4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
2QKKA 4DG1A 4RW9A 4Z4FA 3OYDA 2IGIA 4JRPA 3LAMA 4KI4A 3AVLA 3JYTA 4E3SA 3ZSYA 2DFEA 3CM5A 4CEFA 3HO1A 4E7HA 5KGWA 1L3UA 3QNOA 4IG3A 4CEQA 1B92A 1ITGA 1UOCA 1HQUA 4TSXA 4CGDA 4OPJA 4N56A 3AO3A 4ICLA 2XO7A 1EETA 1JLAA 4CFAA 3NBPA 3V6DA 1HYSA 1D5AA 2R7YA 3V9SA 3OYNA 1X9SA 2E4LA 1O1WA 3S3NA 4AH9A 4PY5A 3OYCA 2OZMA 3DLEA 3DLBA 4FJ9A 3ZSWA 3S9HA 4CHPA 1A5WA 5KRTA 2QXFA 4BACA 3SI6A 1HYZA 4DTMA 4CJUA 2E6LA 4KI6A 4KHYA 3KK3A 3K58A 4KHWA 1SUQA 1TKZA 4O44A 4FJKA 3CQ8A 4DU1A 4XIUA 4DTOA 2QKBA 1S1VA 4KTWA 1CZBA 1J54A 3AO2A 2IDOA 4CIEA 5I3UA 3KTQA 4B9LA 4DSLA 4F4KA 4DQRA 1S1TA 4FLVA 3NGYA 1WNSA 4DQIA 1JXEA 1TL3A 5C24A 3EYZA 2G8UA 4KPYA 3QEXA 4ELUA 2B6AA 3ISNC 3QEIA 2Y1IA 4KB0A 4DF4A 4OGEA 4FVMA 1ZBUA 4I9QA 5E41A 3OJSA 3DLRA 1B9FA 1SKSA 1J53A 4IFVA 3RMBA 4EZ9A 4HTUA 4QAGA 4CGJA 2KFZA 2FBVA 2ZD1A 3ZSXA 2XY5A 1XI1A 4LH5A 3VQ5A 4CERA 4GVMA 2F96A 1CLQA 3PV8A 3S3MA 4FZXC 4J2BA 3WNFA 3LANA 4I7FA 4FK4A 4CJKA 4KV8A 4DS4A 3G0ZA 3D0PA 3SYZA 4M3ZA 3C6UA 3HP9A 3AVGA 1JLCA 5DMRA 1KRPA 3MXIA 3FFIA 4BE1A 4O0JA 3NHGA 1LAWA 1HMVA 3LP1A 2P5OA 3KD1E 4W5QA 4DFJA 4B9TA 4N5SA 1CXQA 5KGXA 4CK2A 4KAZA 4KTZA 4O55A 1NK6A 1KLMA 1HPZA 1FKPA 4FK0A 2Z1GA 1U45A 1S1XA 4M3RA 4N41A 2WONA 2YNIA 2YNHA 1JL1A 1JLFA 2YHAA 1KLNA 1SL1A 2X74A 3AA3A 3WNEA 3V9UA 4B9NA 3VQPA 2RF2A 1U47A 1RTHA 1LW2A 3OY9A 2KFNA 4AILC 5HRRA 1VSDA 2Y1JA 3NAEA 4FJ7A 4F3OA 4CF9A 1NK5A 5JS1A 2FBXA 3BDPA 4Z4EA 4KHUA 4BDPA 1WSEA 3KLHA 3L3UA 4CJQA 1EX4A 4AHSA 3AVIA 1D8YA 4Q5VA 3RWUA 2G8HA 2HMIA 4NCBA 2WOMA 1I39A 4H4OA 3ULDA 3AVNA 3V1OA 3M8SA 3V4IA 4E7LA 5K14A 2HVHA 2KZZA 2A1RA 1VSEA 1BIZA 4JS4A 2DFHA 4PUOA 2VG5A 3SNNA 3T19A 3QNNA 1L3TA 3SQ1A 4FZZA 3VQEA 5D3GA 2IC3A 1NOZA 1IKWA 1HYVA 5JS2A 4DMNA 5C25A 4CHQA 3OYFA 4DFPA 1NK8A 1HNVA 3PX6A 3LP0A 3OJUA 4JRQA 5J2NA 4FLXA 3NH0A 3TR8A 2G8VA 1C1CA 3AVHA 1DLOA 3TAGA 2O4GA 2HHQA 3CFPA 2F8SA 1F21A 3C95A 2OPPA 1NKBA 3KLEA 2YNGA 1NK0A 3K2PA 3RMDA 3LWLA 2PYLA 4FXDA 1TVRA 4KB1A 5FRNA 1N6QA 1TAUA 3A2FA 4FYDA 3TAPA 1TAQA 