The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
140
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structure length |
140
|
Chain Sequence |
SLRILGLDLGTKTLGVALSDEMGWTAQGIETIKINEAEGDYGLSRLSELIKDYTIDKIVLGFPKNMNGTVGPRGEASQTFAKVLETTYNVPVVLWDERLTTMAAEKMLIAADVSRQKRKKVIDKMAAVMILQGYLDSLNE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Bacillus subtilis
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| publication title |
Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative Holliday junction resolvase
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| total genus |
37
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.1.-.-: |
| pdb deposition date | 2003-12-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BZK A; 3PSI A; 1NMN A; 1IV0 A; 1OVQ A; 1VHX A; 3PSF A; 3BZC A; 1NU0 A; 2OCE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BO5 O; 3T69 A; 4BC3 A; 3RRH A; 2P9U B; 5BRD A; 3ZLJ A; 1QS4 A; 2RHK A; 5M1K A; 4U7B A; 4CZJ A; 4H4O A; 3DRP A; 3WUH A; 4CJR A; 3VOV A; 4FZZ A; 1ZBH A; 4CHQ A; 1U49 A; 3MX2 A; 3AVK A; 4CJV A; 4PKG A; 4ISF A; 3LDP A; 1N32 K; 4YDU C; 1T03 A; 3E1Y A; 4BRN A; 5F1X A; 4C1N I; 4JHD A; 2RPI A; 3UE5 A; 3ZET B; 4OVL A; 1C1B A; 4CEC A; 1C6V A; 4LD0 A; 3WQU A; 4W5T A; 4IDK A; 5JIC A; 3VES A; 5EX5 A; 4E89 A; 1TKX A; 4B1V A; 2GWJ A; 3O5B A; 1VHX A; 1VSE A; 2ZWH A; 4M7X A; 1VSL A; 4CBU A; 1MDU B; 4IOC L; 1JCG A; 3OYH A; 3A8Y A; 2O8E B; 3F9M A; 2CH5 A; 1W0H A; 4KHW A; 4K8X A; 1ASV A; 1NNE A; 3KK3 A; 3LM9 A; 4DFJ A; 4CGG A; 2GX9 A; 2O4G A; 3NH2 A; 3O4W A; 4CHN A; 1LWF A; 3SYZ A; 2FSN A; 2WUS A; 3H45 C; 1YIJ N; 4W5Q A; 1ZBU A; 3ATV A; 3ULE B; 4GV3 A; 3CJ1 A; 3PUF A; 1A5V A; 3GG4 A; 2VYP A; 3T1A A; 4DTM A; 3BEX A; 2OZS A; 5BPM A; 4IJN A; 4WCE L; 5JLH A; 2VG5 A; 5M1N A; 3PX4 A; 2JLE A; 4LH4 A; 4HTU A; 2IAJ A; 4BWM A; 1D9D