4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
3M6GA 2YHXA 3AAPA 3A5NC 2W41A 3QB0A 3O08A 5JICA 1U6ZA 3HM8A 2ZWHA 3LM2A 1YAGA 4IZ9A 3D2EA 4H0XB 1RDWX 1SZ2A 4BC2A 2BTFA 3QFPA 3VETA 1SQKA 2GELA 3I8BA 4BR4A 4H5NA 4K42A 5BRFA 3WXIA 4CZEA 1MWKA 2QWPA 2A6AA 2E2PA 2YI1A 2V51B 4BC3A 2AP1A 2P9UB 4M7XA 5EOYA 4HTLA 4CD1A 1BU6O 1BWFO 3HI0A 1KAYA 5AQPA 5LJVA 3ZETA 3ZX0A 3FR0A 3SJHA 2ASPA 3DXMB 4ISFA 3CETA 3UKRA 4DCHA 5BREA 5LY3A 2EWSA 2QWMA 4CZFA 1QQMA 1NLVA 4H0VB 3EN9A 3IFRA 1TYQB 1GLAG 3D7EO 1ATRA 1GLFO 2W40A 4BR9A 1S22A 4H03B 4BR2A 2Q1NA 4NB4A 3I33A 1P8ZA 5AQQA 4BRAA 4IO8A 1HX1A 2YJFA 2FSKA 4YDUA 3FZMA 3H3OB 3A5LC 4H5RA 4B1ZA 2P9LA 2NZTA 5EY4A 3ZEUA 1DEJA 2P9KB 4FWMA 3BF3A 2NRHA 3IDHA 5JMVA 4PL7A 2Q36A 1HKGA 3WXJA 3ENHA 1K8KA 2V7YA 3CJ9A 1HUXA 3WQUA 2PAVA 2ASMA 4Y0WA 2Q0UA 5FPNA 1U2VB 1KXPA 1YXQA 3FZFA 4CBXA 4BRNA 5AZIA 4IJNA 1H1VA 1T6DA 3FE1A 3QMLA 3UE5A 3EKUA 1MDUB 2F9WA 1GLBG 3BF1A 3KHYA 3MDQA 4WQ4C 4EIAA 3FFKB 3CERA 5KPTA 3H3NO 4PKIA 4FWNA 4MO5A 2PBDA 3ENOA 3MN6A 4CD3A 3EZWA 5AQUA 1MA9B 3MN5A 1RFQA 5BN9A 1XUPO 4H5TA 5KQDA 3ATVA 3CJCA 1JCEA 3W0LA 3IUCA 3VGKA 4DHYA 1QHAA 3OHRA 3G25A 3CQXA 3M3ZA 4H0YB 2CGKA 4DB3A 4GY2B 3EL2A 5EXWA 5BPNA 4CBUA 3GDQA 4BR5A 3ZX3A 1C0FA 3FZHA 5CE3A 3C7NA 5AQWA 5I9EB 4JD2A 3J8AA 3LDLA 4MO4A 2ASOA 3O4WA 4LC9B 5AQGA 3VF6A 2H3GX 4FWOA 1Z6RA 4EHUA 4BRPA 4B1XB 1NGGA 1OKJA 3JS6A 1KAZA 5AQRA 2QWQA 3VF2A 3BP8A 3DWLA 3O80A 4B9QA 4CJ7A 4EFHA 1BDGA 2YCHA 4FOEA 4IJAA 1V4TA 2GEMA 1NGHA 2D0PA 2CGJA 4XEIA 4CZIA 4FWSA 2D4WA 4WQ5A 4IXCA 5ADXA 2YHWA 2P9NB 2IIRA 2GWKA 3CJ7A 3EKSA 4A2AA 4BG8A 4FPAA 2P9UA 1SAZA 3VPZA 4DQ8A 5LJWA 3QFUA 1TUYA 3QBXA 4H0PA 3W3DA 3DXMA 3LDPA 2QWOA 4BRGA 3O5BA 2E1ZA 1BA0A 1ESVA 1ATSA 3CIPA 1TYQA 1E4FT 3RSEB 1HLUA 5AQOA 2V52B 4BRMA 2Q2RA 4BG9A 2QWRA 2ZGZA 5FPMA 2BUPA 1NGEA 4FWLA 5KPRA 2QWLA 3R8EA 2QXLA 1ZBSA 3LDNA 3AARA 2QW9A 2AA4A 4PKGA 3U9DA 2CH5A 4F9OA 