3G4SN

Co-crystal structure of tiamulin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
total genus 33
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g4sN00
1VQ7N 2OTLN 3CCQN 3DLLL 3I56N 1ILYA 5HL7L 1Q81O 1VQ8N 1QVGM 5GADP 3CCSN 3CCRN 1KQSM 3CCVN 1M1KO 1VQMN 1Q82O 3CD6N 1VQKN 1OVYA 3G6EN 3G71N 4WF9L 1YITN 3CC2N 1YIJN 4U67L 1KD1O 4WFNL 1N8RO 1YJ9N 1NJIO 1VQ9N 1VQ6N 1VQLN 1YI2N 1VQ5N 3CPWM 1K8AO 3CF5L 5GAEP 3CCUN 1S72N 3PIOL 3CCMN 4UY8O 1QVFM 1VQNN 3CC7N 1YJWN 2ZJQL 5MLCQ 1VQON 1JJ2M 2ZJRL 5DM7L 5H1SQ 3CXCM 2QEXN 3CCLN 4IOCL 4WCEL 2OTJN 3CMEN 1KC8O 5GAGP 4WFAL 3CC4N 5GAHP 3CMAN 3J7ZO 3CCEN 5DM6L 1Q7YO 1K73O 1VQPN 4IOAL 5JVGL 1YJNN 4WFBL 1Q86O 1W2BM 3I55N 5JVHL 3OW2M 2QA4N 1K9MO 3CCJN 1VQ4N 2ZJPL 3G4SN 1YHQN 4IO9L 3PIPL 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPZA 4BRFA 4FWSA 4CF1A 3CHWA 2VWJA 4Z4EA 5HL7L 3K9JA 3NFAA 5GADP 3ZSOA 4B1YB 3CCRN 3P83D 2OANA 3MCPA 4BC2A 1X9MA 4JK8A 3CD6N 3A5NC 5AR0A 3BZKA 4CEBA 4A5BA 4FW2A 3OA9A 3IKMA 1K8KA 3SV3A 2E2NA 4BWJA 4DS5A 1H1VA 3LP0A 2PAVA 2NZTA 2RPIA 4CD3A 1U45A 4JHDA 3G6EN 3G71N 4G9ZA 2HF4A 4RW4A 5E84A 4I9LA 4U67L 1TVRA 5J2QA 2P9LA 1YJ9N 2UXDK 4LF6K 4H4OA 3SQ1A 4RW8A 1WSGA 4H4MA 3WXLA 3L3UA 3AGKA 2A41A 4RW9A 5I3UA 4FLVA 4H8KA 2OPSA 4B9SA 4CZIA 1ASVA 3QEVA 1HLUA 3FZLA 3IDHA 4JN4A 1YT3A 2IVPA 5CZ2A 1JJ2M 3KK1A 1NK9A 3KLGA 5C42A 3OYAA 4GKJK 4WCEL 1VHXA 4CHZA 4XIUA 3BEXA 3CMEN 3L2UA 2W42A 5BN8A 2G8IA 3O5BA 3PX0A 3NBPA 3QBXA 1BA0A 4M42A 4DV1K 2ITMA 4QS8A 4H0OA 5C2FA 4EAHD 3HVRA 5HP1A 1XWLA 3LP2A 1SQKA 1QZ5A 5BREA 4CJWA 3WXJA 2XY5A 2I5JA 4NYNA 1X9SA 3QLHA 5AQIA 3K5LA 1HPZA 1NGJA 5LJVA 3DMJA 5T7BA 4IZ9A 2E4LA 4RWTA 2QKKA 4YOTA 3PO4A 3MN5A 5E41A 2O8BB 2VQFK 3C7NB 1T6CA 1KRPA 1XNQK 4BROA 3FFKB 2GBZA 1JLGA 2KLAA 4QS7A 4CECA 4O0IA 4B1XB 4GNIA 3O9RA 3CG7A 4AM7A 1S1VA 4IG3A 2EX3A 4E7IA 3KIOA 2V7ZA 