3LDLA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 114
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldlA04
4BQZA 1NMDA 2QW9A 2QWQA 3JS6A 4IWVA 3VEXA 3U9ZA 4WYBA 2P9KB 1BA0A 4K43A 2E1YA 5FPDA 2IVOA 3R9PA 3DXKA 1R59O 2OANA 4FWOA 3TPQA 3VEVA 5AQYA 3QMLA 4EHUA 2A3ZA 5AQXA 2F9WA 3O4WA 3WQTA 1HKGA 5AFUA 4K42A 2FSJA 5AQUA 2PAVA 3VPZA 2YJEA 5FPEA 3C7NB 3IFRA 2P9PB 3VF6A 2P9UA 4Y0WA 1YXQA 3DWLA 4DB3A 4H5NA 3FR0A 2P9IB 5BPNA 1C0GA 5AZIB 4CZKA 1HJOA 2ASOA 4QS8A 2AA4A 1NGEA 3BF1A 5AQIA 4JN4A 3CETA 5AQHA 4JAXA 2CGKA 5AQOA 3UB5A 2HOEA 3LM2A 3EKUA 3VF4A 3O8MA 3JXUA 3RSEA 3D2EA 3ZX3A 5AQLA 3H46O 3AAPA 4YDUC 1GLDG 4WQ5A 3M6GA 5F1XA 2A6AA 3BEXA 3KZBA 1T6DA 1BO5O 3FZLA 3H3NO 2QWMA 3MK6A 5EVZA 1P8ZA 4H03B 4XH4A 3MN7A 4AM6A 2A41A 1NGFA 4RTFD 1KAXA 1SQKA 1YUWA 4B1ZA 3QB0A 3SLCA 2P9SB 3FLCO 3VESA 4F9OA 1NM1A 1WOQA 3HSCA 3VOVA 1GLCG 1RFQA 4A2AA 4BR9A 4CZHA 1QZ5A 4K41A 3FGUA 4B1WB 4BC2A 3LL3A 1Z05A 2QWLA 3KHYA 4B9QA 4BR2A 2Q36A 3FZMA 4FWMA 3VEZA 2A5XA 2W40A 3A5NC 1NGCA 3VEWA 1BWFO 3GBTA 2PBDA 3D7EO 1LOTB 3FZKA 1XC3A 2E2NA 4BRCA 4E1JA 3MDQA 1HX1A 2YHXA 3W0LA 4CZJA 4H0TB 1U2VA 4IXCA 4FL9A 5AQGA 4IJNA 1S3XA 3O6WA 2YI1A 4CD1A 1BG3A 5AQTA 5EXWA 4FSVA 1J6ZA 2YCHA 3ULEA 4CZIA 2HF3A 3CQYA 5EOYA 5AQMA 1CZAN 3WXLA 4FWRA 1X3MA 5LY3A 2V51B 2QWNA 4BR4A 4CZLA 3A5MC 4BRDA 5BN9A 4DQ8A 3SK3A 3VENA 2IVNA 3VGLA 3O1BA 2D0PA 5I9EB 1ATSA 3VGMA 2ZGYA 5ELZA 3S41A 5AQRA 3DXMB 1YVNA 4EFHA 2H3GX 1LCUA 4BVPA 1E4GT 3U9DA 3VEYA 1QQMA 3U8XA 3CHWA 3CJ7A 3CJ9A 4M63C 3KVGA 2GUPA 5F0XA 1X3NA 4PKHA 3VGKA 3P4IA 5BREA 5AQWA 3HBTA 3MN6A 4RWTA 2E2QA 2Q0UA 3ZX2A 3ENHA 4I6MB 3ZETB 3WEEB 4WQ4C 4XEIA 1G99A 4RCHA 1K8KB 5AQFA 3WT0A 4O8KA 1JCEA 3W3DA 4BR7A 5BRFA 5FPMA 3H6EA 1NLVA 1U6ZA 4H0VB 3WXKA 2E88A 4GNIA 