4CIEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 146
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cieA00
4CIGA 1BIUA 3AVLA 2HHQA 1LAVA 4C8LA 1C0TA 4XIUA 3HVRA 1VRUA 5KI6A 4W5QA 1JLCA 4CEZA 1DTTA 5C25A 3QEVA 3ASMA 4DU3A 3H08A 2YNIA 3NGYA 4DFMA 5JS1A 2O4IA 4FK2A 2B4JA 4CECA 1NKBA 3PY8A 2QKKA 3MXMA 4M3YA 4M3TA 1KFDA 2YV0X 1JLBA 4CGGA 3NCIA 3PO5A 3OYJA 3DRRA 1U4BA 1JXBA 4E7JA 3QNNA 1HYZA 2P5OA 3ITHA 1UA1A 2BGGA 2RKIA 4CESA 4KHQA 1SL1A 5HBMA 3LZJA 3KLIA 3U3GA 4FJJA 2IOCA 3VQ6A 4OGCA 3ZSQA 4KB1A 4Z4IA 2F8TA 1JLQA 4CHNA 3HP6A 3HT3A 3CFRA 3NF7A 3M8QA 4EP4A 3M8RA 2G8UA 2DY4A 3IS9A 4FZZA 4FK4A 3SQ2A 1HNVA 2F96A 2FC0A 4DG1A 4O0JA 4CJ3A 1LWEA 4PY5A 1RBSA 5SZTA 3TWHA 1K6YA 3HP9A 4F2RA 1QQCA 5D3GA 4AHCA 4CGHA 4KO0A 3AVJA 1YVUA 1Z26A 4E89A 3I8DA 3L2WA 4QCLA 1TAQA 4O55A 1VSKA 3OYMA 4IDKA 4CF2A 4DU1A 3CQ8A 2HHWA 4AHSA 2HVIA 4DTOA 5CZ2A 3VQEA 4EZ6A 1BQNA 3RTVA 1RTIA 1RBTA 4CFBA 4JS4A 3TAMA 4M3RA 4CGFA 5KGXA 3SYZA 2XHBA 3NF9A 4WE1A 5I42A 1KFSA 4FJ7A 3OYEA 4FCYA 2IC3A 3V9ZA 1W9HA 1S5JA 3KLHA 4CF9A 1HQEA 3QLHA 5E41A 3K58A 1LWFA 4DQIA 4NCAA 5K14A 2YKMA 4FXDA 2HHVA 1GOAA 3KKSA 2Z1JA 3LZIA 1VSEA 3LWLA 4E7KA 1SKSA 4CHOA 4AILC 1NK5A 1JLGA 4N41A 1WLJA 2B5JA 1R0AA 3AVIA 1YTAA 4AHVA 3SJJA 1NK6A 4CK1A 4F3TA 1EKEA 1S9GA 4F4KA 1KCFA 3NBPA 4GMJB 4KV8A 4CIFA 4AHTA 4CK3A 3T19A 1RT5A 3V1QA 4MQ3A 4C8OA 4NYNA 1LAWA 1HYSA 1WSJA 5HLFA 2Z1IA 3AA4A 2P51A 1VSDA 3SQ4A 2E6LA 2Q3SA 3SV3A 3SQ1A 4FLZA 3AVFA 4NYFA 1NK8A 4DSKA 2OYQA 4KREA 3F73A 4LH4A 1S1VA 3C95A 4OKJA 2W42A 1HQUA 1QS4A 4FLUA 4FJMA 1SL0A 4N76A 1JKHA 3O4NA 3U3YA 4DLEA 4RW8A 1L3SA 1BI4A 1WSFA 4CEEA 3QNOA 3SPYA 3AO2A 3PX6A 2JGUA 3KK3A 1KVBA 1RDCA 4J2EA 2KTQA 4FW1A 2HNDA 2B6AA 3HPHA 3O3HA 1BL3A 4M3XA 1VSMA 3RMBA 1T05A 1XWLA 3G10A 1KVAA 3NFAA 1S9EA 4CEAA 4DTPA 3P1GA 4DS4A 3NH1A 1IKYA 4KKOA 3ZSOA 4DFJA 3WNFA 3QO9A 4YNQA 1WSEA 3LWMA 3AVGA 4GW6A 4DWIA 3AO1A 3HSTB 4HVJA 3KK2A 3MECA 3V1RA 3SNNA 2YHAA 1RILA 4CFCA 1S6PA 2OPSA 3NDKA 2XO7A 3IAYA 3HXMA 2G8HA 3V9XA 1T7PA 2KFNA 4HHTA 1L3TA 3V9SA 2PYJA 4RW7A 4KHWA 1RCHA 3L3UA 