4DB3A

1.95 angstrom resolution crystal structure of n-acetyl-d-glucosamine kinase from vibrio vulnificus.
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
NLYFQSNAMYYGFDVGGTKIEFGAFNEKLERVATERVPTPTDDYPLLLETIAGLVAKYDQEFACEGKIGLGLPGMEDADDATVLTVNVPAAKGKPLRADLEAKIGRSVKIENDANCFALSEAWDEELQDAPSVMGLILGTGFGGGLIYEGKVFSGRNNVAGELGHMRLPLDAWFHLGDNAPLLGCGCGKKGCLDSYLSGRGFELLYAHYYGEEKKAIDIIKANAAGDEKAAEHVERFMELLAICFGNIFTANDPHVVALGGGLSNFELIYEEMPKRVPKYLLSVAKCPKIIKAKHGDSGGVRGAAFLNIKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords N-acetyl-D-glucosamine kinase
publication title 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosamine kinase from Vibrio vulnificus.
rcsb
source organism Vibrio vulnificus
total genus 102
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.7.1.59: N-acetylglucosamine kinase.
pdb deposition date 2012-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A02
4BGAA 2GUPA 1JCEA 1ZC6A 3CQYA 2F9WA 1DGKN 4BRGA 2CGLA 3O08A 3R6MA 2QWPA 4BRQA 2YCHA 4KBOA 1HX1A 2P9KB 3AAQA 5TKYA 4BR7A 3H1VX 3UKUB 2YHWA 2E1YA 4B9QA 3A5LC 2VYPA 2ZF5O 2EWSA 4H0YB 5ELZA 1GLBG 3CHWA 1NGAA 4M7XA 5FPDA 2NZTA 4CZJA 4FWQA 2E8AA 3SJHA 4BRHA 3CIPA 2GTDA 5AQHA 5AQXA 5KPTA 3GBTA 5KQ8A 4BR5A 5AZJA 1BOTO 4B1UB 4MO4A 3EN9A 3DAWA 3VGKA 3L6QA 5AQPA 2E20A 4PKHA 2IVNA 4A2AA 2YJEA 4CBUA 5LY3A 5LJVA 1ESVA 3QMLA 4K41A 1GLEG 2KHOA 4BRIA 1BWFO 2D0PA 4K43A 3VEZA 4B1VA 1V4TA 1KAZA 2DPNA 3CQXA 3H46O 3H45C 4CZGA 4JNEA 3QICA 5BPLA 3MN6A 4BRFA 3EL2A 2W40A 4H03B 4BQZA 2CH5A 5BN9A 3HM8A 4A62A 2P9SA 4BGBA 1IJJA 4BR2A 2V51B 3I8BA 1H1VA 4M7YA 4O5FA 1YXQA 5FPMA 1T6DA 3O1BA 3W0LA 2E2NA 3P4IA 3FR0A 4EFHA 3J8AA 5AQKA 2UYTA 1E4GT 2GWKA 4BRDA 1TUYA 3QFPA 3CJBA 1NGFA 1Z05A 4FPBA 1Y64A 3M1FA 2Q1NA 3O4WA 4QS8A 3AAPA 2VCPA 4XH4A 2Q36A 4IJAA 3GDQA 1ATNA 1JCFA 5AQTA 2I7NA 5AZJB 3H3OB 4K42A 4BRKA 1RGIA 2V52B 2W41A 4ISEA 3EKSA 4A61A 1QQNA 5AQUA 1S3XA 3O6WA 1QHAA 1QZ5A 3UKUA 4GNIA 5AQVA 5JLHA 2WUSA 4EAHD 4Z94A 4FOIA 3QFUA 1QQOA 1K8KA 2AP1A 3AY9A 4BRPA 3C7NA 1XC3A 5AQFA 4BR0A 3BEXA 4FWMA 5KQDA 4H5TA 2GWJA 3R9PA 2IVOA 3SMPA 1SAZA 4IWVA 5F2RA 4GY2B 