3LDLA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 114
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldlA04
2D0PA 1T6CA 1HLUA 2HOEA 3WXKA 2Q31A 3BUZB 1E4FT 4CZHA 4CD1A 1T6DA 3D2EA 3S41A 1NMDA 2ZF5O 4I6MB 2P9IB 4GNIA 4A61A 3QFUA 2YJEA 3ENOA 4BR0A 1Z05A 5BREA 1ATRA 2J4RA 3VEYA 3AY9A 3UB5A 5AQKA 3DXMA 3UKUB 1YVNA 1RFQA 3LDNA 2IVOA 4FWNA 3DXKA 3H6EA 4FPBA 2E8AA 3LM2A 2V7YA 3VEOA 4JNEA 1K8KA 4BVPA 5AQQA 3GDQA 1TUUA 3W3DA 1HX1A 4WYBA 1DEJA 1BDGA 5AQNA 4QS7A 3QBWA 4FWSA 3GG4A 1NGFA 1U2VB 2Q97A 4EFHA 5AQTA 2Q0UA 3DWLA 3ULEB 2P9SA 3VGKA 3ZX0A 5AQUA 4BR2A 3DAWA 2BTFA 3CJ9A 4K42A 1BWFO 3LM9A 1ESVA 4BC4A 2HMPA 3A5MC 1HPMA 1X3NA 1WOQA 2IVPA 4CBUA 4MLHA 1NWKA 1U6ZA 4BGAA 5EOYA 5B8HA 2QM1A 5JICA 2YJFA 1H1VA 5AQIA 2YHYA 3O5BA 5I9EB 3U4LA 1IJJA 3C0BA 3JS6A 4RWTA 1X3MA 2GTDA 2IVNA 5ADXA 2DPNA 2A42A 3AAPA 5AQLA 2AA4A 3HI0A 3IDHA 3CETA 3MCPA 2FLOA 4WQ4A 3D7EO 3CQXA 3IUCA 5AQXA 4BRGA 3GOIA 3H3OB 1GLEG 2A6AA 3EKSA 3ZETA 3H45C 1ZC6A 4XEIA 3FZLA 4BR9A 3CIPA 4B1VA 4WQ5A 3CI5A 1GLBG 5LY3A 3H1VX 3KVGA 3FE1A 5E84A 2D4WA 3SMSA 1NGJA 3O80A 3WT0A 1HUXA 1T44A 3QICA 2FXUA 3IFRA 3TPQA 1NGGA 5LJVA 4H0XB 3ZEUB 4BRHA 1QQNA 5AQFA 3MDQA 5BRDA 4B1YB 3CJ7A 4M63C 3I8BA 4DCHA 2VCPA 2ASOA 3C7NA 3WEEB 4XH5A 4YDUA 1DKGD 2IIRA 5BPNA 4H03B 1HJOA 4A2BA 1BG3A 2YHXA 3D2EB 1EQYA 3A0IX 3A8YA 4ISGA 5AR0A 4FWQA 4FWLA 1GLAG 4NO7A 3M6GA 3RSEB 1ATNA 1TYQA 2I7NA 2A5XA 3DXMB 4Y0WA 4CZLA 2FSNA 3DXKB 4H5RA 2E1YA 3H1QA 4A62A 3MN9A 4L3QA 1K8KB 4K25A 3QMLA 2UYTA 5BPMA 1NGCA 2D0OA 4JAXA 3VGLA 3VEVA 1J6ZA 4JD2A 5BR9A 3VEWA 4A2AA 4BG9A 3VF2A 3ZX2A 3VENA 2P9SB 2P9PA 2CGLA 3VETA 4H0YB 2NRHA 1TUYA 5ELZA 3FGUA 4EIAA 1HKCA 2W40A 3L4IA 3VF6A 1SQKA 1NM1A 1R59O 1JCGA 1QQOA 3EL2A 4H5TA 3ID8A 3VESA 4BC2A 