1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
1Q7YO 3CC2N 1N8RO 3PIPL 1VQ4N 3J7ZO 4WCEL 1M90O 3CCEN 5MLCQ 1KC8O 4IOAL 3G4SN 2OTLN 3DLLL 1VQMN 5HL7L 1Q81O 5JVGL 3CC7N 1Q82O 1ILYA 3CCSN 2QA4N 5GAGP 2ZJQL 5DM6L 1VQ6N 5H1SQ 1VQKN 1VQNN 4WF9L 1YJ9N 1W2BM 4UY8O 3CCMN 2QEXN 1M1KO 5DM7L 3I55N 4WFBL 1YI2N 1VQ8N 4IO9L 3CC4N 1K8AO 3CCRN 4U67L 3CMAN 1VQ7N 4WFAL 3CCVN 3OW2M 3CCQN 3CD6N 1OVYA 4WFNL 1YIJN 3CCUN 1K73O 2OTJN 3CXCM 3CF5L 3CCLN 1KQSM 4IOCL 1KD1O 1S72N 1JJ2M 5GAEP 2ZJPL 1K9MO 1VQPN 1YHQN 5JVHL 3CPWM 1VQ5N 1YJNN 3CMEN 3PIOL 1YJWN 1QVGM 1VQ9N 3G6EN 1VQLN 1Q86O 3G71N 1NJIO 5GAHP 1YITN 2ZJRL 3I56N 3CCJN 1VQON 5GADP 1QVFM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B5JA 3VETA 2HVHA 2E1ZA 4X66K 1NK4A 3HVTA 4A5AA 2FBTA 3ZETB 3SJHA 1YF5L 3HPGA 1LOTB 1WSJA 1B92A 3GL1A 3LDLA 5LY3A 2BTFA 2YJEA 1CXUA 4GV3A 5I3UA 1WAFA 3VQ4A 1NGAA 1Q81O 1JLEA 2ASMA 3KHYA 2P9KA 3IDHA 3OTOK 1QE1A 3QEPA 2XY8A 2AP1A 4M3XA 4UY8O 2QWMA 3WXMB 3CCMN 4E89A 5FLXO 2YNFA 4FJGA 4W5QA 4IO8A 2E5LK 5I9EB 4CIEA 3HYFA 3CI5A 1QZ6A 4PA1A 3C7NA 4BROA 4CHZA 3ZEUA 4KI6A 3CM5A 2LSNA 5E26A 4LF9K 1V4TA 3S3MA 4I2QA 1WSFA 3AO3A 4OJRA 3H6EA 4QOZB 3MWPA 1KRPA 1GOCA 4A2BA 4FZYA 3MXIA 3OYEA 1RTHA 1REVA 2R7YA 4JN4A 1IBLK 2Q0RA 1L5UA 1GLDG 2QKKA 4YFUA 4BRLA 3WUHA 1DTQA 3QLHA 4M3YA 1T44A 1BUPA 1YHQN 4BR0A 3PX6A 4LC9B 3WEEB 1UAXA 4H4OA 5FPDA 4B1ZA 4QS7A 2Q36A 4FM2A 2OYQA 1RTJA 3EO3A 4I9LA 5CHIA 2IAJA 5E84A 2X6NA 4DTJA 2PAVA 3AA3A 4MLHA 3QEVA 4DV0K 3BZCA 1X1PA 4JD2A 3AVGA 1UWBA 3CFRA 4DR6K 3J7ZO 3VGLA 3E1YA 3H3OB 3NF8A 2Z1HA 4BC2A 3SLCA 1IV0A 1SQKA 3TSPA 3CJAA 3M5RA 1UOCA 4FLYA 1CZ9A 4HTLA 1XC9A 4BR5A 2A42A 3MCPA 3AA4A 4LF7K 4BR2A 1NKCA 3CCSN 5AZJA 3ZSZA 1YTAA 1HPZA 3THYA 4AHUA 1XNRK 1W0HA 3D2FA 3M6GA 1BIUA 4M3ZA 3L2WA 4JK8A 1VSFA 1HKCA 5J1EA 4CIGA 1C0FA 3ATUA 4IZ9A 2O8EB 4HWIA 5J2NA 2O8CB 2I5JA 4BRIA 3OJUA 1RDUA 4BRCA 4A57A 1RT4A 3CC4N 1NOZA 3EKUA 4U67L 5LJWA 2YHXA 1T6CA 3DRSA 4CERA 4LF5K 4PL7A 1Q9YA 3CM6A 4KHYA 1FJGK 4N41A 4Z4EA 4GV6A 4DV7K 1SS6A 5AQIA 3CCUN 2OZSA 