1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
3I56N 1Q7YO 3G4SN 3G6EN 2ZJRL 3CC2N 3CMAN 3CCQN 3CCLN 3CD6N 5HL7L 1M90O 1OVYA 2OTJN 1NJIO 3PIPL 1S72N 1K8AO 1VQMN 4WF9L 2QA4N 5DM7L 3CCJN 1KD1O 5JVHL 1VQLN 1Q86O 1KQSM 5H1SQ 4WFAL 1Q82O 3G71N 3CMEN 1VQNN 5GAEP 3CF5L 1YJWN 1QVFM 3CCRN 3CCVN 4WCEL 3CCEN 1N8RO 1Q81O 1VQ8N 3OW2M 1YJNN 3CC7N 5GAGP 1K9MO 5JVGL 4WFBL 1ILYA 1YJ9N 3CCMN 1KC8O 1W2BM 1VQ4N 3DLLL 4UY8O 2QEXN 1YIJN 4WFNL 2ZJPL 1JJ2M 3PIOL 4U67L 3CCSN 1VQ5N 5GAHP 4IOAL 3J7ZO 3CPWM 2ZJQL 5MLCQ 3CCUN 1VQON 1VQKN 1VQ7N 1K73O 4IO9L 1VQ9N 5DM6L 1YITN 1YHQN 1M1KO 1QVGM 5GADP 3CXCM 3CC4N 4IOCL 1VQ6N 3I55N 1YI2N 2OTLN 1VQPN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSSA 4M3UA 1FKOA 4FWRA 2RPIA 1U2VB 3CCQN 3LWLA 1NK9A 1OVYA 3SCXA 4G1QA 2YHBA 3MWTA 2IS3A 1K8AO 1VSJA 4ILHA 3VPZA 1KTQA 2GV9A 3E1YA 2Q2RA 4L8RB 1RT6A 4DTMA 4NB4A 1TL1A 4WYBA 3RMBA 3KIOA 1N34K 2P9NA 4EZ9A 3G10A 3K57A 3L4IA 3R3LA 4K0KK 1TKZA 1MU2A 1BA1A 1NGCA 1RBTA 1S9GA 5CY4A 4CK3A 3VEXA 4DFPA 4FLYA 4KTZA 4RCHA 4O55A 1RTHA 1A5XA 1S6QA 2BANA 3T19A 3LDNA 1BQMA 3RWUA 3CC7N 4CJ7A 2NRVA 5TKYA 1NJYA 1RBUA 1Z25A 5I42A 1B9FA 1YJ9N 1FK9A 3AGKA 3O6WA 1RILA 3DLLL 4JKFA 1RT4A 4DG1A 5CYQA 2G8VA 1HYVA 3U3GA 3SAGA 3IUCA 1RT1A 2VQFK 4I2PA 4M3YA 4FJ5A 4B3SK 1HNIA 2P9PB 3ULDA 3G0ZA 1V4TA 4CEFA 3HP9A 4C8OA 3CFPA 1BO5O 4IG0A 4PL8A 4FJLA 3O9RA 1NM1A 3ZETA 3OYDA 4E1NA 4FWMA 1EXQA 1BHLA 1HNXK 3V9SA 2P9LA 1S1XA 4JNEA 3VQQA 3FZLA 4Y0WA 3U3YA 3C6TA 4DV5K 3WEEA 2HHTA 2X6NA 1VQPN 1ZBLA 3MCAB 1SKRA 3J8AA 3G6EN 1MDUB 4AHVA 4BC3A 3K58A 3RVCA 2GELA 1LCUA 3TI0A 4AF1A 4YOYA 1NJIO 1RTJA 3T1AA 4BRNA 3MDQA 3DMJA 1NMDA 4H4MA 5C10A 1LWEA 4ILGB 3WUHA 3L3UA 2YHXA 3ASMA 4CZHA 4ELVA 2A41A 4FOIA 4O8UA 1KQSM 4AQYK 5H1SQ 1Q82O 1O13A 2KZMA 4GNIA 2OPRA 1XI1A 3DRPA 5A2QO 3LPTA 4FZXC 3B6PA 3ZT0A 1IBMK 3EYZA 1YTAA 3SUNA 1WNSA 4EIAA 4HUFA 4LSNA 2E4LA 4FWPA 5HRRA 4CIFA 4JRPA 3SZ2A 4B1ZA 3VESA 2E1YA 4W5OA 5KQDA 2KW4A 1VSLA 3O4QA 1T8EA 2P9IA 4DLEA 3FLCO 3EY1A 1KC8O 2VG7A 4M3WA 3EZ5A 4CERA 1L3VA 