1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
4HUFA 4KI4A 4FK0A 3HPOA 2HHTA 4O55A 1BGXT 1FKOA 4FLZA 1XI1A 4NYFA 3LPUA 1X1PA 1L3UA 4ZTJA 3HPGA 3KLEA 3SQ4A 3QINA 2E4LA 4F4KA 4FK4A 4DSKA 4J2EA 3KLHA 3OYKA 1S6PA 4FZZA 4CJ4A 2Z1GA 3V1OA 5T7BA 1NK4A 3PO5A 4C8KA 1RT4A 3F9KA 2O4IA 2E6MA 1IKVA 4DTMA 3QNNA 2BE2A 4TSXA 1NK5A 3AO5A 5CY4A 4OLBA 2KTQA 4KPYA 4CF2A 3QERA 3ZSWA 3LP2A 3WNHA 1TVRA 4EZ9A 4FLVA 1WSFA 4M42A 4GVMA 1ZBFA 2VG6A 2ZD1A 4CEBA 2JLEA 3AO2A 1C0MA 3OS1A 3OYEA 4CFBA 3KD5E 4M41A 4B3OA 1RT1A 2B4JA 1T03A 4FJ9A 4O5BA 1KFSA 3V4IA 4HCBA 4ZHRA 1L3SA 4M3ZA 4M3WA 5E41A 1EKEA 1KCFA 3FFIA 4KTZA 1DLOA 2D0BA 2ETJA 3M8QA 4MQ3A 4FVMA 3VQ7A 3O3FA 3MEGA 1RDCA 3MECA 1KSPA 4I2PA 1VRTA 1LAWA 1UAXA 1WAJA 2OPSA 4EP5A 4KI6A 4O0JA 1RT5A 3ZSQA 3OYIA 1D9FA 1NOZA 4FJLA 2IAJA 3LWMA 4CHYA 1JXEA 1IKXA 1RDDA 3OYCA 4AHVA 4PWDA 2GUIA 4B9MA 1RILA 1S9GA 4DTOA 4FM2A 3KK1A 4NCBA 4DFMA 4M3YA 2HNZA 3RR8A 3UIQA 1RT2A 3M8SA 4B8CA 2YHBA 2G8VA 2G8UA 2O4GA 4CJFA 1LAVA 2XY6A 3SQ2A 3NFAA 2G8KA 4OLAA 3E01A 1BIUA 4RG8A 4OJRA 1REVA 1XHZA 3DRRA 3VA0A 1Z25A 3OYFA 3HPHA 4CGDA 3SV4A 3HSTB 3VQEA 3QNOA 3WNGA 1N6QA 2PY5A 3KKRA 5D3GA 4FXDA 4F3TA 4PUOA 3SUQA 3NF6A 4DMNA 3O4QA 5HROA 5CYQA 1BQNA 1RT6A 3AV9A 1WSEA 3ALYA 4CGHA 3F73A 1BIZA 4KKOA 3QLHA 3CQ8A 2P5OA 5DMRA 3QEVA 3SUNA 3AO4A 4KREA 5HRSA 3AVNA 1ZBUA 4NCAA 1IO2A 4K8ZA 3OYDA 4IKFA 1HYSA 4AILC 3L2QA 3VA3A 3U3GA 3NH1A 4KHUA 4DLEA 4DTJA 1EX4A 4JLHA 3V9SA 1LV5A 3I8DA 1B9DA 1XHXA 1WN7A 3PX6A 1CZBA 2OYQA 1U48A 3HK2A 4FJ5A 1A5WA 5HLFA 5K14A 1ZBIA 1Z26A 1BL3A 1RCHA 2KQ2A 3L8BA 3NBPA 1NK6A 4RW8A 3ASMA 2YNFA 4YFUA 1NJWA 2FC0A 2XO7A 1RBTA 5HP1A 3OYBA 3RRGA 3WNEA 3TARA 1K6YA 3ZT4A 4BE1A 1KVAA 4GMJB 3ZT1A 4DSJA 3OVNA 4CJQA 4OKKA 4FLTA 2X78A 4DS4A 2PYLA 3BGRA 3G10A 4CHZA 4W5TA 4E3SA 4FJ7A 3LWLA 3VQ6A 1JL2A 3NF9A 3QIOA 1S1WA 4CF1A 3OYLA 2XY8A 4FZXC 1VRUA 