2A6AA

Crystal structure of glycoprotein endopeptidase (tm0874) from thermotoga maritima at 2.50 a resolution
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
193
structure length
193
Chain Sequence
MNVLALDTSQRIRIGLRKGEDLFEISYTGEKKHAEILPVVVKKLLDELDLKVKDLDVVGVGIGPGGLTGLRVGIATVVGLVSPYDIPVAPLNSFEMTAKSCPADGVVLVARRARKGYHYCAVYLKDKGLNPLKEPSVVSDEELEEITKEFSPKIVLKDDLLISPAVLVEESERLFREKKTIHYYEIEPLYLQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an essential bacterial protein YeaZ (TM0874) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Hydrolase
molecule keywords hypothetical protein TM0874
total genus 55
structure length 193
sequence length 193
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA01
3.30.420.200 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA02
3A8YA 3VPZA 2P9IA 1QHAA 5AQQA 4XH1A 3W3DA 4EHTA 1YUWA 4H0VB 4BVOA 5BPNA 1LOTB 1GLFO 4PKGA 4H5WA 1KAYA 3D2FB 1U2VB 2IIRA 1NGJA 3MN9A 3VEVA 4JD2A 4PKHA 3H46O 5LY3A 4WYBA 3SMSA 1K8KA 3M1FA 3WEEA 4WQ4A 5JLHA 4IWVA 5AQLA 1OKJA 3H1VX 5AQMA 3WUHA 1QQMA 4FWQA 5AFUH 4A2AA 3C7NA 4E1JA 2CGKA 3CJ7A 3I33A 2E20A 3C7NB 3CETA 3ULEB 2VYPA 3UKUA 3HM8A 2V51B 3ZX2A 2NZTA 4WQ4C 3GDQA 5F1XA 5ADXA 5AQIA 1YAGA 3LDPA 4DQ8A 3O8MA 1BA0A 3H6EA 2CGLA 2E2QA 1C0FA 2P9LB 4XH4A 1LCUA 3RSEB 3HTVA 2ASPA 5E84A 1G99A 4BC5A 3VEWA 5JLFA 1T44A 3G25A 3P4IA 1KXPA 4FOIA 1HKCA 2YHYA 4B1YB 5KPRA 5FPEA 3IMXA 2IVPA 2P9KA 1HJOA 3FZKA 1NGCA 1R59O 2D0OA 4CBWA 3R9PA 2E2PA 4FWSA 5F2RA 1TUYA 2GEMA 4BRFA 2WUSA 3UKRA 4F9OA 1ZC6A 2P9PB 2FSNA 5BPMA 4QS9A 5AZIA 2BUPA 1BUPA 5I9EB 4BRIA 5AFUA 3LM9A 3WXJA 3LDOA 4B9QA 4CBUA 1BA1A 5KQDA 3DXMB 3IDHA 5BN8A 4AM7A 4FSVA 4CD3A 2P9KB 5BPLA 1HUXA 1X9JA 3QFUA 2BTFA 1MDUB 5B8HA 1MA9B 4ISFA 1S3XA 3QB0A 4M7XA 5AQWA 4BRPA 1DGKN 3LDLA 3ENOA 3VETA 2QM1A 3W0LA 4H5NA 1JCGA 2FSKA 1BWFO 4NO7A 3CJ9A 3C0BA 3IUCA 4BROA 4K25A 5BRDA 2QXLA 3TU5A 2OANA 3H1QA 1NGFA 2Q1NA 4BR7A 4J8FA 1JCEA 2FF6A 5FPDA 4EIAA 2ZWHA 3ID8A 1NGBA 4YDUC 5JMVA 4A61A 4K41A 4B1UB 4BC4A 4BRMA 2V52B 3U9DA 2YJEA 4MO4A 1V4TA 2GTDA 2QWNA 2QWPA 4FWNA 2FXUA 5E26A 1NBWA 