3SBGA 4DS5A 5I3UA 1RGIA 4JKEA 1NWKA 3OYNA 4KHUA 3TR8A 1VAZA 5EVZA 4CBWA 1BOTO 2E2OA 4JHDB 2O4IA 4KB0A 1S1UA 5AQKA 3VEVA 5JLHA 2Y1JA 1HMVA 4IG3A 4BR4A 1BWFO 1K8KA 4IBNA 1CXQA 3DI6A 4PL7A 2I5JA 1QSYA 3VEOA 2OZMA 2VGMA 2VQEK 3V4IA 4KHNA 4JI8K 3WNFA 1BIUA 4CFCA 4AHUA 5M1NA 4HCCA 1U2VA 3CXCM 3BDPA 1IH7A 4NXMK 5AZIA 3NH2A 1XHZA 2B5JA 3F2KA 3VQ8A 3AVIA 3QEVA 2IDOA 3L2VA 4RG8A 1HUXA 4H5TA 4B9MA 4NYFA 1BUPA 4WQ5C 5BPMA 4BY9C 2OPPA 2HNDA 1N33K 3VETA 2F7TA 1ZYQA 4RTFD 2QWPA 5FPMA 1RT2A 3A0IX 4QS8A 3DWLA 5J2NA 1S22A 4IJAA 4KH5A 4FJXA 5BREA 3L8BA 5BRFA 2HHVA 1SUQA 1HLUA 1NLVA 5AQUA 1Q86O 5M1QA 3D45A 1VSEA 2P1JA 4BE0A 3SJJA 2E2QA 5FROA 4BR2A 4CGJA 1Q81O 3KKSA 3MN5A 4B3MK 3EKUA 1HQUA 3VEZA 4JEPA 3FR0A 4FJ8A 4RW6A 3KK1A 4I6MB 2UU9K 4OPHA 4GKKK 4GVMA 2P9KB 4JKHA 2GX9A 4ID5A 3CCMN 4HTLA 2P9PA 1KAXA 2XO7A 1J53A 4ISEA 4F9OA 5C0YA 3PIOL 1QSLA 4DTRA 4JKGB 4DMNA 3W0LA 4BR9A 3QERA 4BRLA 2ZJQL 3VGLA 3O9UA 3P5JA 3CCUN 4AM6A 3OYGA 3ULEB 4KRFA 1X3MA 4B1UB 1YITN 3I0RA 1U04A 3ZLJA 1E3MA 2QXFA 3L4QA 1C0GA 4PQUA 1JL1A 5HOOA 3PY8A 3FZKA 3TPQA 2BDPA 4YOVA 3QEWA 3HJFA 2IGIA 4KI4A 1Q7YO 2HNZA 4CJSA 3CQ8A 3P39A 1TUYA 3O9TA 5GINA 3E9LA 1M90O 2OTJN 5LMNK 1GLBG 2FSNA 3NF8A 3RRGA 3L2QA 3HP6A 3AVNA 4CF9A 4WF9L 5AQGA 4K8ZA 3PX0A 5DM7L 4CBXA 4PHTX 5DMRA 1BI4B 1JLAA 3L3VA 4FK0A 3KK3A 3CPEA 3THVA 1XQSC 4BG9A 3HK2A 1VQLN 1JXEA 3PSIA 4CJ5A 4FJKA 5D3GA 4IKFA 3G71N 4CHNA 5GAEP 4KHQA 3C0BA 4BRMA 5BRHA 2UXCK 2YHYA 3ZX3A 4WCEL 4YY3K 4FWKA 1D4XA 3KWIA 4E1MA 4DTXA 1NK4A 5GAGP 4FLZA 3VTIA 3MAQA 3FZFA 1J5OA 4JHDA 2FBVA 2Q36A 3CM5A 3QIOA 1LAWA 3AVAA 2O8EB 5AQWA 3RR7A 3V81A 3G25A 1HKBA 3SK3A 3B8AX 3RMCA 2I7PA 4FLTA 2QEXN 1KVAA 3HVTA 4CJFA 2WC9A 4GV6A 3QLHA 3FZMA 3VQ4A 2NRZA 1G99A 2CH5A 3DLKA 1KLNA 1SQKA 1YVNA 4FW1A 3LZIA 3NF7A 4B1WB 4DV2K 3R8EA 1NK8A 2XY5A 3OYFA 1RDBA 3BP8A 3D7EO 3HVRA 3M6GA 1GLEG 4DV3K 4LF4K 2PBDA 3VTHA 3ZSZA 3NE6A 1VQ9N 4FJGA 2OPSA 4MLEA 4BREA 1JLGA 1HJOA 2E2NA 3O1WA 3AVMA 5LY3A 1IKVA 2V51B 3CIPA 1YVUA 1HYZA 3DJCA 4BG8A 3QICA 4E7HA 3CMAN 1T6CA 