The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX O; 2UUB K; 5AJ3 K; 1IBM K; 5BR8 K; 4LFA K; 4LFC K; 3JAM O; 1J5E K; 3J7A P; 5A2Q O; 5IT9 O; 5LMN K; 2E5L K; 4B3R K; 2VQF K; 4KHP K; 2HHH K; 2UU9 K; 4JI1 K; 4YY3 K; 4DV7 K; 4AQY K; 4JI2 K; 4JI7 K; 4X65 K; 4YHH K; 4DR7 K; 2UUA K; 4DR6 K; 2ZM6 K; 4DV4 K; 2UXB K; 4LFB K; 3T1H K; 4JI0 K; 4X64 K; 4DV3 K; 4JYA K; 4B3S K; 1HNX K; 4LF7 K; 1I94 K; 4B3M K; 4X66 K; 4K0K K; 4DUZ K; 4LF5 K; 4JI3 K; 1XNQ K; 1HNZ K; 1IBL K; 2VQE K; 4LF6 K; 4NXN K; 4LF8 K; 4X62 K; 1IBK K; 4DV5 K; 4GKK K; 4DR1 K; 4CVN E; 4JI5 K; 2F4V K; 1N33 K; 4GKJ K; 4B3T K; 4JI8 K; 3J80 O; 4JI6 K; 4DR5 K; 4LF9 K; 4JI4 K; 4CW7 B; 1HNW K; 1N34 K; 4DV1 K; 1HR0 K; 4LF4 K; 4OX9 K; 1XMO K; 4JV5 K; 5LL6 Z; 1N36 K; 1FJG K; 4DV2 K; 3J7Y P; 1N32 K; 4NXM K; 2UXD K; 2UUC K; 4V19 S; 4DR4 K; 4DV6 K; 2UXC K; 1XMQ K; 5IWA K; 4DUY K; 5LMU K; 3OTO K; 4DV0 K; 3J81 O; 4DR2 K; 3T1Y K; 4DR3 K; 1XNR K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DEJ A; 2A1S A; 4TSX A; 4FW1 A; 2HBL A; 3GE1 A; 1IKY A; 4A2B A; 4ZHR A; 1BIZ A; 1A5V A; 3G71 N; 4WQ5 C; 1LAV A; 1TAU A; 2EHG A; 4B1Y B; 4ZTJ A; 4PL7 A; 1Q86 O; 1ZBH A; 4NLB A; 4OPK A; 1KFD A; 3RSE A; 4CED A; 2QWQ A; 1U2V A; 4JI1 K; 2X74 A; 4MO5 A; 4AQY K; 2HBJ A; 4KH6 A; 4XEI A; 4DS4 A; 2O4I A; 1ZBS A; 1XC3 A; 5EXW A; 2IIR A; 3NF6 A; 3G0Z A; 2VCP A; 2UUA K; 3KK1 A; 2ZM6 K; 3DRS A; 3N4Q A; 3ZET B; 3HM8 A; 4Z4E A; 1RT3 A; 4UY8 O; 4YOY A; 2HND A; 4M3T A; 4A2A A; 3DOL A; 3B6O A; 2O4G A; 3CM5 A; 4EAH D; 3AO5 A; 4CF0 A; 4FWR A; 4WE1 A; 1SKW A; 3ATV A; 4DSF A; 4JN4 A; 3LL3 A; 2QTD A; 5AQF A; 3HBT A; 2Q3S A; 5GIP A; 4DTJ A; 2G8I A; 3TAP A; 1N5Y A; 3ASM A; 2VQE K; 1RGI A; 4FPA A; 4CHP A; 3RMA A; 3HYF A; 3HOT A; 4AM6 A; 3QET A; 4JI5 K; 3V1Q A; 1WOQ A; 2KQ2 A; 1RTD A; 5HL7 L; 4BE1 A; 4K8X A; 4CFB A; 5I9E B; 1BI4 B; 1EWR A; 4BRH A; 5LJW A; 3EEQ A; 5J2Q A; 4CJT A; 4O8K