The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
28
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3R K; 4K0K K; 4DR1 K; 1N34 K; 2F4V K; 4AQY K; 1XMO K; 4DUY K; 3J7Y P; 2UXD K; 5IWA K; 1IBK K; 3JAM O; 1HNW K; 4JI4 K; 3J80 O; 4LFC K; 4GKK K; 4LF7 K; 4DUZ K; 4B3M K; 4JV5 K; 5BR8 K; 4DV2 K; 3T1H K; 4NXN K; 2E5L K; 2UXC K; 4DV4 K; 2UUC K; 4JI2 K; 4B3T K; 4JI5 K; 4DV7 K; 2VQE K; 4DV0 K; 4JI1 K; 5A2Q O; 4LF8 K; 4X66 K; 4OX9 K; 4YY3 K; 3J81 O; 3T1Y K; 1I94 K; 1IBM K; 4JI3 K; 4LF5 K; 4GKJ K; 4JYA K; 4DR5 K; 4V19 S; 5AJ3 K; 4DR3 K; 1FJG K; 4NXM K; 4YHH K; 1IBL K; 4DV1 K; 2UU9 K; 5IT9 O; 4DR6 K; 1XMQ K; 4LF9 K; 5LMU K; 2HHH K; 1HNX K; 4LFB K; 4LF6 K; 2ZM6 K; 2VQF K; 5FLX O; 4X62 K; 4DV6 K; 4DV3 K; 4LF4 K; 1XNR K; 4X64 K; 4CW7 B; 4JI7 K; 3J7A P; 4LFA K; 3OTO K; 1N33 K; 4DR7 K; 4CVN E; 1HNZ K; 4DV5 K; 1HR0 K; 4KHP K; 1N36 K; 2UUB K; 2UXB K; 4JI6 K; 4X65 K; 4DR2 K; 4JI0 K; 5LMN K; 2UUA K; 1N32 K; 4B3S K; 4DR4 K; 5LL6 Z; 1J5E K; 4JI8 K; 1XNQ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G99 A; 3L3U A; 4MFB A; 4FZX C; 5CYM A; 2O8C B; 4WQ4 A; 4K41 A; 5GIO A; 3KZB A; 3ZEU B; 3CJB A; 2P9K A; 1HJO A; 3CD6 N; 3PY8 A; 1KFS A; 1H1V A; 4DV2 K; 1SQK A; 1NK9 A; 2HVH A; 3F9K A; 4FL9 A; 5AQV A; 4Z4G A; 3OJU A; 2UUC K; 1ASV A; 2KZM A; 3MEE A; 4B9M A; 4ZTF A; 3EO3 A; 1BIU A; 3LPU A; 1C0M A; 3K2P A; 1W9H A; 1B92 A; 4JK7 A; 2XY7 A; 3PX6 A; 3THV A; 1HRH A; 4WFN L; 1I94 K; 4FWS A; 4FLX A; 1YT3 A; 3TAE A; 4J2B A; 3P38 A; 4PHT X; 1VSI A; 3D2E B; 3K58 A; 2WOM A; 2BGG A; 1Z25 A; 2ZGZ A; 1RT1 A; 4YOR A; 4BR7 A; 5KPR A; 3LAM A; 4FLU A; 4DQI A; 1HKG A; 3WEE A; 4M3U A; 5HBM A; 3AO1 A; 3BZK A; 5SWM A; 2E20 A; 1QZ6 A; 3VGM A; 3UKU B; 4JKH A; 5HRS A; 2A42 A; 3TPQ A; 4AHV A; 2O8D A; 1KSP A; 2VYP A; 4DV6 K; 1P8Z A; 2WON A; 2HHQ A; 3M8R A; 5AQZ A; 4ISG A; 4CJU A; 3V81 A; 2NRV A; 2NUB A; 3H45 C; 4M3T A; 4B8C A; 3CET A; 3KVG A; 1EWR A; 2Q0U A; 2QWO A; 3SQ2 A; 1TK0 A; 3DXM A; 3N4Q A; 4GNI A; 4KHP K; 2AJQ A; 3AVB A; 3E9O A; 4MO4 A; 1HYZ A; 3HPG A; 4CJK A; 5AQH A; 4W5N A; 5KPZ A; 3T19 A; 4BC5 A; 1S6Q A; 1YVU A; 1YAG A; 