2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
2YHYA 2GWKA 3A5OC 3I33A 4A61A 2ZWHA 5E26A 1ATNA 1NGAA 3CQYA 2A42A 1S3XA 3CJ1A 1WOQA 4JHDA 3S41A 5FPMA 4Z94A 4CZGA 5FPDA 4L3QA 3C0BA 3FE1A 4H5WA 5BREA 2DPNA 1HJOA 4BRMA 5AQFA 3WXJA 1QQOA 3H1QA 4A2AA 5EX5A 5JICA 3WT0A 2AP1A 4O8KA 4PKGA 5AZJA 5KQ8A 2UYTA 4BC3A 3VGKA 3MDQA 3G25A 3ZX0A 1NWKA 1HKBA 4B1YB 3D2FB 4BRKA 5EY4A 5FPEA 3ZX3A 1DGKN 3H3OB 4J8FA 3VEOA 4MO4A 4BRQA 3KHYA 3A5NC 2NZTA 4RTFD 1Z6RA 1BOTO 3UKRB 1TUUA 3JXUA 1ZC6A 4IZ9A 4LC9B 2ZGZA 3QB0A 5AQTA 4ISEA 3BUZB 4BRNA 3HZ6A 2D4WA 4BR5A 3MN7A 4JD2A 1BU6O 3CERA 5AQKA 3EO3A 2WUSA 2CGJA 5AQOA 3VGLA 2P9SA 2F9TA 2FLOA 4JHDB 3FZKA 3VF4A 1GLDG 4BC4A 3U9ZA 2NRHA 2I7NA 5AQJA 1BWFO 3ATVA 1OKJA 4B1WB 3VEYA 4CZJA 1V4SA 3ATUA 4MO5A 1X3MA 3SK3A 3AARA 2IVOA 3M1FA 1XC3A 4M7YA 2HMPA 3BEXA 1QHAA 3ENHA 3MN9A 3RSEB 4A2BA 3W3DA 5F0XA 4CZHA 1KAZA 4H5RA 2GUPA 4EAHD 3WXKA 3VERA 4FWOA 5BPMA 3SJHA 3BF3A 2VWBA 1HUXA 5AQYA 4IJAA 2FF6A 2BUPA 1NGIA 4XEIA 4IJNA 5KPZA 1S22A 4F9OA 2YI1A 3VEVA 5AZIA 3A0IX 5AFUA 4JN4A 3EZWA 1NM1A 3GDQA 4WQ5C 4JD2B 4BRDA 3WEEA 4IWVA 1KXPA 4H5TA 4FOEA 4YDUC 5F2RA 1NGEA 4HWIA 2AA4A 3O1WA 1Q18A 1NLVA 3KVGA 4B1XB 2GWJA 2YJEA 1GLAG 3ZEUA 4NB4A 1JCFA 2QW9A 3MMVA 4K42A 3VOVA 3LDPA 3HM8A 3WQUA 2NLXA 2I7PA 3CJ9A 3SMSA 1IG8A 2GEMA 2Q0UA 1G99A 5AR0A 1GLEG 1GLCG 4FWRA 3J8AA 4BVPA 1HX1A 3A5LC 3A5MC 2E2PA 2YHXA 3LDQA 4PKHA 3QICA 1NGCA 4M7XA 1MDUB 1TUYA 4AM6A 2BTFA 2HF3A 3CI5A 3QMLA 4BRPA 4FPAA 2F9WA 2ITMA 4EHUA 2QWRA 1DKGD 2P9KA 4CJ7A 2W41A 4FWQA 4BC2A 1RDWX 1XUPO 5AZIB 1U6ZA 4B9QA 4BQZA 5BPNA 2E1ZA 4FWMA 4H0OA 5BPLA 2ZF5O 3WQTA 3VEXA 2PAVA 2VYPA 3RSEA 3WEEB 4DHYA 4QS9A 3L4IA 1V4TA 3HSCA 4FWSA 4BC5A 3EKUA 5AQRA 2FSKA 1NBWA 4ISGA 4BQLA 5AQGA 4CZIA 2Q97A 5I9EB 2PBDA 3L6QA 1QZ5A 5AQZA 3ZEUB 4M63C 4CBUA 2QWOA 5EOYA 5EXWA 5AQLA 1KAYA 3FR0A 1ATSA 4PKIA 3MCPA 4BRLA 1C0GA 3R6MA 4FSVA 1R59O 3UB5A 1MWMA 5BRHA 