1CXUA

1.42a resolution asv integrase core domain from citrate
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
GPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PROTEIN (AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE)
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 143
sequence length 143
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1cxuA00
5FRNA 4M3RA 4M3ZA 1HQEA 3DI6A 2VG6A 3M8SA 1ZYQA 1HPZA 2OPSA 3NGZA 1REVA 3KIOA 3RMAA 4KHQA 4J2BA 4OKJA 4E7KA 3RWUA 4HHTA 4KTWA 3OJUA 4BACA 2HHQA 2X78A 2ZD1A 4QAGA 3AO5A 3PO5A 2DTUA 4GW6A 2OYQA 1QE1A 4BDYA 3KLIA 2IDOA 3NFAA 3TAGA 4E7IA 2GV9A 3AVAA 4BWMA 5SZTA 4DQQA 3DLBA 4O5BA 3IAYA 3OS0A 4CJ4A 3TAEA 4IFYA 2WOMA 3DLHA 2P5GA 1HYSA 4CGFA 1Q9XA 2YHBA 1KVAA 1WAFA 3TAMA 4FJJA 4F3OA 2HHVA 3KD1E 3RMCA 5KI6A 4AHVA 1TKDA 1TKTA 1UWBA 1UA0A 1TK5A 4AHCA 1W0HA 4FJLA 1SL0A 4FYDA 4O44A 1HMVA 3HPOA 4HTUA 1X9MA 4JS4A 4C8OA 4FVMA 4DS4A 1S6QA 3L3UA 1IKYA 1LAVA 1VSMA 2VG7A 3MXIA 1QTMA 3SCXA 1ZBUA 1L3TA 4FK0A 4PUOA 1NKBA 1TKZA 1U48A 3KLGA 1BCOA 1X1PA 4HCBA 2D0CA 2FBXA 3C6UA 4YFUA 3NF8A 2LSNA 4CJKA 4EP5A 1WLJA 1VK0A 4E1NA 1JLBA 4LD0A 4N56A 4ELTA 3LZIA 3V9ZA 4J2DA 4KFBA 2HHTA 2HHWA 1HYZA 1VSHA 4L8RB 4DWIA 1Y97A 3AA5X 1QSLA 4H8KA 3FFIA 3TANA 3HVTA 3L2VA 4KTQA 1S5JA 1B9DA 3HPHA 2ITGA 4YNQA 3KLFA 3PY8A 4CEDA 1RBRA 4H4OA 3HXMA 4ELUA 2X6NA 3LALA 2EHGA 1B92A 2HNDA 1EETA 4CGDA 1EXQA 4RW8A 3TARA 2B6AA 4CFAA 4CK2A 2O4IA 4QCLA 1TAUA 3K5LA 1S1XA 3MAQA 4FCYA 4HCCA 3L2QA 3OYKA 5HRNA 3CG7A 2JGUA 5KGWA 3NBPA 4Z4IA 4DSLA 4CJWA 2BGGA 1KSPA 1C6VA 2G8HA 3HL8A 4NCGA 1J53A 4B8CA 4B3OA 5T7BA 5CY4A 3VQDA 3DLRA 4N76A 3CYMA 2X6SA 3PV8A 3KD5E 1JL1A 3ULDA 2WONA 3AV9A 3VQ4A 4DQPA 3KKSA 5HRRA 4FLTA 1BCMA 1VSLA 3C95A 3QIPA 1HNIA 3T3FA 1N5YA 1WSGA 1EKEA 2HB5A 2XO7A 4AILC 5JS2A 3SUNA 2X74A 1IKWA 1BQMA 4W5QA 3M8PA 3SQ0A 5CYQA 4O4GA 3OYFA 2VWJA 2G8FA 3PUFA 4CEAA 2XHBA 4CJEA 1NKEA 2ETJA 3RR8A 4DTUA 4G1QA 1KLNA 4I9QA 1L5UA 2PZSA 3M8RA 4E7LA 1NOYA 5C25A 2DFFA 4CGGA 3VQ7A 5KGXA 3ZT2A 1FXXA 2F96A 4KI6A 3QIOA 3BDPA 4B8AB 4CK3A 3KK3A 3NAEA 1NK5A 1RT2A 4C8MA 3NCIA 1DTQA 1JLQA 3U6FA 3D0PA 3QNOA 1X9WA 2Z1HA 1ASVA 1GOAA 1SKRA 3LP3A 1WSFA 4DF4A 2RPIA 1KVCA 3OS2A 4CF1A 3LAMA 3ZSOA 3U3YA 4C8KA 3WNGA 4M3YA 3NF9A 4CESA 2XY7A 5J2NA 1S9GA 1B9FA 3TI0A 4KTZA 1R0AA 4E1MA 1NK0A 4CFCA 3RR7A 4F2RA 1CLQA 4FZXC 3TR8A 3LP1A 1SKSA 1RT5A 4HVJA 4CEEA 4FM0A 3D45A 4KB0A 4KHYA 4PWDA 2HVHA 4FXDA 1WNSA 4DQIA 4FJKA 1S6PA 1IKXA 3OVNA 2F8SA 4FJXA 4DU4A 1NK6A 2IGIA 1RDCA 4NCBA 3KJVA 3OYNA 3LPUA 4CF8A 1JLFA 1NJYA 1QQCA 4JLHA 3AA3A 3B6PA 3NDKA 3AVJA 1TL1A 3OYCA 2F8TA 2FC0A 5HRSA 1SV5A 4CGIA 3I0SA 4KI4A 2A1RA 4DSIA 4CHZA 1VSJA 3ZSWA 4BE2A 3DYAA 4OLBA 1L3UA 2FBTA 3ZSXA 3TWHA 4M45A 3QEPA 4KPYA 1RTJA 3I0RA 4RW7A 4E0DA 1FKPA 2D5RA 4LY7A 1WSEA 1RDAA 5CYMA 4O0IA 4DMNA 3NGYA 1BGXT 3OYAA 2IOCA 3AVNA 3HT3A 3LWMA 1HJRA 4DTNA 3L2UA 1LAWA 4CK1A 5FROA 3SPZA 1L3SA 4OKKA 1FKOA 5HROA 1W9HA 4CJFA 1DLOA 5HRPA 4FJIA 1A5VA 3V6DA 1YTUA 1SL2A 4MQ3A 4DTJA 1Q9YA 1D9FA 4CCHA 4DTSA 1G15A 3P83D 1HNVA 2O4GA 2OZMA 1NOZA 1TAQA 2E6MA 4IFVA 3SJJA 4HUGA 3ZT3A 2RN2A 3ZSQA 3QERA 1KCFA 4DLGA 4AHSA 4DTPA 2W42A 1T8EA 2Y1JA 1RBUA 1VRUA 1C1CA 1WAJA 2NUBA 3LP2A 2D0BA 4NYFA 4TSXA 1VSEA 4CEBA 4IG3A 1MU2A 2HHXA 3QESA 2YV0X 1WSHA 2KZMA 4CF0A 2YNIA 5DK5A 4DS5A 1UOCA 1JL2A 3I8DA 2YNGA 4DFMA 3DOLA 1RT1A 4PA1A 4FJ9A 3KK2A 5EU7A 4NYNA 4CJ5A 4BDPA 4PY5A 4KO0A 3ZT4A 1YTAA 4J2EA 