2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase (IN)
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
1TVRA 4CEQA 2O4GA 1VRTA 4AHUA 1S1WA 3L3UA 3VQ8A 1VSLA 4RW7A 4CK3A 1LAWA 3OJUA 2LSNA 5J2NA 3PO4A 3SCXA 1KFDA 1TAQA 2BANA 1I3AA 4OJRA 4CJSA 1HNVA 3L2UA 3JYTA 2HHWA 4HHTA 1KVCA 4CGDA 4DSEA 1TL1A 4PY5A 4KTZA 4DFKA 1D9FA 3AVAA 3I8DA 3LAMA 3KLGA 1CXUA 1VRUA 2EHGA 1JLCA 3V1OA 4M3XA 4ID5A 1UOCA 3T3FA 3C6TA 3C6UA 3ZSQA 4KI6A 4PQUA 4DU3A 2ITGA 4KHNA 1BQMA 2Z1HA 3SUOA 4HUGA 3QINA 5KTQA 2OA8A 2GV9A 3TR8A 3OYBA 5HRSA 4E7JA 1HMVA 3DOLA 5CYQA 2I5JA 3K5OA 4LSNA 4DU1A 4Z4GA 4JS5A 5K14A 4ICLA 3QEVA 1RDAA 1RT2A 3VA0A 1RBSA 4F2RA 3C94A 3O3FA 1DTTA 4B8AB 4I2QA 3ZSYA 4HUEA 4CJ4A 5J1EA 1KLNA 1WSHA 3AVFA 1NJYA 4FZXC 3NCIA 4CK1A 4CEOA 3V9SA 4CJTA 4CJ3A 3G0ZA 3HVTA 4OKKA 5KRSA 2IGIA 3VA3A 3DLHA 4DQPA 2HW3A 1R0AA 2O4IA 3DLKA 4AILC 3PX0A 5HBMA 4J2DA 1JLEA 2FBTA 4KI4A 3AVJA 4O44A 1EXQA 1RDBA 2RPIA 2YNIA 3SV4A 4M3TA 1CZBA 4NCGA 5KGXA 4K8XA 5HLFA 1RT6A 4BWMA 4OLBA 1ITGA 4ELUA 3ZT1A 3V1QA 5DMRA 4QAGA 3LWMA 4O5BA 3D0PA 1FK9A 1YTAA 2WONA 4FJ9A 1FKOA 1U48A 1JKHA 4CEEA 1VSIA 3O4QA 4EZ6A 5C24A 2OZSA 3ASMA 3OVNA 5CZ1A 3P83D 4N76A 1GOBA 3THVA 3L2QA 1RDDA 1VSKA 1W9HA 4GW6A 3HP6A 3TANA 1X9SA 1RTDA 3RR7A 4FJLA 3MEGA 4KTQA 4FJIA 2G8FA 2IC3A 1KRPA 5FRNA 3VQ9A 4KRFA 4CEFA 2ZD1A 3VQQA 1RT1A 4FZYA 1U47A 1KTQA 3D45A 1S6PA 1SUQA 1C6VA 3AO1A 3L2RA 4QCLA 2B6AA 4FJNA 1HNIA 4Y1CA 1SKSA 4DSKA 1VSEA 4DF8A 1J5OA 1HRHA 2VG6A 4EP5A 4Z4CA 4FK2A 4QOZB 4HCBA 3TAEA 2DFEA 1VSHA 4CGFA 1RT3A 4KV8A 4FM1A 1D8YA 4N41A 2HHXA 1A5XA 4FLXA 3AVNA 1NK7A 3K5NA 4CFCA 3IAYA 3LWLA 1EX4A 2A1RA 4FJJA 3IG1A 2KTQA 3ZT4A 1JL1A 1TK5A 1IKVA 1C1BA 1BI4B 2XRIA 1JXEA 3EZ5A 4BE0A 4DS5A 3AA5X 1ASVA 3AA4A 4C8NA 4DFMA 4Z4HA 2D0CA 4OGEA 3VQ5A 3HM9A 4FJ5A 2XY8A 4W5QA 4RW9A 1S1TA 4ELVA 4LH4A 2FBVA 2RF2A 1A5WA 4RG8A 3L2WA 4BE2A 3SQ0A 4G1QA 1N6QA 2HHQA 1S9GA 4DTUA 2G8KA 2YHBA 4CEDA 1G15A 1ASWA 1I39A 1U04A 3LPTA 4CGGA 3KLEA 4KKOA 2HVHA 1ASUA 4M3WA 3H08A 4E1MA 4E7IA 1VSMA 1TL3A 3U3GA 3NH1A 3KK2A 3QETA 1TKDA 4IBNA 2KZZA 