4E1NA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 integrase
total genus 46
structure length 144
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1nA00
3D0PA 3OS0A 4M3RA 4HUEA 5K14A 1JXBA 2ITGA 2X78A 1TL1A 3L2WA 2HNDA 1UA0A 4FJ8A 1U47A 2EX3A 3RMAA 4EP5A 3TARA 1ASVA 1IKXA 3P83D 1ZBLA 1RBTA 4B9MA 4RW9A 4C8MA 5JS2A 4CJ4A 3V9UA 1C1CA 4CHZA 1C1BA 3MXMA 3PX4A 2HVIA 1MU2A 1WSHA 5C25A 3CQ8A 2DFEA 1JLQA 3AO3A 3HYFA 1TK8A 3AVCA 4KRFA 1BISA 1ASWA 2KFNA 3TR8A 1KLNA 3OYCA 4CF9A 2E4LA 3OS1A 3KLIA 1RBSA 3TAPA 4KB0A 3DLRA 4QOZB 4ELUA 4DFMA 2ATQA 4DLEA 3HPHA 3NH1A 3QNOA 3QEXA 3T19A 4M3WA 3F73A 2VG5A 5KGXA 1IKVA 1Z25A 1VSJA 3ZSRA 4I9QA 4CECA 4OPKA 3MAQA 3V6DA 3LWMA 1NKEA 3MEEA 4FJ9A 3DYAA 4DQPA 3TANA 3CFOA 4ELVA 4M3YA 3SPZA 1EXQA 1LWFA 1RDDA 3AVNA 3WNEA 2HNYA 4XIUA 1VSEA 3SQ0A 4OJRA 1DLOA 3TABA 2FBXA 1RBVA 3NH2A 4NYFA 1RCHA 3ZSVA 1RT6A 1S9GA 3F9KA 1KCFA 2HMIA 3U3GA 4DU3A 3AO1A 4DU1A 4DF8A 3NF9A 3SZ2A 3P5JA 2HHQA 3KJVA 4OLAA 1NKCA 2DFHA 2KQ2A 4FK0A 2VG7A 2YKNA 4KV8A 3OYEA 3AO4A 1NK7A 4J2DA 4AH9A 1GOCA 4CIGA 3ISNC 3EYZA 1IG9A 4DTXA 4FJXA 1IO2A 4BE2A 1TKZA 3A2FA 2YNGA 4FJLA 5HRSA 4DQIA 1Z26A 4O4GA 1FXXA 2KTQA 3LWLA 1WAFA 1C0UA 3DLEA 3SQ4A 4DSLA 4OKEA 3B6OA 3O3HA 1FK9A 4CJLA 3SI6A 4CESA 2OPQA 3V9ZA 2EHGA 4E1MA 5J1EA 4LH4A 1QTMA 4QCLA 3M8RA 4W5OA 4CFBA 1C0TA 4MQ3A 4CJ3A 4HUFA 4OVLA 2OA8A 4CJSA 4F3TA 1XWLA 2G8KA 3ITHA 4B9LA 4FJ5A 3SUNA 2ETJA 3HXMA 4Z4IA 4KFBA 2YHAA 4CIEA 4EZ6A 3MEDA 4FJ7A 3DLGA 3DOKA 4CCHA 1S6QA 3IG1A 3K2PA 1SL0A 1RDAA 4NYNA 1NK4A 1QQCA 4BDYA 3LAKA 4B9SA 4I7FA 4KHUA 1ITGA 3NCIA 3IS9A 3DLKA 5HLFA 4ZTFA 4KHSA 4KTWA 3AVMA 1BQNA 4KHQA 5KTQA 1S1VA 2D0AA 1S1UA 1J9AA 2IC3A 4QAGA 4ID1A 4CJRA 1NOYA 5HBMA 3RR7A 4CFAA 3JSMA 4EZ9A 2FBTA 1TAUA 1A5VA 1C1AA 1LW0A 3VQ8A 3G10A 4FCYA 4B9TA 4J2AA 4F4KA 3TAEA 4TSXA 5DK5A 3QERA 3NGIA 2F8SA 1SL1A 4DSIA 5CYMA 1HJRA 3VQEA 1SUQA 4Z4FA 1JL1A 4DTMA 3OYGA 3OYDA 3IRXA 4L8RB 3CM5A 3VQAA 4CHYA 4I9LA 3OYIA 1SKWA 2YNIA 4O5BA 4DLGA 3SYZA 1VSMA 4CEAA 3VQPA 4N5SA 3T3FA 1KVAA 1LAVA 3LP1A 1VRTA 3VQ5A 5J2PA 4AHVA 1S9EA 5HRNA 3D45A 