3LM9A

Crystal structure of fructokinase with adp and fructose bound in the active site
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
294
structure length
292
Chain Sequence
AMLGGIEAGGTKFVCAVGREDGTIIDRIEFPTKMPDETIEKVIQYFSQFSLQAIGIGSFGPVDNDKTSQTYGTITATPKAGWRHYPFLQTVKNEMKIPVGFSTDVNAAALGEFLFGEAKGLDSCLYITIGTGIGAGAIVEGRLLQGLSHPEMGHIYIRRHPDDVYQGKCPYHGDCFEGLASGPAIEARWGKKAADLSDIAQVWELEGYYIAQALAQYILILAPIILGGGVMQQKQVFSYIYQYVPKIMNSYLDFSELSDDISDYIVPPRLGSNAGIIGTLVLAHQALQAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Bacillus subtilis
publication title Structural studies of ROK fructokinase YdhR from Bacillus subtilis: insights into substrate binding and fructose specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords fructokinase
total genus 83
structure length 292
sequence length 294
ec nomenclature ec 2.7.1.4: Fructokinase.
pdb deposition date 2010-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3lm9A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3lm9A01
4FO0A 1BWFO 3DAWA 2CH5A 4IO8A 3VERA 3ATUA 4I6MB 3UB5A 3JS6A 5JLHA 3O1BA 2Q31A 3DXMA 3VGMA 3SJHA 4H5RA 4XH1A 4DHYA 3BF3A 5AZJA 4LC9B 3SLCA 3IMXA 3ULEA 4CZJA 1Z6RA 1GLCG 3FZMA 3U8XA 4FSVA 2KHOA 1HUXA 3EL2A 3WQUA 3ZEUA 3DWLA 3VEOA 2P9SA 1MDUB 1NLVA 5AQXA 2A41A 1NGAA 4BR4A 2YHYA 4NO7A 1E4GT 1NGDA 1HKGA 3CJ7A 4BGBA 3FR0A 4BC2A 4CJ7A 4QS8A 1ZXOA 1NGIA 3EZWA 5AQHA 3SK3A 4BRCA 3A5NC 3U4LA 4DB3A 4WQ4A 4BRHA 2E1YA 4B9QA 4EHUA 1SZ2A 3CQYA 4EIAA 5F0XA 2IVOA 3GBTA 5KPZA 5BPLA 3C7NB 2V7YA 5EVZA 2FSJA 3CETA 3O8MA 3LDLA 4BRGA 2BUPA 2D4WA 4YDUC 3GL1A 2EWSA 3FGUA 4FPAA 3KHYA 4A2AA 2DPNA 3W3DA 5CE3A 1E4FT 4CZIA 3O1WA 4PL7A 3VESA 4Y0WA 1HLUA 3LDOA 2J4RA 4H5TA 1NWKA 4FWMA 1HJOA 3OHRA 1SAZA 2I7PA 3AAQA 4DCHA 2P9KB 3A5LC 3ZETB 4BGAA 2CGJA 4AM7A 3KZBA 2QWRA 4BG8A 3H6EA 1NGJA 4EFHA 1WOQA 3FE1A 3FZLA 2WUSA 3U9DA 3BF1A 3CERA 2QWLA 4E1JA 3VGLA 1U6ZA 1QZ5A 3QBXA 3VENA 2QXLA 4BQLA 4CD1A 2ZGYA 5TKYA 2P9UA 1K8KA 2QWQA 3DJCA 3MK6A 1RGIA 4CZLA 4K42A 2HF3A 4A2BA 2D0PA 3O6WA 4FWLA 4B1ZA 4BQZA 5AQMA 1YAGA 4EAHD 4B1YB 3ZX0A 4QS7A 2P9LA 3IFRA 3LDNA 4BRPA 4CZFA 5AQNA 3DXMB 4BC5A 2Q1NA 