5DM6L

Crystal structure of the 50s ribosomal subunit from deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGKLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L1
publication title Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5dm6L01
1VQON 3CMEN 3CC4N 3CCRN 3I55N 3CCUN 4WF9L 1Q81O 2ZJPL 3CCSN 1VQ6N 5DM6L 3CC7N 3CCMN 3OW2M 1Q7YO 1W2BM 1KD1O 1VQNN 5GAHP 2QA4N 1Q82O 3J7ZO 1YJWN 1VQKN 1VQPN 1K73O 1VQLN 5GAGP 4IOCL 3CCVN 1VQ7N 3PIOL 3G6EN 1VQ4N 1ILYA 5H1SQ 1VQMN 3PIPL 3G4SN 2ZJQL 2OTLN 1Q86O 1JJ2M 1K8AO 1KQSM 4IO9L 3CCQN 4U67L 2QEXN 5GADP 5MLCQ 1KC8O 3DLLL 5DM7L 4WCEL 3CF5L 3CCLN 5JVGL 3CXCM 1M1KO 1VQ8N 1M90O 2OTJN 4WFNL 3CMAN 1YI2N 1N8RO 1NJIO 4IOAL 3I56N 3CCJN 3G71N 3CD6N 4WFBL 2ZJRL 4UY8O 3CPWM 5JVHL 1VQ5N 1QVFM 5HL7L 1QVGM 3CC2N 4WFAL 1OVYA 1YJ9N 1YHQN 1YJNN 1K9MO 1YITN 1S72N 3CCEN 5GAEP 1YIJN 1VQ9N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C1BA 1S1UA 4DCHA 3CCRN 1FK9A 3THWB 1S6QA 4N5SA 4CEEA 1VSIA 1YF5L 4IG3A 1XMQK 5JS1A 5I42A 1EWRA 3CCMN 2UU9K 3JYTA 4C23A 1L3TA 3MAQA 1EETA 2QI2A 2JWKA 1YJWN 1NK9A 3SQ0A 3KVGA 1NGAA 3K57A 1V4SA 3SNNA 4M42A 2OYQA 3Q7CA 2G8HA 2F7TA 5CE3A 2HHTA 2WONA 5CZ1A 1Z26A 3K5NA 3L3UA 2Z1IA 4EP4A 3QLHA 1BHLA 3S3MA 4JHDB 3THYA 4GV3A 3GE1A 1LWFA 2QWLA 1KXPA 3DRPA 1NGIA 3ATUA 1WOQA 4Z4IA 3EL2A 3K5LA 4IWVA 2ZWHA 1S1TA 4CK3A 4FOEA 4JI3K 3CJ7A 5M1PA 4DTJA 4FJGA 4H0TB 4CESA 2GX9A 3RMCA 1RILA 2O4IA 4LFBK 3EZ5A 4FWOA 3VEOA 1DTTA 1NMDA 4H4OA 4DLEA 1NK4A 4CHOA 1BOTO 1YT3A 4GW6A 4BRPA 4B1VA 1VSEA 3OA9A 3MX5A 3U3GA 2VWJA 1K9MO 4M3XA 3RR7A 3QINA 4GVMA 3VF2A 3ZETB 1WBBA 1SZ2A 3PX4A 4CF8A 2H3GX 3GOIA 5B8HA 4JRPA 4JV5K 3MN5A 2YHWA 1E3MA 3ISNC 5TKWA 3T1HK 4WYBA 5DM6L 2P9PA 3E9LA 3ZSWA 1NOYA 5HROA 3L0QA 1H1VA 4WE1A 3NF8A 1N36K 1VAZA 2D5RA 4FLVA 4B9VA 4CF2A 1WSHA 1XI1A 3JXUA 4CZJA 4NYNA 3ZSXA 4FL9A 4E1MA 4BDYA 1U04A 4CJPA 3LDQA 2GWJA 5HOOA 1VQKN 3G25A 4CEAA 2PZSA 3AO2A 2RKIA 3AVLA 4YNQA 3L2UA 1HNZK 5CZ2A 4E1JA 1KLMA 1K6YA 2A1SA 1VQ4N 1T8EA 2O8EA 3SQ2A 1SQKA 4B9LA 2HVHA 1YTUA 1A5XA 1F21A 3TTDA 4C8MA 3DLLL 5DM7L 1G99A 4LFAK 