1TKDA 3MEGA 2PY5A 3SUOA 3P1GA 4CGIA 1D8YA 4NCAA 3OJSA 1YTAA 1D9DA 3NGYA 2HVHA 3S3OA 3M8SA 4DFJA 3V4IA 3RMDA 3VQ9A 3OYNA 4OLBA 1XHZA 3QETA 4JLHA 2HHTA 1BL3A 1U45A 2LSNA 4ZHRA 3HL8A 4PUOA 1S1WA 4M3UA 3C6TA 4CEZA 1BIZA 4Z4HA 3M8PA 1SKRA 4CGGA 3AA3A 1BI4A 1DTQA 3B6PA 2XHBA 2A1RA 2HHWA 3WNFA 3OYBA 4BDZA 1JLAA 3PUFA 4I2PA 4BDPA 1HYZA 3QNNA 1WN7A 1A5WA 2PYLA 3SUPA 3RMBA 3V9SA 4IG3A 4HCCA 1RT2A 3L2UA 4OKJA 3QIPA 4B08A 4KB1A 2RF2A 3MXJA 4J2EA 1NOZA 3DMJA 1FKPA 4KKOA 4IBNA 4HVJA 4FJGA 4CJKA 4CK3A 1SV5A 2G8HA 1HQEA 1CZ9A 2Z1HA 4FW2A 3QLHA 4CEFA 4UQGA 1HYSA 2XY7A 3NF6A 4B8CA 1NKBA 3K5LA 1BCOA 3S3MA 2BE2A 4R5PA 4DMNA 3VQ4A 1BI4B 3VQDA 3LALA 4ID5A 4Y1CA 1TK5A 4FK4A 1KTQA 1Q9YA 4Z4GA 3ZT3A 4FXDA 4DG1A 1S1XA 3SUQA 1T03A 3L3UA 3DLBA 1RBUA 5D3GA 3DRSA 3K59A 3RRHA 1X9MA 3DLHA 3L2RA 3I0SA 1X9SA 2HW3A 3WNHA 4F2RA 1CLQA 1J5OA 4FZYA 3HT3A 4FLXA 3QESA 4DSFA 3RR8A 3TAFA 4RG8A 1RDBA 4B8AB 3WNGA 3QEPA 4YFUA 1S6PA 5KRSA 4BWMA 3ZT1A 4FJJA 3K5NA 4C8OA 3QEIA 1RT5A 4OKKA 3NHGA 2YNFA 4CF8A 2BDPA 3ZT2A 4DFKA 4FLWA 1RILA 3C6UA 1N5YA 3LP2A 3ZCMA 1NK9A 4M45A 4I2QA 1B92A 5C24A 2FBVA 4CF1A 4CEDA 3LP0A 1YVUA 4WE1A 4DQQA 4Y1DA 1JXEA 4JS4A 4CGHA 2GUIA 2RN2A 3CM6A 1EKEA 4CHOA 4O44A 1Q9XA 3K5OA 2DY4A 1Q8IA 4CJFA 4H4OA 1L3SA 3ZT4A 4AHSA 1S1TA 2XY8A 1QSSA 3I8DA 4FJMA 4KI4A 1RT7A 4DSJA 2KZZA 2B5JA 3OY9A 3HK2A 3NAEA 4Q0BA 1UA1A 1W0HA 3KLEA 4DU4A 1WSGA 2QXFA 5CY4A 1TL3A 2P51A 3NF8A 4CF2A 2IOCA 1RTIA 5HRPA 1JLFA 4FJKA 1LV5A 5SWMA 5SZTA 4FLTA 3AVKA 1O1WA 2XY5A 4C8LA 1FKOA 2G8UA 2JLEA 3UIQA 4Q5VA 3AVAA 3TAQA 1QS4A 4H8KA 3HVTA 2O4IA 2Y1JA 2OYQA 1B9DA 4FVMA 2G8IA 3H08A 1TV6A 4YNQA 4DS5A 1JLGA 4GW6A 3PX6A 4DWIA 4E1NA 2VWKA 3LDSA 3SCXA 2W42A 1CXUA 2F8TA 2IDOA 3CG7A 3IAYA 1HPZA 3V9XA 4FZXC 4CK1A 2I5JA 4FLZA 4E7KA 1SKSA 2G8FA 3DI6A 5DMRA 4B9NA 3RTVA 4KHNA 4FYDA 3KK1A 1BQMA 1HQUA 1S5JA 1JLCA 1WNSA 4OGCA 4DTPA 3OVNA 4W5TA 3AVFA 3TWHA 3RRGA 1JKHA 2OZMA 2PZSA 3BGRA 4NCBA 1RT4A 5JS1A 4RW6A 1WSIA 4J2BA 3NGZA 3O4QA 4LY7A 1BHLA 2QKBA 4RW4A 1J53A 3AO2A 2XY6A 3HP6A 4KAZA 4F8RA 1I3AA 1ZBFA 2KZMA 3VQCA 3LZJA 1RTHA 1VSLA 