2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
1BG3A 2P9IB 2QWNA 2Q0UA 3A5MC 2QWRA 4BG9A 4BRFA 5JLHA 2CGLA 5KPZA 3WEEB 5KQDA 3ENHA 3BUZB 4BRAA 1ATNA 3GE1A 1X3NA 4JNEA 3LDOA 4H0VB 4L3QA 2D4WA 3A8YA 5AQMA 4IO8A 5F2RA 3CHWA 3J8AA 3UKRB 5BN9A 2HF4A 1J6ZA 4XH4A 3IFRA 1ATSA 3QMLA 3HTVA 4MLEA 4A61A 4K25A 3LDPA 4WQ5C 2YJFA 5AZIA 1GLJO 5F1XA 3VEZA 2P9KA 3VGMA 2PAVA 5AQRA 5TKYA 1BWFO 2E2NA 2FF3B 4BGAA 4B1UB 2FF6A 2QW9A 1NGHA 3DWLA 3C0BA 5AQWA 4BC2A 1IJJA 1X3MA 4FWNA 4ISFA 4GY2B 4WQ5A 1GLLO 4DCHA 3M1FA 1HJOA 2QWOA 2W41A 3CJ1A 4PKGA 3VF2A 1TYQA 4FWRA 1LCUA 2P9IA 4LC9B 3LL3A 1HPMA 3AAQA 4GNIA 4FWKA 1WOQA 2FSJA 4H5TA 1RFQA 3KVGA 1V4SA 3FR0A 1BDGA 3FZLA 4XEIA 3H3OB 4BREA 2D0OA 4M63C 1X9JA 3UKRA 2YHXA 5AFUH 5BPMA 1D4XA 1EQYA 3SJHA 1HX1A 2I7NA 3A5NC 4BG8A 3HZ6A 4J8FA 2F9WA 4BR5A 3ULEA 3CERA 4FPAA 4BRIA 3TU5A 1HUXA 3FFKB 3WT0A 2IVPA 3SLCA 1NGJA 1C0GA 3KZBA 2E2OA 1U6ZA 3ZEUA 5BR9A 3VGLA 3GOIA 4QS7A 2FSNA 3AY9A 3GDQA 2CH5A 3FZKA 4WQ4C 4MO4A 5BRHA 4A2BA 4C23A 3A5OC 2CGKA 3MDQA 5AQXA 2P9UA 3VENA 4H0OA 3VEOA 3M6GA 4DQ8A 1HKGA 3ATUA 3ZETA 4CJ7A 4FO0A 2GELA 2F9TA 2ASPA 4WQ4A 1T44A 2YHYA 1T6DA 2V7ZA 1E4GT 3EO3A 4BVPA 2QWLA 3SMSA 4H5RA 2P9SA 3CQXA 3VF4A 2QM1A 2P9KB 4KBOA 2NRHA 4CBUA 4B1YB 3I33A 4B1WB 2I7PA 4H5VA 1LOTB 2WUSA 4BRNA 3CJ9A 1XC3A 4H0TB 5BRDA 3HSCA 5E26A 1TYQB 2Q0RA 4YDUA 5AQTA 2E2PA 3VEYA 5FPDA 3ENOA 4HTLA 2V52B 3L4IA 5AFUA 3A0IX 1OKJA 3QICA 3BF1A 4MLHA 5LJWA 2HF3A 2HOEA 2E8AA 4ISGA 4A2AA 1NGGA 3D7EO 1MWMA 3BF3A 3OHRA 3EL2A 4EHTA 4QS9A 4RCHA 4IJNA 4O8KA 1JCGA 3C7NB 3ZX2A 2P9PA 4CZMA 3EN9A 4EHUA 1XUPO 1HKCA 4ISEA 3H46O 3QBWA 4FSVA 1V4TA 2YHWA 4B9QA 3L6QA 4JD2B 3ULEB 4M7YA 4B1XB 3DXKA 1QZ6A 1G99A 3VEXA 4BROA 5BRFA 4BC4A 2ZF5O 3DJCA 3ZEUB 1NGCA 4I6MB 2AP1A 2D0PA 4IXCA 3VEVA 1XQSC 4BRGA 3MCPA 4O5FA 4K42A 1KAZA 5B8HA 4H0PA 5E84A 3CETA 5LJVA 1R59O 2DPNA 2NLXA 2P9UB 1YUWA 5EXWA 4H03B 3ZETB 3D2FA 1BA1A 