3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
1NK6A 1J53A 3ULDA 3VQDA 1EX4A 2YHAA 4IFYA 2YKNA 2VG5A 4FK0A 1S9GA 4AH9A 2IAJA 4CCHA 1IKYA 3EZ5A 3V1OA 1MU2A 5C24A 3L2RA 1BL3A 1CZBA 4NYNA 3KLGA 4CF2A 3S9HA 2QXFA 3K5NA 3HO1A 2HHXA 1LWEA 1SKWA 4FLTA 4NCGA 1UAXA 4FLWA 5HROA 3HPGA 4DQRA 3QEWA 4H4MA 4NCBA 4CGGA 3C6UA 1FKOA 1Z25A 4KTZA 1LWFA 4OGCA 1JLBA 3VA0A 1NKBA 1QS4A 4KREA 2O4IA 4DSIA 1BQMA 1WSJA 1VSFA 4DF4A 1KRPA 3AO5A 4FJHA 3VQ7A 4B9UA 1L3VA 4FJ5A 4CJQA 4EP5A 4CJ4A 3L2QA 4G1QA 2KFZA 5D3GA 3QNNA 1W9HA 3DMJA 4RW6A 2WONA 4UQGA 3PX6A 3AA3A 3AO4A 4DFMA 3ZT3A 4DFKA 3OYJA 1BHLA 1C0MA 3OYHA 1NJWA 4DU3A 4AHTA 1L5UA 4FJ7A 2JGUA 4FK2A 3MEDA 4OKKA 1J54A 1ASUA 1RDBA 3VQCA 1HYSA 4FLYA 5KI6A 4N76A 3HT3A 3OYKA 2BGGA 1S1UA 3HK2A 1SV5A 1XHXA 4Z4FA 1VSLA 3IG1A 4RW9A 3DRSA 4JRPA 3AO1A 3I0SA 3LANA 4HUFA 4DU1A 4E3SA 3DLBA 1UOCA 4CJKA 3K5LA 3KLFA 2O4GA 3ZSVA 3MECA 4CJEA 3NHGA 2VG7A 1CXUA 5T7BA 1K6YA 3SYZA 4CK3A 1WNSA 4CJUA 4DQPA 4H8KA 3KKSA 1B9FA 4PUOA 3SUNA 1QSLA 4FZZA 4CHNA 1RDAA 1S1TA 1YTAA 3HSTB 1IH7A 5FROA 4CF1A 3OYFA 3NGYA 1RDCA 4HHTA 4TSXA 3VQ9A 4ELTA 2XY6A 4OKEA 4CHOA 5KRTA 5I3UA 2WOMA 3BGRA 2E6MA 2ITGA 1CZ9A 4E7JA 2XO7A 2XRIA 4I2QA 4M3XA 3QERA 4FVMA 5CZ1A 3JSMA 3V9ZA 2HHVA 3AVNA 3WNHA 2PY5A 4CEDA 2ATQA 1NKCA 1SKRA 1QSSA 1GOBA 4K8XA 4KI6A 4DTUA 3V4IA 3G0ZA 3OYMA 4CF9A 2GUIA 3HPOA 3QESA 3THVA 3TAMA 3LWLA 2DFHA 4QCLA 3OYBA 1C1AA 1HQEA 3V6DA 3RMCA 3S3MA 1XI1A 3CYMA 1QTMA 3OVNA 1VK0A 3HXMA 1T8EA 2ZE2A 2X6NA 3F9KA 5J1EA 1HPZA 1IG9A 4Z4EA 4PWDA 1WSIA 2G8FA 4DG1A 1NJYA 4Q0BA 3RMBA 4IFVA 5CYMA 4M3RA 2P5OA 1JLAA 2YHBA 3MXJA 2RPIA 3NDKA 3RMDA 3HYFA 5KGXA 2IDOA 5KGWA 3AO2A 4FK4A 2LSNA 4CJFA 1BCMA 1SL2A 1LW0A 3TARA 2OZSA 1NJXA 4IG3A 3V9SA 4W5TA 5HRSA 3P1GA 3VQ8A 1LWCA 2XY7A 4L8RB 4CHZA 5SWMA 3UIQA 4RW7A 4Z4IA 3AV9A 1I3AA 5J2NA 3QEIA 1KFDA 1VSEA 4CIFA 1D5AA 3NF9A 1QE1A 5FRMA 4BWJA 1QQCA 3ZSXA 3O3HA 3LP2A 1HJRA 2KW4A 4CEEA 4OLAA 4AHVA 4CGHA 1KLMA 1Q9YA 4JS5A 3QNOA 1RBVA 2HW3A 3O3GA 3OYEA 3VN5A 1N5YA 1U49A 1L3UA 4F8RA 4CEAA 1LW2A 4DSJA 1KFSA 4W5NA 