3LDLA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 114
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldlA04
4M7XA 3VGLA 1KAXA 2A6AA 4EFHA 1RDWX 3GDQA 3VF2A 4BR4A 5AR0A 1ATRA 3OHRA 3O5BA 4Y0WA 4A2AA 2Q31A 2QWQA 1IJJA 2Q0UA 1NGGA 4BRIA 4WYBA 2QM1A 3QICA 3ULEB 5KPZA 2A42A 2CGLA 4H0TB 2P9NB 4B1WB 2P9UA 3GL1A 2QW9A 3IMXA 4FWOA 3JS6A 5AZJB 3TU5A 4MO5A 4CZFA 2QWOA 3H6EA 2QWPA 4BGAA 3CQXA 3BP8A 3U8XA 1BO5O 4AM7A 4JHDB 2A5XA 4GNIA 5FPMA 1ZXOA 2P9PA 2VCPA 2QWNA 5AQTA 3CQYA 4BC4A 1E4GT 5AZIB 3DWLA 2E88A 3CJ9A 1DEJA 1LOTB 3O6WA 4H5VA 5BR9A 3ZX2A 5E26A 3ZX0A 2E1ZA 2A40A 1NGDA 5I9EB 4JN4A 3A5LC 3I33A 3WXJA 2IVOA 4BRFA 3GG4A 3EN9A 3HBTA 4FOEA 1DKGD 2I7PA 3LDNA 3CJAA 1U6ZA 3DJCA 5EOYA 4DB3A 3H1QA 1NWKA 5AQQA 5EY4A 2NLXA 4PKGA 3U4LA 2V7YA 4BQLA 3ZETA 3BF3A 2ASPA 3ENOA 3HM8A 4B1YB 2P9NA 1GLAG 1TYQA 4QS9A 5KPRA 5EX5A 3J8AA 5AQLA 4IJNA 3QFPA 1NLVA 5AQZA 2VWBA 5EVZA 3ZEUA 1C0FA 4XEIA 3BUZB 3CJCA 1V4TA 2P9SB 1NGEA 3MN7A 4BG9A 3M1FA 4FWSA 3CJ7A 4DCHA 1HLUA 4PL8A 2IIRA 2EWSA 3LDPA 2PBDA 2QWMA 3ATVA 5BRFA 5LJVA 5AQUA 2HOEA 1QQOA 1EQYA 4QS8A 1R59O 1GLLO 3UE5A 2GUPA 4IJAA 4NO7A 4BC5A 1XC3A 4K25A 3WEEB 2PAVA 2HF4A 3UKUA 3MN9A 3A5OC 4BC3A 2BTFA 5KPTA 3P4IA 3QBXA 4FL9A 4JD2B 5F0XA 4CZJA 5AQYA 1WUAA 4IZ9A 4XH5A 3U9DA 2E1YA 4BQZA 3UKRB 3O08A 4RCHA 4I6MA 2I7NA 3SLCA 5BREA 2KHOA 1QHAA 4EAHD 2Q0RA 2YJFA 3DXKA 3ENHA 2BUPA 4PL7A 5AQVA 3VGKA 3VPZA 3FZHA 3SK3A 5LJWA 4XH1A 4K41A 4CI6A 5JLFA 1QZ5A 1T44A 4MLEA 5AQPA 3ULEA 5AQMA 5JLHA 3WQTA 3H46O 1NGJA 1TYQB 2CGKA 4CZGA 1P8ZA 1HUXA 2P9KB 2FSKA 5BRDA 1HKBA 4Z94A 1NM1A 4DQ8A 1H1VA 1YVNA 3FE1A 4H0VB 5AQHA 2P9PB 1JCEA 1V4SA 3W3DA 3VETA 3O1WA 4A62A 3LL3A 3W0LA 5FPEA 4CJ7A 4H0OA 1D4XA 3H1VX 1LCUA 1BU6O 4YDUC 1S22A 3UKRA 3C7NB 