2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
molecule tags Hydrolase
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
2YCHA 1D4XA 2AP1A 4PKHA 1HUXA 3U8XA 5KQ8A 2V52B 3A5NC 1KAXA 4DCHA 1XC3A 2A41A 2E88A 2HOEA 1RGIA 5AFUH 3VGKA 5BRDA 4IZ9A 3D2EB 4BGBA 3W3DA 1SZ2A 4J8FA 3O6WA 1WUAA 2FXUA 5BPNA 4CZHA 1DKGD 2YHYA 3MDQA 4RWTA 2VWBA 1HKCA 3LDPA 4JHDA 1T44A 3SMPA 4ISGA 5LJVA 4HTLA 4EHUA 2QWLA 3ZETB 4B9QA 2A6AA 5I9EB 4B1UB 1BG3A 3O4WA 4L3QA 3SLCA 4Y0WA 3IFRA 3A0IX 3UKUA 3GL1A 4XEIA 3RSEA 2ZGZA 2ASPA 3DXKA 3DXMA 3MK6A 4MO5A 5ELZA 4FWRA 1RDWX 1BUPA 5AZIA 4B1ZA 4BGAA 4BC2A 4BC3A 1K8KA 3JXUA 5AQNA 3CJ7A 4WQ4A 3R9PA 2FLOA 3UB5A 1GLDG 1TUUA 4IWVA 2E2OA 5LY3A 1JCGA 4H0YB 3ZX3A 3AAPA 2QWPA 4MLEA 4BRMA 3VEVA 3VF6A 2YHXA 4FWNA 3VEXA 5LJWA 5AQXA 2QWRA 3LM2A 1KAYA 4BRDA 4BG9A 1XQSC 5AQKA 4BR7A 2E8AA 4RTFD 3FFKB 4H5NA 4IXCA 3WT0A 3O5BA 2I7PA 1U2VA 5AFUA 2Q1NA 3O1BA 4JD2A 4BC5A 1YVNA 4E1JA 4PL7A 4EIAA 4FO0A 2EWSA 3IMXA 4FOEA 4EAHD 5BN8A 3DXMB 3M3ZA 3QICA 3WXKA 3FLCO 3J8AA 1K8KB 3L0QA 1DGKN 3C7NB 3CHWA 3HSCA 2ASMA 2CGLA 4H5RA 3U4LA 2FF3B 2P9IB 4FWOA 3EKSA 3H1QA 3VOVA 2GUPA 3CI5A 5FPDA 1ESVA 1Z6RA 3QFPA 2PBDA 1NGBA 1Z05A 3UE5A 4BRGA 4YDUC 1NMDA 3H1VX 5AQOA 5AQMA 1BOTO 1IJJA 3MN9A 1GLAG 3GBTA 3FZLA 4K25A 1P8ZA 3B8AX 3WEEB 3AARA 1ATRA 1SAZA 3F9MA 4LC9B 2ITMA 4BRIA 2Q2RA 1U2VB 2IIRA 3QFUA 3ZX0A 4H0XB 2NRHA 3P4IA 4K43A 1GLFO 3MCPA 4BRFA 3IUCA 4H5WA 3FZMA 3BP8A 5AQRA 3ZETA 1BDGA 5AQFA 4CZIA 4IO8A 1YUWA 3I8BA 2QW9A 5AQYA 2HMPA 5F1XA 2IVNA 1X3NA 3CJ1A 4FSVA 4K42A 3H3NO 4BG8A 4BRHA 2D0PA 1MA9B 1KXPA 4FOIA 1S3XA 3HM8A 5AR0A 5AQWA 4ISEA 1J6ZA 3A8YA 4PKGA 4RCHA 1MWMA 3QMLA 5EX5A 1NGEA 5AQSA 4A61A 4BVOA 1T6CA 3CJ9A 4BR0A 1NGDA 1NM1A 3H6EA 3ULEA 5AQHA 1HLUA 4JAXA 3AAQA 3VF2A 2D4WA 2KHOA 5EXWA 4BRAA 4QS8A 3CJAA 3FZHA 3ENOA 3QB0A 4ISFA 1QQMA 5EVZA 2BUPA 5AQJA 3LM9A 4BR9A 3GDQA 2E2QA 4BRPA 5KPRA 1NGIA 4XH4A 3EN9A 1H1VA 2E2NA 3H3OB 