2A6AA

Crystal structure of glycoprotein endopeptidase (tm0874) from thermotoga maritima at 2.50 a resolution
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
193
structure length
193
Chain Sequence
MNVLALDTSQRIRIGLRKGEDLFEISYTGEKKHAEILPVVVKKLLDELDLKVKDLDVVGVGIGPGGLTGLRVGIATVVGLVSPYDIPVAPLNSFEMTAKSCPADGVVLVARRARKGYHYCAVYLKDKGLNPLKEPSVVSDEELEEITKEFSPKIVLKDDLLISPAVLVEESERLFREKKTIHYYEIEPLYLQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an essential bacterial protein YeaZ (TM0874) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Hydrolase
molecule keywords hypothetical protein TM0874
total genus 55
structure length 193
sequence length 193
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA01
3.30.420.200 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a6aA02
2YJFA 2A40A 3AAQA 1NGDA 1BA0A 2YJEA 4FPBA 3R8EA 4BG9A 3WXKA 1HJOA 4CD1A 5KPTA 4RCHA 1BG3A 1ZBSA 5AQJA 4PKGA 4B1UB 4E1JA 4JAXA 4CZJA 1GLAG 4JN4A 2GWKA 3BEXA 3L0QA 3CJ9A 1QZ5A 3FE1A 5EY4A 2QM1A 2YI1A 3GOIA 3KZBA 1YXQA 3AAPA 2QWQA 1SAZA 3VEXA 1GLDG 4H0XB 1ZXOA 3L4IA 3B8AX 4WYBA 4BRLA 3U8XA 3P4IA 3LDQA 4ISFA 2Q0UA 3A5MC 5AQUA 3LDOA 3A8YA 4MLEA 2BUPA 2J4RA 3EZWA 4C23A 2P9IA 3C7NB 4F9OA 3RSEB 1T44A 3D2EA 5KQ8A 1GLCG 3CQXA 4FO0A 3ULEB 3M1FA 3FGUA 4M63C 3DJCA 4BRGA 3VF4A 3ULEA 3IMXA 5AQZA 3FLCO 5FPEA 2P9LB 4B1VA 3JXUA 1K8KB 3CETA 1HKBA 2FXUA 3CJ1A 5ADXH 1RGIA 1C0GA 4PL7A 1NM1A 3FZFA 2I7NA 1TUYA 5FPMA 1KAXA 1NGFA 2E2OA 1YVNA 2FSJA 4EAHD 2E1ZA 3IDHA 1BDGA 2VYPA 3CI5A 1QHAA 4YDUC 4H0PA 4FWPA 5AR0A 3VGKA 2QWPA 1HLUA 1P8ZA 4BRFA 2ASOA 3HI0A 1X9JA 1NMDA 3CJBA 4H0VB 5AQLA 4RTFD 1T6CA 3H45C 3R9PA 2OANA 3MN6A 3EN9A 5LJWA 1QQNA 3D2FB 4BR2A 1YAGA 1IG8A 4K43A 3VOVA 3OHRA 4GNIA 2FF3B 5AQFA 3EKUA 5EOYA 3WXJA 4Z94A 3RSEA 2AP1A 1HKCA 4CZGA 1EQYA 2ASPA 4WQ4C 1NLVA 1ATNA 3MN5A 4NO7A 3A5OC 2QXLA 5ADXA 5AQHA 4WQ5A 4FOEA 3QBXA 3HTVA 4K42A 2DPNA 3DXMA 2QW9A 2KHOA 4H5NA 3VEZA 3HM8A 4K41A 4BR5A 2FSNA 3VEVA 2P9KA 1TUUA 1KAYA 4WQ4A 2BTFA 5AQKA 4BC3A 3SMPA 1GLEG 3BUZB 3GG4A 4B1YB 1IJJA 3ZX2A 4BRPA 5E84A 4IXCA 5AQVA 3O1WA 1ATSA 2IVOA 