1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
5MLCQ 4U67L 5DM6L 3CPWM 4IO9L 1VQ8N 5HL7L 3G4SN 3CXCM 4WF9L 3CC4N 4WFAL 1VQON 5JVHL 1Q82O 1VQ7N 3CCJN 1YI2N 5GADP 4IOCL 3CCMN 1W2BM 3CD6N 3CCRN 3CCEN 3CCQN 1ILYA 3I56N 1VQ4N 1YIJN 2ZJRL 3CCUN 1YJ9N 3CCVN 3CC2N 1VQ6N 5GAHP 2OTLN 1M90O 2OTJN 1K73O 1Q7YO 1KD1O 1YITN 1N8RO 3CCLN 5H1SQ 4UY8O 1OVYA 2ZJPL 3G6EN 3OW2M 1QVGM 4WFBL 1M1KO 1Q86O 1NJIO 1VQKN 1Q81O 5JVGL 3CC7N 1YJNN 5GAEP 1YHQN 1VQMN 3PIPL 2ZJQL 3PIOL 1KC8O 1KQSM 2QA4N 1VQNN 3J7ZO 1VQPN 1QVFM 1K9MO 3CCSN 3CMEN 4WFNL 1VQLN 1K8AO 1S72N 5DM7L 1JJ2M 3G71N 1VQ9N 1VQ5N 3DLLL 5GAGP 4WCEL 2QEXN 3CF5L 3I55N 1YJWN 3CMAN 4IOAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KA 4CEZA 1LCUA 4H0PA 3RVCA 1HUXA 3IDHA 2XO7A 4BQZA 3VGKA 2P9KB 3P1GA 1E4FT 3CXCM 4N47A 3QO9A 3HYFA 1VQON 4KHSA 1YI2N 3IAYA 4FJMA 4AHUA 4IOCL 2P9KA 4CHZA 4CJPA 5AFUA 3CCQN 3ZT3A 4M3RA 4F2SA 5J2QA 2E2OA 1EETA 1WNSA 1IKXA 1HNVA 3K9JA 5GIPA 2B6AA 3CCUN 2NRXA 4HCBA 1YJ9N 3I0RA 4IG0A 4DR5K 3TABA 1XC9A 4LFBK 4KTQA 4WQ4A 3OVNA 3THXB 4E1JA 3H45C 4A62A 3KLFA 3DWLA 5BPNA 1A5XA 1QQCA 1MWKA 4ELUA 4IOXA 1WSEA 4JI8K 1RILA 4CFDA 2HHXA 2OPRA 3SAFA 3THXA 4PA1A 3HSTB 3KIOA 1BA1A 5BRDA 2Z1GA 3UKRB 4I2QA 3A0IX 3QB0A 1SV5A 1S22A 2P9UB 2E5LK 1VSJA 1BU6O 4O5FA 3AVKA 1LWCA 3TPQA 2GEMA 3A5LC 4YFUA 3U4LA 4IDHA 1DGKN 3UKRA 4CF9A 3AA3A 4FLVA 3P4IA 1BOTO 4OGEA 1TK5A 3ULDA 3PV8A 2KKZA 3OJUA 5ADXH 2D4WA 3TSUA 4FZXC 1KXPA 1NWKA 4BG8A 4OPAA 3OS1A 2QKKA 4BQLA 4BRFA 1NGAA 3OYLA 3L2UA 4DR1K 1JXEA 4ICLA 3S3OA 3HSCA 4CHOA 2KFZA 1QSSA 1K8AO 4AHSA 3JYTA 3TAEA 1R0AA 3AVGA 1YXQA 1OH6A 3DLLL 3L4QA 2IVPA 1QQOA 5KTQA 4CZIA 4HTUA 2GV9A 2XHBA 4FCYA 4YOWA 3JAMO 4CEQA 1RGIA 3J81O 1WB9A 3MEGA 4FJ5A 2KQ2A 4XEIA 2WONA 3NF7A 1RDUA 4IEEA 4WQ4C 5C25A 2ZWHA 3M1FA 4YOTA 1Q82O 1VQ7N 3A5MC 1LW2A 3CCJN 4H0YB 3OY9A 4NYNA 