3G4SN

Co-crystal structure of tiamulin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 33
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g4sN00
1VQ4N 1K9MO 1KD1O 1YJNN 3CPWM 3CMAN 5HL7L 3PIOL 5JVGL 3J7ZO 1JJ2M 1VQ8N 1OVYA 3CCMN 1S72N 3CC4N 1M1KO 1VQ6N 5GAEP 1YI2N 1YHQN 4WFBL 2OTJN 4WF9L 4IO9L 5JVHL 1K8AO 5GAGP 2ZJPL 1Q82O 2ZJQL 1VQNN 5DM6L 1W2BM 1VQLN 1VQKN 4UY8O 1M90O 3I55N 3CF5L 1VQ9N 5DM7L 1YIJN 5H1SQ 1VQON 1VQ5N 4WFNL 1Q86O 3CMEN 1Q81O 3PIPL 3OW2M 1YJWN 4U67L 3CXCM 5GADP 1NJIO 3CCLN 1VQMN 3CCQN 3CCRN 1K73O 3CC7N 4WFAL 1KQSM 1QVGM 3DLLL 3CCEN 1YJ9N 1Q7YO 5GAHP 3G71N 2QA4N 2QEXN 1YITN 4WCEL 2OTLN 1N8RO 4IOAL 3CD6N 3CC2N 1KC8O 3I56N 3G6EN 3CCJN 3CCSN 1QVFM 3CCUN 4IOCL 3G4SN 2ZJRL 3CCVN 1ILYA 1VQPN 1VQ7N 5MLCQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMNA 1KFSA 1NGDA 2P9SA 3AVHA 5F1XA 3OYFA 2G8UA 4CD3A 5AQNA 1XNQK 1ZC6A 1T3VA 2A41A 2IVOA 4DG1A 1HX1A 1V4SA 2NRVA 1SQKA 1VSFA 3J7ZO 4DTMA 3FFKB 1JCFA 3SV3A 4CGFA 4CJVA 3ULEB 3DLKA 1A5XA 1M1KO 4R79A 4JI4K 2P5GA 3KLEA 4CZGA 4PL7A 3OYDA 1DLOA 1U49A 3Q7BA 1BUPA 4DQIA 1IKWA 4DCHA 3HOSA 1HYZA 1HKCA 1JXEA 3VQCA 1HPZA 4CEDA 1NK7A 2H3GX 3AV9A 5ELZA 5F2RA 4M42A 2ETJA 2ZJPL 5D3GA 4NCBA 3K58A 3OYCA 3HM9A 3K5LA 2YHYA 4H5TA 3LANA 4CEQA 1S1UA 4Y0WA 3DRRA 2OYQA 4O8KA 1VQKN 4LFBK 3FZKA 1TAUA 4JKHA 1KVBA 3AVMA 4JHDA 1IG9A 1SKWA 4FOEA 3WNGA 4YOVA 1YAGA 3THWB 3O9SA 4PHTX 3QNNA 2KTQA 3ZSQA 4E7HA 1UWBA 2P9LA 2I5JA 4LF9K 3CXCM 1VSEA 3WXIA 2WBNA 4H0YB 4JRQA 4E7JA 1NJIO 3CCLN 3ENHA 4OKKA 4CZJA 3P83D 4WQ5C 2BGGA 3HPHA 4BRHA 3QINA 2WFBA 4CJUA 4E3SA 4YHHK 4WFAL 2X74A 3U3GA 4DR1K 3DLBA 3KLIA 2DY4A 2UXCK 4FLZA 3BF1A 3VGMA 1WOQA 4OJRA 4KBOA 1BWFO 3WT0A 1BCMA 2FLOA 3QEWA 3SQ0A 1SL1A 1G15A 2PZSA 4FJIA 3QLHA 1J53A 3AARA 1QQCA 5AZJB 2ZJRL 3LL3A 1NBWA 2YHXA 5EU7A 1T6DA 3GG4A 3TI0A 3ZX0A 3KIOA 1XI1A 4H0TB 2A40A 3VEZA 4CFBA 3OYNA 4LF4K 1RBTA 1TYQB 5I42A 2G8FA 2GEMA 1CZ9A 1E4FT 3MAQA 2FXUA 1EXQA 2D4WA 4Q5VA 3O4NA 3PX4A 3S3MA 4DR7K 3WXLA 1S72N 4M45A 1KFDA 4YOTA 4PUOA 2HSTA 4M3YA 3G25A 3CJBA 5BPLA 4YOWA 