1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
1S72N 4U67L 1OVYA 1KQSM 4IOCL 5HL7L 5GADP 1N8RO 1QVFM 1Q86O 1W2BM 1M90O 5GAEP 3PIPL 1K9MO 1YITN 3CCEN 2ZJQL 2QA4N 5DM6L 3G71N 1VQMN 1Q7YO 5JVHL 5MLCQ 3CC7N 1YHQN 3CXCM 1VQON 3J7ZO 1QVGM 3CMEN 1VQ8N 3PIOL 4WFAL 2OTJN 1KC8O 5JVGL 1JJ2M 3CMAN 2ZJRL 3CCQN 1Q81O 3DLLL 1Q82O 4WFBL 3CF5L 1VQ9N 3CC4N 1K8AO 3CD6N 1KD1O 3CPWM 3I56N 1YIJN 1VQKN 1VQLN 2OTLN 2QEXN 1ILYA 5DM7L 3CCSN 4WCEL 1NJIO 5GAHP 3OW2M 1YI2N 3CCUN 2ZJPL 4UY8O 5GAGP 1VQNN 3CCRN 1YJWN 3CCMN 1VQ7N 1YJNN 4WFNL 4IO9L 1VQ5N 1M1KO 3CCJN 1VQ6N 3CCLN 5H1SQ 3G6EN 1VQ4N 1YJ9N 1VQPN 3I55N 3G4SN 3CC2N 4WF9L 3CCVN 1K73O 4IOAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8KA 2CH6A 1REVA 4B1UB 1BA0A 3SBTA 1QSSA 4ILHA 4CZIA 2QWOA 3N4PA 3VESA 4FZXC 3ZYYX 4YOYA 1E4FT 3PSIA 3AVKA 2YJFA 3KLGA 3HP6A 3PIPL 3ZCMA 3ZSRA 1YITN 3LWMA 3C0BA 1TKZA 1HNZK 3T69A 3T1AA 3SAFA 4MLHA 2IDOA 4MFBA 2CGJA 5HLFA 3HPGA 1IJJA 4BE2A 5AQZA 5AQHA 1S1WA 1BUPA 1VSIA 1ZBFA 1YAGA 3W3DA 5M1FA 3R8EA 2YI1A 4EP4A 2F7TA 3NDKA 3P83D 4O0JA 4IG3A 4BRIA 3OTOK 3MK6A 2O8EB 4KHUA 3ENOA 2VGNA 3QIOA 1H1VA 1Q81O 4PY5A 1VSLA 3WXJA 3NE6A 1XI1A 3KK2A 1K8KA 2Q31A 2HHSA 3FZKA 5FROA 1SKWA 3Q7BA 4X64K 4JKAA 4JK8A 4FLWA 1ZYQA 1EX4A 4G1QA 4CF1A 4GW6A 4BRAA 1LCUA 5AZJA 1D9FA 4FL9A 3OYNA 4ID5A 2OANA 1EO1A 1JKHA 1ILYA 5BPLA 5M1KA 4FJXA 4KH5A 5AQKA 4KHNA 3QBXA 1VSHA 1IBKK 4FJLA 1OKJA 3C6UA 5AQJA 3T1YK 1RBUA 3I8DA 2Q0RA 2HHTA 3V4IA 3WQUA 5C10A 3VQ4A 1X3MA 3O3GA 2QM1A 1TVRA 4JEPA 4BQZA 3HXMA 1HX1A 4CJ4A 3AY9A 1O1WA 3ENHA 4DV5K 4DFPA 4BC2A 3CHWA 4DS4A 4M3YA 2B6AA 1OVYA 5F2RA 3SK3A 2CGKA 4HVJA 1BI4B 3K5LA 3EN9A 3CJ1A 1VRUA 1YVUA 3TR8A 2VQFK 1W7AA 5AQXA 4CGDA 4E1MA 2D0AA 5B8HA 2UXBK 2ZWHA 2AJQA 1RT5A 4CW7B 1EQYA 5DM6L 3PX4A 3ZSQA 4RG8A 3NVKA 1NK4A 2DFHA 2VCPA 2X6NA 2H3GX 5ELZA 3THWA 2O8DA 2YKMA 