1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
5GAEP 4WFNL 1VQ8N 1VQ6N 1VQLN 3CXCM 5MLCQ 2ZJQL 3CCEN 3CCLN 1VQON 5HL7L 1YJNN 1YHQN 3J7ZO 4WFBL 3CC2N 3DLLL 3CCMN 1OVYA 2OTLN 4U67L 3CCUN 5JVHL 5DM6L 1QVGM 1VQPN 5DM7L 4IO9L 4UY8O 1KQSM 4IOCL 1VQKN 1ILYA 1VQ4N 3G6EN 4WF9L 5GADP 3G4SN 3CCRN 1N8RO 3CC4N 3PIOL 4WCEL 3OW2M 1JJ2M 5JVGL 1K9MO 3CCJN 5GAHP 1VQNN 3I56N 5GAGP 1M1KO 3CCVN 3PIPL 3CMEN 1KC8O 1YIJN 1Q82O 1M90O 3CCSN 4WFAL 2QEXN 3CCQN 2ZJPL 2QA4N 4IOAL 1Q7YO 2OTJN 1YJWN 1QVFM 3G71N 1K73O 3CPWM 1VQ9N 3CF5L 2ZJRL 1YJ9N 1W2BM 3CD6N 1Q81O 1NJIO 1YITN 1K8AO 3I55N 3CMAN 3CC7N 1VQ5N 1YI2N 1VQMN 1S72N 1KD1O 5H1SQ 1Q86O 1VQ7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFNL 1XC3A 1IBMK 3LAMA 1S1TA 5AQGA 3ZCMA 1SKSA 4CJ4A 3V1OA 5E41A 3RRHA 3T69A 3EYZA 1NGGA 3E01A 4MO5A 3BF1A 5AZJA 4KI4A 4BG9A 4ELTA 1HKBA 5T7BA 2RKIA 1XNRK 4BR0A 2B5JA 1SZ2A 4CJTA 1J9AA 1R59O 1WB9A 3K0SA 2ZD1A 5K14A 5BN8A 3FZMA 3HZ6A 4BRIA 4KHYA 4MDAA 2Q2RA 3O9RA 4CZIA 1P90A 2NRRA 1NGCA 2HF3A 3SJHA 3VA0A 4PKGA 4JK8A 1FJGK 2O8DA 2KLAA 3RRGA 1JXEA 1CZAN 1N8RO 2CGLA 3M1FA 4F9OA 4W5NA 2O8FA 2XY5A 1VSFA 4FJMA 4JI2K 1QS4A 1YVUA 4BDPA 3N4PA 1NGBA 4JHDA 4FZZA 4DTSA 3TAFA 4KPYA 3N4QA 1KAXA 3MWPA 4CEFA 5JICA 5LMNK 1HNVA 1Z25A 1E4GT 3QEWA 3CCSN 3HVTA 3LP1A 1WSHA 3KD5E 4JAXA 4KHSA 2YKNA 4IDHA 1TKXA 4FZYA 1KAZA 2W6KA 4DF4A 3C95A 3JYTA 1TKDA 3HBTA 4XH4A 4EIAA 3OYEA 3EO3A 3KK3A 1Y64A 1YI2N 2QWNA 1VQMN 3CQYA 4BC4A 3VPZA 4ZTFA 4PWDA 4XEIA 1IH7A 4B1VA 2GTDA 1NJZA 1BUPA 1VQ8N 3ISNC 3QINA 4IDKA 4NYNA 4BR5A 1GLBG 3TAMA 1NGJA 4DR1K 3K5LA 4BRHA 2QTDA 4A57A 4WFBL 3VQ8A 2NRTA 3VTIA 3K59A 4BE1A 4A61A 5EVZA 3ULEB 4AHRA 2HBJA 1Z05A 2DFFA 5CZ1A 3AO5A 4J2AA 2X78A 2RE2A 3MCAB 4BRAA 2LSNA 1ILYA 4KFBA 1TAUA 3G6EN 1RBTA 4GNIA 3DLEA 3G4SN 3TARA 3CCRN 3VOVA 4BRPA 3LP0A 3K9JA 4CIGA 3RSEA 4J2DA 3EKUA 4YOVA 3PSFA 5ADXA 2P1JA 1Q18A 3HM8A 4DR7K 4BC3A 4JKGA 3HK2A 1L3VA 4H5NA 4OPAA 1LV5A 2IDOA 3MXJA 5HRRA 3DOLA 3LWLA 4W5QA 1U04A 1C1BA 2JWKA 2P9IA 3L4IA 4B8CA 3K5NA 2FSJA 1ATRA 1M90O 3NVKA 2QEXN 