2QKBA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 20-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 152
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkbA00
2D5RA 4E89A 3NBPA 3HP6A 3SUPA 5HBMA 3TAMA 3ULDA 4C8LA 2OPQA 1QHTA 2G8KA 4PA1A 1XWLA 3AO4A 4FW1A 3ZT3A 3ZT4A 3BDPA 1RBTA 4FLXA 2YKNA 2G8VA 2PYJA 4DLEA 3AVGA 1L3VA 4GW6A 3HPOA 3OYKA 1WLJA 4CJWA 2KZZA 4M41A 3AVBA 4B8AB 3LZIA 3QNNA 3LWLA 2ETJA 4DFJA 4CF0A 2AJQA 5J2QA 3CG7A 4Z4IA 1U4BA 4KI4A 1BI4A 1CXUA 1CZBA 3OYJA 2O4IA 3LAKA 1VSFA 3SQ0A 3HP9A 4DTSA 4FJNA 5HRSA 5DK5A 5J2MA 5HLFA 2OYQA 4KHYA 4JS4A 2XY5A 1HNIA 4KO0A 4AH9A 5EU7A 1T8EA 1W0HA 3D45A 4RW7A 4MFBA 3L2VA 4FJKA 4CEDA 4FXDA 2HHTA 1RT2A 4OKJA 1RT5A 3B6OA 3K5MA 3AO3A 3DLBA 4B9UA 2OPSA 3OJSA 3K5OA 4FCYA 3OYCA 1RTHA 1KCFA 3AA5X 3RMDA 2EX3A 4CERA 1U49A 1ZBUA 4EP5A 3LPUA 3QEVA 4L8RB 3QERA 4ID1A 3LWMA 4CJQA 3MECA 4CIEA 3TAQA 3MEGA 3NF6A 4JLHA 1QSSA 3QLHA 1S6QA 3AVAA 4FLUA 4F3OA 1ZBIA 1ASVA 2PYLA 1EX4A 4HUEA 1RT3A 1RTDA 1Y97A 4BE1A 2F8TA 3CFOA 3WNEA 4QOZB 3SNNA 1FXXA 4EZ9A 1NK4A 1YTAA 3DYAA 3IAYA 4E7LA 3V9UA 2RF2A 1C0UA 3SV4A 2HHXA 1YT3A 3ISNC 1WSHA 4BWMA 2VWKA 1RNHA 4H8KA 3OYFA 4I2PA 1QTMA 1NK8A 1CXQA 1C1CA 2FBVA 3AO5A 1BCOA 2GUIA 3H08A 4E19A 4HUFA 4ELUA 3OS2A 1QE1A 3P83D 4LH4A 2GV9A 1FKPA 1S1XA 2VG5A 4CF9A 3SJJA 1LAWA 3ZSZA 1KVBA 3S9HA 2YNHA 4B9SA 4BACA 1DTTA 4DFKA 4HHTA 4KTQA 1VSMA 2BGGA 3QIPA 1XC9A 1TVRA 3SCXA 4CHOA 3L2WA 4DS5A 1NJWA 3O3HA 4DSFA 1LWCA 4QAGA 3T1AA 4OPKA 4LH5A 4FJXA 3OVNA 3QINA 4CEBA 2KZMA 2P51A 5J1EA 4O0IA 1JKHA 3AA2A 5CZ1A 3NF7A 4K8ZA 1CZ9A 3EZ5A 1IH7A 3I0SA 2ATQA 3KK2A 2ZE2A 3NGZA 1DTQA 4CK1A 3A2FA 3L2UA 1SV5A 3PV8A 2OA8A 1L3SA 2GBZA 4M3RA 2YNIA 4FJ7A 3SYZA 4DFPA 3VQ4A 1EXQA 1HQUA 1KSPA 4PUOA 1LV5A 3ASMA 2P5OA 4KRFA 2XY7A 3B6PA 1IKWA 4KAZA 1EP4A 3TARA 4DTNA 2IGIA 4KTWA 1XHZA 3DLRA 3K5LA 1NJZA 1UWBA 3IG1A 3MXJA 3OY9A 4E7HA 4FVMA 1VK0A 3IS9A 1BI4B 2OPPA 4I2QA 3OJUA 3SZ2A 4Q5VA 3QETA 2EHGA 3O4QA 1D5AA 4B8CA 1Q9YA 1RILA 3DM2A 5KRTA 1TKTA 4W5QA 1A5WA 4DSEA 4M3YA 4CHZA 4FK4A 2HHSA 3U6FA 1IG9A 1KFSA 5J2NA 4ELVA 5CYQA 4LY7A 