3BUZB 1BG3A 2P9KA 4K43A 4M7YA 3FLCO 1J6ZA 3H6EA 3UKUB 5AQZA 3C0BA 4BVPA 4BR0A 5AQFA 3P4IA 5JLHA 2CGLA 3U4LA 3DJCA 1LOTB 3O1WA 1GLEG 4L3QA 3FZKA 1Q18A 1U2VA 3MN7A 5AQJA 1NGFA 3DAWA 3WEEB 2Q0RA 1HKCA 1D4XA 5AQMA 4FWPA 4XH1A 1ZXOA 1IJJA 2E88A 1IG8A 1QQOA 4H5VA 3QICA 1QQNA 4O8KA 5AQKA 3D2FB 3VEZA 1XC3A 1YVNA 5AQNA 4XH4A 2ZGYA 4CZJA 3VOVA 2A41A 5AFUH 3O6WA 2E2QA 1X3MA 3B8AX 5KPZA 3A0IX 3WXLA 2P9IB 5BN8A 3HSCA 1NGCA 2WUSA 5F2RA 2E1YA 2FSJA 3CHWA 4AM6A 4C23A 2GWJA 3AAQA 4JAXA 2D1KA 5BRHA 3H1QA 3LL3A 2QWNA 3UB5A 5E84A 3L0QA 3EO3A 3R6MA 3VF4A 2FF3B 4FPBA 5F0XA 3O1BA 5ELZA 3ID8A 5KQ8A 4I6MB 3A5OC 4A2BA 3ULEB 4M63C 3JXUA 4CBWA 1NGJA 3GG4A 4ISGA 3SLCA 3VENA 3ZX2A 4KBOA 3KVGA 3HZ6A 1NWKA 2VWBA 4K25A 3MN9A 2E20A 1MWMA 4PKHA 2FSNA 4K41A 4A62A 1NGAA 4CZGA 4FOIA 5AQTA 2P9NA 1YUWA 4B1UB 4A61A 2VCPA 2ZF5O 1NMDA 3VGLA 1NGIA 1Z05A 2E2NA 4JHDB 3S41A 4BRLA 4BRKA 4B1VA 5AZJB 1EQYA 3CQYA 4JNEA 4FL9A 2NLXA 2DPNA 4J8FA 1QZ5A 3LDQA 4BRCA 4BQZA 2Q31A 2P9SA 3L4IA 4IWVA 2A5XA 2YHYA 4H5WA 1NM1A 5AR0A 4FWRA 1S3XA 2IVPA 3DXKB 2A40A 4FWQA 5AQVA 3RSEA 5F1XA 3VEXA 5BRDA 2FXUA 4XH5A 3MMVA 2P9SB 2OANA 3U9ZA 2P9PB 4Z94A 2IVNA 3IMXA 3KZBA 1NGDA 4CZHA 1HKBA 4CZLA 5B8HA 1DKGD 5AQHA 5AQXA 1BOTO 3WXKA 4BC4A 4BRDA 4BRHA 5BR9A 3FZLA 3O8MA 1HPMA 4YDUC 4BGBA 4BR7A 2A42A 1BA1A 4O5FA 3SMPA 4AM7A 2V7ZA 5AQYA 3UKUA 5ADXH 2YJEA 5AQIA 3D2EB 1KAXA 4BC5A 4BVOA 2FLOA 3VEOA 3HBTA 1Y64A 3VEVA 3LDOA 5TKYA 1BO5O 3WEEA 1ATNA 5JLFA 2UYTA 1GLCG 1QZ6A 3LM9A 2VYPA 3AY9A 3VEWA 3L6QA 1HJOA 2GUPA 1WUAA 4BREA 4CZKA 2CH6A 1V4SA 4FSVA 3TU5A 3D2FA 3ZETB 5FPEA 5AFUA 3UKRB 2FF6A 3F9MA 4H0TB 3TPQA 2KHOA 1E4GT 4RWTA 3QDKA 4FWKA 3GL1A 3HTVA 1GLLO 1JCFA 1X9JA 2P9IA 3ATUA 3MCPA 5FPDA 1C0GA 4NO7A 3R9PA 4B1YB 2F9TA 3VEYA 5BPMA 1TUUA 1X3NA 3CJ1A 4BRQA 4EAHD 3CI5A 1WOQA 3H46O 3VGMA 3M1FA 5E26A 4I6MA 3ULEA 2P9LB 4BROA 3ZEUB 4CI6A 4QS8A 2A3ZA 4BRIA 3H45C 1K8KB 2J4RA 4QS9A 3FGUA 