5DM6L

Crystal structure of the 50s ribosomal subunit from deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGKLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L1
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5dm6L01
1VQLN 3G4SN 1YI2N 1VQPN 1YJNN 3G71N 1Q7YO 3I55N 1K8AO 4UY8O 4WCEL 2OTLN 3CMEN 4U67L 1VQ7N 5DM6L 1VQ8N 1YJ9N 4WFNL 1VQ5N 1QVGM 3CCLN 1Q86O 5MLCQ 4WF9L 1VQON 1KC8O 4WFAL 3G6EN 5GAEP 3CCQN 1QVFM 1VQ6N 3CC7N 1N8RO 3CMAN 3PIPL 1KD1O 3I56N 2QA4N 2QEXN 1S72N 5HL7L 1YHQN 1K9MO 1M1KO 5GADP 3DLLL 2ZJQL 3OW2M 3CCVN 4IO9L 1KQSM 3CC2N 3CCSN 5GAHP 1YIJN 3CCRN 3CCJN 1Q81O 1NJIO 1VQMN 3PIOL 1K73O 3CXCM 1ILYA 3CCUN 1YITN 1YJWN 1JJ2M 4WFBL 2OTJN 3CC4N 3CPWM 1Q82O 4IOAL 3CF5L 5JVHL 5DM7L 5JVGL 1VQ9N 3CCMN 1VQNN 3CD6N 1W2BM 2ZJPL 3CCEN 4IOCL 5H1SQ 1OVYA 1VQ4N 1M90O 5GAGP 1VQKN 3J7ZO 2ZJRL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIFA 4GV6A 2UXDK 3KTQA 5KPRA 4DV2K 2P9UA 1ASUA 1XQSC 1ASWA 1GOBA 4BRKA 4QS8A 3ZSVA 3CJ9A 3A5LC 3QESA 3O4WA 1TAUA 3IUCA 4FCYA 3UIQA 1RGIA 3KHYA 1HQUA 5DM6L 5AQUA 4AHUA 4WFNL 4CEBA 3SZ2A 5KGXA 1SKSA 1ZBHA 1U04A 3ATVA 4JS4A 1KLMA 4FYDA 3SI6A 5I3UA 1JL2A 3AAQA 4JKAA 1E4FT 2OCEA 2ZF5O 4LSNA 5I9EB 4BC2A 5CHIA 4BE2A 4EZ9A 3ZEUB 3FGUA 3CJ7A 3AVMA 4L8RB 2HBKA 4HHTA 1ZBIA 2FBXA 4DV6K 4JKDA 2YHYA 4CZJA 2P9NB 3D2EB 1YHQN 2D0CA 5GADP 1DEJA 1IKVA 4YDUC 3PO5A 4DR2K 3V6DA 3RRHA 3WXKA 1S1TA 3CETA 3IFRA 3FZLA 4DSKA 4I9QA 4BDZA 4H4OA 2OA8A 4K25A 5CYMA 3HOTA 4GKJK 3MN7A 4BQZA 1HPZA 4O55A 2HHUA 3U6FA 1WAJA 3SUPA 3LM2A 3D2FB 3SMPA 1HNXK 3VF6A 4A61A 4JKCA 4LH4A 3BZKA 4LH5A 4LFCK 3HM9A 1C1BA 2FBVA 4BWMA 4JKEA 3R9PA 3AVAA 2KTQA 3O4NA 1FKOA 2XRIA 4BE0A 3L2QA 4F2SA 5DM7L 4JRQA 2QWLA 2QWRA 2A41A 1NK6A 4E0DA 4X64K 1J9AA 1JLQA 1Y64A 2O4IA 2IDOA 3CD6N 5M1OA 2E8AA 3A5OC 4N47A 5TKYA 4A57A 3DXMA 4YOXA 3Q7CA 3LWMA 3VENA 3ZSYA 3AA2A 