2A6AA

Crystal structure of glycoprotein endopeptidase (tm0874) from thermotoga maritima at 2.50 a resolution
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
193
structure length
193
Chain Sequence
MNVLALDTSQRIRIGLRKGEDLFEISYTGEKKHAEILPVVVKKLLDELDLKVKDLDVVGVGIGPGGLTGLRVGIATVVGLVSPYDIPVAPLNSFEMTAKSCPADGVVLVARRARKGYHYCAVYLKDKGLNPLKEPSVVSDEELEEITKEFSPKIVLKDDLLISPAVLVEESERLFREKKTIHYYEIEPLYLQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords hypothetical protein TM0874
publication title Structure of an essential bacterial protein YeaZ (TM0874) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Hydrolase
total genus 55
structure length 193
sequence length 193
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA01
3.30.420.200 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA02
5BPLA 1MWKA 5AZIA 3IUCA 3EN9A 2GELA 3WXIA 4H0TB 1T44A 5AQGA 2A3ZA 2FSNA 3CJAA 3DXKB 4H5WA 4FOIA 5AQYA 4FPBA 1QZ5A 3WEEB 3VGKA 3WQTA 5LJVA 3CQXA 2BTFA 2P9SA 3CJBA 3VEXA 4A62A 3O1BA 3WQUA 1ZC6A 3EZWA 3CJ9A 4CZFA 1TUYA 3VEVA 1SAZA 4PKHA 2A40A 3U9ZA 4CD1A 3A5OC 3EO3A 4H5TA 4FWQA 3W0LA 3HBTA 5AQSA 3LDNA 1QHAA 3SMPA 1JCGA 4NO7A 5EX5A 1K8KA 4Z94A 5AFUA 3ZEUA 5F1XA 4H5VA 4Y0WA 4QS8A 2ASMA 2ZGZA 4ISEA 4YDUC 5E84A 4EHTA 1NMDA 4IJAA 3SLCA 2F9TA 2A41A 1ZBSA 4BGAA 5AQOA 4JHDB 3VF6A 2E1YA 2QWOA 3H6EA 2BUPA 4H0PA 3B8AX 1NM1A 1Z6RA 2E2NA 3KVGA 5BN9A 4K42A 4FWPA 2D1KA 4FWMA 1YAGA 3SJHA 4B9QA 4QS9A 1HX1A 3TU5A 2E2PA 4H0XB 4BRPA 4QS7A 4CI6A 4FPAA 1BG3A 3UKUA 3A0IX 5E26A 3R8EA 2KHOA 5AR0A 5BN8A 3LM2A 4A2AA 1BDGA 5KQ8A 1KAZA 3O4WA 5BR9A 4YDUA 1V4TA 2Q31A 1NGAA 3UKRB 2CGKA 3EL2A 4NB4A 3WT0A 4BRAA 2I7PA 5BRDA 1NGDA 3M1FA 4BRCA 2ASPA 4FWNA 1Q18A 1MA9B 2WUSA 3DWLA 2DPNA 4M63C 4CZIA 2NLXA 4CZKA 3H46O 1NGCA 1P8ZA 3M6GA 3ATUA 2HF4A 4BRKA 3JXUA 2NRHA 4IXCA 3H3NO 3QFUA 4CJ7A 3C7NA 3BF1A 5BRHA 2Q2RA 3WXKA 5AQKA 1MDUB 2W40A 1ESVA 