2ATQA 3OYBA 3OYCA 3SUNA 3SPZA 2PY5A 4F3OA 4DS5A 3LP2A 5HRRA 3OJSA 3ZSWA 3AVKA 3E01A 4NCGA 3SI6A 3KTQA 3V9UA 3SQ0A 3WNGA 3TABA 1KTQA 2NUBA 4DTJA 1LW2A 4RW9A 1A5WA 1DLOA 5CY4A 4FK0A 2IDOA 4QAGA 1A5VA 4O44A 2FBTA 2D0AA 1ASVA 2YNGA 3U6FA 3VQQA 3L8BA 3ZT0A 1S1UA 1Y97A 3KKRA 1O1WA 1VSLA 2X6NA 3AA5X 4YFUA 1TV6A 3DLGA 1A5XA 1IO2A 4FLWA 3L2VA 3HJFA 1B9DA 1HMVA 4PUOA 4JRPA 2YKNA 1TKZA 1SL2A 2G8WA 1HRHA 3K5OA 1B9FA 1QSYA 1NJXA 3FFIA 3VQDA 4KHNA 4J2DA 1JLAA 1J9AA 4I7FA 4Z4FA 4DTUA 4H4MA 3B6OA 1RBVA 1CLQA 4FJNA 2D0BA 4CJ5A 2VG5A 4CIEA 4KFBA 4CGJA 2QXFA 5FRMA 3EZ5A 1RTDA 4DSIA 2F8SA 1F21A 5KRSA 4B3OA 1IKXA 4O4GA 5HRSA 3RMDA 2HHXA 3I0SA 2ZE2A 3BGRA 4ID5A 4E0DA 1NK9A 3ZSXA 2G8KA 3CG7A 3ZSVA 1W0HA 4DLGA 4AHRA 1RDAA 3UIQA 1HPZA 3MEEA 3KIOA 3VQ4A 3KK1A 1N5YA 3SCXA 1D5AA 1BGXT 3THVA 4BDPA 4FJ5A 1ZBIA 4OKEA 3LAMA 1LWCA 3PX4A 4CFAA 4BDYA 3O3FA 4IG0A 1WAFA 2X74A 1NJWA 4E1MA 3S3NA 3O3GA 1RT7A 3TI0A 2KW4A 1X9MA 4L8RB 4C8NA 1T03A 3MEGA 1KLMA 3EY1A 2HW3A 1NK0A 2RPIA 4HCCA 1CXUA 1NOZA 5J1EA 3A2FA 4O5BA 4C8MA 1T8EA 3OYDA 3L3VA 4Y1CA 1BQMA 2AJQA 4J2AA 3ZT2A 4FJ8A 3AVMA 1BISA 3K57A 4HUFA 4W5TA 4OGEA 4CJKA 4W5OA 1NK4A 4KHSA 1L5UA 5CZ1A 3VQ5A 1SKWA 4FYDA 2ITGA 2Y1JA 1U45A 1XHZA 3NGZA 1QSLA 3VA0A 3SV4A 1QTMA 2ETJA 1N6QA 4DTSA 2QKBA 3OYKA 3VQCA 3VQPA 2XY8A 4FW2A 4ELTA 1J54A 3AV9A 1TKTA 5KGWA 3K2PA 4LD0A 1NKEA 1UWBA 2X78A 1WSIA 4IG3A 3HM9A 4H4OA 3C6TA 2YHBA 3EYZA 5FROA 2JLEA 1RBRA 3S9HA 4O0IA 4B9MA 4FLXA 3AVCA 1KVCA 1NOYA 5DMRA 4ICLA 4DU4A 2XY7A 2WONA 1JL1A 1TVRA 3AVBA 3CM6A 3DRPA 1TK8A 4FJXA 2HHUA 3NH0A 4RW6A 2RN2A 4DTRA 5HROA 2PZSA 4BE0A 4KTZA 3KLEA 4F2SA 1RT2A 4DTNA 1D9FA 1ZBFA 4DQSA 2HNYA 2Z1HA 1VRTA 2KQ2A 3HPOA 4IFVA 1BCMA 4CJWA 4IBNA 4H8KA 1S1XA 1DTQA 4M3ZA 4KRFA 5EU7A 4KB0A 3RMCA 2QK9A 3K59A 3PO4A 2I5JA 3K5LA 1CZ9A 1TL3A 1QSSA 4DSFA 4I2PA 2D0CA 3ISNC 1LW0A 1RTHA 3SUQA 4CE9A 3MXJA 3VQBA 3V1OA 1Q8IA 1NK7A 2GUIA 3ZT4A 4DF4A 3D0PA 3LP1A 2DTUA 3OYAA 4B8CA 1EXQA 1RDDA 3QIOA 3M8SA 5CYQA 1Q9YA 3JYTA 4KAZA 5SWMA 1L3VA 5HRPA 2HHSA 3PX0A 4B8AB 2X6SA 4R5PA 2OZMA 4NCBA 4HUEA 