The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
142
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structure length |
142
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Chain Sequence |
GSHMPLPIPSLLIAGIGCRRGCSAEHLRALLERTLGEHGRSLAELDALASIDGKRDEPGLRQLATLLERPVHFLAPAVLHDYEPRLLSPSAVALRETGCSSVAEAAALALAERLGGGRADLLGAKRSDDRASIALARLLTER
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure at 1.7 A Resolution of Cobe, a Protein from the Cobalamin (Vitamin B12) Biosynthetic Pathway
rcsb |
| molecule keywords |
COBE
|
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
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| total genus |
41
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| structure length |
142
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| sequence length |
142
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01890 | CbiG_C | Cobalamin synthesis G C-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | CobE/GbiG C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EEQ A; 2W6K A; 3BY5 A; 2W6L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WXK A; 2A1R A; 4CZH A; 3VQ5 A; 4FLU A; 4HCB A; 4LH4 A; 4BRK A; 1MDU B; 4DV5 K; 1S5J A; 1KLN A; 1HX1 A; 4CK1 A; 4ISE A; 4LSL A; 3LAM A; 1RIL A; 4PQU A; 3TU5 A; 3CM5 A; 3K9K A; 3CJB A; 3TR8 A; 3O6W A; 4B9S A; 3WXI A; 2BGG A; 4JV5 K; 1D9F A; 2NZT A; 2VYP A; 3TWH A; 4I6M B; 3AA5 X; 2FLO A; 3CD6 N; 4BRD A; 4HTU A; 2KKZ A; 1ATS A; 2ZE2 A; 4JI5 K; 4O8U A; 1TKZ A; 2KW4 A; 1RDC A; 2VG7 A; 4AHV A; 3TPQ A; 1KAZ A; 4E1J A; 1NGC A; 1K6Y A; 4CER A; 5KTQ A; 3THY A; 4QOZ B; 1WSJ A; 3ATV A; 4CGD A; 4FWM A; 1BIS A; 3MMV A; 1GLB G; 3DXM B; 3MED A; 3NH1 A; 3DI6 A; 3MXJ A; 1C0F A; 3RRH A; 1K8K B; 4BE1 A; 4BRG A; 4X66 K; 3V81 A; 4DTO A; 4DV3 K; 3N4Q A; 5KRT A; 1C0U A; 4Y0W A; 3ZCM A; 3OTO K; 1WBB A; 1VSD A; 2GTD A; 4KB1 A; 3D2E B; 1XQS C; 2V52 B; 5TKW A; 5BRH A; 3CCQ N; 4DTJ A; 1NU0 A; 1T44 A; 3HYF A; 3BZK A; 3ZSQ A; 4BC3 A; 2O4I A; 4OGC A; 4DR6 K; 3AA2 A; 3L6Q A; 3AO3 A; 4PY5 A; 4N5S A; 4CI6 A; 3HTV A; 5FPN A; 1MWM A; 2Z1I A; 4GY2 B; 1TUY A; 3SUO A; 3ZSV A; 1VQK N; 2ASO A; 1NLV A; 1JCE A; 3HT3 A; 2G8U A; 4GVE A; 4CJP A; 1XUP O; 4RTF D; 4WYB A; 5GIO A; 2ZM6 K; 4FK2 A; 1TV6 A; 1OH8 A; 4KHW A; 4H5T A; 1BO5 O; 3H3O B; 3CIP A; 2B5J A; 4K8Z A; 4FK4 A; 4BC4 A; 5BRE A; 