A; 5DK5 A; 2DY4 A; 2AA4 A; 4I2Q A; 4B1W B; 2F9T A; 4CVN E; 4B08 A; 2FXU A; 3WXL A; 1KAY A; 2ZJP L; 3BF1 A; 5AQT A; 3QFU A; 2ASM A; 3ID6 A; 2OA8 A; 1CZ9 A; 4EHT A; 1TYQ A; 1NBW A; 1NU0 A; 4JI5 K; 1RGI A; 4M41 A; 1RDU A; 2HHW A; 2NRW A; 4M42 A; 5LY3 A; 4FK4 A; 4DCH A; 5HRO A; 1K73 O; 4LFC K; 2E4L A; 1T7P A; 4G9Z A; 4TSX A; 4KHQ A; 4AM7 A; 4H5N A; 1S1W A; 3LAL A; 1X1P A; 2QW9 A; 2NNW A; 1P8Z A; 5CR4 A; 1UA1 A; 3FZF A; 2OPS A; 1FW6 A; 3U8X A; 1SL1 A; 1VQL N; 3HYF A; 3AA4 A; 2KKZ A; 1N6Q A; 4B8A B; 4W5N A; 5AQL A; 2O8B B; 1VSI A; 4JS5 A; 3H3O B; 2AJQ A; 3CCQ N; 1KAZ A; 3UIQ A; 5AZI A; 1REV A; 3VQE A; 4IXC A; 4A5A A; 3OJS A; 4CFB A; 1L3T A; 3HRG A; 3PIO L; 2QXF A; 2YHX A; 3L3V A; 2UUA K; 4J8F A; 1J53 A; 3IMX A; 3VQQ A; 3C6A A; 3ZSW A; 1HKB A; 3L2Q A; 3M8S A; 4FJM A; 3WEE A; 4RCH A; 4V19 S; 4KH4 A; 1HRH A; 2QWL A; 4HUG A; 3D6R A; 3MN5 A; 1SKR A; 1Q9X A; 1S9G A; 3ZSZ A; 4CBX A; 4CEB A; 4J2B A; 1V4T A; 4IZ9 A; 3D2F A; 3VTH A; 3HPO A; 1NJW A; 1T05 A; 4CD3 A; 1KSP A; 3OHR A; 1K8K A; 1LV5 A; 3JXU A; 4CF2 A; 4JK9 A; 2G8I A; 4UQG A; 3CJB A; 4FJ9 A; 3RTV A; 1YJ9 N; 5CYQ A; 4B1U B; 2G8U A; 2O8D A; 3B8A X; 5ELZ A; 1XUP O; 4CZL A; 3UB5 A; 1NMD A; 4H0O A; 4O44 A; 2EWS A; 3OYG A; 4BRE A; 3ENH A; 5KRT A; 4DV3 K; 4FVU A; 2B5J A; 3MCA B; 3ID8 A; 3VEV A; 5AQO A; 4DU1 A; 4BRP A; 4K25 A; 3S9H A; 2YX6 A; 5AQY A; 3L6Q A; 3RSE A; 3THX B; 3NGZ A; 3DLH A; 3AVA A; 1CLQ A; 4DTN A; 3AO1 A; 4DWI A; 4KPY A; 4K42 A; 4CJE A; 3MEE A; 3NVK A; 4CEQ A; 4YOU A; 4CJP A; 2VQF K; 1HNI A; 3C6T A; 1G99 A; 4Y1C A; 3DXK A; 2W41 A; 3U6F A; 4MLH A; 3CCL N; 3WXM B; 3PO5 A; 3AGK A; 3O3G A; 2ZQB A; 3MN6 A; 4JS4 A; 2HBL A; 4WYB A; 2ITM A; 4CFA A; 4OO1 J; 3AVN A; 4OPJ A; 1Y97 A; 2QWQ A; 3MEG A; 2OAN A; 4FJ5 A; 3KLF A; 2V52 B; 3OS2 A; 3CCS N; 4LF7 K; 1TUY A; 3CM6 A; 2KFZ A; 2FLO A; 2D0C A; 4J2D A; 4PL8 A; 2IGI A; 