2IVPA

Structure of up1 protein
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus abyssi
molecule tags Hydrolase
total genus 114
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA01
3MN7A 4QS9A 4IJNA 4XEIA 3D2EB 1HPMA 4F9OA 2V7ZA 3CQXA 2UYTA 4BRKA 3HZ6A 2ASMA 3UB5A 5E26A 4BROA 4PKHA 5AQLA 4BR9A 3I8BA 1NMDA 2IIRA 2HF4A 3VF6A 4FWMA 3CJ1A 5AQXA 3D2EA 3W3DA 2V52B 3A5NC 4BR7A 4MO4A 3U9ZA 3CHWA 3HBTA 3I33A 4H03B 4XH1A 3VENA 1XC3A 5AQOA 1KXPA 4BGBA 1NGAA 4A2BA 4WQ4C 2QM1A 2VCPA 4RCHA 5TKYA 3GG4A 3IFRA 3QDKA 5EVZA 3TU5A 2P9PA 2D4WA 2P9NA 2D0OA 5LJWA 3GDQA 3O08A 4FPBA 4A61A 4CZJA 4FO0A 2P9SB 2P9UB 1C0FA 3H46O 1JCEA 1NWKA 4FL9A 1Y64A 4H5NA 3AAQA 3CJCA 4EFHA 5F0XA 1NGEA 3QICA 3CJBA 3ULEA 1LCUA 2P9SA 5AQNA 2FSNA 3BUZB 1WUAA 4CI6A 1YUWA 3LDNA 3FR0A 4BG9A 1QZ5A 3KZBA 1ZXOA 4H5TA 3BEXA 4ISFA 3FZLA 3ZETA 1HKBA 2OANA 2W41A 2FXUA 3HI0A 2P9LA 1NM1A 5EXWA 1V4TA 1C0GA 5BPMA 3A5MC 3UE5A 4C23A 2YHYA 2HF3A 3WEEB 1BA1A 2PBDA 2I7PA 2Q36A 1XQSC 1S3XA 1SZ2A 3EZWA 4WQ4A 4H0VB 3WT0A 4CBWA 5AQMA 1NGFA 1YXQA 1XUPO 2FSKA 4QS7A 2CH5A 2QWRA 3O4WA 2HOEA 3MCPA 4CZGA 3WEEA 3SK3A 3A0IX 3VGMA 2D1KA 4AM7A 4BRQA 3QMLA 3VGKA 3JXUA 3FZHA 3A8YA 3ZX2A 4BQZA 1GLDG 2BTFA 3FZMA 5AQTA 4BR4A 1NGBA 1BOTO 4B1XB 2A5XA 4HTLA 2ASOA 1S22A 2QWQA 3L4IA 4Z94A 4BREA 2P9IB 2YHXA 3QBXA 3MDQA 3DXMB 4FWLA 3GBTA 4K43A 3LDPA 3GE1A 3G25A 4FPAA 4FWQA 3WUHA 3P4IA 4BC3A 2QWOA 2VWBA 4BR5A 4PL8A 4BR0A 4CD3A 3DWLA 3GOIA 4EIAA 2QXLA 1ESVA 3BP8A 3DXKB 4H5VA 3DXMA 4IO8A 4BRDA 2AP1A 3B8AX 4CZFA 1T6DA 1QQNA 3M3ZA 5JLHA 4CJ7A 4WQ5C 5F2RA 4JNEA 4IWVA 3EKUA 3WXIA 3DAWA 1GLEG 1NGIA 3VF4A 1X3NA 3VEYA 3VEVA 5AQGA 4FOEA 4NO7A 3AARA 3VOVA 5BPNA 5EY4A 3FFKB 3QBWA 1DKGD 2Q0RA 5AFUA 3CIPA 2YI1A 1ATRA 4FSVA 5AQUA 4B1YB 2P9KB 4JHDB 3OHRA 3LDLA 5ADXA 2GWKA 1GLJO 1YVNA 2YJEA 4Y0WA 1NGHA 1G99A 1MA9B 1NLVA 2FF6A 4BVPA 2P9KA 3FLCO 1QZ6A 1QHAA 4JHDA 1TYQB 5AQIA 5JICA 3ZEUB 5AQYA 3CJ9A 1JCFA 1U2VB 4BQLA 1LOTB 