1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
2WONA 1JLCA 4FJ5A 4DWIA 2GV9A 3DYAA 3MEGA 4KI6A 1SL0A 2HHQA 4KTZA 4CIEA 4E1NA 2DY4A 4KHWA 3LZJA 4ZTJA 4M3TA 5HROA 1WSHA 2FBXA 4IFVA 1RBSA 3AVLA 3NBPA 3TARA 5J1EA 4QOZB 1RT6A 2XY6A 4E3SA 1SKWA 1RT3A 4E89A 2Z1GA 5K14A 3V1RA 3DLRA 3V9WA 3S3MA 4FJ9A 2PYLA 2LSNA 2P5OA 4FJGA 3ZT4A 3TAMA 1T7PA 4CESA 3OYBA 3ZSZA 4M3UA 1Z26A 3I0SA 3L3UA 3F73A 3IS9A 4OPJA 1X9WA 4FK2A 4CGGA 1NK6A 3OVNA 3SUOA 1SL1A 4RG8A 3QLHA 1FKOA 1BI4A 5CZ2A 3U6FA 1KVAA 1JLEA 4OLAA 3F9KA 4CJTA 1NJXA 4O4GA 1EETA 1KFDA 2D0BA 1B92A 3NF6A 4CHPA 1UOCA 4OJRA 4B8CA 3DI6A 1SKRA 2XHBA 1RTIA 2KQ2A 3KLEA 3L3VA 1WAJA 3NH1A 4DFMA 4KB0A 4W5TA 3RMAA 5D3GA 2KW4A 3NF8A 3PO5A 1HQEA 3HJFA 3NH0A 4B9SA 3M8RA 5CYMA 3ASMA 3K5LA 4B9LA 5HP1A 4BE0A 4RW6A 4DTUA 1A5XA 3AA2A 4BDYA 4DTOA 2E6MA 2IGIA 4DQIA 1EXQA 4OKKA 1ASWA 1BHLA 2DTUA 1C6VA 4DTXA 1T03A 2YHAA 1VSEA 3DOLA 4FJ7A 1W9HA 1KLMA 1C1AA 4FJNA 3LAMA 4W5OA 3C95A 1RDDA 3P5JA 4C8MA 1S1TA 3VQ7A 5HRRA 2XO7A 3K59A 3K5MA 4CHQA 3L2RA 3KIOA 1FK9A 4Q5VA 1K6YA 1ZBFA 3O4NA 3K5NA 4W5NA 1NOZA 1EX4A 4CJ3A 4HHTA 2X6SA 3L2WA 4KPYA 1L3UA 4DQSA 3OS0A 2I5JA 3VQ8A 1C1BA 3LWMA 2HVHA 2FC0A 2OZSA 4HUFA 4AHVA 1KVCA 3TAGA 1QTMA 4FM2A 4OVLA 1IKXA 4CGFA 4DQRA 3SZ2A 1FXXA 4DTPA 3LP1A 4FXDA 1RBRA 1SV5A 3NAEA 5T7BA 3O3HA 1TKTA 4YFUA 4IDKA 4FLXA 4CF8A 1HYSA 3VQPA 1ASUA 3IRXA 4KTQA 1D8YA 4FJKA 2F8TA 4CK1A 3DLBA 1IKVA 3OYKA 2R7YA 4CEZA 4CJWA 4E19A 4JRPA 4AHSA 1VSJA 4ELTA 1GOBA 3QO9A 4FJJA 4FW2A 4PA1A 2G8FA 1D5AA 4CGDA 4BWMA 3MAQA 3B6OA 2HVIA 2P5GA 1F21A 2B5JA 2XRIA 1U04A 1R0AA 3AVHA 2HHUA 4CJKA 1QSSA 1J9AA 3AA5X 3AO4A 4ICLA 3HXMA 1WAFA 2O4IA 4WE1A 3HSTB 4F2SA 2G8HA 4Y1CA 1LWFA 1RBTA 3SQ4A 4DMNA 3SCXA 2FBVA 3AO5A 1EKEA 1YTAA 4CEAA 3ZSWA 3LP0A 4F4KA 2ZQBA 5CZ1A 4XIUA 2PZSA 3P83D 3SPZA 3OYLA 2YKMA 4IFYA 1ZBIA 2HHSA 1NKBA 4UQGA 3K5OA 1BL3A 1NK8A 4FLVA 4JLHA 1LWCA 4BDZA 4FLYA 1VK0A 3NF7A 2RF2A 3K2PA 3VQ5A 4W5RA 4KHNA 4Z4EA 1S5JA 4H4OA 5KGWA 3RTVA 2Z1JA 4CJPA 3RMBA 3V9SA 4GMJB 4FM1A 1MU2A 3TAQA 1T8EA 1RT2A 1IKYA 2VG6A 3DRRA 