The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX O; 3JAM O; 4DR3 K; 5BR8 K; 5LMN K; 4DV4 K; 1N36 K; 4DR5 K; 5A2Q O; 4YHH K; 1I94 K; 4X65 K; 4KHP K; 4LFB K; 4CW7 B; 4X62 K; 3T1Y K; 4AQY K; 1IBK K; 4LF9 K; 4LFC K; 4YY3 K; 4DV0 K; 4DR6 K; 2UXD K; 2UUC K; 2HHH K; 4JI5 K; 1HR0 K; 1FJG K; 4JI6 K; 4OX9 K; 4NXN K; 3OTO K; 4DV2 K; 2ZM6 K; 4LF5 K; 2VQE K; 2UXB K; 1N32 K; 1HNZ K; 4DV1 K; 3T1H K; 4LFA K; 4X66 K; 4LF8 K; 1XNQ K; 4B3R K; 2UUA K; 4CVN E; 3J7A P; 1J5E K; 5LL6 Z; 2UU9 K; 5AJ3 K; 4GKK K; 1N33 K; 4DR4 K; 4NXM K; 4JI0 K; 1N34 K; 4B3T K; 3J80 O; 5IT9 O; 2VQF K; 4JI7 K; 4JV5 K; 4LF4 K; 4K0K K; 3J7Y P; 2UUB K; 4GKJ K; 2E5L K; 4X64 K; 4JI8 K; 1HNX K; 4DV3 K; 4JYA K; 2UXC K; 1HNW K; 5LMU K; 1XNR K; 1IBM K; 4DR7 K; 3J81 O; 1IBL K; 5IWA K; 4DR2 K; 4JI3 K; 1XMO K; 2F4V K; 4JI4 K; 4JI2 K; 4DV5 K; 4DUZ K; 4DV6 K; 4JI1 K; 4DR1 K; 4LF6 K; 1XMQ K; 4DV7 K; 4LF7 K; 4B3S K; 4V19 S; 4B3M K; 4DUY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BWF O; 3LDP A; 4CK1 A; 1WUA A; 3KLE A; 1N36 K; 4A61 A; 3ZT2 A; 4DQI A; 4FZX C; 3UE5 A; 2W6L A; 3HJF A; 2QI2 A; 1HYZ A; 4B3O A; 4MDB A; 1VK0 A; 2F96 A; 1O13 A; 2P9U A; 3OYN A; 4FJI A; 3BDP A; 1ASV A; 1U6Z A; 2ZE2 A; 1NG9 A; 1CLQ A; 2HND A; 4PKI A; 5C12 A; 4CZH A; 4UY8 O; 4M3Z A; 4BR2 A; 3E9P A; 1DT9 A; 2F8S A; 2HVI A; 3P39 A; 4LFA K; 3HP6 A; 2QWR A; 3K5M A; 2CGJ A; 2W6K A; 3RMD A; 4BDP A; 2HVH A; 1KTQ A; 3NVK A; 3O4W A; 1QSL A; 4JRQ A; 3J7Z O; 3V9X A; 3TAM A; 4FJ9 A; 5I9E B; 4KB1 A; 3HT3 A; 3M8Q A; 3VEW A; 5AJ3 K; 1KXP A; 3WNF A; 1YIJ N; 1N34 K; 2HHS A; 4Z0U A; 1U45 A; 3O9U A; 2E2Q A; 5BPM A; 3V9W A; 1R59 O; 3ATU A; 4DSE A; 1SS6 A; 2HNY A; 4Q0B A; 5AQO A; 3T69 A; 4FXD A; 2XO7 A; 3G71 N; 4K0K K; 1DLO A; 1VSE A; 4OPA A; 3V1R A; 4CJQ A; 4WE1 A; 2UUB K; 4H5T A; 1EKE A; 3KIO A; 4FWR A; 4M3R A; 3MEG A; 4JYA K; 3NF9 A; 4FWQ A; 3K5L A; 4RW7 A; 1XHX A; 4C1N I; 5CHI A; 