4WFBL

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with bc-3205
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
MISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wfbL01
2OTLN 3OW2M 4IOAL 3CF5L 3CXCM 2ZJQL 5DM6L 3CCVN 3I55N 1VQON 4WFNL 1VQNN 1S72N 3CCJN 3J7ZO 1W2BM 1M1KO 1VQ9N 2OTJN 1K8AO 3DLLL 1ILYA 1OVYA 3CD6N 5GADP 1YJNN 1YIJN 1KD1O 5H1SQ 4UY8O 1K9MO 1Q81O 1VQ4N 3G71N 4WFBL 1YJ9N 1Q86O 3CMAN 5DM7L 1VQ8N 3CCLN 1Q7YO 2ZJRL 1KC8O 3CCQN 5GAHP 5JVGL 1YI2N 1QVGM 1VQ7N 3CC7N 3CCUN 3CPWM 3G6EN 1M90O 3CC2N 1Q82O 2QEXN 1NJIO 1N8RO 1YITN 3CCMN 4IOCL 5JVHL 3CCEN 1JJ2M 1YHQN 5MLCQ 3PIPL 5GAGP 2ZJPL 1KQSM 1YJWN 1VQPN 3CC4N 5GAEP 3G4SN 3CMEN 1K73O 1VQKN 4WFAL 1VQLN 4IO9L 3CCSN 3CCRN 5HL7L 2QA4N 4U67L 4WCEL 3I56N 4WF9L 1VQMN 1VQ6N 1VQ5N 1QVFM 3PIOL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CE9A 1RDAA 1GLAG 2E2NA 3MN9A 4G1QA 1BHLA 1WSHA 4ZHRA 4DR2K 2ZJQL 3U6FA 2O8DA 1TVRA 1Z25A 4JRPA 2HHWA 1ZC6A 4H0XB 2VG5A 4GMJB 2PBDA 4DLGA 3O5BA 4ISFA 1JLEA 4H8KA 4M3UA 1HJRA 4MDBA 4K25A 4IOXA 4BR2A 1BL3A 1IG8A 4B1WB 4IG0A 4CEOA 2ZWHA 5GIOA 1RT7A 3AO1A 2YHWA 3SQ2A 4OX9K 4H0OA 5JLHA 3RRGA 2KTQA 1C6VA 1S1TA 2ZD1A 2GEMA 5FPNA 3WNHA 3M1FA 3CJ9A 3U9ZA 4HUGA 4CJTA 4CZKA 3VQ9A 5E41A 3F73A 1GOAA 4PL7A 4EFHA 5M1NA 1RILA 1Z26A 4BRLA 1U2VB 4KH4A 1VRUA 4JD2A 4CIEA 1QVGM 4LFCK 3AA3A 1TKXA 1TKDA 3CC7N 1IH7A 4XH4A 3CQXA 1JXBA 1VAZA 1NOZA 4CK2A 3VQQA 1OH8A 2RN2A 3KVGA 1HR0K 3L2RA 2FBXA 2Q97A 3NVKA 4EHTA 2P9NA 4IOCL 1TK0A 5EY4A 4E1JA 4M3RA 4CZEA 3N4PA 4ILJA 4KHYA 4LF6K 3IDHA 1IBLK 3QERA 1ZBUA 4WQ4A 3WT0A 1ASWA 3DOLA 3HSCA 3L3UA 1U04A 2XRIA 1KXPA 4NB4A 3MN7A 3RMDA 3QETA 2RPIA 3SQ0A 2HHTA 2IC3A 1D9FA 3IMXA 4FPBA 3DOKA 1N5YA 2LSNA 2WBNA 2P1JA 1CZ9A 3THWB 3T19A 2QA4N 3F9KA 4FM1A 2YHYA 1YAGA 1SAZA 2P9IB 1ZBHA 5DK5A 2XY7A 2P9KA 2HHHK 4YDUA 2HHSA 2GX9A 4CEAA 1YTUA 4X64K 1EP4A 2I5JA 3P38A 2VWKA 4R79A 5HLFA 4HCCA 4W5OA 2HHXA 3I55N 1S72N 1MDUB 3J81O 2HNYA 4OPHA 3L3VA 4BVPA 3LPUA 4FWLA 4JI7K 1E4FT 3VEYA 5CY4A 4CF0A 4BY9C 4LFAK 3SAGA 4QAGA 3U3GA 1IKVA 4JNEA 3QFUA 5C2DA 