4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
3VESA 4JHDA 4EHUA 1DEJA 4CD1A 2CGJA 5BRHA 2YJFA 1XUPO 3M3ZA 1GLAG 1GLEG 2A42A 3QBXA 4BC5A 3FGUA 5E84A 4BRKA 3VGKA 4BGBA 5EXWA 1X9JA 2E20A 1RGIA 1HLUA 5AQXA 4EFHA 3VEWA 2Q31A 3J8AA 1K8KB 1BA1A 1QHAA 2P9IA 3CJ9A 2CGLA 4XEIA 4F9OA 2D0PA 1RFQA 3MN9A 4O5FA 4RCHA 1TYQB 2HOEA 3ULEB 4FPBA 4WQ5C 3MDQA 1NMDA 1T44A 3JXUA 4B9QA 3ZEUB 1S3XA 1QQNA 1Y64A 2A3ZA 3LL3A 5AZIA 5ADXA 4K42A 1ESVA 1QZ6A 4B1UB 4H5RA 4MO4A 2GUPA 2E88A 4MLEA 5LY3A 2P9KB 2GEMA 5AQIA 3WEEB 5JLFA 1EQYA 3R8EA 2GELA 3MN6A 3RSEB 5AZJA 2A6AA 3HBTA 1ATSA 2P9UB 3OHRA 3FZFA 5KPRA 3KVGA 3UE5A 3FZLA 2GWKA 5AQLA 4H03B 5AQQA 4H5NA 3MK6A 4PL8A 5AQTA 4FWRA 4H0XB 4BC4A 1ZXOA 4YDUC 3H3NO 4JD2B 1U6ZA 3VEYA 1NGBA 1NLVA 3U8XA 4CZFA 3DXMB 3VF6A 5AQKA 2YI1A 3WXLA 3ZX3A 2ASMA 3IUCA 2DPNA 2A5XA 4CBWA 3CJBA 1MWMA 1Q18A 3SMSA 3DXKB 3C7NA 1DKGD 4B1XB 2P9PB 4BRAA 4M7YA 3QICA 3VERA 1WOQA 3A0IX 1GLCG 2VYPA 3CJAA 2V52B 2QWOA 4CZKA 1XQSC 5AQVA 3DWLA 5F1XA 1KAZA 2F9WA 2ZGZA 3EZWA 2IVNA 4H0PA 5ADXH 1TUYA 2GWJA 4WQ4A 3R9PA 4I6MA 1GLBG 1U2VA 1YXQA 3VEZA 2YHXA 5KPZA 3LDQA 5BN9A 5AQFA 3WQUA 2Q1NA 1YVNA 4BQZA 3R6MA 3GBTA 5BPMA 3QMLA 1BA0A 3LM9A 3CJ1A 1P8ZA 2QWMA 3EN9A 4FWNA 2Q0RA 3CI5A 3H1VX 3LM2A 4K25A 3GG4A 3UKRA 2P9NA 4MO5A 3VPZA 3ZETA 5BRDA 2VCPA 2D4WA 2IIRA 3W0LA 1JCGA 3JS6A 4A2AA 4CJ7A 1C0GA 2ZWHA 5BN8A 3B8AX 3CJCA 4BR5A 3QFUA 5JLHA 5EVZA 2H3GX 1QQMA 1YAGA 1SZ2A 3MN7A 3TPQA 4BR4A 4BVOA 4BC3A 5LJVA 2YCHA 2QM1A 2NRHA 2GTDA 1MWKA 1YUWA 4H0TB 5ELZA 5AQSA 2KHOA 3WXJA 4FPAA 3VF4A 3DAWA 1C0FA 2CH5A 2E1YA 2P9LA 1GLFO 2V51B 4CZJA 3HM8A 4B1VA 2P9IB 3WUHA 4Z94A 2FF6A 3LDNA 3L4IA 1HKGA 1ZC6A 1E4GT 2I7PA 1H1VA 4BR7A 1RDWX 1CZAN 3SJHA 4BRPA 1QZ5A 4BRCA 3C0BA 4H5VA 2YHWA 4BVPA 3A5NC 3M6GA 4BRHA 2EWSA 3AARA 3ENOA 3L0QA 4ISGA 2HMPA 3VF2A 5AZIB 3O8MA 4HWIA 3ENHA 2VWBA 3ZEUA 1HKBA 1NBWA 4FWOA 3KHYA 4H0YB 4BR0A 4CI6A 1MA9B 4AM6A 