The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E5L K; 1IBK K; 4DV7 K; 4DR4 K; 1J5E K; 4JI6 K; 4LFC K; 4LFA K; 5FLX O; 4LF9 K; 4JI2 K; 5LL6 Z; 1XMQ K; 4DR3 K; 4LF8 K; 2UXB K; 2ZM6 K; 3JAM O; 4AQY K; 4DR2 K; 4DV3 K; 4DR5 K; 3T1Y K; 2UXC K; 5BR8 K; 4KHP K; 4X62 K; 3T1H K; 1I94 K; 2UUC K; 5LMN K; 4JI5 K; 4DV0 K; 1N34 K; 1IBM K; 4V19 S; 4DR1 K; 5A2Q O; 4DV1 K; 4DV2 K; 1N36 K; 4JI0 K; 4YY3 K; 4X64 K; 1XMO K; 4JYA K; 4GKJ K; 4DV6 K; 4NXN K; 4JI4 K; 4LF6 K; 4OX9 K; 4JI8 K; 2UUB K; 1HNZ K; 4NXM K; 4K0K K; 4LF5 K; 1N32 K; 4X66 K; 4B3R K; 4DV5 K; 3J81 O; 4DR6 K; 2UXD K; 4DV4 K; 5AJ3 K; 5LMU K; 3J80 O; 4B3M K; 4YHH K; 4JV5 K; 2F4V K; 5IWA K; 1HR0 K; 4DUY K; 2HHH K; 2UU9 K; 3J7A P; 4B3S K; 1XNQ K; 3OTO K; 1HNX K; 3J7Y P; 4X65 K; 4JI7 K; 4CVN E; 4B3T K; 1FJG K; 4JI1 K; 2VQF K; 4LF7 K; 4LF4 K; 1IBL K; 2UUA K; 1N33 K; 4DUZ K; 5IT9 O; 1HNW K; 1XNR K; 4CW7 B; 4DR7 K; 4GKK K; 4JI3 K; 2VQE K; 4LFB K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MU2 A; 3V9W A; 2NLX A; 2E5L K; 2LSN A; 3H3O B; 4FW2 A; 3O3H A; 4Q0B A; 2GX9 A; 3NF9 A; 3GE1 A; 4FWR A; 2HHQ A; 1J9A A; 2E2P A; 4LF9 K; 5CE3 A; 3ID8 A; 3V1R A; 4H0O A; 3LL3 A; 3C7N A; 4B08 A; 3KLF A; 1CZB A; 3GOI A; 4CEO A; 2GUI A; 3NFA A; 3EL2 A; 1RDB A; 2VWB A; 3LDN A; 3CCR N; 1OKJ A; 1TK8 A; 5AFU H; 3HPG A; 3AAR A; 3GDQ A; 4BRC A; 1VSE A; 3DRS A; 3MAQ A; 1HKC A; 4CFB A; 4YOV A; 2HB5 A; 2P9L A; 4CGG A; 2PYJ A; 3VQC A; 1L5U A; 4KTQ A; 3P1G A; 3VQD A; 3K59 A; 5M1O A; 1N34 K; 3PO5 A; 5BPM A; 5FRM A; 4BC3 A; 4KAZ A; 2W41 A; 3CIP A; 4GY2 B; 4FK0 A; 5I42 A; 2DFF A; 4DV6 K; 1T6C A; 3F73 A; 4DQS A; 4GMJ B; 2OA8 A; 3O5B A; 1ATR A; 1T8E A; 4LF5 K; 1BIZ A; 1WUA A; 2X78 A; 4BRK A; 3M8Q A; 4O4G A; 3M8S A; 5AQP A; 3THX B; 1O1W A; 4IO8 A; 3ZSQ A; 5CHI A; 1YVU A; 1X9M A; 3PV8 A; 4KH5 A; 1ZBL A; 1DGK N; 4ISG A; 2HHW A; 4DSK A; 3CER A; 3HST B; 5AQU A; 2BUP A; 3VQ6 A; 2KQ2 A; 2AP1 A; 4WYB A; 4FL9 A; 3TU5 A; 3O8M A; 2FF3 B; 1RDD A; 3QDK A; 4M3U A; 4DU1 A; 4TSX A; 1LV5 A; 3WQT A; 4B8C A; 3PSF A; 4XH4 A; 5AQS A; 3CD6 N; 5GIP A; 4LC9 B; 1V4S A; 2P9P B; 4CGI A; 