2KFNA 1DTQA 4LSLA 1LWCA 1HYVA 3OJSA 3RMAA 3V81A 4C8OA 1VSEA 1YTUA 3DLRA 3OYAA 1WSHA 3SZ2A 1HMVA 4DQQA 4AHSA 3NAEA 4CK3A 4PA1A 3NCIA 2KZMA 5HRRA 3EZ5A 1HNVA 3TI0A 4F2SA 1C1CA 3P1GA 1HQEA 1NK0A 2HB5A 4FJNA 3HJFA 3MEEA 4Z0UA 4W5NA 2E6LA 4FJJA 2YNIA 1HNIA 4K8XA 4CFAA 3O3GA 4FLUA 3DM2A 1KVBA 1YTAA 4WE1A 4DQPA 1J9AA 3LP3A 4QCLA 3CM5A 2Z1IA 4CJTA 3LAMA 1ZYQA 4RW9A 1VSDA 1QHTA 3ZSXA 4W5QA 3L3VA 3LAKA 3MXMA 2HNYA 4OVLA 1KRPA 4LSNA 4DF8A 1RBVA 1GOBA 3RMDA 4CJSA 3ZT3A 4IG3A 4J2DA 1W9HA 4CEAA 4EZ6A 4DFJA 1J54A 1G15A 3VQBA 3DMJA 4AH9A 4JS5A 3AA4A 1L3VA 4OGCA 4EP4A 4IDKA 4B9SA 3KIOA 3L3UA 4KTWA 3DLBA 4JS4A 1SV5A 3QO9A 2A1RA 2HHUA 3SPZA 5JS2A 1I39A 2WONA 3LANA 4LH4A 4CJ3A 4FK2A 2AJQA 5HRNA 2D5RA 2RF2A 1RBSA 3NHGA 4BDPA 2RN2A 5KGWA 3C6UA 3OYMA 4DG1A 4B9UA 2RKIA 1FK9A 4OPJA 1QQCA 3K5LA 1WNSA 3I0RA 1TK8A 3DOKA 1ZBLA 4J2AA 4KAZA 3CYMA 4DU1A 3KD1E 1IH7A 1LWEA 1W0HA 4CJ5A 4CJWA 3TAFA 3TAEA 1JXBA 4W5OA 4ZTFA 3ZSOA 1TAQA 4BWJA 3SQ0A 4B9NA 4FJGA 2D0AA 3AVMA 3AA5X 4OKEA 4DU3A 1BHLA 4XIUA 4CHPA 4DFKA 1BQMA 3ZCMA 3A2FA 4DQRA 4DF4A 1S5JA 4AHCA 1S6QA 2YHAA 3G0ZA 3HP6A 2HHSA 3AVKA 4CK1A 4GW6A 4O4GA 2I5JA 5FRNA 3LZJA 3OJUA 5C25A 4FLYA 1EXQA 1QS4A 1NK7A 5CZ1A 2HHXA 3JSMA 4OGEA 2GBZA 3P83D 1KTQA 4CFDA 1S1VA 3P5JA 1ASWA 2HHWA 1WLJA 4CF9A 4DU4A 1UOCA 4IG0A 1ASUA 3DI6A 4CJKA 3TAMA 4QAGA 2ITGA 1T05A 1S9EA 1NKCA 3VQDA 4CGJA 4CHQA 4CIFA 5KRSA 3VQQA 2IS3A 1LWFA 4CJEA 3ITHA 4CJUA 3DLGA 1N5YA 4DS5A 1D9DA 3PO4A 4ELTA 4FZYA 4ICLA 5C42A 2WOMA 3KTQA 3S9HA 2GV9A 4J2BA 1HJRA 4DTNA 2BDPA 2QK9A 4I9QA 4FYDA 4CGFA 5KTQA 1NKBA 3D45A 2XRIA 3C94A 4Q5VA 1VSJA 3L2VA 4Z4IA 1QE1A 2G8WA 1F21A 1C0UA 1C0TA 1GOAA 3C6TA 4DSFA 4CIEA 4M3XA 1IG9A 4FLXA 3LZIA 4M3TA 1NK8A 4RW4A 1Q9YA 1TAUA 3AVHA 4KHYA 4CHNA 3K5OA 2PZSA 1QSLA 4C8MA 3HXMA 1TK5A 3V9XA 5J2PA 4AHUA 3NGYA 2QKBA 4CEEA 4F2RA 2OZMA 5FROA 1RT7A 4CEOA 4CEQA 