1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
4WFBL 5GAHP 2ZJQL 3J7ZO 2ZJPL 1VQ7N 3PIOL 2ZJRL 3CCLN 2QA4N 3CCSN 3CMAN 1VQ9N 1K73O 3PIPL 2OTJN 3I56N 1ILYA 5DM7L 5JVGL 1VQMN 1YJNN 5H1SQ 1YIJN 4WF9L 2OTLN 1YHQN 5DM6L 4IOCL 3CC4N 1VQON 4WFNL 3CC7N 5MLCQ 1VQPN 1Q7YO 1Q86O 1M90O 3CC2N 3G4SN 3G71N 3CCVN 3CCQN 1QVFM 5HL7L 3I55N 1KC8O 1KD1O 3CCRN 3CCJN 1NJIO 1K9MO 1VQNN 1YJWN 1YI2N 1S72N 4WCEL 1M1KO 3DLLL 4UY8O 3CCUN 1Q81O 4IO9L 1VQLN 4IOAL 1QVGM 3CD6N 3CCMN 1K8AO 5GAEP 1N8RO 5JVHL 5GAGP 1VQ4N 1VQKN 3CPWM 1W2BM 3CCEN 1Q82O 4U67L 1VQ6N 5GADP 3OW2M 3G6EN 2QEXN 1JJ2M 3CXCM 3CF5L 1KQSM 1OVYA 1VQ8N 1YJ9N 1YITN 4WFAL 1VQ5N 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS5A 2O4IA 3G25A 4Y0WA 1ATRA 4ZTJA 3AY9A 3OYKA 3S41A 3OBWA 4LSNA 1HYSA 2HNDA 4H5NA 2FBVA 4X62K 1J5EK 4DTOA 2Q0RA 1LCUA 3QEXA 4FLVA 4WYBA 4HUFA 1QQNA 2G8IA 3T1AA 3ZSXA 4FJGA 4DSIA 1E3MA 4JI0K 1MU2A 1IKWA 3CG7A 2Q2RA 2KHOA 3H1VX 1LWFA 1WSJA 4CJPA 3OYEA 2OTLN 3ZT0A 4MDAA 4FJIA 2QTDA 4RG8A 1HKBA 2HHVA 3HP6A 3LWLA 3CC2N 4OLAA 3G4SN 3TSPA 4BDYA 4B1ZA 3AA2A 1Q9XA 1XI1A 2RHKA 3HRGA 3C0BA 2F7TA 4DTXA 3MX2A 3R6MA 5ADXH 4KHWA 2W6LA 3V4IA 5CR4A 3SPYA 1T05A 4CZLA 1K9MO 2X6NA 1VQNN 1LOTB 4E7IA 1RT2A 3OS1A 3DLLL 1TK5A 3F2KA 2ZF5O 4E1NA 4E7KA 3N4QA 1ZBSA 2E1ZA 1NGCA 3EE9A 1UAXA 2Z1HA 1LAVA 1Y64A 2WTUA 3CD6N 1NJWA 5AQOA 4JK8A 1QHTA 1BHLA 3ZEUB 1BU6O 4IDHA 3RWUA 2NRRA 4DMNA 3OYBA 2V52B 2OA8A 1HPMA 2P5OA 4FLXA 3QEIA 2NLXA 2UUCK 4DR1K 4JHDA 4ICLA 3BY5A 2CGJA 3NH1A 1BOTO 5KQDA 3CJAA 4JK9A 1JJ2M 1L5UA 3H3OB 5BR8K 4RW6A 2O8DA 4HUEA 4M7YA 2OPQA 3VTIA 2A1SA 4LF9K 2Q3SA 3U4LA 3AO5A 4I6MA 1SL0A 4KKOA 3WXKA 1RTHA 2QW9A 4CECA 2KFZA 5M1KA 3CCLN 4AHRA 4DR5K 1JLGA 2GTDA 3KLHA 3V9ZA 3QEVA 3O1WA 3SMSA 3CCSN 1GOBA 1TGOA 3SI6A 5HP1A 1OKJA 4CESA 3CJ7A 2HHWA 4QOZB 3JYTA 4LY7A 3ID8A 4CGDA 1K6YA 3G10A 1S3XA 