1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
3OW2M 1VQ7N 4IOAL 1Q82O 3G71N 1VQKN 3CMAN 1N8RO 1KC8O 3CCLN 3CXCM 4WCEL 3G4SN 3G6EN 5GADP 3CF5L 1Q81O 1NJIO 2QEXN 5DM7L 3CCQN 4UY8O 3CCRN 5H1SQ 3CD6N 4U67L 3DLLL 1VQPN 3J7ZO 1VQ9N 1YI2N 5MLCQ 1QVGM 3CC2N 1YHQN 1VQ8N 3CCSN 3CMEN 5JVGL 2ZJQL 1QVFM 1KQSM 3CC7N 1OVYA 1Q86O 3CCUN 1K73O 2OTJN 5JVHL 4IO9L 1K9MO 1W2BM 5GAHP 5DM6L 1YITN 1K8AO 3CCMN 2ZJRL 1VQ5N 4WFBL 1KD1O 1YJNN 5HL7L 3CCVN 1YJ9N 3CPWM 4IOCL 1M90O 1VQ6N 1S72N 1Q7YO 3CCJN 1VQ4N 3I56N 1YIJN 1JJ2M 3CC4N 1M1KO 1VQLN 3I55N 2ZJPL 5GAEP 4WF9L 5GAGP 4WFNL 3PIOL 1VQMN 4WFAL 2OTLN 3CCEN 1YJWN 1ILYA 3PIPL 1VQNN 2QA4N 1VQON
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSPA 4PL7A 3LDQA 1S1WA 3L2QA 1ATRA 3IFRA 1RBSA 2P51A 3MWTA 4CBWA 5SWMA 2X6NA 4KTZA 2FBVA 2UUAK 4FPBA 4O44A 1WSGA 4DSIA 1WN7A 2YJEA 4O55A 4KTWA 4FLZA 2IOCA 2KQ2A 4CGHA 4CJSA 4FO0A 3G10A 2HBMA 1BUPA 4CZMA 4DR1K 4AHRA 2UUBK 4LY7A 5JICA 3ZSOA 3LWMA 1BWFO 3K58A 4A5AA 1JKHA 4JD2B 1C0TA 3L4QA 2D0PA 2G8VA 4DV1K 3G25A 3AO3A 3TAPA 2E4LA 4CZFA 2VWJA 3CJ7A 3PX6A 4FZYA 5AQKA 5KPTA 5JVGL 2E88A 3TANA 1N36K 3U8XA 3MMVA 3QFPA 3HVTA 1BI4B 3I0RA 5FPNA 5EU7A 2YCHA 1OH5A 3JS6A 5AZJA 4C23A 4FLYA 2ASOA 3G0ZA 1N33K 5C24A 3SQ4A 3AVMA 3NHGA 4DQPA 4LFAK 2UU9K 1M90O 3QFUA 2E2OA 3I56N 5BR9A 1JJ2M 2DY4A 4JK9A 5I3UA 3SCXA 4CI6A 2HSTA 1C0GA 3BF1A 4WFAL 1YTUA 2CH6A 4Z4CA 1S3XA 2NRVA 3RRHA 4FJMA 4DMNA 2X78A 3BP8A 3R9PA 3SAFA 5E26A 4DSFA 4F2RA 3IMXA 5AQLA 1ITGA 3TSUA 1BISA 2NRWA 4FPAA 4M7XA 4IOAL 1U47A 3EEQA 3O6WA 4CHNA 1WAJA 4AILC 4IFEA 1ZBUA 4C8NA 1BQNA 2XRIA 1J5OA 1BU6O 3G4SN 2F8TA 4LF5K 4KI6A 3TAEA 4DQRA 3FZKA 3F2KA 4IJAA 2QEXN 2OPSA 3DMJA 3MN9A 4LD0A 5BRDA 1WSJA 3NCIA 1FKOA 1GLJO 3VEOA 3SBGA 4CJTA 5H1SQ 4JHDB 3M8SA 3VN5A 1HPZA 4NB4A 5E84A 1ZBSA 1C1BA 1Q9YA 4KPYA 5MLCQ 3HOTA 3NH1A 4H4OA 5F0XA 3U9ZA 1HPMA 1YHQN 5F1XA 1BO5O 2BTFA 3C7NB 1LW2A 3ENOA 4EP4A 1L3TA 3CC7N 1VRTA 2F7TA 1HRHA 2YKMA 4CJVA 1EXQA 3PSFA 2OTJN 4NLCA 2XO7A 3TPQA 4E7IA 1W2BM 4DKWA 5TKWA 1X9WA 1JCEA 4FW1A 