4ISFA 5EOYA 4IXCA 2AA4A 3FFKB 2E1ZA 1MWMA 2QWRA 3FZHA 3CJCA 4YDUA 4CD3A 4H5NA 3O5BA 1IG8A 4FL9A 4J8FA 3ATVA 1NWKA 4NB4A 3LM2A 5BRHA 1DKGD 1NGCA 4FWPA 3MN9A 1OKJA 1NBWA 2ASMA 2QWMA 3OHRA 5BPNA 3VETA 3LDNA 3FE1A 4JHDB 3GG4A 1LOTB 3BUZB 4B1YB 2YHYA 4MLEA 3M6GA 5AQZA 3A5NC 3VOVA 4JD2B 2GELA 1X9JA 1BO5O 5AQIA 1C0GA 3H1QA 1S22A 3L0QA 3TPQA 1NLVA 3ULEB 2HF4A 4NO7A 3VEVA 1BDGA 2NLXA 3VF4A 3WQUA 4BRCA 5AQQA 2ZGYA 3VEWA 5AR0A 3S41A 3IUCA 2FSJA 2E2PA 3AARA 1XQSC 3I33A 1HLUA 2P9UB 3WXKA 3QDKA 3U9DA 4BVPA 1K8KB 2P9NA 3C7NB 3IMXA 2V7ZA 3CJ1A 4A2BA 4WQ4C 5I9EB 1X3NA 3QBXA 1GLAG 2D1KA 4HTLA 4Y0WA 3BF1A 3KHYA 3QBWA 4H5RA 4EIAA 5AQMA 4QS7A 1BA1A 1BU6O 4JN4A 3CI5A 4DHYA 4FWNA 1HKCA 4FPAA 4XH1A 4H0OA 1HKGA 3LDLA 5AQOA 4DQ8A 2A6AA 2CH6A 3ZX2A 3GE1A 1GLFO 1HJOA 4IJNA 4CZMA 1NGIA 4BG8A 4CD1A 1V4SA 3EKUA 2YI1A 1KAXA 3HZ6A 4E1JA 3UKRA 3HSCA 3VEYA 3DXMA 3C0BA 5CE3A 1QQMA 3VF2A 4PL7A 4B1XB 3ZEUA 1J6ZA 1QZ6A 2NRHA 4JHDA 3VENA 4BC4A 4EHTA 3ENHA 3FGUA 4JD2A 3CJ7A 4FWLA 3B8AX 2P9NB 2VWBA 3DXKA 2ZGZA 2A3ZA 1G99A 3ULEA 1E4FT 3H6EA 3U4LA 1GLCG 3VEOA 3HBTA 5AQSA 3LM9A 3U9ZA 4WQ5C 3ZETA 2Q0UA 2D0OA 3D2FB 4H5VA 2PAVA 1NGHA 1BUPA 4B1ZA 1GLDG 2ASPA 1LCUA 2P9UA 3CERA 2YJFA 2A40A 2BTFA 5KPRA 1D4XA 3ZX3A 4BRLA 3LL3A 3U8XA 2Q2RA 4CZIA 4BRAA 1T44A 4F9OA 3MCPA 5BR9A 2ITMA 5LJWA 1KAYA 3IDHA 4I6MA 4BVOA 4FWSA 4RTFD 2QWQA 1Q18A 5EX5A 2ASOA 2HF3A 3DJCA 5AQLA 4CI6A 3BP8A 5KPZA 1MA9B 2QM1A 5AFUH 3UKRB 4PKGA 4LC9B 1XUPO 1MDUB 3DXMB 1ZXOA 2QXLA 3D2EB 4B1WB 3FZKA 1GLJO 3D7EO 3ZEUB 1MWKA 2FLOA 4PL8A 1U2VB 5BN8A 1BA0A 3DXKB 1YAGA 4BC5A 3W3DA 2OANA 4BC3A 5F0XA 1NM1A 3MN7A 4CBWA 5BRFA 4CZLA 1P8ZA 3SLCA 3HTVA 3UB5A 5AQYA 1NGEA 3ZETB 5JLFA 2F9TA 4CBXA 4K25A 3O1WA 5ADXA 4H0XB 3SMSA 2E2OA 5ADXH 4M63C 5BRDA 1ATSA 3WQTA 2FF3B 2HMPA 3TU5A 3FZMA 2YHXA 3GOIA 3O80A 4PKIA 1C0FA 2J4RA 3FZFA 2A42A 3CJ9A 1U6ZA 1TUUA 4RWTA 4BREA 4I6MB 2H3GX 1EQYA 3D2FA 3WT0A 3CETA 3G25A 1RFQA 2PBDA 3VF6A 3UE5A 2CGKA 4XH5A 2P9LB 2QW9A 5JICA 3H3NO 5AQJA 2BUPA 4H0PA 3VGLA 1X3MA 1R59O 4JAXA 4L3QA 3RSEA 4XEIA 5F1XA 3KVGA 4IZ9A 5E84A 3FZLA 1YUWA 3R8EA 3A5OC 4BG9A 2Q31A 3WEEA 2QWOA 2P9PA 1BG3A 