4CFCA 4B3OA 3ULDA 4E0DA 3JYTA 1T8EA 2HHVA 3ZSXA 5C42A 3KLGA 2X6NA 4E3SA 4G1QA 3EZ5A 4IFVA 1VSFA 1LWEA 4MFBA 4KHWA 4PQUA 5FDLA 2Z1IA 4Z4CA 1J54A 1RBRA 4CJPA 3KD5E 4E19A 4M42A 4KREA 3C94A 1VSDA 3O3GA 5KI6A 4KTZA 4FJNA 4N47A 5I42A 3THVA 1EETA 4Z0UA 4FM2A 1HNVA 3MXIA 4FJIA 2B6AA 3HJFA 4DFPA 1NK5A 2IS3A 1KSPA 1LW2A 2XRIA 3HP9A 1DTTA 2YNHA 4PA1A 4KTQA 1HRHA 4HHTA 4AHCA 3NH0A 2O4GA 3V9WA 3O4NA 2VG6A 4DTOA 1UOCA 4F3OA 2KW4A 4W5NA 2FC0A 1TKXA 3PO4A 2OPSA 2Z1JA 3KKRA 2P5GA 4RW7A 1L3TA 4BWJA 1QSYA 3TAGA 1EP4A 3ZT0A 4FLUA 3AA5X 4LH5A 5CZ2A 2G8VA 3EY1A 1TVRA 3ZSZA 4KHYA 2Y1IA 3SPYA 1C0MA 3FFIA 3OYKA 1IH7A 4ICLA 1TAQA 3NE6A 4K8ZA 1CXQA 1CZBA 2D0BA 5E41A 3L2VA 3ZSYA 4CGJA 3U6FA 1NK0A 2A1SA 4CE9A 2P1JA 3NBPA 4BACA 1HMVA 3DM2A 3QEVA 2BANA 4O0JA 3OYLA 3U3YA 3K5MA 5FRMA 1VSHA 4DS4A 1TGOA 2YHBA 1RNHA 5HP1A 4LD0A 4KPYA 4CJUA 1GOAA 2E6MA 3SV3A 4IKFA 1UAXA 1XI1A 3SNNA 3AO5A 5CZ1A 5T7BA 4B9UA 3ASMA 3AVLA 1QE1A 1IKWA 4E89A 2D0CA 3OYAA 4JRPA 1JL2A 3KKSA 3VA0A 1VK0A 3PO5A 3LPTA 1VSKA 2Z1GA 1D9FA 4LSNA 3HSTB 4OPJA 3SQ2A 5KRTA 1R0AA 4CJVA 3G0ZA 2XO7A 3BDPA 3AVIA 4B9VA 4M3ZA 3KK3A 4CFDA 1JLBA 1N6QA 3AA2A 1ZBIA 4BE0A 1Y97A 1YT3A 3ALYA 4CK2A 4OGEA 3NDKA 2YKMA 4O55A 3K58A 4C8NA 3AVHA 4H4MA 3KLFA 4DTJA 4AILC 1REVA 3HO1A 2FBYA 4CHNA 3CFPA 5FROA 3AA4A 3DRRA 1U4BA 1QSLA 1KFDA 3VQQA 3AVBA 4HUGA 3SQ1A 4O0IA 1RTDA 2RPIA 1L5UA 4CGFA 3VQBA 4CHPA 4DQRA 1L3UA 3NFAA 2G8WA 1ASUA 1G15A 1VSIA 2B4JA 3AVGA 3TAMA 2HHXA 1EX4A 4HTUA 1ZBHA 3VQ7A 4CJEA 3MECA 1ZYQA 4NCGA 3HM9A 1WSEA 4CF0A 2IGIA 4DTUA 4FM1A 2YV0X 2HHSA 1YTUA 1QHTA 1VRUA 5HRRA 3OYJA 1WSFA 2DFFA 4N56A 3HPOA 3CFRA 4JRQA 4M41A 3AV9A 1X1PA 4DTRA 1HYVA 1GOBA 3K57A 2Q3SA 3LP3A 1IKYA 4RW8A 4W5RA 4LSLA 4CEQA 5CYQA 1T7PA 3OS2A 1UWBA 2HHUA 2HNZA 3L8BA 4FK2A 1C6VA 3L2QA 2GBZA 1ZBUA 1RT3A 3L3VA 4GMJB 4DF4A 3LAMA 2NUBA 2WONA 3E01A 1KRPA 3KTQA 4N76A 1BGXT 3CYMA 2ZQBA 4F2SA 4M3XA 4C8KA 2VWJA 3ZSOA 4FZZA 3TI0A 1NK6A 3LANA 3OYHA 5I3UA 1KLMA 4CGDA 1XHXA 3VA3A 2AJQA 2RKIA 1X9WA 2QK9A 1JLEA 2BGGA 4DSEA 1A5XA 4AHRA 1K6YA 1KFSA 1NJYA 2ZD1A 5J2NA 1WSJA 1U04A 3OJUA 