The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
140
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structure length |
140
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Chain Sequence |
SLRILGLDLGTKTLGVALSDEMGWTAQGIETIKINEAEGDYGLSRLSELIKDYTIDKIVLGFPKNMNGTVGPRGEASQTFAKVLETTYNVPVVLWDERLTTMAAEKMLIAADVSRQKRKKVIDKMAAVMILQGYLDSLNE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Putative Holliday junction resolvase
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| publication title |
Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
37
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.1.-.-: |
| pdb deposition date | 2003-12-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NU0 A; 3PSF A; 2OCE A; 3BZC A; 1VHX A; 3PSI A; 3BZK A; 1IV0 A; 1OVQ A; 1NMN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VG7 A; 3K5O A; 4MLE A; 2YKM A; 1ILY A; 4FJX A; 1XMQ K; 4N47 A; 3SQ4 A; 3CCR N; 1S9E A; 1N33 K; 1NJX A; 4H4O A; 2D0O A; 4CFD A; 3SAG A; 3HPH A; 5HP1 A; 4C23 A; 3KK2 A; 4LFB K; 3CCE N; 4Z4H A; 4E19 A; 4MO4 A; 1OH6 A; 1B9D A; 1KLM A; 5TKW A; 4DWI A; 4ZTJ A; 4KO0 A; 2O4I A; 2GBZ A; 3K9J A; 1EO1 A; 1X9W A; 3EZ5 A; 4JRQ A; 4F3O A; 4JKG A; 1NOZ A; 4LH4 A; 4GY2 B; 1T7P A; 1P8Z A; 1TK0 A; 3MX5 A; 5CY4 A; 5ADX H; 4M3W A; 5IT9 O; 1RCH A; 4OPK A; 1B92 A; 2YNI A; 2I5J A; 2IVN A; 4KRE A; 5LJW A; 2HST A; 4FLZ A; 4JI3 K; 4FLY A; 5BRE A; 4DSE A; 3SPY A; 4KI4 A; 3M8S A; 4CVN E; 3VF4 A; 4CK3 A; 4BR0 A; 4I7F A; 3C6A A; 3TAM A; 1JLE A; 1C0U A; 5JS2 A; 1WBD A; 4YOR A; 3VMF B; 1TK8 A; 3DLL L; 3B8A X; 3PSF A; 2YCH A; 4YOX A; 5KQ8 A; 1SKW A; 3E01 A; 3KLI A; 4FWL A; 4KHU A; 3ZSY A; 2E6L A; 2VWB A; 4CF0 A; 4WQ4 C; 3L2W A; 3CCU N; 2GUP A; 2GUI A; 1WSJ A; 4F2S A; 3BUZ B; 2DPN A; 5HLF A; 2E1Y A; 2G8F A; 5BRF A; 4GVM A; 3NAE A; 5FRN A; 1XQS C; 1TK5 A; 4EAH D; 2P9I A; 4BG9 A; 4CZK A; 3RR8 A; 1RFQ A; 3HVR A; 5GAE P; 4JKC A; 4KH6 A; 4CGD A; 4FM0 A; 2P9L B; 4DR2 K; 1X3N A; 3TSQ A; 1ZBL A; 3O80 A; 2DY4 A; 3SNN A; 1XHZ A; 3C65 