2ZGYA

Parm with gdp
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDELDSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Plasmid segregation protein parM
publication title Molecular structure of the ParM polymer and the mechanism leading to its nucleotide-driven dynamic instability
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Structural protein
total genus 102
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zgyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zgyA01
4FPAA 2E20A 3LDNA 4CZKA 2P9IA 5BN9A 2YI1A 3MN6A 4BGAA 1Q18A 4RWTA 2WUSA 4H5RA 2NLXA 2ASPA 2KHOA 1BO5O 4FL9A 1IG8A 3H1QA 2QWQA 2F9TA 5AQXA 2GWJA 1ZXOA 3CJ9A 3MK6A 1Y64A 1NM1A 3QFPA 2E2OA 1JCEA 2P9LB 1X3MA 5AQLA 3QBWA 4YDUC 5BREA 2BTFA 4H0XB 1S3XA 2YCHA 3FGUA 3C0BA 5BR9A 1J6ZA 4IJAA 2ZWHA 3AAPA 3LDPA 4NB4A 4BR9A 3SMPA 5ADXA 5E26A 3LM2A 1K8KA 1NGJA 4XEIA 1MA9B 1Z6RA 5BRHA 1GLFO 3MN5A 1TYQB 4BRKA 2VYPA 4CZMA 5KQDA 3QMLA 4FSVA 1KAZA 2QXLA 4CD3A 5EVZA 5F2RA 3WEEB 2ITMA 3WEEA 1GLAG 5AQWA 1HLUA 3CERA 1GLEG 3CJ7A 4FWNA 1MWKA 3H6EA 3I33A 1BOTO 2QWLA 5BPMA 4B1YB 4A61A 3D7EO 5E84A 4L3QA 3D2EB 3QDKA 3D2EA 4FWQA 4MLEA 1YXQA 3ZEUB 4E1JA 4CBXA 3ZEUA 3A5MC 1C0FA 2HMPA 3G25A 1QZ6A 2E8AA 3D2FB 4WQ5A 2HF3A 1Z05A 4PKIA 5FPNA 5KPZA 3MN9A 3ATUA 5JLHA 1ATSA 3P4IA 3A8YA 3FZKA 3R6MA 3VGLA 4H5WA 4B1VA 3VERA 3H3OB 1YAGA 5EXWA 3BEXA 2QWMA 1OKJA 3JXUA 3FZMA 3U8XA 3LDLA 5AQRA 4A62A 4CBWA 5CE3A 3CQYA 3VOVA 3B8AX 3ENOA 1G99A 1NGHA 1DEJA 2FXUA 3O1BA 5AQYA 1NGCA 5JICA 4BRCA 2PAVA 3LL3A 4RTFD 4CZGA 3BUZB 4IXCA 3MMVA 1LOTB 5ADXH 4M7XA 5AQGA 4H0OA 3H45C 3DXKB 2QM1A 1S22A 2Q0RA 3CJ1A 3EO3A 1U2VB 3CI5A 3SLCA 3O6WA 4GY2B 3FFKB 5TKYA 3LDQA 1U2VA 4CBUA 3GDQA 4BR4A 3UE5A 3VENA 3H46O 2YHWA 3EN9A 5AQMA 3ZETB 2V52B 3QBXA 4BRAA 5I9EB 3ZETA 2QWPA 2E2NA 3ID8A 3MDQA 1V4TA 1MDUB 4JD2B 3AY9A 3VF2A 4BRLA 4WQ4C 2FF6A 4XH4A 3L4IA 3OHRA 2A5XA 4EAHD 4DQ8A 1BA0A 2D1KA 2W41A 2UYTA 4H5TA 2H3GX 5BN8A 4BRFA 3QB0A 4BR2A 2YJEA 3VEWA 1NGIA 3TU5A 2FLOA 4JN4A 4BR7A 4BQLA 3C7NB 