3VQEA

Hiv-1 in core domain in complex with [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1h-pyrazol-4-yl]methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 49
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqeA00
2F8SA 3SCXA 4CHOA 3P5JA 2ZQBA 3VN5A 4BDPA 2YHAA 1BHLA 4ELTA 2WONA 4B9UA 4BDZA 3V1OA 4ID5A 4K8XA 4DLEA 3PX6A 3QERA 2G8KA 4E89A 3KTQA 1BI4A 2PY5A 3QIPA 3AA4A 3G0ZA 3DM2A 3QEVA 4FJKA 3DI6A 1Q9XA 1TL3A 4OGEA 4DQSA 1ZBFA 1ZBLA 3IAYA 3PV8A 1JLGA 5HRNA 4MQ3A 2DFFA 4CFAA 3DLEA 4CHNA 1KFDA 1S1WA 5CZ2A 3MXMA 4ZTFA 4FZYA 3SUQA 3TAFA 3L2UA 2VWJA 4CHZA 3THVA 1UA1A 1CZBA 3KK1A 4FLUA 1C0TA 1D8YA 4CF9A 3HVTA 3ZSVA 3T3FA 4J2DA 2DY4A 1C0UA 1WSGA 2HHXA 3NF7A 4FJXA 4Z4EA 4L8RB 3DLGA 5CY4A 1CZ9A 4FM2A 3KLGA 4DU1A 4W5TA 3OYEA 1A5XA 3NF9A 1WSJA 1REVA 3ZSOA 3LZJA 1NJYA 4EZ6A 3IRXA 4HCBA 1S5JA 3SQ0A 1QSLA 4DSKA 2KTQA 2AJQA 5JS1A 3CFPA 1EX4A 1HNVA 4BE1A 1BIUA 3U3YA 3SNNA 1LV5A 2ZD1A 2IS3A 5HRRA 3L8BA 4DTUA 1FXXA 3HM9A 2VG6A 4B9SA 1ASUA 3I8DA 3O3GA 4E7HA 3LALA 4DFMA 1BQNA 5J1EA 3EZ5A 3K57A 3SUOA 3VQDA 2YNFA 3KLHA 3VA0A 1GOAA 3DMJA 3MXIA 1ASVA 1RTDA 1TL1A 4O0IA 4KKOA 2WOMA 1FKPA 4BWMA 4DWIA 3HJFA 1B9DA 4PWDA 4QCLA 4J2BA 4CJTA 3SYZA 4CJWA 3CM6A 3KLEA 4Z4HA 4FJ5A 1A5WA 4DSLA 4DG1A 3OS2A 3U6FA 4NCAA 1RDCA 4KI4A 1TK0A 1UWBA 3K5OA 1BI4B 4KO0A 3ZSYA 1LWFA 1RT6A 2HNDA 3E01A 4AHTA 3L2WA 1W0HA 2HHSA 1YTAA 3NH2A 3WNEA 4KTWA 4CGJA 3ZT1A 1WLJA 4GMJB 4UQGA 5J2QA 1TKTA 3NBPA 3VQAA 3KJVA 4FJ7A 1TKXA 2KZZA 1IG9A 1SL0A 3KKRA 1YTUA 4CJPA 1NOYA 2G8WA 3F73A 2DFEA 2IC3A 3LP3A 1D9FA 2KFZA 2JGUA 5FROA 4IG3A 5C24A 3TR8A 2P5GA 4DQIA 2NUBA 4E3SA 2P5OA 4DF8A 4CJEA 2JLEA 1TKDA 4DU4A 1CXUA 3ISNC 5K14A 1KVCA 4CGIA 4DU3A 1XC9A 4C8LA 4Z4GA 4CJVA 1UA0A 1VSMA 3DOLA 3DYAA 1NK0A 1KLNA 3D0PA 1JXBA 4FK2A 4M3YA 3HK2A 4RW4A 1ZBUA 1RT4A 3OJUA 4JS4A 4E19A 3OS0A 4KHNA 1C1CA 4ZTJA 1X9WA 1XWLA 4HVJA 4DQPA 4DSIA 4KREA 4E0DA 4IDKA 4CJFA 4OGCA 1EKEA 4CHQA 3DLHA 2VWKA 1JLCA 4FJ9A 3AVMA 3SQ4A 1SKRA 3AO5A 5DMRA 1RBVA 1WAFA 4BWJA 4PA1A 4N5SA 1C1AA 3DLKA 1SV5A 3FFIA 1S9EA 3OYBA 3LP0A 3QETA 1U45A 4B9VA 3T19A 4HHTA 3RR8A 