4LH4A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh4A00
3V4IA 3QEXA 3WNFA 5SZTA 5HLFA 4KKOA 2VWJA 1RT1A 4DFPA 3AO4A 1UA1A 1QTMA 4OJRA 4Z4GA 3UIQA 3VQ8A 2YHAA 4LSNA 4JRPA 1RBSA 4CGFA 1QSLA 4ELUA 3SV4A 3HK2A 3NHGA 3V9ZA 5D3GA 4CJQA 4CJTA 1SKSA 3S3OA 4F3OA 4E89A 1NJWA 4FJ7A 2G8HA 4E7IA 4M42A 3SQ0A 3LP3A 5FROA 1SKRA 2X6SA 4EZ9A 3RRGA 4KHNA 3ITHA 2GBZA 4JS4A 5CYMA 1XI1A 4DMNA 3VA0A 3RR7A 1S1UA 2F8TA 4O0JA 4EP4A 3SYZA 2B4JA 4CHQA 3QEIA 3D0PA 3JYTA 1QSSA 4BDPA 1ZBLA 3TANA 3AV9A 5CY4A 3TR8A 1WSJA 1L5UA 1JLQA 1BCMA 1NJXA 2D0AA 4HCCA 4CJUA 3IAYA 1IO2A 1L3UA 1TKTA 3F73A 3OS2A 3LAKA 3AVHA 4W5RA 1D5AA 4AHUA 3V6DA 3ZCMA 3THVA 1YT3A 3MXIA 3HJFA 4I9QA 4H8KA 1ZBFA 1TAQA 5C42A 3SV3A 4LH5A 4L8RB 3CFRA 1EETA 2Z1IA 4KHUA 1Q9XA 4KO0A 1D9DA 3WNEA 4FJHA 3H08A 4CJKA 1RTJA 3VQEA 4CJFA 2IS3A 3OYHA 3L2UA 1IKWA 4Z4IA 3TAQA 3TAFA 3OYCA 3KLGA 2WOMA 3F9KA 1J53A 1VSHA 3HL8A 4ZHRA 1WSFA 3OYDA 3OYKA 1WSHA 3B6OA 4DQSA 4E3SA 1NK4A 1FKPA 4XIUA 1S1WA 4CGDA 4DTPA 1NK7A 3DLEA 1S9GA 1RNHA 4C8OA 4J2EA 4Y1DA 2Y1JA 3RMDA 1KFDA 4OPJA 1B9FA 3RWUA 3AO5A 4DTNA 1BI4B 3DLKA 4I7FA 4TSXA 4CF8A 4UQGA 4HHTA 2JGUA 2P5OA 4FJLA 3ZT4A 2RN2A 3K57A 2VWKA 4BE1A 3U3YA 4DWIA 5HRRA 3M8SA 1D9FA 2VG6A 4IFVA 1BQMA 1RT2A 3ASMA 3QIPA 3HM9A 3SQ4A 1XHZA 4YNQA 4FK4A 1HJRA 1RCHA 1DTTA 4NCGA 1J5OA 4FCYA 4Q0BA 1YVUA 3OS0A 1IKYA 2YKMA 3JSMA 1B9DA 4PQUA 4PY5A 2YKNA 4KFBA 4DFJA 2Q3SA 4CHZA 3RR8A 4KHYA 5HRPA 2DFFA 2X74A 2P1JA 1JL2A 4RW9A 4CHNA 1RDAA 3M8RA 3O3HA 4MFBA 2ITGA 1RDBA 5KGWA 3V9SA 1NOYA 4ELVA 4PA1A 2KZMA 4M3XA 5C25A 1ZBHA 4E0DA 4KRFA 4I2QA 3KKRA 2RPIA 1W0HA 1WNSA 4ID5A 4NYNA 2HHSA 3C6TA 2HVIA 3OYEA 2I5JA 3WNGA 5CYQA 1U48A 1K6YA 3RMCA 2XRIA 4W5TA 3LDSA 1KLNA 1EP4A 2IC3A 1I3AA 3VQ9A 4BE0A 4KI6A 4FK2A 1J9AA 3BGRA 1YTAA 4DU3A 4ZTFA 4E7LA 4CHOA 4CFBA 4KHQA 3QLHA 4CIEA 1RDCA 1U45A 4M3RA 4JLHA 4DG1A 2FBXA 5J2PA 4KTWA 3DI6A 5CZ1A 4CECA 3KLEA 4DLGA 4KHWA 4FLYA 4HUGA 3NBPA 1S1XA 3RTVA 4RW7A 4FLWA 3QIOA 1BIUA 5FRMA 2HHUA 3SUPA 3NGZA 3NH1A 4DF4A 4OGEA 5EU7A 1A5VA 5KTQA 2HHTA 4CJVA 3OVNA 3ZSOA 4GW6A 