2A6AA

Crystal structure of glycoprotein endopeptidase (tm0874) from thermotoga maritima at 2.50 a resolution
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
193
structure length
193
Chain Sequence
MNVLALDTSQRIRIGLRKGEDLFEISYTGEKKHAEILPVVVKKLLDELDLKVKDLDVVGVGIGPGGLTGLRVGIATVVGLVSPYDIPVAPLNSFEMTAKSCPADGVVLVARRARKGYHYCAVYLKDKGLNPLKEPSVVSDEELEEITKEFSPKIVLKDDLLISPAVLVEESERLFREKKTIHYYEIEPLYLQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Structure of an essential bacterial protein YeaZ (TM0874) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords hypothetical protein TM0874
total genus 55
structure length 193
sequence length 193
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA01
3.30.420.200 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA02
1MA9B 5AQHA 4L3QA 3LDQA 1QZ5A 2A6AA 3FLCO 2P9KB 3VF4A 3U4LA 3WXLA 3ZX2A 2NRHA 4BRNA 4B1YB 2A41A 3L0QA 3FZHA 1ATRA 5BN8A 2IVPA 4BR7A 3JS6A 3OHRA 5KPTA 1BG3A 4BG9A 3VGMA 1JCFA 1JCGA 3I33A 4DCHA 3B8AX 3LM2A 1E4GT 5ADXH 2GEMA 4ISFA 2QWQA 1BA0A 3D7EO 3O08A 1SZ2A 1KAYA 3KHYA 3M1FA 4BG8A 3C0BA 1NGDA 4I6MB 4BRKA 3MN6A 3SLCA 3D2FB 3O6WA 3O8MA 4H5RA 4BRDA 2QXLA 1ATSA 1G99A 3A5MC 3A0IX 3GG4A 3ZETA 2P9IB 2D0OA 3DJCA 4XH1A 4BVPA 4MO4A 4A61A 1GLJO 4Z94A 4JHDB 5LJVA 5AFUA 2EWSA 3CERA 3CQXA 2P9NA 4PKGA 4JD2A 3HBTA 1J6ZA 2E1YA 5BR9A 4HWIA 3HI0A 1T6DA 4IXCA 2IVNA 2HMPA 4FWOA 2HF4A 1NGFA 4FWSA 2E2OA 3UE5A 3VESA 1QZ6A 2GWKA 3CJAA 4JN4A 4A2AA 3WEEA 4EFHA 5BPMA 1NBWA 4FO0A 5AQJA 3A5OC 5EY4A 2Q1NA 2DPNA 2VWBA 3P4IA 4NO7A 4RTFD 3VENA 5AZIB 3LDLA 4H0PA 4EAHD 4WQ4A 4XH4A 5AQKA 2QWLA 3FFKB 1YXQA 1GLLO 4IO8A 5AQSA 4K42A 1T44A 4WQ5A 4KBOA 4CI6A 3QDKA 4FWRA 3SMPA 5E26A 4CZKA 1XC3A 4PKIA 1WUAA 4O5FA 1S3XA 4H0TB 5AQXA 1ATNA 4I6MA 3AARA 4MLEA 3VEXA 4BRLA 1QQOA 2QWMA 3U9ZA 4CJ7A 4BRHA 3D2FA 2E2QA 1HJOA 1K8KA 3O4WA 3DXMA 3O1WA 4DQ8A 4CBUA 2A3ZA 3CJBA 4NB4A 1IJJA 3O5BA 5BN9A 5BREA 3SJHA 3EKSA 1XUPO 4BRFA 2CH6A 2V52B 3I8BA 2P9NB 1E4FT 4JD2B 1WOQA 4CD1A 1ZXOA 4CBWA 1RGIA 5FPEA 1DKGD 2Q97A 1GLFO 5LY3A 3LM9A 2ITMA 1BO5O 1NGEA 3VEWA 4BR2A 4BRMA 