3KLEA 5JS2A 3ZYYX 4E3SA 3LAMA 2ZGZA 3SAGA 4WFNL 1J5OA 3O08A 3ZETA 3KWGA 3HJFA 5LL6Z 4CJ3A 4WQ5C 1ZBFA 4ELUA 4CGIA 3PIOL 1RCHA 3CCMN 4YOYA 1QSYA 4UY8O 2D4WA 2ZGYA 5AQJA 4DLGA 4K8ZA 3TSQA 4BRMA 1D9FA 2RN2A 3VEWA 4CK3A 4C1NI 5HRPA 3UKUB 2HHWA 2D5RA 3HM9A 4LH4A 3TAMA 1WLJA 4Q5VA 4FM1A 1L3UA 5AQGA 3WXMB 3O9TA 3E01A 4F9OA 1A5WA 3SBTA 3KLFA 1Z26A 2YHYA 2A1RA 3ZSZA 4GKKK 4DTMA 3KLHA 2P9NB 5M1OA 1WUAA 4Z0UA 4XH4A 4RCHA 2G8FA 3DLEA 2WONA 1VQPN 2QKBA 3EN9A 4N76A 1ZBHA 4DUZK 1RFQA 1HYSA 1IKXA 2G8WA 4FJJA 4PKIA 4M3ZA 4KB0A 4BG9A 4KHWA 1W0HA 3VQDA 4IO9L 3PIPL 2ZD1A 3VA0A 2VWKA 1VQ7N 1JCEA 1S6PA 1BIUA 1JKHA 4DR6K 1IJJA 4E7JA 1LW2A 3CJCA 3Q7BA 4OPHA 3UKUA 1Q81O 2NRWA 4NB4A 3LM2A 4FJNA 3CCSN 3AVBA 2HHXA 1QHAA 3HP6A 3OYGA 4ICLA 4GMJB 1QQCA 3OYNA 1MA9B 3RSEB 4ISEA 3KLIA 1B9DA 4K43A 2P5OA 3WXIA 3MXMA 3SMSA 2D0AA 4F2RA 1RT3A 1G99A 2A6AA 4AQYK 4HHTA 4X64K 5C2DA 5GAEP 1XI1A 1E4GT 5KQDA 2DTUA 2GUIA 3HZ6A 1NK0A 2YHWA 4FWRA 2E88A 5M1PA 3IAYA 1U2VA 5BR8K 4IBNA 2F9TA 2AJQA 3M8QA 3LAKA 2ZJRL 4CVNE 3J81O 1BI4B 1Q18A 3SUOA 3NF6A 4CJ5A 4DQIA 3VESA 1XHZA 3TSPA 4X62K 3M5RA 1J53A 4FW1A 3K5OA 2AP1A 2O8EB 1VRUA 3LWLA 4OJRA 2FLOA 3ATVA 5DMRA 3ENHA 4BACA 3CM6A 4KBOA 3LWMA 5JLFA 4FXDA 3H1VX 3VMFB 1K73O 4XH1A 1QE1A 2HNDA 4IKFA 4ZHRA 1NK6A 4CJKA 1N36K 3PLAA 4JKGB 3OYEA 1UOCA 1BQNA 1S22A 3G10A 2HVIA 3VQ6A 4B1WB 4OKEA 3FZMA 5BPMA 3U8XA 4CZJA 1T8EA 3LDNA 1BOTO 5GIPA 1NGDA 3C0BA 2ASMA 3ID8A 1SKWA 3MX5A 4FJHA 3QESA 4BDYA 1QVGM 3TANA 3O80A 1T03A 1D9DA 3TAQA 2OYQA 3CCVN 5AZJA 3HPOA 4BGBA 1U4BA 3QETA 3M8PA 1SL0A 3TI0A 2CGLA 4B3SK 3V81A 3L8BA 3SV4A 4IFEA 4HCCA 1TK0A 1NBWA 2WTUA 5EX5A 2O8EA 5KRSA 4A2AA 1DTTA 4BRKA 4CJ4A 1J54A 1VSMA 3WT0A 1N33K 4ELVA 3ZSVA 3AVJA 1V4TA 4MFBA 3AGRA 4MQ3A 1U47A 4QCLA 3IRXA 1LW0A 4M3YA 1RBUA 1E3MA 1D4XA 1A5VA 4I6MB 3CCUN 4H5WA 1Y64A 4BC5A 3V9SA 4E7HA 3DRPA 3NH2A 