4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
1KLNA 3OYDA 5J2PA 1RCHA 1JLQA 2VG7A 1S5JA 4KKOA 3P83D 4I7FA 1DTTA 2G8WA 4FJGA 3AO5A 4CGFA 2X6NA 3AVIA 1W9HA 2E4LA 4DTMA 4JRPA 3QEXA 1NKEA 4DSKA 1U49A 3G10A 4KRFA 3AVFA 4KPYA 2D0CA 3DLBA 1S6QA 1HJRA 2DY4A 4CGHA 3OYNA 2HNZA 3I0RA 4W5NA 4KHWA 4FJ7A 1J5OA 5KRSA 4CJ3A 1NJZA 4CHPA 4N5SA 1D8YA 4FZZA 5EU7A 3OYFA 4LSLA 1VSMA 4CEEA 4CJUA 4FJXA 3SQ4A 4DS5A 3K5MA 2HW3A 2Y1JA 4J2BA 4DTPA 3OS0A 3AVMA 3SCXA 2BANA 4CIEA 1NK0A 4KHQA 2EHGA 1RDBA 3S3OA 3KKSA 1RTHA 3K57A 2DFEA 1C1CA 2BGGA 3B6PA 3OYMA 2OYQA 4BWMA 4CJTA 1RT7A 3L8BA 1HQEA 1KFDA 4M42A 4O0IA 2EX3A 2ITGA 1VSLA 4E3SA 4F3OA 2YNHA 3PO5A 4E7KA 3ALYA 3LWLA 1WAJA 3U3YA 3AA2A 4K8XA 4W5OA 4B9UA 1TK8A 3LAKA 4W5TA 3CFPA 2X74A 3LALA 4FLZA 3TAQA 4FK4A 1CLQA 4GMJB 1TAUA 1VK0A 3RRGA 1C6VA 1TKZA 4CF8A 1HRHA 3RMDA 3DLHA 3HL8A 4C8LA 3ZSRA 1XI1A 1WNSA 4I9LA 4DSEA 1ZYQA 1S1WA 3TAMA 4ID1A 4DLEA 3IAYA 1KFSA 4B3OA 4AHSA 3CQ8A 3PUFA 2ZD1A 4CF1A 1TAQA 1RBSA 4DTJA 5KRTA 1ZBHA 1RT1A 3QIOA 3DLKA 2XY6A 1HPZA 1JLEA 4OKKA 1IKYA 1FK9A 4Y1CA 3ZSOA 3QO9A 3VQBA 3L2QA 3NH2A 4KI4A 3K58A 3VQAA 1GOCA 3LDSA 1BL3A 2YNFA 4FJMA 4CFDA 1UAXA 1TVRA 3QERA 4NYNA 3TANA 2XRIA 4CJFA 1KLMA 2YHAA 3WNHA 5HLFA 1BCMA 1WSJA 4OKJA 4OPKA 5J2QA 4ID5A 3EY1A 1T05A 3LP0A 3F73A 4HHTA 3TAPA 1HYZA 1WLJA 1WSEA 2LSNA 3HYFA 4RW9A 4OPJA 1SL0A 4CJWA 2F96A 1B92A 5CZ2A 3VQEA 1LV5A 3V6DA 4EZ9A 2XY7A 3DI6A 3IS9A 3KK2A 3OYHA 5CZ1A 2GUIA 1XHZA 2OZMA 1KVCA 1RT6A 4JRQA 1X1PA 2E6LA 4DQRA 1DTQA 3D0PA 2OPPA 1WSFA 3V9XA 4M3UA 1UWBA 1JL1A 3ZSYA 3SPZA 5DK5A 1TGOA 2A1RA 4E7HA 1SL2A 2DFHA 3DRSA 4BDZA 2PYLA 3DLEA 4ELTA 3O3GA 3HJFA 4GVMA 4B8CA 1Q9XA 3M8QA 1LWFA 3T1AA 4EP4A 3S9HA 2RN2A 3QNOA 1N6QA 4DF4A 4FZXC 1J53A 1S1XA 3NH1A 1ITGA 4CHNA 1IKVA 4OGCA 3WNGA 1CXUA 2ETJA 3WNEA 4Z4EA 4NYFA 4AILC 4CEBA 4BWJA 3L2RA 1TK0A 4L8RB 4FLTA 4N41A 3C6UA 3TR8A 1JLGA 3V1RA 2KFNA 1C0MA 4B9NA 4DTOA 5DMRA 3SUOA 1NOYA 4CHQA 1VSKA 3HPGA 4YNQA 3SPYA 4HCBA 1B9DA 3K2PA 1WSGA 3KKRA 2PZSA 3I0SA 3VQ6A 4CEAA 4J2DA 3OJUA 3M8SA 5HRSA 4DU4A 1NKBA 