5AZIA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 174
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA01
1E4GT 3FR0A 2YHXA 4XH4A 5JLFA 3IFRA 5LJVA 1GLEG 4AM7A 4BREA 3D2EA 5AQZA 2CH6A 3CJAA 4JD2B 1BO5O 3ENHA 3UKRB 1HJOA 4FWPA 4B1UB 5AZIB 3MN9A 4A61A 5TKYA 3EO3A 4JNEA 1QQMA 2PBDA 2GELA 3A0IX 3R6MA 4H5WA 3CJ7A 1NGJA 4H0TB 3ZEUB 2Q2RA 4EIAA 3CHWA 1Y64A 4M7YA 1QZ5A 5AFUA 5ADXA 1RFQA 2QWRA 2I7NA 2ZGZA 3MMVA 4DHYA 2E88A 1GLCG 3LDLA 4FWRA 5BR9A 5CE3A 3H45C 3F9MA 3A5MC 1WUAA 1KXPA 1IJJA 2A5XA 3O80A 4E1JA 2PAVA 3QICA 1GLFO 1MA9B 1TYQA 1K8KA 3I8BA 2A3ZA 3O6WA 2FSKA 2A6AA 4DCHA 3H46O 1NM1A 3SMPA 3C7NB 3GBTA 1U2VB 3VF2A 3UKUA 4B1ZA 2P9PB 1LCUA 4C23A 2YI1A 5AQYA 2V7YA 1XUPO 3CQXA 4CZFA 1HKGA 2E8AA 5BREA 3VF4A 4CZJA 5EXWA 3ZETB 2E2PA 3FZMA 1MWMA 4H5VA 1OKJA 3FE1A 5BPLA 4BRQA 2CGLA 3G25A 4FPBA 3I33A 4JD2A 1GLJO 2FLOA 2Q31A 3D2EB 3UKRA 3LM2A 3VOVA 4BRGA 4WQ5C 1NGHA 4JN4A 3VGLA 4BR0A 5KPRA 5AQRA 4HWIA 3R9PA 3CERA 5BRHA 4H5TA 3MN6A 1S3XA 4B1WB 4BC3A 3FZKA 4BVOA 2AP1A 4FOIA 2Q0RA 3ZEUA 4K41A 2AA4A 2Q1NA 3CJCA 5LY3A 5AQWA 1SZ2A 3HTVA 3TU5A 4EHTA 4O5FA 3DJCA 3LL3A 3WXKA 4JHDA 1T6DA 2P9LA 2A40A 3SLCA 4IJAA 4BQZA 4CBUA 3QBXA 1IG8A 1ESVA 2IVNA 2P9KB 4Y0WA 3OHRA 4BRPA 2QWNA 2W40A 2F9WA 1JCFA 4H0PA 1ATNA 3IDHA 2A41A 2V52B 4JAXA 5F2RA 3VEXA 4CZEA 4XEIA 3FZLA 4BG9A 2UYTA 3VF6A 3EKSA 4BR5A 5ELZA 5AZJB 2HMPA 2YCHA 1GLDG 2ITMA 2WUSA 1BWFO 2BUPA 1SQKA 3O8MA 4BRDA 3LDOA 2D0PA 3CQYA 2CGKA 3HI0A 4CD1A 5AQLA 4HTLA 3UKUB 4I6MB 1YAGA 1T6CA 1YXQA 1Z05A 1GLLO 3ZX0A 1CZAN 3HZ6A 4CI6A 1RDWX 4GNIA 3ATVA 4GY2B 4DB3A 1NGAA 1ZBSA 4FWNA 4EFHA 4BRNA 2Q0UA 1DKGD 3FGUA 2NRHA 5AQOA 4BR4A 4BR7A 4LC9B 3EL2A 1QQOA 2ASMA 3J8AA 1QHAA 2GTDA 2YJEA 2J4RA 1NGGA 3EKUA 4QS9A 4CZKA 5KPTA 4FWQA 2W41A 3DXMA 2E2QA 4H0XB 4CD3A 2P9NB 2IVPA 4CBWA 4BRMA 2CH5A 3WUHA 4M7XA 5F0XA 1DGKN 5E26A 3IMXA 4H0OA 2V51B 2P9SB 3ENOA 3VESA 4BRCA 4JHDB 4BC2A 4IXCA 4WQ4A 2ASOA 