2QKBA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 20-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
b'GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase/dna/rna
total genus 45
structure length 152
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkbA00
2DFEA 1VSEA 3LP2A 3SV4A 3HPGA 4KRFA 2GUIA 3AVKA 1RDAA 3AA4A 1T7PA 4CEZA 2YKMA 2OA8A 1BCMA 1JLBA 1RTIA 3OYCA 1DTTA 2JGUA 4E7IA 3NF8A 4I9LA 1RBVA 3ISNC 4OPJA 1HYSA 1Q9YA 3TABA 3D0PA 4FLXA 3L3UA 2IS3A 4OKJA 3FFIA 4LH4A 1W0HA 1ASUA 2W42A 3IAYA 1ASVA 3L3VA 3JSMA 1BI4B 3MXJA 3KLHA 3QETA 3ZSYA 2YKNA 4CHZA 4KTZA 3ZT3A 5SWMA 2KW4A 4E7JA 1TL1A 4FLYA 1EKEA 4IG0A 3ZSRA 2PZSA 1QTMA 1ZBFA 3C6UA 3OYJA 3TAMA 3T19A 5HRSA 4CJ4A 4CGJA 3S3OA 1S1UA 2BE2A 4OVLA 4B8AB 1QQCA 1TVRA 4N5SA 1HQEA 3NGIA 1NJWA 3HO1A 3DI6A 3CFOA 1QSSA 2YNHA 4B9MA 1J9AA 1NK5A 5CYMA 3NGZA 3AVLA 4OKEA 4BWJA 3RMCA 3KTQA 1BGXT 4ID1A 1KVBA 1WSIA 3OJSA 4FXDA 4FK2A 4QOZB 4RW6A 2VG7A 2YNIA 4CK1A 1JLQA 4DF4A 4CHQA 3QNOA 2G8FA 3AO3A 4CE9A 4W5RA 3QEXA 1S1XA 3DLEA 4LY7A 3PUFA 1VSMA 1WSJA 4B8CA 1WAFA 4J2BA 4PQUA 2HHXA 1S1WA 3K59A 3LPTA 1FKOA 2FC0A 4CF9A 3NFAA 1KLMA 3SJJA 4C8NA 4DTSA 3L2VA 3I0SA 5CZ2A 1YTUA 3QIPA 3V9ZA 3V6DA 3ZSXA 3TAGA 3SQ1A 3AVMA 4EZ9A 3LZIA 3OYAA 4EP4A 3RR7A 4DFPA 1L3UA 4FJXA 3NF9A 3V9UA 1G15A 1TAUA 1NKCA 1BHLA 3DRPA 3WNGA 2D0BA 2PYJA 1UAXA 2OZMA 5DK5A 4EP5A 3EY1A 4DSFA 4RW8A 5HRRA 4CFDA 5KRTA 4DTJA 4KHUA 1BISA 3CFPA 3PO4A 3SPYA 1SL0A 3NF6A 1CXQA 4B9VA 5D3GA 2DTUA 3ZSOA 2AJQA 3SQ0A 3AVIA 4GVMA 1KLNA 4FJMA 3ZSZA 4E0DA 3ZSVA 3S9HA 4B9UA 4FJJA 3AVHA 1SKRA 1HYZA 1LV5A 1QSYA 1TKZA 1RCHA 3RRGA 1X9WA 4BE0A 2RN2A 2E6LA 4JLHA 2HHTA 4RW4A 3VQ5A 2XRIA 1CZ9A 3QERA 3SPZA 3LAKA 4OKKA 3HYFA 3T3FA 4OLBA 1QHTA 3MXIA 3NBPA 3U6FA 3AA2A 3CFRA 4DG1A 4CK2A 1YTAA 1XWLA 1UA1A 4FJHA 4M3TA 4FYDA 3OYIA 4FJGA 3HPHA 4F4KA 1MU2A 4JS4A 3VA3A 3ZT0A 4XIUA 3DRSA 3A2FA 3OYBA 2IAJA 2XY7A 3ULDA 3M8PA 3AVGA 1EETA 2X6SA 4N47A 2F96A 3RRHA 2BDPA 2G8IA 3QEPA 5HRPA 4QAGA 5CYQA 1X1PA 3G10A 1NK6A 4Z4GA 1RDBA 1S9GA 4BDZA 3NHGA 3EZ5A 4CIGA 3AVNA 1BQMA 4CJLA 3SV3A 2A1RA 4J2AA 4BWMA 4CGFA 3OVNA 