The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR2 K; 1HNW K; 4B3S K; 1I94 K; 4CVN E; 5IWA K; 2VQF K; 4DR1 K; 4JI4 K; 4LF4 K; 1IBK K; 4JI8 K; 5LL6 Z; 1J5E K; 4X64 K; 4GKJ K; 4DV4 K; 4DV7 K; 2UXC K; 4LFB K; 4X62 K; 4JI3 K; 3J80 O; 4JI1 K; 4AQY K; 4DR7 K; 4X66 K; 1XNR K; 4DUZ K; 4DV0 K; 4LF7 K; 3T1Y K; 4YHH K; 4LF6 K; 1N33 K; 4LF8 K; 4DV2 K; 3J7Y P; 1XNQ K; 4NXM K; 4DV5 K; 4JI6 K; 4LFC K; 4JYA K; 4JV5 K; 4DV6 K; 2UUA K; 4DUY K; 2UXD K; 5LMN K; 5A2Q O; 3OTO K; 4DR6 K; 4V19 S; 4GKK K; 4LF5 K; 1XMQ K; 5BR8 K; 4DV1 K; 5AJ3 K; 2HHH K; 4LF9 K; 4LFA K; 1XMO K; 2UUC K; 1N36 K; 4OX9 K; 3T1H K; 2F4V K; 5IT9 O; 1HR0 K; 3JAM O; 1HNZ K; 4B3T K; 1N32 K; 4YY3 K; 2VQE K; 1N34 K; 2UXB K; 4JI2 K; 1IBM K; 4DR4 K; 4NXN K; 4DV3 K; 4DR5 K; 5LMU K; 4DR3 K; 2UUB K; 3J7A P; 4JI7 K; 3J81 O; 1HNX K; 2ZM6 K; 1FJG K; 4JI5 K; 5FLX O; 4K0K K; 2UU9 K; 4CW7 B; 4B3R K; 4JI0 K; 4KHP K; 1IBL K; 2E5L K; 4B3M K; 4X65 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JCE A; 1YVU A; 1CZ9 A; 3D2F B; 4DR1 K; 2P9P B; 4LF4 K; 4FOE A; 5JIC A; 3S3O A; 4I6M A; 4DLE A; 3ISN C; 3G4S N; 2O8E A; 2B6A A; 1KTQ A; 3ZT4 A; 5DK5 A; 3W3D A; 3ZSQ A; 4FZX C; 3AA2 A; 4NO7 A; 2CH5 A; 4OPH A; 1Q8I A; 3OYJ A; 2YCH A; 1EXQ A; 4GY2 B; 3P38 A; 3QDK A; 5BRF A; 2IOC A; 1N8R O; 2HHV A; 2D5R A; 2LSN A; 3R9P A; 3WT0 A; 3R3L A; 2NRZ A; 3CJ9 A; 2E4L A; 1KLN A; 1QSY A; 3VQ5 A; 2PZS A; 1K73 O; 2GWK A; 1WNS A; 3H46 O; 3LDN A; 4FO0 A; 4KI4 A; 1NGB A; 4FJL A; 5C15 A; 4O5B A; 1F21 A; 4CEO A; 3UKR A; 4LH4 A; 1U49 A; 3BZC A; 1KAZ A; 4WF9 L; 1U04 A; 3EN9 A; 1VHX A; 4DQ8 A; 2P1J A; 1BIU A; 4WFN L; 3TAG A; 3A5M C; 4W5Q A; 3F73 A; 5AQM A; 3WEE A; 5F0X A; 1JCF A; 1VSD A; 3ITH A; 4FJ8 A; 4IJA A; 3TPQ A; 4DTX A; 4CCH A; 4RWT A; 4C8O A; 1OH7 A; 4YDU C; 3CJA A; 3RMD A; 5HP1 A; 1VAZ A; 3LDQ A; 3AO3 A; 4M45 A; 5FRO A; 2WC9 A; 3L8B A; 1WSG A; 3D6R A; 3IDH A; 1WAF A; 4ILJ A; 3OYB A; 1VRU A; 4W5R A; 3CC7 N; 4FJX A; 3O08 A; 5HRP A; 1RBT A; 3DM2 A; 1SKR A; 1KVA A; 1KD1 O; 3UB5 A; 4M3X A; 1RBR A; 5ELZ A; 3M8Q A; 3L3V A; 4CHY A; 4DTS A; 1Z05 A; 3VF6 A; 3LAM A; 4HUF A; 3GL1 A; 2VWB A; 3U3G A; 4B1U B; 5AFU A; 5GAD P; 4FK4 A; 1C0T A; 2P9K B; 4E19 A; 4N76 A; 3M8R A; 3P31 A; 3F9K A; 2A41 A; 2PYJ A; 1NWK A; 1QHT A; 2KTQ A; 4FK2 A; 1SL2 A; 1BI4 A; 1JLA A; 4H0X B; 4CEZ A; 3F5T A; 1WSJ A; 1DGK N; 1BIS A; 3VQD A; 4GMJ B; 3KWI A; 3ZCM A; 4JEP A; 5C24 A; 3NH2 A; 3LWM A; 2P9P A; 3NGZ A; 4FJJ A; 3V9S A; 3LDL A; 1VQO N; 1QTM A; 2XHB A; 2W40 A; 5BPM A; 1UA1 A; 4M63 C; 1TAQ A; 4DCH A; 1X3N A; 3SUQ A; 4OO1 J; 3ZX0 A; 1G15 A; 3RSE A; 2UXD K; 3SMS A; 5AQZ A; 1SKW A; 3CER A; 4IOC L; 4DR6 K; 3DOL A; 3GG4 A; 5GAE P; 2JGU A; 1XC3 A; 3RWU A; 3FZF A; 2QWN A; 5FPD A; 1YTU A; 1X9S A; 4KAZ A; 4PHT X; 3KJV A; 1BDG A; 3EL2 A; 3QLH A; 4OX9 K; 2ZF5 O; 1Y64 A; 3O4Q A; 3QO9 A; 3VQ9 A; 3ZSV A; 1NM1 A; 3THX A; 3C7N B; 4PWD A; 3C65 A; 4B08 A; 4B9U A; 2P9L B; 5J2Q A; 3G6E N; 4DV3 K; 4DSF A; 5HRN A; 4DQP A; 4KHQ A; 2JWL A; 3ATU A; 2IGI A; 1RDB A; 1IO2 A; 3K5N A; 3HP9 A; 2W6L A; 3HM8 A; 4UY8 O; 4DTN A; 4DB3 A; 4AHU A; 4B3R K; 3L4Q A; 1T05 A; 4CGD A; 5BR9 A; 4BRP A; 3SPY A; 1NGC A; 1S1W A; 4KRE A; 1JLE A; 2E5L K; 4FJI A; 3VEY A; 1U2V B; 4GNI A; 3KK3 A; 5C2F A; 5AQN A; 2E88 A; 1IV0 A; 4DMN A; 3FR0 A; 4I6M B; 1NGJ A; 4JKH A; 3I0S A; 4BR2 A; 1QSS A; 3BZK A; 4FJ9 A; 1NMN A; 1VQ4 N; 1J9A A; 2O8B B; 4X62 K; 4Z4E A; 2PYL A; 3VA3 A; 4L8R B; 3K5M A; 4X66 K; 1HKB A; 5KI6 A; 3IMX A; 3C0B A; 3VEV A; 3VQE A; 4CZF A; 1N33 K; 4FWR A; 5FRM A; 4CJ4 A; 2OPS A; 3J7Y P; 3OYC A; 4J2E A; 4IKF A; 4C8L A; 5FPN A; 4KPY A; 4LSN A; 1NJX A; 2FLO A; 1WBB A; 4A2B A; 4MFB A; 4OPJ A; 3O9S A; 2OPP A; 4JHD A; 4F2S A; 5B8H A; 4J8F A; 3RMA A; 4DLG A; 5A2Q O; 2A6A A; 3AVL A; 1SZ2 A; 2WON A; 3VGL A; 3TR8 A; 1VSJ A; 3SNN A; 3MCA B; 4HUG A; 2D0O