1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
b'MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
4FLXA 3LZJA 1TL3A 3K59A 4OPJA 2DY4A 1UOCA 3AV9A 4W5TA 3NGYA 3EY1A 4FM1A 2X74A 4KRFA 1SKRA 3I0RA 3QETA 4FJGA 1FKOA 5I3UA 2IGIA 2ITGA 3P83D 4H4OA 5T7BA 5HRPA 2DFEA 4CF2A 1KVBA 4E19A 3MEGA 3G0ZA 4CEAA 3F73A 3MXMA 3TR8A 1BL3A 4IBNA 4M41A 3DRRA 3HP9A 4CF0A 4ELTA 4KHNA 2B5JA 4OLBA 1RILA 1XI1A 3VQ7A 3KLGA 3OYGA 3QERA 3HM9A 3DMJA 4DTNA 4RW6A 1UA1A 3O4NA 3SQ1A 4J2DA 3H08A 2EHGA 4Y1DA 1T03A 1BQMA 2YKNA 3RMCA 4B8AB 3AA4A 4OKKA 4C8OA 1C1AA 1TKZA 3QNNA 3BDPA 4FK0A 3K58A 1HNIA 3ISNC 4CEBA 3RR8A 3AO3A 4B9TA 4CJWA 3LPTA 3AVAA 1RCHA 1HMVA 4HVJA 4C8KA 3C6UA 4M3TA 5JS1A 4E3SA 1ASUA 3SV3A 1HQEA 1BI4B 2Z1IA 4JRQA 4M3XA 1L3TA 4DWIA 1IH7A 1BIUA 3NFAA 5CZ1A 3QIOA 1RTIA 3LZIA 1KFDA 2IS3A 1LAWA 1RDDA 3WNEA 4GVMA 4W5NA 3CG7A 3PO5A 3M8RA 5D3GA 2FBYA 4CHPA 4CHYA 4DTUA 1A5WA 5J1EA 3DRSA 3OYDA 4B9NA 4FLYA 4E0DA 3SPZA 5KGXA 3HK2A 3V9WA 1S1UA 3ITHA 3VQDA 3LWMA 2D0BA 4DFMA 1IG9A 1RBTA 3SZ2A 4I2QA 3SV4A 1VSEA 3SQ0A 1NK6A 1K6YA 1DTQA 1CZBA 3HL8A 3VN5A 1IKWA 4CECA 1LV5A 3LDSA 4EZ6A 1JLGA 4Z4EA 1SV5A 2JGUA 1QSLA 2KTQA 1RNHA 3DOKA 3CFPA 3V9UA 4CF9A 2HVIA 1NOZA 4B9VA 1X1PA 5EU7A 3HP6A 2GUIA 1ZBFA 4N5SA 1TV6A 3DLKA 4O55A 3ZCMA 4F4KA 3V9SA 3TAEA 3TARA 2OA8A 1U4BA 2HHWA 3G10A 4CF8A 2KFZA 1SL0A 2YHBA 3VQ5A 4AHSA 3OYHA 4PWDA 2B6AA 2PY5A 4N76A 1B92A 3MECA 3OYEA 1RBRA 3SYZA 3OYAA 1Q8IA 4GMJB 3AO5A 4M3ZA 1LAVA 3VA0A 1I39A 1JLBA 1VRUA 2E4LA 3AA5X 4DTPA 1U47A 4KI6A 1B9FA 4KFBA 3S3NA 2VG6A 4CK1A 4JS5A 3TAQA 4OGEA 1ASVA 1TKTA 2XY7A 3V9XA 3CYMA 1NKCA 4DSIA 5FROA 1NK9A 4KTWA 1EP4A 4J2BA 3OYMA 1JLEA 1WLJA 3ZSXA 1GOAA 2F8SA 1T05A 5HLFA 1WSGA 1KSPA 4CFDA 1HJRA 3OS0A 2KFNA 5C25A 1JL2A 3ULDA 4DSJA 5J2MA 4HCBA 5HRSA 1YT3A 1KRPA 3AVFA 4TSXA 1VSMA 1DTTA 5FDLA 4CGFA 1RT3A 1RTHA 2KW4A 4W5OA 1REVA 5HROA 3SJJA 3OY9A 1SUQA 4F8RA 4FVMA 3NF8A 2E6LA 3P5JA 4DQRA 4DQSA 1ZBLA 4FJIA 4FYDA 1TAQA 3U3GA 4Q0BA 2NUBA 4B8CA 3QIPA 5E41A 1VSKA 3UIQA 4BWJA 1A5XA 1VSHA 4CEDA 4DTOA 3CQ8A 4AILC 4IKFA 2OPRA 4E1MA 