3KZBA 3SK3A 4CZHA 4WQ4A 1NGBA 1NGGA 3VEXA 5EY4A 3VESA 2Q0RA 2QWNA 2A5XA 4BQLA 3D2EA 3VGMA 2IIRA 3DWLA 2P9IA 3WXIA 5FPNA 3LDPA 3QB0A 3HI0A 1U2VA 1Z6RA 3L4IA 3MDQA 4H0VB 3A0IX 4CZKA 3M3ZA 5EXWA 4EHUA 3JS6A 4FWKA 5E26A 3VPZA 3MK6A 1CZAN 2D4WA 3O8MA 4AM7A 2CGJA 5AZIA 4CZEA 2Q97A 5B8HA 5AQWA 2A41A 1TYQA 3MN5A 1ATRA 4FOEA 3LDOA 3WUHA 4FO0A 1NMDA 4ISGA 4WYBA 2E88A 1HPMA 4FWOA 2V7YA 3WXLA 5FPEA 3A8YA 1ZBSA 2FSNA 2GEMA 3IFRA 1KXPA 2FSKA 3RSEB 4YDUC 4BC2A 1T6CA 1SZ2A 1HUXA 4DCHA 1NGJA 4BR9A 1YVNA 2HOEA 3VERA 1SQKA 2P9KA 3A5MC 5BPMA 3ID8A 4DB3A 1RDWX 3BF3A 2FXUA 5EVZA 2IVPA 3ZX0A 3EO3A 5AQRA 3FLCO 5AFUA 4QS9A 5AQGA 2P9LA 1GLLO 3F9MA 4IO8A 3WEEB 3ATUA 2P9PB 4AM6A 1HKBA 3ENOA 4HWIA 1NGDA 3LDQA 2I7PA 1DEJA 3JXUA 3WXJA 4FWRA 2P9SB 4CZFA 4WQ5A 4CJ7A 5JMVA 2P9IB 1JCGA 4C23A 4MLHA 4BRNA 4MO5A 3MMVA 4BRMA 4O8KA 2FF6A 4BROA 3GL1A 5BREA 2QWLA 4BR4A 2ZWHA 5AQNA 1WOQA 4FSVA 4H5WA 4H0TB 5AZIB 3EZWA 4RCHA 3CJAA 1WUAA 2E2QA 1TYQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBLA 2F9WA 1HYSA 3LAKA 3HO1A 1DGKN 4BRGA 2CGLA 3NCIA 1RNHA 2YCHA 3DMJA 3PUFA 4IBNA 1WSHA 3O9UA 5TKYA 3K5MA 1N8RO 2YHWA 1RT7A 3WXMB 3D0PA 3A5LC 4KPYA 4H0YB 3VQPA 4OJRA 3TAQA 4CZJA 3CIPA 2ZM6K 5AZJA 5GAGP 3AVNA 4B1UB 4I7FA 1BI4B 2E20A 4PKHA 2GBZA 2IVNA 4KREA 2HHQA 4A2AA 5J2MA 3QMLA 1SL1A 5LL6Z 3AVGA 3NF6A 1WAFA 4B1VA 4FM0A 3T1HK 1V4TA 1KAZA 2P51A 5M1QA 4DS5A 1HNXK 3H45C 3O9SA 4JNEA 4CZGA 1OH8A 5HBMA 2E4LA 4BRFA 4BQZA 4FJGA 1YTAA 2P9SA 4Q5VA 4CEOA 4B9VA 3MEDA 2V51B 1H1VA 4M7YA 3O1BA 3I0RA 3QNOA 1XNQK 1C0MA 4O0JA 1ZBHA 1HNVA 4EFHA 1K6YA 1RBVA 3J8AA 1E4GT 3QFPA 2X6SA 4CJVA 3NDKA 4FPBA 1Y64A 4O8UA 4ZTJA 4XH4A 5CZ1A 4FLUA 2OPQA 2ZJQL 3H3OB 4K42A 3NE6A 4W5OA 2V52B 1T7PA 1U45A 5J2QA 3AO5A 3I55N 1QHAA 1YTUA 4DTNA 1TKDA 4YHHK 1QSLA 3E01A 4G9ZA 3QEWA 3ENBA 3M8QA 2HNZA 4Z94A 4FOIA 4DV6K 2F8TA 3EE8A 3P39A 4FJNA 1XC3A 1VSDA 3BEXA 5HL7L 2UUCK 4H5TA 3PLAA 3KLFA 1T03A 4CFBA 1K9MO 5F2RA 1WAJA 4N5SA 3V81A 5EOYA 4IDKA 3CM6A 2WTUA 3FFKB 2E1ZA 2LSNA 1EETA 3CMEN 5M1OA 4CD3A 3PIPL 1VQLN 4FL9A 1DKGD 5DK5A 4PY5A 3MN9A 3F5TA 5KRTA 3RRHA 3OHRA 3VETA 3FE1A 4X66K 4Z0UA 2YHYA 