4CFBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfbA00
5KRTA 2BDPA 1JLFA 1S9GA 4W5QA 1NJWA 4Q0BA 2E6LA 4CK3A 3SUNA 2AJQA 3DLBA 3EYZA 4FM1A 1NK5A 2PZSA 5HRNA 3PX0A 3SCXA 1VSJA 5C24A 3OYKA 4FZYA 3DM2A 4DF4A 4OKKA 2IOCA 2O4GA 4B9UA 3K5OA 1JXEA 4CGFA 4CJFA 2HVHA 2D0AA 2OPSA 3TI0A 1U45A 1BISA 1KVAA 4JRPA 3HSTB 1FK9A 3VQ6A 4RW7A 4E1MA 4OKJA 4CJLA 3U6FA 3AVBA 4FLXA 2HMIA 3PY8A 1NK9A 3M8PA 2DFFA 4CEBA 1HYZA 3RTVA 2BE2A 5J2PA 1WSEA 3VQ8A 1Q9YA 3VQ9A 3SUQA 4F3TA 3V9UA 4DU3A 4K8ZA 4GMJB 3TR8A 3HVRA 4Z4EA 3SPZA 1ZBHA 5CYQA 1RTIA 3P1GA 3HXMA 3MXJA 1C6VA 3O4NA 3LP2A 4QCLA 1T05A 4AILC 3SUPA 1HRHA 2ZD1A 3M8RA 4NCBA 4Z4FA 1HQUA 4OLBA 4CIEA 4CJ4A 3S3NA 4DSEA 1CXUA 4OPJA 4F4KA 1NK8A 3G10A 2HHXA 2Y1IA 3TARA 4C8KA 4FW2A 5KRSA 4BDYA 1CZ9A 1JL1A 1ZBLA 2ETJA 1Q9XA 1VSIA 1KFSA 4RW6A 4FVMA 2G8IA 3CFRA 4DFKA 3ASMA 3TAMA 3QNNA 2WONA 1QTMA 4IG3A 1Z25A 1KLMA 4KKOA 3K59A 3AVNA 3SQ1A 5I3UA 1XI1A 3S9HA 3V1RA 3OYAA 4KPYA 3ALYA 4BWJA 4DG1A 3HL8A 1LWCA 5HROA 2YKMA 2PYLA 1WLJA 1C0UA 1TKTA 4CFDA 4KI6A 1L5UA 4C8MA 3DOKA 3CYMA 3ZT2A 1UA0A 1TAUA 1S6QA 3LDSA 4KHNA 1YTAA 3C6TA 1IH7A 4IFVA 4OGCA 2G8VA 1WSJA 1YVUA 2YHBA 4CJUA 4FJNA 4KTWA 1UA1A 2VG5A 1A5XA 1TAQA 4FJHA 1X9SA 2VWKA 1UOCA 1SKRA 4O0IA 3HP6A 4RW9A 1ZBIA 1RBRA 3QEIA 3EZ5A 4FJ8A 4LD0A 1YT3A 4NCAA 4CGDA 3HP9A 4Y1CA 4AHSA 3OYHA 4DU4A 3DLEA 1S6PA 1A5WA 4HCBA 1VSKA 1BIZA 4M3TA 4AHRA 3NH1A 4AHVA 2ZQBA 4DTUA 3MAQA 4KI4A 3AVGA 4DS4A 3LPUA 3VQCA 1TKZA 4BE2A 3TAEA 1L3TA 1CLQA 1NKEA 2XY5A 2OZSA 1WSIA 4LSLA 4AHCA 2KW4A 3E01A 4Z4IA 3KD5E 1JXBA 3K5LA 4FJXA 4M42A 3PO4A 1HMVA 3OS0A 1BCOA 4QAGA 3D0PA 3VA0A 1SV5A 3OS1A 4Z4GA 3KTQA 4B3OA 3HPHA 3JYTA 1B92A 4OKEA 4M3XA 3DI6A 4ZTJA 1S9EA 3TAGA 1JLBA 2ATQA 1BQNA 2HNYA 2YNFA 2YNGA 1EX4A 3B6OA 4RW8A 3NGZA 3I8DA 3ZSQA 3HK2A 4ELUA 1LAWA 3T1AA 1RT4A 2XO7A 1Y97A 4CEOA 4B9NA 2E4LA 1QE1A 4CJ5A 3PUFA 3V81A 3AVIA 2G8WA 4C8OA 4F2SA 2DTUA 3OJSA 3KK2A 4FM2A 4LSNA 1B9DA 3L2WA 4BE1A 5J2NA 4FJJA 4CK2A 1NKCA 3OYNA 5HRPA 4M41A 3SJJA 3KK3A 3PX4A 2RPIA 4J2AA 3RR7A 3TWHA 2XY7A 3O3GA 3AVMA 4BDZA 