1CXUA

1.42a resolution asv integrase core domain from citrate
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
GPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Avian sarcoma virus
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE)
total genus 54
structure length 143
sequence length 143
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1cxuA00
1B9DA 2YNFA 4IBNA 4I2QA 4R5PA 3TAFA 3O3HA 2BGGA 4MFBA 1JL1A 3AVHA 3KIOA 3V6DA 4J2EA 2KQ2A 3AA4A 1QSLA 5SWMA 2PYLA 3VQ6A 4F2SA 2OPSA 4FJ5A 1VSKA 5KGWA 4DU1A 4PUOA 1SKRA 5CYQA 4E1NA 3E01A 4N5SA 3L8BA 4HCBA 4BWJA 4FLVA 1A5XA 3K58A 1JLBA 1Z26A 1UWBA 2F8TA 3IAYA 1KLMA 4E7IA 2P5OA 3S3OA 1TL3A 4CJEA 1NJWA 3TANA 4FJIA 1REVA 2X6NA 3K2PA 1EXQA 4ICLA 3LWLA 3SQ4A 2G8FA 4B9MA 1ASVA 1VSEA 4M3RA 3OVNA 4J2AA 2Z1JA 2KW4A 3QINA 3PX4A 3HP6A 1N6QA 3NF9A 1RTDA 3SI6A 3HPGA 1RT5A 4CIGA 4DTRA 4CEQA 4HVJA 3AVFA 1FXXA 4O5BA 4CJWA 3ZSWA 3ZT2A 4FJKA 4CHNA 3TI0A 3L3VA 3QEWA 4W5RA 4F2RA 5D3GA 1VSJA 3U3GA 4CGFA 1TL1A 1LWEA 1S5JA 4KPYA 3AA2A 2GBZA 3NCIA 4DLGA 3C94A 3QEIA 3QNOA 2Y1IA 3SPYA 4CEBA 4KHQA 1QSSA 2OYQA 1T05A 3O3FA 4KHNA 3CQ8A 4CJLA 3V9XA 2KFZA 4OGEA 4FM0A 4KHSA 3SYZA 3NGYA 4CJQA 1SL1A 5CZ1A 1KRPA 4M41A 4CEZA 3ULDA 1BGXT 1RBVA 1L3SA 4RW6A 2DFEA 2XHBA 3A2FA 1NK5A 4FLZA 3V1RA 3RR8A 5HP1A 4FLYA 5E41A 1WSGA 3VQ5A 4HCCA 4BACA 5J2NA 3DLBA 1QQCA 1HQUA 3CM6A 5KGXA 3QO9A 1W9HA 1WSIA 3TR8A 4I9QA 1Q9YA 4DS5A 5FRNA 2GUIA 5HRRA 3K5NA 3DRRA 2D0AA 1NJYA 3LP2A 4CHYA 2ITGA 1IH7A 4HHTA 4KRFA 1TK5A 4KHWA 2G8IA 4CHQA 4B8CA 1J5OA 2IAJA 4CJ5A 3OYIA 3O4QA 4DQQA 4ELTA 3ASMA 4Z4IA 2HHSA 3HM9A 1RT4A 1WSJA 3WNFA 4O0IA 3L2UA 4JS4A 1B92A 1TKDA 4IG3A 2Q3SA 3KLFA 4E0DA 5J2MA 3SUQA 1RTHA 4CGGA 