3NFAA 1CXUA 4NLCA 3VOVA 3MX5A 3PIPL 2DFEA 3WXKA 4FZYA 2P9UB 4M45A 2HF3A 3L0QA 1TL3A 5E84A 3CJ1A 3OA9A 1HNWK 1SKWA 2Q97A 1JCEA 3TAFA 4A62A 3M3ZA 3QFUA 3KHYA 3OS1A 4PWDA 4E7IA 4ICLA 4H5WA 3KJVA 4V19S 2WOMA 4DKWA 1BGXT 4F8RA 3AA2A 4I6MA 3SV3A 2V7ZA 4IEIA 1RBSA 1N8RO 4BDZA 4NCBA 3V1RA 3KK2A 4KHSA 3VQCA 3TAQA 1JLFA 1N32K 3ATUA 3ALYA 1NGAA 3LDOA 4X62K 4AHTA 4GV9A 1FJGK 1EETA 4LY7A 4F3OA 2H3GX 2XY6A 3AARA 4JKGA 3LP1A 3I8DA 1RDAA 4I2QA 1HPZA 2KFNA 1W2BM 4N47A 3UE5A 2E6MA 1BA0A 1IG9A 3THYB 1NJWA 3EN9A 1GLCG 3VENA 4OLAA 3ENHA 4LSLA 4R5PA 4JI3K 4H5NA 2QWOA 4K43A 3WXMB 5EU7A 5HROA 3ULEA 5KPZA 4CJPA 2ITMA 4YOXA 3J7ZO 1BU6O 3P1GA 4FWOA 5M1FA 1C6VA 2YHWA 4CF1A 3V9WA 1RTDA 3CJ9A 4CZFA 4M3XA 2Z1IA 3H3OB 1ZXOA 1VRTA 4CECA 2GWJA 4DFMA 2X74A 1Y97A 2VCPA 1KLMA 1KFSA 4I9QA 4N76A 4BROA 4HUEA 2O8BB 3BUZB 3ZX0A 4CGGA 3P38A 3O9SA 2VYPA 3U8XA 1BI4A 1VSHA 4IEEA 3ZT2A 1NGBA 2NRTA 4M41A 4CJ3A 4A59A 4DV1K 1NGHA 4TSXA 4I9LA 4DSIA 2UXBK 2FF6A 1JLEA 4JKAA 4DQQA 1KFDA 4C8LA 4E1JA 2HMPA 5TKWA 1UOCA 3H1QA 3CYMA 2IVNA 2GUIA 4IDHA 4BRIA 4CVNE 3A5OC 1IJJA 3H46O 3HZ6A 5AZIB 5F2RA 3CF5L 3MN6A 3MMVA 3KD1E 3P4IA 1ASVA 3OS0A 4JI1K 3HT3A 1D9FA 4EHUA 2W40A 3KLGA 4KTWA 4K41A 3AVCA 3AAQA 1E4FT 3EEQA 2O8EA 1IKWA 4KHPK 5KI6A 1EWRA 3MN9A 1GLJO 4A61A 3K9JA 4DQPA 4BDPA 2YNIA 4IDKA 4A2BA 3R9PA 1T3VA 3CHWA 5AQHA 2BTFA 3OYCA 4JAXA 4LF9K 2ZD1A 1NKCA 1NU0A 3O8MA 3KWGA 3V9UA 1WAJA 4GVEA 1V4SA 4B8AB 4CK1A 3IDHA 3OVNA 2JWLA 3E01A 4BRFA 3KKRA 1YF5L 3N4PA 5BPLA 3TWHA 3P83D 3R6MA 2HMIA 4IO9L 3V6DA 1D9DA 5BN9A 1ZC6A 2X78A 2HB5A 4IOCL 4Q5VA 3HSCA 2P9UA 3TAGA 3AA4A 1JLQA 2E2PA 2Q1NA 5C12A 4FLUA 2QWQA 1KAYA 1GOCA 4B3OA 4BR5A 1ZBIA 4NYNA 2OCEA 3LM2A 3C65A 2F9WA 1I39A 1S72N 1TGOA 5C15A 4BC2A 3KK7A 2D0AA 3FFKB 1TYQB 1WN7A 3CCJN 3CJCA 1KD1O 4X66K 1GLFO 3I0SA 3NDKA 1U45A 1HJRA 1TKXA 1Z05A 4QS9A 3SPYA 4KAZA 4W5NA 4B9QA 2A1RA 2KQ2A 2Q31A 2FBXA 3DLRA 3T69A 3NAEA 1VSKA 3HL8A 3CCEN 3CG7A 4CFBA 3A8YA 2G8FA 2QI2A 4LC9B 3THYA 2A3ZA 2VWBA 3TAPA 5ELZA 5AQQA 3VQDA 3F5TA 4DSEA 3AVFA 5E26A 