1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
1VQ9N 1VQLN 4IOCL 4WFAL 3DLLL 1N8RO 2OTLN 3CCLN 3CCUN 3CC4N 3I55N 1QVGM 3G4SN 1YJNN 3OW2M 3CF5L 5JVGL 3G6EN 2OTJN 5JVHL 3CCRN 5GAGP 2QA4N 3I56N 1Q82O 2QEXN 3PIOL 4WCEL 5GAHP 4UY8O 1K73O 1YIJN 1Q7YO 5DM7L 1YJ9N 1VQON 5DM6L 3CC2N 1OVYA 3CCEN 3CCJN 3CCMN 1M90O 3CCVN 3CCQN 3PIPL 5GAEP 1VQKN 1KC8O 1VQ6N 1QVFM 5MLCQ 4U67L 1JJ2M 4WF9L 2ZJQL 1W2BM 1K9MO 1ILYA 1KD1O 1YITN 1VQ4N 3CXCM 5GADP 1VQ8N 1VQ5N 4WFBL 1VQMN 1YHQN 5H1SQ 1YJWN 1K8AO 2ZJPL 1NJIO 1VQPN 3CC7N 3G71N 3CD6N 1YI2N 4WFNL 3CMAN 1VQ7N 3CPWM 3J7ZO 1Q86O 1S72N 1M1KO 2ZJRL 3CMEN 4IO9L 4IOAL 5HL7L 1KQSM 1VQNN 3CCSN 1Q81O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HUFA 1VQLN 5LMUK 5C25A 4IJNA 4B1ZA 2O8DB 5KQDA 2AA4A 4CBUA 2HBKA 1UA0A 1XHXA 3OYHA 4CFBA 2W40A 4XH1A 1J6ZA 5HLFA 2HHXA 1NMDA 1S1UA 3THYA 5JVGL 3G6EN 1V4SA 2ITGA 4WQ4A 4YOXA 1QHTA 2PFUA 3MXIA 2D0BA 2Z1JA 4HUEA 3HJFA 2HF4A 1CZBA 2E2QA 3K58A 1TKXA 3RWUA 1NNEA 3K9JA 4LH5A 3IMXA 3CJAA 4FLUA 1Q9YA 5BRDA 3CCJN 3CCMN 3EKSA 1BWFO 1WSEA 4LF4K 3S9HA 4B3SK 3UKUB 3EE8A 1VQKN 5SWMA 2YHAA 4K42A 4FWQA 3NF7A 3MWTA 4KH4A 4HCCA 4K8ZA 1ITGA 4Z4IA 1QQNA 3UKRB 3LPTA 3DXKB 4F9OA 1SL1A 2P5GA 5C2FA 1UAXA 4QS8A 1JKHA 4N5SA 4WFBL 4H0VB 1O1WA 4DLEA 5H1SQ 2HVIA 1ASVA 3CIPA 1WAFA 3KD5E 1YI2N 4KTQA 3SV4A 4CZIA 3KHYA 3D6RA 3DI6A 4DV4K 2IS3A 1CLQA 4IFVA 4KTZA 3TTCA 1ZXOA 3QFPA 4AHVA 3QESA 2XY6A 3V9UA 2P5OA 4O0IA 1UA1A 2QWQA 4NO7A 3VQ7A 1TVRA 2FF3B 3THXB 3JAMO 4XEIA 4BRHA 2CGKA 3CFOA 4JKBA 1EP4A 4NXNK 1S6QA 1ZBSA 4FLXA 3TSQA 4R79A 3M8SA 3L8BA 1L3VA 1YTAA 4WCEL 1BIUA 4ID1A 3PO4A 4OX9K 4CZFA 4BC5A 3EEQA 2IC3A 3LDQA 4CEBA 3AVHA 3WQUA 5C15A 5KPRA 2P9UA 4BRFA 1KAYA 5M1NA 4JKDA 2E6LA 3HXMA 3MX2A 4H0PA 5EY4A 3ZEUA 1C0FA 4H4OA 2X78A 3KK2A 3VPZA 4DQIA 1RTDA 2OPQA 3VENA 4CEQA 4Z94A 2QM1A 2E5LK 3VF2A 3ASMA 3G25A 3HTVA 3V1OA 3VQ6A 5F2RA 2PAVA 4KHQA 4UQGA 3MN7A 1NKBA 3VEXA 1LOTB 2A41A 4CZJA 1GLBG 3SLCA 3HM8A 3V1RA 3L0QA 2XY8A 1GLJO 3NAEA 3ULEA 2NRXA 3WQTA 5KGXA 4W5RA 5J2MA 3BF1A 4A62A 