1D9FA 5EOYA 3RMDA 1F21A 3IS9A 3DLHA 1YAGA 4FWOA 4JN4A 2QM1A 4BQLA 1NK9A 1OH6A 1XNQK 4FJXA 4Z4IA 1M90O 1U04A 2QWLA 3WXMB 3MMVA 3HPOA 1OH7A 3HSTB 3O4QA 3AVHA 2A6AA 1KD1O 4FWLA 1DEJA 1BGXT 1S9GA 4NLBA 4E7HA 4DR6K 5M1NA 3KK1A 4ZTFA 4W5NA 1U49A 4FWPA 2HHQA 3UKRA 2AP1A 4G9ZA 4HCBA 4FL9A 2F96A 3TAEA 2X78A 1XUPO 3DLEA 3SBGA 4KI4A 4UY8O 2O8BA 4B9TA 2HBJA 2QK9A 4Q0BA 3DLGA 1XMQK 1N34K 5HLFA 4WQ5C 4A61A 2VWKA 1QVGM 4AHCA 1U47A 4PL8A 4BREA 4A2AA 3CCMN 4BWJA 3N4PA 4H5RA 5EU7A 3S3MA 3OVNA 2DY4A 1O1WA 4J2AA 2IC3A 4IDKA 3SJHA 2NRVA 4Y1CA 4CHYA 3AVIA 1L3TA 4IBNA 3D7EO 3IDHA 2UUBK 3SQ4A 4HVJA 1B9DA 5JICA 2YNHA 3O5BA 2RF2A 4LFBK 4ILGB 5EX5A 4XH1A 3LZIA 1R0AA 2XHBA 3HL8A 3VA3A 4C8LA 1UOCA 3AO4A 3NVMA 1ASWA 1ITGA 4CEQA 4BRHA 4Z94A 4BROA 4BGAA 4JAXA 3C6AA 2RN2A 4KB0A 3SUOA 3SCXA 3LDPA 1CLQA 1GLFO 4BQZA 3AA4A 3PSFA 2QA4N 1SKWA 3QESA 4XH5A 1K73O 4ISEA 2Z1JA 1C0TA 4WE1A 3PIPL 4I9LA 3SQ1A 2BANA 4FLYA 3KD1E 3J8AA 2AA4A 5JVGL 1VQMN 4I9QA 2NRWA 2GUIA 3I0SA 4IJNA 4DS5A 4B3TK 3DI6A 2W41A 5FROA 5DM6L 3F73A 1S1UA 3FE1A 3FFIA 3C6HA 4ID5A 4PA1A 4H4OA 4CHNA 4M45A 3CCVN 5AR0A 2Z1GA 3LWMA 4GKJK 3Q7BA 5F1XA 4CGHA 4FW1A 3T19A 3VQ7A 2E20A 3ENBA 3FLCO 4IZ9A 3DAWA 4CZFA 1ZYQA 3ULEA 3FZHA 3NF7A 4E7JA 4F9OA 4JI2K 3L0QA 1YI2N 4DV5K 4JKAA 3VA0A 4IKFA 2ASPA 1L3UA 1YF5L 3EKUA 1JL1A 3QETA 1TKTA 4FWKA 3L3VA 4BRNA 2KQ2A 2FF3B 5CY4A 4KAZA 1QS4A 3ULEB 3AO2A 4CEEA 4R79A 2QKBA 4FWMA 3ZEUA 4DV2K 1LW0A 3ZSZA 4JRPA 3L2QA 3NFAA 4NCBA 3G6EN 3TTFA 5A2QO 1VHXA 3TPQA 4W5QA 2GV9A 2HNYA 3SAFA 1NJXA 1VQ8N 3CJCA 5CYQA 3H08A 4M3RA 4JI8K 1GLAG 4W5RA 1C1CA 4BDZA 1WBDA 4Z4FA 1JLCA 1LW2A 3KK2A 1X9MA 3WNHA 4KHYA 1RCHA 4NXNK 4L3QA 4BRIA 4DWIA 1WSGA 2VQFK 3CHWA 3U3GA 3HSCA 4DR7K 3OHRA 3O8MA 3O3HA 2B4JA 3O9UA 3MXJA 4CJWA 1YVNA 5AZJA 4JS4A 2NRXA 1NM1A 1S22A 1VSDA 3QLHA 1N5YA 3T69A 4YOTA 4Z4HA 2ATQA 4CW7B 