2FBTA 5FDLA 4UQGA 3CFRA 3NGZA 3TAPA 2P51A 4OKJA 3PX4A 2D0CA 3AA3A 2Y1JA 4HUEA 4N76A 2B6AA 5KGXA 4HVJA 3NGIA 1NJXA 3C95A 1SKSA 2OZSA 4DTRA 3LP1A 5J2QA 1T8EA 2KFZA 2DFHA 2HMIA 1B9FA 2KZZA 3ZT2A 3K2PA 3AVLA 5FRMA 4DSEA 4B9LA 4M3RA 4DWIA 3MXIA 4IFYA 4B9TA 4HCCA 3K5NA 2F8SA 2OPRA 1NJYA 1QTMA 3NDKA 1YVUA 3HO1A 1KVCA 2HHVA 1RNHA 4LY7A 1LW2A 1RTIA 1Q9XA 4F8RA 3OYHA 3OY9A 4JRPA 2Z1HA 3DLEA 3T3FA 3VQPA 4CEDA 3I0SA 1KLMA 1TKZA 3M8RA 1O1WA 3JYTA 1NKEA 4HHTA 1R0AA 1JLFA 3V1QA 4ID1A 3AVGA 4B9VA 3U6FA 1SKRA 3LALA 3RWUA 2Y1IA 3OYNA 1U45A 3TABA 4Z4FA 1VSIA 1D5AA 2VG7A 1JL1A 3ZT0A 1CXUA 1NJZA 5J2MA 4KTQA 1IKYA 3DOLA 1TGOA 1U04A 2LSNA 3CFOA 5DK5A 3KJVA 4LH5A 3PV8A 3S3NA 3SQ1A 1RBRA 4E7LA 1C6VA 3K5MA 5KI6A 5I3UA 1Y97A 2BANA 1HPZA 3K58A 5KRTA 4N5SA 4HTUA 2XY7A 2YNHA 4CJVA 1SL1A 4N41A 3PY8A 4CIGA 1KFDA 4Y1DA 2Q3SA 2VWJA 4FM0A 1IKWA 3VQ9A 2HW3A 4FJIA 4CECA 5SZTA 3QEXA 4FM1A 3QEWA 1EP4A 3HT3A 3SJJA 4BE0A 4I2QA 3OS0A 3V9ZA 2IOCA 4BWMA 1U49A 2ZE2A 3L2UA 3NE6A 2JGUA 1EETA 4PY5A 3VQ5A 2DFFA 1C1AA 3RTVA 4FJXA 3V1RA 3QESA 1J5OA 4CGGA 2P1JA 2X6NA 3DLHA 2P5GA 2HVIA 5CZ2A 5HBMA 4LD0A 1SL2A 3S3MA 3AO3A 3IG1A 2IGIA 2BGGA 4YNQA 1MU2A 3S3OA 4NYNA 3M8PA 3NH2A 4FW1A 4DTXA 1Q8IA 4KO0A 1C1BA 1VSFA 3EY1A 3RMCA 1XC9A 1U47A 4KHNA 3KKSA 1FXXA 1HRHA 4H4MA 2RPIA 1JLAA 2FBXA 1ASVA 3VQ8A 1SUQA 4MFBA 2IC3A 4OPKA 4DTSA 1L3TA 4FJKA 1A5VA 2VWKA 2X74A 4H8KA 4G1QA 3NF7A 3T19A 4R5PA 3KK3A 2FBYA 2ATQA 1WSGA 4RW7A 4E89A 3TAQA 1JKHA 2DY4A 4I7FA 4IFVA 2HNDA 3AVCA 1VSMA 3WNFA 5I42A 1WAFA 2ZQBA 3KLFA 3V6DA 3ZSZA 2VG5A 2R7YA 1SL0A 4DLGA 3O4NA 1TL1A 5SWMA 4DQSA 4E0DA 4NCGA 1S1XA 4FJ8A 2W42A 3B6PA 1X9WA 1B92A 3RRHA 4RW6A 3AO1A 1X9MA 1JLEA 4Q0BA 4KFBA 1TV6A 4O0IA 3BDPA 1BCMA 4Y1CA 3CFPA 3ZSYA 3THVA 2OPQA 3LPTA 1BCOA 3L2WA 1WSIA 4FLWA 3SI6A 4CF0A 1TK0A 1RTHA 1TKTA 4AHRA 2YNGA 3EYZA 1CXQA 4B8AB 5J2NA 3QEIA 5JS1A 