2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase (IN)
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
4DTMA 4KPYA 4IG3A 4CHNA 3HVRA 1T7PA 2FBVA 5CZ2A 2OPQA 5KI6A 1ASUA 4KTQA 1KLMA 3LWMA 1L3SA 3OJUA 4EP4A 4FLYA 4UQGA 4CJLA 4FJ5A 1JLQA 4G1QA 1N6QA 4HHTA 4F8RA 4KV8A 1WSIA 3AA3A 2E4LA 1TGOA 5I3UA 3AVFA 3OS0A 4C8KA 1C1AA 2D0BA 3CQ8A 1YTUA 3RR7A 4DSLA 2W42A 3SZ2A 4W5OA 1Q9XA 1KVCA 3KLEA 1KTQA 1RDAA 3OYJA 4XIUA 4BE2A 1TL3A 2Z1JA 4CJVA 4M3WA 2O4IA 3VN5A 4JRPA 3DI6A 4FM1A 2YNHA 2G8FA 2QKKA 3P83D 1RTDA 1HYVA 4LSNA 1TK0A 4M3RA 3HVTA 1QTMA 3AO3A 3VQBA 3HSTB 1NKEA 3OVNA 3OYLA 3LZJA 3V1QA 4CJSA 2XRIA 4YFUA 4DTPA 3O3HA 3SQ2A 5DK5A 2X6SA 4M3YA 3SUQA 3DLRA 4DS5A 5C24A 3K57A 4C8OA 4ICLA 4KREA 3OYEA 3LZIA 1TAUA 3NGIA 1RBTA 2IGIA 4CFAA 3KLHA 1YVUA 3SQ1A 1NJYA 4B9NA 4QOZB 3QIPA 3I0RA 4QCLA 4F3TA 4DFMA 4E7LA 2VG7A 1LV5A 1JL2A 1HNIA 4FK0A 1GOCA 4Z4HA 3SUOA 2ZE2A 4CFDA 1ITGA 3G0ZA 3NFAA 3NH2A 4OLAA 4DTJA 3KLGA 3CFPA 1J5OA 1RBRA 3AV9A 3SQ4A 4B8AB 4DQQA 1LWFA 2HNYA 3QEVA 4FYDA 3KJVA 3DMJA 1CXUA 4BDZA 4DTUA 4DSIA 3OS1A 4E89A 4FM2A 4E7JA 3ZT1A 1F21A 1S6QA 4CEQA 5HRSA 2DFFA 1KSPA 3DRSA 1B9FA 4F3OA 1W0HA 4DQSA 3LP2A 3ZSOA 1DTQA 1SUQA 4F2RA 1XWLA 3ZSQA 2XO7A 3CG7A 2OYQA 1FK9A 2HHXA 3HJFA 1RNHA 1RT1A 3VQ7A 3B6OA 4B8CA 4Q5VA 5FDLA 3NF6A 1S1WA 2OPSA 2F8TA 2KZMA 2Y1JA 3VA3A 2D0AA 3K5OA 5HP1A 1JXEA 3K2PA 1WN7A 1QSLA 1TK8A 1BGXT 4DF4A 2B5JA 3AVJA 2XHBA 1VK0A 3ZT3A 4CE9A 3U3GA 3H08A 4EZ9A 3SJJA 2KZZA 1ZYQA 1Q8IA 1HQEA 4JS4A 1RILA 1ZBFA 4OPKA 5KGWA 4CECA 1EX4A 3NGZA 4DF8A 4FJHA 2PYLA 3F9KA 4CJEA 4I7FA 3ZT0A 1TKDA 2IAJA 3OYHA 4CF9A 3NH0A 1U49A 3LPUA 1NK8A 4CJ4A 2FC0A 1WSGA 1FKOA 1JL1A 1LAWA 3MEDA 1L3TA 4KB0A 5JS2A 3EYZA 1BQMA 3KKSA 3DYAA 4CJQA 2Y1IA 4I9LA 5I42A 3MEEA 4OLBA 4B9LA 4FLUA 1S9EA 3SPZA 3IRXA 4RG8A 4FZXC 4J2AA 3IS9A 3PX0A 3QINA 4CIGA 3ALYA 3OJSA 1WSHA 1T8EA 1CLQA 3NHGA 2F96A 1C1CA 5K14A 3V81A 1D8YA 1BCMA 4EZ6A 5J2PA 4N41A 4PQUA 2JLEA 2P1JA 4IBNA 3L8BA 4CF2A 4L8RB 4KAZA 2XY5A 3LPTA 3ZSZA 3AVKA 4IFVA 1KVAA 2RKIA 3HP9A 3TI0A 1UA0A 1VSKA 3KLIA 3C6UA 1NK6A 