3K2PA 4J2AA 1ASWA 1HYZA 4CE9A 2P1JA 4E1NA 4PA1A 4CJTA 3T3FA 2G8HA 2HHSA 4N47A 1WAFA 2ZD1A 4LSNA 1TL3A 3C6TA 4DSFA 3IRXA 5KTQA 5J2MA 1ITGA 1RTHA 3RR7A 5KRSA 3CFOA 2EHGA 3ALYA 3M8RA 1C0TA 3L2VA 1NKEA 4KHQA 1KVCA 1SUQA 1DTQA 3DM2A 3U3YA 2HHQA 4HCBA 1HNVA 2IOCA 4CF8A 1DTTA 4KB1A 2HVIA 3OYAA 1RBTA 3LWMA 3NGIA 1QHTA 4E89A 3LZIA 3OYLA 4DTNA 1NK4A 1TL1A 1Z26A 4CJPA 4KHNA 3DLRA 1RNHA 3QIOA 4KTWA 1WAJA 4MQ3A 4CJSA 4LH5A 3AVAA 3KK1A 3K57A 1BQNA 3HP9A 4E0DA 3ZT0A 4OJRA 4R5PA 4O44A 4CK2A 2HB5A 2G8IA 1JXBA 4ZTJA 1HYVA 3LAMA 1WSEA 3LPUA 4W5OA 4IDKA 3NGZA 5J2QA 4CK1A 1SKSA 4ZTFA 2I5JA 1RBUA 3K58A 4C8OA 5JS1A 4Y1DA 3C94A 5CY4A 3NH0A 3OYNA 4XIUA 3KLEA 1GOCA 3HVRA 1KTQA 4KKOA 4BDYA 4DTOA 3ZSWA 3TI0A 2DY4A 3SCXA 1U47A 3DLKA 4AHUA 2A1SA 3AVLA 1YVUA 1BIUA 1ZBIA 1XWLA 1L3SA 4E7IA 3DRRA 4HCCA 3F73A 1BI4A 4H4OA 3VQQA 3L2UA 4FLVA 3V9WA 3TAFA 4OVLA 2YKMA 4B08A 2PZSA 1S6QA 1WSHA 3ZSQA 1RTJA 4M3WA 4DFJA 4FLXA 1TGOA 1VSJA 3LP1A 3JYTA 1D9DA 4FJLA 3DOKA 3P83D 4DSLA 2G8KA 1UA0A 4FJJA 4J2BA 3DRPA 3MEGA 3EYZA 2OPQA 2GV9A 2D0BA 4OKJA 4DFPA 1Y97A 1C6VA 4WE1A 2KQ2A 2F8SA 4BDPA 3I0RA 1S1WA 5C25A 2XY5A 2D5RA 1NK7A 3B6PA 4O4GA 3L3UA 4DSEA 4C8NA 3VQBA 3EY1A 2E4LA 1RT4A 4O0JA 3FFIA 2HMIA 4DWIA 4KB0A 2Z1GA 4ICLA 1RT3A 3TAPA 1B9DA 2ZQBA 4KO0A 4I9LA 3SV3A 1X9SA 1EKEA 3AVHA 3V81A 4Y1CA 4KHUA 3RMAA 4FJNA 1TKXA 1WLJA 1VSHA 1S1VA 4CGDA 1EETA 3NH2A 1Q9XA 4HUEA 3V9XA 3PY8A 1F21A 5FRNA 1JL1A 4CJVA 4DTPA 4B9SA 4KHSA 4CJ3A 4CEZA 1TAUA 3V1QA 1C1CA 1ZBHA 2FBTA 2OA8A 4DTRA 4FJGA 1JLGA 4W5RA 3HL8A 4B9TA 4JLHA 4KI4A 4BACA 4BE1A 5I42A 3AA4A 3VQ6A 3DLGA 1TK8A 1NK9A 3MXIA 1HNIA 4M3ZA 3PX4A 4RW4A 1ZBUA 5J2PA 1HMVA 4DU4A 4F4KA 2HVHA 1RT2A 4FZYA 3QO9A 3MXMA 4HVJA 1JLCA 4BDZA 3CQ8A 3NAEA 3KK2A 3U6FA 1S6PA 1HQUA 4E1MA 2D0AA 4CGJA 4CF0A 3LALA 3M8QA 4E19A 2E6LA 2BANA 5C42A 4F3OA 3SZ2A 1RBRA 2DFFA 1JLQA 1XHZA 1XC9A 1KSPA 3BDPA 4B9VA 1BISA 1U45A 4EP4A 4FM1A 2F8TA 3DI6A 3CM6A 4DQSA 1TKZA 4CEQA 1TKDA 3VQ4A 3LP0A 4NYFA 4N41A 3WNEA 4JS4A 2NUBA 2VWKA 3PUFA 4PY5A 4KAZA 1X9MA 3OS0A 3SPZA 4B9MA 1NK0A 