5FDLA 4EP4A 3ZSVA 2GUIA 4ELVA 3RR8A 3L2QA 3V9WA 4FW2A 4E1NA 1QSYA 1X9WA 4FLUA 1NK7A 1SL0A 3HK2A 4MQ3A 4Y1CA 3O3FA 3KJVA 3OYLA 2ETJA 1BCMA 3CFOA 4K8XA 3OYMA 1RDCA 3HJFA 4KTQA 1Y97A 3WNHA 3EZ5A 4DTUA 4FJMA 1EP4A 3PX0A 4L8RB 3OYAA 2ATQA 3DRPA 1VSLA 4CFCA 3CFRA 1RTJA 1RT7A 4LH4A 4OVLA 4FCYA 4DTPA 2I5JA 3NFAA 3LP3A 3NH1A 3OYBA 3P1GA 1RDDA 3ASMA 4DSEA 3SUNA 1ZBLA 4O4GA 3QESA 3IG1A 3NGZA 4BE0A 4FJHA 1RT4A 3AVFA 3ITHA 3V9ZA 1U49A 3QO9A 1HQEA 3F73A 3RRHA 3VQQA 1SKWA 3NF7A 4CHNA 3RMAA 3MEGA 4AHCA 4DTJA 1IG9A 4AHUA 4B8CA 1UA1A 1RBRA 1TKXA 3VA0A 3UIQA 3U6FA 1TK8A 4KHQA 5HP1A 3SQ2A 4CEOA 3VQBA 1TKTA 1GOCA 3HYFA 1GOBA 4CFDA 4AHRA 1WAJA 1XWLA 1EKEA 1TGOA 2OPSA 2HNYA 2IAJA 1HNIA 1EXQA 1JLQA 3DLKA 3VQCA 4W5RA 3LDSA 4M3XA 2HHSA 2Z1IA 1LWCA 4FJNA 2YKNA 3PUFA 4O0IA 4LD0A 3ZCMA 2Z1JA 2DY4A 3DYAA 3PY8A 2D0AA 4FM1A 4DTXA 4FLTA 1QHTA 4DTSA 4DQPA 2F8TA 1RBSA 2HVIA 3RMCA 1JLEA 3K5OA 2FBTA 4Z4CA 3SPZA 3SCXA 4CFBA 1IH7A 2G8WA 4DWIA 3NF8A 1ASVA 5J2QA 3L2VA 1J9AA 2G8FA 5SZTA 1T8EA 4NCAA 1G15A 4KFBA 4CK3A 2OZSA 4DSKA 1R0AA 4M3TA 2HHUA 4I2PA 4EZ6A 3U3YA 2VG6A 4CCHA 1IO2A 1WSGA 5HRPA 5T7BA 4CGGA 1D9DA 2LSNA 4HUFA 4CF1A 3QINA 4C8MA 3WNGA 2EHGA 3EY1A 3THVA 4KKOA 1KFSA 1BGXT 3AVAA 3ZT2A 3P83D 4KHNA 4CJTA 1C0UA 1DTTA 4R5PA 1S6QA 3OYHA 1D9FA 1UA0A 1W0HA 3C94A 4FJ8A 1YTAA 3NF9A 4RG8A 1IKXA 3HPOA 5HRSA 2PY5A 1RILA 2YNFA 3MXJA 4Z0UA 1YTUA 1Z25A 3NH2A 3SPYA 5CYMA 3VQ4A 1NJXA 3KD5E 1S9EA 4JS5A 5J2PA 3S3OA 3NGIA 2BGGA 1REVA 4DU4A 5EU7A 3TARA 4M3YA 3SQ0A 4IBNA 1CZ9A 4C8NA 1RT1A 1BCOA 4YFUA 1A5XA 1WLJA 4QOZB 1J5OA 3MEDA 3MXMA 1HJRA 3TANA 3OYJA 4C8LA 2NUBA 4PWDA 2YV0X 2HB5A 4CJ3A 4N76A 3QEPA 3BGRA 1WSJA 3AA2A 3ZT3A 4CHOA 1KSPA 4M42A 3L8BA 3D45A 3AO5A 1S1WA 3ZT4A 3I0RA 1Q8IA 3VQ8A 4WE1A 4CE9A 4CJRA 1QS4A 1YVUA 3AA4A 3OS1A 1RTIA 4Y1DA 5HBMA 1XC9A 4QCLA 3KLGA 3CM6A 1LWFA 2A1SA 2YHBA 4O5BA 3LP2A 2Q3SA 1BIUA 4DLEA 4CEBA 1S5JA 1VSKA 2P5GA 1SV5A 4OKKA 1BI4B 4J2AA 1BISA 3ZT0A 3HM9A 4DTRA 2RPIA 2HHXA 1C0MA 3K57A 4ID1A 3VQDA 1T03A 1ASWA 4BWMA 3L2RA 2P1JA 3DLGA 2E6MA 3HPGA 4ZTFA 