1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
3AVGA 4EP4A 4BDZA 3LZJA 1HQUA 3OS0A 3KLHA 4LH5A 1RBVA 2O4GA 4Z4CA 3S3OA 1BISA 4KKOA 2XY7A 4M3WA 4B9TA 2KTQA 3ISNC 3OJUA 3NGIA 1VSIA 4DQSA 1LW2A 1O1WA 3ZT4A 4R5PA 3OS2A 4LSNA 2D5RA 3KLGA 1D5AA 1IKVA 4O44A 1ZBFA 5HROA 1EXQA 3DLRA 4DFJA 3ZT0A 1N6QA 2OZMA 4F2RA 4DTXA 4DSIA 1W0HA 1LWFA 2IC3A 4CJUA 3VQCA 4I9LA 1IKYA 1WNSA 2YNFA 3CYMA 1X1PA 3DOLA 3QEWA 4NYNA 1S9GA 1BQMA 1TKXA 1SKSA 1VRUA 4OPKA 4B9VA 3CM6A 4FLUA 4TSXA 3K5OA 3LP0A 4KB1A 1RDBA 4H4MA 2E4LA 1KCFA 4IKFA 4J2BA 3RR8A 4FW1A 4LD0A 3T19A 1SL0A 4H8KA 4PY5A 4H4OA 1VRTA 1WSIA 1ASWA 3ZSWA 3CFPA 3QERA 4BE1A 1UAXA 5HRSA 3K5LA 3QEVA 2W42A 3ZT1A 2PYJA 4FM1A 3D0PA 4KHWA 3HJFA 4FYDA 2HVIA 3U3GA 3OYMA 1C6VA 4KO0A 4OVLA 5JS1A 4F3OA 3K58A 1RBTA 3LWMA 5E41A 3NF9A 1JLBA 1BQNA 1U49A 3HP6A 2EX3A 4IBNA 4LH4A 3SUPA 3TR8A 5FRMA 3OYAA 3M8PA 3OYDA 1NKBA 1QTMA 4O55A 1L3VA 1KTQA 1C0MA 4F2SA 4CF2A 4KPYA 4OGEA 1LWEA 1LAVA 3PY8A 3LP3A 4BDYA 4CHNA 5HRPA 1K6YA 4W5TA 3S9HA 4J2AA 4HUEA 1NK6A 3HVTA 3QESA 3TAPA 4FJIA 3LP2A 3A2FA 3NGYA 3C6UA 1I39A 1B92A 1KFDA 2WOMA 3P5JA 4E1MA 4M41A 3VQ6A 1A5VA 1QQCA 2Y1JA 1S6PA 3PX4A 2Z1IA 2KZZA 4C8LA 3AVCA 3SNNA 1TKDA 1KLNA 3SQ1A 4N41A 2HMIA 3DRRA 1UA1A 5J1EA 1CZBA 4N56A 4HVJA 3V81A 2KQ2A 1WSFA 2B4JA 4IFVA 2DFHA 5JS2A 4AHCA 2XY5A 1QS4A 4CHZA 4CJFA 1ASVA 2G8KA 1LW0A 3AVJA 4CJTA 1VK0A 2X78A 4AHSA 1DTQA 4DLGA 3AA3A 3AO5A 3SI6A 3MXMA 1Q9YA 4O0JA 3NF6A 1XI1A 1RT5A 3DRPA 3NH1A 1YTAA 4OGCA 4ID1A 1Z25A 3L8BA 1X9SA 4DQIA 3LPUA 4FZZA 1BIZA 4W5OA 1XC9A 4GW6A 1DTTA 4ZHRA 4N5SA 4FJJA 4QOZB 4FVMA 2D0BA 3QETA 4QAGA 4CEEA 4Z4HA 3SUQA 2HVHA 5KRTA 4FJKA 4CK2A 1CLQA 3IS9A 5KTQA 3M8SA 3L2QA 1T03A 1CZ9A 2E6MA 2IGIA 3RRHA 1D9DA 4ELTA 3JYTA 4FJ7A 1BCOA 5I3UA 1C1BA 1ZBIA 4DSFA 4HUFA 1C0UA 3M8QA 1Q9XA 3HP9A 1TK8A 2ETJA 1S5JA 4PQUA 1J9AA 1RT6A 3PO5A 1Y97A 4G1QA 3WNFA 4B9SA 5K14A 2DFFA 1XWLA 3ZSZA 3OYBA 4BE0A 3V9ZA 3LANA 4M3YA 3BDPA 5HBMA 1RT3A 3TAEA 2G8FA 3KD1E 3NF7A 4ELUA 3CG7A 1ZBHA 2KFNA 3AVBA 1NOZA 4C8NA 3T1AA 4DMNA 4FK0A 1KSPA 4M3RA 4FLYA 