2IVPA

Structure of up1 protein
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
molecule tags Hydrolase
total genus 114
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA01
3LM9A 1BO5O 3HI0A 4F9OA 4WQ5C 1LOTB 4FO0A 4FOEA 5F1XA 1GLDG 2FF6A 2P9PB 4BR9A 3GBTA 5AZIA 3U8XA 4BRMA 4FPBA 2ZF5O 4NO7A 2ITMA 3QFPA 3CETA 1Y64A 5AQVA 1ZBSA 4LC9B 2F9TA 2VWBA 1YAGA 2ASPA 1DEJA 4E1JA 2IVNA 2Q1NA 2AP1A 2GWKA 3D7EO 1E4GT 3KVGA 2QXLA 2CGKA 2QWMA 5EOYA 1NGJA 4JN4A 1C0GA 3SMPA 1X3NA 5JLHA 5AQZA 4K41A 2YCHA 3KHYA 3QMLA 3LDNA 1XC3A 2Q0RA 4BR0A 3LDOA 3EL2A 5AZJA 1ATRA 1HKCA 4C23A 1HLUA 1D4XA 1IJJA 2V52B 5AQFA 3WXLA 3ZX2A 4FWKA 1X9JA 3JS6A 4JD2B 3UE5A 5AQKA 3FZFA 3MN7A 3UKUB 4IXCA 3JXUA 5ELZA 3UKRB 2WUSA 4B1UB 2E2PA 1Z6RA 1QQMA 1RDWX 4FSVA 4WQ5A 4WYBA 4BRDA 3WQTA 1WOQA 2YJFA 4PKIA 2GELA 1RFQA 4BRHA 5BR9A 4O8KA 3LDPA 3MCPA 3SJHA 3M6GA 2YHYA 4GY2B 4H5VA 4EIAA 5FPDA 1NGBA 3CJ7A 4BR4A 1KXPA 1BWFO 3DXKA 4BRCA 3O5BA 1K8KB 3GDQA 4CZLA 1QQNA 3A5OC 3BF3A 1KAZA 2A3ZA 2Q0UA 4BQZA 3AY9A 4H03B 3SLCA 1YXQA 2HF4A 5LY3A 3QBWA 3LDQA 4HWIA 4AM7A 5B8HA 3FZKA 3TU5A 2P9PA 3BEXA 3CERA 3A0IX 4QS7A 3IDHA 1CZAN 4FOIA 4BG8A 4Z94A 3FR0A 2I7PA 1JCEA 2CGJA 4DHYA 4ISFA 1TUUA 2FSNA 4IJNA 3M3ZA 3LDLA 3AAQA 2A40A 1GLCG 2QWOA 3AARA 3HTVA 3VGLA 1T6CA 1LCUA 2A5XA 5AQHA 4A62A 2I7NA 4H0YB 2A6AA 1NBWA 3KZBA 2PAVA 4B1VA 1QZ5A 3CJBA 1Q18A 1YUWA 1S22A 1T44A 3FE1A 4CZKA 2H3GX 2Q97A 4M7YA 3HM8A 2YHXA 3CQYA 3BF1A 5TKYA 1NGHA 3U9ZA 3MMVA 3U4LA 4CBWA 4CZHA 1NWKA 5AQRA 3UB5A 2IVOA 3VEYA 1Z05A 3GE1A 3ZEUA 1J6ZA 2P9IB 5FPEA 3CJCA 5LJWA 3D2EB 4DB3A 1QQOA 4AM6A 3VERA 1HKGA 2DPNA 2P9UB 3HBTA 4JD2A 2Q36A 3VEWA 2CH5A 3TPQA 2EWSA 1MWMA 2E1YA 5F0XA 3P4IA 3ATVA 3UKUA 3CIPA 1NGFA 3UKRA 2IIRA 3VF4A 3QB0A 3A5LC 5LJVA 3DXMB 4FL9A 3H1QA 2FSKA 4KBOA 3VOVA 4BQLA 2VCPA 3BUZB 4BRQA 4ISGA 4BC2A 5BRHA 5AQGA 1RGIA 4H5TA 1QZ6A 2Q2RA 1K8KA 4EFHA 1NGAA 4MLEA 4CI6A 4B1WB 3A5NC 4FWSA 3R9PA 3D2FB 3L4IA 3FFKB 