3LM9A

Crystal structure of fructokinase with adp and fructose bound in the active site
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
294
structure length
292
Chain Sequence
AMLGGIEAGGTKFVCAVGREDGTIIDRIEFPTKMPDETIEKVIQYFSQFSLQAIGIGSFGPVDNDKTSQTYGTITATPKAGWRHYPFLQTVKNEMKIPVGFSTDVNAAALGEFLFGEAKGLDSCLYITIGTGIGAGAIVEGRLLQGLSHPEMGHIYIRRHPDDVYQGKCPYHGDCFEGLASGPAIEARWGKKAADLSDIAQVWELEGYYIAQALAQYILILAPIILGGGVMQQKQVFSYIYQYVPKIMNSYLDFSELSDDISDYIVPPRLGSNAGIIGTLVLAHQALQAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords fructokinase
publication title Structural studies of ROK fructokinase YdhR from Bacillus subtilis: insights into substrate binding and fructose specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Transferase
total genus 83
structure length 292
sequence length 294
ec nomenclature ec 2.7.1.4: Fructokinase.
pdb deposition date 2010-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3lm9A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3lm9A01
4WQ5C 1X9JA 2QWRA 4FWLA 2UYTA 2KHOA 4MO4A 3MN5A 5AQSA 4EAHD 5FPMA 4A61A 4BR7A 4B9QA 1T6CA 4PKHA 5AQIA 4B1YB 1T44A 3SMPA 3P4IA 4XH1A 2EWSA 2ZWHA 4DB3A 2HOEA 3R8EA 1S3XA 4A2BA 1SQKA 3LDNA 5AQMA 2FXUA 4BR0A 1YXQA 1CZAN 1HKCA 1QQOA 2DPNA 3D2EB 3AAPA 2D0OA 3MN6A 4H03B 4CZJA 1NM1A 1GLCG 1NGBA 4MLEA 5AQPA 1G99A 2E1ZA 5AZIA 1HLUA 3FZKA 3TU5A 5KPTA 4EFHA 4H0TB 4H0XB 3VESA 5CE3A 5FPEA 2W40A 2HMPA 3ENHA 1BA0A 2P9LA 3VGKA 4CD1A 4WQ4A 2PBDA 3MCPA 4GY2B 2I7NA 3WEEA 5BRDA 4RTFD 2AP1A 1XQSC 5AZJB 3U4LA 2A3ZA 4H0OA 4K42A 3GBTA 5AQUA 4H0PA 4IJAA 2CGKA 2I7PA 1IG8A 3QFPA 4HTLA 2ASPA 4AM6A 2IVPA 1TUYA 4BC5A 3LDLA 5EVZA 1QZ5A 4BC4A 4BC3A 3VERA 4BRIA 3BF1A 1E4GT 5BRHA 1HKGA 3CQYA 4JAXA 3VEXA 3HBTA 4FOIA 4BRKA 5KPRA 3ZETA 4QS8A 2FF3B 3UKUB 1U2VA 2CGLA 4J8FA 2YJFA 3SMSA 3CJ1A 2P9IA 3EZWA 3SJHA 3AAQA 3EO3A 4M7YA 1BUPA 1DKGD 3ZEUA 1BU6O 5KPZA 3B8AX 1IJJA 4JN4A 3FGUA 4WQ4C 1BWFO 2P9UB 2J4RA 1GLBG 1X3NA 3VEVA 5ADXA 3RSEA 1ATNA 2E20A 3H3NO 4O8KA 2ASMA 5JICA 1RDWX 4CBWA 2QWOA 5F2RA 2Q36A 4YDUC 1JCGA 4B1VA 2Q31A 2ZF5O 3HSCA 5AQZA 4BRPA 4C23A 1P8ZA 3A5MC 1NGFA 3FR0A 2Q2RA 1HJOA 5LJWA 