3CFP A; 1TAU A; 3VTH A; 4FJ7 A; 1W2B M; 3HOS A; 4EZ9 A; 5LJV A; 1T44 A; 2RE2 A; 3LAK A; 4IBN A; 4IO9 L; 1NK9 A; 4Y1D A; 4CBX A; 4CZK A; 2KZM A; 3HRG A; 1MWK A; 2IIR A; 3HPO A; 1DTT A; 1BOT O; 5FPM A; 1GLJ O; 1HX1 A; 1GLF O; 3BZC A; 3W3D A; 1BIU A; 5BR8 K; 3IAY A; 3LP3 A; 4CZI A; 4FJ8 A; 3CME N; 1VQP N; 3SMP A; 3QEV A; 2GX9 A; 2QTD A; 3VEY A; 3CCJ N; 1NJX A; 1BDG A; 3K5O A; 4PUO A; 2I7N A; 4YNQ A; 2QK9 A; 1JL1 A; 4IDH A; 4BAC A; 2PYJ A; 4GNI A; 3ZET B; 4MLE A; 3OY9 A; 1C0G A; 4KV8 A; 1ZBU A; 2A1R A; 3L2U A; 3DXM B; 4O0J A; 4DS5 A; 3OS0 A; 2GBZ A; 3V9U A; 4RG8 A; 1RDC A; 2D0P A; 4QOZ B; 3DAW A; 1HYV A; 4N47 A; 3JXU A; 4HVJ A; 1Z25 A; 3DJC A; 2CGK A; 4LF8 K; 3AVC A; 1KCF A; 4OLA A; 1TV6 A; 1XQS C; 2E20 A; 1O1W A; 3E9O A; 5BRE A; 4H03 B; 4OPJ A; 4KHQ A; 5AZJ A; 2ATQ A; 5FPN A; 3M3Z A; 3K2P A; 1QSS A; 2IVO A; 2FXU A; 4JI0 K; 4FOE A; 5HP1 A; 2B6A A; 4E89 A; 5JMV A; 4KRE A; 2FC0 A; 3R9P A; 4IWV A; 2RKI A; 2GUI A; 1P8Z A; 4FYD A; 3F9K A; 4JK9 A; 4WQ4 C; 3I8D A; 4CJW A; 3HXM A; 4ZTF A; 3ZLJ A; 3AA5 X; 3AO2 A; 1CZB A; 1NLV A; 3QBW A; 3DOL A; 4CHY A; 1Q82 O; 5F2R A; 4F9O A; 3SJH A; 1QTM A; 5CR4 A; 3O3H A; 3U3Y A; 2O8D A; 2P9L A; 4BC3 A; 4G9Z A; 1I39 A; 5BN8 A; 2KFN A; 2FSK A; 5LJW A; 4JI1 K; 4CJV A; 2RPI A; 3WXI A; 4V19 S; 5AFU A; 3HBT A; 1K73 O; 1P90 A; 3VQP A; 3C6A A; 5FLX O; 3E9L A; 3D45 A; 2OPR A; 3ZSY A; 4E7L A; 1HJR A; 3LPT A; 5HBM A; 1YI2 N; 4CFB A; 4FWO A; 3LP2 A; 2FBT A; 4A57 A; 1V4T A; 4IEE A; 4KHY A; 1VSH A; 2IDO A; 3EL2 A; 1KQS M; 3D7E O; 1HMV A; 1NK5 A; 2PY5 A; 3T1A A; 2F9W A; 3K59 A; 4IOA L; 4Y1C A; 4CJT A; 4FJM A; 4JD2 B; 4BQL A; 1WAJ A; 3LZJ A; 4DV2 K; 2BTF A; 2VWK A; 5KGX A; 1N32 K; 2I7P A; 1R0A A; 2YV0 X; 1WSI A; 4IG3 A; 1ATR A; 2QKB A; 4IZ9 A; 1C1B A; 1I3A A; 3NBP A; 3CC2 N; 2ITG A; 2D0C A; 4CVN E; 3LPU A; 3RR8 A; 4CEZ A; 2H3G X; 1JXE A; 3VA0 A; 1RDU A; 1TKX A; 3OHR A; 4OKJ A; 4BR7 