4CGJA 4CJVA 2HF3A 4DV3K 4HUGA 4Y0WA 1HJOA 3CF5L 1N32K 2P5OA 1D8YA 1BQNA 2HOEA 1JJ2M 1EKEA 1XI1A 2V7ZA 4BACA 3O4WA 3QIOA 4RW9A 4GVEA 2WUSA 1SAZA 4CGGA 4FCYA 2F9WA 1HQUA 1YVNA 3MXMA 3HSCA 3AO4A 3TAMA 5AFUA 3CMEN 4EAHD 4MQ3A 4NXNK 4BE0A 3TAFA 3QBWA 4ZTFA 4DQ8A 4IEEA 4FK2A 2A1RA 1BCOA 4AHVA 1TYQA 4BC3A 3PX4A 1F21A 2QWNA 1W9HA 4CEAA 1N8RO 3NBPA 4C8KA 1FK9A 4M7YA 5KGWA 1OH5A 3OS0A 4DTUA 3MXJA 2E88A 2V7YA 3AARA 4B9LA 3QICA 4BRGA 4DTNA 3MAQA 2O8DA 3ZT2A 2KLAA 5TKYA 1JL1A 1KXPA 4JI1K 1D9DA 1ASUA 2E6MA 3QO9A 4BG9A 4LF8K 1RTDA 1C1CA 1S1VA 3HL8A 4Z4CA 1HUXA 4LH4A 3AAQA 2DFFA 3OYJA 3KKRA 1WB9A 1BOTO 4QCLA 2KFZA 2KZMA 4CESA 4NYFA 4CJ4A 2ITMA 4CCHA 1NGCA 1DGKN 1I3AA 2G8FA 4CVNE 3WXJA 2YX6A 2D0PA 3LAMA 1NM1A 4ILHA 4BRPA 3LDQA 4O5BA 4F2RA 1E4GT 1P90A 4B1YB 1E4FT 3HOTA 2FBYA 3MECA 3AGRA 4RW8A 3U3YA 3CD6N 3VEXA 3HVRA 3BGRA 1RBUA 2AJQA 1EWRA 3A5OC 5AQHA 4B08A 3NMUA 4JI0K 3SV3A 3A8YA 3OYLA 3DAWA 3KKSA 1IJJA 3MN5A 1KSPA 1J53A 1WNSA 3G0ZA 1X9MA 3LM2A 4JI5K 3KZBA 4CEDA 3SK3A 3VENA 1H1VA 3ZSVA 3WNEA 1WUAA 2ZM6K 3F2KA 4W5TA 4F3TA 4FJ5A 3L4QA 4E1MA 3QNOA 2PFUA 5KQ8A 3SAGA 3CQYA 3MN6A 1HKBA 4OVLA 3NF7A 1NU0A 2JLEA 4CFDA 4O8KA 1W97L 1RBSA 3O9UA 4C8NA 1B9FA 1WSGA 1Z6RA 1OVQA 1NMDA 1ZBSA 3MWTA 2W41A 4DR1K 1NJZA 4DCHA 3M1FA 3DXMB 3VQQA 1TL1A 2IVNA 3I8DA 4CF9A 1T3VA 4KHUA 4DR2K 1IH7A 3ZX0A 1QTMA 2Q31A 5EXWA 4FLTA 3C7NB 3P39A 1NJYA 4FLVA 1NGJA 3KVGA 1ESVA 5KQDA 4H0OA 2UUBK 2Y1IA 2W6LA 3O8MA 4CF8A 4YOXA 3HI0A 3LAKA 4EHTA 3A5NC 3DLKA 3THXB 3RTVA 3MEGA 2JWLA 3NF9A 3THWB 3ITHA 2OA8A 3PV8A 2ZF5O 3ZT3A 1D4XA 4FVUA 1RDBA 1S3XA 3HM9A 4DU3A 4FWKA 3LP3A 2ZWHA 4N47A 3SJJA 1BO5O 1IKXA 2BUPA 5HRRA 4JNEA 5IT9O 2Z1GA 1K6YA 5M1QA 3M3ZA 4FM1A 3BZKA 1HYVA 5C12A 3F73A 2OZMA 4KBOA 1K8KB 5EU7A 3VA0A 1XUPO 1OVYA 3HZ6A 4DB3A 3J7AP 3O9SA 1K73O 3SAHA 2P5GA 4DTPA 4BREA 1ASWA 3WXKA 1S5JA 1BA1A 2FBXA 1S72N 1U47A 1HJRA 1VK0A 3K5NA 5A2QO 1SKWA 4CJ3A 1RT3A 3P83D 4ICLA 1ZC6A 3N4PA 1B9DA 4FJMA 4IOXA 5ELZA 3CG7A 2X6SA 3O5BA 3V1QA 2ITGA 2FSJA 3DM2A 1VQ9N 3L4IA 1S9GA 3A0IX 4H0PA 