3RWUA 2YV0X 3NGIA 3SUOA 5KTQA 1U45A 1IKVA 2ZD1A 3NF7A 4R5PA 4DTXA 4I9LA 2O4GA 2I5JA 2Y1JA 1S1XA 1S9GA 3HVTA 1Y97A 4DG1A 3V81A 4AHVA 3ALYA 3OYNA 1HPZA 4DLEA 3KKRA 4I9QA 1BQNA 3VQ9A 4E7HA 4LSLA 4B9MA 4OVLA 3DRPA 4M3YA 1J54A 3ZT3A 2DFFA 3PUFA 1JLQA 4CHOA 1LW0A 2IC3A 4DLGA 1N5YA 1EX4A 4OJRA 2O4IA 4ID1A 1X9MA 4KHWA 4CF1A 3TAFA 4JLHA 4L8RB 2GBZA 4M45A 1NKBA 1TK5A 4CJLA 3TABA 4F3OA 3NHGA 4O0IA 3L2VA 1YTAA 4DFPA 1C1CA 2XY8A 3U6FA 1C6VA 1RBVA 3HO1A 5CYMA 3QEXA 2WONA 1RDCA 3ZSZA 3HPGA 4N56A 4C8MA 4FJ8A 4CFCA 3KJVA 1TKXA 2HB5A 2YHAA 5FRNA 1NJWA 3KTQA 1C0MA 2HHVA 1RT1A 4DTSA 4KHQA 2OPQA 3FFIA 4RW9A 2AJQA 3LP3A 2HNZA 1L3SA 4FW2A 3K5NA 4CJPA 4RW7A 1CXQA 1VRTA 1XC9A 1JLCA 2LSNA 4RW8A 4ZTFA 5FRMA 3MXJA 4CEZA 1YVUA 1RT2A 4UQGA 4ZHRA 3KKSA 1S6PA 4RW4A 3K5MA 4AH9A 4DS5A 4FLVA 4DTRA 3DLRA 3V6DA 3S9HA 3KIOA 5HBMA 2WOMA 3DLGA 4LH5A 1YTUA 1BGXT 3O3GA 4DFJA 1T7PA 1WSJA 2Z1JA 3OYCA 3IAYA 3B6OA 4CERA 2X6SA 3BGRA 2QKKA 2HMIA 4FJLA 3PO4A 4M3WA 3SCXA 3RRHA 3VA3A 4JRPA 2HNYA 3O3HA 2EX3A 3U3YA 1TK0A 3TAMA 1JLFA 4KTZA 1ZBUA 3OYIA 1CZ9A 2OZMA 3E01A 2BGGA 3AO4A 3P1GA 4CE9A 4OPKA 3I8DA 4ZTJA 4DSKA 2OYQA 3C6TA 3NF6A 3SQ2A 4H4MA 3EYZA 1U48A 4RG8A 3KD5E 3EZ5A 1SL1A 2G8WA 1VSLA 3VQCA 5J2NA 3ZSVA 2RPIA 4IFYA 4CFAA 3L3VA 4OKJA 1NK8A 4NCAA 4CJUA 5SWMA 4FLTA 1TGOA 1HQUA 4LD0A 4B08A 4KB0A 1HYZA 2KZMA 2W42A 1S1WA 2IDOA 3L2WA 1ZYQA 1XHXA 4XIUA 3QNOA 1UWBA 3MAQA 3NCIA 2HW3A 3AO1A 4E89A 4CHQA 1RBSA 1S9EA 1S6QA 4LY7A 4FLUA 1FK9A 3TI0A 3DOLA 4FW1A 4O5BA 1QE1A 4NCBA 2P5OA 3AVHA 2F8TA 2OPPA 1QSYA 1UAXA 2BE2A 3AA3A 3V1QA 3VQPA 4OGCA 4N47A 4Z4IA 4KAZA 3K57A 2D0AA 5C24A 4FJ7A 1X9SA 4KB1A 2ZQBA 5KI6A 4MQ3A 3L2UA 3NH2A 1JXEA 4PA1A 5KGWA 3MEDA 1C0UA 1S1VA 4FJ5A 1CLQA 4YNQA 1NK7A 2HHUA 4QCLA 2QXFA 1BCMA 1WAFA 2HHTA 4CJQA 1KCFA 4C8NA 1R0AA 3F9KA 4CGGA 2PYJA 4FJXA 3QEWA 1WNSA 1W9HA 3AO2A 4AHUA 3SUPA 5J2PA 2FC0A 4CIGA 5HRNA 2HHQA 3L3UA 4LH4A 1T8EA 4DQQA 3NBPA 3PX4A 1WSFA 5DMRA 1BI4A 2A1SA 5I42A 4HUEA 4Z4FA 2E6MA 4FJ9A 3D45A 2Y1IA 2ETJA 2F96A 2FBXA 1NJYA 4EP5A 3K5LA 3IRXA 4PY5A 4B3OA 2YNIA 3L2QA 