4FLYA 4E7HA 1KVCA 1U49A 4CHQA 4AHTA 1LAWA 3S3NA 2HB5A 3S9HA 2KFZA 1BCMA 3NF7A 3KK2A 2P5OA 5FRNA 1HNIA 3V1RA 3RWUA 4IDKA 3T1AA 3KLHA 4CJ5A 3QIOA 2PYJA 4M3TA 1L3VA 3VQ6A 3ZSQA 2DTUA 4AHUA 3OYMA 4CJTA 3ZSWA 1RDCA 4GVMA 4DTSA 4FW1A 1D5AA 1LWCA 4JS5A 3V81A 2F96A 3KIOA 1TKTA 5EU7A 4ZTJA 1B9FA 4Z4EA 2JGUA 4E7LA 3SV4A 3DOLA 3PY8A 3QEWA 1XC9A 1I39A 1W9HA 2X74A 3C95A 2GV9A 1T05A 2QKKA 2X6SA 1SL2A 3PX0A 3LZIA 4FM0A 4E7JA 5HROA 2R7YA 2ZE2A 3I0RA 3QO9A 1BIUA 3LPUA 4CERA 4N41A 5KGWA 2OPRA 4IG0A 2D5RA 5J2QA 4CEOA 1RT1A 2OPPA 3VN5A 1KVBA 4BE1A 4CJWA 3PV8A 3DRPA 3RMCA 3QINA 1NK8A 3OYFA 2WOMA 4KO0A 4FLVA 1NJZA 1TK0A 4HCBA 2IAJA 3V1OA 2OZSA 4K8XA 4KI6A 4CIFA 3SJJA 4CJQA 4EP4A 1WAJA 4CEEA 3KD1E 3AVJA 1NJWA 5J2MA 4PWDA 1U48A 2E6LA 3HPGA 1RTJA 1F21A 3HVRA 4DSKA 4DTNA 4DQSA 1NJXA 4W5QA 4E7IA 4IFYA 4ELTA 4FJHA 4PY5A 1WLJA 3M8QA 3O3FA 3V1QA 4CEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGKA 2NRZA 2I7PA 1TL1A 1UA0A 4FJ8A 1U47A 3RMAA 4EP5A 1N33K 2P9PB 5C15A 4KTQA 4CJ4A 2O8FA 2HVIA 4GVEA 1C1BA 5C25A 3MN5A 1MDUB 3K9KA 3AO3A 1TK8A 1BISA 1ASWA 3ATUA 4UY8O 2UUCK 4RCHA 3KLIA 1RBSA 3TAPA 4KB0A 3BZKA 4OX9K 2W41A 3NVKA 3CXCM 3F73A 3DWLA 4WYBA 3M3ZA 4JKGA 2A5XA 2QWPA 3ZSRA 4CECA 1NKEA 4FJ9A 3B8AX 2E1ZA 3DYAA 4M3YA 3J7AP 4DV1K 1LWFA 1RDDA 4X64K 3TABA 3NH2A 4B3TK 1ATNA 1RCHA 3WT0A 3WXLA 1XQSC 4R79A 1K73O 4GKJK 4OLAA 3FFKB 1BDGA 2YKNA 3OYEA 5BRDA 2FLOA 5DM6L 3ISNC 4ILHA 5AQTA 3ENHA 1KQSM 1IO2A 1ZC6A 5HRSA 1BG3A 3CJ1A 4M7XA 1FXXA 3ATVA 3LWLA 4H5TA 1C0UA 3VEVA 3DAWA 4BRHA 3B6OA 2QWQA 5AR0A 4LF9K 4CJLA 3A5MC 4CESA 5J1EA 1NMDA 4CFBA 4MQ3A 4HUFA 4OVLA 2G8KA 4FJ5A 2WTUA 3DLGA 3IG1A 3U9ZA 1RDAA 3KWGA 3NCIA 3IS9A 2KHOA 3SK3A 3G25A 2P9NA 4ZTFA 1OH7A 4I6MB 4KHQA 1S1VA 2IC3A 3SBGA 1NOYA 3VGMA 4B9TA 2F9TA 3IUCA 4FCYA 3TAEA 4DSIA 4Z4FA 1W97L 4OPHA 3OYDA 4L8RB 1T44A 3O9QA 3VQAA 3OYIA 3SYZA 1JCEA 1VSMA 3VQPA 3AGRA 1KVAA 2P5GA 2PY5A 4AHVA 1S9EA 3CJAA 4FWOA 4DUZK 1HX1A 3SBTA 1G99A 3OBWA 2WFBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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