2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
4IXCA 1C0FA 5EXWA 3LDOA 1LOTB 4QS8A 2V51B 3BUZB 2P9UB 2A3ZA 3DWLA 1IG8A 2QWPA 2CGLA 1NWKA 2IVPA 1GLBG 2IVNA 3ZEUA 4H0PA 4C23A 3WQUA 2FF6A 5AQJA 4MLHA 4CZHA 4BRPA 4M7XA 5AQPA 4M7YA 4H0YB 4HWIA 2Q0UA 4BRFA 3GBTA 4CZLA 2V7YA 3FGUA 3SK3A 1GLLO 3CERA 2P9KA 3GG4A 4FWOA 4H0TB 4AM7A 3CIPA 1K8KA 4I6MB 3WXLA 1WUAA 4CZMA 4DB3A 2ZGYA 3DXKB 2CGJA 5JMVA 5JLHA 1GLFO 2CH6A 4L3QA 2E2QA 5AQKA 5AFUH 3LL3A 1HJOA 1YVNA 2QW9A 4DCHA 3HSCA 1BG3A 1XQSC 5AZJA 1GLAG 1HUXA 1BA1A 4H0VB 3WQTA 3O80A 3QICA 3EKUA 1C0GA 2WUSA 1S3XA 1HKBA 2IVOA 4A2BA 2V52B 4BC3A 5EX5A 3ZEUB 4BG8A 3CI5A 2BTFA 3H45C 3FLCO 2F9WA 3FZKA 3CJ7A 1HKCA 5AQXA 1MA9B 4IZ9A 1U2VA 1WOQA 2QWRA 3FFKB 3D2FA 3VEXA 3F9MA 2D0OA 1TYQA 3H3OB 1NMDA 1V4SA 5AR0A 3AY9A 2P9KB 1E4FT 3P4IA 5AQQA 3BF3A 1DEJA 1X3MA 3MMVA 1K8KB 4GY2B 3C7NA 3SLCA 5AQUA 1RGIA 5JICA 4FOIA 2HMPA 4B1XB 4CZEA 1KAXA 2QM1A 3KZBA 3ZX0A 4XEIA 5F1XA 4B1VA 4BRAA 3CJCA 5AQLA 4KBOA 3UKUA 3O5BA 3UKRA 5LY3A 1Z05A 5AZJB 4EHTA 1GLCG 3EO3A 2YHXA 5AQTA 4BRNA 2AP1A 3MK6A 3S41A 2EWSA 3CQYA 3QFPA 4B9QA 5I9EB 1TUYA 3WXJA 1XC3A 4FPBA 4WYBA 2IIRA 2PBDA 1ATSA 1NGAA 1U2VB 3U4LA 3D2FB 4PL7A 2ASMA 3D2EA 5EVZA 1RFQA 1TYQB 2VYPA 2E2OA 2GWJA 3ULEA 3VPZA 4BROA 2YHYA 2D1KA 4FO0A 4H5WA 4A61A 5LJVA 1YUWA 3C7NB 4BR7A 3O4WA 2J4RA 4XH1A 4WQ5C 4BR0A 2ITMA 4CZKA 2ASPA 1EQYA 1BDGA 2FLOA 2HF4A 3G25A 2VCPA 1QQOA 3UKUB 3M3ZA 1BWFO 2YCHA 3UKRB 3WXIA 1MWMA 1ZC6A 2CGKA 2NZTA 2HF3A 4QS7A 1JCEA 5AQMA 3H1VX 1T6CA 2GTDA 3SJHA 3B8AX 3MDQA 3ZX2A 1LCUA 2FSNA 3CQXA 3KVGA 2Q1NA 3W3DA 2Q2RA 1JCGA 2P9SA 4YDUC 4CD3A 4H03B 1BUPA 1NLVA 2E1YA 3AAPA 2E2PA 4EFHA 2GWKA 3CJAA 3D2EB 1DKGD 5ADXH 3EKSA 3IFRA 4HTLA 4XH5A 3VERA 3HZ6A 5TKYA 3ULEB 3LDPA 4BC2A 1NGEA 1QHAA 3CETA 2P9NA 4A2AA 3VETA 4JD2A 3A5NC 2OANA 2FF3B 2YI1A 4BVOA 3EN9A 2P9LA 3WT0A 1GLDG 5EY4A 2YJEA 2P9PA 5LJWA 5AQVA 4O8KA 4BR5A 2BUPA 4RTFD 