4DB3A

1.95 angstrom resolution crystal structure of n-acetyl-d-glucosamine kinase from vibrio vulnificus.
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
NLYFQSNAMYYGFDVGGTKIEFGAFNEKLERVATERVPTPTDDYPLLLETIAGLVAKYDQEFACEGKIGLGLPGMEDADDATVLTVNVPAAKGKPLRADLEAKIGRSVKIENDANCFALSEAWDEELQDAPSVMGLILGTGFGGGLIYEGKVFSGRNNVAGELGHMRLPLDAWFHLGDNAPLLGCGCGKKGCLDSYLSGRGFELLYAHYYGEEKKAIDIIKANAAGDEKAAEHVERFMELLAICFGNIFTANDPHVVALGGGLSNFELIYEEMPKRVPKYLLSVAKCPKIIKAKHGDSGGVRGAAFLNIKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords N-acetyl-D-glucosamine kinase
publication title 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosamine kinase from Vibrio vulnificus.
rcsb
source organism Vibrio vulnificus
total genus 102
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.7.1.59: N-acetylglucosamine kinase.
pdb deposition date 2012-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A02
1BUPA 4FWNA 5AZIA 4A61A 2IVNA 5AQNA 3WEEB 5BPLA 4H5RA 3D2FB 1MDUB 3JXUA 2P9UA 3LDQA 3O1WA 4CI6A 5CE3A 1G99A 1NGEA 1BU6O 2GEMA 1NMDA 4KBOA 4CZMA 1HKCA 2Q1NA 3GE1A 1SZ2A 2D1KA 3SMPA 4QS7A 1RGIA 2ZGZA 3VOVA 2HF3A 3ULEB 4MO5A 2IVPA 4RTFD 3LM9A 4GNIA 1GLCG 4FWMA 3VF2A 3FE1A 4BRQA 1HLUA 4WQ4A 3H1VX 1HJOA 3ZETA 2CGKA 3CJ9A 1NWKA 2W40A 3MN9A 4MO4A 1IJJA 4A2AA 2D0OA 3WXLA 3QMLA 1J6ZA 2P9KA 3W0LA 3D2EA 1ATRA 3CJCA 2ZF5O 1BOTO 4XEIA 4XH5A 3CERA 4B1UB 2Q36A 4FPBA 3O5BA 4B1ZA 1NGAA 3ENOA 5AQRA 3FZKA 4FSVA 1WUAA 2YCHA 3QBWA 3ZEUA 3CJAA 2D4WA 1GLBG 2EWSA 4BRIA 4Y0WA 4JD2A 3O4WA 4O5FA 3DXMA 2A6AA 3WQUA 5AQZA 3BUZB 2W41A 3DXKB 4K42A 3CI5A 1RFQA 5AZIB 2YI1A 1YVNA 4HWIA 1BA0A 2P9PA 5EXWA 4BRDA 5JLHA 4J8FA 4QS9A 4JHDB 2P9NA 5AQMA 3U8XA 1GLDG 3QICA 1V4TA 4CZIA 2GTDA 5AQQA 3A5NC 2CGJA 3SK3A 4FWQA 1CZAN 3H46O 4YDUC 2E2PA 2P9LA 3VEVA 5EVZA 3TPQA 1Q18A 4CBXA 3ENHA 4FWLA 3VEOA 4FWRA 2ASMA 4H0PA 3C0BA 1NLVA 2V52B 3LM2A 1QQMA 3M3ZA 4M63C 3WQTA 4BVOA 5LJVA 2YHWA 4IWVA 3VESA 2P9KB 2UYTA 4B1WB 4FL9A 3EL2A 4CZFA 1DEJA 2PBDA 4IXCA 3O8MA 4BGAA 5BRDA 4B1VA 2QWMA 3CQXA 5AQPA 3UB5A 4I6MB 5AQIA 4FOIA 2ZWHA 4BVPA 4CD1A 3SMSA 2BTFA 1K8KA 1S3XA 4XH1A 4H0YB 