1TV6A 3LAKA 3TI0A 5CZ1A 1RCHA 4GW6A 2XY6A 2BANA 1ZBIA 3HT3A 1RT2A 4PQUA 1U48A 1RT6A 2X78A 3M8PA 1BHLA 4DF8A 4BDYA 1VSJA 4FJXA 4BDZA 3ZSQA 4CK1A 3ALYA 1RBTA 2FBYA 3QEWA 3RRGA 1IKYA 3LWMA 3ZSZA 4OGCA 5CYQA 3KLFA 1KTQA 3AA5X 4I9LA 3TWHA 1WN7A 3PX4A 3HSTB 3QIPA 4DSFA 4DS5A 4CJ5A 3SZ2A 4FJIA 2XY8A 4F3TA 3DRSA 3KKRA 4CJSA 3JSMA 1B9DA 4IFYA 1WAFA 3PO4A 3LZIA 3CG7A 2JLEA 2O4IA 1DTQA 3M8QA 3AVMA 1JL2A 5DK5A 4LY7A 4CJ4A 3L2UA 1MU2A 4E0DA 3DLHA 1RTDA 3DM2A 4FJ5A 2Z1HA 3OVNA 1C6VA 1XHXA 3ZT1A 4DQSA 1TK5A 4NCGA 3LZJA 4B9UA 4ZHRA 4CJLA 1QQCA 4CF2A 3TAMA 4IG0A 4CGIA 4HCBA 4FLWA 1TL1A 2IS3A 4AHTA 2ITGA 4ZTJA 2RN2A 2XRIA 2GV9A 4CGHA 2ZQBA 5KRSA 3KKSA 2D0BA 1RBUA 1CXUA 4W5OA 3SUQA 2OYQA 4FZYA 3SUPA 2G8IA 1U04A 4M3UA 1VRUA 4Z4HA 4FLYA 1I3AA 4ID5A 4M41A 4E19A 3T3FA 1IKVA 1LWEA 1UWBA 2B4JA 3HPHA 5HRNA 3SQ4A 3OYIA 3SUOA 3OYEA 1N5YA 1WSHA 3KLIA 3L3VA 3AVKA 4YNQA 4E89A 4F2SA 3K5NA 2VG7A 4HUGA 1WSFA 1Q9XA 3H08A 4B9SA 2EX3A 3SV4A 4FJLA 4M3WA 1RBVA 3V1RA 3VQ7A 3TAEA 1S9GA 4MFBA 4KHSA 1LV5A 4CJVA 1QSLA 3VQ9A 2QK9A 4W5NA 1RT5A 3V81A 3QETA 3OS2A 1FKOA 3CYMA 3QLHA 4RW7A 3AV9A 3HXMA 2XY7A 1VSMA 3G10A 2X6SA 3IS9A 4B9MA 1UAXA 4N47A 4EP5A 1BL3A 4JLHA 4RW8A 4OPKA 4FJJA 2G8KA 4F2RA 1SL2A 3AO1A 3K5MA 4H8KA 3TAFA 3SJJA 1C1AA 1NK4A 1QTMA 4FK2A 4M45A 4E7KA 4C8KA 4Z4IA 5FRMA 4DTNA 4GMJB 1L5UA 2FC0A 4CJEA 3IAYA 1QE1A 5C42A 1Q9YA 2IOCA 3AVJA 3OYKA 1KVBA 1BI4A 2HNDA 4CHZA 1XHZA 4FM0A 4DSJA 5KI6A 1ZYQA 1JLBA 3KIOA 4CEDA 1KVCA 4OKJA 1A5VA 3F9KA 5SWMA 4G1QA 4F8RA 2DTUA 4W5TA 4ELTA 4CECA 3LALA 3MAQA 2D0CA 3DI6A 3NDKA 4NYNA 3VN5A 4B3OA 4HCCA 1KFDA 3NCIA 2B5JA 3HVRA 5CY4A 1TKDA 3AVCA 4IDKA 3OYGA 1L3VA 4J2EA 4Q0BA 4CJFA 1NOYA 2X6NA 1SKRA 2BDPA 4K8ZA 1WSIA 4E1MA 3ZSOA 5KTQA 3K5LA 4BE2A 3TABA 4E7JA 3TAQA 1NKCA 4OJRA 4CEEA 4DSIA 3B6OA 3O3GA 1U4BA 1C1BA 1LW0A 1Z26A 4CIFA 4B8AB 4FLZA 1VSFA 4CJPA 3QEVA 2DFFA 4LSLA 3HL8A 4FJGA 3MEEA 4CJWA 4B08A 1S6PA 3I0SA 4FM2A 3RTVA 1TK0A 3PO5A 1NK9A 2GBZA 3HP6A 1NJWA 1RT3A 1W9HA 3MECA 4DQQA 3VQ6A 1NKEA 3QIOA 5CZ2A 4IKFA 4DU3A 5J1EA 3V1QA 3L2WA 