3SMPA 1SAZA 3JXUA 3WEEA 4K41A 1KAZA 1J6ZA 1OKJA 4PKIA 2P9SB 3O6WA 2QWNA 3ZETA 1NGBA 1Q18A 3HTVA 2P9IA 3H1QA 2YJFA 3VEWA 4BC4A 3DXMA 1SQKA 3TU5A 4BRKA 3I33A 1XUPO 4FL9A 2D0PA 4XH4A 2QWOA 3VEYA 1KAYA 3M1FA 3GL1A 1X9JA 4JHDA 2CH5A 2P9NB 4F9OA 4JD2B 2UYTA 3EZWA 3R6MA 2E8AA 2W40A 1G99A 2P9LB 3ID8A 1NGHA 3FR0A 3CJBA 3J8AA 4FWKA 4IJNA 4K25A 3M6GA 2P9PB 5BPLA 2AA4A 5AQGA 4H5VA 2A42A 1HKGA 4WQ5A 5KPZA 4BRQA 3UE5A 5FPMA 3WEEB 4BQLA 3BP8A 2FXUA 1JCFA 5E84A 4CBXA 3L0QA 3ZETB 5JLFA 4ISFA 4BREA 4MLEA 4CBWA 5AFUA 4H0XB 3A5OC 2P9IB 1V4TA 3DXMB 2ZF5O 4AM6A 5AQSA 3MN6A 3VGKA 3CHWA 4EIAA 1ATRA 4JHDB 3UB5A 4A62A 4BR4A 5FPDA 4IWVA 3U9DA 1T44A 5CE3A 2HOEA 5AZIA 4LC9B 2Q0RA 4CZIA 5BRDA 4K42A 3VEOA 3MN7A 5KQ8A 5F0XA 4DQ8A 1Z6RA 1NGFA 1CZAN 5FPEA 3O08A 5ELZA 3WUHA 4BRCA 3VF2A 2Q31A 1NM1A 1R59O 4IO8A 2PAVA 3JS6A 3QMLA 3C0BA 2V7ZA 4FWRA 5BRFA 4CZFA 3VOVA 5AQZA 4EHUA 5AQWA 3I8BA 5AQRA 3ENHA 1ZBSA 3A8YA 2KHOA 4FWSA 2A5XA 4FOEA 3IMXA 1KXPA 3U8XA 2VWBA 2E20A 4BC5A 4CZGA 1BU6O 4CZJA 4JAXA 1DGKN 5AZIB 3O8MA 3BF1A 3O1WA 1P8ZA 3SMSA 2W41A 4FWNA 3L4IA 5BN8A 2DPNA 2H3GX 1E4GT 2ZWHA 3QDKA 2YHWA 3GE1A 1NGCA 1BO5O 3AARA 1T6DA 4IJAA 5F2RA 3MN5A 2E1ZA 4PKHA 4JNEA 2D4WA 1TUUA 1HPMA 5AQIA 3VESA 3W0LA 1D4XA 4WQ4C 4B1UB 4PKGA 3EL2A 2NLXA 4BR9A 1QQNA 4DHYA 1NGJA 2A6AA 4BRMA 4ISGA 4EAHD 3HM8A 4BGAA 3LM9A 5AQYA 3R8EA 4FWQA 2QXLA 4NB4A 5AQNA 5BPNA 2A40A 5ADXA 1NGIA 3BEXA 3CJ9A 3VEZA 5FPNA 3LDQA 2FSKA 4CD1A 3LDLA 2E2NA 3QBWA 4H5NA 1Y64A 3IDHA 4H0OA 1QQMA 1HX1A 4BG9A 5BPMA 4FWPA 4GNIA 4H5TA 3ATVA 2QWQA 4CBUA 1U6ZA 3QB0A 4NO7A 1QZ6A 3MCPA 3VF6A 4RCHA 2FSJA 3LM2A 1S22A 4FWMA 4RWTA 4JN4A 4PL8A 5BN9A 4FPAA 3GOIA 3QFUA 2GEMA 3L6QA 5E26A 3VF4A 5KQDA 1MDUB 3A0IX 3DJCA 3FZMA 4MO5A 3VENA 3HI0A 4BR2A 4CJ7A 5BR9A 3H6EA 4ISEA 5B8HA 1NGGA 5AQFA 3RSEA 3A5LC 1HLUA 1BA0A 2Q36A 4YDUA 1NBWA 1ESVA 3H3NO 3IUCA 2I7NA 3O1BA 1RDWX 4BRHA 4O5FA 1QZ5A 2NRHA 2Q97A 4E1JA 