4CHQA 1EETA 3CD6N 2G8IA 3WNHA 2XHBA 1TYQA 3L2WA 1QTMA 4OPAA 3K5NA 3AVJA 1KAZA 4CEAA 3M8QA 1NJWA 1U4BA 4CVNE 4B9MA 1NK6A 3PX6A 3CERA 4YOYA 1H1VA 4KI6A 2VG5A 3BZKA 1ZC6A 3EZWA 2NRHA 3VGLA 3P83D 2HHWA 4CK1A 4CJVA 4HVJA 3NF8A 3AVNA 3G4SN 4CFCA 2NRRA 2RHKA 3E9OA 2QTDA 4JI1K 1RT7A 3CM5A 4FWPA 3H46O 1LAVA 3ZETB 3DOKA 2O4IA 1N34K 4Y1DA 5SZTA 4W5QA 4PHTX 2O8EA 3OYNA 4NB4A 3R8EA 1DTTA 1A5XA 2E20A 4F2SA 3O9RA 3PO5A 4BR2A 4O0JA 1NKEA 2O8BB 4FLWA 2BUPA 2GWJA 3O1BA 4FW1A 2P9IA 2P1JA 4KAZA 1OH7A 2X6NA 3VF6A 4FK4A 4O55A 1JCEA 1OVQA 3PLAA 3P1GA 4FPAA 1JLBA 4DF4A 3CJ9A 4YOWA 3V9XA 1VQ6N 4BR9A 4ISGA 3B8AX 2HBLA 3FFIA 4EIAA 3WEEA 3DLKA 2PBDA 3QEIA 2JLEA 4DTNA 4OO1J 4FK0A 4BC3A 4AM6A 3OYAA 2A42A 4JN4A 5I42A 4BDYA 4CEZA 2YNIA 4CJTA 4DQSA 1D9DA 1B9DA 5GINA 3D2EA 2FLOA 3V1QA 3RMAA 4IXCA 3LDSA 1WAJA 3LZIA 1L3TA 2ZF5O 1Q86O 4DTRA 4FWMA 1M1KO 3HP6A 4IJAA 4M7XA 4QS9A 3C7NA 3KIOA 1NGBA 4Z4CA 3GDQA 1HR0K 4FVMA 1XC9A 2A1SA 3AARA 3K5MA 3CCSN 2P9NB 3O9TA 5EOYA 4IEEA 4JD2A 4IOCL 4KBOA 3KJVA 4N56A 5CY4A 4WQ5A 4M63C 1UOCA 4FOEA 4LY7A 1JL1A 2FBXA 2KZMA 5BPLA 5JICA 4GMJB 2O8CB 4O5FA 5JLHA 5KRSA 1QE1A 4I6MA 3VETA 3I8BA 3QINA 3T1YK 4B1VA 4BR0A 4CJ5A 2ASPA 4BR5A 2DFFA 2P9KA 1N5YA 4PUOA 3L2QA 1KRPA 1RDWX 4EZ6A 1IBLK 4JEPA 4BRDA 1VQON 4EHTA 3IDHA 2F8SA 5M1OA 4EHUA 1M90O 3SUNA 1RBUA 3KWIA 1IBKK 2RN2A 3L4IA 3W3DA 1RDBA 5AQZA 3O8MA 2OPPA 1SL0A 3UB5A 3ZSYA 3SAFA 3VTHA 1T3VA 1DTQA 5HROA 3KKSA 1W2BM 2Q0UA 2GUPA 1FKOA 4KTWA 5EXWA 3M5RA 4H5TA 1T6CA 4CECA 4N47A 4B9TA 1BL3A 2HVHA 1OH5A 2RE2A 4JKCA 3NGYA 2QXLA 4QOZB 4DSJA 2FBYA 3QFUA 5E84A 4B3RK 5ADXA 1IG8A 3MEGA 4RTFD 4JK7A 4YOVA 2E8AA 3WXJA 2NRTA 1QSLA 1ESVA 1WSGA 5LMNK 2GX9A 1HNXK 1VQNN 5FLXO 3VQEA 1DKGD 4YHHK 3VEZA 5AQRA 3QICA 4BG8A 2CH5A 1FW6A 1NGIA 4JK9A 5F0XA 2CGLA 3QERA 4F2RA 2UXCK 1ZBIA 4ISFA 4JI0K 4BREA 4BRNA 4PWDA 4AF1A 3QBWA 2CH6A 3MK6A 2GELA 1YVNA 1VRTA 1ZYQA 1B92A 1O13A 2DFHA 3SUPA 3RRHA 3ENBA 4I7FA 4CBXA 2PY5A 2W41A 1VSEA 3DLEA 4JKGA 5AQTA 4DLGA 4CHPA 3U4LA 1NJZA 4RW7A 1Y64A 4CFDA 3U3GA 3KK3A 4B9UA 