4B3MK 4YHHK 5AQJA 5I3UA 4JKHA 3TAQA 1VQ8N 2YKNA 1V4TA 1ZXOA 4NYNA 4EP4A 1BWFO 4CJ7A 1DGKN 4XEIA 4FJGA 3EE9A 4Z0UA 5CHIA 3D2FA 4DSFA 2FF3B 1FW6A 3CCUN 1NGIA 4JEPA 3OYMA 2ATQA 3CJBA 4JI4K 4JKEA 3ZEUB 1LAWA 1RT6A 2IIRA 3CCMN 1YXQA 3OJSA 4KTWA 1QZ6A 4AHTA 4DV1K 2QKKA 4FWMA 3SBGA 4KBOA 3CI5A 3LAMA 4B1XB 4JKDA 3J7YP 3OYBA 1X9WA 1RTJA 3VENA 2OPSA 5LL6Z 1Q18A 2YJFA 1R59O 2HSTA 2E88A 3KHYA 4JKGA 3KK3A 2A1RA 1C0GA 2CGLA 3MXJA 1RBVA 1C1AA 2OPRA 2DPNA 3V1OA 1K73O 1VQKN 3SUPA 3OBYA 4FM0A 3QEXA 2QWOA 3HPOA 4CFBA 1BI4B 1QQMA 4DFPA 1E4GT 4J2DA 3DRSA 3IG1A 4B9NA 4DQRA 3AVNA 4FM2A 3RMAA 1JKHA 3KK7A 3WEEA 4EZ6A 2E20A 4CJRA 1SL1A 4FZXC 4CJEA 1VQMN 4DWIA 3UKUA 3AVFA 1B92A 4FWQA 3D0PA 3SJHA 1QVFM 4Z4FA 3H46O 3DXMA 3W0LA 4JI5K 4HTLA 1NJWA 2NRRA 5ELZA 3CXCM 2NLXA 4NXNK 2RE2A 2E4LA 5T7BA 2JGUA 4CGDA 3EEQA 2HNDA 4ILGB 3NH2A 3OYIA 5AQIA 1QSSA 1RNHA 1S6PA 4CGIA 3LWMA 4KKOA 4DQIA 1CXQA 1RT1A 2OZMA 4IDKA 4BRCA 1Q86O 4H4MA 2DFEA 4M3WA 4KHPK 3CG7A 4YFUA 4X66K 2VQFK 2YHAA 4A61A 3M8PA 2IGIA 3FFKB 3OJUA 3DLHA 1Q9YA 4CFDA 4JI1K 4K8XA 1JLCA 2KZZA 1VSJA 1M90O 1J53A 2QWNA 1JLBA 3AGRA 3L4IA 1HUXA 2WONA 1RTHA 1ESVA 4M63C 4XIUA 1EWQA 3V4IA 4RCHA 1QE1A 5AQVA 4DKWA 2ZQBA 4CJVA 3AVJA 4FJ7A 5MLCQ 3THYB 1MWKA 1JXEA 3QDKA 5F0XA 5TKWA 3JAMO 3JYTA 4KHWA 2G8FA 1MWMA 2J4RA 2DFHA 2YKMA 4ZTJA 5HBMA 4NCGA 5LJWA 1NKEA 3AARA 3ENBA 3KKRA 4YOTA 1XC9A 4ID5A 4Z4HA 5CE3A 4AILC 4RW6A 3QB0A 3O1WA 1XUPO 2ETJA 3U9DA 4BDPA 1RTDA 3F9MA 1B9FA 1D8YA 4N56A 1XC3A 1KAZA 3AVAA 3SQ4A 4DR6K 1NGJA 1LV5A 3OYEA 1S9GA 5A2QO 2IDOA 3KWGA 3OW2M 2ASPA 4JKCA 3R1XA 3C7NB 3OYKA 4CFAA 2GV9A 1NK7A 4YOXA 1ASUA 1M1KO 3OYNA 2OTJN 1GLEG 3CYMA 2VWJA 2OYQA 3M5RA 3CD6N 1SL0A 3KLFA 3RTVA 2O8BB 1FK9A 3LM9A 4ICLA 1O1WA 4DR5K 5C0YA 4KHQA 3RRHA 3FFIA 2BGGA 4LC9B 4YY3K 2H3GX 1SL2A 5ADXA 3LL3A 1WN7A 4IO8A 4FK0A 4AHCA 3CM6A 5J2MA 1X9SA 3H1QA 1RT2A 3AVHA 3VQCA 3KLHA 4O8KA 1N34K 4Z4EA 2FLOA 3CCQN 1YVUA 4WQ4C 4WQ5C 4H4OA 5KGWA 1YTAA 1KVCA 3QICA 3LANA 4GVMA 3OYJA 1BCMA 1O13A 2O8FB 1MU2A 4JI0K 1Z05A 3SPZA 2PY5A 1R0AA 3SPYA 1WSJA 1YITN 3J8AA 