2YHBA 2RN2A 4N76A 1EKEA 3QIPA 4CJWA 1C1CA 3TAQA 4FJ8A 1BCMA 2HNZA 3V9UA 2Z1JA 2HHUA 1QE1A 3L3UA 1IKWA 3ZT2A 2YNGA 3HVRA 3SUNA 3ZCMA 5DK5A 1B9FA 3OYNA 2A1RA 4CECA 4E7HA 4DWIA 2IOCA 4FLTA 2QXFA 3WNGA 4F8RA 4CF0A 3KJVA 3K59A 2HW3A 1HNVA 4DQQA 4FJMA 1Z26A 1YTUA 3CFRA 1S1WA 3C95A 2PYLA 3VQPA 1QSSA 4DS4A 4O0IA 4DU1A 3V4IA 3L3VA 1UWBA 1KVBA 3VQ5A 4CGDA 2FBVA 1FK9A 3F9KA 5J2PA 3NH2A 2VG5A 4DQRA 4CGJA 3SYZA 4CJVA 1KLMA 1HYZA 4YFUA 1KVCA 3OYIA 1WSEA 2HHWA 4M3TA 2FC0A 3P83D 2KFZA 4FZYA 2P5GA 1JKHA 2ITGA 1WN7A 2F8SA 3FFIA 4CGIA 1GOBA 3O3HA 3OYGA 4JS4A 3PV8A 1SL1A 3JSMA 4DFPA 4B08A 2ZD1A 4M45A 2EHGA 3HSTB 2KZMA 5KGWA 1HMVA 5C25A 3WNHA 4FM2A 2VG6A 3VA0A 4DF4A 4DQPA 4KV8A 4DS5A 1J53A 1U45A 1WLJA 1RCHA 2HNYA 4CGGA 5SZTA 3OYCA 3THVA 1TK0A 2FBYA 1HNIA 4KTZA 2OZSA 3VQ8A 3KD5E 2BE2A 3CQ8A 1NJZA 1U47A 3AA4A 4DSEA 2FBXA 2JLEA 4DU3A 3LAKA 4M3UA 2HHTA 3ASMA 2LSNA 3TAMA 1L3SA 4I2PA 3AO4A 3RTVA 1JL2A 3TAFA 3EY1A 1HYVA 1VSHA 2P51A 3IRXA 1ZYQA 1TK5A 4F4KA 3O3GA 3V9XA 5T7BA 2G8UA 3KK2A 2RF2A 2BANA 4DTPA 2VWJA 1I3AA 1IKXA 1HYSA 3DOKA 4JRPA 4N47A 4RG8A 4AH9A 1BHLA 1WSHA 2DTUA 3VQQA 5KRSA 4RW8A 4KI4A 2DFEA 3TWHA 2P5OA 1JLGA 1ZBUA 1TGOA 1TV6A 2HB5A 4I2QA 3VN5A 4CHYA 4FJGA 4KHSA 2O4IA 2VWKA 4CEFA 2XO7A 3NHGA 3U6FA 4B9LA 3L2UA 1L5UA 4DTRA 4AHUA 1IH7A 4MFBA 1WSJA 1IG9A 2JGUA 2Q3SA 4O4GA 3HPOA 4FJ9A 4GVMA 4E89A 2OA8A 3K57A 4RW6A 3OJSA 3SV4A 3SJJA 3SPZA 1ITGA 1TKTA 3AVAA 5FDLA 3CM5A 4JS5A 1J5OA 4ELVA 1RTDA 3OYLA 2PY5A 1TAUA 4OKKA 3E01A 2B6AA 4LSLA 1SKRA 2YKNA 3NE6A 1QSLA 3AVMA 2FBTA 2HNDA 1JXEA 2D0CA 1D8YA 1HQEA 4B9NA 3V9SA 3AVHA 3PO4A 4CHPA 1JLCA 4DTNA 4OJRA 1IO2A 4E19A 3DM2A 3NFAA 4WE1A 4C8MA 4CEAA 4ZTJA 4AILC 2HHVA 1WAFA 3OYFA 1XHZA 2Z1HA 2G8HA 3KLFA 2B5JA 5D3GA 2XY6A 1L3UA 4B9UA 3H08A 2OPQA 4HTUA 3QINA 4RW7A 3OS1A 3BGRA 4KTQA 4FXDA 1RT2A 1SV5A 5CZ1A 4DSKA 4CEQA 3TAGA 4O5BA 3NBPA 4FJLA 1RT1A 3SQ2A 1HPZA 2XRIA 3V1RA 3ZT3A 4I9QA 4IG0A 5HRRA 4B8AB 1BIUA 3LWLA 5FROA 3AO3A 3OY9A 1VSLA 1SKWA 4MQ3A 3MXJA 4BWMA 3VQEA 1X9MA 3MEEA 1JXBA 4CJQA 1RT4A 3RMAA 1S1XA 1JLFA 