4FCYA 3V9UA 2FBVA 1QSSA 2G8IA 1A5XA 3SUPA 4E7KA 3SNNA 4L8RB 1RT3A 4Z4EA 4KRFA 5EU7A 4PQUA 3ULDA 1CZ9A 3B6OA 3KLGA 1HQUA 1RBUA 3AVBA 3HL8A 1J53A 1VSLA 4CESA 4CJLA 3SCXA 3NF8A 1UA1A 3IRXA 4KHQA 2X6SA 4KHSA 3DLKA 2DTUA 1ZBHA 2KW4A 4CEZA 1TL3A 3OS2A 3QEPA 1T7PA 3MXJA 3VQCA 4ELVA 3V9WA 3ZSRA 1RDBA 3CM6A 4CJPA 5C24A 4CFCA 1JLCA 4W5RA 4DSIA 3VN5A 3AVFA 3TANA 3QIPA 3SPYA 1JLBA 3OYJA 3SYZA 1TKXA 4Z4CA 4E7JA 1BISA 4QOZB 1I3AA 2OPPA 4BACA 4ID5A 3VQ4A 4E19A 4N56A 1YT3A 4AHTA 4BE2A 2OA8A 4KHWA 1DTTA 2IDOA 1RDAA 1RTDA 4CE9A 3IS9A 4KB1A 3O3HA 3HM9A 3LDSA 3SV3A 2F8TA 3AVAA 4CHOA 2EX3A 2YKNA 3HVTA 3K59A 2HVHA 4Z4GA 1QSYA 4KV8A 2G8FA 5CYMA 3TAGA 1BI4B 2EHGA 4C8NA 4DSLA 3PX0A 3KK2A 3AVJA 1L5UA 3DYAA 1S1TA 3RR7A 4ELUA 3DRPA 4CK2A 1KLNA 1CLQA 3HVRA 3HP9A 4IBNA 2XHBA 1UWBA 4M45A 1D8YA 1VSHA 3KLIA 2QKKA 4C8LA 4FJMA 3MAQA 1S1UA 1BI4A 1LW0A 4CGIA 3MEDA 4JRQA 2NUBA 4BDYA 1TKDA 4CCHA 3PUFA 3CG7A 4B08A 3T1AA 4CJRA 3AA2A 3TWHA 1VK0A 2DFEA 1UA0A 4O44A 1NOYA 1RTJA 2A1SA 4E1MA 4H4OA 4DFPA 2PYJA 5HRPA 4FJHA 4N47A 3D0PA 3NH0A 1X9SA 3IAYA 4F3OA 3OYGA 1NK9A 4M3UA 3DRSA 3U3YA 1U4BA 4Z4HA 2YV0X 3K57A 1FKPA 2QXFA 1XWLA 3QETA 1VSKA 1WSJA 3H08A 4CEFA 2G8HA 4I9LA 4DTUA 3L2RA 2HHQA 3HYFA 1HYZA 1JLQA 4CF8A 2YKMA 3SUOA 4E7HA 4BDZA 1ITGA 4FW2A 4KB0A 4CERA 3LP0A 1JLGA 3RMBA 3VQAA 3ZSVA 2F96A 4E1NA 2XY5A 3ISNC 1SKWA 2B5JA 4E7IA 5J1EA 3AVIA 4DTPA 4HUGA 1GOCA 3TR8A 2Z1JA 4DQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HUFA 2P9NB 1QQMA 3THYB 3THWB 3P31A 1X1PA 4BVOA 4BRAA 1TYQB 4DSKA 2HBJA 1S6PA 3L4IA 3E66A 3V1OA 1JCEA 3F9KA 5JVHL 2BE2A 2HOEA 4TSXA 3AO5A 5CY4A 4DV0K 4OLBA 3O8MA 4KPYA 4CF2A 3LP2A 1BU6O 3VTHA 1SZ2A 4EZ9A 4FLVA 4GKJK 3ENOA 2VG6A 2JLEA 5HL7L 4CFBA 4M41A 2B4JA 1T03A 4LFCK 2P9UA 3PSIA 4M3WA 1DLOA 2D0BA 3M8QA 4FVMA 1K9MO 3MECA 1KSPA 4QS7A 2VGNA 4CZFA 1VQKN 4X66K 3AAPA 1NOZA 4FJLA 