1TK0A 4CJVA 2KZZA 1RILA 1Q8IA 3DOKA 4FLXA 4FJ8A 2QKKA 2HHSA 1RDBA 1NK4A 3CQ8A 3TABA 2HMIA 2RKIA 4HUEA 1IG9A 3KKRA 3V1QA 5I3UA 3PO4A 1U49A 1TGOA 3OJSA 1RNHA 4ELVA 1TKXA 1TK8A 4KV8A 2G8WA 1NK7A 3QLHA 3RRGA 5FDLA 4FLVA 3PX6A 3AVGA 2KTQA 2OPRA 3B6OA 3AVFA 4H4MA 3VQ8A 4DG1A 5KTQA 1RBTA 1RBSA 1JKHA 1NKCA 2BE2A 4B08A 3DLGA 4OGEA 4E89A 4Z4HA 4CJQA 3HJFA 4FZZA 3IS9A 3V1RA 2BANA 4FW2A 4W5OA 3RMBA 4ZTJA 4NCAA 1ZBFA 4FLUA 4ID5A 2XY8A 2OPPA 3OYIA 3OYHA 3S9HA 2G8IA 3VQ9A 3DM2A 4BDZA 3OYDA 3QINA 1WN7A 1GOCA 4CHYA 3C94A 4FLYA 2B4JA 3SV3A 1CXUA 4M3TA 4ICLA 3AVCA 4CHPA 1BI4A 3KLHA 4DFKA 2E4LA 3RTVA 3OYLA 4O0JA 4CECA 4N41A 5K14A 3NE6A 1VSIA 2A1SA 2QKBA 3KLEA 5HBMA 4Z4FA 3WNHA 2KFZA 3QEWA 3WNFA 1IO2A 4CJLA 3OYMA 3O4QA 3V1OA 4CIEA 3LWLA 3K58A 3SUQA 4LSNA 2IC3A 1EX4A 2G8UA 3ITHA 4CERA 3A2FA 4B9SA 1J9AA 1S9EA 1ZBIA 3AVIA 4RW4A 4DF8A 1S1TA 4M41A 4JRQA 4B9TA 1D9DA 3HP6A 4IKFA 4KHUA 1U04A 4RG8A 3HVRA 2R7YA 3HP9A 2VWKA 5DMRA 3AO1A 1I3AA 4CEOA 3MXMA 4CJSA 4N47A 3K59A 1HRHA 3PX4A 3SUOA 3U3GA 1UA1A 3QNNA 2DFEA 3V4IA 3SQ2A 3THVA 1RCHA 4F2SA 4PQUA 2B5JA 3LP0A 3KK1A 4OLAA 1JXEA 3AA4A 4CIFA 2OZSA 1FK9A 5KRTA 4AHUA 5C42A 3LPTA 4I2PA 3VQAA 3DLKA 4CHOA 4Z4CA 3S3NA 4CEFA 5KRSA 4N5SA 4DTMA 4RW9A 1KFDA 3O3GA 3RRHA 4ZTFA 4DTRA 2KFNA 1TL3A 4BE0A 3KTQA 3SNNA 3OYEA 1JXBA 4O55A 4QOZB 3TAPA 2PYLA 4Z4EA 3HK2A 4M42A 4W5RA 3AVBA 1RBVA 3HYFA 3K5OA 3LDSA 4B9UA 1RT6A 1O1WA 1TVRA 1ZBLA 1QSYA 2QXFA 1LW0A 2KQ2A 4KRFA 2BDPA 4CJ3A 4CJRA 3NF7A 3CFOA 4CGJA 4CHNA 3VQPA 3F9KA 4IG0A 5SWMA 2XRIA 1NK9A 2PYJA 1XHZA 4KAZA 1WSIA 2XY6A 3S3MA 3O4NA 1LV5A 2Z1JA 4OVLA 1NK8A 1BHLA 5J1EA 1XWLA 2KW4A 4CGHA 3CM5A 3DRPA 4LH4A 1VSFA 1U47A 3AVMA 3NF6A 3V9WA 4DFJA 2YNFA 1LW2A 1DTTA 