3WXLA 4B1XB 5B8HA 3U9DA 4GY2B 1BWFO 1OKJA 4H03B 1JCFA 5KPZA 2FF6A 2OANA 1QQOA 2NLXA 3H46O 5EY4A 1NGAA 3C7NA 4B1WB 3O1WA 3QBWA 2Q0RA 3ENHA 5BPLA 2P9IA 3EL2A 3FGUA 3ULEB 4CBWA 4BREA 2QWQA 2F9TA 5ADXA 4CZLA 1NGHA 5JLHA 3FR0A 2A3ZA 4I6MB 3DAWA 4CZKA 3OHRA 5KQDA 3FZFA 2QXLA 1U6ZA 2P9NA 5AZJA 3ZEUA 3WEEA 1NGJA 3VGMA 5FPEA 5BR9A 1QZ6A 3HI0A 3GE1A 3D2FA 4IJAA 3ATUA 1ZXOA 3KZBA 1HJOA 2DPNA 4A2AA 1SQKA 5AQPA 4FPBA 2ASOA 4WQ5A 2A40A 4CZFA 4CBXA 2Q0UA 3L4IA 3CETA 3ZX2A 4CI6A 2W40A 1G99A 3TU5A 4CBUA 1JCEA 2A42A 1KAZA 1NLVA 2NZTA 4FWSA 3JS6A 1HKGA 1HX1A 3VEZA 3O08A 2CGKA 2QWMA 4BVPA 3WXIA 4F9OA 4WQ4C 1Y64A 5TKYA 1LCUA 1E4FT 3C0BA 4BROA 2P9NB 5AZJB 5AQTA 3QBXA 3ZEUB 2P9UB 1IG8A 2AA4A 5BRHA 3MN5A 5F2RA 2E20A 1TYQB 1ZC6A 3D2FB 2GWJA 1BA0A 2P9LB 2E2PA 2J4RA 3CQXA 1XUPO 2ZWHA 3MN6A 4CZJA 2VCPA 5ADXH 3CERA 3LDLA 4CD1A 4PL8A 1E4GT 5BPMA 1MDUB 3D7EO 2FSJA 1LOTB 2P9PA 4H0VB 5JICA 1HKBA 2V7ZA 2WUSA 4WQ5C 5AQIA 5FPNA 1QHAA 5BN9A 2CH6A 3A5OC 4Z94A 3VESA 3CIPA 4FPAA 5CE3A 2FSNA 1GLEG 3M1FA 5AQGA 3UKRB 4AM6A 2P9SB 5E26A 4BRNA 4M63C 4NB4A 1GLCG 3S41A 4BRLA 2F9WA 4I6MA 3SJHA 3EKUA 3GG4A 4AM7A 1Q18A 2V7YA 3CJBA 4H0OA 4DHYA 3I33A 4FWLA 4HWIA 4NO7A 4FL9A 3VEOA 3BF1A 1TUYA 4FWPA 3VGLA 4CZMA 4BR5A 3LL3A 3AY9A 2P9PB 2W41A 4H0TB 3M6GA 1NWKA 3BUZB 5BREA 1GLLO 4BQLA 3GOIA 1BA1A 1T6DA 2YI1A 3VF4A 3IDHA 3WQTA 3R8EA 2E1YA 4MO4A 3VETA 1X3MA 3FE1A 4H0PA 1C0FA 3CJCA 2A5XA 2E1ZA 3HBTA 1BO5O 2QWOA 3DJCA 1QQNA 2D1KA 4CZEA 4EFHA 3ID8A 4FWQA 5F0XA 3KVGA 4FWKA 4QS7A 3WQUA 2CH5A 2IVOA 4YDUA 2P9UA 5AQUA 2HF4A 1HPMA 2Q97A 4CD3A 1GLJO 3O80A 3A5MC 5BRFA 1RFQA 1TYQA 2GWKA 4QS9A 4MLHA 5EOYA 2HF3A 2P9LA 2P9KA 3R6MA 1S22A 1X9JA 2QM1A 2GTDA 4JN4A 4M7XA 3BF3A 3HZ6A 4JHDB 5AQZA 1V4TA 4BRQA 4B1YB 2CGJA 2QWNA 4CJ7A 3W0LA 2GELA 2D0OA 2Q36A 3HTVA 3MN7A 5AQLA 3VEWA 2YJFA 2ZF5O 3QDKA 3G25A 3L6QA 1ZBSA 4DQ8A 4A62A 3UKUB 1BU6O 1NGGA 4JNEA 1R59O 3RSEB 3VPZA 3WXJA 4BRKA 4BQZA 3H45C 