1T8EA 1YITN 3V9UA 2F8SA 2IS3A 4CE9A 2YNGA 4CK2A 4DR6K 2WC9A 4JK8A 5LMNK 4F3OA 4CEQA 4G1QA 1ASUA 3RMDA 4AHTA 4FJ8A 2YHYA 4H5WA 4EFHA 4DTRA 1SZ2A 4FM0A 1WB9A 4KKOA 2KFZA 4BRQA 1NJYA 2QKBA 1VHXA 5AQZA 1B9DA 2KW4A 2I7PA 4CJPA 3A5OC 2E1YA 3KHYA 2OZMA 1JLCA 1KVAA 3LAKA 3V1RA 3HJFA 4GY2B 2BDPA 2NRXA 3FFIA 3THYB 1RNHA 5F2RA 2HOEA 1VQ7N 5HRRA 3W3DA 5HRPA 1IKYA 4YOYA 2HF3A 4H0PA 1NBWA 4ELVA 1RT5A 4R79A 4CZKA 1ASVA 1EO1A 2D0OA 3E9OA 3EN9A 2GWJA 4JYAK 2O8BA 5BPMA 4HCBA 1NGHA 3L2RA 3H1QA 1O1WA 3OYJA 1GLFO 4IEIA 3OYCA 2O8DA 3PUFA 3O08A 1LCUA 4Z4FA 4M3ZA 4BQLA 1NWKA 3L2VA 2HW3A 3AVGA 4JD2A 4U67L 3V9SA 3OS0A 3KKRA 3L3VA 3CQYA 4NCGA 3TTDA 3U3YA 4DTSA 1YAGA 4YOTA 4CGIA 3EKUA 5BRHA 4BDYA 2HVIA 1I3AA 1RDDA 2HBJA 3U6FA 1TL1A 2VCPA 1BIZA 4MDBA 3ID8A 4I6MB 3ZSQA 4ID1A 3D7EO 1BI4A 3DLBA 1S6PA 5EVZA 3BF3A 3CJAA 3DRPA 3HL8A 4B8CA 2P9UB 1W0HA 1WNSA 2OPRA 3C0BA 1NKEA 3CFPA 3AV9A 3LAMA 4DV6K 3NBPA 2UXBK 1Q7YO 3H45C 2OANA 1HR0K 3V81A 2WOMA 4CK3A 3AVCA 2F9TA 3Q7CA 4DR5K 3P1GA 1EX4A 3THWB 1RFQA 3UE5A 5FPDA 4DFMA 4A2BA 2D4WA 1U2VB 2YJFA 3C6HA 4KTQA 1RDWX 2HBKA 3C94A 2GV9A 1VQON 3VQDA 4BG9A 4E1MA 1SKRA 4BR9A 3IG1A 5J1EA 4PQUA 2P1JA 1IKVA 3CJBA 1J53A 3WNEA 5AZIA 5FPEA 1S9GA 4JI8K 2A1SA 5JLHA 3B8AX 4AHUA 2FF6A 3HPGA 5TKYA 2P5OA 1VSHA 3R3LA 1DGKN 3VQAA 2RHKA 1V4SA 4BR7A 1RT1A 4OPJA 1Z26A 4JHDA 3CCRN 5T7BA 3VQPA 4CF0A 4HUGA 4BR0A 1VQ9N 5C25A 3MN5A 3CJCA 4DR7K 4IEEA 3QEXA 1D8YA 2IVOA 3C7NA 5EOYA 4KB1A 4LFCK 5AQOA 3ENBA 4FWQA 1NGEA 1X1PA 4FYDA 3AO5A 4QS8A 3ASMA 3O1BA 3ZEUB 5JLFA 1IBKK 1CXUA 4C1NK 4CJUA 3PO5A 4WYBA 2W41A 3NGIA 4DU1A 5BPNA 5E41A 1BCMA 1X9SA 2QTDA 2KLAA 4Z4GA 2VGNA 4BWJA 5AQFA 4PHTX 4WQ5A 3QNOA 2JGUA 1WUAA 2NRHA 3IUCA 4WFBL 4OGEA 2DPNA 4JAXA 4FK2A 3LDLA 1SL2A 1QZ6A 4K25A 4F9OA 4AHCA 3KLHA 1KLMA 3TSQA 3OYAA 4I2QA 3TR8A 2Q3SA 4DU3A 1YIJN 3PX0A 4KREA 1YT3A 2OYQA 4JKGB 4MFBA 4Q0BA 3SZ2A 3I55N 3HTVA 1U4BA 3QERA 5HOOA 4U7BA 1T6CA 4ELUA 4C1NI 3KWIA 1TUUA 3ZSYA 3S9HA 3M8RA 5I9EB 5BR8K 3DJCA 4NYFA 4CF1A 3CJ1A 4BY9C 3S3OA 1VQNN 4JI4K 4DWIA 4DQSA 2UYTA 