3ZX3A 3FZHA 4BRIA 1IJJA 1X3NA 4CI6A 5BREA 4BVPA 4BRLA 1YAGA 2I7PA 3ATUA 3WXKA 4J8FA 3AAQA 3FZFA 4H5RA 4BRGA 4B1WB 1SZ2A 5AQHA 2GELA 1BOTO 4B1ZA 4QS9A 5EOYA 3ENOA 2ZGZA 3VEVA 3QBXA 4K43A 4WQ4A 4M63C 2ASOA 3VGMA 4B1YB 2P9UA 1GLJO 3LDNA 3H46O 3RSEB 3U9ZA 1MWKA 3DAWA 4BGBA 2F9TA 4FSVA 3KHYA 4BQZA 2A41A 5AQOA 1NGDA 1GLEG 3D7EO 5BRHA 2QWLA 1ZXOA 1YXQA 4Z94A 3GDQA 3CJ1A 4I6MA 1H1VA 3FZLA 3DXKA 3OHRA 2E88A 2GUPA 3MN9A 3R9PA 4FWLA 2QWMA 4Y0WA 3HBTA 3FE1A 1ATNA 3VGLA 4BRDA 5KPTA 5KPRA 3A5MC 3TPQA 4MO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V51B 3BUZB 1IG9A 1VQMN 2QWPA 2CGLA 4JKBA 1VSJA 3ZEUA 3AVFA 4I9QA 4C23A 4DWIA 4FJ7A 1RT6A 3K5MA 3PSFA 1OH6A 3CC7N 5AQJA 4MLHA 5I3UA 4BRPA 5AQPA 1S6QA 2GUIA 4H0YB 1TKXA 4BRFA 2V7YA 4DS4A 4JRPA 2P9KA 4A5AA 5HROA 4AM7A 3CIPA 3LAKA 3K5LA 3SCXA 4EP5A 2CGJA 5CZ1A 3ZSQA 4FZZA 2CH6A 4L3QA 4PQUA 1W97L 2E6MA 3PIOL 5AFUH 1NMNA 4J2AA 2DY4A 1TVRA 3R1XA 3ZSXA 1XMQK 1XI1A 3QEIA 3EKUA 3ZT4A 1M90O 2QXFA 2G8KA 2V52B 4GVEA 4DKWA 3RR8A 2F9WA 4FVUA 1YTAA 5KGWA 3CJ7A 1HKCA 3C6HA 1VSDA 3S3MA 3VEXA 1KCFA 1Q82O 3CFOA 1V4SA 1E4FT 5AQQA 1DEJA 1X3MA 3ZLJA 2QK9A 3PX0A 3MMVA 1K8KB 3DLLL 4K0KK 5JICA 2O8CA 4FOIA 3V9SA 2BE2A 4B1XB 4CZEA 4KI4A 1NK9A 1N36K 3NGZA 5F1XA 4BRAA 3SV4A 1C0MA 1KSPA 4DTNA 1RT7A 5AQLA 4KBOA 5M1FA 3O5BA 1Z05A 1GLCG 3VA0A 2FBXA 4YOXA 3QFPA 4DSKA 1HMVA 1TUYA 3HOTA 4WYBA 1C0UA 2IIRA 1YI2N 1ATSA 3QETA 3CYMA 4CEAA 4V19S 1TYQB 1QSYA 3UIQA 4DQPA 2VYPA 4FXDA 1X9WA 2GWJA 3MCAB 4CHOA 4CEZA 4BROA 3EYZA 3BDPA 2QA4N 4KHNA 4M3RA 3M8PA 2J4RA 3ASMA 4XH1A 1ZBHA 5C42A 1NJXA 2ITMA 4KHPK 1JLAA 4CEDA 2G8IA 3UKUB 2YCHA 4WFNL 1MWMA 2YKNA 2CGKA 2NZTA 2GTDA 5CY4A 3SJHA 1U47A 3MDQA 3ZX2A 1UA0A 3CFPA 1ZYQA 2FSNA 3H08A 3KKRA 4J2DA 2OA8A 4Z4IA 3AVGA 2Q2RA 4H03B 4BDYA 1BUPA 3TAMA 4J2EA 3AA2A 4DV5K 2E2PA 1YJ9N 3CJAA 3F5TA 4OKJA 3L8BA 2HNDA 3D2EB 5ADXH 4FLTA 1TAUA 3ULEB 5JVGL 3LDPA 2WC9A 3CMEN 