3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
3QEXA 1KTQA 1X9WA 5J2QA 4BDYA 1RTIA 3LP0A 3ZSVA 3T1AA 1WSHA 1NJWA 2HHXA 3C95A 4CF1A 1LW0A 4AHVA 2R7YA 2PYLA 3SCXA 2Z1GA 3RTVA 3CYMA 4DQPA 4FLYA 3IG1A 3WNFA 4E7KA 1J54A 2GBZA 4IG3A 1Z26A 1CXQA 2D0CA 1QS4A 4M3RA 1NOZA 1MU2A 3U3GA 4CF2A 3QNNA 4FYDA 1J9AA 2HHUA 5HRSA 3QEWA 3SJJA 3DRRA 1L3VA 1CZ9A 3DLRA 4AHTA 3LAMA 4RG8A 3D0PA 4CJRA 4CGIA 1RILA 2DFHA 1VSIA 3KLIA 3OJSA 2G8VA 3SQ0A 4Z4FA 2BE2A 1U04A 3VA3A 2X6NA 1SKWA 4OGCA 1RT3A 3MXMA 1RT7A 1ZBHA 2IAJA 3DMJA 1T7PA 2YNFA 2KFNA 3V4IA 1RBTA 4MFBA 3PO5A 4CHYA 2F96A 3CM6A 4ZHRA 4TSXA 4E7IA 4JS4A 1WSJA 2Z1HA 3SQ4A 4G1QA 3ASMA 1VRTA 3OYBA 3LPTA 4BE1A 3KK3A 4CESA 1REVA 4LY7A 4FM0A 3SUOA 4OJRA 1Y97A 3HSTB 4CK2A 1IG9A 4FJXA 3HO1A 1KFDA 3TAFA 1HYSA 3M8QA 4E1NA 1RDDA 2YV0X 2RN2A 3C6UA 3AVHA 4F2RA 4HHTA 1B9DA 1QE1A 1O1WA 3OYJA 5DK5A 4B8AB 1UA0A 1QHTA 1RBSA 4B08A 5J1EA 3QLHA 4IKFA 3LZIA 3D45A 2Q3SA 5SZTA 3L2RA 3S3OA 3SYZA 3K5OA 2EX3A 4EZ9A 1C0MA 4CHNA 1UWBA 4DQSA 4ICLA 1QTMA 3TWHA 1TL3A 3TARA 4OVLA 4KV8A 1BQMA 2XY6A 3HP9A 4FJNA 3IAYA 1ASVA 1YTAA 3E01A 4M41A 3MXIA 4ELUA 2ZD1A 3NF8A 3RMDA 2KQ2A 2F8SA 3K57A 2NUBA 4LSLA 3QEPA 3QINA 4DF8A 4ZTJA 3QO9A 4M3YA 2ETJA 4OLAA 1S5JA 2VG5A 3WNEA 4BDPA 1QSLA 3L2QA 4NCGA 2B5JA 1S6QA 4R5PA 1TK0A 3TAEA 4DU1A 2IOCA 3L2VA 4DU3A 4DTSA 4CIGA 3MECA 1J53A 4Y1CA 4N41A 3AVIA 4Y1DA 3AV9A 4CJKA 2XY5A 1VK0A 4DSLA 4CHZA 2WOMA 1BQNA 1JL1A 3NFAA 4I7FA 3DLEA 3NBPA 2O4IA 1ZBUA 3DRSA 3NAEA 4FJGA 1TKTA 1UAXA 2I5JA 4DQRA 3TI0A 4KI4A 4Z4HA 3I0SA 4GVMA 3LAKA 3NGIA 1ZBIA 4RW9A 1W9HA 2DTUA 4BE0A 1KSPA 3L3VA 2G8UA 4I2PA 5CY4A 4F8RA 5FRNA 4NYNA 3O3GA 5C42A 4QCLA 3NGYA 5KI6A 4HUFA 4DTNA 2PYJA 1WAFA 1S1VA 1SL0A 1DTQA 4DU4A 3VQEA 4CEBA 3SUNA 3PO4A 1RT2A 2YHAA 1D9FA 5D3GA 1NK7A 5E41A 3ALYA 1B92A 4RW6A 3ZSRA 3NGZA 3OYNA 3T3FA 4ZTFA 3OYEA 1WN7A 1XWLA 1TK8A 3VA0A 1J5OA 4FM2A 4OGEA 1HMVA 5J2NA 5FDLA 4FM1A 3PY8A 4KHQA 4NYFA 2YHBA 3L2UA 1XHZA 4PY5A 3I8DA 4B9TA 1HYZA 4M3XA 3B6OA 3BGRA 2KTQA 4KKOA 3DLGA 1BI4A 1I39A 5CYMA 4DFPA 3OYHA 1C1BA 2A1RA 