1DT9A 4BROA 4Z4IA 4C8KA 2W6LA 5JLHA 2P9SB 1V4SA 1B9DA 3HP6A 1EWQA 2JGUA 3H1QA 4FXDA 1HX1A 1RT7A 3AO3A 1MWMA 3VQCA 4B1ZA 2QI2A 4ISEA 2YCHA 2VWBA 2ASOA 1YI2N 1Q9YA 1I3AA 3NHGA 3D45A 4IFYA 1Q7YO 3M5RA 4FJMA 4I7FA 3TAMA 4EP5A 4WCEL 4FLVA 3CMEN 1RTJA 3MXJA 4FJ8A 2OPSA 3QIPA 4CVNE 3AARA 1B92A 4OVLA 4WFAL 1ESVA 3G6EN 3CCQN 1HLUA 1GLAG 1GOCA 3R8EA 3UKUA 3R3LA 4AHCA 3ZX3A 3MXIA 1K9MO 5CR4A 3QICA 2IVNA 3QLHA 1RBSA 2I5JA 3DLLL 1ZBUA 3FZHA 3GDQA 3HZ6A 1NWKA 2KFNA 3NAEA 4DFMA 3L8BA 4F9OA 2D0PA 3DLRA 1FXXA 4PWDA 1QSLA 2UU9K 1KVCA 3UKRA 3L2WA 3RVCA 2BTFA 4Y1DA 4BACA 5FPEA 2YX6A 3CJBA 3M8RA 1KLNA 2ITMA 4O4GA 2BE2A 2IVPA 2VG5A 4Z4GA 3RMAA 2JWLA 2V7ZA 3W3DA 4EAHD 4KHWA 3CJCA 5F2RA 3P38A 4CFBA 5GINA 3CC4N 4EHTA 3CPWM 3DXMB 4KH6A 4MDBA 3CF5L 4PY5A 3IKMA 4W5TA 1BCMA 2UXCK 1HKGA 3NDKA 4CEAA 3KLEA 4JD2B 3QINA 4BR9A 2F8SA 3ITHA 3EYZA 4EIAA 3NGIA 5H1SQ 5EOYA 1VQ4N 4UQGA 3KLFA 3HVRA 3T1AA 2E88A 4FWPA 3B6OA 3J7ZO 1LW0A 1J54A 4FVMA 3HP9A 1MA9B 4Y1CA 4CIEA 3ZSOA 3U9DA 1U48A 4FJ9A 4HTUA 3PLAA 4CHYA 2ZGYA 4CZHA 4JI7K 3SUQA 4GV9A 4JKBA 2E20A 2YKMA 4FVUA 4NO7A 2UUAK 3FLCO 3UKUB 4CEDA 3VESA 1MU2A 4OGEA 4DQQA 1Z6RA 3AVFA 5HRNA 1KC8O 3H08A 5AQOA 4C8MA 4YORA 2HBLA 3OYKA 4E7IA 1JL1A 2XY7A 4BR5A 1ZBSA 1LV5A 4DQPA 5T7BA 4ELUA 4B1YB 3TWHA 3OW2M 2CH6A 3HI0A 3UKRB 3I0SA 3AVLA 4DTNA 3AAPA 4DSEA 3C94A 5BR8K 3S3MA 4YNQA 5J2MA 3N4PA 3J7YP 4W5QA 3RSEA 4FM2A 4Z94A 4AM7A 2X74A 1NGDA 2B4JA 1VQMN 3AO5A 3S9HA 5C12A 2ATQA 3K5OA 1ILYA 4EFHA 1TAQA 5AQLA 4CJQA 1YVNA 2OANA 3DLHA 2IIRA 4FWSA 4IDHA 4YOUA 1J6ZA 1U2VA 4KHNA 2X6SA 5LL6Z 1L3SA 4A59A 3JXUA 2QK9A 4DSIA 1IG8A 1BIZA 3C65A 4DTXA 2JWKA 4IFEA 3JSMA 2QXLA 1S1VA 3O1BA 1ATNA 1N32K 2A1SA 4JKGA 1RCHA 3DWLA 3VGKA 3ZCMA 1HRHA 3VERA 3LALA 1M90O 4O0JA 5JS2A 1UOCA 3TAQA 5ADXA 2ZGZA 5LJVA 2P9PA 1TKZA 3OHRA 3D7EO 1WLJA 5IT9O 3SNNA 4DU3A 2P9LA 1KAYA 