3VF6A 4IWVA 2FF6A 2V7ZA 4CZHA 3LL3A 3VETA 2ZF5O 4O8KA 3ULEB 1C0GA 1XUPO 2YHXA 4CI6A 3ZEUB 5AQFA 1BA0A 2ASMA 4BR2A 4Z94A 2P9SB 3WQTA 2OANA 3IUCA 2F9WA 1WUAA 2IIRA 5I9EB 4ISFA 1QQOA 2CH6A 4B1XB 4RWTA 1EQYA 3CI5A 2Q97A 2ZGZA 5FPEA 5KPTA 4PKIA 4L3QA 2YCHA 3FZFA 3FZKA 2PAVA 2Q36A 3WT0A 3B8AX 3WXLA 3WXKA 1ATNA 1GLFO 2GUPA 3S41A 1P8ZA 1ZBSA 4B1VA 4BRLA 3ID8A 2HMPA 1Y64A 1BOTO 1NGHA 3MN6A 5F1XA 2FSKA 1X3NA 5AQQA 4K43A 5AQOA 4EHTA 2E88A 3H46O 1BU6O 5AQPA 3L4IA 1BG3A 3ATVA 2AA4A 3D2FA 4BC4A 3UE5A 2FXUA 1BUPA 4JD2A 2BTFA 1ATRA 3O4WA 4H0YB 1GLLO 1YXQA 1LOTB 2V52B 3BP8A 5E84A 4BC3A 5AQRA 4J8FA 5AQLA 2VWBA 4BRFA 3GOIA 4PL8A 4B1UB 5AQYA 2GWJA 3A0IX 2PBDA 4H0TB 4B1WB 3MN5A 2QWNA 1GLAG 4CZGA 5FPNA 1KAYA 3AAPA 4IZ9A 1OKJA 5BN9A 5AQWA 4FOEA 2NZTA 3EKUA 2D1KA 5AZIA 2E1ZA 1R59O 3GG4A 4O5FA 5AQZA 4WQ5A 5JLFA 3EKSA 2A40A 5LJWA 3CJ9A 4H0VB 3CJ1A 3LM9A 4FWPA 4JHDA 2P9UB 1TUYA 4BVPA 1NGFA 4I6MA 1DKGD 1NGCA 2V51B 3LM2A 5ADXH 2P9PA 5AQSA 2E2NA 2P9LB 1JCFA 3DXKA 2GELA 1DEJA 2ZWHA 3BUZB 3VF4A 2CGLA 1IG8A 3G25A 3M1FA 3I8BA 3AARA 4H0OA 1RDWX 2E8AA 5KPRA 2ASOA 5E26A 4AM6A 3CIPA 3O5BA 3L0QA 1C0FA 4BREA 2W40A 3WEEA 3FFKB 4QS9A 4H03B 2VCPA 3ENHA 1H1VA 3M3ZA 2FF3B 2GWKA 2E2OA 4FWQA 1SQKA 3VF2A 4CBWA 5FPDA 4BRDA 2A6AA 2A5XA 1V4SA 3A5MC 5AFUH 5BN8A 2GTDA 5BPMA 1GLDG 1QQMA 4MO4A 4KBOA 3H3OB 2QWOA 3HBTA 4ISEA 3AY9A 4H5VA 4RCHA 4A62A 4CZMA 4BRAA 4IJAA 4FWRA 4BR7A 3QICA 3F9MA 4FWOA 3GE1A 5AZJB 4FWKA 3L6QA 5LY3A 2NLXA 1HKBA 3CJAA 3VOVA 4WQ4C 3MMVA 1MA9B 4CZEA 2Q0UA 3CHWA 3A8YA 2P9NA 1XC3A 3D2FB 3MN7A 4YDUA 5AR0A 3IDHA 4JD2B 4CBUA 2A3ZA 5EOYA 1GLEG 5AQTA 3C0BA 1G99A 5BPNA 1Q18A 2P9IA 3UKRA 4WYBA 3VGKA 5AQUA 4FL9A 1RFQA 3SMSA 4BRIA 4BR0A 1QQNA 3VPZA 2QWMA 3D2EA 1DGKN 3LDPA 3ZX2A 1U2VA 2IVPA 2FLOA 3FZHA 3J8AA 3CJCA 3LDQA 2E2PA 2YJFA 4HWIA 1NGEA 5AZIB 5LJVA 2ITMA 4RTFD 1IJJA 3VEZA 3HZ6A 2I7NA 1GLBG 4M7YA 1ESVA 1BDGA 2YHWA 4DQ8A 4JHDB 3QDKA 3WXIA 1MWKA 2CGKA 1NM1A 5AQIA 3HI0A 2H3GX 3W0LA 3QFUA 1V4TA 2E20A 1XQSC 3WUHA 5BRDA 1NMDA 1GLJO 1TYQA 3M6GA 3RSEA 2P9PB 4F9OA 2Q0RA 4H0XB 2NRHA 3DXKB 3UKUA 2W41A 4BROA 3H1QA 2FSNA 3R9PA 4CD3A 1LCUA 5AQKA 3CQXA 4PKGA 3VEWA 1D4XA 3D7EO 