3DLHA 1HPZA 4N56A 1LWCA 2FBXA 4O5BA 4W5TA 4CFCA 4JLHA 5CY4A 1RT4A 4OVLA 5SZTA 1TK5A 4FK2A 5E41A 4BWMA 1J54A 3KLFA 3DRRA 3O4QA 3SUPA 4IKFA 1UA1A 5FRMA 2X78A 3SI6A 2D0CA 4QAGA 4DU4A 1CZBA 1NK9A 4IDKA 2P51A 4PY5A 2KTQA 3ASMA 3SCXA 1NKBA 4J2DA 4H4OA 2XY8A 1IH7A 5HRNA 3TAGA 4CEDA 1KLNA 1O1WA 2PYJA 1TAQA 1Z26A 2KW4A 1CZ9A 4CEBA 3DLBA 4FJGA 1IO2A 1DLOA 1A5XA 2BDPA 1RT6A 3HYFA 4HCCA 1I39A 2F8SA 2OPRA 3AVAA 1BCOA 2FBYA 3CFOA 4DS4A 4CEOA 2I5JA 4Y1CA 1VSIA 3AA5X 3ZSWA 1FKPA 3SQ0A 3HT3A 3PUFA 4CHZA 2ZQBA 4O55A 3RRHA 3VQPA 4M42A 3TR8A 4KB1A 2Z1IA 3NF8A 4W5RA 4OJRA 1BI4B 3F73A 4AHUA 4CGHA 3JYTA 4CEEA 3K5MA 4CGGA 3TAEA 3AA4A 4DTNA 1MU2A 3LALA 3AO5A 1NK5A 3U3YA 2VWKA 1GOBA 1BIUA 3E01A 4AHCA 3U6FA 3ZCMA 2G8VA 1NOZA 3HO1A 3VQEA 4H4MA 1X1PA 2Z1GA 3A2FA 2HHUA 1WAFA 3P1GA 3PV8A 1JLBA 3THVA 1RTJA 3NE6A 3V6DA 3MEGA 5J2QA 2OZSA 4AHTA 3L2VA 4OKKA 2ITGA 4DWIA 3DOKA 5J2NA 4ELUA 2P5GA 3QETA 3DLKA 3HPHA 2PZSA 4DSFA 3TABA 1TKZA 5C42A 4MFBA 4TSXA 2OA8A 1ZBHA 4B9TA 1BISA 4NCBA 3ITHA 4FJ9A 1KFDA 2HVIA 3ZSRA 4F4KA 4RW7A 1SL1A 1U4BA 4ZTFA 4DLGA 4ID1A 1R0AA 1Y97A 3OYAA 3SV4A 1D5AA 3WNFA 4DQIA 3ISNC 3LANA 4CJKA 2R7YA 4NCGA 3VA0A 4KHSA 3NBPA 1L5UA 1QS4A 1HNVA 3ZSYA 5C25A 2IDOA 3DOLA 5HRPA 4B9MA 1BHLA 4HCBA 3OY9A 2YHAA 1WSJA 2HHSA 2X74A 2P5OA 3LAKA 1IKWA 1VSLA 2BGGA 4Z4GA 4C8NA 3TARA 3PX6A 3DLGA 5DMRA 3UIQA 1B92A 1VRUA 2YKMA 4EP5A 3QESA 1LW2A 4DQPA 3AVGA 4CGDA 4FLWA 4CJUA 4NCAA 3NF9A 4CGFA 4JRQA 1U48A 2QK9A 4M45A 3WNGA 1NK4A 1NJWA 4I9QA 1TL1A 3OYGA 1WNSA 5CZ1A 1NJZA 1T05A 3RMAA 1YT3A 5CYQA 2HNZA 3L2RA 1RT3A 2G8HA 3MXMA 4KHYA 3L3UA 3NAEA 1KCFA 5JS1A 1REVA 3G10A 4J2EA 3ZSXA 1KRPA 1ASWA 3C6TA 3ZT4A 1WSFA 1A5VA 3KK2A 5HRRA 1XHZA 1EP4A 4OPJA 2YV0X 1JXBA 3T19A 4FCYA 4FLVA 4K8XA 3LP0A 1NK0A 5KRSA 4CFBA 5T7BA 2BANA 4E7HA 4DTXA 1C0MA 4CJ3A 2E6MA 4AH9A 1VSJA 1S1TA 4DU1A 3QNNA 5EU7A 3L2WA 4OKJA 3D45A 1RTHA 2GBZA 4LSLA 4CIFA 1C0TA 1JLGA 3AO1A 4CEZA 3M8QA 1RCHA 1LW0A 3T3FA 2ATQA 3L3VA 3SNNA 2Q3SA 4ZTJA 3PX4A 2HVHA 1J9AA 3CYMA 2XY7A 3PO5A 2G8WA 1SKWA 1VRTA 2A1RA 1NOYA 4B9SA 1S5JA 3VQ8A 4GW6A 