1QVGM 1IKVA 1LWCA 4MDAA 4RW8A 4DFJA 3BUZB 3BF1A 4B8AB 2GUIA 3J8AA 5FRMA 1J54A 1C1AA 1BG3A 2XY6A 3CM5A 4FJHA 2PZSA 4I2QA 4PUOA 2HHXA 4FW2A 1WSEA 3ISNC 2D1KA 1VQ9N 4KTZA 4CEZA 3AO2A 1T6CA 3CC4N 5TKYA 1TK8A 4LF6K 3CD6N 3OYIA 3CPWM 3QDKA 3R9PA 3KHYA 4FZYA 1DTQA 4IO8A 1S1TA 4KO0A 4YOUA 4B1XB 5LY3A 1NK9A 4DV6K 2G8IA 3VGMA 4B9VA 2EHGA 4J2DA 4RW4A 1N33K 4ICLA 1XC3A 2OZSA 4DR7K 1FXXA 1VQ6N 5BR8K 1WAJA 3OYGA 5M1QA 4FLZA 4FJ8A 2D4WA 1RBSA 3ZT0A 1HKGA 3VF2A 1Q9XA 4H5NA 4CD1A 3MMVA 4DUZK 4PKGA 1K73O 3QEPA 3KLFA 1KLMA 4ZTFA 2WBNA 5LMUK 1QQCA 4OGCA 2UUCK 4BROA 3GDQA 2A41A 3L4IA 1ASUA 1VSFA 4GKJK 2IOCA 4LF4K 2B4JA 4LSLA 5HL7L 1N36K 3HPOA 3I33A 2OPRA 4DTUA 3S3NA 2O8BA 4HWIA 3UIQA 3HVRA 3C7NA 4M3ZA 3BP8A 1NK5A 2IC3A 1K8KB 5TKWA 1BL3A 2YCHA 4FPAA 1R59O 4K41A 2ZM6K 1C0TA 3BGRA 5JVHL 5AZJB 2RKIA 2ZQBA 5MLCQ 2A3ZA 4C8OA 3S3OA 3LP1A 1VQON 2HVHA 3LPTA 4OJRA 3VQQA 3AVFA 2VG6A 4HHTA 1U49A 4C1NI 5AJ3K 4CZGA 2F96A 4HUFA 5I42A 1EWQA 3C95A 3THYA 3SCXA 2GUPA 1DEJA 3R1XA 5AQVA 3CCQN 1RBVA 4OLBA 4BRPA 4DMNA 1IV0A 3P31A 3HSTB 4BVPA 3SUPA 4FK2A 1Q82O 2QXLA 5A2QO 4CI6A 3KIOA 4A5BA 2UU9K 3ZX2A 3L6QA 1VQKN 2WONA 1U2VA 3B6OA 3AO5A 1QQNA 3O8MA 4BRLA 4BR5A 1HQEA 4CEAA 3AO1A 2OYQA 3I0RA 1FKPA 4AHTA 1TUUA 1VQNN 1RT1A 3ZLJA 4FWOA 3EKSA 4N5SA 4K8ZA 3OYBA 3MN5A 5AQSA 1OH5A 3T3FA 3U3YA 2HNYA 2Y1JA 4H5WA 3G4SN 2PY5A 4O5BA 3NF8A 2BGGA 5E41A 4GY2B 5AQIA 4LFCK 3THWB 2KFNA 2QK9A 3KLHA 4DSLA 4CIGA 3SAGA 4CHOA 3LM9A 4WYBA 4FVMA 4Z4IA 5EVZA 3M8RA 5IWAK 3NGIA 4KKOA 4IOCL 5AQTA 4NXNK 2FF6A 3QESA 2E2PA 3ZT2A 5KPZA 1X1PA 4RTFD 4NYFA 3MCPA 4B9LA 1S3XA 4JKBA 4K0KK 2HHUA 4AHCA 1DKGD 1JL1A 2V7YA 3P4IA 3KD5E 3VF6A 3VQ9A 3BF3A 3ZX0A 4DG1A 1YTAA 4CZLA 4NCBA 2YKNA 3CXCM 3CI5A 1NKBA 3FZLA 4DB3A 2NRRA 3FR0A 3QLHA 3V1QA 3CMEN 1VQ8N 3SQ1A 1FW6A 4CJVA 2GTDA 3VEOA 4CEQA 2YHWA 5JVGL 4JKFA 4N41A 4E1NA 4CHQA 