2VWBA 3SK3A 4CZHA 1ZC6A 3A5OC 2IVOA 1K8KA 1GLAG 2D0PA 4F9OA 2H3GX 4LC9B 2BUPA 1GLDG 1GLJO 3TPQA 4EIAA 4IZ9A 1LCUA 5EY4A 3FFKB 1KXPA 5B8HA 2E2PA 2D4WA 5AFUA 3WQTA 4CZFA 3WEEB 1X3MA 4Y0WA 4BR2A 1NGDA 2P9NA 4NO7A 4PL7A 3CJCA 4FPAA 3D7EO 2YI1A 3VEYA 4B1UB 3U9ZA 4BGAA 3A5LC 5E26A 2QWNA 4BRLA 4CJ7A 1NWKA 1Z6RA 1BA1A 3HI0A 3GL1A 2GWJA 2FSNA 4O5FA 3QB0A 3S41A 1S22A 5E84A 3LM9A 3VETA 1NGGA 3BP8A 4KBOA 3VGLA 4H0VB 3GE1A 3VEWA 2Q0RA 4XH5A 1T6DA 2F9WA 4E1JA 1MWMA 2D1KA 4ISGA 2VYPA 4BRQA 1KAXA 2PAVA 5BREA 2ZGYA 1KAYA 2P9SA 4JHDA 5LY3A 2HF3A 2P9IB 1JCFA 2YHWA 4CBUA 4FO0A 4QS7A 1NGAA 4BG9A 4BVOA 3O8MA 3ZEUB 2E2NA 3BF3A 3H46O 2BTFA 1DEJA 1ESVA 3O08A 3W3DA 2YCHA 1MA9B 4YDUA 5AQYA 3IUCA 3EL2A 3RSEB 3VGMA 3VEOA 4BRHA 2GTDA 4BRCA 3MMVA 2VCPA 3U9DA 4A62A 1NGHA 4DCHA 4BRNA 3LDPA 1QZ6A 4CZGA 3CERA 5KQDA 4FSVA 3AARA 2GWKA 1NGIA 3VF4A 1QHAA 2E2OA 1BDGA 3H45C 3IMXA 3CJBA 4K43A 3O6WA 2Q0UA 3QDKA 2IIRA 3BUZB 1NGEA 1XC3A 5AQFA 1K8KB 4JNEA 2QWPA 1HKBA 1LOTB 5AQKA 3F9MA 1OKJA 3SLCA 3MN9A 3M3ZA 2WUSA 3QBXA 3WQUA 3C7NA 5AQJA 3O1BA 5LJVA 4FWKA 4I6MA 4BRFA 3H6EA 3KVGA 1WUAA 1EQYA 1TYQA 3DAWA 4H5NA 3LDOA 4CZKA 5BPNA 5EOYA 3DXKA 1NMDA 4IXCA 4HWIA 4RCHA 4FWQA 4BRGA 4CBXA 3CJ7A 1U6ZA 2A5XA 2A42A 4CZMA 2QWMA 4FWMA 3D2FA 3O4WA 1SZ2A 4FPBA 1XUPO 2P9PA 5AQOA 4H5RA 2A40A 2NRHA 2V7ZA 4DHYA 3LL3A 3VENA 1QQMA 2NLXA 5AQRA 3VOVA 5AZIB 2NZTA 2ITMA 3UKRA 3H3OB 4B1WB 2OANA 4MLHA 2P9SB 4BREA 3LDQA 2YHXA 4IWVA 3VEZA 2P9LB 3LM2A 3HTVA 3JS6A 3BEXA 5FPNA 3QICA 4CI6A 3GG4A 3UB5A 3WXIA 4BQLA 5AQNA 1NLVA 3U8XA 4ISFA 3L4IA 4EHTA 3GOIA 5F0XA 2ASOA 2CH6A 1Z05A 2E2QA 5TKYA 3UE5A 3DXMA 1QQNA 4BRAA 1DGKN 3GDQA 1J6ZA 4BRMA 3EN9A 1V4SA 2FSKA 3KHYA 4DQ8A 3OHRA 3A0IX 4FWRA 1HPMA 3ULEA 3QBWA 2GUPA 5ELZA 2E8AA 5AQGA 3CIPA 2Q97A 5AQLA 4M63C 3ATVA 4RWTA 4L3QA 3ZETB 3J8AA 1U2VB 1BOTO 4Z94A 5BR9A 5BN8A 4CD3A 2P9UA 5BN9A 3C7NB 2W41A 3I33A 2QXLA 3KZBA 4I6MB 2V52B 2QWQA 2IVNA 2QWLA 1D4XA 5BRFA 1Q18A 3QFUA 1MDUB 1TUUA 1TYQB 1RGIA 2HF4A 3FZHA 4IJNA 4PL8A 2CH5A 2QM1A 3DXKB 4EHUA 5ADXH 1Y64A 5FPDA 3M1FA 3HZ6A 1V4TA 4JD2A 2A6AA 3CJ9A 5BPLA 3ZX0A 3H1VX 3ATUA 5JLHA 3ZX2A 4AM7A 1ZXOA 5EX5A 4B1XB 4FWOA 