4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
5AQUA 3QMLA 4BR0A 4IXCA 5E26A 4BR2A 2P9LB 4YDUA 2E2NA 5BR9A 1HX1A 4BQLA 3FZKA 1KAXA 1QQMA 2FLOA 4H03B 3DXKA 3RSEB 2PBDA 4BRNA 3BF1A 1U2VA 1LCUA 4H5WA 4DHYA 2A3ZA 5ELZA 2FSKA 4NO7A 1ZBSA 2Q0RA 4ISFA 1RDWX 2HOEA 5BPMA 3C7NB 4XH4A 1SAZA 5FPEA 4BQZA 1S3XA 2NRHA 4C23A 2ZGYA 2E2QA 3D2FA 5JLHA 1G99A 4XEIA 5KPZA 3R9PA 3CIPA 4BR4A 1HUXA 3CQYA 5AQVA 4AM6A 4ISEA 4FO0A 1GLEG 2AP1A 3ATVA 4H0TB 4B1XB 1P8ZA 4JNEA 3W0LA 1DGKN 3CQXA 3ZETA 1H1VA 3O80A 1KAZA 2DPNA 3WEEA 1K8KA 1X9JA 1C0FA 1V4SA 3GDQA 2EWSA 1NGHA 4QS8A 2E88A 4BRQA 4QS9A 3C0BA 2Q1NA 4GY2B 4WQ4C 3IFRA 1BOTO 1NBWA 5BRDA 2A6AA 4BC4A 1NGDA 2D1KA 3A5MC 3LDLA 4BRCA 3FZMA 3F9MA 1EQYA 1C0GA 1YAGA 4B1WB 5BREA 1T44A 4FPBA 3G25A 3CJBA 3ZX2A 2YHYA 5AQNA 4RCHA 4BR9A 1ZXOA 5KPTA 1QZ5A 2CH5A 4H0VB 4IZ9A 2QW9A 5AZJB 4BR5A 2NZTA 3ULEB 3MCPA 5AQKA 3U9DA 3VF6A 5AFUA 1BUPA 1HJOA 5AQIA 4FWKA 3H1QA 1V4TA 2P9SA 2YHXA 3H3OB 3WQTA 2QWPA 4B9QA 3BEXA 5ADXA 2P9UB 2QWOA 1XC3A 4A61A 2GUPA 3ZX0A 1D4XA 4B1YB 2ASPA 3JS6A 3JXUA 4JHDB 2FF3B 3WT0A 3EN9A 3ID8A 1TYQB 2IIRA 2QM1A 4BC3A 1J6ZA 3H3NO 1SZ2A 1T6DA 1DKGD 4K41A 5AQOA 3VF4A 3W3DA 4BGBA 4BGAA 2GWKA 5AZIA 2VCPA 3DXKB 1NGAA 2QXLA 3O5BA 3EKSA 1U2VB 3L6QA 1KXPA 1BO5O 5BN9A 4IJNA 4KBOA 5JLFA 3WXKA 3VGMA 3A5OC 3CERA 1BA0A 1CZAN 1JCFA 3LDQA 2KHOA 1BU6O 4H5NA 5B8HA 3UKUA 1NM1A 1SQKA 3D2FB 4AM7A 3ZX3A 3OHRA 2P9NA 2E8AA 1WOQA 3UB5A 2F9WA 3UKRB 1Z05A 4CZEA 4MLHA 3ENHA 3HI0A 3DXMA 1IJJA 5EOYA 3ZETB 3IUCA 3MN6A 3QICA 2ZGZA 4WQ5A 3LM2A 2HMPA 3D2EB 4HTLA 1K8KB 2GEMA 2GTDA 2Q0UA 4FOIA 4NB4A 4PL8A 3WEEB 4BRGA 2YHWA 4CZMA 2YJFA 2HF4A 1U6ZA 3HTVA 4FPAA 4H0PA 2V7ZA 4JN4A 5BPLA 4MLEA 1IG8A 3GBTA 3LDOA 4H5VA 4O8KA 3FFKB 4F9OA 1GLBG 4FOEA 5BPNA 2GWJA 3VGLA 3VETA 2BUPA 3UKRA 4CZFA 4H0XB 2A41A 5BRFA 4BRMA 3FE1A 2CGJA 2W40A 3AY9A 4FL9A 3D2EA 2HF3A 1QZ6A 3O8MA 3ATUA 1X3NA 1BDGA 3GE1A 1X3MA 2E1YA 