2AP1A 4BC5A 4JD2B 3WUHA 4XH4A 3UE5A 5AQOA 3C7NA 1Z05A 2HOEA 5E26A 5LY3A 1P8ZA 2GUPA 3UKUB 4BRLA 2ZGYA 4H0VB 3A8YA 3I33A 1TUUA 2ASOA 4Z94A 4M7YA 2P9PB 3IDHA 4H5VA 4H5WA 2P9NB 3CETA 2F9WA 5AQXA 5EX5A 2E2OA 3M6GA 2E8AA 1EQYA 3QFUA 1NM1A 3DJCA 3EKSA 1U2VB 1NBWA 1LCUA 3R8EA 4CZKA 2IVOA 2P9IA 1MWMA 4CBUA 5BPMA 3QFPA 2Q31A 3VEWA 2V7YA 2I7PA 2FF6A 3AARA 4IZ9A 4BRMA 4ISGA 2QW9A 3H1QA 4BRNA 2GWJA 3WXKA 4LC9B 4CJ7A 2Q2RA 3MCPA 3FGUA 3ZX3A 4PKHA 2CGLA 1KAZA 1BWFO 2V51B 4DCHA 3UKRB 5AQTA 3R9PA 4BR4A 2F9TA 3MN6A 3WT0A 1V4SA 3DWLA 5AQLA 4BRGA 2A5XA 3CIPA 1K8KB 2OANA 2E20A 3QB0A 5ADXH 1QQOA 5KQ8A 4BRAA 3BF1A 5AZJA 3CJ1A 5LJWA 1U6ZA 1S22A 2E2QA 5BRFA 1MA9B 3VF4A 2J4RA 2FXUA 3FZHA 3ATUA 2QWNA 3MK6A 2P9SB 1X3MA 3L4IA 3SJHA 1OKJA 4FWKA 4AM7A 2E1ZA 2H3GX 3IUCA 4H5NA 3LDNA 1TUYA 5F1XA 3L6QA 2CH6A 4K25A 3O6WA 4L3QA 3RSEA 5BRHA 3KVGA 3U9DA 1JCFA 5BN9A 1SQKA 4WQ4C 1ZBSA 2P9UB 3CJ7A 1ATSA 4RWTA 1HUXA 5AQJA 2Q97A 3VETA 1C0FA 4CZGA 4DHYA 4EHUA 3IMXA 4H0TB 2YHXA 3LDPA 3DAWA 2QWPA 4PL8A 4NB4A 4A2BA 3LDLA 3HM8A 1KXPA 4BROA 3D7EO 5B8HA 4QS8A 4C23A 3ZETB 2HF4A 4MLEA 1YUWA 3M1FA 3SLCA 3GOIA 5KPZA 1TYQA 2QWLA 2YJEA 4A62A 3CJBA 5JMVA 3A0IX 4CZLA 5ADXA 2NRHA 1HPMA 3WEEA 4JN4A 1GLLO 2A3ZA 3D2EB 3R6MA 4K41A 3A5MC 3MN7A 2VWBA 5AQVA 1DKGD 1ZXOA 1XUPO 2D0PA 2HMPA 1GLEG 3VGLA 2ITMA 5EY4A 3HBTA 4IJNA 3ZEUB 3A5LC 1H1VA 3VF6A 4O8KA 4NO7A 4BG8A 2E88A 2YHYA 3ULEA 1QQNA 3DXMB 3GBTA 1D4XA 3VPZA 1NGJA 1NGGA 1X9JA 4IJAA 2FSKA 4BRPA 2WUSA 3AY9A 3FR0A 4BQZA 3W3DA 4GY2B 4FWOA 3P4IA 4BR7A 3VGMA 1R59O 4BRFA 3G25A 1Y64A 1E4GT 3FZMA 5BR9A 3ID8A 5AQHA 2BUPA 2IIRA 4FWPA 4WQ5A 2KHOA 3TU5A 3BF3A 1WOQA 2DPNA 1Z6RA 4B1YB 4K43A 5FPDA 4BREA 3U9ZA 4M7XA 2P9LB 3ZX0A 5AQSA 1JCEA 4BRHA 1QHAA 2A40A 4BR2A 3KHYA 1NGHA 4EFHA 4H0XB 4CZJA 2VYPA 4BC4A 1GLJO 1NGDA 3DXKA 3HZ6A 3MDQA 1LOTB 1YAGA 4B9QA 4RCHA 1YXQA 4EAHD 4JHDA 3VGKA 3VENA 1XQSC 5BREA 4FWSA 1KAYA 4FO0A 3FFKB 3O80A 2PAVA 3H3NO 1MWKA 4BR5A 4WQ5C 5I9EB 4DB3A 5AFUH 2E2NA 1HKBA 1HX1A 1T6DA 5FPMA 1HKGA 2FSNA 3C7NB 3WXJA 4BC2A 5AQKA 2YJFA 1IG8A 3S41A 3ZX2A 4E1JA 2E1YA 2QWRA 2QM1A 3IFRA 2A42A 5KQDA 4BRKA 3QBXA 3BP8A 3EKUA 