3B8AX 3KZBA 2P9LB 4CBXA 2FXUA 4PL7A 4NB4A 1JCGA 2P9KA 4YDUC 5AQFA 5AQXA 3FFKB 3U4LA 2IVOA 3ULEB 3A5LC 3VEVA 5E84A 4FWLA 2OANA 4J8FA 5KQ8A 1KAYA 2P9UA 1X9JA 2FF3B 3HM8A 3IUCA 3FZFA 5KQDA 4BC5A 5AZJA 1RGIA 4NO7A 3U9ZA 2Q97A 3AARA 3CJ1A 2GEMA 4MLEA 5FPNA 5KPZA 3S41A 1XQSC 2BTFA 4I6MA 5BRFA 3SJHA 1V4TA 4IO8A 5AQKA 3GG4A 3CIPA 2KHOA 3VPZA 3O4WA 3HBTA 1NWKA 5BRDA 1R59O 2HF4A 1KAXA 5BPNA 4BRFA 3VENA 1U6ZA 1NGIA 3GDQA 2QWLA 2NZTA 5JICA 3WEEB 4XH5A 3H3NO 2D1KA 2P9IA 3ID8A 4BQLA 3ATUA 2DPNA 2Q36A 2QWOA 3VGMA 3O5BA 5BN8A 3KHYA 2F9TA 3AAQA 1BG3A 2P9NA 3DXMB 1KAZA 5F1XA 5FPEA 3VEZA 1MDUB 1NGCA 4A2AA 3MN5A 2ZWHA 2P9SA 3GE1A 3QFUA 3D7EO 3A5OC 5AQJA 2IIRA 1ATRA 5FPMA 3U9DA 3O1WA 1HKBA 3ULEA 4BR2A 2VWBA 5JMVA 1JCEA 2V7ZA 2FF6A 2GUPA 4PL8A 4FO0A 4IWVA 4K25A 3AY9A 5EX5A 4BC4A 4ISGA 2QWQA 4BRLA 2NLXA 3A8YA 4BRHA 2P9UB 3O1BA 5AQSA 4H5RA 3AAPA 4EAHD 4AM6A 1ZC6A 4A62A 5AQTA 4DQ8A 2EWSA 3WQUA 1HUXA 1GLAG 2D4WA 1BA1A 4FWMA 2QWPA 2YHYA 4CZIA 3QFPA 3QBWA 1G99A 3LM9A 4FOEA 1BOTO 4RTFD 3C0BA 4FSVA 4MLHA 3H1QA 4BVPA 4B1VA 4A2BA 3WEEA 1C0FA 3HSCA 4BGAA 4H0VB 5AFUH 5ADXH 4CZMA 4B1YB 3EZWA 4H03B 3WT0A 4BG8A 4BRAA 2P9IB 1HKCA 4BRIA 4EHUA 3CJBA 5EOYA 2VCPA 2E2NA 4BROA 4H0YB 4MO5A 1P8ZA 3VERA 5AQHA 3GOIA 2A42A 2ZF5O 3DAWA 3WXLA 1Q18A 3H3OB 5AQVA 2E1ZA 3MCPA 3WXJA 3WXIA 3VEWA 2GWKA 3CI5A 5AQQA 1TUYA 5FPDA 4WQ5A 2I7PA 3SK3A 3LDNA 1SAZA 3O08A 4H5NA 4FWSA 3U8XA 3GL1A 3ZX3A 1BU6O 5AQIA 1BUPA 3D2FA 4BGBA 3RSEB 2E1YA 4Z94A 3L6QA 4BR9A 4PKGA 3DXKB 4BRKA 3H1VX 5EVZA 2FSNA 5AQGA 2FSJA 4CZGA 5AQMA 3CETA 3M3ZA 4FWOA 3CJ9A 4B1XB 4MO4A 3JXUA 1NGBA 4IZ9A 4QS7A 4L3QA 1E4FT 4XH1A 5JLHA 3VEYA 3ZX2A 3W0LA 5AQPA 3JS6A 3FLCO 2D0OA 4IJNA 2GWJA 3VGKA 3MK6A 1D4XA 1HX1A 5BN9A 4RWTA 4FPAA 1EQYA 1T44A 1TUUA 5AR0A 3LDPA 4PKIA 2H3GX 1C0GA 4RCHA 1LOTB 4ISFA 5AQNA 2QW9A 1HLUA 1X3NA 1Z6RA 3L0QA 1NGFA 1S22A 1QQNA 1NGEA 1NMDA 2QM1A 3BF3A 3H6EA 4M63C 4WQ4C 4WYBA 4CZHA 4PKHA 