2IVPA

Structure of up1 protein
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 114
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA01
4BRHA 4PKIA 3SMSA 4CD3A 2PBDA 4EHUA 1KAXA 2ASPA 4XEIA 4I6MA 3WUHA 2V52B 3QMLA 1QHAA 4BQZA 4BR0A 4M7XA 3M3ZA 2AA4A 2CGLA 4BR5A 4IWVA 2E1ZA 4EAHD 4PKGA 3D7EO 4EFHA 3R8EA 5F2RA 3VGLA 1Z6RA 2P9KB 5KPZA 5FPDA 1HLUA 1NMDA 4FO0A 2Q36A 1Q18A 2Q0UA 3FR0A 1GLBG 1NGCA 2FSJA 2HMPA 3HI0A 3O1BA 1RFQA 5LJWA 4CBXA 3GL1A 3CJBA 5BR9A 1NGGA 4MLEA 4EIAA 2F9TA 1NGBA 3FGUA 5KQ8A 4H0VB 2NLXA 5EY4A 2QWPA 2GUPA 2GWKA 1TYQA 1IJJA 1CZAN 3VEOA 3O1WA 1KAZA 4AM7A 3CHWA 3FE1A 4L3QA 2QWRA 5AQTA 3VOVA 4B1YB 1GLDG 5EOYA 3BUZB 1RGIA 2QWQA 3CJ1A 4FWOA 4J8FA 4EHTA 3AAPA 2Q31A 2EWSA 2YJFA 1NLVA 4DCHA 5AQPA 3VGKA 1BUPA 2VCPA 3AARA 2NZTA 1C0GA 4XH1A 2P9UB 4E1JA 5BRHA 2FSNA 2YHWA 4FWSA 2A40A 2P9IB 2P9LB 5FPNA 3H3NO 3LM2A 1BWFO 1G99A 3L0QA 4H0YB 3A5OC 4BRGA 1BO5O 2ITMA 3UKRB 4FL9A 4CZKA 1P8ZA 1T44A 2IVNA 4QS8A 4H03B 5BRFA 3FZHA 5E84A 3WQTA 4IJNA 2YHYA 5BPMA 3KHYA 3HM8A 4MO4A 1NGJA 5ELZA 4CZFA 1U6ZA 2QWLA 1JCGA 3DXKB 4WQ4A 3L4IA 1XC3A 5E26A 1WUAA 3VEVA 1T6DA 3FZFA 4KBOA 3VGMA 2FF6A 5AQIA 5AZJB 3TU5A 1ATNA 3H1VX 2E2QA 3C7NB 3MCPA 3MN5A 1MA9B 1BDGA 4BQLA 4CZGA 5LJVA 4DB3A 2H3GX 5FPEA 1SZ2A 2D0OA 5EVZA 4YDUC 4H5NA 2P9PB 4BRCA 1X3NA 3EKUA 4BR4A 2GELA 5EX5A 4CZLA 1DEJA 1JCFA 4BG9A 3GBTA 3VF4A 4XH4A 3W3DA 3MN6A 3A5LC 2GWJA 4JHDA 3CIPA 3W0LA 2AP1A 3A8YA 2E88A 2BUPA 4HWIA 3SK3A 1OKJA 1HX1A 3GOIA 3RSEA 3DXMB 2WUSA 3IFRA 2E1YA 3JS6A 4B1VA 1NBWA 3AAQA 3ENHA 3HBTA 2J4RA 4HTLA 3O80A 4C23A 5F0XA 3IUCA 2CH5A 4JD2B 1SQKA 3L6QA 4CJ7A 2ZGZA 3DJCA 1H1VA 4QS9A 1ZXOA 4WQ5A 4O5FA 4K25A 1QQNA 2A6AA 5AQRA 4JN4A 3SJHA 3DWLA 3ZETA 3CERA 2A3ZA 3WXLA 4CBWA 1YXQA 4H5WA 5BPLA 3WQUA 1ZBSA 2IIRA 5AQNA 3D2EB 4K43A 3EZWA 5F1XA 3BF3A 4BC4A 1ESVA 1YVNA 2E20A 4B9QA 3UKUA 4H5TA 3D2FB 3VEYA 4DQ8A 1NM1A 2P9SA 1R59O 1NGDA 5AQKA 4IZ9A 1ZC6A 2Q97A 1DGKN 