4I2PA 3VQBA 3UE5A 2E6LA 1Z6RA 2A3ZA 3ZX3A 4FOIA 4N41A 4ILJA 4CEZA 5EVZA 1GLFO 4E0DA 3FZFA 4H4MA 4OVLA 3LAMA 3R3LA 4NXMK 3CCJN 3CJCA 2V51B 1BISA 3HPHA 1ESVA 2VG6A 1BA1A 3T7ZA 2HW3A 4W5NA 2HSTA 3WXIA 4LSNA 3AY9A 1OH6A 2UUCK 3P83D 2D0AA 4ID5A 4DSEA 3RMBA 1XMOK 2HBKA 3HOTA 2HF3A 2W42A 1QS4A 1W97L 3NHGA 5JICA 2BANA 4CBWA 3PSIA 1C1CA 2A5XA 3MCAB 4PQUA 1IKYA 2HNDA 1X9JA 3NF6A 3HBTA 3TANA 4FSVA 2W41A 3ID8A 4CZFA 4I6MA 4FJHA 4CZKA 2D0BA 4LC9B 2G8WA 1ZBIA 3CCSN 1VSLA 4YDUA 1CXUA 3THYB 3UB5A 4JI8K 1VQ6N 3TAQA 1JL1A 1ZBFA 4O0IA 3ZX2A 3OW2M 1EXQA 4FJ5A 1JLCA 3VQPA 5KQDA 3KJVA 4CZHA 3MXMA 3L3VA 4OPJA 3F9MA 3SUPA 5D3GA 3F9KA 3MK6A 3HYFA 4OPHA 3OYGA 3KK3A 4DQSA 3OYKA 3O08A 3LPUA 1TK5A 2O8BA 4JRQA 3ENBA 4BRCA 2YHAA 2VWKA 1KQSM 1EP4A 4M63C 3NH0A 1IO2A 4YHHK 3WUHA 5MLCQ 3FFKB 2HHWA 2P9IA 1DT9A 4DV7K 4EZ6A 2IOCA 4BR5A 1IBMK 3CHWA 3J80O 2P1JA 1QQOA 2D0CA 4OGCA 5C42A 3SMPA 4GY2B 3CFRA 2HHVA 4BRHA 3ALYA 1BA0A 5SWMA 4KHQA 2P9PB 4DSFA 3SAFA 1LWEA 5AZIA 3H3NO 4DTUA 3OYEA 3I0SA 4E7LA 1RTJA 2ZJRL 4B3MK 3AO3A 5JVHL 4JS4A 2AJQA 5FDLA 2HB5A 1HPMA 1JLGA 3R8EA 1ZBUA 4BRLA 3KWIA 2FBXA 4BRDA 1VHXA 4JAXA 1YITN 3TI0A 1XNQK 2YJFA 3ZCMA 3OTOK 3CCEN 3VPZA 1UWBA 4QS8A 3LPTA 4F2SA 3HXMA 4W5TA 4BRAA 4H0PA 5DK5A 1HQEA 1TAQA 3TSUA 3WEEA 1KAYA 2X6SA 2O8EB 3QB0A 3VEWA 4WF9L 2QWOA 3GG4A 4UQGA 3RR8A 2Q3SA 3HPOA 3C65A 4KHWA 4MDBA 5HP1A 3OBWA 1BQMA 4CBUA 1KRPA 4FLTA 3QIPA 3Q7BA 3NFAA 4FPBA 2E5LK 3HSTB 4A5BA 1QSLA 1KCFA 4CEQA 1QQCA 1KSPA 4LF4K 4NLBA 4YOXA 1U48A 3H46O 1VQLN 4H0OA 4AM6A 3I0RA 4DQIA 3MX2A 3G0ZA 4F8RA 2DFFA 3BY5A 1SV5A 2CGKA 3R9PA 3KK7A 5AQMA 2P5OA 2Q1NA 4CZEA 2HNZA 1JJ2M 5KPTA 4Z94A 4JI4K 1IH7A 5KPRA 4HUGA 2VQEK 3JS6A 3PO4A 3V1RA 3ZT0A 1ASWA 2E2QA 1NJYA 2X74A 4B8CA 5GINA 2X6NA 1WUAA 3O1BA 4BG9A 4DQ8A 4BG8A 3CCLN 3HK2A 1BIZA 1M1KO 3SCXA 3OYBA 4XH5A 3J7YP 4KTQA 4MLHA 1VQ8N 3A0IX 4I6MB 3V81A 4CZGA 2OTJN 1VSHA 4DHYA 5BPMA 3QDKA 4FM2A 4BRIA 1WAJA 4JI6K 3A8YA 1RT3A 2CH5A 1NGCA 3SAGA 1QSSA 2QW9A 1VSDA 4YFUA 2FF3B 3AVCA 3OYIA 1BCOA 4AHUA 4DQPA 4B9UA 3SZ2A 3W3DA 3LZJA 1J5OA 4DSJA 3AV9A 3VA3A 1VQ5N 