4B3S K; 3SK3 A; 2FSJ A; 2KHO A; 1XNQ K; 4B3R K; 3TTD A; 2D0O A; 3LZJ A; 1X9S A; 2OA8 A; 3EL2 A; 3VQ6 A; 1T05 A; 3ZSR A; 4CHN A; 3M8P A; 3LDN A; 1D9F A; 4Y0W A; 4BC3 A; 1J54 A; 1VSJ A; 1N6Q A; 3HXM A; 3RR8 A; 3FFI A; 4CF1 A; 4XIU A; 2P9I A; 4IDK A; 1BWF O; 5E84 A; 2A5X A; 4N5S A; 3DJC A; 4BC4 A; 2JWL A; 1RDA A; 1IO2 A; 3AAR A; 3ENH A; 1NK8 A; 4FK0 A; 2CH5 A; 4H0X B; 3OYI A; 5GAD P; 3WUH A; 4ISF A; 4FWO A; 3K0S A; 3K5M A; 1ASU A; 1QVG M; 4CJP A; 1YVN A; 3HM9 A; 3NFA A; 5KGX A; 1KAX A; 3O1B A; 4JI3 K; 3VQD A; 4YOY A; 4JYA K; 2CGK A; 1YUW A; 3HL8 A; 3O6W A; 3QIP A; 1D5A A; 3IG1 A; 4I6M B; 1QQC A; 4K8X A; 1VRT A; 4BVO A; 3RWU A; 5AZJ B; 3OY9 A; 1IBL K; 3G10 A; 5SZT A; 4HTL A; 4DV1 K; 4CJW A; 2PBD A; 1W97 L; 3LAK A; 1UAX A; 1BGX T; 5AQJ A; 4B1U B; 4NCB A; 3SBG A; 3MN9 A; 4IFY A; 2BUP A; 4FLV A; 3AVN A; 1SKS A; 3F9M A; 4MO5 A; 1OVQ A; 3SAF A; 3D45 A; 1U2V B; 3AO5 A; 3RTV A; 4BRE A; 1NM1 A; 1HPZ A; 4JRP A; 4IKF A; 5FPE A; 3LPT A; 3CQ8 A; 5AQK A; 5I42 A; 4RCH A; 3SUQ A; 4IO9 L; 3KLI A; 4KH5 A; 1CZ9 A; 2D0B A; 3NGY A; 3VGK A; 4DG1 A; 5AQX A; 1J5O A; 3NBP A; 1Y97 A; 4CEC A; 1ZYQ A; 3LDL A; 2E2N A; 1KC8 O; 4BR2 A; 4CHQ A; 3OYB A; 3O4N A; 4E7K A; 3L2U A; 1NGF A; 3TWH A; 1B9F A; 1TKT A; 4E0D A; 4F2S A; 1NKE A; 4CBW A; 2KFN A; 4H5N A; 4DQQ A; 1WSI A; 3QBW A; 4UQG A; 3NH2 A; 3LP1 A; 2E2P A; 4KRF A; 2HND A; 4CBX A; 1UWB A; 4FO0 A; 4E89 A; 1WSG A; 1B9D A; 3OS0 A; 3T1H K; 4EAH D; 2HW3 A; 4W5O A; 3CC7 N; 2YJE A; 4KBO A; 1DTQ A; 3MN7 A; 2QM1 A; 1RBU A; 2OPP A; 3C65 A; 1LV5 A; 4QS8 A; 4BRI A; 3AGR A; 2XY5 A; 1L3S A; 4IG0 A; 3SV4 A; 4IBN A; 1KFD A; 4YOX A; 3NAE A; 3U6F A; 3OBW A; 5AQT A; 4BRL A; 4BRP A; 1TYQ A; 3GBT A; 4CI6 A; 2DTU A; 3O3F A; 1NJX A; 3C0B A; 3MEC A; 4GY2 B; 5BPM A; 4J2E A; 3HVR A; 3CCS N; 1NG9 A; 2ASP A; 1R59 O; 3SUP A; 4QS9 A; 1TL3 A; 3AVH A; 2FF3 B; 5AQP A; 3OA9 A; 4BE2 A; 2PY5 A; 4OPA A; 4M42 A; 3AGK A; 4DV3 K; 3H1Q A; 4OPH A; 3H46 O; 1TKX A; 2RPI A; 1D4X A; 4FK4 A; 3E01 A; 2ZGY A; 2G8I A; 4JD2 B; 1SKR A; 5CR4 A; 1Y64 A; 3W0L A; 3O9R A; 4DFM A; 1HX1 A; 3C7N B; 3CF5 L; 1N36 K; 3QER A; 2UUB