4CHNA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chnA00
3OS1A 4ELVA 3I0RA 2OPPA 4B8CA 3V81A 3LP1A 3V6DA 4FJ9A 4CECA 4FZXC 1JLGA 2Z1HA 1RT2A 3OYNA 3QINA 3KTQA 3HPHA 4CHPA 4DTOA 1SL1A 3ITHA 2IGIA 3CFPA 4BDPA 1EKEA 2D0AA 3F9KA 4DSIA 2RPIA 4CESA 2PY5A 3LWLA 2HHUA 4H8KA 4G1QA 1IKVA 1WSHA 2DFEA 4YFUA 2HVIA 3TAQA 3OYCA 2IAJA 3IAYA 3DLRA 4HUEA 4ZTJA 1RBSA 2KFZA 1U49A 1CZBA 3L3UA 3HP9A 4W5OA 1N5YA 3OYJA 3OYEA 4KTQA 1T8EA 3DM2A 1BISA 3FFIA 4CFCA 1JKHA 4ZHRA 1HRHA 2OZMA 4CF1A 3RR7A 4DU3A 3V1OA 4DU4A 2P5GA 3O4NA 1TV6A 4DTJA 4FM2A 4FJHA 4KB1A 1VSLA 1NJZA 3SQ2A 4HVJA 3PX0A 4I9LA 2P1JA 3DI6A 1NJXA 3K5OA 4FLWA 3AVAA 4FLUA 1FKPA 1WSJA 3AO3A 1U45A 4Z4GA 1ZBLA 2Z1IA 3O3FA 4F4KA 4AHVA 3WNGA 1KTQA 3AVMA 3K5MA 1LAWA 4DU1A 4DF8A 3RMDA 4DLEA 2WOMA 2D0BA 3VN5A 3ZSVA 3OYBA 3TARA 1TKXA 4PY5A 1WN7A 4CJ5A 4CEDA 3NGZA 1KRPA 3OYGA 2QXFA 2NUBA 4AHCA 3TR8A 4LH5A 3KLHA 2YNGA 1RT3A 3C94A 4CEQA 3NF7A 1RCHA 1ZBIA 2Q3SA 3LZIA 5CYMA 4OKJA 1KFSA 1L3SA 3NDKA 1RBRA 4PUOA 4PQUA 4KHNA 1XHZA 3OJSA 4AHSA 4CFAA 2WONA 2Z1JA 4H4MA 1JLBA 2HVHA 4DSEA 4CJ3A 4LY7A 4FJXA 3ZSWA 3QIPA 1WSFA 3AVHA 3TABA 1HNIA 1VK0A 3NH1A 3TANA 1S1WA 5EU7A 4DQQA 3HK2A 1EP4A 1RBVA 4DTRA 4Y1CA 2G8IA 3NAEA 1EXQA 4BWMA 4KHQA 1S1XA 2R7YA 1BI4B 4DTMA 2Y1JA 4CHOA 3MXJA 1BI4A 1RT7A 1O1WA 1UOCA 1WSEA 4H4OA 4O5BA 5KGWA 3VQBA 4OGCA 4E89A 3EY1A 4DQSA 3JSMA 3KD1E 2YNFA 4CJEA 3RRHA 4IG3A 4M3ZA 1CLQA 1G15A 3LALA 4FLVA 4M3WA 2OYQA 1JXEA 4N5SA 3NHGA 3VQAA 1TAQA 5C42A 3OYLA 4J2AA 4NCGA 4I2PA 1SKRA 5KRTA 4DSFA 3BGRA 1QTMA 1RDDA 3KLEA 3SZ2A 4M3RA 4JS5A 4DFJA 1Q8IA 1RDBA 1L5UA 2D5RA 4GMJB 2OPRA 1D5AA 3HL8A 4GVMA 3LANA 4DS5A 3HSTB 2E4LA 1ZBUA 4B8AB 1U48A 1VRUA 1SKWA 1NKEA 3G10A 3L2VA 4E7HA 3NFAA 5DMRA 3AVJA 3SYZA 3T3FA 4B9SA 3ULDA 4FW1A 5JS1A 4CJQA 4E7LA 4CERA 3SUQA 3SI6A 1UAXA 4AHTA 1HYVA 2YKMA 1VSFA 3D45A 2HHVA 2F8TA 1BQNA 1VSMA 1WSGA 4CJRA 5JS2A 3AVIA 1EETA 3QNNA 3SQ0A 4CGJA 3H08A 1NJWA 4HCBA 5KI6A 3VQPA 5I42A 2KQ2A 3NF8A 2PYLA 3ZSRA 1Z25A 3MEGA 4CF8A 4ZTFA 1J9AA 4F3OA 1LWCA 4IFYA 1T05A 3NCIA 1YVUA 4OLBA 4HUGA 