3PSIA 2QWPA 1T6CA 5BR9A 4PA1A 2QWOA 4IG0A 4CF0A 3VMFB 3S9HA 4YORA 3L0QA 3EL2A 2Q3SA 2QKBA 4CZHA 3VTHA 3H3NO 1S1VA 4G1QA 4H0XB 1KVAA 4A5AA 4LY7A 4RW8A 1M90O 2O8FB 2P51A 5AZIB 1W0HA 4CECA 1Z25A 4KREA 3AA2A 4FPBA 4KKOA 3ZSVA 4BR9A 3GOIA 5AQOA 4FM1A 2F9TA 1HRHA 3DAWA 3T3FA 3RSEB 5AQUA 2PFUA 4BR0A 3CCQN 4XIUA 3NH2A 3E01A 2D0CA 4IXCA 2YJEA 3ZX2A 4B9UA 4ELTA 1QVGM 3DJCA 1EWQA 4BRAA 5AQFA 1KXPA 3OYEA 1YVUA 1JLGA 3V9UA 4KTWA 1J5EK 4BRMA 3K5OA 4LF5K 2QK9A 4Y1DA 1HNIA 3ZETB 1RDUA 3AGRA 3A5NC 2RE2A 3A5OC 4FM0A 2EHGA 1QVFM 5LL6Z 3HJFA 4DTOA 4KPYA 3HI0A 2V52B 2Z1JA 4HHTA 5AFUH 3VOVA 3RTVA 3MEDA 5MLCQ 3SPYA 4CGIA 1DKGD 2OANA 4BDZA 4CHYA 2CH5A 3NAEA 2D5RA 2NNWA 4H4MA 5JVGL 4NB4A 3K5MA 2HVIA 1IO2A 2BE2A 1NM1A 4JYAK 3K2PA 1NGJA 2GWJA 3S3NA 4JI5K 3ENOA 1CZBA 2FBVA 2OPQA 3T7ZA 1NJWA 1TKDA 4KB0A 3RR8A 1RT3A 1Q9XA 3LDSA 4DTNA 1GOCA 2O8BA 2D1KA 1C1AA 1NGAA 1N5YA 2VGNA 4Q0BA 1GOBA 4CJPA 1RTDA 1NK4A 3R8EA 2X78A 1BGXT 1VQ9N 5TKYA 3TTCA 1SKRA 4I2PA 5JLHA 4DSEA 4FW1A 4J2DA 1U48A 3CMEN 2A42A 4GY2B 4CFDA 4DV6K 4AHVA 2HHTA 3O4WA 1YJWN 3M6GA 5AFUA 2HHWA 4IZ9A 5GADP 2G8HA 1BA1A 3D0PA 4BG9A 4E19A 1HYVA 3DXKB 3L3VA 3DOKA 4BDPA 4O8UA 4QAGA 3MN9A 1BIUA 3AO2A 3VGKA 3M8QA 2WUSA 4CBXA 3A2FA 3IG1A 5M1FA 5GAHP 4XH1A 1YITN 5JMVA 3HTVA 1TYQA 3KLHA 5KPTA 5BRHA 1KC8O 3OYMA 3MX2A 4CJ7A 4AILC 3V81A 1VSMA 3U3YA 4CZMA 4ZTJA 4FXDA 1XHXA 2ASMA 3CJAA 2GBZA 1GLLO 1WSIA 2E2QA 2QXFA 4JK9A 4YY3K 2O8EA 1KD1O 1EQYA 4FZYA 4BDYA 3FZHA 4FK4A 4DWIA 4BR5A 1JJ2M 2O8FA 1KTQA 2DFHA 3CPEA 1U4BA 4JI7K 2IGIA 1VQ8N 3EE9A 5CZ1A 4DS4A 1W97L 3IMXA 3VERA 5BPMA 2RHKA 4ID5A 2ZF5O 5GINA 1GOAA 3LDPA 2W41A 3SJHA 3RSEA 2OPSA 3R6MA 4R5PA 4OGCA 4BR7A 2G8WA 4QOZB 5GAGP 1ZBFA 3HSCA 3OBWA 4RWTA 3T19A 2Z1IA 5HP1A 4CK2A 4EFHA 1QQMA 2QW9A 1WN7A 4JD2B 5C15A 2HHXA 4ELUA 1ZBIA 3NFAA 4E7IA 4DMNA 4FOIA 5KPZA 2HBJA 4LFCK 3MWPA 3TSPA 2XY8A 1Q81O 5B8HA 2JWKA 3OW2M 3C94A 3IKMA 3SUOA 4X62K 5HLFA 3QIOA 4HUFA 3DLRA 1E3MA 4HCBA 4C8LA 2Q0UA 3OS1A 2D0BA 4CJTA 1NU0A 5AJ3K 4QS8A 2A1SA 4CJ3A 4GKJK 3AVKA 4KHWA 3R3LA 4DR4K 4GV6A 2YKNA 