3QEVA 1JLFA 3MX5A 2WONA 2D1KA 2B5JA 4M42A 4IXCA 2XY6A 1VQPN 1VSLA 3G10A 5J2PA 3SMSA 1KFDA 4LY7A 4UY8O 1WAFA 1YJ9N 4FLTA 2G8KA 1X9MA 1QQMA 1K8KB 4DMNA 2EWSA 3QNOA 4KKOA 5C15A 4CGFA 3SUOA 5IWAK 3UB5A 1DKGD 3A8YA 1BCOA 2VGNA 3PIPL 2YHAA 3H46O 4OPHA 3T3FA 2QEXN 2UXBK 3DM2A 2IOCA 1QZ5A 4B3TK 4AHRA 3HJFA 1NOZA 4DTMA 4R5PA 1S1WA 3L3UA 4CZMA 5SZTA 1KQSM 1Q8IA 1SZ2A 3DAWA 3P5JA 3MK6A 4JAXA 3QO9A 3VQBA 3SPZA 2YHWA 4JHDA 3SAHA 3OYMA 3LP3A 4CK1A 5BN9A 1YIJN 3CIPA 1U2VB 1DGKN 4CZEA 1RDAA 4HUFA 3AO2A 4B1UB 2Q31A 3WXMB 2DFFA 3ZSXA 2YV0X 3CCUN 2AP1A 4RG8A 1VSHA 4IOXA 1RDWX 1YTAA 3V1QA 5KRTA 2OPQA 1WNSA 4ZHRA 3HPHA 4JKGB 4BRPA 4L3QA 4CZGA 3L4QA 1NMNA 3OYGA 4MQ3A 2VG6A 2HHWA 4DR5K 3VEWA 4MLHA 1S22A 3DLKA 5I42A 3TR8A 1E4GT 4WQ4A 5FPDA 2P9PB 1SL2A 3NBPA 5AZIA 2P9LB 4KI4A 4ELVA 1NGCA 4KH5A 1I94K 3SLCA 4E1MA 5AQTA 5AR0A 1KXPA 1BQNA 3DMJA 2A3ZA 4JS5A 3J7AP 2GELA 1X1PA 3SJHA 1WUAA 2PY5A 2NRXA 2UUBK 3KLIA 1LOTB 4E7JA 3TSUA 2GBZA 2OTLN 2ASMA 3D0PA 3OYEA 1F21A 3IG1A 4E7HA 3CM6A 3M3ZA 3PSIA 3VQ7A 2W41A 1BL3A 2WUSA 3ZT1A 4CI6A 1HYZA 1S9GA 4BRDA 5AJ3K 3ZSRA 2HMIA 4M3YA 2RHKA 3LZJA 3TAPA 1NGFA 5M1NA 4M3RA 1N8RO 5JMVA 3CHWA 1JXEA 3SQ4A 4JHDB 4HCBA 4YOVA 3DOKA 2BDPA 3RTVA 4DV7K 3CCVN 2QWQA 1VRUA 3DRPA 3KD1E 3TU5A 1HNVA 1SV5A 1Q18A 3MAQA 1SL1A 4J8FA 4CEQA 5AQMA 4MO5A 1KTQA 1NK8A 2W42A 5E26A 1NJIO 1N33K 5AFUH 1YTUA 4DWIA 4JYAK 2GUIA 4FWKA 1GLJO 4BDYA 1T6DA 3EZWA 4CEZA 3P4IA 1SKRA 1GLCG 5EU7A 1NLVA 1TKDA 2BGGA 4FJHA 3AA3A 4BWJA 3KK3A 4H5TA 3T19A 4BRGA 4DF8A 5AZIB 3D2EA 4JI2K 4IOAL 1WN7A 2WBNA 5JVHL 5AQXA 5HP1A 2VQEK 3KIOA 1E3MA 4B9NA 1W0HA 1VK0A 4K41A 1OKJA 4CJ3A 2FBYA 2HHSA 1JKHA 3A0IX 3OS2A 4BY9C 3HYFA 1NGJA 3CERA 5FDLA 2GTDA 3BF3A 5KI6A 4E3SA 2Y1JA 5C24A 3P1GA 1RTHA 3VEVA 4DS5A 4HVJA 1IG9A 3THWA 3ZETA 1TK5A 2G8IA 3AVJA 4KHUA 1NGIA 4RW4A 3FZFA 3OVNA 2KLAA 4N41A 1B9FA 2HVHA 