1ZBFA

Crystal structure of b. halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus halodurans
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease H-related protein
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbfA00
3L2QA 4DQRA 4FJKA 5KTQA 1EKEA 3PO4A 3C94A 1DTTA 4CHNA 3MAQA 1TKZA 4EZ9A 3V4IA 3AVFA 3P1GA 3P5JA 3NGZA 3TWHA 1NKCA 3ZSVA 4CGFA 4Z4HA 5HRSA 1XWLA 1LWFA 3T3FA 4E89A 4HUGA 1UA1A 3AVAA 1U48A 2AJQA 4KV8A 3E01A 3LAMA 1C1BA 1KLNA 2Z1IA 4K8XA 3PUFA 4W5TA 2DFEA 1YVUA 4FJJA 3EY1A 1KCFA 1N6QA 2PZSA 4F3TA 3KLGA 2IAJA 4DTJA 5J2PA 3QNNA 3TARA 1Z25A 3HSTB 4M3ZA 2P51A 3DLRA 2HHQA 1HYZA 2HHXA 2XHBA 3VQDA 1BCMA 1RDDA 1J9AA 1X9WA 4KB0A 1TKTA 3DLGA 1RBVA 1VSJA 5J1EA 1VK0A 5KGXA 4CF2A 2EX3A 4W5QA 4AHCA 2OA8A 3OJSA 5CYQA 1TK8A 2HMIA 1IH7A 4F3OA 2GUIA 3A2FA 1Q9YA 1ZBIA 1D8YA 1WN7A 3EYZA 4RW9A 3ZT0A 1NK8A 1NK6A 4NCAA 2HHSA 4H4OA 4KTWA 3ZSQA 3HT3A 2HHUA 4G1QA 4LH4A 4DQSA 1RT5A 1XHXA 1RDCA 4OJRA 4AHSA 4LY7A 4W5OA 3QERA 2HNZA 1TL1A 3MEGA 4HTUA 5KRSA 3HVRA 1LV5A 4FZYA 4FJNA 5HLFA 4CGDA 2ZE2A 4ID1A 3OYBA 4DFJA 4CCHA 4FJ9A 3WNGA 3K59A 3LWLA 4I2QA 4IFVA 2G8HA 4DQIA 4J2BA 4J2EA 1EXQA 1TVRA 4DLGA 4KHQA 4LSNA 4AHRA 4NCGA 3QEVA 3DLEA 3IG1A 4HHTA 4N76A 3S3MA 3OYJA 1Z26A 1L3UA 4N47A 2EHGA 1FKPA 3DRPA 5CY4A 4AHVA 4CGHA 1JLQA 4M3RA 4DFMA 4N5SA 1TV6A 2VG5A 4OLAA 1RBSA 4DU3A 2Z1JA 3HK2A 4PY5A 2KZZA 1RDAA 3VQCA 3DLBA 3DOLA 3LANA 4KHSA 1U04A 3C6TA 3OS1A 1SL1A 4Z0UA 4YNQA 1JXEA 1CZ9A 4IFYA 4E7LA 5I42A 3OYAA 1BCOA 4KAZA 3V1OA 4FJLA 4QCLA 3K57A 4I2PA 2RKIA 5C25A 3SUPA 3L8BA 2RN2A 3M8RA 3OS0A 4B9VA 5I3UA 3KJVA 2HB5A 3MXJA 1UWBA 2P5OA 1XI1A 4CEBA 4B08A 5HRNA 1U47A 3AVCA 2G8KA 4C8KA 1D9DA 1RILA 1BIZA 2ATQA 1TAUA 2RPIA 1XHZA 3ZSRA 3LP1A 1BIUA 1HNVA 3MEEA 4BWMA 5KRTA 3BDPA 3B6PA 4L8RB 3V9UA 3QEPA 1TAQA 1Q9XA 4O0JA 4CJSA 4ICLA 1C0MA 3OJUA 3LDSA 5CYMA 4Q0BA 3DOKA 2XRIA 3AVNA 3DLKA 1RDBA 3KKRA 4PA1A 2LSNA 1TGOA 4O44A 1NJYA 3SUNA 4I7FA 4CJWA 1I3AA 2FBYA 3WNEA 3OYMA 5FROA 4EP5A 2HNYA 4CGGA 4M3UA 3V9XA 2E6MA 1BI4B 4E7HA 3SI6A 1JLFA 2OPPA 4RW8A 4OPKA 2B4JA 2BDPA 1SL0A 4FZZA 3C6UA 4DSJA 3QNOA 