4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
4EFHA 2I7PA 3QFUA 4H0OA 4CZEA 1NGCA 1C0GA 2E2PA 4FWPA 5LJVA 4CBWA 3B8AX 5AQKA 1RDWX 1MWKA 4H0YB 4M7XA 4AM6A 3GBTA 4DHYA 3IUCA 5FPMA 3BUZB 4E1JA 2A41A 2E1YA 4ISFA 3WT0A 3D2EB 2HF3A 2KHOA 4H5VA 2E8AA 4BVPA 4B1YB 5AQLA 5EY4A 2H3GX 4WYBA 3WEEA 1ATSA 2A3ZA 4IJNA 3IFRA 3VEYA 4BRCA 3UE5A 1SQKA 4FWLA 2Q97A 3CQYA 3MN9A 3HBTA 3M3ZA 3BF1A 4H0VB 4XH1A 3C0BA 3A5LC 4I6MA 2D1KA 1X3MA 2QW9A 2Q0RA 3EN9A 4MO4A 4FWSA 2A42A 1TYQB 2P9NA 1DKGD 1NM1A 4CZMA 4CZJA 2PBDA 3H1QA 1HX1A 1YXQA 1JCEA 1NMDA 1Q18A 2CGLA 4BRKA 5AQOA 4K42A 4K43A 2AP1A 4HWIA 1NGEA 1SZ2A 4QS7A 5KQDA 3AAPA 1WOQA 2E2NA 2AA4A 1LCUA 1KAYA 4H5RA 4BRNA 4BR7A 2BUPA 4BVOA 2QM1A 1QQNA 1QQOA 3VGKA 2ASPA 2QXLA 3AAQA 2ZGZA 3ATUA 3ID8A 3U9DA 1CZAN 5LY3A 4GNIA 3EZWA 1SAZA 3D2FA 3CQXA 3WXJA 4CZFA 2VWBA 2VYPA 1NLVA 4H0TB 4BC5A 2A40A 3A5MC 2ASOA 3G25A 5AR0A 5BPMA 1GLJO 1G99A 3C7NB 4XH5A 5CE3A 1X9JA 3A5NC 3F9MA 1RGIA 4J8FA 5AZJB 3EKSA 3BP8A 4CD3A 3FE1A 1GLFO 3SLCA 3ZETA 5AQMA 2FSKA 2Q36A 4BRMA 5FPNA 4WQ5A 4BC2A 4LC9B 4CBUA 2DPNA 4YDUA 1MDUB 2Q31A 4H03B 3MN7A 3DXKB 4CZGA 3CIPA 1Y64A 2HOEA 3ZX0A 4BR2A 3JXUA 3VERA 3VF6A 1EQYA 5F2RA 3HTVA 2QWQA 1XC3A 4FPBA 5EXWA 2ITMA 4DCHA 3L4IA 5BN8A 3L0QA 2GELA 4QS9A 2E88A 4BR9A 3MMVA 4A62A 2A6AA 4FWKA 1HKGA 4K41A 4MLEA 1P8ZA 5TKYA 3DXMB 3O8MA 2CH5A 4JD2B 3R9PA 4JNEA 1NGIA 3FR0A 2E20A 3OHRA 1BU6O 2W40A 2A5XA 1U2VB 2GWJA 3O1BA 5AQPA 3WUHA 4BG9A 1KAZA 4JN4A 2V52B 3EKUA 1ESVA 3R6MA 2D0OA 2P9PB 3WQUA 1HLUA 4BRFA 4MO5A 3DAWA 1S3XA 5EOYA 1T6CA 4PL8A 3ENOA 2P9SB 3DJCA 1TUUA 4BROA 3HI0A 5AQZA 3WXKA 1YVNA 3LM9A 5ADXA 3GOIA 5JLFA 4H0XB 5FPEA 1NGDA 3CJBA 4CZHA 1S22A 1JCFA 2ZWHA 5AQHA 3U8XA 4GY2B 3ZX2A 3O6WA 2YJEA 2D4WA 4PKHA 1GLLO 4QS8A 2W41A 4FWRA 1GLAG 4FWNA 3KVGA 3UKUB 2BTFA 3VF2A 3CERA 1R59O 3RSEA 4BREA 4BG8A 3LDOA 1IG8A 5AZIA 5AFUA 2P9LA 3MDQA 4PKIA 3MN6A 4A61A 1ATNA 1BG3A 3H45C 