4F2RA 2P5OA 4DTRA 3C6UA 3ZSOA 4J2BA 3V9SA 4ZTFA 3OYFA 3VQEA 2IAJA 4JRQA 1C0MA 3T3FA 4DFMA 4DQSA 2QKBA 1BI4B 3NCIA 3SZ2A 2DY4A 3LPTA 3IRXA 3KJVA 1C1AA 4B9MA 4FJ7A 3SYZA 4Z4HA 4BACA 1T8EA 3SUOA 5KGWA 4BE0A 4JS5A 3NGIA 3AO1A 1IKWA 5JS1A 1Q8IA 3MEDA 4JS4A 4JLHA 1JLAA 3VQPA 2HHUA 1SKWA 4H4MA 3S3MA 1QSLA 4AHTA 1WAJA 3LZIA 1NJXA 2BANA 4I2PA 5J1EA 1WSHA 1MU2A 3CQ8A 2Z1JA 4CIFA 5EU7A 3CFPA 3KIOA 4KB1A 3NF6A 5SWMA 4E7LA 4DTOA 4PUOA 1KFDA 4CERA 2YHAA 3TAFA 1ASWA 3MEGA 3WNFA 2PY5A 1TK5A 1HNIA 4M3RA 4CFCA 3NF8A 2IS3A 1NJZA 4DSIA 4M3UA 3V9ZA 4CJPA 1WNSA 2X6SA 1X1PA 2HNDA 3JSMA 2IGIA 2VG6A 3FFIA 3G0ZA 1RCHA 3L8BA 3LZJA 2B6AA 4CGJA 2FC0A 5T7BA 1L3SA 4CJWA 1ZBUA 4B9LA 4CK1A 2A1RA 3K57A 4CECA 3RRHA 2BGGA 4TSXA 4AHUA 4CEFA 2HW3A 1DTQA 3DLGA 3SV4A 1N6QA 5CYMA 2B5JA 4FLTA 5FRNA 1KTQA 1RBTA 2ZE2A 4CIGA 3V4IA 1I3AA 2IDOA 2Z1HA 3VQ4A 3OYGA 5FDLA 2OA8A 1WSGA 1TKXA 2A1SA 2OPRA 4CJEA 3L2RA 1IKVA 1RTDA 4BDPA 3KLEA 2HHWA 1RT1A 4DQRA 3MXIA 3DYAA 1ZBFA 4HUFA 1X9MA 3HT3A 2VG7A 1EP4A 3F9KA 1NK4A 1VSMA 3DLKA 3LANA 3OYLA 1RBVA 4KAZA 1WN7A 1HNVA 1J54A 5CZ1A 3MXMA 3RMBA 4B8CA 3SQ4A 3AA3A 3KK1A 1B9FA 3HJFA 3TAQA 1LW2A 1RILA 2X78A 1SL2A 4KTQA 3ZCMA 2GUIA 3TANA 1JLGA 2D5RA 4CJQA 4B9SA 3LP0A 1BIUA 4I2QA 4FK4A 1KSPA 4ELTA 2RF2A 4I9LA 4CHNA 1U48A 1QSYA 3WNEA 4HUGA 1LAVA 1IO2A 2FBTA 4LY7A 3UIQA 4CCHA 2YKNA 4N56A 5KTQA 2WOMA 2I5JA 1JLQA 5FRMA 1IKYA 5HBMA 2OYQA 4FJLA 1CXQA 1VRTA 4FK0A 1TV6A 1NJYA 2HNZA 3THVA 4E1NA 1J5OA 1W0HA 1RDAA 2EX3A 2DFEA 1S1XA 1D5AA 3P5JA 4FW1A 3F73A 1NK0A 1JLEA 2KTQA 2P1JA 1HPZA 3WNGA 3S3OA 4ID1A 3QO9A 1ITGA 4O44A 3ZSYA 4O5BA 3QEXA 4EZ9A 4FZXC 4FZZA 3OYJA 3KLGA 4DTSA 1XC9A 1D8YA 3NGYA 3AA2A 1RTHA 4G1QA 3DRRA 1VRUA 1D9DA 4CHOA 4ID5A 2R7YA 1NK7A 4M3ZA 1F21A 1TL3A 4HVJA 4R5PA 5J2QA 4DLEA 2GBZA 4M3WA 4PQUA 4KRFA 1LV5A 1VK0A 4O55A 3PV8A 1BL3A 1K6YA 2XY8A 3VQBA 5C25A 4WE1A 3OYDA 5K14A 3LWLA 4HHTA 4HUEA 2EHGA 2FBXA 3V6DA 4KO0A 3VQ7A 3RWUA 4FK2A 1QS4A 5CY4A 3RMCA 1J9AA 2VWJA 2O4IA 2QXFA 1G15A 3VN5A 4N41A 4CEEA 3LAKA 2F8TA 1SUQA 4KB0A 1U49A 1TK0A 1BI4A 5I42A 