5AZIA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 174
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA01
3MN6A 1P8ZA 4CI6A 2FSJA 4JD2A 4FWRA 2P9UB 3TU5A 2GWKA 3WXKA 3CJAA 3HSCA 2P9LB 4NO7A 3JXUA 3SMSA 1QQMA 2QWRA 1D4XA 1JCEA 2NLXA 5BRHA 2YI1A 3H1QA 2E2NA 3VERA 5BN8A 1NGFA 2ZGZA 4EFHA 3GOIA 2BTFA 3VF4A 3A8YA 2A6AA 5BPLA 2CGLA 5AQWA 5AZJA 2VWBA 2QWOA 4H5VA 2E2OA 5I9EB 4CBUA 3FZHA 4CBXA 2HF4A 4BC2A 1NGIA 4IO8A 4CZEA 4WQ5C 1JCGA 2P9PA 1HKCA 1BUPA 1NM1A 2OANA 3CQXA 3FZMA 4H0VB 3L4IA 2CH5A 5JICA 3C0BA 1R59O 2QWLA 1BA0A 1NGCA 2E20A 2IIRA 3UKRA 3CJCA 3QMLA 3DXKA 3OHRA 3VEWA 3D2EA 3LM9A 4ISFA 2CGKA 4FWQA 3CERA 4QS9A 3H6EA 1G99A 3IUCA 3QFPA 4FWPA 5BPMA 1T6CA 5LJVA 2P9UA 1HX1A 3MMVA 1Z05A 2QWPA 3WT0A 3RSEB 3IMXA 2W41A 2ITMA 1HUXA 3SJHA 1TUYA 4H0PA 1S3XA 3BF1A 3EKUA 3KHYA 3CIPA 3FLCO 3B8AX 3WXJA 4BC5A 1BOTO 5FPEA 4BGBA 3LDPA 5FPMA 2D0PA 3UKUB 2D4WA 1YVNA 2HOEA 3VEYA 2A5XA 4RTFD 3O4WA 3ID8A 4CZIA 4WQ5A 3CJ1A 4ISEA 1HJOA 5BRDA 3VPZA 3O80A 5AQPA 1C0FA 4JD2B 3HTVA 1TYQB 3O6WA 1BA1A 4BVOA 2E2QA 1DEJA 2I7PA 3VESA 4GY2B 3KVGA 3O5BA 2QWMA 5AFUA 1ATRA 5AQIA 4WQ4C 5AQSA 1GLJO 3U9ZA 4DHYA 2FLOA 2YHWA 4MO5A 3CJ7A 1JCFA 5AQTA 3DJCA 4BR4A 1T6DA 2KHOA 4BRHA 5AR0A 1Y64A 2ASOA 4FOEA 2E1YA 3UB5A 3VENA 4AM7A 2P9IB 3MDQA 2A40A 2V7ZA 4BR9A 3M3ZA 1NGJA 3RSEA 5AQZA 3WXLA 3EN9A 3I8BA 3G25A 2V7YA 2Q0RA 1E4GT 4BROA 2YCHA 3A5MC 4YDUC 4IJNA 4M63C 3ZX0A 4RWTA 5EXWA 2P9SB 3KZBA 3MK6A 5LJWA 4WYBA 5E26A 3L0QA 4FWOA 2V51B 4BRMA 3UKUA 4CZGA 1ZXOA 4H5TA 1KAYA 1HKBA 2QWQA 1NGHA 1DKGD 3EKSA 2V52B 2GELA 4FWLA 2YHXA 5AZIB 5AQXA 2AA4A 1TYQA 4EHUA 3GE1A 2GTDA 1ESVA 5FPDA 1ATSA 2DPNA 5F1XA 5CE3A 4ISGA 2E88A 4K42A 4BR7A 3BUZB 3HM8A 2HMPA 4H03B 1YAGA 3FGUA 5AFUH 1NGGA 4WQ4A 2IVPA 3BEXA 3AY9A 2P9IA 2YHYA 4BR0A 3WEEB 3F9MA 2QW9A 4H5NA 2E8AA 4A61A 1J6ZA 1ZBSA 1HLUA 2H3GX 4JN4A 4BC3A 3FE1A 4FOIA 3U4LA 4EAHD 2ZGYA 4BRCA 1HKGA 5BRFA 2P9SA 3W0LA 1YUWA 