1TAQA 4O0JA 3QEWA 1WN7A 1BI4A 4CJ3A 3O3GA 3OYDA 3RMBA 4O0IA 4CJPA 1QS4A 4NCAA 3C6TA 1RT2A 4BDPA 1LAWA 3NAEA 3OS2A 1TK0A 1UWBA 3V1RA 1DTQA 3M8RA 2XY8A 1UA0A 1D9FA 5FDLA 3V4IA 4KTQA 3VQ6A 2Q3SA 3DM2A 2OPRA 3V9XA 3PX6A 1X9SA 1W9HA 1L3SA 5C25A 1TK5A 3DLGA 4IBNA 1RT1A 1TKDA 3I8DA 4DTXA 4F3OA 4DQPA 4B9LA 4BE2A 1ZBUA 4AHSA 4CJEA 1XHZA 1C0UA 2YNGA 4KO0A 1C0TA 4I2QA 1ASWA 2OPQA 3KK1A 3KK2A 3MAQA 4AHUA 2GBZA 5J2QA 1NK0A 4CCHA 1T8EA 4FK0A 4O44A 3U3GA 4AHVA 2I5JA 1IKWA 4DU4A 3LWMA 1C1AA 1JL1A 3SZ2A 3SNNA 4ZTFA 1WNSA 4E7LA 4CK3A 3ZT1A 2G8VA 3VQCA 1LAVA 2RPIA 3O4QA 4ID5A 3WNFA 4DTOA 3RMAA 3S3NA 3LP3A 2QKKA 3F73A 3TAEA 2BANA 1KFSA 1JLCA 2Z1JA 4FLZA 4FLVA 2YHBA 1RDDA 2D5RA 4DTUA 5FRMA 4CHPA 1VSHA 1QSLA 4IKFA 1JXBA 4CEQA 4KHNA 1NKBA 3UIQA 3TAQA 4PY5A 4E7KA 3OS1A 4KFBA 1JLEA 4DWIA 4KHYA 1C0MA 4ZHRA 2XHBA 2ATQA 4HHTA 2HHWA 3ZSQA 4M45A 2ZD1A 4E1NA 4KI6A 3DYAA 4N41A 2HVIA 5J2PA 1U48A 5I42A 1CLQA 4FJ8A 3VN5A 3VQ8A 2EX3A 4ZTJA 4C8OA 1LW0A 4FZXC 1KFDA 1VK0A 4DSJA 3D45A 3C95A 3CM5A 4CEFA 4CF8A 4IFVA 2P51A 1EP4A 4KHWA 3ZCMA 4CJRA 3AO1A 4OJRA 2X74A 4DFJA 3AVJA 5KGWA 3MEEA 3VQAA 4FLUA 3I0RA 4M41A 3F9KA 4C8KA 3CG7A 3HXMA 4C8LA 4FW2A 1K6YA 1S6QA 3VQBA 4AHRA 1RT5A 4CJWA 1YT3A 4J2DA 1NK8A 4FM2A 3SQ2A 3MECA 4CJ5A 1I3AA 3KLEA 3V9WA 4DSEA 4OPKA 1NK7A 4FK4A 1SKSA 4K8XA 3HJFA 4M3RA 5KRSA 2KFNA 1B9DA 1U49A 3ZT4A 2HNDA 3RMDA 3HSTB 4F3TA 1JLAA 4HUEA 4DSKA 2IOCA 4I2PA 2G8UA 1HYVA 1RBSA 3VQDA 4E19A 3M8SA 3QEVA 4Z4FA 4KREA 2WOMA 3B6PA 2HNZA 5CY4A 4CF1A 2XY6A 1IH7A 4CESA 5I3UA 4KB1A 4CF0A 4CHYA 4J2EA 4FJKA 3NH0A 3NDKA 2DFHA 4CGHA 3DOKA 3OY9A 3AVFA 4IFYA 3T1AA 3AA3A 1HRHA 1NK9A 3HPOA 4Z4CA 4MFBA 2RF2A 4FZYA 3OYFA 4KHQA 2Z1HA 4DSIA 1TKTA 3OYHA 3L2WA 4NCBA 3IS9A 3P83D 4G1QA 1BIZA 1I39A 4Q5VA 4DTMA 4I9QA 1JLGA 2HMIA 4O5BA 1RBUA 2KFZA 3OYMA 5K14A 3IG1A 3VQ9A 3BDPA 3LAMA 4OLAA 2R7YA 2B5JA 1VSIA 3AVCA 4O55A 2ITGA 5KGXA 3OYEA 3NH2A 3K58A 1XC9A 1WSHA 2D0AA 3LALA 2F8TA 2VG5A 3DOLA 1RT3A 4CJUA 4Z4HA 4DQIA 3V1OA 4AHTA 2O4IA 3ASMA 3O3FA 4CGIA 1CZBA 4ELUA 3DLKA 1FK9A 1GOCA 1VSFA 4GW6A 4UQGA 2X6NA 1EX4A 1RBTA 3K2PA 5C24A 2OZSA 4OGEA 