1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
2OTJN 3G71N 1ILYA 1VQ4N 4WFAL 4WCEL 1YJNN 3CPWM 1NJIO 3CCMN 3CCVN 3CCJN 2QEXN 4UY8O 3J7ZO 4WFBL 5MLCQ 5GAHP 1S72N 4IOCL 5JVGL 5GADP 1VQKN 4IOAL 1YJWN 3CMAN 1KQSM 1VQ9N 1K73O 5H1SQ 2ZJPL 1VQ6N 3CCRN 3CF5L 1VQPN 1QVFM 1YJ9N 1KC8O 1YI2N 5JVHL 3CC7N 4IO9L 2ZJRL 3CC4N 4WF9L 1VQMN 3G6EN 1VQNN 3CC2N 5DM7L 1VQ8N 2ZJQL 1YIJN 1K8AO 3DLLL 1M90O 1JJ2M 3CD6N 4U67L 4WFNL 3I56N 3I55N 1VQLN 3G4SN 1YITN 1Q86O 3CCEN 1KD1O 1K9MO 1QVGM 1Q7YO 1W2BM 1Q81O 1YHQN 1VQON 1N8RO 1VQ7N 2QA4N 3CCUN 5DM6L 1Q82O 3CCLN 5HL7L 3CXCM 1M1KO 3OW2M 5GAEP 3PIPL 2OTLN 3PIOL 3CCQN 3CCSN 1OVYA 5GAGP 3CMEN 1VQ5N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FOEA 3ZSYA 2A1SA 3OTOK 3ZT4A 4JKDA 4GMJB 2VWKA 3CPWM 1ASVA 1NJIO 1K8KB 2I7PA 5JLHA 4IJAA 4CZMA 4DSIA 2Q0RA 4DSJA 3TABA 2KHOA 2XO7A 4MQ3A 2GUIA 2ZF5O 1BQNA 5JVGL 3JXUA 3QO9A 1C0FA 1NGIA 2GBZA 3NGIA 4XH1A 3TAGA 2HBJA 5BR8K 3M3ZA 3QICA 5C15A 4DTOA 2KFZA 4JKCA 1NMNA 2D0OA 4HUGA 1NGDA 5EOYA 3VESA 1RT3A 1T05A 1XI1A 2A40A 5FPDA 4H0VB 4A61A 3LDLA 5KI6A 3M6GA 3KK1A 2FSNA 4FOIA 3NF6A 1KVCA 3HJFA 3L6QA 2WOMA 3KWGA 4FSVA 4FYDA 1ZBLA 4A5AA 4K25A 3MN9A 4B3MK 3VEXA 5DM7L 3VF2A 4QAGA 1XMQK 5CZ1A 1IBMK 2QM1A 1HNIA 4M7YA 4U67L 2WONA 3P38A 4FLXA 2YJEA 3WQTA 1N6QA 2NRWA 3U9DA 5AR0A 1RDUA 1NK8A 3AA5X 1HUXA 2GWKA 4EIAA 2XY7A 5AQSA 2VQEK 3QEIA 3ULEA 3LP0A 3F5TA 3Q7BA 1W97L 4IXCA 4CZLA 3SBGA 4EP5A 1NGFA 2UXCK 2HNDA 3LDOA 3KJVA 4CEDA 4FZYA 3TSPA 2ASOA 4M63C 3U6FA 2F96A 4DU3A 3SJHA 2P9PA 4RCHA 3VEZA 1O1WA 1ZXOA 4JI6K 5K14A 5AJ3K 3O3FA 3G71N 3TARA 3AVMA 3O9TA 3SV4A 4CJLA 1YJNN 3I0RA 4B9MA 4B1VA 1KLMA 3HL8A 2E5LK 4YNQA 4YY3K 4O4GA 3ASMA 5EXWA 2IOCA 2HBKA 3K5OA 4CZJA 3VQ5A 4FK4A 1MU2A 4H0TB 1RBRA 2WFBA 5HRPA 1B92A 4DLGA 3FR0A 4JKGB 4CJ7A 4A2AA 1RT5A 3SQ4A 1JCGA 3VQ6A 1ZC6A 4CJFA 4AQYK 2O4IA 3SQ1A 1IJJA 1XUPO 4DV2K 1VRTA 2KZMA 3ENHA 1HMVA 1MDUB 2GWJA 3M5RA 4JI3K 3RRGA 3QETA 3PSIA 3SAHA 1HPMA 3O9QA 2Y1IA 1NK0A 1S1UA 1WUAA 3CI5A 2P9LA 3AGRA 1OH7A 1QQOA 1VQMN 4ILHA 4YORA 