4HUEA 4DU1A 3RRHA 3LALA 1U49A 4FJMA 4XIUA 4M3XA 1KRPA 4CIFA 1RNHA 1IG9A 4FW1A 1UAXA 4KFBA 3ZSXA 1TL3A 1B9FA 3QIOA 2IDOA 3OYIA 3QEWA 2QKKA 3KK1A 5KGWA 2KZMA 4FJ8A 3DI6A 3SJJA 2GBZA 2BE2A 4R5PA 5HRRA 5KI6A 1T05A 3O3FA 1EETA 1KFSA 2KFNA 4HVJA 5E41A 4FLVA 4JRQA 1VSHA 3KD1E 2A1SA 3KLFA 1RTHA 3ZT3A 4DSKA 2R7YA 2Z1HA 3NBPA 3G10A 4W5NA 3OY9A 2F8SA 1WAJA 1RT2A 2IOCA 2XY8A 3HVTA 4M41A 1X9SA 1S6PA 1B92A 3TAFA 1DLOA 2P1JA 3SUQA 1NK9A 4CJRA 4K8ZA 1YTUA 3KLHA 2DTUA 4CF1A 1L3TA 3KLEA 4HCBA 1YTAA 3QESA 1VSIA 4BDYA 3ITHA 2G8IA 4BWJA 3MXMA 2D0BA 4B9MA 3AVHA 5DMRA 1QSLA 4GVMA 4B9LA 3ZSZA 3O4QA 1JLBA 1O1WA 1LWEA 3LWMA 4DFPA 1QHTA 1RT3A 4IBNA 4HUFA 1X1PA 3H08A 1ZYQA 1EX4A 4Z4GA 3LP2A 4CIGA 4OPJA 1T8EA 2XY7A 5DK5A 3KK2A 4KPYA 5FDLA 2YHAA 3QETA 4E7KA 2KTQA 2FC0A 4CK3A 4B8AB 1VSFA 3KTQA 3NHGA 3CFOA 3CM5A 3NFAA 2Q3SA 3CFRA 3HPGA 4FLWA 3TAQA 1SKSA 4CJLA 3SQ2A 1A5WA 1ITGA 2VG7A 5JS2A 4BDZA 4CEOA 3HP6A 3ZSOA 3WNHA 1TKDA 4JS4A 4FLZA 3AVJA 4CE9A 3TI0A 1TK0A 1JLCA 4CK1A 3K58A 2YHBA 4DTUA 4CEQA 5HP1A 1UA0A 4CJVA 4EP4A 3DM2A 3ULDA 1FK9A 2Y1IA 3THVA 1C0UA 4EZ6A 3LAKA 4DF8A 2DFFA 5C24A 4FJGA 2X6SA 1LWCA 3L3UA 3VA3A 4DTNA 4Z4FA 4PQUA 2OPSA 3RR7A 1KTQA 3OYLA 5D3GA 1LAWA 2Z1GA 4IG0A 4RW7A 2ETJA 4Y1CA 4CGJA 4AILC 1NK5A 1L5UA 3UIQA 4F4KA 4KHYA 4CGIA 1GOCA 2A1RA 3HPOA 2Y1JA 1QQCA 5SZTA 1T03A 1GOBA 1SL2A 4KREA 4Z4CA 2YKNA 4DTSA 1A5VA 4CFDA 3F73A 1RBUA 1VRTA 4UQGA 3MECA 3AVMA 2WONA 4JS5A 3S9HA 1BHLA 3ZT2A 1NOZA 3G0ZA 3P83D 2OYQA 1ASWA 3VQQA 4O0IA 1ZBLA 4FXDA 1VRUA 4FYDA 1HQEA 1U4BA 2QXFA 1NKEA 1JLEA 3LP0A 4Y1DA 4FJ7A 3VN5A 1TKXA 4AH9A 4FW2A 3I8DA 1CXUA 4GMJB 1WSIA 3KLIA 3RRGA 1S1UA 4DQPA 2PYLA 3KD5E 3NF7A 1BQMA 1I39A 4ELTA 4E0DA 4LD0A 3NH2A 3V1QA 4FJHA 3LZJA 5FRNA 1CZBA 3DYAA 3M8QA 2XY5A 3NF9A 4C8MA 3PV8A 1RTIA 1W9HA 3MEDA 3VQ5A 4W5RA 1YT3A 4O5BA 3LZIA 1VSEA 3TAMA 4DF4A 3M8SA 4CHZA 4FK0A 3IRXA 4DSFA 1QS4A 2QKBA 4ELVA 4CF0A 4ZTFA 4E1NA 4E7IA 4CJUA 4DSIA 4FJIA 3QEIA 1VSKA 3K5NA 3AO4A 3AO5A 3JSMA 4KHUA 2HHVA 3FFIA 3OYEA 2D0AA 4FM2A 1SV5A 4H4MA 4C8NA 4B9UA 4FJXA 2RF2A 3DRSA 3OYCA 3VA0A 3NCIA 2PY5A 2FBXA 3C95A 3VQ8A 