1BL3A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bl3A00
2GUIA 3KLGA 1SKWA 1XHZA 4F3OA 2BANA 3MEGA 4CGIA 4KAZA 4KHQA 1TKZA 3U3YA 2A1SA 2HW3A 1QQCA 4FM2A 3B6OA 4B9TA 2DFEA 3KKSA 1NK8A 5FRMA 4FLYA 4F8RA 3VQ6A 3VA0A 3ALYA 4KTQA 3AO2A 3F73A 3TAQA 4BE2A 4DLEA 1LAVA 4DWIA 4R5PA 4W5OA 4CEBA 4HUGA 2G8UA 4OKJA 2VG6A 1KLNA 4FYDA 1VSMA 2G8FA 4RW9A 4BE0A 1RILA 4HCCA 1QS4A 5J2MA 4QCLA 3AO5A 3TAMA 1C1CA 4DSEA 1HYSA 3VQ7A 4DFKA 1ZYQA 4FJ5A 3AVLA 4CJ4A 3BDPA 4FK4A 4BDPA 2X78A 1S1VA 1Z26A 3HYFA 4OKEA 4H4MA 1B9DA 4E7HA 4DU4A 1D9DA 2BDPA 3KLEA 3NE6A 1KTQA 2Z1JA 3K58A 4Z0UA 4NCBA 2P5GA 2G8KA 3QIOA 3OYKA 1JLCA 5FDLA 1RT1A 4CGDA 3NDKA 4M3TA 2RF2A 2F8SA 1RTIA 1BQNA 5JS1A 1U45A 1J9AA 3IAYA 3ZSWA 2WONA 1VSKA 2ETJA 1RDBA 3LDSA 4HTUA 1GOBA 2G8WA 1BQMA 2OPSA 5DMRA 3S3OA 2G8VA 4B9MA 4CJPA 4CF2A 4DTOA 2KFZA 1BISA 4M3YA 1BCOA 4FLUA 4FLWA 3DRRA 4CGFA 4DF8A 1J53A 4DSIA 3I0SA 4ZTJA 2G8IA 4DQIA 1UOCA 2RKIA 1U48A 4KPYA 3QEIA 3ISNC 4F4KA 2IOCA 4WE1A 1VSHA 3AA2A 1WAFA 4DTPA 3PUFA 4KV8A 3SQ1A 2Z1HA 3IS9A 3ZT0A 3QO9A 3VN5A 3K5OA 3OYBA 1VK0A 3HXMA 4FLXA 2AJQA 1TAUA 1WSGA 4AHRA 1S9GA 1NK7A 4CF1A 4PUOA 1JLGA 1JL1A 3V1RA 4G1QA 3L2VA 5HP1A 4CCHA 2ZQBA 2HHXA 3THVA 2D5RA 4N41A 3RMCA 4CJVA 3ZT4A 4O5BA 3JSMA 3DOLA 1FK9A 1REVA 4DMNA 2OYQA 2QKBA 1X9SA 3KK1A 2X6SA 4FXDA 3AVJA 4B3OA 3VQ8A 2PZSA 1S6PA 3K5NA 3M8PA 1WLJA 4FZXC 5HRNA 4JLHA 4CEAA 4DS5A 2HHQA 3ZSVA 4KI6A 4W5TA 1LW0A 3C95A 4CHYA 2YNFA 4Z4GA 3MEDA 4BDZA 3SUNA 3KLIA 3WNGA 4FJ7A 1WSEA 3AO3A 2XY8A 4FLVA 1FKOA 4GVMA 3VQDA 3VQ5A 2HHSA 1TAQA 1NK5A 5CYQA 4E7IA 3SUOA 4IKFA 5C24A 1TK5A 4FCYA 1W0HA 4CECA 1VSIA 3DI6A 2VG5A 1HYVA 1MU2A 3RTVA 4KHNA 4RG8A 4DF4A 2HHTA 4ELVA 1W9HA 1FXXA 2YNHA 3LWLA 5J2NA 4B8AB 1EX4A 3K5LA 4DSFA 1SL0A 2OPPA 4ZTFA 4BACA 1TVRA 3OYFA 1NOYA 1CZ9A 4YFUA 4FM0A 3AA4A 3DYAA 3KLHA 4M42A 4PWDA 4DSJA 3V1OA 4OPJA 1TGOA 4LH4A 4CJQA 4JRPA 1UA1A 2ITGA 4DU3A 4DSKA 4CJSA 1I39A 3HP6A 3TARA 4DS4A 4W5NA 3TI0A 3P5JA 3KD5E 1YT3A 3SNNA 1HQEA 1FKPA 1IH7A 4IG3A 4DTMA 4W5RA 3AO4A 4AHSA 5C25A 1EXQA 4CEFA 4PA1A 2ZD1A 4TSXA 