A; 4DF4 A; 4CJS A; 1RFQ A; 4CJP A; 3L0Q A; 4IJA A; 4I9Q A; 3CHW A; 3PSF A; 1ZBF A; 3PLA A; 4FLU A; 4KKO A; 4O0I A; 4RW8 A; 3PIP L; 1YJ9 N; 2ZF5 O; 3PX6 A; 1GLA G; 4DSJ A; 3OYG A; 1D5A A; 1RBT A; 3PSI A; 3ZT1 A; 4FJX A; 5CY4 A; 3QIO A; 5HLF A; 4KO0 A; 4KH6 A; 3ZET A; 1D4X A; 4BR5 A; 3CXC M; 4CHO A; 3CC4 N; 3DXM A; 5K14 A; 4YOR A; 3LP0 A; 1S3X A; 1KD1 O; 3KZB A; 3LDS A; 1VAZ A; 3AA4 A; 2HF4 A; 5TKY A; 4A5A A; 4H0O A; 4U67 L; 1UOC A; 1RTD A; 4DV6 K; 4UQG A; 3VTI A; 5DM6 L; 1TKD A; 4B3S K; 5ADX H; 1RDB A; 3DM2 A; 2XY7 A; 4DSF A; 3VGM A; 2YKN A; 4DR3 K; 2HHT A; 1VSF A; 3CCS N; 2P1J A; 1Z26 A; 5AQM A; 4A62 A; 3G0Z A; 5HOO A; 4WCE L; 1QZ6 A; 5EU7 A; 3CCL N; 5EOY A; 5CZ2 A; 4CJU A; 2HHU A; 4RW9 A; 4CGJ A; 4N76 A; 1K8K B; 4CED A; 2W42 A; 4EP4 A; 1TYQ B; 1IV0 A; 4M3X A; 2HHQ A; 4NXN K; 4KFB A; 4ISF A; 2KHO A; 1MDU B; 3TR8 A; 3SLC A; 1RBV A; 4FM2 A; 1NKE A; 3FFI A; 3HK2 A; 3P1G A; 1NK6 A; 1RDD A; 4LH5 A; 1HNI A; 4C8N A; 4Z94 A; 4E0D A; 1ZBL A; 1G15 A; 1EO1 A; 2UUA K; 4BC4 A; 2YCH A; 4CZF A; 1NOY A; 2W40 A; 5C10 A; 3MK6 A; 1S6Q A; 3O3F A; 3CQY A; 4F2R A; 4Z4C A; 2HBJ A; 1L3V A; 3KKS A; 3SMS A; 5IT9 O; 3K5N A; 3UIQ A; 4BG8 A; 3WUH A; 4ISG A; 4KBO A; 1RTJ A; 3AGR A; 1EWQ A; 3H08 A; 3ATV A; 5BR9 A; 3ZEU B; 1ZBI A; 1IH7 A; 1YVU A; 4MFB A; 1U2V A; 3GL1 A; 5M1N A; 1K9M O; 1K8A O; 3CJ1 A; 3DI6 A; 3JSM A; 3S3O A; 4CZJ A; 4CBW A; 1Q81 O; 1ASU A; 2YNI A; 3BY5 A; 3I0S A; 1U47 A; 1QQN A; 3D0P A; 1KVB A; 3O9Q A; 4IFE A; 1NGC A; 1LAW A; 2VGM A; 4OPK A; 3QEP A; 1QZ5 A; 4IDK A; 2JGU A; 3VEV A; 1JKH A; 3GDQ A; 3L4I A; 3TAQ A; 2P9U B; 3RWU A; 3VOV A; 3CMA N; 1ILY A; 4JI3 K; 1RBU A; 4MLH A; 2ASO A; 3VF6 A; 3CCE N; 1TL1 A; 3NH1 A; 3S3M A; 4JI2 K; 4O8U A; 4BG9 A; 3O3G A; 3VQ6 A; 4YFU A; 3KTQ A; 2KFZ A; 3LP1 A; 3G6E N; 1KVA A; 1GLB G; 5KPZ A; 1NGF A; 3TAE A; 2P5G A; 3T7Z A; 4FJK A; 2KLA A; 1TK0 A; 3KLG A; 4BRM A; 1JLQ A; 