4ZHRA 5HRPA 5CY4A 3NHGA 4LH5A 2HNYA 1TKDA 1KSPA 4LY7A 4PWDA 2AJQA 1RTJA 4OGEA 2KZZA 1XC9A 4ZTFA 4QAGA 2D5RA 2HNZA 1RT7A 1HNVA 2IC3A 1TL1A 2QKBA 4Z4GA 1RTDA 3HP6A 3DOKA 4IKFA 1S1XA 2KFZA 3HYFA 4OGCA 3AO3A 3QNOA 3OS2A 3ZT0A 5J2MA 3OJSA 2IS3A 5CYQA 1TVRA 1JLFA 2OPRA 4IG3A 3QESA 4I7FA 4CERA 1GOCA 3WNHA 4CHOA 3AO1A 3JSMA 2ETJA 4J2BA 1WSJA 1VSHA 5FRNA 3DRSA 2F8SA 4CJLA 4CECA 1NK9A 3NF9A 3HO1A 1NK0A 3NGYA 4DS5A 1NJZA 1UAXA 1ZBUA 5J2PA 3RRGA 1RCHA 4CF0A 3V1OA 3VQQA 3KK3A 3WNFA 4N47A 4KHSA 2G8WA 3ZSRA 4N5SA 4CEQA 1Y97A 4DFJA 1LAVA 2ITGA 4CFAA 4IG0A 3L2VA 1JKHA 3DLHA 4Z4CA 5C24A 3O4QA 5FDLA 5HBMA 1D9FA 3PO4A 4FJXA 4FJ8A 3QEWA 3HL8A 4LD0A 3HVTA 1XI1A 3V4IA 4FZYA 2YV0X 4RW4A 1XHZA 1J5OA 4KFBA 3VQ4A 3LPUA 1TK0A 4K8XA 1TKZA 3EYZA 3QETA 2OA8A 4HCCA 1ZBLA 1YTUA 5DK5A 4NYFA 4O0IA 3TAEA 4CHZA 2QKKA 5DMRA 3ISNC 3OYNA 3SUQA 1U47A 4RW8A 4DTRA 2YHBA 3RR8A 1VSIA 2HHXA 1TV6A 2OPSA 3SQ2A 3SNNA 4CJ4A 1S1UA 3QNNA 4CK3A 3QEXA 4FJLA 3P1GA 1JLBA 1CZBA 4FZZA 1WNSA 4R5PA 3HT3A 1BIZA 3SPYA 1NOYA 1VRUA 1ASVA 2RPIA 3ZCMA 4CGJA 3ZSVA 3KJVA 1NK7A 1IG9A 1HRHA 4B3OA 3T19A 3HPOA 4DU3A 2EX3A 1B9DA 1I39A 4FJIA 2DFFA 2IAJA 3H08A 1KCFA 4FLTA 2HHVA 4CK2A 4HTUA 3OYJA 4CCHA 3OY9A 1HYZA 3PX0A 1RBVA 2FBTA 2YNGA 3DRPA 3HP9A 5HRNA 1VSDA 1CLQA 4OKEA 1RDAA 2IOCA 4PY5A 3JYTA 2GBZA 3AA4A 3TABA 3QIOA 3MXJA 4FYDA 4BE2A 3B6PA 1X9SA 1LWEA 1RDCA 1ITGA 3VQEA 3S9HA 2HMIA 3C6UA 1LV5A 4EZ6A 3O3GA 5HLFA 1DTTA 3HM9A 4CJEA 4DLEA 2HHWA 1JXBA 4JRQA 3RR7A 4B8AB 4KKOA 5KRSA 2G8KA 4FW1A 1BCMA 1B9FA 4CF9A 3D45A 3CQ8A 1L5UA 3ZT1A 4HCBA 3L2UA 3PUFA 3NH2A 3TAPA 3IG1A 1VSMA 4H4MA 2OPQA 4W5QA 4BWJA 3VQ6A 3HPGA 2ZE2A 1HYVA 1DLOA 3AVAA 4I9LA 3VQAA 3AVIA 1KFSA 4KTWA 4Z4IA 1A5VA 3LPTA 2DFEA 4HVJA 3S3NA 3KKSA 3RMDA 5KTQA 4B08A 4CFCA 2BGGA 3SQ1A 2HB5A 2FBYA 4DQQA 2XY8A 2ZD1A 1WN7A 3C6TA 3DMJA 4DF8A 4I9QA 1S9GA 1NK4A 4B9UA 3M8SA 3OYIA 3AA3A 1X9MA 4C8LA 3FFIA 2G8VA 2OPPA 4CJFA 3KLIA 3UIQA 3TANA 5EU7A 2XY5A 1SKSA 1KRPA 3TR8A 2D0AA 1CZ9A 2KFNA 1YT3A 3ZSOA 3L8BA 4O5BA 2HNDA 4Z0UA 3MXIA 4DLGA 1RBUA 2P51A 4E7KA 