1JLQA 4IBNA 1HQEA 3OA9A 3QESA 3CCEN 4JK8A 1KLNA 4JI0K 2IVOA 1U48A 4IFEA 1WSIA 1QHTA 4C8KA 4RCHA 4KHNA 4CJKA 1BHLA 4MQ3A 1TYQB 3G10A 1HQUA 1RT3A 4BVPA 4CGHA 3CFRA 3HPGA 3FZHA 3SJJA 4CJUA 4UY8O 1NK8A 1RDAA 4EZ6A 3BGRA 3ALYA 1EO1A 1UA0A 1KFSA 4LFCK 5B8HA 5AFUH 3CC7N 3EY1A 1S1XA 1YJNN 3LWLA 1GLFO 4BRPA 4K8ZA 4CF8A 4JKAA 3QEVA 2Z1JA 1O1WA 3ATUA 3OBWA 3J7ZO 1KAXA 1GLEG 1NGFA 1DT9A 1IH7A 3WQUA 3CCSN 5I42A 4CEOA 3CMEN 4DR4K 1S72N 3V9ZA 3WXLA 1VAZA 3V1OA 4Q5VA 1X3NA 3J8AA 5JS1A 3TAQA 4DQPA 3MK6A 1HLUA 3BZKA 5M1PA 3F5TA 4MLEA 5GAGP 4E7KA 4IO8A 2I7PA 4CJTA 4LF8K 4DTOA 3VENA 3CG7A 3HL8A 3OJSA 3NH0A 1JLGA 4DTJA 2ETJA 3I0SA 3C94A 1WAFA 4EIAA 3CC4N 3HOSA 4OKEA 2ZE2A 1W9HA 3ZSVA 3SAHA 4H0XB 2HMIA 4KV8A 5SZTA 3DYAA 1W2BM 5FRNA 5AQQA 1S3XA 3ZSYA 5CY4A 3NVKA 4A59A 3KK1A 3CCVN 5HLFA 3JXUA 3HBTA 3M8RA 4CIEA 1SL0A 1FK9A 2P9PB 4IXCA 3OYKA 2O8FB 3CQYA 3VQ9A 2Q36A 3DLRA 2Q2RA 4ISGA 5H1SQ 1WUAA 4JKFA 1N34K 3LWMA 4DF4A 2P9PA 4CZJA 2O8FA 1BISA 4DR6K 2Z1HA 2BGGA 3U3GA 5C12A 4JKDA 1M1KO 5TKYA 4CK3A 2YHXA 5JLFA 3LALA 3S3MA 1HRHA 3KKRA 2PZSA 3VQCA 3KD5E 2YKNA 1JKHA 2AA4A 3HI0A 3E9OA 4DKWA 4FLWA 2JWKA 4KKOA 2DFHA 3VA3A 3VQAA 1KQSM 3ATVA 4CJ4A 3C65A 3EO3A 4JI1K 4BRQA 4KAZA 3CYMA 3FLCO 4C8OA 3CETA 3DLHA 3SK3A 5EVZA 3AGKA 4YNQA 2HW3A 4BE0A 1GOBA 4QAGA 3T3FA 2HHUA 4FOEA 2ZF5O 1XNQK 4DTRA 5BPMA 1VQ9N 2FXUA 4EAHD 4H5NA 3PO4A 3AAQA 3TARA 4E1NA 1NGDA 4DR2K 3KWGA 1T7PA 1BQMA 3NGYA 2W6KA 4U67L 3KD1E 3ID8A 1B9DA 5LY3A 1E4GT 2DFFA 1S9EA 1BCOA 5C2FA 4FW1A 5C15A 1ZC6A 2EWSA 4WFAL 3THYB 4FLTA 4BC2A 3EN9A 3L4IA 4IFYA 3MCPA 4CZGA 2GX9A 2D0CA 3LDLA 4K41A 3LL3A 3CCMN 4E3SA 1VSFA 4JHDA 1HJOA 3KJVA 2ZD1A 3R9PA 1OH8A 1DLOA 1SAZA 2ZJRL 2WC9A 3O4NA 3THYA 2VCPA 4OX9K 4CGDA 4IJAA 1J54A 1X9JA 4CZMA 3TTFA 1DTTA 3ZX2A 1T3VA 3OYIA 3IG1A 4NCBA 2UYTA 2XY7A 3RMCA 3OYEA 4X66K 3VGLA 1XNRK 1YF5L 2A42A 