1WSIA 4KHWA 4E7LA 5D3GA 1FXXA 3L8BA 2XY5A 4CEZA 4KB0A 4W5TA 4M45A 1T8EA 4CEBA 1SKRA 1YT3A 2AJQA 1UWBA 4BACA 4W5RA 4DSIA 1TKZA 3ZCMA 1KVAA 1RT7A 2IOCA 3ZSOA 3VQ6A 3JSMA 4FLVA 2R7YA 3SQ2A 1HQEA 4N56A 1EKEA 2QKKA 4DSJA 1B9DA 4R5PA 1T7PA 2B4JA 2D0BA 4CHZA 4PA1A 3O3GA 3S3NA 2KW4A 1TK0A 4HVJA 1RNHA 3RMBA 3OS1A 3MAQA 1XC9A 4C8OA 2VWJA 1D9DA 1L3TA 5J2PA 1DLOA 3VQBA 3V1RA 1ZBIA 2HNYA 5JS1A 1JLAA 4CJFA 4CECA 4DMNA 2X6NA 1O1WA 4DFJA 1RBTA 3OY9A 4F4KA 2BE2A 3RMAA 3SUPA 3DOKA 4IFYA 1D5AA 4I7FA 4CJQA 3NGIA 1RT4A 4CE9A 4E7KA 3NF6A 1LW0A 2HHUA 3AA3A 4FZZA 1C0UA 4CJPA 3AO3A 1NK9A 4M3YA 3O4NA 1S1XA 3RRHA 3WNGA 4W5OA 4DTOA 3LPUA 3RR8A 2KFNA 4AHSA 4OKEA 2YKNA 4BDYA 3QIOA 2G8WA 2ZQBA 3ZSZA 3QEXA 3SZ2A 2VWKA 3MEDA 1RCHA 1REVA 3T19A 1VSJA 3KD1E 4Y1DA 5KRTA 3QO9A 2F96A 4CJUA 3PV8A 2VG5A 4DTXA 1N5YA 3PUFA 1SL0A 4F3OA 4FJKA 4J2EA 2OPPA 2HHTA 4CF2A 5J2QA 2XO7A 4RW6A 4NCAA 1IG9A 2HHSA 4Z4EA 1K6YA 3DMJA 3M8PA 3NF8A 3OYJA 3V4IA 5E41A 3QESA 1LW2A 3VQDA 4EP4A 4CHYA 1KSPA 4Z4FA 3HYFA 3MEEA 3S3OA 3VQCA 4FJGA 1BCOA 2FBYA 2HNDA 4I9LA 2BDPA 2B5JA 1RBUA 1Q9YA 3HT3A 4FJMA 1JXBA 1Z25A 4B8CA 4MFBA 5KI6A 3A2FA 4B9SA 4L8RB 4IG0A 4M42A 5HRRA 1NJWA 2YNFA 3P5JA 4OVLA 5FDLA 3T1AA 4Q5VA 1B92A 3F73A 2D0AA 1SV5A 4CESA 3AV9A 3ZSXA 4JS4A 2YV0X 4F2SA 1TGOA 4FW1A 3QEWA 2HVIA 4ZTJA 3SNNA 4RW8A 1UAXA 2A1SA 4CGHA 2OYQA 4B3OA 3OYAA 3SPZA 3TAGA 1J54A 4M41A 3OYGA 2YKMA 4C8KA 2XY6A 4OPJA 3HK2A 2HB5A 4HUFA 4DQSA 4NCBA 4W5NA 3CM5A 3DLGA 3NDKA 1WSFA 1F21A 4BE1A 3V81A 4DSLA 4KAZA 3TAPA 2IS3A 4F8RA 1S1UA 3U3YA 3NH0A 3CFOA 1EP4A 4CF1A 2PYJA 1YVUA 3L2VA 2X78A 3QEPA 4FLTA 1QSLA 4LY7A 4YFUA 1NKEA 3K5LA 4FJ7A 1BIZA 4EZ9A 4FJHA 1X1PA 4FJXA 4PUOA 2HMIA 4KREA 2JGUA 5I42A 3AO5A 1BIUA 4E3SA 1X9MA 2OZMA 2G8HA 3NFAA 1SL1A 2Q3SA 3KKRA 3ZSVA 4DTPA 4LH5A 4CJVA 4CJKA 3SUNA 2DFFA 3NGZA 3AVBA 1RILA 3M8QA 4LD0A 1RTJA 1HJRA 4E7HA 1QQCA 4IDKA 4AHRA 1XHXA 4M3ZA 4FXDA 3SJJA 3KTQA 1BHLA 1S6QA 3RWUA 2Y1IA 4KO0A 3DRRA 4IKFA 2IDOA 3NF7A 3QEIA 1ZYQA 5HP1A 4KHSA 3OYKA 4OGCA 4B9LA 2QXFA 4OPKA 3LZJA 2P5GA 3RRGA 2RKIA 2Z1IA 5C42A 4O0IA 