3WNH A; 3JAM O; 4FJJ A; 4CJL A; 1C6V A; 3M6G A; 1VQO N; 2Y1I A; 4CW7 B; 4DTR A; 3VQ5 A; 1OH7 A; 4FJL A; 4E1J A; 1RT7 A; 3OYC A; 1N6Q A; 4KI6 A; 3KLI A; 3ZT4 A; 3FFK B; 3A5N C; 1QHT A; 1T03 A; 3DLH A; 4LC9 B; 3NFA A; 4E7I A; 1HR0 K; 4NCG A; 3VQA A; 2YI1 A; 5FPD A; 4ZHR A; 2CH6 A; 3TI0 A; 2G8I A; 4H5N A; 1S72 N; 3AGK A; 4BRE A; 1HKC A; 2BH1 A; 2A42 A; 5FPE A; 3DRR A; 4WFB L; 1X1P A; 1HUX A; 4NYN A; 1RT6 A; 3OBY A; 4C8M A; 2X6S A; 2RHK A; 4KHU A; 1NM1 A; 2CGL A; 4BY9 C; 3QNO A; 3K9K A; 2HW3 A; 2VCP A; 3V4I A; 1CZ9 A; 1T6D A; 2WON A; 3B6P A; 2Q31 A; 3RRH A; 2OTL N; 3CER A; 4B8C A; 4W5Q A; 3DXK A; 5EY4 A; 3WXM B; 4DFP A; 1LV5 A; 1TUY A; 1NMN A; 4CF8 A; 3VET A; 4HUG A; 4BRK A; 3L4Q A; 4B9T A; 3SBG A; 2HOE A; 1A5W A; 1JLA A; 4O5B A; 2Q0U A; 1A5X A; 1BL3 A; 4EZ6 A; 1U04 A; 2VG5 A; 1OKJ A; 5KTQ A; 1EWR A; 2QWM A; 4JKE A; 1T8E A; 2QWQ A; 1DTQ A; 4E7H A; 1NBW A; 1BHL A; 3OS1 A; 1K8K A; 1Y64 A; 3MXM A; 3BZK A; 3FZH A; 1QQM A; 5CYQ A; 1Q8I A; 5GAH P; 2OPS A; 4DQQ A; 3OYD A; 4IXC A; 1NKC A; 4FJH A; 2V52 B; 3AV9 A; 3VGK A; 1HRH A; 4CEO A; 3I55 N; 3VEO A; 4LSN A; 3TAN A; 4R79 A; 3SQ0 A; 1H1V A; 3QEW A; 3LAM A; 3CET A; 4B9Q A; 5ELZ A; 2QWO A; 3TAG A; 4B9U A; 3PY8 A; 1HQE A; 4G1Q A; 3JYT A; 2G8U A; 4GV3 A; 2IOC A; 1DEJ A; 1QS4 A; 1S22 A; 1ATN A; 5B8H A; 4CF0 A; 2OPP A; 3N4Q A; 4WFA L; 3NH2 A; 1N8R O; 3THX A; 1GLE G; 3D2E A; 4CJF A; 2RN2 A; 4DV0 K; 5EVZ A; 3ASM A; 4BE2 A; 4CCH A; 2JWK A; 4QS9 A; 3PUF A; 4CGD A; 3F9M A; 1YJN N; 5HRS A; 4ILG B; 4BRC A; 2P9P A; 2DFH A; 4FLW A; 4JKD A; 1BIS A; 4F3O A; 3I56 N; 1REV A; 2NRT A; 4CEE A; 2O8E A; 4PHT X; 4AM6 A; 4BRN A; 4CJ3 A; 1D9D A; 2YHB A; 4CIG A; 3K9J A; 4JAX A; 3DLK A; 3DRS A; 5AQK A; 1J5E K; 3VQ7 A; 2D1K A; 4GMJ B; 2QWN A; 2O8D B; 2P9L B; 1SUQ A; 3O1B A; 3CM6 A; 3HI0 A; 3DLE A; 1Q18 A; 3VEN A; 3J80 O; 1NJI O; 4YDU C; 3P4I A; 5EXW A; 2DFF A; 1IKY A; 1TKT A; 2P51 