4FJLA 2HHXA 4JLHA 4N47A 3MXJA 3OYLA 3RR8A 3DYAA 1TKXA 5FDLA 4W5RA 5HBMA 4CJVA 4B08A 5FROA 2X78A 5D3GA 4DF8A 2QK9A 3OJSA 3RMCA 3A2FA 1IO2A 2YHBA 4E7IA 4DSIA 1KVAA 4CEDA 1CZBA 2XY8A 3QLHA 4CJLA 1JLAA 5C42A 2KTQA 3QEPA 1IG9A 1EETA 1ZBFA 2G8UA 3LP1A 3MEDA 5E41A 4QOZB 4UQGA 3PY8A 5J2MA 4CGGA 1Q9YA 3DRPA 2WOMA 2VWJA 3AVLA 2KW4A 1NK4A 4H8KA 4E7LA 2FBYA 1WSIA 2HHQA 1A5WA 1S1VA 5HRRA 3AVAA 2XHBA 3PV8A 3EZ5A 2P5GA 4KHYA 5KGXA 1K6YA 1YVUA 3C95A 4OKEA 1WAFA 3ZSWA 4HTUA 4CEFA 1Q8IA 3V9ZA 3TABA 2ATQA 3SI6A 1GOAA 3NF8A 3AO2A 3DMJA 1T03A 4HVJA 3QEIA 4FLYA 1FKOA 3KK1A 3NBPA 1ZBLA 4CJKA 4FJIA 4KO0A 4CHZA 2RKIA 4CJ4A 3G0ZA 5JS2A 3KIOA 2I5JA 4F8RA 3V4IA 3CYMA 1Z25A 3S3MA 4M3ZA 4CJSA 4DQSA 4CK2A 4FJNA 4OLAA 1TV6A 4O55A 3QINA 3V1OA 4CGIA 1C0UA 1J9AA 3NH0A 5FRMA 2PYJA 3MAQA 1EP4A 2JLEA 3KLIA 3V1QA 3OYIA 4R5PA 3NHGA 1SL1A 1RTDA 4LH4A 4TSXA 3L2WA 1QSYA 3KLGA 1ASWA 4AHUA 1MU2A 4B9SA 1RBUA 1CZ9A 4AHTA 1RILA 3L2UA 3HO1A 2KZMA 3HP6A 2D0BA 3MECA 3NE6A 4PY5A 2G8HA 4M3RA 3O4NA 2FBXA 1U45A 4DWIA 4CF0A 4E0DA 1HNIA 1JKHA 2RF2A 4KFBA 1LW2A 1U47A 4DSLA 4M3XA 1ZBUA 2YV0X 1QSSA 4B9VA 4KHNA 4FM0A 4LY7A 1BISA 1B9FA 4O4GA 4CJ5A 4CJQA 3SYZA 2G8IA 2IAJA 3SV3A 1QHTA 4M41A 3AA5X 3ULDA 1KTQA 1HNVA 1KCFA 3UIQA 1BIZA 4FVMA 1X9MA 3L3VA 1GOBA 3T19A 1UOCA 1RBTA 5HRPA 1L3TA 1L3VA 3VQDA 3QETA 2XY5A 1HYSA 2KQ2A 3SQ0A 4BDPA 4OGEA 1NJXA 3ITHA 2YNIA 3QIPA 4KREA 1G15A 5I3UA 4ZTFA 4HUGA 3NCIA 4IG3A 4CK1A 4Q5VA 5KI6A 4FXDA 1C0TA 4CEQA 4OJRA 4FYDA 3NF9A 3CFOA 4C8NA 5J2NA 4RW4A 2HB5A 4KB1A 5JS1A 2IS3A 3V9WA 4Z4IA 3TAEA 3ZSZA 4C8OA 3DOKA 3VQ8A 2P5OA 4KHSA 3EYZA 5KGWA 4CEZA 5FRNA 3QESA 1RNHA 4O44A 3HT3A 1VRUA 3P5JA 3OYJA 5SWMA 4CJPA 1SV5A 4JS5A 2HHVA 4FW1A 4FK0A 1VSDA 4O5BA 4ZHRA 4Y1DA 4W5QA 4MFBA 1I3AA 1KVBA 5J1EA 3NAEA 1JXEA 4IFVA 4FJ5A 4C8KA 3B6OA 4J2AA 1I39A 3TAGA 1J54A 3OYKA 2P1JA 3DOLA 3SUQA 1U04A 4PA1A 1X9SA 3AO1A 3DLRA 2G8FA 4IDKA 4LSNA 3NGIA 4KTQA 3HPOA 3O4QA 1Y97A 2HNYA 3LWMA 4CK3A 4G1QA 3OYEA 3VA3A 4BE1A 1JLFA 4OVLA 4DFKA 2Q3SA 2NUBA 1FKPA 4HUFA 4DSFA 4DMNA 3AA4A 1LAVA 3DLGA 