3VGMA 1J6ZA 4J8FA 1HJOA 5BRHA 2CH6A 3EKSA 4CZIA 5FPNA 1NGHA 3H3OB 3CETA 3DXKB 1KXPA 2ZGZA 2Q97A 5EXWA 5F2RA 3D2FA 2CGJA 3KVGA 1XUPO 5AFUA 5ADXH 3CIPA 3LDOA 3L6QA 3DXMA 1NBWA 2E8AA 2P9KA 4BVOA 1TUYA 2OANA 3CJ1A 1IG8A 1T6DA 4ISGA 1DGKN 2E2OA 3FZKA 1GLBG 5AQIA 4FWNA 2F9WA 4BR2A 1Y64A 1BWFO 1YUWA 4H0YB 4BR9A 4BRKA 3EKUA 2GEMA 4FPBA 4EHUA 4BRHA 3MMVA 3QMLA 4MO4A 3RSEA 2AA4A 1QQNA 3ATUA 3IUCA 3LDLA 4B1XB 4WQ4C 3BEXA 3RSEB 3QFUA 4PKHA 3C7NA 4A61A 4L3QA 4NB4A 3D2FB 2ASOA 1E4FT 1HPMA 2IVPA 5E84A 4YDUA 4HTLA 2P9IA 3LDQA 3IFRA 2FXUA 2NRHA 3LM9A 3R9PA 3WXLA 4BR7A 3FGUA 3SMPA 4JHDA 3ZETB 2E2QA 4BC2A 4WQ5A 3O4WA 3CI5A 3UKUB 4BRNA 3MCPA 1HX1A 3LM2A 3O1BA 2HMPA 4RWTA 2H3GX 1GLJO 1GLDG 2NZTA 4WQ5C 5BPNA 3F9MA 4A2BA 1TUUA 4CZMA 1U2VB 4M63C 3O80A 4CD3A 2GWJA 4M7YA 2AP1A 3FZMA 3HTVA 5AFUH 2J4RA 1SZ2A 4E1JA 1YAGA 4LC9B 3GE1A 3UB5A 3AARA 4QS7A 3AAPA 2D4WA 4BREA 4CZHA 3FFKB 3I8BA 2P9IB 5AQJA 2HF3A 4BVPA 1SQKA 1X3MA 1BG3A 4WQ4A 4H5WA 2YI1A 3VF6A 4BRCA 5KQDA 2GWKA 3R8EA 3CJBA 3WEEA 4H0PA 4CBXA 2FLOA 3MDQA 1NMDA 4IO8A 4CBWA 3VEZA 4H5TA 1NGAA 5AZIA 4FWPA 1BA1A 4H03B 3SMSA 4F9OA 4JD2A 4H5NA 1C0GA 4HWIA 4BRPA 3AAQA 2VYPA 4BRDA 2Q2RA 1Z6RA 4I6MB 2F9TA 4BRMA 3H45C 4FWQA 3A8YA 3C0BA 2E20A 3CERA 4ISEA 3D2EA 3HZ6A 5AQOA 3DXMB 1NGIA 4O8KA 4BROA 1HKGA 5BPMA 1CZAN 3ID8A 2ASMA 5AQGA 2Q1NA 2D1KA 2E2PA 1YXQA 2YJEA 2D0OA 5ELZA 4AM6A 2FSNA 3WXKA 2UYTA 1MA9B 2FSJA 3SJHA 3VENA 4BG8A 3S41A 2P9UB 2WUSA 1K8KA 3D7EO 4IWVA 2D0PA 1QQMA 5JMVA 4EHTA 3HI0A 2YCHA 3BF1A 4BRQA 1BOTO 5LY3A 5AQRA 4CD1A 1QZ6A 3A5NC 1GLCG 1RGIA 4XH4A 3WUHA 1X3NA 1OKJA 5KQ8A 5BN8A 1JCGA 3D2EB 3U9ZA 3O8MA 5B8HA 3M6GA 2ZF5O 3L4IA 4FO0A 3GBTA 3QB0A 2A3ZA 5AQKA 4JAXA 3IDHA 1NGCA 4FWRA 1X9JA 5AZJA 2W41A 4C23A 4FSVA 4PKIA 