5AZIA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 174
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziA01
3LDPA 1YUWA 4CZJA 3H6EA 3HI0A 1BWFO 3WXKA 3L4IA 3JXUA 1ATRA 2GTDA 2NRHA 3CJBA 5BPLA 4CI6A 2FSNA 4HTLA 2VWBA 4J8FA 3EZWA 3CJ1A 4HWIA 3QBXA 4BGAA 5BN9A 3W0LA 5FPEA 4I6MA 1G99A 1JCFA 2GWKA 1KAYA 1X3MA 1HJOA 4CD3A 4A2AA 4FOIA 5F2RA 4BR2A 5AQNA 4FWNA 4H5TA 2WUSA 5BRFA 2OANA 4B1YB 1IG8A 1ATSA 1Q18A 2QW9A 2QWLA 1S3XA 5BRDA 2D4WA 4NO7A 1QZ5A 1BG3A 4PL7A 2Q0UA 3BUZB 2QWOA 3D2FB 1WOQA 4H5VA 3SK3A 1ZC6A 1NGCA 5AQRA 2ZF5O 2QWPA 1TYQB 3FZFA 5KPRA 3UB5A 2I7NA 1X3NA 3FZMA 4EHTA 2CH5A 2VCPA 4DCHA 3DXMA 2UYTA 4M7YA 1U6ZA 5AQMA 4BRDA 3U8XA 4FWPA 4WQ5A 1NGFA 4FWSA 3VEVA 4BR4A 3R9PA 3C7NA 4GNIA 4BRIA 4B1UB 2Q1NA 4WQ4A 1YVNA 5AQPA 2IIRA 1BA0A 2Q97A 3LDQA 3ZETB 3EL2A 3DXKA 3FR0A 3AAPA 5I9EB 1JCEA 1T6CA 4BGBA 3GG4A 1QQMA 3L0QA 3CQYA 4BR9A 3A5MC 2W40A 3D2EB 4EHUA 3QMLA 3MCPA 4FPBA 3HM8A 4XH5A 2E20A 4JD2A 1GLFO 4BRMA 4JN4A 4AM7A 4WYBA 3O1BA 3EO3A 3ENOA 1QQNA 1NGJA 3SMPA 3P4IA 2E8AA 4H5RA 3ID8A 1QZ6A 2IVPA 3LM2A 2P9LA 2AA4A 1R59O 1E4GT 4IXCA 1GLDG 3VENA 4M7XA 2Q36A 4PKIA 2E1ZA 2QWMA 1GLAG 2DPNA 4CZHA 4Y0WA 5KPZA 3UKRA 1RDWX 3QFUA 3KZBA 5CE3A 4BC2A 2CGJA 4GY2B 5AZIB 1XC3A 1DEJA 3H1VX 3ZX2A 3M6GA 3HSCA 1U2VB 2Q31A 4BR0A 4JHDA 2P9IA 4XEIA 5AQJA 3H3OB 2ASMA 3W3DA 2A42A 2P9PB 2D0OA 2Q2RA 3BF3A 1TUUA 5FPDA 1V4TA 1D4XA 4CZIA 3GL1A 3R8EA 3WQUA 3CQXA 3ULEB 3RSEB 2YCHA 2ZWHA 2P9KA 3I8BA 2BTFA 3VESA 2P9SB 3FGUA 4B9QA 3G25A 5TKYA 1K8KA 3M1FA 3H45C 4M63C 3VERA 2HF3A 3VEYA 3WUHA 1ESVA 3CERA 3O4WA 4PL8A 4BRCA 1HUXA 5BPNA 2QWNA 4WQ5C 1ZBSA 4CBWA 5AFUA 1C0FA 5AFUH 3VEZA 4IJNA 3GBTA 4A61A 4BRKA 4FOEA 1GLEG 2E2QA 2VYPA 3CETA 4WQ4C 3D2FA 4ISEA 3MMVA 2BUPA 3VGMA 5AQQA 1P8ZA 3VF2A 2ZGYA 4IJAA 4AM6A 3O1WA 3HTVA 2A3ZA 1GLCG 1EQYA 2W41A 5ELZA 5AQFA 3BEXA 2HOEA 4I6MB 4YDUA 5AQGA 4H0OA 3FE1A 4H0VB 4H5WA 2FF6A 4Z94A 3VETA 4O5FA 2D1KA 5AQYA 