4C8KA 1YTUA 2YV0X 4OLAA 4CF8A 3K5LA 4BDYA 3C6TA 3IS9A 4FXDA 3ZT4A 4K8XA 3HPHA 1LW2A 4CJFA 5JS1A 1N5YA 4ZHRA 4IG0A 1WAJA 4JRPA 1KSPA 1CZBA 1F21A 1RT2A 1RBTA 1HQEA 3RRHA 4O55A 4M42A 4Z4HA 3KK1A 3L2VA 4JS5A 1NK4A 4CF0A 2B4JA 3MAQA 1JLFA 1K6YA 1WSHA 4AILC 4OGCA 3U6FA 1NJZA 1KVBA 3THVA 1KLNA 4FJ8A 2P5GA 1GOCA 1HYZA 1FKPA 3D45A 4KHYA 3NE6A 1RDBA 3VQ4A 5KRSA 1S1WA 3SQ2A 3QERA 1ZBLA 4OPKA 4DTSA 1RT1A 1QSYA 2OA8A 4OJRA 1JKHA 4Z4EA 3OYJA 4OLBA 1I39A 1NKEA 1HJRA 4B9UA 4DSJA 4BE0A 4WE1A 1BIZA 4B9NA 3VQ7A 4CJTA 1IO2A 4ZTJA 2O4GA 4Q0BA 4CFBA 1JLEA 3DOKA 2HHVA 1S6PA 4CESA 4CFDA 4CEDA 3K57A 3QIOA 4HTUA 2HHUA 1IKWA 5FROA 2WOMA 3CFOA 1XWLA 3DMJA 4CF2A 1S1VA 1GOAA 1VSDA 2B5JA 4CGDA 1C0MA 5CY4A 1U48A 2ZE2A 3T1AA 3AVKA 4PA1A 3RMAA 3PUFA 4ID1A 3KD5E 1C1CA 1RBSA 4CIFA 1KVCA 4LD0A 3TABA 1FKOA 1HMVA 1Q8IA 3HP9A 1XC9A 5DMRA 2PY5A 2FC0A 3NF7A 2DY4A 1VK0A 4BE2A 4CHZA 2YNGA 4IFVA 1CXQA 2HNYA 3MEEA 4DFPA 3SPZA 4DSKA 1BIUA 1JLQA 1WSEA 3ZT0A 3S3NA 4RW8A 4CGHA 3EY1A 1TVRA 2D0CA 3MECA 1JL2A 3O3GA 3CM5A 2W42A 2IS3A 4I7FA 4DF4A 4DSIA 4Z4GA 4RG8A 3M8QA 1VRTA 5KRTA 1S1TA 4C8NA 4KB0A 3SNNA 1NK8A 5HRNA 3QETA 3AVLA 1NKCA 3C6UA 3OYHA 1EKEA 1WSFA 3LAMA 4DQRA 4DTJA 1JLCA 2IGIA 3L2WA 4DQSA 4Z0UA 3QNNA 2LSNA 1IKVA 1BHLA 3MXJA 3OYNA 1GOBA 2VWJA 1KFSA 4CJ4A 4AHRA 3ZSZA 4Z4CA 4FJGA 4NCGA 2AJQA 4DFMA 3NGIA 5K14A 3TWHA 4KO0A 1TV6A 2OZSA 2O4IA 1ZBIA 1KTQA 3LPUA 4E89A 5J2QA 3DM2A 1TKXA 3S9HA 4FK2A 4PY5A 2RN2A 1VSIA 3LP1A 4TSXA 4DG1A 3VQPA 2HNDA 1XHXA 3HXMA 5FDLA 4G1QA 1BQMA 3G0ZA 1RTIA 3LZIA 4B9LA 4FK4A 2QXFA 4DQPA 3OYGA 4QOZB 1Z25A 4O0JA 4OKKA 4FW2A 4FM2A 4AHSA 1WNSA 3ZCMA 1KFDA 4E3SA 1SKSA 4ELUA 4KHUA 3HPOA 1W0HA 2HHQA 1TGOA 1NK6A 3RMBA 4C8MA 1QHTA 4GW6A 