2O4IA 3RWUA 2B4JA 1RCHA 2VG7A 1RNHA 3SPZA 1ZYQA 3VQ6A 4FJIA 4F4KA 4I9LA 1T05A 1LWCA 5KGWA 3KIOA 3OYLA 4LSLA 3V1QA 1VSFA 1BIZA 4DTMA 1GOBA 3NCIA 4B8CA 1U04A 1IO2A 4CF0A 3DRPA 3NDKA 2QKKA 4EZ9A 4DF4A 1G15A 1S9GA 3CG7A 4CGFA 3L2VA 3OYJA 5JS2A 3VQ8A 3O4QA 4H8KA 4HUEA 1IKVA 4CEZA 1RBTA 4RW6A 3WNFA 3LWLA 1J53A 4PUOA 2HNYA 3AO4A 4FZZA 5CZ1A 4Q0BA 3AVNA 3D45A 4LY7A 4Y1CA 2E4LA 3AVAA 4FLZA 3V9WA 1NK5A 2HMIA 1VRTA 3QNOA 4E1MA 2E6MA 1Z26A 3IS9A 4CGGA 3NFAA 1O1WA 1L3TA 4C8MA 3AVKA 3CFOA 3AO1A 1VSHA 3NH0A 1VK0A 4PQUA 1TAUA 4KHSA 1SUQA 4E1NA 3NHGA 4CF8A 1JLEA 3TWHA 1C1BA 1QSYA 2XY8A 4KV8A 4CIFA 1TK8A 4W5OA 1S1VA 4CJ5A 4B9LA 3O3FA 3LAMA 1RTHA 2O4GA 2OA8A 1IKWA 4CGHA 4ICLA 5KRTA 3K5MA 3PX0A 1KRPA 3QESA 1NK4A 4F8RA 3OS1A 2HVIA 4F3OA 2FBXA 1VSJA 3VQ4A 2HB5A 1NK9A 1SL1A 4N47A 2QK9A 2P51A 2BANA 3AVLA 4CE9A 5HROA 3LANA 3PO4A 1NJZA 4CJ4A 4EP4A 4DTXA 3NGIA 4JS5A 1XHXA 5KI6A 1X1PA 3TAEA 3LZIA 3PO5A 4AHCA 3SI6A 4FJJA 4M3XA 3ZT4A 2G8IA 2BGGA 4B3OA 1WNSA 1XHZA 3TI0A 4CHPA 4LH5A 3MEDA 3ULDA 1DTQA 3AVCA 4LSNA 1J9AA 1Y97A 1YT3A 4M3UA 3DRSA 4AHUA 1WSFA 1TV6A 4CFCA 3HPGA 4FK0A 3QINA 3EYZA 3C6TA 1NJWA 2R7YA 4M3ZA 4LH4A 2W42A 3L3VA 4FJMA 5EU7A 4JLHA 4B9NA 2OZSA 4MFBA 4KTZA 4O5BA 2EX3A 3AV9A 3VQBA 1J54A 2OZMA 5SWMA 3V9ZA 1U49A 1L3SA 1RBUA 3OYFA 2P1JA 1J5OA 1HJRA 1RBRA 1VSKA 2KQ2A 5J2MA 3SUPA 1RBSA 2X78A 1L3UA 1VSEA 1TVRA 4F2SA 2DFHA 4KAZA 4KPYA 1EXQA 4O4GA 2G8HA 3NE6A 4IG0A 4CECA 3LWMA 3S3OA 1S1UA 4CEEA 3L2QA 3K5LA 3KD1E 4I2QA 1CLQA 3OYAA 1HQEA 4FJLA 2ZE2A 2FBYA 4DSFA 3ZCMA 3OYDA 4FK4A 3MEEA 2KFNA 2QXFA 5J2NA 4DSEA 1L5UA 4IBNA 4AILC 2Q3SA 1I3AA 3ZSZA 3TAGA 3UIQA 4Z4IA 4YFUA 2F8TA 3AA2A 3OY9A 4FW1A 3M8PA 3DRRA 5C42A 3QEIA 5HP1A 3C94A 3WNHA 4E7LA 3AVJA 4FYDA 4B08A 4CIGA 1RT3A 3S3MA 1KSPA 2RKIA 3O3HA 3NGZA 2X6NA 4K8ZA 3OVNA 1JXEA 4TSXA 4CIEA 4ELVA 5HRSA 1JLBA 4DQQA 4FJHA 3JYTA 2X74A 3M8SA 1FKOA 3RMAA 5T7BA 1L3VA 2HW3A 3AVFA 1HQUA 4F2RA 4Q5VA 4NCBA 5I3UA 4CFDA 4BACA 3RMCA 2RPIA 3AVHA 3KLIA 3DLBA 4DTOA 4DTNA 1KVAA 3CYMA 4AHRA 4FLXA 2BDPA 4KHYA 4O44A 2D0AA 3U3GA 3V4IA 4OLAA 2Z1HA 4W5QA 4CK1A 3KK2A 3EY1A 