4BQLA 5FDLA 4DR3K 3JSMA 3C95A 3TTCA 1JLCA 4ZHRA 4DR7K 5C24A 3B6OA 4QCLA 3VQPA 3WXJA 5BPNA 3OYJA 1NKEA 4B9SA 3WNHA 4JI0K 1WSGA 4F4KA 4J2AA 3ZT1A 4XH5A 4IFYA 4BRHA 5KPRA 4MO5A 2CGJA 4BRAA 3VQEA 4A57A 1WSJA 3HPOA 5J2PA 4Z4EA 4BWJA 1TK0A 2WTUA 3ZSQA 4FSVA 1OVQA 4CGDA 3PLAA 4FWSA 4H5VA 5KRTA 1YAGA 3O4WA 1K73O 2XY7A 3ATVA 4OGCA 5FPDA 1N36K 3LP2A 2O8BA 4HWIA 4B08A 3NF6A 3HOTA 4Q0BA 3S41A 4IXCA 5GADP 1B92A 5JS2A 2KHOA 2PFUA 2HBMA 3M1FA 3OHRA 4JI7K 2ASOA 2CGKA 3J81O 3DLBA 3PX6A 2HBJA 3SPZA 1OH5A 1KXPA 5M1OA 4JK8A 3CC2N 1GLDG 3K5LA 3CCLN 3LP0A 2O4GA 3EL2A 3EZWA 4FCYA 1DEJA 4R79A 4HHTA 3GL1A 2FSJA 4BQZA 1QHTA 4FJJA 2W41A 4FJHA 1UAXA 1J9AA 3J7AP 2Z1HA 3V1OA 1R0AA 5JVHL 3RR8A 2YNHA 5AQVA 1W0HA 4DWIA 4DU4A 4CJKA 4DLGA 4ISFA 3PUFA 1G15A 5JLFA 2FF3B 1HPMA 1QVFM 3SQ4A 4J2DA 3QEPA 4CEEA 4EAHD 4EP4A 3NGIA 5AQOA 3TAMA 4DQSA 3VQ6A 1T6DA 3D0PA 3CJBA 4B3TK 1KSPA 3SMSA 5AQSA 4WFBL 3SUOA 3VN5A 4LF5K 4CEAA 2F8SA 1CZBA 4BR0A 3VA3A 2ZQBA 4YOWA 1L3TA 5KQ8A 3ISNC 4LF6K 3LDPA 2G8KA 4IZ9A 3VMFB 1SKSA 2HVHA 1NJXA 4MFBA 3TSUA 4WFNL 1JJ2M 4CIGA 4U67L 1UA0A 2D0CA 5F1XA 3HOSA 2GBZA 2YX6A 1XNQK 4FLXA 4OO1J 2JLEA 1BQNA 2OANA 3Q7BA 4CZKA 3OYLA 4NLBA 2AJQA 3BY5A 4LFCK 4KH4A 1QE1A 3GOIA 4CHPA 4E7JA 2Y1IA 3IFRA 4E7LA 1Q18A 4H0PA 1QVGM 2XY8A 4H0VB 4EP5A 1NK6A 4DQIA 1T03A 1O1WA 3ZEUB 2JWKA 1L3SA 3M8SA 1XMQK 4QOZB 2ZM6K 3OYKA 3AVGA 3H08A 1TYQA 4DR2K 3AO3A 1QS4A 5JICA 4JK9A 3BF1A 2E5LK 2ITGA 2O8CB 2D0BA 1VQMN 1N6QA 3PV8A 3AVKA 4M63C 1U47A 3WT0A 2NNWA 3GG4A 1TV6A 4AH9A 1NOYA 1MWMA 1Z6RA 1TKTA 1S9EA 1J54A 1SL0A 3I33A 1FW6A 1Q9YA 3SUQA 3VGKA 4ILJA 4WFAL 3CMEN 4OKEA 2JGUA 2QWRA 2IIRA 4BRGA 4F3TA 4ZTJA 3K59A 4JS4A 3IAYA 4LD0A 1RT3A 2D4WA 1CZAN 4H0YB 3THWB 3OJUA 1WB9A 4F2SA 4HCBA 4DSKA 1ILYA 4DUYK 3CERA 4M3TA 4JRQA 4BRDA 4FK2A 3TARA 1JLBA 3SAHA 1KVCA 2F8TA 1CZ9A 3VA0A 1EP4A 5CE3A 2HHWA 1SS6A 4DV6K 5BR9A 4OX9K 2QWLA 4DF8A 4CHYA 4CD3A 3LDQA 1IV0A 1XC9A 1VQ7N 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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