3S3NA 3V1OA 4CFDA 5HP1A 4DSJA 4EZ6A 4W5NA 4AHTA 2OPSA 1LAWA 4PUOA 3SQ4A 4DTUA 2ATQA 1WSGA 1TVRA 5KI6A 3RWUA 3B6OA 4FJNA 4Z4FA 4CK3A 1VSEA 3TABA 2D0AA 3AVKA 4CJEA 2GV9A 2BDPA 3KLIA 2BGGA 2Z1GA 4IG3A 3QEPA 3RMCA 3NGZA 4XIUA 1A5XA 4BACA 4CIFA 4DLEA 2DY4A 4UQGA 1FXXA 4CEOA 1S1TA 4CK1A 3HL8A 1NK8A 2YKMA 2P1JA 1KVAA 4CJ3A 4CCHA 4ZTFA 3UIQA 4W5QA 1BI4A 4E7JA 3HYFA 3KKRA 1NK7A 1KFSA 4BDPA 4J2EA 2HHQA 3CFOA 3MECA 3ZSVA 3NF8A 4FK2A 3I0RA 1BL3A 3VA3A 3RR7A 2F96A 3AV9A 4CGHA 3SV3A 4KHYA 4CJLA 4CFAA 5CYQA 3KTQA 2KW4A 1T8EA 1B9DA 2XHBA 1BI4B 4FK4A 4Z4IA 2ZE2A 3O4NA 4YNQA 3TI0A 4OKJA 1EETA 2IS3A 3IAYA 3PUFA 3IG1A 2GUIA 3L2RA 4Y1DA 4NCGA 4HHTA 1NOYA 2OYQA 1RDCA 3EYZA 4M3ZA 4QCLA 4E7KA 3AVFA 3DRSA 1BGXT 1NK9A 4FZXC 3AO2A 3I0SA 4I7FA 3F73A 3QEIA 3DYAA 5CZ2A 4K8XA 5FRNA 1NKEA 2YV0X 1NK0A 3EZ5A 3G0ZA 1RTJA 4KFBA 1S1UA 3MXIA 3KIOA 1CXUA 1VSKA 4E7LA 3DLBA 3ITHA 2E6LA 4FW2A 2QKKA 3QIOA 1A5WA 1UOCA 2YNHA 3LPTA 4CEBA 1NJXA 1VSJA 5J2MA 3SCXA 4DSLA 4GMJB 4RW4A 2VG7A 3LZIA 4DF8A 4BE2A 1C1AA 4RW9A 3SZ2A 3DMJA 3HPGA 1RDDA 3G10A 2QK9A 1RDAA 4Q5VA 3HK2A 2HHSA 3VQDA 4CJPA 3ZSOA 4CJKA 4E1NA 3DLEA 3SQ0A 2OPPA 4M3XA 1NK4A 2F8TA 5J2NA 3VQBA 4CJ4A 2XY8A 5C42A 4EZ9A 4CJRA 3AA5X 1EX4A 1NJYA 3NAEA 2PZSA 1R0AA 3KLEA 3PX0A 2OPRA 4NCAA 1EP4A 3LAMA 3ZSQA 4CFBA 4EP5A 2RKIA 4HUGA 1RNHA 4FLXA 1ZBLA 1GOAA 4KHQA 4CGFA 4E0DA 1W9HA 4B8CA 2GBZA 2AJQA 1S1VA 1RBRA 1JL1A 3DLKA 3P1GA 4CE9A 1MU2A 4DG1A 1S9EA 1HRHA 2IAJA 3DI6A 3MEGA 5CY4A 1XHXA 1VSMA 3RMBA 1QSYA 3HT3A 4FCYA 3OYEA 1HJRA 4JLHA 1LWCA 2I5JA 3HM9A 3RMDA 4OKEA 2YHAA 4FLVA 4CFCA 4K8ZA 2ZQBA 4CEDA 3M8RA 2X74A 3RRGA 3NCIA 3VQ4A 3C6TA 2Y1IA 4CERA 4HCBA 4FJ5A 1TKZA 5DMRA 3O4QA 4FLZA 1KRPA 4Q0BA 4J2DA 3K2PA 1YT3A 5EU7A 3ZSYA 3ALYA 5J2QA 3QEXA 4Z0UA 3K5NA 3K5MA 5KGXA 4DTOA 1SL2A 4C8KA 4CEZA 4E3SA 4KAZA 3MAQA 4L8RB 1JLQA 2NUBA 1TL1A 1FKOA 3NH0A 1S6QA 1U4BA 1Q8IA 4CIEA 4PWDA 4CF8A 3AVIA 3S3MA 1SUQA 2X6SA 4FLWA 1FKPA 3T3FA 1ASUA 3OYJA 4M42A 1T7PA 1YVUA 3WNEA 4KI6A 2IDOA 4Z4GA 4NCBA 1RTHA 1RTIA 3KK3A 3LP1A 3OVNA 4IFYA 1RILA 1VSDA 