4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
4Z4GA 4BDPA 1CLQA 3HJFA 3HYFA 2W42A 3AO2A 1WN7A 4B9MA 3PX6A 1B9FA 3LP0A 3U3YA 3DYAA 4DTOA 2OPQA 1VSLA 4E3SA 3KKRA 3T19A 2YNGA 3RMBA 3HT3A 1CXUA 4CHQA 4FJLA 2KTQA 2ZQBA 4OLBA 2E4LA 5C25A 4ELUA 3LP1A 1SUQA 1U4BA 4C8MA 1Z25A 4DFMA 3O3HA 3DI6A 3LZIA 1CZ9A 3QESA 1GOAA 4FJJA 3V6DA 2FBVA 2WONA 3AVBA 4KAZA 2Y1JA 3CG7A 3K5NA 3T3FA 3V4IA 4J2DA 3HP6A 5J2QA 3D45A 4C8LA 4B9LA 4FJKA 4OKKA 1UA1A 3OJUA 3SQ4A 4JRPA 4RW4A 1IKYA 4CEBA 4CGIA 4B3OA 5FRNA 4FCYA 4BDYA 1RBRA 3WNEA 1VSJA 3NH1A 2VWJA 1NKBA 1MU2A 3ZSQA 3OYGA 3S3MA 3OYJA 4FLYA 4DQQA 4PY5A 1S1TA 2RF2A 1IKXA 1CXQA 1RDBA 4HUGA 2P5GA 1RNHA 2RN2A 3KK1A 4E89A 3L8BA 3VQ8A 3RTVA 1L3VA 3DMJA 2VG6A 2G8IA 3TAFA 1N6QA 1RBTA 3AVJA 5I3UA 3C6UA 1XHZA 4CEOA 3NE6A 4Q0BA 1JL2A 3DLGA 1JLEA 4CJVA 4B08A 4AHVA 4CECA 2HHVA 3RMDA 4CEAA 3JSMA 3VQAA 3ZT0A 4B8AB 4KPYA 4CHNA 4HCBA 4FJIA 3DLKA 4CFCA 2HVHA 1FKOA 2LSNA 3SQ2A 4F3OA 4QOZB 4CIEA 2RPIA 4DS4A 4CF2A 1S1VA 1TKDA 3ZSRA 1RCHA 1KLNA 1YT3A 3G0ZA 4DTSA 4PWDA 2D0BA 5K14A 3O3GA 3OYMA 1UWBA 1TV6A 4RW7A 1S1WA 1IG9A 4CJKA 4M3WA 1HRHA 4FW2A 3L2WA 3QIOA 3ULDA 4FK4A 1VSHA 2VG7A 1TAQA 3L2QA 1JLBA 3QNOA 1S9EA 4IFVA 1F21A 5HRRA 4CF0A 4CK2A 4DU4A 3P1GA 1YTAA 3KLFA 2B6AA 4BWJA 3MAQA 2ATQA 1CZBA 4B8CA 4FJNA 4CFAA 3IRXA 4NCAA 3MEEA 1FK9A 4CGDA 4OPKA 3HL8A 3NGZA 3VQDA 4CF9A 2HNDA 3SZ2A 2PYJA 4FM1A 1IO2A 3NF6A 1DTTA 3LAMA 4O0JA 3AVGA 4O4GA 4OGEA 4DTXA 3RR8A 4OKJA 4F2RA 3PO4A 1TKXA 2XY7A 3V9SA 3OYNA 3O3FA 1UOCA 3L3VA 4IBNA 5KRTA 1RTDA 3OJSA 3VQ4A 3ZSZA 4DFPA 4DSLA 1RBSA 1XHXA 3AVMA 1C1CA 2DFEA 4B9VA 4FW1A 1BIZA 3AA4A 4M3RA 3ZSOA 3KD1E 3C94A 3DLEA 1JLQA 1JXEA 1NK9A 2QXFA 1VSIA 4KI4A 2Q3SA 2HNYA 3DRRA 5JS1A 3HXMA 1S6PA 1KCFA 1SV5A 3QLHA 3KTQA 4FJGA 4KHUA 4W5OA 4J2BA 2HHXA 1SL1A 2Z1JA 3AA3A 3B6OA 4J2EA 3LPUA 4M42A 3AO4A 4DQIA 5J2NA 1NK4A 4KHNA 1HNIA 1RDCA 4I9LA 3B6PA 4AH9A 4O5BA 3V81A 4N56A 2OZSA 3HVRA 3K2PA 4CEDA 4C8KA 1WAFA 1RT1A 4RW8A 3VN5A 3VQQA 3AVAA 4N47A 4DTMA 3AVFA 4DMNA 4CHYA 4O0IA 4DU1A 2O4IA 5CZ2A 5SWMA 3V9XA 2EX3A 