1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
1A5XA 4DTOA 4CJ5A 4W5QA 4AHUA 5J2PA 1RTHA 3C6UA 4OKKA 4GVMA 3SQ1A 3LWMA 4E0DA 3AA4A 3QEPA 2D0CA 4CHNA 4N5SA 1VSKA 3AVAA 3DYAA 4RW9A 4CJWA 1R0AA 4DU3A 3C6TA 3CQ8A 3V9WA 3V81A 3MECA 1KVCA 1BCMA 3WNGA 3ZT3A 1VRTA 3O3HA 3RTVA 2X74A 4IFYA 2A1RA 4F8RA 2QXFA 1YTUA 4EZ9A 3KIOA 3VN5A 1SL0A 4CECA 4Z4EA 1NKEA 4FXDA 1J54A 3LPTA 3QIPA 4B08A 3OYAA 2HHVA 3RRGA 2HB5A 2ZQBA 3QLHA 4AHRA 1ZBHA 1N5YA 4DQSA 5JS2A 3PX6A 2B4JA 4KHQA 4W5RA 3HSTB 2D5RA 4TSXA 4BDYA 4HCBA 1RDBA 3H08A 3FFIA 1L5UA 4DTSA 5KGXA 2YKNA 4DFJA 2G8UA 3K5OA 4B9VA 3K58A 3ZSZA 4CEFA 2OPRA 1HNVA 1T03A 1CXQA 1RDAA 1KCFA 3K59A 4JRQA 5SZTA 3S3OA 1UWBA 1ZBFA 4O55A 5KI6A 4CE9A 4J2AA 4FLXA 3OYFA 3V9XA 4ELUA 1RBSA 1QQCA 4N41A 1S9EA 4CEQA 1QHTA 4CGFA 3K2PA 3CYMA 1HJRA 4DG1A 3OYDA 3HJFA 3SV3A 1RBVA 1CZ9A 2HW3A 4N47A 1KLNA 1EETA 2IOCA 3A2FA 4O0JA 4DS4A 1DTTA 4CCHA 4FJMA 3P83D 4CJVA 1WSEA 1HPZA 1HRHA 4UQGA 1WLJA 1SKRA 2F8SA 3O3FA 3ULDA 5SWMA 2ITGA 3M8RA 3V9SA 2G8WA 2P5GA 4KHSA 2YNFA 4CJUA 1GOCA 4KO0A 3VQPA 4Y1DA 2FBYA 2OPPA 2OZSA 4J2DA 4M3XA 3LP1A 4O44A 5HRNA 3ZT2A 2I5JA 1RILA 1VSMA 2VG5A 2YNGA 3LP2A 4OKEA 3SPZA 1CXUA 4F2SA 2IGIA 3AO3A 3ZT4A 2F96A 3QIOA 3HPGA 3IS9A 1HQUA 4DMNA 4KB1A 4OPKA 3KLEA 3OYGA 4W5TA 4F3OA 2RN2A 3AVNA 3K5NA 4O4GA 1BISA 3MXJA 2OYQA 2OPSA 1VK0A 3KK1A 1HYVA 1IH7A 3SQ0A 2XY5A 4C8KA 3HK2A 3AVCA 1IKVA 4E7KA 3NF9A 1QSYA 1Q8IA 4XIUA 3VQAA 2IAJA 3DM2A 1Q9XA 3AVHA 4OKJA 2GBZA 4OVLA 4E89A 1SKWA 2XRIA 1J5OA 1T05A 1RT7A 4DTPA 4FLUA 4CESA 1JLBA 5HRSA 5T7BA 1WSJA 1Y97A 4K8XA 1D5AA 2IS3A 3VQQA 1SL1A 1VSEA 2DY4A 1LWFA 3P1GA 5J2NA 1L3UA 4B3OA 3AO5A 1K6YA 4CEBA 2OZMA 1JLGA 3OYMA 4FK2A 2EHGA 5EU7A 2OPQA 3NGIA 3KLGA 1LAVA 3PY8A 3HXMA 3T3FA 5HROA 3B6PA 2BDPA 5HP1A 2O4IA 4LD0A 1HQEA 1W9HA 2LSNA 4DFKA 1GOAA 4YNQA 3KLIA 3O4NA 3MXIA 1NKCA 4DSIA 1J9AA 1NK9A 1ZBIA 1J53A 1WAFA 2YHBA 3SZ2A 4DSKA 4ZTFA 4OJRA 2G8KA 2FBTA 2E6LA 1U04A 4H4MA 3KTQA 4OGCA 4JS5A 1U47A 1ASUA 3ALYA 3C95A 3LZIA 3QETA 1S1VA 3ZSRA 4CHQA 4BE0A 1XHXA 4E7HA 4IG3A 4ID5A 1TL1A 