The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Structures of Trnas with an Expanded Anticodon Loop in the Decoding Center of the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI6 K; 3J81 O; 4LF8 K; 4DR5 K; 4DR6 K; 4B3T K; 4DUZ K; 4JI0 K; 3OTO K; 2UUA K; 4DV4 K; 4JI1 K; 1XMO K; 3T1H K; 1N33 K; 4DV6 K; 4KHP K; 4DV2 K; 4DV5 K; 1IBK K; 4LF6 K; 4GKJ K; 2E5L K; 5LMN K; 4NXM K; 4DR4 K; 4DR7 K; 5AJ3 K; 5A2Q O; 2F4V K; 4X62 K; 4CVN E; 4JI4 K; 2UXC K; 4B3R K; 4X66 K; 3T1Y K; 1HNX K; 4JV5 K; 4K0K K; 4JI2 K; 4LFC K; 2VQF K; 1XNQ K; 4CW7 B; 4JI8 K; 4AQY K; 1IBM K; 3J7Y P; 4YY3 K; 4B3S K; 4JI3 K; 3JAM O; 5LMU K; 4LF4 K; 4DV7 K; 4B3M K; 1FJG K; 2UXD K; 4LFA K; 4X64 K; 4LF5 K; 1N32 K; 1XMQ K; 4DR1 K; 4YHH K; 2UUC K; 5IWA K; 4JI5 K; 4NXN K; 4GKK K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 4DV3 K; 4LFB K; 5IT9 O; 2VQE K; 4JYA K; 4JI7 K; 1IBL K; 4DR2 K; 2HHH K; 4V19 S; 2UXB K; 1N36 K; 3J7A P; 2UUB K; 4DV1 K; 4DUY K; 2UU9 K; 1HNW K; 4X65 K; 4LF7 K; 3J80 O; 5FLX O; 5BR8 K; 4LF9 K; 5LL6 Z; 4DR3 K; 1J5E K; 1XNR K; 4OX9 K; 1N34 K; 1HR0 K; 1HNZ K; 1I94 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FJM A; 3QNO A; 3IS9 A; 1Q9X A; 4BRC A; 3IRX A; 4FSV A; 5EY4 A; 2Y1I A; 4B9V A; 2O8F A; 3C6H A; 3TTC A; 4JI1 K; 1QSL A; 2YHW A; 3OYM A; 1WNS A; 3GL1 A; 2PY5 A; 4FZY A; 3EZW A; 4QOZ B; 3M8P A; 2IVO A; 3KK3 A; 4BQL A; 1YF5 L; 3K0S A; 3S9H A; 2VG5 A; 1JLB A; 3KIO A; 3D2E A; 1VSI A; 3S41 A; 3QB0 A; 3ZEU A; 4Z4F A; 4ISE A; 3CCJ N; 1JLG A; 4KPY A; 1Y97 A; 5HRR A; 3LP3 A; 1W7A A; 4FZX C; 1BL3 A; 4GV9 A; 4CF2 A; 4E7K A; 4ZHR A; 3P39 A; 1LV5 A; 1GLF O; 4FLZ A; 2P9S B; 4KHY A; 1EET A; 1A5V A; 2E4L A; 3NDK A; 2FXU A; 1MA9 B; 3EE9 A; 3EE8 A; 4PKH A; 4CHO A; 4AQY K; 3QDK A; 3CXC M; 4FK4 A; 2O8D B; 4Z4I A; 4DQR A; 3EKU A; 4FM0 A; 4EZ6 A; 3UKU B; 4BR5 A; 1P90 A; 1X1P A; 3CPW M; 3PO5 A; 3SZ2 A; 2OA8 A; 4FWN A; 2V7Z A; 2A3Z A; 1QQM A; 4IOC