The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J81 O; 1HNX K; 4JI3 K; 2HHH K; 4JI6 K; 4LF7 K; 4LFC K; 3J7A P; 1N32 K; 4DV7 K; 1HNZ K; 2VQE K; 4CVN E; 2F4V K; 3T1H K; 4DV2 K; 4DR5 K; 5FLX O; 4LF8 K; 4GKJ K; 4JI2 K; 3OTO K; 1HNW K; 4DR2 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 4DV6 K; 4JI8 K; 4X65 K; 3J7Y P; 5IT9 O; 5A2Q O; 4LFA K; 4DR4 K; 1HR0 K; 4DV3 K; 4X62 K; 1XNQ K; 1FJG K; 2UUA K; 1N33 K; 1I94 K; 3J80 O; 4DR6 K; 4DR7 K; 4NXN K; 1N34 K; 3JAM O; 4JYA K; 4YHH K; 4JI7 K; 4X64 K; 4LF4 K; 4OX9 K; 4DV5 K; 2UXB K; 4LF9 K; 5AJ3 K; 4DUZ K; 5LMN K; 4LF5 K; 1J5E K; 4LF6 K; 2E5L K; 5LMU K; 1XMO K; 2UXC K; 4AQY K; 4K0K K; 4KHP K; 1IBL K; 2UU9 K; 4X66 K; 4NXM K; 1N36 K; 1XMQ K; 4DV0 K; 4B3S K; 1IBK K; 4CW7 B; 1XNR K; 4V19 S; 4JI4 K; 2UUB K; 5LL6 Z; 4JV5 K; 2ZM6 K; 4B3R K; 4GKK K; 4LFB K; 2UXD K; 4JI5 K; 4YY3 K; 4DR3 K; 5BR8 K; 4JI0 K; 2UUC K; 1IBM K; 4DR1 K; 4B3M K; 2VQF K; 3T1Y K; 4B3T K; 5IWA K; 4DV4 K; 4DUY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E1J A; 3H46 O; 4H0V B; 2BDP A; 4BRQ A; 4KPY A; 4NCA A; 4XH5 A; 2P9U A; 2FSN A; 1IJJ A; 4YOR A; 1SS6 A; 3NDK A; 1KXP A; 3BY5 A; 3J7A P; 1BHL A; 2CH6 A; 3DMJ A; 4DV7 K; 5SWM A; 3BUZ B; 1XUP O; 4IO9 L; 2LSN A; 3F9K A; 2E20 A; 3CER A; 5FLX O; 1G15 A; 3H1Q A; 4FJH A; 5AQH A; 4AH9 A; 3C6U A; 1RBT A; 3H45 C; 5M1K A; 3OVN A; 1KAZ A; 5CY4 A; 3ZSQ A; 2HF3 A; 4WE1 A; 3TAN A; 4FM0 A; 2P9N B; 4AHR A; 3HPO A; 1NK8 A; 4KI4 A; 4KTW A; 2CH5 A; 2XY6 A; 3VPZ A; 3VET A; 3RMC A; 3AVJ A; 4B9N A; 2E1Y A; 3OYL A; 4LSN A; 2CGK A; 1ILY A; 3FFK B; 1VQK N; 4QCL A; 1WBD A; 1NK7 A; 3ID8 A; 4Z94 A; 4E7H A; 1KLM A; 3KK7 A; 4B08 A; 4IOC L; 3AVI A; 3M8P A; 1GLA G; 3ITH A; 1VQ8 N; 4CBW A; 5LMN K; 1RT3 A; 3D7E O; 5GAD P; 3LDS A; 3AVN A; 4LF6 K; 1HJR A; 1NMD A; 1YT3 A; 2V7Z A; 2A1R A; 1K8A O; 4H0P A; 4K0K K; 4KHP K; 1S1U A; 5AQS A; 2ATQ A; 3G25 A; 4N56 A; 3V9W A; 