4J2DA 2E4LA 3NGIA 4CHQA 1NK7A 4F8RA 2O4GA 2VWKA 3M8PA 4DTRA 5HROA 3T1AA 3RMCA 1HQUA 1T7PA 3I0RA 4YFUA 2KFZA 3D0PA 2KW4A 4E19A 4TSXA 2YNHA 2YNGA 3OVNA 1NK0A 4DSLA 2F8TA 4CF9A 1HMVA 1KVAA 1LAVA 4FK4A 3NH1A 3SQ4A 4CJFA 5FRMA 3NE6A 1SKRA 5JS1A 3LP3A 4MFBA 4KI6A 4NYNA 1NJWA 3V9WA 1FXXA 1BQNA 1S1WA 4E7JA 4DWIA 3KIOA 4CEEA 3ALYA 1HYVA 2GV9A 3DMJA 3O4NA 4KTZA 1LW2A 4DFKA 3PX4A 1NKBA 5SWMA 3OYDA 4ID5A 3SV4A 3SUOA 1KSPA 1JKHA 3LPTA 1HYSA 4QAGA 4NYFA 3AVGA 4KRFA 1KLMA 3L2WA 1Q8IA 4DS5A 4NCBA 5J2QA 1LW0A 1WSGA 3NAEA 2WOMA 4AHTA 3K5MA 2VWJA 3SPZA 1L3VA 4Z4EA 1HRHA 1WAFA 1ZBUA 4FCYA 4LH5A 1KVBA 4KI4A 3VQBA 4BE0A 3AO3A 1SUQA 1CLQA 4DS4A 3AV9A 3TAGA 4B9TA 4RW6A 1CXQA 3SZ2A 2KQ2A 3K5LA 4F2SA 1RBRA 3DRRA 2X78A 4CHYA 1BL3A 1B9DA 4BE1A 4FM0A 1NOYA 4F2RA 1R0AA 1IKVA 4M3WA 2DY4A 4CFAA 1JXBA 4CEDA 4M45A 1HJRA 4E1MA 3S3OA 4B9NA 1S6QA 3RWUA 1WSHA 1D5AA 1ZBHA 1NK4A 1SKWA 4M42A 1VSLA 3ISNC 3NH0A 5J2NA 2BANA 2E6LA 4DTOA 3CFPA 3AVLA 4OKJA 3SPYA 3QIPA 2ITGA 2B5JA 4KB1A 4CJTA 4DLEA 4IKFA 2HW3A 1JLAA 2YV0X 1IKWA 5K14A 4DMNA 3VQPA 1RT7A 1HPZA 4CJPA 1RBTA 5T7BA 3NDKA 3CG7A 2G8WA 2YNIA 2X74A 2JLEA 3ZSWA 1C0TA 4CK2A 4DTMA 2D0CA 1U45A 4J2AA 5J2MA 2IS3A 4CEZA 4KKOA 3HPHA 4OVLA 3VQAA 4BE2A 2PYJA 4PWDA 3TANA 1GOAA 4B8CA 3V9SA 4OLBA 4LSLA 3EZ5A 3L2VA 3VQ6A 1WSJA 1ASUA 3IAYA 1D9FA 2BGGA 1S5JA 4CHPA 4C8LA 1C1CA 4N56A 1HNIA 4IG3A 1IO2A 3RMBA 4JLHA 4CJ5A 2O4IA 2HHTA 1G15A 1XC9A 4C8OA 3V1RA 3WNFA 4ZHRA 3RMAA 3KK3A 1N5YA 3VQ9A 3V9ZA 4CJEA 3ZT1A 2IGIA 3DLHA 2G8UA 3OS2A 4ELUA 3CQ8A 2HHWA 4BACA 3TAPA 3IS9A 4I9QA 2OPRA 4OGCA 3HJFA 2XY6A 3SNNA 1J54A 2P5GA 3S3NA 4Z4IA 4KHNA 4HCCA 3TR8A 1ZBFA 4DU4A 4B3OA 5CZ2A 3PO5A 1Y97A 1QSYA 1NJZA 5CZ1A 3B6OA 1L3SA 3OYNA 2QK9A 1IKXA 2NUBA 4CECA 3SCXA 1F21A 1RT4A 3VQ4A 3ZCMA 4QOZB 3NF8A 2FBVA 1J53A 3VQ7A 2HVIA 3I0SA 1TK5A 4N41A 3CYMA 4FLUA 2VG6A 5HRPA 3AA5X 1RT1A 4RG8A 1WNSA 1KFDA 2ZQBA 3TAEA 2FBTA 5C42A 3D45A 3VQEA 4KHWA 3AA3A 5EU7A 1VSDA 3PX0A 2G8FA 4FJ5A 2G8VA 2D5RA 3SV3A 4M3TA 1RT6A 3OYGA 3SQ1A 3BGRA 3ZT4A 4DQQA 2OPQA 4CHOA 2HVHA 2IC3A 2I5JA 3K2PA 4OKEA 4CJ4A 4CEFA 4Q5VA 4IDKA 2DFHA 3HM9A 3QEXA 1QTMA 1JL1A 1UOCA 1FKOA 3HXMA 1DTQA 3U6FA 2OZMA 4FM1A 4H8KA 1X9MA 1BISA 1S9GA 3O3GA 4OGEA 3AVBA 2ZD1A 3HYFA 1MU2A 4FVMA 4CFBA 1RTDA 4B9SA 3CM6A 2JGUA 4CEAA 1JL2A 3V81A 3U3GA 4E3SA 3ASMA 1EP4A 4DTPA 3OYHA 1WSEA 1RCHA 4FLXA 1S1TA 2XO7A 1KVCA 1C1AA 3T19A 4CJKA 3SYZA 4CJQA 3L2UA 3SQ0A 1BI4A 2X6NA 1NJXA 1S1XA 1WLJA 2B6AA 3NGYA 5HBMA 1VSMA 4BDPA 3OYKA 3AA2A 3LPUA 1JLGA 3AA4A 3QLHA 1RTJA 3AVIA 4O55A 4O4GA 3L3VA 3PY8A 3HO1A 3V6DA 4AHUA 3OYFA 3HL8A 3QO9A 2F96A 1C6VA 4GW6A 4CIEA 4DG1A 4JRPA 4DSEA 3RMDA 4PUOA 1ASVA 3NF6A 3AO2A 4ZTJA 4I9LA 3F9KA 3KKSA 3ZSYA 1J5OA 3RTVA 3K5OA 3RR8A 4WE1A 1K6YA 2YKMA 3TABA 4CJ3A 1WSFA 4CERA 4FZXC 1BGXT 4CESA 3AVKA 3HP9A 3L2RA 4FLTA 4DTXA 3U3YA 4OKKA 4CF8A 1A5XA 1IKYA 3QINA 4FLYA 3O3HA 2W42A 4M3YA 3MXIA 2YNFA 1S9EA 3AO1A 4CFCA 4FK2A 1REVA 4RW4A 4MQ3A 1QE1A 4KTQA 2OZSA 1S1VA 3PX6A 1W0HA 1QSSA 2HNDA 4KO0A 3JYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VPZA 4DQRA 4MO5A 2VYPA 1EKEA 5KTQA 1VQ5N 2NNWA 3C94A 1EWQA 1DTTA 1BWFO 3EKSA 3O1WA 3V4IA 3P5JA 4FPAA 2ZGYA 4WQ4C 4DQ8A 4E89A 4HUGA 3AVAA 1U48A 2P9SA 2AJQA 3AAQA 4KV8A 1NGBA 4DUYK 2YX6A 2Z1IA 2DFEA 4JI0K 3EY1A 3AY9A 4H0VB 3QNNA 2GEMA 3HSTB 2HHQA 1HYZA 2O8BB 1X9WA 5E26A 1K8KB 3DLGA 5KGXA 4W5QA 1ZC6A 2EX3A 3J8AA 3WXMB 4JKHA 2HMIA 4NCAA 3ZT0A 4KTWA 2HHUA 1RT5A 3KVGA 4XEIA 4W5OA 3QERA 4FZYA 3OYBA 3ZEUA 4CCHA 2O8DA 2Q36A 3WNGA 3O5BA 5EOYA 4CZGA 4I2QA 4DQIA 1TVRA 4AHRA 4LFCK 4N76A 3DXKA 4N47A 4FPBA 3DRPA 4FWOA 3U9ZA 4M3RA 2OANA 4EIAA 4ISGA 4V19S 3VQCA 4Y0WA 4YNQA 1JXEA 1CZ9A 4E7LA 4KAZA 4QCLA 3V1OA 5ADXH 5LMUK 5CHIA 2RN2A 3T1HK 2HBJA 3VTHA 2HB5A 4O8KA 5CR4A 2P5OA 1XI1A 4CEBA 1U47A 3OHRA 3AVCA 1RILA 2VCPA 3MEEA 4BWMA 4BRIA 5KRTA 4B1ZA 4L8RB 3F5TA 3V9UA 4PL8A 4CJSA 4BQLA 1C0MA 4J8FA 3LDSA 1N32K 4Q0BA 2QI2A 1K73O 1YUWA 4WCEL 3MK6A 4DV4K 3BF3A 5AQXA 3IFRA 3WXKA 3V9XA 4RW8A 2B4JA 1SL0A 4DSJA 4HUEA 4FJMA 2F9TA 1KRPA 3TPQA 3CC4N 2GUPA 4FW1A 1UAXA 3H1VX 3QIOA 2IDOA 3QEWA 4BRAA 1T6CA 3SJJA 4QS8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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