3L2QA 2HBJA 2V7YA 1C0TA 1OVQA 3VF2A 4FJ9A 3U9ZA 4CGJA 1IBMK 1IKWA 2G8HA 1HMVA 2O8FB 3QICA 2QEXN 1JL2A 4BQLA 4DFMA 2VGNA 3CQXA 2PZSA 3KVGA 3WEEB 1A5XA 1QZ6A 3DOLA 5KGWA 1IBLK 5AZIA 4CE9A 2P1JA 1CXUA 1RTDA 1TK8A 2KHOA 3QIPA 2BE2A 5M1KA 3LDPA 3SQ0A 3CFRA 3B8AX 4K8XA 3K58A 3QB0A 4M3WA 4H0VB 4JV5K 1QQNA 4FPAA 3PV8A 4DMNA 4AF1A 3I55N 3FLCO 1VRTA 3MEGA 3J80O 1FXXA 3ATUA 4EP4A 4NLBA 4FJGA 3S3NA 1NGHA 3AVFA 3I33A 1BA1A 3DXMA 3PO5A 1BG3A 3HL8A 2NRZA 3QFUA 3K0SA 4CERA 1KQSM 1VSDA 3AO4A 3O4NA 1C0UA 2NNWA 4IDHA 4B8AB 1TGOA 2WC9A 2GWJA 3WEEA 1IKVA 1S1TA 3R8EA 4FZXC 1VSEA 4O0JA 1YITN 2P9UB 3BP8A 2IVOA 2NRTA 4KTZA 1HR0K 4FL9A 1N8RO 2BANA 4W5RA 4YHHK 4DR1K 1L3TA 3O6WA 5C12A 2IGIA 1IH7A 1NK8A 1X3NA 3B6OA 4PKHA 2OZSA 3V6DA 3THYB 4A62A 4M45A 4IG0A 3VGMA 3THVA 1IKYA 2JGUA 4OKJA 3OYKA 1NOZA 3KD1E 2O8DA 1OKJA 4CGGA 4KHQA 5F0XA 1RBRA 3OYCA 2RF2A 3DLKA 3FFIA 1VQON 1XMOK 4A59A 2ETJA 5DM7L 3SJHA 1OH8A 3CXCM 1FKOA 3CCLN 5IT9O 3QBWA 3DJCA 3AVMA 3N4QA 4DHYA 4KTWA 5AQXA 2IAJA 1EQYA 2X78A 3NVMA 4PL8A 4GVMA 4KH4A 2P9KB 5KPTA 4C8LA 4PHTX 1KAYA 5JICA 1HQUA 3SUQA 1MDUB 4FOIA 3MN7A 3VETA 1ZC6A 1MWMA 5JS1A 1TL3A 5EU7A 4CI6A 3HPHA 4YDUC 4WFBL 2B4JA 2P9SA 3QIOA 5GIOA 5J2PA 1GLBG 4DTSA 1K8KB 3NDKA 3TAEA 5M1NA 1RDCA 4JHDB 4DR4K 4B3TK 3THYA 2NRXA 3P39A 1XNRK 3R9PA 3PX4A 3SAFA 4OLAA 2J4RA 4FVUA 1QS4A 1RT5A 1J9AA 2GWKA 1JLCA 4H0XB 2VCPA 5C0YA 3V1OA 4JLHA 3EKSA 1M1KO 4CJVA 3RMCA 3ULDA 4CEZA 3H3NO 1O13A 1RDUA 3OS2A 1RDWX 3DOKA 3FGUA 3LPTA 4CIEA 2UU9K 5EY4A 4FWNA 2E8AA 3E1YA 3U4LA 2Q0RA 4C8OA 4MLEA 3MK6A 2YKMA 2E1YA 3SBGA 3D45A 3LM9A 5EOYA 1EO1A 3O9QA 5J2NA 1NJIO 3AA5X 2FBTA 2X74A 1VQ5N 2VGMA 4NCBA 5BRHA 3ZT2A 2QWRA 3PX6A 3NE6A 5FRMA 4CF9A 1BISA 5JLHA 3MEDA 4X65K 4Z4HA 3T19A 1SL1A 5C10A 3K59A 4HTUA 2NLXA 3AO5A 4FOEA 4NLCA 4K25A 3IS9A 1T3VA 5H1SQ 3L6QA 1J5EK 2O4GA 3T1YK 4IOCL 1TYQA 3AARA 5HRNA 