1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
3CCSN 5GAEP 1N8RO 2OTJN 1QVFM 1W2BM 5GADP 3CCUN 1VQ8N 5GAHP 2QA4N 1OVYA 3CD6N 1VQPN 1Q82O 1K8AO 1VQ5N 1K9MO 3CCVN 4IOAL 1KQSM 1VQ7N 3I55N 1VQMN 4WF9L 3CF5L 5DM7L 1M1KO 2OTLN 3OW2M 1Q86O 3I56N 1VQ9N 1YHQN 3CPWM 1VQ4N 4WCEL 1VQLN 4WFNL 1JJ2M 3CCQN 1YI2N 2ZJQL 5H1SQ 3G6EN 1YIJN 3CCLN 4UY8O 1YJWN 3G71N 5JVHL 1Q81O 3J7ZO 3CMAN 1NJIO 3CMEN 3CC7N 2ZJPL 4IOCL 3CCJN 3DLLL 3CCEN 4WFBL 1KC8O 4U67L 2QEXN 1YJNN 5GAGP 1YJ9N 1VQON 1ILYA 1Q7YO 2ZJRL 5MLCQ 3CXCM 1YITN 3CC4N 1M90O 1QVGM 1VQ6N 3PIOL 5HL7L 3CC2N 3CCMN 5JVGL 4WFAL 1VQNN 5DM6L 1K73O 3G4SN 3CCRN 4IO9L 3PIPL 1VQKN 1S72N 1KD1O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FLCO 3LDOA 1WBDA 4F4KA 1VSKA 3QEVA 1W2BM 1JL2A 1I94K 5SZTA 2VQFK 4YY3K 3VEOA 4NCBA 1XNQK 3LANA 1VQ8N 4YDUC 3O9TA 4FJMA 3M1FA 2DY4A 3ULDA 4JD2A 5KGWA 4J2DA 4XIUA 4DQ8A 2Q31A 4FJIA 3BUZB 3EN9A 4X65K 3D0PA 2CGKA 2X74A 5EY4A 3TWHA 3O9RA 5JLHA 2OTLN 1JL1A 3UKRB 4Z4EA 1U4BA 2P9SB 4WQ4A 3V9XA 3AVIA 3NF8A 3T7ZA 2KZZA 3VTHA 5K14A 3ZX3A 2HVIA 4W5OA 1YHQN 4IEIA 4CJPA 4W5NA 4ILHA 4B1XB 4ILJA 3QBWA 3LAMA 5BRFA 3V4IA 2BTFA 4PY5A 3OS2A 2EX3A 4LF7K 1YXQA 4FJ9A 1KVAA 3PV8A 1YAGA 1U48A 3CMAN 1RT5A 1Q8IA 5AZJA 4JV5K 3P1GA 4BROA 1IBLK 1B9DA 3V9ZA 4IJNA 2RE2A 1YJNN 2ITGA 5AQIA 2ZE2A 3SMSA 5M1PA 3TU5A 2FSJA 1RBSA 1RNHA 1QHTA 3ZT0A 4BY9C 3L2WA 3E9LA 2Q1NA 2IDOA 4JKDA 2D4WA 5AQQA 4CEBA 4YOWA 4EAHD 3CXCM 2XY5A 2X6NA 1IKXA 2AA4A 1W7AA 4M3TA 2X6SA 4PKHA 4CF8A 4E89A 3ULEB 1JCGA 3EEQA 1TAUA 4DV6K 4JKGA 1A5VA 3MN6A 1BI4A 1T8EA 3SCXA 4ISGA 2NNWA 3VOVA 2O8EA 4YOUA 5AQZA 3HVRA 3PSIA 2HF3A 2QXLA 3O80A 1I3AA 4IO9L 2OPRA 5AQWA 2P9NA 5AQPA 4MLEA 1W97L 3BY5A 1S1UA 1VSHA 1S1TA 2QWOA 1N6QA 2ITMA 4LF8K 3CCUN 1WSGA 4DV0K 4PKGA 4CECA 3WXMB 2HHSA 3ZEUA 3E66A 4B8AB 3DAWA 2OZSA 3QLHA 4O5BA 4CFBA 1LCUA 3AVCA 3H46O 4O8KA 4WF9L 3CF5L 5J2QA 4CZKA 2HHHK 2VCPA 1E3MA 4M3RA 5ELZA 4BR2A 3VQEA 3NE6A 4JN4A 3R9PA 5KQDA 3V1QA 3E01A 2GTDA 3GOIA 3SQ4A 4BR7A 4N56A 4QOZB 1VSEA 3ENHA 3AVBA 1JJ2M 2WBNA 