2GTDA 1BA1A 1U2VB 1GLEG 2P9LA 1X9JA 4BRQA 4IZ9A 2YCHA 1D4XA 3I33A 2QWPA 2A5XA 3HSCA 4BC3A 5B8HA 5LY3A 1RFQA 3JS6A 4H5NA 3UE5A 3VGMA 4DHYA 3CJ7A 5AQXA 2Q0UA 3VPZA 2QWNA 3DJCA 1ATRA 5AQZA 2AP1A 3U8XA 4BRHA 3UB5A 5F0XA 1HLUA 2CGJA 3WUHA 1S3XA 5AZIB 1SQKA 4BC2A 4BR4A 2GEMA 5AQWA 4RWTA 3CETA 3MMVA 4CZEA 2V51B 2D0PA 2HF3A 3O5BA 4BRMA 1RDWX 2CH5A 1GLAG 2QWRA 4CZHA 1KXPA 2D4WA 3W3DA 4M7XA 4BR7A 4L3QA 2P9UA 3C0BA 1XC3A 3VERA 2IVPA 1BU6O 3O1WA 3P4IA 4FL9A 3MN7A 1V4SA 3FFKB 4BGBA 2P9SB 3ENHA 4B1VA 1GLFO 4BRIA 1DKGD 4XH4A 4BROA 1NBWA 3R6MA 4BG8A 4PKIA 3O6WA 3GE1A 3I8BA 4BRLA 3ZX2A 2CGLA 4H0OA 3QDKA 2IVOA 3OHRA 4K43A 3IDHA 1BO5O 1HPMA 3LL3A 4EHUA 3F9MA 3FZLA 2VCPA 1WOQA 5AQLA 1K8KB 3AAQA 4XH1A 3RSEA 1GLCG 3DXMA 3A5MC 3HM8A 3LM9A 3CJ1A 2QW9A 3ZEUB 1SZ2A 3D2FA 2GWJA 4ISFA 3CI5A 1H1VA 3FR0A 2E1ZA 2QWLA 4CBUA 1QQOA 1C0FA 4FWRA 4XH5A 3VF4A 4BVOA 1QZ6A 2PAVA 4PL7A 3M3ZA 5AQFA 3VEWA 4K41A 5FPEA 3AY9A 3QB0A 3D2EA 5AQVA 5EVZA 2D0OA 5BREA 3AARA 3D2FB 3CJCA 3VF2A 1BOTO 3EKUA 4O8KA 5AFUH 3WXJA 3L0QA 1U6ZA 4JNEA 2YJEA 3GOIA 2AA4A 4JD2A 4JN4A 4AM6A 3VESA 3CIPA 3FE1A 3CERA 5AQPA 4A2BA 4JAXA 4BRFA 4WQ4A 1DGKN 3ZX0A 4B1YB 3G25A 2ZGYA 3MN5A 4BR9A 5JICA 2P9IA 3GL1A 5TKYA 2YJFA 1T6DA 4DQ8A 1E4GT 3UKUB 2FF6A 2ZWHA 2QWMA 4BC5A 5AZJA 2YI1A 5KQDA 1MWMA 1OKJA 1JCFA 1NLVA 4HTLA 5KPZA 5AQHA 3J8AA 1E4FT 3L4IA 3TPQA 3ZX3A 2E20A 1NGFA 1KAYA 3H45C 1HKCA 2J4RA 3A8YA 3HZ6A 3QMLA 2P9NA 3U9DA 4CZMA 4HWIA 1YVNA 1YUWA 1XQSC 3IFRA 2FLOA 4BC4A 4ISGA 1TUUA 5AQRA 5JMVA 1LCUA 1YXQA 2W41A 5FPNA 4MLHA 1QQMA 3O08A 1ATSA 2FXUA 3CQYA 3VENA 3ULEA 4BQLA 4LC9B 1TYQA 4BVPA 4EAHD 2UYTA 1NGGA 5AQUA 2IIRA 2V7ZA 3QFPA 1Z05A 4RCHA 3FLCO 3IMXA 3ID8A 3BP8A 3DAWA 3MN9A 5ADXH 5JLFA 3C7NB 1GLJO 3CHWA 3ENOA 4M7YA 1NGHA 3ZETA 3GG4A 4BG9A 2YHWA 3FZMA 2P9LB 3FZKA 1QQNA 2ZF5O 1Y64A 5FPMA 4C23A 1WUAA 2FSJA 5BPNA 2V52B 1ATNA 1GLLO 2FF3B 4FWOA 4PL8A 5EOYA 1HKBA 