2FLO A; 5HRO A; 4CJW A; 3MN6 A; 4OLB A; 1T3V A; 3AAP A; 3SAH A; 3SMS A; 3P38 A; 5AQJ A; 1C1C A; 2F8S A; 4JHD A; 2O4I A; 3UE5 A; 4KHN A; 4V19 S; 3SNN A; 4JK9 A; 4LC9 B; 1ZBU A; 2VYP A; 1XI1 A; 1ZC6 A; 4DQI A; 2DPN A; 1GOB A; 3THV A; 2BUP A; 2XO7 A; 3M1F A; 3P39 A; 4LH5 A; 2D0B A; 4ID5 A; 1YIT N; 4CGD A; 4CJ4 A; 2HBJ A; 1CXQ A; 3CC2 N; 2P5O A; 4CK1 A; 4LY7 A; 3AY9 A; 3EKU A; 3AO2 A; 4FVM A; 2XRI A; 4DSF A; 1KVC A; 2Z1G A; 4MO4 A; 3HM9 A; 3ZSO A; 1T6C A; 5KPR A; 3HXM A; 3A5O C; 2AA4 A; 3AO1 A; 4M63 C; 3KK3 A; 2O8B A; 4CER A; 1K8K A; 4GV6 A; 4F3O A; 3VQP A; 3C6A A; 3E66 A; 3HJF A; 1B92 A; 4DMN A; 3OTO K; 3CCS N; 4CEA A; 4RCH A; 1NJZ A; 3VF2 A; 2G8F A; 1ZBH A; 4E0D A; 2ZF5 O; 5AZJ B; 2P9L B; 1S1T A; 1MDU B; 5A2Q O; 4DHY A; 1RT2 A; 3TTC A; 4A57 A; 4LH4 A; 1UA1 A; 3NGY A; 3U9D A; 3VQB A; 4E7K A; 3QNO A; 4O5B A; 3TAR A; 3OYJ A; 2P9K A; 3VTH A; 4OJR A; 4BC3 A; 1IH7 A; 2IS3 A; 2RE2 A; 2YNH A; 1ZBI A; 1WUA A; 4NXN K; 3AAQ A; 2F96 A; 4Z4E A; 1NGD A; 2XHB A; 1NBW A; 1NLV A; 4OX9 K; 3CCE N; 3KLG A; 2WTU A; 5GIN A; 5HRN A; 4DTU A; 2JGU A; 2P9I A; 3B8A X; 4HUG A; 3CC4 N; 4W5N A; 1W0H A; 3TTF A; 2G8H A; 3O9S A; 4LSL A; 4WYB A; 4WCE L; 4UQG A; 1S9G A; 2P1J A; 1U04 A; 3MAQ A; 3OY9 A; 2P51 A; 1S1W A; 1VSE A; 4CZL A; 3O4W A; 4Z4H A; 2WC9 A; 2HHV A; 1RTI A; 4E1N A; 3O5B A; 4NXM K; 3VEZ A; 4F9O A; 5JVH L; 2NLX A; 1ZXO A; 3JSM A; 2GV9 A; 4BR4 A; 3P5J A; 5BRH A; 2UYT A; 3ZT1 A; 3ALY A; 4FLV A; 2FBT A; 3AAR A; 2GWJ A; 2FF6 A; 3HRG A; 3KWI A; 3RTV A; 3PLA A; 3LM2 A; 3RRH A; 4FZX C; 3SPY A; 5AQK A; 3CC7 N; 4A59 A; 4CJS A; 3QIP A; 3H08 A; 4DSL A; 4A62 A; 4Z4G A; 1JLA A; 1TUU A; 1L5U A; 1NMN A; 3LDQ A; 4KH4 A; 3UKR B; 5BPL A; 3CJA A; 1VSL A; 4CEE A; 3MK6 A; 3QO9 A; 2YJF A; 1OH8 A; 4BRA A; 4CHZ A; 3SAG A; 2HND A; 1Q81 O; 2VWB A; 1W9H A; 4DSI A; 3L2W A; 3MN7 A; 2VWJ A; 4EAH D; 3OS2 A; 3PX0 A; 4IOX A; 1WBB A; 1BG3 A; 3EKS A; 3O9U