3G4SN

Co-crystal structure of tiamulin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 33
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g4sN00
3CCUN 3G71N 1KQSM 5GAHP 3CF5L 3CXCM 3CD6N 1K73O 1VQ6N 5GAGP 2ZJPL 3CCSN 3G4SN 3OW2M 1ILYA 1YITN 5JVGL 4UY8O 3CMEN 1VQMN 1OVYA 4IOAL 3CCLN 1QVFM 3CCVN 4IO9L 3CPWM 5GAEP 1VQ7N 2OTJN 3CCMN 3PIPL 1K9MO 1M90O 1YI2N 1QVGM 4U67L 1NJIO 1KD1O 3I55N 1S72N 4WFAL 1YHQN 1YJNN 5GADP 1YIJN 1VQNN 1W2BM 4WFBL 5H1SQ 3CC4N 5DM7L 3CCJN 5MLCQ 1JJ2M 5DM6L 2QEXN 1Q81O 2ZJQL 1KC8O 1VQLN 3G6EN 1YJ9N 5JVHL 1YJWN 3CC7N 1M1KO 1Q7YO 3I56N 1N8RO 3CCEN 1K8AO 3DLLL 4IOCL 3CCQN 1Q86O 1VQPN 4WFNL 3CC2N 3PIOL 1Q82O 1VQ4N 3CMAN 2ZJRL 1VQON 1VQKN 1VQ5N 3J7ZO 5HL7L 1VQ8N 2OTLN 2QA4N 4WCEL 4WF9L 1VQ9N 3CCRN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H3GX 1Z26A 4XEIA 2QWMA 3WXJA 1KQSM 2FSNA 1K73O 3C6AA 1IG9A 4PQUA 2O8CA 2BDPA 1GOCA 5KGWA 4FWNA 1K8KA 5BR8K 1NKEA 4G9ZA 3OYGA 4CIGA 3CHWA 3G4SN 3RMAA 1RBUA 1IBKK 4DFPA 1RTHA 4FSVA 1RILA 3C7NB 3OVNA 4H0TB 5AQPA 1U4BA 4CGJA 3S3OA 1S1UA 2QM1A 3CCVN 2HVIA 1WLJA 3UIQA 1NJZA 2HVHA 1JCEA 3NH0A 4Z4IA 3SV3A 5JS1A 1IV0A 1T6CA 1EWRA 2W41A 1X1PA 4CK3A 3ZX2A 3HL8A 1YIJN 2P51A 3BUZB 3KZBA 1W2BM 3QIOA 3K59A 1KCFA 1YF5L 5M1OA 4HUGA 4WFBL 3F9MA 3HK2A 4V19S 5AFUA 1BHLA 3WQUA 4A2BA 2YKMA 5DM6L 4OKEA 3RRGA 2O8FA 3CM6A 4CZHA 4NXMK 4FWLA 4NCBA 3DXKB 3N4PA 2ZJQL 3NFAA 3AVFA 4AF1A 5CHIA 2YKNA 3O9RA 3L3UA 2E20A 3G6EN 3V9XA 5C0YA 3PLAA 4OO1J 2P9LA 3DLBA 1WAFA 4B9TA 1MU2A 2IAJA 4C8KA 2B5JA 4L8RB 2IC3A 3AVBA 2QWLA 4RTFD 1NOYA 1Y64A 1EX4A 1VSEA 3DOKA 4BR7A 4CEAA 3SV4A 4DV7K 3OA9A 1VSLA 1OH7A 4BQZA 4Z4EA 3C95A 4CEDA 1XI1A 4RW4A 2KKZA 2OPSA 2YJEA 4LC9B 1RDUA 4B08A 1NJXA 1T8EA 3O9SA 4JKGA 5C10A 2B6AA 1QHTA 1MWMA 2HNZA 4ID5A 3CCUN 3VERA 3ZEUA 5HROA 4DTMA 4BRKA 4DLEA 3BY5A 3TWHA 3OYBA 4FK4A 1DEJA 2HW3A 3HP6A 3QDKA 5GAGP 4CZJA 2D0AA 1VSHA 4B1VA 3QNNA 2FF3B 3QEWA 2Q2RA 3V9ZA 2F9WA 1IH7A 2EHGA 4IDHA 3NVKA 4O4GA 4YOXA 1T05A 1HR0K 2DY4A 3HM8A 2RE2A 4I2QA 4B8AB 5TKYA 1JL1A 2NLXA 1LAVA 2PFUA 4GVEA 1IJJA 