5FRMA 2YHYA 5F0XA 4CF9A 4KO0A 3E9PA 2FBTA 2YV0X 4X65K 1TK0A 4BVOA 5AJ3K 2UUAK 2NRRA 3E9OA 1BDGA 3UKRA 2PFUA 1I94K 4A61A 3AVFA 4KV8A 1JLBA 3WNFA 1YVNA 2GUIA 1CZAN 4BC3A 2XRIA 3OBYA 3U8XA 2O8BB 2YNFA 4RW8A 3OYLA 3DOKA 1IKVA 3VEYA 1B9FA 2G8VA 2Z1GA 4FK2A 4N47A 1S1VA 2A40A 4KTWA 4H03B 3PX6A 4C1NI 4X62K 2P9IB 3V1QA 4F3OA 4K43A 3AVAA 2O8DA 3ULDA 1BCMA 3MMVA 2KFNA 1XQSC 1C0UA 3A5NC 1WSJA 3BEXA 1Z05A 2XY7A 4CGJA 4M3RA 3AA4A 1BQNA 1BI4A 3VTHA 3L4QA 1VQ7N 4HWIA 1T6DA 5AZIB 3G6EN 5H1SQ 2O4GA 3ATVA 4N76A 3E1YA 2VWBA 3LDLA 2YKMA 1FW6A 4K8XA 4IO9L 2UUBK 4C8LA 2DY4A 3IRXA 1RFQA 5FLXO 4DR1K 1TUUA 3U3YA 4BROA 2IVOA 2ZQBA 5A2QO 1T05A 1DEJA 1ZBSA 4DR6K 3V9ZA 5J2PA 4JD2A 1CXQA 1HMVA 1NWKA 1C0GA 1Y97A 3SLCA 1NJWA 4RW9A 2KLAA 2I5JA 4JK8A 3ZSRA 5KI6A 3WEEB 2JLEA 3VQAA 1YI2N 4DFJA 4ISFA 1S1XA 4KTZA 5M1QA 5FPEA 3ZSYA 1QQMA 1J9AA 4A2AA 1UA0A 3PLAA 2W6LA 1D5AA 3NCIA 4PKGA 4CD1A 4H0VB 5LY3A 1HLUA 1QVGM 3RVCA 4CJQA 1HX1A 3BDPA 3WQUA 4B9TA 4J2DA 3OYCA 2IVNA 4Q0BA 3DXMA 3M8SA 4H5RA 1RBTA 3LDOA 3LL3A 3PV8A 2KTQA 3WXKA 4AQYK 4CJUA 5J1EA 4CJVA 4EFHA 3M8QA 3LAKA 4CHNA 3VGMA 3DLGA 4KHYA 2YNGA 1Q81O 4K0KK 4W5OA 3VQ9A 1HJOA 4CFCA 1HR0K 4BE0A 3VESA 4EHUA 5BRDA 1RDAA 1O1WA 5F1XA 5E84A 2E88A 2NLXA 2PAVA 2QWNA 3TPQA 4FM0A 1VQNN 4DS4A 5GAHP 4I9LA 3QETA 2ASPA 3ASMA 4F9OA 3J7ZO 4FLZA 4DV6K 3SPYA 3ZX0A 3DLHA 3QBXA 3IFRA 3NGYA 5GIOA 3DLBA 2ETJA 4CZIA 1TYQA 2CGLA 3LP3A 1N33K 2P51A 4B1WB 3V9WA 4DV2K 3IAYA 2XO7A 3H6EA 3QIOA 4ILHA 1NOZA 4W5QA 1W9HA 4BACA 4LH5A 2NNWA 3N4QA 4JK7A 3HT3A 4FWPA 1Q8IA 1RBUA 4YOUA 4CEFA 4DTOA 1X9WA 5ADXA 4JKGA 3LWMA 1VSFA 5BPLA 1SL1A 4KAZA 1OH5A 3HP9A 3CF5L 1WBDA 1NGDA 2FSKA 4AILC 3UKRB 1IKXA 3O3HA 3CJ9A 3AVIA 4FCYA 1HYVA 3ZSOA 1NGEA 4PA1A 1WSEA 1IKWA 1S1WA 4W5RA 1CZ9A 2VG5A 3A2FA 1N5YA 1NJIO 4H8KA 5AZJA 4FYDA 3PX0A 3L2RA 1HRHA 4FWQA 4BQZA 3VF6A 4B1ZA 1JCFA 3NF9A 3M6GA 4UY8O 3T69A 4DR3K 4KH4A 5HBMA 4F4KA 4FJ7A 4FLWA 2O8DB 2YNHA 3MWTA 1XHXA 4AHVA 2G8KA 3O4NA 3EZWA 4H5VA 2E4LA 2ITMA 2KQ2A 3O9SA 4LFCK 4CJ4A 4O0JA 2FLOA 3QESA 3I8BA 1QE1A 3VOVA 3AO1A 4KB0A 1BI4B 3DXKA 5HLFA 4YOYA 