3D2FA 2FXUA 4DQ8A 2ASOA 2E2NA 3O08A 3VGLA 2P9SA 1TUUA 3VETA 2QXLA 5AZJB 5JMVA 3WEEA 1NGFA 3HZ6A 2BTFA 3WXKA 3RSEA 3A5MC 3I8BA 2QWLA 3H6EA 4WQ5A 2D0OA 5AQZA 3EKSA 2UYTA 3H46O 4BRQA 2P9UA 2YJEA 3P4IA 3AAPA 1SAZA 3HI0A 1BDGA 5KQDA 3HTVA 4JAXA 2ZGYA 4NB4A 1BO5O 3VENA 5AQMA 4MLHA 1BG3A 2NLXA 1HPMA 3QDKA 4PKIA 4JD2A 2AP1A 2PAVA 5CE3A 5AQGA 3TU5A 4J8FA 3DXMA 1IG8A 1NGHA 4K43A 1BU6O 3UKUA 2WUSA 2BUPA 2CH6A 3SLCA 2E8AA 3FFKB 4BQLA 3CQXA 3C7NB 3CERA 4YDUA 4DB3A 1KXPA 3WXIA 3H45C 2P9PA 4B1WB 5BPLA 2QWPA 4FWQA 3S41A 3GDQA 1ATRA 3WQTA 4O8KA 1E4FT 1OKJA 4DCHA 3CETA 2HF3A 4IO8A 4H0OA 3IFRA 1GLJO 3VEOA 1KAXA 4B1ZA 1NGCA 3AY9A 3FR0A 2YHYA 5AQUA 2FSKA 2Q97A 3EL2A 4I6MB 5EY4A 1U2VB 3QB0A 4XH4A 3QFPA 5I9EB 4FL9A 2IVOA 3ID8A 3VEXA 1NGEA 4CZGA 3HSCA 1QQOA 5F0XA 3SK3A 3G25A 1LCUA 1ZBSA 2FSJA 5AQOA 5BREA 1X3NA 3D2EA 4JHDB 4A62A 3MN5A 4BR2A 1Z05A 3BF1A 2QW9A 3QBWA 4FWMA 4FOEA 4BRNA 2V7YA 5KPTA 5FPNA 2AA4A 1MDUB 1NGIA 2D1KA 3FZHA 3O4WA 4WYBA 2E1ZA 4XH1A 2QWRA 1R59O 3VOVA 4NO7A 3U4LA 4GY2B 1S22A 2QWQA 3O1WA 3BP8A 3FLCO 4FWSA 4BRGA 4QS7A 2V7ZA 3A5OC 2NZTA 1NM1A 1K8KA 4CBUA 2Q36A 5EX5A 4IXCA 4BREA 4CZIA 2P9LB 4BRLA 4L3QA 5KQ8A 1D4XA 2PBDA 5AQYA 5BR9A 1V4SA 1TYQA 1BUPA 3ULEA 5AFUA 5E26A 1J6ZA 4CZHA 1XC3A 1BWFO 3IDHA 4FOIA 1KAYA 4CZLA 1NGJA 1HKCA 2IVPA 2ZF5O 5AQRA 5AQNA 3VGMA 1HJOA 5AQJA 4CD3A 4EHTA 4H0VB 3KZBA 1Z6RA 4PKGA 3A8YA 4RTFD 5FPMA 2P9KA 1NGAA 4M63C 1X3MA 2FF3B 3D2FB 2QWNA 4Y0WA 2CGKA 3ATUA 4FWPA 5AQPA 4BG8A 2P9SB 3MCPA 5EOYA 3D7EO 4PKHA 4BRFA 3UB5A 4IJAA 3M1FA 1G99A 1DGKN 2ITMA 4GNIA 2E2PA 4H5TA 3H3OB 4H5WA 4C23A 5B8HA 5AR0A 3O1BA 2J4RA 1LOTB 2E2OA 4IZ9A 3CHWA 1BOTO 1GLLO 1ATNA 4BR9A 3FZKA 3EO3A 4FWKA 4QS9A 3BF3A 3BEXA 4FSVA 3CIPA 4QS8A 4JN4A 4E1JA 3FZMA 4ISEA 3A5LC 3L6QA 2I7NA 4B1YB 1JCFA 3H1QA 4KBOA 4A61A 4M7XA 5BPNA 5LJWA 1NGDA 1T6CA 4HTLA 4LC9B 4IWVA 2Q0UA 4DHYA 3DXKA 2OANA 3UKUB 4ISFA 5FPEA 1T6DA 3W3DA 3U9ZA 