2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase (IN)
publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein, recombination
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
3AVJA 2G8UA 5CZ1A 1C0TA 1QHTA 1FXXA 2D0CA 1SUQA 1RT5A 1HNVA 3C94A 3RR8A 4Z4FA 4N76A 1Z25A 4FLYA 2KZMA 1KCFA 3LAKA 5D3GA 2HNDA 4JLHA 5KGXA 1RILA 3ZT1A 1JXEA 2JLEA 1IKVA 1IKXA 3D0PA 4BWMA 2X6NA 4CJ4A 3HJFA 5DMRA 4KHSA 1D9FA 4FW2A 4C8KA 4I7FA 4CEBA 5CYQA 1HNIA 4HUEA 1C0MA 4ZTJA 1I39A 1C1CA 2FBYA 4RW7A 5KRSA 3L8BA 4B9TA 4DSIA 4OLBA 1L3SA 3WNFA 3F9KA 5I42A 4H4OA 4O5BA 3K59A 2FBXA 3L2VA 4W5RA 3NGIA 1EKEA 1HJRA 2LSNA 3FFIA 3ISNC 3TANA 4DTOA 4EP5A 3PO5A 3VQAA 4CIFA 4DTXA 2OPPA 3LP0A 4RW9A 2XY8A 1TK8A 1QSYA 4FJGA 3ASMA 1SL1A 4YFUA 2Z1JA 3HSTB 1DLOA 4CGDA 4PY5A 2VWJA 2VG7A 1J54A 2D0BA 1WAFA 4CJLA 2HVHA 4DTMA 3VQ8A 4ELVA 5T7BA 1TL3A 4JRPA 3MXIA 4C8LA 1D8YA 1VSLA 2HB5A 4Y1CA 3VQDA 4CEZA 4OLAA 1NJWA 4KFBA 3ZSXA 4H8KA 3AVGA 2QKKA 4OPJA 4FJNA 1VSJA 3OY9A 1C1AA 4M3ZA 5CY4A 5FROA 1TKXA 3DMJA 4CFDA 4HUGA 4GMJB 3VQQA 1BGXT 2W42A 1RCHA 1S9GA 4DU3A 2HHTA 3SUOA 3IS9A 4DSEA 5J2QA 3AVBA 1MU2A 3THVA 4DG1A 3B6PA 3AVMA 1NK0A 4DFJA 3SI6A 3CFRA 4FLWA 1Q8IA 4CJQA 4CF8A 1NKCA 2B4JA 3SPZA 4FZXC 2DTUA 1JLGA 3M8PA 4CEEA 3OYGA 1JL2A 2E6LA 4TSXA 4W5QA 3L2UA 4FM1A 4DSLA 1JLFA 1BCMA 3KKSA 5C42A 1BISA 3QETA 1VRUA 3V9SA 1EX4A 4CIGA 1IH7A 3C6TA 4O44A 1WSHA 5SWMA 1S6PA 3OYBA 3V9XA 1L5UA 3MAQA 3HPHA 4W5OA 3S9HA 4ELUA 3TAEA 3LAMA 4ZTFA 5HBMA 2HVIA 2JGUA 4AHUA 1KLMA 3OYLA 2ETJA 3HP6A 2IAJA 3ZSYA 2DFHA 1RBUA 2IC3A 3L3VA 3C95A 3TAGA 5HROA 4KPYA 3QLHA 4LSNA 3LZIA 2R7YA 3DOLA 3LPTA 2XRIA 4E19A 2PZSA 3NCIA 4CJFA 4CJ5A 3QIPA 1T03A 3NE6A 2E6MA 2G8HA 1YTUA 3DLHA 4CF2A 3QEPA 2KTQA 3LP3A 2YNIA 3ZSOA 1JLEA 4BE0A 1ASWA 1J5OA 1KVAA 4KB0A 4FJKA 3QEVA 3NHGA 3WNGA 4LH4A 1TV6A 1FKOA 1RT2A 3NGYA 1RT7A 1BCOA 2OZSA 5J1EA 2X74A 1HQEA 2F96A 1BI4B 3DLEA 3VQ9A 1RBRA 3VQ7A 4KTQA 1ASUA 1D5AA 4CERA 3ZT0A 3UIQA 1XWLA 1NK8A 3DLKA 2HHWA 2X78A 3RWUA 4M41A 5HP1A 3IG1A 4DFMA 4DTJA 4J2BA 4CF9A 2YHAA 1ZBHA 4RG8A 4UQGA 4YNQA 2XO7A 4JS4A 3NGZA 3MXMA 