4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
3A5LC 2A5XA 4B1YB 1S22A 3C7NB 3L6QA 3M3ZA 3GL1A 3ZETB 4BRMA 1SZ2A 2P9SA 4BRCA 2P9LB 4B1WB 4MLHA 3W3DA 4H0TB 1Y64A 3GBTA 5AQXA 3O08A 5AQWA 1NGCA 1LOTB 3A5NC 1JCFA 2GUPA 4GY2B 5AZJA 1E4GT 1BUPA 2FXUA 1K8KB 2Q36A 1GLAG 3ZX3A 1YAGA 1R59O 1QQMA 2E8AA 1GLCG 4K25A 4A2AA 3ZX2A 5FPNA 4MO5A 3S41A 3CJBA 1BOTO 4I6MB 3HTVA 4H5RA 5JMVA 5EX5A 4DQ8A 2D0PA 1QQOA 4PKGA 3MMVA 3VETA 5AQLA 4BRFA 4H0VB 4FWMA 5KQDA 1QZ5A 3MN7A 3CJCA 2E2NA 4IO8A 4CZLA 2E20A 5BRFA 4HWIA 4JHDB 4BROA 3AAQA 3IDHA 5B8HA 4EFHA 2YJEA 5BN9A 3P4IA 3ID8A 4JN4A 1HKGA 3EKUA 2NRHA 3D2EB 4QS9A 4FWQA 4B9QA 3H46O 5AQJA 2P9PA 3UKRB 2IVOA 1NGJA 2QWQA 3UE5A 4B1VA 2PAVA 5BPLA 4KBOA 3CHWA 4M7XA 2GTDA 4B1UB 3DJCA 2FF6A 3ENHA 4J8FA 4BC2A 1T44A 4B1XB 4JHDA 1BU6O 1NWKA 4FL9A 2P9PB 2P9IA 1K8KA 5AQFA 3VEZA 4H5VA 5LY3A 4XEIA 1BWFO 3H45C 2YHYA 4FWNA 3LDLA 2P9IB 4RWTA 3C0BA 2IIRA 2NLXA 1C0FA 1ATRA 4A2BA 4BRIA 2QM1A 1ZBSA 3GE1A 1RFQA 3RSEA 3SMPA 3WQTA 4PL7A 1JCEA 3ENOA 3FZKA 3CI5A 5JICA 3O6WA 3EZWA 3WXKA 4FWRA 3BUZB 3MDQA 1BG3A 1X3MA 4BGBA 1OKJA 3D7EO 3VESA 3GOIA 2F9WA 3J8AA 3QB0A 4ISGA 4CZIA 1P8ZA 1YVNA 3O4WA 4BRLA 3WUHA 3ZETA 3HSCA 3VF6A 2V52B 2QWRA 2QXLA 3CJ9A 2Q31A 1KAZA 5EXWA 3IMXA 4PKHA 2UYTA 3O80A 2V7YA 3O1BA 1HKCA 4CJ7A 2P9KB 1QZ6A 1MDUB 4FWPA 4WQ5A 4FSVA 4IXCA 4CZEA 3A8YA 4FOIA 3FZLA 4CI6A 3VEOA 1NGAA 3MN9A 1IG8A 1D4XA 2GWJA 3QFUA 4BR2A 2IVNA 2WUSA 4BG8A 3FZMA 4BR4A 4CZJA 4BR5A 1NGBA 3DAWA 1NGGA 4XH4A 1SAZA 4JD2A 5ADXH 2IVPA 2V51B 2QWNA 1SQKA 5AZIA 2Q0UA 3QBWA 5KPRA 1ATNA 1Q18A 3MN5A 1DEJA 3KZBA 3M1FA 5F2RA 4ISEA 3A5OC 3OHRA 3U8XA 3VF4A 3M6GA 3VENA 4IZ9A 4CD3A 3EN9A 4JD2B 2GELA 3H3OB 3MN6A 3UKUA 3JXUA 4LC9B 3MCPA 2YHXA 4IWVA 4PL8A 3D2FB 4O5FA 2Q97A 1ATSA 4CBUA 1U2VA 3ZX0A 4XH5A 4WQ5C 2HF3A 3FR0A 3ZEUB 2DPNA 3R8EA 5KPZA 4BREA 2E1ZA 2F9TA 3H1VX 5FPDA 4F9OA 5F1XA 1J6ZA 3VEYA 3BF1A 3WXIA 2ZF5O 4BRDA 