4NYFA 3KK2A 2QWPA 1BIUA 3I8BA 3HO1A 4GVEA 3TARA 3PSFA 1NKEA 2P5GA 3EO3A 2QKKA 3FE1A 4FJJA 1NK4A 1T6CA 3JS6A 1J5OA 3LZIA 3O08A 3VQAA 3BP8A 1VSKA 4QAGA 4DR4K 1ITGA 4DHYA 1S6QA 2KQ2A 1VSFA 3U8XA 5C25A 3O3HA 1VQ6N 3CC7N 4KB0A 2NNWA 4DV1K 2HVIA 1QZ6A 1NMDA 1VRTA 1WSFA 3H1VX 4KB1A 3QMLA 3AY9A 2P9SA 3QNNA 4C8LA 4B8AB 2ETJA 4NCAA 2ZD1A 1YUWA 3TANA 1HNWK 3ZYYX 4BRCA 1YF5L 4XH1A 4U7BA 4DTRA 2E4LA 4BE1A 3HBTA 4DR1K 1IKXA 1IJJA 4FM1A 3SYZA 3QEIA 1IBLK 4LF7K 4DCHA 3CCRN 4W5NA 3CCJN 1S1XA 3NVMA 5AQYA 2YHXA 4KTQA 1KVAA 1RNHA 1K73O 4ISFA 1HR0K 2IS3A 3EL2A 4YOTA 1FKPA 4NB4A 4G9ZA 4NYNA 4DV4K 4PA1A 5A2QO 4AQYK 1Q9XA 3AVCA 1RT4A 2O8DA 4M3TA 3LDPA 3CQ8A 1UA0A 4JI6K 4RW7A 4CGDA 3KJVA 4FJNA 1NJYA 4BG8A 2DFEA 3IS9A 4GVMA 4BRNA 3NH1A 2Z1HA 5KRSA 4OKJA 4ILJA 4OPJA 3THWB 5AQZA 3ZETB 2HF4A 1WBBA 3T69A 3BF1A 1KAXA 3VQ5A 1T05A 1IBMK 2OPRA 1OVYA 3HL8A 3ZLJA 2ZWHA 2QM1A 4B3MK 1BA1A 4QS7A 4WQ5C 3BDPA 4DFKA 1MWKA 4IG0A 2AJQA 3OYIA 4JLHA 4O0IA 5FPMA 4DU1A 1GLFO 3OBWA 4X62K 4CD3A 2GWKA 4CHZA 2O8CA 4YOYA 2DFHA 3TAFA 3Q7BA 3O9SA 1RTDA 4WF9L 2CGLA 1WBDA 3L4IA 2Q0UA 1ATSA 3LDLA 2UYTA 4JD2A 4CGJA 3MN9A 3IMXA 5HRRA 3AVIA 2VYPA 4H8KA 3V81A 3O8MA 1TL1A 3I56N 4Q5VA 3VEYA 1TYQA 3MWPA 2GEMA 2RPIA 1BU6O 2O8EA 4O8UA 3TABA 1ASVA 3K5LA 1X3NA 2PAVA 4IO9L 3LDSA 1A5VA 3E9OA 1NK9A 3U4LA 3NH0A 3CJAA 3V1OA 1CZ9A 1LWFA 1FJGK 1L5UA 4LF8K 4H03B 3BY5A 3VQ4A 3VN5A 1GLBG 2O8DB 1QQCA 3LANA 2AA4A 3ATUA 1Y97A 2H3GX 4K43A 4PHTX 2E2PA 4WE1A 2RE2A 1YITN 2RF2A 3FR0A 5J2NA 2NLXA 2GV9A 3PUFA 3VQ8A 4B9QA 3O1WA 1YAGA 1Q82O 3HTVA 3SV4A 3LP2A 1TKTA 1EO1A 4LC9B 4FZXC 1W97L 1VQ9N 2V52B 4JI5K 4CJEA 1T03A 4B9UA 4RW6A 5LMNK 2XY5A 2NRTA 3GE1A 2YNFA 3OYCA 4OX9K 2E1YA 4G1QA 3VQPA 1HKBA 2YKNA 4E19A 2CH5A 3WXIA 4AILC 4CBWA 4GNIA 4MFBA 1SS6A 4ID1A 5AQFA 2O8CB 4JNEA 2ZM6K 3H3OB 1EX4A 2KKZA 1GLLO 3PX4A 3V9XA 2NRWA 1W7AA 5EX5A 