1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
3DLLL 5HL7L 1K73O 1W2BM 1N8RO 1QVFM 3CCMN 3CC2N 4UY8O 1VQKN 1VQ6N 3CCSN 5MLCQ 1M1KO 1VQ5N 1YIJN 3CF5L 1YJWN 5GAHP 4U67L 1ILYA 1K9MO 3CCJN 1Q7YO 3I56N 3PIPL 3CC7N 1YJNN 5DM6L 1OVYA 3CCLN 3CCRN 1KC8O 3G6EN 4WFBL 2OTLN 3G71N 1S72N 4WFNL 5DM7L 3CXCM 3CPWM 3I55N 4IO9L 1KQSM 1NJIO 3CD6N 5H1SQ 1VQON 4IOAL 2OTJN 3PIOL 1YITN 3CCEN 1VQMN 5JVHL 3CMAN 1Q86O 3CCVN 1Q82O 4WCEL 5GAEP 1VQLN 1VQ9N 3J7ZO 5GAGP 4IOCL 1YI2N 3OW2M 2ZJPL 1QVGM 3G4SN 2ZJRL 1VQ8N 3CCQN 2ZJQL 1VQPN 4WFAL 2QEXN 2QA4N 1K8AO 1KD1O 1M90O 4WF9L 1YJ9N 5JVGL 3CMEN 1VQNN 1YHQN 5GADP 1Q81O 3CC4N 1JJ2M 1VQ7N 1VQ4N 3CCUN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9UA 3Q7CA 1D4XA 4BR9A 2GV9A 4UY8O 3NF6A 4OGEA 4CGFA 4YOVA 3K5NA 3ZSOA 4CBXA 4FK2A 3DLEA 3EZ5A 3RSEB 1WN7A 3U9DA 3HPOA 4KHUA 3LP0A 3NVMA 2E1YA 4JHDA 4JS4A 2JGUA 3M5RA 3TANA 2G8IA 5KQDA 4OGCA 3AVHA 2GBZA 4HUFA 3DM2A 4KH5A 4BGBA 3PX6A 1JL1A 4FVUA 4FWPA 4FM0A 3BZCA 3U3GA 5AFUH 4ILHA 3V6DA 1GLJO 3P83D 1RFQA 4IJAA 3TAFA 1S5JA 2G8KA 2H3GX 1KRPA 1LW2A 2DFHA 1VQMN 2P9NA 4HWIA 2P9SA 1U49A 2WFBA 3FZKA 4GV3A 4HTUA 3C7NB 3HI0A 1IG9A 3ZSRA 3FLCO 3SLCA 4DTXA 1FKOA 4O8UA 4W5OA 2HHWA 2FXUA 4DQSA 4OO1J 3JXUA 3NBPA 4PUOA 4CBUA 2KTQA 5TKWA 4CEAA 3HVRA 5AR0A 3K57A 4IOXA 2ZJPL 3CM5A 3FZMA 3R8EA 1IKVA 3SJJA 3ULEA 1SV5A 1QVGM 1QQNA 1C0GA 2HHHK 3LANA 3NCIA 4FZZA 4BR2A 4NXMK 1OH7A 1KD1O 1NJYA 3HTVA 4OKKA 2PY5A 1YJ9N 3D2EA 3VMFB 1BCMA 3UIQA 1JJ2M 3CETA 4I2QA 3V9XA 2P9SB 4FJHA 1JLBA 3D6RA 1Q8IA 3C6AA 3ZSZA 3AA4A 5HL7L 1YXQA 4M3TA 1ESVA 4X62K 4JKBA 1HR0K 3VA3A 4CGIA 4E19A 1NJWA 2HHQA 1CZBA 1SKSA 3CJCA 4U67L 3V81A 2FSNA 3R1XA 2VGMA 4GW6A 3RR7A 3AARA 1HJOA 4YFUA 1K6YA 1DTTA 3HXMA 4Q0BA 2NRRA 3A5NC 3QNOA 3KIOA 3THYA 1JKHA 4ILGB 3RVCA 2P5GA 4M7XA 1RTDA 3PO4A 3QO9A 3GE1A 4J2EA 1KC8O 3ZLJA 1VAZA 2UXBK 1QHTA 3JS6A 1NGGA 3RRGA 3QFPA 2I7PA 5DM7L 4M7YA 1IG8A 4BDPA 2A1RA 2RHKA 4EZ6A 1VK0A 3CCEN 2VQFK 4WQ5C 4IG3A 4CJTA 3V1QA 4FJMA 1G15A 4BDYA 4CZIA 4JKCA 4CD1A 4CJVA 2O8CA 4B3OA 