A; 3MXJ A; 3QFP A; 3S3N A; 3LP2 A; 4E7K A; 1UOC A; 3SUQ A; 4GV3 A; 4ID5 A; 2BUP A; 4E1N A; 1OVQ A; 3S3M A; 4CFD A; 3DXM A; 1MWM A; 2KLA A; 3C94 A; 4KTZ A; 3THY B; 3QBW A; 4RW9 A; 2JGU A; 4JHD B; 4QS8 A; 4B3O A; 1XQS C; 1BU6 O; 3KVG A; 4AHR A; 1HKC A; 1OKJ A; 2OPS A; 1VSK A; 3CC7 N; 3J81 O; 4MQ3 A; 3ZT3 A; 1IG9 A; 5DMR A; 1T05 A; 1NG9 A; 1NKB A; 1SV5 A; 4OVL A; 2FBV A; 3CJB A; 4J2A A; 4GVE A; 2DY4 A; 2QWN A; 5F2R A; 4PA1 A; 4RW8 A; 4H0T B; 1M90 O; 2GTD A; 5GAH P; 5LMN K; 3WNE A; 3CJ7 A; 1DT9 A; 1WLJ A; 3O1B A; 4GVM A; 4B08 A; 3SNN A; 1ITG A; 1QQC A; 3H45 C; 4HTU A; 4YHH K; 4H5T A; 3PX4 A; 3VQB A; 3BP8 A; 3KKR A; 4CJQ A; 1S9E A; 4CIE A; 3KKS A; 2XRI A; 3ISN C; 3SV4 A; 3OYF A; 3PIO L; 1ZBL A; 1W7A A; 1YT3 A; 4B3M K; 3O6W A; 1YF5 L; 1ASU A; 4FOE A; 2Q0R A; 3OS0 A; 4O8U A; 3GDQ A; 2GV9 A; 3BEX A; 3A0I X; 2OZM A; 1ZBF A; 4NXN K; 2Q31 A; 3FFI A; 3ULD A; 2NRW A; 4CJP A; 3GBT A; 4BRC A; 4ELV A; 2GEL A; 4CZL A; 4EIA A; 4N76 A; 1P8Z A; 1NK6 A; 1QQN A; 2QWR A; 2YJF A; 3ZT1 A; 4XH4 A; 5BRF A; 4JI6 K; 2ASO A; 4JKG A; 3HPH A; 2HVH A; 3U9Z A; 3VGM A; 1NGF A; 2VWK A; 3QDK A; 3HP9 A; 4A5A A; 3W3D A; 1VRT A; 3MEG A; 1TUU A; 2HNZ A; 1N36 K; 2NZT A; 4CF9 A; 2UUC K; 3LM9 A; 2ZGY A; 3QIP A; 3NE6 A; 1QQM A; 3AVF A; 4OLB A; 4CJS A; 1YVN A; 3KK7 A; 5GAG P; 2NUB A; 4O5F A; 1D9D A; 3O9T A; 4BQL A; 2XHB A; 2A41 A; 3OTO K; 2ATQ A; 1GLD G; 1C1C A; 4DR2 K; 1VK0 A; 3ID8 A; 3OYD A; 4FWK A; 1RBT A; 1LCU A; 4JD2 A; 5CZ1 A; 4MLE A; 1BCO A; 1FXX A; 1LOT B; 5KPZ A; 2GUP A; 1JL1 A; 4C8L A; 2BE2 A; 3M8S A; 3I56 N; 1VSM A; 3VGL A; 3GOI A; 1NGB A; 1XHX A; 4IDK A; 5JIC A; 3MWT A; 3OVN A; 2E2O A; 1ATR A; 3WQU A; 4H0Y B; 3PY8 A; 3CER A; 5HRR A; 4CHO A; 1KQS M; 4IG3 A; 3O4N A; 1NNE A; 3D45 A; 3SAG A; 1KLN A; 1WSJ A; 2P9I A; 1EWQ A; 1TKZ A; 4CJW A; 1C0M A; 5FDL A; 2O8B B; 4DG1 A; 2G8U A; 3S3O A; 4BRD A; 3HPG A; 3U4L A; 1QSY A; 3OYN A; 4DTU