3HPHA 3NH2A 5KGWA 4J2AA 5SWMA 4CEAA 1DTQA 2EX3A 4OKJA 1QS4A 3KK1A 1NJZA 4TSXA 4J2BA 1TKTA 1VSDA 2Z1GA 4O55A 4DQRA 2BGGA 3I0SA 4CJ5A 2DTUA 3KJVA 4FYDA 2ZE2A 3OS2A 3SYZA 3TAQA 5CZ2A 3VQ4A 1IKWA 1T03A 5FROA 4KHUA 3S3MA 3QERA 1Q9XA 3KLFA 2IAJA 1Y97A 2HNZA 4CF0A 3WNFA 3EYZA 4MQ3A 3HO1A 1BGXT 1MU2A 2KZMA 4N47A 1ZBUA 1W0HA 5T7BA 4HTUA 1LWEA 2D5RA 4KB1A 3AVMA 1BCMA 1RT5A 4IG3A 3KLHA 1GOCA 3V9UA 2FBXA 3P1GA 4BWJA 2PYLA 3HP9A 5DK5A 2X74A 3OYCA 3CFPA 1RBVA 1UA1A 3DLBA 4CCHA 1QTMA 2JLEA 1BQNA 4FLZA 1ZBFA 3G10A 3L3VA 2RN2A 4DTJA 4KPYA 4NYNA 1Q8IA 4DU4A 4DLGA 3QNOA 5I3UA 1C1CA 5HRNA 4ID1A 3SV3A 4Z0UA 2DFHA 1VSFA 2X6SA 4DTNA 3SI6A 4DWIA 4FLWA 3OYDA 4DTSA 4E89A 1EETA 3DYAA 2HHVA 4GVMA 4DLEA 2YNGA 1YTUA 2KFZA 3KK3A 3RMDA 3WNHA 3AVKA 3ZSWA 2YHAA 1HYVA 2P1JA 1KFSA 1JL2A 3NE6A 3HSTB 2ATQA 2P51A 3OYIA 1ZBLA 3O3HA 4ZTFA 4OLAA 4B08A 3LALA 1JLGA 3PY8A 4H8KA 1HPZA 1L3VA 3NHGA 1KVBA 1LV5A 3MXJA 3OYFA 3SQ1A 1NOYA 1NK6A 3B6OA 3LP1A 3NBPA 3RMCA 3M8SA 5C25A 1LWCA 3F9KA 3K58A 1NK8A 4JRPA 4E1NA 1HYZA 1WAFA 3AVHA 4I2PA 3DM2A 1SL2A 4CIEA 4FK4A 4UQGA 4CF9A 4BDZA 1C1AA 1JLFA 3NF9A 4E0DA 1WAJA 4HCCA 3V9WA 3MECA 3NAEA 1CLQA 1U45A 1RBRA 1IKYA 1S9EA 3K5MA 3AVCA 1Z26A 5CYMA 3DI6A 4O4GA 1NK5A 3CM6A 1U4BA 1QHTA 3E01A 3HL8A 3V9XA 1C0TA 1IKXA 3RTVA 4N5SA 3AVIA 3MXMA 2QK9A 3WNEA 2W42A 1TK8A 4CIFA 1WNSA 3TARA 1IO2A 4M3UA 3PO5A 2KQ2A 1NOZA 1HYSA 1NKBA 4CHNA 3DRPA 1WSJA 5FRMA 4NYFA 3ZSRA 3VN5A 2E4LA 3AO2A 3KLIA 4FLYA 3LP2A 4WE1A 2PY5A 4FK0A 2F8SA 2WOMA 1FKPA 3SUQA 1NJXA 4KHQA 2DY4A 4YNQA 4CFDA 2OPQA 4C8LA 4FM0A 4H4MA 1VK0A 3NGYA 1XWLA 2NUBA 3OYMA 1KLMA 3B6PA 4H4OA 1BISA 3BDPA 1JLBA 4ELTA 1TAUA 4O0JA 3K57A 1GOAA 2ETJA 4FVMA 3SPYA 1L5UA 1WLJA 1WSEA 4KHYA 4LSLA 4CJLA 4CJWA 2G8UA 2G8VA 3TAFA 4B9UA 3CYMA 4CHPA 4B9NA 3BGRA 2E6LA 1TKXA 1CXQA 3CFRA 3QNNA 1BL3A 4AH9A 3K59A 4CHOA 4CGIA 3VQPA 4DF4A 5JS2A 1XHZA 2QKBA 3U6FA 3ZT0A 3LAKA 3LP3A 2OPRA 2GUIA 3AVLA 3LZIA 3OJSA 4M3RA 3V6DA 3VQAA 2PZSA 1LWFA 4B9TA 4Z4IA 3IS9A 3AVGA 3VQEA 3DLRA 3OYNA 2P5OA 3EY1A 4ZHRA 1T05A 2F8TA 4C8MA 1A5VA 3DLEA 1XI1A 3I0RA 