1QZ5A 3SJHA 1KXPA 4IWVA 5F1XA 4O8KA 3UB5A 1QZ6A 1HPMA 2P9KB 4A2BA 1QQMA 3HSCA 4H5NA 3FZHA 3H3NO 4B1ZA 3CJ1A 5KPTA 5AQXA 3WEEB 5JLHA 5AQFA 3S41A 1ZC6A 4WQ4C 1GLCG 2Q2RA 1DGKN 3C7NA 4DB3A 5AQRA 3VEVA 4BRGA 2GUPA 2I7NA 2IIRA 2GEMA 3FZFA 4I6MB 2F9TA 4O5FA 3I33A 4PKGA 4ISEA 4FWQA 4M7YA 1HKCA 3GE1A 5BRHA 3A5OC 2FF3B 3LDLA 2OANA 2YHXA 5EX5A 5I9EB 3U9ZA 2YCHA 1V4TA 3QB0A 4BQZA 2E2OA 3WXLA 1D4XA 3L6QA 5JICA 3DXKA 1C0FA 5AQUA 2YHYA 3CETA 3D7EO 3LDNA 4NB4A 4RTFD 5BRFA 3GG4A 1T6DA 3J8AA 3O4WA 1BOTO 3VGLA 4FWOA 1X3NA 3UKRB 2GWKA 3ZEUB 3CHWA 4CZIA 1GLBG 1NGHA 3VESA 1MWMA 2P9IB 2ZGYA 3HM8A 3R8EA 1HKBA 2QWLA 1HUXA 2QWPA 4B1WB 1NGFA 1U2VA 4IZ9A 5BREA 3I8BA 3W3DA 4IJAA 2E1ZA 2FLOA 3D2EA 3QBXA 1ATRA 2P9PA 3O80A 1YUWA 1MA9B 1V4SA 1ZXOA 4JHDB 2EWSA 2V51B 4BRLA 2YHWA 2ZF5O 4RCHA 5AQGA 4BR0A 3GDQA 2IVOA 3IMXA 3SMPA 2UYTA 1YAGA 2IVPA 1BO5O 2HF4A 4BGBA 1DEJA 4C23A 3HZ6A 4KBOA 4BC3A 3H1VX 4BRIA 3QMLA 4H0PA 3FZKA 4EIAA 5AQNA 1T44A 2GTDA 5E84A 5LJWA 3ULEB 4PL7A 3O5BA 3ZETB 3VGMA 3JS6A 3KZBA 3KHYA 5AQQA 4BRHA 3LM2A 2Q0UA 1TYQA 3MN5A 1BA0A 1ZBSA 1K8KB 1XUPO 2P9UB 4JAXA 4B9QA 3M1FA 1XQSC 5JMVA 3FLCO 5AQIA 2FXUA 2HMPA 3EO3A 2QWMA 2CGJA 3LL3A 5AQSA 2QWOA 5BR9A 2P9KA 3FGUA 4A2AA 5AQWA 3EL2A 1GLDG 4BGAA 1IJJA 5ADXH 4M63C 1RFQA 2FSNA 3IDHA 5KQ8A 1LOTB 1NGAA 4FL9A 4IO8A 3WQTA 3VF4A 2F9WA 1NBWA 3O1WA 1NGBA 4XEIA 4NO7A 3VETA 3FZLA 4EHUA 5AQVA 3VEZA 1BUPA 3SK3A 4EAHD 5BRDA 4MLHA 2NRHA 1NGJA 3ENHA 3A0IX 5AQTA 1KAXA 3FZMA 5BN9A 1Z6RA 2NLXA 5AFUH 2YI1A 3DWLA 4FOEA 2QWRA 1OKJA 3VEOA 5KPRA 3AY9A 4FSVA 5AZJA 3BF3A 4Y0WA 3UKRA 3MK6A 1BA1A 5E26A 2V7YA 2YJFA 3ZEUA 4Z94A 3O08A 3QICA 3WXIA 2P9IA 2D0PA 3BEXA 4FWMA 4BR5A 3RSEB 5B8HA 5AZIB 2P9NB 4WQ5C 2P9LB 4H5WA 4H5TA 3CJCA 4YDUC 3TPQA 1H1VA 3VEXA 2PAVA 1WUAA 2V7ZA 1TUYA 3A8YA 4F9OA 3TU5A 5EVZA 5F0XA 3QDKA 4B1XB 3LDQA 1U6ZA 4K25A 1J6ZA 4BRDA 3H3OB 5ELZA 2IVNA 4BQLA 4BRAA 1Z05A 4JHDA 4WQ4A 3FFKB 