1KTQA 3O3HA 4RW6A 4FM2A 4CHQA 3SQ1A 2GUIA 1KVBA 1F21A 1ASUA 4FZYA 5JS1A 3AVLA 1CXQA 1IKVA 4DTOA 3SUPA 1SL1A 2QK9A 3AO2A 4B9LA 1JLAA 2OPQA 3QEVA 3OYGA 4IBNA 2D0AA 3V81A 1L3VA 1BIUA 4GMJB 5CZ2A 2PY5A 3AVHA 1IH7A 4CJTA 1ASWA 3AA2A 4GVMA 4ZHRA 3O3FA 3OYBA 3JSMA 4M3XA 1BL3A 1WSJA 3HPGA 3QEIA 4DSKA 1XHXA 3DLEA 4KHNA 3F73A 1QS4A 3IG1A 4DU3A 2HNZA 4DFPA 2Z1IA 4FK2A 1J54A 3EY1A 5J2QA 5I42A 4FJ5A 2Z1GA 3NHGA 3HSTB 4E7HA 2ATQA 3NGIA 4I2QA 1RT3A 2DFHA 3K5MA 4OPJA 2YHAA 4Y1CA 1NJZA 1S1WA 4J2AA 3T1AA 1C0UA 4EP4A 5HP1A 3PX0A 5CZ1A 4KREA 4AH9A 2FBYA 2IAJA 3OYJA 2YKNA 1XI1A 3AVKA 4KHSA 1GOBA 4KB1A 4E19A 4W5NA 1LWFA 2P51A 2OA8A 3JYTA 3NH1A 4FW1A 1VSKA 5J2PA 1A5XA 3P1GA 1BIZA 2I5JA 2HNYA 4C8NA 4UQGA 4CJUA 1RTDA 1KLMA 4AHTA 3ZT1A 2JLEA 4XIUA 3EZ5A 3SZ2A 3L8BA 1SKWA 1KRPA 4CJPA 4JRPA 4JS5A 4WE1A 2RF2A 2ZE2A 1T03A 1CZBA 1BQNA 3CM6A 4I9LA 3SV4A 1D8YA 3UIQA 3VQ5A 3MECA 3TAQA 4FJHA 3L2RA 3VQCA 4Z0UA 3K2PA 1RT4A 4Y1DA 1U45A 3MEGA 3NH0A 4CEQA 5C24A 3S3OA 4FJ7A 3SQ4A 3P5JA 4MFBA 4OKEA 4K8XA 3TAFA 3K57A 2DY4A 2YNHA 1I39A 5D3GA 1YVUA 4R5PA 4CIGA 3HO1A 3LAKA 5E41A 4M3UA 3G0ZA 3IRXA 4CE9A 3SYZA 4FJMA 3VQBA 3V9SA 1Z25A 4FK4A 1CZ9A 1RDDA 4Q5VA 4CEZA 3MEEA 4DQSA 1N6QA 1S1UA 3CFPA 3RMDA 4Q0BA 3AO3A 4IDKA 3M8QA 3DMJA 1U4BA 4EZ9A 4FM1A 4F8RA 2G8KA 4C8LA 4Z4GA 3WNEA 3H08A 4CFBA 1C1AA 3NH2A 1EP4A 4W5TA 1X9SA 1LWCA 3MEDA 3OY9A 3ZSYA 3BGRA 1C1BA 3VA0A 4DTXA 4LSLA 3SI6A 1XC9A 2E6LA 4B9VA 3ASMA 4EZ6A 4DSFA 4FJGA 2YKMA 1J5OA 3E01A 2P5OA 3DRSA 3LZJA 5FRMA 4FLWA 4FJNA 2HW3A 4DU1A 3ZSZA 3L3VA 4CF9A 4B9NA 4B9MA 5J2MA 1RTIA 1KFSA 4F3TA 3VQQA 1JLGA 1S1VA 4FLZA 4F4KA 1BISA 1TV6A 2FBVA 3VQEA 1QSSA 4OJRA 2Q3SA 4OGCA 4LH5A 3LANA 3ZSRA 1NJXA 3ISNC 3SPYA 3QETA 