4LH4A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Integrase
publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh4A00
4CF2A 1HQEA 1VSDA 3VQ6A 4KTZA 3EYZA 4W5OA 4EZ9A 4WE1A 4M3ZA 4E1MA 4FJKA 4N5SA 4IFVA 4ELUA 4Y1CA 3QO9A 1RBTA 1EKEA 1L5UA 2EHGA 2HHTA 4IG3A 2DFHA 5HRRA 1JXBA 4MQ3A 4CHYA 1SL0A 4Z4HA 2QK9A 1RILA 2A1RA 4DTUA 1X9MA 1NKBA 2KFNA 3SNNA 3DLRA 4CJ4A 4LH5A 4O4GA 4DTXA 3TAQA 1XC9A 2G8FA 3QETA 3KTQA 5DMRA 4FK0A 2HHVA 2XHBA 4KHYA 4CK1A 3V4IA 2Z1HA 2OPQA 5SZTA 3NGZA 4FLXA 1NKCA 4FJ9A 3SUOA 1IG9A 3NH1A 2PY5A 4DTMA 5FROA 4LY7A 4DFKA 4EP5A 2BGGA 1TAUA 3MEGA 1I3AA 2ZE2A 3NF8A 3TR8A 3HPOA 1JXEA 4CEEA 4ID5A 1S1UA 2PZSA 4Z4FA 3K5MA 1R0AA 1LWEA 1Q8IA 3DRPA 3PUFA 4NCAA 1G15A 5D3GA 5FRMA 2IOCA 4FM1A 4DMNA 3OYJA 3DI6A 4AHUA 3ZSOA 1TKDA 1L3UA 1RTJA 1WSJA 4FK2A 4NCGA 1YT3A 3MECA 1L3TA 3CYMA 1RT7A 1KVAA 3AVLA 1HNIA 4RW6A 4LD0A 3VQQA 4PQUA 3OYLA 3FFIA 3ZSZA 4HUFA 1NK8A 4KKOA 3ZT2A 4DFPA 1BISA 3S9HA 2DTUA 3VQ5A 1SV5A 1QQCA 5KI6A 4CGHA 4FJ7A 4ICLA 1BCOA 4AHSA 2F8SA 1N6QA 1RDBA 3DLEA 3NGIA 4HTUA 4FYDA 2DY4A 1I39A 1C0MA 3AVNA 3BDPA 3HXMA 1EETA 3HVTA 3L2RA 1VSMA 1ZBHA 3OS1A 4E7JA 3PV8A 2PYJA 4K8XA 1BIZA 3AVGA 1ZBLA 4B3OA 1HJRA 4CJFA 4J2EA 1C1BA 2G8IA 3I0RA 1K6YA 3D45A 5FRNA 3DLBA 4PWDA 4E7HA 2RN2A 4FM2A 3QEWA 4J2AA 4DU4A 3PX4A 1S1XA 1NK9A 2BE2A 5CYMA 1D8YA 2Z1GA 4AILC 4DU1A 5J2QA 4DFMA 2HHQA 4FW2A 4CFCA 3CQ8A 3TANA 3SQ0A 4B9VA 4DSLA 4Z4EA 1XHXA 2D0CA 4TSXA 3VQPA 3I8DA 3NFAA 1FKPA 3KK2A 1BL3A 3M8SA 4JRPA 3ULDA 1ZYQA 3AA4A 1J9AA 1XWLA 4Z4GA 1C6VA 2OPSA 3LAMA 2P5OA 1S6QA 5JS1A 3S3MA 3SQ2A 5J1EA 2O4IA 1EP4A 4CEAA 4DSEA 3L2VA 2G8HA 3TAEA 2GBZA 1NJZA 5KGWA 1BCMA 2D0AA 5KRSA 3SUNA 4RW7A 2HW3A 1VRTA 2OPPA 1ASUA 1F21A 1ZBUA 4I9QA 1GOCA 2Z1JA 2KFZA 4KRFA 4FJ5A 1NK5A 2ATQA 4KHWA 2E6MA 4HCBA 4HUEA 2FBTA 1U45A 1J5OA 2ZD1A 2VG7A 3HP9A 3ITHA 4HHTA 2I5JA 4HCCA 4ID1A 3ZCMA 4CIGA 3SI6A 4BE2A 3DLGA 2WOMA 4F2RA 4DTSA 2VG6A 2XY6A 3U6FA 3L2UA 3U3GA 2ETJA 3MXMA 4AHRA 1TKXA 1VSEA 3SV4A 4E19A 2O4GA 3AVJA 1C1AA 1CLQA 3HYFA 4OLAA 3AA5X 3B6OA 3WNHA 3CM6A 4LSLA 3TAPA 1KVBA 4BDYA 