K; 4OGE A; 2PFU A; 2RF2 A; 4AHC A; 4KTZ A; 4JI0 K; 3P1G A; 4YFU A; 3IDH A; 1RFQ A; 2BTF A; 3VEZ A; 1JLE A; 2F9T A; 3AA2 A; 4MQ3 A; 1JXB A; 5EXW A; 2EWS A; 2YX6 A; 1BU6 O; 3EN9 A; 5M1N A; 2P5O A; 1LW0 A; 2KZZ A; 4Y1C A; 2O8B A; 4JN4 A; 1NKC A; 4KH4 A; 1Q86 O; 4PQU A; 1BQM A; 1VSE A; 4C8N A; 1T8E A; 3VQ5 A; 3GE1 A; 4BRN A; 3FZK A; 3I56 N; 3H3O B; 1ZBI A; 3F5T A; 2G8V A; 3UE5 A; 1RTD A; 4JV5 K; 4FM0 A; 5CYQ A; 1NJY A; 2ZWH A; 4CEE A; 3U4L A; 4CF2 A; 1GLL O; 1YI2 N; 4CJT A; 5AQL A; 1WUA A; 2I7N A; 3MX2 A; 4FWR A; 4XH5 A; 1D9D A; 1XQS C; 3MWT A; 3VF4 A; 4OLA A; 4OLB A; 2QKK A; 4BGA A; 2IGI A; 4JRQ A; 3AAQ A; 1A5V A; 2V52 B; 2FC0 A; 2VCP A; 4PKH A; 4KHS A; 3T3F A; 4YY3 K; 3MEG A; 3CJC A; 3CG7 A; 3AVK A; 4JAX A; 4DLG A; 1NOY A; 3LM2 A; 3K5L A; 4V19 S; 4Z4E A; 1RDU A; 3QEW A; 1OH6 A; 5HOO A; 5KRT A; 3KWI A; 4GW6 A; 4PL7 A; 3RRG A; 5J2P A; 2FLO A; 2PZS A; 1SAZ A; 3ZSZ A; 4B9V A; 4YOT A; 4WF9 L; 1FKP A; 4FJ9 A; 3GL1 A; 5LMU K; 1TKZ A; 5F2R A; 2XHB A; 1VQO N; 4CJ3 A; 4FJG A; 4N76 A; 1NWK A; 2QWQ A; 1VSM A; 4KFB A; 2Q2R A; 3A5O C; 4BRF A; 3B8A X; 2YKN A; 4BE0 A; 3J7A P; 1X9M A; 1OKJ A; 2P9N B; 1QS4 A; 3SZ2 A; 1RT5 A; 3HP9 A; 2IDO A; 3DLB A; 4H0P A; 4FLT A; 4B08 A; 4KTQ A; 1NK6 A; 4C8L A; 1QHA A; 1Q9X A; 1SL2 A; 4OO1 J; 4M3R A; 3CJ7 A; 2DY4 A; 2F9W A; 3N4P A; 4OVL A; 1Q9Y A; 1IV0 A; 1TL1 A; 3AVA A; 4K25 A; 3V1Q A; 3KHY A; 2OPR A; 3THW A; 5AFU H; 4FZZ A; 1VSH A; 3U3Y A; 4B9Q A; 3MDQ A; 1VQP N; 4HTU A; 3SUO A; 3EYZ A; 3MWP A; 4RW7 A; 1HYS A; 3HTV A; 2P1J A; 4DR1 K; 3ZT0 A; 3G71 N; 2D5R A; 3RMD A; 1BOT O; 4CED A; 3O5B A; 1HUX A; 1WAF A; 4DUY K; 1HYV A; 2P9K B; 4IFE A; 1JLB A; 1NBW A; 1BA1 A; 4FYD A; 4ID5 A; 4CK3 A; 1S1V A; 4AM7 A; 3NE6 A; 1QQN A; 2H3G X; 4R5P A; 1JL1 A; 1GOB A; 5AQR A; 1TVR A; 4GV3 A; 5GAG P; 1HKC A; 2HVI A; 3K5N A; 4BRA A; 4KPY A; 3R8E A; 3ALY A; 4DB3 A; 1KTQ A; 5JVH L; 1IG8 A; 2QXF A; 1GLF O; 2O8E A; 2IOC A; 2EX3 A; 3DOL A; 2HST A; 4CEB A; 4M41 A; 2FSN A; 3KLH A; 2KKZ A; 3J81 O; 3JYT A; 1W7A A; 1P90 A; 5AFU A; 2Q36 A; 3CFO A; 5KI6 A; 4DR5 K; 4FPA A; 1NGH A; 4J2D A; 3AO3 A; 1JLF A; 