1QS4A 4DWIA 4Y1CA 2OZMA 4OPJA 4LSLA 4Q5VA 3LP0A 3LZJA 4M45A 1RCHA 3IRXA 4DQIA 3P5JA 4N47A 4OKEA 2VG5A 1B9FA 1HYVA 4IFYA 3RMDA 3BDPA 2FBYA 2I5JA 4GMJB 3NHGA 1VSLA 2RKIA 4DSFA 2YNHA 2BE2A 3HJFA 3PO4A 2YNIA 3OYLA 3VQAA 3AV9A 1BI4B 4CF9A 5J1EA 3KK2A 1DLOA 2Y1JA 1RTJA 3RMCA 4CIEA 2QKKA 4CK2A 1ZBHA 5I3UA 3LALA 1WN7A 4E7HA 3AO3A 1D9FA 4HUGA 4NYFA 3ZSYA 1T03A 3AVJA 3NGZA 5CZ2A 1D9DA 4W5TA 1UA1A 4M3ZA 1JLGA 2RF2A 4I2PA 4M3TA 3OYEA 3VQ9A 2E6LA 4CEOA 4FLWA 2XY8A 4DU4A 1SKWA 2X74A 2BANA 3VA0A 1RILA 4N56A 3PX6A 3CFPA 3TAMA 2HNZA 4GVMA 3SCXA 3VQQA 3DLHA 1DTTA 2R7YA 4JRQA 2YHAA 5J2PA 1LV5A 1HNVA 2X78A 3DRPA 4W5OA 2XY5A 3OYKA 3KK3A 4DTNA 1JXBA 1U4BA 1Y97A 5KI6A 3CFRA 1LWFA 3NH2A 2QKBA 3ZSXA 1LWCA 1SL2A 1SV5A 1KVAA 3F73A 1L3UA 1XHZA 2HHXA 4CJUA 3VQCA 1LAVA 4C8OA 3V9ZA 3I0SA 4KI4A 3AVCA 1RT6A 1YVUA 1IKXA 2OPQA 4MQ3A 5KTQA 1CLQA 2WONA 4CK1A 4RW4A 4KREA 2KZMA 3DRSA 3OYBA 4N41A 4FM1A 4M3XA 1LW0A 1S1UA 2YKNA 3AO1A 1L5UA 3OYMA 3OJSA 1RDCA 1C0UA 3WNHA 3TAQA 3KKRA 3HT3A 2FBTA 3SV3A 1VSMA 4DFKA 4JLHA 3AVIA 2HHTA 1BCMA 4AHVA 1X9SA 4FJLA 4H4OA 3LDSA 1I3AA 3VA3A 1BCOA 1RBRA 4QCLA 1NK9A 3V81A 1RT7A 3LAKA 5CYMA 3HO1A 4CCHA 4FJNA 3DLGA 1T7PA 3L3UA 3LANA 1RDDA 3NFAA 1IKYA 3AVNA 2ZQBA 3K5OA 3V1QA 4CJ3A 5C42A 3NH0A 4DU3A 3QESA 4NYNA 3T19A 3QEXA 3MXMA 4K8ZA 4DSEA 2DTUA 4OVLA 3I0RA 2IDOA 3KJVA 2A1RA 4I9LA 1EX4A 5T7BA 3H08A 3G10A 2JLEA 3AVAA 4E19A 3HVTA 4AHCA 1U47A 1ZBUA 1NK7A 4F3TA 2Z1HA 1HPZA 3M8RA 2Z1IA 1ZBFA 5HRPA 3KLHA 3MXIA 3ZSOA 1S1XA 1A5WA 3I8DA 1C1BA 1ASWA 1U49A 4CEFA 1LAWA 1TKTA 2D0BA 4AHUA 3LWMA 2A1SA 3KTQA 3LPTA 1TAQA 4DTOA 3OYFA 1U45A 2XO7A 4KAZA 4B08A 4FZXC 4IDKA 4FJMA 4FJXA 3LP3A 4E7KA 4DFJA 1C6VA 1CZ9A 4FYDA 2EX3A 4Y1DA 