3QNNA 4BWMA 4CJ5A 1RTDA 4B8AB 4PUOA 2R7YA 3OYDA 3ASMA 3KK3A 3VQDA 4B9UA 2B5JA 1D9DA 3E01A 4CHPA 3L2WA 1C0TA 3AA3A 4B9LA 1YTUA 2Y1IA 2E6LA 1HRHA 4JLHA 4CJUA 1T8EA 2P51A 2D5RA 3SV3A 2KQ2A 4W5NA 1CZBA 1TKTA 1TVRA 4IFYA 4CEDA 2YNHA 3DOLA 5KRTA 1WNSA 2F96A 4E89A 4BE1A 3K57A 3DLHA 3JYTA 1W9HA 3M8PA 1IH7A 2KW4A 4Y1DA 3KLHA 1WAJA 3SYZA 4CCHA 4FJNA 1RTHA 3ISNC 3HPGA 1SKWA 3DRRA 4FK4A 3O4QA 3OS0A 1U49A 4GW6A 4CFDA 2FBYA 3AVHA 4O44A 3TABA 1XI1A 3DRSA 1BI4B 4PY5A 3RMBA 3HO1A 2BDPA 5FDLA 3TAMA 2G8UA 4B9NA 3OYKA 4IDKA 4DS5A 1HMVA 1BQNA 4Q5VA 4H4MA 1RBVA 3AVBA 1L3VA 3NGYA 3QLHA 2OA8A 1DTTA 3PY8A 1T7PA 3AO1A 1IKVA 4GMJB 5JS2A 3V6DA 5CYQA 1JL1A 2FBVA 2YV0X 2RPIA 5CZ1A 3ZSYA 3KLFA 1RT1A 3LZJA 3PX6A 4DWIA 4FJXA 3SQ1A 4DTNA 3K58A 4B9MA 3OYEA 4DLGA 1GOAA 1NK4A 4OJRA 4KREA 4CEOA 4RG8A 2X78A 5HRPA 4KB1A 3ZSWA 4NCBA 1SKRA 3WNEA 1JL2A 2YNFA 1J53A 3O3GA 1TL1A 4AHTA 2YHBA 3IS9A 1CZ9A 1VSKA 4F3OA 1NOZA 1RNHA 3SQ4A 4Z0UA 4KI6A 1CXUA 1HYZA 3AV9A 1LW0A 1X9SA 1FKOA 4KHUA 3V9UA 3TI0A 4E1NA 2P5GA 4DQQA 3DMJA 2GV9A 4DF8A 2XY7A 4CJQA 4I2PA 2AJQA 4CESA 4DTJA 1GOBA 3ZSQA 1RDAA 4CEBA 1HQUA 4IG0A 4CIEA 3ZSRA 4CJSA 1NKEA 1U48A 1KTQA 1U04A 3DYAA 4N47A 5I42A 4DQPA 5HBMA 1RT5A 3SPYA 3LDSA 4FJJA 4CGIA 4KB0A 2IDOA 4FJLA 1NJXA 3MAQA 1X1PA 4ZHRA 1JKHA 3CM5A 1TK0A 1O1WA 2A1SA 2B6AA 4I7FA 4AH9A 4N76A 2HNYA 4CFAA 2IS3A 3LPUA 4O0JA 3L2QA 1TV6A 1S1WA 5DK5A 4L8RB 4FJHA 3VQ7A 2GUIA 3ZT1A 3M8RA 2OYQA 1KRPA 1IO2A 4W5QA 4CE9A 5J2PA 4ZTFA 1KSPA 4O0IA 3CG7A 1LWFA 1KLMA 3V9ZA 1TGOA 4DQSA 3AVCA 4FLVA 1RT2A 3LAKA 4KTWA 1NK7A 1MU2A 3I0SA 3AO2A 4JS4A 3MEDA 1Q9YA 4B9SA 3RTVA 1B92A 2DFEA 3LANA 1CXQA 4CK2A 3QESA 2Q3SA 1DLOA 2B4JA 2ZQBA 3OVNA 1XHZA 2BANA 4CEQA 4KV8A 1L3SA 1Q9XA 2XY5A 3HK2A 4OLBA 3THVA 2G8KA 2FC0A 3JSMA 4OGCA 4EZ6A 2HB5A 4DFJA 1FK9A 3OYMA 2YHAA 2KTQA 4C8MA 4CJ3A 1SUQA 1ZBFA 1LV5A 2JLEA 3AVFA 4QOZB 3VQ8A 1RT3A 3V1QA 2P1JA 3V1RA 4IKFA 1A5WA 3TAGA 1EXQA 3OJSA 3NAEA 1ASWA 4J2DA 3QINA 3AVMA 3VQCA 3PX0A 5J2NA 3AVAA 5C42A 5T7BA 5EU7A 1JLGA 3K59A 3NCIA 2OZMA 3K5LA 4Q0BA 4H4OA 5K14A 1WSIA 1QSLA 3KLEA 