2IVPA

Structure of up1 protein
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 114
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA01
2IVPA 3BEXA 4BQLA 3HSCA 1QQOA 4H0VB 5BN9A 3ZX0A 1GLDG 1NGIA 4DCHA 2P9PA 3QB0A 1TYQA 3AAQA 1R59O 3GL1A 2Q97A 1BO5O 2GUPA 3QMLA 3WXLA 3C7NA 3AY9A 3SMPA 4RCHA 5AQSA 5BREA 3S41A 1K8KA 4BGBA 4QS7A 5AZIA 1JCEA 3HZ6A 4FOIA 5ADXA 4JD2B 2CGJA 1QZ5A 4CZGA 2CGLA 2YI1A 3GG4A 5FPNA 4CZHA 3EZWA 3QFUA 2YJEA 2GWJA 3H1QA 3JXUA 4CD1A 4K41A 1D4XA 4B9QA 2QWMA 3VESA 3B8AX 3FFKB 5AR0A 2QM1A 4J8FA 4QS9A 1BA1A 4H5TA 3D2EA 2FSKA 4FWQA 4F9OA 3CJAA 3ATUA 1TUYA 4BRHA 2F9WA 3R9PA 4ISFA 4CZKA 2FF3B 4BC2A 5KQDA 4H0PA 4EAHD 1HPMA 3MDQA 1C0GA 3A0IX 2V7ZA 2D1KA 5JICA 4PL7A 2ZGYA 2Q0UA 3CJ7A 4H5NA 5AQYA 4H03B 4XH1A 3RSEB 4FWMA 3TU5A 1X3MA 5FPDA 2YCHA 2D4WA 3MN6A 5CE3A 4BREA 2P9IA 1BG3A 4HWIA 3WQUA 3CJBA 3QBXA 5EXWA 2NLXA 2ASPA 4BR5A 1GLAG 5AZJB 3WEEB 2KHOA 3VEZA 3KHYA 3EL2A 1DEJA 1JCFA 3VF2A 5AQJA 1DGKN 1HKBA 2YHYA 4CZEA 4AM6A 3LM9A 2FSNA 4M7XA 5AQZA 5F0XA 4M7YA 1Q18A 3IMXA 3VEOA 3HTVA 4JHDB 3CQXA 3QBWA 3UKUB 3VF6A 4H0OA 2IVNA 4HTLA 1X9JA 2QWLA 1KAXA 3G25A 4GY2B 1NGHA 4BRAA 3DXKB 4YDUC 1CZAN 4M63C 3WUHA 2YJFA 5KPRA 3LL3A 3DJCA 4FO0A 5AQIA 3MK6A 3CJ1A 3JS6A 4JD2A 1OKJA 3J8AA 3ZX2A 3ZX3A 4A2BA 1Z05A 2Q36A 4IWVA 4XH4A 1P8ZA 4BC5A 2NZTA 4FPAA 2A41A 3A5LC 4FSVA 3WT0A 4BG9A 4BRDA 1C0FA 3VEVA 4B1XB 4JN4A 1H1VA 3MN7A 1S22A 5JMVA 1SZ2A 2I7PA 1QQNA 3O1BA 2DPNA 4BC4A 3M3ZA 4AM7A 2QWOA 2E1ZA 4IO8A 3H3NO 4PKIA 4MLEA 4DQ8A 4BQZA 2IIRA 3IFRA 5AQHA 3VEXA 3FR0A 2P9KB 3FGUA 4H5RA 1ZC6A 5BPLA 3UKRB 3H3OB 3DXMB 3VOVA 1NGDA 1X3NA 1TUUA 4FWSA 3VF4A 2Q2RA 4FWNA 4BRLA 2P9NB 4RTFD 4BGAA 3CJ9A 2P9SB 4O5FA 4FWOA 4CZJA 1NGAA 5AQPA 3M6GA 3RSEA 5KQ8A 5AQTA 3CQYA 1KAYA 3CERA 3O6WA 4YDUA 3WXKA 2VWBA 1NMDA 3F9MA 2ZGZA 1XC3A 5JLFA 1U2VA 2ZF5O 3U9ZA 4H5WA 2E1YA 3O80A 4JAXA 3H46O 5AZJA 1WUAA 4CI6A 2HOEA 3I8BA 1BWFO 4BRQA 3FLCO 5LJWA 2HMPA 