4DQSA 1NOYA 1ZBIA 2JGUA 4DLGA 4AILC 3IAYA 4KHWA 4DTUA 1B92A 3H08A 3MEGA 1WSJA 1NK8A 5J1EA 1Q9XA 3MECA 5KTQA 1VRUA 3LP2A 4R5PA 3RRHA 1JXBA 2IDOA 5J2PA 3WNGA 3NCIA 1NK6A 3LWLA 2G8WA 3C95A 4KFBA 4CGGA 4CIFA 3I8DA 4IFYA 3VA0A 3SJJA 1L3TA 1RDDA 3QNNA 1RT7A 4KHYA 3OS2A 2G8KA 4FJ9A 1GOCA 1HMVA 3IG1A 5C24A 1J54A 3OY9A 1ASUA 4E7JA 1UA0A 3KD5E 3HSTB 1WSIA 1NKEA 2O4GA 1QSSA 4EZ6A 2KZMA 3LP3A 4FLTA 1NJWA 4CJ4A 3K5MA 4OVLA 3SQ1A 5SZTA 4CE9A 1RT5A 2YV0X 5KGXA 4W5QA 4BACA 1LWCA 5CY4A 2PYLA 4Y1CA 4B9TA 2HB5A 1YTUA 1L5UA 1KFDA 4Z4IA 1EP4A 3JYTA 3P5JA 3FFIA 2KW4A 1NJZA 2G8FA 4QAGA 3AO1A 4KHQA 1RBVA 4CGHA 1WSHA 4CJPA 3M8SA 5J2MA 1I39A 4MQ3A 4H4MA 4K8XA 3AVIA 3AA5X 3LDSA 1HNVA 3KLHA 4FK2A 3SUQA 1REVA 1RT6A 1UAXA 2OPPA 2VWKA 2XY8A 5KGWA 3LWMA 1SL2A 2OPRA 3DM2A 4CFDA 1T7PA 2Z1HA 4AHSA 5DMRA 3VQ5A 2X78A 2YHAA 2IGIA 4PA1A 3OYHA 3QERA 4F4KA 2A1SA 4ELVA 1TK0A 1L3SA 4KB1A 2P51A 2IOCA 2YNIA 2E6MA 3OVNA 4DF8A 2PY5A 3O4QA 3VQEA 3IS9A 4C8OA 2FBXA 4FLVA 4F2SA 1IH7A 1RTIA 5CYMA 5JS2A 1KLMA 4DG1A 3MXMA 1LW0A 4HUEA 3CYMA 1WAJA 1D9DA 4DSKA 1SKRA 3L2UA 4W5RA 5DK5A 1L3UA 1HQUA 1X9SA 2F8TA 2HHQA 3TAEA 3VQCA 2EHGA 1S6QA 1XWLA 4GMJB 1K6YA 1TAUA 1U45A 3RWUA 2RKIA 4DS5A 5CZ1A 4GVMA 1TL1A 4LSLA 2XY5A 3L2VA 1RDAA 1WSEA 3LAKA 4AHRA 4NCBA 1KSPA 4M3YA 1VK0A 4IKFA 1U47A 3UIQA 2F96A 3M8PA 2HHSA 4AHCA 4HHTA 2HHWA 3SNNA 4CEFA 3ZSWA 1FXXA 1U48A 4Y1DA 4CJ5A 1IKVA 4M3XA 3VQ7A 1QE1A 2OA8A 4XIUA 3RR7A 3VQ6A 1RT4A 3ISNC 1HYZA 3ZT3A 3KIOA 3OS1A 4Z4CA 3CFRA 4JS5A 2BANA 3V9WA 4GW6A 4DTRA 1LWFA 4CERA 4CF1A 2KFNA 1J53A 4RW6A 4FZXC 1KVAA 4ICLA 4KI6A 2ZE2A 4DFJA 4IG3A 3HK2A 4DTPA 1DLOA 1KFSA 1C6VA 4KKOA 2IC3A 4CJLA 4RW9A 1YVUA 4FM0A 5C42A 1QS4A 3WNHA 4DSJA 1NOZA 2DFFA 4CJWA 3TAPA 2X74A 1EETA 2XRIA 1ZBLA 4PUOA 4Z4FA 3SUNA 4EZ9A 3L2RA 3WNFA 5D3GA 3CM6A 4I2QA 3OYIA 1N5YA 4E19A 5EU7A 1X1PA 1LWEA 3OYKA 4FM2A 3SV3A 4HUFA 2Y1IA 4KB0A 1BCOA 1JKHA 1S1UA 2G8UA 5FROA 3G10A 3S3NA 3OYEA 3SUPA 4E7LA 4DF4A 4CGJA 2DY4A 4N5SA 1IKWA 4K8ZA 4CHOA 1RBUA 3K5LA 4CK3A 3L3UA 3VQ9A 3K59A 4DTJA 4DSIA 1J9AA 1BL3A 