4K42A 4B1UB 1T6CA 3KHYA 1SAZA 3VEWA 3QBWA 1NGBA 3WXIA 2A41A 2FF3B 1XQSC 3R6MA 2QWLA 2FF6A 1K8KB 3VEYA 2ZWHA 3ZX3A 3QDKA 4BR5A 4DHYA 3ZEUB 4BRGA 1HKCA 4FWLA 4FWMA 5BN9A 1Z05A 1ATSA 2QWRA 4CZEA 3MN5A 3MN6A 4K43A 4O5FA 1MDUB 3A5MC 3EL2A 2GELA 4B1ZA 2V7ZA 3B8AX 1JCFA 1RFQA 4BRAA 1GLEG 4GY2B 5BPLA 4CZKA 2QXLA 4BGBA 3FZFA 5AQFA 2YHYA 4ISFA 4B9QA 1KAZA 1ZBSA 1Q18A 4B1VA 4JNEA 3FR0A 1S3XA 5AQNA 5JICA 3VF4A 3L0QA 3AY9A 5AQXA 2YHWA 4EIAA 3WT0A 1BDGA 3EZWA 2P9SA 5AQSA 1NGFA 3H3NO 3VEOA 5FPDA 1BUPA 1U2VA 4H5RA 2W40A 2IVNA 3MK6A 1WOQA 4FWKA 4IXCA 4BRLA 2ITMA 5F1XA 3CHWA 4MLHA 2YHXA 2DPNA 3EO3A 2Q36A 4BR0A 4H0XB 3A0IX 2CH5A 3FLCO 5AQWA 4RTFD 3JXUA 5ADXA 5CE3A 4FOIA 2ZGYA 1G99A 2P9LA 3M3ZA 3VOVA 4CZLA 1ATNA 3DAWA 4CBUA 3WQUA 3HSCA 1MWMA 3VESA 2GTDA 3KZBA 3FZLA 2P9LB 3VERA 1ZC6A 3GOIA 4KBOA 3TPQA 5TKYA 1KAYA 3VEXA 2V52B 4FPAA 1BA0A 2E2NA 2V51B 3G25A 1MWKA 1GLFO 1ESVA 3VEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGLA 4FJJA 1KAXA 4EFHA 1B3CA 1ATRA 4JI6K 3O5BA 3RRGA 1YJWN 1KTQA 3HP6A 3Q7CA 1NH5A 1IJJA 2Q0UA 4CGHA 4KH6A 2ATQA 3QICA 1JLEA 5JVGL 4C8LA 3L4QA 2OPRA 1YJNN 1HMVA 2OA8A 3HM9A 3TU5A 4BE7B 4CZFA 4HVJA 2QWOA 2E6MA 3H6EA 2W42A 4KH4A 3CQXA 1BO5O 2WOMA 4KRFA 2XY6A 2P9PA 4JKGA 1I6GA 4RG8A 1E4GT 3DWLA 3OS0A 4IEIA 2E88A 4OKEA 3KOYA 3OYLA 1ZVGA 3ALYA 4CGFA 4DTRA 5E26A 2E1ZA 3WNHA 2KBKA 3A5LC 3I33A 1HRHA 3PSMA 4DR3K 1WWNA 4FZYA 2D56A 4BRFA 4CFCA 3OBWA 4KTZA 3HBTA 1J5OA 2I7PA 4LF9K 3CJAA 5EOYA 4DB3A 1NWKA 1VQ9N 4OLBA 5AQQA 4BEBA 3OS1A 2V7YA 2OTJN 3ZETA 3NH2A 5HP1A 3PX6A 3NMUA 1O13A 1ZU3A 1TYQA 2VGNA 1BISA 4N41A 1NOYA 4QS9A 4CJRA 5KPRA 5EX5A 3J8AA 4AB0A 1W9HA 4IJNA 1BCOA 3QFPA 1VSIA 3AVJA 2JLEA 3VQ7A 5EVZA 1C0FA 4J2BA 3ZSXA 4MDBA 4FWSA 2F96A 1CLQA 3DRPA 1HLUA 