4H0YB 1IO2A 3SV3A 4UY8O 4DSJA 4M3XA 3P31A 3J7ZO 4L8RB 1RT1A 3K5OA 1JLEA 3QFPA 1ATNA 2I5JA 5AZIB 3K9JA 3MCAB 4H8KA 2IVPA 2HHVA 3THWA 3MK6A 1K6YA 1NGJA 3JXUA 4JS4A 3KJVA 4LF9K 3GE1A 3F5TA 1EKEA 1YJ9N 4CFDA 4FPAA 1NK9A 3QBXA 3G0ZA 2G8IA 2Q3SA 3FZFA 2HF4A 3SNNA 1HYSA 5HOOA 1RILA 1YITN 3CC4N 2E2QA 3GL1A 4LH4A 4Z4CA 3N4QA 2YKNA 3VQPA 4CZGA 4B8CA 4DTUA 2GWJA 1UA0A 3Q7CA 3DLKA 2ZF5O 1WB9A 3NGZA 2RN2A 2BE2A 2DFHA 3KLHA 5E26A 4CF0A 4QS7A 2IGIA 4AM6A 1ZBHA 3VETA 2KHOA 1QQCA 4CESA 4BDPA 4YOTA 3MEDA 4BRIA 4YOVA 4B9TA 1N8RO 3SZ2A 3SAFA 3C7NA 5HP1A 2Z1JA 4G1QA 1NK0A 1KFDA 4XEIA 3AO4A 4DR2K 4EZ6A 4JS5A 1S1XA 3T1AA 1XHXA 3D2FB 3M8RA 4C8MA 4B9VA 4CJEA 3SQ0A 4GVMA 4FLYA 1N36K 3ZSYA 1VRTA 1YF5L 3F73A 3SUOA 3HJFA 1QSYA 2NZTA 1UAXA 3A5NC 4O0IA 4R79A 4B1ZA 5HRSA 3DLHA 4FJLA 4YFUA 4Z4HA 1VSLA 4RW6A 1HMVA 5C2FA 1YUWA 3VTIA 3QESA 1WOQA 3MEGA 2NRVA 2HBMA 5TKWA 3RRGA 2O8CB 1EX4A 4BRMA 4DTJA 1SKSA 3HBTA 2ZJQL 5H1SQ 3G6EN 1ZBSA 4WQ5C 5AQTA 3KZBA 4RCHA 1IH7A 1LWFA 3CCEN 4JKEA 2WFBA 5C10A 5J2PA 3PX6A 3MN7A 2G8FA 4LH5A 3CERA 3NH2A 1ASWA 3VF4A 4OLBA 2QM1A 1SZ2A 2XHBA 2DFEA 1SL0A 2ATQA 4N47A 3NAEA 3O5BA 3O6WA 2ZJRL 4BRHA 3HPGA 3SJHA 4B1WB 3SLCA 4Z94A 1IG9A 4BWMA 4ZTJA 5SWMA 4YOXA 4CZJA 4FJJA 3THYB 3IUCA 3AVLA 2W40A 1BI4B 3KWIA 3O4NA 4RTFD 4OPJA 4E0DA 1TK0A 4JI2K 1ESVA 4DS4A 2QWRA 4IZ9A 1V4SA 3RSEA 5JICA 5GIPA 4CFCA 2Y1JA 3QEIA 3RRHA 4BQZA 3U3GA 4J2BA 3VQDA 3CJ7A 3QEPA 3KVGA 4KHPK 4KHNA 3SAHA 3RTVA 3BGRA 2P5GA 4FWLA 3T1YK 3A2FA 1HKGA 3F2KA 4B9LA 3CFRA 3ZEUB 4ELVA 4DV7K 1Q82O 1K8AO 1VQ5N 3TTFA 2LSNA 3PX4A 2P9IA 3SJJA 4W5TA 4C8LA 1RT4A 1HUXA 3RR8A 5AFUH 2Q0UA 3C6TA 4CHQA 4I9QA 4C1NK 3J7AP 4IWVA 5DK5A 3P83D 4RW7A 4CEQA 1S22A 2D0CA 2O8FB 2ASPA 3JSMA 1NWKA 5M1QA 4NLCA 1G15A 4JI8K 1KCFA 3IKMA 2W41A 2QWMA 3EZ5A 1Q81O 3TR8A 3CC7N 3IRXA 3TSUA 2CGLA 3C65A 4CGGA 4BE2A 4F8RA 3HSCA 4FOIA 2VWBA 2RPIA 1EP4A 2KZMA 1RDCA 4FJNA 3DOLA 2XO7A 2ZWHA 2G8WA 2W6KA 2O8BA 4CJTA 3ZSOA 3MN5A 4ID1A 1TL3A 1WSIA 2P9UB 4FWMA 3U9ZA 4A62A 4DTXA 3RVCA 2ASMA 4WQ4C 2HNYA 4JRQA 