8BA 3TAEA 1TUUA 3TABA 3NE6A 2HHHK 3SQ1A 3CCEN 3OBWA 3TU5A 3PV8A 2P5OA 3GOIA 3LPUA 3HT3A 5M1FA 4CFCA 3C95A 3CF5L 1KAYA 1E4FT 3TAPA 4FLZA 4IZ9A 3C6AA 1TKZA 4I2QA 3S41A 4IOCL 3L3VA 4C23A 4CGFA 4CGGA 2IS3A 3WNEA 4B9LA 4CZMA 5HLFA 3QETA 4F2SA 1N6QA 3DJCA 5AQWA 5EU7A 3MMVA 5GADP 4B9MA 1ZBHA 1DKGD 2GTDA 2O8EB 4L3QA 4PA1A 3TANA 1HYVA 4V19S 1K6YA 1IBKK 3VEVA 2NNWA 3SAFA 3VTHA 1O13A 1JL1A 2XRIA 1VQ8N 1XQSC 4BRPA 1YTAA 1HLUA 1Q82O 4YORA 2DPNA 3R9PA 2AA4A 1O1WA 4FWOA 3VN5A 2G8KA 3VGLA 4JI2K 4F3OA 4XH5A 3ZLJA 1ESVA 4FW1A 4FOEA 3ZSRA 4JKGA 4A62A 4HTUA 4CEZA 4CEDA 3CI5A 4BR5A 1TYQB 5J2PA 4QS8A 1CXQA 1NK0A 4DUYK 1VQPN 1JLGA 3AVGA 4H5TA 4FJKA 4C1NK 4DU1A 1T03A 3DYAA 4FJLA 4GV9A 4I6MA 1HJOA 3WNHA 5KQ8A 5EY4A 2Q3SA 4RW4A 5GINA 4QS7A 1JLFA 3UKRA 2HMIA 3FZFA 4JLHA 3AVJA 2HHSA 3CCUN 1YJNN 3P39A 3ATVA 1T6CA 2ETJA 1EP4A 3PX6A 3VMFB 2A5XA 2D0PA 3KLFA 3RMAA 4JKDA 4CIGA 3TSUA 4M42A 1TAUA 2O8FB 5K14A 4K25A 2FBXA 4M3XA 2CGKA 4O55A 1VQMN 5MLCQ 4BVOA 5FRMA 1VQ7N 4OGCA 2P5GA 3ZX0A 4ISEA 3V1RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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