The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR5 K; 4JI8 K; 1N33 K; 4V19 S; 1IBL K; 3J81 O; 4LF7 K; 4LF6 K; 4JYA K; 2UXB K; 4DV3 K; 4OX9 K; 4DV1 K; 1IBM K; 1HNZ K; 5A2Q O; 4DUY K; 4NXN K; 4DV6 K; 4DR4 K; 4AQY K; 2UU9 K; 5IWA K; 1I94 K; 3J7Y P; 4JI0 K; 4JI5 K; 4YHH K; 4X64 K; 4LF5 K; 4X66 K; 1N32 K; 5LMN K; 4DR2 K; 5FLX O; 4B3M K; 4GKJ K; 2VQF K; 3OTO K; 2E5L K; 4JV5 K; 1XMQ K; 4B3S K; 4LF4 K; 5BR8 K; 3T1Y K; 1HR0 K; 1FJG K; 4K0K K; 2F4V K; 1XNR K; 4DR6 K; 4LFA K; 2UUA K; 1HNX K; 4NXM K; 4LF8 K; 2UUB K; 5IT9 O; 4GKK K; 5AJ3 K; 4DUZ K; 3J7A P; 4X65 K; 4JI3 K; 1XNQ K; 4JI2 K; 4LF9 K; 2ZM6 K; 4DV7 K; 4LFB K; 2UUC K; 4JI4 K; 4DR7 K; 4JI6 K; 4DV2 K; 2UXD K; 3JAM O; 3T1H K; 2UXC K; 4B3R K; 2VQE K; 2HHH K; 1HNW K; 4YY3 K; 4DR1 K; 1N36 K; 1J5E K; 5LL6 Z; 4X62 K; 5LMU K; 4JI7 K; 4CVN E; 4DV5 K; 4DV0 K; 4KHP K; 4CW7 B; 1XMO K; 1IBK K; 4DR3 K; 1N34 K; 4B3T K; 3J80 O; 4LFC K; 4DV4 K; 4JI1 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TKD A; 4DR5 K; 5D3G A; 3D2F B; 2A42 A; 1GLC G; 3J81 O; 4FJL A; 2UXB K; 3SV4 A; 3EY1 A; 2A3Z A; 2IS3 A; 4CI6 A; 4NXN K; 4DV6 K; 2HHS A; 2IOC A; 2Z1I A; 3VMF B; 4BRP A; 4CF0 A; 5ELZ A; 3MXM A; 4LF5 K; 2VWB A; 4OKE A; 3TTC A; 4AHU A; 4I9L A; 4DFP A; 3O4Q A; 3P83 D; 4N41 A; 1RDA A; 1VQ6 N; 2Q0U A; 2FXU A; 3TSP A; 4DR6 K; 2P9P A; 1WSI A; 4CF9 A; 3QEP A; 3QES A; 4H4O A; 4CEA A; 2OTJ N; 3A5N C; 3KLG A; 3S3O A; 1XQS C; 3PX4 A; 4KO0 A; 2V7Y A; 1LCU A; 4JI3 K; 5C12 A; 3VN5 A; 3SBG A; 4CGD A; 5I9E B; 4JI4 K; 4M3Z A; 1TGO A; 1U04 A; 3DOL A; 3DLB A; 3O80 A; 4C1N I; 3AAQ A; 3OYE A; 3HBT A; 1S5J A; 3DLG A; 2NRV A; 3CET A; 1FW6 A; 1GLA G; 3VQC A; 2O8C A; 5AFU A; 1L3S A; 3AVI A; 2FSN A; 1QZ5 A; 2YCH A; 4DWI A; 2DTU A; 2QWL A; 1RDU A; 3IMX A; 5BR9 A; 5JIC A; 3IDH A; 4A62 A; 1VQM N; 2E2N A; 2P5O A; 1HKG A; 5EY4 A; 5FRO A; 1TKX A; 3FZM A; 5F1X A; 2RE2 A; 1RBT A; 1W9H A; 2F8S