A; 4QS7 A; 5D3G A; 4CED A; 1Q8I A; 1QHT A; 3ULD A; 4FWL A; 5EOY A; 3NCI A; 2YHY A; 1RT7 A; 4N5S A; 3NMU A; 3NVM A; 4DQP A; 3E9L A; 1C0F A; 3KLE A; 1N34 K; 2DFF A; 4X64 K; 1RFQ A; 4O8U A; 2E2P A; 2ZE2 A; 3VF6 A; 1P8Z A; 3NBP A; 2ZJP L; 2W6K A; 4C8N A; 1Z25 A; 3K2P A; 4YOU A; 4KHW A; 3L2Q A; 4XH1 A; 3HI0 A; 4BRL A; 3D45 A; 4XEI A; 4F8R A; 2QXL A; 4AHU A; 1GLE G; 2VWK A; 2D0O A; 3SLC A; 3D2E A; 3EZ5 A; 2OA8 A; 1EQY A; 4X66 K; 1JCE A; 1CZB A; 4OKJ A; 2I5J A; 1P90 A; 3HTV A; 1NKB A; 3LZJ A; 2P9S B; 2ASM A; 4CJL A; 4FL9 A; 1KSP A; 2D4W A; 4FWM A; 3ZSX A; 4JLH A; 4IEI A; 5C0Y A; 5HLF A; 3ZX2 A; 3AA5 X; 3MEE A; 4FO0 A; 4C8O A; 1DTQ A; 4FWQ A; 1TUY A; 4IG3 A; 3RR7 A; 3OYB A; 4OKE A; 1HUX A; 2GTD A; 1T7P A; 3U3G A; 3SV4 A; 1HKC A; 4PKG A; 4WQ4 C; 4CZK A; 1RCH A; 2Q2R A; 1U48 A; 2HBM A; 3L2V A; 1RBV A; 1VQO N; 4CFD A; 3SPZ A; 1RDA A; 4ISF A; 3L0Q A; 2OTJ N; 1HNZ K; 3LP2 A; 1SKR A; 3ZCM A; 5BRF A; 5KQD A; 2OZM A; 4GMJ B; 5AQP A; 3HT3 A; 1NK4 A; 5KQ8 A; 2P9N A; 1TGO A; 4JRQ A; 5AQG A; 1ZBF A; 3O9R A; 2A40 A; 3GL1 A; 3I0R A; 2KQ2 A; 4BC2 A; 3WEE B; 3VEW A; 4C8K A; 1CLQ A; 3OBY A; 2V7Y A; 4JKG B; 4CIG A; 4NO7 A; 4OKK A; 3THW B; 3VGK A; 1ESV A; 3J7Y P; 1NK9 A; 1BCO A; 4BG8 A; 3SQ2 A; 1C0M A; 1VQ5 N; 3DRP A; 3VN5 A; 3RMA A; 4CBX A; 2IIR A; 1MA9 B; 4CES A; 3BEX A; 4DF4 A; 3SV3 A; 3VQ7 A; 1T6D A; 1VSF A; 4FPA A; 5CYM A; 1L3S A; 2OTL N; 1TK8 A; 3LP1 A; 1S9E A; 3OYF A; 4JYA K; 1BQN A; 3O1B A; 4DV5 K; 3KIO A; 2BTF A; 3VGL A; 3FZL A; 2GWK A; 2YJE A; 4K41 A; 3EEQ A; 2ASO A; 2PYL A; 4XH4 A; 2OPR A; 4B3O A; 4BRN A; 3CFR A; 3CD6 N; 1D9D A; 3K58 A; 2HOE A; 5CR4 A; 3NE6 A; 1VK0 A; 4BAC A; 3A5N C; 4OGC A; 4CEB A; 4FJM A; 4FJI A; 2H3G X; 2ZD1 A; 1BA1 A; 2UU9 K; 4B9M A; 1E3M A; 5GAH P; 4ISG A; 3H1V X; 3O4Q A; 4YOW A; 4JK7 A; 4BE2 A; 3P4I A; 4OVL A; 1KD1 O; 4FZZ A; 3NGI A; 2UUB K; 1XHZ A; 1HRH A; 5J2M A; 3DXK B; 3G71 N; 5AQU A; 