1GLDG 4WQ4C 1V4TA 1NGGA 2ASPA 2HF4A 5JICA 4BGAA 3O80A 4BRIA 3VEVA 5AQHA 3EKUA 3U9DA 3I33A 3O6WA 5AQWA 4EAHD 5AFUH 3ZX0A 1JCEA 1WUAA 2A40A 3O5BA 4FWLA 4EIAA 1NWKA 5BRFA 3DJCA 4FO0A 2FSNA 2A41A 3LDOA 3LDPA 4IJNA 4RWTA 1HUXA 3F9MA 3LDLA 1SQKA 2FLOA 4A2BA 4BRDA 1HX1A 2W40A 4BG9A 5FPDA 3ATVA 2Q2RA 3GOIA 3FE1A 5F2RA 4BRMA 3GE1A 3CJ7A 3CQYA 3SMPA 3WT0A 3MMVA 4BROA 2E2QA 4JNEA 4BC2A 4PL7A 4CZEA 3BUZB 3AAQA 2W41A 5TKYA 4XH5A 4CZMA 3UKRB 4K41A 2P9NB 2F9TA 3ZETB 4AM7A 3IMXA 3GL1A 4CBXA 1IJJA 3D2EB 3ZX2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VESA 3S3MA 4EHUA 4CD1A 5BRHA 5DM7L 3O3HA 2YV0X 4O44A 3OYKA 1GLAG 2A42A 3QBXA 4C8LA 2VG7A 1IBKK 4CCHA 3LANA 5EU7A 5EXWA 5FRMA 1VQNN 4EFHA 4O0JA 3AV9A 1QHAA 2JGUA 4DTNA 1HR0K 3CJ9A 1VQPN 4XEIA 2D0PA 1SS6A 1RFQA 3KLGA 4I2QA 2HOEA 3ULEB 2IGIA 1IH7A 3NH0A 4WQ5C 1JXEA 5GAGP 2PYLA 1NMDA 1T44A 3JXUA 3SBGA 1MU2A 2QTDA 4K42A 3BGRA 4JI4K 1ESVA 1QZ6A 4E19A 3CPEA 4B3RK 1RBSA 1NKBA 3CCMN 3V81A 5AQIA 3MCAB 2YNFA 1EQYA 4C8OA 2GELA 1JLCA 3SUNA 1S6PA 4EZ6A 3OHRA 2P9UB 4IOXA 2O8FB 1YHQN 2Y1IA 4KREA 1BISA 4MDBA 3ULDA 4H03B 4KI6A 4PL8A 5AQTA 4KHUA 1ZXOA 4RG8A 3G71N 1WAJA 3QEWA 2P5GA 1LV5A 4FYDA 3QEVA 2G8HA 3PV8A 4CZFA 3ZSYA 3KJVA 4ZTFA 3DXMB 3AO4A 2ASMA 2DPNA 3MWPA 3WNFA 3EY1A 4J2DA 1IO2A 3ZT4A 3A2FA 3C7NA 3VQQA 2P9PB 3HP9A 4B9VA 4M7YA 2BANA 3VERA 3CJAA 1S1UA 4CZKA 2HVHA 1M90O 4HCBA 3NH2A 1VSDA 2E6MA 2ZGZA 4KTWA 1N8RO 3DOKA 2GWJA 2VGNA 3F5TA 4KH4A 4ELVA 1D9DA 2RKIA 2UUCK 3JYTA 5BN9A 2KZMA 3AVAA 2Q1NA 1RBTA 3CC2N 4JKDA 2FC0A 3GBTA 2Z1HA 1BA0A 3QMLA 3LM9A 3OVNA 4MFBA 4DSKA 2QWMA 2Q0RA 3LM2A 1OH8A 3GG4A 4FK0A 1JL2A 2P9NA 5SZTA 3KLIA 1BHLA 2IIRA 3W0LA 4A2AA 1RILA 2GUIA 3L3VA 1JLFA 4BDPA 3QFUA 5EVZA 3ZSOA 1KLMA 3J80O 2RHKA 4BVOA 2HBJA 3Q7CA 5LJVA 1NNEA 3SPZA 2KTQA 1RDCA 3V9SA 2KZZA 2XY6A 3THWB 4B3OA 1S9EA 2KHOA 1K6YA 1L3VA 3VF4A 4DV6K 2P9LA 3CPWM 2V51B 1GLFO 1QE1A 4YORA 4YOYA 