3HBTA 4FSVA 4PKGA 1D4XA 3GE1A 5CE3A 2CH5A 1RDWX 1Y64A 2FSKA 2QWQA 2ZGZA 3MN7A 1RGIA 4BRCA 3VOVA 2E2QA 4BRKA 3F9MA 3O08A 2F9TA 3G25A 4AM7A 4BC5A 4K41A 4CZGA 2P9KA 4BR5A 3H3NO 1G99A 3FZHA 5F2RA 2CGKA 4DHYA 1C0GA 1JCFA 4IJAA 2YHWA 3FZKA 3JXUA 4FWRA 3U9DA 1QQMA 4DQ8A 4XH1A 5EY4A 4IO8A 1GLLO 2CGJA 4B1XB 1IG8A 2E2OA 1S22A 4CZFA 2Q2RA 4NB4A 5JLFA 3MK6A 4EAHD 3ZETB 5ADXH 2H3GX 2ASPA 2Q0RA 2GUPA 4BRAA 1BU6O 4IZ9A 3FFKB 4BRDA 5FPMA 2FF3B 1NLVA 1ZBSA 2NZTA 1Z6RA 2QWMA 2PBDA 4H5NA 1KAXA 4IXCA 4BRPA 5BRHA 3A5LC 1XC3A 3D2FA 5AQPA 5AQOA 3O4WA 4BRMA 1NBWA 3J8AA 2GEMA 5AFUA 5FPNA 4B1ZA 3MN5A 4WQ4C 3MMVA 3C7NB 2QWPA 2P9LA 4H0VB 3A5NC 1GLFO 4PKIA 3QDKA 4CZIA 3GL1A 4MO4A 2E1ZA 4BRLA 5KPRA 4M7XA 4RTFD 4PL7A 3MN6A 4PKHA 1GLDG 4B1WB 1KXPA 4WQ5C 5EXWA 2GWJA 2GELA 1TYQB 4BQZA 4CZMA 3I33A 3AAQA 4BG8A 3EZWA 2WUSA 3P4IA 1KAYA 4HTLA 2NLXA 1QZ5A 1GLJO 2CH6A 1P8ZA 4XH4A 4FWKA 2HF4A 2QW9A 3A5OC 4JHDA 4JD2B 3CHWA 4H0OA 2OANA 4YDUC 3FLCO 4LC9B 3QB0A 4FWMA 1V4TA 4BROA 3FR0A 2QXLA 2P9PB 4JN4A 3SLCA 2P9UA 4QS8A 3EO3A 1S3XA 4DB3A 5KQ8A 3QFPA 3B8AX 1LOTB 3AARA 3VGMA 4CZJA 3WUHA 2P9NA 3O6WA 3TU5A 4AM6A 2VYPA 2EWSA 4CD3A 3EN9A 2GWKA 5BN9A 1MDUB 3R6MA 2FF6A 3HSCA 5AQHA 1YXQA 4BRIA 2A40A 5FPDA 3OHRA 3WQTA 4BQLA 2PAVA 3O8MA 2V51B 5AQMA 4KBOA 2A3ZA 5F0XA 1Q18A 2Q1NA 4CZKA 2P9KB 3WEEA 3CJAA 3U8XA 4CBWA 1CZAN 3GBTA 1NGDA 1ZXOA 4H0TB 4BC3A 5FPEA 5KPTA 4C23A 5E26A 1MA9B 1NGBA 1E4GT 3EKUA 4GY2B 1BUPA 2ITMA 5AZJA 4ISFA 3W0LA 3BF1A 4MO5A 2YCHA 5AZIA 2FSJA 5AQYA 2E20A 2A41A 3SK3A 1HKGA 3UKRA 4O8KA 1SZ2A 3RSEA 3CQYA 3L0QA 3CJBA 3WXJA 5EX5A 4BRNA 1YUWA 1QZ6A 2V7ZA 4HWIA 5F1XA 3M3ZA 2AP1A 4O5FA 3M1FA 3HM8A 4BREA 1NGHA 3FZMA 4BR7A 3L6QA 1NGAA 4MLEA 3R8EA 2ZGYA 3D2FB 3VEXA 2F9WA 1DGKN 4CBXA 4FOEA 4I6MA 