3TR8A 4DSFA 3UE5A 4N5SA 2FSNA 5KPTA 3IS9A 4W5TA 4CD1A 1SUQA 4FWKA 2XO7A 4K41A 4HVJA 1QHTA 3I55N 5KRTA 2G8IA 1GLEG 3DRRA 3AVGA 3ZSXA 3WXLA 2FBVA 2D0PA 4E7IA 1HX1A 3P1GA 3ZLJA 1Q9YA 1E3MA 1NKBA 3O08A 2EX3A 2HBLA 4FWOA 2O8CA 4KB0A 5CZ2A 4LF9K 3KKSA 4FSVA 1BWFO 2PBDA 4LFBK 1FK9A 4YDUC 5C0YA 2HNZA 1UAXA 4BVPA 1E4FT 4L8RB 4K8XA 2OTLN 3LANA 1C0TA 4IZ9A 1ESVA 1W97L 4B9VA 3NH0A 3LZIA 4HCCA 4LF8K 2EHGA 3BGRA 3VEYA 3SUQA 3VQ4A 4NLCA 4DFKA 3HSTB 5AQVA 3VGKA 3NGIA 1T03A 1BA1A 4M3WA 4CJ5A 2GEMA 1ASVA 1NJXA 3VQ5A 1YVNA 3P31A 1XHZA 4DV7K 3UB5A 2HSTA 4H5WA 3WNHA 3TAQA 3C0BA 2Q1NA 4A2BA 1DEJA 2IVNA 2OANA 2ZF5O 4CGDA 4OKKA 5AFUH 2Q3SA 5C10A 4JKBA 4JKEA 1X9JA 4IEIA 5GAHP 4G9ZA 4ID1A 5BN9A 1RGIA 4KTWA 3O4WA 1NK0A 1REVA 3P39A 4DF8A 4FWLA 2H3GX 5AZJB 5J2MA 3NH2A 2HB5A 1KFSA 3SCXA 3HOSA 3G0ZA 2ZQBA 4IFVA 3KLIA 1QVFM 4Z4FA 3UKRA 3V6DA 4DU4A 1TGOA 4FOIA 1H1VA 2E6LA 1OKJA 3WNFA 4Z4CA 1JL1A 3RMBA 4ID5A 5M1OA 1DGKN 3AVHA 4DB3A 4DWIA 3MEDA 4C1NK 1KLNA 5LL6Z 1VQ5N 4BG8A 3SBTA 5KTQA 1S6PA 2O8DB 4GMJB 1L5UA 4ILHA 4CHYA 3DM2A 4Z4EA 4B08A 3OYLA 1WNSA 3RMCA 2O8FB 1G99A 4OLAA 1XMQK 3ZETA 1VSEA 3HI0A 1NJWA 1NKCA 4JHDB 4FM1A 3M5RA 4LF4K 3FFKB 5AQMA 2PZSA 3BZCA 3VF2A 1JLGA 4JEPA 4DV2K 4H5RA 3U3GA 4R79A 3U8XA 3A2FA 3WNEA 3CJ9A 1SS6A 4O55A 1DTQA 2BE2A 2QWPA 4GKKK 3DI6A 1RBSA 2E1YA 1Q8IA 1ITGA 2Z1JA 3G10A 4A5AA 2GWKA 4CE9A 5M1NA 4B9SA 1IKVA 4KTQA 2YNFA 2E88A 3A5MC 3K5OA 4GV6A 1T05A 3FGUA 5HRSA 3RVCA 4RW9A 1VSMA 1XHXA 1U49A 3VQPA 4BWJA 3AO3A 3VETA 3NF6A 5AQIA 4GY2B 4FZXC 1C0MA 3U6FA 3P4IA 4RW7A 4F8RA 3ZSYA 1IG8A 1JLFA 3CHWA 3V1RA 1J5EK 4NB4A 3QNOA 4DS5A 4HWIA 5FPNA 3SJJA 3IAYA 3MEEA 3OYJA 3A5OC 3V9WA 3I0SA 5AJ3K 3IMXA 3A5NC 4MQ3A 5J1EA 4BREA 4FO0A 3OYIA 2Z1GA 1X3NA 1TL3A 1N32K 3VEXA 3T1HK 3WUHA 1N36K 4JV5K 5CY4A 2HHXA 2AA4A 4JI4K 1NK6A 4GVEA 1QQOA 3IRXA 3H1VX 3CPWM 3MXMA 1TUUA 3TU5A 3DXKA 3CD6N 1WSFA 3F5TA 3C7NA 3ZT0A 1BI4A 1TV6A 1LCUA 2GUPA 3QIPA 3ULDA 2G8WA 3OYBA 4JK9A 1MU2A 3I8DA 2YJFA 4H0PA 1NK7A 1GLCG 3CERA 3KJVA 1YF5L 3THXA 3J8AA 5GINA 2PYJA 3HL8A 4DSKA 