2ETJA 4YFUA 4CHZA 1HYVA 1KTQA 1BGXT 3ASMA 3LPTA 3NF7A 1SL0A 3KK3A 4E0DA 4QCLA 1DTQA 2GV9A 5HRSA 4FYDA 3BGRA 4KHSA 1LAWA 4F3TA 1QSYA 3NAEA 3U6FA 4B9NA 4CCHA 1EX4A 1LW2A 2WOMA 1QTMA 4FK0A 5I42A 4E7HA 3QEPA 2GBZA 3QEVA 1KRPA 4CGFA 5KRSA 4CFBA 4M3UA 5FRMA 2IS3A 1ASWA 4Z0UA 3D0PA 3QEXA 2F8SA 2KQ2A 1G15A 3AVLA 1O1WA 2BGGA 3EZ5A 2G8VA 4FJ7A 3U3GA 3T1AA 3NFAA 2D0CA 2HNZA 2I5JA 1BHLA 3NF8A 4BE2A 2KZZA 1BIUA 3PV8A 1VSDA 1W0HA 1ITGA 3BDPA 4CESA 3AVHA 4BWMA 4IG0A 3KLGA 3SCXA 4PQUA 3NF9A 4FJXA 1NJXA 4OGCA 3DLHA 3TR8A 3LZJA 4FJMA 1RT2A 4AHTA 2A1RA 1ZBUA 4FZYA 3NGYA 3DRPA 1BCMA 1C0UA 2NUBA 1S5JA 1FKPA 3NHGA 3SPYA 1R0AA 1A5WA 1C0MA 3NBPA 1SKWA 3NGIA 4WE1A 4H8KA 3V1QA 3M8RA 3QEWA 1XI1A 1VSEA 3DRSA 4KREA 4EP5A 2D5RA 1QHTA 2YKNA 4OKEA 3HM9A 3DLRA 4DQRA 3AVNA 2FBTA 2GUIA 3TARA 4E1NA 3AO5A 2YNFA 3ZSVA 1C0TA 4EP4A 4CJQA 1SKSA 2HHTA 4BDZA 1TVRA 1Q8IA 3OYLA 4B9UA 3AVCA 1D5AA 2R7YA 4NYFA 4CJUA 1HJRA 1BQMA 2AJQA 1NKCA 4FVMA 3E01A 1RTHA 4L8RB 4CJEA 4W5TA 1NK5A 4ID1A 3AVKA 2OYQA 2E6LA 2XHBA 1WSFA 3MEDA 3S3OA 4J2AA 2DTUA 1VSMA 5HLFA 3VQPA 1ZBHA 2PZSA 1BI4B 4Z4EA 3HPHA 5CYQA 4DWIA 3CM5A 4HTUA 3NDKA 1VRTA 4AHUA 4B9SA 2BE2A 4FLUA 4JLHA 4CEEA 3TAQA 4BE0A 1Z26A 5HP1A 3TWHA 4LY7A 4CEQA 2ZD1A 3SQ0A 4OJRA 4CJSA 4CK1A 4E1MA 1NK0A 1S9GA 1Y97A 4I9QA 4ELTA 4FJ5A 5T7BA 4HVJA 5HROA 1S1XA 2DFHA 2IAJA 4UQGA 1T8EA 2XY6A 3NH2A 1KVCA 3KJVA 3ZT1A 1X9MA 3DOKA 1RT3A 3CQ8A 3HPOA 1HYSA 3I0SA 3M8QA 3AV9A 2BDPA 1LAVA 3A2FA 4E7KA 4E7IA 4O44A 2D0AA 3OYBA 1BISA 3PUFA 3KLEA 4JRQA 3I0RA 3QO9A 1BI4A 3ZT2A 1A5XA 1Q9YA 3ALYA 4DFKA 3HPGA 2YHBA 1XC9A 3V9ZA 4FJ8A 1I3AA 3F73A 3PO5A 4DLEA 3K58A 1GOBA 2KFZA 1T05A 4C8NA 4LD0A 4M41A 1WLJA 3SPZA 3OYDA 3K5OA 2HHUA 2P1JA 3V1OA 3RMCA 3NH0A 1J5OA 3O4NA 3P83D 2X6NA 3HO1A 4IDKA 4NCGA 3ZSXA 4KTQA 2X6SA 5FDLA 3QINA 4DTNA 4JS4A 4H4OA 2VG5A 4RG8A 1JLCA 3DOLA 3ZSYA 3V9UA 1TK5A 3SI6A 1TK8A 2QKKA 3V1RA 4ZHRA 4N76A 1LV5A 4N41A 4CJ3A 3QEIA 1TKZA 4Q5VA 1T03A 2YKMA 4I7FA 4FLZA 4CHPA 3RRGA 1NJYA 2HMIA 1X9WA 2FBYA 3ZCMA 3ITHA 4CJTA 4LH4A 1WSGA 3PX4A 1JLAA 1QSLA 