4G1QA 1VSLA 3H08A 1NK6A 3EZ5A 4M3YA 4DTOA 1KCFA 3ZSXA 2D0BA 1VSFA 1WSEA 4OGEA 3V9XA 4DTPA 3LZIA 1ITGA 4OPKA 3EY1A 1KVCA 3KLIA 3K2PA 4B8CA 3D0PA 4CJWA 3LP1A 4CJPA 3KKRA 4IBNA 3RRHA 3OYBA 3LP0A 5HROA 3KK1A 1TKZA 3RR7A 4CIFA 3S3NA 3NE6A 5I3UA 4XIUA 3CFPA 4DSIA 3NF9A 3HP6A 3ZT4A 2EX3A 2HHUA 3LWMA 4M3WA 4KHSA 4DG1A 5SWMA 4RW8A 2XY8A 3AO5A 1S1VA 3HM9A 4CHNA 3NF7A 3T19A 3V9SA 1VSHA 1VSIA 2YKMA 3G0ZA 1BGXT 1FXXA 3NDKA 3SJJA 4MFBA 1B9FA 1JLQA 4CGGA 1T03A 3QIOA 3HT3A 1SL1A 4Z4IA 1REVA 3CFOA 3F9KA 3HL8A 4M45A 1S9EA 1QHTA 4AHVA 3LWLA 3BGRA 3VQ4A 4FLWA 4CF0A 3OYAA 4ELTA 1WSHA 1C1CA 4KI4A 3NH2A 4E7KA 1QTMA 1SKSA 3DM2A 3OYIA 1S6PA 1JLEA 3HVRA 3MXIA 1W0HA 1TK5A 4JS5A 3QIPA 1RCHA 5HLFA 2YKNA 3OYNA 1QE1A 4KO0A 4F2SA 5HRSA 1BHLA 4E3SA 4CERA 2WONA 4BDPA 3V9WA 1WSFA 1IKYA 3OY9A 3QERA 4O5BA 1HPZA 2VG5A 5C25A 4I2QA 4C8LA 3VQEA 4FJIA 1VK0A 5HP1A 2W42A 4YNQA 3P5JA 4FZYA 2X74A 1N5YA 5CZ2A 4CK3A 1LAVA 4J2BA 4O55A 2QXFA 4DU3A 3SPZA 1TAQA 1TK8A 1HYSA 3NH0A 3TAFA 4CHZA 3VA0A 1DTQA 3WNFA 3L3VA 3NHGA 3DOKA 4C8OA 3VA3A 4DF4A 1RBUA 3T3FA 3KKSA 3OJUA 3A2FA 1RTIA 3C94A 3ALYA 4M3UA 3LP2A 3TARA 1S1TA 3OYGA 1JLBA 3K5NA 2QKKA 1IKWA 3ZT0A 2Y1JA 2FBXA 4KHQA 4K8ZA 1KFSA 1D9FA 3TWHA 2HVHA 4CGJA 3SCXA 3L8BA 4C8KA 3IAYA 1LAWA 2ITGA 4E0DA 4F4KA 1Z25A 3KD5E 1Z26A 2F8TA 5E41A 1TL3A 4B08A 4F3TA 1S5JA 3M8QA 4M3RA 3PO4A 4DSKA 1UWBA 4CJRA 3RMDA 1IKXA 4UQGA 4M3XA 3QEIA 2OZSA 4FJMA 1YTAA 4OKEA 3SUQA 3RR8A 1U47A 4LH4A 4M41A 3QEVA 1ZBIA 4LSNA 3F73A 1S9GA 4DTRA 1VSJA 4NYNA 4KFBA 2RF2A 3O4NA 4Z4CA 3NF6A 4DLEA 4W5RA 4FLTA 5C24A 3VQAA 2HHSA 3OYHA 1BQMA 4CHOA 2X6SA 5HRNA 4KAZA 1EX4A 3O3FA 3HSTB 4N56A 2HNDA 4DSJA 3V81A 4CHQA 5KTQA 3RMCA 4GVMA 4RW4A 1WAFA 3AVIA 4CF8A 1B9DA 3K5OA 3QNOA 3O3HA 3SUPA 4CFBA 2NUBA 1Y97A 2RKIA 4HUGA 3ZSVA 1UAXA 2XRIA 4DQRA 1RT4A 4CJTA 4QCLA 3HJFA 4FXDA 4FLYA 4FVMA 2OPRA 3CFRA 4ZTJA 3LALA 5J2MA 1D5AA 2LSNA 4W5TA 3KLGA 3QEXA 3KD1E 1JLAA 2KZMA 2HHXA 3U3YA 2IC3A 4BWJA 4CJEA 4BE0A 4E7LA 4FZZA 4KTQA 1U4BA 1UA1A 4CJLA 3C6TA 3C6UA 1UA0A 4FW1A 4FM0A 4NYFA 3AA2A 1QSSA 1JLFA 2JGUA 2IAJA 