A; 1SL2 A; 4CEE A; 2FF6 A; 3SJH A; 1Z05 A; 1RBR A; 4CJE A; 4W5T A; 2P9N A; 4LFC K; 3J7Z O; 3WXK A; 1GLA G; 1HMV A; 4U67 L; 4JI5 K; 1LWC A; 3CCJ N; 1S1V A; 3QNN A; 3LPT A; 1YXQ A; 2OCE A; 2OPS A; 3OYB A; 3RSE B; 3VA0 A; 2B5J A; 1RT3 A; 1BL3 A; 3HL8 A; 1FW6 A; 4JHD B; 2XHB A; 2KTQ A; 1QSY A; 4CK2 A; 4A62 A; 5LJV A; 4BGB A; 5GIO A; 2ZM6 K; 3SQ2 A; 4CED A; 3KLE A; 4E7J A; 3HI0 A; 1IBL K; 3LM9 A; 4C8K A; 3SUO A; 3MED A; 3SV4 A; 2IDO A; 1CZ9 A; 3OYI A; 4LF7 K; 3RMA A; 3KWG A; 4AHC A; 4BAC A; 5AQR A; 4NCB A; 1OH5 A; 4FWQ A; 2WOM A; 3JSM A; 1Q9Y A; 4B3S K; 3MCP A; 3ENH A; 4KTW A; 3VQD A; 1WLJ A; 3M5R A; 4IJA A; 2WTU A; 1RDU A; 4JI0 K; 3QB0 A; 2A6A A; 2Q2R A; 4W5N A; 4FLT A; 1GLF O; 3G6E N; 3PIO L; 2IAJ A; 2GTD A; 2G8W A; 1KXP A; 1TAU A; 2IS3 A; 3EL2 A; 4WQ5 C; 4FLX A; 2KQ2 A; 4E3S A; 3AO3 A; 3T1Y K; 4X65 K; 2HHQ A; 1I94 K; 4AHR A; 3AA5 X; 3DOL A; 4DF4 A; 3QIO A; 1KAZ A; 1KVA A; 4YY3 K; 4K42 A; 4FPA A; 4DV2 K; 1IV0 A; 2O8E B; 4UY8 O; 5GAH P; 4MO5 A; 4C8M A; 3MMV A; 3NVM A; 2HHH K; 4O8U A; 4DQQ A; 1HQU A; 4BRA A; 4CES A; 1Q9X A; 3ZT4 A; 4Z4G A; 3DAW A; 4IEI A; 4Q5V A; 4B9N A; 3FZM A; 4PKI A; 2PBD A; 4IFY A; 3KK3 A; 4JRP A; 3HBT A; 2F9T A; 1NGI A; 3BF3 A; 2QWN A; 3C6H A; 4FWO A; 3CET A; 3QLH A; 4BC3 A; 2A1R A; 3SAH A; 1EX4 A; 4KI6 A; 1U49 A; 4EP4 A; 2FXU A; 3EZW A; 3NF7 A; 4WFA L; 3AO5 A; 4X64 K; 1RDC A; 4IDK A; 3QML A; 2D0P A; 3A5L C; 1SKR A; 3W0L A; 2G8H A; 5I9E B; 3IFR A; 1LOT B; 4IEE A; 1A5V A; 2FSJ A; 1IKY A; 2QWP A; 4BC4 A; 4Z4F A; 4BWM A; 3MN5 A; 3BGR A; 3NDK A; 1RBT A; 3L2Q A; 3S3N A; 4K25 A; 1JL1 A; 1NWK A; 3DXM A; 3VF6 A; 3QNO A; 2JGU A; 3NGY A; 1J54 A; 2RHK A; 4E1N A; 3RTV A; 2HW3 A; 2LSN A; 3UKR A; 4LF6 K; 1BO5 O; 5DK5 A; 5M1K A; 2P9N B; 3T69 A; 3DM2 A; 1TKD A; 4FJG A; 3CCL N; 2PFU A; 4KBO A; 4GV3 A; 3TAP A; 4JAX A; 4BR9 A; 4J8F A; 5AQU A; 1XHX A; 1GOC A; 1HQE A; 1C0G A; 3MN7 A; 2QXL A; 1YF5 L; 4CGF A; 2Q0R A; 3TAF A; 3ZSZ A; 2I7N A; 2D5R A; 3QO9 A; 4OJR A; 3CI5 A; 1N6Q A; 1TKX A; 4FLW A; 1IBK K; 3AVG A; 1KQS M; 2BTF