4EIAA 1NLVA 3LDQA 1HKCA 1BOTO 1XQSC 5TKYA 3ID8A 4K43A 4JHDA 3SLCA 5AQWA 1NGCA 2J4RA 5E84A 3P4IA 4CZFA 4MO5A 1IJJA 3CIPA 1HX1A 2GEMA 2GTDA 5AQLA 4BR4A 3FZHA 3D2FA 2PBDA 3FZKA 3HI0A 4IXCA 4ISEA 4B1UB 3MN5A 3R8EA 2FF6A 1GLFO 3A8YA 1NM1A 4BRPA 4BR7A 3FZFA 4FWPA 2I7NA 3EKUA 3LDPA 1HUXA 4BR0A 4C23A 1ATNA 3H1VX 3C0BA 1HKGA 1IG8A 2FLOA 4CD3A 3SK3A 1HJOA 1NWKA 2P9LB 3O8MA 3FZMA 2A3ZA 1SQKA 5EVZA 1G99A 1KAZA 2V7YA 3O5BA 4A2AA 2E2OA 2GWKA 2CGKA 2QWPA 1BDGA 2QW9A 2ITMA 4BRNA 3WQTA 1KXPA 1YXQA 4BROA 2QWRA 2P9SA 1T6DA 5I9EB 3HBTA 3L4IA 3GOIA 4L3QA 4H0XB 1J6ZA 4FWLA 5B8HA 2P9UB 1EQYA 3ULEB 3VGLA 5BPMA 3A5OC 3A5MC 3A5NC 2Q31A 4FWRA 2A42A 3R6MA 5AQUA 2ASMA 2W41A 3HM8A 4IJAA 4B1WB 4BVOA 4DHYA 5AQRA 3BP8A 3UB5A 2FXUA 3UE5A 1GLEG 5FPEA 1GLBG 1GLCG 2A5XA 4IZ9A 2HF3A 1T6CA 1NBWA 5AQNA 1BUPA 2FSJA 1ATRA 2BUPA 4H0YB 4GNIA 1S3XA 5ELZA 2H3GX 2E2QA 3VEYA 5KPTA 2QXLA 2VYPA 4CZMA 1ZXOA 1NGEA 3CHWA 2QWQA 3ZEUB 3DAWA 4MLHA 5LJVA 3SMSA 4BRCA 3H6EA 2V51B 4CBUA 3DWLA 1MDUB 2YHXA 4MO4A 4RWTA 5AFUH 1NGBA 4E1JA 1YAGA 3L6QA 5AQOA 4BRGA 1BA0A 4BRIA 4WYBA 4CZIA 1GLJO 1RGIA 2P9LA 3AAPA 3LDOA 2AP1A 4B1VA 5E26A 1XUPO 2ASOA 2E88A 4FOEA 1JCGA 5EOYA 3BUZB 3WXJA 4A61A 3GDQA 4JNEA 3WEEA 3LDNA 5AQXA 2D0OA 4BC3A 4H5VA 3O4WA 3CETA 3VETA 4QS8A 1GLLO 3CJCA 1ZBSA 1DKGD 5EX5A 2VCPA 3W3DA 4I6MB 3UKUA 3AARA 2OANA 3U8XA 4FL9A 2V52B 4K42A 3DXKA 2P9UA 3ULEA 5AQQA 3O1WA 4B1YB 5KPZA 4EHUA 5FPMA 4CJ7A 3U4LA 3QICA 3VENA 1HLUA 1NGGA 2HF4A 4BRKA 1NGFA 2UYTA 4PL8A 4XH5A 3M1FA 3I33A 5F2RA 1RFQA 1YVNA 3CI5A 4PKGA 4BRMA 3LM2A 1RDWX 2WUSA 2BTFA 4LC9B 3ZETB 4NO7A 1QQMA 3KZBA 4CBXA 3TPQA 1Y64A 1Z6RA 4Z94A 2QWNA 1MWKA 1LOTB 3IDHA 3IUCA 4WQ4C 1YUWA 4CZLA 2P9KA 3ZEUA 2E2NA 3VPZA 3UKRA 2CH5A 4B1ZA 1V4TA 4IJNA 3DXMA 3EO3A 1SAZA 4BVPA 2P9PB 4WQ5C 5AFUA 1TYQB 2A40A 5AQVA 2E20A 3WXIA 2CH6A 2P9NA 4KBOA 3C7NB 3BF1A 5EY4A 1LCUA 2AA4A 1NGJA 1U2VB 4Y0WA 1K8KB 2NRHA 2W40A 5AZIB 5LY3A 1WOQA 2E2PA 