3DXKB 3TI0A 2B4JA 2HHHK 3CC2N 2DFEA 1YF5L 4CJ5A 4BR2A 3QEWA 3V1OA 3U3YA 4CK3A 1YIJN 4ICLA 4E19A 2ZE2A 4ISFA 5CHIA 4CJUA 2QWLA 5AQXA 1BCMA 3DYAA 3FLCO 4JAXA 1QS4A 4XH4A 2ETJA 2V7YA 1GLCG 1TV6A 3B6PA 1VSMA 4RW6A 4B1XB 3NF7A 1WN7A 2FBYA 3VQ7A 4HUEA 3DJCA 5BRHA 3CJAA 1W2BM 4J2AA 1X9SA 3EZ5A 3CCUN 5DM6L 2BH1A 1I3AA 3PX4A 3IDHA 5C2DA 4LSNA 4KKOA 1IG8A 3NGYA 4J8FA 5ADXH 2GTDA 2VWJA 4AM6A 4PY5A 4BRQA 5C10A 4CBUA 2HHXA 1LWFA 1BL3A 4DV6K 1W0HA 3CYMA 5SZTA 2D1KA 5FDLA 1SL1A 1V4TA 4CVNE 3S3NA 1LWEA 1BU6O 4BROA 3UKRB 4O0JA 1TUYA 2W40A 3UKRA 2KFNA 2OPRA 1NGEA 3F73A 1S22A 2HMIA 4Q0BA 4OO1J 4E7LA 4I9LA 3SAFA 3L2QA 1KFSA 1C1CA 1HQUA 4O44A 1NK6A 1L3VA 3WXKA 3A2FA 1KQSM 4FK2A 4E1NA 4OKJA 4E89A 3LL3A 2P9PB 3H1QA 4JK7A 4C1NI 4FJ8A 4BACA 1GLFO 4DR3K 1WSJA 4J2BA 4BQLA 2FBXA 4CJEA 3PSFA 2HVHA 5AQYA 3V1QA 1YI2N 4BRAA 1IO2A 4CHPA 3AVHA 3S9HA 3VQDA 4DR7K 3VQ8A 4O8KA 1HJRA 1CZAN 3FFKB 5CYQA 3ZEUB 1S1TA 4A59A 3L8BA 3ULEB 2E8AA 3VGLA 4B1YB 4OJRA 4DUZK 4LFCK 4N47A 2QKBA 1P90A 2ZJQL 3HYFA 4DF8A 2BANA 4DU4A 5AFUH 2P9LB 2J4RA 4CESA 3ZSWA 3T1AA 1SKSA 4H0PA 4KV8A 1QSLA 2BDPA 1QZ5A 3HT3A 3O3GA 4KI4A 5AQZA 4FJ9A 3K2PA 4BGBA 3MCAB 3D2EB 4BR4A 2HHTA 3V9ZA 4BGAA 3OYCA 3PX6A 1Z6RA 2FSJA 5D3GA 4K8ZA 4DFPA 4BC4A 2Q0UA 1EWQA 3DLBA 2F8TA 2YKNA 3JYTA 4F8RA 3NH0A 1Z26A 1VRUA 4YOUA 3AVBA 2GEMA 2VG5A 4GKJK 1Y64A 1KLNA 2B5JA 2BE2A 1HNZK 2YJFA 3HI0A 2HBLA 3UE5A 4BR0A 3LDSA 1BO5O 3HO1A 4BRKA 4WFBL 1IBKK 4FLVA 4EAHD 3V1RA 2P9NA 3MX5A 4R5PA 3QFPA 4DTMA 3QNOA 1BQMA 1Z25A 1H1VA 2FLOA 2P51A 1S6QA 1QZ6A 2AJQA 4DUYK 2P9IB 2X74A 2UXDK 1GLJO 2Q2RA 4F9OA 2Z1GA 4CZIA 4IEEA 3GG4A 3ZLJA 3AV9A 3E1YA 2OZMA 2D0PA 1QHAA 3VA0A 2E20A 3O4NA 4M3RA 1TL3A 4KTZA 4O5BA 5BRDA 3A8YA 4MO4A 4M42A 3MX2A 4PKHA 4JI1K 1MWMA 3DOLA 3CJ9A 2X6SA 1U04A 3WNFA 1RBUA 2XY5A 4IKFA 3L4QA 4CK2A 4I2PA 4CIFA 4W5QA 2E2PA 4N76A 1VK0A 3ZSZA 3O6WA 4E1JA 3MXIA 4KB1A 3K9JA 1WSIA 3THWB 3O5BA 2ZGZA 3GOIA 2G8WA 3I56N 3I55N 1S1WA 4FVUA 1TKZA 2FSKA 3I8DA 4FPAA 3RMBA 4V19S 4HHTA 3MN6A 4IFYA 1T3VA 4CGGA 4B3OA 1ITGA 