4RW6A 3TAEA 1S1TA 4Z4CA 1NK8A 3DRRA 3WNHA 3S3MA 3RWUA 4I2QA 1VSDA 4CEAA 3PV8A 2FC0A 3AVLA 3CM5A 4YFUA 2XHBA 3V9UA 2Q3SA 2HMIA 4DWIA 1JLFA 3NF8A 2P51A 3T19A 1IO2A 4EP5A 3K5MA 3EZ5A 1HMVA 1UA0A 2ZE2A 4BWMA 1HNIA 2HHSA 2KZZA 2YV0X 2KQ2A 3EY1A 3NF6A 1S1XA 2GUIA 2HNZA 1TKTA 1RT4A 4ELTA 1ASWA 4CERA 1CLQA 1X9WA 2YHAA 4EP4A 4CHYA 4CJEA 4CIEA 4DU1A 4FJJA 1FKPA 3LANA 4MQ3A 4C8LA 4HUFA 4KV8A 4E1MA 1EXQA 1UA1A 4OLAA 3MAQA 1NK7A 4RG8A 4N76A 2FBVA 1O1WA 3AO4A 3CFPA 1NKBA 3KD1E 3HYFA 3TAMA 4FLWA 4DSJA 1C1BA 1C0UA 3OJUA 3VQ4A 4CFAA 1TAUA 3LALA 1BI4B 2FBXA 2Z1JA 4KHWA 2BE2A 4BACA 3VQ9A 3VQEA 4AHSA 3OYBA 4HHTA 1ZBLA 5CY4A 4W5NA 3OYJA 3WNEA 1RT2A 1BHLA 1NJWA 4M41A 2E6MA 3JYTA 4FZXC 4FJ8A 1KFDA 2G8FA 3K5LA 2WOMA 1QSLA 1LAWA 4RW7A 4M3RA 2BGGA 1NJXA 3CM6A 3NDKA 4AHCA 2RPIA 3MEDA 4K8ZA 4KFBA 1WSFA 2B6AA 3AVGA 3NGYA 3KLFA 4FJ5A 2VWJA 1WNSA 3SUOA 3IRXA 4CJ4A 1RTDA 1BCOA 4CK1A 3QEXA 4AH9A 2PYJA 1QTMA 1TV6A 2D0BA 4KTQA 3OJSA 1T7PA 4C8MA 4FK4A 2DTUA 2JGUA 3AA5X 3D0PA 1FXXA 1N6QA 4L8RB 4GW6A 1VRUA 2A1SA 1U4BA 3OY9A 3ZT0A 4IG0A 3DLRA 3NH1A 2X78A 5HRRA 4ZHRA 3OS0A 3OYHA 4I7FA 1U49A 1NK0A 1DLOA 1F21A 2HHQA 4CJLA 4NCGA 3AA3A 3ISNC 1RT6A 4DFMA 3I8DA 2AJQA 1NK4A 4FYDA 3TWHA 3L2RA 3KKSA 4KTWA 2EX3A 1KSPA 1S6PA 4B8CA 4CJTA 5FRNA 4E7JA 4LH5A 4DSFA 3HP9A 4DF8A 4F4KA 3AVKA 3OYCA 3HPHA 4JS4A 2HVHA 3RMCA 4ZTJA 4DTMA 4FM0A 1FK9A 4HVJA 4FJHA 4M45A 3V6DA 3V4IA 1EX4A 3AVIA 2P1JA 4Z4IA 3DRPA 1TKZA 1D8YA 2G8HA 4LH4A 2YNIA 4CGHA 1KVBA 3VQ7A 3TABA 1QS4A 3CG7A 2IDOA 3OYKA 5I3UA 1NJZA 5HLFA 3DLHA 4KAZA 4DSLA 4I9LA 1C6VA 5KGWA 3U3GA 3VQCA 3PO4A 3RRHA 4DQQA 3TAGA 3V1RA 4WE1A 1RT1A 3G10A 3AA2A 3ZCMA 3JSMA 4E7IA 1C0TA 3D45A 3QERA 3SNNA 4PA1A 1SV5A 1RT5A 1JXBA 3QEVA 2DFFA 4FJIA 3OYIA 4MFBA 4CHZA 3VA3A 2ATQA 4FZYA 1EKEA 3SQ2A 1Z26A 1JKHA 1VSFA 4CJPA 3RR7A 4CJKA 4E3SA 2RF2A 4CGIA 4DFPA 1NOYA 1TK5A 4KB0A 3DOLA 4CEZA 1ZBUA 4JLHA 3L2VA 4DU4A 2PY5A 2P5OA 1XC9A 1I39A 1LWCA 4DTRA 1D9FA 4ELVA 3SJJA 4CJFA 3DI6A 3OYEA 1JLAA 4CEOA 3MXMA 1WAJA 4G1QA 4DTUA 3TANA 4DTNA 3U3YA 4NYFA 2G8VA 1RBUA 