The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OX9 K; 4LF9 K; 4DV0 K; 1IBL K; 4JI5 K; 2UU9 K; 4LF6 K; 1HR0 K; 2F4V K; 2E5L K; 4B3S K; 4DV5 K; 4LFC K; 4DV6 K; 4JI4 K; 2VQE K; 4LFA K; 3J81 O; 3OTO K; 1HNW K; 4CW7 B; 1N34 K; 4JI2 K; 3J7Y P; 4DV3 K; 2UXC K; 4DR1 K; 4JI0 K; 4JI7 K; 1HNX K; 4JI8 K; 2HHH K; 4DV1 K; 2UXB K; 4DV4 K; 4NXM K; 4B3T K; 2VQF K; 1J5E K; 4DR3 K; 5AJ3 K; 4K0K K; 4X65 K; 3T1Y K; 4X66 K; 4DUY K; 4DR2 K; 4JI6 K; 1I94 K; 3T1H K; 1XMO K; 4LF5 K; 4JYA K; 3JAM O; 4JI1 K; 5LMU K; 4DR7 K; 1N32 K; 4LF7 K; 5LL6 Z; 4DR4 K; 2ZM6 K; 5IWA K; 5LMN K; 2UUB K; 4JI3 K; 1XNQ K; 2UUA K; 4B3M K; 4DR5 K; 4B3R K; 4DUZ K; 4V19 S; 1IBK K; 4YY3 K; 3J7A P; 1XMQ K; 5FLX O; 1XNR K; 5A2Q O; 1IBM K; 3J80 O; 1HNZ K; 1N33 K; 4X62 K; 4YHH K; 4DV7 K; 2UXD K; 4KHP K; 4GKK K; 4NXN K; 1FJG K; 5IT9 O; 4AQY K; 2UUC K; 4CVN E; 4LFB K; 1N36 K; 4LF8 K; 4DV2 K; 5BR8 K; 4LF4 K; 4JV5 K; 4GKJ K; 4DR6 K; 4X64 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M6G A; 3FZK A; 5AQU A; 3OW2 M; 2X74 A; 5I3U A; 2ZF5 O; 4A57 A; 4YOY A; 1EKE A; 4BG9 A; 1GLL O; 4KHY A; 3LZI A; 3T3F A; 3LAN A; 1ITG A; 2RF2 A; 1JJ2 M; 3ALY A; 4FJM A; 4LFC K; 2QWL A; 2PFU A; 3VEV A; 2ZJR L; 5HRO A; 1C0F A; 1SKW A; 2O8B B; 3OS1 A; 1VRT A; 1RBT A; 5HL7 L; 4BDY A; 4FWP A; 3U9Z A; 1D4X A; 3VES A; 4CFA A; 1T8E A; 3MX5 A; 2P9L A; 3FGU A; 2HST A; 3TR8 A; 1YXQ A; 2IDO A; 3PV8 A; 3VGM A; 4N56 A; 4HHT A; 1VQ9 N; 1Q81 O; 4JHD B; 3RMB A; 3KVG A; 3MX2 A; 1J6Z A; 4BGB A; 2D5R A; 5CZ2 A; 3PX0 A; 3O8M A; 1BCM A; 1TVR A; 3T1Y K; 2KZZ A; 3OA9 A; 4ILJ A; 4DR2 K; 1SKR A; 1KQS M; 4KI6 A; 3RMA A; 1U6Z A; 3EZ5 A; 1TYQ B; 2WON A; 3WXM B; 4A61 A; 3AAR A; 5HRN A; 4NYF A; 3WNE A; 3LP1 A; 4GW6 A; 2FBV A; 3EZW A; 4IDH A; 4FM0 A; 4JK7 A; 2QWQ A; 4FO0 A; 4B1Z A; 3P1G A; 1CXU A; 1A5W A; 1JCF A; 1VSE A; 3SNN A; 3VF4 A; 4F2S A; 2ZGY A; 1ZBS A; 4OPK A; 3M8P A; 4V19 S; 3THV