2YHWA 4FPBA 3VEWA 5ADXH 1ATSA 2D0PA 3D7EO 3VGKA 5AQFA 3ENOA 4EFHA 5BR9A 1MWMA 3QFPA 4PKHA 2A6AA 3GBTA 3SJHA 4BR9A 1ESVA 3VERA 4EHTA 3EKSA 1MA9B 3MN9A 1V4SA 3EN9A 3VGMA 5F1XA 3GE1A 4I6MA 1QZ6A 3FE1A 1T44A 3MCPA 2IVOA 4BRFA 1E4GT 3D2FB 4WQ4A 3D2EB 3H45C 4O8KA 2GELA 3KVGA 4XEIA 1E4FT 3U9DA 4BR2A 5BPNA 1BU6O 2E8AA 3L0QA 4ISGA 3MMVA 3BF3A 3O08A 5BRHA 4NB4A 5AQGA 4DB3A 4WQ5A 3OHRA 5BRDA 3FZLA 4FWKA 3ATVA 5BN8A 3LDLA 2ZWHA 2EWSA 3QDKA 3ENHA 4CBWA 5BRFA 5JLHA 2PAVA 4K25A 4H0TB 3ZETA 4BG8A 4A62A 5AQKA 2P9IB 2Q0RA 5AQMA 2Q1NA 3W0LA 1U6ZA 1QHAA 2F9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NKCA 2KZZA 1SL1A 3RMAA 2G8VA 4DFKA 4BQLA 3HSCA 3NFAA 4CGHA 1VQPN 4BACA 5BN9A 3ZX0A 3K59A 1GLDG 1BGXT 1U45A 1R59O 2G8UA 2Y1IA 3QMLA 4O0IA 1NK8A 3M8RA 1KCFA 5BREA 1VSJA 1VSMA 4JI3K 4DR7K 3HZ6A 4KFBA 3ALYA 4JD2B 1L3TA 2E6LA 2HHHK 1WSGA 2ATQA 4GVEA 3HPHA 4B3TK 1NOYA 1LWEA 2W6KA 3EZWA 4Y1CA 1JJ2M 3H1QA 4PHTX 1WSIA 4CD1A 1C0TA 4CJSA 4N41A 1KFDA 1VSDA 4FYDA 1WSJA 4QS9A 3OYEA 4DTJA 1QSSA 3VTIA 3M8QA 4FLXA 1BI4A 2FSKA 3V9UA 4FK4A 4FWQA 3KLHA 2YHBA 4BRHA 5GADP 4NXMK 3OYKA 4BC2A 4HUGA 2HVIA 4J2DA 4EAHD 4FJ7A 4JLHA 5C42A 4U67L 2VGMA 1SKSA 1ZBHA 4PL7A 2OPSA 3CJ7A 4MDBA 1Q9YA 4DV4K 2D4WA 3FFIA 4BREA 2P9IA 1C1BA 3WQUA 3CJBA 4IFVA 2NLXA 3AA3A 1GLAG 5AZJB 4JKBA 3WEEB 1OH6A 2KHOA 3VEZA 3KHYA 3T69A 1ZYQA 3VQAA 4KV8A 4KH6A 2YHYA 4WFNL 3KJVA 3NDKA 1L3SA 2G8WA 4CFDA 3V9ZA 1Q18A 1JLCA 2A1RA 4JHDB 3QBWA 5HRPA 4FJ8A 2HHSA 2F8SA 4HTLA 2YNIA 1KAXA 3G25A 4GY2B 4F4KA 4K0KK 3D45A 1CZAN 2YNGA 2YJFA 3WUHA 5M1KA 4ID1A 1RILA 5KPRA 3LL3A 3DJCA 3NE6A 3CJ1A 3P83D 3BDPA 4YOYA 4KB0A 1Z05A 4BC5A 4CGGA 4YOUA 3CCUN 2BGGA 2NRRA 2NZTA 1RT7A 4CIGA 1NMNA 4KKOA 3VEVA 1U48A 2HMIA 4B1XB 3HT3A 1F21A 3HP6A 3VA3A 2PFUA 4AM7A 3J7ZO 1SS6A 2E1ZA 3H3NO 4DQ8A 1VHXA 1YTUA 2IIRA 1RNHA 4KPYA 3CM6A 3FR0A 1TKXA 5BPLA 1DLOA 1HNIA 3DXMB 3CCSN 3DRPA 1RBSA 1NGDA 3I0RA 2NNWA 4FWSA 4IG0A 1UA1A 