A; 4W5O A; 1BUP A; 3ULE B; 2Q1N A; 4XH1 A; 3R9P A; 4FPB A; 5GIP A; 3KK1 A; 4CF8 A; 4B3O A; 5E41 A; 3O9U A; 2FBT A; 3OYF A; 5DM6 L; 1OH7 A; 4J2B A; 3CJC A; 5CE3 A; 3LDL A; 1RT6 A; 2IGI A; 1KD1 O; 3AVI A; 3SLC A; 4CZI A; 3VET A; 4Q0B A; 4B9S A; 3MEE A; 3KVG A; 3EY1 A; 4WQ4 A; 4DS5 A; 4B08 A; 5HBM A; 4DCH A; 4R79 A; 1T44 A; 4DQI A; 2E2P A; 1Y97 A; 3TR8 A; 4QS7 A; 3NGZ A; 5AQV A; 1IKX A; 1NK6 A; 4FZX C; 3DRP A; 4IBN A; 4CIG A; 1T8E A; 4LF9 K; 1JCG A; 2XO7 A; 1HNZ K; 1C1B A; 3MN9 A; 1NU0 A; 4CZL A; 3ITH A; 4H0P A; 3C95 A; 3IDH A; 4FXD A; 3EKU A; 2Q31 A; 4LSN A; 3THW B; 3F5T A; 3O9S A; 1OVQ A; 4F2R A; 2E8A A; 3PX6 A; 4YOV A; 3CJA A; 2NRX A; 4AHU A; 3DLK A; 3VES A; 2X6N A; 3OS2 A; 3U4L A; 4HWI A; 2HF3 A; 3HOT A; 4BRF A; 4YNQ A; 1XMO K; 4DR3 K; 4MDA A; 5CYM A; 3K9K A; 4MFB A; 5HRR A; 4JI4 K; 1RNH A; 5M1O A; 1K8K A; 1DGK N; 1HJR A; 4KHW A; 3SQ1 A; 2ZGZ A; 1S6P A; 3G0Z A; 4QAG A; 3CC4 N; 3VQC A; 3QIN A; 3HP6 A; 1KRP A; 4CFA A; 3P39 A; 4B3T K; 1RIL A; 5C25 A; 3OYJ A; 2BE2 A; 1HJO A; 4DR5 K; 3PX4 A; 2QWQ A; 3P31 A; 3I8D A; 2A42 A; 2XY8 A; 1SS6 A; 2A41 A; 3AVM A; 3CPW M; 3ATU A; 3KIO A; 3H6E A; 3D6R A; 4G1Q A; 1BCO A; 5K14 A; 1ESV A; 3SMP A; 1K6Y A; 2QM1 A; 3MWP A; 4I6M B; 2ZJR L; 3ZLJ A; 3E1Y A; 5KGX A; 3HM9 A; 3ZX0 A; 4AH9 A; 1T6D A; 1EWR A; 2GX9 A; 1RTJ A; 4M3R A; 3DXM B; 1SUQ A; 3OYN A; 3OYH A; 1VQN N; 4FJH A; 3MEG A; 4H4M A; 5HRP A; 3H08 A; 3HYF A; 4K41 A; 3DRS A; 2E2Q A; 5IWA K; 1NKB A; 2HBK A; 3WEE B; 4QS8 A; 4M63 C; 4CJL A; 1H1V A; 3GE1 A; 4NLC A; 1E3M A; 3QIP A; 4CEA A; 3IG1 A; 3HTV A; 2DFE A; 4BRI A; 1IKW A; 3U9Z A; 4A61 A; 3AV9 A; 4L8R B; 2NRT A; 4EZ9 A; 3UKU A; 4E1J A; 5EU7 A; 4NO7 A; 3RVC A; 4JLH A; 3BP8 A; 3AVL A; 5SWM A; 1XUP O; 3G71 N; 3WNH A; 5LMN K; 4XH5 A; 4NYN A; 4FWK A; 1RDB A; 1EWQ A; 1HPZ A; 3AO2 A; 3ZSW A; 4OPA A; 4EZ6 A; 4M3Y A; 3PX0 A; 2ASM A; 2PAV A; 2O4G A; 3CPE A; 3A0I X; 4DQS A; 4AQY K; 4FVM A; 5EY4 A; 4B9L A; 1FKP A; 2YV0 X; 3O9R A; 4O55 A; 1VQ8 N; 3QEI A; 4I9Q A; 2B4J A; 2PYJ A; 4B3M K; 4KHP K; 1NOY A; 