4B9Q A; 1OH8 A; 5AQQ A; 3TSU A; 1RTD A; 4H5R A; 3DOL A; 1J5E K; 5I9E B; 1K73 O; 4IOX A; 1WSG A; 1SL2 A; 1S1X A; 1HNV A; 1U49 A; 1UOC A; 4WFN L; 4CJW A; 5KRS A; 4CJV A; 4IZ9 A; 3SPZ A; 2IVP A; 4CZH A; 1HLU A; 3TAN A; 1RT1 A; 3HM8 A; 4W5N A; 3H1Q A; 4IFY A; 4IJA A; 2ASM A; 3LM2 A; 3C6U A; 3KKR A; 3SMS A; 1ASV A; 2Q0R A; 3UKU A; 3EKS A; 1RDA A; 4BRD A; 3B6O A; 4OPA A; 1VQO N; 4Y0W A; 2XHB A; 3M1F A; 1TYQ B; 4BR5 A; 4R79 A; 5M1K A; 5GAD P; 3FR0 A; 1WSF A; 3BF1 A; 5AQY A; 3QEP A; 1B92 A; 3KK3 A; 1FKP A; 2OTJ N; 1T03 A; 3ULD A; 4BWJ A; 2YNH A; 3WXL A; 2VCP A; 4RW6 A; 3U8X A; 3ITH A; 5AQN A; 1LOT B; 3SJJ A; 2QA4 N; 2A41 A; 1Q82 O; 2P9U B; 4OLB A; 4IWV A; 1GLJ O; 3TTC A; 4CF8 A; 5ADX A; 3I55 N; 3HVR A; 3ZCM A; 4PHT X; 2QKB A; 3HL8 A; 4CZF A; 3MXM A; 1S3X A; 2YJE A; 3JS6 A; 2QXF A; 3T7Z A; 4A5A A; 3J8A A; 3LWM A; 1NJY A; 3BY5 A; 3RWU A; 1IKX A; 2A5X A; 2P1J A; 1NWK A; 3DXK B; 1HRH A; 3O9T A; 3RSE B; 4LF4 K; 4DUZ K; 5ELZ A; 3CME N; 4JN4 A; 4RCH A; 5LJW A; 3OYD A; 3NCI A; 4BE1 A; 3MCA B; 3WUH A; 3THV A; 3CC2 N; 2Q0U A; 3CC7 N; 4DTM A; 2NRX A; 4ZHR A; 1NKE A; 1NBW A; 4BWM A; 3O1W A; 1U47 A; 3B6P A; 4AH9 A; 4J8F A; 4BRI A; 1YJW N; 3FZK A; 3C65 A; 3HM9 A; 4LSL A; 3SJH A; 4EZ6 A; 3CI5 A; 2KHO A; 3Q7C A; 1YT3 A; 3G25 A; 4QAG A; 4JS4 A; 4B9U A; 2RE2 A; 1JXE A; 4ISE A; 3VQ5 A; 4CJS A; 3JAM O; 2E6L A; 2YV0 X; 1BA0 A; 3W0L A; 3P4I A; 1NJX A; 4CZI A; 5BR8 K; 4QOZ B; 2ZJQ L; 1Z6R A; 4BR9 A; 3UB5 A; 3K9K A; 3OYB A; 2G8U A; 4C8M A; 3KVG A; 1BDG A; 3SAG A; 1VQM N; 2HHX A; 1BI4 A; 3F2K A; 4QS9 A; 4CHO A; 3O4Q A; 3HPH A; 3VF4 A; 4HTU A; 3UKR A; 3VQE A; 1VQ5 N; 3MN7 A; 1ZBF A; 5J2M A; 4CJ5 A; 3NF6 A; 4JD2 A; 4H5W A; 1NGF A; 4MLH A; 1LWE A; 3A5M C; 1FKO A; 4CEA A; 1HYS A; 3MWT A; 2O8C B; 4LD0 A; 5KQD A; 3SK3 A; 5A2Q O; 5BPL A; 3OYA A; 3ID6 A; 1XC9 A; 3VF2 A; 5C12 A; 4LF6 K; 1HNZ K; 4NLC A; 4FJL A; 4KHU A; 1WNS A; 3FE1 A; 1I39 A; 1RCH A; 4A2A A; 3HT3 A; 5AQJ A; 3O9R A; 1J5O A; 4LY7 A; 4GVE A; 3O6W A; 4HUE A; 2FSJ A; 2YX6 A; 4XEI A; 2P9I A; 2O8D B; 5AJ3 K; 4KTZ A; 5C2F A; 4B9L A; 4B3M K; 3F5T A; 1BCM A; 1TKT