4XH5A 5AQSA 3HTVA 5BN8A 1TYQB 3UKUA 5F2RA 2F9TA 4BC5A 3QDKA 1JCGA 2P9NB 3VEOA 4BRIA 4JHDA 3QFUA 3AY9A 4CD3A 1RDWX 2ZF5O 2QXLA 3D2FA 4EIAA 1QQNA 3BP8A 3BF3A 5JICA 4LC9B 4PL8A 3MMVA 3QFPA 1GLJO 1MA9B 1NGHA 2QWRA 5ADXA 2P9KA 1X9JA 3CJCA 3ENOA 3O5BA 2I7NA 2Q97A 1V4TA 4J8FA 4H5WA 4B1VA 2EWSA 3LDPA 4EHTA 1IG8A 5AQJA 5AQNA 2A42A 3EO3A 1SAZA 3C7NA 3G25A 1SZ2A 2P9PA 1HUXA 1GLBG 1NGBA 1NGJA 5AZJB 5JMVA 3I8BA 3CJ1A 5KQDA 3DJCA 3CQXA 1NGGA 3ID8A 1ATNA 2P9IA 2FSNA 5KQ8A 5AZIA 4BRLA 2I7PA 3U4LA 4BRPA 3IUCA 1KAYA 4BREA 5BR9A 1ATRA 1MDUB 3FZHA 4DHYA 5AQQA 2D0OA 2QWOA 2W41A 1E4FT 3L0QA 2FLOA 3C0BA 5E84A 4H5VA 1GLLO 5JLFA 4IO8A 2NRHA 1OKJA 2QWPA 3WXIA 4ISEA 3GG4A 2A40A 3ZEUB 3H1VX 4NO7A 4MLHA 4H0PA 2Q1NA 4BR0A 2V52B 5B8HA 3B8AX 3HZ6A 4JD2B 2VWBA 4FWLA 2GELA 2P9LB 3ATVA 5EX5A 2CGLA 4FWQA 4QS9A 3VF2A 1Q18A 4FOIA 3UKRB 3A5LC 3CJBA 2HF4A 3EN9A 4FOEA 5LJVA 2E2OA 1ZC6A 3DAWA 5BRHA 2ZWHA 3EL2A 5AFUH 2P9SA 5AQKA 3MN9A 1ESVA 5AQPA 4A62A 4CZEA 3GL1A 1QZ6A 2FSKA 1MWMA 3TU5A 2Q0RA 2WUSA 3IMXA 5AQVA 4H0OA 2V7YA 4B1UB 3OHRA 1YAGA 1Z6RA 3DXKB 2YHYA 1BA1A 3H3OB 4DCHA 3LM9A 1BOTO 2GWJA 2Q31A 4A2BA 2GTDA 2D1KA 4GY2B 5TKYA 2DPNA 3H1QA 1NGDA 3ZX0A 2P9UB 1BU6O 4BRNA 2GWKA 3UE5A 4ISGA 2YHWA 4FWNA 4WQ4A 2ITMA 3FE1A 5BRDA 2CH6A 1NBWA 3AARA 4K25A 1DGKN 2FF6A 1KAZA 1IJJA 4BQLA 3M3ZA 4BRQA 3R8EA 3R6MA 4HTLA 1QQOA 4CJ7A 1JCFA 3RSEB 1ZXOA 3D2EB 4CZGA 3EKSA 3SMSA 3CJAA 3LDQA 3DXMA 4B1YB 4L3QA 1KXPA 3IDHA 1TUUA 1WUAA 2E1ZA 2HMPA 5FPNA 4MO4A 4FO0A 2QM1A 3WQUA 4FPBA 2Q2RA 2AP1A 1QHAA 1S22A 1T6CA 1XUPO 1RGIA 4BRAA 3L6QA 4O5FA 3M1FA 4YDUA 2ASPA 2E20A 3O08A 3CERA 3HM8A 4BG9A 4B1XB 5EY4A 4H0YB 3FZFA 4BRKA 4BRHA 5KPRA 5E26A 4PL7A 4I6MA 4BGBA 3ZETA 3WEEA 5AQZA 3EZWA 4JNEA 4CBUA 1K8KA 3SJHA 4XH1A 2V7ZA 4FWSA 