2ASPA 3QIPA 4NCGA 3CJ9A 3TAMA 4JKEA 1FKPA 2WOMA 1BA0A 4FVMA 3ID6A 4M42A 1KVBA 4GY2B 3QNNA 4NB4A 2E1ZA 2O8BB 4FVUA 2NRZA 3M5RA 2W6LA 1ASVA 4O5BA 2KZMA 2GBZA 4H8KA 3AARA 1EWRA 2VYPA 2VQFK 4EP4A 3K2PA 1C0GA 2O8BA 4CJEA 2FBVA 3VQ6A 2P5GA 1RBTA 4CJWA 4A61A 2E2NA 2X74A 4LY7A 3ISNC 4LF6K 4FWSA 1TAUA 4RWTA 3QEWA 1D4XA 1K9MO 4CZFA 4JLHA 4B1ZA 2OANA 3AV9A 4LFAK 4B8AB 3WQTA 4Z4GA 4HHTA 4GKJK 3O80A 3QETA 1HKBA 2W40A 3OYFA 4B1UB 5I3UA 4H5TA 1U4BA 3EYZA 3H46O 1N36K 1BIUA 4DTUA 4CJ7A 1NG9A 1NU0A 2X6SA 3VTIA 4HWIA 2G8HA 1RT6A 5AZIB 1GLCG 3CPWM 3G4SN 2RKIA 4R5PA 4KHQA 3CM6A 5DK5A 4BGAA 4OPKA 2GWKA 3NCIA 2P9IB 5AZIA 1Z26A 4GVMA 4DUYK 1RT1A 1Y97A 3LZJA 5AQHA 4FSVA 3CCRN 4O44A 4JI6K 3IFRA 3ZT2A 3P31A 4B1WB 1NM1A 2O4IA 3ZT0A 3L2QA 1IKVA 3IS9A 4QCLA 4BVOA 3AA2A 1W97L 3WT0A 4CHYA 3TAPA 1N5YA 3M8PA 3A5NC 5DMRA 1Q7YO 1T44A 3E66A 1HYZA 5AQXA 3SNNA 3AVNA 1RT5A 5TKWA 4AHRA 2O8CA 4O55A 2J4RA 2RN2A 4ID5A 2YHWA 3L2VA 4JN4A 1Q9YA 1IV0A 4FJLA 4CJ5A 4FJIA 1JCFA 3LPUA 2BDPA 3KK7A 2A1RA 4FLXA 4FJNA 1NJWA 1NMDA 2YNGA 3EZ5A 3ZSQA 5BN9A 3EL2A 3S9HA 4BDYA 1ZBLA 4KH4A 4BRIA 1LW0A 3WEEB 1LV5A 2QXFA 3O8MA 5HROA 4E7JA 4IFVA 5AQOA 3NGIA 3HK2A 2E1YA 4FWOA 1TK0A 4B3OA 3UIQA 1C1AA 3WEEA 4Z94A 1YVUA 4BDZA 1JXBA 1U04A 1VRTA 4CJFA 5M1NA 3VOVA 4WFNL 4AHVA 3CPEA 4LD0A 3HP9A 1L3TA 3SUQA 4WYBA 3SCXA 3KWIA 4RTFD 3NHGA 2LSNA 3AVFA 3H3OB 2F8SA 5SWMA 3TWHA 2CGLA 5J1EA 1HNXK 3UKUB 3QFPA 3NAEA 1X1PA 1JCGA 3AO2A 3CI5A 4IO9L 1VQ8N 1DKGD 3THWA 1GLJO 3HT3A 2HSTA 4O0IA 4DQSA 3UKUA 5F0XA 3QNOA 1JLFA 3IMXA 3KVGA 3HJFA 4M7YA 3VEWA 4FJ9A 4CJLA 1QQMA 1FKOA 3P39A 4IDKA 1E3MA 4NO7A 2Q1NA 4HVJA 4I9LA 2NLXA 2E8AA 5C2DA 1K73O 3HO1A 4FYDA 1BCMA 3VMFB 3LDSA 4X65K 5AQVA 1BGXT 1TK8A 3EZWA 3ZSOA 4AH9A 3VF4A 3FZFA 3ZT4A 5BR9A 3CQ8A 4CEAA 4DFKA 2XY5A 1IKWA 1QE1A 4MO4A 1W7AA 2NRRA 5M1FA 3K57A 4DWIA 3G6EN 4ISFA 