4K43A 1QZ6A 1BDGA 1X9JA 5B8HA 3CJCA 5BRDA 1TYQA 3IUCA 2FF3B 2GELA 4CD3A 1GLFO 3IDHA 3VETA 3DXMA 1NGGA 3H46O 4H0VB 5AQVA 1QQMA 3MN5A 3MK6A 5ADXA 3FZMA 1GLJO 2FSNA 4NO7A 4AM7A 1SAZA 4WQ4C 1P8ZA 3TPQA 3VEWA 5BR9A 3DJCA 2P9KB 1JCEA 1QQNA 3VPZA 3M3ZA 3I8BA 3QBWA 4HTLA 3UE5A 4I6MA 2A5XA 3VGMA 3H3NO 3F9MA 3FFKB 2KHOA 5AQWA 3FZLA 4DQ8A 2YCHA 4KBOA 2D1KA 3DXKA 5AQXA 2P9NA 5BN9A 4BR2A 2Q36A 3VF6A 2IIRA 4GY2B 4FOIA 5FPNA 3CJAA 5AFUH 2EWSA 2YHWA 1SZ2A 4MLEA 4EFHA 3VESA 2ASMA 1NGBA 1TYQB 2QWPA 3AAQA 4RWTA 4IXCA 4H5NA 2P9UA 3DXMB 3VENA 3C7NB 4RCHA 3H1VX 4BRAA 1ATRA 5KQDA 1BO5O 3CQXA 3A8YA 1IJJA 4GNIA 4H03B 3CETA 5LJVA 2QWQA 4C23A 2V51B 2IVNA 4FL9A 1C0FA 1E4FT 2E2OA 3IMXA 4XH1A 3IFRA 4FWKA 3O4WA 1EQYA 3O5BA 4BG9A 4BVOA 1K8KB 3AAPA 4I6MB 2QXLA 3VEZA 4PL8A 2D0OA 4K25A 5LJWA 2P9LA 3FLCO 4XH5A 5F1XA 4H5VA 4MLHA 3P4IA 4DB3A 3EN9A 2HOEA 3CIPA 4O5FA 2E2QA 3CJ7A 3DXKB 3SMPA 3QFUA 5JMVA 1Z05A 3EKSA 1NGJA 1T6CA 2P9NB 4QS8A 2D0PA 4IO8A 1HKCA 5BN8A 1H1VA 5LY3A 3ENOA 4CZEA 3LL3A 4FWPA 2ASPA 3ZETB 4CI6A 1NGHA 1LOTB 1LCUA 2A40A 3LDLA 2P9UB 1RGIA 2QM1A 2E2NA 3CJBA 5KPRA 2P9IB 1HLUA 4BR7A 2FXUA 2H3GX 3ZX2A 2QWMA 4BR4A 4DCHA 1T44A 3GL1A 3H6EA 4EIAA 4CZKA 2W40A 2CH6A 2Q31A 3WXLA 4QS7A 3KZBA 4A62A 5EVZA 3W0LA 3HTVA 4XH4A 4H0XB 3WXIA 4WQ5A 4CBXA 2FSJA 3WUHA 3O6WA 1U2VB 4BRIA 3ULEA 4BRCA 2P9LB 1NGDA 4YDUA 5AQMA 3C7NA 1D4XA 3LM9A 5AQNA 3LDNA 4JNEA 3UKUB 3R8EA 3QDKA 3O08A 3U8XA 4BGBA 5ADXH 4BRFA 3O1BA 4BREA 3DAWA 4CZMA 1RFQA 5BRFA 3MN6A 1HKGA 1YVNA 2Q1NA 4CZFA 3U4LA 4BR9A 4JAXA 3U9DA 4H0YB 1BA0A 1BUPA 2YJFA 3AY9A 3JS6A 3LM2A 3O8MA 2E1YA 1YUWA 1CZAN 1K8KA 2P9PA 2QWLA 3M6GA 2Q2RA 1DEJA 4PL7A 4BROA 1JCGA 3DWLA 1BA1A 1NMDA 3HBTA 4E1JA 3GE1A 1ESVA 3D2EA 4K41A 5AQSA 1GLBG 3EL2A 1T6DA 5AQIA 3GBTA 3B8AX 1BG3A 3GOIA 3ID8A 3L0QA 2V52B 4BG8A 5CE3A 2VCPA 2CGKA 3TU5A 2A3ZA 4FWLA 3FZHA 1YXQA 4CD1A 5JLFA 4BR0A 1J6ZA 2ZGYA 2IVPA 5AZJB 3R9PA 2A6AA 