3O6WA 2OANA 3MN6A 3WXKA 3DXMA 3U8XA 3VPZA 3FZMA 4BRQA 1KAXA 4B1VA 2P9SB 5KPRA 3C7NA 4K43A 5AQSA 3LM2A 5AZJB 3KHYA 1NGEA 1Z05A 3QFPA 4JHDB 2QWPA 4BR0A 5KPTA 4JD2A 1NM1A 3U9ZA 1CZAN 3F9MA 4CBXA 4CBWA 1QZ5A 2BUPA 3IUCA 3WUHA 1YAGA 4Y0WA 5AQGA 4FOEA 2FXUA 5EY4A 2CH6A 4I6MA 1BUPA 3H1VX 3EKSA 2A40A 1NBWA 2ASOA 2YJEA 2VWBA 3H3NO 3MK6A 2QXLA 2V7YA 1TUYA 3LDQA 4PL8A 4A62A 1NGAA 4CZGA 1BO5O 3EZWA 5AQKA 3R9PA 2H3GX 3O08A 2PBDA 2HMPA 3FE1A 1GLCG 4AM6A 4H0YB 1MWKA 4PKIA 2P9PB 3O1WA 1K8KA 2A41A 2QWMA 3ID8A 1SZ2A 3UB5A 5LY3A 4H0XB 4FWSA 5BPNA 4BC3A 5ADXA 3CI5A 3H6EA 3SK3A 5AZJA 3DXKB 3WXLA 1Q18A 2UYTA 3IMXA 3UKUA 5BREA 2GWKA 1S22A 4JHDA 5CE3A 3A5LC 3CJBA 1DKGD 1GLBG 1GLEG 2P9NB 3HM8A 3O80A 5ELZA 5AQPA 1ZC6A 3FLCO 4BR4A 3H45C 4NB4A 2W40A 3G25A 4JN4A 1DGKN 4BRPA 2P9LA 5EVZA 4K41A 4FWLA 2ZGZA 4FPBA 3JS6A 1JCEA 5AQQA 2Q97A 3QDKA 4PL7A 3P4IA 3D2FB 5JLFA 1SAZA 1S3XA 5JICA 2FSKA 3AAPA 5EX5A 2Q1NA 3DXMB 3MN9A 2FLOA 1QQOA 3FZFA 3B8AX 1NMDA 4NO7A 3W0LA 2J4RA 1ATRA 5AQNA 4BQZA 3ZX3A 3ATVA 5FPMA 3HI0A 2E1YA 3VEWA 2BTFA 2GUPA 1U2VB 3M3ZA 2A5XA 4BR7A 2A3ZA 3CIPA 1NGBA 1ZXOA 3LDLA 3JXUA 3CJ7A 4BC5A 3W3DA 5AQUA 3U4LA 2P9NA 5EOYA 3RSEA 1T6CA 2EWSA 4BRMA 3O4WA 2D1KA 2YCHA 3R6MA 3IDHA 5FPEA 2ZWHA 4M7XA 5ADXH 4BQLA 1BOTO 3ZX0A 3O5BA 4CZJA 2A42A 3TPQA 2KHOA 4BRLA 1NGFA 5KQ8A 5I9EB 1NGDA 3HBTA 3LM9A 3VESA 5AR0A 1QQMA 1YXQA 2E88A 1MA9B 4PKHA 3MN5A 1NWKA 3GG4A 4BRDA 3AARA 3QBXA 1K8KB 3MMVA 4HWIA 1MDUB 3I8BA 4DHYA 5F0XA 2Q31A 3S41A 2E20A 1C0FA 1IG8A 1ZBSA 3FZHA 5AQOA 4AM7A 2E2QA 2ZGYA 4WYBA 1KAYA 4BRKA 3UKUB 1Z6RA 4H5WA 4CD1A 1E4FT 5AQFA 2QWQA 1U2VA 2E1ZA 2CGJA 3QB0A 3CJCA 4F9OA 3SMPA 3WEEA 4H5NA 2IVNA 2ITMA 5AQJA 2GWJA 5BPLA 1GLFO 4CZKA 4BRHA 3VF6A 2P9LB 2A6AA 3L0QA 2GTDA 3FGUA 4BR9A 1GLDG 3CQYA 1NGIA 4CZIA 5AQIA 4IWVA 4IZ9A 4FWQA 2Q36A 3D2EB 1GLAG 1QQNA 2IVOA 5AQYA 5BN8A 3VETA 4EAHD 3EKUA 1HLUA 3WXJA 2NZTA 1DEJA 4FOIA 3QFUA 3CJAA 