1R59O 4BWJA 2P9NB 3OYMA 3L2VA 4E7IA 5KTQA 1LWFA 5HLFA 1ATNA 4IXCA 2YJFA 1IO2A 3SUPA 3DOLA 3E9OA 2FSNA 3VTHA 1VSJA 2AA4A 4CJ5A 3TAPA 1RFQA 2W6KA 2D1KA 4AHTA 1QQCA 4B8AB 3CCEN 1C1AA 1RNHA 1U2VB 3G25A 3TAEA 4IOAL 3CPEA 4CJRA 5HL7L 3AO2A 4E19A 4KKOA 2EX3A 4IEIA 4FWQA 4E1JA 5BRFA 1T03A 3L0QA 2QXLA 3KD1E 3CJ7A 2QW9A 5C2DA 4DS4A 3K57A 1HYSA 4MDBA 1NK8A 4FJKA 4CD3A 4FJLA 1L3VA 3D2EA 3TANA 1J6ZA 3SPZA 1NNEA 5AQTA 1U04A 4KH4A 2HHVA 2YKMA 3OA9A 5M1OA 4IKFA 4NB4A 3D45A 4JKCA 4DTRA 3CCRN 4DF4A 5F1XA 4WQ4C 4H0TB 1VSKA 1KFSA 3TI0A 4JHDA 1BA0A 2O4IA 2Z1JA 4E7HA 2HF4A 4BRNA 4B1VA 1JCGA 4B9UA 4BC5A 3FR0A 1ITGA 2HVIA 1TAUA 3TR8A 4QS8A 3V4IA 1KD1O 2P9PA 3VEOA 2ASOA 5GAEP 1HLUA 4CIFA 1U49A 3VF4A 3JS6A 3ZX2A 4R79A 2QM1A 4DQSA 4DV1K 1G99A 1MWKA 2O8BA 4CJWA 2ZQBA 5AQNA 4JI3K 1T8EA 2D4WA 2O8DB 3ULDA 3HK2A 3EY1A 1NJWA 1RCHA 1VSLA 4OKJA 3NVKA 3DYAA 5AQXA 4IWVA 4N5SA 4DFPA 4FLWA 1HRHA 2W40A 2I7NA 3RR7A 3H46O 5K14A 2UXCK 3K9JA 3O6WA 4OKEA 1M90O 3VPZA 2Q3SA 3VEVA 3U8XA 5JICA 3SUQA 3DLLL 2HB5A 3VERA 3M8SA 2NRVA 1KAYA 3CC7N 4DV2K 3PO5A 4YNQA 1S1UA 3B8AX 2ZJQL 1VQ6N 4LSLA 4OLBA 4BVPA 5GIOA 2XY6A 1MWMA 2P51A 1C0MA 5AQGA 3MCAB 2NUBA 5F2RA 3ZSWA 4LFBK 2KW4A 1M1KO 2P9LB 3OBWA 4CGDA 5M1FA 3OYAA 4CJTA 1GLBG 1VQ8N 1T6DA 3ISNC 4JKDA 1Z25A 1W7AA 3KK1A 4FW2A 5BREA 3SCXA 1ASVA 3KLFA 4DLGA 4WFAL 2P9UB 3BY5A 3FLCO 1U6ZA 3T3FA 5CYMA 3VQCA 4CK1A 2DY4A 4KTZA 1XNQK 1RTIA 1NGGA 4JI2K 3AVAA 3SMSA 5J2QA 5KRTA 4B9SA 1J9AA 2JWKA 3C6TA 5AQFA 1Z26A 3HP6A 1BIZA 4ID1A 3TAQA 4KO0A 4K43A 4EHUA 3NH2A 3WQTA 3AO5A 3NCIA 1DLOA 1JLBA 2DFHA 4CJKA 3NE6A 5JVHL 2ETJA 3VMFB 5DMRA 1TUYA 1YJWN 4JKGB 4O0IA 2P9IB 4DLEA 1IG9A 2O8FA 5AQQA 1JKHA 3G71N 3MEEA 4ZTJA 1NJIO 4OGCA 4M3RA 1KCFA 1IBMK 3DLHA 2HHSA 2HBJA 4JKHA 4WQ5A 5BR9A 1SKSA 1N5YA 1HNWK 4G1QA 3HP9A 3ZSXA 3R8EA 5FPNA 4BE2A 4MLEA 2YNHA 4BRKA 4PKGA 5AQMA 5BN9A 1NK7A 3VF6A 2E8AA 1HMVA 3OS2A 4KPYA 4JI7K 3G4SN 3HBTA 4CZEA 4FK0A 4E7LA 3O08A 4FWOA 3VQDA 3E66A 1SUQA 3PSFA 3PX0A 3UB5A 3B6OA 2EWSA 4KB1A 2YI1A 1VQNN 3V1RA 2E4LA 3PLAA 3NFAA 