1WSFA 2O8FA 2D5RA 3RVCA 4MDAA 5HOOA 3LP0A 4M3WA 5AQUA 5CZ2A 5TKWA 1RTHA 2GUPA 3SBTA 3K57A 3RMDA 1NRBA 4CJWA 3L2QA 2PY5A 2NRXA 2HF4A 2B6AA 3A5OC 1EXQA 5JVHL 1NJYA 4B9NA 3QBXA 2Y1JA 1UAXA 2KTQA 1WUAA 1BCGA 3U9DA 2E1YA 4DR5K 1C1AA 1S1WA 1NRAA 3O08A 1K8BA 4I6MA 2FBXA 4EAHD 2XY5A 1K73O 2LT8A 3DXKA 3ENHA 3SI6A 5CYQA 5AQVA 3VPZA 1T7BA 3FZHA 3SK3A 4G1QA 5LJWA 4DQRA 4FK2A 4XH1A 2P5OA 5JLFA 4OGEA 1RBRA 1T44A 1IBMK 1TKZA 4H4OA 2NY8X 4MLEA 3AO3A 5AQPA 5GAGP 3P31A 4GVEA 3WQTA 3OYJA 4E1MA 1J54A 4CZGA 3KLGA 1P8ZA 2P9KB 5BRDA 1FKOA 1CZBA 3LAKA 1W2BM 4H0VB 4C1NK 3SQ4A 4KB0A 3G4SN 2P9PB 1VSEA 1DLOA 3RWUA 1IKVA 3J7YP 1SN1A 2O8BA 5FPEA 4CJ7A 1VSMA 1JLQA 4H0OA 3RTVA 1LCUA 1J6ZA 4WFNL 5BRHA 2CH6A 1UA1A 3F2KA 1QE1A 2MZ0A 4YOUA 4CGIA 1S6PA 2Q97A 3HL8A 4NCGA 4Q0BA 2CGJA 1KCFA 3PV8A 5AFUA 5ADXH 3CIPA 3LDOA 3RRHA 4JKAA 2B68A 4B3TK 1L4VA 1HR0K 1TUYA 3O9UA 3O3GA 4J2AA 2WBNA 1KVBA 1DGKN 2DFHA 1VQKN 1GLBG 3DLBA 1BWFO 1YUWA 4E19A 2GEMA 2X6SA 2RPIA 3CYGA 2YNGA 3VQCA 4B1XB 4Z0UA 2LSNA 1JLGA 3V4IA 1VQNN 4PKHA 3D2FB 2HNZA 4B8AB 1D8YA 5E84A 4YDUA 2W6KA 4HTLA 3QEIA 2LKBA 4W5TA 3P39A 3IFRA 3LM9A 3FGUA 1B7DA 4JHDA 1I2UA 3ZETB 3AA5X 4B3RK 4RW6A 2Z1HA 3CI5A 1JLCA 3PIOL 3LALA 4DS4A 3V1QA 1CHZA 3I0RA 1GLJO 1I2VA 2N2QA 1NU0A 3TAPA 1RILA 1U2VB 5MLCQ 1PX9A 4FW1A 2GWJA 3E66A 4R79A 4JI2K 1E3MA 3FZMA 3HTVA 4DQPA 5C15A 3V81A 2MN5A 3VQBA 4E1JA 3PSFA 4AHTA 3UB5A 3B6PA 4UAFE 3AARA 4QS7A 3L2UA 1VQ4N 2D4WA 3IRXA 2XY8A 3I8BA 5AQJA 2HF3A 4BVPA 4IFYA 1MU2A 4K8ZA 1HNWK 2GWKA 1HYSA 4CJEA 3TR8A 4JRPA 1NMDA 1VAZA 1LV5A 4H5TA 5AZIA 3VTHA 2DFFA 4F9OA 1RTDA 4KREA 4HHFA 3T1AA 2G8IA 3MXIA 4A5AA 3TSUA 3M8SA 4BRDA 1OH7A 4B9SA 1T0ZA 1TVRA 1NKEA 4V19S 3AVKA 2LJMA 4BRMA 3H45C 2M8BB 3PUFA 3A8YA 3C0BA 1J5EK 4N5SA 