4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
3AVAA 4KKOA 4FM0A 3OS0A 1W9HA 4LSLA 3VQQA 4E1NA 3PX0A 1ZBLA 1WLJA 4CJ3A 1NK8A 1BL3A 3RR8A 4J2BA 1T8EA 2D5RA 1EXQA 3DYAA 3IS9A 4AHCA 4DFJA 2O4IA 1JLCA 4Z0UA 1WAJA 1GOBA 4C8MA 2XY8A 2IDOA 4CHYA 2FBVA 2Z1JA 4BWJA 3TAMA 3KK3A 3K5NA 4DG1A 3NHGA 4BDZA 3SV3A 1LAVA 2XY6A 1JKHA 1KVBA 2G8HA 1L3TA 4H8KA 1QSSA 3ZSOA 1O1WA 1QHTA 1HYSA 4R5PA 3TABA 2XHBA 4DF8A 1XHXA 2JLEA 1B92A 3VQ8A 3TANA 2DFHA 3TAGA 4PWDA 2YKNA 4Z4GA 4CIEA 3G10A 4DMNA 2KFNA 3L3UA 3AVLA 4M45A 5I3UA 2KFZA 4LY7A 3AA4A 3QO9A 5HBMA 4CJPA 1L3SA 3KJVA 3SUOA 2IS3A 5CZ1A 1IKYA 3OJSA 4W5NA 5HRPA 3PO5A 3KKRA 4CEZA 3KLFA 4E7JA 3DMJA 2ZE2A 1KSPA 4DQIA 2Y1IA 3PUFA 4OPKA 3NH1A 2BDPA 3NF6A 4DSFA 1T05A 3L2UA 2OZMA 1RTJA 2F8SA 1FKOA 1VSFA 4ZTJA 4W5OA 1UAXA 1C1BA 1WSIA 1RDDA 2YNIA 4O4GA 3U3GA 4C8NA 2F96A 3HVRA 3TI0A 1TGOA 4KHNA 2BGGA 1IKWA 1HMVA 4RG8A 3K5LA 4PY5A 1JLAA 3S3NA 4RW6A 4Y1DA 4GW6A 2HNDA 4CGGA 3JSMA 1X9WA 2PY5A 3VQAA 4KB1A 3CFRA 4QCLA 1WSEA 3KD1E 4FZZA 2PZSA 3AO2A 5FDLA 1ZYQA 4JRQA 2KZMA 3SYZA 3S3MA 4AHRA 1FXXA 1RBSA 1SV5A 1JXBA 2X6SA 1NK0A 4CFBA 3RMCA 4CEEA 1U4BA 2OPPA 3D0PA 4BDPA 1ASWA 3I0SA 4M3TA 1CXUA 4NYFA 3RWUA 4CJWA 1D8YA 1ITGA 2Y1JA 1IG9A 3HPGA 1QSLA 5SZTA 1LW2A 5HLFA 4RW4A 2HHUA 3AVCA 1VSIA 5HRSA 4FJNA 3O3FA 5HRRA 4F2SA 4KPYA 3AVBA 1N5YA 4EZ9A 3O4NA 3KLHA 4C8LA 3K59A 1VSEA 4BDYA 4AILC 5CYQA 4DQPA 1JLBA 4KFBA 1RDAA 4HUFA 4Z4EA 2HHSA 4FLTA 4FJMA 3V81A 2OA8A 5KRSA 1JLGA 3T19A 1NJXA 3T3FA 4E7HA 1FK9A 2YHAA 2E4LA 1UOCA 3QESA 4EZ6A 3OYMA 4FJLA 1BIZA 4KHYA 4M42A 4FLVA 3P1GA 3L8BA 1NK7A 4BE0A 3U6FA 2QKKA 3SQ2A 3K5OA 1EX4A 4M41A 4OJRA 4CGFA 1RDBA 3KLGA 1SL0A 4KI6A 1QS4A 1C0MA 2HB5A 3LP3A 4I2PA 3CYMA 2B4JA 1A5XA 2BE2A 4CFAA 3L2RA 4CEBA 4DLEA 5J2MA 4B3OA 1S6PA 4CF1A 3A2FA 1RBRA 4CESA 3T1AA 3ZSRA 2G8UA 4DSKA 3DRSA 2JGUA 2FC0A 2YNFA 5C42A 4B9VA 1BHLA 1BISA 2KZZA 3AVHA 2IC3A 5CYMA 4DFKA 3LP1A 4AHVA 1NK5A 3VA0A 3O4QA 1RTIA 3HPOA 1S6QA 3KLIA 2HNYA 1QQCA 2R7YA 1R0AA 4W5QA 2G8VA 3QIPA 3QIOA 1TL1A 4QOZB 1DTTA 2D0AA 4AHSA 2QKBA 3EY1A 