2Q36A 2YJEA 4H5RA 4B1VA 4BG8A 2GEMA 2AP1A 4JHDA 3FR0A 4CZLA 2P9NB 5JLHA 5F2RA 1QZ5A 4BR5A 4BRIA 1NGBA 3R6MA 5AZIA 2ASMA 4DB3A 1BU6O 1Q18A 2A42A 4BRFA 1YXQA 1GLLO 3VF6A 1SQKA 3H1VX 4FSVA 4H0OA 3S41A 4CJ7A 5KQ8A 1QQOA 2D0OA 4K41A 1IJJA 1BWFO 3LDNA 3ENOA 4XH4A 1H1VA 4PKGA 1LOTB 4BRDA 5KPRA 4BC4A 3H3NO 3A5NC 2F9WA 4IWVA 3WEEA 3VEOA 2BUPA 3H46O 3QICA 3FZLA 3GG4A 3VETA 2A3ZA 3U8XA 5AQUA 3O08A 3O1BA 2D1KA 3A5LC 4XH5A 3ZX3A 4B1XB 3BP8A 4BRAA 4CD1A 4FPAA 5F0XA 1QZ6A 1U2VB 2VYPA 3CQYA 4B1YB 5ADXA 3FZKA 4C23A 2Q2RA 5FPNA 4B9QA 4BR2A 3AARA 2IVNA 4B1ZA 3ENHA 2P9NA 2EWSA 5AQRA 2PBDA 4IXCA 2FF3B 2E1ZA 3QDKA 3SLCA 3AAQA 5B8HA 5AQKA 5EY4A 1X9JA 4CZFA 3MN7A 3ZEUB 2YJFA 1KXPA 4H0XB 3R9PA 4B1WB 4KBOA 3MCPA 4IZ9A 1NGEA 3ATVA 4BQZA 4CBWA 2FSKA 4IJAA 4B1UB 1U6ZA 4Y0WA 2F9TA 1MDUB 3TPQA 4BRKA 4MO4A 4CZMA 1E4FT 3H3OB 1GLBG 4JHDB 4EHTA 1S22A 4E1JA 1IG8A 3MN5A 2UYTA 1QHAA 3SMPA 2FF6A 1DGKN 1LCUA 4K43A 3CHWA 5AQVA 4BGAA 2Q1NA 1U2VA 5AQLA 4H5WA 3P4IA 1RGIA 4MLEA 5ADXH 1GLDG 4GNIA 1CZAN 2GWJA 1MWKA 1TUUA 4BRGA 3QB0A 4BG9A 3O1WA 5BREA 4XEIA 1WOQA 5AQYA 4BREA 4AM6A 1OKJA 2ASPA 4FWNA 3VEXA 1KAXA 5ELZA 4A2BA 1K8KB 4H0YB 1NGAA 3ZEUA 4JNEA 4M7XA 1GLCG 3WQTA 3C7NB 4CZJA 3GBTA 1BO5O 3D2FB 3VGKA 2QXLA 3W3DA 3U9DA 5KQDA 3MN9A 1XC3A 3HI0A 4YDUA 1MWMA 3LL3A 4M7YA 5JLFA 1SAZA 5TKYA 2FXUA 1MA9B 1GLAG 2Q31A 1T44A 4RCHA 4I6MB 5LY3A 4CZKA 3EO3A 1X3NA 4MLHA 3FZFA 1KAZA 3EL2A 1V4SA 3JS6A 2Q97A 4O5FA 4QS8A 4Z94A 3D7EO 4K25A 2CGJA 3M1FA 3ZETB 1EQYA 4HWIA 5AQMA 4BRQA 2FSNA 1NGDA 3HBTA 3QBWA 5E84A 3UE5A 4QS7A 2I7NA 2P9KB 5AQQA 3QBXA 3CETA 3ULEB 3ATUA 3BF3A 1ZC6A 2IVOA 3DXMB 3DAWA 1C0GA 5EVZA 4FWKA 5AQFA 3R8EA 3AAPA 4A2AA 3LDLA 2HF3A 1WUAA 2J4RA 2PAVA 4A62A 3LDQA 5KPZA 4BRLA 5AQGA 3VEZA 3GDQA 2P9LA 4PL8A 4EIAA 1K8KA 2ZWHA 3GL1A 4DCHA 3LDOA 4CZHA 4LC9B 1GLEG 3C7NA 5AQOA 3CI5A 3D2FA 1V4TA 2QWNA 1NBWA 5BR9A 4J8FA 3SK3A 4FWMA 2VCPA 2WUSA 2NRHA 4FPBA 1QQNA 3VF2A 