2NNW A; 4HTL A; 4FLU A; 1NGA A; 3GOI A; 4CGJ A; 2A41 A; 3QDK A; 4RW9 A; 2OPP A; 4PKI A; 1Q18 A; 2WBN A; 4AHV A; 3NH0 A; 2FSK A; 4WQ5 C; 3LAL A; 2YNI A; 3VQ9 A; 3EO3 A; 3KD1 E; 3BGR A; 2HNY A; 4KRF A; 4H0O A; 4FCY A; 3J81 O; 3SQ1 A; 3IS9 A; 2WON A; 2HHH K; 3QET A; 4DSK A; 4CJ3 A; 3O08 A; 1DT9 A; 1BIU A; 5AZJ A; 2P9L A; 3SBG A; 3VEO A; 2IAJ A; 1FKO A; 5DM7 L; 3NF6 A; 3FR0 A; 1U4B A; 3D2F B; 4ZTF A; 3CQY A; 1JXE A; 2QM1 A; 4NYN A; 5EX5 A; 1TYQ B; 3FLC O; 1NU0 A; 1VHX A; 4F4K A; 4MO5 A; 3KTQ A; 2E8A A; 4CD3 A; 4CJR A; 1LCU A; 4FXD A; 4X62 K; 1BA0 A; 2KKZ A; 4GW6 A; 4H0T B; 4CIF A; 1N33 K; 1KAY A; 4DR6 K; 2HVH A; 2Q1N A; 4WQ4 A; 4QS9 A; 3VQE A; 1LW2 A; 3O6W A; 4BGA A; 4YHH K; 3CCJ N; 2OYQ A; 3ENH A; 3LL3 A; 4IBN A; 1TL1 A; 4EHU A; 3GE1 A; 1NNE A; 4MLH A; 1HYZ A; 2JWK A; 1QE1 A; 2ZWH A; 2RHK A; 4CK2 A; 5AJ3 K; 4M3Y A; 2RF2 A; 3I33 A; 3ZX0 A; 5HRP A; 2PY5 A; 3LDN A; 2FC0 A; 4DTM A; 3QEW A; 3CHW A; 3AVB A; 4H4M A; 4HCB A; 1BQM A; 1J53 A; 3IUC A; 4OPH A; 4WF9 L; 3KJV A; 3A2F A; 2ETJ A; 4CZI A; 1N36 K; 4UY8 O; 4J2E A; 2X6S A; 2QWR A; 4IDK A; 1KAX A; 2WFB A; 4CW7 B; 2Y1J A; 1D4X A; 1NK0 A; 3VEV A; 2B5J A; 4GY2 B; 4H0X B; 3IMX A; 3MX2 A; 1IKY A; 3HP9 A; 4JI5 K; 4YY3 K; 4DR3 K; 4JI0 K; 3RMB A; 2UUC K; 5LJV A; 1NK5 A; 4BRC A; 4DTJ A; 3VEN A; 3TWH A; 4BC4 A; 1NGI A; 2IVO A; 2D0C A; 4DTN A; 4BR2 A; 5EXW A; 4FW1 A; 4DB3 A; 5I42 A; 4RTF D; 4BRI A; 3CJB A; 4H5V A; 3V1Q A; 3WNH A; 1VQ7 N; 3AO5 A; 4FK0 A; 1QVF M; 3UKR A; 5AQI A; 1C1B A; 5BRD A; 3M3Z A; 1UWB A; 4CHO A; 1JLE A; 3MN5 A; 5BN9 A; 4LFC K; 3KVG A; 3V81 A; 1Z05 A; 1X1P A; 3TAE A; 3HSC A; 3AVH A; 2KZZ A; 3KK1 A; 4E3S A; 2Q0U A; 1SL0 A; 5E84 A; 1HJO A; 1TL3 A; 1NKC A; 3OYC A; 1KLN A; 1WAF A; 2HF4 A; 2VGN A; 4ZTJ A; 3R9P A; 3B6O A; 5GAG P; 4CJ5 A; 1JLB A; 5KI6 A; 1DEJ A; 2HBK A; 4CF2 A; 4FJX A; 4FK2 A; 4E89 A; 1FXX A; 2E2N A; 3HST B; 4J8F A; 4CZF A; 4U7B A; 1S72 