3MN9A 2KFNA 4CGGA 1CZ9A 4CF2A 4AILC 5GAGP 4WQ5C 4FWLA 4E3SA 3Q7CA 4KHWA 1JCGA 5AZJB 4E89A 1BOTO 1NGJA 5J2NA 5FRMA 3EYZA 3P5JA 3LZJA 4CJWA 3V6DA 2FSJA 1KFSA 4CGDA 1BHLA 1YJ9N 3MWPA 3CM6A 3H6EA 2I7PA 3J80O 5AQMA 1EQYA 4BY9C 4BRMA 1RT4A 4DFPA 4LFBK 3HL8A 1EO1A 3V4IA 2A40A 3EN9A 3C94A 5GAEP 1CXUA 4JLHA 3SBGA 4X66K 1NBWA 1E4GT 5MLCQ 4U67L 3FE1A 3L2VA 3R3LA 2ZJQL 4FXDA 3CJ7A 3DRPA 2Y1IA 3OBYA 5I9EB 3OS1A 1MU2A 1RT2A 3SV3A 1BI4A 1N6QA 2ZJPL 5GIOA 4IDHA 1QZ5A 3P38A 3K57A 3ZSVA 1LAWA 4IBNA 4AHTA 4EFHA 5AQIA 4Q5VA 4RW4A 3T1AA 4DV3K 3TR8A 1VQ7N 3GE1A 4CFAA 2Q0RA 2Q31A 2E1YA 4KKOA 5IT9O 3CJBA 4FO0A 1S6PA 5AQXA 2ZWHA 3WUHA 2D5RA 2KW4A 4DTXA 2E88A 5HBMA 1SAZA 2VQEK 3ZT3A 2D0CA 1IBMK 3MXJA 3SBTA 3HSTB 2QWPA 4B08A 2Q1NA 4FZZA 2VWJA 3HZ6A 4BE0A 3DLHA 3AVAA 4CESA 3VQCA 3NGIA 3CC4N 2HNZA 3CPEA 3LM2A 1HNIA 2Q3SA 2HOEA 4JKEA 4OKKA 3U8XA 3HOSA 4JI3K 2A1RA 3B6PA 3K59A 2UU9K 4OJRA 1LW0A 1FXXA 3DOLA 3FZMA 4BROA 4RG8A 1NK8A 2HHVA 4O8UA 1BUPA 1Q82O 4IOXA 3D0PA 2ZQBA 3RR8A 4RW8A 1TKTA 2YKNA 1TK8A 1J5OA 1TAUA 3D2FB 3PV8A 2Y1JA 3RMBA 3SMSA 3VMFB 1U48A 3OBWA 2HBJA 3AAPA 4PQUA 2VWBA 3VQ8A 1WNSA 1Q8IA 3ID6A 4LSNA 4OPJA 2B6AA 3AVBA 1NGCA 3ENOA 4BE1A 3LP2A 2ZE2A 4E7KA 4Z4EA 1FJGK 4H5NA 4I9LA 2B5JA 3F9MA 2WBNA 3K9KA 1U49A 1JLQA 3EL2A 2HMPA 3ZT2A 4CJKA 4DV0K 4K41A 4DTUA 1ASUA 4CGJA 1S22A 1VSHA 1VQ8N 3F5TA 1YAGA 1YHQN 3V9WA 5F1XA 3IFRA 2I5JA 1RT3A 2OZMA 1XWLA 1T7PA 3CC7N 1T03A 3VTIA 3TSPA 1KTQA 1J9AA 5AQGA 4CJ3A 3HBTA 2G8VA 3O3GA 4JAXA 4A2BA 2FBTA 4H0OA 1RDAA 4DTPA 4FLYA 3SJHA 2OPSA 3Q7BA 3VESA 4CCHA 3ZSZA 1WLJA 3A5NC 1XI1A 3PY8A 4JKHA 4OLBA 1YTUA 1VSMA 4ZTFA 3HSCA 4DTSA 4W5NA 4CGHA 4FLZA 3V81A 4LF9K 1U6ZA 3MAQA 5BPNA 3S41A 3QIOA 4JNEA 3TTFA 3J7AP 2QW9A 1QQOA 5HRNA 4CK3A 1LCUA 1MWKA 3M6GA 2CGJA 3CCRN 1C0UA 5GAHP 1C0GA 3QEXA 2BDPA 4F3OA 1QZ6A 3ZYYX 4CJ7A 1U45A 3AAQA 4M3TA 3THYB 4KB0A 4PL7A 1HJOA 1KXPA 4M3WA 2RPIA 3CQXA 1IO2A 3VQDA 4IEIA 1KLNA 3LAKA 4H0YB 3QO9A 5CYQA 3CCVN 2KFZA 2OYQA 4BC4A 4FM1A 1EWQA 1WN7A 3A5MC 1TAQA 3JSMA 2IVOA 3R6MA 3THWA 1GLDG 3AA3A 