3JSMA 3HPOA 1HRHA 3DRPA 4M3UA 2RPIA 4B9VA 4Z4FA 1HYSA 4OGEA 1BL3A 4FW2A 4N5SA 2AJQA 1YTAA 1Z25A 3C95A 1JLAA 3IAYA 4CIEA 2RN2A 3O4NA 4KI6A 1BQNA 2WONA 2E6LA 3OYMA 1NK7A 5FROA 3AVIA 1K6YA 1UOCA 4ELTA 4RW4A 1KFSA 1U45A 3NDKA 4DG1A 3KIOA 2QXFA 3L2QA 2IOCA 3L2UA 3LDSA 3TAFA 3MXIA 1G15A 3TWHA 4FJ7A 4CHYA 3D0PA 4C8LA 3RTVA 4AILC 4ELVA 4J2BA 1TVRA 2G8IA 4Q0BA 5HBMA 1VSFA 4GVMA 4MQ3A 3V9WA 2GUIA 4N76A 4F2SA 2RF2A 4W5QA 4E19A 3V9ZA 3NGYA 4KHQA 4Z4EA 2YKNA 1N5YA 4BE0A 4K8ZA 3VQ6A 4CGIA 1JLCA 3IG1A 3V1OA 4CJ5A 4CJPA 1KVBA 4DFJA 4HUGA 1DTTA 3HPGA 3OYCA 3PY8A 4DSJA 4NYNA 3KK3A 3M8RA 4FZZA 3TAQA 1CXQA 4CHPA 3WNEA 1BI4A 1VSEA 2X6NA 2QKBA 2EHGA 4M3XA 2DY4A 3S3NA 3BDPA 2VG6A 2BE2A 3QO9A 1SL0A 2EX3A 2YHBA 1B9DA 4E7KA 3HXMA 4IFYA 3VQ5A 4JS5A 4HVJA 4DQRA 1XI1A 4KHUA 3SUNA 3QEIA 3OYFA 3V4IA 1TV6A 4CHOA 1S1UA 4FJ8A 4BWJA 3AO4A 1S9GA 5CYMA 1S1VA 2JGUA 1BIZA 5J2MA 4O4GA 1GOAA 4FJXA 4HTUA 4FXDA 3FFIA 3KTQA 4CEFA 4E1NA 2KFZA 4O0IA 5KRTA 1RDBA 4CK1A 4E0DA 1IKVA 2FBTA 3I8DA 1HQUA 1RBUA 2DFHA 2HW3A 3P5JA 3EZ5A 4ID5A 1L3UA 4CF0A 3KK1A 4CEAA 3QLHA 1U47A 3AA2A 2A1SA 3OYNA 4KHNA 3EY1A 4CCHA 1IKXA 3OYKA 3AVHA 2PY5A 3RMDA 2OZMA 5D3GA 1SV5A 3DM2A 4FJLA 3C94A 3AVLA 3HK2A 2HHWA 1C1BA 3AVNA 3QNOA 1VSHA 4KKOA 1C0UA 1D9FA 5FRNA 4DSKA 4E3SA 4AHSA 2XY6A 1EXQA 4FLTA 4IG0A 4R5PA 4BDPA 3CM6A 4LY7A 2G8KA 4CGJA 2HNDA 1T03A 4KO0A 1XHXA 4CJTA 3S3MA 4OGCA 3T1AA 3OS2A 3SPYA 2YNFA 3K58A 2HHQA 1NKCA 4LD0A 1QHTA 3DLEA 2ETJA 4Z4CA 1I3AA 1WAJA 4WE1A 3K5LA 3QERA 4M3ZA 3TAMA 4FLZA 4CK2A 1RT2A 1LWEA 1ZBUA 2IS3A 2Z1HA 4I2QA 1JLEA 4OKEA 1FXXA 4CF8A 3HM9A 3LP3A 4BDYA 4DFPA 5HROA 1SL2A 4FJNA 3K59A 2YNIA 4H8KA 3LP1A 4CJFA 4KRFA 2KQ2A 4FW1A 4Z0UA 3ZSVA 4KI4A 4HUFA 3V9XA 4AHRA 1QSSA 2NUBA 1VSDA 2HHVA 3S3OA 3QIOA 3HP6A 3KKRA 3AVCA 3V9UA 4E1MA 4KFBA 1SKSA 4PA1A 4CK3A 3O3GA 1U04A 2KFNA 4ZHRA 3VQ9A 1L3VA 1QQCA 2D5RA 4B08A 3RR8A 4FJKA 3NCIA 4FK4A 4PWDA 3VQCA 3I0SA 1SKRA 4W5NA 1JLFA 2HB5A 4RW6A 3VQAA 4DMNA 4BACA 4FJMA 4DTOA 1WSEA 4CJWA 4B3OA 3SYZA 5SWMA 3M8PA 3QEWA 4LH4A 3RMBA 3AVMA 5HLFA 1RBVA 1RDDA 3VQDA 1W9HA 