4BRFA 4FPAA 2VCPA 3FFKB 4BRGA 4AM7A 3VETA 2FXUA 4BR5A 1GLAG 5LJWA 1HKCA 4H0XB 5BPMA 1TYQA 3O80A 2E8AA 2CH5A 4CBWA 1H1VA 3CI5A 2P9NA 3CIPA 3I33A 3LDLA 1T44A 3GE1A 4IJAA 2D4WA 4WQ5C 3H45C 5KPZA 3J8AA 3MN5A 3GOIA 3AAQA 3QBWA 1U2VB 4BVOA 4BRMA 2FF3B 4PKIA 2ZGZA 1BDGA 1V4SA 3ULEB 1XQSC 3L4IA 4A61A 4FWKA 1GLFO 1NGAA 3QBXA 4BC4A 4H5RA 3SMPA 4M7XA 1NGIA 1TUYA 4KBOA 2J4RA 4NB4A 2GEMA 4IZ9A 5AZJA 3A8YA 2UYTA 3GDQA 1C0FA 2CGJA 3O1WA 1BUPA 1NWKA 5BPLA 1EQYA 2ASMA 3A5OC 4BG8A 1HPMA 5CE3A 4CZMA 3LDOA 3HI0A 4BGAA 3WXJA 4BC3A 2NLXA 4CI6A 5KPTA 4C23A 2KHOA 3VERA 4ISFA 3ZEUA 2NZTA 2IIRA 2YJFA 3A0IX 2VYPA 1DEJA 2E2PA 1MWKA 4EAHD 2BUPA 4JD2A 1DKGD 4HWIA 2IVPA 4M7YA 3QICA 5ADXH 1HKBA 2P9LA 1GLEG 3ATUA 2BTFA 4MO5A 3F9MA 3UKRA 5AR0A 1ZBSA 3UKUB 1D4XA 1Y64A 3LDNA 4JHDB 4BROA 4CZFA 3WUHA 4Z94A 3MCPA 4H5TA 1HLUA 4FWPA 3BUZB 3D2FB 4PKGA 5JLHA 4MLEA 4QS7A 4CBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FK9A 2IC3A 1NMDA 2QWQA 4IWVA 4FK0A 3U9ZA 3G4SN 4XJXA 2ZD1A 2ATBA 3DOLA 1BCMA 1CXUA 4N47A 3R9PA 1VQON 3TPQA 3SQ4A 4F4KA 3KJVA 2B5JA 3M8RA 4B3RK 1HMVA 5J2MA 5GIOA 3MEDA 2FSJA 4LF4K 4EZ6A 4CE9A 4WFNL 2P9PB 4DTSA 5CYMA 2O8EB 1C0UA 4H5NA 3IS9A 4IKFA 1RTJA 4KHQA 1K8AO 4LFCK 4JS4A 1C0GA 2I5JA 3K5MA 4CJFA 1HJOA 4JK7A 2RN2A 4QS8A 2AA4A 2VGNA 4FJ7A 3BF1A 5AQIA 4CEQA 4CW7B 4EZ9A 3CETA 5AQHA 2CGKA 1L3SA 1N33K 1LQIA 1EETA 1T1TA 4PWDA 1C0MA 1L3VA 3ZX3A 2VQFK 1GLDG 3DLKA 4N56A 3NVMA 2A6AA 2F96A 2HNZA 1WAJA 3BEXA 3KZBA 1BO5O 3H3NO 1Y97A 5EVZA 3PX4A 4XH4A 3MN7A 2A41A 4MQ3A 1J9AA 1KAXA 1SQKA 3C6AA 3V81A 4ICLA 3SJJA 4DFKA 1S6PA 4JKHA 1QVFM 3VESA 4F9OA 4E89A 1Q9XA 4JS5A 1I6FA 4A2AA 1NJXA 1UA1A 4RW9A 3FGUA 4B1WB 2YHBA 2OZMA 4KRFA 3LL3A 3KHYA 3MAQA 4LF8K 4FWMA 3PV8A 1KVBA 5BR8K 3VEWA 2PBDA 4M3RA 