The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
142
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structure length |
142
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Chain Sequence |
GSHMPLPIPSLLIAGIGCRRGCSAEHLRALLERTLGEHGRSLAELDALASIDGKRDEPGLRQLATLLERPVHFLAPAVLHDYEPRLLSPSAVALRETGCSSVAEAAALALAERLGGGRADLLGAKRSDDRASIALARLLTER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| publication title |
The Crystal Structure at 1.7 A Resolution of Cobe, a Protein from the Cobalamin (Vitamin B12) Biosynthetic Pathway
rcsb |
| molecule keywords |
COBE
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| total genus |
41
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| structure length |
142
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| sequence length |
142
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01890 | CbiG_C | Cobalamin synthesis G C-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | CobE/GbiG C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EEQ A; 2W6L A; 2W6K A; 3BY5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HRN A; 3AV9 A; 3K59 A; 3EO3 A; 3OBY A; 1DT9 A; 3JAM O; 1YJN N; 1KVC A; 3SNN A; 3UKR B; 3NMU A; 2PAV A; 4M41 A; 3VA3 A; 4O0I A; 3KLG A; 4BR4 A; 1DEJ A; 5LJW A; 3QDK A; 4HVJ A; 4B1W B; 1X3M A; 2E2P A; 3L2V A; 2KQ2 A; 1YTA A; 3A0I X; 1WN7 A; 4JI4 K; 3SBG A; 4QCL A; 4F4K A; 1NK7 A; 1WSH A; 4LSL A; 4ZHR A; 1HPZ A; 2O4G A; 3VN5 A; 1BL3 A; 4H0V B; 1JCG A; 1SL1 A; 3SJJ A; 4CEF A; 4CEQ A; 2QXL A; 3A5O C; 4WE1 A; 1SUQ A; 3ZT4 A; 2HHX A; 3ITH A; 3I0S A; 2HMI A; 3HYF A; 4CGG A; 4O44 A; 5BR8 K; 1TL3 A; 1B9F A; 1S9G A; 3GBT A; 3S3O A; 3A8Y A; 4YDU A; 2G8F A; 5J2Q A; 4CJE A; 5C12 A; 3E9O A; 4OO1 J; 4W5T A; 1LOT B; 1BQM A; 3CPE A; 4BRI A; 4DTM A; 2CH6 A; 4DV3 K; 3AO3 A; 3BZC A; 4JI2 K; 3VA0 A; 1YIJ N; 5JIC A; 1RDA A; 2VGN A; 3DWL A; 3ZSY A; 2W40 A; 5EVZ A; 3V9Z A; 3R1X A; 4BR0 A; 4F2R A; 4FYD A; 3PO5 A; 3TAM A; 2A1S A; 3OBW A; 2KFN A; 1NGG A; 4AF1 A; 5AQQ A; 4CK3 A; 4FLT A; 1NLV A; 5JLF A; 1SAZ A; 2XY8 A; 3RRG