A; 4MLE A; 2F96 A; 1RDD A; 4DQR A; 1MWM A; 1RDU A; 5FLX O; 3EKS A; 2RE2 A; 4E7I A; 2ZWH A; 3B8A X; 4DTM A; 5T7B A; 5HP1 A; 1LAV A; 3CI5 A; 5AQK A; 3U9D A; 2NRR A; 2GWJ A; 3QET A; 4JRP A; 2A1R A; 4QS9 A; 4HCC A; 4IO8 A; 3THW A; 3ZT4 A; 1NMD A; 1KVB A; 4KAZ A; 4OKJ A; 1K8A O; 3LAL A; 1Q9Y A; 1YTA A; 4CJ5 A; 3M1F A; 3NGZ A; 1RTI A; 3S3O A; 3P38 A; 5EOY A; 2VWB A; 3VQQ A; 3HBT A; 5AQQ A; 2OPQ A; 2IOC A; 2KKZ A; 3SV4 A; 2NUB A; 4FWL A; 5AZJ B; 3VTH A; 1U47 A; 3O9R A; 4H5V A; 3MN5 A; 3CCE N; 4LF9 K; 2F9T A; 5FPN A; 3AO2 A; 3NVM A; 4Y1C A; 2VG5 A; 4QOZ B; 4W5N A; 3DMJ A; 3K5L A; 3DLK A; 4H0T B; 4FOI A; 3VTI A; 4KO0 A; 1WB9 A; 2ITG A; 2VQE K; 2E8A A; 1TKD A; 2OZM A; 3ZX0 A; 4H0V B; 2P9S B; 2QI2 A; 4GVM A; 4E7J A; 4NLB A; 1S22 A; 1HKG A; 3H45 C; 2V7Z A; 3WEE A; 3ZX2 A; 1NK5 A; 1NKE A; 2F7T A; 3P5J A; 1NGE A; 5AZI B; 3WT0 A; 3QEX A; 4JI7 K; 1HNX K; 1FKO A; 4FJK A; 5AQM A; 3H6E A; 5GIN A; 3EN9 A; 4JKB A; 4PUO A; 5KTQ A; 4RWT A; 3KJV A; 4BDP A; 1VQ6 N; 4BVP A; 1BO5 O; 1NU0 A; 3DLL L; 5E26 A; 3DYA A; 4F9O A; 4CJR A; 4BQL A; 5B8H A; 4UQG A; 3AO4 A; 1MWK A; 4JI1 K; 1J9A A; 3WXL A; 3VQ6 A; 2P9K B; 4LF7 K; 5M1N A; 3GDQ A; 5AQL A; 3VA0 A; 4FJ5 A; 3RSE B; 3TPQ A; 3VMF B; 4CJS A; 3G4S N; 4CEO A; 3DLE A; 3V9U A; 3SUQ A; 3QES A; 4C23 A; 4AM7 A; 2OPP A; 4CHZ A; 2VG7 A; 1SUQ A; 2OCE A; 1BI4 B; 1Y64 A; 1RGI A; 1HNZ K; 4H4M A; 2O8C B; 3O9S A; 3IDH A; 4CGG A; 1ZC6 A; 3UIQ A; 4BRG A; 4CEQ A; 1TKT A; 3HVR A; 4RW9 A; 3VQ9 A; 1KRP A; 1U4B A; 2YKM A; 3ITH A; 3V1R A; 3ZEU B; 2KLA A; 2I7N A; 3ID8 A; 4LY7 A; 5CZ1 A; 3CD6 N; 1BL3 A; 5F1X A; 1VSF A; 1RTJ A; 2NRZ A; 3FZM A; 3DRR A; 4DV2 K; 2D4W A; 3CJ7 A; 3TAG A; 2XY5 A; 2OPS A; 4DTS A; 2E2P A; 3E1Y A; 5I9E B; 4A2A A; 2P9P A; 2XRI A; 5E41 A; 5HLF A; 3QIP A; 4A5B A; 1HQU A; 1VQK N; 1RDC A; 3C94 A; 3H1V X; 4BC5 A; 1RBR A; 3VEN A; 1SL0 A; 2GX9 A; 3M3Z A; 1KCF A; 3LL3 A; 1MU2 A; 