2B4JA 2G2KA 5HL7L 3SQ2A 4FW2A 3OVNA 4A5BA 1TKXA 4BE2A 5BPMA 1FJGK 1P0AA 1QSLA 2QA4N 5EU7A 2D1KA 4AAZA 3MWTA 1YXQA 1GPTA 4N47A 4Z4IA 4AM6A 2E6LA 5IT9O 4BG8A 4DTMA 1VNAA 3D7EO 2D0PA 1QQMA 4EHTA 2YCHA 2OPPA 3D45A 5C12A 3NGZA 4E72A 1OZZA 5LY3A 4GV6A 1QZ6A 3CCUN 1KVAA 1XMOK 3DM2A 1IKWA 2D0AA 3AA2A 4YOTA 3QEWA 3V9ZA 4Z4EA 3U9ZA 5B8HA 2ZF5O 4I9LA 3V1RA 2PYJA 3L4IA 3GBTA 3I0SA 1TV6A 3QB0A 3RR8A 2A3ZA 1Q81O 4DFKA 4ILHA 2YNFA 1WLJA 3IDHA 4FJLA 1S9GA 4FSVA 3PX4A 1LW0A 4JKHA 4CJSA 4DMNA 3QBWA 3WXIA 2A41A 1XQSC 3VA0A 1FK9A 5GADP 4ELUA 3VEYA 4FM0A 2X78A 1HKCA 2N2RA 5BN9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VGL A;  4FJJ A;  1KAX A;  4EFH A;  1B3C A;  1ATR A;  4JI6 K;  3O5B A;  3RRG A;  1YJW N;  1KTQ A;  3HP6 A;  3Q7C A;  1NH5 A;  1IJJ A;  2Q0U A;  4CGH A;  4KH6 A;  2ATQ A;  3QIC A;  1JLE A;  5JVG L;  4C8L A;  3L4Q A;  2OPR A;  1YJN N;  1HMV A;  2OA8 A;  3HM9 A;  3TU5 A;  4BE7 B;  4CZF A;  4HVJ A;  2QWO A;  2E6M A;  3H6E A;  2W42 A;  4KH4 A;  3CQX A;  1BO5 O;  2WOM A;  4KRF A;  2XY6 A;  2P9P A;  4JKG A;  1I6G A;  4RG8 A;  1E4G T;  3DWL A;  3OS0 A;  4IEI A;  2E88 A;  4OKE A;  3KOY A;  3OYL A;  1ZVG A;  3ALY A;  4CGF A;  4DTR A;  5E26 A;  2E1Z A;  3WNH A;  2KBK A;  3A5L C;  3I33 A;  1HRH A;  3PSM A;  4DR3 K;  1WWN A;  4FZY A;  2D56 A;  4BRF A;  4CFC A;  3OBW A;  4KTZ A;  3HBT A;  1J5O A;  2I7P A;  4LF9 K;  3CJA A;  5EOY A;  4DB3 A;  1NWK A;  1VQ9 N;  4OLB A;  5AQQ A;  4BEB A;  3OS1 A;  2V7Y A;  2OTJ N;  3ZET A;  3NH2 A;  5HP1 A;  3PX6 A;  3NMU A;  1O13 A;  1ZU3 A;  1TYQ A;  2VGN A;  1BIS A;  4N41 A;  1NOY A;  4QS9 A;  4CJR A;  5KPR A;  5EX5 A;  3J8A A;  4AB0 A;  1W9H A;  4IJN A;  1BCO A;  3QFP A; 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