3M6GA 4BRMA 3SJHA 3H6EA 4E1JA 5AQPA 2IVPA 1GLLO 5LY3A 4HWIA 1TYQA 3CETA 1E4FT 3ZEUA 1OKJA 4H0PA 3ENHA 3SMSA 4PKIA 4DHYA 3VF2A 3EO3A 4JAXA 3H3NO 3U9DA 4EAHD 2EWSA 3IDHA 2YJFA 2P9UA 3W0LA 4BC5A 2Q2RA 1GLAG 3QB0A 3UKRB 5AR0A 4ISGA 1KAXA 4BG8A 1YAGA 2HMPA 1E4GT 3CJAA 4H0OA 4MLHA 1DGKN 3VESA 5FPEA 5F1XA 4LC9B 3FZKA 4PL7A 3LDQA 4JD2B 1J6ZA 3C7NB 1RFQA 4B1ZA 3A5LC 3R9PA 3A5OC 1WOQA 5AZJB 1T6CA 1T44A 3MN6A 2GELA 4K42A 3WXJA 2CGJA 1NGCA 3O5BA 4M63C 3WQTA 5BRDA 4B1VA 3SMPA 5B8HA 1NGJA 3ZX3A 3CERA 5AZJA 5BREA 4CZHA 4DB3A 5JLFA 2E20A 2F9TA 1IG8A 1MWMA 3H1VX 3WQUA 3C0BA 1BU6O 4B9QA 4BVOA 4H0YB 3L6QA 4PKGA 1HX1A 5KPZA 3LDOA 4CZEA 3H3OB 5KPTA 4CD1A 3CI5A 3VEOA 1BWFO 1H1VA 2ASPA 3MN5A 4I6MB 3M1FA 4BR2A 3ATUA 3S41A 1Z05A 4QS8A 5BRFA 1BG3A 4CBXA 2A40A 3LM9A 2QW9A 3ATVA 2P9IA 1X3MA 4H5RA 3RSEB 2FF3B 3H1QA 2FLOA 1JCGA 3D2FB 1QQMA 1Z6RA 1DEJA 2Q0UA 3D7EO 2E2NA 4ISEA 4BRLA 3DXKA 3R6MA 3WXLA 1IJJA 4CZKA 2VYPA 3EN9A 4CZMA 3HSCA 3O1BA 5BN9A 1BA0A 2E88A 3D2FA 2GUPA 2V7YA 4FWOA 1TUUA 4IZ9A 2E8AA 2BUPA 5EX5A 3VEZA 5LJVA 5AQKA 2DPNA 2GWJA 3VETA 1GLCG 5AQQA 3H45C 3KVGA 1D4XA 4GY2B 2FSJA 1SAZA 5AQJA 3HM8A 5KPRA 2ZGYA 1HLUA 2E1ZA 4IJAA 2E2OA 2ITMA 3U8XA 2J4RA 4BRAA 2GEMA 4FWNA 3MN9A 4JN4A 4H0TB 5AQHA 4IXCA 4DCHA 4A62A 4EHUA 4J8FA 1P8ZA 3AAPA 3HTVA 4B1WB 4A2AA 5FPDA 2ZF5O 3VERA 3LL3A 4DQ8A 1ATSA 2P9PB 3ID8A 3F9MA 4WQ5A 3QFUA 1BDGA 2P9NB 1U2VA 5I9EB 2H3GX 2CH6A 4O8KA 2KHOA 2V51B 3BF3A 4XH5A 3WXKA 4XH4A 4CZLA 2NRHA 2Q31A 5CE3A 3R8EA 4M7YA 3VPZA 2NLXA 5AQVA 4BRPA 4FWRA 2NZTA 2E1YA 3QFPA 5KQDA 1MDUB 5FPMA 3BF1A 1GLBG 3ULEB 1Q18A 2YHWA 4NB4A 3O8MA 3UKUB 1BO5O 2ZWHA 2GTDA 2D0PA 1NGGA 1HKGA 5BN8A 5BRHA 3MMVA 5JMVA 3UKRA 2W40A 3KHYA 4BRIA 2AA4A 2I7NA 3AY9A 3ZETB 2A6AA 2F9WA 3O80A 4CZIA 4AM6A 2P9LB 3O6WA 5AZIB 3UKUA 2QWNA 4M7XA 5EOYA 3O1WA 4JD2A 3DJCA 1X9JA 5AQRA 4FWPA 3C7NA 2CGKA 5BPLA 4FOIA 2E2QA 2Q1NA 1SQKA 3CQYA 2Q97A 3IUCA 5AQFA 5AZIA 5ELZA 3L0QA 4RWTA 3FZFA 