1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
3KD5E 2Z1HA 3P83D 1SKRA 4AH9A 3MEGA 1WN7A 2FBVA 1FXXA 4FLVA 2XY8A 4FJGA 3VQCA 4RW6A 3ZSYA 3RRGA 4KHUA 2Z1IA 3QEWA 3VN5A 3AVKA 2Q3SA 2A1SA 4CERA 2KW4A 1DLOA 4E1MA 4DQSA 1D9DA 4KKOA 1IKYA 4H8KA 3P1GA 4R5PA 4OPJA 4DF8A 1BQNA 1F21A 3AVHA 3QLHA 3VA3A 1CXQA 1VSEA 3V81A 2PY5A 3IG1A 3T3FA 3BGRA 3NAEA 3SNNA 1U47A 5FRMA 5HROA 2HNZA 1QE1A 1WSFA 3CFOA 5KTQA 1ZBHA 3ZSOA 2P5GA 1U04A 1W9HA 3S3MA 3CFPA 3SPYA 3HJFA 1RT5A 3QEIA 4KV8A 3MXJA 4NCGA 4Z4CA 1BI4A 1NKEA 4KTQA 1VK0A 3SCXA 1JLFA 4OPKA 1L3VA 1KVAA 1ITGA 2YV0X 3V9SA 3QETA 4FK2A 4KHSA 4FJHA 4AHTA 1KSPA 1QS4A 1J53A 3LZIA 3AVIA 4FJ5A 4FCYA 4GVMA 1A5WA 1WSHA 4YNQA 1KFSA 1RTIA 3OYKA 5I42A 1NJXA 1R0AA 1BI4B 1ASWA 1RTHA 1XWLA 3O3HA 4TSXA 1JXEA 4O0JA 4BWJA 1UA1A 2OPRA 3V9XA 3MXIA 1S1VA 3NE6A 2NUBA 4CJ4A 1RT1A 3ZSWA 4CE9A 4DLEA 3SI6A 3HP9A 4DQIA 1RDDA 1XHXA 5K14A 3NH2A 3H08A 1IKWA 5J2QA 1NK5A 4O5BA 1T05A 2PYJA 3SPZA 1N5YA 1DTTA 2GUIA 4FLXA 1G15A 3TAEA 5CZ1A 3SUQA 4ELUA 3I8DA 3RR7A 1TKDA 3HO1A 4PWDA 4HUEA 4CGDA 1TAQA 3V4IA 4NCAA 1XC9A 4CEEA 4B9SA 4CJRA 2XY7A 4BDZA 3AVJA 3MECA 1LWCA 3DLBA 3V1OA 2EHGA 2F8SA 4FJIA 2X78A 1SL1A 5CYQA 3I0RA 3S9HA 4FJJA 1U49A 4KHYA 5FRNA 1U4BA 4O0IA 1C6VA 1UAXA 4CIFA 3OYFA 3M8QA 3C94A 3VA0A 4C8MA 3QERA 2XY6A 1TL3A 2GV9A 1A5VA 1VSKA 3OYNA 1IG9A 1CZBA 1KTQA 1LW2A 1VSJA 3CG7A 1K6YA 4GMJB 4CHOA 2IC3A 4B8CA 3ASMA 1RDBA 1LW0A 1S6QA 3M8PA 4C8KA 3ALYA 1HQEA 2VWKA 4Y1DA 5HBMA 4CCHA 1YTUA 4I2PA 4M42A 3OYMA 2HHSA 4NCBA 2ETJA 4CFAA 1RBTA 2HVHA 1BQMA 3ZCMA 4BE1A 2P1JA 2R7YA 4DTNA 1YVUA 3QESA 2VG7A 2LSNA 3VQQA 3JYTA 3L2WA 4Z4FA 4LY7A 4CK1A 1QSYA 4FYDA 1Z25A 2GBZA 3AVBA 4J2DA 4DTMA 4LH5A 3CM6A 4O4GA 3KD1E 4IDKA 1VSIA 4WE1A 3MXMA 4CJVA 5JS1A 3AV9A 2P5OA 3K5NA 1TK5A 3PV8A 3K59A 4W5NA 3NDKA 1NOZA 2ZD1A 2KFNA 1JLGA 1RTDA 1WSEA 1VSDA 4KO0A 1HYZA 4MQ3A 3SV3A 1HYVA 4ZHRA 4I2QA 3K5MA 3V9WA 4H4MA 4DG1A 2G8UA 3C6UA 4BDPA 3CM5A 4DQQA 5E41A 3HP6A 4M3YA 3SQ1A 4K8XA 3HK2A 2D0BA 1EKEA 1UA0A 1FKOA 3FFIA 1TV6A 3D45A 3LDSA 1IKXA 4OLBA 1HPZA 2B4JA 