3RR7A 4FJHA 4N76A 3LPUA 3ZCMA 1VSHA 4LH4A 1S6PA 2OPRA 3ZSQA 3SPYA 3IRXA 4CJFA 5SWMA 4DFKA 1RNHA 3AVCA 4KTZA 2B4JA 3RMAA 2ATQA 1NKBA 1N6QA 4E89A 1XC9A 3IS9A 4CHOA 2QK9A 5FROA 2RPIA 3TAGA 1HJRA 3WNHA 5HP1A 3BDPA 1XI1A 3OYGA 2HW3A 3HPOA 1NK5A 2O4GA 4KHSA 4CEZA 1RT6A 1YVUA 1BCMA 3LWMA 1SV5A 3CFPA 1U48A 1RDBA 4FK2A 2OZMA 1IH7A 1DLOA 2PZSA 4M3UA 1C1AA 1C6VA 4I2QA 2IGIA 4Z4CA 4O0IA 3NDKA 4FLUA 1LAVA 4CECA 4CJLA 1D9DA 3OVNA 3RR8A 3AVNA 5C25A 1ITGA 1NOYA 2DFEA 3SUQA 3C94A 2D0AA 4KAZA 4CJ5A 4W5RA 4ELVA 1NKCA 4N47A 1RT4A 1NK8A 4I9QA 4DWIA 4E3SA 1RTDA 4RW4A 4OPJA 3OYAA 3KK2A 3ITHA 2P51A 2QXFA 4DLEA 4FXDA 1EKEA 3HYFA 3V1QA 3P83D 1IKWA 4Q5VA 3NH1A 4B9UA 3OYFA 4Q0BA 1VSJA 3V1RA 4UQGA 3HVTA 2OPSA 4JLHA 1TKZA 4CJEA 2BDPA 4B9NA 3JSMA 4KHUA 3LP2A 3U6FA 3PX0A 2OYQA 3ZSXA 4CIFA 2P5GA 2XHBA 1C0TA 1EP4A 1KVCA 3L8BA 1L5UA 2G8WA 4CJUA 4FK0A 4KI6A 3O4QA 4CGDA 1FKOA 2D5RA 3OJUA 3LWLA 1LW2A 3MEEA 4HUEA 4HCBA 5DMRA 3ZSZA 3S3NA 4H4MA 5I42A 3MEGA 3EY1A 1A5VA 1GOAA 1WAJA 3HL8A 3JYTA 5CZ2A 4IBNA 3MAQA 4KTWA 4ID5A 3NH0A 3K2PA 1BISA 1S9GA 1TVRA 4WE1A 4JS5A 4B9LA 1HNVA 3CQ8A 1KCFA 4Z4IA 4CGHA 2B6AA 4CJ3A 3AO3A 1G15A 3SUPA 3TAPA 3NF9A 1BGXT 1TV6A 2IS3A 4JRPA 3RMBA 4PWDA 1U49A 3M8PA 4DFMA 2BGGA 3CFRA 3KJVA 4FJ9A 1S9EA 3ZT4A 4I9LA 1X9MA 2VWJA 3SNNA 4CGFA 4CJSA 2JGUA 4CHQA 3LP1A 3M8RA 2X6SA 3AO1A 4CEAA 4FJIA 1IO2A 1RT1A 3ZSWA 4IFVA 4AH9A 3DLHA 4OPKA 3V9WA 4DSKA 3C6TA 2XO7A 4E1MA 3M8SA 3L2WA 3VQBA 2KZZA 1CXUA 3AA5X 3AO5A 4CJ4A 4EZ6A 4CGGA 3OYMA 1GOCA 2KW4A 2VWKA 4CFCA 4BWMA 1Q9XA 4FJ7A 5KGXA 3OYDA 3VQAA 3VQ8A 1VSFA 4FLWA 2FBVA 3F9KA 2YKMA 3ZSOA 5T7BA 5J2PA 3HP6A 1HRHA 2HVIA 1ASWA 2JLEA 1B9FA 4CEEA 3S3MA 1EETA 5KGWA 1BCOA 3AA4A 2BANA 5K14A 3T19A 1TK5A 1IKXA 1ZYQA 3SZ2A 1S1WA 3VN5A 3O3FA 3K5LA 1HQEA 4DQIA 4B3OA 2HVHA 4DSFA 3KIOA 3VQ4A 5KRSA 3AVKA 3EZ5A 3FFIA 1W0HA 1Q8IA 1WSGA 3ISNC 4YFUA 4K8XA 3SI6A 4FW2A 1WSFA 4RW7A 1Z25A 2ITGA 3VQCA 4AHRA 3PUFA 3V9ZA 2VG7A 3AO2A 3UIQA 4KREA 2KFZA 2HNDA 1RBRA 4CJVA 3VQ9A 3VQ5A 1L3UA 4DMNA 3MXJA 1RDCA 4IG0A 1JLGA 1HPZA 1EX4A 4B8CA 