3QETA 3TAEA 3QNNA 1J53A 3ZSZA 4FLWA 4CJEA 4OKEA 3SUQA 3ZSWA 4ID1A 3OJUA 3V9XA 2FBXA 4DTSA 1SKWA 1D9DA 4CF8A 3O3GA 4DSJA 4JS4A 3TAFA 1RBVA 3NGYA 3ZT0A 3MXMA 4FLZA 5D3GA 4H4MA 1LW0A 4BE2A 2PYJA 3HO1A 1CXQA 4L8RB 3LAMA 1VSKA 3AA3A 2G8KA 3I8DA 1ASVA 4FM1A 1T7PA 1VSDA 3VQDA 5C25A 4B9SA 5FROA 4DTNA 4KTWA 4FZYA 1S1XA 1BIUA 2Z1HA 4KO0A 1S1VA 1LWEA 2A1RA 2ZD1A 3DRRA 4CHQA 4B8AB 1KTQA 1UA1A 2DTUA 3AA5X 5KGWA 1B9DA 1HQUA 3SJJA 1KRPA 4CJ4A 1QSYA 2VWJA 1FKPA 1TKDA 3ZT4A 4M3UA 3MAQA 3NH0A 3PO4A 3NF9A 4PA1A 1WSHA 4DSLA 1GOAA 1TKXA 4NCAA 3VQ9A 1HPZA 4ICLA 3QEPA 2P51A 3LANA 5CY4A 4CJRA 3CM5A 1EKEA 4CF2A 4J2DA 3QEIA 2E6LA 1BCMA 1YT3A 1Z25A 4OPJA 1VSLA 4KHQA 4JS5A 4Z4HA 4W5RA 2WOMA 4CJLA 3AVIA 3AVKA 1U45A 4FJGA 1W0HA 3MEEA 2E6MA 4O55A 4OVLA 3RRGA 1SL2A 3KK1A 3VA3A 4DS4A 5I42A 4B9UA 3NE6A 5CZ2A 1YVUA 1S1WA 4DTMA 4AHUA 4HUGA 1TKTA 3AO4A 2KQ2A 3MXJA 1Q8IA 4CJVA 3SNNA 4CIFA 4FK4A 1C6VA 3C94A 5J1EA 1BGXT 4CGJA 3QNOA 3KD5E 1X1PA 4ID5A 3V1RA 3HXMA 3K2PA 4IFYA 2QK9A 4W5TA 2HW3A 4Y1CA 4E0DA 4CHOA 4FVMA 3KLEA 1BCOA 1WAFA 4HUEA 3EZ5A 3M8PA 4E3SA 3JYTA 3M8QA 1SKSA 4O0JA 4I2QA 1S5JA 1TL3A 5DK5A 3V9WA 1VSHA 4CIGA 4DSIA 1RNHA 1NKBA 1ZBHA 4HHTA 3K57A 3AA2A 4GVMA 3C95A 4DTRA 3DLBA 4M3XA 2HHQA 1EETA 2IAJA 3ISNC 3WNFA 2P1JA 4CJUA 1U47A 1NK9A 1L3VA 3L2QA 4DU3A 3AVGA 3BGRA 2XY5A 1LV5A 3SI6A 4KAZA 3SUPA 3THVA 4FJXA 3AVFA 1KVAA 3ITHA 1XI1A 4OLAA 4CJKA 4CERA 4Q0BA 3MECA 1BQMA 4M3RA 4CJ5A 1RBTA 4LH5A 4FLXA 3QERA 1X9SA 1BI4A 3SZ2A 3SUNA 4KHWA 3LALA 2X78A 4DTUA 2HVHA 1WSJA 1RTDA 4RW8A 1RCHA 4CK2A 4O5BA 3ZT3A 2Z1IA 3HL8A 4N5SA 4FK2A 4M3WA 4DFMA 4XIUA 3LAKA 3TR8A 4FLYA 3QINA 3V4IA 3B6OA 2I5JA 2XY7A 1RBUA 4IDKA 2FBYA 4KTZA 3IRXA 5K14A 5KRTA 2RN2A 1J5OA 3RR7A 3QLHA 4WE1A 4FJIA 4CK3A 3CM6A 4Z4FA 3AVMA 4B9NA 3VQ7A 1NK4A 2X74A 1UWBA 3VQBA 3OYFA 4CEAA 3G0ZA 3DRPA 4M3YA 4PQUA 1B9FA 3OYEA 3HT3A 2WONA 3OYNA 1JLEA 4JRPA 3RMDA 5EU7A 1IKXA 4CJTA 1YTUA 4EP4A 2G8FA 1HYVA 3DLEA 4IG0A 3L2VA 4E89A 1IO2A 4J2AA 2G8WA 2B5JA 4FJKA 3F73A 1L3UA 1CZBA 1QTMA 3HJFA 3LP2A 2HHTA 2HHWA 1RT1A 4TSXA 