2XHBA 3K57A 1WAJA 1BIZA 1L3TA 4CJ5A 4HVJA 4F2RA 1RTHA 1NJWA 4CK3A 3OS1A 2W42A 1C1AA 1YTAA 4DTJA 4FK0A 3NAEA 5HRRA 3LZIA 1T03A 3K59A 4FJGA 5EU7A 4FZYA 2HHVA 3MECA 3PY8A 5KI6A 1A5WA 1LWFA 4E19A 3V81A 3AVGA 4BWJA 4FLTA 3HJFA 3L2RA 3PX4A 4Y1CA 4CK2A 5HRPA 5JS2A 4N5SA 4K8XA 1HJRA 2JLEA 3QEWA 3OYGA 1Z25A 3EY1A 2OPRA 1KVAA 1YVUA 3T3FA 4B9VA 2RN2A 3RMBA 1NK4A 3KKRA 1TK8A 3OYHA 2Y1JA 1WSJA 3SI6A 1UWBA 2HVIA 4CF8A 4M3RA 3LP1A 4Y1DA 3ZSZA 4H8KA 4DQSA 3D45A 4O0JA 4CEOA 4K8ZA 4OLBA 1DLOA 3OS2A 1TL1A 1C0MA 1T8EA 4EZ6A 4RW4A 1Y97A 1JXEA 3S9HA 5I42A 4E7KA 2KTQA 1WNSA 3NF6A 4DTUA 3OJUA 4IBNA 3ULDA 3NH0A 2OA8A 2DY4A 3SYZA 1KFDA 3CFRA 3ZT1A 4B9LA 4O0IA 3QEVA 4FZZA 1QE1A 3P83D 4CEDA 1XWLA 4CJEA 1IKVA 4DU1A 3V9UA 1HNVA 1K6YA 4MQ3A 3HSTB 3VQEA 4XIUA 3VQQA 4CJWA 4HCBA 4M3UA 1ITGA 1KCFA 2DFFA 3TAGA 1KRPA 4CJLA 2WOMA 5J2QA 3ZSRA 3NFAA 1RT4A 2OZMA 4DSLA 3CYMA 3HL8A 1U4BA 1SKRA 4CEEA 3CFPA 1QSYA 4FJNA 4PY5A 4C8MA 4OLAA 1HYZA 1J54A 4F2SA 2GV9A 4FJJA 3NGZA 3TAFA 1ASVA 4B9SA 3QEPA 4F3TA 1RBVA 3OYNA 4H4OA 1RT5A 3T1AA 1D8YA 2VWJA 4CHQA 1RBSA 1WN7A 4E3SA 3ZCMA 1BL3A 1RT2A 3LPUA 1NK9A 4DTSA 1DTTA 2I5JA 3KTQA 3P1GA 3NHGA 3QETA 2QK9A 3PX6A 2IGIA 4OGEA 4CF9A 3QLHA 4C8OA 4KFBA 1VSDA 2KQ2A 3QNOA 3SUPA 3E01A 3VA3A 4Z4CA 2PYLA 4B8CA 3L8BA 3WNFA 3DLKA 4BDYA 2HNYA 1BI4A 2IS3A 2KFNA 1HPZA 4CHZA 4CK1A 3V9WA 2A1RA 1NJYA 3TR8A 4NCGA 5CYMA 3OS0A 2QKKA 1HNIA 5HBMA 5KGWA 1HMVA 1ZBFA 1C6VA 1RNHA 2EHGA 3AVMA 2QXFA 2P1JA 2BE2A 1L5UA 3DLEA 5D3GA 1SKSA 4EZ9A 3SUQA 1JLAA 1I3AA 1JLEA 3BGRA 3QERA 3M8QA 5CZ2A 1QTMA 3RR8A 4KB0A 1F21A 3EZ5A 4HHTA 3SQ2A 1ZBLA 4C8NA 4B08A 3ASMA 3RRGA 4JS5A 1ZBIA 3RMAA 1WSFA 4O44A 3U6FA 2DFHA 3L3UA 3LP3A 1KFSA 4Q0BA 1RT3A 3S3NA 4I9LA 1QHTA 4CIEA 1SL2A 1IG9A 2YKMA 4CEZA 2F96A 3DLGA 3LP0A 3MAQA 3UIQA 3PX0A 4EP5A 4FVMA 4CHPA 3QEXA 2XY7A 4AHVA 3KD1E 3SJJA 4M3XA 1XI1A 4LH5A 3AVBA 1JLBA 3T19A 1R0AA 2XO7A 5FROA 4O4GA 5J1EA 1SL1A 5J2PA 5DK5A 1IKYA 3HT3A 3DOKA 3D0PA 2XY5A 4CFAA 1HQUA 1JXBA 2YNIA 3K5MA 2JGUA 2X74A 1D9FA 3SV3A 4L8RB 3V9SA 1ZBHA 2FBTA 1UAXA 5K14A 