1KSPA 1ITGA 5CZ2A 4CEDA 3OS1A 3LP0A 3CM6A 4FYDA 2BDPA 1U04A 4ID1A 3O3FA 4M45A 4NCAA 3LALA 3S9HA 3ZSZA 1CZ9A 3HVTA 4W5NA 3SJJA 1KFSA 1TL3A 1Z25A 4OGCA 5KRTA 4KV8A 4RG8A 3T19A 4FZZA 3SUOA 5HBMA 3PV8A 4DSIA 4J2BA 2HHVA 3KD1E 4PWDA 2KW4A 3BDPA 4CJSA 3L2WA 5I3UA 1A5XA 4KTQA 4O55A 3HO1A 4CF1A 3O4NA 4I9LA 3EYZA 3K58A 4FLXA 4RW8A 4QCLA 4FZXC 3VQ7A 3QERA 4CIGA 1BIZA 2XY6A 1TVRA 3KJVA 1KCFA 2A1RA 1XC9A 1BL3A 4FW1A 2D0CA 3TAGA 2BGGA 4W5OA 3T3FA 4HUEA 3K2PA 4IG3A 1T8EA 4KPYA 1I39A 1C0MA 2PY5A 3RMAA 2OZSA 3TABA 4FJIA 3PO5A 1SV5A 2F8SA 3OYMA 3KK1A 2ZD1A 1T05A 4B9NA 1RT6A 3V9XA 4CEAA 3QEVA 5HRSA 4DU4A 3V9UA 2Z1HA 2EHGA 3AA3A 3EY1A 1T03A 4ELTA 4DSEA 3OYFA 4M3YA 3G0ZA 3K5NA 4KB0A 2F96A 4FJJA 1R0AA 3TI0A 1JLCA 3I8DA 3VQCA 4CGHA 4B08A 1RTHA 1GOCA 1KVAA 2OPQA 4CHPA 3KIOA 1VSMA 2VG5A 4K8XA 4GMJB 3NAEA 4M41A 1CZBA 4C8MA 1XHXA 3L2QA 5K14A 5J2QA 1LAVA 1NK6A 4KREA 2E6LA 4AHSA 5FDLA 1L3VA 4CF2A 2IDOA 4B9MA 3AVAA 4LSLA 3QEWA 4CJEA 4IG0A 1VSEA 1HQEA 4CJRA 3AVJA 3K59A 2HNYA 4WE1A 4AHRA 2X6NA 3KLHA 3KK3A 1DLOA 4BWJA 1HQUA 4KAZA 3NE6A 4B9TA 4CHYA 2VG7A 3NCIA 5HROA 3A2FA 3MXMA 4G1QA 1L3TA 3CYMA 4Z4EA 3ZSXA 1C0UA 3NF9A 4OPKA 1IKXA 3SQ1A 3VQ5A 1CLQA 1NOZA 3LZJA 3C6UA 4CJPA 1UOCA 1C1AA 1QE1A 1JLGA 2E4LA 1ASUA 5DMRA 2GV9A 3NGYA 4IBNA 1IH7A 1WSGA 3QINA 1TK5A 4KTZA 2HMIA 4F8RA 1JXBA 3WNHA 3QEPA 3P5JA 3HXMA 4FM1A 4KB1A 1ZBIA 5JS1A 3IG1A 4CERA 3L2RA 1JL1A 4CK3A 2G8FA 1U49A 2QKKA 2KTQA 1B92A 4LY7A 4N47A 3ZSRA 4IKFA 2GUIA 1QHTA 2YHBA 2DY4A 3RRHA 3LAMA 3NF6A 3VQ4A 4I2PA 1NK5A 2HHXA 3LP1A 1ZYQA 1KRPA 4QAGA 4DTMA 1LW0A 4Z0UA 4DSLA 4KI4A 2WONA 1IG9A 1UA0A 4J2AA 4RW4A 4N41A 4LH4A 4F4KA 4LD0A 4C8KA 1WN7A 3K5OA 1BI4A 4BDYA 2G8IA 3OYJA 2AJQA 5JS2A 2XY7A 3TAPA 1GOAA 1SL0A 2PYJA 4OVLA 4CFAA 4BDZA 3VA3A 4ZTJA 1G15A 1KLMA 1UWBA 1VSFA 3CG7A 4CEZA 3KLFA 2P5GA 4C8LA 1TK8A 1FKOA 3AA2A 1RTIA 2D5RA 2EX3A 2XY5A 3NH0A 4RW6A 5J2NA 2YNIA 1TK0A 1WLJA 1NKCA 1JKHA 2OPPA 1KVCA 3OYNA 2P51A 4FVMA 4DTSA 1ASVA 1RT5A 4J2DA 3IRXA 4CGJA 3VQQA 4DLEA 3AVLA 3VQAA 4DTXA 4DF8A 2XY8A 3ZSYA 3SUNA 2KFNA 