3PX0A 3KD5E 4E3SA 3LDSA 1IKXA 1TL3A 4DLGA 2HW3A 2PY5A 4OGCA 4W5TA 2O4GA 3ZT2A 4N76A 3AA5X 1S6PA 3VA0A 3TAFA 2VG6A 3KKSA 4CHNA 1JXEA 3DLHA 4CFAA 1SKWA 3HL8A 4M3ZA 4Z4IA 2B6AA 4ICLA 4CJVA 3L8BA 3EYZA 4FLWA 4F2SA 2QK9A 3PO5A 5JS1A 1NOYA 4E1MA 1GOAA 4Y1CA 3L2RA 3OYKA 4DLEA 3M8QA 1VRTA 4W5OA 4DTRA 2ETJA 3U3YA 1X9MA 1LW2A 3HP6A 5SZTA 1CXUA 3THVA 3AO2A 2D0CA 4CJKA 3QESA 4DS4A 5HP1A 3ALYA 3OYNA 2EHGA 5J2NA 4TSXA 4Y1DA 1SL1A 3PY8A 3AO4A 4DU3A 4B9NA 3K57A 1J5OA 1QE1A 4DFMA 1ZYQA 1KVAA 3HVRA 2QKBA 1VSJA 3KLIA 1D8YA 1C1BA 1U04A 4HUFA 4AHCA 3SUNA 3RR8A 3VQ4A 4C8MA 4PA1A 1F21A 1WLJA 4FM0A 4KI4A 3ITHA 5T7BA 3OS0A 1NK4A 3CM6A 3HM9A 4M3YA 4FJ7A 4CEDA 3L2QA 1D5AA 3TARA 1WSGA 3SUOA 4FJ9A 1REVA 2P1JA 4M42A 3AVBA 3WNEA 1JKHA 1LWCA 1Q8IA 1C1CA 1YVUA 4IG3A 3G0ZA 4B08A 5HRNA 1IO2A 2PYLA 2RKIA 2ZQBA 4Q0BA 1HMVA 2IDOA 1KSPA 1VRUA 1JL2A 4BE1A 2E4LA 1L3TA 4LSLA 4KKOA 1VSDA 4LSNA 1NJYA 4KHSA 4W5NA 1T03A 4DTNA 4CIEA 4FW1A 4YNQA 4KV8A 3CQ8A 5HBMA 4HUGA 3BGRA 3HK2A 2KTQA 2QXFA 2XY5A 2KZZA 3E01A 2IC3A 3OYGA 3AVAA 4FZZA 4DQRA 3AO5A 1LWFA 5J1EA 1Z25A 3LZJA 4QCLA 4KB0A 1B9FA 3TANA 1ITGA 1LWEA 2DY4A 3KK3A 4DTPA 1NJXA 5E41A 4HVJA 1BL3A 3OJUA 4H4MA 4KPYA 3K5LA 4PWDA 3VQ7A 3VQEA 3SQ4A 5J2MA 1NJZA 3V81A 4M3XA 4ELVA 2YNFA 2FBVA 2Y1IA 1R0AA 5JS2A 1HJRA 4Z4EA 1RT6A 4CF2A 4W5QA 1TK8A 4FJNA 4CEAA 4I7FA 1HNIA 3LPUA 3O4NA 2DFFA 3MEDA 1A5XA 4CERA 4CJQA 5C42A 1XHXA 2FBYA 1RNHA 4FVMA 3S3MA 4CJFA 3SUQA 2X78A 2Y1JA 1RBRA 2B4JA 1WAJA 2YHAA 4E89A 1T05A 3K5NA 4DSLA 1WSEA 1KCFA 3NE6A 4YFUA 2Z1IA 4E7HA 2G8KA 2OPSA 4CHOA 5HROA 3PV8A 4FJ5A 4NYFA 1RDCA 3LANA 4DQQA 1FKPA 4CEBA 4O4GA 4CJTA 1RTDA 4JRPA 3SCXA 2WONA 4DS5A 1KVCA 4NYNA 4CGGA 2P5GA 2P5OA 4KAZA 4KTWA 4M3WA 4FJIA 1TGOA 4H4OA 3ZSWA 3RTVA 3HT3A 2HVHA 1BCOA 1U4BA 4MQ3A 2F8SA 1J54A 2A1SA 1RTJA 1GOBA 4LH5A 1ZBHA 1IKYA 3SI6A 1SL2A 4AILC 4GMJB 4B3OA 2LSNA 2HNYA 4HTUA 2IGIA 4RG8A 3P5JA 1WSFA 4IDKA 3JYTA 3V9SA 3KLFA 4DU1A 4F2RA 2BGGA 2HHSA 3KD1E 3QINA 1Q9XA 4EZ6A 5EU7A 1RILA 4LD0A 3H08A 4CGDA 3VQPA 2ZE2A 4AH9A 3SYZA 3MXMA 3P1GA 1FXXA 1C6VA 3DRRA 4N56A 3B6OA 3V1QA 4FCYA 4CEOA 3KLGA 3TWHA 3NGYA 