1QZ6A 3R6MA 3ZEUA 4QS7A 4J8FA 4QS8A 4BRIA 3CJCA 2HOEA 4CZLA 3IFRA 1T6DA 1OKJA 3FZMA 4BC2A 1NGEA 1MWMA 1U2VA 3H46O 3J8AA 4BVOA 4YDUA 2Q1NA 5E26A 4KBOA 2GTDA 3H1VX 1MDUB 1MA9B 3HBTA 5BPNA 4QS9A 3SMSA 1HKGA 3QMLA 4IO8A 1RFQA 3HSCA 5FPDA 4FWNA 4FWMA 4FWSA 4BRDA 2GWJA 4FSVA 2A41A 4BRHA 2P9IB 3DXMB 5JLHA 4CD3A 1RDWX 3FZHA 3VGLA 4MLHA 3SJHA 2PBDA 3LL3A 5AQIA 1DEJA 1HX1A 3MCPA 3UKUA 2ZGZA 3BP8A 2P9LA 5BPMA 2IVNA 3UKRA 5KPRA 1NBWA 4A62A 5BN9A 1NGJA 4FPAA 2E2NA 3H1QA 4BG8A 1HUXA 5AQSA 3D2EB 3W0LA 1S22A 3WEEA 4PKHA 3CJ7A 4DHYA 3C7NA 2WUSA 3GL1A 3O1BA 4DB3A 4BRCA 5AQPA 5AQYA 1BWFO 3VESA 5F0XA 5KQDA 2ZGYA 2YCHA 3HZ6A 2FF6A 2P9PB 4CZMA 5I9EB 3O5BA 2QWMA 4CZHA 1NGIA 1XUPO 3UKRB 4BR0A 3O80A 2VCPA 1TYQA 4AM7A 3ZX3A 3UE5A 3VF6A 4CBUA 2NRHA 4JNEA 5AQXA 1V4TA 5AQOA 1WOQA 3TU5A 4FWRA 2A6AA 4NB4A 5BRDA 2QWNA 2P9NA 3F9MA 4I6MB 3M3ZA 4B1XB 1LOTB 3S41A 4FOIA 4DQ8A 2FLOA 2VWBA 2V52B 2QWRA 3ATUA 5AQNA 1XC3A 3DXKA 2PAVA 3U9ZA 5BN8A 2CGKA 4BR7A 4CBWA 3DXKB 4K25A 3A0IX 4BRAA 3LDNA 2NLXA 5FPNA 3O08A 2E2QA 1Q18A 5BPLA 3WUHA 5B8HA 2P9NB 5AQTA 3JS6A 4B1ZA 4BGBA 3H6EA 4H5TA 3VENA 3O8MA 3MDQA 3U9DA 4FL9A 2E1YA 4BQZA 5AFUA 3A5NC 3I8BA 4CJ7A 1KAZA 3ZETA 3A5LC 1LCUA 2H3GX 1DKGD 3BF3A 1ZC6A 3FFKB 1BU6O 1D4XA 2V7YA 4BC5A 2ZF5O 1JCEA 3VEYA 2CH6A 1NGBA 3UB5A 5EVZA 2E8AA 2F9WA 4PL8A 4BRMA 4CI6A 4FWQA 4CZEA 3MN9A 3M6GA 4A2AA 5AZJA 3BF1A 4BQLA 5BRFA 1WUAA 2QWLA 4JHDB 4ISEA 1ATRA 5BREA 4O5FA 2P9UA 2NZTA 3AY9A 4IWVA 3G25A 2YHXA 3VETA 3ZX0A 4XH1A 2CGJA 1ESVA 4BRKA 3DWLA 5TKYA 3QDKA 2GELA 4B9QA 5LJVA 1GLLO 1G99A 2V7ZA 2E2PA 2HF4A 2D4WA 5F2RA 2P9SA 3ENOA 3VEOA 3WEEB 4EHUA 1Z6RA 2GUPA 4I6MA 3H3OB 3EKSA 3IUCA 3CERA 4BVPA 5AQGA 3FZKA 3I33A 1BA1A 3WXIA 3H3NO 1U2VB 3ZETB 5CE3A 2UYTA 1BUPA 3UKUB 4CZFA 2CGLA 2QWOA 4H0TB 1Y64A 5JICA 5JMVA 1J6ZA 2HMPA 3KVGA 4CZKA 4LC9B 2A5XA 3QFPA 4B1WB 3VEWA 4FWOA 4M7XA 1NGCA 2E88A 1JCGA 4L3QA 1C0FA 1HPMA 3VERA 2Q97A 3O6WA 4H03B 1SQKA 4DCHA 4Y0WA 3SLCA 4O8KA 4JD2A 2P9PA 2I7PA 1KXPA 5AZJB 5F1XA 3WQUA 3CQYA 3LDLA 3KHYA 3W3DA 1U6ZA 1GLJO 1X3NA 3LM2A 4A61A 5AQRA 4IZ9A 2D0PA 2P9UB 3GE1A 2FSKA 