4C8LA 3KD5E 5HRPA 3SNNA 2X74A 3O4QA 4DQIA 3NE6A 4ZHRA 1SL0A 2Z1IA 1RBSA 2KZMA 4RW8A 3SPYA 4HUGA 2IGIA 4CFAA 4IG0A 2HHUA 3LPTA 3VA3A 4ID5A 1RTDA 4PQUA 3ZT2A 1QSYA 1DLOA 3MAQA 1Q8IA 3HM9A 5E41A 4B3OA 2HNZA 4KRFA 1ASVA 3KLIA 4CFBA 3OJUA 3KTQA 4FJIA 5JS2A 1NK5A 3RWUA 4FLUA 3C95A 3V9UA 2D0CA 3AVFA 3QEPA 1NOYA 3QLHA 4MFBA 4AILC 3KJVA 1GOAA 1NK8A 1O1WA 3LAKA 1CXQA 4CJ5A 2EX3A 4I9QA 4GW6A 1WSGA 3IS9A 3OYCA 2G8WA 3ZSRA 3TABA 4CHQA 2XHBA 1IKWA 4LD0A 3DLHA 1X1PA 4GVMA 2Z1HA 3ZT1A 4E7KA 4DLGA 1FK9A 1W0HA 1I39A 2HNYA 4OGEA 4E7HA 4DS5A 4KV8A 4CERA 1KCFA 3KIOA 4O55A 1D9FA 3PO5A 4C8KA 3DOLA 3K5OA 3AVMA 4AHCA 1ZBFA 3OYDA 4FCYA 1IO2A 2OYQA 3VQ5A 1U4BA 2PYLA 4KHWA 4F2SA 2JLEA 3AA5X 4ELVA 1C1BA 3OY9A 3I8DA 1TV6A 4DLEA 2HHTA 4I2PA 3VQEA 2IS3A 2ETJA 4Z0UA 4M41A 3K59A 1RDDA 2G8VA 2KTQA 4ID1A 1RT7A 3ZSZA 3L8BA 4Q5VA 2YNFA 3VQAA 5HP1A 1EXQA 2Y1IA 1YTUA 3SV4A 1FXXA 4CHPA 3NF8A 1J5OA 1S5JA 1UA1A 4CIGA 5K14A 3SUQA 3NFAA 1VSKA 4FM0A 1T05A 4DTSA 3AVKA 2QKKA 5HBMA 4JRQA 3TAGA 4M3UA 1RT1A 4FJMA 3NBPA 4DTJA 3LZJA 3AVJA 3RR8A 1KVAA 1A5WA 5HLFA 4CFDA 5CZ2A 1T03A 2AJQA 1A5VA 4DTMA 3M8PA 2A1RA 3T19A 3DLEA 3KK3A 3L2WA 3ZSYA 3OS1A 1S9EA 4B8CA 4DTXA 4CEOA 4FLZA 1ZBLA 3AVGA 4HTUA 2OZMA 4OPJA 1RTIA 3G10A 3TAEA 1N6QA 1D8YA 3HVTA 4QOZB 2DTUA 3CM5A 2XY8A 2OPRA 1J9AA 1LV5A 3TAQA 3ZSOA 3O3FA 1RT5A 1WN7A 3AA2A 4CGFA 3D0PA 4FJ8A 3HJFA 2RF2A 1JL2A 3SI6A 4DMNA 3KLHA 1SL1A 3T1AA 2KFNA 2YNHA 1TKTA 5HRRA 5HRNA 1ZYQA 2OPPA 2P51A 3AVIA 4B8AB 4OPKA 4B9LA 2X78A 3TWHA 4EZ6A 2OPSA 5CYQA 1JXEA 3H08A 4DSKA 4QAGA 1C0UA 4CJRA 3SUOA 4I7FA 4F3TA 1RCHA 2Z1JA 3MEEA 3KKRA 4E7LA 5EU7A 4BE0A 3S3NA 3AO3A 1HRHA 2BE2A 2YNGA 4CECA 1TK5A 1X9WA 2P5GA 4FJKA 1BIZA 3LP3A 3SQ4A 4FYDA 4ELUA 1EP4A 1REVA 1BCOA 3SJJA 4CEBA 4W5QA 1U48A 4CGIA 2Y1JA 1TK0A 3ASMA 3LDSA 3L3VA 1L3TA 4J2DA 4FXDA 3SQ0A 1VRUA 2B4JA 2YNIA 4J2EA 1A5XA 3TR8A 1NJZA 4Z4GA 2DFEA 4DQQA 4BE2A 3P5JA 1RT6A 4CJLA 3AVCA 4CJWA 2BDPA 2HHWA 2FBXA 4DS4A 2FBYA 4AHSA 4Z4HA 4YNQA 2HNDA 3SUPA 1UWBA 4K8ZA 3AVBA 3RRHA 3ZT4A 4EZ9A 3V1RA 4BWMA 3NF6A 3DYAA 