1WLJA 1QHTA 4OPKA 4O5FA 4B3RK 5AQPA 3M6GA 3KWIA 3CQYA 2P5OA 3WXKA 1XC3A 5JLFA 3TTCA 1RT4A 3U9ZA 4CGIA 2E1YA 3O80A 2OCEA 3H46O 4MFBA 3S3OA 2EX3A 4JI0K 2GBZA 1NLVA 4Z4IA 4AHUA 3VMFB 3PSFA 3ZSQA 5TKYA 4TSXA 1K73O 3AO4A 4O5BA 4V19S 4MO5A 1EXQA 5AQLA 3D2FA 3AVFA 3FZKA 3C6TA 3D0PA 3R8EA 3A8YA 4I9LA 4I9QA 4A5AA 4K8ZA 4FWPA 2I7NA 4YHHK 3EKUA 4L8RB 4BR0A 3TTDA 4C23A 1ATNA 1VSFA 3RRHA 4KRFA 2O8FA 4LH4A 1HKGA 1OVQA 2XY5A 4ZTJA 4CD3A 1E3MA 2P9LB 3O8MA 1KC8O 5M1OA 5C0YA 4A2AA 1CXUA 2GWKA 4CF8A 1BDGA 3ZSWA 2QW9A 4OGEA 2OZSA 3RMBA 3PIOL 2F7TA 2ITMA 3TAGA 3WQTA 3CYMA 3JYTA 1DT9A 3QIOA 1BCOA 4FJNA 4CFCA 3QINA 1P90A 4M3XA 4DQIA 1T6DA 3QERA 3THYB 4H0XB 5B8HA 3ZSZA 4CFBA 3SYZA 3A5MC 3A5NC 2QKKA 3BZCA 3V9XA 1NK4A 3IKMA 4E7LA 2W41A 1RTIA 4NCAA 4JKGA 4B1WB 3EY1A 1NK0A 3B6OA 3UIQA 4G9ZA 5HP1A 1GLEG 5FPEA 3SJJA 3O9SA 2D0BA 1NBWA 4YORA 2FSJA 4DG1A 3J81O 3L8BA 1C0UA 4DQRA 2BUPA 4GNIA 4OKJA 3K5OA 1S3XA 2IAJA 4B3SK 5SWMA 2E2QA 5KPTA 3THVA 1FKPA 3V1QA 5LMNK 3THWB 2G8KA 4DTOA 3VQ7A 4LF8K 4HUEA 3VQ9A 3H6EA 5IWAK 3CCLN 3DM2A 4FZXC 3DWLA 4E7HA 5JS1A 4NCGA 4E1JA 3CMAN 3LP3A 3LP2A 4BRIA 2O8EA 3AAPA 1B92A 1GOBA 5E26A 2HHXA 4EP5A 2E88A 3JAMO 5FRMA 3K2PA 1JCGA 1Y97A 5MLCQ 3NAEA 3GDQA 1X9SA 2D0OA 4H5VA 1Z25A 2WC9A 3CPEA 4QS8A 1IG9A 4DQSA 1Q8IA 1ZBSA 4DSKA 4AH9A 1EWRA 1NK9A 2VCPA 1T7PA 4A59A 3LANA 4DTNA 1S6QA 4K42A 2DFFA 4ZHRA 3NCIA 3I56N 2ZJRL 4LF4K 1JL2A 1IBKK 3QICA 3VQQA 3ID6A 2HHWA 3K5LA 4AHRA 4KAZA 3K57A 2UYTA 4PL8A 4XH5A 3TAPA 1C1CA 3I33A 3LM2A 1T05A 1RDWX 4E7JA 4FLVA 1VQLN 5CY4A 2BTFA 4WCEL 4LC9B 1LWFA 1YTAA 4NO7A 1QQMA 1S1TA 4FLTA 4Z94A 4HVJA 1BQMA 3KLEA 1NJIO 1ASWA 4ELUA 1LOTB 3CCRN 4RG8A 3PV8A 1YUWA 1QSYA 1IO2A 2P9KA 4YOTA 3ZEUA 1BIZA 1XWLA 3UKRA 1IKVA 4B1ZA 4IJNA 4HCBA 4B9NA 1SAZA 3WNEA 5J2MA 3DLGA 2P9PB 2E20A 4KH4A 2VQFK 4KBOA 4E19A 1RDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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