2F8SA 3ZT4A 4DUZK 4QOZB 1E4GT 2HHSA 1QVGM 1D9DA 1EKEA 4OPKA 5KRSA 1BUPA 5BR9A 3MWTA 2V52B 4B3SK 1LWFA 2Z1IA 3B6OA 3KKRA 4JI3K 2VCPA 3UKRA 5AZJB 3VQ9A 1C0TA 1RFQA 3KK7A 2IIRA 1YTAA 3SZ2A 3E1YA 1NLVA 1DTQA 5LL6Z 1ATSA 3NGYA 1DT9A 3KK1A 4BRHA 3NH2A 4HUEA 2YNHA 2YHAA 4DU4A 4CJEA 5AQUA 4C1NK 3EE9A 3P83D 4IZ9A 4FPBA 3CCEN 3SQ0A 4DCHA 4DTNA 3H6EA 5SWMA 4ELVA 1HNXK 4ICLA 1S1TA 2ZF5O 4CZKA 3IFRA 3LDQA 3FR0A 1FKOA 3A0IX 5AQTA 3LWMA 3D2FA 3ZLJA 4Z4GA 3R9PA 3C0BA 4DQRA 5F0XA 1GLAG 2HOEA 3AO5A 1ZBSA 4JKHA 1WAJA 3SNNA 3MX2A 4TSXA 4DR5K 2D5RA 2LSNA 3CM5A 2EX3A 2E1YA 3LDLA 4IJAA 5J1EA 5FPMA 1NOZA 1D8YA 1FJGK 4XH4A 4Z94A 5AQJA 4FJHA 1A5WA 3G0ZA 2VWKA 1S3XA 3WQTA 1UA0A 1QQOA 4OPHA 4PY5A 2ASPA 4DKWA 3AY9A 4B9SA 3DXKA 3H08A 4PWDA 2WBNA 4CZMA 3QETA 4LFCK 4IJNA 1HNIA 1S1WA 1TV6A 3HM9A 1HPMA 2X74A 4JD2A 1NK8A 3GL1A 3RR7A 4EFHA 1NWKA 5LY3A 4KPYA 4QCLA 1KTQA 1HX1A 5JLHA 4CJQA 3LDNA 1VK0A 4YDUA 3KJVA 1K6YA 3TTFA 1C0UA 3CQ8A 2GWJA 4JS4A 1GLFO 4AH9A 1NGJA 4FPAA 3BZKA 1JCGA 1VSDA 4BRLA 4JHDA 3I0SA 4IEIA 4QS9A 5AJ3K 3OBWA 3HVTA 2V7ZA 4PL8A 3WT0A 4A5AA 1TL1A 2VGMA 4CJUA 1DTTA 5K14A 1BOTO 4MFBA 3V4IA 3ID8A 2ZGZA 4KH6A 3SK3A 4U7BA 5AZIA 1T6DA 4IFEA 4RW8A 3ZT3A 4IO8A 4K42A 3UB5A 1WSIA 4ISEA 1N6QA 1YAGA 5KGXA 2W40A 1UWBA 2YNGA 4OPAA 3TSUA 4W5QA 3UKUB 5BPLA 3CIPA 5HRRA 4DR6K 3DI6A 2NRTA 4R79A 3O9QA 3LDOA 3PSIA 4DQ8A 3ENBA 4C8NA 3VQ6A 3KLGA 2KTQA 4EHUA 3WNHA 4ZTFA 3KLHA 2RPIA 1JLQA 1NK0A 3L4QA 2VQFK 3OS2A 3SMPA 3KIOA 3PUFA 4H5TA 3CFRA 1YTUA 3MK6A 4BACA 4MDAA 4JK7A 4WCEL 1LWCA 2QKBA 2IVOA 1ZYQA 1RT5A 4FJ8A 4B9UA 5AFUH 4BC5A 4M41A 4M3XA 4KREA 3C6TA 3FZFA 3VA3A 1WNSA 3HTVA 4JN4A 4DWIA 3HSCA 4CEEA 3OYJA 3KWIA 4R5PA 4A57A 4NLBA 3OYMA 4NYNA 3GG4A 3TAEA 3DRRA 3CI5A 4RG8A 3LWLA 4I6MA 5AQHA 1NGCA 1A5VA 4JK9A 3NE6A 3MX5A 4PKGA 2GBZA 4FYDA 3AVNA 4DR3K 4CJTA 2GELA 2A6AA 1JL2A 4GY2B 3O4WA 1M90O 1FKPA 1TYQB 1YI2N 2A40A 3DYAA 3HPOA 2UUBK 3T19A 4WFAL 2F4VK 3VEWA 2HHUA 1LV5A 1WSEA 3QEIA 1NBWA 3LANA 1HKCA 2NNWA 4LF8K 3NBPA 3P4IA 1ZC6A 5AQZA 3KK3A 1U45A 4QS8A 4FJNA 2ZGYA 2IGIA 4CHYA 3EKUA 