A; 3LDL A; 1HYS A; 2PFU A; 1NJX A; 3CCE N; 4GMJ B; 1VSF A; 3CJ7 A; 4E1M A; 1WOQ A; 1DEJ A; 4IEE A; 4BQL A; 2PZS A; 4H0O A; 2P1J A; 4KPY A; 4O0J A; 5GIP A; 5DK5 A; 1KAZ A; 4FWL A; 1N33 K; 3THX A; 5EU7 A; 4O0I A; 3ULE B; 4UQG A; 5AQK A; 4CHZ A; 1HNV A; 1VQK N; 3L6Q A; 2V52 B; 4CJS A; 1ATS A; 3K5M A; 1Z05 A; 3HTV A; 1W97 L; 4N47 A; 4CFD A; 4AQY K; 1R0A A; 2OPS A; 1GLF O; 3VQ8 A; 3HI0 A; 1IKV A; 3MN6 A; 1RT2 A; 1RT7 A; 1RBR A; 4BR5 A; 2XO7 A; 4AH9 A; 4KAZ A; 1C1C A; 1SQK A; 3OBY A; 4GV9 A; 3M1F A; 3D7E O; 1TKZ A; 5BPL A; 3TU5 A; 2DFH A; 1SAZ A; 2Q97 A; 1HRH A; 3LWL A; 4W5R A; 3V9X A; 3NGI A; 2P9K A; 3J7A P; 2D0A A; 3TR8 A; 5M1Q A; 3DLE A; 1W7A A; 4OPA A; 4RG8 A; 1MA9 B; 3M3Z A; 1UA1 A; 1ZXO A; 4IO9 L; 4E3S A; 4MO5 A; 2HBM A; 3SUP A; 4AHS A; 1HYV A; 4A2B A; 1EP4 A; 1RT6 A; 4FJ9 A; 1T03 A; 2YV0 X; 3T1H K; 5DMR A; 4J8F A; 1VSM A; 2IVN A; 5AZJ B; 2NRH A; 2WOM A; 4BVP A; 3I8B A; 4C8O A; 4QS7 A; 4M3X A; 4JI7 K; 2HHV A; 4DTX A; 4BAC A; 1WSG A; 4DV5 K; 1V4T A; 1L3U A; 3EO3 A; 1YHQ N; 4DV0 K; 4IO8 A; 1D8Y A; 4N5S A; 1U48 A; 3UKR A; 2HB5 A; 3TAR A; 1QHT A; 1T7P A; 1HPM A; 4Y1C A; 2A41 A; 3CCM N; 4G1Q A; 4RW6 A; 1RT5 A; 3QO9 A; 4M45 A; 3KVG A; 2FC0 A; 4CIG A; 1VQO N; 4JI1 K; 4PL7 A; 2D4W A; 4B3O A; 4GY2 B; 3KHY A; 4K41 A; 1RTH A; 4OVL A; 3VQ9 A; 1U4B A; 3C0B A; 4MLE A; 4PQU A; 5JVH L; 5AQV A; 3PO4 A; 1K8A O; 1BI4 A; 5MLC Q; 3CJ1 A; 4CHO A; 3O08 A; 3IRX A; 4IJN A; 3CC7 N; 4E89 A; 3KD1 E; 1VQ7 N; 3SBT A; 4O5F A; 2FF6 A; 4BRN A; 1YI2 N; 2OZM A; 4CJU A; 4EIA A; 4Z4G A; 2YHY A; 2UYT A; 1EQY A; 3HP6 A; 2CGK A; 4CGG A; 1NOZ A; 4FWM A; 3ATV A; 1DTT A; 4ZHR A; 4QCL A; 4J2E A; 2F4V K; 4YOX A; 4LFA K; 3AA5 X; 3AO3 A; 2HW3 A; 1GLJ O; 3I8D A; 3L2W A; 3H46 O; 1GLD G; 1YTA A; 5M1N A; 2KLA A; 3ZSO A; 3V6D A; 3J8A A; 2E88 A; 3PLA A; 3V4I A; 1NOY A; 3OYK A; 2HVI A; 1JLE A; 3EZ5 A; 1S6P A; 2JLE A; 4DUZ K; 3K57 A; 2ZE2 A; 1ITG