3GBTA 3ZETB 5AQXA 3MDQA 2FF3B 5EOYA 1C0GA 1IG8A 4BRHA 3R6MA 3WQTA 2I7NA 3CJCA 3O1BA 5AZJB 5AQNA 4CBXA 4AM6A 1X3NA 1NM1A 5AZJA 3SJHA 1S22A 4QS7A 4BRCA 3CHWA 2VWBA 3FZMA 5AQRA 4BREA 3BEXA 4FWMA 4EHUA 1BDGA 2YCHA 4MO5A 3MK6A 1DKGD 2DPNA 4BGBA 1NMDA 1TYQB 2NLXA 3D2EA 3ATUA 4MLHA 2D1KA 2ZGZA 4FOEA 3LM2A 5AQVA 2P9SA 4FWRA 4MLEA 3ENHA 1GLDG 5AR0A 3CJBA 5BN9A 3KHYA 1D4XA 3LDNA 4H0YB 2HF4A 5AQJA 3D7EO 3O5BA 4HTLA 4CZGA 2Q31A 3CI5A 3HZ6A 3O1WA 2A40A 2IVOA 3H3OB 2FSJA 5AZIB 3A0IX 3TPQA 1E4GT 2P9PA 3QBWA 2A41A 1KAXA 5AQGA 1TUUA 4BRGA 3VF2A 4BGAA 4A62A 1E4FT 4DHYA 3H3NO 3MN6A 3QFPA 4BQLA 3A5NC 4H0TB 4BRQA 5AQYA 5KQ8A 4IO8A 3DXKB 3AAPA 3FFKB 3KVGA 4H0OA 3DXKA 4BR9A 4BR0A 3VERA 4BC3A 1NGGA 4H5RA 1NWKA 4GNIA 4PL8A 4LC9B 1XUPO 5F0XA 1NGDA 5TKYA 4K43A 2AA4A 3O6WA 4FWPA 3M3ZA 4KBOA 2QWQA 2E88A 3VGLA 1XC3A 4C23A 3FZLA 3J8AA 2P9IB 3VESA 4BRNA 3O4WA 3WQUA 5EXWA 4PL7A 4CZIA 4CZMA 3S41A 4H5VA 4BVPA 3CQYA 2UYTA 3SMPA 1RGIA 1GLJO 3WXLA 3DJCA 3UKUB 3WXKA 2D4WA 4BG8A 1J6ZA 3F9MA 2GWJA 1HKGA 2FLOA 2HMPA 3HI0A 3LDQA 4XH5A 1NGEA 4BQZA 1P8ZA 3HSCA 2NRHA 2KHOA 1NLVA 3FZFA 4B1WB 4BRDA 3O08A 3BF3A 1YVNA 3KZBA 3L0QA 5AQFA 2GWKA 1Z05A 2HOEA 4H0XB 5BRHA 1BG3A 3GOIA 4EAHD 3A5LC 3GG4A 5FPNA 4B1XB 1BO5O 4L3QA 1Z6RA 3ZX3A 3SLCA 3B8AX 1XQSC 4IZ9A 2V7YA 3EKUA 4M7YA 3DWLA 1QZ5A 5BRFA 4FPBA 1NGIA 3UB5A 3D2EB 5AQHA 2VCPA 1H1VA 4I6MB 4JNEA 1RFQA 3VEOA 4IJAA 2J4RA 3AY9A 1Q18A 1GLLO 3L6QA 1IJJA 2GUPA 5AQKA 5AQSA 3EL2A 5LJWA 1MWKA 4BRAA 3ZEUA 3UKRB 4H5TA 2YI1A 4K42A 4JHDB 1MWMA 3ZX0A 2ASMA 2HF3A 3QMLA 4ISGA 3VF6A 5CE3A 4I6MA 2E2OA 3FR0A 3L4IA 1GLAG 1SZ2A 3HBTA 2E2NA 5EY4A 1QQOA 1ATSA 2Q36A 4B1VA 3UE5A 2I7PA 1NGAA 4CZEA 3BF1A 1YXQA 1BOTO 4CZJA 2Q0UA 3AARA 1ATNA 1SAZA 3MN7A 1GLBG 1HKBA 3BUZB 3MCPA 4JHDA 5FPMA 1BU6O 2PAVA 3VF4A 2A3ZA 4CJ7A 2E1YA 1ATRA 2F9WA 2ITMA 3VOVA 2P9NB 3BP8A 3WT0A 4WQ5C 4IXCA 4O5FA 3ZETA 2P9UA 2A42A 2CH6A 2PBDA 4FWOA 1EQYA 4YDUA 4RWTA 3DXMA 3FGUA 2P9UB 2YHXA 3R8EA 3VEYA 5BREA 3QDKA 5LJVA 4H0PA 2E1ZA 2Q97A 2Q0RA 3A5OC 3CIPA 3GL1A 4FPAA 2W40A 1U2VA 4CZLA 4DCHA 1WUAA 4JD2B 5AQZA 1V4SA 1SQKA 1U6ZA 3D2FA 