5EVZA 4JI7K 2O8FA 4FWRA 4A2BA 1S5JA 2GWJA 3LDOA 2P9IB 3MCAB 2VG6A 2O8EB 3CC4N 3TU5A 4DQIA 4JKEA 2Q31A 4AM7A 4J2BA 5FPDA 2Q97A 1A5WA 3T7ZA 4OKKA 1TK0A 1RFQA 3K5NA 4FM2A 1QE1A 3OS2A 4FVMA 2YCHA 4CEDA 4O4GA 1XC9A 3CIPA 1XWLA 1YXQA 3ZSYA 2D0OA 4MLHA 3M8PA 3K5MA 3KLEA 2CGLA 1U2VA 3MCPA 4JKCA 1I94K 4DSKA 3GL1A 3VQPA 3SK3A 3PX0A 3O9RA 2P5GA 4YFUA 3OYHA 4DFPA 3A5NC 4GY2B 3RR8A 3SPZA 1EX4A 3MWTA 4BRAA 1HR0K 2DPNA 4MQ3A 4YOUA 3NBPA 4RTFD 3LDNA 4I2QA 2O8DB 2JGUA 4DB3A 2UXDK 3LZJA 3TWHA 5BRDA 4B1YB 2FBXA 4FPAA 3CXCM 3VF4A 3O4NA 4KPYA 3C7NA 4EHTA 1QSLA 3S3OA 3SBTA 5FPMA 1VQ5N 1RDWX 1TL3A 3K5OA 4C1NK 2UXBK 3ID6A 4BDPA 1I3AA 1HPZA 4W5TA 3ZT4A 4FJ7A 1SKRA 4CF2A 4O5BA 3OY9A 1RBTA 2F4VK 2FLOA 1Y97A 4B9LA 2YHWA 1ZBIA 1IJJA 4OX9K 1CXQA 1EWRA 4CGGA 3SQ2A 3VQDA 1A5XA 3SUNA 3DOKA 4CFAA 4H4MA 1YIJN 4LFAK 3TAMA 2HB5A 5J2QA 4CEOA 1ATNA 3VQCA 4MDBA 2O8CA 1BIZA 3G0ZA 2GEMA 1DT9A 4AF1A 4M3YA 4QS8A 5C2DA 4BACA 3P39A 2D5RA 3D2FB 4DU4A 3CCJN 4BR5A 3CI5A 4JV5K 2HF4A 2QWOA 1YJWN 3CFPA 4H5WA 3VQ9A 2KW4A 2P9IA 2IIRA 5FRMA 4CK1A 1KFSA 3K9JA 3ZSRA 1SZ2A 2H3GX 4OKEA 4OGCA 3EZ5A 5KI6A 1QHAA 1NOYA 1W9HA 1WN7A 3D2EA 2EWSA 4DF8A 3VN5A 3NF6A 4ZHRA 3J80O 3WXLA 3QIOA 1NLVA 4JI1K 3NHGA 1CZAN 4GVEA 3VPZA 4FXDA 2HBLA 4GV6A 2ITMA 4DSLA 1VQKN 4JKFA 1Q82O 2OZSA 4BR0A 4LC9B 3R9PA 4E0DA 1ATSA 3HBTA 2DFHA 4CK2A 1RT1A 3TAFA 3RMAA 4JI3K 3ZSWA 2QEXN 5M1FA 3CQXA 1N32K 4CFBA 1WLJA 2HHTA 2YHAA 1KQSM 3CYMA 4IG0A 5LJWA 2P1JA 3D45A 4RW8A 4FVUA 3PV8A 1FKOA 4NB4A 1BQMA 2ZE2A 4K8XA 4M3WA 4O0JA 1EKEA 1IG8A 1B9FA 3EO3A 2HHUA 1G99A 3DMJA 3SV4A 3AVKA 4CJSA 3I56N 4JKGA 3SJJA 4E7LA 4BE0A 4DQQA 3PO4A 3QB0A 3OBYA 1IBKK 4RW4A 3OYDA 4FZYA 3AO1A 3E9LA 3CJ1A 5M1QA 1GLEG 4DCHA 3KZBA 3MAQA 4CERA 4BRPA 3AAPA 3ATVA 2Y1IA 3RMCA 3QEWA 2ZGZA 2QWPA 3FZFA 3KLIA 3P38A 5AQJA 3MEGA 5LJVA 3KD5E 3ZETA 1X1PA 1RT7A 4DR3K 3THWA 