A; 4JI3 K; 5DM6 L; 4WQ5 A; 1HNZ K; 3NF8 A; 1K8K A; 4DV5 K; 3DLE A; 2HNY A; 4A5B A; 4YOV A; 1DKG D; 4FWS A; 3CIP A; 1W9H A; 5TKY A; 5AQO A; 4DU3 A; 3DLB A; 3C7N A; 4F3O A; 3HRG A; 3TSP A; 1BQN A; 4BVP A; 2E2N A; 3OS1 A; 4ELT A; 4CJR A; 3ZEU A; 1RT5 A; 3OYE A; 4OJR A; 4DS5 A; 1JLE A; 4FW2 A; 2OZS A; 2BGG A; 3VQ5 A; 4BRO A; 2O8D A; 1VQP N; 4JS5 A; 2IVP A; 2WC9 A; 3O9R A; 3KLG A; 3MN9 A; 3JS6 A; 1RDU A; 2QXL A; 3CQ8 A; 1RDB A; 4NCB A; 1REV A; 3ITH A; 4RG8 A; 4DV0 K; 1LWC A; 4BE2 A; 3CXC M; 3LDP A; 1VSF A; 1XC9 A; 1EP4 A; 5AQX A; 4W5O A; 2EWS A; 4H0V B; 5FLX O; 4FYD A; 4CER A; 4CF2 A; 2ZGZ A; 4ISG A; 5CHI A; 4N41 A; 4YOR A; 4LFC K; 3C0B A; 4PY5 A; 4J2D A; 2CGJ A; 4IKF A; 5C12 A; 4BAC A; 4FJM A; 3LPU A; 3SAF A; 4B1X B; 3D2F B; 3K5O A; 3O4Q A; 2E5L K; 4B3R K; 1KTQ A; 3TI0 A; 5HBM A; 2G8W A; 4I9Q A; 4FM0 A; 2D0C A; 3RVC A; 2QWO A; 3OJU A; 3CC2 N; 3KZB A; 2NRH A; 2W42 A; 2W40 A; 1RBS A; 4DR6 K; 1WBB A; 3TR8 A; 3K2P A; 2DFH A; 3CPE A; 3KWG A; 2D4W A; 3IS9 A; 2QK9 A; 3HT3 A; 3IMX A; 4J2E A; 1GLA G; 1YVU A; 3HTV A; 3ENB A; 1W0H A; 3L0Q A; 4FPB A; 4OGE A; 4KKO A; 2A42 A; 1HQE A; 3JXU A; 1NK0 A; 5CE3 A; 5JLH A; 2V52 B; 4RW4 A; 2P9P A; 3R8E A; 4NLC A; 3HL8 A; 1C0F A; 4C1N I; 1S6Q A; 3I0R A; 2D1K A; 2ZE2 A; 4A61 A; 3ZX2 A; 2A6A A; 2FC0 A; 1RDC A; 4Y1D A; 1S1V A; 3ALY A; 4ISF A; 3K5N A; 3W0L A; 4GKJ K; 1ZBI A; 4I2Q A; 2OA8 A; 1OVY A; 2ASP A; 4WQ4 C; 4BDP A; 3M6G A; 1VSJ A; 3MCP A; 5T7B A; 1MDU B; 5AFU A; 3CPW M; 3LPT A; 2VWB A; 2CGK A; 4YOU A; 3WT0 A; 4JV5 K; 3EN9 A; 4F9O A; 4E7H A; 2P51 A; 1FKP A; 3RR8 A; 4JKF A; 5JVG L; 4DFK A; 5FRN A; 3O9U A; 4BRG A; 1VQN N; 1NK9 A; 2FF6 A; 3FZL A; 4Z4I A; 2RE2 A; 1VAZ A; 1HYZ A; 1RNH A; 2CH6 A; 1FK9 A; 3C95 A; 4Z94 A; 1WSF A; 2F96 A; 3FZM A; 4CEQ A; 2E2Q A; 4JKC A; 3M3Z A; 3AVG A; 4DMN A; 4CE9 A; 3OYH A; 2V7Y A; 2YNG A; 2UUB K; 5C42 A; 1VHX A; 1C0G A; 3IFR A; 3MX2 A; 