1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
3I56N 1VQ8N 1Q86O 1K73O 3G71N 1QVFM 3CC2N 1K9MO 1Q7YO 2ZJRL 3G4SN 5HL7L 1VQPN 4WF9L 5MLCQ 3CCRN 1VQ4N 1N8RO 3CCUN 1Q82O 4IOCL 3CMAN 3CF5L 5GAGP 4IOAL 3CCQN 5GAHP 1VQ5N 2ZJQL 1YHQN 1KC8O 1KQSM 3J7ZO 2QEXN 1VQ9N 1YJ9N 3CCVN 1JJ2M 4WFBL 5GAEP 3CCEN 1QVGM 4WFNL 1VQ6N 2OTLN 5H1SQ 1YJNN 5GADP 3CMEN 4U67L 1S72N 1KD1O 5DM6L 5JVHL 3CXCM 1VQNN 2OTJN 3DLLL 1OVYA 1VQON 3CC4N 1M90O 1VQLN 1YIJN 2ZJPL 1VQMN 1Q81O 3CD6N 5DM7L 1W2BM 2QA4N 1ILYA 3PIPL 1VQ7N 3OW2M 1NJIO 3CCMN 1K8AO 3CCLN 1YITN 1VQKN 1M1KO 4IO9L 4UY8O 1YJWN 4WFAL 1YI2N 5JVGL 3CC7N 3CPWM 3CCJN 3PIOL 4WCEL 3CCSN 3G6EN 3I55N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSIA 3T1YK 3C0BA 3OA9A 1HJOA 5AZIB 1X9SA 4B1UB 1NGCA 4KH5A 4HVJA 2NNWA 3RWUA 2G8FA 2FSKA 2FXUA 3QEVA 3JYTA 4BRQA 3E9PA 3LWLA 2GWJA 3MXMA 5MLCQ 2IGIA 3DRPA 4DF8A 3CM6A 4E7LA 5FPMA 3PO4A 3RMAA 4KO0A 3CCQN 4M41A 3HBTA 1QQCA 4IEIA 3R1XA 3HYFA 4CGJA 4A5BA 5KGWA 3G0ZA 2NRVA 2P9LB 5GAEP 4NCBA 4JK9A 5ELZA 4FYDA 3ZT4A 3OJUA 3RRHA 3WQTA 1IBMK 3O9SA 2HB5A 4RW9A 1V4SA 3OBWA 3EL2A 4DLGA 4GY2B 2JWLA 1OVYA 1RDAA 4CFDA 4YNQA 4BWJA 2FLOA 3N4PA 4FWMA 4QS8A 4CEFA 4PKIA 3V6DA 2D0CA 2WC9A 3OYGA 1VSHA 1HKCA 4FLUA 5AQXA 2KKZA 4NCGA 5J2QA 2F9TA 4CEQA 1NGGA 2OYQA 5A2QO 1TAQA 5BN9A 2A1RA 2BANA 3THWB 3OTOK 4B3SK 4BRKA 1J5EK 4DTUA 4JK7A 1NM1A 5CY4A 3WXLA 4CZFA 4PL8A 4WFAL 3OYAA 3NDKA 3THVA 4LD0A 3QESA 4O0JA 3V1RA 4B08A 2VG6A 3L2QA 1NOYA 1NU0A 4X64K 3PLAA 3TSPA 2G8KA 3ZX0A 1NK8A 3Q7BA 1NKCA 3AO1A 4XH1A 4EAHD 1ZYQA 3K5LA 5BPMA 3H3NO 4JS5A 1U6ZA 1B9FA 2HVIA 4BRPA 1CZ9A 4B9SA 1VSFA 3MK6A 4CJSA 2E2PA 4B3TK 3CJCA 4H0OA 3EKUA 4JYAK 2E6MA 3P83D 4DTXA 3QICA 1JLFA 4C1NI 3RSEB 3NH2A 1YT3A 2KLAA 2D1KA 4CCHA 2RF2A 1NOZA 5CYMA 1UA1A 2E2NA 4K43A 4FZXC 3BP8A 4FOEA 3WXMB 5C42A 2UUAK 4ELVA 3Q7CA 1FXXA 3OYKA 1QVGM 4B8AB 1RTIA 3NF9A 1UA0A 3ZT1A 1WSIA 4YOXA 5EX5A 4OGEA 4CJKA 1L5UA 3O5BA 3P5JA 3DLLL 2O8EA 5M1OA 1VQON 1SKSA 3AVIA 3DLKA 2VWBA 4PWDA 4BE2A 1TGOA 2D0AA 3M5RA 4DSFA 1VQLN 4JI3K 