1ATSA 2ASMA 2QWNA 2P9IA 3ATVA 2E2NA 3BF3A 4QS9A 5KPZA 3LDPA 3HZ6A 4CI6A 5TKYA 2P9LB 3UKUA 1LCUA 3SMPA 2BUPA 3KHYA 1SAZA 3KZBA 3ATUA 4M7YA 3WQUA 1YAGA 5AQGA 5AFUH 1KAZA 3BP8A 2KHOA 3CJ1A 3QBXA 2VWBA 2I7PA 4CZEA 3U9ZA 3VERA 1U2VA 3O1WA 4ISEA 3DJCA 3ENHA 4BRQA 3ULEA 3CJCA 5JLHA 4E1JA 3LDLA 4JHDB 1BA0A 3UE5A 4H5WA 4EHTA 3H46O 1BA1A 2QWRA 4IWVA 3LDOA 3CERA 4PL8A 3VF4A 3VPZA 2Q36A 1X9JA 2P9UB 1JCEA 2HF3A 4FWPA 3WXIA 1NGEA 1V4SA 3R9PA 1HKBA 2W41A 2P9NB 2E88A 5AQVA 2YI1A 4FOIA 4BR4A 3HTVA 5EVZA 5AQSA 2ZWHA 1XUPO 1C0FA 4RCHA 4CJ7A 4Z94A 3FZFA 5BPLA 5KQDA 3ZX3A 1NGIA 4BGBA 3WXLA 3LL3A 5BRFA 4FL9A 5LJWA 3O1BA 5AQWA 3BEXA 5AQJA 4IJNA 4B9QA 2QWLA 4H0PA 4FO0A 5JMVA 4BRFA 4F9OA 5AQZA 4H5VA 4EHUA 2V52B 4BVOA 3VEZA 4K43A 1MWMA 5AZJB 3SJHA 1BO5O 1MWKA 3IMXA 4FWOA 1OKJA 1WUAA 2D1KA 5AZIB 5AQRA 4B1UB 4FPAA 2QWOA 2E2PA 1GLCG 1XQSC 3UKRB 4J8FA 3ZEUA 3LDQA 1BOTO 5BN8A 1QHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C1AA 2HOEA 2LT8A 3BUZB 5GADP 4Q5VA 1T6DA 1VSMA 1KLNA 2BANA 4LF9K 1T7AA 1ATRA 2J4RA 3T69A 2LN8A 4FJNA 3AY9A 1NOZA 2ZJPL 2RPIA 2G8KA 3P5JA 2IVOA 4FWNA 4KB1A 3LM2A 3QEIA 3HOTA 5AQQA 4CFBA 4DSJA 3W3DA 1DEJA 4CK2A 4JI2K 2BRZA 4QS7A 2KBKA 3QIOA 2WFBA 2KGQA 4CHQA 4JLHA 3LAKA 4DV3K 2Q0UA 2O8FB 3DWLA 4H8KA 1WB9A 3I55N 5AQUA 4IDHA 4OPJA 2UXCK 2BTFA 3AVHA 1BWFO 1ZFUA 1L3SA 1SS6A 4BC4A 1HPMA 1B3CA 1X3NA 4CBUA 4MLHA 4DFKA 1BK8A 4CGJA 3I56N 1QS4A 2E0HA 4DG1A 3CYGA 4I2QA 3E7RL 2B6AA 2XY5A 2LJ7A 4V1DC 5MLCQ 2ZM6K 4CEDA 3DYAA 1BMRA 4KHQA 2NNWA 3VQAA 1IJJA 3K58A 4JKDA 1R0AA 3C0BA 1X3MA 2GTDA 3KOZA 4CCHA 2P1JA 3ZSXA 5HOOA 2AA4A 1XMQK 3KLHA 2QK9A 3HPHA 4UAFE 1KD1O 3OS2A 4FLYA 4NYFA 3H3OB 1GLEG 4CHNA 1NJWA 2HBJA 3EKSA 4YOTA 3DMJA 1HYVA 4OLBA 1S1XA 1ZC6A 4BR9A 4B1VA 