2QWRA 5AQQA 3CHWA 1Q18A 3S41A 5AQNA 4CBXA 5AZIA 3RSEA 1R59O 2P9SA 3FZKA 1NGHA 4H5WA 4B1WB 5EVZA 4CZIA 1KAZA 1MWKA 5F0XA 3QBWA 1JCEA 2W41A 5JLFA 3ULEB 1Z6RA 2ZF5O 3BF3A 1GLAG 3EO3A 1HUXA 3ZX3A 4BQZA 3AAPA 2QW9A 1GLBG 1NM1A 3HTVA 3DXKA 2KHOA 3GL1A 3WQTA 2BUPA 3KVGA 2WUSA 2CGJA 3VEZA 1RFQA 5KQ8A 3H1QA 4IJNA 4DHYA 2CGKA 2I7NA 3JXUA 4H5VA 3VOVA 4A62A 4MO5A 1K8KB 4BVOA 3UKRB 5BRDA 4CD3A 2Q0UA 3DXMB 3MK6A 4IWVA 4M63C 2ASOA 3VGLA 3UB5A 1H1VA 1DEJA 2GTDA 4EIAA 1KAXA 2NZTA 2Q36A 4BR4A 1HPMA 4C23A 4CZJA 3FZFA 3U8XA 5BPNA 4JNEA 3U9DA 1QQMA 4QS9A 4XH5A 1P8ZA 2A5XA 2P9PA 3H3OB 4BGAA 1QQNA 5AZJB 2AP1A 3ENHA 5BPLA 1QHAA 1BA1A 4WQ4C 3MN9A 5AQMA 2OANA 2PAVA 3CI5A 4GY2B 4BRGA 4O8KA 1HLUA 3H6EA 5KPRA 3WXKA 4FWMA 4DB3A 4PKHA 4WQ5C 3TU5A 1NMDA 4CZMA 2J4RA 3ATUA 1GLCG 5AQZA 3RSEB 2P9SB 5AQLA 2QWNA 3AY9A 3W3DA 3A8YA 1C0GA 1RDWX 1CZAN 3WXIA 3CJ9A 2FF6A 1YUWA 4Y0WA 5EX5A 3EKUA 3ULEA 1BDGA 4RCHA 2YHYA 2ASPA 2FSNA 3VEYA 1V4SA 3BP8A 3DXKB 3H3NO 4FWNA 3UKUB 3WQUA 1NGAA 2A42A 3AAQA 2F9TA 3FZLA 3SMSA 5ADXA 2P9LB 1YAGA 2ZGYA 5FPNA 2F9WA 3R6MA 4FPBA 3C7NA 3M3ZA 1T6CA 4BR5A 4B1VA 1BOTO 3VERA 4BQLA 5FPDA 3UKRA 5AQGA 3ENOA 3DAWA 1X9JA 3DWLA 2BTFA 3KZBA 5AQUA 1NGGA 1LCUA 5AFUH 5E84A 3GE1A 1S22A 3ZEUA 2E2PA 2E88A 1V4TA 5AQWA 3WUHA 2P9PB 2V7ZA 1ZC6A 4AM7A 3A5LC 1Y64A 5AZJA 1NGJA 1SAZA 2D0PA 3L6QA 4WYBA 1BUPA 4YDUA 4BC5A 1NGIA 2V51B 1U2VB 5EOYA 2ZWHA 5CE3A 2YJEA 3QBXA 4BROA 2GWJA 3A5NC 2GUPA 2HF3A 3CIPA 3W0LA 4FOEA 4AM6A 1HX1A 3G25A 4PL8A 4BC3A 4M7YA 4BREA 4ISGA 3BEXA 3H1VX 2YCHA 4M7XA 4BC4A 4CZHA 1MWMA 4BR0A 1BWFO 4IJAA 5BRHA 3IUCA 1U6ZA 3H45C 2GELA 4BRCA 3ID8A 3R9PA 3UKUA 4BRPA 1X3MA 3O80A 3WXJA 4BC2A 1GLEG 1D4XA 1HKBA 1NGBA 4B1ZA 3EL2A 2P9LA 3IFRA 4B9QA 2P9UA 3FE1A 3GBTA 4FOIA 3CJ1A 3BF1A 3D2EB 3VEVA 5JMVA 4QS7A 2FSJA 3C7NB 1TYQB 4ISEA 3VPZA 3TPQA 3FR0A 4BRQA 5I9EB 3LDNA 4B1UB 3EN9A 4FWKA 1IG8A 2NLXA 5ELZA 1TUUA 2HOEA 3MN7A 5AQTA 5JICA 3ZEUB 3ZX0A 4H0OA 3HSCA 1DGKN 1TUYA 3CJ7A 5KPZA 1EQYA 1GLDG 3CETA 3QFPA 2Q31A 2H3GX 3M6GA 4H5TA 2IIRA 3VEOA 5TKYA 1ZBSA 4FWLA 2UYTA 1U2VA 4B1XB 3LDOA 3BUZB 4H0VB 3HM8A 3ATVA 