4B9UA 3V1QA 3LWLA 1TKXA 3VQPA 1VRTA 1S1TA 2X78A 4OKEA 3AVIA 3ZT2A 4JRQA 1O1WA 3O4QA 5DK5A 4DSFA 4HUFA 2D0BA 3ALYA 3QO9A 3FFIA 4FLZA 4FJKA 2KFZA 2DTUA 4AHCA 3S3MA 1L3SA 2IGIA 1NK8A 3DRRA 4FJGA 3HPGA 4OLAA 1JLBA 3LWMA 5J1EA 1LWEA 4DS5A 4FJ9A 4BACA 2R7YA 1C6VA 2DFHA 3ZT1A 3KD5E 3C94A 2YNHA 2NUBA 1HRHA 4HVJA 3EZ5A 3AA4A 1LW2A 1LV5A 4B8CA 4DS4A 1RBVA 3MEGA 1QQCA 2O4GA 1WAFA 4AHTA 4R5PA 3LP2A 4CEFA 3LZIA 3DMJA 4DTRA 1HYVA 3CFPA 3P1GA 3TARA 2QXFA 1CXQA 4O5BA 4CIFA 3DRSA 4E7JA 2HHWA 4H4MA 1ZBUA 3KTQA 1YTUA 3VQDA 3KKSA 4N56A 1VSKA 3HPHA 3TAMA 3HP6A 1FXXA 1TV6A 3KK2A 4NCBA 1WAJA 4EZ6A 4DTOA 4C8NA 4E7KA 4F2RA 3MEEA 2QK9A 3OYAA 1LWCA 1X9MA 4DSJA 1EXQA 1BHLA 1VSJA 3PUFA 1VSLA 1XWLA 3VQ6A 3SUQA 2YV0X 3SPYA 4E7HA 1X9SA 1S6QA 3S3NA 3OY9A 3NDKA 3L3VA 2HNZA 3OYGA 3PX6A 3DYAA 1RBRA 3V81A 3PY8A 1TAUA 3L2VA 1IKVA 3NF8A 3MXJA 2O4IA 4E19A 1S6PA 1BGXT 1VK0A 1C0TA 3I0RA 3MECA 3VQBA 3CFOA 3U6FA 2G8WA 4B9LA 1JLEA 4PUOA 3QETA 5KGXA 1WSEA 2PZSA 1Z26A 1HYSA 4CK2A 4CJ3A 1BCOA 4AILC 1NK0A 4O4GA 1TL1A 3C95A 4CK1A 3TAEA 3PX0A 1J54A 4M3WA 4E1MA 1RILA 2Z1JA 4IFYA 4B9VA 3DLGA 3IS9A 4O44A 3LPUA 4CEEA 2DFEA 4CFCA 3TWHA 4CGGA 4FW2A 4DQQA 3SQ2A 4DSKA 3K5MA 4H4OA 2G8KA 4YFUA 1REVA 1QSYA 3L3UA 4CE9A 1S1VA 3ULDA 1JLAA 3OYBA 3K5LA 4FJMA 3AVBA 3DLHA 4QOZB 1FK9A 1NKEA 2Z1GA 3O3GA 4FLVA 2OYQA 1ASWA 1HYZA 1S9EA 1SL1A 1D8YA 1RT7A 2QKBA 4AHVA 2W42A 3AO1A 3M8PA 2KQ2A 3MEDA 4EP5A 1TKDA 4GVMA 4E1NA 3RMBA 4M3ZA 1KTQA 2Y1IA 1SL2A 4FJNA 3ZSQA 3AO3A 5T7BA 4CEQA 4DQPA 3OYIA 4FJ8A 4CCHA 1HNVA 1A5WA 2JLEA 2ATQA 1VSIA 2ETJA 4Y1CA 4OLBA 4Z4HA 4DTJA 3ZT3A 4F3TA 2FBVA 3B6PA 4M3UA 5I42A 3ZSWA 4Q5VA 2BANA 3KLIA 4FM0A 3L8BA 4BE2A 5KI6A 4AH9A 4IDKA 1RDDA 2HB5A 3MAQA 3NH2A 2B6AA 3SI6A 4B9SA 1UAXA 3QESA 4CF9A 1C1CA 1KVBA 3OJUA 4N5SA 3NGIA 2BE2A 2FC0A 1U4BA 1SKWA 2OPSA 2ZE2A 1Y97A 3I0SA 1HMVA 1NJYA 1RTDA 3AA5X 4DFKA 1HPZA 4HTUA 3DM2A 3LPTA 3T1AA 4Z4CA 2HW3A 1DTQA 5KRSA 3AVCA 4MQ3A 3V9WA 1EKEA 4DU1A 3LANA 1W9HA 4O0IA 3PX4A 5C24A 4CEOA 4CJLA 3D45A 4CESA 2FBYA 2OPRA 3M8QA 5FRNA 3SNNA 2OA8A 5E41A 3ZSVA 