4YDU C; 4CJ7 A; 3K2P A; 2WBN A; 4B9T A; 1S6Q A; 1HYZ A; 4NXM K; 4V19 S; 1XNR K; 1TYQ A; 4NLB A; 3FGU A; 4FZZ A; 4ISG A; 2E4L A; 4FLV A; 2KW4 A; 1WUA A; 1TAQ A; 2JWL A; 2CH5 A; 4AF1 A; 3CG7 A; 5H1S Q; 4DLG A; 5KGW A; 2P5G A; 4JK8 A; 2DTU A; 5KI6 A; 3F73 A; 4GW6 A; 4K8X A; 5AQO A; 1W9H A; 4LF4 K; 1VHX A; 4IWV A; 5BRH A; 2O8D B; 1RT1 A; 4FW1 A; 3ZSR A; 4BDY A; 3VQ7 A; 3NBP A; 4FM2 A; 4WE1 A; 4DV7 K; 1VQP N; 3HM8 A; 4C8O A; 3THY B; 3WNE A; 3V9W A; 3R1X A; 1WBB A; 2HMI A; 3KKR A; 1BI4 B; 3M6G A; 4A2A A; 4B1W B; 3DI6 A; 4OPJ A; 2ZJP L; 1O1W A; 3LZJ A; 3QEX A; 3TAG A; 4JN4 A; 4QCL A; 4R5P A; 4ELT A; 2NUB A; 5AQJ A; 4FJ7 A; 2F8S A; 4O5F A; 3HPG A; 4MLH A; 5AQZ A; 3VEZ A; 3V9Z A; 2KZM A; 4CFB A; 3SBT A; 4E1M A; 2CGK A; 3H3O B; 1C0T A; 4ELU A; 4OKK A; 3RRH A; 4DTX A; 1GLD G; 5AZI A; 4CHP A; 4DUY K; 1WSG A; 5AZJ A; 4QOZ B; 4B9V A; 1JXB A; 1ZBS A; 1YIJ N; 3V1Q A; 2VWJ A; 4O0J A; 1RT4 A; 5D3G A; 1RT2 A; 1CZA N; 3VEO A; 4M7X A; 1R59 O; 1KTQ A; 1JLA A; 4A5A A; 1Q82 O; 3HVT A; 4JKH A; 1CXU A; 2UUC K; 4BRH A; 2Z1H A; 1UWB A; 3JXU A; 4CD1 A; 1ASV A; 3KKS A; 3A5M C; 2EWS A; 1VQ7 N; 2ITM A; 4CBX A; 3QBX A; 4DV5 K; 1LV5 A; 1LAV A; 2ETJ A; 5AQX A; 2Z1G A; 4B1V A; 4OLA A; 3C6T A; 3TTC A; 3VQB A; 4YOW A; 3J80 O; 1ATR A; 5JVG L; 5FRM A; 4BDZ A; 2YX6 A; 1BA0 A; 2HHV A; 4CCH A; 4ID1 A; 3IKM A; 1V4S A; 4BRQ A; 4DQR A; 2UYT A; 3QET A; 5AQT A; 5AQI A; 1KVB A; 3TAB A; 2I7P A; 4M45 A; 5ADX A; 1RBS A; 1QVG M; 1U6Z A; 1V4T A; 5AQS A; 5BR8 K; 3A8Y A; 1QHT A; 3L2R A; 2Q36 A; 4CEC A; 3I55 N; 2EX3 A; 3C7N B; 4BRP A; 2P9S A; 5C10 A; 5DM7 L; 3NCI A; 4IZ9 A; 2FBX A; 1NNE A; 3MDQ A; 3T19 A; 3OHR A; 4JI2 K; 3O8M A; 1QVF M; 4PKH A; 3VQP A; 3ZT1 A; 4FK4 A; 4H5W A; 5C15 A; 3WXM B; 2YNG A; 3M8Q A; 4WFN L; 1HKC A; 2F9W A; 4EFH A; 1YVN A; 1TVR A; 1LAW A; 1X1P A; 1BGX T; 4AHT A; 4OGE A; 4O4G A; 3SV3 A; 4CJ4 A; 2G8K A; 2PYL A; 4FWS A; 3CCM N; 3PUF A; 2P9U A; 4Y1C A; 4DTP A; 1NK4 A; 3L6Q A; 3LDN A; 1WB9 A; 3I8B A; 3FLC O; 1ZC6 A; 3LAN A; 4RW9 A; 5J1E A; 1N8R O; 4CZH A; 