1DEJA 1V4SA 1GLBG 1WOQA 2YHWA 2YJFA 5AZIA 2E20A 3DWLA 3TPQA 3UE5A 5B8HA 4CZLA 3LDQA 3BP8A 1ZXOA 5BPMA 3RSEA 1NBWA 1X3MA 1NLVA 2VYPA 3D2FB 3VEOA 4KBOA 5EY4A 3UB5A 4CJ7A 3BF1A 3BUZB 2CGJA 4O8KA 3KVGA 3DXKA 3WQTA 3A5NC 3EN9A 4QS8A 1XC3A 3M6GA 4ISEA 3MDQA 4YDUA 3BEXA 1YUWA 1YVNA 1BA0A 3R8EA 1H1VA 1TYQB 1K8KB 3MN7A 3QDKA 3W3DA 1ATSA 1MWKA 4FL9A 1HPMA 3C7NA 1U2VA 4F9OA 2QWMA 2QXLA 3QMLA 5I9EB 1NGDA 2P9PA 2HOEA 3FZHA 1QZ6A 4FWKA 3L4IA 3VETA 5LJWA 1BDGA 3M1FA 2HF3A 5AQUA 3QB0A 4K42A 4B9QA 2E2OA 2ASPA 3P4IA 4K43A 1J6ZA 3SMSA 2ZGYA 3ZETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q3SA 3DLRA 1QTMA 4DTXA 2YHXA 3CC4N 1C6VA 4ILHA 1S1UA 3SUOA 4B3TK 1SKSA 4JD2B 3DLLL 1EX4A 3UKRB 1P90A 1LW0A 4FYDA 3C6TA 2GELA 4WFAL 4YOXA 3R6MA 3CJ7A 3TSPA 1RBUA 4DSKA 2F4VK 3BZCA 5HRRA 4JV5K 4JLHA 3AVCA 4M7YA 3ALYA 4W5RA 5ADXA 2QWRA 4DSEA 4DHYA 4CGFA 1GLCG 3A5MC 1WUAA 1W0HA 2P1JA 4E1JA 4GV3A 1UA1A 3QICA 1MA9B 1TYQA 3TABA 5J1EA 3I8BA 4ZTFA 3VA0A 3QO9A 3H46O 3SMPA 4FJ9A 4CIEA 4B1ZA 3CXCM 3V6DA 3CCVN 2VQFK 1S5JA 3KK2A 1WSHA 3CQXA 2HHTA 4B08A 4CZFA 1HKGA 3O3HA 1VSKA 2HBMA 3VF4A 3OBWA 4DF8A 3FE1A 1WSIA 4JKEA 4BDYA 3RRHA 2PY5A 2G8HA 3AVMA 3I33A 4JD2A 1FJGK 3P38A 2FLOA 2Q31A 3UKRA 3VOVA 1NGHA 4JN4A 2UXCK 4BR0A 4FK2A 4KHPK 4CJ3A 5DK5A 5BRHA 3MN6A 5JS2A 2JWLA 4DTPA 3AGKA 2AP1A 2Q0RA 3MWPA 4KFBA 1SZ2A 3ZT4A 3HTVA 1LWCA 1ZBHA 5M1KA 1BCOA 1Y97A 2YNHA 4OGEA 1MU2A 1C0MA 5J2NA 3IDHA 5F2RA 4C8LA 4HUGA 3VEXA 4CZEA 4XEIA 3FZLA 3ULDA 2O8EA 4FLYA 5AZJB 3AO2A 4DV3K 3PLAA 2ITMA 4AQYK 1RDBA 4KHQA 3RR8A 3O8MA 3WNFA 4BRDA 2DFFA 4X65K 4GKKK 3HI0A 4YOTA 1VQ8N 5LMNK 1T6CA 4DG1A 4CEAA 2HNYA 3QINA 1N6QA 3QERA 2VQEK 4BDPA 3TSUA 1XHZA 4FM0A 1RT7A 4GY2B 3KLIA 4GV9A 2QI2A 4FJNA 4CHYA 1ZBSA 2OPRA 4FWNA 1CLQA 4EFHA 4I2QA 1IKXA 3K57A 3T1YK 3J8AA 2GTDA 4CFCA 4NLBA 3TI0A 2HHVA 1IH7A 2B5JA 1ASUA 3CCMN 5GAEP 4HCBA 2D0BA 3RMDA 4J2DA 3AVAA 4JK9A 3WUHA 3LZJA 3IMXA 4DR4K 3QEPA 