4WQ5A 4FJ7A 3J7YP 2O4GA 2D0AA 5M1QA 5E84A 2D4WA 3SMSA 1NGJA 3O80A 3AVAA 2KSKA 1T44A 2FXUA 1N32K 2YNGA 1ZYWA 4BRHA 2JWKA 5AQFA 4K8XA 3AO2A 3MDQA 5BRDA 3OS0A 4I2PA 3SF4D 4H4OA 3ZSOA 5M1OA 3SJJA 4DCHA 5M1KA 3O3GA 4EZ6A 2MBKA 1TAUA 4XH5A 2G8WA 4HTUA 4FW1A 4H03B 4A2BA 3OVNA 3D0PA 3A0IX 4FJMA 3O4QA 3A8YA 1QE1A 3SAGA 3ZT1A 4KYPA 4DV0K 3RVCA 1YF5L 3M6GA 2AJQA 2A5XA 4Y0WA 5C2DA 1E3MA 2KPYA 2E1YA 3H1QA 1DQ7A 2X6SA 3MAQA 1KV0A 5BPMA 3VEVA 3VGLA 1VSJA 4N76A 3OYMA 5BR9A 4CGGA 4JI5K 1J54A 4A2AA 4A57A 4F2SA 3VF2A 4DTRA 1YT3A 3VENA 1X1PA 3M8SA 3RRHA 1JLBA 2P9SB 4WF9L 3TAQA 3OYCA 5H1SQ 2BE2A 1S5JA 1VSKA 1OZZA 1IO2A 2HNDA 3L2QA 1NJIO 4BC2A 3HBTA 3AVBA 4FSVA 1RDUA 2I61A 1NRAA 2KLAA 1CXUA 1RDWX 1ZBFA 4OLAA 3EY1A 3MN7A 4AH9A 2LJMA 3AGRA 4MFBA 4BRCA 3KTQA 4BRKA 3O08A 4B3TK 2YBRC 2GBZA 4K41A 2LKBA 4JI1K 3H3NO 5C2FA 2O8DA 3AVCA 4KV8A 3HXMA 1HR0K 1KLMA 3VN5A 4OPKA 3K9KA 3U9DA 2HVHA 4XH1A 4IO8A 1IG8A 1WAFA 3F2KA 4JKBA 4I9LA 1C1BA 4CZFA 1KQSM 4I7FA 4IDKA 5JLFA 5ADXH 4LFBK 2ASPA 2GUPA 4BRAA 4E1NA 4QAGA 1Z6RA 3P38A 4H5NA 1KAXA 1ASUA 4IXCA 5BRHA 4NXMK 3OJSA 5AQOA 4O4GA 3CFOA 4OKJA 5JS1A 4JKFA 4WQ4C 2KQ2A 3C7NB 3J81O 4LSNA 3CC7N 1YTUA 1T1TA 4PKIA 1GLFO 4CZIA 5FROA 5KPRA 2E1ZA 4JK8A 3VQEA 4PL7A 1GOAA 3MN6A 1BCOA 2YNFA 1TAQA 3O9UA 4CZMA 4ILGB 1AYJA 2WUSA 3P4IA 1L5UA 4FJ9A 3TR8A 2NLXA 2WONA 2CH6A 1S9GA 1SL0A 5FRMA 4FWKA 3O9TA 3CMAN 3MECA 4JHDA 4JD2B 4J2EA 3CHWA 1MYNA 2OANA 4YDUC 4CGFA 2I5JA 1VNBA 4FWMA 1I6FA 2P9PB 1VQ5N 4FVMA 1ICAA 1NMNA 5KQ8A 3E7UX 3VGMA 5LMNK 2P9NA 2HMIA 1WSFA 4DUZK 1NK4A 3C6UA 3EN9A 3V9XA 2UUCK 3R1XA 3R6MA 3ZT0A 4JKAA 1BHLA 3OHRA 3O9RA 1P0AA 3QEXA 3B6PA 4KBOA 3QETA 1SL2A 3CW4A 2P9KB 3WEEA 4CJTA 3TI0A 4CF9A 1NGDA 1X9MA 1WSJA 4C23A 5E26A 1MA9B 3QI7A 4GY2B 3HRGA 