4FPBA 3U9DA 2FF3B 1LOTB 2QWMA 4AM6A 3ULEB 2VYPA 3ENOA 3WT0A 3CJCA 1K8KA 3F9MA 5JICA 5JLHA 1KXPA 2Q0RA 4WQ5C 3HZ6A 3DXMA 4CZIA 1HKBA 1U2VB 3LDLA 1QZ6A 3TPQA 1NGHA 4FWQA 4QS7A 5B8HA 3CJ9A 2D0PA 4WYBA 4BREA 4DHYA 2V7ZA 4O8KA 4Z94A 3C0BA 3H45C 1DKGD 1QQOA 3LM9A 4H0XB 4ISGA 3OHRA 5TKYA 2A42A 2E8AA 3O5BA 1MWMA 3CJAA 2P9NB 4ISEA 5AQHA 5AQXA 5JLFA 2GEMA 1BA1A 3WXJA 4BC5A 4JAXA 4YDUA 3QDKA 3WEEB 2ZWHA 4NB4A 3U8XA 3EKSA 3DAWA 4BVOA 1XUPO 5I9EB 2QM1A 1J6ZA 4K42A 1ATSA 1QQMA 4LC9B 2ZF5O 2P9KA 5BN8A 5CE3A 4IXCA 5LY3A 1GLJO 4FWRA 1D4XA 3ZEUB 2HF4A 2I7NA 1NGEA 3VEWA 2GTDA 3VENA 4MO5A 1HPMA 1LCUA 3O4WA 3D2FA 1EQYA 3IMXA 3CETA 4RCHA 5AQVA 2ASOA 3A0IX 2F9WA 5AQSA 3KZBA 3I8BA 3MMVA 4BC3A 3UE5A 3ZX2A 3O8MA 5AQMA 3B8AX 2YI1A 4CZEA 3A5MC 4BRIA 3MN7A 3GE1A 2FLOA 3R9PA 2FSKA 3A5NC 3R6MA 3GDQA 2HF3A 4BGAA 3EN9A 4FPAA 5AR0A 2KHOA 2QWOA 4M7YA 1X3MA 4I6MB 1GLCG 3FFKB 4A61A 1TUUA 4H0OA 2P9UA 1X9JA 3VEXA 3SLCA 3LDNA 3QICA 4BRFA 2P9IA 3FZLA 2P9LA 3I33A 2Q1NA 3MN9A 1RDWX 4A2AA 4M63C 4CZHA 1MDUB 4K41A 3UKRA 2I7PA 3U9ZA 3U4LA 2PAVA 3P4IA 1NGFA 1KAYA 4IO8A 4BRDA 3QFUA 3SMPA 1GLFO 4H0TB 4BROA 3H3OB 5AFUH 2UYTA 5AQYA 1S3XA 2CH6A 1TYQB 3DXKA 3LDQA 4BG8A 4IJAA 4XH5A 2YHXA 3IDHA 5BN9A 2QWNA 2NRHA 3EL2A 2A41A 5AZJA 4CD1A 4B1XB 4FWNA 4BVPA 1WOQA 4FSVA 4GY2B 1E4GT 2W40A 4BRAA 3BF1A 5AZIB 3C7NA 1TUYA 4BR9A 4FWMA 2BTFA 3MDQA 3M1FA 2P9PA 4JNEA 4CBUA 1HKCA 4GNIA 4F9OA 1XQSC 3O6WA 3J8AA 3JXUA 2YCHA 2E2PA 2D1KA 4ISFA 4BRKA 1IG8A 3O08A 3QBXA 3VF6A 5AQFA 2E2OA 2QW9A 5AFUA 4FOEA 3CI5A 5AQJA 1S22A 1E4FT 4BRMA 4FOIA 3S41A 3ATUA 2V7YA 1SAZA 3QFPA 3ZX3A 4BRLA 3EO3A 3UB5A 1ATRA 1NGIA 1V4SA 3ATVA 4FWKA 4JD2A 4BC2A 1HUXA 1BA0A 5ADXH 3VERA 3CQXA 3FZKA 1GLEG 2HOEA 2DPNA 3VEZA 1C0FA 3CQYA 4PL8A 1YUWA 5KPTA 1GLAG 3LDOA 3QBWA 3HTVA 2ZGYA 3CJ7A 4RTFD 1MWKA 4H5RA 4FWPA 3D2EA 5AZIA 4H0PA 4NO7A 5EXWA 3LL3A 3VPZA 5JMVA 5AQLA 4BRPA 2IVOA 3VETA 4JHDB 4A62A 5AQUA 3QB0A 2VWBA 1Z05A 