4AH9A 4H0OA 2KQ2A 2V51B 3E9LA 3RRGA 1DTTA 4GMJB 4YY3K 4IXCA 4WQ4A 1D5AA 2P9LB 3NVMA 4JI4K 4PL7A 3CMAN 2HHSA 4JKCA 1VSDA 5E84A 3OS2A 1NK6A 3THWB 3UIQA 3V4IA 2P9UA 3HM8A 5KGWA 3E9PA 2BDPA 3RMCA 4XIUA 5AZJA 4F8RA 3U9ZA 4F2RA 3AARA 3TAQA 1C1CA 3HL8A 1TK0A 4HUFA 3S41A 2G8UA 4CJ4A 4R79A 5BRFA 3SJHA 4H4MA 3VQEA 4QOZB 3VQ6A 4C8OA 1T05A 4DQSA 5AQKA 5HLFA 3VPZA 4FJIA 3SQ0A 1BHLA 4JI8K 4K8ZA 4DU4A 1QVGM 3VENA 4FLVA 1HMVA 1XNQK 1TKDA 1B9DA 2QWLA 3J80O 4B9VA 4N5SA 4RW9A 4XH5A 4E7LA 4B9TA 2P9IA 5TKWA 1VQKN 4BQLA 5FRNA 2QWOA 3DI6A 1T03A 3C94A 1KAZA 1YTAA 3SJJA 5FPEA 1MDUB 4JI0K 2ITGA 1NJYA 1Q82O 3MN5A 3GE1A 4NCAA 2KTQA 3IS9A 5H1SQ 3U9DA 1HKBA 3AVIA 4RW4A 1GOCA 4IEIA 3THYA 2OZMA 3KTQA 4IDKA 2GUPA 3PY8A 3L2UA 2OPPA 3AY9A 5EX5A 1J53A 2XY6A 3MEEA 3I56N 5LMUK 3K2PA 4L8RB 3NDKA 3S3MA 3QEXA 4NCBA 4A62A 5AQTA 1NKBA 1GLAG 1IBMK 2D4WA 1TL1A 4PHTX 3KK3A 1F21A 4FZXC 3ITHA 4RW8A 2YHYA 3D0PA 1U47A 3TTDA 4RTFD 4FSVA 1NU0A 4N76A 2O8DB 4OPKA 3C95A 4A2BA 4BGAA 3S9HA 5AFUH 4LH5A 4B1YB 3WT0A 4BRAA 3PX4A 3K9KA 5FROA 1HKCA 4EHUA 1RBRA 3CJBA 2VCPA 4A59A 1SS6A 5AJ3K 3VERA 3QIOA 2A42A 3H3OB 2NRTA 5C42A 2YKMA 5IWAK 3WXJA 3VN5A 3WXIA 2GWKA 4Q5VA 1RBSA 2KW4A 4PWDA 2A1SA 4WQ5A 3O08A 5GIOA 4FLWA 3O9SA 4FWSA 3CYMA 4QAGA 1IBLK 1S72N 3J7AP 4B9UA 1T7PA 4Z94A 1ITGA 1QE1A 1VQ4N 2E5LK 2FSNA 3CFRA 1VQ9N 4CESA 5CR4A 5AQMA 4CZGA 4BY9C 3AGRA 3AVJA 3CJ9A 2W6KA 3O3FA 4L3QA 1E4FT 3TAPA 5JLHA 4CE9A 2GBZA 3TARA 1RDUA 4CJRA 3PUFA 3W0LA 3JS6A 4LF9K 4IBNA 2G8VA 1TL3A 2O8DA 1HX1A 5BN9A 3RTVA 1HQUA 2O4GA 4CIGA 3T3FA 1D8YA 3LDPA 4RCHA 1LOTB 1L3TA 2DY4A 1GOAA 2ZJQL 1HLUA 4FW1A 1B92A 3E9OA 2QM1A 4JS5A 1EXQA 2NRZA 1W9HA 1A5VA 4WYBA 4M3TA 4PKHA 4Q0BA 3V9SA 1QSSA 2YJFA 5HOOA 3KLGA 3KJVA 4IOAL 4CZLA 1RTDA 1ZXOA 1NJIO 3UB5A 1ZYQA 4ILGB 2CGJA 3S3NA 3KVGA 3EN9A 3O9QA 2O8BB 4C1NI 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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