3OYCA 1YVNA 3GOIA 1RILA 3CCLN 4FM2A 3KK1A 2VGMA 4DFMA 4B8CA 3VEVA 2G8UA 2O4GA 4FO0A 4A5AA 3GBTA 3CETA 4WQ4A 1V4TA 3KHYA 3VA0A 1Z25A 5KPTA 3HSTB 3QNOA 1N6QA 3EN9A 3KK7A 5DM6L 5CYQA 3QLHA 5FPEA 5EVZA 3SUNA 3N4QA 5M1KA 3FZMA 4IKFA 2P9SA 4DV2K 4AILC 3NH1A 4BQZA 3NMUA 2YHWA 3M5RA 4KHPK 4DV7K 1LV5A 3PX6A 3H1QA 5HLFA 4CZHA 3L8BA 4EFHA 4RW8A 3E1YA 4FWSA 4LF6K 3RRGA 5LMNK 3ZT4A 1KVAA 4MLEA 4CJQA 5C2FA 3CF5L 3VERA 1O13A 5BRHA 3J7AP 1JL2A 4FZXC 4B3RK 3OYLA 1QVGM 3K0SA 1DTQA 1VAZA 3BF1A 3SZ2A 1RDWX 2RE2A 1MWKA 4DQQA 4AHSA 3EZWA 1SS6A 1VQ4N 4ILJA 1MWMA 4OX9K 1LOTB 2HB5A 2VQFK 5EY4A 1VQON 4YOTA 4Z0UA 2D0PA 3CCSN 3DM2A 3THWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HUF A;  2P9N B;  1QQM A;  3THY B;  3THW B;  3P31 A;  1X1P A;  4BVO A;  4BRA A;  1TYQ B;  4DSK A;  2HBJ A;  1S6P A;  3L4I A;  3E66 A;  3V1O A;  1JCE A;  3F9K A;  5JVH L;  2BE2 A;  2HOE A;  4TSX A;  3AO5 A;  5CY4 A;  4DV0 K;  4OLB A;  3O8M A;  4KPY A;  4CF2 A;  3LP2 A;  1BU6 O;  3VTH A;  1SZ2 A;  4EZ9 A;  4FLV A;  4GKJ K;  3ENO A;  2VG6 A;  2JLE A;  5HL7 L;  4CFB A;  4M41 A;  2B4J A;  1T03 A;  4LFC K;  2P9U A;  3PSI A;  4M3W A;  1DLO A;  2D0B A;  3M8Q A;  4FVM A;  1K9M O;  3MEC A;  1KSP A;  4QS7 A;  2VGN A;  4CZF A;  1VQK N;  4X66 K;  3AAP A;  1NOZ A;  4FJL A;  3OYC A;  1YVN A;  3GOI A;  1RIL A;  3CCL N;  4FM2 A;  3KK1 A;  2VGM A;  4DFM A;  4B8C A;  3VEV A;  2G8U A;  2O4G A;  4FO0 A;  4A5A A;  3GBT A;  3CET A;  4WQ4 A;  1V4T A;  3KHY A;  3VA0 A;  1Z25 A;  5KPT A;  3HST B;  3QNO A;  1N6Q A;  3EN9 A;  3KK7 A;  5DM6 L;  5CYQ A;  3QLH A;  5FPE A;  5EVZ A;  3SUN A;  3N4Q A;  5M1K A;  3FZM A;  4IKF A;  2P9S A;  4DV2 K;  4AIL C;  3NH1 A;  4BQZ A;  3NMU A;  2YHW A;  3M5R A;  4KHP K;  4DV7 K;  1LV5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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