4A62A 2D0PA 2I7PA 2NZTA 4BR5A 5AQWA 1J6ZA 4A2BA 4H5NA 5EX5A 3WEEA 2J4RA 3WXJA 3FZHA 4BVOA 1WUAA 4QS8A 2HMPA 3CI5A 3U4LA 3ZETA 1BU6O 1GLJO 1MWKA 4XH4A 2ITMA 4FWQA 3S41A 3VOVA 1TUYA 4H0TB 3O80A 2IVNA 5AQLA 4CZFA 4IO8A 1NGHA 4BC3A 4EIAA 3VEWA 5FPMA 3C0BA 3O8MA 5F0XA 4CZGA 2A5XA 3A5OC 5AQKA 2GWJA 3GE1A 3EN9A 2FSKA 4JAXA 1NLVA 3A8YA 4B1VA 3DXMB 4CZKA 4O8KA 3MDQA 4BQLA 5EXWA 2V51B 3C7NB 3MN7A 4IZ9A 3ZX0A 4BG9A 2CGLA 3TU5A 5AQZA 4JNEA 3QBWA 1NGEA 3QB0A 2P9UB 4F9OA 2YI1A 1LOTB 1ZXOA 3L6QA 5AZJA 3U9ZA 3A0IX 3D7EO 3VPZA 4BRAA 4C23A 4CZEA 3DXKB 4CJ7A 5ADXH 3CIPA 3VF4A 1T6DA 4LC9B 3VEXA 1DKGD 4CD1A 1MDUB 3CHWA 3WXIA 2YHXA 1XQSC 2A40A 4BR7A 1ATNA 1NGBA 1YAGA 5EOYA 5FPNA 3UE5A 3KVGA 1CZAN 1IJJA 3ZEUA 4MLHA 3AARA 2P9NB 2E2PA 1GLLO 3EKUA 5F1XA 4RWTA 3KHYA 3FZLA 3BF1A 2ASPA 2FF3B 5E26A 3UKUB 3R6MA 4FWMA 4B1WB 3H46O 4BREA 3WXLA 2QXLA 3CJ7A 4CZMA 2AP1A 3WQTA 5KQ8A 2V7YA 5BRHA 3H3NO 2P9SA 3EKSA 3ZX3A 3BP8A 1DGKN 1NGAA 1BA1A 1S22A 3UKRB 3LL3A 4YDUC 3GDQA 3H1QA 2V7ZA 5JICA 1NM1A 4BRPA 3VGLA 1QHAA 2H3GX 5AQSA 1GLBG 4K42A 4H0PA 5AQOA 1NBWA 5BR9A 1KAZA 2GELA 3GOIA 3MN6A 3CJCA 2ZGZA 3IMXA 1Z05A 4DHYA 5AQUA 3QFPA 4MLEA 4K25A 1V4SA 3JS6A 4EAHD 3TPQA 4RCHA 1C0GA 5AQTA 3SLCA 2P9KB 1BOTO 1NWKA 3WT0A 5BN8A 1SZ2A 1XUPO 4BVPA 2HF4A 2KHOA 4EFHA 2QWRA 1K8KB 1NMDA 1TYQA 3ATVA 3CJAA 4DQ8A 1LCUA 3LDOA 4K43A 1HKCA 2FSJA 3FZKA 4ISGA 4MO4A 1BDGA 2CGKA 1MA9B 4IWVA 3HZ6A 5B8HA 3MN9A 5AQVA 3MN5A 5EVZA 3IFRA 3J8AA 4BC4A 2PAVA 2E2OA 4KBOA 2CH6A 3HBTA 5AQHA 1RGIA 2V52B 4BRQA 3O08A 4XH1A 3A5LC 3VEOA 5BREA 3FLCO 2QWQA 1BUPA 1NGIA 3M3ZA 4CBXA 4L3QA 3D2EA 2ASOA 3SJHA 2IVOA 5LJWA 4PKGA 4H0YB 2FXUA 4BRNA 4BRHA 1SQKA 4K41A 3MK6A 4MO5A 2A6AA 2GEMA 3U9DA 1KAXA 2E2NA 4NB4A 4B1XB 3F9MA 3B8AX 5KQDA 1HKGA 4FWKA 3QDKA 5AQIA 3WEEB 1JCGA 4FL9A 4RTFD 2YJEA 3O6WA 1BO5O 4BRGA 5JMVA 4BRFA 3A5NC 2P9UA 1QQOA 2GUPA 1Z6RA 3AY9A 1X9JA 3I33A 4BROA 2FLOA 2E1YA 1HX1A 3VF6A 3ENHA 