3DRRA 4CEFA 1GOBA 4CJTA 1RNHA 1WNSA 3PY8A 1S1TA 2O4GA 4KV8A 1JLEA 3OYFA 2HHWA 4NYFA 3NH0A 3OVNA 3SV3A 4O4GA 4FVMA 1IG9A 1NJYA 2D0CA 3SPZA 2KW4A 2ZQBA 2VWJA 3QLHA 4F3TA 3ZCMA 4M3YA 3AVGA 4CIGA 4CJWA 1J54A 2BANA 3TWHA 3G0ZA 4CJ4A 1ASVA 3NF6A 1F21A 4JRPA 1KLMA 4FLYA 2XY7A 2G8HA 3AO1A 3THVA 2RN2A 4N56A 1TKTA 3OYDA 3K2PA 1D8YA 3VQ6A 1WSIA 3EZ5A 3M8PA 1HYSA 3KD5E 1X9WA 4MQ3A 3RWUA 1UWBA 4XIUA 3OJUA 3AA3A 4E7KA 4IG0A 2W42A 3MAQA 1C0MA 1RBUA 3QEXA 3DLEA 4FJMA 2E6MA 4CJLA 4DTNA 4CJSA 4PWDA 5HBMA 3SCXA 2PZSA 1VSDA 3O4QA 1ZYQA 4KHUA 3VQQA 1IKWA 4W5TA 4B9LA 4GW6A 3VA0A 5CZ1A 4CF0A 3HP6A 1RTIA 2LSNA 4C8MA 4TSXA 4CGDA 4W5RA 3A2FA 3U6FA 2OZSA 4ELTA 4K8ZA 4FK0A 4QCLA 4Z4EA 3WNFA 4BE2A 3DOKA 2YHAA 3B6OA 2X6NA 1N6QA 4OPJA 4PA1A 1W0HA 1TL1A 1TL3A 3P5JA 2VG7A 3CM6A 1HMVA 2HW3A 1VSEA 2VG6A 2ZE2A 4BE0A 3PO4A 4E1NA 2IDOA 3QESA 1KLNA 4FJ8A 2B4JA 2HHTA 2AJQA 2QKKA 3L2QA 3ZSYA 5K14A 3F73A 4NCBA 4FCYA 3M8SA 4WE1A 4M3UA 1UA1A 2ZD1A 3DLHA 1S6QA 1S1VA 3ALYA 5J2MA 2KFNA 2DY4A 2B6AA 1XHXA 4EP4A 4Q0BA 3MXMA 2VWKA 4CEOA 5J1EA 4R5PA 1RDCA 3SJJA 1TKZA 1JLQA 4DTXA 4IFVA 3L2UA 4Z4FA 4M3XA 3S3OA 5KGXA 2F8SA 3LZJA 1UA0A 1HPZA 4ID1A 4RW7A 4CHNA 4AILC 4QAGA 3DMJA 4CJPA 4B9TA 2EHGA 4IDKA 3M8QA 3OYMA 1JXBA 3KLFA 3AV9A 4DSLA 2O4IA 5SZTA 3V9XA 3AVKA 4DSJA 4B08A 1A5VA 3KLGA 3P83D 1U04A 3HPGA 4Z4HA 4Q5VA 3QEIA 1KFDA 4KTWA 4E3SA 2Y1IA 3OS2A 3QIOA 3OY9A 3AVBA 1X1PA 3IG1A 4ICLA 1SV5A 5HLFA 3DOLA 4Z4IA 3C6UA 2VG5A 2BE2A 1YTAA 1KVBA 5I3UA 4KKOA 4AH9A 3SQ1A 4CHQA 2HHSA 3O3HA 3KJVA 2GBZA 4E19A 4CGGA 1Q9YA 4W5NA 1NOYA 1ASUA 2ETJA 3VQ4A 3EYZA 1J53A 5C24A 3C95A 1C6VA 4CF2A 4E0DA 4O44A 1QE1A 1B92A 2XRIA 1XI1A 1NK8A 1QSLA 2RKIA 4K8XA 4ID5A 3RR8A 4DTPA 4AHRA 1VSHA 4CCHA 4DS4A 4OPKA 3HM9A 2YNIA 1TK5A 3TI0A 2FC0A 1TK0A 3VQCA 1IKXA 3L2RA 5FROA 2G8WA 1C1AA 3MEEA 4UQGA 3LPTA 1R0AA 3PO5A 3ZSOA 4DFKA 1HQEA 2B5JA 3AA4A 1S9EA 3WNEA 3MECA 4ELUA 2G8VA 1JLFA 3QEWA 3LDSA 4B9NA 3TAGA 4OLAA 2OPQA 4LSNA 3CYMA 4M42A 1RBTA 4Z4CA 4OKKA 2G8KA 1HNVA 5T7BA 3HPOA 1NK9A 4FJLA 4BE1A 4CHYA 2FBVA 1J5OA 1KSPA 