3NF9A 2KTQA 4FWKA 1JJ2M 4FJ5A 3BGRA 1NU0A 2F4VK 1BCOA 2KKZA 4XH4A 4CIFA 1EXQA 3TAFA 4B9NA 1KVBA 2JWKA 4YY3K 3LL3A 1GLEG 1Z26A 3LALA 3V9SA 1HKCA 5KGWA 1L3UA 5FPMA 3OYBA 4N41A 3VEYA 3V9ZA 2EWSA 2HHQA 5D3GA 4WFNL 1HNWK 4E19A 3C65A 3HVTA 2XO7A 1K6YA 3ATUA 3L2UA 2KHOA 4EP5A 4U7BA 2HSTA 2GV9A 1TL1A 4MDAA 3CMEN 4FJ7A 4YDUA 4CJSA 5HL7L 2QK9A 4FJNA 1Q18A 5AQKA 3KVGA 4B9SA 1GLLO 3CFRA 5AQPA 2FC0A 4C1NK 1RDUA 2Q97A 2YI1A 4LSLA 4FJLA 2NRWA 3HO1A 4E7HA 1N8RO 5CHIA 4FWNA 2Z1IA 4CJUA 3MEEA 3FFKB 3OTOK 4NYFA 2PYJA 4H4MA 4EZ9A 5HOOA 4E1NA 2WONA 1GLAG 3EE9A 3HPOA 4DMNA 4ID5A 3L3UA 3FZKA 3OW2M 2NRVA 2IAJA 4B9LA 4W5OA 3S3MA 3C0BA 1KLMA 5AFUH 5FPEA 4DKWA 3VQ4A 2VYPA 1WSIA 1JLGA 2GTDA 2E2OA 2EX3A 1T8EA 2G8FA 4FCYA 4L8RB 4DF8A 1NJXA 1RT1A 4H03B 3ZSWA 1J53A 4V19S 3M8PA 3D45A 1VSJA 3JS6A 2B4JA 1SV5A 1RDDA 1RFQA 2XRIA 4DR7K 1OVYA 1TUYA 4KHSA 3NBPA 4B8CA 3CCQN 3OYKA 3LP3A 2ITMA 2E1ZA 4BVOA 1G15A 2P9UB 3O5BA 1JL2A 3JYTA 4GV3A 1QSSA 2A6AA 4DUZK 3WT0A 1NOYA 4IO8A 3NH1A 3BEXA 3DXMA 1LWCA 4JI5K 4CIGA 4DV7K 4AQYK 3ZEUB 3C95A 3TSUA 3TWHA 3AV9A 1K8KA 5AQLA 5CZ1A 3TAQA 1VSKA 3T19A 2V7ZA 3NE6A 1K8AO 3BZCA 3K5OA 4DV1K 1HNZK 4RWTA 2P9SA 3P39A 1QQCA 4FJ8A 4FVUA 4N76A 5GIPA 3CMAN 1HPZA 3ZLJA 3CPWM 1NGAA 4M3YA 4DS5A 3ULEB 1NM1A 4YOTA 3FZLA 3O9UA 1RTHA 3PSFA 4CIEA 4QCLA 1TYQB 1J5EK 4KH5A 1ATNA 1VQ9N 4FWOA 4B3MK 5KTQA 1JLEA 1S9EA 2WFBA 2WUSA 3ISNC 4X62K 4CZEA 3OS0A 4WFAL 1ZBFA 3CCLN 1C0TA 2E2PA 3AA4A 5CZ2A 4YORA 4IWVA 4YDUC 3SAHA 4FSVA 2UXDK 4B3TK 3VA0A 2FSKA 3L2RA 4AHCA 3BP8A 4KO0A 2NRZA 4DU1A 4BWJA 2D0AA 4CI6A 1C1BA 5ELZA 4CEFA 2F96A 3ZT1A 2W6LA 4CJEA 3MMVA 4J8FA 4M7YA 4OKEA 1TK5A 3I56N 3IG1A 4B9QA 3A0IX 1KSPA 3O3HA 3AY9A 2QWOA 3SYZA 1Y97A 4FOIA 4BR4A 1IJJA 1VSFA 3SQ0A 2D0PA 2O8EB 3LM9A 1GOCA 1S9GA 2YNFA 4H5VA 2NLXA 1ASWA 3TANA 2VGNA 3FZFA 1DEJA 3AO3A 1I39A 3N4PA 2P9IB 5AZIA 1RTIA 4M41A 4DQRA 1D9FA 4ILJA 3U6FA 3DJCA 3MN5A 4FZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ9 N;  1VQL N;  4IOC L;  4WFA L;  3DLL L;  1N8R O;  2OTL N;  3CCL N;  3CCU