1Y64A 2F9TA 4BQZA 1NGGA 2PBDA 3SMSA 5E84A 5ADXA 1RFQA 4FWRA 4PKHA 5AZIA 3QICA 4BG8A 5AQXA 3AAQA 1MWMA 1SAZA 3LM9A 1U2VA 2P9NA 5JLHA 2YHYA 3O5BA 4CBUA 1HPMA 3DAWA 3IUCA 4FWOA 4E1JA 1E4FT 2P9PA 3CJ9A 3IDHA 1OKJA 3FFKB 4JD2B 3UKUA 4BRLA 4DB3A 3LDNA 3DJCA 2YHWA 4ISFA 1KXPA 2NLXA 1H1VA 5AR0A 4CZLA 4B1ZA 2P9LB 3ULEA 3RSEA 4H03B 2F9WA 5EY4A 4FSVA 4FPAA 3VGKA 4BC5A 5LJVA 2QM1A 4FO0A 5AZJB 2EWSA 2E88A 3DWLA 2YJFA 2A41A 3ATUA 5KPTA 5JLFA 5LY3A 1HKBA 4QS9A 4H0XB 1NGDA 4FWLA 1HLUA 4QS7A 1T44A 3ZEUB 3OHRA 2Q0RA 1YXQA 5BPMA 3LDLA 4JHDB 2P9IB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YUWA 4CZJA 3IAYA 3THYB 1S1WA 3VQEA 4KV8A 4JI8K 3WXKA 3HVTA 3NHGA 3E9LA 4CFBA 2WBNA 1YTAA 1RTIA 3CJBA 5BPLA 3L2UA 1YVUA 3EZWA 1IH7A 5CZ1A 3QBXA 5BN9A 3PSFA 4B9SA 3HXMA 4ELUA 3AVAA 1HYZA 1JLGA 4NCAA 4YOVA 4E7HA 4Z4EA 2RF2A 4FVMA 4HUEA 4W5NA 5AQNA 1FW6A 4H5TA 2OANA 4H4OA 4B1YB 1IG8A 2QW9A 2QWLA 1KVCA 1QZ5A 3TSPA 1BG3A 4KHUA 4CJKA 5M1NA 1RTDA 1VSJA 1YF5L 4B9VA 2O8BA 3SK3A 1NGCA 3CC4N 1VSHA 5AQRA 3G10A 3FZFA 1HNVA 4NYNA 5JVGL 2I7NA 4EHTA 3AO1A 2VCPA 1JLCA 4M7YA 5AQMA 3M8SA 4BR4A 2W42A 3Q7CA 3ZSWA 4W5QA 1QVFM 4LSNA 1U49A 2Y1JA 1BQMA 3J7ZO 3KK1A 3K5NA 5HLFA 4IO9L 4BACA 3ZYYX 3EL2A 1VQON 3OS2A 1HQEA 1C0UA 3DXKA 3FR0A 5I9EB 3L2VA 1T6CA 4JEPA 3GG4A 1KC8O 5GAGP 2B6AA 4BR9A 2W40A 4JYAK 3QMLA 2E20A 3OVNA 1GLFO 3G6EN 4JN4A 3T19A 2D0CA 1QQNA 1NGJA 1U47A 3P4IA 3ZCMA 3RR7A 5KTQA 3LM2A 2IVPA 3DOKA 1E4GT 4KHSA 1J9AA 4IXCA 2HBJA 1B9DA 3VENA 1HYVA 4ID5A 1BI4A 2QWMA 5LL6Z 1JLFA 1TVRA 4CZHA 4Y0WA 5KPZA 3UKRA 3CCEN 1VK0A 3EZ5A 1N6QA 2PYLA 4QAGA 1DEJA 4FJLA 3HSCA 4JHDA 5AQJA 2ASMA 3CQ8A 4DTRA 3THYA 2R7YA 4FK2A 3DRRA 4J2DA 3WQUA 3CQXA 3SUPA 4AHSA 4EP4A 3MEGA 4KI4A 1YIJN 3VTIA 4DF4A 2GV9A 4JS5A 3VESA 1IKWA 1T3VA 2P9SB 3G25A 4KREA 1K8KA 3MWPA 3H45C 4PWDA 3N4QA 2HF3A 4KKOA 3CERA 1VQNN 1TK5A 3K9JA 4WQ5C 1TGOA 3VEZA 4IJNA 1SS6A 3E9PA 4BRKA 5C15A 3AO2A 2Z1JA 1WSGA 