3ULD A; 2NRV A; 3CPW M; 3AO5 A; 1JLC A; 4HUE A; 3SBG A; 4UY8 O; 1LCU A; 1VQO N; 4Z94 A; 2QA4 N; 1OH8 A; 2W40 A; 4YOT A; 4DFK A; 2P9I B; 4ZTJ A; 1KVC A; 1RNH A; 5ADX H; 4F8R A; 4BRK A; 1U2V B; 3IUC A; 3CG7 A; 4PHT X; 1SAZ A; 2X6S A; 3MCP A; 3QIN A; 3HPH A; 1RT5 A; 2JWK A; 3NH0 A; 3G71 N; 4ELT A; 3LDL A; 4I6M A; 3E9L A; 2Z1H A; 1NKB A; 4O8K A; 3V81 A; 4FVU A; 2W6K A; 3QIC A; 1VSJ A; 5BRH A; 3ZSX A; 3J7Z O; 3D2E A; 3A2F A; 1GLB G; 3VPZ A; 2E2N A; 4RW7 A; 4CZK A; 5LL6 Z; 1OKJ A; 5E84 A; 3A5O C; 1DTT A; 1NK6 A; 3FFK B; 3D2F B; 1RT7 A; 3VQC A; 1NGJ A; 4JAX A; 1YJN N; 2KFN A; 1NKC A; 4CED A; 2YNF A; 1CZB A; 3LDQ A; 2O8E B; 3FR0 A; 4F3T A; 3DXM A; 1BCO A; 1KFD A; 1VQM N; 4OGE A; 1QQN A; 1XC3 A; 3FFI A; 3KKS A; 2JGU A; 2JLE A; 4BRC A; 3EE8 A; 2F8T A; 1DGK N; 1N36 K; 2I5J A; 1LWF A; 5AQG A; 2O8D A; 3MWT A; 2ZD1 A; 3OYM A; 4R79 A; 2NNW A; 3JXU A; 4MDB A; 3LM9 A; 4KRF A; 3CCL N; 1QQO A; 1HLU A; 4I9L A; 3K0S A; 2IIR A; 2UU9 K; 3R1X A; 5AQP A; 5KGW A; 1BQM A; 3SUO A; 3MEC A; 2PYL A; 2F4V K; 2GEM A; 5AQI A; 4LFA K; 5HRP A; 1SS6 A; 3AA2 A; 2D0B A; 3SQ4 A; 1JCG A; 5FPM A; 3I33 A; 4JI2 K; 3VA3 A; 4N5S A; 4HTU A; 1V4S A; 3PIO L; 5CYM A; 1K73 O; 4FJ7 A; 3I0S A; 3FZL A; 1HYZ A; 2WC9 A; 5BR9 A; 4ELU A; 1NGI A; 4IFY A; 2G8H A; 4FJX A; 3QBX A; 1T7P A; 3TAB A; 2G8W A; 3QDK A; 5AJ3 K; 3C7N B; 2P9U A; 4FXD A; 1VQ4 N; 4BC2 A; 2VYP A; 1N8R O; 1C0U A; 1NG9 A; 4NCA A; 4M7Y A; 3ZSY A; 2P9L B; 1WSF A; 5BN8 A; 2FBT A; 4FM1 A; 3WQU A; 4O5B A; 2A3Z A; 1L3V A; 3AVL A; 2E1Z A; 1N32 K; 4A2B A; 3SAG A; 3TAR A; 3L2W A; 3HTV A; 2QEX N; 4ISF A; 3S9H A; 4H5N A; 3ZT1 A; 4B08 A; 4MFB A; 1XHZ A; 4DB3 A; 4AIL C; 3MDQ A; 3OYD A; 3C6U A; 1KAZ A; 4FZZ A; 2YV0 X; 3CFR A; 3AVJ A; 3CMA N; 1BQN A; 1NK4 A; 4HCB A; 3E9P A; 2QKB A; 4WQ5 C; 4H5R A; 3O5B A; 4CJW A; 5KPR A; 4CK2 A; 1X3N A; 5KRS A; 2Q36 A; 3A5N C; 4CJE A; 4CVN E; 4WFB L; 3KLG A; 4ZTF A; 