4CFBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfbA00
4J2AA 4ZHRA 3AA3A 2G8UA 1NKBA 3QLHA 1TVRA 1JLAA 1YT3A 4CJKA 3SYZA 1NJZA 1BISA 3OYFA 4PWDA 3QINA 2YV0X 1NK7A 2P5GA 3LZIA 1U45A 2DFEA 4Y1DA 4B3OA 3D0PA 4OGCA 1RT3A 4ICLA 1BQNA 3NF6A 4FLZA 1T05A 4BDPA 3OYAA 2R7YA 5HROA 4J2EA 4KB1A 3LPUA 4LH5A 3SUOA 2P51A 3AVLA 3U6FA 4CJVA 3JSMA 3SCXA 4CJTA 3NGIA 4CF8A 4CF9A 1UAXA 3M8PA 4O4GA 4FJ9A 3HK2A 4R5PA 3DLHA 4DF4A 4B9MA 3AVCA 3V6DA 1F21A 3M8RA 4HUGA 3NF8A 1B9DA 1RILA 3V1QA 1W0HA 2Z1JA 4RW7A 4E0DA 1HQEA 4DWIA 4DU3A 3E01A 3LWLA 4E3SA 4ELUA 4EZ9A 4FJJA 4CGIA 1KSPA 3RR8A 3QETA 4CGDA 4KTWA 3NE6A 2YNGA 1JLBA 5K14A 3A2FA 4B8CA 3V9WA 2XO7A 4FJKA 4OJRA 1RTHA 1EP4A 3P1GA 1NK0A 1TV6A 5DK5A 5J2MA 1X9SA 2FBXA 3QNNA 1BL3A 4IBNA 4DSEA 3P83D 2I5JA 1IKWA 2DY4A 1K6YA 3OS0A 1RT2A 1DLOA 3MEGA 3ZSQA 3KK1A 1RT7A 3DRRA 1UA0A 2ZD1A 4NYFA 4OKKA 3L2RA 3EY1A 4FZXC 4L8RB 3DMJA 4RG8A 1RDCA 3K5MA 4F8RA 4I9QA 2GV9A 4CJ5A 4FLVA 3V81A 2B5JA 3ZSWA 2YNIA 4JLHA 3L3UA 4PA1A 1QSYA 3PO5A 1WAFA 5HRNA 4HCBA 3DLRA 4GMJB 4DLGA 3NCIA 4DTJA 4FJ7A 1JLQA 4KHUA 1EX4A 3KIOA 4DTNA 1IG9A 2AJQA 3EZ5A 5T7BA 2HHSA 3OYCA 4O44A 2VG6A 3LWMA 1NK8A 1I39A 3L2QA 1J5OA 2G8VA 4KB0A 5D3GA 3F73A 1QSLA 4Z4HA 4HUEA 4DSLA 5FRMA 1U04A 3C6TA 4E1NA 4DTUA 3MEDA 4OPJA 1ZBLA 1DTQA 2VG7A 3OS2A 3AO5A 4DTMA 1JLGA 2HNZA 4FLWA 1L3TA 4N47A 3TI0A 4GW6A 1TK0A 4DU4A 3NF9A 4CF0A 3KK2A 1WSFA 1REVA 4G1QA 4MFBA 3K57A 3ZSOA 4KREA 1N5YA 2PYJA 1IH7A 4N56A 3VQDA 1HQUA 4FJLA 4CEAA 4E7HA 2P1JA 2YHBA 1S1VA 1ZYQA 3RTVA 3V9ZA 4DQQA 4DS4A 1QTMA 4DSJA 4E89A 1RT4A 3HT3A 3HO1A 1B9FA 3S9HA 1T03A 1FKOA 4KHQA 4I7FA 1LWFA 3QERA 1S1TA 3L3VA 4C8LA 1BI4B 4CHQA 1T7PA 4CJRA 4F2RA 4CFAA 3LP1A 4Z4CA 3ZSRA 4OVLA 4B08A 2PY5A 4DSFA 3HJFA 1HYZA 4YNQA 3B6OA 2IDOA 4B9TA 4FJ8A 1R0AA 4KI4A 5C24A 2RF2A 2F8SA 2HHTA 1ITGA 4KFBA 1LAWA 4OKEA 4M3YA 1SKSA 1WNSA 3ISNC 3T1AA 3OYIA 5J1EA 2A1RA 4Z4GA 3VQ5A 3ULDA 1XHXA 4CIEA 1RDDA 3HPHA 3KLFA 3HM9A 4JS4A 3SV4A 3SPYA 1TK8A 1L5UA 4H8KA 1S9GA 3IRXA 3ZT1A 1YTUA 2X6SA 3AVMA 4HVJA 3RR7A 1BCOA 3AO2A 2HB5A 4DFKA 