5AQYA 1QHAA 4CBXA 5BPLA 4ISGA 4RWTA 3VOVA 3DXMA 4AM7A 3H6EA 4JD2A 3U4LA 3H46O 4B1VA 4XH4A 4DQ8A 2VCPA 4EHTA 2ASMA 4FO0A 1HJOA 1NGGA 3GL1A 4B1UB 5BPNA 1BDGA 4BRPA 3VEWA 2FF6A 2FSJA 4CI6A 5AQJA 3D2FB 2CH6A 3ULEA 3LDPA 3MCPA 2WUSA 4IXCA 4CZLA 2P9SA 1BWFO 4FPAA 3W0LA 3CJ7A 3SMSA 5FPDA 4L3QA 2E2QA 4CZKA 1K8KA 3VPZA 4CJ7A 1NWKA 3QBWA 2QWNA 2P9UA 3AARA 4HTLA 3VENA 3P4IA 3M6GA 5KPZA 4CD1A 3CJAA 1E4FT 2CGKA 4BC4A 3ZX3A 2NZTA 1E4GT 3CJ9A 1JCGA 4FOIA 3CI5A 3ATVA 1GLEG 4BR4A 4BRQA 2Q1NA 3QFPA 3UKUA 2J4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N36K 3AO2A 2I7PA 3QFUA 4Q5VA 1CXQA 4FM0A 4DV3K 4FWPA 4ELVA 3RMCA 4CGHA 4DHYA 4AHCA 1XNRK 1VQ9N 4DR2K 1U45A 1ZBHA 3PX6A 4E1JA 1W2BM 3KLIA 4IG0A 1QTMA 1T3VA 4H5VA 5CY4A 4B1YB 4C8NA 4CHZA 4CK1A 4OLBA 3WEEA 4JKGB 4M41A 3T7ZA 4FJJA 1RDBA 3CQYA 3MN9A 4YORA 3KLFA 1YTAA 3BF1A 4M3YA 2E4LA 4DTMA 3OYBA 1HR0K 3MWTA 3NBPA 1VQ7N 3TABA 1VQKN 2YHBA 3VQDA 3KLGA 2Q0RA 4BE1A 2YNHA 4MO4A 5GADP 3M8PA 3PSFA 3SAGA 1NJYA 4NLBA 3KD5E 4FJMA 1QSLA 1YHQN 1HX1A 4B8AB 1JCEA 4I2QA 3E9PA 2CGLA 2AP1A 4HWIA 3P5JA 4QS7A 1L5UA 3P83D 1WOQA 4OPJA 1LCUA 3SYZA 3ZT4A 3OY9A 1KLNA 4UQGA 2QM1A 1BQMA 5T7BA 3CMEN 2HBKA 1IKVA 3AAQA 4E89A 4JI2K 4DV5K 3SBTA 2ITGA 3ATUA 5CYQA 1CZAN 2WONA 4GNIA 3EZWA 3D2FA 4CZFA 5KTQA 4KHUA 4MDAA 4K0KK 1NLVA 4H0TB 2ASOA 4FJ8A 1TKZA 1YVUA 5BPMA 2YKMA 4B3RK 3DLKA 5CE3A 4DUZK 1K8AO 1Q8IA 1L3TA 1NKCA 3SJJA 5AZJB 3EKSA 3UIQA 1O13A 1VSHA 3SLCA 5C15A 5JS1A 4BACA 3ZT3A 4FJHA 1HPZA 5FPNA 4JI7K 1WSIA 4CBUA 3L3VA 4HUFA 3DXKB 3I0RA 1Y64A 3ZX0A 4CFBA 4CCHA 4CGFA 2O8BA 2Z1GA 4KI6A 4IOAL 4TSXA 4DQIA 4FPBA 3HO1A 4Y1CA 3OYIA 3NH0A 4BR9A 4IKFA 4A62A 1N5YA 3AO1A 1WBDA 1S9GA 4OJRA 4X66K 1RBUA 3VQEA 3O8MA 2CH5A 2IGIA 1JL1A 4JNEA 1UWBA 4N76A 3IAYA 1BU6O 1FKPA 2W40A 1JXEA 3PSIA 1HQEA 1G15A 3C94A 3K59A 3CF5L 2ZJRL 4BG9A 1ESVA 2QTDA 2PYLA 3WQUA 1HLUA 4ID5A 3DAWA 2OPPA 3ENOA 2P9SB 3E9OA 3L4QA 