1BUPA 5SZTA 1RBVA 5KGWA 4N5SA 4IO9L 3RMAA 4WE1A 5I3UA 3OYAA 1WSHA 5HL7L 3LZJA 1KFSA 3SK3A 3OW2M 2VQFK 4O8KA 3RSEA 4HUGA 3CQYA 3VQQA 4B9TA 2K35A 4A5AA 4OKKA 3WXJA 1YUWA 5F1XA 3RR8A 2AP1A 4O5FA 2DFEA 3Q7CA 3L6QA 2HNYA 2ZGYA 3VEXA 4I9QA 1T03A 1RT5A 3SNNA 4AQYK 3MEDA 4IEEA 3LDPA 3AO3A 3AV9A 1B92A 1IBLK 2G8HA 3QLHA 4G9ZA 1JZAA 3HZ6A 4CI6A 4Z4CA 3RTVA 4CEBA 4K8ZA 3E66A 2E3FA 4LFAK 4FJIA 4M7YA 1YAGA 3NAEA 4C8KA 5HRNA 3ZSVA 1KAZA 1GPSA 3VMFB 1RBRA 4CE9A 1BIUA 3DM2A 3U9ZA 4NCBA 3VQDA 1S1UA 3VERA 3WNFA 3ENHA 2YEOA 2O8FA 4EP5A 4CJ3A 4Y1DA 3NHGA 4TSXA 3LDLA 4WFNL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C1A A;  2HOE A;  2LT8 A;  3BUZ B;  5GAD P;  4Q5V A;  1T6D A;  1VSM A;  1KLN A;  2BAN A;  4LF9 K;  1T7A A;  1ATR A;  2J4R A;  3T69 A;  2LN8 A;  4FJN A;  3AY9 A;  1NOZ A;  2ZJP L;  2RPI A;  2G8K A;  3P5J A;  2IVO A;  4FWN A;  4KB1 A;  3LM2 A;  3QEI A;  3HOT A;  5AQQ A;  4CFB A;  4DSJ A;  3W3D A;  1DEJ A;  4CK2 A;  4JI2 K;  2BRZ A;  4QS7 A;  2KBK A;  3QIO A;  2WFB A;  2KGQ A;  4CHQ A;  4JLH A;  3LAK A;  4DV3 K;  2Q0U A;  2O8F B;  3DWL A;  4H8K A;  1WB9 A;  3I55 N;  5AQU A;  4IDH A;  4OPJ A;  2UXC K;  2BTF A;  3AVH A;  1BWF O;  1ZFU A;  1L3S A;  1SS6 A;  4BC4 A;  1HPM A;  1B3C A;  1X3N A;  4CBU A;  4MLH A;  4DFK A;  1BK8 A;  4CGJ A;  3I56 N;  1QS4 A;  2E0H A;  4DG1 A;  3CYG A;  4I2Q A;  3E7R L;  2B6A A;  2XY5 A;  2LJ7 A;  4V1D C;  5MLC Q;  2ZM6 K;  4CED A;  3DYA A;  1BMR A;  4KHQ A;  2NNW A;  3VQA A;  1IJJ A;  3K58 A;  4JKD A;  1R0A A;  3C0B A;  1X3M A;  2GTD A;  3KOZ A;  4CCH A;  2P1J A;  3ZSX A;  5HOO A;  2AA4 A;  1XMQ K;  3KLH A;  2QK9 A;  3HPH A;  4UAF E;  1KD1 O;  3OS2 A;  4FLY A;  4NYF A; 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