1RT3 A; 4DSJ A; 3JS6 A; 4CEE A; 3VQ8 A; 1RTH A; 1RDW X; 4RTF D; 1Q8I A; 1TK8 A; 3F9M A; 5FPD A; 3TTC A; 4O4G A; 4OPJ A; 1R59 O; 4DTO A; 4BRN A; 1S9G A; 3ZX3 A; 4CEC A; 3QIO A; 1T03 A; 4WFN L; 4AHR A; 3QEW A; 4BC3 A; 4AF1 A; 1VSH A; 3QNN A; 3AV9 A; 3VQE A; 1BU6 O; 1HPZ A; 3TSU A; 5AQN A; 4IDK A; 2A5X A; 1O1W A; 1UA1 A; 4QS8 A; 3R8E A; 2A41 A; 3SMP A; 5GAH P; 2PBD A; 4QS7 A; 3FZF A; 1CXQ A; 3V4I A; 4EP5 A; 2HBJ A; 4K42 A; 4CBW A; 5C0Y A; 1XWL A; 1U04 A; 2PZS A; 3ISN C; 4DV1 K; 2NRT A; 1YVN A; 4NXM K; 4DHY A; 3OYJ A; 3ULE B; 3CQX A; 3DXK B; 4Q5V A; 1BGX T; 2QWP A; 3D45 A; 4AHS A; 4EHT A; 1VAZ A; 3BEX A; 3O80 A; 1EWR A; 3K9J A; 4JK8 A; 2GWK A; 2Z1G A; 4JNE A; 4B9U A; 4LH5 A; 4O0J A; 1NGC A; 2V51 B; 1HYV A; 3C0B A; 2Z1J A; 4C8K A; 3U8X A; 3KHY A; 5D3G A; 2AP1 A; 4B3R K; 1IG8 A; 1GLJ O; 4ID5 A; 4KHN A; 3O9Q A; 3DOK A; 3PX4 A; 3L3U A; 2B4J A; 4EHU A; 4IWV A; 4H4O A; 4JKH A; 3J80 O; 3RMC A; 1ZYQ A; 4YHH K; 2YNH A; 1VSI A; 3AVK A; 2OYQ A; 2O8F B; 4KHP K; 4XH5 A; 4CJF A; 2DPN A; 4BR0 A; 1LW0 A; 1IKW A; 1DT9 A; 3S3M A; 3NCI A; 3O3H A; 4M3X A; 2A6A A; 2D0A A; 1EO1 A; 3K58 A; 4DLE A; 5HOO A; 3HYF A; 3NF8 A; 1QSY A; 1YI2 N; 3SK3 A; 1TK0 A; 4H0P A; 3MXI A; 1IJJ A; 4BR9 A; 1QSL A; 4WYB A; 2HNZ A; 4DTP A; 4Y0W A; 3EL2 A; 3KLE A; 2XY8 A; 5AQR A; 4FWQ A; 3N4P A; 5KPT A; 4J2B A; 1ATR A; 3BF3 A; 3WNF A; 4BRE A; 3AA3 A; 4B1X B; 1WAF A; 3VQB A; 3EE9 A; 2PY5 A; 2NRW A; 3HRG A; 4FLY A; 4MO4 A; 5GIP A; 3NE6 A; 4DQQ A; 4OKK A; 3TWH A; 2IVN A; 5GIO A; 4KTQ A; 3HL8 A; 4A59 A; 5KQ8 A; 4BRL A; 1JXB A; 1GLA G; 1NJX A; 4PA1 A; 3CCU N; 1VQ8 N; 3RRG A; 3B6P A; 4CIE A; 4WFA L; 4DSE A; 1LAW A; 5JVG L; 4OO1 J; 4J8F A; 4K25 A; 4CBU A; 3H46 O; 1XMO K; 3NGY A; 4YOW A; 2QTD A; 1K6Y A; 1FXX A; 1VSK A; 3DLG A; 3TAQ A; 5IWA K; 1ZXO A; 3ATV A; 4B9Q A; 4NYN A; 4B3M K; 3SPZ A; 4Z4I A; 4E1N A; 2WBN A; 4FLV A; 4Z4C A; 2CGL A; 4DFP A; 4YFU