L; 4JKC A; 1IG9 A; 1KVB A; 5SWM A; 3KD5 E; 3MEC A; 4OPK A; 3TTD A; 3ZT4 A; 2E20 A; 4C1N I; 4K8Z A; 4BWM A; 4W5Q A; 3L2R A; 3QFU A; 4V19 S; 2ITM A; 4CGD A; 1D4X A; 1LWF A; 2D4W A; 1QVF M; 1CZ9 A; 4H0V B; 1NMD A; 1S1T A; 1GLJ O; 3O3F A; 3TAP A; 4PL7 A; 2JWK A; 4DTU A; 4K41 A; 1EP4 A; 1RT2 A; 3P5J A; 3LAM A; 3B6P A; 5DM7 L; 1IV0 A; 1VQ8 N; 3VQC A; 3M1F A; 1HMV A; 1HYS A; 1KLN A; 1JXE A; 4FLW A; 4CJQ A; 1UOC A; 3SI6 A; 1S9E A; 3THW A; 1IJJ A; 1S6Q A; 4KH4 A; 1W2B M; 1VQM N; 3DI6 A; 4DB3 A; 3BF1 A; 3M6G A; 1I94 K; 3I0S A; 4NYF A; 1QS4 A; 3BF3 A; 3VES A; 4E7H A; 3HBT A; 4I6M B; 1X9J A; 3I0R A; 4M3R A; 1E4G T; 1NGA A; 4CGF A; 4CJL A; 1D9F A; 4E1J A; 2AJQ A; 3CQX A; 3C6U A; 1QQN A; 1K9M O; 4DQI A; 4NXM K; 1WSH A; 5BN9 A; 1KXP A; 2GX9 A; 1EWR A; 4X62 K; 1LW0 A; 3DOK A; 4B1U B; 1LWC A; 4OJR A; 3BY5 A; 1WN7 A; 4ISG A; 1NK8 A; 2IVN A; 1MU2 A; 3AO1 A; 3DJC A; 4MQ3 A; 1VHX A; 4BRK A; 3LZJ A; 4B1Z A; 1Z25 A; 5BRH A; 5AQZ A; 3E01 A; 5CYQ A; 4MDB A; 3EYZ A; 2WTU A; 2BE2 A; 3KTQ A; 2UXD K; 4LY7 A; 4ELV A; 1T8E A; 5KPT A; 3QET A; 3AO2 A; 3MEE A; 3FE1 A; 5J2N A; 4CJK A; 1OVY A; 3VQB A; 1NK7 A; 4DQQ A; 1ASW A; 2H3G X; 4DU1 A; 1KQS M; 4GVM A; 1YXQ A; 3VQ8 A; 4CK3 A; 2A6A A; 4DS4 A; 3HT3 A; 2A40 A; 3P4I A; 4LH4 A; 4A61 A; 3NF7 A; 4OVL A; 3ZSZ A; 3CME N; 3K5N A; 4KI6 A; 4O55 A; 2P9L A; 5AQM A; 2A42 A; 4BRP A; 2HW3 A; 2VG6 A; 4IO8 A; 5AQQ A; 1O13 A; 3MN6 A; 5C12 A; 4DR3 K; 4J8F A; 3N4Q A; 1QE1 A; 2E1Y A; 4F3O A; 3MN9 A; 3I8B A; 4GVE A; 1NGD A; 3DXM B; 4IDH A; 3J81 O; 4OGE A; 4CBX A; 4K8X A; 4DTS A; 2DFH A; 5JMV A; 4B1W B; 3RMD A; 1S1V A; 2ASO A; 3VPZ A; 1CLQ A; 3QFP A; 4C8L A; 3DM2 A; 3OYC A; 1NG9 A; 3A2F A; 1NKB A; 3AVC A; 4DV2 K; 3ZT2 A; 1S1W A; 3HVT A; 3BEX A; 2VG7 A; 3O80 A; 1QZ6 A; 2HF4 A; 4DTP A; 4JAX A; 5A2Q O; 3L6Q A; 4E3S A; 3THY B; 1KSP A; 2OPS A; 3L4I A; 5AQT A; 3BDP A; 3DWL A; 2RF2 A; 3OHR A; 2E2O A; 4BGB A; 4HUF A; 3VEZ A; 2BUP A; 4K0K