2A41A 3D2FB 3IFRA 1YVNA 2P9KA 3H1QA 1GLEG 1KAZA 2P9PB 2FSJA 4NB4A 1BG3A 4XEIA 3AY9A 1NGCA 4BC2A 3R6MA 2V51B 1WOQA 1R59O 1C0GA 3UKRB 3CHWA 2E88A 4BVPA 1MWKA 4CZEA 5AQVA 3M6GA 4ISEA 1JCEA 5AQHA 2AA4A 4H0YB 2Q1NA 2GELA 2CGJA 5AFUH 3VPZA 4PKGA 2FLOA 3A5NC 4GNIA 4FWNA 3O80A 3O5BA 4M7XA 5EXWA 3ZX3A 5BPMA 4K25A 4BROA 4XH4A 3WUHA 3ID8A 3MDQA 1E4FT 3FZFA 4BR4A 1SAZA 3ENOA 2P9NB 4MO5A 4BRDA 3W0LA 4CZLA 3JXUA 5AQWA 3DXMB 3G25A 3CQXA 3QMLA 3FE1A 3D2EA 4IO8A 2F9TA 3HM8A 4WQ5A 5KQ8A 1BO5O 3C0BA 4FWPA 4K41A 3VF6A 1ZBSA 5AQQA 3EKUA 3WT0A 4A2AA 4H5TA 1NBWA 2ZGZA 3ULEB 5AQXA 2YHYA 1HUXA 2FF6A 4BR9A 3EKSA 3FLCO 4FL9A 4BGBA 3CI5A 3L6QA 4CZIA 4H5VA 4BG8A 4FOEA 5AQTA 3WXJA 5F1XA 2GEMA 1NGJA 3MN7A 3IDHA 5I9EB 3DWLA 5AZJA 4JHDB 1HX1A 3WXKA 3DJCA 4FWSA 1H1VA 1ATSA 2YJEA 2QW9A 3VF2A 5AR0A 1RFQA 3MK6A 4QS9A 4B1ZA 2E1YA 3FZMA 5JMVA 3L0QA 4PKIA 4JD2B 3A8YA 3FZLA 1YAGA 3I8BA 1C0FA 3CETA 1ATRA 3R9PA 3O1WA 2V7YA 4WYBA 1YUWA 2P9KB 3CJAA 1GLFO 3UKUA 3WXLA 4BQZA 1GLLO 4H5WA 5JLFA 4BR5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WQ5C 3I56N 2QWRA 3AO3A 3THWA 3SQ0A 4U67L 1IO2A 1ZBLA 2KHOA 5AQSA 3MN5A 4CF9A 5J1EA 3E66A 3SAHA 4PKHA 1Q9YA 3L2RA 2QKBA 2DTUA 2YNGA 3TSUA 1U47A 1YJ9N 2EWSA 3VQ8A 3KK3A 2LSNA 3SJJA 4JLHA 2G8UA 4OO1J 3K2PA 4JS5A 1SQKA 4YOTA 3ASMA 1YF5L 1CZAN 1HKCA 4CEEA 1QQOA 2HVHA 3AAPA 3MN6A 2Y1JA 3DLBA 3BDPA 4WFNL 5AQPA 4FJ5A 1G99A 1RBSA 3HP9A 3FZKA 5KPTA 2OZSA 4EFHA 4H0TB 4A5AA 3ENHA 1TKXA 4CJLA 5FLXO 4CD1A 4GV3A 4IEEA 3F2KA 5D3GA 2YV0X 3MCPA 4GY2B 1HNIA 2BGGA 1QS4A 1SKRA 2A3ZA 4H4MA 5AQUA 3GBTA 4IJAA 2I7PA 2YX6A 3DLEA 1NK6A 1HNWK 3T1HK 1LWCA 4DFPA 1TUYA 4BC5A 1NG9A 3ZSRA 4CJKA 4A5BA 5FRMA 3CG7A 1VRTA 3NBPA 4BRIA 2P5GA 4ZHRA 3CQYA 4BACA 4FOIA 2HBKA 1UAXA 3TABA 4NLBA 4QS8A 3QNOA 1GOCA 3SPZA 2Z1JA 2KW4A 3KD1E 4CHOA 3THXB 3I8DA 3SMSA 2WFBA 4DR2K 2HB5A 3EZWA 1SKSA 2YNIA 4PQUA 4DUYK 1BUPA 1KLNA 3CYMA 2PZSA 4DR5K 2O8FB 5KPZA 1IJJA 2YKNA 2ATQA 4KTZA 3FGUA 3OYKA 3ULDA 3CD6N 3NF8A 2P9UB 4IG0A 4IOAL 2HHXA 2RF2A 5ADXA 3AO2A 3F5TA 3RSEA 1X1PA 5HBMA 2Z1HA 1NK4A 5T7BA 4O8KA 3PUFA 4O4GA 5F2RA 3LALA 5AQZA 3JSMA 2HMIA 4C23A 3A5MC 1QVFM 1GOBA 3PSFA 1NJWA 