4CEZA 3P5JA 3HM9A 3RWUA 4FK0A 3NH1A 1CLQA 3FFIA 4DF4A 3KK1A 1T05A 4FW2A 4LD0A 4XIUA 1NK5A 4F2SA 4M3UA 2Z1JA 5I42A 5KTQA 4NCBA 3HYFA 3LALA 3ZCMA 3EYZA 3NGIA 2YHBA 4LSNA 3NGYA 2ITGA 2KTQA 4B9TA 4J2DA 2R7YA 2HNDA 4DTXA 3TAFA 3NDKA 1UA0A 1JLGA 1SL1A 4FJ8A 1ZBLA 5E41A 2QKBA 4OLAA 1S1WA 1JLBA 1RBVA 2ZD1A 3HPHA 3OYEA 2Q3SA 3DLEA 3KLHA 1TL1A 2E6MA 1S6PA 2IDOA 3CFRA 1GOBA 4KFBA 3ZT0A 3RMAA 1QSYA 4KV8A 3QIOA 4OLBA 4OGCA 2X6SA 1NJYA 3NAEA 5DMRA 4R5PA 3VQAA 4CCHA 3SUNA 1EKEA 4N56A 4FK2A 2Z1GA 4CHQA 1NKEA 3M8PA 3T19A 1TV6A 1C1BA 3ALYA 2X78A 4ZHRA 1VRUA 4N41A 3OYNA 2HNZA 4C8NA 2BE2A 4CGJA 1I3AA 1UA1A 1ZYQA 4FJLA 2HHUA 4CFAA 3K58A 3TABA 1HRHA 4DTRA 2HB5A 2WOMA 4AHUA 1W9HA 3QO9A 1GOAA 3NH0A 3V6DA 3TI0A 3I0RA 3TR8A 2YV0X 4E0DA 1NK0A 1YTUA 3PO5A 4W5NA 1VSLA 4IDKA 2P1JA 3THVA 3MAQA 2RPIA 2XRIA 1KLMA 1NJXA 4OGEA 4DSKA 3M8QA 4FJHA 3V9XA 1QSLA 1JLFA 1VSKA 5K14A 2FC0A 5CZ2A 1NOYA 5FRNA 2XO7A 1QQCA 4DQQA 5HRRA 3SQ1A 2D0BA 3AVNA 3HXMA 5HROA 3F73A 4KB0A 1S9EA 1NOZA 2VWJA 4FJIA 2E4LA 1TK8A 3PO4A 1YVUA 4N47A 4DU4A 1TK5A 1VSJA 4AHCA 3QEIA 1KRPA 4K8XA 1IKYA 3L3UA 1N6QA 4DMNA 4ELTA 2X6NA 1RBRA 2B6AA 4B3OA 3V9SA 5I3UA 3U3YA 2PY5A 2G8WA 3VA0A 3OYGA 4FJMA 3HK2A 1HJRA 3I8DA 1R0AA 3O4NA 5C42A 4KTZA 2YNGA 3AVFA 4H4MA 4FZYA 1B9DA 2OZMA 4DQIA 4KHNA 2HHQA 1LW0A 3LP1A 2DFHA 4ICLA 4CEAA 3SUOA 4DSIA 3HJFA 4EP4A 3O3GA 3V1QA 2QKKA 4CF1A 4BWJA 4KREA 3OYDA 4KHWA 3M8RA 1G15A 3V4IA 2Y1IA 3MXMA 2HVHA 4H4OA 4I9QA 4CJ5A 3JSMA 4E7JA 3VQ7A 4CJ4A 2WONA 4CFBA 3LZJA 4AHTA 4BE0A 4DU1A 2OZSA 2O4GA 1BQMA 3KLGA 3ZSYA 5SZTA 3S3NA 1KLNA 3VQ9A 1K6YA 3NFAA 4CJSA 4BDPA 1S5JA 2DTUA 1RBUA 1LW2A 3MEDA 1FKOA 3K57A 2Z1HA 1KVCA 4JRPA 4CE9A 4M3WA 1FK9A 3QEXA 2QXFA 3OS0A 3VQEA 4AHVA 1NK7A 3DLKA 1BISA 4DFMA 4CIFA 1WSEA 1ZBHA 3AA3A 2OPRA 3MEEA 4CGHA 4CGIA 4DTOA 4CJVA 1JLCA 1JL2A 4YFUA 3LAMA 2IS3A 1U45A 4B9NA 3KD1E 2B4JA 2HMIA 3ITHA 2KFZA 3TANA 3KD5E 1TKXA 1X1PA 4CFCA 3HT3A 1HYZA 3RRHA 2D0AA 3E01A 1TKDA 1D8YA 3JYTA 1TK0A 3KKSA 1EETA 1RT6A 1HNVA 1RDCA 4CJUA 3K2PA 4DQRA 4DF8A 4E3SA 1ZBFA 2ZQBA 4CEEA 1SUQA 3SQ2A 3VN5A 1SKRA 3VQCA 