A; 1Q81 O; 2NRX A; 3SQ0 A; 4B1Y B; 4K43 A; 4CIF A; 4QS7 A; 2P9L A; 3KLE A; 5AJ3 K; 5AQW A; 2KFN A; 4CZI A; 4BQZ A; 3FZH A; 1YXQ A; 3KKS A; 4KTZ A; 1NJZ A; 2HND A; 1S1X A; 1B92 A; 5AQH A; 1N36 K; 1ASU A; 1S9G A; 4JK7 A; 4C8N A; 2IVO A; 1RTH A; 5EXW A; 3CJ7 A; 3SMP A; 4HCC A; 2B5J A; 3T19 A; 3VTH A; 1QQM A; 3BDP A; 3V81 A; 4BRN A; 3PX6 A; 4FLT A; 4CJT A; 3CQX A; 4K41 A; 4DR3 K; 3O4W A; 4KHW A; 4JKF A; 2X78 A; 1HNX K; 2Q3S A; 1TV6 A; 3K0S A; 3E9O A; 4Z4C A; 3HVR A; 4B1Z A; 5M1O A; 3NVM A; 5KRS A; 3OYM A; 2OZS A; 5JS1 A; 2Q36 A; 2O4I A; 4B3M K; 2FBT A; 5KQD A; 5AQF A; 3M1F A; 1U47 A; 3TSU A; 2Q0R A; 3AGK A; 1W97 L; 4JI4 K; 4PQU A; 3OBW A; 5AQI A; 1IBK K; 4WQ4 C; 4JI8 K; 2ZQB A; 4KBO A; 3J8A A; 4WQ5 C; 4OLA A; 2PFU A; 3OYD A; 2G8H A; 3DI6 A; 4OLB A; 3O3G A; 2E20 A; 1BA1 A; 3RR7 A; 3C7N A; 4CES A; 3ZT2 A; 3DXM A; 3P83 D; 4FJM A; 1G99 A; 3T1Y K; 3GBT A; 2HMI A; 2OTL N; 3WUH A; 3VQP A; 4LC9 B; 2HBJ A; 4FPB A; 1CLQ A; 4H0V B; 2VCP A; 4E1N A; 4FWL A; 3BGR A; 3WEE B; 1EP4 A; 1K8A O; 4JV5 K; 3EY1 A; 4O8U A; 3ZEU B; 3QEP A; 4C8K A; 2QWL A; 3VQB A; 3SZ2 A; 5KPT A; 1N6Q A; 1W9H A; 3PY8 A; 1T6C A; 4LF5 K; 4DQI A; 4JN4 A; 4DTO A; 4JKA A; 4FVU A; 4OPA A; 3V1Q A; 4H4O A; 3ZET A; 3WNF A; 3K5L A; 1MDU B; 4BRL A; 2E2Q A; 1RT7 A; 2P9S A; 3I8B A; 3DXK A; 2V52 B; 1T3V A; 3HOT A; 3AVF A; 3H3N O; 5AQG A; 1CZB A; 3CIP A; 3MX2 A; 3QFP A; 3AO2 A; 2H3G X; 3BP8 A; 3K9K A; 2EWS A; 1JL2 A; 3OA9 A; 3CPE A; 3I0R A; 2A42 A; 4NXN K; 3A5O C; 1NJI O; 4O5F A; 3ULE B; 5FPM A; 1IKW A; 3QBX A; 1WBD A; 3E01 A; 4DU4 A; 5KPR A; 1EWQ A; 4CIG A; 2HHQ A; 4IOX A; 1TUY A; 1YT3 A; 1HUX A; 1YVN A; 3TAN A; 4JI5 K; 4H03 B; 5E26 A; 1HYS A; 3A0I X; 4HCB A; 3CC2 N; 2HHT A; 1J53 A; 1E4G T; 5KQ8 A; 5HRO A; 4B9M A; 3VEN A; 3O80 A; 4IOA L; 3W0L A; 2W6K A; 4DQR A; 4FCY A; 3SV4 A; 4YOT A; 4CF0 A; 4E7L A; 4CVN E; 1NGA A; 1NK0 A; 3B6O A; 4TSX A; 3LDP A; 