1Y97A 4K8XA 4YOTA 4CJQA 3LDSA 4OVLA 3VPZA 1ZBSA 3TWHA 3ULEB 4EZ6A 3A5NC 4J2EA 1C0MA 3OBYA 5C15A 4MO4A 3BDPA 1RGIA 1TK5A 3SNNA 1W0HA 2JGUA 2NZTA 1YF5L 1T44A 3AGRA 4Y1CA 2VWBA 3P38A 4IEIA 3P39A 1CXQA 3WNFA 4DTXA 1NKEA 1TKTA 4E0DA 2HHWA 2QTDA 3AGKA 1QZ6A 2ZJPL 3K2PA 4QS7A 2O8BB 1NOYA 2QI2A 1RTIA 2VG7A 4FJ7A 1C0FA 3QO9A 4CHPA 2W41A 5FPNA 4ISGA 3HK2A 2NRTA 4HCCA 3OYCA 4DV4K 4H0PA 4X62K 4EFHA 1VSEA 4DV3K 4M3UA 4QOZB 4XH1A 3SQ4A 3O4QA 1XNRK 1S6PA 4H8KA 1S72N 4F9OA 4FJ9A 4FWPA 3CM6A 1S1XA 1KFDA 4NYNA 1LV5A 3WNHA 3LDLA 3D0PA 3MCAB 4LD0A 1U4BA 1M90O 4DTOA 1N32K 3T7ZA 5GAEP 2F8SA 4O8KA 3O9RA 5KGWA 4H0YB 3VN5A 4OPAA 1GLBG 4CK3A 3DRRA 2YV0X 2RN2A 2F8TA 1YVNA 4HCBA 4FZZA 1HPZA 4IFYA 4XH5A 2IAJA 4EAHD 4F2RA 2A6AA 2P9PA 2W40A 3CQXA 1E3MA 1U2VB 2ZD1A 4WQ5C 4O8UA 5E26A 3O9QA 1EKEA 3TTFA 2O8CA 5BPNA 1NJZA 3NH2A 3OHRA 1JLCA 1WUAA 5KQDA 3RTVA 3F9MA 5KTQA 2WTUA 4HUGA 4Z4CA 4DS5A 3SMPA 3A2FA 3KK1A 1A5WA 1BHLA 3DYAA 1NGHA 3O4WA 2GWKA 1TK0A 1BCMA 2HF4A 3HP9A 1JLEA 4B3SK 3HRGA 4KTWA 4BG8A 2QWLA 5KRTA 4IJNA 1HUXA 4BRDA 1BWFO 1JXBA 4JI2K 2V52B 4IOXA 4AM6A 4YHHK 3MXJA 4KI6A 3RRHA 1GOAA 1NGBA 4BR9A 3SLCA 1ZXOA 4KB0A 3MEDA 4FWMA 1VRTA 1YI2N 3KK3A 5JICA 1KAXA 1RT6A 1ASWA 1HYZA 4LY7A 4I9LA 2YJEA 4KPYA 1NK6A 4CK1A 1X9WA 4ZHRA 1EP4A 2HSTA 4OPKA 1LAWA 2BE2A 4BC3A 3AA3A 4DV1K 4CBUA 4DF8A 1P8ZA 5KQ8A 1NGAA 4Z94A 3IKMA 5JLHA 4GV6A 3RMBA 3L2VA 4CJPA 4U67L 4JI8K 3HM9A 3HBTA 1JLGA 4XH4A 3NBPA 3IG1A 4CD3A 2JWLA 3FFIA 1T05A 2IVOA 1B9FA 1KFSA 2OA8A 4BRNA 4DWIA 4AF1A 4IDKA 4M7YA 4KHWA 3QINA 4CZMA 4K43A 3TPQA 2HF3A 2V51B 3WEEA 4CERA 4DLEA 1IG9A 1LWFA 3DLRA 1MWMA 5EX5A 4OLAA 3CFRA 3S9HA 2P9UA 3E1YA 3TAGA 2XRIA 3Q7CA 1IH7A 4MLEA 3VTHA 4DQIA 4WQ5A 2HHHK 5K14A 3ZSZA 3IAYA 3H45C 3B8AX 5LJVA 3MWPA 5AZIA 4CHZA 3RMDA 2E8AA 4A5AA 3JYTA 5M1PA 4BG9A 1K8AO 2Q3SA 1L3TA 1NM1A 4GMJB 5CZ2A 5T7BA 