3TPQA 1CZAN 5EXWA 4FWKA 2GEMA 5AQQA 3CHWA 4BRQA 1S3XA 4BR9A 4H5RA 3QICA 4H5WA 3ZEUB 4GY2B 4CZIA 3QBWA 5AFUH 2EWSA 3MK6A 3GBTA 1JCFA 1DGKN 1Z05A 3FZLA 3L6QA 1X3MA 2Q36A 3ID8A 4AM6A 3MMVA 3WXLA 3SK3A 2HF3A 1XQSC 3EL2A 5AQWA 1BOTO 3WQTA 4H0OA 1MWKA 2AA4A 4WQ5C 4BROA 1QQMA 4PKIA 4H0YB 4MO4A 4CBXA 2P9KB 4M7YA 3CJAA 4JHDA 4EIAA 2ZWHA 3MN7A 5LY3A 4BRNA 3O4WA 3VF2A 5KPZA 1R59O 3D7EO 4HTLA 3LDPA 4FWLA 1QQOA 3ATVA 3FR0A 4XH5A 3CIPA 4ISGA 5AQMA 4IJNA 4A2BA 4BGAA 4H5VA 3EO3A 3U4LA 2V51B 2Q2RA 1BO5O 4MO5A 2A3ZA 2Q31A 3LM9A 1E4FT 2CH5A 2W41A 5JLFA 3AARA 4EFHA 2A42A 2Q0RA 3D2FA 4BR4A 1K8KA 5BRHA 2ASMA 1V4SA 2W40A 4RWTA 4BREA 4BC4A 3VPZA 4EHTA 2YHYA 2D1KA 1E4GT 5BR9A 3ENHA 3VGMA 2E20A 1NWKA 1TYQB 2ITMA 1NGAA 3C0BA 4XH4A 2IVPA 5EX5A 3QFUA 1YUWA 1NGGA 2YHWA 2P9SB 3GDQA 1SZ2A 1GLFO 5ELZA 5AZIA 3WT0A 4IJAA 4HWIA 2F9TA 5AZIB 4JD2B 2D0OA 1H1VA 4XEIA 1NGHA 3DAWA 1GLBG 2IIRA 3QB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A40A 3NVKA 1NGDA 5J2PA 1BA0A 4CK1A 1Q86O 1RTJA 2YNFA 4X64K 3R8EA 4CEAA 4CGJA 5KI6A 4C8LA 3WXKA 2ZE2A 1HJOA 3DYAA 1NJYA 3EY1A 2JGUA 1BG3A 1ZBSA 2XRIA 4B1UB 3HM9A 2PZSA 3O9TA 4JAXA 4ELTA 4NXNK 2GWKA 1Q81O 4HUGA 2HBLA 2YI1A 1N33K 1VSIA 3CCEN 3AVJA 3K9KA 1SL0A 3G0ZA 3VEXA 4UY8O 2O8CA 4FVUA 3B8AX 4BRLA 4MQ3A 1N36K 4H4OA 3U8XA 3P4IA 1OH5A 4ISFA 4FLTA 4W5NA 2O8EA 1QSSA 4CJVA 3TARA 4AHRA 4F9OA 3RSEB 5GIOA 4FLZA 3O3GA 5J2NA 2WTUA 1GLCG 3CQXA 3EZ5A 4OGEA 4DTJA 4FJ7A 3RR8A 3SJJA 3ULEA 3SV4A 1KVAA 1NOZA 1N32K 4B1VA 3JXUA 4PHTX 1RTHA 1ZBLA 2FXUA 4DTNA 1JJ2M 3THXA 4JKDA 3VQQA 4LF9K 2OPSA 2ZJRL 1T7PA 1KAXA 3V1QA 4JI2K 3OYKA 1YVNA 3FFIA 4MDBA 1GOBA 1OH8A 5C42A 1BDGA 2VYPA 5HRNA 2G8VA 3C6AA 1QHAA 3CFOA 3C94A 3DLLL 1NG9A 1LAWA 3OY9A 1X9JA 3HRGA 3CJBA 3I55N 5M1QA 4RTFD 3OYGA 3R9PA 2HBKA 1QQNA 4BR2A 4C8MA 3LZJA 1YAGA 4GVMA 1IO2A 5J2MA 2FF3B 3LP0A 3WXJA 1S5JA 1HKCA 2A1RA 3I56N 4OVLA 3VQDA 5E41A 4FW1A 5TKWA 3G4SN 2KLAA 3A5OC 3P83D 2QXLA 1JLAA 3HXMA 4WQ5A 4RW6A 2DPNA 3DXMA 2QW9A 2LSNA 2KHOA 4H5NA 4BR5A 3CMAN 1SKRA 2P9KA 1WLJA 5AQKA 3SBTA 3SMPA 5MLCQ 3GG4A 3CCMN 3HK2A 4B1YB 3TR8A 1IJJA 3CPEA 