4GNIA 3DXKB 5AQQA 1GLBG 1NGCA 4O8KA 4KBOA 3ATVA 5AZIB 3UKRA 5E84A 2P9SA 2YJEA 1NBWA 3CQYA 3WUHA 5KPTA 3O8MA 1CZAN 3U9ZA 3LDQA 4B1VA 3KHYA 3BEXA 3EZWA 4C23A 3EO3A 1DEJA 1ATSA 2VYPA 4BC4A 4BRCA 5JMVA 4K41A 3FZKA 2P9KB 4O5FA 1EQYA 4BR4A 1V4SA 4EHTA 5AQVA 3D2EA 3DWLA 3VENA 3VEYA 3TPQA 4XH5A 2ZGYA 4H5TA 1MWKA 3LDNA 4WYBA 4CZGA 1YAGA 3A5LC 3LDOA 2FSKA 3SMSA 4JD2B 4PKIA 2IVPA 2I7NA 2GEMA 1YXQA 2YHWA 2PAVA 4M7YA 4XH1A 4A2BA 2BTFA 4DB3A 1C0GA 2V51B 4IJNA 4BR2A 4H5VA 1NGFA 1ATNA 4FWMA 2Q31A 2H3GX 3MMVA 5FPMA 1QZ5A 5JLFA 1WOQA 3VERA 2UYTA 3SK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXEA 1OH8A 2YCHA 1D4XA 3SUQA 2RN2A 2V52B 4FJJA 1KAXA 2A41A 3MWTA 4IZ9A 1SZ2A 3O6WA 1WUAA 5BPNA 4RW8A 1RTIA 4KH6A 4DV6K 2IC3A 4ISGA 4RW6A 3CCVN 2UUBK 4B9QA 3P5JA 5J1EA 1BG3A 2QI2A 4L3QA 3ULDA 3K5NA 3TSPA 2ZGZA 3QERA 3DLGA 4LD0A 4YY3K 5ELZA 4DS4A 1CXQA 5AZIA 4BC2A 1K8KA 3JXUA 4W5RA 2OPRA 1UA0A 2FLOA 1F21A 1TUUA 2E2OA 2HBMA 3KLIA 3NE6A 3ZX3A 5H1SQ 4NCAA 2E6MA 4JK8A 3VEVA 1VQNN 5KRTA 5AQXA 4DTXA 2QWRA 3LM2A 3RVCA 1VSHA 4BRDA 2G8IA 1IH7A 2WONA 4BG9A 4E7KA 4BR7A 4KHYA 4RTFD 4H5NA 3WT0A 1VQ7N 4R5PA 5AFUA 2Q1NA 4DFJA 1YVNA 1NJZA 4X66K 3IMXA 4FOEA 3DXMB 4OPHA 4Q0BA 1I39A 4JKGB 2JLEA 3AA4A 1JXBA 3HSCA 2Q3SA 4B8AB 3C95A 4RW4A 4KHWA 4DF8A 4FM0A 3EKSA 3VOVA 2FBXA 3HM9A 3SPZA 1XC9A 4JI0K 3QFPA 4BE1A 3JAMO 4BRGA 3UE5A 4J2EA 5AQOA 1WBDA 1S6PA 3G10A 4LFAK 3DYAA 1IJJA 4BACA 1O1WA 1RDCA 1HNIA 4FM2A 5CYMA 1N5YA 1RT7A 5KGXA 1DT9A 1K73O 4LC9B 3HPGA 4X64K 2P5GA 3RTVA 2Q2RA 3QFUA 1NNEA 4H0XB 3V9SA 2YV0X 3MCPA 4BRFA 4H5WA 4CIGA 3THWB 5C12A 4FJ8A 2O8DB 5FDLA 3ZCMA 3MXIA 4FJNA 2VGNA 4FSVA 3KLGA 2HHXA 1MA9B 4FOIA 1L3TA 4TSXA 1S3XA 5AR0A 5SZTA 3ZLJA 2B4JA 1U4BA 4O0JA 2FBVA 2YHAA 5EX5A 4UQGA 1TKXA 1QS4A 1WLJA 4IOXA 1NGDA 1NM1A 3H6EA 4F8RA 4NYFA 1RDUA 5AQHA 1NJYA 4JAXA 4V19S 2D4WA 3MX5A 4BRAA 3BY5A 3CJAA 4IDHA 2ATQA 5EVZA 2HHSA 5AQJA 4PWDA 1IKXA 1YJWN 1LWCA 4CGDA 