1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
2ZJRL 3CCLN 5GAEP 1QVGM 3G4SN 1M1KO 1KQSM 3CPWM 1Q82O 4IOAL 3PIOL 2QEXN 5H1SQ 3CMEN 1KC8O 5JVHL 1YIJN 3CCJN 3CCSN 1YJWN 1VQON 1VQ8N 1N8RO 1VQKN 3DLLL 1S72N 1K8AO 3CCRN 1Q81O 3CXCM 1YHQN 2OTJN 3G71N 4WCEL 1Q7YO 1NJIO 1VQNN 3CC4N 1K73O 1VQPN 2ZJQL 4WFNL 3CCVN 5GADP 1YITN 4UY8O 1YI2N 5DM6L 1W2BM 2OTLN 1VQ9N 1ILYA 3CMAN 3OW2M 3J7ZO 3CC2N 3I56N 3CCEN 3I55N 1VQ7N 3CCUN 5GAGP 1Q86O 3PIPL 1QVFM 2ZJPL 3CCMN 4IOCL 3CC7N 4IO9L 4WFBL 1OVYA 5HL7L 1VQLN 4U67L 1YJNN 3CCQN 1K9MO 3CF5L 5JVGL 1VQ6N 1VQMN 4WFAL 5MLCQ 5DM7L 3CD6N 2QA4N 1M90O 1VQ4N 5GAHP 4WF9L 3G6EN 1KD1O 1JJ2M 1VQ5N 1YJ9N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HSTA 4CGGA 1XNQK 3H1QA 4CJPA 3J7AP 1VSJA 4FWOA 4N5SA 3QFPA 1LWCA 1KAYA 3D2FB 4FM2A 3OYBA 3OYJA 3TAMA 1TUUA 3RRGA 3ZSWA 2AP1A 3ASMA 4FM0A 2KFNA 2O8CA 3E9OA 2RF2A 3A5MC 3ENHA 4BC5A 5E84A 2PYJA 2UUCK 5AQGA 2YNGA 1XC3A 1RTJA 4A57A 2GUIA 4CBUA 4DSLA 3WQTA 2QWPA 4WYBA 1ZYQA 3PO5A 4CZMA 1S72N 4OPHA 4BRPA 1VSMA 2E8AA 1TK0A 4FZYA 4Q5VA 3ZEUB 2VGNA 4Q0BA 2HB5A 1Q7YO 3RWUA 3NF6A 2IVNA 1YXQA 2O8EB 1GLFO 2PAVA 3B6OA 1QSYA 2A5XA 4J2AA 3A0IX 2PBDA 4DKWA 5AQTA 1E3MA 2ZGZA 2DPNA 1NU0A 4RTFD 2F9TA 3LP3A 4KHSA 3AVCA 3M6GA 3SQ4A 4OVLA 5BRDA 3K59A 4N56A 2BANA 4IXCA 2D0CA 3E9PA 1ILYA 3WEEB 2NLXA 4BRMA 4DV7K 4IWVA 4CF1A 1KAZA 2KZMA 4LF4K 1HUXA 4BRCA 3OJUA 3K5MA 3RR7A 5AQKA 4M42A 3QLHA 5JICA 1N5YA 2P9KA 3CC7N 4WFBL 4BC3A 2HHVA 4M41A 4C23A 4WQ5C 1YJNN 1UAXA 3A5NC 1U45A 3ZETB 1UOCA 5HRNA 4FCYA 3FFKB 3ZYYX 4PUOA 4AQYK 5JVGL 4BRHA 2I7NA 2VG6A 3HYFA 4GMJB 4LSNA 5D3GA 2B5JA 2YCHA 3BY5A 3ZSQA 2P9UB 3V1OA 1S1WA 3SYZA 4BQZA 5FDLA 3LAKA 4K25A 3THXB 4O0JA 1GLEG 4FJ9A 3HO1A 3KK7A 4A61A 2BTFA 3DOLA 4B1XB 5AQRA 3A2FA 3FZLA 4IEIA 4BQLA 3AO1A 1WSJA 3G0ZA 5BPNA 3CFRA 2W6KA 3CETA 4CJ3A 4FW1A 3TSUA 4BDPA 1NK5A 4M3TA 1N8RO 4BGBA 1W7AA 4H0TB 4DQ8A 1D9DA 3KZBA 4G9ZA 2VWBA 1QS4A 2KLAA 1XWLA 1ZC6A 3MEDA 3QNNA 1RT1A 2Y1IA 1BI4B 1A5VA 4IFEA 1BCOA 4IDKA 4I6MA 2Q1NA 3O80A 1Y97A 4HCBA 1BGXT 