K; 3THX B; 1K8K B; 3FR0 A; 2HST A; 2YNG A; 4BE2 A; 2QWL A; 3QEI A; 2GBZ A; 1VQN N; 4EIA A; 2NRW A; 4FWQ A; 4DSI A; 4PKI A; 2Q1N A; 4DHY A; 1HKB A; 2FBX A; 1FKP A; 4JI3 K; 1VSE A; 4N56 A; 1KVA A; 1KTQ A; 5AQJ A; 1JCG A; 3V1R A; 3ENH A; 1ASU A; 3RTV A; 1VQ5 N; 4CHP A; 4X64 K; 3WT0 A; 4FWO A; 1XMQ K; 4DR1 K; 1BO5 O; 1BHL A; 1NJY A; 3AVK A; 1OH5 A; 4G1Q A; 1NGC A; 1QTM A; 2D0B A; 3OYJ A; 3NVM A; 2KZZ A; 1XHZ A; 4OPJ A; 4CEA A; 1HJO A; 2VQE K; 1D5A A; 4F2S A; 4HUE A; 1RCH A; 3Q7C A; 1GOC A; 4JHD A; 4A62 A; 4DTX A; 1SAZ A; 3K9J A; 1EKE A; 3MXM A; 4CCH A; 3OYB A; 3KZB A; 5C10 A; 1F21 A; 5GAH P; 3NHG A; 3AVG A; 4R79 A; 4FLV A; 1VSD A; 2Q31 A; 2QKB A; 4ICL A; 4AHS A; 1RT4 A; 5BR8 K; 2P5O A; 1VQP N; 3JYT A; 2V7Y A; 3O5B A; 4B9M A; 5C15 A; 3QER A; 2DFF A; 1HNZ K; 1MWK A; 1MDU B; 3IG1 A; 3O9U A; 2PFU A; 4DR5 K; 4E7J A; 1XC9 A; 3NF6 A; 4KAZ A; 3K57 A; 3A5L C; 3CCQ N; 3HTV A; 4U7B A; 4RW6 A; 3ID8 A; 2AA4 A; 1Q7Y O; 1FKO A; 2I7N A; 5FRN A; 2PZS A; 4B3O A; 5E84 A; 3CMA N; 3LM2 A; 3EY1 A; 4FK2 A; 3HPH A; 3VEY A; 4DV5 K; 1TAQ A; 1NWK A; 2FBV A; 1LWE A; 2Q3S A; 1QZ5 A; 1RDW X; 3EKS A; 3OYK A; 1BIS A; 1BIU A; 3LWL A; 1QQC A; 4M3Z A; 3AVL A; 4HUG A; 4BR2 A; 3B8A X; 4X66 K; 1WSF A; 4QS8 A; 2JGU A; 1KAY A; 3SUP A; 2Q0R A; 3LDO A; 3CI5 A; 3DLB A; 1L3S A; 2P9I B; 3GG4 A; 3GOI A; 4C8M A; 1FXX A; 3WXI A; 1HUX A; 4DSF A; 2XY5 A; 4H5V A; 4OPH A; 2O8C A; 3NH1 A; 3VF4 A; 1P8Z A; 4LF4 K; 2ZWH A; 4ILG B; 4KBO A; 4CJU A; 5GAD P; 1HRH A; 2Q97 A; 3C65 A; 3KWI A; 1Q82 O; 3ZET B; 1YJ9 N; 2QWP A; 3DAW A; 1JJ2 M; 4BRO A; 2UUC K; 2PYL A; 2OCE A; 4ELT A; 1OH7 A; 2GEL A; 3RRG A; 3NGY A; 3VEO A; 2QM1 A; 2HF3 A; 2ZGY A; 3HOT A; 2FF3 B; 1OKJ A; 4JI7 K; 3ITH A; 4YFU A; 4FJI A; 4KTZ A; 3LM9 A; 1ZYQ A; 2RE2 A; 3KLG A; 2UUB K; 4BRH A; 2E88 A; 4M63 C; 3AA5 X; 4E0D A; 4EHU A; 3NVK A; 4M3Y A; 2XY6 A; 4KI4 A; 2G8H A; 3WXK A; 4CJT A; 3B6O A; 3V1O A; 2ETJ A; 5BPM A; 1KFS A; 3O4N