4AHTA 4JRQA 3TWHA 1S1VA 5CY4A 4F3TA 3ALYA 3QIPA 3OYEA 3KKSA 1WSGA 3HJFA 3LP0A 4DQIA 1WN7A 3OYHA 1L3SA 3ZT3A 1HQUA 4BDPA 4DS4A 2YNHA 2G8IA 4CFAA 1NK4A 1JLQA 3CG7A 3LDSA 1J9AA 2FC0A 4CJRA 1ZBHA 3ITHA 5EU7A 4CF8A 4CHQA 3DRSA 5J2MA 3TABA 4DTMA 4DTRA 3FFIA 3ULDA 1NK0A 3KD5E 2OPSA 4GMJB 2VG7A 1U49A 1B9FA 3KIOA 4RW4A 3K2PA 3MXIA 4B9MA 4JLHA 1S5JA 4AHCA 4DQQA 1RTHA 2Y1JA 3ISNC 5HROA 4CGJA 3IRXA 4CIGA 1QSSA 1C0MA 3TAMA 4FLUA 3QLHA 5SZTA 3HVRA 3SQ4A 1QE1A 4DG1A 3OYLA 1BI4A 1LAVA 4FCYA 4PWDA 3HPOA 4CFBA 2Z1JA 2XHBA 4I9QA 1SKWA 4IFVA 3V9ZA 4DSFA 3M8RA 3AA2A 3LANA 1CZ9A 1KCFA 1NKCA 2GBZA 1QSYA 4K8ZA 1TV6A 1X9WA 4Q0BA 3HPGA 4FJ8A 4B9VA 3C95A 4DFPA 1UA0A 4CJEA 2XY7A 4KFBA 3TI0A 3PX4A 1L3UA 3VQ7A 3AO4A 1RDCA 4KTWA 4AHVA 3UIQA 3S9HA 3HXMA 4FM2A 1IH7A 1RTIA 4XIUA 2E6MA 1J53A 5HRPA 4E19A 3PX6A 3ZT2A 4FW2A 4CK2A 3CQ8A 3OS0A 4CERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VRTA 1YVNA 4AHUA 1S1WA 4JI3K 1VSLA 1LAWA 2LSNA 3SCXA 3L2UA 4OJRA 1YIJN 1KVCA 4DSEA 4PY5A 1XMOK 4DFKA 3AVAA 2V7YA 3I8DA 3KLGA 1CXUA 2O8FB 1UOCA 3C6UA 3VESA 3UKUA 4O8KA 3LDLA 4KHNA 4JHDA 3QINA 4BRNA 3OYBA 1HMVA 3DOLA 4IEIA 5CYQA 4CZMA 4LSNA 5K14A 4ICLA 3QEVA 1RDAA 3C94A 2GEMA 1XC3A 3CPWM 4I2QA 4HUEA 4CJ4A 4JYAK 1WSHA 3NCIA 3MCAB 5KRSA 3G0ZA 3JS6A 4DQPA 4CZEA 5C2FA 2HW3A 1R0AA 3DLKA 3PX0A 3MMVA 4J2DA 2FBTA 5AQUA 2YNIA 4C1NK 2W6KA 4QAGA 4O5BA 3D0PA 1FK9A 2BH1A 1FKOA 1W97L 3U8XA 1VSIA 1FJGK 3UB5A 1HNZK 1GOBA 3THVA 1IBKK 1W9HA 3HP6A 4FJLA 2G8FA 3DXKA 1NM1A 1RT1A 4C1NI 3SK3A 1U47A 3CQXA 3QDKA 1EO1A 3AO1A 2GWJA 4BQLA 1VQ7N 4FJNA 1SKSA 3D2FA 2UXCK 1J5OA 1C0GA 4PL8A 4HCBA 3ENHA 1RT3A 4CGFA 2QXLA 3S41A 2QEXN 5DM6L 1BOTO 3IG1A 1JXEA 1ASVA 3VGLA 3AA4A 4C8NA 4DFMA 3HM9A 5GAGP 4OPHA 4W5QA 4RW9A 3EN9A 3CF5L 4LH4A 2P9LB 1JCGA 5BN9A 4CEDA 1I39A 4CGGA 3LPTA 4GKJK 4KKOA 4M3WA 3VPZA 4E1MA 4MLHA 1MA9B 4E7IA 3QETA 3KK2A 4IBNA 4KHWA 3L8BA 2XY5A 4CEZA 2E2OA 1YT3A 2AJQA 3ZCMA 2QWPA 2QKKA 3VQ6A 4N56A 3FZFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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