3LALA 3KKRA 1TAUA 2VWJA 2RN2A 1N6QA 1JLQA 3TI0A 3AVCA 5KI6A 2JLEA 1BIUA 4CE9A 4O0JA 5SWMA 3LDSA 3OYMA 4DU1A 1WLJA 1KLNA 2E4LA 3RMCA 1NK5A 2OYQA 4F2RA 3VA3A 1A5WA 1VRTA 2Y1IA 1QSLA 2QK9A 4DTJA 3AVKA 4BE1A 3EY1A 1KTQA 3VQ9A 1CXUA 3OYFA 4Y1DA 1Q9XA 4OLBA 3NFAA 3MEDA 4FK4A 1BI4B 3WNGA 1SL2A 4QCLA 1IKWA 1BISA 3AVJA 4MQ3A 3ULDA 4BACA 3LAKA 1Q8IA 3M8PA 4CJSA 4CF2A 3PX6A 2P1JA 4O55A 4FCYA 3V9XA 5KGXA 1BGXT 1JLAA 1LAWA 3ALYA 4AHRA 3AV9A 4DSEA 2YNFA 1L3VA 3QERA 4CF1A 4DU4A 1YVUA 5J2NA 1S9EA 4M45A 1L3TA 4FJMA 4HUGA 5J2QA 1BCOA 4LSLA 3VA0A 4KB1A 3V1QA 4NCAA 4KI4A 4E0DA 1JXEA 2Z1IA 1JL1A 3DLGA 4O44A 2Y1JA 1UWBA 4FVMA 2YNHA 1U4BA 4GW6A 4MFBA 1DTQA 3DLEA 4CIFA 4DSIA 4NCBA 4DFKA 1D9DA 1L3SA 4M3YA 2W42A 1EP4A 4DTMA 3QEIA 5E41A 4YNQA 3SV3A 3PY8A 4ELVA 2E6LA 3K57A 2PYJA 4AH9A 4NCGA 1QHTA 3CG7A 1FKPA 5HRSA 3CFOA 3OS1A 4DS4A 4E7IA 1WSGA 4M3XA 4JS5A 3VN5A 3AVMA 3LP2A 4KV8A 3QINA 2WOMA 3QIPA 4CEFA 3AO2A 3OYEA 3ITHA 1HMVA 4ID1A 4M3RA 1IO2A 3SYZA 1C0UA 1TAQA 1I3AA 3V9ZA 1O1WA 3OYCA 3I0RA 1U45A 1U49A 1S1VA 3NCIA 3SI6A 3VQBA 3S3OA 1BQMA 1QQCA 1REVA 3AVGA 1C0MA 1HQUA 3NDKA 2BANA 1VSLA 4CEDA 3K58A 3LWLA 3NE6A 1ZBHA 4CIGA 3AVNA 1G15A 3SUNA 4FJHA 3V6DA 1QE1A 2IDOA 1HJRA 3OYGA 3M8QA 4M41A 5JS2A 2YKNA 4DF4A 2X6NA 1BQNA 2OZMA 4K8ZA 2KZMA 4KO0A 3SJJA 3A2FA 1UA0A 1TKXA 3QEPA 2KTQA 3CFRA 3BDPA 4FM0A 1RILA 1J54A 2VG7A 4DFPA 4N41A 4ELUA 4G1QA 3EZ5A 4CHYA 4DTNA 3HVRA 3SV4A 4E7JA 3D0PA 4EZ9A 3KK2A 4BDPA 3OYHA 4J2DA 3T1AA 1RT1A 3LP3A 1GOAA 4CEEA 5SZTA 4CGHA 3O3FA 2RKIA 1U48A 1C0TA 2NUBA 3TWHA 3THVA 4F3TA 3AVBA 4B9MA 1T05A 1LW0A 1TGOA 3SUPA 1ZYQA 1Q9YA 1QS4A 3RRHA 3T3FA 3WNEA 3VQCA 4AHCA 2Z1HA 1S6PA 3LANA 4CEOA 1S1WA 1IH7A 1UA1A 2ATQA 5JS1A 3CFPA 4JS4A 3V81A 4KHUA 2A1SA 1HNIA 3VQDA 2VWKA 2G8IA 3U3YA 5I3UA 4LSNA 3KLHA 4KAZA 3ZSYA 4E1MA 3G0ZA 4CHNA 2PY5A 3HK2A 4DSJA 1J53A 1RT4A 4KHYA 2D0CA 4N76A 1TK8A 1RT5A 1X1PA 1NKEA 3SQ0A 4HUEA 3OYAA 1NJWA 4Z4HA 2XY7A 3G10A 4Q0BA 1NKCA 4FLZA 4CJVA 3OJUA 4DSKA 1JL2A 2DFHA 4OKJA 1W0HA 1N5YA 4M42A 4LH4A 4KREA 1WSIA 2VG5A 4B9NA 4J2EA 