1TKDA 4CVNE 3SYZA 2E2QA 1RBRA 4JK9A 5CYQA 3D7EO 4RW8A 5FPNA 4DF8A 3ZSZA 4DTXA 4YORA 4EP5A 4CGFA 3ENOA 1QTMA 3W0LA 1MWMA 3K5NA 3VGMA 3WNGA 4C8NA 4L3QA 3CJCA 2QWMA 2D0OA 3O9QA 4CK2A 1XI1A 3ENBA 5M1KA 2P9LB 3TANA 1KVAA 3VEXA 4LF7K 3QLHA 2YNIA 5AQRA 5M1OA 4JNEA 3T1YK 4FO0A 3D6RA 4B3RK 4C23A 2BUPA 4M3YA 4M41A 2P9LA 4O0JA 5JLHA 5KI6A 1HNIA 3KZBA 3LP2A 3J7AP 3R6MA 3SBGA 1T6CA 4OLAA 1C0TA 2P9UA 3F73A 3DLKA 1WBBA 3CF5L 2FSNA 3MEEA 4NYFA 3CMAN 3KTQA 4Y0WA 4CESA 2A6AA 4H5VA 1IG8A 3ZT1A 4B9MA 3LDNA 4CZLA 1KAZA 2Q0UA 2KFNA 5J2MA 1NLVA 1RDDA 3A2FA 4GV3A 2VG7A 4IZ9A 2OA8A 1R59O 2HF4A 5FROA 3OYAA 1HR0K 4PKGA 4QOZB 1KLMA 1UOCA 3QEIA 3CIPA 4F3TA 4MFBA 3FFKB 4BR2A 4DU4A 3GDQA 4BRMA 4JI3K 3JS6A 4C8MA 5JICA 3OYNA 3IUCA 3WUHA 3R8EA 1SKWA 4KO0A 1GLLO 1SKRA 3V1QA 4A5AA 1MDUB 5HRRA 4DV2K 4FM0A 1RT4A 1TAQA 3O9UA 4GV6A 1U2VB 4FXDA 2I7NA 3RMAA 1RDCA 4E0DA 1NJIO 1EKEA 4BRCA 4CFCA 3DRSA 4F3OA 4CF1A 2UUAK 4J2AA 3OYHA 2CGKA 1NBWA 3VN5A 4DV3K 3VQ7A 5HOOA 1U2VA 3TSQA 1WSGA 3SLCA 1JL1A 3HZ6A 4BRNA 3QMLA 5C0YA 2JLEA 1TYQA 3E01A 5E84A 4FK4A 3HPHA 3SQ4A 4MLHA 2O4GA 4KB1A 1EXQA 1CZ9A 1RDWX 4F9OA 3O3FA 1LWFA 4M45A 3V9WA 5JS2A 5DM7L 2QK9A 3OBYA 3Q7CA 1DEJA 4ID1A 3A8YA 4JKBA 1VSLA 4B08A 2KZZA 3E1YA 1X3MA 3AA4A 3HM9A 1C1CA 5DM6L 2ZGZA 3ENHA 3TU5A 4C8LA 3AVHA 4GMJB 4LH4A 3VEVA 1WSFA 1VSDA 2FSKA 4FZYA 1U45A 4BROA 1UA1A 4B3SK 3VQ8A 1CZAN 3ZETB 3BF3A 4GNIA 3RMDA 1BUPA 1VSEA 3OYJA 4H0OA 2XY6A 3I8DA 4B1YB 2NRHA 1O13A 2B4JA 2JGUA 4KH6A 2HHVA 5AQIA 3NGZA 3ZETA 3CHWA 4CK1A 2BE2A 4CERA 3RR8A 1DTQA 3LP0A 5C24A 2RHKA 1KD1O 3OHRA 1YITN 4O8UA 1OH5A 3VQ4A 3RRGA 2HNDA 3HVRA 5AQJA 3NMUA 4KI4A 1WLJA 3CQXA 1C0MA 4GKKK 3HP6A 4I6MB 1X9WA 3QIOA 2HBLA 2IDOA 4CD3A 1YTAA 3NF6A 4B3MK 4DSIA 1Z05A 4DTMA 1XWLA 1UWBA 1HPMA 1TVRA 1WBDA 1HPZA 2HHSA 3SZ2A 1JLAA 1WN7A 4I6MA 4KPYA 4B9VA 1JCEA 5CE3A 4ZHRA 2W42A 