1NK6A 4CEAA 3TAEA 2X74A 4RW6A 4CK3A 5FDLA 4CFBA 3RMBA 2A1RA 1DTTA 1CXUA 4CE9A 4CF9A 4C8KA 4DQPA 3SUNA 3VQ7A 3TAFA 4CGIA 1WAJA 4CJVA 2HB5A 1U47A 4LSLA 3KLIA 1X9SA 1VSJA 2P51A 4EP5A 4FLZA 3HVTA 1SL2A 1D9FA 4JLHA 4KRFA 2PYJA 1T7PA 4DFPA 4FLTA 4IBNA 1TAUA 1EX4A 4FM1A 1QHTA 1RT1A 3OS0A 5E41A 3AA2A 4KI4A 4FW2A 4AHUA 3VQ5A 4RW9A 3NE6A 2XHBA 4N41A 4DF4A 3PUFA 3L8BA 4FZZA 3K5LA 1I3AA 1KVCA 4FK4A 5HRPA 3OYHA 4CEZA 4KHWA 3LP2A 5HRSA 1SUQA 1RT4A 3CM5A 3OYKA 3KK2A 1YT3A 3SV4A 3VA3A 3PV8A 3DRSA 1RDAA 1HJRA 3LAKA 1MU2A 3C6TA 3T1AA 1JLAA 5C25A 5HROA 3T19A 3DLBA 3NH2A 4N76A 3E01A 4FJ7A 1ZBHA 2FBYA 4BACA 3AO5A 4B9UA 4FLXA 4HCCA 3RMAA 3MXIA 1L3VA 4FJ5A 2XY6A 1REVA 2Z1GA 1Q9XA 2BGGA 1WLJA 3L3VA 2X6SA 1U4BA 1BIZA 3OYAA 3ZT4A 3S3MA 4CJFA 2G8FA 2YHBA 5HRNA 3VQ9A 3QETA 3SNNA 1L3UA 1TVRA 4L8RB 3UIQA 4I7FA 1XWLA 5KRSA 2ATQA 3D0PA 4DG1A 3ISNC 4CIFA 3WNHA 3QO9A 4KPYA 4CEBA 5KTQA 1Z26A 1VSIA 3TAPA 4J2EA 4NCAA 5HP1A 1NK5A 1BCMA 3VQ8A 1T03A 4CGFA 4C8LA 4BDYA 3CFRA 4F2RA 2A1SA 2JLEA 1ZBFA 5J2NA 3QERA 3DRPA 3RMCA 1C0UA 3SPYA 4M41A 1ITGA 1KCFA 4KO0A 2IC3A 3HT3A 1IKYA 4E1MA 3V9ZA 4J2BA 3LAMA 1A5XA 3TAMA 1FKOA 1BCOA 3KK3A 4DQRA 1DLOA 3KIOA 4B9MA 3MEDA 3VQEA 3KK1A 4I2QA 3NF9A 4CJKA 2FBXA 2XO7A 4DWIA 1CZ9A 1FXXA 1XC9A 2QK9A 1CXQA 1LW2A 4OGEA 2HNYA 4RW8A 5J2QA 1S5JA 4B3OA 1KVAA 1NK7A 1B9DA 1BQMA 1L3TA 1NK0A 1GOAA 1S6PA 1QSYA 4N47A 1ASWA 2QKBA 3HO1A 2HNZA 3KKRA 2F96A 2HNDA 2E6LA 1NKCA 5FRNA 2HHXA 1TK8A 1NK4A 2X78A 4KAZA 2EX3A 1BIUA 4OJRA 1LWFA 3ZSQA 3DYAA 3PX4A 1LAVA 2HMIA 2IOCA 5SWMA 3LP3A 1RT6A 3BDPA 3AA5X 3V9SA 1S1UA 4DLGA 3HJFA 2IS3A 3V1QA 3K59A 4OVLA 4EZ9A 2HHQA 1RILA 3CG7A 3V4IA 3S9HA 4KI6A 2KTQA 1NKBA 3LWMA 4LD0A 3IS9A 4C8OA 3PX6A 5CZ2A 3OYIA 1X9MA 4KFBA 4DTUA 1BL3A 4KHYA 5FRMA 2P5OA 1QQCA 1RTHA 5HRRA 3HVRA 4RW4A 3NGIA 3KKSA 1C1CA 4DSKA 3NBPA 3IRXA 3RRGA 4FJJA 1I39A 2DFHA 4YNQA 1VSKA 4HTUA 2YKNA 1A5WA 5D3GA 4KREA 1RTDA 3AVCA 1LW0A 4IKFA 1SL0A 4CGHA 4M45A 1S9GA 4FJIA 1JL1A 4O0JA 3ZSZA 3O3GA 1QS4A 3K58A 1W9HA 3AVLA 3P1GA 5DK5A 4NYNA 1NOZA 1D9DA 3U3YA 1QSSA 4DFMA 