4WFBL

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with bc-3205
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
MISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S rRNA
total genus 16
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wfbL01
1NJIO 3PIPL 1VQNN 1YI2N 4WFAL 3CCUN 1YJNN 5H1SQ 3G6EN 3CXCM 1S72N 3CC2N 2QEXN 3J7ZO 1KD1O 3PIOL 4IO9L 5GADP 5DM7L 1K73O 1VQPN 1VQLN 4UY8O 4WFBL 3CD6N 1ILYA 1QVFM 1Q86O 2QA4N 3CCJN 3OW2M 3I55N 3CCVN 1Q7YO 1YIJN 1VQKN 3DLLL 4WCEL 4U67L 1VQ9N 1VQ4N 1YJ9N 3CCSN 3CC4N 1N8RO 1M90O 1VQ7N 4WF9L 1M1KO 4IOAL 1VQ5N 3CMAN 3CCQN 1W2BM 3CCEN 4WFNL 1Q82O 3G71N 3CCRN 4IOCL 5DM6L 2ZJPL 3CCLN 5GAGP 2OTLN 5HL7L 3CF5L 1VQMN 1YJWN 3G4SN 3CC7N 1KC8O 1YITN 2OTJN 1K8AO 5GAHP 2ZJRL 1VQON 1QVGM 2ZJQL 3I56N 3CCMN 5GAEP 5JVHL 1Q81O 3CPWM 5JVGL 1KQSM 1K9MO 5MLCQ 1OVYA 1VQ8N 1YHQN 1JJ2M 1VQ6N 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHQA 3V1OA 1WAFA 4AH9A 4PA1A 4AHUA 2HBMA 2FF3B 1KXPA 1YJNN 4Z94A 3WEEB 3E9OA 1KFDA 2VWKA 1TL3A 4M63C 1E4GT 4J2BA 3TAPA 4DR6K 2BH1A 4DQSA 4CJLA 4H8KA 2BGGA 1RTIA 2QWRA 3ULEA 3FGUA 1KSPA 4CF0A 2JGUA 4E1JA 3L6QA 1BO5O 4DLEA 3ZLJA 3OHRA 4BACA 3LALA 4BREA 4KHUA 4O8UA 1GOBA 4E1MA 4JD2B 3O4WA 4M3TA 3H3NO 3VPZA 1VQKN 3ZX2A 3DRPA 1VQ9N 1JLCA 2PYLA 2OPRA 1FKPA 3AVIA 4IG3A 1S6PA 4CJ7A 1RDUA 3FZKA 3QEIA 3MEDA 4FJ7A 2UXDK 1ITGA 3MCAB 3TU5A 3M6GA 2VWBA 3VQEA 1W7AA 4IEIA 3G71N 5BR8K 4KB1A 4CEDA 1U47A 3WXJA 4A61A 5GAGP 3DRRA 3HPGA 4Y1CA 5C25A 4FLYA 1IKWA 4G1QA 2A5XA 2HNYA 3DLEA 4ILJA 3P1GA 3RTVA 5HOOA 1U6ZA 2QXLA 1NLVA 3CJ1A 2YHAA 2A6AA 3RR8A 2HSTA 4AF1A 4YOUA 2ZJRL 1EWRA 4CJ5A 3RSEA 1QVGM 2D4WA 5AQXA 1RTJA 2KFNA 1CZBA 4XH4A 3VEVA 4EP4A 1HYZA 2Y1JA 4KTQA 5LMUK 1Q9XA 4E7HA 1IJJA 3VENA 4DS4A 4FLZA 1R59O 1KFSA 3L8BA 4FJIA 3T1HK 4BY9C 2XY6A 2VCPA 5MLCQ 3TWHA 1LAVA 1QE1A 2KKZA 1UA1A 1CXQA 3PSIA 3EL2A 3ISNC 5E41A 3OYGA 4ELVA 1EXQA 5J2QA 1YUWA 4DV2K 4H5VA 4B8CA 2QTDA 3AVKA 2HHHK 1F21A 3A2FA 1LAWA 1E3MA 2RHKA 4M3UA 3CC2N 2A1RA 1HX1A 1X1PA 2HHVA 5F0XA 1NGHA 4CHQA 3QBXA 5AZIA 3HBTA 2DPNA 1BA0A 4FWNA 1ZBIA 1N36K 4A2AA 3BF3A 3ZT1A 3TAEA 3KLIA 3AA4A 1MWKA 3ZT3A 3HYFA 3O9TA 4B1YB 3Q7BA 1KLNA 3LP1A 3LZIA 4FJKA 4ELUA 5FRMA 1L3VA 4N76A 5AQZA 3I55N 3AVLA 1NJYA 