3D7EO 3VQBA 3EY1A 2FC0A 1W97L 4C8NA 5GAHP 4N56A 3CMAN 3TAFA 1KAXA 2QI2A 1VK0A 2ITGA 4W5NA 5HRRA 3TAPA 4FWLA 2YNIA 4BRAA 4FZZA 1QSSA 2P5GA 3BUZB 3N4PA 2Q0UA 2QA4N 3CYMA 5AQYA 4FJ5A 1YF5L 5KQ8A 4JI4K 1X3MA 4J2DA 4M3RA 1M90O 1V4SA 2BDPA 2XY6A 3JAMO 3C95A 4DQRA 4CEQA 1N34K 3ZETB 3D6RA 5KTQA 4BE0A 5BPNA 2EHGA 4OO1J 1TL1A 1JL1A 3FZHA 3T69A 3F73A 1JLEA 1BDGA 4XH5A 4BE1A 3SYZA 1RNHA 5LMUK 3RWUA 5KI6A 1NJXA 4LF9K 3VQ8A 3CQYA 4I2PA 3K57A 3VEVA 3LPUA 3TTCA 4HUGA 4JI0K 2Z1IA 4EHUA 2Y1IA 4KFBA 1HNWK 5J1EA 1ZXOA 4XEIA 3O4WA 3SAHA 4CFCA 3V9XA 4IWVA 4KHYA 3C94A 2UUCK 2PYLA 3JSMA 2E2PA 4DTNA 3CJ1A 4QAGA 3OYJA 1N6QA 5I9EB 2X6NA 3K5NA 3CETA 1YJWN 3HVTA 4BVPA 2HHVA 5MLCQ 4YOXA 1KTQA 1NGGA 3TWHA 4KI4A 1HYZA 4BE2A 3PY8A 4DF8A 1BWFO 3E66A 3EKUA 3OYHA 1ATSA 3LDLA 3VQ9A 1LAVA 1KC8O 5BR9A 4KRFA 1NGBA 2ZWHA 1NMNA 1B92A 3VQ4A 1VAZA 4DQ8A 4DV7K 2FSNA 1D8YA 3AA2A 3VQ5A 5AQKA 3L2VA 5J2MA 4M3UA 1SS6A 1E4FT 4FK2A 1WAFA 1EP4A 4KB1A 3CI5A 3V1RA 1YAGA 3OYMA 4DSEA 4O44A 4ILGB 4W5OA 3P31A 1NK7A 1EKEA 3O9SA 4X66K 1T05A 1NK4A 3VQ7A 4FK4A 1NGFA 5AQUA 4JI3K 2D0CA 1Q8IA 2PBDA 4DSIA 1RT7A 2KZZA 3ZX3A 3AO1A 3KJVA 1C0FA 3QINA 5HOOA 3DLLL 1DTQA 3HI0A 4CZMA 5AFUA 2HMIA 2DFFA 5AJ3K 2HBLA 4CJ7A 4DCHA 4DG1A 3VGLA 4RW6A 5EVZA 1ASWA 5HRSA 3PSFA 1LWCA 2QTDA 4BWMA 3SLCA 3WNFA 4BRNA 2YHXA 4FZYA 1U2VB 2PYJA 3VF4A 3SQ4A 1ZYQA 2HOEA 1F21A 5BN9A 4CJLA 3SJJA 1YUWA 3C65A 1IG9A 2FBXA 4CEFA 3HOSA 4CHNA 3LALA 2IIRA 4M3XA 1HNXK 2RHKA 1LOTB 1TAQA 4ILHA 3SCXA 4FWPA 1GLAG 3L2WA 3KZBA 3KHYA 1RT4A 3NF8A 3P4IA 4JI1K 3ISNC 2FF6A 5FPEA 4B1VA 3L3VA 4GV9A 3HYFA 1X9JA 4B8CA 2UUBK 5AQPA 4J2EA 3SNNA 4FWOA 2PY5A 4DV3K 3AA4A 4FJLA 2Q3SA 4JK7A 4DV6K 3DLHA 1TKTA 4M63C 4JAXA 4FLTA 3V9UA 1T6DA 3CC4N 4KHUA 3ZX2A 4JI5K 4AHTA 3WUHA 3ZEUB 1B9FA 3HSCA 1Q7YO 1W9HA 4CFBA 1OH7A 4NCGA 2QWPA 1EWQA 1XC3A 2UXBK 1K6YA 4OVLA 3H46O 3ZSXA 