2VGM A; 4E7L A; 2ITG A; 4JI2 K; 4CEZ A; 4BY9 C; 3VF2 A; 3T7Z A; 3O08 A; 4DTX A; 3P1G A; 4IEI A; 1EKE A; 2NRZ A; 4X64 K; 3P4I A; 4FLV A; 1D5A A; 3UKU A; 3NMU A; 3RR7 A; 3CIP A; 4BRF A; 1KAX A; 4JHD B; 4DV1 K; 1U04 A; 1WSI A; 3QIN A; 3O3H A; 2JGU A; 1K8A O; 2GV9 A; 1RTH A; 1ZC6 A; 5AQG A; 1I39 A; 5FRN A; 1CZB A; 4FK0 A; 3I55 N; 3LWL A; 5SWM A; 4YOT A; 2E1Y A; 3IUC A; 3KLE A; 1QHT A; 3OYD A; 3M3Z A; 1BU6 O; 1RNH A; 3FZL A; 1TK0 A; 3E9O A; 3CPW M; 4ILG B; 4AF1 A; 5LMN K; 5J2P A; 3EKS A; 4B3T K; 5GIN A; 2NLX A; 3NHG A; 2NRT A; 3EE9 A; 4H8K A; 1HX1 A; 1J5O A; 3AAQ A; 4A62 A; 4E19 A; 2F7T A; 4WQ4 A; 5GAD P; 3THY A; 2P9S A; 4FWK A; 1U48 A; 3VQC A; 4JRQ A; 3VQ4 A; 4BE0 A; 3TAE A; 4KHP K; 3VGK A; 1RBR A; 4DSI A; 3HOT A; 4DQ8 A; 4KB0 A; 4BRC A; 4DF8 A; 1M90 O; 2P9U A; 3EZW A; 3K0S A; 3CME N; 4IG3 A; 5AQW A; 5GIP A; 5DM6 L; 3P83 D; 4HTL A; 5H1S Q; 1N34 K; 1BI4 B; 1SL2 A; 2OPQ A; 4FLU A; 4BVO A; 4M45 A; 1Z25 A; 4JKE A; 4B1X B; 1DTT A; 2HNY A; 3SUO A; 3A5N C; 4CEF A; 3CQY A; 2HBK A; 3LWM A; 1TYQ B; 2CGK A; 4BRM A; 3L4I A; 3ZET A; 1I94 K; 4F9O A; 1OH8 A; 1O1W A; 1OH6 A; 4H5W A; 3U9Z A; 4C8K A; 4K0K K; 3NVM A; 4FWS A; 4XH5 A; 2GUI A; 3HVT A; 4JNE A; 3SMS A; 1S1V A; 3QEP A; 4JK8 A; 1NGJ A; 3AY9 A; 2OTL N; 1K6Y A; 4FOI A; 4CZE A; 1JL1 A; 1G15 A; 2BAN A; 5BPN A; 3OY9 A; 4KRE A; 1MWM A; 4EIA A; 3QET A; 1DEJ A; 4E7J A; 3C94 A; 2QKB A; 1GLF O; 3CER A; 3LAK A; 3LL3 A; 4MLE A; 1Q81 O; 5BPL A; 4CED A; 3LP2 A; 4CHY A; 1SV5 A; 3HO1 A; 1RDB A; 1EXQ A; 3NF9 A; 4BC4 A; 4B9V A; 1BA0 A; 2DPN A; 4BR2 A; 4CW7 B; 2GTD A; 3ULE A; 1HJR A; 3QEW A; 4B9S A; 3DLL L; 1NJX A; 4KFB A; 3M8R A; 1YXQ A; 1N5Y A; 3CQX A; 3DLR A; 4JKD A; 4BC2 A; 1U4B A; 2P51 A; 5ADX A; 3V9S A; 4F2S A; 1OH7 A; 4BG9 A; 4FOE A; 4M7Y A; 3WEE B; 5EU7 A; 4IDH A; 5CZ2 A; 2Q3S A; 4PKH A; 2VWJ A; 2HF4 A; 5JMV A; 1VQ8 N; 1QQC A; 4QOZ B; 