3SV4A 5TKWA 1Z25A 1RDBA 4MO5A 4KH6A 3PX4A 3U9DA 4BRNA 3LP3A 5JS2A 4AHVA 4IJNA 2NRWA 1XWLA 1YVNA 3S41A 4FVUA 2PYJA 2W6LA 3AA3A 3PIPL 3MN6A 4CZMA 3VQ6A 1QQNA 4HHTA 3IFRA 2Z1GA 4ISFA 3VGMA 4FK2A 3WUHA 2QWMA 3R6MA 2HBMA 1UWBA 3QINA 5I42A 1RT2A 1VQKN 4M3RA 4BROA 3I8BA 1KAYA 4ELUA 1BUPA 4DHYA 1LOTB 1NGIA 5LMNK 1OH8A 3KZBA 2GBZA 1JLGA 3KIOA 3FZMA 2G8VA 4KV8A 5GIOA 3KWGA 4C1NK 1JL2A 5AFUA 3A8YA 3RMDA 3TTCA 2VG5A 3NE6A 1SS6A 3WEEA 3ZYYX 3NF6A 1ITGA 3MWPA 4FWOA 2ZE2A 2EHGA 3IMXA 2XRIA 2ZM6K 4BDZA 3E01A 3NMUA 2VQFK 2G8WA 3H3OB 2A3ZA 2HOEA 1WUAA 1FW6A 4MDBA 4F4KA 1UAXA 3MX5A 3CCRN 4BRAA 4HWIA 1RT3A 1HKGA 4O8KA 1BO5O 4CEBA 4LSLA 3QEIA 2PBDA 2Z1HA 1JLAA 3R8EA 3K9KA 1SL2A 4FJKA 4DFMA 1JLBA 4JKGB 1BHLA 3OS2A 3VF4A 3BGRA 3K5OA 2ZJQL 2I7PA 3V1OA 4HTLA 1GLAG 5J1EA 1TKTA 3DAWA 4BGBA 3OS1A 3LDNA 4GKKK 4PUOA 3BY5A 4U67L 4N76A 4WYBA 4K8XA 2J4RA 3I0RA 4CD1A 4O55A 4FJ9A 5EVZA 4J2DA 2VGNA 3VQAA 1Y97A 1RBTA 3ZSOA 4NXNK 4K41A 1QZ5A 2HHXA 4KI6A 4FJGA 1Y64A 4JAXA 1LW0A 4Y0WA 4FJ5A 3L3VA 1BI4B 3IRXA 4CGGA 3CJ7A 1RTDA 3VA3A 5CE3A 3AARA 3HP9A 5AQIA 1ILYA 3TPQA 1ZBSA 4IXCA 4FLZA 3K2PA 3KVGA 5KQDA 3RMCA 3SMPA 1RDDA 3C7NA 1FK9A 1UOCA 4TSXA 2P9NA 3SZ2A 1KLNA 1TL3A 3EEQA 3VGLA 5AQWA 4O8UA 4JRPA 4CBUA 4CFBA 1BQMA 3O9RA 3FZFA 3L0QA 5M1QA 3AO5A 4EHUA 3CJBA 2BDPA 1KLMA 4LY7A 4AF1A 4CJ4A 2YHWA 2YNHA 4BR2A 2R7YA 3T3FA 5AQRA 4RW8A 3H1VX 4QAGA 1IH7A 5AJ3K 3O3HA 3THWA 2Z1JA 1IG8A 3MAQA 2P9IB 5BR9A 2QXLA 1VQ4N 1G15A 3LPUA 2QI2A 5FDLA 2H3GX 4O5BA 5SWMA 5C12A 2W41A 3SAHA 4IOCL 1VSJA 4M3YA 1VQ5N 4B9LA 1XUPO 4OPJA 1ASUA 5KPTA 4DV7K 3HP6A 2P9IA 3B6OA 1DTQA 1C0GA 2ITGA 3HVTA 3THXB 4H5RA 4YHHK 4V19S 4EP4A 4BR5A 1WBBA 4KTWA 4Z4IA 3ZSVA 1C0MA 4I2PA 5AZJA 1YUWA 4ZTFA 1NJYA 2D5RA 1T6DA 1NJWA 4OJRA 3DLEA 4CHYA 4M7XA 4RW7A 2O8BB 3ZSXA 4RW4A 4O4GA 4CEEA 1C0FA 3PX0A 2OA8A 1JXEA 3FFKB 4J8FA 2B5JA 2VG7A 4E7JA 3VEWA 3AVHA 4JKFA 4IFVA 2Q2RA 4A62A 3QEPA 4FWRA 1Q18A 1NK7A 3UE5A 3TAEA 3AA2A 3NH0A 4BE1A 3DYAA 4IJAA 2A1SA 4OKEA 4H03B 2JLEA 3TR8A 3ATVA 3V4IA 4H0XB 1RDUA 4BC3A 4DR5K 1OKJA 2B6AA 4CF1A 1K8KB 4LFAK 4JEPA 2G8IA 3C6UA 3OYJA 4MLHA 2GX9A 1FKOA 2ZGZA 2DPNA 4CEAA 4B9TA 1ZC6A 1OH6A 1T3VA 3NFAA 3MDQA 1NJZA 2YJFA 4BRGA 3QDKA 3LDSA 4ILHA 1Q7YO 2O8FA 1RCHA 1REVA 3LAMA 3L6QA 4XEIA 1N8RO 3ULEA 4FLYA 4FJ8A 4MQ3A 4H0VB 4LF6K 2QWPA 5AQGA 4AHSA 4DSIA 4BC5A 4IOAL 4Q0BA 2KHOA 3DLHA 3BZCA 2HBKA 1TVRA 1NMDA 3HOSA 4OLBA 3L4IA 1A5VA 4FOIA 4ICLA 4NYFA 4NXMK 4ID1A 3WXJA 3CCVN 3ID6A 3TU5A 1RDWX 3WNGA 3V81A 1RT6A 5AQHA 2YNFA 5T7BA 5E26A 4Z0UA 2NZTA 2YHXA 3HL8A 3JS6A 3O8MA 4CJRA 1VQNN 3P38A 2NLXA 3HSCA 2HHHK 2W6KA 1RFQA 3SUQA 3TARA 4CHPA 3PY8A 5JLFA 3QNOA 2P9NB 3J80O 1QSSA 4BC4A 1HMVA 3UIQA 1JCGA 3BUZB 4Z4HA 4OPHA 4KREA 1HNZK 3QBXA 3CD6N 4DTMA 2ZF5O 4KTZA 1BISA 1TAUA 4R5PA 5BPNA 4H4OA 3AO3A 4G9ZA 1HPZA 4H4MA 3M8RA 5J2PA 3ZSQA 1F21A 1SKWA 3H08A 3SQ1A 4B9NA 3O4WA 3LP1A 1K6YA 4Y1CA 4E1NA 3M8PA 3H6EA 3K57A 3VQPA 2VGMA 3GBTA 4HUFA 1U2VA 5AZIA 4W5NA 4BC2A 1BIUA 2HMPA 3M6GA 3FGUA 1HNWK 2P9KA 3AY9A 4QS7A 4WQ5C 1WBDA 4DS4A 3HRGA 4CF9A 3ZETA 3RRGA 1TKXA 3G71N 2IDOA 1IKWA 3GG4A 4FJNA 3KKRA 1TUYA 2YI1A 2YKMA 4AHUA 1S6PA 3AO2A 2CH5A 3GOIA 1Q82O 3VERA 3CF5L 4GVMA 2CGJA 1CZAN 5K14A 2P1JA 3OYMA 1TK5A 3TI0A 4A2AA 4CHOA 1NK4A 2P9KB 2RKIA 2O8DB 1ZXOA 4BR9A 2AJQA 3R3LA 3QIOA 4FJ7A 5CYQA 2W40A 1RBRA 2BH1A 3L3UA 4BRHA 5SZTA 3ZSYA 1BWFO 3LM9A 4QOZB 2X78A 3VQDA 1U47A 2OTLN 3QIPA 3CMEN 2NRTA 1L3SA 1IKVA 4LF7K 3U6FA 1BI4A 4CHNA 3HI0A 1JLEA 1RNHA 4XH5A 1BQNA 5F2RA 4JKCA 4O5FA 1HQEA 3I8DA 3ID8A 4FW1A 4W5RA 4KHYA 4MFBA 4EZ6A 3A5OC 1C1AA 3KK1A 4BRMA 1SKRA 3OYBA 1OH5A 3VOVA 4LF5K 3VA0A 4GVEA 1VQMN 3SLCA 4KHQA 4DR6K 4WE1A 2OPQA 4FW2A 4JI4K 4F9OA 1N34K 1HJRA 3T69A 4A61A 3MN7A 4YDUC 1IKXA 2UXBK 3CCLN 4FLTA 4IDHA 1U4BA 2GEMA 4N41A 4M3UA 1N32K 3ZEUA 4ELTA 4M3XA 4DTSA 4NYNA 4FXDA 1XNRK 1M1KO 4W5OA 4E89A 3KLHA 2A41A 2ETJA 3K5MA 5FLXO 3WNHA 1YJWN 3NHGA 3KWIA 5BN8A 2G8HA 1S1VA 1HNXK 3LP0A 1ESVA 1HLUA 4OPKA 2V7YA 3VETA 3SQ4A 2AA4A 4KHPK 3I56N 2O4IA 2WBNA 3VMFB 1FJGK 2O8CA 1J53A 3E1YA 2BGGA 5JLHA 1Z6RA 3C7NB 2BTFA 1E4GT 4IDKA 3CG7A 