2JGUA 4CESA 4QOZB 4UQGA 4FJIA 3RMDA 4DQIA 3A2FA 4HCCA 3AVAA 3DMJA 5DK5A 4NYNA 4DQPA 1NKBA 2G8UA 2XRIA 4DTJA 3OYIA 2YV0X 4ELVA 4CEQA 3HVTA 4M45A 3QINA 2D0BA 1VSEA 5HRSA 3NH0A 4E7KA 1IG9A 3RR8A 4E7HA 4AH9A 1HQEA 1EXQA 2ITGA 4YNQA 4FXDA 1BQMA 3LALA 4N5SA 4E7IA 3ZSZA 1HYSA 3AVCA 1TVRA 3LAMA 3BDPA 2OPPA 3OS2A 1C1BA 3I0RA 4FJ9A 5KGXA 1C0TA 4OVLA 3LWMA 3KLHA 4DTXA 3QEVA 2F96A 3ZSXA 1Z26A 1T7PA 3O3HA 1U47A 1GOBA 1CZBA 4W5TA 1REVA 4CE9A 1TL1A 3VQ5A 3QIPA 4FCYA 4KFBA 4LH4A 3DOLA 4DTNA 3SQ0A 3NE6A 3QEPA 3OYBA 4B9VA 3AVFA 2P51A 1KVBA 4CJKA 1SKSA 4PA1A 1UAXA 3HYFA 1O1WA 4XIUA 4J2EA 4M3YA 4W5NA 4BWMA 2DFHA 1TK8A 4DSKA 3SV3A 3QIOA 4LH5A 3M8SA 1GOCA 4E7JA 4DQQA 3NF9A 3L3UA 3SNNA 1BGXT 1S1VA 1IKXA 3KLIA 4E0DA 1XHZA 2RKIA 3OYEA 3OJUA 3SQ2A 1QSSA 4CJRA 1A5VA 1L3UA 1RDDA 2FBVA 1R0AA 4Z4CA 1VSHA 3L2UA 3DLRA 4DFPA 3MECA 2PYJA 3NAEA 1JL2A 3NF7A 5FROA 2JLEA 3AO3A 1UWBA 4FLZA 4FLWA 3K58A 2Z1GA 3U3GA 3TABA 1X9WA 3DRPA 2P5GA 4FLVA 4ZHRA 1LWFA 3CFOA 2YNIA 3L3VA 4N47A 2KZZA 1KCFA 3DLHA 4DSFA 3OYMA 5SZTA 3K5MA 4I7FA 3T19A 1NK6A 1RT5A 4ICLA 4KV8A 4FLYA 3AA5X 2HB5A 4RG8A 1LWEA 1QQCA 4CF0A 4KREA 4O4GA 4L8RB 2X6NA 3U3YA 1RT7A 3AVLA 3V1QA 3EY1A 2OPQA 5HLFA 2Y1JA 3NH2A 1ZYQA 1BCMA 4E89A 4J2DA 4OLAA 3IAYA 1ASUA 2W42A 1DTTA 3IS9A 3WNHA 1RT6A 2XHBA 3LP1A 4KTZA 3B6PA 4C8LA 5HP1A 3ZT1A 5DMRA 3QETA 1W9HA 4O0JA 4DWIA 1KLNA 5JS2A 4Y1DA 4NCGA 4FJGA 3HO1A 4CGHA 3MEEA 5CZ2A 4DLGA 4OJRA 2YNHA 2G8FA 3AVKA 3QNOA 1VSLA 1LW0A 3VQAA 3HPOA 1FKOA 4H4OA 2IC3A 2G8KA 1RNHA 3NHGA 1RDCA 2OZMA 3VQDA 4KHSA 1EETA 4CGGA 3O4QA 3ZT4A 2F8SA 4DU1A 2G8HA 2HHQA 3CM5A 4OPKA 3NDKA 3L2QA 4DFJA 4MFBA 3ISNC 3HPGA 3AO4A 1NOYA 4KHWA 1NOZA 3ZSRA 3ZSWA 3ULDA 3M8QA 1BHLA 4CJVA 3ITHA 1EKEA 3V1OA 5HRRA 4W5RA 4FYDA 1RT2A 3AO5A 4CHZA 3AV9A 4CHPA 4F8RA 3CM6A 4DMNA 4KHUA 2KQ2A 1FKPA 4DTPA 4EP5A 1SL1A 4IFYA 4E3SA 1DLOA 5J2MA 1S1TA 4IDKA 4FJ5A 3AA4A 3K5NA 3NFAA 4CHYA 3SI6A 1HYVA 1S1UA 4DSLA 3O3FA 2RN2A 1XWLA 4IG0A 3NBPA 1JKHA 4IBNA 4K8XA 4B8AB 4Z0UA 3KKSA 2FBYA 3K2PA 4CGIA 1SL0A 1TKDA 4CJSA 4F3OA 1XHXA 4KHQA 