4EHTA 5AQLA 2QWQA 1R59O 5JMVA 4IO8A 3O1BA 3R6MA 3CJ1A 2E1ZA 2P9SB 3VESA 3VEOA 5FPDA 3J8AA 4BRFA 2P9IA 5AQJA 1QQNA 1MA9B 2P9KA 3VEVA 1GLDG 1HLUA 4CZIA 4CZJA 4BRIA 1MWKA 2I7PA 5F0XA 1OKJA 5AQXA 2GELA 3EO3A 5AFUH 3ZEUA 2ZF5O 5AR0A 3HBTA 2QWNA 2ZWHA 4DCHA 4CBUA 4WQ4A 5AQYA 1NMDA 5ADXH 2Q97A 5FPNA 3SMPA 3VEXA 3H6EA 2F9TA 3DJCA 4BRAA 5AZIB 4FWNA 3EKUA 1JCEA 1HPMA 3CI5A 3VEYA 3MDQA 3VF2A 3U9ZA 3CJCA 4H0YB 1GLCG 2YJEA 3AARA 5E84A 3GOIA 4CD3A 3P4IA 3L4IA 4K25A 4FSVA 1QHAA 4CZKA 1NGIA 2OANA 3WXIA 2QWMA 5CE3A 4CI6A 5AQQA 1DEJA 4CZLA 3QBXA 3R8EA 1HKGA 2D0PA 1NGBA 3GL1A 3QBWA 5AQGA 3UKUB 3EL2A 5AQHA 4BVPA 5AQMA 3CETA 3WXJA 3M6GA 2P9NB 4CBWA 3FGUA 4FWPA 3I33A 4Z94A 1GLAG 4PL7A 3MN9A 4JAXA 4BVOA 4FWOA 5FPMA 5AQFA 4IJAA 3ENOA 3SLCA 1XUPO 3DXMB 3WQUA 5AQRA 2QWRA 1JCGA 4I6MA 3BF3A 4JD2A 4FWRA 5AQTA 1BG3A 4O5FA 4CJ7A 3VENA 3VOVA 2VWBA 3FLCO 5KPRA 1ZC6A 2BTFA 3QDKA 2QWLA 4E1JA 3DWLA 3CHWA 3LDPA 4BR7A 1NGCA 1GLFO 3EZWA 4EAHD 1E4FT 3SJHA 5EX5A 2V7YA 3AAPA 1NGEA 4YDUC 3KHYA 4MO4A 5KQDA 3VGKA 5AQWA 2J4RA 2Q31A 4EIAA 5AQSA 4CZGA 3H46O 3A0IX 2E2OA 2IVNA 2Q2RA 2FSNA 4BROA 4BG9A 1GLJO 5EVZA 2V51B 1HKCA 3TPQA 5AQPA 3M3ZA 1NGFA 2H3GX 3KZBA 4DQ8A 3A5NC 2P9IB 3CJ7A 2ASMA 2P9KB 2ASOA 3LL3A 2E20A 2PAVA 3O6WA 4CD1A 3MK6A 1T6CA 4CBXA 1BA1A 3MN5A 4XH5A 4BC5A 4BRDA 1YXQA 3ZEUB 1TUYA 4XH1A 1Q18A 3VERA 3MMVA 5TKYA 4M7YA 4H0OA 1S22A 3FZHA 5LJVA 4QS7A 1MDUB 2CH6A 3S41A 2A42A 3O1WA 5BRHA 3H45C 1KAYA 4PKIA 3B8AX 4FWLA 3O08A 3KVGA 3A8YA 4BC2A 3CJAA 1ESVA 2YI1A 5AQZA 2D4WA 1ATNA 2P9LA 5I9EB 4MO5A 2A5XA 4FWMA 5LY3A 2UYTA 1BWFO 4B1UB 3RSEA 3L0QA 2ITMA 4GNIA 4H5TA 3U8XA 1NLVA 5BN8A 3MN7A 2E2PA 2NLXA 3QFPA 3HM8A 4EFHA 4CZHA 3C7NA 3U4LA 1WUAA 4BRHA 1QQOA 3D7EO 4B1ZA 2V52B 1Y64A 4FWQA 4B1VA 3DAWA 3FZFA 2CGKA 2YCHA 4I6MB 5EY4A 1RGIA 3WXLA 4IWVA 4JD2B 3VPZA 4DB3A 4BREA 3GG4A 1NGJA 1YVNA 2AA4A 4L3QA 1ATRA 4BRPA 4RTFD 3O4WA 1HKBA 3WUHA 2FXUA 4H5RA 