4XH4A 2NRTA 1QTMA 4LSNA 3WXLA 4B1XB 2GX9A 5B8HA 3BDPA 3L3VA 3ZSXA 1U48A 4FJXA 4GY2B 4CJTA 3SCXA 3VQCA 1YJNN 5KPZA 3V1OA 2Y1IA 1VQ8N 3ZSQA 5J2PA 3KK1A 1TK5A 1KVCA 4B1WB 4DTRA 3J81O 1RTHA 3OYNA 2Q0RA 5JVGL 3MXMA 4AF1A 2G8HA 3ULEB 2QWQA 2BDPA 1NGHA 3DMJA 4CERA 4DU4A 4GV6A 1RDAA 3E9LA 4XIUA 2ETJA 2F8TA 5KQDA 4H4OA 1S1WA 4RW7A 3VGMA 5FPEA 1MU2A 4NYNA 3J80O 3AGKA 3KLEA 3R3LA 1HJOA 3ASMA 1SL2A 1L5UA 1CLQA 4FLTA 2KFZA 2X74A 4Q5VA 4WQ5A 3DLRA 3L4IA 5C15A 3S3OA 4EP4A 3AO5A 1RNHA 4KTWA 1OH5A 2NZTA 4M3RA 2HHWA 3O9SA 1VSFA 3HVTA 3O08A 2KLAA 3LPTA 3PUFA 4CK2A 3HYFA 3DLEA 2XO7A 5TKYA 2KFNA 3AVAA 2HBKA 1E4FT 4BROA 2P9NB 4FVMA 5HL7L 2GBZA 3TARA 4DR2K 3CD6N 2P9UB 4FYDA 4KHPK 4LF6K 1VHXA 1WSJA 2W6LA 3NHGA 3TSUA 4JRPA 3KK3A 2J4RA 2W42A 2Z1GA 2ZWHA 1XI1A 3VA0A 3V9XA 4CFAA 1JLFA 4PL8A 4PA1A 3EY1A 3N4QA 4DU1A 3AVJA 3LAMA 1KLNA 5FPNA 2HHTA 3A5OC 4DFKA 3DOKA 1GLEG 5AQGA 4YOTA 4AM6A 5E26A 1GLCG 3RMCA 1B9FA 3M5RA 4LF5K 3PX6A 3TI0A 4DQSA 3P1GA 3QNOA 1HNXK 2RHKA 3GG4A 1WN7A 4OKKA 1QQCA 3I33A 4HWIA 4FL9A 3HSTB 1GOCA 3VN5A 4FWPA 3VGLA 2O8BB 3KKRA 3TAFA 1NKCA 2FC0A 2P9PB 2W41A 4HCBA 5C10A 3H08A 5BREA 3DLKA 2BANA 4GKKK 3CFPA 2WOMA 1BGXT 3ZSRA 2KZMA 3IAYA 3LZIA 4CJUA 1JLQA 1VSJA 1X3MA 4IG3A 1JL1A 4E1MA 1KRPA 3U3GA 4H0PA 4FVUA 3ITHA 3HBTA 4ILGB 1YI2N 5T7BA 3O3HA 2D1KA 2QK9A 4IEEA 3ID8A 1KSPA 2CH5A 1Q81O 2A1RA 3OYAA 4Z4GA 4N47A 1HPMA 2Q97A 1GLJO 4CJRA 3A5MC 3PO4A 4YFUA 4KB0A 2UU9K 5EOYA 2P9LA 1S22A 2ZM6K 1IKYA 3ISNC 4FLYA 1VAZA 4IFYA 4WF9L 3THVA 2HNZA 1V4TA 3E01A 4OLBA 4JI3K 2GELA 5AQLA 3VEWA 3P31A 4DV1K 3QDKA 3QINA 5IWAK 4A62A 5HROA 3UKUB 3F73A 1BU6O 3RSEB 3VPZA 4BRKA 4YNQA 4M3XA 4OPKA 1YT3A 1DTQA 3UKRA 4KBOA 3ATVA 1NJWA 1NBWA 5CZ1A 4FLWA 1FW6A 2UXDK 3WUHA 5M1FA 3O8MA 4OGEA 4B1VA 3RMDA 3BEXA 3EZWA 4DUYK 4C23A 5C42A 5JMVA 3VTIA 2XY8A 3O4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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