1MA9B 2YHBA 3AV9A 3QICA 4BE1A 4DLGA 3NE6A 3PX4A 4CGHA 3WXKA 1RT3A 1UA1A 1T8EA 4CGFA 5AQSA 1IKXA 4K41A 3UKRB 4YOVA 5CE3A 2XO7A 4LC9B 1JCFA 3IKMA 4BC4A 4X66K 5AZJB 4IEEA 3WNHA 2OZSA 2F7TA 3SNNA 4U7BA 1RT2A 4Y1CA 2VQFK 3D6RA 5AJ3K 3OYAA 3HSCA 2CGJA 5JMVA 1G99A 2WUSA 3VF4A 2O4GA 3U3YA 4DU1A 2E2PA 1N6QA 1TYQB 1RILA 3OYFA 1VSDA 4CFDA 2HVHA 1QSSA 3B6PA 4CEZA 3GG4A 2VQEK 4ELUA 4DR7K 5B8HA 1RTHA 4B9LA 3TSQA 3VETA 2QTDA 2P9IA 2ZJRL 3QEIA 3OYDA 2GEMA 4ISEA 4B1ZA 2UXBK 5CYMA 1J5OA 1IV0A 2RHKA 1M1KO 4DCHA 3CJ7A 1KQSM 3AGRA 4X65K 3K57A 1WOQA 3ZT2A 5AR0A 3MN6A 1A5WA 3VEWA 2QEXN 4B9QA 4FWSA 3JXUA 4C8LA 4M7XA 1NKBA 5JVHL 1RT6A 4XH1A 4CVNE 3HP6A 3HTVA 1VQ8N 5BPLA 2FSNA 3UIQA 4O5BA 3O6WA 2QWQA 3PO4A 4O44A 5C10A 2PY5A 2HHWA 3T69A 2WTUA 4GW6A 3VF2A 4J8FA 3GDQA 1S3XA 3CC4N 1TGOA 2IAJA 4CJ5A 3OS2A 2BDPA 4JI7K 4ZHRA 1VQPN 4F9OA 3MXJA 3Q7CA 4EZ6A 3OYNA 4PY5A 5KPRA 4CF0A 3LDSA 1HKBA 3KD1E 2CH6A 2VG7A 4YOTA 1DKGD 2GX9A 1DTQA 4LF8K 4BREA 2FSKA 4BACA 4CHOA 2FLOA 2IOCA 3VQ4A 2HBLA 1BWFO 3CC2N 1X3MA 3C6HA 3WT0A 2G8UA 4KAZA 2D5RA 1R0AA 1IH7A 3I8BA 3W0LA 3OYLA 4DUZK 3TI0A 4Z4GA 1QVFM 4JEPA 3QESA 4DV6K 3K5NA 2E6MA 3SK3A 3D2FA 4E1JA 1OVYA 4DFPA 1QHAA 2DFHA 5CY4A 4M3YA 3THVA 4BVOA 4M3WA 4FWQA 3EY1A 1HYSA 4KTZA 2F8SA 1HMVA 3HVRA 3TSPA 4JD2B 4OKKA 3SBGA 2FXUA 1WSIA 4FZXC 3NF7A 4CZEA 4C1NI 5C24A 3ZEUA 1C1BA 3KWGA 1YJ9N 5AQOA 1RDDA 2O8EA 3VOVA 3O3FA 1YTAA 1E4FT 3BF1A 2KHOA 3MXIA 3CCLN 4BRIA 5C25A 2E2QA 3ALYA 4NYFA 4PL7A 3QERA 4WQ4C 3WUHA 2YNIA 3CPWM 4CECA 3MXMA 4A59A 1NGAA 4IDHA 4CK3A 1C6VA 2E2NA 1D4XA 2D0OA 3WEEA 1P8ZA 3MN9A 1VHXA 1ESVA 1EQYA 5M1OA 3MECA 3O9TA 2A6AA 3VQCA 3BUZB 4BRDA 3DRSA 2F8TA 3MDQA 3J81O 3SBTA 2NRRA 3DLEA 3CCRN 4FWPA 4CK1A 1V4SA 2BUPA 3HM8A 4FPBA 4BY9C 3ZETA 1XUPO 4MQ3A 1WNSA 4E7JA 2QWNA 4M3RA 1YITN 3JS6A 3V9SA 1N36K 4UY8O 4FXDA 3TTFA 3C0BA 2KFZA 4B9TA 4CJFA 4KHYA 4PWDA 2VWKA 3E9LA 3QEVA 1FW6A 5GINA 5KRSA 3ID6A 3HRGA 2P9UA 3TR8A 1UWBA 4KRFA 5I9EB 5FPNA 2JLEA 3I55N 3ZSRA 3ZLJA 3U9DA 3PIPL 2GBZA 3OVNA 2NRXA 3TAGA 5EVZA 2RKIA 