4CGIA 1RT3A 4KTWA 4RW9A 4DTMA 3WNEA 4CK3A 3KD1E 4CE9A 4ZTFA 2FBXA 2G8KA 4CJRA 2YHBA 2QK9A 3ZSRA 3OS2A 2XRIA 4FCYA 4DF8A 1QE1A 4FZYA 4DMNA 4KB1A 1L3TA 3AO4A 3RTVA 2B6AA 4RW7A 4CEEA 4M3UA 1QTMA 3L2RA 4NCBA 4F4KA 1S9GA 2FBVA 5HBMA 3FFIA 2Z1GA 4FJ9A 4ID5A 2VG7A 3K59A 2VWKA 3DYAA 4CJPA 3KLEA 3K5MA 3V9WA 3PV8A 1O1WA 3TARA 4BDPA 4KI6A 4PWDA 1RNHA 5I42A 4PQUA 1YTAA 4KV8A 4DTPA 4CECA 3SQ0A 3S3MA 3AO2A 4AH9A 4O4GA 4CFAA 4CJKA 4BDZA 5FRMA 3JSMA 1UA0A 4CERA 4F3OA 2KZZA 4B9VA 3SQ1A 4AHTA 1YT3A 2HHWA 4FJ7A 2RPIA 3UIQA 2P51A 3VN5A 4H8KA 4KKOA 3M8PA 1Q9XA 4FW1A 3OY9A 1NKBA 4FK0A 2E6MA 5DK5A 1X9MA 3CG7A 3T3FA 3V4IA 3ZSQA 1BL3A 2VG6A 3P1GA 2YKMA 3JYTA 4NCAA 1FK9A 3RRGA 4FZZA 3DLRA 1TKZA 4HUFA 1VSFA 2HB5A 3ISNC 4XIUA 3TAGA 3RWUA 1NOZA 3VQ8A 3HK2A 5JS2A 5HLFA 2F8SA 3QLHA 3WNGA 4LH5A 4E7LA 3U3YA 4OKJA 1WAFA 2X6SA 4Z4FA 3HSTB 4E7JA 4E1MA 4CEAA 3SUPA 1X9WA 3KKSA 1HYSA 2D5RA 3IG1A 3MEGA 3AVGA 4CGJA 2IC3A 1UAXA 2F96A 2ATQA 4LY7A 3V9SA 3SUOA 1RDAA 1EETA 2JGUA 4YNQA 1XI1A 3DLKA 4J2BA 3BGRA 1RBUA 2ZD1A 4DTUA 4LSNA 1TAUA 1HNIA 4CF1A 3OYAA 3OYDA 4FJJA 4FLXA 2KTQA 2ETJA 2PZSA 1BI4A 2P1JA 1MU2A 3F9KA 3NDKA 3ITHA 3O4NA 4CHOA 4ELVA 3NAEA 4DSLA 1D5AA 2KFNA 3SUNA 4QAGA 4H4MA 3ZT1A 1L3VA 3RR7A 4IKFA 4W5QA 1TK0A 3V9UA 3C95A 3SV4A 3M8SA 3PX0A 3SJJA 4KTQA 3V1OA 2GV9A 2G8HA 1ZYQA 4KFBA 3ALYA 2G8VA 2OPRA 4FLUA 1S9EA 4UQGA 4CHPA 5EU7A 1TK8A 1SUQA 1DTQA 3AVMA 3DLEA 2XY6A 1C0TA 1ASUA 4O44A 1EP4A 3PY8A 4FVMA 1J9AA 4EP4A 3AA3A 4CFCA 3OJUA 1G15A 5SZTA 4F8RA 4CJSA 3NH1A 1X1PA 1BISA 1KCFA 4J2DA 1R0AA 1A5VA 3DI6A 3L2QA 1HRHA 1D8YA 4B9SA 2EHGA 4DS4A 3OS1A 1BQNA 2NUBA 1C1AA 1J53A 5C24A 3VQEA 2DFHA 3B6PA 1VSHA 2XY7A 1NOYA 4FJHA 1CXUA 5C25A 4DLEA 3SZ2A 