1XNRK 1B9FA 3TAFA 3ATVA 3CJAA 4DR5K 1ZXOA 1VSMA 2JLEA 2G8HA 2FBVA 4ILGB 2VQEK 4F3OA 3AVFA 3W0LA 4B1VA 3LAKA 4DFPA 4U7BA 1FKPA 1K73O 1KLNA 3CJBA 3O9UA 3VQ6A 1S6PA 1Z05A 4CEOA 3H3NO 2GEMA 4AHTA 4UQGA 4DF4A 5E41A 4DQIA 4FJ7A 1S9GA 3O4WA 1GLDG 3M3ZA 4CJLA 1KRPA 2W42A 2OPSA 3VQ4A 1RGIA 4LF6K 5CYMA 1Z26A 3L2QA 1RDWX 1TUYA 2YHXA 1HKCA 3LZIA 2P9LB 1KQSM 3C94A 3HTVA 3P38A 1VQMN 3N4PA 5DM7L 4DTPA 2YKMA 2NRTA 1S9EA 3IFRA 2UXBK 4FWPA 1X3NA 1JLAA 1U49A 4A59A 2HVHA 3VEVA 4AQYK 1SV5A 1XMOK 5C0YA 2WUSA 1QQMA 1RTIA 1GOBA 2NRHA 4FVMA 3AA4A 4CEAA 1VSDA 1QS4A 3OS1A 3AAQA 2WTUA 4EIAA 5AQRA 1H1VA 3NF7A 4CW7B 4BRGA 3VGMA 3TARA 4J8FA 3HM9A 2XY7A 5B8HA 5AQSA 4FCYA 4BRAA 4XH1A 3OBWA 3AO2A 1ZBUA 3DXKB 1NU0A 1KC8O 3ZSQA 3OYMA 3ZT3A 2JWLA 3DRRA 4W5QA 2P9KA 3OJSA 1DEJA 4A2AA 4JYAK 4BVOA 2UUBK 2DFFA 1GOAA 4DUZK 2QI2A 1Q7YO 3NGYA 4DCHA 1EWRA 1XMQK 4FWKA 1SS6A 5LMNK 4M42A 2A3ZA 4BRPA 2J4RA 1T6CA 1CXUA 1GLLO 5ADXH 4H5TA 1K8KA 2JGUA 3LP3A 1UA1A 2HMPA 2O4GA 3NBPA 4BRKA 3Q7BA 4I2PA 4H4OA 4FVUA 1J9AA 1KAYA 2A1SA 3HYFA 3CCRN 1DKGD 1D9DA 4FJHA 2QKBA 2WONA 1BL3A 3V1RA 3AAPA 4M3UA 2XRIA 2QKKA 5AQMA 1HR0K 3KK1A 1HRHA 4JI7K 4DTSA 1NOZA 1ZC6A 1OVYA 1L5UA 1QQOA 4EFHA 3AVGA 4MLHA 3QNNA 4B1YB 5FRNA 5I42A 4GV9A 3ZYYX 2Q97A 1TYQA 3WEEA 1NM1A 4DB3A 1W9HA 1LWEA 4E19A 1NGEA 4HUGA 4KTWA 2G8UA 4BRCA 1RBTA 4KH4A 4GNIA 1Q86O 2IOCA 3JS6A 4DFKA 1XI1A 3C6AA 1TGOA 3IS9A 4CF9A 3LZJA 2O8DB 4H03B 5F2RA 3SYZA 1BISA 1OKJA 2ZGZA 4FXDA 1BCOA 5LJWA 2ZGYA 3QMLA 4FK2A 4M7YA 5BPNA 1BG3A 4BGBA 1WAFA 5FROA 1ZBLA 3ID6A 3GDQA 5JLFA 3DLGA 2HMIA 3OYCA 3NDKA 4CHNA 3B8AX 2ZJPL 1NJYA 3CCJN 3WXLA 3DWLA 4JI3K 4YHHK 3OTOK 1ZBIA 2VWKA 4B1UB 3WQTA 3ZT4A 4U67L 4IJAA 3VF2A 4JKHA 1S6QA 3SPYA 4KHSA 5BR9A 4H5WA 2FBXA 2HHQA 3RR7A 4WE1A 3KHYA 4DR4K 1IBMK 3WXJA 2GELA 5J1EA 3CQ8A 1J5OA 1J5EK 1NK6A 2ZD1A 1HX1A 4CJFA 3OYEA 1ASUA 4JHDA 1TVRA 2QWQA 3M6GA 4PWDA 3SQ2A 3DI6A 5HL7L 4BR5A 4NXMK 1L3VA 1RBUA 1YT3A 3NH1A 1EQYA 3U8XA 2OCEA 3ID8A 3DYAA 5DM6L 3CI5A 2A41A 4V19S 3V6DA 3C6UA 1VQKN 2HHWA 1EETA 5KPZA 