3LPUA 1GOCA 4KHWA 4DFJA 1QQCA 4HUFA 2OPPA 5SZTA 4NYFA 4KHUA 1UAXA 3AVBA 1WSHA 4CJKA 5DK5A 1EETA 3OYGA 3V9SA 4DTJA 1C0MA 3QEXA 3KLFA 2HHTA 3MAQA 3K5NA 5CYMA 4CJRA 1RT7A 3HT3A 4JRQA 4KTQA 2Z1JA 3HL8A 3IG1A 2A1SA 1X9MA 1UOCA 1IKXA 3SZ2A 1T03A 4M3WA 3OYNA 2RF2A 4R5PA 2D0CA 3SJJA 1T8EA 2Y1IA 4F3TA 1DLOA 1I39A 3I0RA 4H4OA 1B92A 4KFBA 4O0JA 4WE1A 3WNGA 3CFRA 1BL3A 1NKEA 4ZHRA 1NK8A 2FBTA 4I7FA 1SKWA 4CHYA 3AVGA 3M8QA 4FVMA 3L2RA 2XRIA 3V81A 1Q9YA 4FJ8A 3VQ5A 4CESA 1IKYA 1CXQA 2OPSA 3DOKA 1RDAA 1S6QA 3OYCA 2HHQA 5HRPA 2XHBA 4B9TA 4EP5A 2HHUA 4FLWA 4HCCA 3T1AA 2D5RA 3TAPA 3SQ1A 1T7PA 3RRGA 3BGRA 2IDOA 2B6AA 3K58A 5FRNA 4N56A 4OLBA 2HHWA 2XY7A 2FBVA 4FJNA 4KRFA 3LP2A 3QEPA 4OPJA 3HVRA 4DLGA 2YHBA 2A1RA 4CEDA 4DFKA 1ITGA 1HMVA 3ASMA 3PUFA 1HYSA 4W5NA 4OKJA 4CJSA 1TKZA 3OYKA 1RT5A 3K2PA 2HVHA 2Z1GA 4RW8A 4BE2A 1X9SA 4O55A 1R0AA 1SKSA 3LDSA 3C95A 3JSMA 1HYZA 4DQRA 3SQ2A 1NKCA 2G8FA 3HPOA 3MECA 4CCHA 1WSIA 1JLFA 4GVMA 4XIUA 3AO3A 2GV9A 3LPTA 4M3TA 3HP9A 3P83D 4E7JA 4FM1A 2F96A 4CJ3A 2BE2A 1ZBHA 2OPQA 4FXDA 3NF8A 1BISA 3SUNA 5KGXA 2G8UA 3VQEA 4M42A 4E7IA 4CEFA 2X6SA 1IH7A 2QKBA 1KVBA 1NK7A 3QLHA 1HRHA 1BGXT 4RW7A 5KTQA 2GBZA 4OKEA 3TARA 4NCGA 1FK9A 3ZSXA 2YKNA 4CFBA 4B9MA 5HBMA 4FLYA 3K59A 3AA3A 4LD0A 1TK5A 3QEWA 4Z0UA 1Z25A 2RN2A 2ETJA 4DTSA 1BQMA 4DTRA 3NGYA 4DMNA 3V9UA 4Z4FA 3I0SA 4CF2A 1LW0A 3ITHA 1EP4A 2IOCA 2E6LA 1HNIA 1W9HA 3LP1A 1NK6A 2IGIA 1RTIA 4CERA 2YNGA 3CQ8A 3V9XA 5J2PA 1NKBA 4J2EA 1Q8IA 3HO1A 4Y1DA 4FZXC 4RG8A 1B9FA 3SPYA 1VSLA 3QIOA 3OJSA 4W5RA 3SV3A 1ASWA 4CEAA 3V6DA 3S9HA 1U48A 4CK3A 3ZT3A 4GW6A 1RDBA 3ZSRA 4KB1A 4KI6A 3ZT0A 3QNNA 4KHQA 1TAQA 1U4BA 2XO7A 4E7KA 1U47A 3KK3A 4H4MA 1QTMA 1S1XA 3MEGA 2D0BA 4RW9A 4FM0A 1KCFA 1QE1A 4ID1A 1D9DA 4CGDA 1D5AA 3BDPA 1HYVA 4FLVA 3TAQA 4HTUA 1SL2A 4NYNA 2I5JA 4FJGA 2PYLA 1KLMA 2YNHA 4CJQA 3OYIA 1QHTA 3RTVA 2PYJA 3A2FA 1ZBIA 3KKSA 5FDLA 2KW4A 3VQCA 3DLRA 5HLFA 1C6VA 3AA5X 3P1GA 2EHGA 3VA3A 4AHVA 4DFPA 3RMDA 2Z1IA 1JKHA 4CEOA 4KB0A 1BCOA 2YKMA 4OKKA 4Z4CA 4PY5A 1QSSA 1WSEA 1JLQA 3F9KA 5C25A 4CJUA 3OYHA 2ITGA 2B5JA 2HNZA 3ZSQA 2KZMA 