4OLB A; 1OVY A; 3U3Y A; 4BR0 A; 4IFE A; 3HL8 A; 1TK8 A; 2HBM A; 2Z1G A; 3BDP A; 4BDZ A; 3I56 N; 5I42 A; 4WFB L; 4ID5 A; 4FJJ A; 3L2R A; 3CC2 N; 1WUA A; 4DTO A; 4KI4 A; 4ELT A; 1QZ5 A; 1EWR A; 4Z0U A; 4LY7 A; 2P9P A; 3CCE N; 3M6G A; 4ZHR A; 1WB9 A; 4HWI A; 3W3D A; 4FYD A; 2IS3 A; 4FM0 A; 1WNS A; 1NJI O; 4GVM A; 2YCH A; 1YTU A; 5AZJ B; 4LF8 K; 2Q0R A; 3C65 A; 1RT3 A; 2HMP A; 2UYT A; 1LCU A; 2A5X A; 1LW0 A; 3QEI A; 4KKO A; 2HW3 A; 2IDO A; 1IBM K; 1RT4 A; 3B6O A; 2HF3 A; 4C8L A; 2YHB A; 2RE2 A; 3ZCM A; 3TR8 A; 2J4R A; 4H0V B; 2NRX A; 3KK2 A; 1DGK N; 2HST A; 3EKU A; 2I7N A; 5DMR A; 3LDL A; 2UUB K; 3HT3 A; 2OPP A; 1QVF M; 5TKW A; 1GLJ O; 3ZSV A; 3LZI A; 1UWB A; 4MFB A; 3CMA N; 4M3W A; 4WF9 L; 2D0O A; 3R1X A; 1C0G A; 3ENB A; 2ZJQ L; 4M3Y A; 3AAP A; 3CCR N; 3K2P A; 4GY2 B; 4NCB A; 3SV4 A; 1BIZ A; 4KHS A; 3L8B A; 2LSN A; 1XNR K; 3CFO A; 1SZ2 A; 1KVC A; 5J2M A; 3G0Z A; 1HMV A; 3P38 A; 4NYF A; 4Z4E A; 2IOC A; 1J6Z A; 4CEE A; 1Q86 O; 3KZB A; 4KH6 A; 5E26 A; 2QKK A; 4FPA A; 1Y64 A; 3DXM B; 2ASP A; 4BDP A; 1C0T A; 1TL1 A; 4KHU A; 5TKY A; 3E9P A; 3VEX A; 1T3V A; 2HHU A; 3THX A; 1VSM A; 1XNQ K; 5KGW A; 5HRS A; 2FBV A; 5FDL A; 3SCX A; 3SK3 A; 3VA3 A; 1V4S A; 5JLF A; 3KD1 E; 1U47 A; 1S22 A; 2Q36 A; 3VF4 A; 2O4I A; 5AQP A; 3ZSX A; 5MLC Q; 1SUQ A; 1S5J A; 5J1E A; 1IBL K; 1UAX A; 4JEP A; 3QO9 A; 1LAW A; 4AH9 A; 4RW4 A; 2HNZ A; 2VG6 A; 3DI6 A; 3HPH A; 3IS9 A; 4RWT A; 2ETJ A; 5AQV A; 1RDC A; 1NJZ A; 4DSL A; 2JWK A; 3O6W A; 2IVP A; 4H0P A; 4Q5V A; 4FL9 A; 4BRD A; 2PYJ A; 3OW2 M; 2YHA A; 3BF3 A; 4B8C A; 3N4Q A; 5LL6 Z; 2V7Z A; 1HNX K; 3G25 A; 1RT1 A; 4DB3 A; 5C0Y A; 2HVI A; 2D5R A; 1HJO A; 3QER A; 3DOK A; 3D2E B; 5FPN A; 3BY5 A; 1A5X A; 5AQQ A; 4CE9 A; 2JWL A; 4LC9 B; 3VQD A; 4DSK A; 3A2F A; 3BP8 A; 5M1F A; 1NMN A; 4B9M A; 1BHL A; 2A3Z A; 1TKZ A; 2YJF A; 4AHS A; 1I3A A; 1QQO A; 3OYL A; 