4FM2A 5KRTA 4DSIA 1WAJA 4RW7A 5C42A 4M3UA 2VG5A 2XY5A 1W0HA 2YKMA 2G8HA 1SKSA 3QEXA 2X6NA 4KI6A 1RNHA 4CGJA 4Z4EA 4FXDA 1IKVA 4KTZA 3L2QA 2RPIA 4RW4A 1TK0A 3DOLA 4CJ5A 1NK9A 4DTUA 2FBYA 3ZSXA 4ZTFA 3KJVA 1WNSA 2HNYA 3QNNA 4XIUA 1X9WA 4E7JA 1L3UA 4Q5VA 3NCIA 1GOBA 1EETA 1J54A 3NGYA 3SZ2A 3NGZA 2D0AA 4DU4A 1X9SA 4CJ3A 3PX0A 1L5UA 1LAVA 3SUPA 3VQ4A 3SUNA 1KLMA 4EZ6A 4CJWA 1UOCA 1BIZA 1Z26A 1S1WA 5CYMA 3PO4A 1KVCA 4QOZB 4FJXA 4OKJA 3THVA 4FJNA 2IDOA 4E7LA 1GOAA 3NH1A 3KLIA 1TKZA 3L2VA 2KZZA 2RF2A 5EU7A 3NFAA 3D0PA 4CFCA 3SQ2A 1KRPA 3CQ8A 3AO4A 3AVNA 1X9MA 5KGWA 4E7IA 3QIOA 4B8AB 1NOYA 4BWMA 3TI0A 1RDAA 1RT4A 1X1PA 3DI6A 4B9MA 2VG6A 4Q0BA 4CJFA 3L2RA 3TAGA 4QAGA 3HYFA 3G10A 4O55A 4KI4A 3V6DA 3LALA 3OYDA 1VSLA 4Z4GA 1C0TA 3CFRA 4N47A 4LD0A 1EXQA 1UWBA 2HNDA 2P51A 3WNEA 4GW6A 4DFKA 1ZBUA 3B6OA 3UIQA 4CEFA 5HRPA 5KRSA 3L8BA 1ZBIA 3DRPA 1D5AA 4DTXA 2G8WA 1I3AA 3OYEA 2YHBA 5CY4A 3K2PA 4F4KA 1SL2A 1T7PA 3KLHA 3DYAA 3TARA 5I3UA 3QEVA 3RR8A 4N41A 4B9UA 4KB0A 3MEEA 1TL1A 4PY5A 3KLFA 1RDCA 1JL2A 2HW3A 3OJUA 3LP2A 4M41A 2D0CA 1BCMA 2Z1JA 4C8NA 1RBVA 4EP4A 3OJSA 5J2PA 1JLCA 1HMVA 3DLGA 4FJMA 1NJWA 2RN2A 3L3UA 1MU2A 1NK6A 4OKKA 4BE2A 3SUOA 2YNGA 1B9DA 1HJRA 4MFBA 3VQ8A 3OYIA 1YTAA 1C1CA 1KVBA 4PUOA 3AVGA 4FLZA 3V9UA 1DTQA 4JRQA 4F2SA 1TKTA 2JGUA 1S6PA 1BIUA 3O4NA 4DMNA 4HUGA 4DWIA 3OYBA 3OYJA 4FZYA 1QQCA 5DK5A 4CEAA 3RMBA 4OLAA 2BDPA 2VWJA 4DSJA 4FLUA 3DLRA 4CF9A 3QEPA 1JLAA 1RT2A 1NK0A 3OS1A 3ZSZA 3HM9A 1RT6A 3MAQA 5HLFA 4F3OA 3SJJA 2PYLA 2I5JA 4E1NA 4PA1A 3BDPA 4AILC 4DSLA 2IOCA 1VSMA 2HHVA 1BL3A 2F96A 1S1UA 3K57A 2BGGA 4H4OA 4Z4HA 4FZZA 3O3GA 1ASVA 2DFHA 3HT3A 2KTQA 1S9EA 5FROA 3TR8A 3IAYA 1L3TA 2OA8A 2XO7A 4IG3A 3C6TA 3PY8A 4FJ9A 2JLEA 3AVLA 3IRXA 4OGEA 1ZBLA 1C0UA 4FLWA 1Q8IA 5SWMA 1Y97A 2B5JA 3M8RA 5HP1A 3AO1A 3QINA 1LWFA 2PZSA 3LP1A 2ZQBA 1TKXA 4M3WA 4FVMA 4FJKA 4DS5A 3TANA 4IG0A 1VSHA 4K8ZA 2F8TA 2HHXA 1A5XA 3AO5A 1RILA 5T7BA 4BE0A 1RBSA 3ZSVA 4CJTA 4DTPA 4FLYA 4DSFA 4N56A 1D9FA 2QXFA 2D5RA 3OYAA 4G1QA 4B08A 4RW8A 4CF8A 2ATQA 3VQ5A 