1RBSA 2YNHA 2GUIA 4QAGA 3HPOA 3AVLA 5HRPA 4M3XA 4N47A 4CJKA 1LWCA 5K14A 4FJ9A 3TR8A 1NK9A 3DRRA 4KO0A 4LY7A 5JS2A 4FLZA 4DF4A 1B9FA 1WSEA 4RW4A 4HCCA 4FJIA 4LD0A 1KFSA 4CFBA 3ZSRA 1S9EA 3DM2A 3V9ZA 4Z4IA 1YVUA 3V4IA 3ZSQA 2XHBA 2KFNA 3WNHA 4CFCA 4O55A 4B9LA 2ATQA 4CK3A 1JLCA 1GOCA 3BGRA 4M42A 4CFAA 1HQUA 3G0ZA 2WOMA 5J2NA 4CEFA 4KAZA 2HHSA 2B5JA 1CZ9A 1QQCA 3NF7A 4CEDA 3KK2A 1SKSA 2F8SA 1VSHA 2RPIA 2RF2A 3AVHA 5FRMA 5EU7A 3RR7A 4B3OA 1FK9A 4O4GA 4CF0A 2EX3A 4IFVA 2FBVA 4DQIA 2G8KA 2HHVA 3OYMA 1UAXA 3G10A 2WONA 4KHWA 4KHYA 3VQ6A 3QINA 3AVNA 3LWLA 3V81A 3AO4A 4IKFA 2XY5A 4FLTA 1TK0A 3VA3A 3I0SA 1DTQA 1VRTA 5C25A 4KHQA 4CE9A 2OYQA 5HLFA 3DLBA 3LDSA 1XHZA 2Q3SA 1LAVA 4DTPA 4NCGA 2DY4A 2YNGA 1T05A 4KB1A 5C24A 1W9HA 3CFOA 3LWMA 4FLVA 3K5NA 4KHUA 2AJQA 3CM6A 3HK2A 5DK5A 4FK4A 4CGFA 3MXJA 3HYFA 1KFDA 3O4NA 4CJ3A 2IOCA 1CXUA 3SNNA 1TVRA 3L2QA 4DTUA 3TAFA 4L8RB 3NDKA 3RRGA 4AHTA 4DQRA 1EXQA 2D5RA 4CF1A 3U6FA 4FLUA 4DU1A 3U3YA 3OYNA 4CK2A 4PQUA 4CJWA 1IG9A 1S1TA 4BE1A 4FLXA 1SL0A 1RT1A 4F3TA 3AO3A 3S3NA 1WSGA 4CHZA 2IS3A 2OPQA 1ASVA 1CZBA 4DFPA 1EP4A 3OJUA 3OYAA 3TI0A 4DLGA 4KHNA 4J2EA 4DQSA 1X1PA 3QERA 2KFZA 2NUBA 4DFKA 3K57A 3RMBA 1J53A 3KKRA 3NF6A 4OVLA 1NKEA 1VK0A 2O4IA 1KSPA 3K2PA 4CJRA 3PX0A 3NH2A 5HRRA 3VQPA 3VQ4A 3SJJA 4F8RA 1BQNA 1IKYA 5CYMA 2Z1HA 1RT3A 4B08A 3AVCA 1BIZA 4OKEA 3OYJA 3QEIA 3SUNA 5I3UA 1B9DA 2Y1IA 3U3GA 5J2PA 1GOBA 1YT3A 3LP2A 1TK5A 1K6YA 4DS5A 1TAUA 3PUFA 2I5JA 3DRSA 4CJEA 4E7JA 4CHYA 3NBPA 3LZJA 3H08A 3HP9A 4OGCA 3AO1A 4E7LA 3S3MA 1RTDA 1KRPA 1QSLA 2P5OA 4EP4A 1W0HA 4C8OA 3NF9A 4Y1DA 3AA3A 1TL1A 1RTIA 3QIOA 3SQ4A 2QKBA 4Z4HA 1WSFA 4C8MA 5J2MA 3HT3A 4FJ8A 2Z1IA 2KQ2A 2YKNA 3RTVA 2YHBA 4OGEA 1LW2A 3OS1A 1NK5A 4GW6A 4B8CA 1NOYA 2Z1GA 3OYHA 3HVRA 3RMAA 3LP1A 4IG3A 4ZHRA 4W5TA 1L3TA 1LAWA 4CJVA 2BDPA 2OA8A 3ALYA 3A2FA 5SZTA 4KI4A 4CEOA 1HMVA 2IGIA 3PY8A 3NH0A 3ZT2A 4CIEA 3SUQA 1S1VA 4AHSA 3LPUA 4FZYA 3SPYA 1XC9A 4PUOA 3OJSA 1VSEA 1VSDA 1HPZA 4OKJA 3DRPA 4OPKA 3JSMA 1N5YA 4CCHA 1BHLA 3AA4A 3KLHA 4FJHA 4K8ZA 3DYAA 3NF8A 3CQ8A 3M8RA 3NFAA 2G8FA 4E7KA 