5ADXA 4PL7A 3MK6A 4H0XB 2ZGZA 3W0LA 4CBXA 5JMVA 1XQSC 3WXKA 4BRGA 5ADXH 1KAXA 3EKSA 1BOTO 3GG4A 5KPRA 3L0QA 1V4SA 5BPNA 3O1BA 1HUXA 1U6ZA 3VEZA 4BGAA 2CH6A 1BG3A 3WT0A 3VEVA 4BVOA 2FSJA 1ESVA 5KQ8A 2E1ZA 5BRFA 3DJCA 2FLOA 2W41A 5EXWA 1BA0A 1BA1A 5AR0A 1HPMA 5AQOA 3ZETA 2P9LB 4PL8A 2E2QA 1GLFO 3H46O 2P9SB 4NB4A 3WXIA 5F2RA 1MA9B 4J8FA 4BC5A 4CBUA 4B1ZA 5EVZA 4H0VB 2ASMA 2ZGYA 4DCHA 3FLCO 1C0FA 3FZLA 3CHWA 1X3MA 1WUAA 3CQXA 3OHRA 4BR7A 4BGBA 5FPNA 4BR2A 2YI1A 3VESA 1QHAA 4BREA 1U2VB 2GEMA 3D2EA 3GL1A 3VPZA 4H0OA 3B8AX 3WUHA 1HX1A 2A41A 4CZMA 2E8AA 1BU6O 4H5NA 2QWRA 3VETA 1GLEG 3HZ6A 3MN9A 4H0PA 3LL3A 5AQNA 1TYQB 2E2NA 3O8MA 1GLAG 4MO4A 4GNIA 1V4TA 4EHTA 4B1XB 3AAPA 2FF3B 2V7YA 1SAZA 4JHDB 3VGMA 3VEXA 2V51B 3MN6A 3IUCA 4CZIA 1DGKN 1ZC6A 4FWNA 3R6MA 5AQXA 2BTFA 4RCHA 5AQLA 4JNEA 1NGDA 3WEEB 5AQTA 4CJ7A 3ID8A 4JAXA 1JCGA 5AFUA 2D4WA 4CD1A 4BC4A 1HKBA 2ASOA 2D1KA 3H45C 3D2FA 3RSEB 3DWLA 3VENA 4FWMA 1ZXOA 5AFUH 2QWPA 4IZ9A 3QDKA 2D0OA 4BRNA 4L3QA 2YJEA 2E20A 2NZTA 3QICA 3CJ9A 1DKGD 1KAYA 1MWKA 3ULEB 5KPZA 3J8AA 1T6DA 4H0TB 5BPMA 4BROA 2ZWHA 2P9NB 3A8YA 4BRFA 4FWRA 1OKJA 5BRDA 3C7NB 4ISEA 2AA4A 2HF3A 1G99A 2QM1A 2P9LA 1NGCA 1GLLO 2P9SA 4YDUA 4I6MB 3S41A 5I9EB 2GUPA 4MLHA 5AQSA 4M7XA 4BRAA 4BRPA 3BP8A 4A2AA 4IO8A 2NRHA 2QWLA 3I8BA 1TUYA 1YVNA 3MN5A 3G25A 1IG8A 3F9MA 3CI5A 4H5WA 2E88A 2VYPA 4K25A 2BUPA 4O5FA 2QW9A 3IFRA 3ZX3A 3H1VX 4HTLA 4BG9A 3QFUA 4CZGA 1U2VA 2QWNA 1E4FT 4CZEA 4CZJA 4RWTA 2HMPA 3CJ1A 3EKUA 4BC3A 2P9KB 1JCFA 1SZ2A 3VGKA 5AQQA 3CJAA 1GLBG 1HJOA 1S3XA 1BUPA 3EO3A 4PKHA 4Y0WA 3H3OB 1TYQA 4QS8A 3VF6A 3SK3A 4A2BA 5FPMA 3ENHA 4IJAA 1XUPO 3FGUA 3M1FA 1GLJO 1NLVA 4JHDA 3A5MC 5E84A 1EQYA 3FZHA 4FWLA 5AQUA 3O08A 2V7ZA 5EX5A 1ATNA 5KPTA 5JLFA 3ZEUB 3WEEA 2Q31A 3H3NO 4M63C 3ZX0A 3DAWA 3I33A 3VEOA 5AQWA 4XH5A 3RSEA 2NLXA 3R8EA 5AQJA 5AZIB 4XH4A 3U9DA 4WQ4C 2PBDA 5BN8A 4BRKA 2P9IA 2YHWA 2KHOA 5EY4A 3ULEA 3GOIA 4CD3A 1SQKA 5AQYA 