3AY9A 2W40A 3BP8A 2ASPA 1GLDG 3QBXA 3DXKB 1NM1A 1S3XA 1QHAA 2YJFA 4H0OA 4B1ZA 3LL3A 1TUYA 3VPZA 3KVGA 1NGEA 3SJHA 2H3GX 4BRAA 5AFUH 4BRGA 4FWOA 2NZTA 3QDKA 4IJAA 3VEWA 3WEEB 4CZFA 4FPBA 2VYPA 3QMLA 2BTFA 4H5NA 5AQIA 3H3NO 2E2QA 4H0YB 3EKSA 1XC3A 4A61A 2QW9A 4BRNA 1ESVA 1QQNA 3U9ZA 3JS6A 4AM7A 2A6AA 4BQLA 1ZC6A 1IJJA 3FGUA 1WOQA 2YHWA 3ULEA 2HMPA 4BRPA 3F9MA 5AQSA 1E4FT 5TKYA 4RTFD 1V4TA 3LM2A 3BF3A 3LDQA 2P9NA 3H6EA 4MO4A 5AQOA 3UKUB 3R6MA 2E1YA 2VWBA 2FSNA 4BQZA 4AM6A 2QWLA 2ZGZA 3R9PA 1HJOA 1TYQB 2QWOA 5EY4A 4O8KA 3GDQA 4BC5A 5BPNA 1HPMA 2FSKA 3CQXA 4A62A 4FPAA 4NO7A 3VGLA 3HBTA 5BR9A 4L3QA 4EHUA 2FF3B 4BRQA 5ELZA 4M7YA 2P9NB 2PBDA 1KXPA 4BR0A 1X9JA 3DXMA 2E88A 3AARA 3HZ6A 3H1QA 1WUAA 3LM9A 4JNEA 3KHYA 5FPEA 4BGAA 5AQTA 4K43A 1BO5O 3VEXA 1T6DA 3DXKA 4WQ4C 1GLJO 5ADXA 3IUCA 3VF2A 3D2FA 5BPMA 2ASMA 3CERA 5KQ8A 1MWKA 3HM8A 4DHYA 3WXLA 2YI1A 4BVOA 2EWSA 1G99A 3WEEA 1NGDA 2D1KA 5BREA 3UB5A 1TUUA 1HLUA 3VGKA 2YCHA 3A0IX 3BEXA 1NGHA 3ULEB 5AQHA 4EIAA 3FE1A 3LDOA 5AZIB 4YDUC 3CQYA 3DXMB 1KAXA 3WQUA 2FSJA 5AQMA 3TPQA 2QWMA 4FWKA 5AQGA 1HUXA 3UKRA 3MK6A 4CZHA 3SMSA 3EO3A 3LDNA 2HF4A 3D2EA 4H03B 5AQNA 5AFUA 4CD1A 4BVPA 3DWLA 4CBXA 2CH5A 2P9LA 4FWSA 3L0QA 1H1VA 5AQVA 1RDWX 5BRHA 3W0LA 2CH6A 4CZMA 2KHOA 2FLOA 5EOYA 4H5WA 2CGJA 2CGKA 3QICA 3SLCA 3HI0A 5CE3A 2GWKA 4WQ4A 5E26A 5AZJB 4EAHD 3A5MC 1GLFO 4HTLA 2I7PA 1RGIA 2AA4A 3EL2A 4EHTA 5AQUA 1Z6RA 3ATUA 3VEVA 4NB4A 3CJ7A 4QS8A 4BR7A 3I33A 2E2PA 2P9UA 4BG9A 4FWLA 5FPMA 4PKIA 2A3ZA 5E84A 3RSEB 1HX1A 1NLVA 1XUPO 2A41A 4Y0WA 5I9EB 3O1WA 3B8AX 1T6CA 3QFPA 1MA9B 4BR9A 4YDUA 3IFRA 2Q0RA 3VERA 5AQPA 2HOEA 3FFKB 2J4RA 1GLEG 5AQZA 2QWPA 3SK3A 4K42A 4BC3A 1U6ZA 1BA1A 2A40A 1XQSC 1GLBG 1LCUA 3FZFA 2BUPA 5BRDA 4JAXA 1NGFA 3LDPA 4MLEA 1YXQA 2AP1A 3ATVA 4CZKA 1NGIA 1ZXOA 1BDGA 2V7ZA 4H0PA 3G25A 4CBWA 4DB3A 3CIPA 4I6MA 2OANA 1NBWA 2CGLA 5AQQA 5JLFA 4FOEA 3ZEUA 4ISFA 2ZGYA 