5AZJB 3WNGA 4BQZA 4CGHA 5JVGL 5E26A 1YJNN 1Q86O 2XO7A 3UIQA 4LF7K 1JLAA 4YOWA 1IO2A 3PUFA 1UAXA 2O4IA 1U48A 4M41A 2ASPA 4N5SA 4HUFA 3S9HA 1DGKN 3GBTA 3OHRA 1SAZA 3CM5A 3MWPA 2NRHA 1RILA 1YVUA 3CCQN 1HNIA 1NU0A 3I8BA 3KKSA 4YY3K 3OYFA 3C6UA 2HHUA 3V9ZA 1C1AA 3AAPA 1VQKN 3MX2A 2BH1A 2UYTA 4DTUA 2YJFA 3EE9A 1I94K 1WAJA 5C24A 3CPEA 4OPJA 4B3OA 3NF7A 4KHNA 2JLEA 1S9GA 3D2FA 2DPNA 4JKDA 5FPMA 3LZIA 2Q2RA 4ID1A 4MO5A 3ZEUA 3DRSA 1NJYA 3RVCA 3QO9A 3MEEA 4BG8A 1S72N 5AZIB 4PQUA 3DRRA 3F5TA 4IFYA 5AQOA 3CJ9A 1NM1A 4FM2A 4BVOA 1YXQA 1RBTA 1HQEA 3M6GA 2OA8A 2OCEA 4JKCA 4AHSA 5AQLA 3P1GA 1WSJA 4H0TB 1TK5A 4A2BA 1YVNA 1NNEA 4GVEA 2OTJN 4CEDA 5KPRA 5GAGP 2IOCA 3UB5A 3BDPA 3OY9A 1S5JA 4GV3A 2BGGA 3W3DA 4WFAL 3EEQA 4LFCK 4K42A 4Z4CA 4CZFA 3TABA 3DXMB 3LDSA 1VSKA 5AQRA 2KQ2A 2D0OA 4NXMK 3VOVA 4IOAL 1GOAA 3AVGA 4N47A 2HHHK 1CLQA 4CZLA 2QWNA 3ALYA 3RMDA 1S1WA 1BQMA 3TU5A 2YHBA 3EYZA 2ZJPL 2A3ZA 1HRHA 2RE2A 1LWEA 1YHQN 2B5JA 1P8ZA 2I7NA 2OTLN 4WQ4A 2YJEA 2F9WA 5CE3A 2EWSA 3DI6A 2ATQA 4DFJA 4KH6A 2WOMA 4CJFA 2VG7A 4FWQA 1QTMA 4CD1A 4J8FA 2OPRA 1P90A 2LSNA 4FVMA 4CJSA 4WF9L 2O8DB 4JI6K 4B1UB 3UE5A 2KFZA 4NYFA 3H6EA 4CEOA 1GLJO 1YIJN 4CZHA 2GEMA 3U9DA 4I9QA 5AQTA 1GLCG 4O4GA 1WSFA 4IEEA 3LL3A 2G8KA 4B9VA 2VG5A 2A5XA 4DTRA 1VSFA 3UKRA 1KLMA 2DFHA 4IXCA 4AHCA 5SZTA 1SL2A 1ZBIA 4G1QA 3AO3A 2HSTA 3I8DA 2HBMA 5LMNK 2VG6A 4DR3K 4Y1DA 4NXNK 2YX6A 4DFPA 1BL3A 4IDKA 3IG1A 1QSLA 4GV6A 2QWQA 4I2QA 3K9KA 4BGAA 3A5LC 2P9SB 3ZLJA 1HNZK 3OBWA 5F1XA 2A40A 3AVIA 1IV0A 4UQGA 2DFEA 1NG9A 1I3AA 4E19A 3FR0A 4OLBA 1DEJA 1NK5A 3NGZA 3K2PA 3VF6A 4H5TA 2X6SA 4CJPA 5FRNA 1W2BM 1WB9A 4FSVA 1LCUA 3ID6A 4CEEA 4DQSA 1WSIA 4LC9B 5FPDA 5CZ1A 1NKBA 4YFUA 2FSKA 4JKFA 3ZT1A 3M8RA 2ASOA 2F7TA 1IG8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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