3QFUA 3RRHA 4UQGA 3C65A 4H0YB 1RDAA 3AVJA 1GLFO 3NAEA 3ZSOA 1TKDA 1VRTA 4Q5VA 3PO4A 4IJNA 1QSYA 1YI2N 4IBNA 4IDHA 3MDQA 2D0AA 3SUNA 4IO9L 1TAQA 3IAYA 1C1BA 4FM0A 3TABA 1NWKA 1JL2A 1KAZA 2HMIA 2HBKA 1S1TA 2HHWA 1P8ZA 3LALA 2FC0A 3WXLA 4LH5A 3V9WA 2YHWA 1IKVA 3A5LC 4DV5K 3QDKA 4C1NI 1EXQA 1LW0A 2YCHA 3CERA 3H45C 4FWRA 5ADXA 5JS2A 4J2AA 2ZJPL 3VQ8A 5FRMA 2RE2A 4FJ8A 3QETA 1GOBA 4H8KA 1FKOA 1G15A 3TSUA 3J81O 4DU4A 4F2SA 4LF4K 2NRHA 3ZSQA 3OYFA 1ZBIA 4BR7A 4YORA 2VGMA 1YJNN 1TK0A 3RSEA 2XRIA 4NLCA 5TKWA 3LP2A 1JXBA 1Q86O 3GG4A 5GAHP 4B9VA 4KFBA 4FJXA 1JLFA 5DK5A 3HT3A 3UKUA 4KRFA 4OPAA 3BEXA 2YHYA 3FZLA 3NGYA 5JMVA 3OY9A 4CGIA 3LZJA 5AQJA 3VQ5A 2P1JA 4YOWA 2BH1A 1NLVA 4OGEA 4BE1A 4FJIA 5AZIA 1SL0A 1LWEA 3ZT1A 4DQIA 1WLJA 4CF1A 3NF6A 1ILYA 5M1PA 1Y64A 1IKYA 2NRRA 3IMXA 4Z4HA 4LD0A 5GAGP 1C0UA 2F9TA 2KZZA 3DLRA 1U48A 1W2BM 3WT0A 3B6PA 3ENOA 1XQSC 3DXKB 3KWGA 4C8MA 2QEXN 2P9SA 5CYQA 4NCAA 3VQ9A 1MU2A 1MDUB 3VA3A 4ILGB 3V81A 3CQXA 3M8QA 4PY5A 4KV8A 1S6PA 5BPMA 3AO1A 4RW6A 5AQZA 1QQMA 3E9PA 3TTDA 4DTXA 4DS5A 3QBXA 1VQ7N 3I0RA 1VAZA 3THVA 1NK0A 2Q2RA 5KRSA 3K9KA 1S1WA 3IS9A 3K5LA 2HHXA 3HSTB 5LMNK 4RW4A 4CJQA 2VG7A 4Y1CA 2O8BB 2FBVA 4CJLA 2OTJN 3TWHA 4HHTA 2ASPA 3SV4A 4DMNA 3CCLN 4LF6K 4JYAK 2BGGA 4M45A 3MMVA 2XY5A 1WSHA 2WTUA 1LAWA 2BDPA 4RW7A 2D0BA 1TKTA 2VGNA 4FZXC 1XC3A 5C24A 3GDQA 3O4QA 3BF3A 3V9ZA 4DSEA 1LCUA 1UA1A 3QEXA 4A2AA 1KTQA 4RCHA 4FZZA 1WAJA 1BDGA 1XMOK 2WBNA 3AY9A 1X3MA 2VG5A 4Z4FA 2X78A 3H08A 1GLJO 3Q7BA 3UKRB 3C0BA 4DSFA 1ZBLA 1Y97A 5I42A 3ENBA 3EE9A 4KH5A 2IC3A 1EQYA 2D5RA 3P31A 4CZGA 2YV0X 2A5XA 1VHXA 2GUIA 4IFVA 5EX5A 1OH7A 1Q8IA 3SAFA 2FLOA 1HR0K 4DTMA 1QSLA 3RR8A 4DQPA 3SQ4A 3KTQA 5KPRA 1BGXT 5LMUK 3C6HA 3DWLA 5AQPA 5C25A 4CK3A 2WOMA 4GY2B 4DQRA 1Q82O 4FOIA 3R6MA 2QA4N 5EOYA 4FJNA 3SMPA 2P9KB 4Z94A 1VQKN 1YTUA 3O80A 4CZMA 4E3SA 4Z4GA 4K0KK 3VOVA 1NJXA 4JI6K 3VQ6A 4BG8A 3V1OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q7Y O;  3CC2 N;  1N8R O;  3PIP L;  1VQ4 N;  3J7Z O;  4WCE L;  1M90 O;  3CCE