2VWB A; 4AHV A; 4L8R B; 2ZM6 K; 4E3S A; 5GAE P; 3VQ6 A; 4FLT A; 1HPZ A; 1Q82 O; 4FCY A; 3ZSY A; 1JCE A; 1JL2 A; 1BCM A; 1C1A A; 3KLI A; 1ZYQ A; 3RMB A; 2QM1 A; 4NO7 A; 3R6M A; 5AQS A; 5AQH A; 1XC9 A; 3MAQ A; 2HHS A; 1BG3 A; 3D7E O; 3U4L A; 3V6D A; 3HJF A; 3DRS A; 5EY4 A; 3DOL A; 3AVI A; 4IOA L; 3DYA A; 2HVH A; 4OPH A; 1CXQ A; 4C8O A; 3OYI A; 2CH6 A; 4DR5 K; 4FM2 A; 4DSE A; 3Q7B A; 3F9K A; 4BVP A; 1HKC A; 1RBS A; 4HVJ A; 1M1K O; 4DV2 K; 1RBT A; 3LP3 A; 2XY8 A; 4GW6 A; 1BI4 A; 4JKC A; 4KI6 A; 1IKW A; 5AQX A; 2FF3 B; 2E2Q A; 4JN4 A; 4YFU A; 1NKB A; 3NH0 A; 4BDY A; 3RMC A; 2YNH A; 3V9X A; 4FWN A; 3PX6 A; 1VSD A; 2YI1 A; 3P31 A; 3F73 A; 5AFU A; 1KD1 O; 4O5B A; 2G8W A; 3KD5 E; 4DQP A; 3H08 A; 4E7K A; 1BL3 A; 3IFR A; 5I3U A; 3CCJ N; 1GLA G; 2HOE A; 3ENO A; 2UU9 K; 3OYC A; 5AJ3 K; 3LM2 A; 4DLG A; 2P9P B; 1NK6 A; 1NGC A; 2Z1H A; 3RMA A; 1WAJ A; 1U6Z A; 3C7N B; 5KI6 A; 5HBM A; 3J81 O; 2PYL A; 1C0F A; 3OYB A; 5CE3 A; 5FPE A; 4NXN K; 1RBV A; 4GNI A; 4FJ7 A; 4DMN A; 4BRI A; 3LPU A; 1VQO N; 1IH7 A; 1NK9 A; 4CJF A; 3IRX A; 5KQ8 A; 1H1V A; 1WLJ A; 2KHO A; 1Q18 A; 4LSN A; 3CET A; 3IG1 A; 5HOO A; 4CGI A; 3TAR A; 1VQN N; 4RW7 A; 4YOV A; 1GLB G; 3VQ8 A; 2HHH K; 4CJW A; 3CCM N; 4DQS A; 1HLU A; 2D0B A; 2VGN A; 4G1Q A; 1GOC A; 3BZK A; 4CIE A; 3EZ5 A; 5LMU K; 5GAH P; 3SQ4 A; 3KWG A; 1Z05 A; 4CJT A; 3AO3 A; 5C15 A; 2Q31 A; 5CY4 A; 4DR1 K; 5T7B A; 1QSS A; 4XH1 A; 4PHT X; 4EP4 A; 3EEQ A; 3PO4 A; 2A1R A; 4F8R A; 3OYE A; 3MK6 A; 1RDA A; 4LF4 K; 1VSJ A; 1ASW A; 2WTU A; 3TAM A; 1VSH A; 3ULD A; 4FLZ A; 5BRF A; 3KLG A; 2HHX A; 2E2N A; 1XHZ A; 4PUO A; 4B3M K; 3JSM A; 4OKK A; 1S1U A; 1D8Y A; 4QCL A; 4DG1 A; 4DU3 A; 1QSL A; 4K8Z A; 3KKR A; 3K9K A; 3OA9 A; 2F9W A; 2Q1N A; 3E9L A; 1JLA A; 4Z94 A; 4QS7 A; 2YKM A; 5EVZ A; 2G8V A; 5AZJ A; 3V4I A; 3ISN C; 2E6M A; 2X78 A; 1YT3 A; 2P9I B; 1EET A; 3LP0 