3UKUA 1S5JA 3DWLA 2QWQA 5BR9A 4RW7A 4B3TK 2O8FB 3PO4A 1EETA 1BO5O 3L3VA 5BRFA 1C0GA 1JCEA 1D5AA 5KPRA 4L3QA 3OJSA 2Q2RA 3D2FB 1NK0A 4FJIA 3PSFA 4Z4FA 5JLFA 3M3ZA 3KKSA 4A2AA 2P9IA 4O5FA 3VENA 3AVLA 3C6AA 5KRSA 2P9PB 1C6VA 3V9WA 2YNIA 4IOAL 1RDWX 3KWIA 3QEXA 2AA4A 1ZBUA 4E7HA 2O8CB 1B92A 4B3MK 3IUCA 4I9QA 4CJRA 4PHTX 2YHAA 2FBXA 3VEWA 1UOCA 5BPMA 3D45A 3NF9A 4BE0A 4H5VA 5AFUA 2P9SA 3ASMA 3A5OC 2R7YA 2HBJA 3EEQA 4FJJA 3CCEN 4Z4HA 1WSIA 4YDUA 4IFEA 3LWLA 1VK0A 3K9KA 5GIOA 5AFUH 4YOVA 3G71N 4Q0BA 3OJUA 4BGAA 1Q7YO 3ZSVA 4DR3K 1ZBLA 4DSIA 1YUWA 4I7FA 4HUEA 3SJJA 2A1RA 3MN9A 1QS4A 1N34K 3AO3A 4CEEA 1ATRA 3AA2A 3EE8A 4KFBA 4AM7A 4FJ5A 1RT4A 3CJBA 2KTQA 3L0QA 4ELVA 3V1OA 1RT3A 4NB4A 3H3OB 5KGXA 3DRPA 3O3HA 4JI1K 1NJYA 2OPPA 3OYDA 3M1FA 3HT3A 3SAHA 2UYTA 4LC9B 1WAFA 5F0XA 3VQ8A 4OPHA 5DK5A 4C8MA 3BY5A 3QICA 4NLCA 3SUQA 2FSNA 4W5QA 2KHOA 4DR2K 1ZC6A 1LWEA 1L3SA 3LP3A 3SPYA 3LDOA 3SQ0A 4M42A 3PX6A 4CFDA 3VA3A 3L2RA 3MXMA 1VQPN 1YTUA 2W6LA 3WEEB 4FO0A 1HYVA 4KH4A 5FLXO 4C8LA 1CZ9A 4BRQA 4HTLA 4FWKA 2PFUA 2P9UB 1HJRA 3WUHA 1GLAG 4DR1K 3OYEA 1UWBA 3GL1A 4FLYA 5GADP 2GBZA 4CEOA 1W2BM 1HPMA 5KPTA 3HPHA 4B1ZA 2HBLA 3NAEA 1KVCA 5AZIB 3V9ZA 4ILJA 2XHBA 4FPBA 4KBOA 4PKHA 3MXIA 1OH7A 4IBNA 3EO3A 1DGKN 1SL0A 3CYMA 3TAMA 4O44A 3CQYA 3UKUB 4ZTJA 4B1WB 5JS2A 3JS6A 3FGUA 1NGEA 4FWRA 3LZJA 4DFKA 4BY9C 4B8CA 3NVMA 4F3TA 2GELA 2NRHA 3PIOL 3FFKB 1O13A 3WNGA 1KC8O 3B6PA 3G0ZA 4ISEA 4CJFA 4DSFA 2FBTA 2ZJRL 1EXQA 3H3NO 4IEEA 3VETA 3F5TA 4E7IA 2HOEA 4Q5VA 4M7XA 3SBGA 1KAZA 1TL3A 4FSVA 2P9IB 4NXMK 4YNQA 1D8YA 4LF9K 1R0AA 5LL6Z 1ZBHA 1LW0A 4WQ4C 4CJ3A 4CJ7A 2ASMA 2DY4A 1NJWA 2IIRA 4CF0A 3UE5A 5AR0A 3L4QA 3CCSN 4E7LA 1D4XA 3LAMA 3A5LC 3ULDA 2UUBK 3VQEA 4FLUA 3OW2M 3CCUN 1KLNA 4CGJA 2W42A 1RT7A 3L8BA 3J7AP 2P9SB 1TL1A 4H5TA 5FDLA 1VHXA 4FOEA 1HR0K 2YHBA 2Z1HA 3AV9A 4RW6A 