4BDZA 5T7BA 4J2BA 4KI6A 3OYLA 4CF8A 2DFFA 4KB1A 3VQ8A 2XHBA 2E6LA 2A1SA 1JXEA 2DFEA 4Z4CA 3AVLA 4OPJA 2G8IA 5CY4A 3VQBA 1BL3A 4M42A 1Q8IA 3AVCA 4O55A 4Z0UA 4M3XA 4CK2A 4Y1CA 3OYIA 1HYSA 2NUBA 3DOLA 4CHYA 1RCHA 4EZ6A 1A5XA 5CYMA 1REVA 1NKCA 2LSNA 2FBXA 3SI6A 3RTVA 1WSFA 2IAJA 3AA4A 1S1TA 5JS2A 5KGWA 3ZSQA 4FLYA 1XI1A 3NF8A 5D3GA 5HRPA 4KKOA 3UIQA 2YNFA 3KIOA 2RN2A 4CJ3A 3RR7A 1T7PA 4DQSA 3RMBA 3ZSOA 2QK9A 3C6TA 3OYAA 4CIGA 1JXBA 3AVHA 4I7FA 4RW8A 1RT4A 1RTJA 4CGFA 3OYMA 4BDYA 1D9FA 4F8RA 1F21A 4CHPA 3PY8A 4B9LA 4DS4A 4HCCA 1TAQA 2XY6A 5C25A 3OS1A 4ZTJA 1U47A 5FRMA 1N5YA 1S1UA 4IG0A 1X9WA 2I5JA 4DTPA 3HSTB 2YHAA 3WNGA 3V1RA 3VQQA 2IOCA 4IKFA 4KHUA 1SKSA 3QNOA 4FM2A 3HO1A 1RDAA 4KHQA 1VSEA 2HHVA 2A1RA 4GVMA 1UOCA 3LPTA 2BANA 2RKIA 3VA3A 3K5NA 3L2QA 4B9MA 3AVIA 3AO1A 1NK6A 3DLGA 4M3ZA 4PWDA 3AVKA 3KLFA 1Q9XA 3NH2A 4FLWA 1NKBA 4C8OA 4CK3A 2JGUA 3K59A 1WN7A 4RW9A 3ZSWA 1WSIA 4Z4HA 1BIZA 1LWEA 4KPYA 1HPZA 1IKVA 3NE6A 4AILC 4FZZA 4JRQA 2F96A 2FBYA 3VQ5A 4E1MA 1D9DA 1C0TA 4FJGA 3LP3A 4FZXC 3ZT2A 1SKWA 3L8BA 4DWIA 4OVLA 1U48A 4IFYA 3DRPA 1KFDA 4ZTFA 1J54A 3LP0A 1I39A 3DRRA 3LDSA 3AVMA 4Z4GA 4B9VA 5KI6A 3RRGA 5KGXA 3KTQA 2JLEA 3M8SA 1LWFA 1RTIA 4W5RA 3TAGA 3RR8A 4Q0BA 3MXIA 1VRTA 2HW3A 2HHWA 3KK3A 1S1VA 4ID5A 5C24A 3V81A 1BIUA 5FDLA 3V1OA 3S3MA 1JLAA 1LAVA 5FROA 4DU3A 4O4GA 3ZSXA 3HL8A 4Y1DA 3CFPA 2KFNA 4FJ9A 1Z26A 4DG1A 4NYNA 4CJEA 3AO2A 5HP1A 4HVJA 4OKKA 3V9ZA 1J53A 1HQEA 3L3VA 3NF9A 4W5TA 3KJVA 4BE2A 3PX4A 1L5UA 1ASWA 4G1QA 3G0ZA 5J2PA 4J2AA 3ZT1A 3HVRA 2BDPA 3CM6A 1HMVA 1TL3A 3IRXA 3NHGA 2F8SA 4Z4EA 1KVAA 1Z25A 4DQPA 1RDDA 2Y1JA 4YNQA 1B92A 4F2RA 4Z4FA 4AHRA 3C94A 1L3UA 3WNFA 4WE1A 4N76A 1WNSA 4HUGA 4M3TA 3HPGA 3LP2A 4KHSA 4F3TA 3CYMA 1RBSA 1X9SA 4CJPA 1T03A 1ASUA 2P5GA 1ITGA 1DLOA 2D0CA 2G8UA 4B08A 1WAFA 3SUQA 3KLIA 2VG6A 4CECA 1BCMA 1BQNA 1WSJA 1VSIA 3LANA 3BGRA 3VQ6A 2DY4A 4O0JA 4DTUA 4FJ5A 1VSHA 3DMJA 1BGXT 1TKZA 3HVTA 3KKRA 3AVJA 3T3FA 4M45A 2FBTA 1VSDA 2G8HA 5JS1A 3C6UA 4HTUA 1WAJA 4CEOA 2IC3A 4FM1A 4CGDA 3PX0A 1J5OA 1JL1A 3RMCA 3V9WA 2W42A 4E1NA 4FJJA 