4W5OA 3IAYA 3S3NA 4Q5VA 4CF9A 4BDPA 1L3TA 4F3TA 4NCBA 4CK3A 3QINA 2HHWA 1JL1A 1RNHA 1VSLA 4BE1A 4FJ9A 2Y1IA 3LZJA 1JLEA 3SYZA 3NFAA 1DTQA 2XY6A 3C94A 1JL2A 3M8QA 5HBMA 4Z4GA 1LW2A 3S9HA 4M42A 1ZYQA 1NK6A 1IKXA 3MEGA 4KKOA 1VSJA 4QCLA 2JLEA 3VQ5A 4I2PA 5CYQA 1JLQA 1TVRA 1KRPA 3I0SA 4CJSA 4DF4A 1T8EA 5CZ2A 4Z4HA 3L2UA 3L3UA 4DQIA 2XO7A 4Z0UA 1RDDA 3VQ6A 3NF7A 1TK8A 4FVMA 3BDPA 4FJGA 4DTXA 3CFOA 4RW4A 2KFZA 4AHTA 2QKBA 4ICLA 4C8OA 4B9UA 3F9KA 1X1PA 1S9GA 4FJXA 4KHYA 4KREA 1WSHA 2HNYA 3BGRA 4CEEA 3KLHA 3VA0A 3L2WA 3SI6A 2PZSA 4FK0A 4KI6A 4ID1A 5C25A 2X6NA 3L8BA 1WSGA 3LWLA 4H8KA 4CJRA 3M8SA 3RMBA 4B9SA 5DK5A 3DRSA 2GV9A 3HVTA 4CF8A 3HVRA 2D0AA 1B9FA 2E4LA 3ZSYA 3KK3A 3NAEA 2BANA 4J2EA 3SUNA 1S1UA 4CFDA 4PY5A 4DLEA 1RDCA 1GOBA 4LSLA 5HRPA 1B92A 5C42A 4QAGA 4CJQA 3EYZA 3U6FA 4B9NA 1NOZA 3LAKA 3QNOA 1UOCA 4CF1A 1TGOA 1LWEA 4FJ7A 1BQNA 1RT3A 3HPOA 4R5PA 3KKRA 3VQBA 1RTJA 3RMAA 1QSSA 3I0RA 4CFCA 3LPUA 3KJVA 4E7LA 4M3TA 3TAPA 3QEWA 3NCIA 4DQPA 4OGEA 4PQUA 3ZSWA 3QEIA 1TAQA 3PX4A 4RW8A 3M8PA 4HUEA 4FLTA 3OS2A 1XWLA 4KRFA 4FW2A 2HNDA 1A5WA 4BDZA 3ZSQA 3TI0A 5FDLA 3SV4A 3B6OA 1TKDA 4KPYA 4IDKA 3K57A 1MU2A 3L3VA 1W0HA 1TL3A 1U48A 1CZBA 3VQDA 2QKKA 2HHTA 2OA8A 1C1CA 1VSIA 1WSIA 3ITHA 4PUOA 2Z1IA 2F8TA 1C0MA 1NK5A 3HM9A 3HT3A 4KI4A 4Z4FA 1B9DA 1KLMA 3THVA 3KD5E 4HCCA 4OPJA 3NH0A 1HYSA 2ETJA 3AVFA 3F73A 4CHOA 1XI1A 2XY8A 1BIZA 2NUBA 4CF2A 4N56A 1IG9A 4QOZB 3SPYA 2R7YA 4HTUA 4IBNA 4JRPA 2KTQA 4FLZA 3MEEA 2XY7A 1WN7A 3E01A 4NYNA 1C1AA 3ZSVA 3ASMA 2Z1HA 2DFEA 3OS1A 3PO5A 5KRTA 1BI4A 4B9TA 4B9MA 1IKWA 2X6SA 3SUQA 3IG1A 2W42A 3P5JA 3LP0A 4FLYA 4FZZA 1KTQA 1I3AA 2VWKA 1RTIA 5DMRA 3TARA 3DLKA 3LDSA 3DLGA 1YTAA 3LP3A 4B8AB 4FCYA 3AVMA 3QO9A 5JS1A 3TAQA 4I9QA 4CF0A 1BQMA 3HL8A 1HYZA 4CEDA 5E41A 1TKXA 1L3SA 1Z25A 4PWDA 3SQ4A 4B9LA 4M3UA 2HHXA 3TAFA 1BGXT 4DQRA 4FW1A 4KTZA 4CGDA 3AVJA 3HP6A 5J2MA 3AV9A 3DMJA 5I42A 4HUGA 1RBTA 1IKYA 1S1WA 3AO1A 3ZT1A 4M3WA 2YKMA 4OLBA 2DFHA 1YT3A 3O3GA 1REVA 3AVBA 3SCXA 1FKOA 3DLEA 3L2QA 4F2RA 2KW4A 1UAXA 4FLVA 5J2QA 