4PL8 A; 3WEE B; 1QSS A; 2E2O A; 4HCB A; 3HI0 A; 3KIO A; 3LP2 A; 1D8Y A; 3ZSQ A; 4JS4 A; 1EO1 A; 2PYL A; 3K59 A; 2O8D B; 2E1Y A; 3C95 A; 4BRG A; 5AQM A; 4X62 K; 3CCR N; 1S1U A; 3CC2 N; 1XNR K; 3C6U A; 3QES A; 3V9X A; 1L3U A; 3CCE N; 4J2A A; 3F73 A; 4QAG A; 4CGJ A; 3AVI A; 4W5R A; 3DRR A; 3DXM B; 4DQ8 A; 4WCE L; 3ID6 A; 1C0G A; 4U7B A; 4E3S A; 3K57 A; 5BPN A; 3MN5 A; 3AVM A; 4C8M A; 1S22 A; 1GLB G; 4H4O A; 4FOE A; 2UUA K; 4H0T B; 2QWN A; 4B1W B; 1NGJ A; 4C1N K; 3MMV A; 3VQ8 A; 3I55 N; 4DCH A; 3G0Z A; 3O9U A; 5DMR A; 3RR7 A; 1ZBS A; 4CHZ A; 1RTI A; 4CGD A; 3FR0 A; 1EKE A; 4ZTJ A; 4JI8 K; 3TAR A; 1BL3 A; 2CGJ A; 3CPE A; 4NO7 A; 3KK3 A; 1ESV A; 1RDC A; 3QIC A; 4AQY K; 1I3A A; 4FJM A; 1KCF A; 2P9I B; 1UA1 A; 2BE2 A; 4CFD A; 1KQS M; 4JKE A; 4OKE A; 4B9S A; 3O9S A; 3VQE A; 2YJF A; 1HQE A; 2W6K A; 3LAL A; 1L5U A; 5CZ1 A; 5LJV A; 1TUY A; 2YCH A; 1EET A; 1XC3 A; 4DV4 K; 3CJ1 A; 4CFB A; 4DS5 A; 3VEY A; 4YOW A; 3EE9 A; 1RT6 A; 1VQM N; 1IKW A; 1DKG D; 4G9Z A; 2F96 A; 3ENB A; 3QET A; 2D4W A; 1RBT A; 4M45 A; 1VRU A; 3AVF A; 2OTJ N; 5J2N A; 3CQY A; 3CCL N; 4EHU A; 2QW9 A; 1RIL A; 3ISN C; 4A2A A; 4KAZ A; 4FWM A; 2HOE A; 3BEX A; 2V51 B; 4DTX A; 2NRT A; 4KV8 A; 3QEI A; 4FVU A; 3L0Q A; 4NYN A; 4LF9 K; 2KFZ A; 5HRN A; 3R3L A; 1JXE A; 5KGW A; 5KQD A; 3IFR A; 3TTF A; 3QNO A; 4H5V A; 1GOA A; 2HHH K; 5B8H A; 2ASO A; 4KB1 A; 1BHL A; 4DLE A; 5LY3 A; 4Z4I A; 4IDH A; 4A62 A; 3A5N C; 3SUN A; 4KHW A; 4LF4 K; 1KXP A; 4DTP A; 1KAZ A; 3DLG A; 4CW7 B; 4XEI A; 3DRS A; 5DM6 L; 3THX A; 1ITG A; 1S3X A; 2KTQ A; 3TAF A; 5AQO A; 4DSI A; 3KK7 A; 5JMV A; 2E88 A; 3AAP A; 3I8D A; 1RNH A; 3TAN A; 3H3N O; 3PV8 A; 1Q8I A; 4CZK A; 3D7E O; 3HYF A; 2GTD A; 4BRK A; 4EP5 A; 4HHT A; 2AA4 A; 1O1W A; 4A61 A; 4CJV A; 4DQS A; 5KTQ A; 3O3G A; 4CZM A; 4KB0 A; 2RKI A; 4Q5V A; 4N41 A; 4BE1 A; 4ILH A; 3ZLJ A; 4FLZ A; 2O8F A; 1V4T A; 1EP4 A; 4W5Q A; 3CI5 A; 3MXM A; 1X3N A; 4BDZ A; 3L4Q A; 3M8S A; 3WXL A; 1IBK K; 2P5G A; 1ILY A; 4LSN A; 1CXU A; 4ZHR A; 3EZW A; 3E9P A; 1IKX A; 1YIT N; 4B9L A; 3SNN A; 2P9U A; 3ITH A; 5J2M A; 1QQO A; 4FXD A; 2IS3 A; 4B8A B; 