1GOAA 4ID1A 2IVOA 2RPIA 5FLXO 4E89A 3R3LA 4J8FA 2VWJA 4QS8A 2YKMA 3CJCA 3ZT0A 4CZLA 3IFRA 3CCQN 4CJPA 1U2VA 3NFAA 3J8AA 1BGXT 4CJQA 4M3WA 3VTHA 4KBOA 3H1VX 3M8RA 1C0MA 4Z4FA 4JI6K 2D0BA 3O4QA 3HBTA 4WFBL 1HKGA 3E9OA 3NF6A 4BWJA 2A41A 1VQ8N 1DTTA 2P9IB 5HRPA 4DTXA 4DV0K 4EP4A 2QKKA 1DEJA 4CECA 3UKUA 4DSJA 2ZGZA 3BP8A 4G9ZA 1U48A 4K8ZA 2O8FA 2P9LA 1Q82O 4CCHA 1NBWA 1JLGA 4U7BA 4JI7K 2YKNA 4WFAL 4AHTA 2QEXN 2E2NA 4BG8A 3OYJA 3W0LA 3D2EB 4G1QA 1S22A 3F73A 3CJ7A 4LH4A 1JKHA 2WUSA 2G8HA 3A2FA 3QERA 1BWFO 1K73O 3ZSOA 4M42A 1N34K 3HZ6A 3P5JA 2FF6A 3NAEA 4CZMA 1BL3A 5I9EB 3SAGA 1LW2A 3O5BA 1QSLA 2PYJA 2HB5A 1TYQA 3UE5A 3VF6A 2DY4A 1WNSA 4JNEA 5AQXA 1V4TA 1WOQA 3SV3A 4HCBA 3ENBA 4NB4A 2QWNA 3F9MA 3M3ZA 4JS4A 4CGIA 1LOTB 3DLRA 1RDAA 1NK0A 4DQ8A 1JL2A 3K2PA 1C6VA 1XC3A 3N4PA 4FLYA 3DXKA 4NCAA 3AA5X 4E19A 3WXMB 1BIZA 3A0IX 1RT5A 2XY6A 4KHQA 2UUAK 1L3TA 3OBWA 4FZYA 3AVCA 3CG7A 4B9LA 4M3UA 4IEIA 1Q18A 5BPLA 4ILGB 4BDYA 4YOYA 1ZBHA 2P9NB 2E5LK 4NXMK 1NK4A 1NMNA 4IEEA 1ZYQA 1JLCA 5HP1A 4DQIA 1KAZA 2KQ2A 3ZT3A 2BDPA 4F3TA 1LWFA 1VQ9N 1DKGD 3BF3A 2Y1JA 1T05A 1ZC6A 4E7LA 1D4XA 1TK5A 3K59A 4BC5A 4KHNA 1RT1A 3KIOA 3DMJA 2D5RA 3NH1A 3QEPA 4CI6A 4DFKA 4FWQA 3VN5A 3M6GA 3AV9A 4A2AA 1KQSM 4KH5A 4E7JA 1MU2A 2VQFK 5BRFA 1WUAA 3SAHA 3SUQA 3ASMA 2QWLA 4JHDB 3UIQA 3CMEN 2NRWA 2BH1A 3G25A 1YTUA 4XH1A 1ESVA 1XHXA 3LP3A 4E1MA 3DWLA 4B9QA 5LJVA 4EZ6A 1RT7A 1G99A 2V7ZA 2E2PA 2HF4A 3L2UA 4A59A 5F2RA 3ENOA 2KW4A 4FJKA 3I33A 1BA1A 4B3SK 4H0TB 1C0TA 3ID6A 4YOTA 4FK0A 2KZZA 1SUQA 4B9NA 5DMRA 4ZHRA 2WOMA 4FWOA 4M7XA 1B9DA 1CXUA 1KVBA 4TSXA 3VERA 4KREA 3K9JA 3SLCA 4O8KA 4J2DA 2P9PA 1QVFM 3TANA 4FJHA 5F1XA 3WQUA 3LDLA 1VSKA 1NK8A 1L3VA 1X3NA 5AQRA 4O0IA 4IZ9A 2D0PA 2FSKA 3TPQA 3S3OA 5AQQA 4CJUA 3CHWA 3IKMA 3O9QA 4BRQA 3VMFB 3T3FA 3LANA 3QEIA 2OYQA 4GY2B 4CHOA 4CZIA 5D3GA 3DLBA 1ITGA 3KK1A 5AFUH 2EWSA 1X9MA 2O4GA 1JCFA 4FK2A 3OS2A 1IKVA 3VQ7A 3AA4A 1C0UA 1HNIA 1IBMK 3KLIA 1BISA 4AM6A 3NMUA 2NRVA 5HL7L 1HYVA 2HF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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