A; 4FVM A; 4BQL A; 3ZYY X; 4KBO A; 2B6A A; 4A5B A; 1MWK A; 3OYM A; 3SUP A; 1BQM A; 5SZT A; 3QES A; 3RMD A; 5HRN A; 4AHR A; 1O13 A; 3FZH A; 3IAY A; 3KHY A; 2P9L B; 2Q2R A; 3TAF A; 3L2U A; 3ASM A; 4RTF D; 3M1F A; 3D45 A; 4DR6 K; 4KO0 A; 4CHP A; 3ZT3 A; 2I7P A; 1ZBI A; 3PSF A; 4FJL A; 4DHY A; 4C8M A; 3TSP A; 2BUP A; 2VCP A; 1KCF A; 3AVC A; 3RR8 A; 5BN9 A; 2YNF A; 4DV0 K; 2W6K A; 4BRL A; 3O4N A; 1KLM A; 3LDN A; 4NCG A; 4FJX A; 3CXC M; 1EX4 A; 1HYV A; 3TU5 A; 2D0A A; 2OCE A; 2NRH A; 1MA9 B; 1P90 A; 1LWE A; 2A42 A; 2D4W A; 4J2E A; 2FBY A; 4BWJ A; 1C1C A; 3TAP A; 4DUY K; 4BRG A; 3E66 A; 2VWK A; 1JKH A; 4HUE A; 1RDD A; 3NF6 A; 5I9E B; 1KRP A; 5IWA K; 1WSJ A; 3H1Q A; 3H6E A; 3MWP A; 4I7F A; 4DR3 K; 3GE1 A; 4FJ8 A; 5JVH L; 3DXM A; 1YHQ N; 3MEC A; 1WOQ A; 4KRF A; 4A61 A; 3RRG A; 4CJS A; 2RN2 A; 4A2B A; 4O0J A; 3HTV A; 3CC7 N; 4FXD A; 4CJK A; 2ZGY A; 1S6P A; 2F96 A; 4QAG A; 1XMQ K; 1D4X A; 4M3T A; 4FLW A; 2ZGZ A; 4M3R A; 2ZE2 A; 4B1Z A; 3VEN A; 4DTR A; 1KFD A; 4DFP A; 4YY3 K; 2IVO A; 1WSF A; 2GBZ A; 3SQ2 A; 3SNN A; 3DAW A; 3O9R A; 3ZX3 A; 1VRU A; 4CJ7 A; 4PQU A; 4B9T A; 4NLC A; 3L0Q A; 4CJQ A; 1HNW K; 4O55 A; 4FJH A; 1VSK A; 4JD2 B; 3EO3 A; 4Z4G A; 4NB4 A; 2E5L K; 4O5F A; 1RTD A; 1FXX A; 3NFA A; 3S3N A; 4EFH A; 4B3O A; 3O80 A; 1OH5 A; 3QEV A; 3VEO A; 3V1O A; 4H5V A; 2YHY A; 2E88 A; 4PL7 A; 3MED A; 4YOX A; 2V7Y A; 3CG7 A; 4CGH A; 4CF9 A; 4DS4 A; 4OGC A; 1E4G T; 5CYM A; 3F5T A; 3CM5 A; 2UXC K; 3VPZ A; 1BOT O; 3O9Q A; 3OBY A; 4CHZ A; 4PY5 A; 3DLB A; 3GL1 A; 4KTZ A; 1BIS A; 5FLX O; 3D2E A; 1IG8 A; 1LAV A; 3V81 A; 2NRR A; 2GUP A; 1W2B M; 4BRA A; 1RTI A; 1NWK A; 2PY5 A; 1U2V A; 1XC3 A; 3VQ5 A; 1VK0 A; 3V9Z A; 5HRP A; 1HKG A; 3AVB A; 3K9J A; 3BZC A; 1RIL A; 5FRO A; 5AQU A; 3MDQ A; 5AQI A; 2OTJ N; 3QIP A; 4IFY A; 2GEL A; 4JLH A; 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