2WON A; 3AGK A; 3ZSX A; 4I2P A; 4BE0 A; 1IG9 A; 5A2Q O; 1S72 N; 4ICL A; 4A5B A; 3D2E B; 3CCQ N; 1CXQ A; 3CFR A; 4DG1 A; 1NGD A; 1GOA A; 1MWK A; 4AHS A; 1M1K O; 3UIQ A; 3P4I A; 3VQ9 A; 3RMC A; 2GEM A; 1RDD A; 3AVC A; 2D0A A; 4ELV A; 3CQ8 A; 4GNI A; 5M1Q A; 5E84 A; 1TKT A; 3ZEU B; 2P9P B; 4CHQ A; 4JI1 K; 2E5L K; 1VSL A; 4DU1 A; 4KTQ A; 4EHU A; 4BRO A; 1NGH A; 2VYP A; 3PY8 A; 2XRI A; 2W6L A; 2HNY A; 1NK8 A; 2NRH A; 1YJN N; 2YHA A; 3OYK A; 4AM6 A; 4FWR A; 1Q18 A; 1S5J A; 2E20 A; 1WSI A; 3ID6 A; 4DSI A; 1YTU A; 2IOC A; 4RW8 A; 4B9Q A; 1SL0 A; 1NGG A; 3MN6 A; 4FZY A; 4OLB A; 2FSK A; 3SMS A; 4CZF A; 1T6C A; 3AAP A; 4NCA A; 2Q0U A; 3CFP A; 5JVH L; 4YDU A; 5I42 A; 4DQP A; 3D0P A; 4M3X A; 4B1X B; 1JCF A; 3VQQ A; 4JKA A; 2Y1J A; 4N76 A; 4XH4 A; 1N34 K; 3GBT A; 1ZBF A; 2AA4 A; 3LDQ A; 4EHT A; 3SJJ A; 3VGM A; 3KD5 E; 2KHO A; 4KB0 A; 4KH5 A; 5F1X A; 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2HHT A; 2O8F A; 3P38 A; 5SZT A; 1DLO A; 1HNV A; 3EYZ A; 2BDP A; 3BZC A; 5FLX O; 3V6D A; 2E2O A; 3E9O A; 1TKZ A; 4JNE A; 3VGK A; 4O0I A; 3QEV A; 1C1A A; 1VSJ A; 4YOT A; 1YIT N; 5AJ3 K; 2HVI A; 3LP3 A; 4IXC A; 5KRT A; 3MXJ A; 4J2E A; 3BZK A; 4H0V B; 1QE1 A; 2NRV A; 4TSX A; 1N36 K; 1U2V A; 3CJ9 A; 1G15 A; 1QQM A; 4YFU A; 1TL1 A; 3NH0 A; 3FE1 A; 3IRX A; 3KLG A; 1BQM A; 1T03 A; 3KLH A; 4KAZ A; 2QWM A; 3EO3 A; 3LP2 A; 3ATV A; 3F9K A; 3NF9 A; 4A59 A; 1QZ6 A; 2E88 A; 3SK3 A; 4Y0W A; 4RWT A; 3MXM A; 3FZL A; 1GLJ O; 3E9L A; 2BUP A; 2OZS A; 2ATQ A; 4LY7 A; 1NGE A; 4CEZ A; 2QW9 A; 4L3Q A; 3SPZ A; 4E7H A; 3BDP A; 5JS1 A; 1HR0 K; 4ISE A; 4B1Y B; 3ZT0 A; 2UXC K; 1WAJ A; 1KLN A; 1X9J A; 4HTL A; 1L3S A; 3S3M A; 3DXK A; 2JLE A; 4IO8 A; 1JLG A; 4KPY A; 2P9K A; 4JKB A; 1J6Z A; 4IDH A; 1E4G T; 5LY3 A; 1VSH A; 1YAG A; 2YNH A; 2OTJ N; 1L3T A; 1YT3 A; 4DSK A; 5EX5 A; 1X9S A; 3VEN A; 5KTQ A; 3V1O A; 3WUH A; 1BA1 A; 2ZQB A; 5LMU K; 4FM1 A; 3TU5 A; 1NJW A; 4DFK A; 3ZX3 A; 3L3V A; 4PWD A; 2X74 A; 5BN8 A; 4JI6 K; 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