4MLEA 4PL8A 3CJBA 5BPLA 3WT0A 2HOEA 1T44A 4EHTA 3U8XA 4RTFD 4JN4A 3SMSA 4BRFA 3H1VX 2ITMA 3GE1A 1LCUA 5AZIB 3SK3A 2E8AA 4HWIA 4WQ5C 3QBWA 3GBTA 2GTDA 4BQLA 4CZMA 2I7NA 2HMPA 2Q97A 4RCHA 2HF3A 3BEXA 4MLHA 4GNIA 4BGAA 4JHDA 4B1WB 3GOIA 1G99A 3CJAA 5AZJA 5AQLA 2HF4A 4WYBA 3VESA 1CZAN 1BUPA 4WQ4A 1GLJO 4ISEA 1T6CA 1JCGA 3WQTA 1R59O 1RGIA 3WUHA 2QM1A 1NGBA 3DXKA 3A5MC 1NBWA 4H0OA 2D0OA 2IVOA 4FO0A 2I7PA 5EVZA 5AQSA 1XQSC 4E1JA 1GLDG 1ZC6A 2P9PA 3C7NB 5EX5A 3MK6A 4QS7A 3A8YA 4JD2B 2E2OA 1DGKN 3VERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I5JA 3LZJA 2WTUA 1BL3A 3A5NC 2W41A 1TGOA 4DR7K 3VQPA 4B8AB 1LAWA 3ZSQA 2IDOA 3HM8A 4FW1A 1YTUA 2NRVA 2UUBK 3VQ6A 1SZ2A 1J5EK 4FJMA 3QFPA 3SV3A 1SQKA 1DT9A 4BR4A 5D3GA 3WXIA 1FKPA 3T69A 2V51B 1E3MA 4BC3A 3CQ8A 1YHQN 1BU6O 4FW2A 3DOLA 4MFBA 1KAYA 4L8RB 3PLAA 2O8DB 4DCHA 3SJHA 2OPSA 3CETA 4B3MK 1C1AA 2EWSA 4DV7K 1M1KO 4CZFA 1QQMA 4C1NK 5HP1A 2XRIA 4FJ7A 3P39A 2A1RA 4E0DA 4E19A 4N76A 1RTIA 2OA8A 3V9XA 1W2BM 1ZBHA 3I33A 4DU1A 3BY5A 3U3GA 4HUFA 4CGDA 4NLBA 3FZMA 2PY5A 3HYFA 4Y1CA 3QIOA 5M1PA 5JMVA 1Q9YA 3PIOL 1HKGA 3WXJA 3O4QA 4AH9A 5HRPA 4DSJA 1HUXA 3WQUA 2PAVA 1O13A 1REVA 1YT3A 4FLWA 2ASMA 4Y0WA 1T03A 3VQAA 3SCXA 4IDHA 2NRTA 1L3VA 3F9KA 1KXPA 2XY8A 3ZT0A 3FZFA 2RKIA 4JRQA 1JLGA 3CMAN 1RDAA 5CZ2A 3O9QA 1IBKK 3EKUA 1MDUB 3BF1A 2O8EA 1L3UA 1NK5A 1VSKA 3MAQA 5GAGP 3K58A 2PBDA 3S9HA 3MN6A 1QTMA 1LAVA 3DLEA 2RPIA 1RFQA 1XUPO 4FJIA 1CZBA 4C8KA 3W0LA 3IUCA 3NF7A 4DHYA 3V1QA 4CJPA 3MEDA 3TSUA 3L3UA 4JRPA 2FBVA 3OHRA 4UY8O 2F8TA 3G25A 3CQXA 3KLEA 4Y1DA 4Q5VA 4JI7K 1DTTA 5EXWA 3ZX3A 1C0FA 2NRRA 3C7NA 5I9EB 3LZIA 4FJGA 4LSLA 4NLCA 2ASOA 1N36K 4FJJA 2KFNA 3HPOA 1VQ4N 1TV6A 2HHXA 5GINA 1D9DA 5JS1A 4BRPA 4YORA 4B9UA 1OKJA 3PSIA 1KAZA 1A5XA 2QWQA 3DWLA 3O80A 2CGJA 4CZIA 4DUZK 5C10A 2GWKA 3OYLA 4FCYA 5FRNA 2O8CB 1Z26A 4FZZA 1XHZA 4GVEA 5M1QA 1UAXA 3QBXA 3WNGA 3MXMA 2JGUA 