A; 4W5Q A; 3OYJ A; 3CC4 N; 3SUN A; 4CGI A; 3EE9 A; 2QXL A; 3TI0 A; 4LF9 K; 2WON A; 4BR7 A; 4BR2 A; 4JRQ A; 4HTU A; 3H1Q A; 3LDP A; 4EZ6 A; 1D9D A; 1QVF M; 3VQ7 A; 4CZI A; 4FWK A; 3NHG A; 2BUP A; 3OS2 A; 1NK6 A; 3V81 A; 4LC9 B; 4JK8 A; 2ASP A; 4FOE A; 2CGJ A; 5KQ8 A; 2E1Z A; 3VF4 A; 1BHL A; 3BEX A; 3DXM B; 3D45 A; 4Z4C A; 4GW6 A; 4A57 A; 5AQN A; 3V9W A; 4B8A B; 5TKY A; 3TAF A; 4KB0 A; 3SYZ A; 3QFU A; 1ZBH A; 1HJO A; 3U6F A; 4OKJ A; 4CFC A; 1VSK A; 3IKM A; 3J80 O; 1VRT A; 4BR4 A; 3K5L A; 3AVC A; 4ISG A; 3NH1 A; 1JLG A; 1IG9 A; 3MX5 A; 1R59 O; 4H0X B; 4AM6 A; 4BR9 A; 4E7L A; 1WSJ A; 1VQN N; 4LF6 K; 1DGK N; 4JKH A; 2NRT A; 4FWP A; 4W5O A; 1HYZ A; 2P9I A; 5FPN A; 1VQ4 N; 3HOT A; 4KI6 A; 3D0P A; 1A5W A; 5FPE A; 4JI0 K; 1JLC A; 3CJC A; 3U9D A; 4BRA A; 1NK4 A; 4F3O A; 3MXI A; 4ELT A; 1XC9 A; 1IKW A; 1C1B A; 1C0G A; 1FKP A; 2EX3 A; 2JGU A; 2GX9 A; 5M1O A; 4JRP A; 4ILG B; 3H6E A; 1W2B M; 3SPY A; 3NBP A; 3VEV A; 4X65 K; 1BO5 O; 2X6S A; 4HUG A; 4JI2 K; 2XY8 A; 3O9Q A; 4ID1 A; 2GEM A; 4PY5 A; 2P9L B; 4BRD A; 4JKF A; 1YTU A; 4PKH A; 4DTJ A; 3WNH A; 5BRF A; 4A5A A; 1KFD A; 4IG3 A; 2P9P B; 4BRO A; 3LP3 A; 1HKC A; 3CQY A; 3LZJ A; 4Q0B A; 4JKD A; 4JN4 A; 1KVA A; 3ZSZ A; 4E1J A; 3M8S A; 3BGR A; 4IKF A; 4ICL A; 1NU0 A; 5JS2 A; 2KFZ A; 4O44 A; 4CVN E; 2Z1J A; 1YJW N; 4AHT A; 2OZS A; 3IS9 A; 3NGZ A; 4JKC A; 2E6M A; 2GUP A; 5CHI A; 3N4Q A; 3LP2 A; 4FWN A; 4JAX A; 4FM0 A; 1VHX A; 3EKS A; 3ZT1 A; 4DTO A; 4LD0 A; 4MDA A; 5AQY A; 4FYD A; 2O8C B; 4PUO A; 4CJE A; 3E01 A; 2QI2 A; 4E7H A; 1EX4 A; 1BU6 O; 1NGC A; 3CM5 A; 3WXK A; 2W6L A; 3L0Q A; 4H5W A; 3VPZ A; 3RVC A; 3FFI A; 3QIC A; 3KZB A; 4BWJ A; 3HST B; 1SS6 A; 5FDL A; 1RTI A; 1TL1 A; 4FWR A; 3I56 N; 4FWS A; 3SAF A; 2E5L K; 3ISN C; 5EVZ A; 4B3S K; 2R7Y A; 1HR0 K; 1NK5 A; 4RTF D; 2HF3 A; 2QA4 N; 3MEE A; 1HNX K; 3THX B; 3ZET A; 2RKI A; 4FZY A; 3QBX A; 1L3T A; 5AR0 A; 