1NKEA 4B9TA 1TKXA 4DF8A 3KIOA 1S1TA 1UOCA 4BDYA 3IRXA 1S9EA 1N6QA 1N5YA 4CIFA 1JLFA 2Z1GA 4RW9A 3O3HA 3TI0A 2OPPA 3OYLA 1A5WA 5DMRA 1SUQA 3QO9A 4B9SA 4H8KA 1Y97A 4FLTA 2FBXA 5CZ1A 4Z0UA 3VQQA 1Z26A 2JLEA 1U45A 1IG9A 3TAPA 3DLBA 3MEGA 4FM1A 1L5UA 1BQNA 1SV5A 5KTQA 4R5PA 4DQSA 2G8WA 1KRPA 4CFBA 1VSKA 3LWLA 1XI1A 1RT4A 1O1WA 4DMNA 3PX4A 2OYQA 2HB5A 3AV9A 3CYMA 3WNHA 3HVTA 3LP1A 4FJLA 2KQ2A 1J53A 1EXQA 5FROA 3L2UA 4ELTA 2HHQA 3TR8A 1KTQA 3KKRA 3K5OA 4CEEA 3DMJA 3QNNA 2KZMA 1VSLA 4CECA 1TV6A 4NCGA 4HCBA 1ZBLA 1HQUA 3QIOA 4F8RA 4DFKA 3DLRA 2YV0X 1S1VA 3HP9A 1HPZA 4L8RB 4HCCA 1BIUA 3LP0A 1RT7A 1HNVA 1U47A 2G8HA 4CFCA 2NUBA 4JS5A 2HHVA 3NF7A 1ZBIA 2E6MA 4M3UA 3QEIA 2VWKA 2HHUA 1A5VA 1L3VA 4K8ZA 5FRNA 2XO7A 3NCIA 3KJVA 1S5JA 3K5MA 2FBTA 2GV9A 3QLHA 5HLFA 3RWUA 5KI6A 1NOZA 4PUOA 4CJSA 1B92A 3C94A 1RTHA 4RW7A 3SUPA 3NH1A 1D9DA 4BACA 4WE1A 4JRQA 1DLOA 1IKVA 2VWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRCA 3HPGA 4AF1A 5AFUA 3VEOA 1I94K 2YKMA 3QBXA 2JGUA 2A40A 4OPJA 4AM6A 3LM9A 3D0PA 4FLXA 3L3UA 4DR7K 3MXJA 4YOYA 1TUYA 3ZT3A 1NG9A 3CETA 1ZBFA 3C6UA 4FOEA 4YOTA 2BE2A 3L0QA 4B8AB 1QQCA 4N5SA 3HI0A 4CBXA 4BG9A 1QSSA 1MWKA 3WXMB 1J9AA 3NGZA 4BWJA 3KTQA 1S22A 4FPAA 3LDOA 3SLCA 4DF4A 1JLQA 3QNOA 3AO3A 1HKGA 4W5RA 3C65A 4LY7A 5M1FA 4J2BA 1QVGM 1KXPA 1BUPA 4C8NA 1YTUA 5JLHA 2ZJRL 3TAGA 3SQ1A 1EWRA 3AVMA 4EZ9A 4LF4K 5E84A 3RR7A 1G15A 1E3MA 3WNGA 2D0BA 3FE1A 2OZMA 4XH4A 2NRHA 4DSFA 3VTHA 3CFPA 4DV1K 1SL0A 4BQLA 2DTUA 3ZSOA 1HX1A 2AJQA 2UYTA 4FWNA 4V19S 3ZSVA 3S9HA 4B9UA 1SKRA 1QSYA 1J6ZA 2RN2A 4JLHA 1NGDA 4ILHA 4CZHA 3L4QA 1NGJA 1Z6RA 1GLLO 4OKKA 4BRPA 1QHTA 1XMQK 4FJGA 4JS4A 1HNWK 3ZT0A 2XY7A 4JI6K 3CMEN 3M8PA 1EETA 4IJNA 3FFKB 4JYAK 5KPTA 1NK6A 4Z4GA 1RDBA 3EZ5A 2A1RA 3SV3A 3JXUA 3OVNA 1QQNA 3O3GA 5MLCQ 4NCAA 1LAWA 1TK0A 4EIAA 1WB9A 3V1RA 1DTQA 1YJNN 2XY8A 1NLVA 5GAHP 3MCAB 3NVMA 2OPRA 3V9XA 1X9SA 1L3SA 1W9HA 1RT1A 1ZXOA 2P9IA 4DTXA 4F3OA 4B9LA 3NMUA 3MN9A 1IBMK 1ASWA 2OPQA 5J2QA 4AHUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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