A; 3HSC A; 1HR0 K; 4A5B A; 3J7A P; 1OVQ A; 1S22 A; 4JK8 A; 4EIA A; 1RTJ A; 1Q9Y A; 1CZ9 A; 2FXU A; 3G4S N; 2HBK A; 3V9U A; 1GLB G; 4M3Y A; 3CF5 L; 3IDH A; 3BP8 A; 4G1Q A; 1E3M A; 2CH5 A; 1YUW A; 4BVP A; 4AHS A; 4FVM A; 3TAR A; 4K43 A; 3L2R A; 4CEQ A; 3AO5 A; 4CJL A; 5KTQ A; 2PYL A; 2NRT A; 1R59 O; 4JKC A; 4O5B A; 4IFE A; 1VSK A; 1ASU A; 1GOA A; 2HHT A; 3CM6 A; 3P38 A; 3DLH A; 3SNN A; 3C0B A; 5FLX O; 1O13 A; 3DM2 A; 3KLE A; 4BE0 A; 3PX4 A; 1ZXO A; 3K5L A; 1RGI A; 4K8X A; 1UWB A; 4DSL A; 1SZ2 A; 3A8Y A; 5CZ1 A; 2GWK A; 2X6N A; 3D2E A; 1OH6 A; 4A61 A; 1NM1 A; 1SS6 A; 3VGM A; 2KZM A; 5F2R A; 4H0P A; 3CFR A; 3IFR A; 4YOT A; 1SL0 A; 5SWM A; 3PX0 A; 3HO1 A; 4E1N A; 4W5Q A; 3R3L A; 1NK8 A; 5EU7 A; 1DT9 A; 1BIS A; 5JS1 A; 1YVN A; 3U9Z A; 3ZX2 A; 5LMN K; 4DHY A; 1RFQ A; 3EZW A; 4CEZ A; 3MMV A; 3SV4 A; 2VG7 A; 1HKB A; 3S3N A; 4IEI A; 1T6D A; 1RT6 A; 3TWH A; 2WBN A; 1OVY A; 1J53 A; 3CCS N; 4K8Z A; 4OPH A; 2Z1G A; 2EX3 A; 3MX5 A; 3S3M A; 5TKW A; 3SUP A; 5F1X A; 3NH1 A; 2P9K A; 3DWL A; 5C10 A; 1WBB A; 1KXP A; 1U48 A; 3SUO A; 1BG3 A; 4AF1 A; 3T69 A; 4FM1 A; 3MWP A; 3OYN A; 1RT7 A; 4ICL A; 1BQM A; 4KFB A; 3HPO A; 5BRH A; 4H4O A; 3LZI A; 1Q81 O; 4DUY K; 1WAJ A; 3VMF B; 3OJS A; 4CF1 A; 4PKH A; 5KQ8 A; 1VSD A; 4JI7 K; 3N4Q A; 4IOA L; 4JI1 K; 4O0J A; 1VQ8 N; 2IOC A; 2UUA K; 4W5T A; 1C0T A; 3BUZ B; 3E01 A; 2FBX A; 1BUP A; 1EWR A; 3ALY A; 4L8R B; 4JI3 K; 4NYN A; 3DMJ A; 1NMD A; 1A5X A; 4DTR A; 3ZEU B; 3EEQ A; 4U67 L; 3I0S A; 3QEW A; 3QEV A; 3EO3 A; 4BRM A; 1S1W A; 4CIG A; 2O8E B; 1YF5 L; 4DCH A; 2WC9 A; 4M45 A; 3L0Q A; 3OYG A; 3WT0 A; 4RWT A; 5EVZ A; 3KWG A; 4KV8 A; 5AQI A; 4DS4 A; 1WBD A; 2ZWH A; 3RR7 A; 4FZX C; 3CCL N; 5KI6 A; 1MWM A; 4JKG A; 4K41 A; 1JJ2 M; 4E19 A; 1ZC6 A; 3T1H K; 3K5M A; 1KVC A; 1YHQ N; 1VQK N; 3CFP A; 1BGX T; 3NH0 A; 1YTA A; 3D6R A; 4FWO A; 5AQM A; 3K2P A; 3MEE A; 4OKK A; 4WFB L; 3VN5 A; 4LH5 A; 3QNN A; 3CYM A; 5AQR A; 4OGC A; 4N76 A; 3O08 A; 1Q9X A; 2E1Z A; 3P39 A; 5JVG L; 1L3T A; 1QSY A; 3EY1 A; 3NBP A; 2ZJP L; 3WXI A; 4DV1 K; 5C15 A; 4QCL A; 1E4F T; 4DSF A; 3ZSW A; 3NAE A; 