4CJP A; 3NCI A; 3KD5 E; 3EZW A; 4IXC A; 4CJV A; 4Z0U A; 3HT3 A; 2DPN A; 3OYG A; 2GEL A; 3KWI A; 5AJ3 K; 3KK2 A; 5KRT A; 3RWU A; 4KKO A; 4NCG A; 3RR8 A; 1RBS A; 4CJT A; 1GOC A; 5GAG P; 4FLX A; 1ZYQ A; 4NCB A; 2ZM6 K; 1IKY A; 3VA0 A; 4B9S A; 2EWS A; 5AQF A; 5EXW A; 3SK3 A; 3WQU A; 3VQD A; 3N4P A; 4YOW A; 1HUX A; 3AV9 A; 3SUO A; 2QKB A; 2Z1G A; 3AY9 A; 4FXD A; 4IEI A; 4GVM A; 3L2V A; 2XRI A; 2VQE K; 2O8D A; 3DLR A; 1BL3 A; 5SZT A; 4FLZ A; 2D0B A; 3P38 A; 3MXJ A; 3V9Z A; 1VQ9 N; 3D2E A; 3CJB A; 4M41 A; 3FZK A; 2P9K B; 4JD2 A; 1XC3 A; 2NUB A; 1NJY A; 2ZGY A; 3VQP A; 3VQQ A; 4NO7 A; 3MCP A; 1TYQ A; 1VSJ A; 1YT3 A; 1IV0 A; 4U67 L; 4WFN L; 2YHW A; 3FFK B; 3SNN A; 2XHB A; 2GBZ A; 1NGF A; 3H1V X; 4CIF A; 3CCR N; 2D5R A; 4JI8 K; 3K59 A; 2FLO A; 4CJ4 A; 2F9T A; 4OGE A; 4OX9 K; 2B6A A; 2YHB A; 3O8M A; 2PYL A; 4CJR A; 3G6E N; 3MMV A; 5AQS A; 5AQQ A; 4IDH A; 5EX5 A; 4JK9 A; 3O3G A; 3L8B A; 3AVJ A; 2E2P A; 4BY9 C; 3UKR B; 4GNI A; 5KI6 A; 3L2U A; 2KKZ A; 4BC4 A; 5FPD A; 5J2P A; 3SPZ A; 3D6R A; 3NF6 A; 4H0V B; 3ZYY X; 1WN7 A; 5GIN A; 3L4I A; 3CCJ N; 1G99 A; 4B9T A; 3BZK A; 3CI5 A; 3MED A; 2O4G A; 4YOR A; 1LWC A; 4CES A; 1E4G T; 3JXU A; 4CGJ A; 1A5V A; 3PV8 A; 4FZX C; 4I2Q A; 3C95 A; 4DU1 A; 4E0D A; 3CG7 A; 2YNF A; 4U7B A; 1MU2 A; 4E7K A; 1I39 A; 1RDB A; 4A5B A; 1XNQ K; 4JHD A; 4CJW A; 2P5G A; 4JKB A; 1XHZ A; 3Q7B A; 3HM8 A; 3OYB A; 1OH7 A; 4F9O A; 4RCH A; 3MK6 A; 4IJA A; 4FSV A; 5GAH P; 3RR7 A; 3QIN A; 4ZTF A; 5CE3 A; 2Q0R A; 3K9K A; 2UXC K; 3GBT A; 4B1W B; 1CZ9 A; 2ITG A; 1TK0 A; 3QDK A; 3RMC A; 2KZM A; 4KBO A; 1VSD A; 2HHH K; 2QK9 A; 5CYM A; 3TAG A; 4L8R B; 1YJN N; 3HL8 A; 1J5E K; 4BE0 A; 4XEI A; 1D9F A; 2J4R A; 2YHX A; 1NK9 A; 2OCE A; 4YDU A; 3ENB A; 3AA4 A; 3MN9 A; 1JKH A; 1KCF A; 4ID5 A; 4H8K A; 2PAV A; 3MAQ A; 3QBW A; 2P9U A; 3AVK A; 1IBK K; 1WSF A; 4CHN A; 4MLH A; 4CK2 A; 3HSC A; 4B1V A; 4DTU A; 4FM2 