5J2MA 3QNNA 4FJ5A 4F2SA 2PYLA 3DLBA 4DTUA 4FK0A 3AVNA 4Z4FA 4FJXA 4FM2A 4NYFA 4B8AB 1T7PA 1RBUA 2IAJA 3OJSA 4B3OA 5SWMA 4CJ5A 3CM5A 1WSIA 2HVHA 2RKIA 1LWFA 1JXEA 1Q8IA 2HNDA 4CF0A 3NF7A 1NKBA 3AVKA 2LSNA 4CJWA 1N5YA 2OZMA 3HPOA 3AVFA 2YNFA 4DQIA 2G8VA 4CGIA 1TGOA 3HP9A 3PO4A 1EX4A 1MU2A 1QS4A 1S5JA 3V1OA 3DRPA 4OKKA 4FZYA 3VN5A 4W5QA 2KZZA 2A1SA 3AVGA 1GOBA 2RF2A 2ZQBA 3CQ8A 1U47A 3AO2A 4M3TA 2XO7A 1LAWA 3OYLA 4DFMA 5HRNA 4BWMA 1N6QA 1HNIA 3G10A 3P83D 1BQNA 3HSTB 3ISNC 4JS5A 4FLUA 1Q9YA 2HHQA 1JLFA 1TKZA 3V1RA 1X1PA 4CJ4A 3HYFA 4OKJA 3E01A 3HVRA 4ICLA 3DOLA 2B5JA 4KHSA 1C1BA 2G8UA 1F21A 3QNOA 1NJZA 3NFAA 4FXDA 3SZ2A 4FLTA 4DQRA 4HCBA 1RT3A 1SUQA 3SCXA 2XHBA 3SPZA 2FBTA 2YNGA 3DLRA 1RT4A 3DOKA 1VRUA 5HP1A 1RBTA 3HT3A 4CEBA 1X9WA 1NK9A 3ZT0A 1VSDA 4N76A 1BISA 3U3GA 4CFDA 3AVMA 1CXUA 2E6MA 4K8ZA 2IOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V4IA 1VQPN 3O9SA 3WNFA 5HLFA 4BQZA 1QTMA 2P9KB 1RBSA 3SV4A 4LFBK 1VQNN 4CJQA 4DR4K 1SKSA 3S3OA 1N34K 4LF4K 3FFKB 5AFUA 3SQ0A 1VQ9N 1J6ZA 3CCRN 3ITHA 4JI0K 4OPAA 4JS4A 3DJCA 3VA0A 4ISEA 4EP4A 2B4JA 5ADXH 3TANA 3ID8A 4FSVA 3TR8A 2QWMA 2RHKA 2QI2A 1JLQA 4JHDB 5AQIA 3CCUN 4BRCA 4JI7K 1TKTA 4X64K 4L8RB 3CFRA 3KHYA 3UKRB 4CJKA 4CJFA 3GOIA 2IS3A 4H0OA 2WBNA 1J53A 3OYKA 3HL8A 5FPMA 1S1WA 4CGDA 4MO5A 1S9GA 1D4XA 4KH5A 2Y1JA 4FWNA 1KFDA 4FJLA 1QVFM 4B3MK 2JGUA 1YJNN 5HRRA 3M8SA 2VG6A 2ASPA 3D2EA 3D7EO 4FK4A 1U2VA 2P9PB 2YKMA 2HHSA 3RR8A 4CHZA 1VQ4N 3O3HA 2ITGA 5KGWA 4ELVA 4IOAL 1IBLK 4JI2K 4B9QA 5JMVA 2RPIA 3CJCA 1VQKN 4NYNA 2I5JA 4CBWA 4A5BA 1TYQA 1EP4A 2GUPA 2BUPA 2IC3A 1I3AA 4CD1A 4FK2A 4DU3A 1HPMA 4E7LA 4FWKA 4M3RA 5LL6Z 4BRQA 2FBXA 4KTWA 3DI6A 5CZ1A 4CZKA 2HBKA 1XNQK 4HUGA 1BO5O 2WC9A 3RTVA 3NH1A 3F5TA 5CR4A 3I55N 4OGEA 4EIAA 3OS1A 5AZJB 4FYDA 3BEXA 1U04A 4ID1A 1K8KB 3S9HA 2O8DB 3ZSZA 3MX5A 1Z25A 4RG8A 4DSIA 2HHVA 5AQKA 5AFUH 3MX2A 4BRFA 1DEJA 3L2WA 3ENOA 3MDQA 5E26A 3CJ1A 3O4NA 1T3VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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