A; 4H5R A; 4ELU A; 3U3G A; 4FJN A; 3CJ9 A; 1NGJ A; 4CJ3 A; 2IAJ A; 1GLJ O; 3TPQ A; 3MN7 A; 5DM6 L; 5GIP A; 3K9K A; 3TTC A; 4NLC A; 3CFR A; 4OKJ A; 3QBW A; 3ZLJ A; 4OGC A; 4LF8 K; 3FZH A; 4FM0 A; 3SV3 A; 3DXK A; 4DU3 A; 2QWQ A; 4BR7 A; 3KK3 A; 4YY3 K; 4IZ9 A; 1ZBL A; 5CY4 A; 3DM2 A; 3J8A A; 4FWR A; 3IDH A; 3HM9 A; 3O6W A; 3SUN A; 3QEW A; 3LAL A; 2NRZ A; 3W0L A; 1KRP A; 3C6U A; 4WCE L; 2QWP A; 4EZ9 A; 4CGI A; 3OYC A; 4H03 B; 3ZSQ A; 4H0O A; 5KRT A; 3T1Y K; 4HCC A; 5K14 A; 5HP1 A; 5LJV A; 3O80 A; 1TV6 A; 2A41 A; 5M1O A; 1WUA A; 2J4R A; 1GLA G; 5LY3 A; 3OYG A; 4LFA K; 2P9P B; 3JXU A; 3SUO A; 1S72 N; 4MLE A; 2HND A; 4JHD B; 2YHA A; 5D3G A; 3DRR A; 5KQD A; 2D0O A; 5GAD P; 1L3V A; 3D2E A; 1XNR K; 5FRM A; 3F73 A; 4IBN A; 5GAH P; 4CZH A; 4WQ4 A; 3MXM A; 1VRT A; 2V51 B; 3SAH A; 3EE9 A; 4NCB A; 3WEE B; 1L3U A; 4DTP A; 1TK5 A; 5AQH A; 3CM5 A; 1BI4 B; 3AA4 A; 3VF6 A; 5AQW A; 3THX A; 1YI2 N; 4JS4 A; 4NCA A; 5C2D A; 4FLU A; 3DXM B; 3LDN A; 1ZBI A; 4KFB A; 4CVN E; 1S1U A; 4E7I A; 2YHY A; 3TAF A; 1EWQ A; 3F2K A; 5DM7 L; 3DYA A; 2NZT A; 4CHQ A; 3RMB A; 1ZXO A; 3QES A; 1S9E A; 3F5T A; 3SMP A; 4CJT A; 1KD1 O; 1S6Q A; 1KQS M; 2B5J A; 4LSN A; 3KWI A; 2GV9 A; 3LDQ A; 4OJR A; 4YOW A; 1EQY A; 1XWL A; 1KFS A; 1WSE A; 4IG3 A; 3QLH A; 3ISN C; 4JI7 K; 4J2B A; 3GL1 A; 3CJ7 A; 3L0Q A; 2LSN A; 1VSE A; 5KI6 A; 2A6A A; 1O13 A; 5SWM A; 4I6M A; 1EP4 A; 2FLO A; 4B1V A; 3HOS A; 5F0X A; 1HQE A; 3MWP A; 3C95 A; 4B3R K; 3L3V A; 2HBK A; 3A2F A; 2FC0 A; 3QML A; 3WNF A; 2Z1I A; 1T6D A; 3THW B; 5BPM A; 4BWM A; 4K8Z A; 2F9W A; 2P9L A; 3IFR A; 4MDB A; 4E1J A; 2Z1J A; 2DY4 A; 1T3V A; 1RNH A; 2YHX A; 3M8Q A; 1BGX T; 1U6Z A; 3J80 O; 4CD3 A; 1X9W A; 1NGF A; 3WXL A; 1QSY A; 3CJ1 A; 3ZET A; 4FLW A; 3KJV A; 1TGO A; 4EHT A; 2KLA A; 3NGI A; 2BUP A; 4K43 A; 4JKB A; 1CXU A; 1KC8 O; 3V9S A; 1EO1 A; 4JK9 A; 1QVF M; 3UIQ A; 1U49 A; 3V6D A; 5I3U A; 2KFZ A; 2O8D B; 4E89 A; 5J2M A; 4Q0B A; 3SV4 A; 4M3T A; 1ITG A; 1NGH A; 4G1Q A; 2P9I A; 4ISE A; 3SYZ A; 4YNQ A; 4RCH A; 3BDP A; 4KRE A; 3WQU A; 4L8R B; 3VOV A; 4CJV A; 1YT3 A; 1IH7 A; 