5AQTA 3MMVA 4ISEA 2CGJA 2QWMA 2V7ZA 1GLCG 3JS6A 1HX1A 1CZAN 4Y0WA 4BR2A 1GLEG 2A5XA 4NB4A 4CZFA 4HWIA 4RTFD 3AAQA 3CERA 2CH5A 2YHWA 4GY2B 3SK3A 2P9SB 4CI6A 3JXUA 4BR5A 4FWKA 2ASOA 2IVNA 4Z94A 3VGKA 1T6CA 4JAXA 4M63C 3ZEUB 4CZKA 1ESVA 1TYQA 1K8KB 4BG9A 3GE1A 3WEEB 3FLCO 1HLUA 1T6DA 3LL3A 5BR9A 3QICA 3RSEA 2W41A 4XEIA 3VEXA 3H45C 4A2BA 1RDWX 1JCFA 5ELZA 1KAZA 2QWOA 3CJ1A 3QBXA 3OHRA 5EX5A 1X3MA 2QWRA 3ULEA 1HPMA 4FO0A 2GELA 4O8KA 3IFRA 2F9TA 4PKIA 2QWLA 1QZ6A 4FL9A 3CJAA 4RCHA 4CD1A 3EO3A 4CZHA 3U8XA 3EZWA 5KPTA 1Y64A 1WOQA 4WQ5A 3FE1A 4BRKA 4DB3A 3MN5A 3U4LA 5AQUA 2A6AA 2P9LA 2YJFA 2ZGYA 5EVZA 4EFHA 5ADXH 2QW9A 1NGHA 4BC2A 2ZF5O 1QQNA 2E8AA 2Q2RA 2H3GX 1DEJA 3VENA 1ZBSA 2D0PA 5AQOA 4H03B 3I8BA 3FZHA 4IJNA 3O80A 1ZXOA 3DAWA 2AP1A 3M6GA 3U9ZA 3CQXA 3VGMA 3ATVA 4QS8A 5JICA 2EWSA 4FWLA 4JN4A 4B1ZA 3EKSA 4BRLA 5AQPA 5KPZA 3WXIA 3EN9A 2P9NA 4BR4A 3A5MC 3VEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QS4A 2WBNA 5AQQA 3V9WA 3WNFA 4H0VB 1YF5L 4B9LA 2IOCA 3WNGA 1LWFA 4JD2A 4W5QA 4PKHA 3M1FA 2X6SA 4LF9K 3HK2A 4DQPA 3E9LA 4UY8O 4JKDA 5AFUH 2OYQA 4E1JA 4DSKA 1YTUA 4JLHA 5LMNK 3RRHA 2E20A 3CETA 5M1NA 3HM8A 2V51B 1HRHA 3ZX2A 5J1EA 3AO5A 1RBSA 4LD0A 4WQ4C 5CYQA 3LDPA 4DQ8A 3J7AP 4MQ3A 4FLUA 4FK4A 1LCUA 3ISNC 3HTVA 3CC2N 3V9SA 3VQDA 4YFUA 3VEWA 4JKCA 1CZ9A 1T44A 3QEIA 3V4IA 2YNIA 2YHYA 4C1NI 1JKHA 3FZKA 2HNDA 4CJQA 3R9PA 2BGGA 2XO7A 2GEMA 4BRFA 4IG3A 4PY5A 2HBMA 2R7YA 4NCBA 3KTQA 1QHTA 1LWEA 5AFUA 3WXJA 4EP5A 1BA1A 4W5NA 3IDHA 4FSVA 3TSQA 4PUOA 3T3FA 3RMAA 2GBZA 1IG9A 2GX9A 1TVRA 3S3MA 1WLJA 2BTFA 4M41A 4CEOA 4CJ3A 3KK3A 2G8IA 3R1XA 3TABA 1UA0A 1DGKN 5HRSA 3VETA 2F96A 3L4QA 4CHPA 4FJHA 1JCGA 3N4PA 2FSKA 4NO7A 1HR0K 3CJ9A 3IUCA 1JLFA 4K25A 5BRDA 4DTUA 2QXLA 3ZT3A 4X66K 3OYMA 3AVJA 1NGFA 5SZTA 3RTVA 4CESA 5DMRA 4E7LA 3QEXA 1KD1O 3WNEA 4AQYK 5JMVA 1NGBA 4K41A 4OPJA 3VN5A 2V52B 3MX5A 4MO4A 1V4TA 1GOAA 5AQXA 3MDQA 3NBPA 5LMUK 5EOYA 2JWKA 3KKSA 2HHWA 1EWQA 3R6MA 5FRMA 4FJ9A 4C8KA 3CJCA 1VHXA 5AZJB 4DV7K 4CBXA 4A57A 1SV5A 1C0UA 2EHGA 1VQ9N 2QEXN 4CFBA 4BRCA 1NJYA 1OH7A 4IO9L 4M3YA 