4F3OA 2RKIA 1U49A 4CHNA 2Q3SA 3L2WA 1S9GA 3C6UA 2ETJA 1U48A 1TKZA 2OPSA 3NGIA 4DU1A 4RW7A 2KTQA 1IKVA 2Z1GA 4FJ9A 4CGDA 3AVNA 3HVTA 4OGCA 4CK1A 4DF4A 4YFUA 2PYLA 3OY9A 3SV4A 4ELVA 2DFFA 3NFAA 3M8RA 4BWMA 3EYZA 3NBPA 3SPYA 1S9EA 3OYLA 3SCXA 4FLUA 3V9SA 1JXEA 1NKCA 3WNGA 3SQ0A 4PUOA 1ASUA 1S1TA 4CEFA 4CGHA 2G8IA 1C0TA 1TAQA 4DQSA 4IKFA 3V9ZA 2HMIA 1Y97A 4BACA 1K6YA 1N6QA 1VRUA 2BANA 3V6DA 3ALYA 3VQEA 3VN5A 4BE1A 4F8RA 1LWFA 4OLBA 4YNQA 4ELUA 3LP0A 4NCBA 1Z26A 1XC9A 1HRHA 1YTAA 5FRNA 2IGIA 3RMAA 3S9HA 1NKEA 2GBZA 3OS1A 5JS1A 1HJRA 3NDKA 1UA0A 3VQ5A 4AH9A 5KGXA 4CEOA 1DLOA 1KFDA 1VSMA 3TAPA 1I3AA 1RT5A 5E41A 5HRNA 1MU2A 2HNZA 3HSTB 2P5OA 4NYNA 3O3HA 3TWHA 2NUBA 3MXIA 3VQCA 3WNHA 4CJSA 3NAEA 2DY4A 3ZCMA 3E01A 4O44A 2W42A 1HNVA 4M3ZA 1WSFA 4UQGA 4KHSA 1WSGA 3OYIA 3CG7A 1TVRA 2GUIA 3NF8A 3BDPA 3B6PA 5HP1A 4CHZA 1VRTA 4FJ8A 4N56A 4FZXC 4E1MA 4IBNA 1HYZA 3OYAA 3L3VA 1T03A 3OYJA 1KFSA 4CE9A 2OZSA 4FW1A 4B9LA 1TK8A 3V1OA 3OS2A 2A1SA 2OPQA 1JL2A 3QEWA 4N41A 1IH7A 3NF7A 4B08A 3PX6A 3HP9A 4K8ZA 1WN7A 2YNHA 1RT2A 1KVCA 4E7IA 1KLNA 4KTQA 3OYCA 1BQNA 3AO1A 4E19A 5J2NA 4LH4A 2ITGA 4KB0A 3P83D 1TK0A 2OPRA 3H08A 1LWCA 5DMRA 3OYHA 3PX4A 3NH2A 3NCIA 1D5AA 3QEXA 3AO3A 3V1QA 3AV9A 2LSNA 3DLGA 5C24A 4CJFA 3LZJA 1G15A 2YNGA 1SUQA 4CEQA 4Q5VA 2VG7A 3KKSA 4FW2A 4MQ3A 5SWMA 4DQQA 3SQ4A 2ATQA 5J2QA 1JL1A 3CFOA 4CFCA 4N76A 1TV6A 3MEGA 3ZSYA 2ZQBA 3DI6A 4KRFA 4IFVA 3ZT2A 4C8KA 4LSNA 2KW4A 3VQPA 1Q9XA 1DTQA 2VG6A 1VK0A 4IG3A 4B9MA 2IOCA 2OYQA 3OVNA 3VQ4A 5J2PA 3SPZA 4FJHA 4OKKA 4LD0A 1Q9YA 3DLRA 3KIOA 1GOCA 1C1CA 4CF9A 1X9MA 1L5UA 5T7BA 3V9UA 4ZHRA 3S3OA 1NOYA 4H4OA 4J2EA 4G1QA 5KTQA 3QEVA 2EX3A 3PV8A 1CLQA 4FCYA 1REVA 2O4GA 3LWMA 3ULDA 3HYFA 1BI4B 1D9FA 4I9LA 3AVJA 1VSJA 3CFPA 4B8CA 4FM2A 4DU4A 4F3TA 1CZ9A 1HNIA 4CF0A 4DS5A 2YHBA 4CFDA 3DLKA 4FJJA 4DQRA 1NJZA 4JLHA 5JS2A 1NJYA 4FXDA 4C8OA 2EHGA 4F2RA 1XWLA 2B6AA 1RTHA 2HHVA 1ZBUA 1NOZA 3ZT1A 2P5GA 4FYDA 4AHTA 3RTVA 4B9TA 1NJWA 3C6TA 1C0UA 3ASMA 5FRMA 2GV9A 3DOKA 3CQ8A 4FK0A 2RF2A 1TAUA 3RRHA 3LDSA 4KHUA 