2RF2 A; 3CFP A; 3H3O B; 4WQ5 A; 5AQG A; 2JLE A; 4LF7 K; 3D0P A; 3NF8 A; 2P9S B; 4DQ8 A; 4CJS A; 2XO7 A; 5AJ3 K; 3SPZ A; 3O4W A; 2DTU A; 3ZT0 A; 2D0B A; 5M1K A; 4W5Q A; 3NFA A; 3MCP A; 4CZE A; 1K9M O; 3NGZ A; 3ATU A; 1LCU A; 4IJA A; 5GIO A; 4KTW A; 1NGA A; 3VEW A; 3CD6 N; 4DTX A; 2UUB K; 3AVL A; 1T03 A; 3VEV A; 3M8R A; 3K5L A; 5C0Y A; 2E88 A; 5KQ8 A; 3NF6 A; 1HRH A; 2RKI A; 4O5F A; 3AVC A; 1T7P A; 4C8K A; 1MDU B; 5KRS A; 3G0Z A; 2A1R A; 1VSK A; 3I8B A; 1REV A; 2WUS A; 2UUC K; 4JD2 B; 2AA4 A; 3T1H K; 4DG1 A; 4FLX A; 1NOY A; 2E1Y A; 1VSJ A; 3V1Q A; 3MN9 A; 4AIL C; 1U47 A; 1S1X A; 4M3U A; 3THY B; 4RW8 A; 3KIO A; 3U4L A; 2PYJ A; 1SV5 A; 1IJJ A; 1GLD G; 1YHQ N; 4MO5 A; 1NJY A; 4CHP A; 2BGG A; 1QZ5 A; 2NRV A; 1HJR A; 3HSC A; 2DFF A; 2HMP A; 2EX3 A; 4C8M A; 4ZTF A; 5BRH A; 4O8U A; 1BA0 A; 3DLG A; 4IDK A; 3HTV A; 4NB4 A; 4DR5 K; 3TI0 A; 3HO1 A; 4FZZ A; 3QEI A; 1IBM K; 2ZWH A; 3ULE B; 1JXE A; 3KLI A; 3SK3 A; 3VTI A; 5AQT A; 3LP0 A; 3ULD A; 1BA1 A; 4E3S A; 3MXI A; 1JXB A; 1V4S A; 1WAF A; 3A5N C; 4FOI A; 3LWL A; 2W42 A; 3CIP A; 5BR9 A; 3QFU A; 2HF3 A; 3IUC A; 3OS2 A; 5HRP A; 1VQ7 N; 2O8E A; 3R8E A; 4Z4G A; 2BTF A; 3CC7 N; 1I94 K; 3CXC M; 2OAN A; 3E01 A; 3NF9 A; 2G8H A; 4E7H A; 3QEX A; 4CF2 A; 3M3Z A; 3AAP A; 4DTO A; 1HNX K; 2YHW A; 4PKH A; 4AHU A; 1UAX A; 5KPR A; 3TAE A; 3CCJ N; 1TVR A; 5AR0 A; 4XEI A; 1HKC A; 1ATR A; 1TUY A; 5HRO A; 1HQU A; 3O9S A; 3DJC A; 3LAN A; 1JLA A; 3IKM A; 3I8D A; 3ZSZ A; 3L2Q A; 1CZ9 A; 4MQ3 A; 4FWP A; 4BRL A; 1DTQ A; 1RDU A; 3C0B A; 1UOC A; 5FDL A; 1NKB A; 2BH1 A; 4IFV A; 3OYJ A; 3LDS A; 1ILY A; 2JGU A; 4CJU A; 2YNI A; 3VQ7 A; 4KHY A; 1Q86 O; 4BGB A; 4C8L A; 2P51 A; 3CPW M; 4KB1 A; 4YHH K; 3EKU A; 1C6V A; 1VSF A; 5GIN A; 3V1O A; 1C0G A; 3K2P A; 2W6L A; 4LC9 B; 5IT9 O; 3CFO A; 2P5G A; 1ZBF A; 4BR2 A; 5AQJ A; 3UKU A; 3AVF A; 3ZT2 A; 3OJS A; 1U4B A; 1Q82 O; 4ILH A; 4I9Q A; 2IC3 A; 3T1A A; 4KHP K; 3AVB A; 1HKB A; 4J2E A; 4BVO A; 5C24 A; 1MWK A; 4DV7 K; 3PSI A; 2A42 A; 1QHT A; 2OPQ A; 3VGK A; 4DV1 K; 3LM2 A; 1P90 A; 4J2A A; 4FM1 A; 3KK1 A; 3WT0 A; 4AHT A; 