3QEPA 4CGGA 2ZE2A 2O8CA 3OS0A 1TKTA 1RT1A 2HVIA 4HUEA 1Z25A 3VN5A 2E1YA 4LH4A 4DSLA 3VGKA 2IDOA 3TAFA 4CERA 4CECA 3B6OA 3U9DA 4E19A 1W2BM 1T6CA 1UOCA 4JD2B 1NGJA 3ZLJA 4B08A 1KAZA 4MLEA 3RSEA 4LF9K 5CHIA 4JEPA 4V19S 3ZSQA 2P9KA 3WXMB 3CI5A 3VQCA 1A5WA 1NKCA 3HI0A 1JLFA 1ATNA 4BE1A 4PL7A 5AQHA 2AA4A 4H5NA 2ZD1A 3THXA 1KLNA 4E7JA 4DU4A 1GLJO 3RWUA 4Y1DA 3F5TA 4K8ZA 1Q86O 3KD5E 3DRRA 3CCQN 1FXXA 1QSYA 2QEXN 4CFBA 5GADP 3ZSZA 4M3ZA 2IVPA 1BIUA 4NLCA 5K14A 4JKBA 4DTRA 4GKJK 3DXMB 1WSGA 5JVGL 1HQUA 2ATQA 2NRZA 4BRFA 4BQLA 3H1QA 1GOCA 3O6WA 2WUSA 1L3UA 2YX6A 3K58A 1X9MA 4BR9A 1N8RO 4IOAL 5BRFA 5AQIA 1BG3A 1V4TA 3M3ZA 3L2QA 2OPSA 4CK2A 4KH6A 3LDPA 3IS9A 3CD6N 4NCBA 1IJJA 4JI5K 2F4VK 4LF8K 4YDUC 1OVQA 4G9ZA 1ZBHA 1DTQA 4E7HA 2ASOA 4KPYA 3KLEA 4FK4A 1HNVA 4DSIA 3QEWA 4J2AA 2R7YA 2ZGYA 1DGKN 2RF2A 1TYQB 4FJKA 4DTSA 4CHQA 4DG1A 1T7PA 3O1WA 3IG1A 1GLDG 3ITHA 2RE2A 1KVAA 3E01A 4BC4A 3FGUA 4NO7A 3L2WA 3RTVA 2Q2RA 3OJSA 4IG0A 3A5OC 5BR8K 4AHCA 3ZT4A 1A5VA 4HCBA 4M3YA 3K9JA 1RDDA 4JKGB 4DTMA 1MWKA 1JKHA 1ZBLA 3MCPA 3TABA 3AVBA 3KTQA 3MWPA 1U4BA 2HOEA 1L5UA 2HHXA 4CHYA 4B3TK 3V9UA 3NAEA 3U4LA 3H1VX 5ADXH 1ASUA 4O55A 1SKRA 3UIQA 3TAEA 3HO1A 3MEDA 3LM9A 4QS9A 5AZJB 4DQRA 4YORA 1IBLK 3HRGA 5JMVA 4IJNA 4DLGA 3EE9A 3G4SN 2ZF5O 1NJXA 2E2OA 5BPNA 2BE2A 4CBXA 3K59A 1KTQA 1YUWA 1HPZA 1U2VA 3AVGA 3SI6A 3TSQA 2FC0A 2HHHK 4CHZA 1BGXT 4QCLA 3VENA 2QTDA 2E1ZA 4EZ9A 1WSIA 3HVRA 2NRHA 1GLCG 3C94A 3DXKB 1SKSA 4BRKA 4BC2A 4BGBA 4B9QA 3MXIA 3GDQA 3QBWA 3D45A 3QNOA 2O8CB 2OA8A 5M1NA 2NRXA 4B1YB 3SV4A 4KHNA 2UXCK 1GLAG 3VQ8A 2LSNA 5M1FA 2BTFA 4C1NK 3G71N 4Z4HA 3HTVA 4CIEA 4Z4CA 1W0HA 2DFHA 1N34K 3CC2N 1NGHA 3RSEB 3JAMO 2QWRA 2P9KB 1YJNN 2OANA 2RN2A 4QS7A 1E4FT 4AH9A 3C6TA 3V9SA 4DF4A 1WB9A 3I33A 2HHUA 1HUXA 4FJLA 4KHUA 3TTCA 1IG8A 4DWIA 5AQXA 2VG7A 4BR4A 5AFUA 2DTUA 3THXB 3M8PA 1S9EA 1S22A 3I55N 4BRMA 3ULEA 4ICLA 2BH1A 4ID1A 4LD0A 1ZXOA 2HHQA 4RCHA 3QFPA 3LALA 4DTNA 4FJMA 2GWKA 2KKZA 4GVEA 1RBSA 4DR4K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQO N;  3CME N;  3CC4 N;  3CCR N;  