4FJMA 1NJXA 1A5XA 4LF5K 4CZHA 3A5OC 3DMJA 4LC9B 2BUPA 1GLJO 3AA5X 3TPQA 3AVLA 3QERA 1O13A 5J2QA 3NCIA 3ALYA 4J2AA 1BQMA 5EY4A 4BWJA 3FFKB 2NRVA 1KXPA 3AA4A 3TR8A 3PO4A 4AHSA 2QA4N 3BGRA 3VQBA 3HOTA 3CCQN 4G9ZA 1RNHA 4BR2A 4NO7A 1OH7A 1HR0K 4NYFA 1UA1A 3VEYA 5JS2A 4B1UB 4JKDA 1YVUA 1C1BA 3F73A 1N8RO 3T1AA 3KIOA 4DV0K 1NWKA 4KAZA 3U6FA 3HI0A 1OVYA 1RT7A 3S41A 1Q8IA 5E84A 1NGGA 1Q86O 3SCXA 3VGLA 4CW7B 4DWIA 1T6DA 3ZSXA 3MX5A 2D1KA 1RCHA 2XO7A 4AILC 1Q82O 1KAXA 2PAVA 3VQ9A 1TKZA 4C8LA 2P9SA 5LY3A 4CK1A 2YHWA 3ZT0A 2NRWA 1TGOA 1WAFA 1KVCA 3O8MA 5DMRA 5LMNK 4E7IA 3JAMO 1FJGK 4FZXC 1ESVA 1RILA 3G6EN 1MA9B 5K14A 3EL2A 3QLHA 2GTDA 3RR7A 3U9DA 2UUCK 1QZ6A 3TANA 1WN7A 2GWKA 1BDGA 3IMXA 2HHSA 2F96A 4BE0A 4Z4FA 3ZCMA 1LOTB 2GUIA 1YI2N 5TKWA 4M45A 3F9MA 4KFBA 4M3RA 3HM9A 3JYTA 4U7BA 1C0MA 3TAFA 3CQ8A 4I6MA 4DFJA 3PX6A 1NK5A 1Z25A 3H6EA 3KVGA 3CXCM 1N33K 3CCJN 4H5NA 3LDOA 2F7TA 4CJWA 4FZZA 1U48A 4IXCA 3WXMB 3MWPA 3CJ7A 4AH9A 4CVNE 2KZZA 2A5XA 4E7LA 3V1OA 3V6DA 5CZ1A 1QQCA 3O9RA 3AGRA 3ISNC 4FPBA 4BDYA 3V1QA 1XUPO 2P9PA 4R79A 4DTMA 3NF6A 4C8MA 1WLJA 2FC0A 1QQMA 4MDBA 3PSIA 1TAQA 5AQRA 1QSYA 1EO1A 4FVMA 3KKRA 1UWBA 3H3OB 4PY5A 4IWVA 4BE1A 3QICA 3UB5A 1N36K 1BHLA 1CXUA 4NCAA 1NLVA 3RWUA 2PYLA 4FK2A 1BI4A 4EHTA 3U3YA 2CH6A 1J53A 2HHWA 2E2QA 5TKYA 4PHTX 1XNRK 4BRAA 1KRPA 1DGKN 2ZE2A 3GDQA 1J6ZA 1V4SA 1J5EK 4DTNA 2FBXA 3HVTA 4JI5K 4FM1A 3UIQA 3HO1A 1Y97A 1C0TA 1TKDA 4AHCA 3NH2A 2GUPA 4JKEA 2E8AA 4CHZA 1VQON 4JKCA 5MLCQ 1NJZA 1YTUA 3ZETB 4Z4CA 4Z94A 5I3UA 5JS1A 3DYAA 4GV9A 1B9FA 4CECA 3P39A 2P9UA 2YNHA 1NK0A 4O8UA 3KZBA 4JI3K 3OYCA 2QWLA 5CY4A 1D4XA 1EWRA 4DTJA 2HF4A 1RGIA 3FZHA 3RMDA 3C6AA 2O4IA 3DXKB 2UUBK 3N4QA 4DQSA 3CC7N 3HZ6A 4EP5A 5BPLA 3D0PA 3H1VX 2O8CB 1L3SA 5JLHA 3ZX2A 2HBMA 2KLAA 4CJPA 4HVJA 2WONA 2GX9A 5EX5A 4DS4A 4B1XB 3KK7A 4FWOA 3H1QA 1S1TA 3G71N 3BZKA 4XEIA 4BC2A 1YJWN 3R6MA 2V51B 4FJXA 2O8EB 1KD1O 2E88A 4BVPA 3OY9A 3SUOA 4FLZA 4ISEA 1JCEA 3L4QA 4RW4A 2DY4A 3ID6A 4H0YB 5AFUH 4PKGA 3AVKA 2HHTA 4GNIA 4FWNA 3L3UA 3O80A 3O5BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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