3LAK A; 1QQO A; 4A57 A; 4CFD A; 2O4G A; 2ZGY A; 1KLN A; 1UA1 A; 1A5V A; 4RW7 A; 3PX6 A; 2GEM A; 1NGC A; 1D4X A; 3VQB A; 4FJK A; 4I2Q A; 5AZJ A; 4DR6 K; 1QVG M; 2UXD K; 4DV4 K; 4CER A; 1VSM A; 3J80 O; 4FM0 A; 3A5L C; 1X3N A; 4YOU A; 4JV5 K; 4DF4 A; 3FFK B; 1RBV A; 4M42 A; 4CJ7 A; 2Z1J A; 1WSI A; 1GLC G; 1OH5 A; 5HRO A; 4BRG A; 4PQU A; 3WQU A; 3AVF A; 3A5O C; 3BZC A; 5CZ2 A; 2G8V A; 4HCB A; 4C8K A; 1QZ5 A; 3CG7 A; 4BQZ A; 4E3S A; 1WOQ A; 1Q86 O; 3M8P A; 4PA1 A; 1MDU B; 1W97 L; 3V81 A; 4CIE A; 3V4I A; 4DFJ A; 4FSV A; 1W9H A; 3MEG A; 2A1S A; 4H5T A; 1T05 A; 3DLR A; 1U45 A; 4WFA L; 3M5R A; 1JCE A; 3VET A; 3SPY A; 3DLL L; 3NGI A; 2O8F A; 1K8K B; 4M7Y A; 3JYT A; 4BC2 A; 3AO1 A; 2KZZ A; 3FLC O; 3QIP A; 3EE8 A; 3IS9 A; 2E2N A; 3ZLJ A; 3AVL A; 1Z05 A; 4CJR A; 1C0U A; 2XY6 A; 3O3F A; 3HXM A; 3T1Y K; 3DXM B; 4E89 A; 3HVT A; 1LWC A; 2CGK A; 4HCC A; 3QLH A; 3KWI A; 4FLX A; 4KI6 A; 2ITG A; 3HP9 A; 2I7P A; 4E7L A; 1S1U A; 1WSH A; 2EHG A; 2WOM A; 3ENH A; 1WB9 A; 2A42 A; 2IAJ A; 1LWF A; 2QWN A; 1KC8 O; 4KPY A; 2ZF5 O; 2D4W A; 1HQU A; 5BN9 A; 1UA0 A; 4IFV A; 2ASP A; 2I5J A; 4CD1 A; 1NJZ A; 4DV2 K; 4JKD A; 5J1E A; 2OAN A; 3KIO A; 4CEF A; 5GIO A; 2RKI A; 3QEI A; 4O5F A; 1M90 O; 4PUO A; 4IKF A; 2HMI A; 4C1N K; 3HP6 A; 3KLI A; 3RVC A; 2V51 B; 4CHY A; 3V9X A; 4CJE A; 3G10 A; 4JHD A; 2GTD A; 1S9G A; 4DV5 K; 1BIU A; 5AZI A; 1U04 A; 3DOK A; 2RN2 A; 1JLQ A; 3F9M A; 2E1Y A; 3OBY A; 3K5N A; 3UIQ A; 2QW9 A; 4HWI A; 3HTV A; 4UY8 O; 4RW4 A; 1P8Z A; 3B8A X; 1TUY A; 1EP4 A; 3HOS A; 4BGA A; 3HJF A; 3SV3 A; 4DF8 A; 5KRT A; 3CCQ N; 3CFO A; 5EXW A; 3TR8 A; 1GOB A; 3THW B; 3LP1 A; 5AQK A; 3RMC A; 4EFH A; 1RTH A; 3WNG A; 4B1X B; 3CMA N; 4BDY A; 3FZM A; 1HJO A; 3OYE A; 3OY9 A; 4CJP A; 1VSI A; 2FLO A; 1WN7 A; 3AVM A; 3V9S A; 5TKY A; 4DV7 K; 4B9N A; 1BHL A; 1X3M A; 3QBW A; 3ZT0 A; 4F2S A; 4N56 A; 4LH4 A; 3S9H A; 1X9S A; 5AQO A; 1S9E A; 3MN6 A; 4AIL C; 3O9U A; 1ZBS A; 3AA4 A; 3EYZ A; 2UXC K; 2F96 A; 3OYM A; 4B1V A; 4JRQ A; 2PAV A; 4BRA A; 3ZX0 A; 1CLQ A; 1HQE A; 3VA3 A; 2QWQ A; 3FZF A; 3ULE A; 1ATS A; 1XI1 A; 2UUC K; 