1J54A 3TI0A 4CHYA 3I33A 4FLTA 2BE2A 2OA8A 2Q97A 4FJNA 2EWSA 3PSIA 3P4IA 2ITMA 1OH8A 5AQTA 2HHQA 4C8MA 2IC3A 1KFSA 3P39A 3L4IA 2QKKA 2P9NB 3PY8A 3ZETB 1ASWA 2Q2RA 1SKSA 3IDHA 1VSIA 3BGRA 3ITHA 1WSIA 5ADXH 4FJ5A 1TAQA 2PZSA 2OPPA 4JI2K 3EKSA 2JWKA 1K8KA 4E7LA 4OVLA 3WUHA 3SUOA 1NLVA 3WT0A 3SJJA 4LF7K 1DTQA 3ZX2A 4W5NA 3LP3A 3M5RA 5M1FA 4I6MA 3OYDA 4BE1A 3NGYA 3O9UA 1LWCA 1Y64A 2V7ZA 4RW9A 1DT9A 3ZLJA 4M63C 3L8BA 2YNIA 2P9UA 3VF6A 5GAHP 2ITGA 1DKGD 1RTJA 1NK0A 3CCMN 2ZJRL 4TSXA 2GEMA 4IDHA 5HP1A 4CHPA 1KLNA 3VQ8A 3CCVN 2DTUA 1BHLA 3H1VX 5AFUA 4AM6A 2B5JA 3EY1A 4CJFA 3A2FA 2ZE2A 5KQDA 4DSLA 3VGKA 4FOEA 3O9SA 2B4JA 1MWKA 3OBYA 3O3GA 3DLHA 1TKTA 4E7JA 5C2FA 2E2NA 4C8OA 3QINA 1TGOA 1U2VA 4GKKK 4BRMA 3O9QA 5BREA 3BY5A 3P31A 1SL1A 3LZIA 4JKCA 3VQ5A 4GKJK 3SK3A 1E4FT 1SAZA 3D0PA 1V4TA 1GOAA 1HKBA 1UOCA 3P5JA 1U45A 1NJZA 4FLXA 4M41A 3FGUA 5LY3A 2VYPA 4WQ4C 3NFAA 4EZ9A 4PUOA 5AQPA 2P9LB 2FLOA 3A5MC 3F9KA 2J4RA 4DFKA 1KSPA 3LM9A 1KAZA 1NM1A 4HTUA 2V52B 2QWLA 4B08A 3T19A 4GVMA 1RT3A 2Q0UA 4CZEA 4J2AA 3LM2A 1JCFA 3AA2A 3CMEN 2F4VK 4B9NA 3TAMA 3VENA 2ZJQL 3ZEUA 3HT3A 3J8AA 4H5NA 1IG8A 4B9UA 2WUSA 3ID6A 3DI6A 4IO8A 4FM1A 4CJLA 1WBDA 1L3UA 3KVGA 1E3MA 5JVHL 1KVBA 3LP1A 3VEYA 1QQOA 3AA5X 5CY4A 2YV0X 4BDPA 1BL3A 3MK6A 5BPLA 3OTOK 1Q9XA 1ZBLA 3IS9A 3UKUB 4HTLA 1RT2A 1YJNN 4LFBK 4IFYA 2HHVA 1NKBA 5HL7L 3CM6A 2G8WA 1NGAA 4OKEA 1FKPA 1W97L 4LSLA 4PWDA 2FC0A 1NMDA 3M6GA 4XH4A 4FJ9A 3H3NO 3FZFA 3CC4N 4JKGA 2NZTA 4BRCA 1TV6A 4WF9L 1T6DA 3ATUA 1U6ZA 3LALA 2WBNA 1OH7A 2E8AA 2QWRA 4CF9A 1ZBHA 3QO9A 1W9HA 1NGDA 5JS1A 4ELTA 3O3FA 5EX5A 4DB3A 1TKDA 2B6AA 1A5XA 4GNIA 2NRRA 3VERA 2DFHA 4BE2A 2V7YA 4KHSA 3NH2A 3BZCA 3CMAN 3MN7A 4CHQA 1QQNA 3G6EN 4RW7A 3QNNA 3KK1A 4Z94A 5GADP 2QWNA 4FM2A 4KRFA 1N34K 3BZKA 5C42A 2BH1A 4OKKA 1OH6A 4KFBA 3U9DA 4CJKA 4I2PA 2P9NA 3ZETA 3OYHA 2D1KA 1SKWA 4BACA 3MDQA 3UB5A 3OVNA 4DTMA 1XC9A 2DFFA 3NDKA 3DRSA 2GUIA 4BGBA 3MEDA 3HSCA 3KLIA 3VA3A 4K42A 4DV2K 5IWAK 4ILGB 1RTHA 3NF8A 3AO2A 3OJUA 4Y0WA 3SUNA 3QMLA 4EIAA 3OYBA 