4YNQA 4FJHA 3MXJA 4ID5A 1U49A 1KVBA 1D8YA 1ZBFA 3QETA 5HRNA 4OPJA 1HPZA 2YNHA 3F9KA 3KK2A 1RTJA 4HCCA 3HVTA 2B5JA 3SYZA 1A5VA 3TAGA 4FXDA 3EY1A 4M3TA 1W9HA 3C6TA 3RMAA 1EKEA 1B9DA 2Z1GA 2QKBA 4CJFA 3TI0A 1NK7A 3KKSA 4TSXA 1HQEA 4M45A 4FLWA 3K57A 3SUOA 3THVA 4LSNA 1JL1A 4DU3A 1WNSA 2G8HA 3VQBA 4FZZA 2OPSA 4W5NA 3PY8A 3OYFA 2OZMA 2XO7A 3OYAA 4Z4HA 4KTZA 2HVIA 4DQPA 3LANA 2B4JA 4KRFA 3VA3A 3TABA 4CJRA 1U04A 4CEZA 1VSFA 1ASVA 4LH5A 4MFBA 1JLFA 3AA2A 4KV8A 4CF8A 3OYCA 4F8RA 3PX0A 1VSKA 4G1QA 3TAMA 2HW3A 4NYNA 2ITGA 3QIPA 3S9HA 3ZT4A 3CFPA 1ZYQA 1RILA 1EXQA 1BQNA 3OS0A 3CFOA 4OLAA 3KLIA 3EYZA 5HRPA 2QK9A 1TKTA 2JLEA 4O55A 5KI6A 4FLXA 3AO3A 3SV4A 3TANA 4ZTFA 3DLBA 2P5OA 4KO0A 3HP9A 1QQCA 2Z1IA 1C1BA 4M3ZA 4I2PA 4ZTJA 1TGOA 5E41A 3MXIA 1C1AA 2FC0A 4CIGA 3LALA 1JLGA 4DSFA 1TL3A 4KTWA 5HBMA 4DSEA 1D9FA 4BE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZF5O 1CLQA 3EL2A 3HJFA 2BH1A 3HYFA 3U3YA 2O8EA 1EO1A 4E3SA 4LF4K 4OLBA 1U4BA 3TTDA 4AQYK 1GOAA 2P9IB 4J2DA 3HP6A 5J2QA 4OKKA 4CZMA 3MN9A 4RW4A 4B3OA 4CEBA 4NB4A 3MWTA 4DUYK 3NH1A 2VWJA 1NKBA 1MU2A 3CERA 3OYGA 4XH5A 4FLYA 4PY5A 1IKXA 1RDBA 3LM9A 2P5GA 3IUCA 4LC9B 3KK1A 3VQ8A 1L3VA 3DMJA 1XHZA 4CEOA 3CJBA 3NE6A 4IZ9A 2HHVA 4AHVA 4OO1J 2P9IA 2LSNA 5KQ8A 4F3OA 1YT3A 3G0ZA 2D0BA 4A2AA 5M1NA 5FLXO 3O3GA 1UWBA 1TV6A 3O9UA 1IV0A 1IG9A 3UB5A 3L2WA 3ULDA 1VQ7N 1HNWK 2VG7A 4H5RA 3IKMA 4EFHA 3BUZB 5HRRA 3VGMA 3MAQA 2Q0RA 4ISGA 4B1WB 4CFAA 1V4TA 1J5EK 4NCAA 4H0VB 2QXLA 3NGZA 3VQDA 5AQHA 2HNDA 1OH8A 2PYJA 1IO2A 4O0JA 4BVOA 2IVPA 3FGUA 3CCJN 3MK6A 4IBNA 5KRTA 5E84A 3OJSA 1IBMK 1MDUB 4YORA 1GLAG 1C1CA 4DV3K 3TSQA 1BIZA 1E4GT 3OTOK 1NMNA 3ZLJA 4BRCA 3WXJA 1JXEA 2VCPA 4KI4A 4H5VA 3DRRA 4DR2K 4X62K 1S6PA 4FWMA 4JKHA 1YVNA 3AA3A 1YJ9N 1QZ6A 5BREA 4O5BA 1J6ZA 4IEIA 3V81A 3FFKB 3J80O 2OZSA 4C8KA 1M90O 3BP8A 2O4IA 1ZBIA 4DV0K 2QWPA 2O8CB 2QM1A 5J2PA 4LF9K 2IDOA 1BDGA 4WQ4C 3SLCA 3WNGA 3I8DA 4CIFA 2OTJN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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