A; 4BR9 A; 3OVN A; 4DQ8 A; 3CFR A; 5EVZ A; 4CES A; 3RMA A; 3AAR A; 1JLF A; 1NOZ A; 3DLG A; 5AZJ A; 1WSE A; 4GMJ B; 1TK8 A; 2I5J A; 3FLC O; 5AQU A; 2EWS A; 1TGO A; 3QIC A; 1NJZ A; 5HRS A; 1R0A A; 2ZJP L; 3ENB A; 2NLX A; 4K43 A; 1S1U A; 3J7Z O; 2WC9 A; 3D45 A; 2QWN A; 2NRH A; 1WSG A; 3TSU A; 4C8O A; 3T69 A; 3O4Q A; 4N5S A; 2CGL A; 4CJP A; 1T7P A; 4FJN A; 4CZK A; 3HVR A; 4DSJ A; 4DLG A; 2G8I A; 3QES A; 4K25 A; 4DCH A; 2NRZ A; 2WUS A; 3ULD A; 2W6L A; 2IAJ A; 4BDY A; 3TAB A; 2VQF K; 3BGR A; 4RW4 A; 4R5P A; 1S9G A; 3V1Q A; 2HBJ A; 4B3S K; 3NF9 A; 3MK6 A; 3K58 A; 3PY8 A; 4OLB A; 1E3M A; 2D0A A; 1CZA N; 4PUO A; 4OO1 J; 2HHV A; 3R3L A; 4QS9 A; 3SQ0 A; 4BR4 A; 3TTF A; 4NXN K; 1QQO A; 3HYF A; 4PY5 A; 4ID5 A; 4HCC A; 4IBN A; 2YNI A; 3AAP A; 3G71 N; 2O8F B; 4PQU A; 1S5J A; 1EQY A; 1SL2 A; 3IAY A; 3R6M A; 4Q5V A; 2HND A; 1JLE A; 3VQA A; 4FLY A; 4IJA A; 1IO2 A; 4CJV A; 3ZSW A; 5J1E A; 1YIT N; 4DR2 K; 1RTH A; 2UXB K; 4A5B A; 3DLE A; 5AQK A; 4FJL A; 3D2E B; 1OH8 A; 3C0B A; 3I56 N; 3V81 A; 4CJR A; 3ZEU B; 1Z6R A; 4OKJ A; 4QAG A; 3MCA B; 3AVA A; 3ENO A; 1TAU A; 3L8B A; 3G10 A; 5AQY A; 1K8A O; 2E6M A; 4RW9 A; 4FLX A; 3V9U A; 3LAN A; 1RNH A; 1NBW A; 1RDC A; 3L2Q A; 3IUC A; 4BVP A; 1WAF A; 1ATR A; 4CZH A; 1L3V A; 4B3T K; 5MLC Q; 3ASM A; 2QXF A; 3KKR A; 4JKB A; 1NK0 A; 2QA4 N; 3KKS A; 2E2P A; 3OTO K; 3QEW A; 4DV4 K; 3WEE A; 2HB5 A; 3ULE A; 3OJS A; 1SUQ A; 4K42 A; 5F0X A; 3QO9 A; 1U47 A; 4XH1 A; 3SPY A; 1J6Z A; 1NGH A; 3NBP A; 5E26 A; 1T6D A; 5CZ1 A; 3LPU A; 5EX5 A; 1YT3 A; 5C2F A; 1GLL O; 1D9D A; 3C95 A; 4GNI A; 4MFB A; 4FK0 A; 1RTD A; 3L3U A; 4E1M A; 3NGI A; 3OJU A; 2UXC K; 3HRG A; 4CHN A; 4CK2 A; 2B5J A; 1T03 A; 2RHK A; 1V4S A; 2F96 A; 5M1Q A; 1JCE A; 2YKM A; 3NFA A; 2RN2 A; 1XQS C; 5GIO A; 4B08 A; 1MWM A; 5FPD A; 5E41 A; 1IBM K; 4JRP A; 1HKC A; 3CC2 N; 1RT5 A; 5AZI A; 4QCL A; 1REV A; 3THW B; 2IVP A; 4CGG A; 3H08 A; 4YOW A; 1TK0 A; 2YHY A; 3O6W