2E4LA 3VQ8A 2E2PA 4IFVA 5AQKA 4B9QA 5AQVA 1HYZA 3VF6A 2FXUA 4OLBA 3DLRA 3BZKA 3OA9A 3V1OA 4CGIA 4DTJA 4XIUA 3MEDA 5F0XA 2CH6A 1Q18A 3DWLA 3S3NA 3K5LA 2G8FA 2BUPA 4IO9L 3KK3A 1S1TA 2YNGA 3EKSA 5FPNA 1BWFO 4BY9C 4QS9A 4B1UB 1BCMA 3S9HA 4AM6A 2QI2A 3HM8A 3K2PA 3DYAA 3VEYA 2YJEA 4NYFA 5C12A 2B5JA 3VF2A 5J2PA 5DMRA 3VEXA 1REVA 4H0PA 1RDAA 3AGRA 3HK2A 4CEZA 1S6QA 3OJSA 5AQFA 3MXIA 1L3VA 4CIGA 5EY4A 1BCOA 2E8AA 3LAMA 4JD2A 2XY7A 4YDUC 2FSKA 1YITN 2PFUA 5CZ2A 3ZT1A 3NGIA 3SV3A 3MX5A 4H03B 4CBWA 2P9LA 4DU1A 3A5LC 3FZLA 3HM9A 3VQ5A 5BPMA 4JLHA 4DTRA 1NOZA 1CXUA 1HQEA 3OYFA 1DKGD 4MFBA 3KKSA 4CFDA 2XY5A 4DQPA 5K14A 1VSMA 5AQXA 3MN9A 1HNXK 1DLOA 2WOMA 5GINA 3V1RA 3JSMA 4K41A 3NVKA 1YHQN 2D1KA 2X6SA 2HOEA 3HP9A 1JLBA 4RW9A 1Z6RA 5AQHA 4B8AB 4BR7A 2I7NA 1SL2A 4CCHA 2BGGA 1IH7A 1RILA 4LF4K 2GX9A 2UYTA 4B9MA 3DLBA 1VK0A 1XHZA 2HNZA 1ZXOA 3NGZA 4DQSA 4BRDA 1RT3A 4WQ5A 3SUPA 4CHQA 4X66K 1CZ9A 1S6PA 1IBLK 4C8KA 3KIOA 4V19S 4WQ4C 3THWB 4CGFA 2PBDA 1NKCA 3MN7A 4CJLA 4LSLA 1BO5O 3ZSOA 3I33A 2F8TA 3MXMA 2P9NB 1WAJA 1J6ZA 1EO1A 1QQOA 1S1WA 3HZ6A 4YHHK 5I42A 1VQ4N 4GV9A 3CCEN 2OANA 3D0PA 4KTQA 1WBBA 2E5LK 4PUOA 1GOCA 3ZLJA 3BF1A 3NAEA 4RW7A 4CEFA 5BN8A 3SAHA 4BG8A 1QSSA 1VRTA 3TTCA 4KHSA 2AJQA 1D4XA 3ITHA 3OYGA 1OVYA 1HKGA 1JXEA 4O8UA 4AHUA 1YT3A 4KH6A 4EZ6A 1TKZA 1HJOA 4AHSA 2WONA 3C6UA 1SS6A 2W6KA 3UKUB 1IO2A 3J7ZO 5AQYA 4PY5A 5BPNA 5AQUA 2OPRA 1S9EA 5C10A 1TVRA 5IWAK 2BE2A 3CMAN 1Z05A 2HHSA 4F3OA 4FJ5A 1T3VA 3L2RA 1KLNA 3HTVA 4DHYA 2A40A 3I8DA 3V9SA 4YORA 1HX1A 2P9LB 5J2NA 1RT5A 2IDOA 3AGKA 2VWBA 2IS3A 5FRNA 5AQGA 1U4BA 4DV1K 2P9UA 3JXUA 2OPSA 4JHDB 2IVPA 5FDLA 4WFNL 1NGIA 5C0YA 1NKEA 4DUZK 4KFBA 3V1QA 3AA3A 1D8YA 1BG3A 3CERA 5D3GA 2F9TA 2HSTA 3LP0A 4CEBA 4KHNA 3RRGA 4CJUA 2YX6A 4YNQA 3VQQA 4E3SA 3J81O 2P9KB 4DV0K 4JKHA 4I6MB 4KHUA 3QBXA 3CCUN 4FLWA 3THYA 