5KQDA 1SUQA 3O1WA 1QTMA 2O8CA 5AQJA 4DTNA 3VETA 4BDZA 3P4IA 2VGNA 4B9NA 3G25A 4FK0A 4Z4HA 3OHRA 3AVGA 2A6AA 3QFUA 1D8YA 4DTXA 4JI0K 3QB0A 3TAPA 1EXQA 5BR9A 3MDQA 5HOOA 4CJ4A 3EO3A 5FPEA 3OJSA 4EHTA 3WUHA 3R3LA 1VSEA 4PWDA 2KLAA 5JICA 3MMVA 5DMRA 3LALA 4M7XA 4WQ4A 4DWIA 3U4LA 3ZT2A 4WYBA 5C2FA 3T69A 3AA4A 3KLFA 1LW2A 5MLCQ 2G8HA 4CJKA 2A42A 1CXUA 3CG7A 3W0LA 4KRFA 1ASWA 4CZHA 1NK5A 4M3ZA 4U7BA 1NOYA 3K5LA 5KRSA 3OYFA 2JWKA 3H08A 4DTSA 1LV5A 3HVTA 3JSMA 3ZSVA 4DTUA 1ZBUA 4BRPA 2XY6A 2E4LA 5J2QA 4FJGA 4HCCA 5BREA 3K5MA 5AQUA 3GL1A 1GLBG 1U49A 4CFAA 4IO9L 3DLHA 3ZSOA 1TKTA 3SPZA 2YKMA 3QINA 3C7NA 3KKRA 4JKFA 4BG8A 3T1HK 3VTHA 4FWMA 4KHWA 2ZWHA 5EU7A 1KTQA 1YXQA 1HPZA 1NKBA 1JJ2M 2P9SB 3IS9A 3LP3A 5M1KA 2Q3SA 1EWRA 2GUPA 3THYB 1YAGA 3LP1A 3VENA 3K58A 3AO5A 4E7JA 2LSNA 1HRHA 3DWLA 5HP1A 3PUFA 4JD2B 4YOVA 3QEVA 5AQQA 4CHQA 2IDOA 4I7FA 4B1ZA 2YHWA 4WQ4C 3VERA 1KRPA 4QS8A 1QQCA 4PKGA 1KVBA 4M3XA 1XMOK 2P9IA 4KHNA 4Z94A 1HLUA 4K43A 3KD5E 4ZTFA 3FZFA 1RTHA 3TTCA 3UKUA 5GINA 1HKGA 4JEPA 3BP8A 3CJ7A 3TTDA 1IG9A 3DLRA 4YOTA 5FRMA 4DMNA 2FBTA 3NF8A 1I94K 2HHQA 1JLCA 1RDCA 2Q97A 4DTJA 2JLEA 3AO4A 4E7IA 1CLQA 3SPYA 4XH5A 3AVKA 4KO0A 3KLIA 4W5OA 1CZBA 2IGIA 2QK9A 1VHXA 4JI7K 4CFDA 3HPGA 5HRNA 1IV0A 3LZJA 2YHAA 3KK7A 4A2BA 4CJSA 1VQKN 3RMAA 4CGHA 3CMAN 1UWBA 1FKOA 3L2VA 3EYZA 2O8EB 1SKWA 1NGJA 3RSEA 3C65A 4OGEA 1DKGD 3QMLA 5C42A 1WSHA 5AZJA 4FJIA 1JLGA 2Z1IA 2QWRA 2Q36A 4NXNK 3OYHA 4CZFA 2OCEA 4LF7K 2GV9A 4W5RA 3NFAA 4ZTJA 2ZM6K 5AZJB 1RT7A 1VQ8N 1RILA 1XHXA 4YOXA 4FJLA 3NMUA 2E2OA 4FLZA 1X9WA 1TYQA 1NJXA 4X64K 5TKYA 1TUUA 4WFNL 4CJWA 1YVNA 2AP1A 1YITN 3VQCA 2XRIA 4H03B 4KB0A 2CH5A 1C0MA 4BE1A 4FJXA 5KPRA 1VSKA 5LY3A 5BN8A 2WUSA 4CIEA 4HWIA 3UB5A 2WTUA 3V4IA 2NNWA 3CJ1A 4AHVA 3ALYA 2VYPA 1BUPA 4BR7A 1TK8A 5AQOA 3CCSN 4IWVA 4DV5K 4KREA 4CD3A 1SKRA 3OA9A 4DQ8A 2QTDA 1C0UA 4CZKA 3CMEN 3QNNA 3ZT3A 1ATSA 3V9WA 5AQLA 4ILGB 4E1MA 4TSXA 1RDAA 4RG8A 1BI4B 3CCMN 3D2FB 1RT6A 5CE3A 3R1XA 4DSKA 2IS3A 5GAHP 4JI2K 2HHVA 1S9GA 5I9EB 3SZ2A 