4DUYK 4DTPA 4FLVA 2OTLN 2QWNA 4JN4A 1U6ZA 5AQRA 2D0OA 1QHTA 3SUNA 4CF1A 4FJ8A 3A5MC 3CCSN 4CIFA 2P9UA 4DFPA 4RTFD 1KLNA 4M3UA 3L6QA 1C0UA 1JCEA 1HLUA 1WBBA 4F2RA 2V7YA 3P1GA 2ZE2A 1TKZA 3KLFA 4CJLA 4L3QA 4JK7A 5E26A 3SBGA 3LDQA 1D4XA 4BWMA 3W3DA 4FJ5A 2E1YA 4CBWA 4B9SA 1GLAG 3DXMB 4H5RA 4JKCA 5KGXA 4IO8A 3PY8A 5HOOA 4HWIA 4FWMA 5DMRA 3UKUA 4GW6A 1J54A 2YKMA 3WEEA 4CGHA 2FBXA 1HNZK 3CI5A 3UKRB 4L8RB 1TGOA 1ZBSA 4DR2K 2OTJN 3K57A 4DFMA 2KLAA 2E1ZA 1HQEA 5HBMA 5AQMA 2IAJA 3NGYA 5AQQA 2ZJQL 1Q8IA 3E9PA 3IUCA 3KK1A 2KQ2A 1JLAA 3B8AX 1NK9A 1X3MA 1KAZA 3S41A 2PYJA 1ZBLA 3AVCA 1RT7A 1S22A 4CJ5A 3DRSA 2PYLA 3L2WA 4DR5K 1T8EA 3ZCMA 2Z1GA 1KLMA 4ILJA 2Q97A 1LCUA 3CYMA 3E66A 3DLGA 1KAXA 4DU3A 3JYTA 3OYBA 4BE2A 2UUCK 1N6QA 1VQMN 4IBNA 3CJCA 3QEPA 2P9PB 3AVIA 1JLFA 3M8SA 4CERA 3AGKA 2XHBA 3KTQA 1BHLA 1E4GT 4PL8A 3ASMA 2VGMA 4BRNA 1JLEA 1JXBA 3HZ6A 5C0YA 5CHIA 2W6KA 5T7BA 3OA9A 1S6QA 3G6EN 4JNEA 5HRNA 1NKBA 3C65A 4DSKA 5KPRA 1VSLA 2ZWHA 4BACA 2HBLA 1D9FA 1WSEA 4O4GA 3ALYA 3LP0A 3I8DA 2QKKA 1VQPN 2YNHA 5FPDA 3HK2A 3QEXA 2EWSA 1RT1A 3SLCA 2KFNA 2WTUA 1VQ4N 1IBMK 3CMAN 3O4QA 3H08A 3VESA 3FZLA 4KH6A 1RDCA 4DTXA 3KD5E 4B1WB 2A1RA 4B3MK 1VAZA 2P9NA 1XMQK 3KKRA 2B6AA 4A5BA 5ADXH 1HJRA 3AVAA 4GVMA 4FJLA 3CQ8A 4PKIA 4FJMA 1XWLA 5AQKA 1S9EA 4O5FA 4FWNA 3NVKA 3ZEUA 3KK7A 2RPIA 5CY4A 2QI2A 5BPNA 2F8TA 1NOZA 1BO5O 3CFPA 3LALA 3PO4A 1LV5A 3I8BA 2X6SA 1FKPA 2KHOA 4N47A 1DGKN 3EKUA 5M1KA 4AHCA 4YFUA 3JS6A 2E20A 3BDPA 1LW2A 4YDUA 4FLYA 2ASPA 1QTMA 1NG9A 1L3SA 4YOYA 4E7LA 4CIGA 4ISEA 3HP9A 4FWPA 1W9HA 1J6ZA 4DV0K 1JCGA 4B9VA 4DSLA 3DOLA 1X1PA 5ADXA 2ITMA 2PY5A 3KWGA 1RT4A 1S1WA 2OA8A 1IKXA 2IVPA 1O1WA 4IG3A 1NJXA 1S6PA 3NE6A 4CVNE 4YOXA 2XO7A 1SKSA 3ZT2A 3THYB 1D9DA 5IT9O 3HYFA 2DFFA 5HROA 4X64K 1V4TA 3IS9A 4K25A 4I9LA 1VSJA 3QEIA 5AQGA 5FLXO 4MO4A 3T1YK 2RN2A 2IDOA 3CCJN 1YT3A 4BC4A 4FJGA 1S9GA 4A61A 3KK2A 3VEXA 1P8ZA 4BRIA 2GTDA 3MEEA 5HRSA 3OVNA 4HVJA 4ZTFA 4EHTA 3SI6A 4XH5A 3UKRA 4C1NK 1HNWK 1OVQA 1ESVA 2NUBA 4ZHRA 4A57A 1NK0A 4J2AA 2WC9A 5FPEA 1EO1A 1YJNN 4BREA 