2NZTA 1NGBA 4B1XB 2E2OA 3S41A 2A6AA 3D7EO 3LDLA 3A5LC 5AQTA 2Q36A 3VETA 2V7YA 5AQQA 3WEEA 4FSVA 3VEYA 4FO0A 5EY4A 1LOTB 2OANA 4FWSA 2YHXA 4BRNA 1NGIA 3KZBA 1NGJA 2Q1NA 2Q0RA 2I7NA 2QM1A 4BR5A 3MDQA 3U4LA 1JCEA 3BEXA 5KPTA 3R9PA 2Q97A 4AM7A 4IWVA 4I6MA 4A61A 2P9UB 2YHYA 1KAXA 2PBDA 3GDQA 4BRDA 4WYBA 3GBTA 2VYPA 3VEOA 1RGIA 2H3GX 2HMPA 1ZXOA 3O8MA 4WQ4C 2QXLA 3MCPA 4FWLA 4I6MB 4BREA 5EXWA 4EFHA 1G99A 3LDOA 3H1VX 4B1UB 4BR2A 3HI0A 3VGLA 3KHYA 2A42A 3QBWA 4H0VB 3BUZB 1X3MA 3O80A 3H3OB 5AQJA 1CZAN 1DEJA 4H03B 3SMSA 4CZLA 1EQYA 3FZHA 1HUXA 1BUPA 2GWKA 1NGEA 3RSEB 3DXMB 1T6CA 4FOEA 4JHDA 3HTVA 3QBXA 5LJWA 3MK6A 1C0GA 3L6QA 3LDQA 5AQMA 3D2EB 4GY2B 3A5NC 4DCHA 2FSKA 4IO8A 4CBXA 4DB3A 3QICA 1J6ZA 4MO5A 1BA0A 2P9PA 4MLEA 2VWBA 4JD2B 2E8AA 2IVNA 5F2RA 3MN6A 1HKGA 2P9IB 1IJJA 3UKRA 2P9PB 2GUPA 4WQ5C 4CBWA 1X3NA 4CZGA 3EKSA 4BRGA 1IG8A 5I9EB 3VOVA 4EIAA 5AZJB 4BQZA 1R59O 4H5RA 5AQNA 1NWKA 4H0YB 2HOEA 1BWFO 2F9WA 2P9KA 3BF3A 3LDPA 5KPRA 1XUPO 3H1QA 5BPMA 4BR0A 2P9NB 1GLDG 4FWKA 4PKGA 5AQIA 4KBOA 5ADXA 4K25A 4CZJA 3FZFA 5FPDA 2E2QA 3ATVA 2E88A 4GNIA 4J8FA 5JLHA 4CD3A 2P9KB 4MO4A 3SK3A 4B1WB 2EWSA 1U2VA 3WXLA 1GLBG 3ULEB 1HJOA 4B1ZA 3AAPA 2ITMA 4F9OA 1TYQB 5BRFA 4O5FA 4WQ5A 4E1JA 1S22A 4IJNA 2ASOA 4RTFD 3FGUA 4XEIA 3VEZA 3ZETB 5CE3A 2QWQA 3DXKA 5ELZA 2CH6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEZA 1W7AA 3QNOA 5J2PA 1MWKA 4CFDA 3T69A 1RDBA 3EN9A 2GELA 4FJLA 4O5BA 1T44A 1NKBA 5FRNA 1U4BA 3DXKB 3KLEA 3OYLA 4J2BA 1KD1O 5AQYA 2P51A 1U48A 3VGKA 4WFAL 5LJVA 3OYJA 3CQXA 2P9SA 1T05A 2Z1HA 3WQUA 3ZCMA 3L3VA 1VSKA 2RHKA 4NYNA 2D0BA 3HVRA 3P31A 1L3TA 4JKGB 4PKHA 2A40A 3EO3A 3SJJA 1Z25A 3QO9A 1JCGA 4NO7A 1HYSA 1K8KA 4ILGB 1JLAA 5C2FA 3C6UA 4OKJA 2NRZA 2VQEK 1JLGA 3ZEUA 5F1XA 1N34K 2QTDA 4FZZA 2ZGZA 3SUPA 1HYZA 3G71N 4EHTA 3AVLA 3JYTA 3NE6A 3D45A 1XNRK 4JKDA 1VQ8N 4IJAA 4IOXA 1ZBSA 1U04A 3MEGA 2E1YA 2BUPA 