1NWKA 4JAXA 2YHXA 4K41A 5AQYA 2YHWA 4BRIA 2CGLA 3HZ6A 2ZGZA 5B8HA 1OKJA 3CJCA 4FSVA 4FWQA 1LOTB 3QB0A 3F9MA 5FPMA 3MCPA 5JLHA 1ESVA 2FSKA 3VF2A 3QMLA 2ASMA 4E1JA 4CZFA 3VGKA 3SK3A 3GDQA 3VF6A 2E20A 2V7YA 2P9KA 1HKCA 4BRAA 5KQDA 2YJFA 2P9UB 4H0YB 4EHTA 3FGUA 2D4WA 1NLVA 1X3NA 1SQKA 3D2EA 3IMXA 3LL3A 4LC9B 3MMVA 1TYQA 4GNIA 2FXUA 2W40A 3LDPA 3EZWA 4FL9A 5AQRA 2VYPA 4BR9A 3VETA 2FLOA 3J8AA 2QM1A 4CZLA 3GOIA 4YDUC 5BRFA 2E8AA 4CZEA 1HKGA 3FZMA 4XEIA 5AQOA 2E1ZA 4J8FA 5AQPA 5AQVA 4H03B 4H0XB 4FWPA 3QICA 2D1KA 1KXPA 2A40A 3IDHA 5EXWA 2PBDA 3QFUA 4PL7A 2YI1A 1BU6O 3MDQA 1MDUB 3L4IA 4K43A 4BGBA 5AQFA 3ZETB 4QS8A 2Q2RA 5AR0A 2P9IA 4MLHA 3H46O 4CZGA 3CQYA 4K25A 2QWPA 2IVOA 4FPAA 2CH5A 3WT0A 4JHDA 4HTLA 1YVNA 1Z05A 2AA4A 2E2NA 3R8EA 2FF3B 5AQIA 4F9OA 5F2RA 5LJWA 4EHUA 2VCPA 4A2BA 1XQSC 2I7PA 3MN5A 2QWOA 1C0FA 4IZ9A 5F1XA 3WEEB 2Q0RA 4RWTA 4H5NA 1NGCA 3O1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O0JA 5AQHA 1WBDA 3OYFA 4L3QA 1VSKA 1QZ5A 3LDQA 4NLCA 4CF0A 4OGCA 3VQ4A 3FZHA 4Y1DA 1U45A 3CM5A 3F9KA 4FJNA 2HVIA 3OHRA 4IDHA 1BG3A 4IFVA 3ZT4A 3CCMN 4CEZA 1JCFA 3OJSA 4PUOA 4DCHA 3B8AX 3LM2A 3O9SA 2P51A 3WNEA 4PHTX 5GIPA 4DV5K 1N33K 2GEMA 3V9ZA 3O3GA 1RT7A 3SPZA 1KAYA 3M1FA 3LAMA 1VQ5N 4C8MA 1WB9A 4B3MK 4BRKA 5J1EA 1VQMN 1S1TA 1QSYA 3CQ8A 4C1NK 3KKSA 3O8MA 4H5RA 4I2PA 1OVQA 1RDAA 4DV6K 3A0IX 4GW6A 3ZETA 4CFDA 2D0OA 2IAJA 4BVPA 3BZKA 2RHKA 1SL2A 5AFUA 2KTQA 2P9NA 1XHXA 1VQON 4OVLA 1T6DA 2IVNA 1BIUA 4FWSA 1NGFA 4Q0BA 1VSJA 4JI2K 1RTIA 5AQJA 3ZT0A 2YNFA 3A5OC 2VWBA 2O8FB 4LY7A 5AZIB 4FYDA 2Z1IA 3LDLA 4H0PA 4B9TA 4DQSA 4O8UA 1WBBA 4XH4A 1GOBA 1HQEA 1VSLA 1YXQA 1HNZK 5KGXA 1B92A 4IO8A 5E41A 1X9WA 4LF8K 4BE1A 3QDKA 1BL3A 1XMQK 1YF5L 3VQAA 3ZSZA 2YHBA 1D5AA 3SYZA 4CEAA 4CZKA 4PKIA 3OS1A 1A5WA 4HUGA 4H0TB 2KZMA 3TSQA 4MLEA 4DTUA 1QQOA 2QWMA 3RMBA 4BRHA 2BANA 4ILHA 3ENBA 4DR2K 3S3MA 3P31A 5KRTA 3KK7A 1K9MO 3L3VA 1IJJA 3ZT1A 1NMNA 3HL8A 3SJHA 3HO1A 1WNSA 3LZJA 4I7FA 4JD2B 1T8EA 1WOQA 1NU0A 2XY7A 4WFAL 1HRHA 3C95A 4CBWA 1VQ9N 1DKGD 3QEIA 3QNNA 1RT4A 3KWIA 1TKXA 3CM6A 4BR2A 3VEWA 1BIZA 