1IKYA 4CJPA 3LZJA 4FJJA 4E7LA 4OKKA 1T8EA 4BE2A 2Z1IA 4AHCA 3DRPA 3K5NA 4O55A 4CK1A 4BACA 4DTXA 2E4LA 2EHGA 3DYAA 4CJTA 5KTQA 1SKRA 1CZBA 1LAWA 3HT3A 4H4OA 1KFSA 1S1UA 1LWFA 4M3TA 3VQPA 3OY9A 1ZBFA 4E19A 3OYLA 4B9SA 4CK3A 3QEIA 3TR8A 3DOKA 1TL1A 1JL2A 2E6MA 3U3YA 3QESA 3DM2A 1I3AA 4B9MA 1RTHA 3OS2A 1YT3A 4DTUA 1NK6A 1WSIA 3V6DA 1ASUA 1KRPA 1KVAA 1N5YA 2Y1IA 1UOCA 4LH5A 1JLQA 1VSMA 2FC0A 4M42A 3KLHA 4Z0UA 3QIPA 4ID1A 4B9VA 2FBYA 4HVJA 3ZT1A 4DFJA 1RBVA 4FLVA 2AJQA 2HNYA 5HBMA 1JLEA 4CF9A 4QAGA 1FXXA 3QIOA 4CERA 3NHGA 3LALA 3WNGA 1EXQA 4FJLA 3CG7A 3DI6A 4J2EA 4KRFA 1RCHA 4C8KA 4FLZA 3LP3A 2ZE2A 4C8MA 4DS4A 4DTPA 3RWUA 1X9SA 4KHYA 5CZ1A 4EP4A 3SV3A 1XHXA 4L8RB 2OPPA 1VRUA 2IC3A 3AO4A 2HNZA 3P5JA 4EP5A 1VSLA 3NCIA 1LWEA 3QERA 3SPZA 3KLFA 2HHQA 4FVMA 2RKIA 4M3WA 2YNGA 3H08A 5EU7A 3VQ7A 4E7HA 3RRHA 4FZZA 1R0AA 3HJFA 1FK9A 3AVAA 4C8NA 2WONA 2XY8A 2P5OA 2VG6A 3K5MA 3TABA 1RTJA 1WSEA 4CFAA 2DFFA 1ZBLA 1NJXA 1WNSA 4CIEA 1JXEA 4BDZA 3PX4A 4N56A 2FBXA 3AA3A 3HM9A 5C24A 1NJZA 4KHWA 4Z4EA 4KFBA 3DLBA 4FK4A 3AVFA 2YNHA 4DF4A 3ZT0A 3SQ2A 1JXBA 2G8KA 4OLBA 4KO0A 4FJ5A 1D5AA 5HROA 3AVMA 4C8LA 4DSJA 4FJKA 1QSSA 2G8IA 4F3OA 4Z4GA 3HXMA 3OYIA 3AA2A 4CJQA 2D0BA 4O44A 3HPHA 2HHVA 1NK0A 4CCHA 5JS1A 4W5TA 1CLQA 1QSYA 4W5OA 3ZT2A 4CE9A 5KRTA 3ULDA 1T05A 1NK4A 4LD0A 1NJYA 1TAQA 2IDOA 3CM5A 4H8KA 3TANA 3KKRA 4FJ8A 2X78A 3DOLA 4M3ZA 5HRNA 1VSEA 3F73A 4F3TA 1WLJA 4DG1A 2HHWA 4PA1A 4FW1A 2QKBA 3SV4A 2LSNA 1X1PA 1F21A 2GUIA 4CHPA 2W42A 3NH2A 3OYKA 3OYCA 2YNIA 4AILC 4HCCA 1U45A 4FLXA 4CEDA 1FKPA 3AVJA 4DSEA 3V9UA 1SL1A 3I0RA 4CFDA 1TKXA 4NCBA 3TAMA 3O3HA 1RBUA 4KB1A 2G8FA 4QOZB 2KZMA 3S9HA 3AVLA 1NK9A 3CFOA 1Q9YA 4W5QA 4DS5A 3QNOA 4ELTA 1GOBA 1KLMA 1TGOA 1SUQA 2RF2A 3AVBA 4O0JA 1BIZA 4MQ3A 3VQDA 4AHSA 1QQCA 3LANA 1C0UA 4CJWA 3KK1A 4N5SA 3NE6A 3PV8A 1T03A 1L3TA 4F4KA 2YKNA 4KTQA 3QEVA 4CGJA 1SL2A 1IKVA 3KD1E 4DLGA 4PUOA 1S1XA 3TAQA 2HMIA 2OA8A 1VSKA 4F2SA 4OKJA 3VQQA 2HHTA 4KHNA 1JLAA 4DTJA 3NF7A 5J2MA 1K6YA 3K59A 4FLTA 4FZXC 4BWJA 4YNQA 5I3UA 3NF6A 4CEOA 