4LFBK 2UUBK 2RKIA 2NY9X 1NJIO 1XC3A 1SN4A 3L2WA 4E1JA 4B9UA 3NMUA 2BH1A 3TTFA 2YHXA 4DG1A 3U6FA 3RMCA 1VQMN 3HM9A 1JXBA 4H0TB 4CZJA 1VQ8N 4IXCA 3ULEA 4FLTA 2HF3A 4FM1A 1QVGM 1KD1O 3CCMN 3PSFA 1Q82O 2GV9A 2GMOA 3WXLA 3AVFA 3NGYA 1X3MA 1N8RO 1RT6A 1FJGK 5C2DA 4O0JA 4BRDA 5BN9A 3VGLA 3O1BA 3WNFA 2W00A 1ATSA 4ZHRA 3CM5A 4O55A 5ELZA 3S41A 4CCHA 5AQRA 3DXMB 3QLHA 4JK9A 1ZBLA 3L3UA 3HRGA 2KBHA 3OYGA 1RT1A 3VMFB 1XWLA 1LAVA 1LCUA 3KLGA 4DTNA 1E4GT 1UOCA 5JS2A 4DLEA 1SL0A 1QQMA 3KWIA 3CHWA 3CJ7A 1ASVA 1YI2N 2OCEA 4M3XA 3KVGA 2GUPA 3VGKA 3P4IA 3NGIA 4C8OA 3SUPA 4CF8A 2E2QA 5C24A 4FJJA 4B8AB 4KYPA 1GOAA 1C55A 3KOZA 3DLRA 4I6MB 3AVLA 2EHGA 4JI0K 1I39A 1M1KO 2O8CA 3MXIA 3W3DA 5BRFA 5FPMA 4LF6K 3V6DA 1S9EA 4K8ZA 2LI7A 4AEIA 4GNIA 1QHTA 4XH5A 4FLZA 3OYDA 3NBPA 1TYQB 4BC5A 1RT4A 3CF5L 3QDKA 3VQEA 4DV6K 5C2FA 2XO7A 4BRIA 4JHDA 1LWEA 1RDWX 4EIAA 1DTQA 3SAHA 4JKBA 1GLJO 4NXMK 3DI6A 2I7NA 4FJ9A 4DSIA 4E19A 5AQJA 5AQNA 3EO3A 4H4MA 3NH2A 4MDAA 5SWMA 3C7NA 3G25A 4CJPA 1SZ2A 1HUXA 2IGIA 1NGBA 1NGJA 3KP0A 4JKGB 5AZJB 3CJ1A 5JMVA 4DFJA 1YJ9N 3CQXA 3CFPA 1T7BA 4JI7K 4DU3A 5A2QO 4OKKA 4Q0BA 2P9IA 2WTUA 3U4LA 4BRPA 3IUCA 5BR9A 2DFEA 4CHPA 5HP1A 4KH6A 2D0OA 4FW2A 2QWOA 2O8DA 4W5RA 2W41A 3DYAA 4H5VA 5C0YA 4AILC 3MWTA 2NRHA 1L3UA 2YNHA 3WXIA 4ISEA 4ILGB 2A40A 3H1VX 4UADE 1NK5A 1Q86O 2GX9A 1SS6A 1ZYQA 3J7ZO 2V52B 4KO0A 5B8HA 3B8AX 1SKRA 4JD2B 4J2DA 2GELA 3AVBA 3VF2A 2P5OA 1HNXK 2O8FB 3LZIA 1ZVEA 2G8KA 5HBMA 2N69A 4FOEA 5LJVA 5J2PA 2E2OA 1ZC6A 2Y1IA 1NJYA 5AFUH 2P9SA 4FVUA 1PX9A 1C56A 3ITHA 3QEXA 1W9HA 4CEBA 2Q0RA 4N41A 3IMXA 5AQVA 2NY8X 2P51A 1ZBFA 1LWFA 2G8FA 1Z26A 1X9SA 1D8YA 4DCHA 4G9ZA 3O9RA 1BOTO 2XHBA 1UA0A 2Q31A 4NXNK 4NYFA 4FK4A 2B68A 1FKOA 2FBXA 3L2RA 4OX9K 5TKWA 4LD0A 3VQ9A 