2W41A 3KIOA 4YFUA 3QINA 5HL7L 4ID5A 1RTIA 2Z1HA 1XHZA 3Q7BA 5EX5A 2D4WA 3HI0A 2J4RA 3L3VA 4AHCA 2OCEA 3SLCA 1NJYA 2PZSA 4AHVA 3VENA 4MLEA 4CJ4A 4GV3A 1YTUA 3FLCO 1T6DA 3FZMA 4AHTA 3P39A 3AA4A 5M1FA 1WUAA 3NAEA 3VESA 4CHPA 3WNGA 3NFAA 3DLKA 2FF3B 1BI4A 2P9PB 5AQVA 3CYMA 3SMPA 2XY6A 4O0IA 3QFUA 4KFBA 5BR9A 5IWAK 2VWJA 5CZ1A 5ADXH 4M45A 5F0XA 1JCEA 1Z6RA 4CIFA 3GOIA 3QIPA 5SWMA 3O4QA 4WE1A 5KTQA 1RDBA 4HTLA 3UKRA 1T6CA 2O4IA 1TKDA 5AZJA 1KVAA 1QQNA 4KKOA 3THYB 2Z1IA 5CZ2A 3KHYA 3U3GA 5AZIB 4CESA 2CGLA 4WCEL 1DLOA 3T1YK 3EZWA 1TYQA 3DYAA 4JK9A 3QMLA 4JKAA 3VF6A 4DQSA 3PSFA 4FLZA 2HF3A 4FJXA 4DTNA 1J54A 1HNIA 3SCXA 5AFUH 1L3TA 5BREA 4NO7A 3WQUA 1QZ6A 4CIGA 1TV6A 3I0RA 3I8DA 4B3OA 3VEXA 1KSPA 2OANA 4H5VA 4RW7A 4EP4A 1W0HA 1VQ9N 3LP1A 2GTDA 3CQYA 4I2PA 4B9MA 1S6QA 2NNWA 3O4NA 1VQ7N 1LAWA 1U6ZA 4JYAK 4F3TA 3EE9A 2F9WA 4LFAK 4H8KA 1T44A 2A1SA 1S1XA 4IKFA 4B9SA 3RSEB 1CLQA 2WFBA 3QIOA 4H5WA 4U67L 4KHPK 4E89A 3M5RA 2UXDK 1B9DA 1NGBA 2HNDA 3CF5L 2HMIA 4BR7A 4K43A 1VQ6N 4M3UA 4BR9A 1OH8A 1L3VA 3T1AA 2KZZA 5J2MA 4E7IA 3MEEA 4FJKA 1S1TA 1LV5A 3H1VX 4JV5K 4KH4A 3OYEA 2D1KA 5LJWA 5AQFA 4FJGA 3FZHA 4MDAA 4Z94A 4OPAA 4FJNA 4B1YB 1QVGM 4ICLA 1BIUA 4F4KA 4JN4A 2KQ2A 2CGKA 4I7FA 3RMAA 3F9KA 5I42A 1HJOA 4DV4K 4H0VB 1NK4A 4B08A 3ZT4A 1I39A 3ENBA 1WB9A 3QEWA 4BG8A 4CGIA 1T03A 5JS1A 4FLUA 3ISNC 2ZWHA 4CK2A 1VSIA 4A5BA 1RNHA 3K5OA 3MCAB 1Q8IA 2YJEA 1Q81O 4JAXA 1NK6A 1HJRA 2QKBA 2FBVA 4B9VA 1GOBA 3AAQA 3LP0A 1MWKA 1WBDA 1K6YA 4B3RK 3G10A 4WFNL 4DTJA 4JKGB 4JD2A 3CIPA 3GL1A 4PA1A 1GOCA 4RW4A 2HNYA 4BC2A 3TTDA 3NVMA 2Q0RA 5C2FA 5BN9A 3OYIA 4CZHA 2GWKA 1VRUA 3K2PA 3M3ZA 4ILGB 4CJUA 4CJRA 4PQUA 3CCEN 3AO3A 3J80O 4PKIA 4HTUA 4FO0A 4KV8A 4BRQA 4FOEA 3VGMA 4YDUC 1RBUA 4HUEA 1CZ9A 3OYKA 5J2QA 3FR0A 4JKHA 3VPZA 3UKUB 4JI0K 3IAYA 4CBXA 2XY8A 4IBNA 1BIZA 4WQ5A 1C0FA 1VQMN 5KPZA 2X6SA 1YF5L 4QS9A 3CD6N 3ZSYA 4FPAA 3ZSVA 4FJIA 4DSIA 2B6AA 1JLCA 1NBWA 4DV2K 4DTSA 2GV9A 3SQ0A 5GIPA 5GAEP 1BU6O 2WBNA 1GLAG 2ATQA 5KGWA 4X62K 3H45C 1Q82O 5KPTA 2G8IA 