4K41A 4W5OA 1RTHA 3RMDA 1RTIA 1QZ5A 1JL1A 4JKAA 2Y1JA 2BTFA 1NGBA 2E4LA 2NRHA 4MDAA 2B4JA 3HVTA 2NRTA 4B3RK 3RMBA 4OVLA 3I0RA 3B6OA 1ATNA 3RVCA 3A5LC 3WUHA 4B3TK 3CG7A 4WQ4A 3U9DA 3D6RA 4PWDA 4H5NA 1LAVA 1G99A 5HRRA 4C1NI 1HKGA 4CIEA 4H5VA 1W2BM 3TANA 3VGLA 3NHGA 4FJHA 3V6DA 3OYAA 3DM2A 4N76A 3AY9A 2HMIA 4K43A 3PV8A 1UA1A 2E2NA 5BRFA 3OYKA 4OLBA 4FJJA 1LWCA 1TK0A 1NGGA 1Z26A 2VWKA 1HJOA 4AQYK 1T03A 4B9MA 3ZSYA 2Q2RA 3TSQA 4C8KA 3C95A 1RDAA 4DU4A 4XEIA 1N36K 4KTQA 4N5SA 2NRZA 2QWLA 2IOCA 4B08A 4CEEA 4IFYA 1TV6A 4CF2A 4B9LA 2CGKA 2YHAA 3KKSA 4JEPA 3DLLL 1QSYA 1YJ9N 4JHDB 5C10A 3ZYYX 2A3ZA 3TWHA 5BR8K 5AQWA 4JK8A 4CJQA 3T1AA 5AQTA 3IAYA 3F5TA 4LC9B 4FK0A 2P9LB 5C2DA 1XUPO 1RGIA 4CF9A 4JI3K 3W0LA 1DT9A 4FM2A 3SK3A 1NJZA 4A2BA 2ITGA 2RF2A 4E1MA 3NCIA 3ULDA 3FLCO 4OPAA 4FSVA 4FJXA 3VTIA 2BH1A 5HL7L 5FPNA 4NLBA 3RMCA 4EHUA 3Q7CA 4EP4A 4O55A 1VSKA 3FZFA 3P31A 3P5JA 2HHVA 4JKDA 3AVBA 3KWIA 1CZAN 4BQZA 1ATRA 3C6TA 4MFBA 4WQ4C 1OH5A 4CEBA 3QFUA 3CC4N 1GLJO 3EE8A 3EO3A 3VEWA 3O1BA 3TAGA 3VN5A 3O6WA 4FLUA 4KHUA 1YI2N 1YHQN 2P5OA 3FZMA 1SV5A 2OZSA 2J4RA 2BDPA 3BP8A 4K42A 4BRQA 5BREA 3UB5A 3CFOA 3SQ2A 3CQYA 3KVGA 3T1HK 1NKEA 1LW0A 2ATQA 4IDHA 3U4LA 5DM6L 3GBTA 4DLGA 2Q1NA 4ISGA 4DSIA 4UY8O 5KGWA 3JXUA 4K8ZA 4AF1A 3CF5L 2FC0A 1X9SA 5DM7L 3TR8A 3LDLA 4UQGA 4LSNA 4JKGA 1TK8A 1Q86O 1NJYA 2OCEA 3AA4A 4U67L 2UXBK 1GLDG 3D2FA 1FJGK 2E5LK 4M3ZA 5M1NA 3QNOA 1B9DA 4CFAA 4EAHD 1BOTO 1C6VA 4IEEA 1K73O 1BQMA 1X3NA 2DPNA 4K8XA 4CEFA 3ZSRA 1YVNA 3WNHA 4H8KA 3UIQA 4BRDA 1NK5A 4KHNA 1Z05A 4CZKA 1EETA 2QEXN 4CEOA 4BRKA 1T7PA 4DR6K 1LWEA 1GLEG 4JKFA 1FK9A 4M3XA 4M63C 4EIAA 4MLHA 1IBKK 5CYMA 4IFEA 5GIPA 3OS2A 2I7PA 3VA0A 3CCUN 2ZD1A 5AQPA 3GDQA 3B6PA 3VF2A 3J7AP 3MCAB 4EZ9A 4BQLA 1YF5L 3C6AA 3SUPA 1Z6RA 3RMAA 4JI6K 4O5BA 4PKHA 1TL1A 3CPWM 4MQ3A 4FVMA 4C8NA 4B3OA 2Q0RA 5EX5A 4ISFA 3VEVA 4KRFA 3ZETA 4JI0K 2XRIA 5BRDA 2F8SA 1RBVA 4DQPA 3MDQA 1VQ6N 3SAGA 3E9OA 2VCPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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