4YY3K 2XY8A 5JS1A 4M3RA 3LP1A 2YCHA 4MO5A 2QKKA 4HCCA 1DKGD 2HW3A 1NMDA 1TYQB 4LSNA 1Z25A 4I7FA 1CXQA 5CY4A 4N41A 3HL8A 3LZIA 4LFAK 4DSEA 3D0PA 4FOEA 3LM2A 5AQVA 4FWRA 5GINA 2QI2A 3ENHA 4FK2A 4DV6K 3PX0A 1RDBA 3KHYA 3KIOA 3KK7A 4DV0K 1RT4A 3HP9A 4YOTA 1HYSA 4AF1A 3O5BA 3S3NA 3EEQA 5SWMA 4EZ6A 4IBNA 2A40A 3A0IX 3CFPA 1TGOA 2P51A 4B3MK 3I0RA 3QBWA 2G8WA 4CFAA 4BGAA 3KK1A 2YX6A 1E4FT 1Q82O 1O13A 3CC7N 3C94A 5JVGL 4BRQA 3FFKB 2X78A 3VQBA 1ZBLA 4DFJA 3DXKA 1RT3A 4KPYA 4H5RA 3F2KA 4O55A 4LC9B 3HM9A 3T1AA 5F0XA 3WXMB 2W6LA 3J81O 4FJXA 3M3ZA 5C2FA 4LF6K 1EXQA 3VGLA 4O4GA 4ZTJA 3J8AA 3VESA 4NXNK 3O4WA 3WQUA 3V1QA 4AHSA 3S41A 2Z1IA 4H5VA 3EZ5A 5DK5A 3K5NA 1FJGK 1RGIA 4CEFA 4EZ9A 4BG8A 4U7BA 3F9MA 1RT2A 3HI0A 3FFIA 4JI4K 5HROA 3HSCA 3FZFA 4BRDA 1VQKN 4FJLA 4LFCK 5CZ2A 3OYEA 2JWLA 2HOEA 4B08A 5HRNA 3U3YA 3GOIA 3A5LC 2OPRA 1XI1A 4X65K 4GMJB 1K6YA 1OVYA 1XQSC 4FJ7A 4ELUA 1JL1A 2FBTA 4FPBA 2JGUA 1ZBHA 1DTQA 1B9DA 1RFQA 3AV9A 4IJAA 2J4RA 1KSPA 4DMNA 3AY9A 1X9MA 3CF5L 2GUPA 4JRPA 3JAMO 1TKDA 4YOXA 4JI5K 4CEQA 2QKBA 4KHUA 4OGCA 4H5TA 3HP6A 4E19A 4K42A 3C6HA 2PZSA 4O44A 3QMLA 1QTMA 3VF6A 2B5JA 4I6MA 1WB9A 3FR0A 3ZSVA 1QSYA 3TAPA 1NNEA 4LH5A 1S1UA 4DLEA 3K59A 1VQON 4X64K 4JK9A 4J2EA 1HYVA 4JHDA 5FPMA 4DR3K 1NU0A 1BU6O 2PAVA 2A3ZA 4CJ7A 3THVA 2F9WA 3CYMA 3NH1A 3TR8A 1RTIA 2P9NB 1KLNA 4FJKA 3WNHA 3LWLA 3CFOA 3AVFA 4RWTA 3R8EA 2YHXA 4NLCA 2X74A 3LPTA 1VSLA 4M3TA 3CIPA 4FPAA 4TSXA 3B6OA 3HVTA 1F21A 5DM6L 1NMNA 2YKMA 5AQZA 1V4SA 3NH2A 1U6ZA 3O9RA 2CGJA 2F8TA 5HRRA 1OH6A 2V7ZA 4FW2A 1LW2A 2RE2A 1NK9A 4Y0WA 2A5XA 1N36K 1L5UA 2CH5A 4MDBA 3SK3A 2KQ2A 4CI6A 3O3FA 3JXUA 3PO4A 4CECA 4FWKA 3KJVA 3LDSA 3LALA 3K5OA 1RT5A 4I2QA 4CZKA 1NJZA 1K8KB 1YITN 3GE1A 3FLCO 2HHVA 3QICA 2OPPA 2VGMA 3SV4A 4XEIA 2OPQA 4JK7A 3VEXA 4A2BA 1KVCA 5JS2A 1JCFA 3NCIA 4C8LA 3SQ4A 1T8EA 3OVNA 4PKIA 2EX3A 3IFRA 3L2WA 4CIEA 3CJAA 3HJFA 4CD1A 3EO3A 4RG8A 4CZHA 3I56N 3TAFA 5CR4A 4G9ZA 3MN5A 1NOYA 4FXDA 4CJKA 4YHHK 2P9LA 2YJFA 2XRIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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