3ZX3A 5BR9A 3WEEB 3WXJA 3HM8A 5FPMA 5ELZA 2VYPA 2QWPA 4H5NA 1QZ6A 4NB4A 3CJBA 5ADXA 4FWSA 2ASPA 3R8EA 1BA1A 1K8KB 3HSCA 3QBWA 1CZAN 2UYTA 4A61A 1S22A 4XH5A 5KQDA 1JCGA 1S3XA 5BREA 4FOIA 3R6MA 3QMLA 4CZKA 4JN4A 1HPMA 5AQGA 4BVOA 4BR5A 2Q2RA 5EXWA 4ISGA 1T6CA 3HTVA 4MO5A 3MCPA 4BRMA 5JMVA 3TU5A 4IXCA 3MN9A 4C23A 2YJEA 4GY2B 2F9TA 4BRQA 1YVNA 5F2RA 2HOEA 1KAXA 3EN9A 1X3MA 2GEMA 3H45C 4HTLA 5BRFA 5AFUA 3H1VX 2AP1A 5B8HA 2P9NB 3MDQA 4MLHA 4M7XA 1KAZA 2QW9A 2D0OA 2P9IB 4MLEA 1MWMA 3UKRB 4JAXA 4IJNA 1ATSA 5BRHA 3C7NA 4BRKA 1J6ZA 4PKHA 3VEVA 1HKCA 5EY4A 3D2EB 2E2QA 2A42A 3QB0A 1KXPA 5KQ8A 1U2VB 4K41A 4XEIA 4JNEA 3KVGA 4FWNA 3O08A 5EX5A 3SMPA 3VEYA 1ZC6A 1HX1A 2YI1A 1QHAA 3I33A 3H3NO 3JXUA 5AQJA 1NGGA 2P9KA 3ZETA 2IVNA 3VEXA 1TYQB 3RSEB 3GDQA 4K25A 4WQ5C 1JCEA 4H5WA 3UKUB 4M63C 1NGBA 2QM1A 2HF4A 3O80A 4BR9A 3P4IA 1Z05A 3BEXA 3A5OC 1BO5O 4GNIA 4CBXA 1T44A 4XH4A 4H0PA 4BG9A 3QFPA 4BRNA 1T6DA 5JICA 3FLCO 3TPQA 3U9ZA 1X9JA 5AQVA 1NBWA 3ENOA 4FPBA 1YUWA 3EO3A 1TUUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLVA 3K5LA 3DAWA 4B9UA 1W7AA 2RF2A 3VGMA 1T05A 4CGDA 4IOAL 3U6FA 3ULEA 4CZJA 1ASVA 3L2VA 3NH1A 4UQGA 3HVRA 3ZEUA 1RDDA 3O9TA 4BR4A 2YHYA 4A59A 1E4GT 3SJJA 2VQEK 4BC2A 4CJ7A 2W42A 1S72N 3R1XA 5AQHA 4CGFA 3VN5A 3TR8A 4EZ6A 2KFZA 4CJFA 3HM9A 2IVOA 4NLCA 4ELVA 5BPLA 1C1AA 1VRTA 2UXCK 3PV8A 4CF0A 3TAPA 2YNIA 3FGUA 1JLQA 3W3DA 3CC2N 3C6UA 4YOTA 1T7PA 1DTQA 3V1RA 2WOMA 4IEIA 3CPEA 1D9DA 3LDOA 3WNEA 2DY4A 1HNWK 3A5LC 4BGAA 1KFSA 4AM7A 3D45A 1N36K 3NAEA 1LV5A 4CJUA 1NGJA 4DUZK 1WOQA 3F9KA 3FZLA 3MECA 4CEBA 4KREA 2QWLA 4CIGA 1VHXA 2O8DB 4A57A 1NK0A 1LWEA 3A2FA 1QZ5A 5GIPA 4BQLA 3TABA 2BGGA 3CF5L 3DJCA 4JI6K 4A2BA 1VQ5N 3O6WA 4BQZA 5AQMA 5AJ3K 4YORA 4CEFA 4KFBA 4CJ3A 3ZX0A 3ZYYX 3LDNA 4BRPA 1QSLA 2YX6A 4DR5K 4CZHA 4OVLA 3PSIA 1BQNA 4JEPA 4G1QA 3BGRA 4C8LA 1BA0A 3F2KA 4CGJA 2OANA 3LPTA 1S6PA 3LDSA 4I2PA 3J80O 4PKIA 1B9DA 5C42A 1KC8O 4L3QA 2YCHA 1WAFA 3FZFA 3FZKA 3KIOA 4C8MA 5I42A 1JL2A 3AVIA 2VG5A 4JKGB 3V9UA 2NRZA 2UXBK 3WXKA 2GUPA 3HPHA 1P90A 3MXIA 1P8ZA 3CCQN 1ZBSA 4B1VA 2OZMA 3RMCA 4ID1A 5C10A 4K43A 5AQOA 3OJSA 2E88A 3SPYA 5AQPA 