3VF6 A; 4FK0 A; 5BR8 K; 3KD1 E; 4E7I A; 3CFP A; 1O1W A; 4JLH A; 3J7A P; 2E6M A; 2KTQ A; 5CYM A; 3CCQ N; 1S1W A; 3OYG A; 1BGX T; 2E6L A; 4KHQ A; 3NHG A; 2KKZ A; 3O1W A; 3WEE B; 4DTS A; 1U2V B; 1WAF A; 4JNE A; 4U67 L; 3LM2 A; 3QEW A; 3QNO A; 2HHU A; 5AQJ A; 4DLE A; 4DV4 K; 5DM7 L; 1NKC A; 4FJG A; 4ILG B; 2QWP A; 2NRV A; 3CCV N; 2YKM A; 1LAW A; 3EO3 A; 5ELZ A; 3RMD A; 4KH5 A; 2P5G A; 2E88 A; 4DF4 A; 5JMV A; 3K5M A; 3NF9 A; 3SUO A; 3ID6 A; 2YKN A; 3D2E B; 1E4G T; 3E9L A; 4FWQ A; 4BRI A; 3V9W A; 4E7L A; 1VRU A; 1D8Y A; 5F1X A; 3VGK A; 3TAG A; 1YJN N; 4H4O A; 4CEB A; 4H0X B; 4MDA A; 1N8R O; 2KZZ A; 5GIO A; 3LZJ A; 3QEP A; 2RPI A; 3DLL L; 2OYQ A; 3TWH A; 1BUP A; 1JXB A; 2O8F A; 2YX6 A; 4E7J A; 4FWL A; 1VSH A; 4B3T K; 3IAY A; 4JI8 K; 4RW6 A; 2YNF A; 5AQG A; 2Y1J A; 1J6Z A; 2JWL A; 1T8E A; 2FBT A; 4CW7 B; 1G99 A; 3VPZ A; 3D6R A; 4IFY A; 3AVN A; 3DXM B; 3AA3 A; 4QS7 A; 4WYB A; 1NJW A; 5LL6 Z; 5HRO A; 4DV2 K; 4DTX A; 5FPM A; 3PIP L; 4CK3 A; 3K5L A; 4G9Z A; 1NMD A; 3OBW A; 4N5S A; 1XUP O; 3AO3 A; 4FL9 A; 2G8H A; 3RR7 A; 4DHY A; 4WCE L; 3F2K A; 4IOX A; 4LH4 A; 1ZXO A; 4EHT A; 1O13 A; 4MFB A; 1EXQ A; 3RMC A; 1TAQ A; 2QXF A; 4W5N A; 1MA9 B; 5KQD A; 3MX5 A; 4BWJ A; 3NDK A; 4BGB A; 1G15 A; 3D0P A; 5FPN A; 2HBM A; 1YIT N; 5A2Q O; 3CJA A; 2X78 A; 3PO4 A; 1Z6R A; 5AQK A; 2PFU A; 3EKU A; 3UB5 A; 4W5T A; 1M1K O; 2WFB A; 4DSJ A; 3J8A A; 4FVM A; 3M5R A; 3ULE B; 2XY8 A; 3H1Q A; 3MED A; 3WNG A; 3O5B A; 3SCX A; 4JI2 K; 3VEO A; 3AA2 A; 3NGZ A; 5FPE A; 4X65 K; 3WXI A; 1OH7 A; 4GV9 A; 1X9W A; 1IV0 A; 1BA1 A; 2OAN A; 4BR7 A; 3I8B A; 3K9J A; 1YAG A; 2ZQB A; 5KRT A; 4FZZ A; 4CEF A; 3M8Q A; 3O8M A; 2QEX N; 3RRG A; 4U7B A; 5KGW A; 4HWI A; 5C2F A; 5HRS A; 1T03 A; 3B6P A; 3MAQ A; 1U48 A; 3MCA B; 4KB0 A; 2V51 B; 2BAN A; 4HUE A; 3VQ6 A; 3A5O C; 3BZK A; 4FJI A; 4FJ9 A; 3MEE A; 3CQX A; 2HW3 A; 2KFZ A; 4CHQ A; 4FOI A; 4IWV A; 2A40 