3ZETA 1HPMA 5AQUA 3BF1A 5ELZA 1ZXOA 2E20A 4CBWA 3FZFA 3ULEB 1YAGA 3O80A 3SLCA 4B1UB 3VF2A 1WUAA 2P9IA 4H0TB 2OANA 1SQKA 1X3NA 5KPTA 2A41A 3HI0A 1ZBSA 3OHRA 2ASOA 4CZLA 5AQHA 1NGFA 1GLLO 3H45C 3QFPA 4FPBA 4BGAA 5AQPA 2GTDA 3CHWA 5TKYA 1MWKA 4BRGA 4ISFA 2E88A 2V7YA 1MA9B 2P9PB 3LDOA 3BP8A 2CGLA 4FWNA 3D2FA 4H0PA 2P9SB 5JLHA 4B1ZA 1U2VA 2HF4A 4EHTA 3D2EB 3GG4A 4FO0A 2J4RA 4B1VA 1KAXA 3UKUA 2CH5A 2Q0RA 5E84A 1Y64A 3UKRA 4Y0WA 3D7EO 4WYBA 2V7ZA 3QBXA 4WQ4A 1E4GT 5AQQA 2QWNA 4BRHA 1XQSC 3FGUA 2E8AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IEIA 4G9ZA 1IKVA 1L3UA 4OLBA 1DTTA 1NGAA 5FDLA 2A42A 4JHDA 3OYKA 5FPMA 5CHIA 3QNNA 1QVGM 2NRVA 1YF5L 2DPNA 4JI7K 1RILA 2RN2A 4A2AA 3S9HA 1HR0K 1NJZA 1WB9A 1S1VA 3LP2A 3MDQA 2VGMA 3ZX0A 2F96A 2F7TA 4B1YB 5C2DA 4JK7A 2LSNA 3V9UA 3O4QA 4F3OA 3OW2M 1CXQA 2HBMA 4JKGA 4BRQA 2YKMA 2B6AA 4A5BA 3V9SA 1IKXA 1Z6RA 1VQ5N 4WCEL 1TUUA 4DTOA 4C8KA 4M3XA 5GAHP 2ZGZA 5AQTA 5J2MA 4R79A 4BRNA 3HZ6A 3MEDA 3ULDA 4QAGA 1YJNN 4B8AB 2ZJRL 1WNSA 2F9TA 2OYQA 2FLOA 5J2QA 3KKRA 3FZKA 3VF4A 1GOBA 3IKMA 4CF1A 1JLFA 3U9ZA 2ZE2A 1RDAA 3HPHA 1BWFO 3LAKA 3TWHA 1UA1A 4B3TK 4B1WB 1KSPA 4CZJA 1NK4A 4MO5A 1X3MA 2X6NA 4M7YA 1W97L 3V1OA 1YJWN 1TVRA 3B6OA 3SZ2A 4H5RA 4JRQA 2GUPA 3VERA 4AHSA 4JK9A 3HVRA 5BPMA 1IBLK 2UUCK 3IRXA 4FJMA 4IJAA 2UXCK 3BZKA 4JI2K 4LD0A 3NGIA 3T3FA 4XEIA 1S22A 3P5JA 1HRHA 1VSKA 3QLHA 4WQ5C 4AHUA 2RE2A 4JD2B 3CQ8A 1KVBA 4IWVA 1B9FA 1KXPA 4H5TA 4FOEA 1NGEA 3OJSA 4ILGB 5HRPA 1NLVA 4B1XB 3PX6A 4AH9A 1GLAG 3T69A 3KLGA 4CHQA 3ZEUA 2QI2A 3CMAN 1OH8A 1JCFA 3RMDA 5GADP 1S1WA 4B9UA 4ZHRA 4LH4A 4KTQA 1WLJA 5AR0A 1Q9XA 4CFCA 4FWRA 3CG7A 2F4VK 4BVPA 1HX1A 3A5LC 2KKZA 3I8DA 3E9PA 3QICA 2O4GA 1MDUB 4OGEA 4FM0A 3N4PA 4BDYA 3AVBA 3AO1A 2HF3A 3CI5A 4U7BA 4GV6A 3ZT3A 2Q3SA 3QIOA 2F9WA 4CK3A 2ITMA 4EHUA 4DSIA 3E9OA 4CJQA 4CJ7A 2W41A 1L3TA 1RDWX 5AZIB 4IEEA 4FWMA 4H0OA 4A59A 1KC8O 3CF5L 