3L4IA 1W0HA 1ASWA 2GBZA 3UIQA 3CCLN 3JSMA 2NRXA 1Z26A 3TAFA 1N6QA 2D0AA 4JD2A 3AVLA 2BTFA 3K57A 3OYJA 3HK2A 1FK9A 2RKIA 1W97L 3U3GA 1OH8A 1RT7A 3KD5E 3AO5A 4DSIA 2VWBA 3KLHA 3KLEA 3A0IX 2PBDA 4H0TB 4B1WB 4CZGA 3OYEA 3SUQA 4QOZB 2NZTA 2D1KA 2E1ZA 4ELTA 4JKAA 1Q9XA 4DUYK 3NVMA 1K8AO 1EKEA 2O8BB 4CJQA 3THWA 3CFRA 3C94A 1J5OA 4I6MA 3NF7A 1NGCA 1TL3A 2V51B 5ADXH 1NJZA 4DQRA 2G8UA 1XHZA 4CHZA 3DXKA 1XC9A 1NK6A 4KPYA 2CGLA 4KH6A 2JWLA 4DTSA 4CFDA 3I8BA 4H0OA 2BANA 4GV6A 3NF9A 5KPRA 4AM6A 3CIPA 3LAKA 3WEEA 4K8ZA 3C65A 2VCPA 1H1VA 2GV9A 2YKNA 3C95A 2GWKA 4FWQA 4CBWA 5FPDA 3VQ7A 3P1GA 2HNDA 4BRDA 1UA1A 3A5MC 3DLHA 5AFUH 3FFIA 3DRRA 5SWMA 4FZXC 4RCHA 3AY9A 4A62A 1NKEA 3CXCM 4CCHA 4L8RB 3QICA 4CJEA 4W5TA 4KB0A 4FWOA 4FM2A 4FWKA 2NLXA 3DI6A 1WBDA 3HOSA 4DSJA 1CLQA 4JS5A 4CF2A 4WQ4C 4LF6K 1FKPA 1JLAA 4IBNA 2O8EB 1J53A 1WSGA 4YDUA 1VSJA 1EO1A 4DR2K 2FBTA 4JKCA 3VTIA 3LWLA 2A3ZA 5AQTA 1GLEG 3C0BA 1Q18A 3UKRA 3RMBA 1VQPN 3VGKA 1RBTA 4FL9A 3ALYA 1OH7A 4CHOA 3I0SA 3V1QA 1HYSA 2OTLN 4FJ7A 1QQNA 3PX6A 4NYFA 1VSFA 3D2EA 4BDZA 1R0AA 5JS2A 3LDPA 4JKEA 4JI7K 1M90O 3O9RA 1U2VA 4UY8O 2VGMA 3CJCA 4HWIA 5CYMA 1ZBIA 4HCBA 4KHQA 1IJJA 2NUBA 1JXBA 3L2RA 3ZT2A 4RW8A 1BDGA 4YOWA 1I39A 3QDKA 3WXIA 2CGKA 3QLHA 1VQMN 1NM1A 3D0PA 2ZQBA 2QA4N 1HPZA 2H3GX 2E20A 1WB9A 4KH4A 4JYAK 1IV0A 1GLJO 1RT5A 1TYQA 3M6GA 3RSEA 1N33K 2P9PB 2R7YA 4F9OA 4H0XB 1TK0A 1Q9YA 2GX9A 4R79A 2FSNA 1JLBA 3R9PA 3V9SA 1LCUA 1Q8IA 1OH6A 1XMQK 3VEWA 2KLAA 3RWUA 4I2QA 3E66A 1LAWA 4LF5K 3WXJA 2VYPA 2QWPA 4H5NA 3K9JA 4RW9A 4OLBA 5CY4A 4FK0A 4X62K 4Q5VA 3QBWA 3K0SA 1CZAN 4CEEA 5BREA 4FLUA 3PY8A 4CZKA 3SUPA 4JN4A 1C0UA 5AQGA 4DLEA 5EXWA 3E01A 4DU4A 4BRMA 2FBYA 1RTJA 4HUFA 4FJKA 1HNVA 3OYAA 3MEEA 1KAXA 1X3MA 2GEMA 3H45C 3AO1A 4IEEA 3MWPA 2NNWA 5B8HA 3P5JA 3LP1A 3HO1A 2YNGA 1X1PA 4FJGA 2P9IB 4MLEA 3HPGA 4BRKA 4PUOA 4PKHA 3WNGA 3DLLL 4WFAL 3V9WA 2A42A 2OA8A 3QB0A 5M1NA 4RG8A 4K41A 4JKFA 3S3MA 4GV9A 3SMPA 1HJRA 3VEYA 3NH2A 3AA5X 1HX1A 1QHTA 4AILC 3J81O 3VA3A 3CCEN 1WLJA 2QK9A 1HNXK 3VQPA 4FJLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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