4C23A 1BA0A 2ZWHA 1U2VB 2ITMA 1HKBA 2Q2RA 4CZGA 1YUWA 3O5BA 3FLCO 2GEMA 4RCHA 5AQYA 5AR0A 1GLLO 5EVZA 3U4LA 3WXJA 5AQKA 4H0XB 4FO0A 1EQYA 4BRHA 2I7NA 4H5TA 2A42A 1MWMA 3AAPA 3WT0A 2D0OA 2Q1NA 4BRKA 3U9DA 1TYQA 2E2OA 3O8MA 1JCGA 4QS7A 2W41A 4E1JA 2ASOA 5LJWA 2P9KA 3L4IA 5F0XA 4WYBA 4M63C 1C0GA 3TU5A 4Z94A 2VCPA 4GNIA 3VOVA 5BN8A 3CETA 4BC4A 1NMDA 4IJNA 4K41A 2P9SB 1Z05A 1DGKN 5AQRA 1V4SA 5JLHA 3CJAA 1CZAN 1X3NA 3VGMA 5LJVA 3C7NA 1KAYA 2D4WA 4XH1A 4DCHA 2P9UB 3CJ1A 5KPTA 3I8BA 1DKGD 3GG4A 3FZHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JK9A 3A5LC 2A5XA 4ZHRA 2F7TA 3T1HK 4IDHA 3M3ZA 4OGEA 3ZETB 4IDKA 5HL7L 4BRMA 4B3OA 4K0KK 2HBKA 2WC9A 2IOCA 2GV9A 3CQ8A 1JLEA 4DQQA 1NGCA 4DTNA 2Q3SA 3A5NC 4YOWA 4DFPA 3OJSA 4CESA 1VSHA 2Q36A 4JKHA 3ZSXA 3SQ4A 1WSIA 1R59O 4MDAA 1BOTO 3HTVA 4H5RA 5EX5A 3OYGA 1QQOA 3MMVA 5AQLA 4KH4A 1JL2A 2IC3A 4FWMA 1XC9A 4C8LA 1QZ5A 1RT6A 2E2NA 4I9LA 4NCBA 1FXXA 3V1RA 3IG1A 4JHDB 4CW7B 5C0YA 5BN9A 4KTWA 1DT9A 4M3RA 3CG7A 4CFAA 3OJUA 3EKUA 1RTJA 4FWQA 3MXMA 3H46O 5AQJA 3UKRB 4DG1A 4RW4A 1TKDA 4B1VA 3UE5A 2PAVA 3PX6A 3Q7CA 1QHTA 2YHAA 2GTDA 2FF6A 2KW4A 3ENHA 2O8DA 4J8FA 4FZXC 4B1XB 1RBRA 1NWKA 2P9PB 1ASWA 4IG0A 3ZT1A 4R79A 5AQFA 2G8WA 3HRGA 4H5VA 5LY3A 4KRFA 5J2PA 5C2FA 1HYSA 3LDLA 3CPWM 1W9HA 4F2RA 4A59A 4Z4FA 3R1XA 3VQ9A 1P90A 1RFQA 4LF8K 3RSEA 3T19A 2WTUA 5KGXA 1TKZA 1WBDA 1L3TA 3ISNC 4CJWA 3ZSYA 3VMFB 2P5OA 3MDQA 1SKWA 3D7EO 3V9ZA 3PX0A 2G8VA 4J2DA 1CZBA 3AVNA 3J8AA 3TTDA 5HP1A 4MDBA 1YVNA 3P83D 1RDBA 4B9UA 3VF6A 2YV0X 4CE9A 2KFNA 3CJ9A 1LV5A 3VN5A 1R0AA 1WN7A 3C6TA 5C10A 5HLFA 1NJZA 4N47A 1SV5A 2RF2A 4DU1A 1BQMA 3QINA 4WQ5A 1S1WA 4DTMA 1NK9A 3A8YA 3E9OA 1IG8A 3N4QA 2AJQA 4DV2K 4CEFA 4IBNA 4CZJA 4DTPA 1BIUA 3DAWA 4GW6A 2XY7A 1NGGA 2ZJPL 4JKEA 2IVPA 1J5EK 2GUIA 3F2KA 1Q18A 3HYFA 4UQGA 4E0DA 3M8QA 3OHRA 3M6GA 4IZ9A 3ZSWA 1HRHA 1GOAA 4JD2B 3MN6A 1I94K 4B08A 2EHGA 1HJRA 