4CF8A 3U4LA 3V1QA 1RGIA 3AVBA 3V1RA 1WBBA 3KLHA 1NJXA 4DB3A 1NNEA 4NXMK 2G8HA 4DV3K 5CR4A 4YOXA 3S41A 1J6ZA 1ZBSA 3BDPA 4FWLA 1HR0K 1HPZA 3E1YA 4IG3A 4CZKA 2QWOA 1RTDA 4CJQA 3BZKA 3L2WA 3O9RA 1QZ5A 3OA9A 2Q0UA 1X9WA 3EKUA 4IFVA 4DR1K 3V81A 3FFIA 3G25A 3O8MA 1KCFA 5LJVA 4DS4A 3M8SA 1XI1A 2FBYA 2W6LA 4HCCA 5AQHA 1S1VA 4GV9A 2P9PA 1EXQA 3I56N 1QHTA 4JI3K 4DFJA 4FJ5A 3SAFA 4F2RA 2NRVA 5GAGP 1SZ2A 4CJTA 4DR5K 4OO1J 3WXMB 2OPQA 4DLEA 3KVGA 4CEAA 4XH5A 4CF9A 4DSJA 3R9PA 1LOTB 3IS9A 1TAQA 1JCGA 3LL3A 4LH5A 3PX6A 4B1VA 5AQLA 3J7YP 1NKEA 4H5RA 3UB5A 2YHWA 2Z1JA 4WFAL 4KTQA 3HL8A 1P90A 4C8KA 3THYA 3LM2A 1NGIA 5AZIA 4CF2A 3GE1A 2QXLA 4X64K 2XY7A 3IMXA 4HWIA 2D0PA 1NG9A 3KLIA 3O1WA 1XMQK 1Z05A 4KH6A 1VSEA 2BE2A 1ASVA 2Q97A 3SV4A 1CXQA 4H0YB 4CFCA 1HLUA 4CHZA 2Q2RA 3CI5A 1NGCA 3DMJA 3AO2A 3NCIA 1J9AA 4OKJA 5FPEA 4OGEA 4IO8A 3P4IA 3S3MA 5LMUK 1VQON 5AQMA 3K5LA 2DY4A 2FC0A 1YUWA 3R6MA 4FWKA 1GLJO 5FLXO 1K8AO 2HHSA 3RSEA 3CPEA 5ELZA 1OKJA 1BOTO 4EP5A 1HNVA 1VQNN 4KB0A 1WAJA 3MX2A 3EZ5A 3HM9A 2E88A 4H0OA 2ZJQL 4YOUA 1BISA 4E7HA 2NRZA 3CCVN 4QS7A 4W5NA 3L2VA 4DMNA 1RT5A 5DM6L 3BP8A 1GLCG 3H6EA 4M3ZA 1W2BM 1KLMA 1SAZA 1L5UA 1BA1A 3CMAN 1C1AA 3VTHA 3J7ZO 1ATRA 3V6DA 1XMOK 4CGDA 2O8FB 1W97L 3E01A 1VRTA 3CERA 4BRGA 1KXPA 3D45A 4YORA 3HZ6A 2YHAA 2IVPA 1SL1A 3W3DA 3LP2A 3NH2A 4FJ8A 1QQCA 1IG9A 4H03B 4CGJA 5GIOA 4KI4A 3NH0A 4BWMA 2FSJA 3AVGA 3HVTA 1QE1A 2A3ZA 3ID8A 3T1HK 1VSFA 4KBOA 3HP9A 1N33K 3HPOA 4O55A 5GAHP 1S1UA 4CFAA 4IJNA 1RFQA 4B8CA 3MN7A 4ILJA 3CFOA 4FWNA 2OPPA 4JKGA 3F5TA 3SAHA 3MWTA 3PLAA 5AQNA 5C0YA 3SQ2A 2VGMA 3M8PA 4FSVA 1A5XA 2YV0X 2A40A 3CQXA 4DSKA 2RPIA 2E5LK 2P1JA 5BRFA 2PYLA 4O5FA 5J2PA 3T3FA 4WQ4A 4IG0A 1VSHA 1YIJN 4BR2A 3AA5X 4BVPA 1KFSA 1YJWN 3DLRA 4LF5K 3AO5A 4OLAA 3WXJA 3AGKA 2KTQA 3LPTA 5K14A 4BE2A 4KHNA 1JLGA 4I9LA 3G71N 3FZFA 2HHHK 4F3OA 2YI1A 1JL1A 5CHIA 1L3SA 4AH9A 1SKRA 1NJIO 2KW4A 4AM7A 1IG8A 3UKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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