4H0PA 1NM1A 3DLBA 1EXQA 1YI2N 4CGIA 4FWMA 3EYZA 3SJHA 1QSSA 2BDPA 4C1NK 4H0XB 1P90A 3THXA 4J2AA 4FPAA 4YOXA 2XY5A 2B6AA 3ZT0A 4L8RB 3VQ7A 1WN7A 3KJVA 5CZ2A 2DFHA 2JGUA 1XWLA 3SPYA 1SS6A 3MEDA 3O9TA 3M8SA 4HUFA 4DMNA 4ID5A 4IG3A 3NVMA 4CESA 2Q31A 1SV5A 3UKRB 4NB4A 3WT0A 3IRXA 4OKEA 2ASPA 3MWTA 4FWNA 1J54A 1MA9B 4M63C 3CM5A 1P8ZA 3ATUA 3DLGA 4K8ZA 4OGEA 3T3FA 4IXCA 3THYA 3SQ4A 4CJ7A 5BRHA 3OYCA 4AHSA 2FBVA 1C0TA 1J5OA 1BA1A 1GLEG 4BRQA 3NF8A 3CCQN 2YCHA 3H08A 4BC3A 1KTQA 3VQPA 1RFQA 3CCEN 3LZIA 2OPRA 4MFBA 1Q8IA 4Z0UA 3LAMA 1KQSM 2QWNA 3O4NA 4IEEA 5AQZA 3TAPA 3AO5A 3U8XA 5F0XA 2X78A 3O3GA 3ZT2A 2QK9A 4KO0A 4BC2A 3IKMA 1KCFA 3CETA 5CZ1A 4JS5A 2V51B 3ZT4A 3QNNA 3O5BA 2A1RA 2YX6A 3J81O 2P9UA 3VERA 2IVPA 3P4IA 4FL9A 3NH1A 1X9MA 1UAXA 2HHTA 3JAMO 4BGBA 4B1VA 1GLFO 4LH5A 4N5SA 4FCYA 4BG8A 4KH4A 4IFYA 3P38A 3O6WA 1RDCA 4BRLA 4DV0K 1VQ6N 2EX3A 3ALYA 3KK2A 3TAGA 3SUOA 1BO5O 4CW7B 4B9NA 2VCPA 1NK0A 1BCMA 1I39A 1R0AA 3PX0A 4A59A 4CEDA 2QW9A 2ZQBA 3NBPA 3D2FA 4LFAK 4OLAA 1VQ9N 1C0FA 2BH1A 4BVOA 3VF4A 1I94K 4DTOA 5J2NA 2ITGA 3QB0A 5AQVA 5EVZA 4FLYA 4CE9A 3EKUA 4BWJA 3G6EN 1N6QA 1U6ZA 4JEPA 4Z4EA 4JD2A 3VESA 3CIPA 4A2BA 3ZSOA 4JAXA 4B1YB 3G25A 3MN5A 3IS9A 1JLCA 2NNWA 1J9AA 2XRIA 3UKUB 4DV3K 1CZ9A 3SAGA 4BC5A 5AZJA 4JK8A 3M8RA 5KQDA 3KKSA 5KPZA 3CFPA 5AQHA 3TPQA 1E4FT 3ENBA 2E20A 1NGFA 1KAYA 1VAZA 3QMLA 3U9DA 4CGGA 4DQIA 3SI6A 1YVNA 1TUUA 5AQRA 4B9VA 1LCUA 1ILYA 3VQCA 3QIOA 4KB0A 2DFFA 5FPNA 4C8LA 3O08A 4IBNA 3VENA 1XMOK 1XNQK 1YTUA 1TYQA 1VSIA 4BVPA 4DLGA 2KFNA 1W9HA 1NGGA 1VSEA 1Z05A 5GAHP 3FLCO 3ID8A 3C7NB 3ENOA 3CHWA 4DR3K 2ZJRL 3V9UA 2P9LB 4BE2A 2KW4A 4RW4A 1WBBA 1WUAA 2HMIA 4FW1A 4OVLA 2FF3B 3RTVA 3LWLA 2VQFK 1Q9YA 1HKBA 4B1XB 2A6AA 4JKBA 3M5RA 4CJEA 4B3RK 3KD5E 5AQTA 2Q36A 3VETA 3L2WA 4CK3A 5AQQA 1T8EA 1SL1A 3NGZA 5KI6A 4KTWA 5EY4A 2OANA 1C0MA 2YHXA 1NGIA 4W5RA 4FM2A 2Q1NA 2Q0RA 2I7NA 4H4OA 3OS2A 