4DF8A 4KPYA 3KK1A 5HRRA 1BCOA 3NDKA 4DSLA 4FJNA 4FJJA 3HPHA 2VG7A 1TL1A 1Z26A 4ICLA 1WAJA 3CM5A 4CHNA 4E7LA 3RRGA 3ZT0A 2FBTA 5CY4A 4M3RA 3ZSYA 3D0PA 4FJMA 1GOCA 1QTMA 1KTQA 2G8FA 1A5VA 2RKIA 4FJHA 4CIFA 4Y1CA 1S5JA 2G8VA 3AVLA 2G8KA 4F2SA 1NK5A 3SPYA 3AVIA 4PQUA 4CJKA 1J5OA 1RT4A 4DU3A 1JXBA 4CEQA 1G15A 1BISA 4BDYA 3QLHA 1KVCA 5CZ2A 3MXIA 4CJFA 1WSIA 3DYAA 2ZE2A 4CJ5A 4FLZA 1EETA 4E7IA 2D0CA 2DTUA 2BANA 3B6PA 3VQBA 4FM0A 3THVA 4CJVA 5DK5A 2B4JA 1O1WA 4CJTA 1XWLA 4BWMA 1TVRA 2YNGA 3C95A 1X9WA 1Q9XA 3T3FA 4FZYA 3QEIA 3ZSRA 1D5AA 3RTVA 3QEVA 4CJ4A 4NCGA 4KO0A 3VQQA 2OPSA 4CJRA 3SQ4A 3WNGA 3C94A 2XO7A 4CGJA 1RTDA 4CJ3A 1C0TA 3OS2A 3PX6A 3PY8A 2IAJA 1BHLA 3WNFA 2XY5A 2FBVA 3QESA 3S3MA 4OLAA 4G1QA 5CYQA 3AA2A 4CHZA 4KHSA 1JL1A 1XHZA 4I2PA 3RR7A 2YKMA 4N41A 4AHTA 3AVMA 1SL2A 4CK2A 3LPUA 1U04A 3NF9A 1LW2A 3DLBA 1QHTA 2KQ2A 3LANA 1FKPA 1RT6A 3NE6A 4W5QA 3DLEA 1TAUA 1HNVA 4FCYA 4M3UA 4HHTA 1GOBA 3DI6A 3ZT4A 3OYFA 3HPOA 3NH0A 3LP0A 3ASMA 1J9AA 2P5GA 3VQ6A 4DFKA 1ASWA 1S1TA 2QKBA 3ZT1A 1WN7A 3JSMA 1DLOA 4DTMA 1D9DA 3IS9A 3NAEA 3OVNA 4KTQA 3KLEA 4Z4GA 3CFRA 4BE1A 1NKEA 2OZSA 4E1NA 4BE0A 3VQAA 4DU4A 2Q3SA 4ID5A 3VQ8A 3RMBA 1D8YA 2G8UA 4J2EA 2IOCA 1CXUA 1LWCA 4QAGA 4FM2A 4Z4HA 1EKEA 1UA0A 1KLNA 4FK2A 1ZBHA 1NJZA 4PUOA 3RMAA 3OYJA 3T19A 1VSFA 3L8BA 1IKXA 4CIEA 3WNHA 4CFBA 1NJXA 3ZSOA 4K8ZA 2PYLA 1HYVA 4FK4A 3IG1A 3K2PA 3K5OA 4BDZA 1RTJA 4GW6A 3KLIA 1QQCA 1QS4A 3OYKA 2P51A 3VQ4A 1NOYA 4C8LA 5JS2A 1MU2A 2XRIA 4KHUA 4CESA 3AVKA 1TKDA 1Q9YA 4I7FA 1Z25A 3LWLA 3HSTB 3NH1A 4BACA 3PV8A 3SUNA 1SKSA 2BDPA 4FXDA 2X78A 3ZT2A 3M8SA 3NGZA 4F2RA 2R7YA 3SI6A 4QOZB 1FXXA 4NYFA 3CFOA 4E7KA 2JLEA 1JLAA 2GV9A 4DSFA 3AVNA 4FZXC 2D5RA 4CEEA 3CM6A 1IKYA 1ITGA 4CGIA 1HRHA 4WE1A 2A1RA 2HHSA 1WSHA 4DMNA 3PX0A 4Q5VA 3KLFA 3QO9A 4EP4A 3HXMA 3A2FA 3TAPA 3I0SA 2ATQA 4LSNA 3V4IA 4HCCA 3LAMA 3AVCA 1J53A 4IFVA 1VK0A 4DTJA 1I3AA 3LP1A 5KRSA 4O44A 2VWKA 4BDPA 3T1AA 3OJUA 4B9LA 3SUQA 4KREA 1ZBIA 4CJSA 3V1RA 2XHBA 4FZZA 1KVAA 2G8HA 4KHYA 3HYFA 3O4QA 1HYSA 4Z4CA 1RDAA 3V1OA 4DSEA 4KI4A 3LALA 