1U4B A; 3WXJ A; 4JKB A; 3T1A A; 1KCF A; 3VQ7 A; 4DV0 K; 3AO4 A; 1HJR A; 3SUN A; 3ZSV A; 1S1T A; 3HYF A; 5C42 A; 1RDW X; 1TGO A; 2QWL A; 3LDS A; 4DSE A; 2HOE A; 2D0B A; 2HNY A; 3KK7 A; 3WXK A; 3TAG A; 2FSN A; 4J2B A; 4YOR A; 1RT4 A; 1DKG D; 4OPK A; 3ATU A; 1YTU A; 3CHW A; 4K0K K; 1TK5 A; 1X9W A; 5H1S Q; 4X66 K; 3J81 O; 3PLA A; 5DM7 L; 3R8E A; 3OBW A; 4GVM A; 4RTF D; 4AM7 A; 1RDC A; 2E2Q A; 2D1K A; 3VEO A; 2NZT A; 4CJQ A; 2O8B B; 2GBZ A; 1NKC A; 2WUS A; 2G8W A; 1B9D A; 2ATQ A; 2P9N A; 5AQV A; 3UE5 A; 2OZS A; 4FWK A; 1EO1 A; 4DFM A; 1F21 A; 4BY9 C; 3L8B A; 2YHA A; 3H08 A; 3I0R A; 2HHS A; 2FBY A; 3CJC A; 3F9K A; 3NHG A; 3ZX3 A; 1EKE A; 2WTU A; 4FJH A; 4OJR A; 3MK6 A; 3G71 N; 2VQE K; 4B9T A; 4MO4 A; 4E0D A; 4EAH D; 1JXB A; 3H1V X; 4CHN A; 1TKD A; 1E4G T; 4I6M A; 3C6T A; 1HPZ A; 4DQP A; 3O4W A; 3CXC M; 3G6E N; 3CCV N; 1N5Y A; 3LAL A; 3AGR A; 4FJX A; 2UXB K; 2ZM6 K; 4WQ5 C; 1DTT A; 3WNF A; 4AQY K; 2VG6 A; 3NF8 A; 5BRE A; 4FJM A; 2YCH A; 3SBT A; 4BDZ A; 3L6Q A; 4FWN A; 4CIF A; 4QS8 A; 5HOO A; 1NLV A; 4W5R A; 2W42 A; 1SL1 A; 4O55 A; 4UQG A; 4X62 K; 3I8D A; 4DTS A; 4M3Z A; 1C6V A; 4F8R A; 3WEE B; 3VEV A; 2UYT A; 1J54 A; 5HLF A; 3D2F A; 3ZET B; 1U2V A; 2R7Y A; 2KFZ A; 3QIO A; 4FJ5 A; 1YJN N; 3PY8 A; 1JL2 A; 5BPN A; 4DWI A; 3OYL A; 1KTQ A; 5KGW A; 3MEC A; 3W3D A; 1HPM A; 3AVK A; 1W2B M; 2YHX A; 1FW6 A; 4YY3 K; 4WQ5 A; 4I2P A; 4JI4 K; 1XHX A; 1Y64 A; 3VQA A; 5CY4 A; 4JKE A; 3H3N O; 4CK3 A; 4FCY A; 4ZTJ A; 2NRZ A; 1IO2 A; 4QS7 A; 3U3Y A; 4FK4 A; 2KFN A; 3ZT1 A; 3CJB A; 5LMU K; 1CXU A; 3SBG A; 4CHP A; 1QSL A; 2QM1 A; 2VYP A; 1JKH A; 1HKG A; 3FFI A; 4WCE L; 3T3F A; 3QES A; 4MLE A; 4IG0 A; 3KK2 A; 3EZ5 A; 4ELV A; 3ZSY A; 3KHY A; 4GV3 A; 1XNR K; 2OPS A; 2HBJ A; 4CW7 B; 3TAM A; 4FK2 A; 4FLU A; 5DK5 A; 3LM9 A; 3VEN A; 4LFB K; 4CEB A; 2QEX N; 1WSE A; 4NYF A; 4JI6 K; 3CJ9 A; 2P9S B; 4CJ3 A; 3HRG A; 3RMD A; 4OKE A; 4NCG A; 5ADX H; 1LW0 A; 1K9M O; 2DTU A; 3O1B A; 4HHT A; 3DLG A; 3MN9 A; 4OO1 J; 2Y1I A; 4LSN A; 1TK0 A; 1RNH A; 4MDB A; 4KO0 A; 3M3Z A; 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