1NJZA 4FM2A 4B9NA 2VG6A 5KGWA 3MEGA 3SQ0A 4J2AA 4DF8A 1Q9XA 1IKWA 4DWIA 4CECA 4F4KA 1WAJA 4CGIA 1ITGA 2PY5A 3HM9A 4CHQA 3OYCA 3EY1A 1BQMA 2XY6A 4FK2A 2HHQA 4FYDA 4IDKA 1C1BA 4ICLA 4CHPA 4BACA 3OYDA 3NH1A 2FC0A 3KLFA 3O3HA 3K5MA 2OZMA 1S5JA 3OVNA 1KVCA 1RNHA 1TKDA 4F2SA 5JS1A 4ID1A 4ELTA 3ULDA 3CYMA 4M45A 1RDCA 4PA1A 3KJVA 4JS5A 4BE2A 3EYZA 1ZBUA 3AO2A 3P5JA 4Q5VA 1WNSA 1KVBA 4B9SA 4FJ7A 1S1XA 1TAQA 1WN7A 3SUPA 1KLNA 1TGOA 4CEQA 1ZYQA 4G1QA 3QNNA 4R5PA 4DQPA 4FK0A 1LWFA 2OPRA 4Z4EA 3QESA 1GOAA 4IFYA 5KTQA 1NJYA 5FRNA 2P1JA 4FJ5A 1R0AA 3TAMA 2B6AA 3LANA 4RW6A 3I8DA 4DTRA 1JLAA 3AVIA 1XI1A 1UA0A 3HVTA 3CFPA 4DU4A 1A5VA 1JXBA 3VA0A 1QSSA 4KTZA 3QEXA 2Y1JA 2DFEA 2QK9A 1HYSA 1QS4A 1Z26A 3KK1A 4AH9A 2X6SA 1S6QA 4MFBA 4CJUA 1LV5A 3T3FA 4FJXA 4WE1A 3L3UA 4FM0A 1S1WA 3OYKA 2BANA 4IG0A 4NYNA 4MQ3A 4B8AB 3PX4A 3S3OA 4DS4A 3JYTA 1CLQA 2HMIA 1I3AA 4HHTA 4DSFA 3KLIA 1SV5A 3VQCA 4QCLA 4FCYA 1WSIA 1FKPA 3IRXA 4OKKA 3VQ5A 3IAYA 1ZBIA 4FW1A 4Q0BA 4BDZA 4NCBA 1REVA 4OJRA 4HVJA 2ZE2A 2HNZA 3EZ5A 1G15A 5HRNA 3DLRA 1NKBA 1NJXA 4B9UA 3CG7A 4CEAA 3AVKA 4M3UA 2A1SA 2ZD1A 4I2PA 4W5NA 1N6QA 1SKRA 2F8TA 1Y97A 4DLEA 4CJSA 4DQQA 3QO9A 4CJTA 3KD5E 4E89A 4DTNA 3T19A 4KREA 4CK1A 3TAPA 2RN2A 4CHOA 2A1RA 3WNEA 1BL3A 1U48A 1Q9YA 1QTMA 1RBTA 5HRSA 4DSJA 4KKOA 4B9VA 2XY7A 4FJMA 4H4MA 3AV9A 3RMCA 1VSIA 1U45A 3DOKA 3SV3A 1JKHA 3RRHA 3ZSZA 1B92A 2D0AA 1L3UA 4N5SA 2PYJA 3ZSWA 1XHXA 1JLBA 3BDPA 1F21A 3K5OA 1EETA 4I2QA 4E7HA 3AA2A 4E7IA 3PO4A 2HNYA 4DSKA 1JL1A 2KZZA 1X9SA 1WSJA 4I9LA 1VSKA 4AHVA 1RTJA 4RW8A 2PYLA 4NCAA 4FXDA 4EZ9A 3E01A 1X9WA 3OS0A 4DTSA 3F73A 4LH5A 3M8SA 1HYZA 3V1OA 4CGJA 3MEDA 4C8NA 3VQBA 1U04A 4N56A 3C6UA 1CXQA 3ZCMA 1TKTA 3SCXA 2ZQBA 3V9UA 4E1NA 3TAQA 1HRHA 2VWKA 1U47A 3P1GA 4CGHA 4KTWA 1C0UA 3OYFA 3HXMA 4NYFA 2GV9A 4Z0UA 5KI6A 3I0RA 4GVMA 2YNFA 4XIUA 2RKIA 2E4LA 2VG5A 1LW0A 3D45A 4IBNA 4AHRA 3K5LA 3V1RA 4FZZA 1A5XA 3V6DA 1A5WA 4BDPA 4O0JA 1VSMA 3TABA 1BIUA 1KTQA 1QE1A 2O4GA 3ZT3A 3VQEA 4LSLA 3HL8A 3TARA 4BDYA 5CZ2A 2G8IA 3T1AA 3K58A 2HHUA 3ZSVA 3V1QA 4O0IA 1HYVA 3PV8A 2IDOA 3VN5A 