4RW4A 1YT3A 1HRHA 1VSHA 3HVTA 3O4NA 3V9XA 5I42A 1ZBFA 3T1AA 1JLGA 1QSSA 2HW3A 4OKEA 1X9MA 3DOKA 1JKHA 2BE2A 3C6TA 2VWJA 3M8RA 2OPRA 3K59A 3VA3A 4E7IA 2KZMA 4UQGA 1S1UA 3B6PA 1NJYA 3RR7A 4Z4GA 4I2QA 1RNHA 3O4QA 4CGFA 4C8OA 3ZSRA 4H4MA 5FROA 1VK0A 4CIGA 1T05A 1ZBHA 3IRXA 4HHTA 2HNZA 4NYFA 3DOLA 1T7PA 3O3HA 1C0TA 2W42A 2OA8A 2HHTA 4B9VA 2ZE2A 2KTQA 4DFKA 4HUEA 1BQNA 3QERA 3SV3A 4BWJA 5J2MA 2JGUA 4CF0A 4CEZA 1ASUA 3LPUA 4CF8A 3KK1A 1L3SA 3E01A 4RW6A 4KREA 1FXXA 2VWKA 4OLBA 1RDAA 4OLAA 1K6YA 3DMJA 2HHVA 2D5RA 3AVBA 1JXBA 4CHYA 4DFMA 4PA1A 3AO4A 5HROA 1FK9A 3LPTA 3NF6A 1VSIA 4KRFA 2RKIA 1GOAA 2XHBA 3NE6A 4DLGA 3U3GA 2HHWA 3OS0A 2P51A 2KW4A 4AHVA 4CEAA 4HVJA 4FW1A 3KK2A 1BQMA 3VQAA 1KCFA 2OPQA 1X1PA 1VRTA 4J2DA 4LSNA 1LAVA 1RDBA 4KO0A 5HLFA 3I8DA 2AJQA 2PYJA 2PZSA 2YKMA 3P5JA 4CESA 3DRRA 2KQ2A 1KVAA 1NJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DG1A 1CZAN 3AVLA 3CF5L 3CM5A 4JKBA 3LDLA 1QZ5A 4FM2A 1ITGA 3K9KA 2XO7A 3G25A 4JNEA 3QBWA 3S9HA 1A5WA 2RE2A 4FPBA 2A3ZA 2QXFA 5KRTA 3SI6A 2E6LA 1BA0A 3KK3A 4O44A 4FJKA 4ISEA 4DU1A 4XIUA 1WOQA 4DTOA 1NNEA 1S1VA 4JI3K 3AO2A 1J54A 5H1SQ 3ZX2A 1TL3A 4XEIA 3EYZA 2G8UA 4KPYA 3Q7CA 1U6ZA 2B6AA 2Y1IA 4OGEA 1ZBUA 4I9QA 5E41A 1WBBA 4JI7K 4IFVA 4CZLA 4IDHA 2FBVA 4JKEA 2XY5A 4CERA 2F96A 5BREA 4DR6K 1GLAG 5AZJA 4FK4A 4KV8A 1KQSM 3SYZA 4M3ZA 1OH5A 5DMRA 5IT9O 4O0JA 3NHGA 4B9TA 4CK2A 4BR5A 1HX1A 1YXQA 4O55A 1NK6A 3EL2A 5GAGP 3MN7A 4FK0A 1NM1A 3CXCM 1S72N 1SL1A 4DV6K 3WNEA 3VQPA 3O9QA 1U47A 1LW2A 3OY9A 3UKRA 4CF9A 5JS1A 4BRPA 5JLFA 4NCBA 2HVHA 5AQMA 5K14A 2DFHA 4JKCA 5AJ3K 4GKJK 4JKAA 3QNNA 2F9TA 3SQ1A 3VQEA 4DMNA 3E66A 3ULEA 4NLCA 1HNVA 1TUUA 5DM7L 3D2EA 2ZM6K 1C1CA 3JAMO 3TAGA 5F1XA 2O4GA 2A42A 1NKBA 3U8XA 3KLEA 1NK0A 1YF5L 3K2PA 4EFHA 3J7ZO 1N6QA 3HZ6A 1TAUA 1HKGA 3A2FA 5FPNA 3TAPA 2FF6A 3HTVA 4JI4K 1QSYA 4FW2A 4YOXA 4MQ3A 2NRHA 3OYLA 1X3MA 3D6RA 4KTQA 3WNHA 3EZ5A 4FJMA 2CGJA 3OYAA 4OVLA 3LL3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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