2HBM A; 4CJK A; 4FLW A; 3P39 A; 1OKJ A; 3Q7C A; 3KK7 A; 4LFB K; 2ZWH A; 4JK9 A; 2FF3 B; 3WXK A; 1KRP A; 5CYM A; 3HT3 A; 3J80 O; 4JI1 K; 3C6A A; 2KZZ A; 4H5W A; 1UA0 A; 1D9D A; 3HJF A; 4A57 A; 5J2N A; 4BGA A; 3VEO A; 4WE1 A; 4DV2 K; 4PKG A; 2IVP A; 3OBY A; 3NAE A; 2XY6 A; 4RW7 A; 4CF9 A; 4DV5 K; 4FLV A; 4M7X A; 3UKU B; 2QWM A; 2X6S A; 4YFU A; 3V4I A; 5I9E B; 3MWP A; 2E6M A; 5F2R A; 3V1R A; 3CM6 A; 3NH0 A; 2YNH A; 4FWO A; 4PY5 A; 4JK8 A; 4DTP A; 5BRH A; 3U6F A; 4JLH A; 3O9T A; 3VEZ A; 3VEW A; 4LSL A; 3UE5 A; 4J2D A; 4BWM A; 3DLH A; 1KCF A; 3HI0 A; 3AA3 A; 1XMQ K; 4FZY A; 4FM0 A; 1JXE A; 1RDA A; 4CIE A; 3CM5 A; 1GLJ O; 4N5S A; 3K5O A; 3HYF A; 4GV6 A; 1NK9 A; 4ISF A; 4CJ3 A; 2NRR A; 3U9Z A; 4M7Y A; 4DFM A; 3OJS A; 3QNN A; 3PO5 A; 3AVB A; 1HR0 K; 1BU6 O; 2QK9 A; 1HNZ K; 3SI6 A; 4KTQ A; 2NRT A; 4CZL A; 3KLG A; 2BDP A; 2FBY A; 3NVK A; 1VSI A; 2HB5 A; 4FVM A; 4FLU A; 5EU7 A; 2FBX A; 3KTQ A; 1YF5 L; 5KPZ A; 2RPI A; 4A5B A; 2HST A; 5DM6 L; 4B3O A; 2ETJ A; 2QXF A; 3M3Z A; 3UKR B; 1L5U A; 4CED A; 2ZD1 A; 3VA0 A; 3CME N; 2BUP A; 1X1P A; 4FM2 A; 3E66 A; 4QOZ B; 3THW A; 3QML A; 3AVN A; 4JI0 K; 5AQS A; 4BR4 A; 5DMR A; 2F8T A; 3VQA A; 1GLB G; 1HQU A; 4ELV A; 3AAP A; 1HNW K; 3QFU A; 3ALY A; 3SUO A; 2FXU A; 1C1A A; 3OYA A; 4HHT A; 1HRH A; 3TU5 A; 3S3N A; 4MDB A; 3ZYY X; 4KFB A; 2D1K A; 2G8W A; 2QA4 N; 2NLX A; 3D7E O; 4OKJ A; 4DSJ A; 1FKP A; 2O8E B; 5BN8 A; 1IG9 A; 1RDU A; 2P5G A; 1QZ5 A; 1Z25 A; 3E9P A; 3IG1 A; 2E2O A; 3VQ7 A; 1RT4 A; 1ZBI A; 5EY4 A; 1JCG A; 4BE1 A; 3RRH A; 4M3W A; 2OYQ A; 2A1S A; 4NXM K; 3V1O A; 1VSK A; 3RMB A; 3CCR N; 3PSI A; 2YJE A; 1NK5 A; 5H1S Q; 2IS3 A; 2P9I B; 3KLH A; 1NOY A; 4M3U A; 3P1G A; 4DFJ A; 3SBG A; 5CR4 A; 2DFH A; 2F96 A; 4U67 L; 5J1E A; 2Q2R A; 3G0Z A; 1JXB A; 1NGF A; 3CCV N; 1VQN N; 2QWO A; 4W5N A; 3SQ1 A; 5K14 A; 3ZX3 A; 5CHI A; 3EE9 A; 3MN7 A; 2WUS A; 2Q0U A; 3C6H A; 3DYA