3NGIA 1KVBA 2B4JA 1LAWA 3S3MA 4J2AA 1N6QA 3VQPA 4CJ3A 3ZSXA 3DRPA 4EP4A 3V6DA 3VQ4A 1RBUA 4CE9A 3SQ0A 4FJKA 3SV4A 4I9QA 2GBZA 3TAPA 3HM9A 2Z1GA 2PY5A 2RPIA 2R7YA 1RCHA 3HVRA 3SQ4A 4M3ZA 2P5OA 4CHNA 3G10A 4OPKA 3OYEA 3TAEA 3V9ZA 1NKBA 4KB1A 3OJSA 4FJXA 1C0TA 3F9KA 3QIPA 4RW8A 3VQ9A 1QSLA 3RWUA 4J2BA 4JRQA 1SV5A 2E6MA 3C94A 4OJRA 4E1MA 3L2QA 4B9NA 3B6PA 3DM2A 2LSNA 3HPHA 1X1PA 2VG7A 1TK0A 2XRIA 4CGJA 1S6QA 1BCMA 1RTJA 1O1WA 3ZT3A 1A5VA 4CJFA 4Q5VA 3QNNA 4CFBA 1VSJA 2B6AA 1L3UA 3PO4A 4FJIA 2F8TA 4NYFA 2HNDA 4KTZA 4M41A 3HPOA 3CM5A 1WSHA 1RDAA 1IKXA 4GMJB 4DTRA 2Z1IA 1ASUA 3AO1A 3TWHA 4HUEA 1S5JA 4KRFA 1ZBUA 4RW6A 1IKWA 3NF9A 4KHUA 4PQUA 3KIOA 2IAJA 4ELTA 2ZE2A 4CEQA 5E41A 4MFBA 4FW2A 4OVLA 4FW1A 4CJKA 3KK2A 2HHUA 4KHYA 3VQCA 1BGXT 3AVAA 2FBXA 1EKEA 3LP2A 1GOCA 3NF7A 5SZTA 4W5QA 4M3WA 1X9MA 4Z4HA 2KW4A 1DTQA 4DG1A 3OYAA 1VSLA 4N56A 4YNQA 5CY4A 4DQPA 1B9FA 1VRTA 5HLFA 3OYDA 1RBRA 4CJUA 1HRHA 3O3GA 3ZSQA 1UA0A 3LPTA 3OYIA 3HVTA 3AVNA 3I0RA 3CG7A 4I2QA 3VQBA 3SCXA 2YHBA 1RBTA 1S1WA 4BE1A 2D0BA 4AHUA 3L2UA 4LSNA 1NKEA 4ELUA 3CM6A 4ID5A 1B92A 2HMIA 5KRSA 2PYJA 4CGGA 1Q9XA 3IG1A 4AH9A 3C6TA 5C42A 3MXJA 1CLQA 5HRSA 3AA5X 1CZBA 1Q9YA 1IO2A 2ATQA 4BWMA 1QSSA 1L3VA 2IC3A 1TKXA 1LWEA 1TV6A 2OPQA 2P51A 3L3VA 3OYCA 3LWMA 3AV9A 3AVKA 4C8KA 1J5OA 2KZZA 3V9XA 1TKDA 2VWKA 5KGXA 4KO0A 3K2PA 2EX3A 3ZSOA 4FK2A 1KLMA 3EYZA 3DMJA 3AA3A 4CF0A 3AVIA 4FJ9A 3ZT2A 4Z4EA 4O55A 1RT7A 4QAGA 3OY9A 4DQQA 4DTNA 3HPGA 2NUBA 3RRHA 3H08A 1LWCA 5KTQA 3NH1A 4IG0A 3MEEA 1S9EA 1ASWA 3LALA 4RW7A 2X6NA 3OYMA 4IFYA 4QOZB 5FRNA 2O4GA 3A2FA 1Q8IA 2FBYA 3WNEA 4AHTA 3SPZA 3IRXA 4KI4A 4HUFA 3PV8A 4J2EA 3G0ZA 3SZ2A 3WNHA 5I3UA 4KHWA 4CJTA 2HNZA 3V1QA 1U47A 2D0AA 4E0DA 3JYTA 1RDCA 2XY6A 3OYJA 4CIGA 1NKCA 3TANA 3OYLA 1NJZA 4ID1A 2YNGA 4OGCA 4CJRA 3DRSA 4FJLA 4GW6A 1VRUA 3AVCA 1NJXA 4C8LA 4Z4FA 2O4IA 2YV0X 3HP9A 3MXIA 4KHSA 1RT6A 1CXUA 3L2WA 4E7JA 2IDOA 3DLBA 1BI4B 4ZHRA 1JL2A 3RMDA 1LV5A 1NOZA 3KK3A 4JS4A 3O4NA 4KTWA 1EP4A 4DFJA 3ITHA 1N5YA 3CFOA 4I2PA 3O3HA 3I8DA 5T7BA 2YKNA 3VQAA 