1YT3A 3NFAA 3AVGA 3ZT2A 3K5OA 4FM1A 1NJYA 3RTVA 4FJHA 3NGYA 4Z4GA 3JSMA 3CM5A 3C94A 4H4MA 3AVCA 3AVHA 3V9UA 1BHLA 1LW0A 2ZE2A 4M3YA 4ELVA 1S1UA 4DTXA 1D9FA 1IKXA 4CHYA 4AHCA 4RW8A 4XIUA 4EP5A 4DU1A 1ZBIA 3QEVA 1LWEA 2JGUA 4E1MA 3OYBA 2VG6A 3ISNC 3PX4A 4DQQA 1TK5A 4F2RA 4FLXA 3LZIA 2XO7A 2Z1JA 3SUNA 3C6TA 1XWLA 1XC9A 2OA8A 4B9TA 4OLBA 3LANA 4QCLA 1NOZA 2OPRA 3VQ9A 4HUEA 3OS1A 4KB0A 3LPTA 2WONA 4DFPA 3L2VA 4NCGA 3VQPA 3ZSXA 1NJWA 1VSJA 4E7JA 3KD1E 3ZSVA 3HVRA 2F8SA 3P1GA 3NDKA 2HHSA 1YTUA 2IOCA 5CYMA 1NK6A 4KI6A 1RBVA 3M8PA 1A5VA 1RDCA 3AO4A 4NCAA 1CXQA 4N56A 3O3FA 1S9EA 1HYVA 2E6MA 2OZSA 4DQIA 4PUOA 1HMVA 1T8EA 2G8VA 1JLBA 4DTSA 2HVIA 4CIFA 3NGZA 3LAMA 1DLOA 4FLUA 2OPQA 1IKWA 3F9KA 1O1WA 3HVTA 1A5XA 3AA3A 2YKMA 5HRNA 4FCYA 3V9SA 3K59A 4DFJA 3V81A 3HP9A 2B4JA 3LPUA 4EZ6A 3SQ2A 2QKKA 2Z1HA 3HM9A 4Z4FA 2OPSA 1QE1A 1RT5A 4E1NA 1RBRA 3VQ5A 1TL3A 1NK5A 1SKRA 4CFBA 2IDOA 1C1BA 1LWCA 4LH5A 1RDAA 4BACA 1EKEA 3ZT1A 3AVJA 4PQUA 3KLHA 3ZT4A 2R7YA 3WNFA 4N76A 3OYGA 1NK8A 1X9WA 4CFAA 4CIGA 4AHVA 5T7BA 3VQ4A 4DFMA 1NK7A 3IRXA 1F21A 3KJVA 1L3UA 4RG8A 2GBZA 1N5YA 4RW6A 2F8TA 3DRRA 1ASVA 3OY9A 2W42A 1Z26A 5HP1A 3MEEA 4CECA 1BQMA 1IH7A 2KFZA 1R0AA 1BQNA 3FFIA 1BCOA 5CY4A 4CESA 4M45A 4IBNA 5KTQA 4DLGA 1LAWA 4I9QA 3AVKA 3LP3A 4FJ9A 4FK2A 4KTWA 4FJJA 2G8KA 1VRTA 4CJRA 1TL1A 4I2QA 3LP2A 2HMIA 4B9LA 1C1AA 2GV9A 1SUQA 3OYAA 4DU3A 3SQ1A 4DQPA 3ZCMA 3U3GA 2A1SA 3TWHA 4IFYA 3I8DA 3IG1A 3CM6A 2PY5A 1XHXA 4DG1A 4FLWA 1W0HA 4DTRA 3MXIA 1UA1A 4MQ3A 1S9GA 3O3HA 3CG7A 1L3SA 3KLFA 4CE9A 4IG0A 3RWUA 3MEGA 2BE2A 4RW7A 3RRHA 3RMAA 3DM2A 4DSJA 2QKBA 3SUPA 3HK2A 1RT2A 1REVA 4C8MA 1VSIA 3HSTB 4CGJA 3OS2A 3QEWA 3VQCA 3HPHA 4Z4HA 3SV4A 4CGDA 4LD0A 4QAGA 4CCHA 3NF6A 1VSFA 4FM2A 1RDDA 5CYQA 4K8ZA 1SKWA 4BE2A 2AJQA 1RT4A 2VWKA 4CEOA 4DTNA 1QQCA 3THVA 3MXMA 4J2EA 1T7PA 1BIUA 4H4OA 3K5LA 2D5RA 2HHWA 3SNNA 2ZQBA 3RMBA 3OVNA 3ZT3A 4NCBA 2HHTA 1S1TA 1EX4A 1YTAA 1SKSA 2RPIA 2D0AA 3TARA 2Z1GA 1RTIA 1KSPA 2BDPA 3RR7A 4AH9A 3AVBA 3HXMA 4FW2A 4AHRA 4YFUA 1JLCA 1UA0A 3KD5E 4F2SA 