2DTUA 1JL2A 2YNIA 1LAVA 4G1QA 1LW2A 3NH1A 4DSJA 2VG5A 1K6YA 1JLAA 1LAWA 4N76A 4CEBA 3HYFA 4QOZB 4OPKA 1VRUA 1RT1A 3B6PA 2LSNA 3H08A 2ATQA 4JRPA 3LAKA 1F21A 3TABA 4DS4A 4IKFA 1NJXA 3NF6A 4FLTA 3KD5E 2IAJA 3ALYA 3ZSWA 1YVUA 3B6OA 4AH9A 3C6UA 3HP6A 1WAJA 3L3UA 4I9QA 4C8OA 3RMBA 4M3RA 2HHVA 1A5VA 3M8RA 1LWEA 3SV4A 3VQ7A 4M45A 1RDDA 3AVIA 2G8VA 4B8AB 3RRHA 4FW2A 2XY6A 3S3NA 1KTQA 4OJRA 1HPZA 3O4NA 4QAGA 4AHSA 5I42A 1KFSA 4DTPA 1RTJA 1WN7A 2GUIA 3HXMA 3VQ9A 4C8NA 2OPRA 3QO9A 3HPHA 3HSTB 3VQQA 3PY8A 3TAMA 4J2AA 4HUGA 4BDYA 5D3GA 4CK2A 1DTTA 4IFYA 4N41A 2XY5A 3VQPA 1S1TA 4IFVA 5FRMA 2PZSA 2YV0X 3OYMA 5E41A 1S6PA 1XI1A 1BCMA 3AO2A 1RILA 4OVLA 1N6QA 4FCYA 4ELUA 2FC0A 1N5YA 3PX4A 4I2PA 4CF1A 3V1RA 4YNQA 5CYQA 3TANA 1RT2A 3CM5A 4BE0A 1MU2A 4DS5A 3RR7A 3G10A 2Y1JA 3ZT2A 4M41A 1JL1A 3NAEA 2OYQA 4C8KA 1QS4A 4CJLA 3MXJA 1NOZA 5KRSA 4CEQA 1TGOA 1VSDA 1VSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F8SA 3SCXA 3VN5A 1W2BM 5C2FA 4FPAA 4E89A 1ATRA 3QIPA 2PY5A 4YOUA 5AZIA 2YCHA 1Q9XA 4ELTA 1ZBFA 1JLGA 1JCFA 4MQ3A 3HOTA 3L2UA 3NVMA 5M1OA 3MCPA 1C0TA 1D8YA 3HVTA 3ZSVA 2V7ZA 4M63C 3DLGA 3J8AA 4M7YA 1REVA 3CD6N 3B8AX 3UE5A 5JS1A 3SNNA 3FZFA 1JJ2M 3U3YA 1N33K 2IS3A 5HRRA 4B9SA 2HBMA 1ASUA 3AAQA 3VQDA 1YVNA 3KLHA 3ZLJA 4NLCA 3VA0A 1GOAA 3DMJA 4BRFA 1MWKA 2WOMA 1FKPA 4BWMA 4QCLA 2YJFA 3CJAA 4CJWA 3CM6A 4FJ5A 2QXLA 1RDCA 2NRXA 3ZSYA 1LWFA 1RT6A 2HNDA 3E01A 5GAGP 5AZIB 1W0HA 1RDWX 4BRHA 1P90A 4EIAA 4UQGA 2O8DA 2ZWHA 4O5FA 1HJOA 3F73A 3FFKB 3LP3A 5AQUA 5FROA 5GAHP 5C24A 3K9JA 2NUBA 2JLEA 4DV0K 5K14A 4CGIA 1KVCA 4DU3A 4GKKK 2QM1A 3DOLA 3DYAA 1NK0A 1KLNA 1JXBA 3HK2A 2O8EA 4A61A 5B8HA 4JI4K 4DSIA 4CHQA 5KQDA 3THXA 2VWKA 4DCHA 3AVMA 3WEEA 3AO5A 5DMRA 1WAFA 4N5SA 3DLKA 4B9VA 3Q7CA 2B4JA 1RCHA 2VG7A 3ENHA 1RNHA 2BUPA 4F4KA 4I9LA 4WQ4A 3OYLA 1Q81O 2O8DB 1W7AA 3V1QA 1KC8O 1OH7A 4DTMA 2FXUA 4KHSA 1U04A 5AQMA 4EZ9A 5F0XA 1G15A 4JKGB 3A5LC 3VQ8A 5JS2A 4F9OA 4HUEA 4FWRA 4K0KK 3WNFA 3LWLA 4FZZA 1ATNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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