1NJYA 1X9MA 3RR8A 1Q9YA 3OYLA 1S5JA 3CFRA 4DSEA 1XHZA 4CIGA 2WONA 3OVNA 4LY7A 3ZSXA 4O0IA 1SL2A 1D9DA 4J2BA 2KZMA 3QESA 3V1QA 4DS5A 4FJNA 1RBRA 2YNHA 1KFSA 4CHPA 1EP4A 1VSHA 1YVUA 1LW0A 5KRSA 3ZSOA 5CYMA 4DLGA 3HO1A 1BL3A 3VQ8A 1G15A 2VG6A 3WNFA 3UIQA 4KHNA 4Q0BA 4AHVA 3QNNA 4M3ZA 3AO2A 3PUFA 4H4OA 1QE1A 3NE6A 1TK0A 4M3YA 4NCAA 4KHUA 3LAMA 4FJLA 4EZ6A 4IKFA 4FJKA 4AILC 4CGGA 2O4GA 4E19A 3NHGA 4CJ3A 2Y1JA 5C24A 3PX0A 2RKIA 3O4QA 4O5BA 3V1OA 1ASVA 1A5VA 4BE2A 1JXEA 1U45A 1X9SA 3V9ZA 4BWJA 5K14A 3SUPA 1SUQA 3G0ZA 4IFVA 2VG7A 5CZ1A 1S6QA 4CGJA 2G8IA 2B5JA 3NH2A 2QK9A 1RCHA 5FRMA 1LV5A 3KK2A 4FM2A 2IC3A 4LSNA 2PYLA 1ITGA 4GMJB 2HVIA 4Y1CA 5FROA 3DOKA 3NBPA 4CFBA 3T1AA 5J1EA 5KTQA 1SKSA 4DTJA 3DLBA 3TR8A 4CK2A 3OYNA 4E1NA 1L3VA 5D3GA 2KFNA 1BIUA 1JLCA 3NGZA 2ZD1A 2Z1GA 4C8NA 4FM1A 2HHUA 4CIFA 3RMDA 1KVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKIA 4OKKA 4EHUA 1KAXA 3WUHA 3QEPA 4DU3A 3V81A 3MECA 4M7XA 4IFYA 5GINA 2QXFA 4EAHD 3VN5A 4PKGA 3LPTA 4B08A 2W6KA 3R8EA 5F2RA 3RRGA 3T69A 1NMDA 4FO0A 4W5RA 2D5RA 4HCBA 4BDYA 2Q0UA 1RDBA 3FFIA 4DTSA 5KGXA 2G8UA 3ZSZA 3CJBA 4CEFA 3HOTA 2OPRA 4DV2K 4LF4K 1NG9A 4MLEA 1RDAA 2UUBK 3K59A 5KQ8A 5SZTA 4H0VB 5KI6A 4CE9A 4J2AA 1TYQA 1CZAN 4ELUA 1QQCA 4N41A 1QHTA 3K2PA 3HJFA 1T3VA 1RBVA 3ZLJA 3BUZB 4N47A 4DS4A 2QWQA 3CJ1A 4FWOA 4EHTA 4CCHA 2YJFA 5AQPA 1KD1O 5TKWA 3M8RA 2ITGA 2P5GA 4KHSA 2FSNA 4Y1DA 4J2DA 2P9LB 3CPEA 5FPNA 1G99A 3L0QA 4O8UA 4BRGA 1BO5O 3QIOA 3UKRB 4OPKA 1VQ5N 1P8ZA 3AVNA 3K5NA 3NVKA 5BRFA 5E84A 3KK1A 1HYVA 4IEEA 1NGJA 4CZFA 4DV6K 4E7KA 3NF9A 1QSYA 1Q8IA 3VQAA 4WQ4A 3AVHA 5E26A 2GBZA 4E89A 3VTIA 5HRSA 3FZFA 4KBOA 1D5AA 2IS3A 3VQQA 1LWFA 5J2NA 1L3UA 4B3OA 3AO5A 1K6YA 3H1VX 3OYMA 3MN5A 1MA9B 1SZ2A 2QA4N 3HXMA 4YDUC 4H5NA 2BDPA 4DFKA 4CZLA 1DEJA 3O4NA 1N8RO 3GBTA 4XH4A 4OJRA 1U04A 3A5LC 3HRGA 3CIPA 2VGMA 3ALYA 3LZIA 2BUPA 1S1VA 4CHQA 3P31A 4IG3A 4RW6A 3TAEA 3RSEA 4Z4CA 1NK8A 1VHXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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