2P9LA 2VCPA 3GOIA 5FPDA 3UKRB 4PL8A 3C7NA 1HKBA 3U9ZA 4BRHA 3UKRA 1YUWA 3ENHA 1XQSC 1RDWX 3CQXA 3EKUA 3KHYA 3EKSA 3H3NO 4BVPA 3GG4A 4BVOA 1T6DA 5B8HA 2A40A 4ISEA 2VWBA 3UKUB 4FPBA 4Z94A 1SAZA 4K42A 4IWVA 3QFUA 3DXMB 3U4LA 4BC3A 4BRQA 3DXMA 3CJBA 1HUXA 2D0OA 3DJCA 4JNEA 3R8EA 1TYQA 5BPNA 5AQSA 1RFQA 3SMSA 2ZF5O 1D4XA 2YHXA 4PKGA 4ISGA 4FWRA 1T44A 3R9PA 4NO7A 4CJ7A 1NGEA 2BUPA 4BROA 3WXJA 2ASOA 4K43A 5AQVA 4DHYA 3J8AA 1GLJO 1X3NA 3VEOA 5AFUA 4H5NA 1YVNA 3ULEB 1QHAA 1ATRA 3S41A 4FWSA 3LDOA 1NGGA 2IVOA 1HKGA 5AR0A 1GLDG 3O08A 1GLBG 1MWMA 4LC9B 3ZX0A 1HX1A 5AQPA 3FR0A 1E4FT 3O1WA 3DWLA 3KVGA 5AQUA 4BC2A 5LJWA 3HBTA 3O80A 2D0PA 2F9WA 3CETA 4XH1A 5EOYA 2FSKA 1QQOA 4BC5A 1BDGA 4J8FA 5EX5A 1SQKA 1KAXA 3A5LC 2Q36A 4JAXA 3D2FA 3JS6A 4BRNA 4B1XB 3GL1A 4B1WB 3UB5A 2V51B 1NLVA 4A2BA 2Q0UA 1DKGD 4F9OA 5BRFA 4EHUA 4KBOA 5JMVA 3HZ6A 4A2AA 1NGFA 1DGKN 2DPNA 5JLFA 1TUUA 2P9NB 1ESVA 4YDUA 2P9NA 4BRDA 4MO4A 4JHDB 1X9JA 5AQTA 4JHDA 3WQTA 3WXIA 3A0IX 5FPMA 3IDHA 2FF3B 2IVNA 5AQZA 3DXKA 2IVPA 1JCFA 2E1YA 2P9PB 4WYBA 3HI0A 2P9PA 5KPTA 4HWIA 3WQUA 2NZTA 3QICA 1V4SA 2P9SB 4H0VB 2P9SA 5BPLA 2I7PA 4BR0A 4BQZA 2A41A 1NMDA 1ZBSA 3O8MA 4CD1A 3WT0A 4JD2A 3VEVA 3WXKA 2CGJA 2P9UB 4H0PA 5AFUH 2P9UA 1QQNA 1XUPO 4M63C 3FLCO 2V7ZA 4I6MB 2AA4A 2J4RA 3SK3A 4BRMA 2IIRA 4I6MA 3VPZA 5LJVA 3HM8A 1CZAN 5AQIA 1KAYA 4FOEA 2QWOA 4HTLA 1NGAA 3CHWA 5AQJA 1BUPA 4BRIA 5LY3A 5KPRA 2P9IB 4K41A 1EQYA 4PL7A 3SJHA 2CH5A 4WQ5C 4EIAA 5KQ8A 3WXLA 4AM7A 4BC4A 4GNIA 5AQNA 2HF4A 3ZX2A 2ASMA 4EFHA 4BRGA 5ELZA 3LM9A 4QS9A 4BRPA 3A5NC 2Q97A 3FZHA 3VF6A 3VESA 1GLLO 3UKUA 3KZBA 1QZ5A 2A42A 2CGLA 4EHTA 1WUAA 1LCUA 3W3DA 4FWMA 2E2PA 4DCHA 5BRDA 2GEMA 3MCPA 2FSJA 4FWPA 2HOEA 4B9QA 2AP1A 3VEYA 1RGIA 3GBTA 4IO8A 4IJNA 2GWKA 1K8KB 2Q2RA 3I8BA 2QW9A 4FWKA 5FPEA 2A6AA 4FO0A 3F9MA 3ULEA 1HPMA 1ATNA 3RSEB 3ZX3A 3RSEA 4M7YA 1BWFO 5F0XA 3M1FA 4C23A 3L0QA 1QQMA 1KXPA 3BF3A 4MLHA 4FWOA 4CZFA 3M3ZA 2GTDA 1NWKA 3L6QA 3BF1A 1HKCA 3FZFA 4CZIA 4CZJA 2A3ZA 4H0YB 3EZWA 3TPQA 3IFRA 2P9KB 