2E2PA 2Q0UA 2CH6A 3L6QA 3VEVA 5AQHA 4I6MA 2A41A 3J8AA 1ATNA 3IFRA 5JMVA 3WQUA 1RDWX 4HTLA 4PKHA 5EOYA 3EZWA 1NMDA 4FWSA 1BDGA 1NLVA 3VGMA 3ZETA 3FFKB 3CJ9A 5AQNA 4O8KA 3O8MA 2GUPA 1HPMA 3DWLA 3HZ6A 1SZ2A 3QFUA 5BPNA 5KPTA 2P9KA 5BN9A 4PL7A 3I33A 4H0TB 3ULEA 4DQ8A 3DXMA 3CJBA 1XUPO 1RFQA 1X3MA 3ZX2A 5AZJB 3IDHA 4BQLA 4FO0A 3H45C 3VOVA 2NZTA 1NWKA 5EX5A 2P9PB 2W40A 3LM2A 2QM1A 4JAXA 4BRPA 4BVPA 1XQSC 2ZF5O 4PKIA 3A0IX 3M6GA 3UKRB 3VGLA 1BG3A 3WUHA 3DXKB 4NB4A 4L3QA 4CD3A 4FL9A 1GLFO 4BRNA 3D2EB 3WXIA 4F9OA 3A5OC 5AQJA 1Z6RA 4XH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OH7A 1IKXA 3PX0A 3ZSZA 4CI6A 4NCAA 4JKBA 3CJAA 1B9FA 3JXUA 1NJXA 2G8VA 4CJUA 5CYMA 4DUZK 1OVYA 5BN8A 3JSMA 3MEGA 4B9TA 4E0DA 4EFHA 3VF4A 3A8YA 5BPLA 2FC0A 3F73A 4AHSA 2QWOA 4CBUA 1NK9A 4FJMA 3VQ8A 2WOMA 4I9LA 2HW3A 2HF4A 4CCHA 3OVNA 1RDBA 1DTTA 4CZEA 1KC8O 4FJJA 2P9PA 1TAUA 2OANA 3CQXA 3FZMA 4HHTA 3IS9A 4ELVA 2CH5A 5JICA 1S5JA 4DUYK 1KLNA 5GADP 1R59O 4C8OA 2E20A 1J54A 3NGYA 1ZBFA 3P5JA 1N32K 2CGKA 1TL1A 2Z1GA 2UUAK 4ZTJA 1YIJN 3H6EA 5BPMA 3HPOA 3KK7A 3AVHA 2QWPA 3SQ2A 4YNQA 3WT0A 1JLGA 4TSXA 3ZSRA 2W41A 3C6AA 2ITMA 1XHZA 4KTQA 4W5TA 4CEAA 1C1AA 1UA1A 2ZE2A 3CMAN 2VQEK 3RVCA 1S1WA 3LWMA 5FPEA 3O3GA 1W9HA 2G8WA 2OPSA 3THWB 1C1CA 1S72N 3NDKA 3UKUB 1YVNA 4FLWA 3OYIA 4WQ5A 3CJ1A 2GV9A 5FRNA 4DQSA 3HTVA 1TYQB 3O6WA 5C10A 1KVBA 4IEIA 2O8EA 3CCRN 3VESA 2E5LK 3CFOA 4CJLA 1S6QA 4DHYA 4BY9C 4MO5A 3BZKA 5JS2A 3O9UA 1DT9A 4BR4A 5AR0A 2KFZA 1VQ7N 3KLGA 4FJHA 3CCSN 1WBBA 3MDQA 1NGJA 3QETA 2EX3A 2Q0RA 1DTQA 2YCHA 3A5MC 3AO4A 4J2DA 3ZX0A 4FJLA 4CERA 4WF9L 4KREA 3SCXA 2NRTA 4DTPA 3L0QA 3ITHA 4CHZA 2QWQA 1DKGD 2G8UA 3EKSA 2V52B 2GELA 3QO9A 4AF1A 4RW8A 3SV4A 3SQ4A 5AQXA 3KWGA 3GE1A 1ATSA 3HO1A 1RDUA 5CE3A 4CW7B 4AILC 4NCBA 4H03B 1YAGA 1I39A 5HP1A 4WQ4A 4I7FA 4I9QA 3BEXA 5I3UA 2YHYA 4BR0A 1SKWA 3PIPL 1L3VA 3CC4N 4IKFA 4A61A 5GIPA 1ZBSA 4I2PA 4BC3A 4FOIA 