4DFKA 4M3TA 3NH1A 2YNGA 5J1EA 2O4GA 4KHWA 2VG5A 2B6AA 3VQQA 4CJRA 3B6PA 1XC9A 5KGXA 3KD1E 1TKXA 4FJJA 2DTUA 3WNHA 1RT5A 3OYBA 1HYZA 1RBSA 2B4JA 4BE1A 1RDCA 1RT7A 4FM0A 4FJIA 1UWBA 2VWJA 1JKHA 3OYDA 4LH5A 2G8UA 2HHTA 1EETA 1A5WA 3TAPA 4FZYA 1EKEA 1ASVA 1ZBIA 1ZBLA 4B9UA 3V1RA 3ZT2A 3MAQA 2GV9A 1D9DA 3K5NA 2OPPA 1TKTA 1Q9YA 1J53A 1VSMA 3AVBA 4CHQA 4RW9A 4HUEA 3SV3A 4I2PA 4DU3A 4E7IA 4AHVA 4YNQA 4DTSA 3KD5E 2HMIA 1C6VA 4KTWA 3PO4A 3NF7A 2DFEA 1S1XA 1S6PA 4DLEA 4DSEA 4FVMA 4RW8A 1HMVA 3MXJA 4Y1DA 3AO2A 3QEXA 4N47A 2ZD1A 3RRGA 3VQ4A 2IC3A 3CM5A 2LSNA 4KTZA 4CESA 3CFRA 3RWUA 1UAXA 1IG9A 3S9HA 4PUOA 3HL8A 4FLXA 4O44A 3OYIA 4C8MA 3QEPA 3BGRA 3MECA 3V9SA 1X9WA 1HJRA 1QE1A 3RMCA 4GMJB 4Z4IA 1LAVA 1X9SA 5KTQA 1X9MA 3M8SA 1WLJA 1IKYA 4O0JA 4CERA 4DTRA 3TANA 1QSYA 3LWLA 3ULDA 1NJXA 1RTIA 2WOMA 3LAMA 4NYFA 3O3FA 4CF1A 4M41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTMA 3RSEA 1TYQA 5M1QA 3DWLA 3D2EA 3EO3A 1ASUA 4K41A 2FF3B 1IBLK 3R8EA 1N6QA 4LFBK 1SQKA 1WSIA 3AA3A 5I3UA 1TGOA 4B3SK 3VEWA 3CQ8A 4OO1J 4DSLA 2KKZA 2W41A 4W5OA 3ULEB 4PHTX 1ZC6A 1XNRK 1TL3A 2Z1JA 4M3WA 4YY3K 4EHTA 3J7YP 4BVPA 4XEIA 4M3RA 3HVTA 3HSTB 4BREA 1P8ZA 2XRIA 4YFUA 4DTPA 3SUQA 4DS5A 3THYA 4C8OA 4LF6K 3QBXA 3OYEA 1RBTA 1YVUA 3SQ1A 2E1ZA 4JYAK 4DV7K 4ILHA 1IBKK 5TKWA 4ILJA 3SUOA 2ZE2A 3G0ZA 3NH2A 1J5OA 4OX9K 4JN4A 3SQ4A 4DQQA 4FYDA 5EX5A 1CXUA 1ATRA 3KWGA 5LMUK 3OS1A 3PIPL 4E89A 4LF9K 3ZT1A 1HNWK 1KSPA 2DFFA 3C7NB 1B9FA 3DRSA 3ATVA 4F3OA 2WUSA 3WEEA 3LP2A 3CF5L 3ZSQA 2XO7A 2P9NA 3CG7A 4MLHA 2HHXA 3HJFA 3B6OA 5EVZA 4B8CA 1Q81O 1ILYA 2Y1JA 3VA3A 2D0AA 3K5OA 3K2PA 1TK8A 1BGXT 4DR4K 1VHXA 3G4SN 4X62K 3H08A 2KZZA 5AQZA 2RE2A 2PYLA 2FSNA 3ZT0A 3TSQA 3OYHA 4CF9A 5JLHA 1U49A 1NK8A 5AZIA 4CJ4A 2FC0A 3MEDA 5C12A 1BQMA 3KKSA 1NGFA 4L3QA 3HBTA 4RG8A 1YITN 3BZKA 1CLQA 3ALYA 1WSHA 2YCHA 5FPEA 4DR5K 3V81A 4EZ6A 4N41A 1BCMA 3AAPA 2JLEA 4CZFA 4FL9A 4IBNA 3I8BA 3L4IA 4EIAA 1C0FA 4IFVA 4JI4K 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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