4FJ8A 2HVHA 4DS4A 4E19A 3M8RA 5I42A 1NK9A 3L3UA 1JL2A 4HCCA 2IC3A 1BI4A 4ZTJA 5K14A 3CFRA 3VQQA 4ELUA 2YKNA 1WN7A 1D5AA 2DFFA 4JS4A 3K5NA 3U6FA 1VSEA 1RTJA 3SJJA 1BGXT 3AVNA 4FJKA 3PX0A 3SZ2A 4KV8A 4F3TA 4CHOA 1HQUA 1QTMA 3BDPA 1TKTA 2IGIA 3NF7A 2B5JA 3ASMA 4I2PA 3T3FA 3TAFA 1S6PA 2DTUA 3KTQA 2O4GA 2YNGA 4KAZA 4KHUA 5C25A 2FBTA 2FC0A 1U4BA 2Y1IA 4B9MA 4KTZA 1TKDA 3AO3A 4BE0A 3QNNA 3TI0A 3D45A 5SZTA 5HROA 2QXFA 4E89A 4CERA 4GW6A 4M3WA 4CJEA 4Q0BA 1L5UA 1JXBA 3VN5A 4B8AB 3H08A 2B6AA 3JYTA 3VA0A 1FXXA 1VSHA 2HNDA 2Z1IA 3BGRA 4ICLA 4Z4CA 4F4KA 4BDYA 1QS4A 4O0JA 1D9DA 1EXQA 4FLVA 4CF2A 2X6SA 2HHUA 2O4IA 2FBVA 4CF9A 3PX6A 3VQ7A 4FZYA 1NKCA 4PWDA 4IKFA 4CFCA 3LZJA 3ZSQA 4Z0UA 1WSHA 1QSLA 4WE1A 2KZZA 3OYCA 1BI4B 4M3TA 1RT3A 2VG5A 1KRPA 3KK3A 3E01A 4DTUA 3KLEA 3S3NA 1U48A 5C24A 2P51A 1ASUA 3PO4A 3ZT0A 3AV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYDA 4KKOA 2G8WA 3AO5A 4A59A 1U2VA 1KAZA 4DTMA 4JRPA 1VQ9N 3F5TA 1S6QA 1HJRA 3D2FB 4CGHA 5JVGL 2HNZA 3W0LA 3P4IA 4JI6K 4FJ7A 4CHPA 4N5SA 2BTFA 4G9ZA 5FPEA 3OS0A 1NK0A 2EHGA 3JS6A 3KKSA 1DKGD 2BGGA 3M5RA 4EAHD 2OYQA 3C65A 4BWMA 3UE5A 1HQEA 1KFDA 2EX3A 3BP8A 4F3OA 4BR9A 2FSJA 4B9UA 3PSFA 1TAUA 3ENHA 4FSVA 4CF8A 3RMDA 1XI1A 1WNSA 3CMEN 3EN9A 4WQ5C 4ID1A 3VPZA 3IDHA 1D4XA 2ZD1A 1TAQA 4B1ZA 4BC2A 2HBJA 2XY6A 1HPMA 4BRMA 3QO9A 3GOIA 1C0FA 2YNFA 4FJMA 4CFDA 4CJFA 1DT9A 5J2QA 5EXWA 5AQHA 3TPQA 3EY1A 3LP0A 4CZEA 3IFRA 4HHTA 1HYZA 1WLJA 4DKWA 1VQMN 3CD6N 2UXDK 3DI6A 4B3RK 5AQYA 1XHZA 3THWB 2OZMA 1X1PA 3V9XA 2OPPA 4B1VA 3ZSYA 1TGOA 5CR4A 3M8QA 3T1AA 3QNOA 4WFNL 2HF3A 3A5MC 1IKVA 4Z4EA 4AILC 4DR4K 4CEBA 2F7TA 3W3DA 3VGMA 1JLGA 5AQJA 3F2KA 1M1KO 3LDOA 2P9NB 3QICA 3SUOA 3SPYA 1B9DA 2NRHA 3KKRA 4FWQA 2HBMA 2P9PB 3S41A 5F1XA 3SBTA 5AQNA 2PZSA 3T1HK 1NKBA 5HRSA 4N47A 2YJFA 3DYAA 4W5RA 4DF8A 4GV9A 4BRGA 1IO2A 2YHBA 3OTOK 5BN9A 4E7IA 1KVAA 3KK7A 5C42A 1ESVA 3A0IX 1EETA 1ZBFA 1IG9A 2G8UA 3K9JA 2NNWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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