1K9MO 4EAHD 4E7JA 4DV5K 1M1KO 4Z4EA 1HKGA 3DOKA 4QAGA 5BRFA 2P9SA 1VSJA 5H1SQ 3AVJA 1YUWA 2Q36A 3VN5A 2QTDA 3CPEA 1YJ9N 4B1VA 4BG8A 2GEMA 4AHTA 1J9AA 3OYLA 4JHDA 4OPJA 4BDYA 3NF6A 4JKEA 3QINA 4KH4A 5AJ3K 5F2RA 1QZ5A 4BR5A 1N8RO 1LW0A 1REVA 1S1XA 2YHBA 1Q18A 4NYNA 2RPIA 3AVGA 3QIOA 1BCMA 1YXQA 3S41A 5KQ8A 2O8BB 2HVIA 1RTJA 4F3TA 1IJJA 3D45A 1TK8A 1BWFO 3LDNA 5J2PA 3TWHA 4AQYK 3U3YA 1VK0A 4N41A 4FW1A 3G4SN 1ITGA 3H3NO 2F9WA 1QSLA 3ZT2A 3WEEA 1Q7YO 3AGKA 3VEOA 4FLXA 4CGGA 1EP4A 2O8CA 4GV3A 4OJRA 3O9TA 2IOCA 4XH5A 4CD1A 4DR6K 4JKDA 3DLEA 4FM1A 4B1YB 4ZTFA 1RBUA 4OPAA 2HBMA 4IFYA 2XY6A 3ENHA 5AQRA 2PBDA 4CJPA 3EE9A 5C12A 5M1OA 4DV1K 2HHVA 3K9JA 5GAEP 3VQQA 2A1SA 5B8HA 4DQQA 2NRXA 1OH5A 4YOWA 4CHYA 3T3FA 2OZSA 3R9PA 4B1WB 1N6QA 3BZCA 4DSKA 4KBOA 1ILYA 4M3WA 4BQZA 4CBWA 2UUBK 2FSKA 2KW4A 4LH5A 4Y0WA 2Y1IA 3PIOL 3IKMA 4CZMA 3TTFA 3SPZA 4DTUA 2GUIA 3E9PA 3VQPA 1XWLA 4CJTA 2D5RA 1LCUA 4K43A 3MECA 4CGJA 2Q1NA 4DFKA 1I3AA 1KFDA 4CHNA 3P4IA 4JI2K 1WN7A 3L2QA 3THYB 3O9SA 2Y1JA 2G8KA 3T19A 2DY4A 3O1WA 5AQYA 3PUFA 3VEXA 3TTCA 1KAXA 3LP0A 4KHYA 3CG7A 4CFCA 1G15A 4FJGA 2RHKA 1BQMA 1KVCA 2QXLA 3W3DA 1VSHA 3HT3A 3LL3A 3E9LA 3AGRA 2NRVA 1VSDA 3WNGA 1UA0A 1MA9B 4YOUA 5HRSA 4CZKA 3EO3A 5IT9O 5J1EA 2Z1HA 3KTQA 3JS6A 4Z94A 3MWPA 4DTRA 3D7EO 3M1FA 5C2DA 3V9XA 4BRQA 1XI1A 3NF7A 1NGDA 3HBTA 3NFAA 1VRTA 1Q86O 3T1YK 3FFIA 3C6TA 2P9KB 4QCLA 4LSLA 2IVOA 2HBKA 5JS1A 3R8EA 4GVEA 3LDLA 3WNFA 2HF3A 1WUAA 2J4RA 1NK6A 3RR7A 4BRLA 2P9LA 2RF2A 1K8KA 2ZWHA 3GL1A 1BCOA 3CI5A 1NJWA 3OTOK 1RTHA 4ID1A 4DFMA 2VCPA 2WUSA 3ZCMA 1QQNA 1WSJA 1NKCA 3HYFA 4O55A 4I6MA 3J8AA 4M3UA 1ATNA 3AA3A 4PWDA 3WQUA 5EOYA 5KI6A 3C95A 1BDGA 3FFKB 3CJ9A 4CIEA 3CF5L 4O8KA 4E7LA 2GUPA 1HPMA 3DWLA 4KHWA 3OYFA 4KAZA 1VQKN 1RT5A 3DRPA 1IG9A 3ULEA 4DQ8A 4KTZA 3DXMA 5HRRA 1WAJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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