3B6PA 4FJXA 3HPHA 2G8IA 4B3OA 3OYHA 4BWJA 3ULDA 3HO1A 3HXMA 1U48A 1N5YA 4KTWA 1GOCA 3L2WA 3AVNA 3SUOA 3AO1A 4ICLA 4CESA 4C8OA 3ZSRA 3LALA 4DTJA 1X9WA 1NKCA 1L3TA 4KRFA 4KHNA 4JRQA 4CIGA 2X6NA 2YNIA 1T05A 2QKBA 4CF1A 4FJHA 1TAQA 2WONA 4KB0A 3VQAA 5CYMA 1REVA 1NJWA 4DTSA 4LY7A 3VQ7A 4CHQA 4DTMA 1LV5A 1TL3A 4AHVA 4FM0A 3KKSA 3QLHA 4OLBA 4W5RA 1D9FA 4PA1A 4DFMA 3AVLA 1NK5A 1RBSA 4DU4A 1RT7A 5SWMA 1JLEA 2R7YA 3O3FA 3V9WA 4KREA 3QO9A 1QHTA 1RBUA 1F21A 5HRNA 2A1SA 4OPJA 4HCCA 3C94A 4F3TA 4AHRA 3DLGA 5C24A 3NDKA 3PX6A 3QNNA 3U3YA 3TANA 2RPIA 4CF9A 4Y1CA 2HHXA 3QNOA 4CHOA 4CJ5A 3MEDA 4NYFA 5HLFA 1DLOA 2G8VA 3ZSXA 1U04A 3VQ9A 2G8WA 4ID5A 3AA2A 3V1QA 3KK1A 3D45A 4B9MA 1WAJA 4IDKA 3V6DA 1C0TA 3SPYA 3LDSA 1VSFA 5I42A 3DLHA 1J54A 1JLAA 3OYKA 1CXQA 1UA0A 4KHUA 4CJSA 4DFKA 3TARA 4OLAA 3L2VA 3I8DA 1G15A 4Z4EA 4E7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VENA 4BDZA 4LF5K 4BC3A 1XNRK 2FSKA 3ISNC 3NGIA 4B3RK 3ZT4A 3OA9A 2UXDK 2D5RA 1IKVA 3M1FA 2RHKA 4BRNA 1EXQA 2O8DA 4XH5A 3ZT0A 1N6QA 1ATNA 4DSIA 1W0HA 4CJUA 4I9LA 3QEWA 1X1PA 1BO5O 1EWRA 2O8DB 3RR8A 4FW1A 2H3GX 3SK3A 1ASWA 1UAXA 5HRSA 3QEVA 2W42A 3HJFA 4FM1A 2HVIA 4FYDA 4A59A 2P9PA 4F3OA 4YOUA 4JI7K 1RBTA 3FZKA 5BRFA 5E41A 3NF9A 4BR0A 3KWGA 2EX3A 4LH4A 3SUPA 3OYDA 1NKBA 4B3TK 1KTQA 4KPYA 2PFUA 4CZIA 3TU5A 4J2AA 1NK6A 3U9ZA 3NGYA 3A2FA 3VQ6A 2OTJN 4BC2A 1S6PA 4C8LA 3AVCA 3SNNA 2CH6A 3DRRA 3CETA 3V81A 5EVZA 2B4JA 4IFVA 2DFHA 5JS2A 2A6AA 4CJ7A 2XY5A 1QS4A 1YIJN 2G8KA 4DHYA 1LW0A 3AA3A 3FLCO 1VQ9N 1YTAA 4L3QA 1Z25A 5AQRA 4DQIA 1BIZA 1C0FA 1DTTA 4N5SA 3SUQA 5KRTA 3L2QA 1T03A 2WUSA 2E6MA 4NO7A 3RRHA 3QFUA 4ELTA 1ZBIA 1C1BA 3O9SA 4HUFA 1C0UA 1Q9XA 4G9ZA 3HP9A 2ETJA 4JI8K 1BWFO 3OYBA 3K9KA 4BRAA 3V9ZA 4IEIA 4M3YA 4ELUA 1ZBHA 3JS6A 4H0TB 3T1AA 1NOZA 4C8NA 4KH6A 3HOSA 4M3RA 4FJ8A 2FF6A 3V9UA 1QE1A 2NRWA 3EE9A 5EY4A 3L3UA 1IKWA 3C7NA 4FOEA 3ZCMA 3SUNA 3OYNA 4IZ9A 4LFCK 5C12A 4CECA 4E7HA 4DWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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