4CJKA 3FZMA 1S3XA 3O4QA 5JVHL 4DQSA 4DTNA 4BREA 3I0RA 1NGFA 2O4IA 3SZ2A 1T7PA 2QW9A 1T03A 4FPAA 1XMQK 4BR9A 5E26A 1IBMK 3R8EA 3NMUA 2Y1JA 4BE2A 1IKWA 2NUBA 3FZLA 3D45A 3VQ5A 1NMDA 2PYLA 4IBNA 4FVUA 3L6QA 3CMEN 4OKEA 1NOYA 4X62K 3RVCA 4HTUA 3G10A 3A5NC 4FVMA 3BGRA 4WFAL 4GW6A 5B8HA 3ENOA 4PKIA 5CZ1A 3KWIA 4E7IA 4Y1CA 5HL7L 1U2VA 2RHKA 1REVA 4LFBK 3SUNA 3AV9A 1JLQA 3OS2A 1HX1A 1UWBA 3VEZA 1HNZK 2G8UA 3GBTA 1WSIA 1LW0A 2FBTA 2YX6A 4GVEA 4CEFA 3NCIA 4HUEA 3J7AP 2VGNA 3RWUA 3NH0A 1NKCA 5DM6L 1QSLA 3MWTA 3ZLJA 2X74A 1N36K 3WQTA 3M3ZA 3T1HK 4B9SA 4FWPA 1CZBA 4C1NK 4CEDA 3TAMA 3V9WA 4JKAA 4AHVA 4NXMK 1TUUA 3MEGA 3AA4A 4GKKK 1YJ9N 4LF4K 4DU4A 3IUCA 4JK9A 1LAVA 3CFOA 4FK4A 2CGJA 1HQUA 3LP2A 4BROA 1IV0A 5AFUH 3BY5A 2P9IA 5IT9O 1NGCA 3DM2A 3QMLA 4C8LA 3CPWM 1MA9B 3O3HA 3V81A 3L8BA 2AP1A 2GBZA 1SV5A 4N5SA 3CC2N 2E1YA 1Q82O 4J8FA 2QEXN 5J2NA 1TL3A 4LSLA 3ID8A 4BACA 4JK8A 1G99A 3G0ZA 3P83D 3EZWA 3TABA 4GNIA 4OLAA 5KPRA 3K58A 4BDZA 3S41A 1BUPA 3C95A 4JK7A 4IFVA 2G8VA 3MDQA 2ZJPL 4DS5A 4B1ZA 1S5JA 2W42A 3S3OA 1GOCA 4BG8A 3CC4N 3QIPA 4KAZA 4BRMA 1F21A 3EO3A 1Y97A 1QQNA 1T6DA 3PSFA 4CJUA 3EL2A 3LZIA 3OYCA 1WSFA 5FRMA 2O4GA 3V6DA 4KTZA 4DFJA 1D9DA 2UYTA 1VRTA 5AZIB 3VF6A 5AQKA 3LDNA 3PO5A 2JWLA 4KHNA 1NK5A 3TU5A 4M3ZA 4CVNE 3TAFA 4M7XA 3J80O 1BU6O 4B8AB 4DR1K 3KLIA 4KH6A 3UIQA 2XHBA 4DR4K 3ZEUA 4J2AA 1RBTA 2Z1JA 3EKSA 3DLRA 4BVOA 4BRHA 5EOYA 4FXDA 4EAHD 3OYLA 4I7FA 4PQUA 3NF8A 1L5UA 4PA1A 3HVRA 1U45A 1OVQA 2Q31A 3BUZB 4MDAA 4DB3A 1YUWA 4FLYA 3MCPA 2NRTA 1Q81O 4F3OA 2VGMA 2KKZA 2RKIA 2PYJA 4B3OA 3OHRA 4E19A 2HHQA 2GUIA 1IJJA 1Q7YO 4Q0BA 1BI4A 4FLTA 3TAPA 5FDLA 3C6TA 1TAQA 4DSJA 5GAHP 4DV5K 2BH1A 3NF7A 1GLCG 4A57A 3HM9A 2YNIA 1C1BA 2OPPA 2QXFA 3LP3A 2QM1A 3WNEA 3K9JA 3ZSZA 5GIPA 4BC4A 4BR5A 1EO1A 5M1QA 5BPNA 3BF3A 1JJ2M 3NDKA 4M45A 1C0MA 2VG6A 4CCHA 1RDWX 4J2EA 1T05A 1U4BA 4BRNA 4DTJA 3WNFA 2OPQA 4LH5A 1GLJO 2DTUA 2OZSA 5GAEP 3TTFA 1RDUA 4YOVA 4J2BA 1T3VA 5EX5A 2WTUA 3THXB 1BDGA 4HUFA 1T6CA 3NGIA 3O9UA 1WSEA 4WCEL 4CJQA 3NFAA 1NGBA 3WNGA 3VQDA 3CJCA 1OH7A 4C1NI 