4CERA 3RR7A 4ZTFA 1RBUA 4BACA 1VSJA 4N56A 3ALYA 3AO4A 2XY5A 1ZYQA 4DQQA 3TARA 2KZZA 1ZBUA 2IGIA 4KPYA 3V9WA 2FBYA 3QETA 2IS3A 4DQRA 3AO5A 2YNFA 4FM0A 4G1QA 3HPGA 3NGIA 3AA3A 3BDPA 4N5SA 4FM1A 4KHUA 2KFZA 1CZBA 3DOLA 5KRTA 4FLTA 5J2PA 1KSPA 1TL1A 4CFDA 4BE1A 1Z25A 4Y1DA 2OZSA 1X1PA 4CJTA 4CJ4A 3OS0A 3I0RA 3CYMA 4CJSA 3G0ZA 3LP3A 4AH9A 4FLVA 3SZ2A 1TK5A 3DI6A 1EX4A 1GOCA 4DFPA 4OPKA 4CGIA 4FLYA 3KJVA 4CEDA 4DSEA 1IH7A 1XI1A 3PV8A 1TGOA 1RT1A 1BIZA 4CJLA 3K5NA 5KTQA 4ELVA 1C6VA 4ID1A 1D8YA 4FZYA 1WNSA 2OPPA 5I3UA 1X9WA 3M8PA 4B9UA 4I9QA 4ZHRA 3OY9A 3NE6A 2G8VA 1JXEA 1IKWA 4HTUA 4M3WA 3LDSA 4CJUA 3ZSZA 4B9VA 1FKPA 1S1WA 4E19A 4DSLA 1RNHA 4I9LA 3QESA 1LV5A 1I3AA 2D5RA 5C24A 2OA8A 2PYLA 4E3SA 3V81A 1RTJA 4BWJA 2P1JA 3VQ8A 3OYHA 1QHTA 3VQ7A 4OLAA 1VK0A 4Z4HA 1U47A 5DK5A 3HYFA 4BE2A 4FJLA 3V4IA 3S3MA 4PWDA 2KZMA 1BCOA 4IKFA 4FZXC 2Z1GA 4CHPA 3VQ9A 2RF2A 4CHZA 1S1TA 2VWJA 5J2QA 1JLEA 1G15A 3VQAA 4CEOA 3L2UA 4OKKA 4DQPA 3OYGA 3QERA 4CEBA 1TKXA 1MU2A 3V6DA 4OVLA 3P5JA 3QEIA 1VSFA 2DFEA 2GBZA 1CXQA 1NKCA 4K8XA 1HNIA 3T1AA 1C0MA 4KTWA 2A1SA 4CEFA 4CJRA 1D9DA 1VSIA 2EHGA 4CEQA 1ZBHA 4FJHA 3AVHA 2Y1IA 3AA2A 1QE1A 2A1RA 5FRNA 3K5MA 4LY7A 3D45A 3OVNA 4CHQA 4Z4GA 1ASUA 1XHXA 4CF8A 1VSHA 4OPJA 1SV5A 3MEDA 3DLBA 4Q5VA 4KI6A 3KD1E 3AVNA 1FXXA 4Q0BA 4CJEA 3MAQA 1UOCA 1RT3A 3ZSYA 1KLNA 1B92A 3P83D 3LP0A 4I2QA 3KLGA 4AHUA 2VG7A 4LH5A 1REVA 3LPTA 2FBXA 4CCHA 3CM5A 1EP4A 3NF8A 3AO3A 4EP5A 4E7IA 3ZSRA 1ASWA 4BDZA 2EX3A 4TSXA 4PA1A 3OS2A 1FK9A 1RT6A 2VG6A 2IAJA 2BDPA 3IG1A 5HP1A 1IG9A 3DLEA 1HYVA 3T3FA 4UQGA 3TR8A 2OPQA 2LSNA 4CK2A 4BWMA 2O4GA 2XRIA 3RR8A 3OYLA 4DFKA 3TAQA 4Z0UA 1RT4A 3DRSA 1X9SA 2E4LA 1C1CA 4DTXA 4M42A 3HO1A 2ZQBA 4QOZB 3DM2A 4OJRA 5C42A 4RW4A 2BE2A 1C1AA 4JLHA 4DTMA 1J5OA 3QEXA 3NAEA 3TAPA 1KRPA 3JSMA 1BI4B 4CF1A 4FVMA 3RRGA 3OS1A 1HJRA 4KI4A 4IFYA 3DMJA 3VA3A 2OPRA 3DLKA 4E1NA 4KHYA 5J2NA 2ZD1A 3ZT3A 3LANA 3C94A 2HNZA 3C6UA 4M41A 3KD5E 4JRQA 3NH2A 2WOMA 3TANA 4B9SA 1GOBA 3TAFA 3QIPA 4GVMA 3QINA 2XY6A 4CJVA 1TAUA 2FBVA 3RMAA 3WNHA 3DLRA 3NF6A 1ZBLA 