3SV3A 4I9LA 1XHXA 1X9MA 4LSLA 3SQ4A 3S3OA 1QS4A 3DI6A 5SWMA 1C0MA 4IBNA 1TGOA 3PUFA 2B5JA 3CQ8A 4PQUA 1IKXA 4HCBA 3DLHA 1RT1A 4NCGA 1UAXA 4PY5A 4CJRA 2Z1IA 3EY1A 4W5OA 3U3GA 4CHNA 4E7IA 4MQ3A 4F4KA 4RW6A 1MU2A 4CESA 1S9GA 4DSLA 2HVIA 3QEPA 4NYFA 3WNHA 1WSGA 4QCLA 2PZSA 4OJRA 1J9AA 1KTQA 4TSXA 4GMJB 4AHSA 3D0PA 4DTMA 3TAPA 2HNYA 4OKEA 3KLEA 4JS5A 1SL2A 3ZSRA 4IFVA 3P1GA 4E7KA 1IO2A 2KW4A 3VQDA 2G8FA 4J2EA 1U04A 3C95A 3AV9A 5KRSA 3NCIA 4FYDA 1L3TA 4O5BA 1B9FA 3VQPA 4FLZA 4CGGA 3CM5A 4CJTA 1A5VA 4CJFA 4O44A 4C8MA 3OYBA 3ZSVA 4FLTA 4CF2A 4DSJA 3DRSA 4CFDA 4NCAA 1O1WA 2VG7A 3O3FA 1JLQA 3TWHA 4DTJA 1SL0A 1C1AA 5HRNA 1NK9A 2KQ2A 4CEQA 3F9KA 4UQGA 4N5SA 2XY8A 1TAUA 2YKMA 1BHLA 1JLEA 4FM0A 3QESA 4IG3A 3SPYA 4CJLA 3DOKA 1RDBA 4FLVA 3SPZA 4CJKA 3L2RA 3TAEA 4DLGA 1GOCA 3PX6A 1C6VA 4CEFA 2X74A 4RG8A 3QEWA 1RT7A 4RW4A 3OYHA 4C8KA 1HYVA 3G10A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUPA 4LFAK 1K8AO 1N33K 2OPQA 2G8KA 3ZT4A 2YKNA 2PYJA 4DLEA 1IG8A 4CJWA 4JKAA 4YOTA 3WEEB 4DFJA 3UKRB 4Z4IA 1KC8O 3LAKA 1VSFA 4CZLA 4DTSA 5HRSA 5J2MA 2EWSA 1NGDA 4KO0A 1W0HA 4FSVA 4MFBA 4FXDA 2NRVA 4EFHA 3DLBA 4DSKA 2OPSA 3OJSA 4FCYA 3RMDA 4A61A 3BF3A 3QEVA 3QB0A 3ENBA 4CIEA 4JLHA 4JYAK 3QLHA 1ZBIA 1TYQB 4H5TA 1XC3A 1EX4A 1RT3A 5F0XA 3PIPL 3CFOA 5HOOA 2P9IB 3V9UA 5TKWA 3THXA 2UYTA 4HWIA 4B1UB 1QTMA 1NK8A 3AO5A 2GUIA 4E19A 1S1XA 3IDHA 4CZMA 1DTTA 3EZWA 3CJCA 4HHTA 1VSMA 1TVRA 3BY5A 4UY8O 3O3HA 4QAGA 4A57A 1QZ5A 5AQMA 4CEBA 3AA2A 2ITMA 4JI8K 3EZ5A 4K8ZA 1GLEG 2ATQA 3NGZA 4AM7A 2OA8A 5FPDA 1L3SA 4M3RA 3EL2A 3LM9A 4DFPA 2YX6A 3I8BA 1LV5A 3B6PA 1IKWA 1C0FA 5JLFA 5LMNK 4WQ5A 4E7HA 3O80A 4B8CA 3DM2A 3QFPA 3CCRN 2D0OA 3THWB 1IG9A 1R59O 1C0GA 1MA9B 4PL8A 4QS7A 4BY9C 4LD0A 4F2SA 1NK5A 3AGKA 4AM6A 3H3OB 4B9TA 4J2DA 1UA0A 4DTXA 4FJ8A 1SL1A 2FXUA 4IZ9A 5E41A 1HNXK 2QKBA 1S1WA 4FWMA 5AQOA 1WOQA 3DLEA 1TL1A 4WYBA 1S6PA 3RMAA 4KV8A 1T3VA 4OGCA 1BA0A 3THXB 2WC9A 4N56A 2Z1GA 3ULEA 1HKBA 4CHQA 4YOYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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