4WYBA 3AAQA 3QB0A 2FF6A 4ISGA 3SK3A 2IVOA 3SMSA 1XQSC 3VEZA 4A62A 4J8FA 1TUUA 2P9PB 5F1XA 3I8BA 3VEWA 1GLLO 1RFQA 2FSJA 2I7NA 2VYPA 4BG8A 3FR0A 2W41A 4PKGA 3A5LC 4A2AA 1LOTB 2WUSA 1E4GT 3IDHA 1ATSA 4PKHA 1Z6RA 3BP8A 2A40A 5AZJA 2IVPA 3LM9A 3H1VX 5EXWA 3ULEA 5JICA 4K43A 3QFUA 5F2RA 3HZ6A 4HWIA 3UE5A 5LJWA 4RWTA 4BRKA 4FWSA 1NWKA 4M63C 3HSCA 2D0OA 4K42A 4LC9B 1MWMA 3TU5A 2P9UA 4Y0WA 4BRLA 3CJ9A 5KQ8A 3FZLA 2P9PA 3BUZB 4EHUA 4JHDA 3IMXA 1YUWA 2CGLA 4A2BA 3M1FA 4M7XA 3LDNA 1NGGA 4WQ5C 1TYQA 2Q36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YI2N 3ZSXA 4CK3A 3LP1A 2PYJA 1BI4B 3ID6A 5E26A 4BR2A 3NHGA 1HX1A 3MX5A 4Y1DA 4DTPA 1QQMA 2FLOA 1JJ2M 3DXKA 4FJIA 1J5OA 3CC7N 4W5TA 2FC0A 4BRNA 1NK4A 4E1NA 4H5WA 1SL0A 4UQGA 4CEOA 4JS4A 3WNGA 1KQSM 4ISFA 1RDWX 3ZSQA 2HOEA 1Q9XA 2X6SA 1S3XA 4C23A 4FJ8A 1JKHA 4CCHA 3AA4A 3KK7A 3OS0A 2DFHA 3HPHA 1GLEG 2B6AA 4YOYA 5T7BA 1VQ4N 3CCMN 1DGKN 3CQXA 2O8CA 3HSTB 1KAZA 3AV9A 3NE6A 3WEEA 1K8KA 3O9TA 3UIQA 5LMUK 1C0FA 3HM9A 1NGHA 4GMJB 4QS9A 2UUCK 3C0BA 3CM6A 3BY5A 3IFRA 4JI1K 4RW4A 2A6AA 4IOXA 3A5MC 3LDLA 5K14A 2F96A 3F9MA 1NG9A 4YNQA 4B1WB 3E66A 2YHAA 4O8UA 4X65K 5HOOA 5AQNA 4RCHA 4LH4A 1ZXOA 5KPTA 4FLVA 3L2WA 2CH5A 4LFCK 4ELVA 1HJRA 2QW9A 3ULEB 4B9VA 1B9FA 5AFUA 3NF9A 1HJOA 4FWKA 3H1QA 1NOYA 1C1BA 2YHXA 1RBVA 3SYZA 4B9QA 1G15A 5ADXA 4PUOA 1VSDA 2QWOA 3QIPA 3OBYA 4A61A 4B9UA 4CHYA 4B1YB 3SUNA 3WT0A 3ID8A 5GADP 3L2UA 2IIRA 4KHPK 4BC3A 4ILGB 4QAGA 4JKEA 4K41A 1YTUA 4DFPA 4R79A 4N56A 1RBTA 5AZIA 4LF5K 3OW2M 3DXKB 1QVFM 1YJWN 3L6QA 4KHUA 5BN9A 4IJNA 1WBDA 3LP3A 1CZAN 4K8ZA 3LDQA 4CJ4A 1YITN 1BU6O 2D0BA 4DU1A 1KLNA 3UKUA 2BANA 3V1OA 1NM1A 3S3MA 3VTIA 4AM7A 1EX4A 3SV4A 1HNXK 1KD1O 1KSPA 1OVQA 1WB9A 1HYSA 5SZTA 4OPHA 2HHHK 1Z05A 4CZEA 4MLHA 3CCUN 2OZSA 3DXMA 1IJJA 2O8CB 1OH8A 2WTUA 2ZGZA 2HMPA 3D2EB 4HTLA 1K8KB 1W97L 2GTDA 4FOIA 3WEEB 4CJKA 3FFIA 4CGJA 5C42A 3RMBA 1U6ZA 