1N33K 3NVKA 2PAVA 2VYPA 3WEEB 4BC5A 1YVUA 3OBYA 3EKUA 4FW1A 3THVA 5C24A 3TSUA 5JS1A 2EHGA 1FXXA 4PKIA 1L3VA 2UUBK 4F2SA 2IAJA 1U4BA 5FROA 1J54A 4DR4K 4LY7A 4E19A 3HXMA 3AVKA 1MWMA 5BRHA 1G15A 3CCLN 1BDGA 2O8CB 3J7YP 1TYQA 3IUCA 3ZT2A 1D8YA 5HRRA 4CD3A 2FBVA 3ID6A 5GAEP 1NK9A 1NGGA 4AHRA 1NKEA 3MK6A 4IG3A 4WFNL 4DU4A 1OH7A 3FZMA 5CZ2A 3C6HA 3QNOA 1P8ZA 5BR9A 5AJ3K 4KKOA 1XHZA 3K5NA 3F73A 1NK6A 3Q7CA 1N36K 2Y1JA 3SPYA 1VAZA 4AHTA 3L2UA 3K59A 1J5EK 3P31A 4CF0A 1EWRA 4DQQA 1WSFA 4IFEA 1BIZA 5DMRA 3DOLA 1HNZK 2X6SA 2Q36A 1YT3A 3SPZA 1C0TA 4GY2B 1SKSA 4NLBA 4M3RA 2EWSA 1J9AA 3LP0A 4MLEA 4W5RA 4RW6A 3VESA 1ZBUA 3EYZA 4KI6A 4RWTA 3OYHA 3HJFA 3TR8A 4CGJA 2W6KA 3P83D 2VQEK 3DXMB 3C7NB 2IOCA 4RCHA 3WNGA 4DTJA 4BRAA 2XY5A 1BO5O 5GIPA 1Z25A 3CETA 3DI6A 4FL9A 3IFRA 4FWKA 3ZSRA 1EQYA 1K8KB 1A5VA 4I6MB 3G4SN 2O8CA 4PL8A 3HYFA 1S5JA 4DR2K 4K25A 3LALA 3KLHA 2P9LA 5C25A 1QSSA 4H5VA 1U45A 3EN9A 2HOEA 2HBLA 3SNNA 3CCEN 5JMVA 4N5SA 4M3UA 5HOOA 2D0PA 4DR1K 1WN7A 4AHVA 3HT3A 4A5AA 2KQ2A 1J53A 4JKCA 5LY3A 1LOTB 4M41A 1ZBIA 3OYEA 4KHWA 3VQBA 4KTWA 2P9IB 2FXUA 1XI1A 1B9DA 4BR4A 4LF7K 4DCHA 4FLYA 2NRZA 2O8FA 3RR7A 1K8AO 4KHSA 4OJRA 3IS9A 1KTQA 2QTDA 3ZCMA 2Q31A 4FZZA 5JS2A 2ITGA 1UWBA 1ITGA 2OTLN 4CIGA 3SUNA 3DLHA 4DV3K 2QK9A 3HVTA 3TSPA 3Q7BA 3WUHA 2WBNA 2YHAA 4BRIA 3C7NA 3LDNA 4JNEA 3R8EA 2GX9A 3O08A 2YNGA 1NOZA 1VSFA 1RBSA 1TKZA 1FJGK 4FJ5A 4H4OA 1HKGA 4YFUA 3U4LA 2OCEA 4JAXA 1BUPA 3AY9A 3JS6A 3LM2A 4FVMA 3OYIA 1CZAN 1K8KA 2RHKA 2P9PA 4CGIA 1DEJA 4CFAA 4PL7A 4BROA 3KLFA 1U49A 4JI1K 1LV5A 1IH7A 2JGUA 3TSQA 1TL1A 5AQSA 1T6DA 1F21A 3B8AX 3ID8A 3H08A 4BG8A 3C94A 1I3AA 4B9TA 3FZHA 1YXQA 4BR0A 2ZGYA 4E7JA 3R9PA 3M8PA 1SL1A 4KHPK 4ID1A 5ELZA 1ZXOA 3ULEB 3VQQA 1S1UA 4B1UB 3L8BA 2P9IA 4H0TB 2HNDA 3F2KA 1X3NA 3AVFA 2A41A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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