4K25A 3ZX0A 4EHTA 4BC2A 5BR9A 1HUXA 3LM2A 1HJOA 1NGDA 4H5WA 4YDUC 2QWMA 4GNIA 4FWKA 3VEWA 5AFUH 1CZAN 3TPQA 4O5FA 1KAYA 2YCHA 3J8AA 2ZGZA 4WYBA 5KQ8A 2CGLA 2E2PA 3U4LA 2QWLA 2A3ZA 5FPNA 4BGAA 5ADXH 3FE1A 3CJ7A 1GLFO 4BRCA 4FWSA 4MLEA 2IVNA 2IVOA 3IMXA 2WUSA 4I6MA 4BC4A 4BRGA 1BUPA 3FGUA 3GL1A 2QWPA 3SLCA 1RGIA 1R59O 5AQSA 1ZBSA 4L3QA 4RTFD 4BRFA 2A42A 3EKSA 1HKCA 2A41A 5E84A 3MK6A 3RSEA 1QQOA 4BRNA 1ATNA 3VGLA 4MO5A 3ENOA 1K8KB 5AQWA 1EQYA 1V4SA 3VEXA 3EL2A 1NBWA 1ZC6A 4CBUA 1U6ZA 2PAVA 1RDWX 1KAZA 1MWKA 5AQZA 4BRHA 4KBOA 4H0XB 4YDUA 1K8KA 1TUYA 4K41A 4B1UB 3JS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BH1A 3PX4A 1BHLA 4WE1A 2UYTA 1VQ8N 1VSHA 4NCAA 3DLHA 4JEPA 5AQLA 3U6FA 3L2WA 1XHZA 4MDBA 3VF6A 3AV9A 3SPYA 4FLUA 3D2EA 3W3DA 4DR2K 4M3WA 3WNFA 3CHWA 5KRSA 5AQOA 3CCUN 4A2BA 3SZ2A 4WQ4C 2QM1A 1L3SA 4RCHA 1NJZA 4CF2A 3CM5A 4NCGA 2P9PA 3TU5A 4CJ3A 4CHOA 4N76A 2D4WA 2D0OA 3THYB 5LJWA 2HBJA 3CCRN 5KGXA 3O08A 4A61A 1ASVA 1C0FA 4LFAK 1JCEA 1NWKA 1EETA 4FL9A 4CEEA 2WC9A 4EFHA 2PYLA 1VQNN 3S3NA 2KFZA 4RW9A 4KB0A 3CJBA 3ULEA 1KC8O 3BUZB 1RTIA 4E7LA 4GMJB 1E3MA 3FR0A 5HRNA 3ZT0A 2HHWA 3LP2A 3KZBA 4PUOA 1YTUA 4QCLA 4AF1A 1W0HA 3OYBA 3AVMA 4ISFA 3ZETA 2P9LA 4CESA 1NM1A 5EXWA 5BPMA 5HROA 3PX6A 3UE5A 1YF5L 2I7PA 2Q36A 3NCIA 3L3UA 4LF7K 1S3XA 4WQ4A 3WT0A 4CBWA 2HBLA 1XUPO 3OJSA 3WEEA 3A0IX 1HYZA 4M3ZA 1WSGA 1TK8A 2X74A 1U48A 4MQ3A 3ZX2A 3HRGA 1U49A 1LWEA 2O8BA 3K0SA 4DQRA 4BR4A 3HP6A 4AHSA 1QVFM 4C1NI 3I0RA 3K59A 2Z1GA 4HTLA 2ASOA 4CIEA 3SUQA 2RHKA 3O9UA 5GAEP 1ZBIA 3L4IA 4CJTA 4B8AB 3C94A 4BREA 2P9IB 2YHXA 4CIGA 1VQ5N 2HHVA 1UA1A 3GBTA 1RTJA 4K43A 3LDPA 4BE0A 4FPAA 3O3GA 4YOTA 4BR5A 3MAQA 2OYQA 4JI3K 2LSNA 4EIAA 3LP1A 5GIPA 4B8CA 3AVAA 3BP8A 1L3VA 3AVBA 1J5EK 3DXMA 1QS4A 4BDZA 4BRDA 1QQNA 5JLHA 1Q81O 4ICLA 1C1BA 5F2RA 4JNEA 4IWVA 2KKZA 5C25A 4DQPA 3VEYA 4JK7A 3J7YP 4LFBK 3M8PA 4NO7A 4FZZA 3VOVA 3SV3A 3FFKB 4B3SK 3QBWA 5AFUA 3T69A 