N;  5MLC Q;  1KC8 O;  4IOA L;  3G4S N;  2OTL N;  3DLL L;  1VQM N;  5HL7 L;  1Q81 O;  5JVG L;  3CC7 N;  1Q82 O;  1ILY A;  3CCS N;  2QA4 N;  5GAG P;  2ZJQ L;  5DM6 L;  1VQ6 N;  5H1S Q;  1VQK N;  1VQN N;  4WF9 L;  1YJ9 N;  1W2B M;  4UY8 O;  3CCM N;  2QEX N;  1M1K O;  5DM7 L;  3I55 N;  4WFB L;  1YI2 N;  1VQ8 N;  4IO9 L;  3CC4 N;  1K8A O;  3CCR N;  4U67 L;  3CMA N;  1VQ7 N;  4WFA L;  3CCV N;  3OW2 M;  3CCQ N;  3CD6 N;  1OVY A;  4WFN L;  1YIJ N;  3CCU N;  1K73 O;  2OTJ N;  3CXC M;  3CF5 L;  3CCL N;  1KQS M;  4IOC L;  1KD1 O;  1S72 N;  1JJ2 M;  5GAE P;  2ZJP L;  1K9M O;  1VQP N;  1YHQ N;  5JVH L;  3CPW M;  1VQ5 N;  1YJN N;  3CME N;  3PIO L;  1YJW N;  1QVG M;  1VQ9 N;  3G6E N;  1VQL N;  1Q86 O;  3G71 N;  1NJI O;  5GAH P;  1YIT N;  2ZJR L;  3I56 N;  3CCJ N;  1VQO N;  5GAD P;  1QVF M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B5J A;  3VET A;  2HVH A;  2E1Z A;  4X66 K;  1NK4 A;  3HVT A;  4A5A A;  2FBT A;  3ZET B;  3SJH A;  1YF5 L;  3HPG A;  1LOT B;  1WSJ A;  1B92 A;  3GL1 A;  3LDL A;  5LY3 A;  2BTF A;  2YJE A;  1CXU A;  4GV3 A;  5I3U A;  1WAF A;  3VQ4 A;  1NGA A;  1Q81 O;  1JLE A;  2ASM A;  3KHY A;  2P9K A;  3IDH A;  3OTO K;  1QE1 A;  3QEP A;  2XY8 A;  2AP1 A;  4M3X A;  4UY8 O;  2QWM A;  3WXM B;  3CCM N;  4E89 A;  5FLX O;  2YNF A;  4FJG A;  4W5Q A;  4IO8 A;  2E5L K;  5I9E B;  4CIE A;  3HYF A;  3CI5 A;  1QZ6 A;  4PA1 A;  3C7N A;  4BRO A;  4CHZ A;  3ZEU A;  4KI6 A;  3CM5 A;  2LSN A;  5E26 A;  4LF9 K;  1V4T A;  3S3M A;  4I2Q A;  1WSF A;  3AO3 A;  4OJR A;  3H6E A;  4QOZ B;  3MWP A;  1KRP A;  1GOC A;  4A2B A;  4FZY A;  3MXI A;  3OYE A;  1RTH A;  1REV A;  2R7Y A;  4JN4 A;  1IBL K;  2Q0R A;  1L5U A;  1GLD G;  2QKK A;  4YFU A;  4BRL A;  3WUH A;  1DTQ A;  3QLH A;  4M3Y A;  1T44 A;  1BUP A;  1YHQ N;  4BR0 A;  3PX6 A;  4LC9 B;  3WEE B;  1UAX A;  4H4O A;  5FPD A;  4B1Z A;  4QS7 A;  2Q36 A;  4FM2 A;  2OYQ A;  1RTJ A;  3EO3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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