3EE8A 4CHNA 2G8HA 1VQ8N 3IKMA 2V7ZA 2W42A 1IKXA 5CZ1A 3GBTA 5CR4A 2Y1JA 3LDOA 1TVRA 4H5VA 4FXDA 1GLBG 3ZT0A 3ZYYX 4PQUA 4Z0UA 3QEWA 1L3UA 4DWIA 3CCSN 3ZT3A 4O5BA 3VETA 3PY8A 4CZFA 1K6YA 3UKRA 3FE1A 4H4OA 5GIOA 2HF3A 1VQMN 2KLAA 1VSEA 2YKNA 4KPYA 1NU0A 5AQLA 3KWGA 1KLMA 1R59O 3ENBA 1CZ9A 3R6MA 3VESA 3VEOA 3J8AA 5KI6A 4BRFA 3D45A 1MA9B 5J1EA 4BRIA 3IAYA 3M8SA 2I7PA 5F0XA 2GELA 4H4MA 3HBTA 1BQNA 1HYVA 4WQ4A 5AQYA 3NVKA 2Q97A 5FPNA 3H6EA 4JKBA 1QSYA 4JK8A 4FJMA 2BDPA 4CHOA 3LPUA 4BRAA 5AZIB 3O3GA 3CI5A 3VF2A 1CXUA 4JKCA 4DV4K 3CJCA 3AARA 5M1KA 1WSJA 4CJQA 3KD5E 3PSIA 1NGIA 3CCLN 2IDOA 4QOZB 3K57A 3T3FA 1WSGA 3R8EA 1EKEA 3O9QA 3AVNA 3QBWA 3UKUB 3EL2A 2FBYA 2HMIA 1S72N 4DQRA 4CERA 4YHHK 4Z94A 2E6MA 1NK6A 5DMRA 2IC3A 3ENOA 4M3UA 3DXMB 4J2EA 2GV9A 3D6RA 2RE2A 4FJLA 4JD2A 4FWRA 1QHTA 2GX9A 1BG3A 3AO3A 4KREA 3KWIA 4FJHA 4M3RA 3HXMA 3ZSYA 3AVIA 4IG3A 4BACA 4B3SK 2RPIA 3OYEA 4DV5K 3AA3A 1YTAA 4CJSA 4CECA 4DSFA 3CPEA 5J2QA 4Z4FA 3LDPA 5HP1A 4DV6K 2QKBA 4BR7A 3BDPA 3C6TA 1GLFO 2V7YA 4HUEA 2JWLA 5HL7L 2YNFA 1RT4A 4I9QA 4B8CA 2Q31A 4EIAA 3DLRA 3A0IX 3C6HA 1CXQA 2Z1GA 4OKEA 1HKCA 3TPQA 1W2BM 1VRTA 2H3GX 3CC4N 3CJ7A 4C8NA 3VQCA 3QERA 3MK6A 4RG8A 1X9WA 4CGFA 1VSFA 1WSFA 1BA1A 4XH5A 4BRDA 3CMAN 4BY9C 1C1CA 3NH2A 3VQPA 2EX3A 4CVNE 5KRSA 4OLBA 1S1UA 4QS7A 2CH6A 3CFRA 1ZYQA 1FW6A 1KAYA 1DTQA 4BC2A 5FLXO 3MX2A 1ESVA 1I39A 1ATNA 1NOZA 3VQQA 4AHUA 2UYTA 3L0QA 1JLCA 4FM0A 3K5OA 4ID1A 4CJVA 4H5TA 3U8XA 1NLVA 3JYTA 1U04A 1HR0K 1HPZA 3AO2A 3NMUA 3T1HK 1HNVA 1WUAA 3AO4A 2O8DA 4E7HA 3K59A 3V9XA 2V52B 3VA0A 3SBTA 1Y64A 1BQMA 4FWQA 3NAEA 3OTOK 3SQ1A 2UUAK 3A2FA 3DAWA 4JKGA 3THYA 2CGKA 2YCHA 3EZ5A 4YOWA 1RGIA 2F7TA 1RTHA 4IWVA 4JD2B 4OGCA 5M1PA 1BCMA 3AO5A 2ZM6K 2XY7A 2AA4A 4CEQA 1ATRA 1F21A 4BRPA 3PIOL 4RTFD 2WFBA 4Z4GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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