3HP9A 2F8TA 3RRHA 4KRFA 1Y97A 5DMRA 2KQ2A 1LWEA 1VSFA 1SUQA 1IO2A 3KD5E 4FM1A 3SUQA 2HHQA 4CFBA 3JYTA 1JLCA 3S3MA 1SV5A 1NOYA 1FKPA 2OA8A 3BDPA 3MXJA 3HXMA 4CEQA 4E7JA 4B9VA 3TAMA 2E4LA 1RDBA 2Y1JA 2OPSA 4AHTA 4FZZA 4E7KA 1LWCA 4B9UA 2HHXA 4YFUA 4CK1A 1WSHA 2G8WA 3DOKA 4CJ4A 2RN2A 1XHZA 3SPZA 4KHWA 1TGOA 5FROA 4HUFA 1I3AA 1TKXA 3RMBA 4TSXA 3KK3A 3SQ2A 1VRUA 3L8BA 4I9LA 4CJ3A 4DFPA 1A5VA 1VSLA 3QEWA 1JXEA 1WSJA 1CLQA 4N5SA 3CM5A 3QEIA 2RPIA 3VQPA 3WNGA 4BDYA 3MEEA 4E7IA 1KVBA 5CZ1A 4B9LA 4FJGA 4DSIA 2KZZA 3L2UA 2IOCA 4MQ3A 1X1PA 3DLBA 3OJSA 1SKWA 4QCLA 3VQAA 5HRRA 3AVKA 3VQ4A 3VQ6A 2OYQA 3VN5A 1BCMA 1SL1A 1KFDA 2PZSA 3U3GA 4M45A 1C0MA 2YKMA 4OGEA 2D0CA 1QS4A 5KRSA 1B92A 4DFMA 2NUBA 3VQEA 3V9UA 2ZE2A 3QEXA 1MU2A 3HVTA 1NKCA 4Z4IA 4H4OA 1D8YA 1WLJA 1UWBA 3AV9A 4BDZA 3VQCA 2EX3A 4Z0UA 1EKEA 1VSEA 3V9SA 2Y1IA 4M41A 4CIGA 2RKIA 4QAGA 4QOZB 1JXBA 3LPTA 1C1AA 2Z1GA 4C8OA 5CY4A 2XY7A 3WNEA 4FJIA 1KVCA 5JS2A 1J53A 4O5BA 2EHGA 3LAMA 3LANA 1FK9A 3NH0A 2PYLA 2DTUA 1NK9A 3DOLA 3QIOA 4FM0A 3TANA 1LW0A 1Q8IA 5KI6A 3T19A 2OZMA 4KAZA 1A5WA 2HHVA 4AHSA 4CJLA 3BGRA 3K59A 2HVIA 3B6PA 4FLYA 3OYBA 2FBTA 1RT5A 2YKNA 3O4QA 3T3FA 5KGWA 3AVJA 3OYJA 1WSIA 2OZSA 4DFJA 3OYMA 3KLIA 1HMVA 3AVGA 4DG1A 3OYDA 4ELVA 4KTQA 3KKSA 4KI6A 3EYZA 3DLGA 4KKOA 4N41A 3RRGA 3TR8A 4BE1A 3AVFA 1KTQA 3HSTB 3MXIA 3ASMA 1LW2A 4CF1A 5KTQA 4Z4FA 2KTQA 3KJVA 1S1UA 3QO9A 4IFVA 4AHRA 3I8DA 4Z4EA 3O4NA 2HNDA 3RMAA 3DLEA 1QSSA 4CGGA 2HVHA 4LD0A 4FJMA 2GUIA 3LP2A 4CGJA 4J2BA 3OYHA 5KGXA 3QEPA 4ZTJA 3OYEA 4Q0BA 1GOAA 3K5OA 2W42A 1X9WA 2VWJA 3I0SA 2G8IA 1TKTA 2ATQA 3SUPA 1SKRA 1VSMA 4O55A 3DRSA 3UIQA 4M3TA 1VK0A 2XHBA 1U48A 4DSKA 1TL1A 3OY9A 2Z1IA 1JKHA 5HBMA 4CJEA 4FCYA 2XY8A 4N76A 3NGZA 2B6AA 1IKYA 1CZBA 1IKXA 1J9AA 4WE1A 3NDKA 1U49A 4E1MA 1L3VA 3IG1A 3CYMA 5I3UA 4PUOA 3S3OA 2IAJA 4IG3A 4CEOA 4UQGA 1BGXT 2G8FA 1BHLA 1VSDA 2XRIA 4M3XA 4FJNA 4DQRA 4EZ6A 1YVUA 1NJYA 4CCHA 1NOZA 3ZT2A 4FVMA 3SUNA 5I42A 2X74A 3IS9A 1ZBUA 1Q9XA 3TABA 3SZ2A 1U47A 2O4IA 1XC9A 4CHPA 1NK5A 3LP3A 4FYDA 3K2PA 