3AGRA 1KAYA 4IEIA 4H4OA 1RFQA 4BR0A 4A2AA 4KBOA 3MXIA 3L3VA 1BDGA 1T05A 3VQPA 2VQEK 2E4LA 4K42A 5LMNK 5KQ8A 1EP4A 2RE2A 3O9RA 1ATSA 1VK0A 3HVTA 3AO3A 1W0HA 3DXMB 3GBTA 1T03A 3HRGA 5FPEA 4RW7A 1NGGA 3EKSA 5GIOA 3TTCA 3LZIA 4JRPA 3MN7A 3SBTA 4CGIA 3BUZB 1EX4A 3DXMA 1IJJA 1CZBA 4B9UA 3KLHA 2HVHA 4N41A 4K25A 4A57A 2QWNA 2ZGYA 1NK5A 2BH1A 4DV1K 2Q0RA 3OYMA 1Z6RA 3L8BA 3NF9A 2UU9K 2HB5A 3O9SA 3OYCA 1TUUA 2DPNA 4QS9A 4E7IA 1OKJA 2WBNA 2HOEA 3LANA 4B3TK 4CJQA 3KK2A 2NNWA 2IAJA 2FC0A 3V6DA 1XUPO 1T6DA 4AF1A 3H1QA 3MXJA 1IBLK 1WAJA 3VESA 3K5LA 4RW6A 4H0VB 4M3UA 3PO5A 5I9EB 2RF2A 3LP1A 4WQ5A 3O5BA 3FZMA 3N4PA 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5IT9O 1YVNA 3KLGA 1QVGM 1NK0A 4H4MA 2P9IA 3LDOA 1Q86O 2VGNA 3NBPA 5AQPA 3EE8A 4F4KA 3FR0A 3IRXA 4CD1A 4M3TA 4FL9A 3B6OA 1VQMN 1G99A 3PIPL 4DV5K 3PIOL 4O8KA 1VQNN 4FWNA 1XHZA 3PX6A 4BE1A 2NZTA 2WTUA 3DLEA 2ASMA 3PLAA 4KH5A 1RBUA 3SUOA 1A5WA 3T19A 3DLGA 2FBTA 1JLCA 2IVNA 1J5OA 4CBUA 1XC3A 2AP1A 3VEZA 4ELVA 1KCFA 4DFMA 3LP3A 4YDUC 4PHTX 4FJ7A 3FGUA 2D0BA 3ZLJA 5CR4A 2E88A 3OYGA 3O6WA 5MLCQ 4CJVA 2HBJA 4BR4A 2OPPA 2B5JA 2OCEA 4BRDA 3UE5A 2F7TA 2CH6A 1HKGA 2YCHA 1SL2A 3EEQA 3PX4A 2PBDA 1BIZA 5KRTA 2HBMA 3NF8A 4Y1CA 3H08A 1S1TA 3J7YP 4KI6A 3QICA 1C6VA 4G1QA 4QS7A 1L3SA 4FJXA 4DS5A 4W5NA 3VF6A 4LH5A 2HF3A 5AR0A 4BRLA 3RR7A 4ISEA 1BI4B 4W5QA 4CE9A 2IIRA 5AQYA 5J2PA 4CIGA 3D2EB 1EWQA 2Z1IA 4CBXA 4JKGB 1BL3A 2Y1JA 1D8YA 2ZJPL 3DAWA 3AO4A 4DLGA 1NOYA 1ZXOA 4K0KK 5AQMA 1BI4A 1NGHA 1XQSC 4DTNA 1NKBA 3D2EA 1RTIA 2PYLA 4OKJA 3VEOA 4JKGA 4ELTA 3O9TA 2ATQA 1NK4A 1VSHA 4ZTFA 4FPAA 4L8RB 3QDKA 2H3GX 4BWMA 4NLBA 4CJSA 1LWEA 4FWPA 4CHQA 5J2NA 3U3YA 4BWJA 2QWRA 4J8FA 1ESVA 4BG9A 4JAXA 1NJYA 1I39A 3U6FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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