3V9WA 3B6OA 1ZBFA 2DFFA 1SL2A 1T7PA 1VSFA 4BWJA 1U49A 4AILC 1RDDA 3AO5A 3KIOA 4J2DA 3M8QA 4M3WA 3AVAA 1RBVA 3O3GA 3NAEA 1UA1A 1RDAA 3SV4A 4FJJA 1L3VA 3DLGA 3OS2A 3OYEA 4M3RA 2QXFA 3SZ2A 3CM5A 4FVMA 4DMNA 1NK6A 2BGGA 4KRFA 1RT4A 3P83D 4CJPA 3L2WA 1U4BA 1LWEA 1NK7A 2G8WA 4M3TA 1RT6A 3L2RA 3HO1A 1UOCA 2YKMA 3KLGA 5KRTA 4PWDA 2EHGA 4I9QA 3AVFA 3ZT4A 1BI4A 1O1WA 4AHCA 4JRQA 1C6VA 4HTUA 3RMDA 4HCBA 4F2RA 3DI6A 2BE2A 3AA5X 3O3FA 2OPSA 4N41A 1RTHA 1RDBA 4E3SA 3OYIA 4CESA 4E1MA 1J9AA 1T8EA 3MEEA 4Z4GA 1D9DA 3MECA 2P5GA 3SQ2A 3KLEA 1SKWA 1NOZA 2ITGA 2YV0X 4KV8A 1YTAA 3O4QA 4HUFA 1DTTA 4E0DA 3QEWA 1UWBA 2FBTA 2GBZA 3ITHA 4ID5A 5FDLA 3KTQA 4B9MA 3HPGA 3KD1E 2G8VA 1ZBLA 3SYZA 1S1UA 3QNOA 4Z4CA 4FJLA 2KW4A 1TKZA 4CHNA 3TWHA 2HHXA 4EZ6A 1IO2A 4F3OA 3SQ1A 1JLQA 4CGGA 1X9MA 1WLJA 4QOZB 5E41A 3KK3A 4K8XA 3LALA 3PX6A 1NK4A 2HW3A 4M3YA 4KI6A 2P51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKGA 3HOTA 1C0TA 4Z4FA 3THYA 2HBJA 1Z25A 3O8MA 1EQYA 4JLHA 2D4WA 5C2FA 4DR7K 3D0PA 3HJFA 4CJ4A 2X6NA 1NBWA 4C8KA 2OTJN 5CYQA 3L8BA 4BRMA 3GDQA 5I42A 4O5BA 4B1VA 2LSNA 3MDQA 2OANA 3PO5A 3J7AP 2XY8A 4FWLA 1SL1A 4EHTA 5GIOA 4YOXA 4ELVA 4CZKA 2P9PA 3M1FA 1D8YA 4Y1CA 3T1YK 3JS6A 4CZGA 3BP8A 4KFBA 3ZSXA 1NGBA 2HMPA 5AQIA 2QKKA 5CY4A 5FROA 4CFDA 4HUGA 4GMJB 1RCHA 3U8XA 3SUOA 3ZX0A 4JK9A 3B6PA 1DEJA 1NK0A 3SI6A 3CFRA 2O8BA 4LF7K 3ATVA 5JMVA 3B8AX 2B4JA 3LDPA 3DXKB 4W5QA 3L2UA 2QXLA 3KKSA 2UXCK 3V9SA 4O44A 1S6PA 3HRGA 3S9HA 3QFPA 2JGUA 1ZC6A 5EX5A 4AHUA 1BG3A 2F7TA 4K42A 2ETJA 1XNRK 4GKKK 2DFHA 3C95A 3TTCA 3LZIA 4E19A 2XRIA 4IFEA 2ZF5O 2E6MA 3QEPA 2KTQA 2YNIA 3ZSOA 1JLEA 3MN5A 3CPEA 3QEVA 3WNGA 4LH4A 1FKOA 3GOIA 3D6RA 4JKGB 3VOVA 3SMPA 3ZT0A 3RWUA 1NGCA 3FLCO 4DTJA 4LFBK 4A59A 4CF9A 1ZBHA 2O8DB 4RG8A 4O8UA 1P90A 3NGZA 5AQTA 1RBSA 4QAGA 5HRPA 2IVPA 4FJ9A 2O8CA 3TR8A 4KO0A 4LY7A 1B9FA 2O8EA 1KFSA 5I9EB 3EN9A 3V9ZA 3WEEA 1YVUA 3V4IA 3MMVA 3ZSQA 2KFNA 2P9IA 2ATQA 2I7PA 4CK3A 1JLCA 5KPZA 3BGRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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