3O5BA 4DR3K 1O13A 3ZSYA 3PLAA 1HPZA 3TPQA 4DV4K 4BC2A 3QICA 1VQ9N 3CM6A 5KI6A 2KLAA 4DR6K 5GAGP 3EL2A 1XHZA 4NCAA 2P9KA 4JV5K 3S9HA 5IT9O 3A8YA 3GBTA 2BTFA 4J2BA 1YT3A 3ALYA 3GG4A 3O4QA 4NYFA 5HLFA 3JAMO 3HOSA 3OYHA 2HHTA 3RMBA 1VQPN 3QEIA 3LDPA 1U45A 2W40A 3EKUA 1NK7A 3H08A 1QQMA 4F9OA 1RT2A 4IO8A 1ZBIA 1GLDG 4HVJA 4YOTA 2KZZA 4CGDA 1GLLO 1BA1A 4DV2K 2UUBK 1BO5O 1VQ7N 4B9QA 1L3VA 3DYAA 2VG5A 1U2VA 1BQMA 3VENA 4AM6A 5C42A 5CYMA 1WAJA 2NRTA 3H45C 4CJ7A 2JWLA 3VQPA 1YIJN 4Y1CA 3RSEA 2HBLA 1VRTA 3AVCA 1J53A 1SL0A 2V7ZA 1BL3A 3SQ2A 4DTSA 4YOXA 5CZ1A 2CGKA 3SV3A 1TK0A 3LAMA 2IC3A 4M63C 4KTWA 2QWRA 1ASVA 4DQRA 3CC7N 1V4SA 1YJNN 1L3SA 3NF7A 5AQGA 3TAMA 4DFKA 2DFEA 4BC4A 3DOKA 3HSTB 4CESA 3O9QA 4DV3K 3D2FA 4DMNA 4K0KK 3NE6A 4IFEA 3DLGA 4IO9L 4RW8A 1GOCA 1R59O 1NGEA 4KHSA 4B8AB 4DTMA 1VQON 3MCAB 1YITN 4DTPA 1CXQA 5AQZA 1JLQA 1H1VA 3VA0A 2FSKA 4FYDA 4E0DA 3ATVA 3OA9A 4B1UB 1UA1A 3LDLA 4ZTFA 1NBWA 2HBJA 4FO0A 3KLEA 3LDNA 4IOCL 4DV7K 3SAHA 4LFAK 3M8QA 3J7AP 2OZSA 2YNFA 5KPTA 2X6SA 4WYBA 1GLEG 3EN9A 3TABA 2V52B 1NKCA 1EQYA 4KV8A 3K9KA 4WFAL 1NU0A 1M90O 3M3ZA 1HKCA 4JI4K 4Z94A 1WSFA 3LPUA 3OBWA 1X9WA 1TL3A 1EETA 2HF3A 4BRLA 1UWBA 2G8WA 2GELA 2VQEK 2O8DA 2O4IA 2ASPA 1W7AA 4GV9A 1C6VA 1TUYA 3DLRA 4DU1A 1KFSA 2RKIA 1DEJA 2VWKA 5CY4A 3NH2A 5AQYA 4DR5K 2XO7A 3DWLA 3M8SA 4QS7A 4CZKA 4DUYK 4CGJA 4DTOA 1TAUA 2O8CB 3VQ4A 3V9SA 3C0BA 2OYQA 4O55A 3MK6A 5IWAK 4FWKA 3O80A 2E6MA 4LH5A 2Q31A 1D9DA 4CIEA 4RTFD 3L8BA 2QM1A 4HUGA 4BREA 3H3OB 4Z4FA 3K5MA 2DY4A 1T3VA 1TK5A 1OVQA 3J7YP 1E3MA 3QMLA 4MQ3A 3RRHA 1D9FA 1JLAA 4B9UA 4KB1A 3FGUA 5M1KA 3I8DA 1Y97A 4L8RB 1KAYA 1RTHA 3LALA 4FJ8A 2O8EA 1TK8A 2YNHA 3A5LC 4K42A 1IV0A 3K59A 1OH6A 3LWLA 4IXCA 2O8EB 4RWTA 5AZJB 5H1SQ 3OTOK 3HM9A 3JYTA 3PIOL 4DQPA 3WEEB 3AO3A 4LF6K 3HPHA 4DF4A 4BE1A 1MA9B 4B1VA 4CZLA 4LSLA 4PQUA 4AHRA 4KH6A 2ZE2A 1HLUA 4XH4A 1ZBSA 1S1VA 4EP5A 2ZF5O 2Y1JA 1TV6A 2XY5A 1GLBG 1Z25A 1KSPA 1A5WA 3DRRA 5E26A 2W42A 4FJ9A 2F4VK 3J7ZO 3EZWA 4LFCK 1QS4A 1RT3A 3D45A 2WC9A 4BR0A 2NRXA 