A; 3A2F A; 1CXU A; 2BTF A; 4B9L A; 4LF7 K; 4DSE A; 1VSE A; 3LWM A; 4FJJ A; 3LP0 A; 4CJL A; 3TAB A; 4BWM A; 1JL2 A; 4A2A A; 4E7I A; 4M3T A; 5AQP A; 4FLU A; 4X64 K; 3SQ2 A; 5LMN K; 4F2R A; 3KLH A; 3HRG A; 2ZWH A; 5BPN A; 1N6Q A; 4EFH A; 1NKE A; 3BZC A; 4LF4 K; 2HBK A; 3CFR A; 3M6G A; 4YOY A; 3W3D A; 3ZEU A; 1Z25 A; 4N56 A; 1Q9Y A; 3OYD A; 4F4K A; 1TK5 A; 4DU4 A; 1SL1 A; 4BC2 A; 3DRR A; 3PSI A; 3THW A; 3QIO A; 1C0M A; 2O8E A; 2LSN A; 5AZI A; 1NMN A; 1X3N A; 4DLE A; 4CEO A; 3RMB A; 3ATU A; 2P9I B; 4JEP A; 3VEN A; 5KTQ A; 1J5O A; 2F9W A; 3ZLJ A; 3SZ2 A; 1JLQ A; 4CK3 A; 4DS5 A; 2X6N A; 3C7N A; 5C15 A; 1DTQ A; 3SV3 A; 3PIP L; 4H0T B; 4BDZ A; 1Q18 A; 4K8X A; 1VQ5 N; 4IFE A; 3M5R A; 4H4M A; 4CJK A; 3GOI A; 3K5O A; 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3WEE A; 4DSI A; 1NGE A; 3MCA B; 3VTI A; 2PY5 A; 1NGD A; 4CEZ A; 3AVG A; 2RPI A; 1TKT A; 3AA3 A; 4M42 A; 2HBL A; 2ZJQ L; 3O1B A; 4DFJ A; 4C23 A; 5C25 A; 4MDB A; 5EOY A; 4B1U B; 3NF9 A; 3TSU A; 4BRQ A; 3JAM O; 1RT4 A; 3ENO A; 1QZ6 A; 1H1V A; 4A61 A; 4OLB A; 1IG8 A; 1QQO A; 2BAN A; 4Y0W A; 1YAG A; 1RT3 A; 3I0S A; 1RBV A; 4YY3 K; 1S22 A; 4X62 K; 3AAP A; 4LSN A; 2HOE A; 4ISE A; 3CCQ N; 4OO1 J; 3FZL A; 2YJE A; 4CED A; 2QWR A; 4GV6 A; 2YHA A; 2QXF A; 2GTD A; 2VG5 A; 3M8Q A; 1NKC A; 4CEQ A; 4CF2 A; 1XMO K; 1N34 K; 1RIL A; 3L4Q A; 5JVG L; 2Q2R A; 1VAZ A; 1JLF A; 3M8P A; 3NFA A; 4C8K A; 4ZTJ A; 1T44 A; 2A6A A; 4CEB A; 3A5L C; 1JL1 A; 4FVU A; 2B5J A; 5AQW A; 4F8R A; 5HBM A; 4CZE A; 2O8D B; 3LDQ A; 3V9U A; 4OLA A; 2QWM A; 4FLT A; 4XH5 A; 3NH0 A; 3D2E B; 4DTP A; 5FRN A; 4YNQ A; 1X9W A; 3LPT A; 2A1S A; 4JD2 B; 5KGX A; 4DR4 K; 1YIJ N; 1QSS A; 3CQ8 A; 4OKK A; 1D5A A; 3T7Z A; 4X66 K; 1TYQ B; 1M1K O; 4FW1 A; 3S3N A; 1BOT O; 2XY5 A; 2VQF K; 2Q36 A; 5GIO A; 5DM7 L; 3OYC A; 3C6A A; 1C0T A; 3ZSQ A; 1MWK A; 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