2QWLA 4KHPK 4A2AA 4YOYA 2O8EA 4GV9A 3RSEB 5MLCQ 5KRSA 1EQYA 4YDUA 4CJRA 1VSKA 4NCBA 2Q31A 4KH6A 1EXQA 3OS1A 4JKGB 5BR8K 1NK5A 2UXCK 2O4GA 3NF7A 4PY5A 2X6NA 3JAMO 3FZFA 4CGFA 4FW1A 4H03B 4GV3A 2F9TA 3VA3A 4CBUA 2P9IB 5CHIA 4OPKA 2YNHA 2ZGYA 2ZWHA 5EX5A 2A40A 3H3NO 2JWLA 1GOBA 1HQEA 2Q97A 4FWPA 4CD3A 1KCFA 2QWQA 3AV9A 5DM6L 3AVBA 1VSHA 3PO4A 4KHNA 3UIQA 3OYAA 2KQ2A 1XC9A 1S22A 3EE8A 4YY3K 1UA1A 1DT9A 1BIUA 4BC5A 2E6MA 2YHBA 4DV0K 4KHWA 5GIPA 4DLGA 2CH6A 3SI6A 3T7ZA 4CZJA 1EP4A 3D7EO 3QEVA 1NK4A 4YFUA 1VSLA 3R8EA 1WBDA 2O8CB 3OYFA 1VQNN 3KIOA 4FLZA 1QSYA 3D2EA 3I0RA 4HUFA 4E1JA 4DSEA 3EZ5A 1JLAA 2CGJA 4W5RA 1VSDA 4LH4A 3K9KA 4DTOA 1SL2A 5AQFA 3EY1A 4DLEA 3IDHA 4R5PA 2VWBA 4GW6A 4KB1A 2OTJN 4MFBA 1YJWN 2VWJA 2E8AA 4AHTA 3HOTA 4DFPA 3CYMA 3PO5A 1WSGA 4FOEA 2FF3B 3LDPA 2NRWA 4O0JA 4WQ4A 4CHPA 4K0KK 4QS7A 2D1KA 4CJSA 1C6VA 4O4GA 4JKHA 1K6YA 2G8FA 2D0AA 5LY3A 4IG3A 4B1ZA 3QIOA 1KD1O 3VERA 3P5JA 5KGXA 4DS4A 4ZTJA 1ZYQA 2A5XA 3K57A 2J4RA 3SAFA 2HHUA 2HMIA 4DQQA 1IJJA 5JLHA 1GLLO 3BEXA 4RCHA 1L3TA 4M41A 4KREA 4JKDA 2ZGZA 5KPRA 3QO9A 3TAPA 2P5OA 3CFOA 3THWA 1J54A 1BOTO 1BA0A 1JL2A 1T8EA 5FLXO 4UQGA 4H0TB 4B9LA 3HPOA 3K2PA 4J2BA 2Y1IA 4BRDA 2NRVA 4CGIA 4FM2A 3O3FA 3UKRB 1VQPN 2RHKA 3WXJA 3SPZA 4Y1DA 1C0UA 2YNGA 4ISGA 4E0DA 3EN9A 4FJ7A 5ELZA 2VG5A 1WUAA 4YOUA 2AP1A 1J53A 3SQ1A 1RT4A 3VQ9A 2OPRA 1XQSC 4DTJA 3U3YA 1TKZA 4I2PA 3FLCO 2VQEK 1VRUA 5FPDA 2IIRA 4DQSA 4F2SA 3VQ6A 3HTVA 3OJSA 3H46O 4DV3K 3ZETB 1RTIA 3AA4A 4O0IA 4DUZK 4X64K 5BRDA 1N34K 1B9DA 1W9HA 3DLRA 1JLBA 2GV9A 3IFRA 3HP6A 3IUCA 5E26A 4CZLA 1KXPA 5BRFA 3Q7BA 4KBOA 3OA9A 4KHQA 4ILJA 4CHZA 1RDDA 1VSJA 4HUGA 4NLBA 1Q7YO 1T7PA 3J7AP 1FXXA 5HRNA 3VEZA 3SQ4A 1IKWA 4PQUA 3GBTA 5M1KA 1KAYA 3WXMB 3CC7N 3QDKA 4OLBA 2G8HA 4G1QA 1NGIA 2VGMA 4LSLA 4QAGA 4BVOA 4JI0K 2Z1IA 3MN9A 4DV4K 1FKPA 4LH5A 3VESA 4CEEA 1WAJA 1YTUA 4LD0A 1VRTA 1HYSA 4Y0WA 4W5OA 2HF4A 2D4WA 4O5BA 5HLFA 3ZSWA 2P51A 3ITHA 1C1AA 4CFCA 5C2FA 1VQLN 1VQON 4QS9A 5AQOA 3HYFA 2E2NA 5KQ8A 2HHHK 4JD2A 1ZC6A 4FLTA 3DLHA 1RT7A 