4HTUA 2ZQBA 4O5BA 4K8ZA 3RMCA 1BIUA 2X74A 5HRPA 2XRIA 5CYQA 3SQ1A 4IFYA 3KTQA 5FRMA 4DQQA 4CEFA 4E7JA 2Z1JA 4IDKA 3KLEA 3QETA 2A1SA 3RRGA 1VSDA 1S1TA 3LDSA 3A2FA 4FCYA 4KB0A 1HYVA 2G8HA 1A5XA 1D8YA 2HB5A 1KLNA 3O4NA 1TKDA 4FZYA 4C8OA 4AHUA 3DLKA 2OPQA 2GV9A 2P1JA 3HPGA 5HRRA 1LV5A 1JLFA 1HQUA 2Y1JA 4XIUA 3HVRA 3V9XA 2PY5A 4W5NA 3AVGA 3EYZA 3ZSYA 1L3SA 1YTUA 1JLBA 3OS0A 3OS1A 3PX6A 3G10A 4E0DA 4GMJB 3THVA 1A5WA 4KPYA 1U4BA 4CF0A 2QKKA 4OKEA 3V1OA 4CEQA 3G0ZA 1KVBA 4HUGA 3KKSA 2XY7A 4DSIA 1RT5A 1UA1A 4DTOA 5HLFA 4CFBA 1SKSA 4J2DA 3ZT3A 1BI4B 1HNIA 3P1GA 5JS2A 1U47A 1BL3A 1LWCA 3VQ6A 3KD5E 4DTRA 2FBTA 4JRQA 3L3UA 4J2BA 2HHSA 1NKEA 3B6PA 4DTMA 4NCAA 4M45A 4RW8A 2E6LA 4J2AA 2F8TA 4FJMA 3V81A 1JKHA 4O4GA 1C1CA 4CF8A 1JLCA 3HK2A 4GW6A 1DTTA 2OZSA 3K58A 3V9SA 4PQUA 1TAUA 3KLGA 2DY4A 1RDAA 3MEDA 4LSNA 1BHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KTQA 4H5NA 5GINA 5AQNA 2E1YA 3ZSVA 4H0VB 3AGRA 3O4WA 4UY8O 1LW0A 2PYLA 3IG1A 1J54A 4IG3A 2ASPA 2D0CA 4M3RA 4CF2A 4NLBA 4H5RA 4I6MA 4BRAA 3VETA 5HRSA 1EWQA 2UU9K 1HR0K 4OO1J 1NMNA 2A40A 2Q0UA 4CGIA 4CJRA 1RILA 5C10A 5JVHL 4YOWA 3SAHA 4OGCA 3CIPA 3MXMA 3MK6A 4QS7A 2IAJA 5JICA 3V4IA 1RBTA 2QA4N 2DPNA 4Y0WA 2Z1HA 1XMQK 4FM0A 3SUOA 3CMAN 1IG9A 1K8AO 4X66K 3TAFA 1N32K 4FZXC 2QM1A 3AVHA 1O1WA 4B8AB 4B08A 4FWMA 3LZIA 3IUCA 1S72N 2Q3SA 3L2RA 2RE2A 3H46O 1DKGD 1C0MA 4EZ9A 1QTMA 1HX1A 1TL3A 4KV8A 4BVPA 3O6WA 2PFUA 3HP9A 4FJNA 2P9NA 2YJEA 3IAYA 1YTAA 4LFCK 3SJHA 3MXIA 3RMDA 3K57A 4ZTJA 4LSLA 3WXJA 4DF8A 3QO9A 1S5JA 3WNEA 2A3ZA 3SMSA 4A59A 4NCGA 2B5JA 3MECA 4Y1CA 2FSJA 3D2FB 4Y1DA 3AV9A 3QICA 4WF9L 4DSLA 3NFAA 1JL1A 2VGNA 4H5WA 4DV2K 2FF6A 3ENBA 4CZHA 3NAEA 3TI0A 1Y64A 4K41A 1GLBG 3LAKA 4JKHA 3VTIA 5GIPA 3L3VA 4I2PA 4NYNA 1ATSA 5C42A 2KLAA 3NGYA 5FPEA 3CJ1A 3WT0A 1RT2A 4RW6A 3NGZA 1WN7A 1XWLA 3OW2M 3A5MC 2NRTA 5J2NA 3C0BA 2YHBA 4IEEA 4WFAL 4PY5A 4DFPA 4N76A 2W41A 5GAEP 4LF5K 4HTLA 3M5RA 4KTZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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