A; 4EFH A; 4O0J A; 2HHV A; 2IS3 A; 1N33 K; 2G8K A; 3QBX A; 4CD3 A; 3P5J A; 1WUA A; 4KHW A; 3DYA A; 3O80 A; 5AQR A; 2ZF5 O; 1HNW K; 4JKG B; 2A5X A; 4H8K A; 1YUW A; 4OKE A; 4BQZ A; 3H3O B; 2E20 A; 1Q9Y A; 3EL2 A; 4PHT X; 3V4I A; 1B92 A; 3VQC A; 3SV3 A; 4JKD A; 1IO2 A; 1ASW A; 1JLQ A; 2ASM A; 1TUY A; 2P9U A; 4H5V A; 4CIF A; 1XMQ K; 4JRP A; 5IWA K; 2O8C A; 1BHL A; 1VSE A; 1VQ5 N; 1TGO A; 1XNR K; 3K58 A; 1Z05 A; 2IOC A; 2Z1I A; 3L4I A; 3THV A; 4FJ8 A; 4KO0 A; 4FLW A; 2FXU A; 4CEZ A; 3AGR A; 3TTD A; 4BG8 A; 4CF8 A; 3NGI A; 4DCH A; 1QZ6 A; 3ZSO A; 5GAE P; 1X9M A; 3NMU A; 3MXM A; 1BIS A; 1T6D A; 1K9M O; 1KD1 O; 1WN7 A; 3H08 A; 1WNS A; 1SL2 A; 1VQ9 N; 4F2S A; 1HNI A; 2QWL A; 3O08 A; 5AQL A; 1KFS A; 3ZT4 A; 2GWJ A; 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1QHT A; 1IG8 A; 3DLG A; 3HPO A; 4DTM A; 4LD0 A; 3L2R A; 1RT6 A; 4BY9 C; 2P9L B; 3ZSY A; 4XIU A; 3ZT0 A; 2VYP A; 3SMS A; 5KI6 A; 3WUH A; 2F9T A; 4ILJ A; 4E1M A; 4JI0 K; 1JCF A; 4OPH A; 2RN2 A; 1HNX K; 4FZX C; 3KD5 E; 1QVG M; 3DXK A; 4M45 A; 5H1S Q; 1SL1 A; 1ESV A; 4CGF A; 1EX4 A; 1J5O A; 2P9P B; 4PL8 A; 5HRP A; 4FLZ A; 3THY A; 4M3R A; 3DRP A; 2Z1H A; 3QIC A; 3BGR A; 1LWE A; 4JHD A; 4I6M A; 4EZ6 A; 3TTC A; 2QKB A; 1NGG A; 3BY5 A; 3S41 A; 1RT4 A; 2P9N A; 4BRE A; 3VQQ A; 3KLE A; 2F7T A; 4IO8 A; 1NBW A; 2FF3 B; 3CCL N; 4C8N A; 3WXJ A; 3L6Q A; 2YNH A; 3DWL A; 1NGJ A; 4H5R A; 4DTO A; 4FJL A; 3SJH A; 4C23 A; 4CK2 A; 3AVL A; 2Y1I A; 1XI1 A; 2HVI A; 5AQN A; 4OKJ A; 4DFJ A; 1N32 K; 5EY4 A; 1JXE A; 2HF4 A; 4WF9 L; 1S1X A; 3H1V X; 1CZB A; 5F0X A; 2KZM A; 1ASV A; 3E1Y A; 5K14 A; 3HM9 A; 1LW2 A; 3VEX A; 3VF4 A; 1NMN A; 3OY9 A; 4LH5 A; 1WSG A; 4DLG A; 1HPM A; 5M1O A; 3E66 A; 1NJZ A; 4KHY A; 4H0P A; 2Q0U A; 1HQU A; 3Q7B A; 4R79 A; 2ZJP L; 1SKR A; 4AH9 A; 1J5E K; 1IH7 A; 5B8H A; 1CXU A; 4NCA A; 2QM1 A; 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