3K5MA 4M42A 1KVBA 3A2FA 3D45A 3S3OA 1JLFA 4O5BA 1LAVA 3PO4A 3ITHA 3B6OA 1FKPA 2RN2A 3WNFA 3WNGA 3OJSA 1BI4B 4FJXA 4FW1A 2KZZA 4KHYA 1VRTA 4IBNA 4CESA 1G15A 5SZTA 3CFPA 4OLBA 4LY7A 2YV0X 3QINA 3QEVA 3CFRA 3CG7A 3HP6A 4N5SA 4M45A 3KD1E 1U04A 1JKHA 1RILA 4NCAA 1B92A 2VG6A 1T7PA 3ISNC 3RRGA 2IC3A 4KFBA 3PV8A 2RKIA 3OS2A 4FM2A 4RG8A 4CEFA 2Q3SA 4YFUA 3ZCMA 1KLNA 1WSFA 4KPYA 1BGXT 1VSMA 2VWJA 3OYGA 3VQPA 3QIPA 3O4NA 1YT3A 3E01A 1TAQA 3NH1A 4N56A 5DMRA 3QETA 3M8SA 2F96A 1JLEA 3NF7A 3QEXA 4CFCA 4M3TA 3HPHA 2R7YA 1IKVA 1VSIA 4M3YA 3OYIA 3PX0A 4FZXC 1R0AA 4DF8A 4KTQA 4Z4CA 5FDLA 3SQ1A 4GMJB 3TANA 1IKXA 4B9NA 4LSLA 4F2RA 2QK9A 2B5JA 4AHRA 3IAYA 3NCIA 2QKBA 4CHYA 5DK5A 3RTVA 2B6AA 2FC0A 1CLQA 2G8UA 3SQ2A 4FW2A 3U3GA 2GBZA 1S1XA 2FBVA 4C8MA 4IKFA 2W42A 4CIEA 1LAWA 1TVRA 2PYJA 4LH4A 1NOZA 4O0IA 4FJ9A 1VSDA 2X6SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK6A 3VTIA 3ULDA 2A5XA 2YHAA 1T44A 4O8KA 4CD3A 2YKNA 1T6CA 2IAJA 4CCHA 4JKAA 3I8BA 1MU2A 5C24A 3L2RA 3TU5A 2NRVA 3S9HA 2QXFA 1YJ9N 2HHXA 1LWEA 3C65A 4YOTA 2YHYA 4NCGA 4FLWA 3Q7BA 4H0OA 3IUCA 3C6UA 3WEEB 5DM7L 1QZ6A 3GE1A 3VA0A 4KREA 1T6DA 3SK3A 2DPNA 3AO5A 1L3VA 3QNNA 1W9HA 1ZXOA 3DMJA 1RFQA 2WONA 4DFMA 4WFBL 1BU6O 5ADXA 3OYHA 1NJWA 2IIRA 1J54A 1ASUA 3RVCA 5MLCQ 3CCEN 3HT3A 3OYKA 2BGGA 3HK2A 2GUPA 4IEEA 2QWOA 4RW9A 4DU1A 4E3SA 4JRPA 3I0SA 5AQVA 1UOCA 3K5LA 4X65K 3NHGA 3S41A 5T7BA 4DV6K 4CK3A 5HOOA 4CJUA 4DQPA 3SUNA 5FPDA 2IVPA 3R8EA 5FROA 3E1YA 2XY6A 5KRTA 3BY5A 3BGRA 5C12A 4E7JA 4B1ZA 5CZ1A 3JSMA 1EWQA 3AVNA 2PY5A 4DTUA 1NNEA 3V4IA 3CPWM 3CMEN 2GUIA 4LFCK 3LDPA 3TAMA 1C1AA 1HQEA 1QTMA 1T8EA 1HPZA 1KXPA 4Z4EA 4PWDA 1K8KA 4WFNL 3RMBA 4B3SK 3FLCO 3IFRA 3BF3A 3RMDA 5KGXA 3AO2A 2LSNA 1BCMA 1SL2A 4W5TA 1W7AA 1G99A 3P1GA 5SWMA 1KFDA 1ESVA 3WQUA 3KHYA 3LP2A 3O4WA 3TTCA 3CETA 1J5EK 4AHVA 1Q9YA 1TYQA 2I7NA 3OYEA 4F8RA 3D6RA 4CZMA 5AZIB 1KFSA 4J2AA 1ASWA 4CE9A 2G8HA 2HHSA 3VEXA 4LSNA 5KRSA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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