2NRVA 1X9WA 4YOTA 4FK0A 3MCPA 1YJNN 2YHXA 4BE2A 4AF1A 3SI6A 3ZX0A 5KRTA 4WFAL 1A5VA 3DLBA 4OX9K 3H1VX 1F21A 1J6ZA 1TV6A 3BP8A 1BIZA 2ASPA 5K14A 1GLDG 3QBXA 3BGRA 4HTUA 2OTLN 3KLGA 4LFBK 4H0OA 5AJ3K 1VSMA 3CYMA 4IOXA 3SJHA 2H3GX 1IV0A 4BRGA 4M3WA 3O9UA 3QDKA 5LL6Z 4BWJA 4X62K 4BY9C 4FPBA 5AQIA 3R3LA 2HVIA 1WSGA 1Q7YO 2E2QA 4H0YB 4E89A 1OH8A 3G4SN 1QQNA 3U9ZA 3JS6A 4ELUA 2A6AA 1IJJA 1WOQA 2FBVA 3ULEA 4PQUA 2XRIA 2JGUA 2HMPA 1IG9A 5TKYA 5GAHP 4FLWA 4FLVA 3BF3A 2JLEA 1RBTA 2DFHA 1KC8O 3R6MA 4C8MA 2G8HA 3VQDA 2O8EA 3O4QA 3RMDA 4UY8O 5EY4A 4O8KA 1WAJA 1HPMA 2HNDA 4Z4HA 5JVHL 3OBWA 4NO7A 2E6LA 2VG5A 3ZSVA 3DRPA 3KK1A 5EU7A 4EHUA 2X6SA 3I55N 3CFRA 1YJ9N 1JXEA 3I0RA 4M7YA 2PBDA 1KXPA 3DRRA 2F8SA 3K5OA 3CMEN 4I9QA 4OKEA 3TSUA 3HZ6A 3KHYA 1VSFA 4K43A 1GLJO 4FJNA 4CEQA 2XY8A 4CGFA 4DLEA 4DHYA 4CK3A 3MXIA 1C1AA 1CXQA 3S3OA 4AQYK 1NNEA 3OTOK 4CF1A 4MQ3A 1TUUA 4IKFA 1XHZA 3A0IX 1NGHA 5CZ2A 3FE1A 3C65A 4C1NK 3CQYA 3J7ZO 3CPEA 1SL2A 2HHQA 4FWKA 5AQGA 4JKAA 1RNHA 3IAYA 4CZHA 3EO3A 5KGWA 3SV3A 3KD1E 4BVPA 2DFFA 3RRHA 4FJIA 3AGRA 3C6AA 3NH0A 2NRTA 4I7FA 4E7IA 2CGJA 3MAQA 4LF4K 3SLCA 1NJYA 3VA0A 4A5BA 5M1KA 2HHVA 2GWKA 5E26A 4CEEA 3DOKA 3RMBA 3EL2A 1RGIA 3VEVA 3K5LA 4DR6K 1VSKA 4BR7A 3O3GA 4PUOA 2WONA 5FPMA 3RTVA 1N33K 2O8DB 1VRTA 4CFDA 1WSFA 1QSYA 3K5MA 5I9EB 3O1WA 1T6CA 3VQ6A 4OLAA 3TR8A 1WAFA 3HOTA 1HNZK 4YDUA 4DWIA 3IFRA 3VERA 3VQAA 3CD6N 5HBMA 2J4RA 1RTIA 1TK5A 2FBYA 2VG6A 4AHVA 4DU4A 4W5TA 1BA1A 1LCUA 1X9SA 3O3HA 1FW6A 4M3YA 1YXQA 2AP1A 3AVGA 1YTUA 3E1YA 5A2QO 1J53A 4Q0BA 1DTQA 3HJFA 2XY5A 1N8RO 3THYB 1S1TA 4KI6A 3CF5L 1ASVA 3ZEUA 4LF5K 3OW2M 1TAQA 3LAMA 2YKNA 4EP5A 3T3FA 4CZGA 2PZSA 1EXQA 3O5BA 4CK1A 4RCHA 5AR0A 5EVZA 4Z4IA 2I7NA 2PY5A 2A42A 2WBNA 2D0OA 4IFEA 3F5TA 4DV6K 3TSPA 4DU3A 2QKKA 2HHTA 4OLBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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