4CJLA 4IEEA 1S1XA 4JD2A 4DV0K 3KLHA 2YI1A 4J2BA 3WT0A 3E9OA 1TK5A 1TGOA 4O8KA 4RW8A 4DU1A 1XNRK 4WFAL 4BDZA 4RTFD 1KAZA 2ETJA 2NRRA 3PO4A 3ZETA 1XWLA 1Q18A 3HTVA 1JLBA 3V1OA 4U7BA 4BE1A 3C95A 1KTQA 3KJVA 4XH4A 2D0PA 2QWOA 4B3MK 3LANA 3O9TA 1X9JA 3PY8A 2YKMA 4CJVA 5HRPA 4M3UA 3R6MA 2UYTA 3OVNA 2E8AA 4JK8A 1QVFM 3WNFA 4HUFA 4X64K 3ID8A 4Z0UA 1HKGA 4DR5K 1TKDA 1YIJN 3CCQN 4XIUA 1KFDA 1ILYA 3WEEB 1WSHA 4BQLA 4AILC 4CK3A 4IKFA 1RDAA 3L0QA 3K58A 2HBMA 5JLFA 4CBWA 5K14A 2HNYA 2ZF5O 4FK2A 2X78A 2B6AA 3CHWA 3K9KA 2B5JA 3TAGA 2KQ2A 5CR4A 2NRZA 1T44A 4LC9B 3DLKA 1LW0A 5BRDA 3EE8A 4C8NA 3CXCM 5C0YA 1HR0K 1Z6RA 5KI6A 1NGFA 4WE1A 4YOTA 4Y1DA 3VF2A 4IOAL 4BWJA 4IO8A 4Z4FA 3AVBA 2HNZA 4BE0A 2EHGA 4CZFA 5J2QA 4EHUA 4JI7K 1WAJA 5AQWA 4FLUA 1N34K 2Y1JA 3M8QA 3DOLA 3HJFA 3ENHA 2IS3A 4RW9A 3S3OA 4OLAA 2HBKA 3LALA 2PYLA 3IMXA 4KKOA 1BI4A 2O8EB 3QLHA 2HW3A 2F4VK 3VQ7A 3AA3A 1T03A 4CE9A 2HHVA 3V1QA 2ZJQL 2QI2A 3QEXA 5AZIB 1NJYA 3SMSA 5HL7L 1P8ZA 1KC8O 3IRXA 2W41A 4RG8A 2DPNA 2H3GX 1W7AA 2XY8A 4YOYA 3KD5E 3GE1A 1BO5O 1NGCA 1RBSA 3AARA 1P90A 1YT3A 2G8FA 2VG7A 3THYB 3RR7A 3RRGA 1L3SA 4FM0A 4JNEA 4M3TA 3SUOA 2O8BA 1TUUA 1HPMA 1S5JA 4Z4CA 3U3GA 5AQIA 4JK9A 4WQ4C 4B1UB 4PKGA 3EL2A 1VK0A 5GIOA 4KRFA 1ZBFA 4BR9A 3F2KA 3VQAA 4E7LA 3T1YK 2HVIA 5M1KA 4ISGA 4EAHD 4LF5K 2HBJA 4JKEA 4WF9L 5C12A 5HRRA 3RMDA 3R8EA 2BDPA 2QXLA 4DV6K 1HYZA 5BPNA 2A40A 1FKOA 3VEZA 4DS5A 3PSIA 2W42A 1IKXA 3OBWA 5C24A 4DTSA 3LDLA 1WSFA 2E2NA 2GV9A 5BPMA 4DF8A 1TL1A 3G71N 3ATVA 4M45A 2QWQA 3AA4A 5I42A 2F8SA 1JXEA 2JWLA 4NO7A 4DV4K 3V9UA 3LM2A 3HPOA 2NRWA 3K59A 3LP3A 5BN9A 5C15A 4WCEL 3S3NA 3O9SA 3QFUA 2GEMA 5E26A 4E7HA 3QNOA 5KQDA 4B3SK 4MO5A 3VENA 3NE6A 3HI0A 5B8HA 3K57A 1J5OA 4CJUA 3A5LC 3L2QA 3L4QA 3KLFA 4I9LA 5HOOA 1NBWA 3DYAA 1VQON 4O5FA 1QZ5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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