4PKGA 4YDUC 4BVPA 4FPAA 3EZWA 1NGIA 5JICA 2P9UA 2P9NA 2W40A 1NM1A 2GWJA 5AQIA 3C7NA 3ATUA 3VF2A 3FZMA 4DQ8A 3EN9A 4A61A 2OANA 3DXMA 4EAHD 3HSCA 4I6MA 1NGGA 3IMXA 5BPLA 2HOEA 2IVPA 2D0PA 3H6EA 3C0BA 4RTFD 3ENOA 4XH1A 2GTDA 3SMSA 4MO5A 2E2OA 1NMDA 4IWVA 5AZJB 3WXJA 5KQDA 3MDQA 1MDUB 2FXUA 5E26A 4EHUA 1R59O 3O6WA 1ATSA 3WQUA 1BDGA 4B9QA 4H5RA 4BRIA 2P9KA 4FWOA 4K42A 4FWQA 2J4RA 3O4WA 5BN9A 1P8ZA 5AQMA 3ZETB 4BR5A 2CGLA 2F9WA 3O80A 3O1WA 4FWPA 2QWQA 3LM2A 3L6QA 4QS9A 1NGEA 4CZFA 5AQPA 4XEIA 5BREA 2UYTA 3QBXA 4BRLA 4WQ4A 2A42A 5CE3A 1H1VA 4B1YB 3DXKB 4K43A 3W3DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BO5O 2A1SA 4G1QA 4DR5K 3QNNA 1BQMA 1IH7A 1Q81O 3OYFA 3RMCA 1ITGA 4R5PA 1JJ2M 3RRGA 1GLDG 2FF6A 3VA3A 3AVFA 3OA9A 4OX9K 3P39A 4KHNA 1QQCA 3KLFA 1K9MO 1LWFA 3EEQA 2ZF5O 2ITMA 3QFPA 4EP4A 2IC3A 2QI2A 3CETA 1Y64A 4DR2K 4CJLA 4LC9B 3NE6A 4JYAK 4JEPA 3KLIA 3PUFA 1U47A 4C8NA 4FJJA 1QHTA 3HOSA 2ATQA 3KVGA 3EY1A 2GV9A 5EOYA 1CLQA 4OPJA 4FW1A 3NVKA 3NBPA 5AQZA 3N4QA 3RWUA 3PV8A 2JWKA 3KHYA 3IRXA 3EE8A 1UAXA 3LDOA 2FBVA 4X62K 5AZJA 3ZT3A 3V9XA 3MXIA 1OH7A 2G8UA 3CCMN 1SUQA 2NRRA 2XY7A 3WXLA 3AGKA 4FWKA 3NF7A 3SPYA 4JD2B 4C8LA 1Z25A 3ZSVA 3FZFA 1YT3A 3UKUB 4IXCA 2KZMA 3RMAA 4V19S 4CJRA 2E2PA 3AVNA 4M41A 4CJWA 1YTAA 1XMOK 1WOQA 3I56N 1RFQA 3ISNC 2NNWA 4R79A 1NKEA 4DWIA 4CJ5A 1I39A 3SUOA 3SJHA 3M6GA 2KLAA 4JKCA 4FJLA 1KXPA 4KB0A 4ILGB 1TK8A 3E9LA 1LAWA 4KAZA 2Q0UA 2A3ZA 3L2QA 3SLCA 4H03B 4FVMA 4KTZA 4M3TA 5B8HA 3L8BA 4HCBA 4RW9A 4C8KA 2P9PA 4BE0A 1BHLA 3CERA 1J5OA 2YNFA 3A0IX 4DU3A 3CC7N 1QSYA 3IDHA 2OZSA 2HVHA 1JCEA 2O8BA 4DHYA 2FSNA 3J7AP 3OYHA 2O8FA 2IGIA 4DV0K 3AAQA 5LMNK 2QWOA 3AARA 3HTVA 1RT4A 4B8CA 1LCUA 5M1NA 3AO3A 4I9LA 2NRXA 1WBDA 3CJBA 1OVYA 4LF9K 3PO5A 3I55N 2Q97A 2KFNA 3HRGA 3THWA 5TKYA 1NWKA 1S1XA 3DRRA 3ZEUA 4Z4GA 3AVCA 4HCCA 3CJCA 4J2DA 4E1MA 3KD5E 1A5WA 1QQOA 3SAHA 4CESA 1RDBA 1L3SA 3VERA 4RW6A 4KO0A 4FK4A 3HBTA 