1BG3A 3VGMA 1NBWA 2V7YA 4QS7A 2P9KA 5AQOA 1HJOA 2Q1NA 4BGBA 4WQ4A 4AM6A 4IZ9A 4QS8A 4CZHA 3M6GA 1TUYA 1IJJA 3WUHA 3VETA 3AARA 2PBDA 4CI6A 3H1VX 4MO5A 1WOQA 2E88A 4BG9A 3VEXA 2Q31A 2QWNA 2NRHA 3DAWA 5AQHA 2W40A 4BG8A 3AAQA 3HSCA 4Y0WA 5AQQA 4H0TB 3O5BA 3GE1A 4O8KA 3IMXA 1C0GA 5AZJB 2EWSA 3EL2A 3VEZA 5AZJA 3FE1A 3U9DA 4RCHA 2I7NA 3CIPA 1P8ZA 4XH5A 1NGBA 3MN7A 3CJCA 4DB3A 2YHYA 2QWRA 2OANA 2FSNA 4PKHA 5AZIB 4B1ZA 4ISFA 5AZIA 3BP8A 5AQFA 2E1ZA 1R59O 2GUPA 1ZC6A 3VGKA 1BU6O 3FZLA 1SZ2A 3HTVA 3ATVA 4K25A 5F1XA 1BA1A 1NGDA 4B1UB 5AQKA 4CZLA 1GLCG 2ZGYA 4CZEA 3IUCA 4BREA 3CJAA 4H03B 4O5FA 3A5OC 2E2QA 2YJFA 2CH6A 4FWLA 2ZGZA 3O4WA 3W0LA 4FOIA 4BR5A 1T6CA 2GELA 1XC3A 3VF4A 1E4GT 5EY4A 2CGKA 4H5VA 1JCGA 1U6ZA 2D4WA 1H1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JL2A 2E20A 2P9IA 5BN9A 3AVMA 4JKAA 4X62K 4M41A 4BGAA 1QSYA 2OTLN 2OYQA 4DG1A 2F9TA 1KC8O 4CGIA 3MAQA 3MK6A 4HUFA 1NM1A 1Y97A 4M45A 4W5RA 4F3OA 3ZSRA 2P9LB 5J1EA 3NHGA 3HL8A 3T1AA 5C10A 3CCMN 3LZIA 2BTFA 4H0XB 1S1WA 2DFEA 2Z1GA 2VWKA 1J6ZA 4NB4A 3MX2A 4HCCA 4O0IA 3NF6A 3LM2A 4Z4CA 1NGJA 4X65K 1WSJA 4F8RA 1QTMA 4DFKA 4JKGB 4KB1A 4FK2A 4JYAK 1TYQB 4B3TK 1IKVA 3QMLA 3JSMA 4KH5A 3VQ4A 4FSVA 4CHZA 1TV6A 4KPYA 2QXLA 4RW4A 5EVZA 2G8KA 5DM6L 3WEEB 4DR2K 2KFNA 1VQ8N 5KI6A 1J5OA 4C8KA 1CXUA 4YNQA 3NGYA 1GLAG 5FLXO 4DR7K 4BWJA 1MWKA 1TAUA 2WTUA 3THXA 2QWLA 4JI6K 1YJNN 1RT2A 2OPQA 3SI6A 3V9SA 4M3RA 5M1PA 3OYBA 4FJGA 3MWTA 2KZMA 2HMPA 3Q7CA 1N6QA 4WQ5A 1L3UA 2RF2A 1NKBA 1Z05A 4X66K 1JJ2M 3C94A 3TTDA 5HRNA 2G8FA 1HRHA 5JLHA 1LW2A 1S9GA 3KTQA 3R6MA 1S6PA 3VGLA 1YI2N 3CCJN 4CJWA 3VERA 1ZBUA 3M8SA 4B9TA 3H3OB 1C1CA 3OYCA 2O8FA 3NBPA 5EXWA 2JGUA 5CR4A 1OKJA 3U8XA 3FZMA 2BE2A 3DI6A 3TAPA 3AVIA 4CGFA 3ENOA 1G99A 4CJUA 1NGHA 2FXUA 3QEXA 5C0YA 2D0CA 5IT9O 4AHRA 5C2FA 5ADXH 4IXCA 4O8UA 1XHXA 2GV9A 3H45C 3EO3A 3CJ1A 3VTIA 1DTTA 1U2VB 3AGKA 4CFBA 1Q82O 5TKYA 4FM1A 3LDQA 4DWIA 3UE5A 3RTVA 3E1YA 4WF9L 2V52B 3AO3A 3QBXA 4WFNL 4BRAA 4DFMA 2HHVA 4F2RA 3AVLA 1MDUB 1RILA 