N; 1QVG M; 4IOA L; 5TKY A; 1WSJ A; 3CJ9 A; 3THY B; 2NZT A; 3SUP A; 4PKH A; 2Z1J A; 3WQT A; 3SK3 A; 2KLA A; 4JI7 K; 5AR0 A; 2F8T A; 3ZSR A; 4ELU A; 2IGI A; 3EY1 A; 3OHR A; 1WSI A; 4EFH A; 3K0S A; 3G0Z A; 3QFU A; 3ZET B; 3V1R A; 4MDA A; 4C1N I; 4B8C A; 5M1O A; 4CZM A; 4F2R A; 1JL1 A; 4K8X A; 1XQS C; 1NJI O; 4CEF A; 4BGB A; 4FJ5 A; 2P9S A; 5MLC Q; 3KLI A; 5BPM A; 2G8K A; 2UXC K; 4AQY K; 5FRN A; 1X9J A; 2QA4 N; 2O8C A; 2IVN A; 3K9J A; 1XNR K; 1LWC A; 3VQA A; 4U67 L; 4CF8 A; 3RMD A; 1CXU A; 2W40 A; 1X9S A; 5CZ1 A; 1OH6 A; 1L3T A; 1LV5 A; 2HST A; 4IFY A; 4IJN A; 2VQF K; 1KFS A; 4B3T K; 1IG8 A; 1YTA A; 5DM6 L; 2BGG A; 1KC8 O; 1NG9 A; 3CCL N; 1SKS A; 3S9H A; 4J2A A; 1OH5 A; 2A5X A; 1HNX K; 4R5P A; 2QTD A; 4IEE A; 1MWM A; 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3K5O A; 4Z4F A; 1NOZ A; 1TK0 A; 1TYQ A; 3IRX A; 5AZI B; 3CCU N; 2O4G A; 1VQN N; 1JLQ A; 2YHA A; 1KCF A; 1S6P A; 4CF0 A; 2QWO A; 4DV1 K; 2HW3 A; 1GLC G; 4CZG A; 1GOC A; 4Z4C A; 1QQO A; 3ID6 A; 3MDQ A; 2HMI A; 2VG5 A; 1T03 A; 1NWK A; 2DTU A; 4CHN A; 3QEP A; 5JVG L; 1SQK A; 1HYV A; 4E19 A; 3PIP L; 1YIJ N; 3VA3 A; 1XNQ K; 4JKD A; 5AQZ A; 1ZBS A; 1I94 K; 1WB9 A; 3O4N A; 4FWR A; 1ASU A; 3K5N A; 4H5N A; 1S3X A; 2IVP A; 3UIQ A; 2OPQ A; 4FWS A; 4C8M A; 3M8Q A; 3DWL A; 4O0J A; 3A5M C; 3VOV A; 3NFA A; 5I9E B; 1SUQ A; 2XY8 A; 4B9U A; 3JXU A; 3M6G A; 2HB5 A; 3I8D A; 4DQ8 A; 1S6Q A; 5F2R A; 3ZLJ A; 1QSY A; 1NGC A; 4I2Q A; 3TAB A; 4FJL A; 1Q9X A; 2QI2 A; 1WSF A; 1NOY A; 3TAG A; 3FFI A; 3ZX3 A; 4BRO A; 4CF1 A; 3CM5 A; 2ZM6 K; 4KAZ A; 4B3R K; 2HHS A; 2ZGY A; 3RVC A; 4CK3 A; 3WT0 A; 1GLL O; 1D5A A; 3T69 A; 3DLK A; 4MQ3 A; 4IDH A; 5KPT A; 4FJN A; 3EZW A; 3LPT A; 4Z0U A; 3CCR N; 2QWL A; 2HBL A; 3O3F A; 1VSD A; 4JI3 K; 4B1Y B; 1IKX A; 4IFE A; 1QZ6 A; 1JLF A; 4JI6 K; 5FPN A; 3BDP A; 3P31 A; 1U2V A; 2CGJ A; 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