3O3FA 1CXQA 1RBSA 3AA5X 4CGFA 2D0BA 3K5NA 5HLFA 3TAQA 2JGUA 1S5JA 3SQ1A 1EETA 3ZSVA 2DFHA 3OYKA 4NCAA 4LSNA 1TKDA 4OLBA 2HHUA 1XI1A 1KLMA 4OKJA 3VQBA 3HP6A 4CE9A 4DS5A 3VA0A 5J2NA 1J54A 2Z1HA 2BGGA 4HTUA 3MECA 4FW2A 1HYVA 2GBZA 3ZT0A 4M3RA 1RBRA 1ASVA 2KW4A 4AHCA 4IDKA 5KRTA 4BE0A 1L3UA 5SZTA 3G10A 4BACA 1JLFA 3NH1A 2E6MA 3KLGA 2O4GA 3QESA 1T8EA 4W5NA 1NJWA 4DQSA 5C25A 4B8AB 4DTRA 1HPZA 3WNHA 3TAGA 1WSEA 4GVMA 1D9FA 4H4MA 5FRNA 5CYMA 4F3TA 3SJJA 4CIFA 1DTTA 2VG5A 1RTDA 4KPYA 3RWUA 3DLKA 2KFNA 3MXMA 3AO4A 4Y1CA 1XWLA 1KCFA 4FLXA 4ID1A 1SL2A 1KFSA 1LAVA 1YTAA 4BE2A 5EU7A 1LV5A 1QQCA 1W9HA 2Q3SA 3H08A 2D5RA 1BIZA 4E19A 4B9SA 4BWMA 4CF2A 3M8QA 4E7LA 2XY6A 2F96A 3QEVA 3G0ZA 2HMIA 4FZYA 4RW8A 5HRPA 3K58A 1JLEA 1BIUA 3LDSA 3K5LA 4I2QA 4M3UA 3V1OA 3V9XA 3NBPA 4DQPA 1X9MA 1GOBA 1HYSA 1C1CA 2D0AA 3OYGA 2IC3A 1NKEA 2E6LA 3KTQA 3DYAA 4EP4A 5CZ2A 3O3GA 1QE1A 1TK5A 2YNFA 3V4IA 4FK4A 3HYFA 1S6PA 4OPKA 1RT1A 3AVNA 2FC0A 4O0JA 1KRPA 3ZCMA 1ZBFA 4O0IA 1KVAA 1U4BA 2G8HA 1RBTA 3THVA 4W5RA 3SQ4A 4K8ZA 3TAEA 3PX0A 4DTXA 3ZSZA 3VQQA 4OLAA 2XY5A 1VRTA 4W5OA 3QIPA 4CJPA 3AO3A 4FLUA 4CK2A 1C1BA 1JL2A 5C42A 3OS1A 5JS1A 3L2VA 2KFZA 4FJ5A 4K8XA 5E41A 3M8SA 4FK0A 3HL8A 4CECA 2ZQBA 3AVHA 2BE2A 3NFAA 4I2PA 1BQMA 4NCGA 4CEEA 3CG7A 4Q5VA 4HHTA 5CYQA 2X6NA 1C0UA 3NH2A 2IS3A 3PX6A 3RMDA 4M3WA 2KZMA 4CEZA 4FLTA 1ASWA 2VWKA 3VQ8A 4KTZA 4PY5A 3WNFA 3CQ8A 4CHOA 4AILC 3SQ0A 2G8KA 1HNIA 1L3SA 2YNHA 3PO4A 3FFIA 4CHYA 1CXUA 1S1WA 1Z25A 2HNYA 2OPQA 4DLEA 4HCCA 2P5OA 2WOMA 3CM6A 3ZT3A 4AHVA 4ELTA 2FBVA 1S9EA 2WONA 3O3HA 4ZTFA 2X78A 4LSLA 4FW1A 2YHAA 1NJXA 3TARA 1D5AA 3PUFA 4JS5A 1RTJA 4CJQA 1S6QA 1G15A 4C8NA 3ZSYA 1VSIA 3LAKA 3NAEA 2LSNA 4CFCA 3OYLA 1FXXA 4ID5A 4DTSA 3ALYA 4AH9A 3KLEA 4KHNA 4M3ZA 1C0TA 4CERA 3LZJA 1QHTA 4CESA 4XIUA 3SNNA 3TAFA 4C8KA 2OPPA 3VA3A 4J2DA 1ZBHA 3ITHA 2JLEA 1TL3A 4CJSA 1NK4A 3I0RA 4FK2A 1WSGA 2OPRA 1Q9YA 4F2SA 3AA4A 1VSKA 3OVNA 4IG0A 4CEBA 4C8MA 3MAQA 3IAYA 1TAQA 3AVAA 3D45A 4CHNA 4CFDA 4KHYA 1JL1A 1ZBIA 1CZ9A 1RDAA 1HRHA 3DI6A 3DRPA 3P5JA 4IFYA 