3KK7A 3D0PA 3PV8A 5FRMA 2QTDA 3DOLA 3QBWA 1U04A 4DQPA 3LPTA 5BR8K 4AM6A 2QWRA 3DRRA 3K9JA 2HHSA 4OPAA 4IEEA 1QE1A 3S3NA 3U9ZA 4JHDB 3G10A 4B1XB 2P9UB 1U48A 3O3FA 5HRPA 1KC8O 1T44A 4DB3A 3EN9A 1Z05A 3F9MA 3OJSA 3CJ1A 2D0OA 2HHUA 4CW7B 2F4VK 4GMJB 4LFCK 2YKNA 2XY5A 3LM2A 3QFPA 5GADP 2OPPA 3ZX2A 1S72N 2HF3A 3VQBA 1WNSA 4BR7A 4C8MA 3LALA 1ZBLA 3OYHA 2D4WA 3O6WA 2VYPA 3LWMA 4JKGA 3OY9A 3KJVA 4PKGA 3FZKA 4DTJA 2HBLA 1D4XA 3V9ZA 3VQ4A 3J8AA 3BDPA 1V4TA 1TKZA 4L8RB 5KI6A 3O4NA 3OYNA 1SQKA 1SZ2A 2PYLA 3QMLA 1VQ7N 2GV9A 4H0PA 5M1NA 1NJIO 1WSGA 1G99A 4LF8K 4YORA 3OBYA 2YNIA 1OH7A 1YITN 4IZ9A 3WEEB 1MDUB 1Q9XA 4F2SA 1BU6O 1YI2N 3T19A 4JHDA 3JSMA 4B9UA 4X66K 3AVFA 4IKFA 4BR0A 3EYZA 2D0BA 3AVGA 5CR4A 1D9DA 3MXIA 2WOMA 4JLHA 3MEGA 3TAMA 3WXIA 3M8QA 5HLFA 4ZTJA 4YOVA 4AHTA 2QK9A 1U49A 5C25A 2ZJRL 4CJUA 4W5QA 5AFUH 4B3MK 5AQJA 4FJLA 3AVKA 2UYTA 3RSEA 4WQ4C 4K25A 1YXQA 1ASWA 4HCBA 4BDYA 5KRTA 5D3GA 2WONA 4JKAA 2O8BA 2QWOA 3J7ZO 3LZIA 4FM2A 1EX4A 4NLCA 2YNGA 4Q5VA 1RBSA 3HPGA 1TKDA 1NGJA 2IVNA 3UKRB 5IWAK 4OO1J 3UKUB 1WOQA 2RPIA 4YOTA 3WQUA 1WSHA 2DY4A 4ILJA 4DU4A 4QS9A 5JVHL 4M3WA 4BE0A 1RT1A 4B1YB 1X9JA 1BA0A 1VHXA 3CC4N 1VRUA 3ATUA 3KK2A 3T1AA 4B9VA 3B6PA 3HK2A 3TSQA 4NO7A 4CZJA 4AILC 4PL7A 1NNEA 4FJHA 1W2BM 4IBNA 1RGIA 4E7KA 3C6TA 1S1WA 1D5AA 3CM5A 3CFOA 4H5NA 1J6ZA 2GUPA 3EY1A 4J2EA 1DLOA 1LAVA 3NGZA 4K8ZA 4JD2A 4DU3A 3AA4A 1R59O 3VENA 4CF0A 2QKBA 1S6QA 3AGKA 5HRRA 4FVMA 4O0IA 1NLVA 2FBYA 1KCFA 2FBXA 2X74A 5LJVA 2UUCK 3CC7N 3AVJA 2DFFA 4ISEA 4C8NA 4BRDA 3SJJA 1JLCA 4CK2A 3CCSN 3DXKA 5KPRA 3CETA 3NBPA 1SUQA 1BG3A 4FWLA 3B8AX 1RDCA 3RVCA 3PO5A 1BIZA 5LMUK 1E4FT 3W0LA 1NJXA 2XHBA 2KW4A 2WTUA 1QZ6A 1J54A 4CJWA 3SUPA 4CZEA 1RTHA 4N56A 2HNYA 4DTOA 3NF8A 1KFDA 3D2FA 1BCOA 3AA5X 4FLXA 1XHZA 4BY9C 3R9PA 3MECA 2E2OA 4CIEA 2BUPA 3ZETB 2ASMA 5HOOA 4BG8A 2IOCA 4LH4A 5KQ8A 3TWHA 3S3MA 4PA1A 3A5MC 1KAXA 3C95A 4DSJA 3J7YP 2HMIA 4A59A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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