1UAXA 2HVHA 2GV9A 1IKVA 1U04A 5CYMA 1L3UA 3ZT1A 4CJQA 4LSLA 1FKOA 1U48A 2HMIA 3HL8A 3HVTA 3DYAA 4FJIA 4CHYA 2G8FA 1C1BA 2VWKA 5J2MA 3SUPA 2R7YA 2BANA 1NJYA 3LPUA 3NHGA 4FM2A 3OJUA 4W5RA 4FJGA 3QEWA 2DFHA 1JLFA 1JL2A 4C8KA 1Q9XA 3HK2A 4N47A 3LALA 4M45A 4W5NA 1U49A 3SUOA 4CF0A 3B6PA 1WN7A 3S3OA 3WNEA 4JS5A 4F8RA 1EETA 4LSNA 4B9LA 2E6MA 1RDBA 4B9NA 3MXIA 5T7BA 3F9KA 1XC9A 5JS2A 1C0UA 1J53A 1S6QA 3VN5A 1YT3A 3PUFA 3AVAA 4RG8A 3OYFA 3KLFA 3ULDA 3RRHA 3QEPA 2G8IA 4DF8A 1SKRA 4B9TA 3CFPA 2YNHA 4HUGA 2HHTA 1WSHA 3DLHA 5FDLA 3O4QA 4Z4EA 1UA0A 3LAKA 4B08A 5HRNA 4CGDA 3RWUA 4ELUA 1I39A 3OYIA 4DSJA 4MFBA 3IRXA 4CJFA 1TKDA 4FJ9A 4PQUA 4KTQA 3L2QA 4K8ZA 4FJKA 2HB5A 2P5GA 3OYNA 4Z4CA 1WSGA 1TK0A 4E7LA 3ZCMA 2DFFA 3DOKA 4CJPA 3TAGA 1SUQA 4ZTJA 1BHLA 3L2RA 1WAJA 4EZ9A 1YTUA 1NJZA 3TAEA 3CFOA 4DMNA 4J2BA 4E7HA 4HCBA 4OLBA 1ITGA 4M3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7TA 1VRUA 1DTTA 4DU3A 3H08A 3DXMB 2YJEA 4B1UB 2YV0X 1JLBA 4CGGA 5FPEA 2HBLA 3KVGA 1HYZA 2P5OA 4JKHA 1UA1A 2RKIA 4KHQA 4JI1K 1NNEA 5HBMA 3VQ6A 4OGCA 3HT3A 4EP4A 2G8UA 3QB0A 1BDGA 3SQ2A 4BGBA 1HNVA 4DG1A 2V52B 4CJ3A 2W6LA 3DXMA 3HZ6A 4AHCA 3VOVA 2QWQA 3TPQA 1Z26A 4K41A 3I8DA 3L2WA 3R6MA 1NBWA 3EE9A 5GAHP 3NVKA 4EZ6A 4DV0K 3RTVA 4JS4A 3WQUA 1L3SA 1P90A 5HL7L 4FO0A 1W9HA 1S5JA 2HBMA 3KLHA 1VQ7N 1DEJA 2Q0UA 4CI6A 4JKCA 1GLJO 3VF2A 2Z1JA 3CJ9A 5B8HA 4NO7A 3LZIA 2YJFA 2WUSA 1GLBG 4CHOA 4AILC 4N41A 5FPDA 3E9OA 1KQSM 1S9GA 4GMJB 4CIFA 1NG9A 4AHTA 1RT5A 4NYNA 4H5TA 2Z1IA 2E6LA 2Q3SA 3SQ1A 3AVFA 2OYQA 1S1VA 3C95A 4OKJA 4WFAL 3U3YA 4DLEA 3I56N 2JGUA 3KK3A 1KVBA 4EFHA 3DJCA 3ZX2A 1YIJN 3G10A 1KVAA 1OVYA 5GADP 1IKYA 3WNFA 5ADXA 4DR7K 4MO5A 4O8UA 1MWMA 3HSTB 1VQON 4V19S 3AY9A 3V9XA 2KFNA 4HHTA 2I7NA 4KHWA 1RCHA 3SUNA 3VEVA 1WUAA 3CJAA 4CD3A 3ATUA 3G71N 5IT9O 3SQ0A 4FPBA 2NUBA 3LDQA 4H5RA 3SMPA 2IDOA 4QAGA 4EHUA 3VQQA 3L8BA 1WBBA 1KXPA 1XMQK 3BP8A 3R8EA 3L2VA 4DR4K 5C10A 4PUOA 1SL2A 3O9RA 2FLOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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