3NH2A 1ATRA 3CC2N 3TSPA 4JHDB 4E19A 3OHRA 4FJKA 1GLJO 2Y1IA 4J2AA 3MEDA 2KLAA 2P9KA 3FLCO 1QZ6A 4CFDA 1JLQA 1D8YA 3VQQA 1KVCA 1BI4B 3CJ9A 4GVEA 4FZXC 3SBTA 4KTWA 1LOTB 3M6GA 1KCFA 1NMNA 1VSJA 3M8SA 1UOCA 3H6EA 2G8KA 4FZYA 1WSFA 2IVPA 5K14A 3HT3A 4IFEA 3CETA 3NVMA 3ZEUA 2YNFA 4IOAL 3ENHA 1VQ7N 3DOKA 4DHYA 3EO3A 1JLEA 3THYA 1TAQA 4B9SA 4EAHD 2G8IA 1RNHA 4BG8A 5CZ1A 3LZIA 1E4GT 3KKSA 5C2FA 3VESA 5F1XA 3I56N 3NF7A 4PL7A 3LDQA 4JD2B 4NLCA 1KVAA 4YOVA 3NHGA 1M90O 1T44A 3BGRA 3P1GA 2GELA 1BISA 2OPRA 3WXJA 2CGJA 4KH5A 3ZX3A 2WBNA 5BREA 4FJMA 4E7IA 1MWMA 3H1VX 1UWBA 2HVIA 1YTAA 2HNZA 1WSJA 1I3AA 4M41A 3C6UA 1K8AO 5KPZA 3LP3A 3LDOA 2KW4A 5C42A 2XY6A 2D0AA 4CJEA 4C1NK 4FLXA 4ILJA 2RN2A 4K8ZA 2JGUA 3TI0A 4CBXA 1QQCA 3VQ7A 2BE2A 4A57A 1RDDA 3LM9A 4DU4A 4PQUA 3ATVA 1RILA 4N5SA 1W9HA 2P9IA 4H5RA 4LSLA 1RTHA 2FLOA 2FBXA 4FM2A 2JWKA 1JCGA 1NK9A 1Z6RA 5FRMA 1DEJA 4WF9L 2AJQA 4E7HA 3D7EO 4ISEA 3J7AP 3VQDA 1Z26A 1IJJA 4Q0BA 1OH7A 2GX9A 3K5LA 5HOOA 1NJXA 2GUPA 1RDUA 1JJ2M 4FWOA 3ZT1A 1VSEA 4DQQA 1SL2A 1NKBA 3DLEA 2FBVA 3E9PA 3HOSA 3H45C 3ISNC 3KVGA 4CJSA 3HM8A 1RBUA 4IJAA 2E2OA 4E1NA 4E0DA 2NNWA 1CLQA 3E9OA 1CZ9A 3U8XA 5CYQA 4BRAA 1CZBA 4IXCA 3ZSRA 3AA3A 4EHUA 3QEWA 4E3SA 4IDHA 1C1AA 3AAPA 3HTVA 4B1WB 4CHZA 1HNZK 2KFNA 1JL2A 3KK7A 4BY9C 3LWLA 4LY7A 3L2UA 5M1PA 2KHOA 4XH5A 4WFAL 4XH4A 2NRHA 3R8EA 3VQBA 5J2PA 4CFBA 2E1YA 1LWFA 1N32K 1VQKN 1GLBG 2YHWA 4CK2A 2HNDA 4YY3K 3O8MA 1UA0A 1BO5O 1VQLN 3QLHA 1R0AA 4HHTA 3RVCA 5BRHA 5JMVA 1VQ9N 2W40A 3KHYA 4FJ8A 4KH4A 1EXQA 2AA4A 2I7NA 2A6AA 4CZIA 2QWNA 4JKBA 2VWJA 4JRQA 4JD2A 1RT1A 5AQRA 1M1KO 3T1AA 2Q1NA 1SQKA 1YIJN 5AQFA 1BCOA 5AZIA 3AVFA 4B9TA 3DRSA 4FLWA 3AA5X 3ZX0A 4EHTA 3V9WA 1N6QA 4W5QA 5I42A 1YJNN 1J9AA 3E9LA 1OH6A 2KZZA 3OYEA 4LF8K 1IG9A 5E41A 2VG7A 4CW7B 3V4IA 1L5UA 4YDUC 3VEWA 3HPHA 5AFUH 4YOXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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