N;  3CC4 N;  3I55 N;  1QVG M;  3G4S N;  1YJN N;  3OW2 M;  3CF5 L;  5JVG L;  3G6E N;  2OTJ N;  5JVH L;  3CCR N;  5GAG P;  2QA4 N;  3I56 N;  1Q82 O;  2QEX N;  3PIO L;  4WCE L;  5GAH P;  4UY8 O;  1K73 O;  1YIJ N;  1Q7Y O;  5DM7 L;  1YJ9 N;  1VQO N;  5DM6 L;  3CC2 N;  1OVY A;  3CCE N;  3CCJ N;  3CCM N;  1M90 O;  3CCV N;  3CCQ N;  3PIP L;  5GAE P;  1VQK N;  1KC8 O;  1VQ6 N;  1QVF M;  5MLC Q;  4U67 L;  1JJ2 M;  4WF9 L;  2ZJQ L;  1W2B M;  1K9M O;  1ILY A;  1KD1 O;  1YIT N;  1VQ4 N;  3CXC M;  5GAD P;  1VQ8 N;  1VQ5 N;  4WFB L;  1VQM N;  1YHQ N;  5H1S Q;  1YJW N;  1K8A O;  2ZJP L;  1NJI O;  1VQP N;  3CC7 N;  3G71 N;  3CD6 N;  1YI2 N;  4WFN L;  3CMA N;  1VQ7 N;  3CPW M;  3J7Z O;  1Q86 O;  1S72 N;  1M1K O;  2ZJR L;  3CME N;  4IO9 L;  4IOA L;  5HL7 L;  1KQS M;  1VQN N;  3CCS N;  1Q81 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HUF A;  1VQL N;  5LMU K;  5C25 A;  4IJN A;  4B1Z A;  2O8D B;  5KQD A;  2AA4 A;  4CBU A;  2HBK A;  1UA0 A;  1XHX A;  3OYH A;  4CFB A;  2W40 A;  4XH1 A;  1J6Z A;  5HLF A;  2HHX A;  1NMD A;  1S1U A;  3THY A;  5JVG L;  3G6E N;  1V4S A;  2ITG A;  4WQ4 A;  4YOX A;  1QHT A;  2PFU A;  3MXI A;  2D0B A;  2Z1J A;  4HUE A;  3HJF A;  2HF4 A;  1CZB A;  2E2Q A;  3K58 A;  1TKX A;  3RWU A;  1NNE A;  3K9J A;  4LH5 A;  3IMX A;  3CJA A;  4FLU A;  1Q9Y A;  5BRD A;  3CCJ N;  3CCM N;  3EKS A;  1BWF O;  1WSE A;  4LF4 K;  3S9H A;  4B3S K;  3UKU B;  3EE8 A;  1VQK N;  5SWM A;  2YHA A;  4K42 A;  4FWQ A;  3NF7 A;  3MWT A;  4KH4 A;  4HCC A;  4K8Z A;  1ITG A;  4Z4I A;  1QQN A;  3UKR B;  3LPT A;  3DXK B;  4F9O A;  1SL1 A;  2P5G A;  5C2F A;  1UAX A;  4QS8 A;  1JKH A;  4N5S A;  4WFB L;  4H0V B;  1O1W A;  4DLE A;  5H1S Q;  2HVI A;  1ASV A;  3CIP A;  1WAF A;  3KD5 E;  1YI2 N;  4KTQ A;  3SV4 A;  4CZI A;  3KHY A;  3D6R A;  3DI6 A;  4DV4 K;  2IS3 A;  1CLQ A;  4IFV A;  4KTZ A;  3TTC A;  1ZXO A;  3QFP A;  4AHV A;  3QES A;  2XY6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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