5C2DA 4DSEA 4CF8A 4DSKA 1RBRA 4U67L 1T05A 1BA0A 3HXMA 4YOTA 1TYQA 3RSEB 1U49A 5C15A 4FLZA 4BRMA 1KFDA 4JI2K 4CJFA 4NCBA 4KHWA 3CCUN 3VN5A 4CK2A 3SQ2A 3VTIA 1S9EA 1NU0A 5KPRA 2QWLA 3R8EA 3SUQA 3E9PA 2QW9A 4E1NA 4OPHA 2YV0X 3BUZB 2P9KA 4M7YA 4R79A 5BR8K 2G8VA 1J6ZA 2D0AA 3NH1A 4DR5K 5AQZA 4BVPA 1ZBIA 3EE8A 1TKZA 2O8FB 3N4PA 4Q0BA 1NKCA 5JLHA 3O1WA 1GLEG 3QNNA 3MN7A 4PHTX 3DRSA 1C1CA 3HPGA 4KH5A 1IKXA 4DTPA 1KD1O 3IS9A 4XH1A 1VQ7N 1WSFA 4K8XA 4IFEA 4KFBA 1LWCA 3B6PA 1L3TA 4O8KA 1D8YA 3D2FB 3VEZA 1XC3A 1B92A 5AQNA 4XH4A 3AVBA 4CZJA 4AHSA 4B9VA 2A41A 5AFUH 3KLFA 3A0IX 2P9IB 3HSCA 3OW2M 4DQSA 3NHGA 3T1HK 3CHWA 4C23A 5GIPA 3SUPA 3H1QA 1QSLA 4XIUA 2QWNA 3OYKA 3L0QA 1N6QA 3R6MA 1TL3A 2FF3B 5SZTA 3O1BA 4CIFA 3OYAA 5LL6Z 5KRTA 1LWFA 4M63C 3OYMA 1IBMK 4LF9K 1NGJA 1SL0A 4CVNE 3QEVA 1NK4A 3GG4A 1BISA 1BGXT 4DV0K 4CGHA 3K59A 5SWMA 1CXQA 3HZ6A 1NWKA 2E20A 3ZT1A 4DU3A 3KK3A 4CJ5A 2FSNA 4ID1A 4YNQA 2O4IA 1TL1A 3SYZA 5A2QO 5AQTA 4LF6K 2WFBA 3ZSOA 4HUEA 2HHSA 1RILA 2OPRA 2RF2A 3HSTB 1NMDA 3RR8A 3VGLA 3NVKA 4OJRA 4BRKA 4FK2A 4B1VA 2G8IA 1TKTA 3MX5A 4DLGA 4FLTA 2BDPA 3ZT3A 3CQYA 2HBLA 4CGIA 4JYAK 4BRCA 4J2AA 2P9SA 4H5WA 2IVPA 4BE2A 2A40A 4DR2K 1YF5L 4CFBA 5BRDA 2FXUA 3CM6A 3KK2A 4B3RK 3MMVA 3P38A 2IVNA 1NGDA 1HKBA 4CZLA 4J2EA 1BOTO 3OYHA 4BRHA 3FZLA 4BGBA 5DM6L 3THWA 1RTDA 2V7ZA 4OKJA 3AVCA 3UKUA 4B3OA 1KC8O 1CZ9A 4U7BA 1Y64A 3VEVA 2UUAK 4B8CA 3WEEA 2HSTA 1QZ6A 3ENBA 3IRXA 3WXMB 3LM9A 2VYPA 3V9WA 4IEEA 1RT5A 3L6QA 4BREA 3MEEA 5FPEA 2YHAA 2WC9A 1EWRA 4M3ZA 1E4GT 2HVIA 4GVMA 4I9QA 4C8NA 4CHPA 4C8MA 3OS1A 4NO7A 3OYBA 3E9LA 1VSEA 2IAJA 2F9TA 4E7JA 1X3NA 4BRQA 1FW6A 3E9OA 3VGMA 4DSFA 4JI0K 3M8SA 4I6MA 2GV9A 3ULEA 4DUYK 3LPTA 3TSPA 3SQ0A 4QS8A 1XWLA 4JS5A 4KPYA 3NBPA 4CJQA 2P5GA 4NYFA 4QS9A 4MLEA 4PL8A 3CJBA 3WNHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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