2QWRA 3DLBA 3KK2A 1BCOA 1Q18A 3S41A 1TK0A 1RBRA 5AQNA 2IDOA 1S72N 3ASMA 4KKOA 4CZIA 5F0XA 3KK1A 2I5JA 1KVCA 1JCEA 4DTOA 1GLAG 1JLQA 4CF2A 3DXKA 2KHOA 1XC9A 1FK9A 1J53A 3K5LA 3PV8A 2BUPA 3DOLA 3VEZA 1J9AA 3EYZA 2HHVA 2W6LA 1RBVA 3DYAA 4U67L 3VOVA 4JKBA 5M1QA 1TL3A 4BVOA 3E66A 4DF4A 3DXMB 4M3UA 4CESA 1HYSA 3UB5A 4ZTFA 2O8EB 4C23A 4CZJA 4FW1A 3OBWA 3U8XA 5BPNA 3TWHA 4XH5A 2A5XA 1C0TA 1QQNA 1SKRA 4C8NA 4O44A 3CC2N 1QHAA 4CEDA 2HVHA 1RDUA 5AQMA 1I94K 4ELVA 4X64K 4CEBA 3THWA 3AO2A 4DTSA 1RT3A 3WNHA 4DB3A 1NMDA 2NNWA 5AQLA 1MU2A 1CZAN 4CJ3A 1QHTA 1HPZA 3OYEA 3VQ6A 3CCLN 5EX5A 3TR8A 3EKUA 3ULEA 4W5QA 1IKVA 3T7ZA 2ASPA 4JK7A 3H3NO 2ETJA 3OYNA 3AAQA 4EP5A 4CJPA 3SMSA 1VRUA 2YHAA 5ADXA 1VSEA 1YT3A 1YAGA 4CJRA 2ZGYA 1I3AA 1HYVA 1C1CA 4CEOA 1FW6A 5FPDA 1NJZA 3UKRA 4KHPK 3KZBA 3MXMA 3HP6A 2HBJA 2D0BA 5C15A 4K8XA 1WSIA 2DTUA 4IDKA 4CJEA 5AJ3K 1TKDA 3NF9A 3AVIA 1XNQK 1LW2A 2V7ZA 1LW0A 3ZSVA 4AM7A 2OYQA 5AZJA 4YOVA 1NGJA 1SAZA 2D0PA 4RG8A 1A5VA 4DMNA 1NGIA 5CE3A 5EOYA 2YJEA 3NF6A 1YJWN 3A5NC 4W5OA 3K0SA 4NLBA 2KFZA 4AM6A 3IS9A 3LPUA 4BREA 2DFFA 1EO1A 2YCHA 3O9TA 1WAFA 3IUCA 4DV7K 4DFMA 4PQUA 1FJGK 1U6ZA 3ITHA 4JKHA 1UA0A 2GELA 4BC2A 4B1ZA 1D4XA 1NGBA 3EL2A 2P9LA 3IFRA 4B9QA 2P9UA 3SAHA 1QVGM 3G4SN 4RW8A 5CZ2A 3BF1A 5JMVA 1M1KO 1OH7A 3C7NB 4ISEA 4BWMA 1L3UA 2BGGA 4NXMK 1NG9A 5I9EB 4IO9L 3EN9A 4KREA 3T1AA 1RBTA 4HVJA 2HBLA 1TUUA 4YORA 3SAFA 5AQTA 1SKSA 3KJVA 1DGKN 5FLXO 3OYAA 1EQYA 1VQ4N 3IAYA 1S9EA 3VEOA 3OW2M 5EU7A 5TKYA 2PZSA 2GX9A 2A1RA 3BUZB 4H0VB 3ATVA 1B9FA 2PY5A 1EETA 4E0DA 4K41A 3B6OA 3L8BA 3SV3A 4BRIA 3VN5A 4DQQA 3LP3A 2XY5A 1C6VA 2O8DA 4KHUA 1Q9XA 3RWUA 3CJCA 3SUNA 4CGGA 4B9LA 4CEEA 4R5PA 1TL1A 4JKGB 4CZFA 3VF6A 2V7YA 3P1GA 4JKCA 2YJFA 4AF1A 4EHTA 4DFPA 3NVKA 3ID6A 4GNIA 4DQRA 3LDPA 3EZWA 5DM6L 4DTRA 2VYPA 4BR9A 3VQBA 1CZBA 3KLEA 1JLBA 2B4JA 5LMNK 1WSGA 4YDUC 1JXBA 1HKGA 3FZMA 3ZSQA 2F8TA 3ALYA 1ASUA 5KRSA 3V9UA 3QERA 5AQVA 1RDDA 3I8DA 4YOUA 2D1KA 1KXPA 2A40A 3IDHA 4JEPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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