1VQ6N 2V51B 3VQ7A 2FXUA 4JN4A 3ZSYA 1VQ5N 4PUOA 4BG9A 3HRGA 3HPHA 5AQWA 3O3GA 2YHXA 3CERA 4CZGA 4CEBA 1YVNA 2GWJA 2QWLA 4JYAK 2UUBK 4E89A 4MLHA 2V7ZA 1G15A 4A2BA 3L4QA 4UQGA 1BA1A 3THYA 5GADP 4MO5A 3L2QA 5AQHA 4LY7A 3P39A 3C6HA 4ISEA 4JKFA 2G8WA 4M42A 4CJSA 2QWMA 5J2QA 4ELVA 1BQNA 3K5OA 4CERA 4I2QA 1ITGA 4I9QA 4DF4A 3G25A 3CCLN 3DWLA 1KC8O 3QEVA 3BDPA 3TANA 1W7AA 1S9EA 1V4SA 4M3XA 1HNXK 4CGGA 4CF9A 4BRFA 2E6LA 3AVLA 4DTOA 3K5MA 1S1VA 2HBKA 1HKGA 3DLKA 1Y64A 3VGLA 1TV6A 3C7NA 3EE8A 1HNIA 1VK0A 3ZT0A 2GTDA 3PSIA 3WXJA 3OVNA 3KKSA 3PIPL 4B9TA 1IKXA 5AQQA 2O8BA 4DV7K 1N6QA 3ENHA 1KAYA 2VCPA 4Z4CA 3OY9A 3S3NA 1S1UA 3PX0A 3GE1A 3K9KA 4OKKA 2I7PA 1TKTA 3U4LA 4CZIA 4E7KA 3RSEB 1DTQA 4IO9L 1D4XA 1ATRA 2BE2A 3AVCA 4CIGA 3H08A 2E5LK 1N33K 3WXIA 3MAQA 4WF9L 3NGZA 4GV9A 4IFYA 2O8FA 4B9LA 4ILHA 1NK4A 2B5JA 4EP5A 3ZSWA 1NK0A 1L3SA 3AO2A 3HO1A 3PIOL 1S1WA 3D7EO 5JS1A 4FJHA 3L0QA 3VGKA 4HHTA 4CHPA 2QWPA 4KRFA 5LJVA 1W2BM 4N76A 2KW4A 4DTPA 3TARA 1S22A 5J1EA 3PUFA 3LZJA 3AAPA 4AHRA 2E2OA 3AA5X 3GL1A 3HP9A 5H1SQ 4FJKA 4F2RA 3T1YK 3QINA 2ZM6K 4W5TA 1J5EK 1NBWA 3QNNA 1UA1A 1WSGA 1JL1A 1EQYA 3CJ1A 3CQ8A 1I3AA 4LF7K 5C2FA 1GLDG 4YOUA 1UOCA 3FE1A 4IKFA 3VEVA 3VTIA 5BRHA 2D0CA 4CJ5A 4NYFA 4B1YB 1CXUA 4H5NA 2UXDK 3HP6A 2IVOA 3HYFA 4CEZA 5KPZA 4LF8K 1VHXA 4JHDB 5JS2A 1NJIO 1VSDA 2QTDA 3AO3A 4MLEA 2HVIA 2FBVA 3VERA 3SK3A 2XY6A 4OJRA 1EXQA 1DEJA 2AJQA 1A5WA 3SLCA 2Q36A 4KV8A 1KQSM 3GG4A 4NLBA 4DSLA 3FGUA 3B6PA 5C25A 4Z4GA 3AO5A 1BISA 3E01A 4LD0A 3KZBA 3NF9A 3L2UA 4DHYA 5FPEA 4EIAA 3DRRA 4CEEA 4FK2A 3CPEA 4DF8A 3NE6A 4NCAA 3H3OB 1YF5L 3AO4A 3I56N 3ALYA 4CEQA 4O5FA 3DAWA 4DQPA 4OLBA 5CR4A 2FSKA 4CZJA 1BA0A 4CZMA 3BZCA 1LOTB 4F3TA 1VQON 5HOOA 5LMUK 5AJ3K 5AQYA 3CCJN 3J7ZO 4FJJA 4CHYA 3EKUA 1P8ZA 1JCEA 3QBWA 1OH6A 3MX2A 5D3GA 1VSHA 3K0SA 1YIJN 2YCHA 3OYGA 1NGEA 5HRRA 2HMPA 3HL8A 5KTQA 1NNEA 1N32K 1WLJA 4DLEA 1TL1A 3ZSVA 2QK9A 5FLXO 1EWRA 4Z4IA 4GKJK 1C0TA 3NHGA 1BG3A 4FJNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OTL N;  3OW2 M;  4IOA L;  3CF5 L;  3CXC M;  2ZJQ L;  5DM6 L;  3CCV N;  3I55 N;  1VQO N;  4WFN L;  1VQN N;  1S72 N;  3CCJ N;  3J7Z O;  1W2B M;  1M1K O;  1VQ9 N;  2OTJ N;  1K8A O;  3DLL L;  1ILY A;  1OVY A;  3CD6 N;  5GAD P;  1YJN N;  1YIJ N;  1KD1 O;  5H1S Q;  4UY8 O;  1K9M O;  1Q81 O;  1VQ4 N;  3G71 N;  4WFB L;  1YJ9 N;  1Q86 O;  3CMA N;  5DM7 L;  1VQ8 N;  3CCL N;  1Q7Y O;  2ZJR L;  1KC8 O;  3CCQ N;  5GAH P;  5JVG L;  1YI2 N;  1QVG M;  1VQ7 N;  3CC7 N;  3CCU N;  3CPW M;  3G6E N;  1M90 O;  3CC2 N;  1Q82 O;  2QEX N;  1NJI O;  1N8R O;  1YIT N;  3CCM N;  4IOC L;  5JVH L;  3CCE N;  1JJ2 M;  1YHQ N;  5MLC Q;  3PIP L;  5GAG P;  2ZJP L;  1KQS M;  1YJW N;  1VQP N;  3CC4 N;  5GAE P;  3G4S N;  3CME N;  1K73 O;  1VQK N;  4WFA L;  1VQL N;  4IO9 L;  3CCS N;  3CCR N;  5HL7 L;  2QA4 N;  4U67 L;  4WCE L;  3I56 N;  4WF9 L;  1VQM N;  1VQ6 N;  1VQ5 N;  1QVF M;  3PIO L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CE9 A;  1RDA A;  1GLA G;  2E2N A;  3MN9 A;  4G1Q A;  1BHL A;  1WSH A;  4ZHR A;  4DR2 K;  2ZJQ L;  3U6F A;  2O8D A;  1TVR A;  1Z25 A;  4JRP A;  2HHW A;  1ZC6 A;  4H0X B;  2VG5 A;  4GMJ B;  2PBD A;  4DLG A;  3O5B A;  4ISF A;  1JLE A;  4H8K A;  4M3U A;  1HJR A;  4MDB A;  4K25 A;  4IOX A;  4BR2 A;  1BL3 A;  1IG8 A;  4B1W B;  4IG0 A;  4CEO A;  2ZWH A;  5GIO A;  1RT7 A;  3AO1 A;  2YHW A;  3SQ2 A;  4OX9 K;  4H0O A;  5JLH A;  3RRG A;  2KTQ A;  1C6V A;  1S1T A;  2ZD1 A;  2GEM A;  5FPN A;  3WNH A;  3M1F A;  3CJ9 A;  3U9Z A;  4HUG A;  4CJT A;  4CZK A;  3VQ9 A;  5E41 A;  3F73 A;  1GOA A;  4PL7 A;  4EFH A;  5M1N A;  1RIL A;  1Z26 A;  4BRL A;  1U2V B;  4KH4 A;  1VRU A;  4JD2 A;  4CIE A;  1QVG M;  4LFC K;  3AA3 A;  1TKX A;  1TKD A;  3CC7 N;  1IH7 A;  4XH4 A;  3CQX A;  1JXB A;  1VAZ A;  1NOZ A;  4CK2 A;  3VQQ A;  1OH8 A;  2RN2 A;  3KVG A;  1HR0 K;  3L2R A;  2FBX A;  2Q97 A;  3NVK A;  4EHT A;  2P9N A;  4IOC L;  1TK0 A;  5EY4 A;  4E1J A;  4M3R A;  4CZE A;  3N4P A;  4ILJ A;  4KHY A;  4LF6 K;  3IDH A;  1IBL K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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