3U4LA 4IO8A 3JS6A 3EO3A 5F2RA 4JAXA 4YDUA 1NGIA 5AR0A 5FPEA 4BC3A 2FLOA 1QZ5A 2I7NA 4I6MA 1NGBA 4H0OA 1NGCA 2P9IB 4BRCA 4FOEA 4WYBA 5AQUA 2QWOA 1SAZA 3OHRA 4CD3A 3GDQA 3O1BA 1NGFA 2QWQA 3MMVA 4ISFA 4MLHA 1BDGA 4BG9A 3FZFA 1RDWX 1E4FT 4FPAA 3ATVA 5JLFA 3UKUA 1T6CA 2GWKA 5KPRA 3VEYA 5FPNA 1X3NA 2NZTA 4BQLA 3EN9A 4ISEA 1GLAG 1BA1A 2VCPA 4BR0A 5AQGA 5BN8A 3FZLA 3MN5A 3F9MA 2ASPA 5E84A 1KAXA 1T44A 3D2FA 1U2VA 3LL3A 3QDKA 5AZJB 4BR9A 4CZEA 4EIAA 5AFUA 2GELA 1QZ6A 4AM6A 5AQFA 5F0XA 2CH5A 3WXIA 4EHTA 3O08A 4CBWA 4DQ8A 4H5TA 2A41A 1GLFO 3CHWA 3H3OB 4PKIA 3LDOA 2FSJA 4PL7A 4CZHA 5KPTA 3B8AX 1DGKN 3RSEB 3EZWA 4B1XB 3KZBA 1C0GA 3J8AA 2Q0UA 1XC3A 4PKGA 3H45C 2NLXA 3AAQA 3UKRA 3H6EA 5EOYA 2FF3B 5TKYA 3AAPA 5ELZA 2V7ZA 4HTLA 3VEXA 3A5OC 3HSCA 1ESVA 2QXLA 4F9OA 5BPNA 3VERA 4BGBA 1JCGA 3GL1A 1ATNA 3I8BA 3HI0A 5JICA 3HTVA 1BO5O 1ZC6A 2P9SA 3L0QA 4H03B 3FLCO 5AQYA 3CQYA 2Q0RA 5AQWA 4JNEA 3BEXA 3VEZA 1BG3A 1TYQB 3GG4A 2AA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A61A 3E9OA 3WEEB 4H5RA 1ZBFA 2P9UA 3HVTA 3VQPA 2F8SA 1HNVA 4LH4A 2KTQA 1G99A 4OPHA 1NGEA 3L2VA 3BZCA 1NJWA 1HKCA 2Q1NA 2QXFA 1N34K 1SZ2A 3OYEA 3CQ8A 1RGIA 3VOVA 2HF3A 1NNEA 3NF6A 1S9EA 2IVPA 4DV5K 4JYAK 2PY5A 1TKTA 4CJEA 4QOZB 5C10A 2QKBA 2W40A 4A2AA 4DSJA 3WXLA 4G1QA 4RW9A 3KLFA 3VQ8A 3C65A 3SQ4A 2ZF5O 2Q36A 4FPBA 3O5BA 1NGAA 3ENBA 4FLWA 2YCHA 1Z26A 3QBWA 3CJAA 2D4WA 4PHTX 4KFBA 1YJ9N 2RPIA 3DXMA 2HBMA 2FBXA 3S3MA 2W41A 3DXKB 5HRNA 4KREA 3DLBA 1RDDA 4E19A 4Y1DA 3AVJA 3ULDA 4BRDA 1BIZA 2P9PA 4AHCA 4CERA 1UA1A 4QS9A 3K9KA 2UUCK 3O3FA 5AQMA 1VQ9N 3AA3A 1V4TA 4CFBA 4JKFA 3A5NC 2CGJA 4JLHA 1BGXT 4EP5A 4JI3K 1CZAN 3H46O 4YDUC 1RDAA 1BQMA 1IBKK 1LW2A 4FJJA 3ENHA 3WNGA 1NK8A 1U48A 1XHXA 4HUGA 4J2BA 4FWRA 3M8SA 2W6KA 1NLVA 2V52B 3M3ZA 3CFOA 1FK9A 4M63C 4YY3K 3OYFA 3QNOA 1BISA 3VESA 4OLBA 4IXCA 4B1VA 3P39A 5KGWA 2Z1IA 4CFDA 2FBVA 2XRIA 4ELTA 3CG7A 1OH7A 4H0YB 3LALA 3SUQA 1BI4B 1RBRA 5I3UA 1K9MO 3HSTB 5M1QA 1X1PA 3TI0A 4B08A 3C7NA 4E1MA 1RT6A 2HOEA 3ZSOA 5LY3A 4JI8K 4HUFA 3I33A 4R5PA 2ASOA 3OY9A 4DSFA 4FJHA 2P9NB 3VQAA 4JK8A 4MQ3A 1S1TA 1RBTA 3PX4A 2RN2A 