3I0SA 2KFZA 2XY6A 5D3GA 3IG1A 4Q5VA 1TGOA 3AVHA 4CJTA 3KLFA 4FJKA 1FXXA 1HJRA 1RBSA 4CF8A 3V9WA 2QKKA 3QERA 3KD1E 1D9FA 4CF2A 4CEZA 3L2VA 4CF9A 4W5OA 1RTJA 3QLHA 3DRSA 5E41A 3D45A 4EZ6A 3V9XA 3RRGA 4NYFA 1VSFA 3ZT0A 4HTUA 1KRPA 1J53A 4CEDA 3RMAA 3PX6A 2HHSA 1VSDA 3KKRA 4DF8A 4PY5A 3C94A 4CJ3A 4EP4A 1L3VA 4RW4A 2LSNA 3P83D 1S5JA 4GW6A 4FLUA 2Q3SA 1RT3A 3VA3A 1QHTA 4DS5A 1T03A 2HVIA 2E6MA 4OGEA 1WSFA 1YTUA 2KFNA 3QEWA 4FJMA 1RDBA 4B9TA 1RBUA 3CG7A 3OY9A 2D0CA 3QESA 2KZMA 4E19A 3LP3A 2X74A 4H8KA 4CEAA 1GOAA 2NUBA 1I39A 3C95A 3VQQA 3OVNA 3ZT3A 1N5YA 1U04A 4PWDA 3H08A 1JLCA 1WAFA 4MQ3A 1KVCA 3SPYA 4N76A 2Z1IA 3OYCA 4CFAA 3AO2A 5C42A 3TAPA 2QK9A 4IKFA 1C1CA 5KI6A 4YFUA 2B4JA 4GVMA 4I9QA 1U4BA 2HHTA 1S1WA 4CHQA 4FM0A 4CF1A 3BGRA 3AVJA 4DSJA 4KHYA 4C8NA 2GV9A 4B08A 4CFBA 3HM9A 3ZSVA 3PO5A 4DTMA 2HHVA 1ASVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KRTA 4K43A 4X65K 1S9GA 1NJWA 4Q0BA 2E6LA 4CK3A 1NK5A 2PZSA 1VQNN 4X64K 5C24A 4FZYA 4DF4A 4JKAA 2HHHK 3HSTB 4OKJA 3D7EO 4BGAA 1C0FA 2ZM6K 4CEBA 1WSEA 3VQ9A 4BR7A 1CZAN 4DU3A 4K8ZA 1K73O 3SPZA 3O4NA 4QCLA 3SUPA 3M8RA 1N34K 3T69A 2V7YA 2O8BB 4CJ4A 4F4KA 4YHHK 4BDYA 4BRKA 2ETJA 3IDHA 3A8YA 1QVFM 4DFKA 3H46O 3TAMA 3THWA 1EWQA 1QTMA 1Z25A 4OPAA 4GV9A 3S9HA 3CJCA 4BWJA 4DG1A 2IVNA 3HL8A 4H0VB 1LWCA 4CFDA 3CYMA 3ZT2A 3LDSA 1YTAA 4IFVA 2G8VA 2V51B 2YHBA 3SMSA 4FJNA 5AZIB 4KTWA 2VG5A 1X9SA 3MWPA 3HP6A 3QEIA 4CGDA 4Y1CA 3OYHA 1A5WA 4JK8A 3E9LA 5GAEP 4IOAL 4CBUA 3EEQA 2WC9A 1K8KB 3KHYA 1L3TA 2QWLA 2XY5A 1WSIA 3KD5E 4FJXA 3PO4A 1OH5A 4BR5A 5KQ8A 3OS0A 3N4QA 3KTQA 3C6HA 3HPHA 4OKEA 4ZTJA 3OW2M 3TAGA 5ADXH 3MX5A 2YNGA 3NGZA 3ZSQA 4ELUA 1LAWA 3DXKA 4PKIA 4B1UB 3L0QA 1QE1A 4OPHA 3PUFA 3J81O 2DTUA 3KK2A 3R8EA 4BE1A 5J2NA 1NKCA 4MDBA 4J2AA 3KK3A 3PX4A 3RR7A 2XY7A 3O3GA 4F2RA 3SJHA 3C6UA 4J2BA 3OYFA 4JRQA 3ZETA 4ISGA 1NGEA 3NCIA 3H3NO 3IRXA 3KJVA 3GOIA 3K9KA 1RGIA 3SYZA 4BACA 4JYAK 4JV5K 4AHTA 2BANA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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