3H3N O; 2HOE A; 3PV8 A; 1RCH A; 4LD0 A; 3LP3 A; 1KSP A; 4DF4 A; 1KD1 O; 2QKK A; 3O4N A; 3TTC A; 1TUU A; 1FJG K; 1N32 K; 1LOT B; 4CBW A; 4DTS A; 2BDP A; 2IGI A; 2HMI A; 1QVG M; 2WFB A; 4DFK A; 3QEV A; 5AQX A; 3VQ8 A; 1RBT A; 1ZBU A; 4DTP A; 4F8R A; 4F3O A; 1MWK A; 3GG4 A; 2A41 A; 3G0Z A; 1W7A A; 4Z0U A; 1JLC A; 2O8C B; 3OYG A; 2DFH A; 2HF3 A; 3CC2 N; 1X3M A; 4Y1D A; 3OYI A; 5C25 A; 3HO1 A; 4H0P A; 4EZ6 A; 4DSK A; 5J2N A; 4H0X B; 4DS5 A; 1GOA A; 4FJJ A; 3DLE A; 2FF3 B; 5GAH P; 3T1Y K; 2I7N A; 4FXD A; 4RW8 A; 2E4L A; 2OYQ A; 3OW2 M; 3LP1 A; 4BRN A; 3G25 A; 1YJW N; 1QHA A; 1FXX A; 4C8N A; 4FJG A; 4CF0 A; 4CK3 A; 3KTQ A; 3HM8 A; 3C6A A; 3SMS A; 3QEI A; 4LF5 K; 4WE1 A; 1WLJ A; 1K73 O; 5H1S Q; 1NJY A; 2P1J A; 4OPK A; 1S1W A; 3HOS A; 1ZBH A; 3KWI A; 4CCH A; 4L8R B; 3KD1 E; 3CG7 A; 2I7P A; 3D7E O; 2P9U B; 2F4V K; 1QVF M; 4JS5 A; 1U4B A; 4KTW A; 4JKG A; 1KVB A; 3LDQ A; 3DMJ A; 2QWR A; 4GKK K; 3SUN A; 1IKW A; 3NVK A; 4JKC A; 3Q7C A; 4NLB A; 4CJ5 A; 5CR4 A; 3VQA A; 4CF2 A; 2RE2 A; 2Z1H A; 3ZYY X; 4JLH A; 2EX3 A; 3K58 A; 2YNI A; 4B1Y B; 5E26 A; 1U48 A; 1RT6 A; 3FLC O; 1E4G T; 3EYZ A; 1WBD A; 3PO5 A; 5ADX A; 1HJR A; 5ELZ A; 2E2N A; 3RRG A; 1Q9Y A; 3KKS A; 4RW6 A; 3E9L A; 2VGM A; 3PLA A; 3GBT A; 1NGD A; 3VQQ A; 2PAV A; 3BDP A; 3TAE A; 5BR9 A; 3P1G A; 4FPB A; 3J7Y P; 5JVG L; 4EP5 A; 1YTU A; 1G15 A; 1KCF A; 1WSH A; 1VQO N; 1GLE G; 3HRG A; 2IOC A; 1D8Y A; 5F2R A; 3MAQ A; 1WSI A; 5AQK A; 2DY4 A; 3EL2 A; 2H3G X; 1TGO A; 2HBJ A; 2X78 A; 3AVH A; 1YVN A; 2BE2 A; 3MN6 A; 4NB4 A; 4CIE A; 3K59 A; 4NCB A; 4A2B A; 2Q31 A; 1U49 A; 3WEE B; 3O1B A; 3AVK A; 4K42 A; 2D0B A; 1NK5 A; 1HKC A; 4DUY K; 3OYE A; 3RR8 A; 4HUE A; 4CW7 B; 3PIP L; 3O3G A; 1KLM A; 3R3L A; 2D0A A; 1KFS A; 2ITG A; 2YHB A; 1ASV A; 1ZYQ A; 1QQN A; 3W0L A; 3E01 A; 1U2V A; 1DLO A; 3ZSR A; 4E0D A; 3QIC A; 3IUC A; 2B6A A; 4DB3 A; 2JWL A; 4UY8 O; 4RW7 A; 2F96 A; 4CBX A; 2IDO A; 3ZLJ A; 4CVN E; 2WTU A; 2PY5 A; 4M3Z A; 5JLH A; 4B3T K; 4FWP A; 2HHH K; 1JLB A; 3B6P A; 4PKI A; 4FJL A; 3LL3 A; 3EZW A; 2CH6 A; 1F21 A; 3ZT1 A; 4M63 C; 3T19 A; 4DCH A; 3KKR A; 2W41 A; 3NH0 A; 3OS0 A; 2PBD A; 2CGJ A; 4M3U A; 2QA4 N; 1VQM N; 1NG9 A; 3VES A; 2X74 A; 3SI6 A; 4FM2 A; 3KVG A; 3QML A; 2VG5 A; 4LF4 K; 1ZBL A; 3O3F A; 1RT7 A; 4B3R K; 4ILJ A; 3UIQ A; 3L2U A; 2RKI A; 4DLE A; 1E3M A; 3TAM A; 4G9Z A; 4C8O A; 4CZE A; 4FJ5 