3K5MA 3MEDA 2AJQA 2YV0X 2YKMA 2HHXA 1QE1A 3LZIA 4F4KA 4I7FA 1KLMA 1RT3A 1J9AA 3ZSQA 4DWIA 3KTQA 2VWKA 4OKJA 4HCCA 5KI6A 4KREA 1RT7A 4KV8A 3OYKA 4K8XA 4CEDA 1JLFA 2HVIA 1XHZA 4HCBA 3IG1A 3D45A 4NCGA 1JLQA 2XRIA 4CHPA 5HROA 1NK6A 3SQ1A 4I9QA 4HTUA 3TAQA 1U04A 3LPUA 4DTJA 3WNEA 3AO5A 1SL1A 1ZBFA 3NGZA 4DTXA 3OYBA 1F21A 2VG5A 3VQ6A 4N47A 4DSEA 1SKRA 3PY8A 1RT6A 4CCHA 4FJ5A 4FJ7A 3TARA 4EP5A 2X6NA 4CECA 1RT4A 3ZSXA 1C1AA 3LWLA 4KI4A 4DTOA 3DLHA 1KCFA 4E7LA 1HQEA 1A5WA 3LPTA 3ZSVA 4RW9A 3IAYA 1RILA 3M8SA 1S1UA 3UIQA 1EP4A 1WNSA 2QXFA 3HPHA 3P5JA 1LAWA 4MFBA 3U3YA 3FFIA 4E7KA 3F9KA 4DTPA 2RPIA 4QAGA 1I39A 4CGIA 4ELTA 4ZTFA 3KK2A 2F8TA 3I0RA 4OGEA 3K58A 1TK5A 4Z4IA 2FBTA 4DLGA 2DFEA 4Z4CA 1J54A 1A5VA 2D0BA 4GMJB 4O0IA 3OYGA 4HVJA 3HP6A 1RDCA 2D0CA 3HM9A 4DFPA 4CJQA 2XO7A 3HK2A 3OYDA 3DOLA 3RMBA 1ZBIA 3DM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KKOA 4LSLA 3PX0A 2D5RA 3IS9A 4JKAA 1GOBA 1XC3A 2FBVA 3TAMA 2QWNA 1JKHA 2QI2A 3ZYYX 1L3TA 1ATSA 1O1WA 3ZSOA 3VF4A 1VQLN 2XHBA 4YOUA 1B92A 3FZHA 4DB3A 2DFHA 1VQON 3G10A 3WXMB 2KFNA 4M45A 3AVLA 5BN8A 2VWBA 5BN9A 3PO5A 4DQIA 3KLFA 4E7JA 2IVOA 3KVGA 5GIPA 2BDPA 2OZMA 4ZTJA 1UAXA 1C1BA 1WSIA 2BGGA 1TGOA 1IKWA 1JLAA 5LMNK 3F9MA 1X9WA 4CGGA 2PY5A 3JSMA 4KB1A 3ZETB 5FDLA 4JRQA 1GLDG 4MO4A 1HKCA 1FXXA 1RBSA 2X6SA 4G9ZA 1NK0A 4CEEA 1U4BA 4LC9B 2OPPA 5LY3A 4IXCA 3I0SA 1Q7YO 2GWJA 4NYFA 4A61A 1IV0A 5A2QO 2Y1JA 3HTVA 1IG9A 3EE9A 4H03B 5HLFA 3L6QA 5HRSA 4XH1A 3PSFA 4KPYA 5MLCQ 3AVBA 4DQPA 1VSEA 4B3RK 4AILC 5CYQA 1JLBA 2HHSA 2OA8A 3CETA 5KRSA 3T19A 1NJXA 3T3FA 4E7HA 1DT9A 2OTLN 4DUZK 4EZ6A 1TYQA 2HF4A 4GNIA 4AF1A 1NK7A 3U6FA 4JAXA 5AQTA 4DKWA 4CFAA 2B4JA 1A5XA 4BC2A 2JGUA 3QDKA 3AVHA 3E9LA 1NK5A 3O4QA 4H0TB 1QQCA 4W5QA 5M1QA 1KAZA 1OH6A 4BRFA 1N8RO 4QS7A 2D0AA 4QOZB 4GV6A 3QETA 3FFKB 5KQ8A 3WQTA 3SUQA 4ID1A 2FBXA 1D9DA 4DSJA 3O4WA 1RBVA 3ZT0A 1NGAA 2P9LB 1CXQA 2FSKA 3B8AX 1FW6A 3I8DA 1ASVA 5AQIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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