3VEWA 2O8CA 5C0YA 1NKBA 3TPQA 3AVAA 4W5QA 2EWSA 5HROA 4LFCK 1KTQA 3CCRN 3L4QA 2IIRA 1W9HA 3QB0A 5LJVA 2BDPA 2G8IA 3T19A 3MWTA 1J53A 4CFBA 4A59A 1W2BM 2Y1IA 4GV3A 5DM6L 2WC9A 2NRZA 3E66A 5AQGA 4H5TA 2E4LA 4DKWA 1K8KA 4BWMA 3K9JA 1J9AA 4MLEA 4Q5VA 3VQ4A 4CEBA 4O55A 3R9PA 3D2FB 3M8PA 3FFKB 4CBXA 5JMVA 4DSJA 5KI6A 3K0SA 1L3VA 3LP0A 3LZIA 2CH6A 1WAFA 2FSJA 1ESVA 4CJ3A 2E1ZA 1QTMA 1S1UA 3O9RA 4PWDA 1VQ4N 3K5OA 2E2QA 4KH4A 1VSLA 4NB4A 4CGDA 3D6RA 3HP6A 4DFMA 4CBUA 4DTUA 2O4IA 5D3GA 3L2RA 2ASMA 5FROA 3ZSWA 2ZGYA 1X1PA 1WSJA 2KQ2A 5JVGL 1WUAA 3TI0A 4KI6A 1S5JA 1M1KO 2YI1A 3VESA 3TARA 1Y97A 1WSHA 3VQBA 1IKWA 4N41A 3WUHA 4B3TK 1HX1A 5T7BA 4PQUA 3VETA 4H0PA 3ASMA 3I0RA 3LL3A 4DQPA 2E2NA 4MO4A 5SZTA 4BE2A 1ASWA 1V4TA 1EP4A 2Z1GA 3CCUN 3T1AA 3QESA 4DS4A 3G4SN 4ILHA 2ZQBA 1TK0A 2FBYA 2PFUA 4JKGA 3QEXA 3LWLA 3I0SA 2DFFA 1DGKN 1ZC6A 3NF6A 4FWNA 4J2BA 4CW7B 4E7KA 4JNEA 1NGDA 5AQTA 4CJ7A 2KFZA 3HJFA 4DQQA 3TR8A 5AFUA 1HKBA 3H45C 3RSEB 3G6EN 3VENA 5J2NA 3KLHA 2PZSA 1NG9A 4IZ9A 1VSKA 3QDKA 2D0OA 1EO1A 3O4QA 2YKNA 4L3QA 1UWBA 3QICA 3AA3A 1DKGD 1X9SA 3M8RA 1HRHA 5M1FA 4DU1A 3SZ2A 4IDKA 3WXMB 4FZYA 2ZWHA 3A8YA 4FWRA 2VQEK 3HP9A 3OTOK 1RCHA 1U49A 3SQ4A 2AA4A 2UUBK 5M1KA 4JI7K 2DY4A 1NOZA 2NRHA 3I8BA 4ILJA 3C94A 4DV3K 4AHRA 1TUYA 4HVJA 4DV2K 1IG8A 4H5WA 3CI5A 1TKDA 4NXNK 5IT9O 3C6HA 5C24A 1QSSA 2WBNA 4QAGA 4DR1K 1Q82O 2YHBA 4F3TA 4HTLA 1RTIA 4G9ZA 4QOZB 3EKUA 4RW4A 4E1NA 3VGKA 1HJOA 1RT1A 1BUPA 4PKHA 4Y0WA 4DF8A 1K73O 1VSHA 2HBLA 4DLGA 3VF6A 4A2BA 1VQ9N 3PIPL 4JI3K 1NLVA 1EQYA 3VQ6A 4E19A 3VQ9A 3O08A 2KW4A 2OPPA 5JLFA 4B3OA 3VTIA 3WEEA 3PX4A 2D0CA 4AH9A 3DAWA 3I33A 3J7ZO 3RR8A 3SAFA 2Z1JA 5AZIB 4IEEA 1TL1A 4LF6K 5HRPA 4DUZK 4WE1A 4DSEA 3C6UA 5C10A 3GOIA 5AJ3K 1KVCA 3DLHA 5JICA 2P9NA 4CJUA 3K5MA 3OYMA 3PX0A 1KRPA 3PSFA 1BI4A 4MDBA 4DQ8A 3RTVA 3DXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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