A; 4H4O A; 2P9L B; 3CYM A; 4ILH A; 3KK1 A; 2OTJ N; 4KH5 A; 4A57 A; 2EHG A; 3IAY A; 1VSE A; 1NBW A; 4JAX A; 2XY5 A; 2HF4 A; 3D2F A; 4BRP A; 3SNN A; 3RR7 A; 3ASM A; 2KHO A; 2P51 A; 4HUG A; 1BIU A; 4JHD B; 3EN9 A; 4Z4E A; 3RTV A; 1S6Q A; 4MO4 A; 3V6D A; 5C15 A; 2HVI A; 4YOW A; 4BDP A; 1XC9 A; 4YFU A; 4FJN A; 4CJT A; 1G99 A; 3V9W A; 4W5O A; 3R1X A; 2O8E B; 4DV1 K; 1VRT A; 1CZA N; 1OVY A; 2IVO A; 3A5N C; 4M3T A; 4BR4 A; 3SPZ A; 1JLE A; 3AVG A; 1NGG A; 3DWL A; 4I2Q A; 3NF6 A; 4CJW A; 2HHS A; 1NJI O; 3AAR A; 2KQ2 A; 1NWK A; 5BPL A; 4RCH A; 1TYQ B; 3VQD A; 1DEJ A; 3KLG A; 3AA4 A; 5GAD P; 4CHQ A; 4BR9 A; 1J54 A; 2CGL A; 1QSY A; 3EE8 A; 3ZT0 A; 1JLF A; 1S72 N; 3G6E N; 4DR1 K; 1QHT A; 4O8K A; 4IFY A; 2P9I B; 1X3N A; 2Y1J A; 3J81 O; 4JD2 B; 3ALY A; 5DMR A; 4KV8 A; 5F0X A; 1ITG A; 4H5V A; 2IS3 A; 1D5A A; 4KO0 A; 4DV0 K; 2IIR A; 4GVM A; 4WQ4 C; 4ISF A; 5J1E A; 5EXW A; 1RTI A; 3P83 D; 3VEZ A; 3QER A; 2OAN A; 4Z4C A; 3IRX A; 2G8I A; 4KHQ A; 4I2P A; 4M7Y A; 4YOV A; 4FLZ A; 4BQL A; 1HQU A; 1HRH A; 4JI8 K; 1BA1 A; 2OTL N; 4EFH A; 1L5U A; 4BR7 A; 4BG8 A; 3H6E A; 1CLQ A; 4E7J A; 3VGK A; 3QB0 A; 4DQR A; 4EHU A; 3AVF A; 3TSP A; 3A2F A; 1IG9 A; 3DYA A; 2YJE A; 1I94 K; 3CCU N; 2G8V A; 2YHX A; 1NKB A; 2WUS A; 1IO2 A; 1CZB A; 4CIG A; 1HYZ A; 4IO8 A; 5JLF A; 5AQQ A; 4U67 L; 2A42 A; 2HND A; 3FZF A; 2QTD A; 3FZL A; 3KK7 A; 4QS8 A; 4RW9 A; 2X6N A; 2KFZ A; 4KH4 A; 3CCL N; 2P9N B; 4LC9 B; 2P9K B; 4FWQ A; 5EU7 A; 4KPY A; 1VSJ A; 4AHR A; 3EKS A; 4CZM A; 1S1X A; 3H45 C; 4JKA A; 3QNN A; 4WQ5 C; 4W5T A; 4CEZ A; 4XH5 A; 1VQ9 N; 4DF8 A; 4OKJ A; 5T7B A; 4BRQ A; 4WQ4 A; 5K14 A; 3MEE A; 3AGK A; 1LWC A; 1KAY A; 4AM7 A; 2B4J A; 4R5P A; 1ZBF A; 4CBU A; 4DMN A; 4H5W A; 1X9J A; 3CCJ N; 3DXK A; 3P5J A; 2WBN A; 1BIZ A; 4DSE A; 2WOM A; 2NRW A; 3TSU A; 4LSN A; 4BGA A; 3OS2 A; 1NK8 A; 3VF4 A; 2IVN A; 1YIT N; 1NNE A; 4J2A A; 2ZWH A; 4OVL A; 2UUA K; 4PWD A; 1L3S A; 2A1S A; 1TL1 A; 4O55 A; 3MX2 A; 4B8A B; 3P4I A; 3SJH A; 4PL8 A; 1RDU A; 2YJF A; 2E2P A; 1D9D A; 4FJI A; 4GKJ K; 4H4M A; 1TKX A; 1QZ5 A; 4O4G A; 4OX9 K; 3E9O A; 4BVO A; 3NCI A; 1C6V A; 5EOY A; 3ZSW A; 3ZSX A; 4BE2 A; 3MWT A; 4BRL A; 4LF6 K; 1QQM A; 1EQY A; 3HSC A; 3O9T A; 1ILY A; 4Z4H A; 2O8D B; 4JI7 K; 3OYL A; 4Z94 A; 2E6L A; 3I56 N; 3THW B; 3M8S A; 4WQ5 A; 4A62 A; 2DFE A; 1YHQ N; 5M1Q A; 2GWJ A; 1TVR A; 4M3R A; 4FM0 A; 1XMO