5E26A 1SL0A 1DTTA 4JRQA 3LANA 4LF9K 3WEEA 4DKWA 1LCUA 5AQNA 3OYGA 3HOTA 1JXBA 3VOVA 1XNQK 4PL7A 3SBTA 5JVHL 5DK5A 4B3SK 3OYLA 3V81A 1WAFA 1GLLO 3U8XA 3MAQA 5J2PA 4DB3A 2E2QA 2Q1NA 4N41A 3FZHA 2IAJA 4CJ3A 1A5WA 4ID5A 1WSEA 1EX4A 1VSIA 3R9PA 5LJVA 3RRHA 3L0QA 3G6EN 3HXMA 1XHZA 2PYLA 1QQMA 4FWKA 3OS2A 1RTJA 1IKVA 3C6UA 1KXPA 1F21A 1S1XA 2CGLA 1VAZA 3ZSRA 3V9XA 3DXKA 3EE8A 5HBMA 3HPOA 4YDUA 2CH6A 2D0AA 2IVPA 1DT9A 3E9PA 4KTWA 4OVLA 3R8EA 1RBTA 5BPLA 3NDKA 3OYDA 1NKCA 3EZWA 4QCLA 1QSSA 3JAMO 4CF8A 4H5NA 1K9MO 1D9FA 1KAZA 1BIZA 1R59O 1JLEA 2YX6A 1NJYA 4DFKA 3M8SA 5LMUK 1VQ7N 4OGCA 1WSFA 2KW4A 4BREA 1U2VA 4FXDA 3FE1A 2NRRA 4A62A 4BY9C 2QXFA 2P5OA 4DHYA 3CCQN 3C6HA 3HM8A 3ID8A 4CK1A 5KPTA 5CR4A 5BN9A 3T7ZA 4X65K 2KTQA 5GAGP 2FF6A 1D5AA 4RW4A 5C12A 3VF4A 3VQ4A 1HKCA 3RMDA 2VGMA 4CJRA 1VQ5N 3G10A 4NXMK 4BDYA 4CHOA 3TU5A 4NO7A 2UYTA 3RTVA 4CZEA 4H0OA 4OPKA 2FBVA 3J7ZO 1GOBA 4YHHK 2A5XA 3CPEA 1G99A 1BGXT 3L2WA 1QE1A 3OYKA 4JI5K 4CEBA 4MO5A 4DS5A 1U4BA 3E9LA 3PX0A 3D7EO 4DQIA 2OPSA 5BPMA 1SQKA 3ZSXA 2W42A 4FM2A 4E3SA 3SK3A 1ATRA 3I0SA 2NUBA 3OYIA 1BA1A 4IDKA 3TWHA 3THVA 1QVFM 2NLXA 1HR0K 3NH1A 1TVRA 3IRXA 1KFDA 4M45A 4B9VA 2O8FB 2YNGA 3NH2A 4GNIA 1EETA 3FZKA 1SV5A 4CGFA 4YDUC 3HOSA 4FW1A 2HOEA 2JGUA 2HVIA 3ENOA 4GV6A 1JLQA 4BRCA 3LAKA 4H0XB 3K0SA 3RVCA 3DXMA 1NGHA 3AVFA 3M8PA 3ZX3A 3EKUA 3HBTA 2RE2A 3NVKA 2YI1A 4AILC 1NGCA 2VG6A 4J2DA 3DMJA 5KTQA 3O9UA 4H4OA 1FW6A 4K41A 2P9NB 1KAXA 2B6AA 2QXLA 3SQ0A 4FPBA 4DV4K 2D4WA 3CHWA 4BC3A 2VG7A 3OYEA 1JCEA 1HNXK 4K8XA 4PQUA 1QHTA 3E9OA 1DLOA 3J81O 1Q82O 2V7ZA 2WC9A 4C8LA 3MK6A 1S3XA 4CEEA 3CFRA 5M1OA 3WXJA 3PIOL 3KIOA 4IG3A 1NU0A 5JMVA 4DR2K 2PYJA 3QBXA 3RSEB 4M3YA 2RKIA 3B6OA 3A5LC 3U3GA 3VA3A 4JKBA 4C8KA 3UIQA 3S3MA 2O8FA 4JV5K 1HQEA 3VQPA 2EX3A 3ZEUA 2WBNA 1WB9A 2OPPA 4PUOA 4F2RA 4DTPA 3D2EA 4O0IA 4BE0A 2CGKA 1N34K 2G8VA 3EL2A 2QEXN 4DV7K 2DTUA 1RGIA 1U48A 5GIPA 2HW3A 1BISA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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