5GIOA 4NCBA 4DS4A 3T1HK 2WOMA 2W6KA 4U67L 4EZ6A 4B08A 1BDGA 4DTJA 1OVQA 4N76A 2A42A 3SV3A 1Q86O 3HPGA 1TYQB 2E6MA 2BANA 4BRLA 5AQIA 1JLAA 2O8EB 1VSJA 1JLBA 4LD0A 4IDKA 3ULEA 3TSPA 3ZX2A 4DLGA 3TPQA 4C8OA 2P9IA 4O44A 4BR2A 3O5BA 4M63C 4YDUA 3WT0A 4BC3A 5HL7L 4K8ZA 3GBTA 4Z4FA 2NRVA 3CJ1A 1XMOK 3OJUA 3AVBA 3OY9A 2UUCK 3GG4A 2V51B 4DKWA 2D4WA 2YNGA 3WQTA 2YNIA 3A5MC 4JK8A 1BHLA 2ASPA 4LF4K 5BRHA 3WNFA 1GLEG 4CZKA 5M1KA 1NK5A 4JI3K 2ITGA 1K8KA 1LWCA 3U9ZA 3L2RA 1WB9A 1SAZA 3FZMA 1WSJA 3V9UA 4FWRA 3NF9A 1RBVA 4CJVA 3EN9A 5F1XA 4M3UA 2VGMA 4E1JA 4DR3K 3VEXA 5AQRA 3KK1A 3CYMA 3WUHA 4E7KA 3NF6A 4E89A 1BO5O 3OA9A 4KV8A 4FOEA 3SJJA 1JLEA 1D8YA 1NK7A 3FFIA 1T7PA 1HJOA 5HRPA 3KLGA 2OZMA 4BRIA 1R59O 4F8RA 4XH4A 2IGIA 3NE6A 4KI6A 3NVKA 5KGWA 1T44A 1J53A 4JI1K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KTW A;  1RT2 A;  4NXN K;  4ISG A;  4YHH K;  3LP0 A;  1O1W A;  1BI4 B;  1H1V A;  4DTU A;  1KD1 O;  1HUX A;  2E2O A;  4CD1 A;  1HQE A;  3BEX A;  4QOZ B;  2GUP A;  4H0V B;  3SUN A;  4B9S A;  1M1K O;  3TAG A;  5HRO A;  3ZEU A;  1J5E K;  4H5N A;  1S3X A;  1Z26 A;  1QHA A;  4E7L A;  2HND A;  2PYJ A;  4YOW A;  4BR4 A;  3DOL A;  2P9N A;  1TKX A;  3QEX A;  3F73 A;  4W5R A;  3AO1 A;  3NFA A;  1QTM A;  1LW2 A;  3OYH A;  3PX0 A;  1X9W A;  2HBJ A;  3TAE A;  3IAY A;  2HB5 A;  4LFB K;  1P8Z A;  1VHX A;  4CJP A;  3VEZ A;  1REV A;  3OBY A;  5KQD A;  2OZS A;  4FW2 A;  5AZJ B;  2BH1 A;  4KBO A;  4RTF D;  3EEQ A;  3SPY A;  3P31 A;  3D2F A;  5SWM A;  3M8S A;  3SQ2 A;  3V4I A;  3OYJ A;  3VTI A;  3J80 O;  3V1R A;  4PUO A;  3HST B;  1RBU A;  3OYL A;  1U4B A;  3VQQ A;  1TUU A;  1BWF O;  4MDA A;  3T7Z A;  3E9L A;  3ZT4 A;  4OO1 J;  2F4V K;  4FWL A;  4DV3 K;  4F2R A;  2E2Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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