A; 3CXC M; 1S1T A; 4BR9 A; 2YNI A; 3VF4 A; 2ZJR L; 2V51 B; 3CQY A; 4H5N A; 4OPK A; 2ITM A; 2HHU A; 4LF9 K; 1LW2 A; 3ID8 A; 2IAJ A; 3MN6 A; 3H1Q A; 3FFK B; 1ATS A; 3SJJ A; 4FWQ A; 3CPW M; 3LPU A; 4QAG A; 5HRS A; 2NRH A; 1KXP A; 5ADX A; 2GBZ A; 4CJR A; 4DR4 K; 3EKU A; 3P5J A; 1S6P A; 1Z26 A; 2NRW A; 5KRT A; 4JI7 K; 5AQL A; 1GLE G; 1WN7 A; 2BH1 A; 2RE2 A; 1XUP O; 4R79 A; 3DLB A; 2G8F A; 1OH8 A; 4O0I A; 3LM2 A; 1ZBL A; 1DT9 A; 1A5W A; 3AVJ A; 5JVH L; 2KKZ A; 1S5J A; 3I8D A; 3AA5 X; 3GDQ A; 4NLC A; 4NYF A; 3TWH A; 4DV4 K; 4ISG A; 3KHY A; 4EHT A; 1ZBF A; 2Z1I A; 4B9Q A; 4XH5 A; 3AV9 A; 1O1W A; 3U4L A; 4CBU A; 4CFD A; 2QWR A; 4Z94 A; 4AQY K; 1M90 O; 1Z6R A; 1YJ9 N; 4FWM A; 3IS9 A; 4AHC A; 1WSE A; 1QVG M; 2E6L A; 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1BIZ A; 1HYV A; 1OH5 A; 4KH6 A; 4FLY A; 1GOC A; 4EP4 A; 1NGI A; 5D3G A; 3O3F A; 1R0A A; 1TL1 A; 2QKK A; 1EET A; 4KH4 A; 3LWL A; 1C0G A; 3H3O B; 4KH5 A; 5LJW A; 1Q82 O; 2VG6 A; 2O8C A; 5AZI A; 3HM9 A; 3CYM A; 2HHX A; 4BRO A; 1HJR A; 3NE6 A; 2G8I A; 5BR8 K; 3QIO A; 1ASV A; 5SZT A; 5C12 A; 4IG3 A; 2E1Y A; 3SQ4 A; 3QIC A; 1BA0 A; 4A2A A; 4CHQ A; 3VQC A; 2Z1J A; 4K8Z A; 4XH4 A; 1YJN N; 4IFV A; 4IFY A; 3ULD A; 3OW2 M; 2RHK A; 1RGI A; 1QQC A; 3WXM B; 3WQT A; 1JLB A; 5JS2 A; 4JRP A; 3CMA N; 1UAX A; 4O0J A; 3OJU A; 3BEX A; 2CGJ A; 4PUO A; 1NGE A; 2FBV A; 1WSH A; 3OHR A; 4JHD B; 4DKW A; 3FZL A; 2Q1N A; 1RT2 A; 3TSQ A; 5KGX A; 4DR5 K; 3SQ2 A; 4ISE A; 1GOB A; 4JKD A; 4LD0 A; 5ADX H; 4EHU A; 3EKS A; 3LL3 A; 4K25 A; 4H4M A; 1HJO A; 4Q5V A; 3NDK A; 1ASW A; 2VGM A; 4CJW A; 5AQT A; 3AAQ A; 1TVR A; 3V9U A; 1YUW A; 2HOE A; 1TKZ A; 5HOO A; 3FZK A; 3NCI A; 3CG7 A; 1NBW A; 1NU0 A; 4BRH A; 1VQM N; 4JRQ A; 3D2F A; 1J5E K; 4CJ7 A; 1JLQ A; 3K59 A; 3LZI A; 4XH1 A; 2I5J A; 3TAB A; 1HQE A; 4Z4I A; 4Y1D A; 1RBV A; 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