1WSGA 2RHKA 3CCJN 4OO1J 3G6EN 3UB5A 4C23A 1HJOA 4BRKA 4YOWA 4FJGA 3IRXA 2LSNA 2E6LA 4HTUA 3F9KA 4GV3A 1JCFA 1S1UA 4DTJA 3AVGA 3E01A 4CEBA 1HKCA 3THVA 3AVBA 4CGGA 3HI0A 1V4SA 4FWNA 3GG4A 4H4OA 2G8KA 3KLIA 3E9OA 4L8RB 1WBBA 1Q18A 1IKYA 3S41A 5I3UA 4A57A 4CIFA 1HRHA 5AQYA 2VWKA 4CK2A 4JI5K 5EU7A 3PUFA 4ID1A 4DFMA 4DTPA 1S9GA 2D5RA 5AQFA 1S9EA 2O8DB 3L2UA 4FLVA 4FW1A 3CJ7A 3DLEA 4JYAK 4H0OA 3EY1A 1DT9A 3LDNA 2P5OA 3OYFA 5EOYA 4LF7K 3CG7A 2HHVA 1QSYA 4E19A 3G25A 2E2OA 3CFPA 2PBDA 2D0OA 1TKXA 2AP1A 3HYFA 1BDGA 5J2MA 2NRWA 5AQQA 2UXCK 1ITGA 3VEZA 5KI6A 1XUPO 1NJXA 1NU0A 4KAZA 2G8HA 1Q8IA 4YY3K 1XHXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 4C8K A;  2CH6 A;  1REV A;  4B1U B;  1BA0 A;  3SBT A;  1QSS A;  4ILH A;  4CZI A;  2QWO A;  3N4P A;  3VES A;  4FZX C;  3ZYY X;  4YOY A;  1E4F T;  3PSI A;  3AVK A;  2YJF A;  3KLG A;  3HP6 A;  3PIP L;  3ZCM A;  3ZSR A;  1YIT N;  3LWM A;  3C0B A;  1TKZ A;  1HNZ K;  3T69 A;  3T1A A;  3SAF A;  4MLH A;  2IDO A;  4MFB A;  2CGJ A;  5HLF A;  3HPG A;  1IJJ A;  4BE2 A;  5AQZ A;  5AQH A;  1S1W A;  1BUP A;  1VSI A;  1ZBF A;  1YAG A;  3W3D A;  5M1F A;  3R8E A;  2YI1 A;  4EP4 A;  2F7T A;  3NDK A;  3P83 D;  4O0J A;  4IG3 A;  4BRI A;  3OTO K;  3MK6 A;  2O8E B;  4KHU A;  3ENO A;  2VGN A;  3QIO A;  1H1V A;  1Q81 O;  4PY5 A;  1VSL A;  3WXJ A;  3NE6 A;  1XI1 A;  3KK2 A;  1K8K A;  2Q31 A;  2HHS A;  3FZK A;  5FRO A;  1SKW A;  3Q7B A;  4X64 K;  4JKA A;  4JK8 A;  4FLW A;  1ZYQ A;  1EX4 A;  4G1Q A;  4CF1 A;  4GW6 A;  4BRA A;  1LCU A;  5AZJ A;  1D9F A;  4FL9 A;  3OYN A;  4ID5 A;  2OAN A;  1EO1 A;  1JKH A;  1ILY A;  5BPL A;  5M1K A;  4FJX A;  4KH5 A;  5AQK A;  4KHN A;  3QBX A;  1VSH A;  1IBK K;  4FJL A;  1OKJ A;  3C6U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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