3RSEB 1HJOA 4BRNA 4BRQA 3ULEA 4MLHA 5FPMA 3ID8A 1BG3A 3VF2A 1BOTO 4FWLA 2Q2RA 2W41A 5ADXA 1U2VA 3ZX0A 3WXIA 4BGBA 5AQOA 1HKGA 4BR2A 4A2BA 4B1UB 4PKHA 4CZJA 3KVGA 4CI6A 2QXLA 3HSCA 3FLCO 5BREA 2FXUA 3ZETB 4B1ZA 4H5VA 2P9NA 3H6EA 1BU6O 5AQQA 4PL7A 3GG4A 2A5XA 4BR7A 2V51B 5KPRA 3WEEA 3M6GA 5BRDA 2YJEA 5AQZA 5AQWA 3UKUB 1NGAA 2CGJA 1JCEA 1QZ5A 1V4TA 2IVPA 3MK6A 1T6CA 3AY9A 3BEXA 2P9SB 3ZEUA 5AQGA 1YAGA 4B1WB 2D4WA 3H1QA 4Y0WA 1NWKA 2OANA 1GLLO 5BPNA 3FZMA 3LDPA 1Y64A 1K8KB 3WXKA 3BP8A 3VESA 5KQDA 4RWTA 2E2NA 2ASMA 2CGKA 4WQ4C 3H46O 3G25A 4CZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKIA 4OKKA 4EHUA 1KAXA 3WUHA 3QEPA 4DU3A 3V81A 3MECA 4M7XA 4IFYA 5GINA 2QXFA 4EAHD 3VN5A 4PKGA 3LPTA 4B08A 2W6KA 3R8EA 5F2RA 3RRGA 3T69A 1NMDA 4FO0A 4W5RA 2D5RA 4HCBA 4BDYA 2Q0UA 1RDBA 3FFIA 4DTSA 5KGXA 2G8UA 3ZSZA 3CJBA 4CEFA 3HOTA 2OPRA 4DV2K 4LF4K 1NG9A 4MLEA 1RDAA 2UUBK 3K59A 5KQ8A 5SZTA 4H0VB 5KI6A 4CE9A 4J2AA 1TYQA 1CZAN 4ELUA 1QQCA 4N41A 1QHTA 3K2PA 3HJFA 1T3VA 1RBVA 3ZLJA 3BUZB 4N47A 4DS4A 2QWQA 3CJ1A 4FWOA 4EHTA 4CCHA 2YJFA 5AQPA 1KD1O 5TKWA 3M8RA 2ITGA 2P5GA 4KHSA 2FSNA 4Y1DA 4J2DA 2P9LB 3CPEA 5FPNA 1G99A 3L0QA 4O8UA 4BRGA 1BO5O 3QIOA 3UKRB 4OPKA 1VQ5N 1P8ZA 3AVNA 3K5NA 3NVKA 5BRFA 5E84A 3KK1A 1HYVA 4IEEA 1NGJA 4CZFA 4DV6K 4E7KA 3NF9A 1QSYA 1Q8IA 3VQAA 4WQ4A 3AVHA 5E26A 2GBZA 4E89A 3VTIA 5HRSA 3FZFA 4KBOA 1D5AA 2IS3A 3VQQA 1LWFA 5J2NA 1L3UA 4B3OA 3AO5A 1K6YA 3H1VX 3OYMA 3MN5A 1MA9B 1SZ2A 2QA4N 3HXMA 4YDUC 4H5NA 2BDPA 4DFKA 4CZLA 1DEJA 3O4NA 1N8RO 3GBTA 4XH4A 4OJRA 1U04A 3A5LC 3HRGA 3CIPA 2VGMA 3ALYA 3LZIA 2BUPA 1S1VA 4CHQA 3P31A 4IG3A 4RW6A 3TAEA 3RSEA 4Z4CA 1NK8A 1VHXA 2WUSA 3WNHA 3ENHA 1VSDA 3HBTA 3I56N 4YFUA 2JWKA 3NF8A 3IUCA 2P51A 4CJ7A 2UU9K 3T19A 1ZXOA 2RHKA 4BWMA 4GVEA 2HNZA 1ASWA 2A6AA 5LL6Z 4CERA 2YHAA 4CHYA 4CIEA 4FJJA 1FKPA 1UA1A 1EXQA 3WXLA 5BPLA 3WQUA 3CFPA 1NKBA 4FLWA 2WFBA 1C1BA 2HBMA 1N34K 3EZWA 3LALA 