3CETA 3VQ9A 2E6LA 4JV5K 4ISEA 3HPHA 4DR5K 4JKFA 5C2FA 3ZSYA 2W6LA 3VF2A 2E6MA 3QINA 5LMUK 4IJAA 3O1WA 1GLCG 3F73A 5AQFA 4CGDA 4B3TK 4I6MB 5GIPA 1W0HA 4BE1A 1QSSA 1O1WA 3FE1A 4H0VB 4H5WA 3LZIA 1NK8A 2OYQA 4O5FA 4QCLA 2I7PA 3LZJA 5AQWA 1WSFA 2VQFK 4GKKK 2GUIA 3DLLL 3ZSRA 5EX5A 2J4RA 3NVMA 3TI0A 3KLGA 4BVOA 2RE2A 1OVQA 1WUAA 4CF2A 5DM7L 3LP1A 4PHTX 1GLJO 4A5BA 3S41A 3VOVA 3OBYA 4MQ3A 2XY6A 1N36K 4CGJA 4GV9A 5AQKA 1YTUA 3NH2A 2FSKA 1B92A 1VSMA 2OPRA 2DY4A 3ZSVA 3NMUA 1ZBHA 3OA9A 4B1VA 3DXMB 1A5XA 4CZKA 4O8KA 4DFKA 4DTOA 4BQLA 4B9MA 2V51B 4JI1K 4RW9A 2FBVA 4F2SA 1BIUA 1I3AA 4CHPA 2Z1IA 4ILHA 1W7AA 4FJ5A 3K9KA 3VQBA 3QB0A 2P9UB 2YI1A 4O4GA 3C6HA 4BRAA 1OH6A 4ZTFA 3VEXA 1U4BA 1B9FA 3WXIA 3QEXA 4DTXA 1XQSC 1NGBA 3AVJA 4EP5A 3L8BA 2O8FB 1YAGA 2NRXA 3KVGA 4MLHA 4DS4A 1GLLO 2NUBA 4KHQA 2FF3B 5E26A 4NXMK 3HP9A 3H46O 3KK3A 2WFBA 3WXLA 5FRNA 2V7YA 2O8EB 4DV2K 2P9SA 4DU3A 3UIQA 2XY5A 2O8CB 4IKFA 4DSKA 4DQSA 1RNHA 1WN7A 2V7ZA 1JLQA 3THXB 4KI6A 4UY8O 5J1EA 3LDSA 5AQSA 5AQOA 5BR9A 1KAZA 2GELA 4DFJA 4DTNA 1IKYA 2HNDA 3VMFB 4DHYA 4DU4A 1FKPA 3NE6A 5FLXO 3MX5A 4BDZA 4RW8A 3TPQA 1KSPA 4FW1A 1EXQA 3SLCA 4E3SA 2HHWA 4GW6A 1XUPO 5BN8A 4M3UA 4BE2A 4BVPA 3ZSZA 4EFHA 3LWLA 4DQPA 4ISGA 1T7PA 1VRUA 1BDGA 1MA9B 4JKEA 1SKRA 3HZ6A 4M3TA 4KHYA 1UA1A 3SUOA 3MN9A 5AQVA 3DLGA 3D0PA 3LAMA 1L3UA 3IFRA 4KHNA 2X6SA 2PAVA 1RT6A 4KBOA 2CH6A 3CCJN 2OA8A 4DR1K 2V52B 3WNEA 4BRQA 3O08A 5HRNA 3VEOA 4CECA 5BREA 2RN2A 1FKOA 2QWQA 1NGIA 1BIZA 2WONA 5LJWA 1T8EA 4PKGA 1REVA 4JKAA 3SAGA 1X9SA 3E9OA 4KHWA 3HRGA 4MO5A 4E19A 4JS4A 2A6AA 3U9DA 1K9MO 2E2NA 1A5VA 4DFPA 1L3VA 3M8RA 4DTUA 4OGCA 1HKGA 3EE8A 4DSJA 1JCGA 1BO5O 4BRGA 4W5TA 2P9UA 2GUPA 1Z6RA 3AY9A 4CE9A 5AJ3K 2YV0X 2FLOA 3OYAA 4FW2A 4CGFA 2EX3A 1NGGA 2F4VK 4JI4K 1WSHA 2G8UA 5ADXA 2QKKA 4PKHA 5AQXA 2FBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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