3U4LA 1JCEA 4CIFA 3MWPA 4JKGA 4AM7A 1YJNN 4DR7K 3BY5A 4A61A 3THWA 3GBTA 3AO2A 4EZ6A 2RF2A 3C6AA 2HMPA 1XHXA 3TR8A 3MCPA 5M1NA 4MDAA 4I6MB 2NUBA 3MEEA 4MDBA 3H1VX 4DR2K 4FJNA 3VGLA 1N32K 1X3MA 2OPPA 2NRVA 3H3OB 3DRPA 5AQJA 5HRRA 3AO1A 3SMSA 1EQYA 2GWKA 4OX9K 3RSEB 3MCAB 1XMQK 1JXEA 3WXMB 3PO5A 3CC2N 4CGHA 3V1OA 3J7ZO 2BE2A 4R5PA 3P83D 4KH6A 5AQMA 4KTQA 3HT3A 4TSXA 1N8RO 2ETJA 1BQMA 4GY2B 1U45A 1JL1A 4FVUA 4E0DA 4DB3A 4GKJK 3QICA 1J6ZA 5K14A 2DTUA 1FXXA 3TTFA 3VQ4A 4B8AB 3HOTA 5M1QA 3QETA 4GVMA 1K73O 3K9JA 3L2UA 2IVNA 2GV9A 3SBGA 3ZSZA 3CPWM 3UKRA 5MLCQ 3TANA 3VQ5A 1FKPA 4F2RA 4CZGA 4WQ5C 4CBWA 1TK5A 1X3NA 5C10A 4DFPA 1HMVA 1VSHA 4H4MA 4YORA 1ZYQA 4DS5A 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2WUSA 4DQPA 4CZIA 5DM6L 3H46O 4KI6A 1X9WA 3AVCA 3F9KA 3CPEA 3SCXA 2UUAK 4CF8A 4BRKA 3JXUA 1WBDA 1A5XA 3O3HA 2G8KA 3H3NO 3QFUA 1EO1A 3C7NA 3K5MA 3AGRA 4MQ3A 2OZSA 5C24A 2P9LA 5TKWA 5LMUK 1NKCA 4IZ9A 1C0UA 3NDKA 2P5GA 1WLJA 3OYAA 4Z4GA 3E9OA 3UE5A 5J1EA 3QERA 5GAEP 2O4IA 2Z1GA 3K58A 3OYHA 3CJ7A 5AQXA 3SQ1A 3U6FA 1S6PA 2AP1A 5FROA 3T19A 1HLUA 3WUHA 4ZTFA 5AZIB 1SQKA 2B5JA 1FKOA 4BR4A 4DLEA 4O0IA 2D0PA 1RDWX 4U7BA 3DOLA 1GLAG 3ZSQA 4JKCA 3OYNA 2D4WA 2P5OA 4LY7A 3HM9A 4L3QA 3SZ2A 3O1WA 4DU1A 4CHOA 4ICLA 1EETA 3ENHA 3PX6A 4M3UA 5FRMA 4KHSA 1ASVA 2E4LA 2Y1JA 1QSLA 4GV6A 3R6MA 4PKIA 1U49A 3I8BA 3O9SA 3NH0A 3HPGA 2CGLA 2F8TA 3LL3A 4M42A 1B9FA 5M1OA 5DM7L 4CJRA 4DWIA 4KKOA 1M1KO 1IKXA 4PY5A 1ASUA 5HRNA 3PLAA 3P5JA 3RSEA 2YHBA 3CC4N 4JKHA 3CJ1A 3OJUA 1S9GA 4ISFA 3CI5A 2ATQA 1C1CA 3F2KA 2E1ZA 5CYMA 3PIOL 4FWRA 4XH5A 2PAVA 5AQFA 1EX4A 1RBVA 4E7LA 1RT3A 4IG0A 4K41A 1Q82O 4FJIA 1IBLK 1VQ7N 3CJCA 5AFUH 3WXJA 1CLQA 3VTIA 1VSLA 4LF4K 2YJEA 1ZBHA 3GOIA 3SUQA 3RVCA 2IS3A 2O4GA 4DTMA 3FE1A 3HP9A 4O4GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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