4C8LA 1U04A 1J54A 4B8AB 2HW3A 3MEDA 1NJXA 3VQDA 4FLTA 3AO5A 3QIPA 2IOCA 3QEPA 2G8UA 1T8EA 3NF8A 2HVHA 2HMIA 1SL0A 1JLAA 4CJVA 2BDPA 4BE1A 2HVIA 3AVBA 3OYCA 5HROA 3KLIA 3TAEA 2PYJA 4M3WA 3TAPA 2DFFA 3PO5A 2OPPA 3NBPA 1UOCA 2E4LA 4M3YA 4EP5A 4LH4A 1JXEA 3DOLA 4B9TA 4HUEA 1S6QA 3EZ5A 3QEVA 1WLJA 4B3OA 3P83D 4YFUA 1NK0A 3CYMA 4DTXA 4BWMA 3AA5X 3HYFA 3B6OA 1VRUA 3OS0A 2G8WA 3D0PA 4EZ9A 3HL8A 1IG9A 3VQBA 4EZ6A 3ZT3A 4N76A 3NF6A 4KTZA 5HRSA 3KLGA 4W5NA 3ZSVA 1ITGA 3HVRA 4L8RB 3EYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQIA 3M3ZA 3H6EA 3V6DA 4U67L 4BRIA 1SS6A 2OPSA 4F2SA 4DU1A 5CYQA 4N5SA 4OPHA 3DXKB 4FLVA 4PKGA 3K58A 1Z26A 2O8CA 1VQ7N 3PSFA 3O9TA 4CJEA 1YVNA 3L6QA 1REVA 3CJ7A 4B1ZA 3ATUA 2Z1JA 3U9DA 2F4VK 4PL8A 5E84A 3SI6A 3HPGA 3SLCA 1RT5A 4CIGA 4A2AA 1K8KB 3JAMO 3DXKA 4CJWA 4JHDA 3QEWA 4F2RA 1LWEA 3P4IA 4KPYA 1HUXA 3QEIA 4DLGA 1QHAA 4QS9A 4FOIA 1QSSA 3O3FA 3CQ8A 3DLLL 1RBVA 3DXMB 4LF7K 2VCPA 2IVPA 5HP1A 4H5VA 1WSGA 2PFUA 3I33A 4BACA 1WUAA 3HZ6A 5KGXA 3TR8A 5FRNA 2GUIA 3DRRA 2ITGA 2G8IA 4CHQA 1XUPO 4JYAK 4CJ5A 5BN9A 1HJOA 3K9JA 3L2UA 4JS4A 3VGMA 4E0DA 1ILYA 1RTHA 4C8KA 5GAGP 1X3MA 3QBXA 5BRFA 4BG8A 1YJWN 3IS9A 3ZETB 3EL2A 4CJFA 4G9ZA 3MN5A 4BC2A 4YOWA 1WB9A 1F21A 4M63C 1HQEA 3KK1A 4JS5A 1NK4A 3MAQA 1JLFA 1WSHA 1NJZA 4OGCA 3ID8A 2P5GA 3O6WA 1OH6A 1H1VA 3QERA 3E66A 4OPKA 4FWNA 4OJRA 5M1QA 3OYJA 3A0IX 4BRGA 4M7YA 5CE3A 2Q36A 4ISGA 1NM1A 1BIZA 2ASOA 3NVMA 4WE1A 4B9NA 2HHVA 4CFBA 3DOKA 3IMXA 4CFDA 3K57A 3CFOA 1XWLA 3SAFA 5CY4A 4GNIA 3AVKA 3W3DA 4A59A 4FSVA 1Q8IA 3HP9A 1VK0A 3O5BA 4IFVA 1CXQA 3BF3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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