A; 2CGK A; 5SZT A; 1VQ7 N; 4Z4H A; 1ATN A; 5M1K A; 2D0P A; 3L4Q A; 1BA0 A; 1EX4 A; 3E66 A; 5C25 A; 3KLF A; 4DV0 K; 3AA3 A; 3ZYY X; 4CFD A; 2KZM A; 3MCP A; 4ILJ A; 3AA2 A; 4L8R B; 1HJR A; 3CPE A; 1ZC6 A; 4CZM A; 4KHQ A; 5BN8 A; 1C1B A; 3FFK B; 4DLE A; 4CHY A; 2ATQ A; 3U4L A; 4G9Z A; 4FOE A; 5ELZ A; 3CET A; 4BC4 A; 2A1R A; 3RMC A; 3MN7 A; 4FXD A; 3NE6 A; 3CJ9 A; 2OPQ A; 1Z05 A; 4FJG A; 3KK2 A; 5FLX O; 2G8U A; 1ZBF A; 1DKG D; 5HL7 L; 2KTQ A; 4MO5 A; 2OTJ N; 1J9A A; 4CZJ A; 3ZSY A; 4KHN A; 2XO7 A; 1RIL A; 4Z94 A; 3OYL A; 4M3U A; 2UYT A; 3CJ7 A; 3CCL N; 1ITG A; 3SJH A; 1HQE A; 4MO4 A; 3QML A; 4FM1 A; 4RW8 A; 2YX6 A; 3IKM A; 2J4R A; 1RBV A; 3DLR A; 2X78 A; 2X74 A; 1VQ6 N; 1NGG A; 3T1A A; 3NCI A; 4FJ9 A; 3PUF A; 2QKK A; 3ZX2 A; 4BRQ A; 2NRV A; 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3HP6 A; 3PX4 A; 5B8H A; 2HHS A; 4DSK A; 4XH4 A; 3CYM A; 1XMO K; 4E7I A; 4KHU A; 1NLV A; 3SLC A; 4JEP A; 2QXL A; 5M1N A; 3VQ5 A; 5HRO A; 3DXK A; 3CC7 N; 1VSH A; 3QBX A; 4TSX A; 4I6M A; 3S3O A; 2QEX N; 5AJ3 K; 2CH5 A; 3VET A; 4CVN E; 3CG7 A; 4H5R A; 4YOX A; 4H03 B; 3MDQ A; 1M1K O; 2QK9 A; 3Q7B A; 4JHD B; 2Q2R A; 4JRQ A; 4J2E A; 1U45 A; 4IEE A; 5CYM A; 1BA1 A; 3HM9 A; 3QBW A; 5TKW A; 4CED A; 4IKF A; 1SKS A; 3AVM A; 4A2A A; 4HWI A; 4DQP A; 4JNE A; 3LPT A; 4GY2 B; 4XH5 A; 5KI6 A; 1JCF A; 2JWL A; 4CZE A; 4DKW A; 4CZL A; 3GE1 A; 4FWK A; 3VF6 A; 3PIP L; 3SPZ A; 1YJN N; 1FJG K; 5FRO A; 5AQR A; 3UB5 A; 5F2R A; 5HRP A; 2WFB A; 3F73 A; 3D0P A; 4GKK K; 1S3X A; 1W97 L; 2XY8 A; 3TR8 A; 1WUA A; 2Z1H A; 4LFB K; 3CCE N; 2GWK A; 3PX6 A; 3ZSR A; 2O8E A; 3O1W A; 4BC5 A; 2HBL A; 4DV1 K; 3SV4 A; 4B9N A; 4FWM A; 3VQE A; 2FBT A; 3VGM A; 1HLU A; 5AFU A; 4FZZ A; 2BDP A; 1TKZ A; 4U67 L; 4CIG A; 3OS1 A; 2P51 A; 4Y0W A; 3VEN A; 3S3M A; 1B9D A; 1YVN A; 1XHX A; 2YCH A; 2YJE A; 2LSN A; 4NLC A; 2P9U A; 2GUP A; 3LWM A; 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