3QIPA 4FW1A 1L3SA 1T03A 3ZT4A 5CZ2A 2KFZA 3LAMA 2YNFA 3VQ9A 3E01A 5C25A 5JS2A 1NK4A 4DQPA 1JXBA 1NKBA 4FJ7A 3AVCA 3VQAA 5HRSA 3KK1A 4HUFA 4E19A 4DS4A 1YT3A 3DRSA 4AHCA 1ZYQA 4B9VA 1J9AA 1C1BA 3A2FA 4CGFA 4JLHA 3TAFA 3NGIA 3DLEA 3PX4A 4HHTA 2A1RA 3EY1A 2HHQA 5HRNA 3KLGA 4DU1A 3G0ZA 3QO9A 1Q9YA 4CEDA 1HRHA 2DFEA 4KRFA 4CJKA 2Y1JA 3JSMA 3LAKA 1CZ9A 4CESA 4ZTJA 2Z1GA 4UQGA 2KZMA 1CLQA 3MEDA 4CIEA 2HHTA 1JLEA 3AVAA 4KREA 2E6MA 4CEBA 4CGHA 4FM1A 2E4LA 4C8OA 3QNOA 3PX6A 3L2UA 4B9NA 4N76A 2OPPA 4CEOA 1TK8A 4CHPA 3K58A 1XHZA 2G8VA 4KHWA 4CJSA 3L3VA 3LPUA 5C24A 1IO2A 2QKKA 4AHSA 4CF0A 3K5OA 1RBRA 5DMRA 2FC0A 4RW9A 5HRRA 3SQ4A 1FK9A 2HB5A 1JKHA 5D3GA 3EYZA 4LH4A 4HCCA 4FJLA 3TAQA 1EX4A 4NYNA 1SV5A 2XHBA 2IAJA 3TAPA 4BACA 1HQUA 3LZJA 3V1QA 3HVRA 4KTWA 4OGCA 1NJZA 4CJUA 4IKFA 3RWUA 4FW2A 1U48A 4CFDA 3LANA 4DFMA 1NK7A 4CHZA 3PUFA 3ZT2A 1BGXT 1WSJA 2IGIA 1S9GA 3VQPA 4DF4A 4ELVA 3RMAA 2G8FA 4L8RB 4AHRA 3EZ5A 4HTUA 4KFBA 3NHGA 4PQUA 2DY4A 2O4GA 3KK3A 4J2BA 1LWEA 3DLHA 2G8IA 3DOKA 4I9LA 4DTSA 5J1EA 4CHNA 4DQRA 4E3SA 4RG8A 4N5SA 3RRHA 2OYQA 4J2EA 3KTQA 1EP4A 4W5RA 4F2RA 4ID5A 1T8EA 3PO5A 3KIOA 2IS3A 3NF7A 1QSLA 1ASUA 4LSNA 4E0DA 2AJQA 1TAUA 1CXUA 1HNIA 3VQEA 4BDYA 1WSGA 3VQBA 3B6PA 1WSIA 2BANA 3V9ZA 4OKEA 3KKSA 3LP3A 4NYFA 3WNGA 2XRIA 4AHVA 4DSKA 4CJLA 4W5TA 2HHWA 1O1WA 3AO3A 3ZT1A 3ZT0A 2HHUA 5KI6A 2OPSA 4E89A 2W42A 2QK9A 3WNHA 3DRRA 1KCFA 2O4IA 4OJRA 1BCOA 3LWLA 2DFFA 3NF8A 1U45A 3OY9A 1B92A 1Q9XA 2BE2A 1KFDA 3AA2A 4HVJA 3F9KA 3OYHA 4M3RA 4CHQA 5J2MA 2B6AA 4CJQA 4YFUA 3LWMA 2YNIA 4KAZA 3ZSQA 1RCHA 3KKRA 1VSFA 1VRTA 1RTJA 3HPOA 3SV4A 4DU3A 2EX3A 4IBNA 1S5JA 4Y1CA 4Z0UA 1BHLA 1RT3A 3VQDA 4E7HA 2HMIA 4HCBA 1KLNA 4J2AA 1FKPA 1S1TA 3F73A 3HL8A 3HVTA 4W5QA 3CYMA 4FZXC 5KGXA 3ITHA 3OS2A 1LV5A 1IH7A 2KQ2A 4DTJA 3U6FA 3AVFA 3T1AA 4CIGA 1QHTA 3OS0A 4EZ9A 3P5JA 3VQ7A 3U3YA 2X6SA 5FDLA 3NF9A 4CFBA 3IS9A 4M3XA 3K5LA 3RMCA 1REVA 4CGGA 2WOMA 1C0MA 4KB1A 4CK3A 1WLJA 4JS5A 1QSSA 4DFJA 4CEZA 2FBTA 4B3OA 3AA3A 4CF1A 3HXMA 4JS4A 3V1RA 1SKWA 1QTMA 4CGIA 3ULDA 