4BVOA 1BA0A 1H1VA 5AQVA 2VCPA 3GBTA 3O1BA 4RTFD 1QHAA 3U9DA 1Y64A 4EIAA 2VYPA 3UE5A 2AA4A 4BR2A 3WXIA 2IIRA 3GL1A 2ASMA 3VGKA 4EFHA 4RWTA 5FPNA 5AQLA 5AQHA 3MN7A 5AQZA 1SQKA 2V51B 4Z94A 4BGBA 3R8EA 1RGIA 3RSEB 3BEXA 4XH5A 1WUAA 4CZEA 4FL9A 1ESVA 1HKBA 3WQTA 4B1ZA 4BRCA 4FWOA 4CZLA 3O8MA 4CZFA 1YVNA 5AZIB 2YI1A 1RDWX 4CI6A 1JCFA 4CD3A 2GEMA 3LDNA 4YDUC 3BP8A 3VERA 3H1QA 3VOVA 4E1JA 1BU6O 3D2EA 2Q2RA 4MO5A 3WQUA 1NLVA 4QS8A 4DB3A 1P8ZA 1TUUA 4CZHA 4XH1A 1KXPA 4FWMA 5JMVA 4FWPA 4JAXA 4IJAA 3DAWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BG3A 2P9IB 2XO7A 1VQNN 2QWNA 3WNGA 1N33K 5JLHA 2HBJA 1NOYA 3QESA 3ZSQA 5KPZA 3ZT0A 3BUZB 4M3TA 3KK7A 1ATNA 2I5JA 3VQ7A 5F2RA 3J8AA 2HF4A 1QE1A 4DLEA 4DV1K 4A61A 4F8RA 1VQ9N 3RR8A 5F1XA 3VGMA 1I3AA 1L3UA 2PAVA 5AQRA 1VQ6N 4L8RB 1BWFO 1FKOA 4BGAA 4DV2K 4ILJA 2O8CB 3VQ6A 4CFDA 5FRMA 4BC2A 1X3MA 2HHUA 2QI2A 1KCFA 4FK2A 1Z26A 3QEVA 1GLLO 3DLRA 2QWOA 1SKSA 4OGCA 4FWRA 2O8FB 1LCUA 2GUIA 3VA0A 3THXB 4LC9B 3LL3A 1TAQA 1WOQA 2FSJA 3T1HK 4E7HA 4JI7K 4CEBA 4B3TK 1V4SA 4NXMK 1BDGA 3L2UA 4JI6K 1TL1A 4R5PA 3CFPA 4M63C 2FBYA 1D4XA 3SJHA 1BGXT 2I7NA 3S3OA 3NBPA 3TAGA 3CERA 1QHTA 4BRIA 5MLCQ 4FYDA 1HUXA 3FFKB 5DK5A 2YX6A 3WT0A 1VSFA 3KZBA 3QNNA 5BR9A 1LWFA 4DU4A 2FSNA 4Z4CA 3ALYA 3J7YP 3U3YA 4KHPK 3FZKA 3EZ5A 4DV4K 3A5OC 4DSLA 4M42A 1WSGA 2CGKA 1A5XA 4Y1CA 3TAPA 1RCHA 3LAKA 3VEOA 2E6MA 3ATUA 3ZETA 4DG1A 1CXUA 4JI5K 2ZM6K 1T44A 3K5OA 1WBBA 1E4GT 4BVPA 2QWLA 1S1TA 3SMSA 4H5RA 4AILC 2Z1GA 3AVBA 3DRRA 1VSLA 4RW7A 4FZZA 4JI3K 1SL2A 4DFJA 4B1YB 4YORA 3CCMN 3HOTA 3HPOA 3TI0A 1HR0K 3V81A 3DOLA 4JKFA 2I7PA 4H5VA 3DI6A 1SV5A 3HPHA 4BRNA 3VQ8A 1NOZA 3CJ9A 3OYIA 4FZXC 4H0TB 1IV0A 4KV8A 2XHBA 1EX4A 4FW1A 2X74A 5AQTA 4YOVA 2E2PA 3RTVA 4CK1A 5C25A 3ENOA 3NCIA 4O0IA 4Z4GA 2V52B 5AFUA 4CEFA 4Z4IA 3CQ8A 1VQLN 2HF3A 2WONA 2E8AA 4A2AA 4X65K 1BISA 1ASWA 4DQQA 4B9SA 2FBXA 4O8KA 3ZX2A 4EHUA 