3I55 N;  3CCU N;  4WF9 L;  1Q81 O;  2ZJP L;  3CCS N;  1VQ6 N;  5DM6 L;  3CC7 N;  3CCM N;  3OW2 M;  1Q7Y O;  1W2B M;  1KD1 O;  1VQN N;  5GAH P;  2QA4 N;  1Q82 O;  3J7Z O;  1YJW N;  1VQK N;  1VQP N;  1K73 O;  1VQL N;  5GAG P;  4IOC L;  3CCV N;  1VQ7 N;  3PIO L;  3G6E N;  1VQ4 N;  1ILY A;  5H1S Q;  1VQM N;  3PIP L;  3G4S N;  2ZJQ L;  2OTL N;  1Q86 O;  1JJ2 M;  1K8A O;  1KQS M;  4IO9 L;  3CCQ N;  4U67 L;  2QEX N;  5GAD P;  5MLC Q;  1KC8 O;  3DLL L;  5DM7 L;  4WCE L;  3CF5 L;  3CCL N;  5JVG L;  3CXC M;  1M1K O;  1VQ8 N;  1M90 O;  2OTJ N;  4WFN L;  3CMA N;  1YI2 N;  1N8R O;  1NJI O;  4IOA L;  3I56 N;  3CCJ N;  3G71 N;  3CD6 N;  4WFB L;  2ZJR L;  4UY8 O;  3CPW M;  5JVH L;  1VQ5 N;  1QVF M;  5HL7 L;  1QVG M;  3CC2 N;  4WFA L;  1OVY A;  1YJ9 N;  1YHQ N;  1YJN N;  1K9M O;  1YIT N;  1S72 N;  3CCE N;  5GAE P;  1YIJ N;  1VQ9 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C1B A;  1S1U A;  4DCH A;  3CCR N;  1FK9 A;  3THW B;  1S6Q A;  4N5S A;  4CEE A;  1VSI A;  1YF5 L;  4IG3 A;  1XMQ K;  5JS1 A;  5I42 A;  1EWR A;  3CCM N;  2UU9 K;  3JYT A;  4C23 A;  1L3T A;  3MAQ A;  1EET A;  2QI2 A;  2JWK A;  1YJW N;  1NK9 A;  3SQ0 A;  3KVG A;  1NGA A;  3K57 A;  1V4S A;  3SNN A;  4M42 A;  2OYQ A;  3Q7C A;  2G8H A;  2F7T A;  5CE3 A;  2HHT A;  2WON A;  5CZ1 A;  1Z26 A;  3K5N A;  3L3U A;  2Z1I A;  4EP4 A;  3QLH A;  1BHL A;  3S3M A;  4JHD B;  3THY A;  4GV3 A;  3GE1 A;  1LWF A;  2QWL A;  1KXP A;  3DRP A;  1NGI A;  3ATU A;  1WOQ A;  4Z4I A;  3EL2 A;  3K5L A;  4IWV A;  2ZWH A;  1S1T A;  4CK3 A;  4FOE A;  4JI3 K;  3CJ7 A;  5M1P A;  4DTJ A;  4FJG A;  4H0T B;  4CES A;  2GX9 A;  3RMC A;  1RIL A;  2O4I A;  4LFB K;  3EZ5 A;  4FWO A;  3VEO A;  1DTT A;  1NMD A;  4H4O A;  4DLE A;  1NK4 A;  4CHO A;  1BOT O;  1YT3 A;  4GW6 A;  4BRP A;  4B1V A;  1VSE A;  3OA9 A;  3MX5 A;  3U3G A;  2VWJ A;  1K9M O;  4M3X A;  3RR7 A;  3QIN A;  4GVM A;  3VF2 A;  3ZET B;  1WBB A;  1SZ2 A;  3PX4 A;  4CF8 A;  2H3G X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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