3I56 N; 3EZW A; 3LM9 A; 2E6M A; 2HW3 A; 3SQ4 A; 2NRW A; 1NMD A; 4H5V A; 2P5O A; 4KKO A; 5AZI B; 1NGC A; 3J81 O; 1K8A O; 1HYZ A; 1N8R O; 4O4G A; 1YIT N; 1VQL N; 4I7F A; 2G8V A; 3WUH A; 3FZF A; 4DB3 A; 5FRN A; 2P9U A; 2UXC K; 1ZC6 A; 4B9V A; 3F9K A; 1P8Z A; 4BQZ A; 3NH0 A; 3WNG A; 1XMQ K; 4QS7 A; 1KVA A; 5CHI A; 3M6G A; 1XQS C; 3TSQ A; 3CCE N; 3D2E B; 3N4Q A; 3VGM A; 3R6M A; 4CFC A; 1ESV A; 3HXM A; 3TAG A; 5AZJ A; 3TAP A; 1C1C A; 3SQ0 A; 5M1N A; 5C42 A; 3AA2 A; 5M1P A; 4FL9 A; 3HOT A; 4DV2 K; 3ZSX A; 4YOR A; 4FWQ A; 4Z94 A; 2ZJR L; 4KI6 A; 1HLU A; 1C0T A; 4MFB A; 3S3M A; 1WBD A; 4OX9 K; 2B4J A; 3HP6 A; 4DU1 A; 3K57 A; 2O8B B; 1Y64 A; 3SI6 A; 2BE2 A; 4W5O A; 1YJ9 N; 1Z25 A; 1U48 A; 4KHU A; 4CBU A; 3L6Q A; 2PZS A; 4GMJ B; 4H5N A; 4A2B A; 4BRK A; 2G8K A; 3DOL A; 3HJF A; 2HST A; 4CJP A; 1BU6 O; 4IFE A; 3AO5 A; 3L4Q A; 4JS5 A; 4CCH A; 3C7N B; 1XC3 A; 4JKG A; 4XH4 A; 4A5A A; 3NVM A; 4FPA A; 2JWL A; 3OHR A; 4DQI A; 3RWU A; 4Z4E A; 3TTF A; 3HVR A; 4CF9 A; 1RDB A; 1R59 O; 1Y97 A; 3L4I A; 1IKX A; 1IKW A; 2Q2R A; 1M90 O; 3KLH A; 1BCO A; 1KAY A; 4FM2 A; 3T69 A; 1C1A A; 3HPG A; 3U8X A; 1VAZ A; 3P83 D; 2KZM A; 4ISG A; 4DLE A; 2BAN A; 4XH5 A; 3O9T A; 4CK1 A; 3LP2 A; 3AVG A; 4CGD A; 1W9H A; 4M3X A; 4YOU A; 4QS9 A; 3QEP A; 1WAJ A; 4X65 K; 2ASM A; 3ENO A; 4Z4H A; 2DPN A; 4N5S A; 2Q97 A; 1FXX A; 2G8U A; 3TU5 A; 3OJU A; 3VQQ A; 3FGU A; 3PSF A; 4FWL A; 3MEE A; 2OCE A; 1VQN N; 2A3Z A; 2RPI A; 1RFQ A; 3CF5 L; 4W5N A; 2QWO A; 1HMV A; 1DTT A; 1HJO A; 1KLN A; 1GLC G; 1RDD A; 4DSJ A; 3BZK A; 5I9E B; 3AVA A; 3VQ9 A; 4RW9 A; 4CHO A; 3VER A; 4BY9 C; 4DQS A; 4PKI A; 2V7Z A; 5BRD A; 4BG9 A; 1RTJ A; 4X66 K; 3CM6 A; 3VES A; 4CEO A; 3CCV N; 3CER A; 1U2V A; 3IG1 A; 4CK2 A; 5SZT A; 4LH5 A; 5JLH A; 2GUP A; 4IJN A; 1NGE A; 4AHC A; 1YVU A; 2KTQ A; 5LMN K; 5JVG L; 3HRG A; 3MEG A; 2I7N A; 3RMD A; 1JCF A; 1BIS A; 3B6O A; 1T8E A; 4BWJ A; 2ATQ A; 2OTL N; 2VYP A; 3ZT3 A; 4OVL A; 3JSM A; 1UA0 A; 3D2F B; 1RT5 A; 3TTD A; 4CIE A; 3RVC A; 5CYQ A; 4BRP A; 3DLB A; 3HBT A; 5KTQ A; 5FPN A; 5C25 A; 4Y0W A; 4GV9 A; 1OH5 A; 5GAG