3KK1A 4AHUA 4CJ5A 3DM2A 4CJRA 3LZIA 3V9UA 3ZT3A 1CXQA 4C8NA 2GUIA 5FROA 2Q3SA 3AVFA 4CFBA 1TK5A 4FK0A 4J2AA 2O4GA 4CFDA 3KD5E 1KVBA 3KD1E 4DSFA 1XHXA 2X74A 5I42A 3IAYA 3MECA 1RNHA 4AHTA 5C42A 3RWUA 1JLGA 1Z25A 1S6QA 4NYNA 1VSKA 3KLGA 4E7LA 4EP4A 4DSLA 3C94A 3DLKA 5KRTA 3CM6A 3PX4A 3U3GA 1QSYA 4RW9A 1NJYA 4PQUA 3NGZA 2A1RA 4I2PA 3ZSXA 4EP5A 4Z4FA 4GVMA 1LW2A 2F96A 3HPHA 2B6AA 3OYDA 2G8UA 1VSFA 3CM5A 2X78A 1WSFA 4CEBA 4CGIA 5FRMA 4FLWA 3ZSQA 3PV8A 4PUOA 3I8DA 3MEEA 2YNIA 4FLUA 3NGIA 4KRFA 2JGUA 1WSEA 4L8RB 4M3ZA 3KLFA 4FZXC 4C8OA 4I2QA 2HW3A 1SUQA 1TL3A 3KTQA 4C8KA 4DG1A 1HPZA 4AILC 4N56A 2BDPA 2HHTA 2QXFA 4RW7A 4TSXA 3ZT2A 2EHGA 3CYMA 4CJQA 4M3WA 4B9TA 3MXMA 5C25A 1C1CA 4KHQA 3TAFA 3BGRA 1XWLA 1RTHA 3E01A 2B4JA 4CJUA 3QEVA 4DQPA 4IBNA 3L2QA 4H8KA 4DTSA 1RDBA 4OPKA 4B9VA 4ID5A 2BE2A 4F3OA 4F8RA 4E7HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9KB 1SL0A 5LL6Z 2WC9A 3H3NO 5J1EA 1SZ2A 5K14A 4LF8K 3ZT4A 1HKBA 5BR9A 4BRNA 4CESA 4MDBA 3F73A 3O4WA 1X9WA 1XUPO 5EY4A 5A2QO 3SUOA 4RG8A 1CZAN 3U6FA 1KVAA 1FJGK 3F9KA 4EFHA 2D0BA 3DI6A 2ZM6K 3WXMB 2FXUA 4H03B 3KLEA 1WAJA 3NH1A 4KB0A 1VQ5N 4NLCA 3PO5A 3EE9A 1DEJA 3HJFA 3VEOA 4FWRA 3ASMA 5GIOA 4B9LA 4WF9L 5C15A 5JVHL 4BE0A 4U7BA 1A5XA 2QI2A 1K73O 2O8FB 4DV0K 3UKUB 3UKRB 2ZJQL 3LAMA 4BRQA 3C95A 1RDDA 3K59A 3QETA 2HF4A 1QVFM 3AAQA 3OW2M 3THYB 5BPLA 3L2WA 4DQSA 2YHYA 1IBMK 2FC0A 3H46O 4IJNA 3DXMB 3CMEN 3P39A 3GOIA 4AM6A 4DTPA 3NAEA 4YFUA 4CF8A 1KAZA 2VCPA 3IRXA 1D8YA 3DLBA 1ZC6A 4BGAA 3OYKA 4JK8A 4CEZA 2JWKA 1E4GT 3QO9A 4JI4K 3QBXA 4FJJA 1ZBSA 2D0OA 5LMUK 2XRIA 2HHUA 3AVHA 1QSSA 2OCEA 1J9AA 3HXMA 4BRCA 3FLCO 3TTFA 4BRFA 4F2SA 1LWFA 3MN9A 2CH6A 2ZQBA 3LDPA 2PZSA 3P83D 3ZETB 2YKMA 1ZBIA 1HNZK 1NKBA 4FLYA 1LWCA 3K2PA 3VQ5A 4BQLA 4H4OA 3RMBA 4CJPA 3DRRA 4ZHRA 5HRPA 4JI2K 3G4SN 2Q2RA 5FLXO 1RTJA 2KZZA 5AFUA 1XC9A 4ZTFA 4QAGA 4IFEA 2O8BA 3HP6A 1S1XA 2NZTA 4OGCA 3AO3A 2CGKA 4BR9A 1JLFA 4IG3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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