1WOQ A; 1YHQ N; 3DLL L; 3I33 A; 4E1M A; 4PY5 A; 2RHK A; 4I2P A; 5M1K A; 2G8U A; 5FPN A; 4H03 B; 1ZC6 A; 2XRI A; 2ZJP L; 3G6E N; 3RMA A; 3LM9 A; 4FWL A; 5J2Q A; 1SUQ A; 4FJ8 A; 4DV0 K; 1VAZ A; 1VSD A; 5A2Q O; 2P9P A; 1WSF A; 1U48 A; 2YNF A; 4ID1 A; 4JLH A; 1TV6 A; 3L2V A; 3OYM A; 3QFU A; 2DFH A; 1LAW A; 1K8A O; 1TYQ B; 3OYE A; 3Q7C A; 4Z4C A; 3SPY A; 4JKB A; 1W2B M; 4B1Z A; 1TGO A; 4BRH A; 4Z4F A; 4CJE A; 2Y1I A; 4AH9 A; 1JL2 A; 2FBV A; 3Q7B A; 3OS1 A; 5FPM A; 4AHU A; 3TTC A; 2I7P A; 4NLB A; 5JIC A; 3ZX0 A; 4WFA L; 2X74 A; 4H8K A; 3AY9 A; 3EKU A; 3CFR A; 3FZF A; 4AHS A; 2Q1N A; 1YJN N; 2G8F A; 4DR7 K; 4CHP A; 3VQ4 A; 3OS2 A; 4QS7 A; 3LWL A; 3NGI A; 1JCE A; 4H0V B; 1KAY A; 4HUG A; 3C6T A; 3L2W A; 5HRO A; 4B9N A; 1T3V A; 4RW4 A; 3IRX A; 2UYT A; 1MU2 A; 2DFF A; 1LCU A; 2HB5 A; 2Z1G A; 4DSJ A; 1BCM A; 2P9L A; 2YI1 A; 4LD0 A; 1DEJ A; 1NK5 A; 4FPB A; 2O8B B; 4A57 A; 2A3Z A; 3NVK A; 4CJ7 A; 2F8S A; 3SAH A; 5DK5 A; 2JWK A; 3MED A; 2Q31 A; 1GLA G; 1RTH A; 2UXD K; 3TAP A; 1T6D A; 3ZSX A; 1HJR A; 2QWM A; 3T1A A; 3J80 O; 4EHT A; 3PO4 A; 5F0X A; 1U45 A; 4PA1 A; 4OJR A; 3ZT3 A; 5BR8 K; 2O4I A; 3IKM A; 3O1W A; 2V7Y A; 4FVM A; 3VTH A; 3THY A; 2GUI A; 1N8R O; 1QVF M; 2VGN A; 2E1Z A; 1GLJ O; 3VEV A; 4R79 A; 1NJI O; 1K9M O; 4X66 K; 1JLQ A; 4CJS A; 3IS9 A; 5HRP A; 5CE3 A; 2QWP A; 3T1Y K; 4ELV A; 2OYQ A; 3M8Q A; 5TKW A; 4RW8 A; 5KPT A; 4DSL A; 4JKD A; 3VQP A; 3FZH A; 3AVG A; 2VWB A; 1SKW A; 4JKG A; 4DQR A; 3PUF A; 3R1X A; 3SPZ A; 3SI6 A; 2X6S A; 1SV5 A; 4H0Y B; 1MDU B; 3AA5 X; 3OYK A; 4LF6 K; 1DTT A; 4FLW A; 2WC9 A; 3FE1 A; 5AZI A; 2G8H A; 3BZC A; 1VQ4 N; 3CCU N; 1TUU A; 1U47 A; 2OPS A; 2EHG A; 2ZD1 A; 4BWJ A; 4OGC A; 3VF6 A; 2CGL A; 2YHW A; 1RT4 A; 3DOK A; 3NF8 A; 3OYL A; 2QA4 N; 3ZYY X; 3SJJ A; 3RSE A; 3THW B; 4DWI A; 4HVJ A; 2VG7 A; 3V9U A; 3A2F A; 4JKF A; 3BY5 A; 3ZSO A; 4CES A; 4BRD A; 1KRP A; 3WQU A; 3VF2 A; 5JLF A; 4B3O A; 3SQ1 A; 3HST B; 3L2R A; 1MWK A; 4FM1 A; 1YJ9 N; 2KW4 A; 3OYF A; 4MLH A; 3NDK A; 4DSF A; 1E3M A; 3NF6 A; 4FWK A; 4O55 A; 2HBM A; 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