A; 3P38 A; 5JS2 A; 4CIE A; 1BI4 A; 3QEI A; 2NRX A; 3EEQ A; 4RWT A; 3O08 A; 4F2S A; 4C1N K; 3CC7 N; 3TTC A; 4EIA A; 1BU6 O; 4M3U A; 4JI8 K; 2EHG A; 4DU4 A; 1WLJ A; 4I9L A; 1GLC G; 5AQI A; 3V1Q A; 1EXQ A; 1S9E A; 4B9L A; 2PZS A; 4LSL A; 1GOC A; 3MXI A; 4DU1 A; 3CM5 A; 5C42 A; 4DF8 A; 5M1O A; 4BRG A; 1SZ2 A; 1GOB A; 4WF9 L; 3L2Q A; 2OZM A; 4DUZ K; 3CYM A; 3ZSX A; 3NH0 A; 1XMQ K; 3AAP A; 4BRI A; 3I8B A; 1FXX A; 1ITG A; 5E84 A; 3QET A; 3FZL A; 3S3N A; 2EWS A; 4IOC L; 3NGI A; 1U48 A; 4BR9 A; 1J5O A; 4ELU A; 1RIL A; 4B1U B; 1IO2 A; 1EX4 A; 2X78 A; 4W5T A; 4FOI A; 1BA0 A; 4F8R A; 5AQU A; 3VQC A; 4X62 K; 5AQN A; 3HSC A; 3B6O A; 4GVM A; 4M7X A; 3AO5 A; 1NGE A; 1SL0 A; 4DQ8 A; 1XWL A; 1EP4 A; 4CES A; 5M1Q A; 3FZF A; 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3CCQ N; 1WBB A; 3SAG A; 5AQY A; 1RTH A; 5J2Q A; 3V9Z A; 3WXJ A; 2NUB A; 3O9S A; 4LY7 A; 4AM7 A; 3HZ6 A; 1KVC A; 2YNH A; 3SUO A; 3QEX A; 2Q0R A; 4JI6 K; 2CH5 A; 3L6Q A; 4CFC A; 1L3U A; 4JKA A; 1CXU A; 4LF5 K; 3NF6 A; 3NMU A; 1K6Y A; 3OYH A; 3R6M A; 4PL7 A; 1U2V B; 4BWJ A; 3SV3 A; 2FSN A; 3D2F B; 2G8F A; 3EE9 A; 3ENH A; 4IFY A; 4JK8 A; 3QNN A; 4DTN A; 2YHX A; 4IKF A; 1NGI A; 4CZE A; 1YVN A; 2BE2 A; 2DY4 A; 3OJS A; 4U7B A; 1NK4 A; 3C65 A; 3QIN A; 2OTJ N; 3C6U A; 4JKG A; 1VSD A; 4JHD A; 4XH1 A; 2O4I A; 4DMN A; 4QS8 A; 4BRO A; 1VSM A; 4CI6 A; 4KH5 A; 3V1O A; 1NGD A; 2G8H A; 4AF1 A; 4LF4 K; 3GG4 A; 3NGZ A; 1WSE A; 4K8Z A; 1C0T A; 4NCA A; 1TKZ A; 2OCE A; 4OVL A; 3W0L A; 3H3O B; 1U49 A; 4KAZ A; 2E2N A; 4GKJ K; 2E5L K; 3UB5 A; 3EN9 A; 4YOU A; 2FF3 B; 5GAE P; 3H1V X; 1SL2 A; 4JEP A; 4K43 A; 2E6M A; 1RBR A; 5ADX A; 2X74 A; 2YKM A; 3H45 C; 1KC8 O; 3QES A; 4FWL A; 5KPR A; 1T05 A; 3ZSW A; 3DLB A; 1RT4 A; 2Q3S A; 2HB5 A; 3SV4 A; 4DV7 K; 2GWJ A; 3IMX A; 5AQT A; 2FSJ A; 1IJJ A; 4FZY A; 2P9S A; 1VSL A; 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