2W6LA 1EQYA 3QFUA 3HXMA 3DJCA 1W9HA 3SYZA 4GVEA 3AO1A 2IVOA 4CBUA 1YTAA 4CJUA 4E0DA 4JKAA 4KV8A 4BRNA 1ITGA 1WLJA 2O8FA 4K0KK 2Q2RA 4OKEA 3T1YK 1EETA 2HBKA 3K5NA 3ZX3A 2CGLA 3VQ6A 1KAZA 4NLBA 4WFBL 1T8EA 3CPEA 4CHQA 3EE8A 3O9SA 3UKRB 1VSJA 2F9TA 4JI7K 3SAGA 5GADP 1K8KB 1TL1A 2OANA 3CIPA 3V1OA 1QQOA 3CMEN 1CZBA 4M3XA 1HNIA 3SV3A 1JLGA 1U6ZA 4DQPA 5C2DA 3A2FA 3FZHA 4B9VA 3WNHA 2QWNA 3MK6A 4GVMA 1X3MA 3SJHA 4R79A 2E1ZA 1L5UA 4M3WA 4DS4A 3IUCA 4H5NA 4TSXA 3B6OA 4YOXA 5F1XA 3CFRA 4HTUA 1VQPN 4L3QA 2O8CA 3KVGA 2G8KA 4KHSA 4JRPA 1JCFA 4DTUA 4O55A 1IKXA 1EO1A 1ATSA 1N36K 4RWTA 5BR8K 1HUXA 3OYMA 3U3YA 2Q97A 4DU3A 3D6RA 1J53A 3AVBA 1VSHA 4CZGA 3EYZA 3NHGA 4H0TB 4W5OA 4IDHA 4CJVA 5I42A 2QWPA 4PL8A 3THYB 4NB4A 3LDLA 1Q81O 3HM8A 1KXPA 4QS8A 4M41A 4MLEA 1YUWA 1XI1A 4B9SA 3F5TA 1TYQA 4O5BA 3A0IX 3RRGA 2NRHA 1RDUA 1Q7YO 3WEEA 1GLLO 3D2EB 3NGYA 3A5MC 1K6YA 2VWBA 4DU4A 4HCCA 3TR8A 1YIJN 1LWCA 2HMPA 4A57A 3VGLA 4LF6K 4LF9K 4C1NK 3DI6A 3ZEUB 4BG8A 3RRHA 3VTHA 1QQNA 3C6AA 4KO0A 3GBTA 1D4XA 3VPZA 2HBJA 4JKEA 1X9JA 4I9LA 2OTJN 4DTJA 4BE0A 3TWHA 3SV4A 1S1VA 4BRFA 1M90O 1R59O 3E01A 3G25A 2X74A 1E4GT 5GAGP 5HP1A 4NXMK 4G9ZA 4LSLA 2KHOA 3HOSA 3VN5A 1KSPA 1BCMA 3HP6A 1T3VA 2P9LB 1YJWN 1JCEA 4JKHA 1KTQA 1QHAA 2WONA 4ICLA 4BR2A 3KHYA 1IKYA 5GAEP 3B6PA 3VQ9A 2VYPA 5LL6Z 3KJVA 4FLUA 4KAZA 1NGDA 3DXKA 2VGMA 3MDQA 4DQIA 2HHVA 4B8CA 4B9QA 4YFUA 5K14A 1S6PA 5J2MA 3S3OA 1C0TA 3VQDA 1MWKA 4WQ5C 4RW6A 2UU9K 4DB3A 4KH5A 2E2NA 1ZBUA 1T6DA 4CEEA 3OYLA 1TK8A 1HKGA 2FSNA 4I2QA 1YITN 4IKFA 4BC2A 2RE2A 1IG8A 1IH7A 2QWRA 5IT9O 3TTFA 3K5LA 4DF4A 3C6HA 1VRTA 4BRKA 3HPGA 4IO8A 3EO3A 4IEEA 4JAXA 4YDUA 3WXMB 2G8IA 5FPEA 4BC3A 1NGBA 4NCAA 3LP2A 4CF9A 3AVNA 2QWOA 3QNNA 2ZD1A 4HUEA 4CD3A 3MMVA 4HCBA 4MFBA 4E7JA 4BG9A 3FZFA 4F3TA 1RDWX 1E4FT 4FPAA 4JKCA 5JLFA 4OPKA 3SQ0A 3CCJN 4O0JA 5FPNA 2NZTA 4B9TA 3EN9A 1QSLA 5D3GA 1GLAG 1JJ2M 3T69A 4DV1K 5AQGA 2G8WA 3HYFA 2YHAA 4IEIA 5HRRA 3V81A 4CEQA 4KHUA 3F9MA 3P31A 2E6LA 2Y1JA 4BR9A 3QDKA 3KKRA 4OX9K 5HRPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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