3DLKA 3WNGA 1NJYA 4M42A 4CECA 4C8NA 4QAGA 4FJ8A 3OYFA 1NJWA 3T1AA 3MXJA 2XO7A 2G8VA 1SL2A 1BIUA 2HMIA 3IG1A 3UIQA 4FZXC 1WLJA 3L3UA 4I9LA 3OYCA 4DQIA 1J54A 4B9TA 4FJGA 4CEFA 4CGDA 1RBRA 2HVIA 4YFUA 4ELVA 1ASVA 3RWUA 4CJVA 3NBPA 4FLUA 4DS4A 3B6PA 4CF9A 4DSFA 2E4LA 4OPJA 1KLNA 3HPHA 1UOCA 3KIOA 3AVKA 1KFDA 1HYVA 3PO5A 3V1OA 1VRUA 3RRGA 3SZ2A 4E7IA 3S3OA 3KJVA 4KPYA 2IGIA 4BACA 3LP3A 4HVJA 3QEPA 4M3TA 2KZZA 5KGXA 3P83D 2DFFA 3AO3A 1NOYA 1YVUA 4AHCA 2YNIA 4KHNA 3VN5A 4N41A 1A5VA 1LW2A 4H8KA 2Z1IA 3VQ9A 1LWCA 4OVLA 4CF1A 3OS2A 3RMAA 1NK0A 3AO4A 2G8WA 1WN7A 1RDCA 4FCYA 4EP4A 3ZT3A 2VWKA 4OKJA 1QSYA 3G10A 4CGFA 2X6NA 2VWJA 4BDZA 5CY4A 4FLZA 1X9WA 1HNVA 1WSGA 1A5XA 4PA1A 1RBSA 4RW9A 2YNGA 4CJKA 3LPTA 1BI4A 3MEEA 4CEZA 1QS4A 3VQBA 4R5PA 2PYLA 1JLCA 2HHWA 4OKKA 1RDDA 2QKBA 2HNZA 3C95A 1T05A 4F8RA 3IRXA 3P1GA 1RT6A 4JRQA 1C0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EYZA 4EZ9A 4M3ZA 3CPEA 2GX9A 1EKEA 2EHGA 5HRRA 2DFHA 1H1VA 4CHYA 4MQ3A 2I7PA 4DTXA 1XC9A 2G8FA 3H46O 1KC8O 4KHYA 1YHQN 4R79A 4FLXA 2CGJA 5AQKA 5HOOA 1VQ7N 3DXKA 4ID5A 2PZSA 5D3GA 4KH6A 1LWEA 3PUFA 4JI4K 2ASMA 4NCAA 2QA4N 2BTFA 3ZSOA 1TKDA 1L3UA 1GLLO 1YT3A 3CJAA 2UXCK 3CYMA 3AVLA 1BA0A 4PQUA 2W6KA 4RW6A 3VQQA 4JK7A 3ZT2A 4BRGA 3LDLA 1QQCA 4CGHA 4ICLA 1BCOA 4BRNA 4IEEA 3FGUA 1EETA 1ZBHA 4B3OA 4K8XA 1ZBLA 1ATRA 3UKRA 3I0RA 1E4GT 5FRNA 3DLBA 2RN2A 4J2AA 3PX4A 1S1XA 4BRFA 4CFCA 3SQ0A 3VQPA 4IEIA 3I8DA 3KK2A 1BL3A 3ULDA 3I33A 3AA4A 3O8MA 1BG3A 2YHYA 2O4IA 1EP4A 4JKGB 5ADXH 2GWJA 3O5BA 2D0AA 4RW7A 2Q0RA 1VRTA 1HUXA 3THWA 5M1OA 5AQMA 4DUZK 2KFZA 4BR0A 3AY9A 4KHWA 2FBTA 3MN9A 3ITHA 3UKUA 3EE8A 2NRWA 3PSIA 3ZCMA 1IV0A 2VQFK 5CE3A 4DTSA 2XY6A 1IBLK 1KQSM 4IO8A 4AHRA 1TKXA 1NMDA 4E19A 3AVJA 3J80O 3D2FB 4IOAL 2D1KA 1W97L 4LSLA 3H45C 4CJ5A 4BVOA 4B9QA 1HLUA 3ASMA 3SBTA 1D9DA 3GDQA 3IDHA 3L2WA 1C0TA 2Y1IA 4JLHA 1HRHA 3MCPA 1V4SA 2Q36A 3AGKA 4DR5K 1T8EA 4JI5K 2EWSA 4BE1A 5KRTA 1WNSA 1XUPO 3A8YA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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