1S5JA 1KQSM 1S22A 5KPZA 4H0TB 3U4LA 2BUPA 2VQEK 4I7FA 3TU5A 3I8DA 2Q31A 3CQXA 4YNQA 1HYSA 4M7YA 3ISNC 3TWHA 4O0IA 3WXLA 1IBMK 3WNGA 1WLJA 1YF5L 3TTFA 2GBZA 3MCPA 1U49A 2QM1A 3SPYA 2X6SA 2ZQBA 1XHZA 4CW7B 4X62K 4BR2A 2PFUA 3WXKA 1NK9A 1CZ9A 1EWRA 4DTXA 3PIOL 1S1TA 4WQ5C 5CYMA 4AQYK 1HJRA 4H5RA 4BREA 5DMRA 3N4PA 2NNWA 1XWLA 3H46O 3QEPA 2GTDA 4L8RB 3KKSA 2D0BA 1ZC6A 4LSNA 2QXLA 4DV4K 2VWBA 3LPUA 4LF6K 5AJ3K 3HM8A 4FK4A 2QXFA 3ZT3A 3M8QA 2QWMA 5M1OA 4H0YB 3ZCMA 5KGWA 2CGLA 3G71N 4M3RA 4FCYA 1R0AA 3SV3A 1VQKN 2YHBA 4K8XA 4HUFA 3SAGA 4CF2A 1NOZA 1YVNA 2ASPA 3FZHA 1NJWA 3TTCA 1Q81O 2P9LA 1TL3A 4FWOA 4ILHA 2O8EA 2EX3A 3O1WA 4CJ5A 2NRZA 4CZLA 3EYZA 3VQ6A 1EQYA 1HNIA 1C6VA 1QSLA 3MX2A 2W6LA 5KPRA 4K8ZA 3CYMA 4W5QA 3OYEA 3ALYA 3SI6A 4FJIA 3ATVA 1I39A 4CJRA 3NGZA 3BDPA 1A5WA 5HROA 4DTPA 1TAUA 4JKAA 3ULEB 3VTIA 5C12A 3MX5A 4LH5A 3ZT0A 4F3TA 4CERA 3SPZA 4OPHA 2CGKA 1XQSC 1IBLK 4IWVA 2G8UA 1F21A 3CETA 4CJ3A 4RW6A 2E2PA 1BA0A 4B1WB 1YVUA 1CLQA 3IKMA 5DM6L 4H0OA 3MCAB 4CECA 1NNEA 4EAHD 3UKUA 4CF8A 5EY4A 4GV3A 4CJ4A 4CCHA 1NG9A 5CYQA 3QETA 4E0DA 2E2QA 4Z4EA 2ZM6K 5BN9A 3AVNA 4GV6A 4B3RK 4OPAA 4DU4A 1TK5A 1RDCA 2ZJPL 3OHRA 4K41A 4KH5A 5GAGP 4CEZA 4FVMA 1BA1A 3R8EA 3B6OA 1NKCA 4H0VB 2RKIA 3CCEN 4O4GA 4N41A 2O4IA 4OX9K 4KHQA 1G15A 3THXB 1VSEA 1XHXA 1Y97A 2D0CA 4BR4A 4GV9A 5CHIA 4M3WA 1CXQA 3OYIA 4BC4A 2YI1A 1UAXA 3HSTB 4YOWA 1T44A 2AJQA 2HMPA 3ENHA 2UXDK 3CCLN 3CQ8A 3V4IA 2WFBA 3GL1A 4UQGA 3OYNA 4WCEL 3I8BA 1R59O 3OYMA 4FVUA 4BRAA 1HMVA 1BG3A 2G8HA 4DV5K 4KB0A 1W7AA 5ELZA 3MXIA 2KKZA 3DYAA 2P9KB 1DEJA 1QTMA 3WQUA 4Z4HA 4FJGA 5AQNA 1JLGA 2YHAA 3T1AA 2LSNA 4CGDA 5AQRA 4BRFA 4DSKA 4J2DA 4CEOA 2A3ZA 4V19S 5HLFA 1QVFM 5B8HA 1JCGA 1VSFA 4Z0UA 4DUZK 4FK0A 3S41A 4BRDA 2FBYA 1C1AA 3T3FA 3J81O 3VQQA 3QEIA 1FJGK 3HPHA 1EETA 3MXMA 1C0FA 3DLEA 4YORA 1K8AO 3V1OA 4FWLA 4NCBA 3VF2A 3OS2A 3WXMB 4OGCA 1IJJA 4X65K 2HHUA 3JYTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OW2 M;  1VQ7 N;  4IOA L;  1Q82 O;  3G71 N;  1VQK N;  3CMA N;  1N8R O;  1KC8 