1BI4A 3SYZA 2FF6A 3O3GA 2A5XA 2RKIA 2OPPA 4DQ8A 4BE0A 4GV3A 2W41A 4H5TA 5CY4A 2YNHA 4BRFA 2D5RA 4BR2A 1RT7A 3O4NA 1WSIA 2Y1IA 1K9MO 4RW6A 4BQLA 2HHXA 2VCPA 3GOIA 1W9HA 4ILJA 5GINA 1HKBA 3CMAN 1SKSA 4M3WA 1YUWA 4Z4FA 1XQSC 1J53A 3NF7A 3HSTB 3ALYA 2XHBA 3EKUA 3KHYA 3EKSA 3H3NO 4FLXA 3AVKA 3S9HA 3AO1A 3AO5A 2VWBA 4FPBA 1SAZA 3RVCA 4DFJA 4IWVA 3QFUA 3DXMB 3U4LA 2RN2A 3TABA 1GOCA 2WOMA 1YT3A 3KK7A 3CJBA 1D9FA 4JNEA 3R8EA 1VQ9N 3LP2A 1RFQA 1D4XA 4DF8A 4ISGA 1NNEA 1RBRA 4NO7A 1KTQA 2HBJA 1NGEA 2BUPA 4YOWA 3WXJA 4FJHA 5AQVA 4ZHRA 1RDAA 3SQ2A 3J8AA 1GLJO 1X3NA 3SCXA 4CFAA 1YVNA 3AVNA 3ULEB 3S41A 1ATRA 4CHNA 2QA4N 3LWLA 1XNRK 2A1RA 2IVOA 4A57A 4FLVA 4FW1A 3T19A 4LSLA 3C6TA 4CESA 1WAFA 5GADP 4JS4A 1E4FT 1HQUA 3DWLA 3KVGA 5AQUA 4BC2A 4PWDA 1WB9A 3IG1A 3O80A 3HJFA 2F9WA 3CETA 5C15A 1RT1A 4BC5A 4RG8A 1WAJA 4J8FA 1K8AO 3K9JA 1KRPA 1KAXA 4B9VA 3QEPA 4Z4HA 1JL1A 3HOTA 1SL0A 3GL1A 4B1WB 2HW3A 5JVGL 1S1XA 1XNQK 1DKGD 4F9OA 3SZ2A 3V6DA 4DR6K 4KTZA 1TKZA 2B5JA 3HZ6A 3CCUN 4R5PA 4HVJA 3I56N 4BE2A 2D0AA 4JK9A 4M3TA 1WNSA 4MO4A 1HNWK 4N47A 5AQTA 1X9MA 3A0IX 1IKXA 3IDHA 3OYHA 2FF3B 2DFFA 2VQEK 3DXKA 4QAGA 4JLHA 4WYBA 3HP9A 4B9LA 3AO4A 4KRFA 4HWIA 4B8AB 3QEVA 4CIGA 2P9SB 2Q3SA 4JI2K 2WFBA 4BQZA 2A41A 1NMDA 1ZBSA 4OLAA 3WXKA 2D0BA 1YVUA 2CGJA 4CF0A 4CEAA 4M63C 1JLBA 3PO4A 3ZSZA 4WCEL 2AA4A 4ZTJA 4E3SA 1KAYA 4JKCA 4NCBA 4FOEA 1RT5A 2W6KA 3EY1A 1FJGK 3AA2A 3CHWA 5AQJA 3HP6A 5LY3A 5KPRA 2HVHA 1EQYA 3E9OA 4U67L 3OS2A 5CZ1A 2O8DB 5KGXA 4AM7A 3TAGA 4DR5K 4EFHA 3NF9A 2NRZA 4K8XA 3MX5A 2Q97A 3VF6A 2ZJRL 3VESA 3UKUA 4DSJA 5LMUK 1BHLA 4FM0A 3CM6A 5BRDA 4JKEA 3ISNC 3MCPA 2FSJA 4B9QA 3R1XA 3VEYA 4BWMA 1Q81O 1N34K 2HBLA 2GWKA 1WSHA 3I8DA 2YHAA 4CEOA 4FO0A 1RDUA 3E66A 3ZX3A 1IKYA 1RTJA 4M7YA 1LWCA 1U49A 3HOSA 5HROA 3T7ZA 1VSIA 4U7BA 4FWOA 4CZFA 3M3ZA 1RBUA 1HKCA 1HYZA 4CZJA 3L3UA 4FJXA 1NK4A 3TPQA 2G8WA 4V19S 4QS7A 3CMEN 1B9DA 3OYNA 3OVNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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