1BI4B 2FBXA 5F1XA 4KHWA 2NRVA 4BC4A 4BACA 2E20A 4HHTA 3OYJA 3WNEA 4M41A 1KFDA 4M3RA 2BGGA 4IZ9A 1WSFA 1VAZA 1LOTB 3ULEB 4AH9A 3WT0A 3CJCA 1QTMA 4R79A 2D0BA 4KTQA 4ILHA 2O8DB 3DXMA 1HKBA 2DTUA 1QZ6A 2JGUA 1NGHA 3D0PA 2OCEA 3CJ9A 3OY9A 3ZT0A 3DLRA 4DHYA 2V7ZA 3H45C 1DKGD 3OS0A 1VQLN 1NK0A 1DLOA 4ISGA 3OHRA 2HHQA 2A42A 1MWMA 2AJQA 2GEMA 3TWHA 1KSPA 4BC5A 4YDUA 3AVKA 4NB4A 1OH5A 4M45A 3V6DA 3V4IA 2KKZA 4KH6A 2P1JA 3PSIA 1TKZA 5CE3A 4IXCA 5LY3A 1KVBA 1NJZA 1OH7A 4JV5K 4KAZA 3VEWA 1XMQK 1FJGK 3VENA 5C12A 3PO4A 2ASOA 4IDHA 4DQQA 3TAGA 2F9WA 4E7IA 4JEPA 3QERA 3MMVA 3QEVA 3ZX2A 3O8MA 3OYIA 1YF5L 4FZYA 1VSFA 4LFCK 3R6MA 4FPAA 1TK5A 3DOLA 4CEZA 4JLHA 2PY5A 3MWTA 1I39A 1LWCA 1Q86O 3TSPA 1GLCG 4DR7K 3C6HA 3SJJA 4A61A 4CEOA 4WFAL 3TANA 4DTNA 1JJ2M 3IAYA 1NJIO 4F3TA 4BE1A 2P9IA 3C94A 5HBMA 4Z4GA 3MN9A 3S9HA 2ZJRL 4M63C 1ZYQA 4K41A 3EE9A 4QCLA 3VQ5A 5DM6L 2PAVA 1JLQA 4U7BA 1EO1A 4DF4A 4BRDA 4U67L 2W6LA 4DQIA 3M5RA 2UYTA 3NF7A 5AQYA 4FVMA 1TYQB 3DXKA 3O9UA 2BH1A 4IJAA 3T1YK 3IDHA 1X1PA 4KHYA 4YOTA 2PZSA 4BVPA 5C25A 2X6NA 1WSGA 4CJRA 3M8SA 4B9SA 4KH4A 1TUYA 2GV9A 3HVRA 2BTFA 4JI3K 2BANA 4ILGB 4JNEA 3SUNA 4CFDA 4GNIA 2QI2A 4LSLA 3J8AA 2YCHA 3U6FA 3OTOK 3QNOA 3O08A 3HPOA 4R5PA 3RMAA 2E2OA 5DM7L 3KJVA 4E7LA 4M3TA 4OPHA 4OGEA 3QEIA 4FOIA 3PX4A 3M8PA 3ATUA 2V7YA 4HUEA 3QFPA 1XWLA 4FW2A 1A5WA 3EO3A 4FWKA 1NGIA 3ZSQA 5FDLA 1KQSM 3B6OA 5ADXH 4IDKA 3VQDA 1IBLK 1C1CA 2DPNA 4PUOA 3HM9A 3VEZA 3NH0A 2ETJA 2ZGYA 4N56A 4JYAK 4HTUA 2HBKA 4H5RA 4FWPA 5IWAK 3ZSVA 3ASMA 2Z1HA 5M1OA 4H0PA 2O8EA 3LL3A 5JMVA 5AQLA 1KTQA 3DLKA 3DLGA 3LP3A 2HBJA 4B8AB 3QB0A 4I9QA 1Z05A 3HL8A 4PWDA 2HHXA 3SQ4A 3RSEB 1HJOA 5J2MA 3AV9A 3KK7A 4MLHA 3DMJA 3VF2A 4FWLA 3SCXA 1REVA 3SBGA 4FLVA 5J2QA 4BR2A 1Q9YA 3OYLA 3CFRA 1SL2A 3KVGA 4CI6A 4CHPA 3BZCA 3FLCO 2FXUA 2NRWA 3ZSOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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