O;  3CCL N;  3CXC M;  4WCE L;  3G4S N;  3G6E N;  5GAD P;  3CF5 L;  1Q81 O;  1NJI O;  2QEX N;  5DM7 L;  3CCQ N;  4UY8 O;  3CCR N;  5H1S Q;  3CD6 N;  4U67 L;  3DLL L;  1VQP N;  3J7Z O;  1VQ9 N;  1YI2 N;  5MLC Q;  1QVG M;  3CC2 N;  1YHQ N;  1VQ8 N;  3CCS N;  3CME N;  5JVG L;  2ZJQ L;  1QVF M;  1KQS M;  3CC7 N;  1OVY A;  1Q86 O;  3CCU N;  1K73 O;  2OTJ N;  5JVH L;  4IO9 L;  1K9M O;  1W2B M;  5GAH P;  5DM6 L;  1YIT N;  1K8A O;  3CCM N;  2ZJR L;  1VQ5 N;  4WFB L;  1KD1 O;  1YJN N;  5HL7 L;  3CCV N;  1YJ9 N;  3CPW M;  4IOC L;  1M90 O;  1VQ6 N;  1S72 N;  1Q7Y O;  3CCJ N;  1VQ4 N;  3I56 N;  1YIJ N;  1JJ2 M;  3CC4 N;  1M1K O;  1VQL N;  3I55 N;  2ZJP L;  5GAE P;  4WF9 L;  5GAG P;  4WFN L;  3PIO L;  1VQM N;  4WFA L;  2OTL N;  3CCE N;  1YJW N;  1ILY A;  3PIP L;  1VQN N;  2QA4 N;  1VQO N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TSP A;  4PL7 A;  3LDQ A;  1S1W A;  3L2Q A;  1ATR A;  3IFR A;  1RBS A;  2P51 A;  3MWT A;  4CBW A;  5SWM A;  2X6N A;  4KTZ A;  2FBV A;  2UUA K;  4FPB A;  4O44 A;  1WSG A;  4DSI A;  1WN7 A;  2YJE A;  4O55 A;  4KTW A;  4FLZ A;  2IOC A;  2KQ2 A;  4CGH A;  4CJS A;  4FO0 A;  3G10 A;  2HBM A;  1BUP A;  4CZM A;  4DR1 K;  4AHR A;  2UUB K;  4LY7 A;  5JIC A;  3ZSO A;  3LWM A;  1BWF O;  3K58 A;  4A5A A;  1JKH A;  4JD2 B;  1C0T A;  3L4Q A;  2D0P A;  2G8V A;  4DV1 K;  3G25 A;  3AO3 A;  3TAP A;  2E4L A;  4CZF A;  2VWJ A;  3CJ7 A;  3PX6 A;  4FZY A;  5AQK A;  5KPT A;  5JVG L;  2E88 A;  3TAN A;  1N36 K;  3U8X A;  3MMV A;  3QFP A;  3HVT A;  1BI4 B;  3I0R A;  5FPN A;  5EU7 A;  2YCH A;  1OH5 A;  3JS6 A;  5AZJ A;  4C23 A;  4FLY A;  2ASO A;  3G0Z A;  1N33 K;  5C24 A;  3SQ4 A;  3AVM A;  3NHG A;  4DQP A;  4LFA K;  2UU9 K;  1M90 O;  3QFU A;  2E2O A;  3I56 N;  5BR9 A;  1JJ2 M;  2DY4 A;  4JK9 A;  5I3U A;  3SCX A;  4CI6 A;  2HST A;  1C0G A;  3BF1 A;  4WFA L;  1YTU A;  2CH6 A;  4Z4C A;  1S3X A;  2NRV A;  3RRH A;  4FJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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