3E66A 2ETJA 3V9SA 2DPNA 1KQSM 3ZX0A 4DU4A 4BE1A 4GKKK 3VQAA 1E3MA 2ITMA 4FJGA 3TAGA 2CH6A 4B9SA 2FF6A 1KAZA 1IJJA 4BQLA 3O3HA 4JLHA 3R6MA 4DU1A 1T7EA 1WSGA 1JCFA 3CPWM 2O8BA 4UJ0A 1S1XA 3K9KA 1IBMK 4KB1A 4DS4A 1RDAA 1I6GA 3OYKA 4GVEA 3S3OA 4CECA 3LPUA 1KXPA 2E1ZA 5M1PA 4MO4A 2Q2RA 4GMJB 5LMUK 3PSMA 1RGIA 1VSMA 1NK0A 1A5XA 3IRXA 3ZSRA 1VQ7N 3RR7A 1NOZA 4H0YB 4BRKA 5KPRA 4B3TK 5E26A 3TR8A 3OS2A 2OPRA 3ZETA 4CHQA 4V1DC 3DRPA 4CBUA 4BACA 1K8KA 3EE9A 4FWSA 1W2BM 2FBYA 3QERA 4BRGA 1N5YA 4CEOA 3E7UX 5GINA 3VETA 2HVIA 4FZYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FK9 A;  2IC3 A;  1NMD A;  2QWQ A;  4IWV A;  4FK0 A;  3U9Z A;  3G4S N;  4XJX A;  2ZD1 A;  2ATB A;  3DOL A;  1BCM A;  1CXU A;  4N47 A;  3R9P A;  1VQO N;  3TPQ A;  3SQ4 A;  4F4K A;  3KJV A;  2B5J A;  3M8R A;  4B3R K;  1HMV A;  5J2M A;  5GIO A;  3MED A;  2FSJ A;  4LF4 K;  4EZ6 A;  4CE9 A;  4WFN L;  2P9P B;  4DTS A;  5CYM A;  2O8E B;  1C0U A;  4H5N A;  3IS9 A;  4IKF A;  1RTJ A;  4KHQ A;  1K8A O;  4LFC K;  4JS4 A;  1C0G A;  2I5J A;  3K5M A;  4CJF A;  1HJO A;  4JK7 A;  2RN2 A;  4QS8 A;  2AA4 A;  2VGN A;  4FJ7 A;  3BF1 A;  5AQI A;  4CEQ A;  4CW7 B;  4EZ9 A;  3CET A;  5AQH A;  2CGK A;  1L3S A;  1N33 K;  1LQI A;  1EET A;  1T1T A;  4PWD A;  1C0M A;  1L3V A;  3ZX3 A;  2VQF K;  1GLD G;  3DLK A;  4N56 A;  3NVM A;  2A6A A;  2F96 A;  2HNZ A;  1WAJ A;  3BEX A;  3KZB A;  1BO5 O;  3H3N O;  1Y97 A;  5EVZ A;  3PX4 A;  4XH4 A;  3MN7 A;  2A41 A;  4MQ3 A;  1J9A A;  1KAX A;  1SQK A;  3C6A A;  3V81 A;  4ICL A;  3SJJ A;  4DFK A;  1S6P A;  4JKH A;  1QVF M;  3VES A;  4F9O A;  4E89 A;  1Q9X A;  4JS5 A;  1I6F A;  4A2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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