A; 4IOA L; 3M8R A; 4I6M B; 2FF6 A; 4B9S A; 3KK3 A; 2D0C A; 1NJI O; 1NK8 A; 2ZGZ A; 3ZT3 A; 4CD1 A; 3NMU A; 3D2E B; 3OYK A; 3CFO A; 3QBW A; 2R7Y A; 4E89 A; 5IT9 O; 4FWR A; 1WSG A; 4FOE A; 3V9X A; 2YI1 A; 4ISE A; 3THX A; 2RPI A; 3C6A A; 5LJW A; 4IBN A; 2AJQ A; 2YHB A; 1Q9X A; 1KC8 O; 4JV5 K; 4BRH A; 3L2R A; 4FJI A; 1QQC A; 3U6F A; 4DR6 K; 1ZBI A; 3LDO A; 3AVA A; 4HWI A; 3V9Z A; 3C95 A; 4CK3 A; 4E0D A; 3DXM B; 4DS5 A; 4LH4 A; 4LF6 K; 4NLC A; 4KBO A; 1JLG A; 1NOZ A; 1WN7 A; 3UKU A; 4H0X B; 2Q97 A; 4XH4 A; 4DCH A; 5HRS A; 4BWM A; 4Y1D A; 3G10 A; 1XC9 A; 2HVH A; 4R5P A; 3H3N O; 3LDS A; 1JL1 A; 1KLM A; 2P51 A; 2UXC K; 2J4R A; 4CJP A; 1S9E A; 3HSC A; 3QB0 A; 3HPO A; 1GOC A; 5J2M A; 5BPN A; 4YDU C; 4BRO A; 2HHH K; 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1K8K B; 4CF1 A; 3OYI A; 3BF1 A; 4DSL A; 4H5W A; 3TAM A; 3L2V A; 1HYS A; 3CCS N; 3ZSV A; 4DR1 K; 4CGI A; 2OA8 A; 4JI0 K; 2CGJ A; 3DWL A; 4Z0U A; 4EAH D; 3HOS A; 4I7F A; 4IJN A; 3K5M A; 4H03 B; 3O4Q A; 4CFD A; 3OYN A; 2B6A A; 3TAF A; 5BPM A; 4FJG A; 1Z6R A; 4CHP A; 4EZ6 A; 2Z1I A; 1S5J A; 3NDK A; 4O55 A; 1R0A A; 4DSF A; 1NK7 A; 2Y1J A; 3LP0 A; 4GV9 A; 4MQ3 A; 3MK6 A; 3K9K A; 4O8U A; 4CI6 A; 3QER A; 2G8I A; 3EKU A; 3PO5 A; 2G8K A; 5LMN K; 4J2A A; 2KQ2 A; 4CK1 A; 1ASU A; 5EXW A; 4CZJ A; 5F0X A; 2B5J A; 4WQ5 A; 4B1V A; 5AQZ A; 3RRH A; 2KHO A; 3K57 A; 1Z25 A; 5C25 A; 1RIL A; 4EFH A; 5I42 A; 5AFU H; 5J2N A; 4KB0 A; 3D6R A; 1B9F A; 3HT3 A; 3L8B A; 2E6L A; 4JHD A; 1NJW A; 1W7A A; 4PQU A; 4FVM A; 3OYB A; 1WSH A; 2HNY A; 3B6O A; 1VQN N; 1XI1 A; 4GKK K; 1VQP N; 4BR7 A; 4FWS A; 4WQ4 A; 2P1J A; 3AVF A; 1C0T A; 3E01 A; 1S6P A; 1ZBU A; 4LFB K; 2VGM A; 4OJR A; 1NLV A; 3RMD A; 4BDZ A; 2XO7 A; 5JIC A; 4MLH A; 3I55 N; 2W41 A; 1ATS A; 3M5R A; 4M63 C; 3LP3 A; 4FJN A; 4OLB A; 1X3M A; 3V9S A; 1VQL N; 3CYM A; 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