5HP1A 1LWEA 3KK2A 3V9ZA 3VQEA 1TK8A 3L2RA 4CGHA 4K8XA 4HTUA 4AHRA 2DFHA 4AHCA 4IG3A 3DLHA 4MFBA 3OYBA 1RDBA 3QINA 4KKOA 3KD1E 4FJKA 2YNFA 2Z1HA 3LP2A 3OYLA 2VWJA 1NK4A 4ELUA 2Z1GA 4DS4A 4E7JA 4W5RA 2XY6A 1N6QA 1D9FA 1C1BA 4J2AA 3ZSQA 3OJSA 4O4GA 3JYTA 4JS4A 1VSJA 5SZTA 4NYNA 4DF4A 1RBUA 3TAGA 3QEPA 1L5UA 2PZSA 4CJEA 4HUGA 1L3UA 4ELVA 1VSDA 4O0JA 3SNNA 3AVGA 3HT3A 5C42A 1KLMA 4OKEA 1W0HA 1VSIA 2RF2A 3AVBA 4B9UA 2KZZA 1KFSA 2P1JA 4H8KA 5K14A 1QSSA 4CK3A 4M42A 1RT5A 3S3OA 1B9DA 1SKWA 2YNHA 3HJFA 2RN2A 3ZSWA 4CEFA 3O3FA 3OS1A 3M8PA 4IG0A 3KLHA 2HHXA 2HNDA 4CGDA 4Z0UA 5J2QA 1JKHA 3TANA 3KK3A 4HUFA 2G8IA 4F3TA 4CEOA 3DM2A 2X6NA 1IO2A 3LAKA 3HVRA 4CCHA 4B9SA 2HVHA 4DQIA 3AVJA 3MEEA 3RMDA 4DU1A 4DQPA 4IDKA 3M8QA 1WSEA 1NK0A 2QK9A 1RT7A 4KV8A 1EXQA 3TWHA 4EZ9A 1U49A 5KRTA 1BIZA 2VG5A 4BE2A 1L3VA 1F21A 4FLWA 1LWFA 4YFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 2DY4A 1MA9B 1UOCA 3QETA 1FKOA 4H5WA 2Q1NA 2IVPA 5T7BA 4GVEA 5HRPA 3MN6A 1K8KA 4E19A 3MEGA 3G0ZA 3L6QA 3F73A 2YCHA 4YHHK 4OLBA 1GLEG 3L4QA 3KLGA 3QERA 4NLBA 5A2QO 1UA1A 1GLCG 3SQ1A 4Y1DA 3BZKA 2P9KA 1BQMA 2YKNA 4JKBA 3VF2A 4B8AB 3AA4A 3THYA 1TKZA 4JKCA 3CCUN 3BDPA 3HZ6A 3HOTA 3QICA 4KBOA 4B9TA 5AZIA 3LPTA 4X65K 1HMVA 2ZM6K 4C8KA 5JS1A 3J7ZO 3D7EO 5BREA 3SV3A 3H3OB 4Z94A 1L3TA 4IOAL 5BR8K 1BIUA 3DXMA 3CG7A 4Y0WA 4CHPA 3BP8A 4FLYA 4U7BA 4E0DA 2O8FA 5FLXO 2E1ZA 2HMPA 3A5NC 1IG9A 5AQSA 1NK6A 1K6YA 2OTJN 4EZ6A 4B9QA 3CFPA 2E2NA 4BRPA 2E2QA 4N5SA 1ZBFA 5I9EB 3TARA 4JK9A 2OA8A 3U9DA 1U6ZA 3CJ9A 4FL9A 2PY5A 3VENA 1RBRA 3FZMA 3OYAA 1Q8IA 4GMJB 1I39A 3WUHA 4DTPA 4JS5A 4AM6A 5BR9A 3QFPA 2XY7A 4NXNK 1NK9A 3H6EA 1QQNA 1JLEA 3ZSXA 2VWBA 3IFRA 3T1YK 3M6GA 1WSGA 2KFNA 2P9IA 5HOOA 1YT3A 3O1BA 4FSVA 4TSXA 1VSMA 1DTTA 3N4PA 1RTHA 3SJJA 5HROA 4YOTA 1SUQA 4F8RA 4DV4K 2E6LA 1VQLN 2ZJQL 1K8KB 2UXCK 4B8CA 3J7AP 4BWJA 1A5XA 1VSHA 1QZ6A 4YOXA 4E1MA 3RWUA 1S22A 1EWQA 3E9OA 1S1XA 2ZGZA 1S9GA 3HVTA 4B1UB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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