2NRVA 3KZBA 1LV5A 4BRHA 5AQFA 3M6GA 4FSVA 3UB5A 2YNIA 3H3NO 4X65K 4DR1K 3P31A 4GVEA 4J8FA 4CZMA 4WQ5A 1NKEA 3AVKA 1SL1A 4DFJA 4M3UA 4BG9A 4BRGA 1KAXA 3F2KA 2RF2A 2ETJA 2WONA 2HVIA 1JCFA 1EXQA 4JS5A 4A2AA 4CJFA 4N56A 2BE2A 5M1PA 4OPKA 1K73O 5HROA 4B9NA 1XNQK 2P9PA 3T3FA 1QE1A 2D4WA 4JK9A 1SUQA 4K8XA 4CZEA 4FJ7A 1C0TA 3ENHA 2NRHA 4DTUA 1K8KB 3P5JA 1MWKA 4KHNA 3PX4A 1K9MO 1KXPA 4JAXA 2BUPA 4O0JA 1O1WA 2O8BA 2JWKA 4H5TA 4RW7A 3PIPL 1GLCG 4HHTA 3TAPA 3WQUA 1KVAA 1DLOA 3O9SA 4C8LA 4K43A 3H6EA 1SKWA 5FRMA 5BR8K 4OPJA 1S72N 1S6QA 4FJIA 1TL1A 3TAGA 1I3AA 2YHXA 3MN6A 3RMDA 3ULEB 1G99A 1OKJA 1KQSM 3UKUA 1CZAN 2OTJN 3S3MA 5C25A 4H8KA 1RTIA 1NGBA 4JKHA 4W5NA 4FXDA 3HPGA 5JVHL 2YKMA 3HYFA 1YF5L 4ISEA 1C0UA 1P8ZA 5CR4A 4NXNK 4TSXA 2QTDA 3ZEUA 5GIOA 5C0YA 4B1XB 2GWJA 2IVNA 1S1XA 2OPPA 3WNEA 3AO2A 3NGYA 3QETA 1XMOK 3KD1E 4CHOA 3VTIA 4FM1A 2D5RA 3WNFA 1NGIA 2HNZA 4M41A 5I9EB 3K9JA 3AGKA 4DQIA 2HBMA 5AQTA 1YHQN 1LCUA 1N6QA 4HCBA 3SMSA 5D3GA 3KLFA 2P9NB 4YDUC 1Z05A 3QEPA 3TTCA 3AAPA 1X3NA 2BANA 2Q2RA 4CJLA 2P9IA 3LDQA 4IDKA 4DR7K 1ZYQA 1RT1A 1QSYA 2X78A 1N8RO 1NGDA 3QIPA 4H0PA 4JKEA 3OBYA 5MLCQ 5J2PA 4CI6A 3KWIA 2VWJA 4E7HA 4EZ9A 4JKFA 2Z1GA 3O3FA 4E1JA 1QQOA 1RCHA 2YI1A 4CERA 2PYJA 4A2BA 3TSUA 4CHZA 4BRPA 4IEIA 2QW9A 2X74A 3CHWA 3R9PA 4CEZA 3K0SA 1LW0A 1VSJA 4H0YB 4JK8A 4C23A 3L2UA 4O5FA 5DM6L 4DSJA 5EU7A 2KZMA 3H46O 1NK8A 1XC9A 3SPYA 2P9LB 3WXJA 3MN9A 4WFNL 5BRDA 3P38A 3QEXA 3THXB 4RW6A 1FXXA 3NFAA 5FPNA 5JMVA 3RR8A 4JEPA 3N4PA 4O44A 2EHGA 3L3VA 4C8KA 4K25A 3HSCA 1T8EA 4FWNA 1RT6A 3LPTA 1RBUA 4HTLA 3EO3A 3CCVN 3THVA 4JI2K 4CJPA 1FK9A 1NMDA 4AILC 4MO4A 1HQUA 3A5OC 3SPZA 1YVUA 1BI4A 3SI6A 2KKZA 1NGHA 2DPNA 1Q9XA 4M3XA 4DR2K 3V9ZA 3WXLA 2UXCK 4XEIA 1RILA 2F9TA 5K14A 2HMPA 4DU3A 4BQZA 5GINA 3DMJA 5T7BA 3LM2A 4BG8A 4YOWA 2Q3SA 3F9MA 4I6MB 2P9KB 4CJ5A 3D0PA 4KH4A 3SJHA 4BWMA 3ZETA 1FW6A 4C8OA 4UQGA 1Q81O 3K2PA 4DS4A 3F9KA 5AJ3K 3CC4N 1Q9YA 4CHNA 3B8AX 2FF6A 1EX4A 4EFHA 4CFBA 3IDHA 2A5XA 4X64K 5CYQA 2BH1A 2VG7A 1GOAA 1NK5A 4FLWA 