4B9TA 2RKIA 4LSLA 2QKBA 1GOCA 2OPQA 5J2NA 4KHQA 3HPGA 3TAMA 1RT7A 3OYGA 2G8KA 4FM0A 4Z4IA 4FLTA 4CK2A 4QCLA 4CEQA 4F3TA 2YHAA 3T19A 4O44A 1I39A 3AA5X 3DLKA 3LPTA 4IFVA 4M45A 4CF2A 3DM2A 1C1AA 5SZTA 3O4QA 3RTVA 4DFPA 4I7FA 1XI1A 4I9QA 3DMJA 3ZSRA 3VQ6A 2ITGA 3S3OA 1HYSA 2OZSA 3RMDA 3ZT3A 2YKNA 3KLEA 1JLBA 2OZMA 2FBXA 4B9LA 1BISA 3OYLA 3OVNA 4M3ZA 1S1XA 3M8SA 4JRPA 4ICLA 4C8LA 1VRUA 2X74A 4DTRA 1J5OA 4AHUA 3TABA 4KPYA 4DLGA 1RBUA 3I0SA 3OYCA 2DTUA 2HVIA 1HNVA 4OVLA 4CJPA 1LAWA 3C95A 1NJYA 4IFYA 1SUQA 1B9FA 3ISNC 1JLQA 2ZE2A 1NKCA 4EP5A 3KK2A 4F8RA 3TWHA 3AVMA 4CJEA 3O3FA 4FJ8A 1D8YA 1TVRA 3AA4A 1WAFA 3SQ0A 2WONA 4FK4A 4M3TA 4E7KA 3WNFA 3HSTB 3HPHA 4ID1A 4FK0A 3LP0A 4CECA 2Y1IA 4ELTA 4CHYA 4DSEA 1NK8A 1TGOA 1SL0A 4KHNA 3AO2A 4W5OA 3U3GA 3NH0A 4DTOA 2YNHA 3NF6A 3NBPA 2E6LA 1JL1A 3S3NA 1ZBFA 1N6QA 3SYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVOA 4DUYK 3MEGA 2QWMA 2XY8A 1S22A 3TSPA 4KHUA 4IXCA 4CERA 4U7BA 5C15A 5LJVA 3B8AX 1QZ6A 1D9DA 3D2FB 4PL7A 4DF8A 1BQNA 3QLHA 3C6HA 3JXUA 3T3FA 3BGRA 3SNNA 1U47A 4ILGB 4YOYA 1QE1A 3CFOA 1Q7YO 5KTQA 3S3MA 3HJFA 3QEIA 4KV8A 3MXJA 4Z4CA 5BRFA 5C12A 1BI4A 3SCXA 2HBLA 4JK7A 1ITGA 3C0BA 4FK2A 4FJHA 3AVIA 2VQEK 3GG4A 3CCMN 3T1HK 4BR9A 1NGBA 1R0AA 1XWLA 2FF6A 1TYQA 4TSXA 4BWJA 1UA1A 3O5BA 3O9UA 3MXIA 4JHDB 2VGNA 4CJ4A 1RT1A 3ZSWA 5M1KA 1S72N 4DQIA 5AQGA 1NK5A 2PYJA 1MWKA 3O9QA 3RR7A 1P8ZA 4PWDA 4JEPA 1TAQA 4IEIA 4GVEA 3AVJA 4F9OA 3MECA 2Q97A 3MN5A 2EHGA 4FJIA 2X78A 3WEEA 3GDQA 4KHYA 1U49A 3THWA 3OYFA 3C94A 3QERA 5AZJB 2XY6A 1TL3A 1NLVA 3R1XA 1T3VA 1CZBA 1KTQA 4BC4A 4CHOA 4GMJB 1M1KO 2IC3A 2F4VK 5AJ3K 2H3GX 3TTCA 3ALYA 5HBMA 4I2PA 4CZLA 3OYMA 1RBTA 3O9SA 3BEXA 1OH8A 2HVHA 3O1WA 2R7YA 3QESA 3D2EB 3LL3A 4FYDA 1Z25A 2GBZA 4LH5A 4O4GA 4GV6A 4JN4A 3SLCA 1JCGA 1NOZA 2ZD1A 3CF5L 3RSEA 1RTDA 1HYZA 3VEXA 3AGKA 3UE5A 3K5MA 4QS9A 4BDPA 3CM5A 4DQQA 3HK2A 3P39A 1UA0A 1FKOA 3FGUA 1KD1O 1NJIO 1RGIA 4DSIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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