4WQ5A 3LZIA 3VTHA 1GOBA 3R1XA 3WXIA 1KC8O 1S9GA 3KTQA 1KVCA 3ZSVA 4CJ4A 2OZMA 3C6HA 4XIUA 5FROA 1Q7YO 4KRFA 4ILHA 4PL7A 1XQSC 4B1UB 4CEQA 1XMQK 1C1AA 5AQVA 4Z4HA 2VG7A 5GIOA 1CXQA 2V7YA 4ILJA 5KPTA 3LP0A 4CD3A 3MN7A 2QWQA 4DV4K 3QFUA 1Q82O 1X9WA 3I8BA 4BVPA 4DSJA 4FO0A 2NZTA 4CFCA 4YFUA 3HI0A 4FZYA 1VAZA 1TAUA 4DF8A 4JRPA 5M1NA 1S6PA 3CCRN 1CXUA 3Q7BA 2E6MA 2E8AA 4E7KA 3O4NA 1QQMA 1HNWK 1WSJA 3E9PA 4NXNK 4KHSA 4AHVA 1YXQA 3DLEA 2X6NA 3KLIA 2OZSA 3S41A 1J6ZA 5LJWA 3WNEA 4FL9A 1HJOA 1Z05A 3VGLA 3C65A 2W6KA 3E01A 4FZXC 3DMJA 3VETA 4O8KA 3E66A 3O1WA 4K8XA 4OJRA 1U47A 3CFOA 1NGBA 2CGLA 2P9SA 4C8MA 3SQ1A 1RNHA 4CF1A 3K0SA 1Q18A 3V6DA 2KLAA 1VQ7N 3CCMN 1JLCA 3P5JA 3MCAB 3DLHA 5AQFA 4JKFA 3MMVA 3RMBA 4CJKA 1HMVA 1MA9B 4HTLA 1KD1O 3AVAA 3EL2A 2Z1HA 1YJNN 2EWSA 4HUFA 4M3WA 4HCCA 4RCHA 3IDHA 4CJ5A 2GV9A 4W5RA 5B8HA 3BF1A 2G8UA 1LCUA 2JGUA 1XHZA 2ASOA 1NG9A 2A42A 2P9NB 4FLWA 4JLHA 1NU0A 4AQYK 2V51B 2OYQA 2PY5A 5AQXA 4A62A 3TAPA 1J5OA 1RDCA 2VWBA 4DS5A 2DFHA 2KQ2A 3VF4A 4IG0A 3VEZA 5C12A 4UQGA 3V9SA 3OS0A 4X64K 3TAFA 3AGRA 2UYTA 2AA4A 1RT4A 2JWLA 1N32K 2BANA 4JS5A 2D0BA 1BIUA 2O8BB 3BDPA 4E3SA 2ASMA 2Q0UA 4OGEA 1JLBA 4JI2K 4B9LA 1X9JA 3VQDA 4A59A 1TYQA 1ATRA 4MLEA 3SQ2A 3OYLA 3KWGA 1DGKN 2YCHA 4WF9L 3AVLA 3K2PA 4O8UA 3AA4A 1JXEA 2QWRA 4CEFA 2VG6A 1BCOA 3JSMA 3M6GA 1VHXA 3E9LA 4JKCA 3RVCA 4JKAA 5AQIA 3VQAA 5AQKA 2FBTA 5AQSA 1N34K 3RSEB 1S9EA 4J2AA 3M8PA 2FBVA 3K9KA 1U2VB 5HRSA 4FJKA 3CCLN 2HF3A 4O5FA 1QVFM 4B9MA 2PBDA 4BG8A 4CJFA 4CJSA 1ESVA 3ZX0A 5FPEA 4G1QA 1LAWA 4U67L 5M1QA 4IBNA 5AQYA 1RT7A 4LF7K 4DSEA 4JKEA 5LJVA 1EP4A 3NH1A 1D5AA 1VQNN 1SV5A 3FZLA 1KRPA 4DUYK 3V9UA 4GMJB 2GTDA 4GW6A 4YOTA 3DLKA 3SPYA 2NRVA 1T44A 1QZ5A 5BPNA 1N5YA 3QERA 3MXMA 3SUQA 1GLJO 5GIPA 1R0AA 3AVMA 4K41A 2Q36A 2F9TA 2P9KB 4DLGA 3KD1E 2G8HA 4E7HA 4CF0A 4YNQA 4C8OA 4FOIA 4B9VA 2XY5A 4FK2A 4BRCA 3ULEA 4E1JA 4DMNA 5CR4A 2WFBA 5KRTA 1NKBA 1W9HA 4LH5A 2O8EB 5IWAK 1TK0A 1RBVA 4BRGA 3FFKB 1ZXOA 3MN9A 4FK0A 3J7ZO 4BRDA 3ISNC 4FM2A 2I5JA 3A5LC 4IXCA 3IRXA 4FJ5A 4PKIA 5BN8A 