5BRFA 4DUZK 3ZX2A 3IKMA 1VQ6N 4FWQA 1LOTB 3RMAA 1IKYA 4CCHA 1BCOA 3VQ7A 3Q7BA 4M42A 1RDWX 1TAQA 3C94A 5LJWA 3C6TA 3K5OA 1S9EA 3ID6A 4JKGB 4N47A 1WBBA 4FM2A 4B3MK 3CJ7A 3MN7A 5AQHA 4MDBA 3CQYA 2OCEA 3FZLA 3DLBA 4M3WA 3THYB 2HOEA 4C8MA 2GTDA 4IEEA 3OYAA 4B3SK 3QIOA 4FWSA 4QOZB 4C1NI 4A62A 4BQLA 3CI5A 3CXCM 3SYZA 5FPMA 4CJ3A 1NWKA 2WUSA 5DMRA 4MO5A 3OYNA 3OYKA 4JRQA 2YHYA 1RTJA 4N5SA 2WOMA 2GX9A 1HJRA 3VQQA 4GKJK 5AQOA 1RDAA 2E2NA 1S1TA 3KLGA 4FCYA 1DKGD 5J1EA 1HNZK 4DV0K 2P9UA 2VG6A 1KVCA 1SAZA 2IAJA 3O08A 2NNWA 2P1JA 2GUIA 1Q86O 1J54A 3MAQA 3CG7A 1NJXA 1Q82O 1GLAG 4FLYA 1HNIA 4ELVA 5BN9A 3HZ6A 5M1QA 4BVOA 4LH4A 3ZT3A 3UKUB 1SKRA 4B08A 1SQKA 2XY8A 3VGMA 5BR9A 2UYTA 4YY3K 3SK3A 3F5TA 3TWHA 1T7PA 3WXIA 2HHSA 5AZIB 5J2NA 1TUUA 5BPLA 2HBKA 2QKKA 3J80O 4O5BA 1UA0A 4B9LA 4IJNA 1KCFA 4DB3A 3L4IA 2YV0X 3TI0A 1VSDA 4J2DA 1ATRA 4BE2A 3CCMN 2D0BA 2A42A 3E01A 4U7BA 5KPZA 3WT0A 3CF5L 3KLIA 1X9JA 2XRIA 2B5JA 4KHWA 3MMVA 1ILYA 5FPEA 1E4FT 3U4LA 3O9TA 1Q7YO 4B9MA 2PFUA 5CZ2A 3NMUA 1YUWA 4OKEA 1A5XA 3O9RA 4MDAA 4PL8A 4XH5A 4WFBL 5AFUA 1WAFA 4JI7K 3HM8A 4C8NA 2IOCA 4H5RA 4DKWA 1VSKA 3E9OA 4CZGA 3VGKA 2JLEA 3H1QA 4QS8A 3T1YK 2P51A 4BR4A 4CEQA 4QCLA 3LDSA 3L3UA 1NOZA 4AHUA 3KKSA 3DXMB 3CMAN 1TKZA 2V7YA 2F8TA 3ZT1A 2Q1NA 2IDOA 2QXLA 3CYMA 3EKSA 3L2WA 1IBLK 2IIRA 3E1YA 2FBXA 4BRQA 3SUQA 5I3UA 1VQLN 3PUFA 4JI8K 3TAQA 3KK3A 5KRTA 1B9DA 3EE8A 4JKGA 3C65A 4Z4HA 2OANA 1EWRA 2FLOA 2BDPA 1TYQA 5HRNA 3WNGA 1W97L 2E20A 3CQ8A 2G8HA 1J5OA 2RE2A 4IG0A 4CF0A 2X6NA 4DHYA 1JLEA 3CCQN 2AJQA 1EP4A 3ENBA 3OJSA 3KJVA 5TKYA 5AQIA 3CMEN 4AM7A 4RW4A 5GADP 4H5VA 3EYZA 4DV6K 1RDBA 1NGFA 2I5JA 3J81O 3MXMA 2YJEA 3DXMA 1UAXA 3KWGA 5EX5A 4BACA 1VQ4N 1DT9A 5JS2A 2O8FA 1XUPO 3NAEA 3SQ4A 5C12A 4CGGA 3NF8A 4NLBA 3AVNA 3IMXA 3VTHA 4A5BA 2CH5A 1IH7A 4F3TA 1RBSA 2ZGZA 4KTQA 4B3RK 2O8BB 3MX5A 4FWLA 2QWNA 1NGCA 1BI4B 4FJ5A 3CCJN 3CFOA 1X9MA 1NJZA 4B1YB 4WQ4A 1W0HA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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