2IGIA 1RDUA 3M8PA 2JGUA 5AFUA 4E7JA 3O80A 4K25A 5LMUK 1LWFA 3HO1A 1UWBA 2XY6A 4U67L 4DSLA 3V1QA 2XRIA 4OGCA 3L6QA 3AARA 4OPJA 1QVGM 3ID8A 1OVQA 3AVKA 2BUPA 3AVMA 2HHSA 4FCYA 1BISA 2O8BA 3CIPA 3DXKB 5KGWA 1NMNA 3HPGA 3C7NB 1KLMA 3DLKA 3LALA 3BUZB 4IWVA 1BI4B 5AQJA 2F4VK 3LWMA 3AA3A 1BU6O 4IXCA 4FJLA 1Y97A 3P38A 1HLUA 4CK1A 1WN7A 2AJQA 3THXB 2BANA 3MXIA 4FJIA 1JJ2M 3CI5A 1RILA 1OH7A 2O8EB 2YNIA 2PY5A 1RNHA 5CYQA 4Z94A 1BGXT 1NGHA 3DOKA 2PYLA 4PL8A 3I56N 3OYDA 4FK4A 1S1XA 3KWGA 3QEIA 4OVLA 3NVMA 1JLCA 3H3OB 1BQNA 4KO0A 1ZBHA 3VQAA 4FXDA 2QA4N 4IOAL 3KVGA 4BRKA 3UKUB 2GWJA 4QS8A 1U2VA 3NDKA 4B1YB 3SNNA 1W0HA 4CGHA 5AQHA 2A41A 3NMUA 3NF8A 5BREA 4BACA 1NJIO 3QFUA 4DTMA 2UU9K 5C2DA 1HUXA 4BRNA 2GUIA 1N33K 1QTMA 3CJBA 1MDUB 2CGKA 3VTHA 4CGJA 4CVNE 2UUBK 4FPAA 2W42A 3MCPA 4CZFA 4DFMA 4FPBA 4YORA 1XNQK 1GLJO 4CF8A 2YI1A 4EAHD 4AF1A 1OH6A 1TUYA 4ILGB 2Q0RA 4CECA 1A5WA 4CJKA 4DSIA 5HL7L 3QNNA 3E9PA 1YJNN 1SKWA 4B3SK 1LW2A 2ZE2A 3BP8A 2P9KA 2B4JA 4F3OA 4JI3K 1YHQN 3CJCA 3HSCA 3D2EB 3ZSOA 1J5OA 3W3DA 3QFPA 4JN4A 3CETA 5AQTA 5AQSA 4JS4A 3WNGA 4CJWA 5J2QA 2OPPA 1J6ZA 4M7XA 3NE6A 2NRZA 3O1BA 1S6QA 2QKBA 2V52B 4M63C 4Q0BA 3DXMA 2KKZA 2V7YA 4HUEA 3E9LA 4E1NA 3AO4A 1VQ4N 4RW6A 1U48A 4KKOA 1ATNA 4I2QA 5GADP 4X66K 1QZ6A 2HNYA 3PIOL 4KTZA 5IT9O 3M3ZA 2OPSA 5HBMA 1NBWA 4WCEL 4CJVA 4DUYK 5M1FA 3PLAA 5I9EB 4FW2A 4C8LA 5BPNA 3KD1E 5AQWA 4DHYA 4BGAA 4M3XA 2YHWA 2QM1A 5F2RA 4WE1A 4DMNA 1RDBA 2XHBA 4BE2A 4DR5K 5AQZA 1N5YA 1JCFA 4E7LA 4O8KA 4YOXA 5IWAK 3JXUA 2NZTA 3SUOA 4ISEA 3AVCA 3VMFB 3LZJA 1TK8A 3THWB 1HPMA 4H0YB 3AGRA 3CQXA 4BR2A 1D8YA 4CBXA 4KH4A 2F7TA 1RBVA 3MX2A 2XY8A 1W2BM 2P9UA 3JSMA 2HHWA 3L2RA 2D5RA 4OKJA 4ICLA 3SQ0A 1JKHA 1EETA 5EU7A 4BR4A 1NNEA 1WOQA 3DRPA 4Q5VA 4Z4GA 1Z26A 5JLFA 4F3TA 2YKMA 4DV1K 1EWQA 2FXUA 3SMPA 1LOTB 5I42A 2GX9A 1HRHA 3LPUA 1HNIA 4CHQA 4X62K 3KK7A 2W41A 5A2QO 3OYCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GAE P;  4WFN L;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  1VQL N;  3CXC M;  5MLC Q;  2ZJQ L;  3CCE N;  3CCL N;  1VQO N;  5HL7 L;  1YJN N;  1YHQ N;  3J7Z O;  4WFB L;  3CC2 N;  3DLL L;  3CCM N;  1OVY A;  2OTL N;  4U67 L;  3CCU N;  5JVH L;  5DM6 L;  1QVG M;  1VQP N;  5DM7 L;  4IO9 L;  4UY8 O;  1KQS M;  4IOC L;  1VQK N;  1ILY A;  1VQ4 N;  3G6E N;  4WF9 L;  5GAD P;  3G4S N;  3CCR N;  1N8R O;  3CC4 N;  3PIO L;  4WCE L;  3OW2 M;  1JJ2 M;  5JVG L;  1K9M O;  3CCJ N;  5GAH P;  1VQN N;  3I56 N;  5GAG P;  1M1K O;  3CCV N;  3PIP L;  3CME N;  1KC8 O;  1YIJ N;  1Q82 O;  1M90 O;  3CCS N;  4WFA L;  2QEX N;  3CCQ N;  2ZJP L;  2QA4 N;  4IOA L;  1Q7Y O;  2OTJ N;  1YJW N;  1QVF M;  3G71 N;  1K73 O;  3CPW M;  1VQ9 N;  3CF5 L;  2ZJR L;  1YJ9 N;  1W2B M;  3CD6 N;  1Q81 O;  1NJI O;  1YIT N;  1K8A O;  3I55 N;  3CMA N;  3CC7 N;  1VQ5 N;  1YI2 N;  1VQM N;  1S72 N;  1KD1 O;  5H1S Q;  1Q86 O;  1VQ7 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WFN L;  1XC3 A;  1IBM K;  3LAM A;  1S1T A;  5AQG A;  3ZCM A;  1SKS A;  4CJ4 A;  3V1O A;  5E41 A;  3RRH A;  3T69 A;  3EYZ A;  1NGG A;  3E01 A;  4MO5 A;  3BF1 A;  5AZJ A;  4KI4 A;  4BG9 A;  4ELT A;  1HKB A;  5T7B A;  2RKI A;  1XNR K;  4BR0 A;  2B5J A;  1SZ2 A;  4CJT A;  1J9A A;  1R59 O;  1WB9 A;  3K0S A;  2ZD1 A;  5K14 A;  5BN8 A;  3FZM A;  3HZ6 A;  4BRI A;  4KHY A;  4MDA A;  2Q2R A;  3O9R A;  4CZI A;  1P90 A;  2NRR A;  1NGC A;  2HF3 A;  3SJH A;  3VA0 A;  4PKG A;  4JK8 A;  1FJG K;  2O8D A;  2KLA A;  3RRG A;  1JXE A;  1CZA N;  1N8R O;  2CGL A;  3M1F A;  4F9O A;  4W5N A;  2O8F A;  2XY5 A;  1VSF A;  4FJM A;  4JI2 K;  1QS4 A;  1YVU A;  4BDP A;  3N4P A;  1NGB A;  4JHD A;  4FZZ A;  4DTS A;  3TAF A;  4KPY A;  3N4Q A;  1KAX A;  3MWP A;  4CEF A;  5JIC A;  5LMN K;  1HNV A;  1Z25 A;  1E4G T;  3QEW A;  3CCS N;  3HVT A;  3LP1 A;  1WSH A;  3KD5 E;  4JAX A;  4KHS A;  2YKN A;  4IDH A;  1TKX A;  4FZY A;  1KAZ A;  2W6K A;  4DF4 A;  3C95 A;  3JYT A;  1TKD A;  3HBT A;  4XH4 A;  4EIA A;  3OYE A;  3EO3 A;  3KK3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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