1VRUA 4JI6K 4OPHA 3FFKB 3CFRA 1TYQA 4DSFA 4LD0A 4AH9A 4BRQA 4CJRA 1K8AO 4K42A 4AQYK 4B9UA 2O8BB 4FW2A 1NGAA 5HRRA 1IKVA 1SV5A 4KTZA 3B6OA 4ELUA 2RPIA 3FZMA 3AVJA 1TL1A 3KWGA 1U48A 5GADP 3O80A 4NCGA 3CPEA 1G15A 4FLZA 3CF5L 2F9WA 3VQEA 4LH4A 1Q8IA 5JMVA 2A1RA 1NNEA 1IKXA 3WNGA 4OPAA 1NK4A 3ZT3A 2QWMA 4M63C 1SQKA 3JS6A 3DOLA 3ZT2A 4I7FA 4E1MA 2O8EA 4F3TA 3OYNA 1WSIA 2OCEA 1QZ6A 3PX4A 2D0BA 3TI0A 2BTFA 5HRPA 4X64K 4OVLA 4KBOA 3SYZA 2OTJN 5B8HA 1W97L 2W42A 2HHXA 3F5TA 3NE6A 4F2RA 2O8FB 5M1OA 3VOVA 1JKHA 4WF9L 4C8OA 5GIPA 4B1WB 2E1YA 2QWNA 4B08A 1OH8A 1RDCA 4JEPA 3VQ6A 4YOVA 3MEEA 1VQPN 5LMNK 2YKNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JS5 A;  2O4I A;  3G25 A;  4Y0W A;  1ATR A;  4ZTJ A;  3AY9 A;  3OYK A;  3S41 A;  3OBW A;  4LSN A;  1HYS A;  2HND A;  4H5N A;  2FBV A;  4X62 K;  1J5E K;  4DTO A;  2Q0R A;  1LCU A;  3QEX A;  4FLV A;  4WYB A;  4HUF A;  1QQN A;  2G8I A;  3T1A A;  3ZSX A;  4FJG A;  4DSI A;  1E3M A;  4JI0 K;  1MU2 A;  1IKW A;  3CG7 A;  2Q2R A;  2KHO A;  3H1V X;  1LWF A;  1WSJ A;  4CJP A;  3OYE A;  2OTL N;  3ZT0 A;  4MDA A;  4FJI A;  2QTD A;  4RG8 A;  1HKB A;  2HHV A;  3HP6 A;  3LWL A;  3CC2 N;  4OLA A;  3G4S N;  3TSP A;  4BDY A;  4B1Z A;  3AA2 A;  1Q9X A;  1XI1 A;  2RHK A;  3HRG A;  3C0B A;  2F7T A;  4DTX A;  3MX2 A;  3R6M A;  5ADX H;  4KHW A;  2W6L A;  3V4I A;  5CR4 A;  3SPY A;  1T05 A;  4CZL A;  1K9M O;  2X6N A;  1VQN N;  1LOT B;  4E7I A;  1RT2 A;  3OS1 A;  3DLL L;  1TK5 A;  3F2K A;  2ZF5 O;  4E1N A;  4E7K A;  3N4Q A;  1ZBS A;  2E1Z A;  1NGC A;  3EE9 A;  1UAX A;  2Z1H A;  1LAV A;  1Y64 A;  2WTU A;  3CD6 N;  1NJW A;  5AQO A;  4JK8 A;  1QHT A;  1BHL A;  3ZEU B;  1BU6 O;  4IDH A;  3RWU A;  2NRR A;  4DMN A;  3OYB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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