K; 1BI4 B; 3L8B A; 2F8S A; 4CD3 A; 4H0T B; 4KTZ A; 5KPT A; 1K8A O; 3LAL A; 2D1K A; 1UAX A; 3A8Y A; 1S1V A; 1M1K O; 3RMC A; 3VET A; 3V9S A; 4OLA A; 3KD5 E; 2HB5 A; 4N56 A; 1VQL N; 2P9P A; 2FBX A; 1RFQ A; 3RMA A; 5LMN K; 4DR3 K; 3E66 A; 3M5R A; 1KC8 O; 1SL2 A; 3I33 A; 3LP2 A; 3AAP A; 4QS7 A; 4BR0 A; 4DU4 A; 3MXI A; 4G1Q A; 3FE1 A; 3T7Z A; 4WF9 L; 1HQE A; 4JKB A; 5D3G A; 3O3H A; 4CEO A; 1QS4 A; 4QAG A; 2D5R A; 1R0A A; 5B8H A; 1X9W A; 4JI2 K; 3VQE A; 3VEO A; 3U4L A; 4B3S K; 1HNI A; 4B9T A; 3QIP A; 2YNH A; 3H46 O; 3UKR A; 5MLC Q; 4I6M A; 2QWP A; 1IBK K; 4DG1 A; 3OYF A; 5I9E B; 3QBX A; 4FWO A; 5LJW A; 3F5T A; 1ASU A; 1T7P A; 3NAE A; 1T05 A; 1C0T A; 1IJJ A; 5M1O A; 2W6K A; 4YOU A; 2FXU A; 4IEI A; 1O1W A; 3CFO A; 4FK0 A; 1N6Q A; 4YOR A; 4IOX A; 4MDA A; 1B92 A; 5HP1 A; 3CCR N; 1RDW X; 4W5N A; 3A5O C; 3NGY A; 4JI1 K; 4E89 A; 3SAH A; 3O9Q A; 4CJ3 A; 1NK6 A; 3VF2 A; 4LF9 K; 1FKO A; 1WAJ A; 5KGX A; 1OH6 A; 1QZ6 A; 3PY8 A; 1QQO A; 2PYJ A; 1D4X A; 4F2S A; 1NOY A; 2QW9 A; 1VQN N; 3P38 A; 4FLV A; 3D2E A; 4IOC L; 3R8E A; 4L3Q A; 4I9Q A; 2NRX A; 3AVL A; 5AFU H; 1FK9 A; 4KTQ A; 3M8Q A; 4FVU A; 3ENH A; 2QEX N; 4PL7 A; 1U04 A; 4E7K A; 1SKR A; 1JJ2 M; 3K5O A; 3QIO A; 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4CZF A; 4GV6 A; 5CZ2 A; 1DTQ A; 3DAW A; 2GUI A; 3NMU A; 1MA9 B; 4E1M A; 4BR5 A; 3WQU A; 2P5O A; 4DV4 K; 4BDY A; 4C8K A; 3KLH A; 3F73 A; 3O8M A; 1HNZ K; 1IBL K; 4DV7 K; 3ZET B; 1YVU A; 3CC7 N; 4DSJ A; 5FPE A; 4H0Y B; 3THX A; 3ZEU B; 4CE9 A; 3LP0 A; 5KQ8 A; 2V7Z A; 3TAB A; 1IKY A; 1NKE A; 4XIU A; 1N8R O; 2ASM A; 1T6D A; 4KHP K; 4O44 A; 1DGK N; 1RBU A; 2YNG A; 1NJX A; 2HNZ A; 4CZK A; 2E20 A; 1CXU A; 4GNI A; 4DSI A; 1IBM K; 4PKH A; 3PIO L; 3NVM A; 4B1X B; 4CJS A; 4DFM A; 4FM1 A; 1YI2 N; 3RVC A; 3KK3 A; 3ENB A; 3L4Q A; 2OZM A; 2HVH A; 4BE0 A; 1YUW A; 4NO7 A; 1L3T A; 2DPN A; 4FWR A; 1W0H A; 1EO1 A; 4CGF A; 3JAM O; 1BCO A; 1NGB A; 3L3V A; 5E84 A; 3HI0 A; 2R7Y A; 1VQ4 N; 1HUX A; 5AQI A; 5KI6 A; 2QXF A; 1J5O A; 3CFP A; 4WFA L; 2ZGZ A; 1J9A A; 1JL1 A; 4DR4 K; 4FPA A; 3WEE A; 3CER A; 3I8B A; 3P39 A; 3K5L A; 1SKS A; 3CPW M; 1TK0 A; 4CFA A; 1ATN A; 4DQQ A; 1HJO A; 4DHY A; 4PUO A; 4ID1 A; 1YAG A; 3LDN A; 5AQJ A; 1XHZ A; 2HHT A; 2GV9 A; 4CF8 A; 3TAG A; 4JN4 A; 1L3U A; 4AQY K; 3J7A P; 4LF8 K; 3SPY A; 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