3HXMA 4FXDA 4FK2A 4W5QA 2RF2A 3I8DA 4HUFA 1GOCA 4FM0A 3LP0A 2XY8A 1DTQA 1YTUA 4F2SA 3AVNA 1VRTA 1HQUA 4OKEA 4RG8A 1WAFA 4O0IA 3M8RA 3S3NA 4JRQA 4FJKA 3B6PA 1Y97A 3V1RA 3RTVA 4F8RA 3AO4A 3ZT1A 2YNHA 2BDPA 4I9QA 2YV0X 2G8UA 1JL2A 4M3TA 1LWEA 3DLKA 3L2WA 1K6YA 4Y1DA 4Z0UA 1IO2A 3V9UA 4E7IA 4DTSA 3SUOA 4KHSA 4C8NA 5CY4A 4DQIA 2I5JA 4MFBA 3ZSXA 1TGOA 1IH7A 4E7JA 2OPSA 3AO2A 4J2DA 1LV5A 4FJNA 3JYTA 1RT5A 4JS4A 5J2PA 4CK2A 3CQ8A 4DMNA 4FJGA 3I0SA 3U3GA 5CYQA 4B9VA 2JGUA 3ASMA 3VQDA 2DTUA 2ITGA 1SKSA 2OA8A 3NGYA 4KB0A 1C0TA 3QNOA 1BHLA 2XY5A 1FK9A 4CHZA 4LH4A 2FBTA 3SQ4A 4CFDA 2GUIA 1BGXT 4CK1A 3SUPA 4KTZA 1JLCA 4CEEA 3AVFA 3K57A 1C1BA 3QEPA 4FZYA 4BDZA 4QOZB 1RTJA 4O55A 3ZT3A 4CIEA 3CFOA 3K5NA 3V9WA 3HYFA 2DFFA 3DLGA 1B9FA 3QEVA 2KZMA 3LPUA 4CJUA 4HHTA 2GV9A 3ZT2A 4BWJA 1TKDA 4EZ6A 1HYZA 4FYDA 2KZZA 3ZT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ELVA 2ITMA 4K41A 4DUZK 4CHPA 2IGIA 3CFPA 5A2QO 1EKEA 1GLDG 5F2RA 4CESA 2DFEA 3WQUA 2IAJA 3IAYA 2KFZA 3VEOA 1OH7A 2YCHA 3KHYA 3O80A 3OYEA 4KTQA 4GKKK 4FWSA 4BGAA 4CF1A 3TSQA 3V1OA 4MLHA 4KB1A 2P9NB 1TV6A 4FJHA 1W2BM 1VSLA 4HVJA 3PX0A 1NBWA 5AQGA 1NJXA 3QBWA 3E1YA 3ZX3A 4BRDA 3AVAA 3AARA 1WSJA 2HBKA 5AQIA 3WXMB 1KXPA 3WNGA 1KTQA 5BR9A 4DF8A 1S3XA 1SS6A 3A5OC 1TKXA 3NGZA 3U9DA 4CZHA 4FWLA 3MX5A 2Q3SA 5M1PA 4JAXA 1RBRA 4PQUA 5GAEP 3OJSA 4JK8A 4WQ5C 4NXMK 2WONA 1DGKN 3LDNA 4F9OA 4FJXA 4B1XB 3AVHA 3TABA 4H03B 1HNIA 3C65A 1S1WA 2P9SA 4O8UA 3BY5A 3P31A 4Y1CA 4A5AA 4RCHA 4B3SK 2EWSA 4AF1A 2R7YA 1OH8A 1BI4A 4FJ9A 4O5BA 2WBNA 3O8MA 4DQSA 5AQKA 3UKRA 3LALA 5TKWA 4ILGB 1TAQA 1MDUB 4I2PA 4XH1A 1SZ2A 5KRTA 4DSFA 3KVGA 4JS5A 1QVFM 2E5LK 1L5UA 4CW7B 1ZBUA 5AQUA 2Q1NA 1NKEA 3G10A 3ULDA 4FW1A 3A5LC 4CJQA 3PSIA 3QB0A 3HZ6A 3NVMA 1VSFA 1GLBG 1EETA 4CGJA 1NJWA 4DR2K 2KQ2A 1ESVA 3ID6A 4WFAL 3MEGA 4CF8A 1VQ6N 4IO8A 4ZTFA 1J9AA 1Q7YO 3NCIA 4JI0K 4HUGA 3DRRA 4LF6K 3IDHA 4CJTA 1RNHA 4KV8A 2HHWA 4JI7K 4K43A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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