4KKOA 3VN5A 3K5NA 3ALYA 2IS3A 4M3WA 2HHUA 1RTHA 3HM9A 3VA3A 2EX3A 4DSEA 3QEXA 2G8VA 4E7JA 3EYZA 2HVIA 3VQ6A 4AHRA 1HYVA 1RT7A 3ZT0A 1ITGA 4BE1A 1C0MA 4BWJA 3G10A 3MXJA 3AO4A 5HLFA 1C0TA 1YT3A 3CFRA 1LWEA 4DQRA 1K6YA 4K8ZA 3V9UA 2P1JA 4ID1A 4KHWA 4E3SA 4HUFA 1UAXA 1VRTA 2VG5A 3L2WA 1JLEA 3T19A 3C6TA 3ZSVA 3V9XA 1BI4B 1VSDA 1A5WA 1Z26A 1ZBHA 1QHTA 3QO9A 1JLCA 4CF2A 3ZCMA 1NJWA 2AJQA 3OS1A 4CFDA 1T05A 4OPKA 4DLEA 2ZQBA 4DSJA 3DRRA 2XY5A 1HQUA 1SUQA 2GBZA 2Y1IA 1T7PA 1D5AA 4I7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F5TA 3CERA 5E84A 2DPNA 3DI6A 2VG6A 3LDNA 3K0SA 1ZYQA 3NGZA 3RWUA 4KTWA 2W41A 4AF1A 2X78A 3PO5A 2IDOA 3TAGA 3ATVA 4E7IA 2GV9A 3IAYA 4DQQA 1JCGA 2WOMA 2ZGZA 1WAFA 3TAMA 4OPAA 4H0VB 4ISEA 3RMCA 1TKDA 4FYDA 5AQJA 1UA0A 4NXMK 3ZX3A 3LL3A 1SL0A 1WBBA 5H1SQ 2NRVA 1IKYA 3MXIA 4K43A 4PUOA 1L3TA 4WFAL 4DV2K 3KLGA 1X1PA 4KBOA 3O9UA 4E1NA 4A5BA 3QBWA 2E88A 4BRDA 5BPLA 4ELTA 1MWMA 4KFBA 1VSHA 4PKIA 5LJVA 3AA5X 1QSLA 4H8KA 3L2VA 1S5JA 5KPRA 4ELUA 4YNQA 1IV0A 2QWNA 4FWPA 5EX5A 1EXQA 4RW8A 4CFAA 4BQLA 4QCLA 4HCCA 3L2QA 1M1KO 1Q7YO 4KH4A 5KGWA 3NBPA 3M5RA 4DSLA 2BGGA 2QWPA 1C6VA 2G8HA 3HL8A 5T7BA 2YCHA 3WXLA 1GLJO 2X6SA 3ULDA 5C2DA 1DEJA 3C95A 3VTHA 2A41A 1HNIA 4K42A 3T3FA 1HKGA 1WSGA 1EKEA 2NRHA 2HB5A 1KD1O 3E9LA 4B1UB 1TYQB 3FE1A 2ETJA 4JKFA 1RFQA 1NOYA 5C25A 5LJWA 4NXNK 3VQ7A 2Q36A 1RT2A 1JLQA 1SZ2A 1NLVA 2FLOA 4DF4A 2OTJN 3LAMA 1GLLO 1S9GA 1JJ2M 4F2RA 2QA4N 3A5LC 4CZMA 2ASPA 4WQ4A 1SKSA 1YHQN 4FXDA 1S6PA 3OVNA 1FJGK 4FJXA 2FXUA 1NK6A 5AQRA 3KJVA 4CF8A 1NJYA 3B6PA 1TL1A 1OH5A 3OA9A 5HRSA 4CGIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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