5LMNK 2FXUA 4DQQA 4BRFA 4DSFA 4MQ3A 3VEXA 1I39A 3DXMB 4BE0A 3QNOA 2QW9A 5ADXH 3AO4A 4PHTX 4XH5A 4KFBA 2AP1A 2HSTA 2GUPA 3VQCA 2A1SA 1HJRA 4FCYA 1YITN 5TKWA 5JVGL 4UY8O 1X3NA 2FF6A 3D6RA 2FLOA 2RKIA 4IDKA 3VEYA 3D2EB 3M8SA 4ID1A 1Q8IA 5GAEP 1NK5A 4FJ7A 2YV0X 4FW1A 3THVA 4BDPA 1Z6RA 3L2RA 4CZLA 3LZJA 4AHUA 4F2SA 3AVCA 4H5RA 3NF8A 3AARA 3WXMB 3VOVA 4CZFA 1KAZA 3L2UA 2OPQA 4NYFA 4CHPA 2AJQA 3C94A 1VSJA 1BG3A 1MWKA 4IEEA 4BR9A 2F7TA 4MLHA 3K5OA 4CJVA 4DV0K 3OYKA 3CQXA 1Y97A 4CGGA 4IG3A 2NUBA 4GV6A 3TABA 2A3ZA 3DLLL 1BGXT 3RSEA 4HTUA 3CCQN 2YJFA 3GOIA 4JI6K 5F2RA 2UXDK 3FZMA 4WQ4A 4WYBA 1TUYA 5LMUK 3THYB 3B8AX 4RW7A 1J53A 3F73A 3CC2N 2P5GA 3U3GA 4DSLA 3CMAN 1UA1A 4CJWA 4BR5A 2HHVA 2P1JA 3EZ5A 3VMFB 1WOQA 4KBOA 4FLZA 1ZBUA 3TAMA 2DFEA 5FPNA 5CZ2A 2E88A 2P9UB 5C15A 4CEBA 1L5UA 3MEEA 2HBLA 3C7NA 3CF5L 3CD6N 3TR8A 4OLBA 2KFNA 1CZ9A 2HB5A 3QINA 1KLMA 1JLFA 1N33K 1JCFA 4M63C 5SZTA 3CCSN 1T7PA 2XRIA 1ILYA 5A2QO 3T3FA 2P9PB 3H3NO 4H0VB 3MXJA 4KV8A 4B1XB 3PX0A 4AHRA 2XO7A 2WONA 4KTWA 4CZIA 3V9WA 2YHYA 1RBSA 3I33A 3ZSWA 4B3OA 2F96A 1QQNA 5DK5A 1SUQA 1U48A 1NMDA 1TUUA 5E41A 1RDBA 4KI6A 4A5BA 3O9UA 4JI7K 2Z1GA 3GE1A 3WEEB 3SAFA 2Q31A 1QSLA 3K57A 4KHYA 4H5NA 3VENA 3P38A 4M3YA 1OKJA 3CJ7A 3ZSZA 3D45A 1JJ2M 2PAVA 1ZBLA 4FJMA 1F21A 4CHOA 1TGOA 3DXMA 2CGKA 1ASWA 4DG1A 1NGIA 2E2NA 1BIZA 4GNIA 4FWRA 4DSIA 1ASVA 1ITGA 1KLNA 4BROA 3CJCA 1EXQA 3SCXA 3H1QA 3ZYYX 3V1QA 4DV1K 4O55A 4H0OA 4BG9A 3LP2A 4CHNA 3OYAA 5J2QA 4ELTA 3AO3A 4O0IA 3L8BA 3HSTB 1SKRA 3THWB 4HCBA 4KHPK 1VQ5N 3MECA 1NK6A 3OYHA 2HHWA 3P1GA 1C0GA 1VRTA 4M7YA 5E84A 3LDSA 1D9FA 1JLEA 2BGGA 2VGNA 4AHTA 5CYQA 1SQKA 3G10A 2Q97A 2Q0RA 3ATUA 1OH8A 4E7LA 5GAHP 1Q9XA 4BWMA 1VQ6N 3NGZA 1H1VA 1RTJA 4PUOA 4DFJA 3HT3A 3THXB 1X3MA 1XUPO 3RTVA 1WSFA 4DV3K 1JLGA 3JXUA 4CEZA 4J2BA 3M5RA 3CQYA 5AZJA 5C42A 4DHYA 1QQCA 5AQOA 4FLXA 2G8KA 4M3UA 3HZ6A 1JLAA 5I3UA 2X6SA 3CPWM 4LF5K 5M1KA 1NGGA 3PIPL 2KFZA 1K9MO 1GLBG 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCU N;  3G71 N;  1KQS M;  5GAH P;  3CF5 L;  3CXC M;  