3OYNA 3ZSXA 4JRPA 4RW6A 4EP5A 1SL0A 4CJWA 3L2WA 3RMCA 3ZT4A 1WN7A 3AVBA 3TWHA 2QKBA 4JRQA 5HP1A 3TAPA 2QXFA 1UOCA 2BDPA 4F3OA 3AO1A 3U3YA 4LY7A 4FJXA 5HRSA 4DQIA 4F4KA 1IKVA 1RTIA 3CFOA 1EXQA 4KV8A 4LH4A 2BANA 5SWMA 3V1RA 4CGHA 2QKKA 2A1SA 1HNVA 4RW9A 3PV8A 3NF7A 3S3NA 4CJUA 1KLNA 1VSJA 4DTOA 3NGYA 4FM2A 3KKRA 3OJUA 4IKFA 4W5QA 1S1XA 5J2QA 1TKZA 2HW3A 4KO0A 3HVRA 4M42A 1Z26A 3F9KA 4BWJA 3CFPA 4DU1A 3HPGA 3C94A 2IGIA 3KLHA 3SV3A 4W5TA 3QNOA 3NHGA 1NK6A 1N6QA 4NCBA 3DM2A 4CJFA 4DTPA 3HPOA 1A5XA 3AVIA 1O1WA 3AA2A 4CK3A 1TAUA 1GOCA 4NYNA 5J2PA 1BI4A 4RW4A 4B9NA 1RCHA 1ASUA 4AHUA 3C95A 3KD1E 1HJRA 1VSHA 4DMNA 3C6UA 1WAJA 3VQ7A 5FDLA 3PX4A 3VQ9A 4FXDA 3LALA 4CEFA 1UA1A 4CHZA 3SI6A 2B4JA 2DFFA 1RBUA 2FBYA 4KHSA 3CFRA 4DF8A 1RNHA 1C6VA 2ITGA 2QK9A 4CEDA 4PQUA 2ETJA 1D9DA 3PY8A 4FJHA 1RT6A 2HHWA 3LP0A 1RBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWNA 4CZFA 1YT3A 3ENBA 3SYZA 3OYFA 2P5GA 2DFEA 3D0PA 4WCEL 3NF6A 2GWKA 3OYAA 5HROA 2BH1A 4OPHA 3U6FA 1Z05A 2GELA 3L4IA 4CF8A 4CF9A 3DLHA 3HM8A 4HUGA 2HBKA 4PHTX 4FPBA 1RILA 4BVOA 4MLHA 2Z1JA 5AQQA 4ISGA 4ELUA 3LWLA 3QETA 4CGDA 2FF6A 4KTWA 3TSPA 3A2FA 3V9WA 2XO7A 4OJRA 1RTHA 1NK0A 1RFQA 5J2MA 2ZJPL 3ULEA 5AFUH 2I5JA 5C2DA 1K6YA 3O9RA 3EY1A 4OKKA 2Q97A 4WQ4A 1RDCA 2GV9A 4CJ5A 5CHIA 3V81A 1KD1O 1KXPA 3L3UA 4PA1A 1VQLN 2E88A 1TYQA 5HRNA 4IOXA 4DTJA 3CHWA 4KHUA 3QBXA 5T7BA 2VG6A 1NK8A 2G8VA 4YOYA 4GNIA 4Z4HA 1GLFO 1U04A 4E1NA 4GV9A 1ATSA 1QZ6A 1ZBLA 2VG7A 3P38A 3O80A 5AR0A 1ZC6A 4N47A 4GW6A 1Q18A 4CF0A 3KK2A 3A5NC 2QEXN 5MLCQ 3ZSOA 4C1NI 4KREA 2PBDA 2P9IA 4FJLA 3H3OB 2UU9K 2P1JA 3VF4A 1QTMA 3RTVA 3ZLJA 4JK8A 2GTDA 1B9FA 1T03A 4KHQA 2E1ZA 5AQRA 4K41A 3QERA 4C8LA 4CHQA 3LP1A 4OVLA 5BPNA 3T1HK 3A5MC 3HJFA 4BR4A 4YNQA 3OTOK 1S72N 4JHDA 2HHTA 4KFBA 4OKEA 3VTIA 2O8FB 3OYIA 2A1RA 3KLFA 3HPHA 3HM9A 4JS4A 3SPYA 3AGKA 1TUYA 3UKUA 2CH6A 1YTUA 3IDHA 4DFKA 4KRFA 1Y97A 2KQ2A 1LWEA 3VF2A 1Q86O 3KK7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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