P; 4H0X B; 3L8B A; 3MWT A; 3VGL A; 3LWM A; 3KTQ A; 1S6P A; 3O9Q A; 1VQ6 N; 4B3T K; 4FJK A; 1QQC A; 4LFB K; 3CHW A; 3H45 C; 4JI3 K; 4H5T A; 3TAB A; 3V81 A; 2YCH A; 4Q5V A; 4Z0U A; 4K41 A; 1D4X A; 3K58 A; 1EX4 A; 4BQL A; 4DR3 K; 2O8F A; 3QIN A; 4AM7 A; 2JWK A; 4M7Y A; 3O1W A; 4B8C A; 4KHQ A; 3CC2 N; 3FZM A; 3D6R A; 4OPK A; 3V1R A; 4R5P A; 4DTN A; 4JI1 K; 2O8C A; 4GV3 A; 1N32 K; 3NAE A; 3UB5 A; 1T44 A; 4IEI A; 4FLY A; 1QHA A; 2FF6 A; 3D7E O; 4BE2 A; 4C1N K; 3H1V X; 1GLB G; 2IGI A; 5J2P A; 3CQX A; 2O8E B; 3G10 A; 2HF4 A; 1A5W A; 4ISF A; 4BRG A; 4DCH A; 2IVN A; 4A5B A; 1VQP N; 2D0C A; 4WFN L; 3CMA N; 3DLK A; 2VCP A; 2P9K A; 3VQB A; 3P31 A; 4FWK A; 3V4I A; 3MX2 A; 3TR8 A; 3TAN A; 4JI0 K; 3CCU N; 3EYZ A; 4CF0 A; 1FKO A; 3DAW A; 5DMR A; 4K0K K; 5EU7 A; 2UUA K; 3KZB A; 3GDQ A; 1HNW K; 2NNW A; 3QNN A; 4BC2 A; 3OYF A; 1JL1 A; 3D45 A; 3FFI A; 4GVE A; 4B1U B; 1OKJ A; 2NRR A; 4DTS A; 1RT2 A; 3C65 A; 2FSN A; 3K9J A; 1NBW A; 1OH7 A; 1NM1 A; 1D9F A; 4BRA A; 2HHU A; 2E2Q A; 4BC4 A; 3PO4 A; 1J54 A; 4A61 A; 1WSF A; 2YNF A; 4BRD A; 3DI6 A; 3ATV A; 3OYH A; 3LAM A; 1KCF A; 2HHT A; 1NJZ A; 3RSE B; 1NJW A; 2AP1 A; 3OS0 A; 1SL0 A; 3UKU B; 3MXJ A; 4FJ7 A; 3HPO A; 1IBL K; 1XNQ K; 3WXI A; 1KAZ A; 4ID5 A; 2A40 A; 1LWC A; 3KK7 A; 1WLJ A; 2HBL A; 2V52 B; 4BGA A; 1JCE A; 3FFK B; 4CJW A; 3PIO L; 1HPM A; 2QEX N; 2A5X A; 1HUX A; 3QBX A; 1F21 A; 3WNH A; 4QOZ B; 4Z4F A; 5AQR A; 4MO4 A; 1RBR A; 4FJM A; 1VQ4 N; 4CHZ A; 3SUQ A; 1NGD A; 3OYN A; 1CZB A; 1VQM N; 4IOA L; 1GOA A; 2HBM A; 2NUB A; 2D4W A; 4CJK A; 3QIP A; 3CCR N; 3EL2 A; 1TAQ A; 1EXQ A; 2GBZ A; 2YNH A; 4FLZ A; 3AVN A; 4WYB A; 1RBV A; 1RBS A; 5AQO A; 2YJF A; 4YOY A; 4OLB A; 3KKR A; 3F9M A; 4DUY K; 2E20 A; 3G4S N; 4PL7 A; 1A5X A; 1KFD A; 1X9S A; 2VWB A; 4AM6 A; 4KI4 A; 3NBP A; 3T19 A; 3BP8 A; 4LFC K; 3I33 A; 2YHB A; 4B9M A; 1K8K A; 3KD1 E; 3M8P A; 5AQF A; 3NVK A; 4BRH A; 4B9Q A; 3ZSR A; 1JLF A; 1W97 L; 4JKE A; 4Z4I A; 3E9L A; 4DTU A; 4OPA A; 3LP1 A; 2VQF K; 1GLL O; 3LP3 A; 1NK8 A; 4DV4 K; 4IKF A; 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