1TKTA 4CEZA 3OYFA 4FLYA 3L4IA 1HKGA 4N76A 3OA9A 1WB9A 1E4GT 4Y1CA 2I7PA 3KLHA 1X9SA 3AVGA 3SJHA 1CZAN 4BRPA 1QZ5A 3C0BA 5HLFA 3T69A 1DTTA 5HRSA 3A5NC 3M6GA 4ILHA 2EWSA 3ENOA 2HMPA 3VF2A 1SL2A 4RW9A 2F96A 3ENHA 3ALYA 3KHYA 4H0YB 4KTQA 3D2FA 2FXUA 3O08A 3O3FA 4K0KK 1TUUA 4JI8K 4KAZA 3HZ6A 2BTFA 4CHQA 3A5MC 3I8BA 2QWLA 3OY9A 3L2QA 4WQ5A 5AQZA 3QIPA 2JLEA 2UXBK 3CCQN 4DSLA 3RR8A 3VQCA 1S1TA 3HI0A 5KQDA 3HTVA 1B9DA 1BI4A 4JAXA 3VENA 2HHHK 4DR2K 1Z25A 4B3SK 4QAGA 5IT9O 1HPMA 4JD2A 2PAVA 1W97L 1NKCA 4DR6K 1KD1O 4F3OA 5AQGA 4NLCA 3TU5A 4DFJA 1KSPA 1IG8A 1NGHA 3HSTB 1XMQK 3NGIA 3SLCA 4BQLA 2CH6A 4IDHA 1U45A 3ZT0A 3C7NB 1EX4A 4CIEA 4CJTA 1D8YA 4DB3A 3WXIA 3H45C 4KHPK 1YITN 1VHXA 3CD6N 5BPLA 3LPTA 3DM2A 4LFCK 4FW1A 4YFUA 3OYDA 1C6VA 1K9MO 3S41A 1NK6A 4O8KA 4CEDA 1OKJA 2NUBA 3T3FA 5M1NA 4E7KA 2KKZA 2HF3A 4BE1A 4H0OA 3VEOA 1VRUA 3QNOA 5LL6Z 1NGCA 3FR0A 2YNHA 5DMRA 3OYAA 2OYQA 2FBTA 3C6TA 2Q3SA 3T1YK 5AQUA 2FSKA 3EL2A 3OS0A 5C24A 3OYLA 2QK9A 4FL9A 1JXBA 4CW7B 3O3GA 4B9MA 3VEXA 1NGEA 4CZGA 3HSCA 1C1AA 5F0XA 4FM0A 4R5PA 3SK3A 3G25A 4DUZK 4G9ZA 4E7JA 4RW6A 4C8NA 1X3NA 4L8RB 5LMNK 5FPNA 4DTRA 1BQMA 4KRFA 3FZHA 3O4WA 4B8AB 3VOVA 2RN2A 3P38A 5GAHP 2QWQA 4ELTA 1GOAA 2D0BA 2ZJQL 3IG1A 3LAKA 4FWSA 2V7ZA 3ZT2A 2OTJN 4IOCL 3TR8A 4CBUA 2Q36A 5EX5A 3HT3A 1C1BA 1EWRA 2P9LB 5GIPA 3TAPA 2VGMA 4BRLA 1D4XA 2PBDA 5AQYA 5BR9A 3NF8A 4KHSA 5AFUA 1RT2A 4CZHA 1HMVA 4CGFA 3IDHA 4FOIA 2D0CA 3OYBA 3AVCA 3E1YA 2ZF5O 5AQNA 3RMCA 4GV9A 1ZBFA 1Q8IA 3OJUA 4JKFA 1RDAA 5KI6A 3D2FB 3K0SA 2ITGA 2CGKA 4CJEA 4GV3A 1VSFA 4BG8A 4UQGA 3L2VA 2O8CA 3D7EO 1O13A 4BRFA 4BACA 2ITMA 2E2PA 1SV5A 4C23A 1RT7A 5HRPA 5AR0A 4E3SA 1IV0A 1FW6A 5CYMA 3PO4A 4IBNA 4CE9A 4KHWA 4EP5A 1GLLO 1ATNA 1BI4B 4DV7K 3BF3A 4E0DA 3VQ6A 3ZSQA 5E41A 4JN4A 5M1QA 3FZMA 4CEEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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