3CD6 N;  1K73 O;  1VQ6 N;  5GAG P;  2ZJP L;  3CCS N;  3G4S N;  3OW2 M;  1ILY A;  1YIT N;  5JVG L;  4UY8 O;  3CME N;  1VQM N;  1OVY A;  4IOA L;  3CCL N;  1QVF M;  3CCV N;  4IO9 L;  3CPW M;  5GAE P;  1VQ7 N;  2OTJ N;  3CCM N;  3PIP L;  1K9M O;  1M90 O;  1YI2 N;  1QVG M;  4U67 L;  1NJI O;  1KD1 O;  3I55 N;  1S72 N;  4WFA L;  1YHQ N;  1YJN N;  5GAD P;  1YIJ N;  1VQN N;  1W2B M;  4WFB L;  5H1S Q;  3CC4 N;  5DM7 L;  3CCJ N;  5MLC Q;  1JJ2 M;  5DM6 L;  2QEX N;  1Q81 O;  2ZJQ L;  1KC8 O;  1VQL N;  3G6E N;  1YJ9 N;  5JVH L;  1YJW N;  3CC7 N;  1M1K O;  1Q7Y O;  3I56 N;  1N8R O;  3CCE N;  1K8A O;  3DLL L;  4IOC L;  3CCQ N;  1Q86 O;  1VQP N;  4WFN L;  3CC2 N;  3PIO L;  1Q82 O;  1VQ4 N;  3CMA N;  2ZJR L;  1VQO N;  1VQK N;  1VQ5 N;  3J7Z O;  5HL7 L;  1VQ8 N;  2OTL N;  2QA4 N;  4WCE L;  4WF9 L;  1VQ9 N;  3CCR N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2H3G X;  1Z26 A;  4XEI A;  2QWM A;  3WXJ A;  1KQS M;  2FSN A;  1K73 O;  3C6A A;  1IG9 A;  4PQU A;  2O8C A;  2BDP A;  1GOC A;  5KGW A;  4FWN A;  1K8K A;  5BR8 K;  1NKE A;  4G9Z A;  3OYG A;  4CIG A;  3CHW A;  3G4S N;  3RMA A;  1RBU A;  1IBK K;  4DFP A;  1RTH A;  4FSV A;  1RIL A;  3C7N B;  3OVN A;  4H0T B;  5AQP A;  1U4B A;  4CGJ A;  3S3O A;  1S1U A;  2QM1 A;  3CCV N;  2HVI A;  1WLJ A;  3UIQ A;  1NJZ A;  2HVH A;  1JCE A;  3NH0 A;  4Z4I A;  3SV3 A;  5JS1 A;  1IV0 A;  1T6C A;  1EWR A;  2W41 A;  1X1P A;  4CK3 A;  3ZX2 A;  3HL8 A;  1YIJ N;  2P51 A;  3BUZ B;  3KZB A;  1W2B M;  3QIO A;  3K59 A;  1KCF A;  1YF5 L;  5M1O A;  4HUG A;  4WFB L;  3F9M A;  3HK2 A;  4V19 S;  5AFU A;  1BHL A;  3WQU A;  4A2B A;  2YKM A;  5DM6 L;  4OKE A;  3RRG A;  2O8F A;  3CM6 A;  4CZH A;  4NXM K;  4FWL A;  4NCB A;  3DXK B;  3N4P A;  2ZJQ L;  3NFA A;  3AVF A;  4AF1 A;  5CHI A;  2YKN A;  3O9R A;  3L3U A;  2E20 A;  3G6E N;  3V9X A;  5C0Y A;  3PLA A;  4OO1 J;  2P9L A;  3DLB A;  1WAF A;  4B9T A;  1MU2 A;  2IAJ A;  4C8K A;  2B5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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