2FBVA 4CGHA 3PO5A 2E4LA 3DLHA 4E89A 3NF8A 1XC9A 2KZMA 3HK2A 4DFMA 4CERA 1S1TA 1VSFA 3NH2A 4FJ8A 4CIFA 1TKTA 2HB5A 1NK6A 4KKOA 3LANA 4J2DA 4I7FA 4N47A 4CFDA 4FJHA 4NCAA 1D5AA 3LAMA 3KLFA 4NYNA 4CHOA 5SWMA 4M45A 2E6LA 1KSPA 1BHLA 4ICLA 3DLRA 2B5JA 4E1NA 4E7LA 3QINA 5CZ1A 3QESA 3SPYA 4DTXA 1A5XA 4LSLA 4CFCA 5KRTA 2BGGA 2YHAA 4FLZA 4UQGA 1L3SA 1BIUA 3CQ8A 3C6UA 3M8SA 3MXMA 1XHXA 2DTUA 2D0CA 4DFPA 3FFIA 3AVHA 3KJVA 5HROA 1C1BA 4OKKA 1JLQA 1G15A 4KREA 3O3FA 4IFVA 1U49A 1KVCA 1EETA 3M8RA 1RTDA 3AVFA 3TABA 1X9WA 1YTUA 2HHWA 3HO1A 1VSEA 1C0UA 2FC0A 4CESA 4LD0A 3NCIA 1S1XA 2Y1IA 1T05A 1GOAA 4B9UA 3OVNA 1S1UA 1NK0A 2OZSA 4FJMA 4AILC 1SUQA 1WSIA 1JKHA 3O4QA 2G8HA 1CXQA 4N76A 2HVHA 2Q3SA 4Z4IA 1TL3A 4AHCA 1LW2A 4DQRA 3NBPA 1U04A 4FM1A 3RR7A 4DLGA 1T7PA 1RDDA 3NGYA 4LY7A 1JLFA 3ZSYA 4IDKA 3V4IA 3LZJA 3LAKA 3U3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GUIA 5JLFA 3MEGA 4CGIA 4KAZA 5C15A 4KHQA 1TKZA 3U3YA 4FM2A 3JAMO 4ILGB 4MO5A 3MN7A 2FSNA 5FRMA 1VQ5N 2YJFA 4OX9K 4KTQA 4CZFA 3TAQA 3FZFA 2QWPA 3ULEA 4HUGA 3S41A 4OKJA 3P31A 1KLNA 4BE0A 2VYPA 3AO5A 2O8DB 1C1CA 3SK3A 3D2EA 2E1ZA 1HYSA 2BH1A 4FK4A 2X78A 1S1VA 4IOXA 3HYFA 4OKEA 4F9OA 2Z1JA 4BROA 3L0QA 4IO8A 4Z0UA 4NCBA 1X3MA 3QIOA 4B1YB 1JLCA 1RT1A 4JHDA 4M3TA 1YAGA 4CZKA 2F8SA 3MWPA 3IAYA 3FGUA 3LDSA 2G8WA 4WFNL 5AQXA 4CF2A 1BISA 3CD6N 1J53A 4C1NK 1WB9A 2RKIA 3QEIA 4BVPA 4WE1A 3THWB 1YIJN 5GIOA 3SQ1A 2Z1HA 3VN5A 1VK0A 2J4RA 4AHRA 1S9GA 3U9ZA 5AQPA 1JLGA 1JL1A 3V1RA 4G1QA 3L2VA 2ZQBA 2D5RA 2UXBK 3O80A 1ILYA 2IVPA 3LDNA 4FWNA 2OYQA 2CGKA 3CJAA 3TU5A 4JLHA 1Z05A 4M63C 3T69A 4KI6A 2HHQA 4W5TA 3C95A 4CHYA 2YNFA 3MEDA 4BDZA 3WNGA 3AO3A 3VQDA 3CJ7A 2HHSA 4WQ4A 1WUAA 4IKFA 3E9LA 4BY9C 5C24A 4FCYA 3CJ1A 3VEVA 4G9ZA 1HYVA 3TTCA 3RTVA 4GV3A 2D0OA 1W9HA 1FXXA 3KVGA 5GIPA 5GAHP 4IOAL 3G4SN 4FM0A 3KLHA 1EWRA 4DSJA 1TGOA 2CGJA 3TARA 3HP6A 5E84A 3TI0A 4PHTX 3P5JA 4NXMK 1YT3A 1IH7A 2VCPA 3WQTA 4IFEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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