4BROA 2B6AA 1VAZA 1YVNA 5AQZA 5ADXA 1J54A 4FJNA 4H0XB 3DI6A 3F9KA 2XY5A 4GY2B 4DF4A 3O6WA 4XIUA 2AJQA 1GLLO 2W41A 3UKUB 4E7HA 4I9QA 3RSEA 3TTCA 4O4GA 4W5TA 3RMDA 4CEQA 3MDQA 4PKIA 3ASMA 1JL2A 4JI3K 3RR7A 1QZ5A 1RTJA 1BIZA 4ZTFA 3UB5A 3AVLA 4A2BA 4OGEA 3KK3A 1QQMA 4H5NA 3H3NO 5IT9O 3IS9A 3CJ1A 1KRPA 3WEEB 5AQFA 3S41A 1GLCG 2YHAA 4AHTA 4DS4A 2WTUA 1JXBA 5AQRA 4BRGA 1WNSA 4CECA 2G8WA 4QOZB 4O5FA 4FWQA 1D8YA 4M7YA 4Q0BA 3GE1A 2FF3B 2PZSA 4DMNA 3T19A 3U9ZA 1QHTA 1D4XA 1WSGA 3L6QA 4OGCA 4A59A 3HYFA 2YHYA 3OS1A 3CETA 3D7EO 3LDNA 4NB4A 5GAGP 3V9XA 1D9FA 3NMUA 1N6QA 2HMIA 1BOTO 4Y1DA 2D0AA 1QE1A 3F5TA 1B9FA 4ELTA 4DLGA 4LFBK 2GWKA 1TKXA 1HYZA 4HUEA 3LPTA 1MWMA 2P9IB 4DR4K 2ZGYA 4BWMA 3HM8A 3QIOA 2DFEA 3QEVA 3AVAA 5BREA 1KSPA 4W5NA 3I8BA 5JVHL 2E1ZA 1S1TA 4CF9A 3LP3A 1HNVA 5C25A 3K5OA 1HNWK 4JHDB 1L3SA 4NCBA 3CPWM 1NK5A 4FLXA 2OCEA 3MECA 3GDQA 3AVJA 3IMXA 3C95A 4CF0A 1YAGA 2IVPA 4IFYA 5EU7A 3V1QA 1BO5O 3L2UA 3CCRN 4FM1A 2Z1HA 4KBOA 3H1VX 1LAWA 4LF9K 3CG7A 4EIAA 4FCYA 4FJ5A 3DOLA 5LJWA 3EY1A 3TARA 4PL7A 2YNFA 3TAMA 2HHWA 3KHYA 4YNQA 1TYQA 1N8RO 3O9RA 1BA0A 1ZBSA 4M45A 4B9QA 1OH6A 4LFCK 2O8FB 5KI6A 3FLCO 4JKBA 3O9SA 1XNQK 1RDUA 3EO3A 5HL7L 3LL3A 5AQSA 5HRPA 3ZSRA 4KPYA 4CJTA 2FBYA 2JWKA 3EL2A 3N4PA 4AHVA 3L2VA 4AILC 1FKOA 4DTJA 1VSEA 2DFFA 1U48A 4M63C 4OKJA 3M8SA 5FLXO 5KQ8A 3AO3A 2HNZA 3WNEA 4FLTA 3WQTA 3CC2N 1NGBA 4NO7A 5HLFA 3FZLA 2PFUA 1OH7A 4Z4IA 5IWAK 4AQYK 4DV7K 4MLHA 4I7FA 4NXNK 3A0IX 4DSEA 5BN9A 3HVRA 4FZZA 4KH6A 5J1EA 2BANA 3SPYA 3L8BA 5SZTA 5KPRA 4CIFA 3OVNA 4JRQA 4Y0WA 2IAJA 1EWQA 1VRTA 3VQ7A 2D0PA 3BEXA 4N5SA 4OLAA 2GBZA 3RSEB 1ZYQA 4EZ9A 2P9NB 2RKIA 3NE6A 4YDUC 3BY5A 2V7ZA 3A8YA 4F9OA 3TU5A 3NDKA 1UA0A 3DOKA 1U6ZA 4EP4A 3H3OB 2IVNA 4BQLA 4FJ7A 1QHAA 3CCUN 4RWTA 3VOVA 1OVYA 4KAZA 3H46O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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