4MLEA 3M6GA 3A5NC 3PY8A 4KI6A 3ZLJA 4NO7A 1SKWA 1KLNA 1KRPA 3WQUA 4BRCA 5AQQA 3PSIA 3SBGA 2YNIA 3NGIA 3OW2M 2OTLN 1VQNN 1K8AO 3WXKA 1BIUA 4LFCK 4JKAA 3TAPA 1K8KB 2P9NA 4I2PA 4CJFA 4B8CA 3OBYA 3C7NB 3IMXA 2V7ZA 5FROA 2HHXA 4CGGA 4A2BA 4CF8A 3C6AA 3JYTA 4CE9A 4Z4GA 4DTSA 3KHYA 4H5RA 4DLEA 4WCEL 4R79A 1BU6O 4JN4A 1WSFA 3CFPA 1HKCA 1A5XA 2PFUA 3L8BA 4CIFA 3CC7N 1JJ2M 5C24A 3LDLA 1QSSA 4QCLA 4DQ8A 4DWIA 3ZX2A 1S9GA 2IAJA 1DTTA 2HSTA 4CF2A 1EX4A 3OYMA 4IJNA 3DRRA 1T3VA 4U7BA 4CD1A 4LF6K 3K59A 3RMCA 4A5BA 4CK3A 2NRWA 1FW6A 3F2KA 4FW2A 1W9HA 3TAMA 4B3RK 2HVIA 2RKIA 3CM5A 4JI1K 5HOOA 4B1XB 2YX6A 3OJUA 5M1PA 1QZ6A 2E5LK 3VENA 4BC4A 4IG3A 3OTOK 4LFAK 1NJXA 2YNGA 1G99A 3CCJN 1GLCG 5AQSA 3DLEA 4GV6A 4LF4K 3DOLA 4CESA 2PAVA 1HNWK 2HHVA 4B1ZA 4FK4A 3CERA 4UY8O 2BTFA 3LL3A 3U8XA 1NMNA 4FLVA 4NCBA 2F7TA 4K8ZA 4KHUA 3MCPA 1KAYA 1EO1A 3IDHA 1ASVA 4B3MK 3CCMN 3HP6A 2ASOA 2HF3A 5AQLA 4CI6A 1TVRA 3BP8A 5KPZA 3HL8A 5HLFA 2DY4A 5BR8K 4FJ7A 5C12A 3DXMB 4IEEA 1XMOK 4JI7K 4BDZA 4FJMA 3AVMA 3R1XA 5KI6A 2QXLA 1SS6A 3G10A 1QVFM 2O8CB 1C1AA 3CC2N 1KD1O 2O4GA 1J5OA 3VN5A 1YAGA 5GADP 4Z4EA 5F0XA 3QEXA 1NM1A 4WF9L 4NCGA 5BRFA 3T3FA 1P8ZA 4MQ3A 2I5JA 5C10A 1NGEA 1LWFA 2FBTA 3TR8A 1RT4A 4MDBA 4HTUA 2E2OA 3CD6N 4W5QA 2KLAA 2HMPA 1HMVA 3GOIA 4ID5A 1OVQA 4CJ4A 3G6EN 4IFYA 4PKIA 1IBKK 4C8LA 2A42A 2KQ2A 4O44A 1S1VA 3RRGA 4UQGA 2AJQA 4NYFA 3PX0A 3TAEA 4WE1A 1WLJA 4IFVA 3D2FA 3U3YA 1QSYA 3ZSVA 4FM2A 3UE5A 3I56N 1TK0A 3H3NO 2BUPA 4H0PA 3VGLA 4MFBA 2O8BA 3OYAA 3RVCA 2NNWA 4DU4A 1ZBIA 1VSMA 4FK0A 4DTPA 4A57A 2OPSA 4LFBK 3L2WA 1J9AA 3FZLA 1RT2A 3A5OC 1JLBA 3K9KA 2Q31A 4KH4A 4OVLA 1NK7A 2P9PA 2PYJA 3LWMA 3CCVN 3SBTA 2Q0RA 4CW7B 2QWNA 4BQLA 2D5RA 1RT3A 1RDCA 1XC9A 3HI0A 3VQQA 4H0VB 1JLGA 4AHUA 3PO4A 3FFIA 3CCUN 3QEPA 5EXWA 4H4MA 4NXMK 1WSEA 1U49A 1XI1A 3J7AP 3O8MA 4CZEA 1HNIA 3KK2A 1E3MA 4E89A 4NCAA 1ATRA 4BWMA 4F3TA 3LDOA 3WUHA 2E88A 4FWOA 4DR6K 1B9FA 3HVRA 4JK7A 3WXLA 2FSNA 2VG7A 4BC2A 1HQEA 3ZYYX 3UIQA 4BR9A 1YVNA 5BPMA 4DB3A 2QXFA 3P1GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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