1T05A 3QFUA 3R8EA 4DLEA 5CR4A 4B9NA 3ZSXA 1ZYQA 3K57A 1S1WA 2YJFA 4BE1A 4ID5A 3AY9A 1VQPN 3VEYA 4IOXA 4OPAA 3SAGA 3HXMA 4DQQA 4CD1A 4QS8A 4M3WA 4FLZA 1OVQA 2GUPA 1XUPO 5JS1A 4CHZA 3LP0A 2QK9A 1GOCA 1V4TA 4GVEA 4W5RA 4DSFA 3FZHA 3NFAA 4IXCA 4YORA 1VAZA 1NNEA 4KI4A 3O9SA 1R59O 1BQNA 4O5FA 2YX6A 4Q5VA 3K5LA 1NBWA 4FWSA 1Q18A 4CF1A 3FFIA 1BOTO 3UE5A 3VQ9A 4GW6A 2D0OA 1S5JA 3NMUA 1LW2A 3M8PA 3ISNC 5M1NA 2DTUA 4O0JA 2BH1A 3LDSA 3D2EA 1S1VA 3L2UA 1ZBFA 1WBBA 2HBKA 4DF8A 1KVCA 4DR1K 5FPNA 5FPMA 4JRPA 3CIPA 3VESA 4NLBA 2B4JA 1SL1A 4CCHA 5KRTA 3MXMA 4DFJA 1JLBA 3EE8A 1D9FA 1VQ6N 3HZ6A 5BREA 4B3OA 1L3TA 4KBOA 4OLAA 4NB4A 4DU4A 4AM7A 2HSTA 4FSVA 1U45A 2F9TA 3KD1E 3OYJA 4AHRA 5FDLA 5FRMA 5KTQA 1N34K 4DV4K 4GKJK 4FJ8A 1O13A 3PO5A 4FLXA 1DGKN 2IAJA 3I0RA 4QCLA 2FLOA 4RWTA 1KD1O 4OKKA 1J54A 4M3ZA 3QERA 3NF9A 3VQ7A 4HVJA 1IG8A 3VMFB 4B3SK 3SBGA 3CD6N 3PX0A 4I6MB 4IG0A 4MDAA 1RT7A 1JXBA 1ASVA 4BR9A 1KLMA 3DLRA 4M63C 3B6OA 4IOAL 1E4FT 3UKUA 5C42A 1QSSA 1N5YA 1IV0A 3ZSWA 2YNFA 3T69A 3OW2M 1LAWA 3KIOA 1TYQB 4BC2A 5AQJA 1WLJA 4H0TB 3PO4A 1X9SA 3WUHA 3FZLA 1YVNA 3M8QA 4E7JA 4DSKA 3AVNA 4KV8A 4CVNE 1HKBA 4BGAA 1GLCG 3QICA 1LWCA 3H6EA 1IKWA 1YTAA 2OYQA 5AQNA 4JD2B 1CLQA 1QZ6A 4C8KA 3CCQN 4GV3A 2F96A 3LL3A 2PBDA 3MCPA 4A5BA 2P51A 5C2DA 3NGIA 3THXA 1VK0A 5CE3A 5AQFA 3VGKA 3TAQA 4PUOA 3L8BA 4KB1A 1C1CA 2P9PA 3KLGA 4DV5K 2OPQA 2QEXN 4H0OA 3SUQA 3L4IA 2I7NA 5CYQA 1JLGA 2VGMA 3QB0A 3K5MA 2E8AA 1U6ZA 1N33K 1HJRA 4IO8A 3MECA 2NRZA 1QTMA 4FW1A 1J53A 3E1YA 3HM8A 1EO1A 4DMNA 2B6AA 2UXCK 4HTLA 4DV2K 4CGDA 1OH5A 4HUFA 4DU1A 3S3NA 5AZJB 4BRLA 3MXIA 3GBTA 2E2OA 5LJVA 4ELTA 1TUUA 1NJZA 2HNDA 5JVGL 4BWJA 2NRRA 3CETA 4KI6A 4BG8A 3BDPA 4HWIA 1GLEG 4WFAL 4DR3K 2VYPA 4B9QA 1C0TA 1E4GT 3KD5E 1MA9B 5BN8A 3UIQA 2D0BA 1CZBA 3LP2A 1OH8A 1DTQA 4IDHA 1T44A 3QEWA 2RKIA 3CCSN 5A2QO 3CJ1A 4DTOA 3AVKA 4KHWA 2YHWA 1HPZA 4JKGB 3L3VA 1XQSC 4DU3A 3HP9A 3MDQA 4KHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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