1HKCA 1BQNA 4B9QA 4NXNK 5DMRA 4M7YA 1XHZA 4CFCA 2F4VK 4Z4FA 3VEXA 3QINA 3DRPA 5C15A 1S9GA 2ZF5O 3MCPA 1ILYA 1KAZA 2KLAA 4IDHA 5E84A 3CETA 5LJVA 4I7FA 1R59O 4OPAA 3WNFA 2G8WA 1YVUA 2W6KA 3ZLJA 4FLZA 1YUWA 4DFPA 3S3NA 2YNIA 4E7KA 3IS9A 4H03B 3EYZA 4M3YA 3O4NA 1BI4B 4ELTA 1C6VA 5J2QA 1EXQA 3DXMA 4KH4A 3HL8A 4BRQA 5CY4A 4CJKA 3RVCA 4KKOA 1W2BM 1J53A 1KAXA 2KFNA 1NGEA 1Q9YA 3QFPA 1U49A 3AA3A 2HNYA 2QWPA 4AH9A 1NM1A 1CZAN 3V1QA 3ZCMA 3F9MA 1S9EA 4CJSA 2A1SA 2IAJA 5EY4A 3OYEA 4I6MA 1KRPA 4O55A 3RR7A 2A40A 5HRNA 4F4KA 2D0CA 4DTUA 1NK9A 5LL6Z 3MXJA 1TUYA 1X9MA 2JLEA 1NGAA 2JWLA 4FJ5A 2H3GX 3O3FA 1TK8A 1IKXA 1GLCG 4AM6A 4H0YB 4JK7A 4KH6A 4PKIA 3O1WA 1QVGM 5SWMA 1WAJA 1HNXK 1NK7A 4OLAA 1SZ2A 4H0XB 4FWSA 4BC3A 1EP4A 4JK9A 3CI5A 2O8EA 3MCAB 1KQSM 5BREA 1RTHA 4GVEA 4FLVA 4E0DA 4IFVA 1GLBG 1LW0A 4DR2K 2P9NB 3HM8A 4A57A 3PSFA 1T05A 4FLYA 1HMVA 1VQ8N 4CFAA 2LSNA 2HSTA 2W40A 4JN4A 4FVMA 1QS4A 4LSNA 4CCHA 2ZGZA 1WSJA 2Q97A 3QDKA 4DTRA 2OPQA 1SAZA 1S3XA 3AO2A 1XNRK 4ZHRA 3O4QA 3I55N 2Q1NA 3MN9A 4O44A 3B8AX 4NO7A 2J4RA 2VQEK 2PYLA 3ATVA 1WLJA 1QSLA 3NF9A 4B9VA 3DMJA 2BTFA 1U2VB 3M3ZA 2A5XA 3PX4A 3CIPA 3V9SA 3CFOA 1ZXOA 5CZ1A 4B08A 3CJ7A 4B9MA 5BR8K 1C1CA 1BCOA 1RNHA 3R6MA 3IDHA 1FW6A 1WSIA 4DQIA 4RW8A 1S6PA 3G6EN 1IBMK 4BRLA 4FJKA 5KQ8A 2G8IA 3ZSXA 1QSYA 3LM9A 3VQ9A 4JLHA 5AR0A 1MA9B 3CD6N 2OA8A 5IWAK 1SKRA 2HHSA 3MWPA 2HW3A 1K8KB 5H1SQ 1GOAA 1MDUB 4DHYA 1VQON 3S41A 5KGWA 1IG8A 4J2AA 4AM7A 3VQ5A 2E2QA 2FBTA 5HRRA 4FXDA 3UKUB 4H5WA 4CD1A 2KW4A 1IG9A 3TR8A 3SCXA 1WAFA 4F9OA 1KSPA 4AHUA 3WEEA 1O1WA 3UIQA 1LW2A 4CJUA 2ATQA 4KTWA 1RBUA 2GWJA 4JI0K 2BANA 3OYGA 4BRHA 3M8SA 4PY5A 1HJRA 1J5OA 2O4IA 3AVMA 4DSJA 1NGIA 1M90O 5HOOA 4JKBA 4CW7B 5C2FA 4RW6A 2Q36A 4WFBL 3LWLA 4DSEA 1QQNA 2G8VA 4IOXA 4N76A 2P1JA 1HLUA 3AVJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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