3TARA 4HUEA 2BDPA 1TKTA 3WNEA 1OH5A 4BDYA 1ATRA 2NUBA 2DY4A 3CCSN 4CF9A 1Q8IA 4BRPA 3V9XA 2G8VA 2P5OA 4MO4A 4HTUA 4JI3K 4MFBA 3DLHA 3BEXA 1VQ5N 4PUOA 3DWLA 1UOCA 2P9NA 2HF4A 3V9UA 4KPYA 3BUZB 4NXMK 3IAYA 4CJ4A 2WFBA 4EFHA 2KFZA 4ZTFA 1LWEA 3L0QA 4DF4A 4NCAA 1XNQK 3SMSA 4DHYA 1YITN 1RGIA 3KIOA 4X66K 5AZJA 4NXNK 2KHOA 3P5JA 4DTNA 3D2EA 5KRSA 3IS9A 3CQ8A 3THWB 1C1CA 4H5RA 5M1QA 4CW7B 4DFPA 1J6ZA 2O8BB 2I7NA 3VEYA 1OH6A 2W40A 3BY5A 2HVIA 2I5JA 4CHOA 3HSCA 3L3UA 3LDOA 3WUHA 3QFPA 4AHSA 1RT1A 3QO9A 5AR0A 5KQ8A 4DQRA 4H5TA 1WBBA 4CJPA 5FRNA 1MWMA 1NJIO 3PIPL 3V4IA 3P38A 4NLCA 1HNXK 1K8KA 3AY9A 1RT5A 1BUPA 4B9QA 3DXKA 4FLXA 3SYZA 3CQXA 4LY7A 1RDCA 3CFPA 1QQCA 3R6MA 2FBXA 3B8AX 2E1YA 1TYQA 1VSJA 4FJGA 2QKBA 3HPHA 4W5TA 4IO8A 2FSKA 4HTLA 4JKGA 1P90A 4BC5A 3D0PA 4B9NA 4CGDA 4W5NA 1YVNA 3QBWA 5CYMA 3J8AA 3WXLA 4B9SA 4I9QA 2HHUA 3P39A 4B08A 4CZEA 2PYJA 2A41A 3KLHA 3N4QA 3OYEA 3CERA 3ZSWA 1Q7YO 1KRPA 3SK3A 1BI4A 1KVBA 3QETA 4MO5A 3OYMA 2HBJA 2UUBK 4BRCA 2KZZA 1QTMA 1SKWA 3AA3A 4LF7K 3CCQN 1W2BM 4LF5K 1U2VB 4CI6A 3U8XA 2V7YA 3M3ZA 3QDKA 4CFCA 3CQYA 4ICLA 4X65K 1UAXA 1BDGA 3ITHA 5AQHA 3ZSXA 1VQMN 2G8KA 4KKOA 4BWMA 4CZGA 1RDWX 3HT3A 1EWQA 2D0AA 2OYQA 1JKHA 4FOEA 2O8FB 3JS6A 5BRDA 1ZBFA 3S3NA 3QEXA 3SI6A 4JKHA 1K8AO 1KTQA 5D3GA 1WSHA 5CR4A 5M1FA 4I6MA 3M1FA 5F2RA 3QIPA 4CGFA 3IUCA 4RW9A 2IDOA 5CZ2A 4QCLA 3KVGA 3UB5A 1NGGA 2P9IB 2ITMA 3SUNA 3SQ0A 1RDDA 2A40A 4OPJA 3OYHA 1GLEG 3ID8A 2RN2A 2P5GA 3MEGA 2KQ2A 1IV0A 3BGRA 1N33K 1JLGA 3SV4A 1VSDA 2P9KA 4AHTA 2NRRA 3IKMA 4KBOA 2DFFA 4CJKA 3BF1A 1BA1A 4B9LA 1HLUA 3T1AA 3CFRA 3RMCA 4F2SA 3OYDA 4DQIA 3LM9A 4IO9L 4C8KA 3HVTA 1TK0A 3RSEB 2GX9A 1RBUA 1FJGK 3DAWA 5HROA 1B92A 1S22A 1TUYA 4FWMA 4LSNA 4WFBL 3ZSZA 4CEEA 3UKRB 3CCJN 4BG9A 4DV3K 5KPRA 3V9WA 2V7ZA 4JI0K 4BR2A 3C6UA 3GG4A 3LL3A 4ELTA 3F73A 4FWSA 4J2EA 3LDPA 4FWKA 4E1NA 4WF9L 2V51B 4AQYK 4K8XA 2D0OA 3D6RA 4L8RB 2O4IA 5ELZA 3FZFA 1DTTA 4F9OA 4AILC 4KHQA 5TKYA 4JI1K 2BTFA 4ISFA 2OA8A 2RKIA 2HNDA 3GBTA 4DWIA 1KVCA 1JL2A 1S1UA 4O55A 3V9SA 4CIEA 3ZSVA 3MMVA 4MDAA 1KC8O 2OPQA 1J53A 5HRRA 1J5EK 1SL0A 2VQFK 4FJ9A 3HJFA 4A5AA 4CD3A 4GKKK 1HNZK 2XHBA 1S6QA 1NK7A 4F2RA 2UYTA 1X3NA 4FM0A 3I56N 2O8DA 3DI6A 5J2MA 3NF8A 4IXCA 2FSNA 3K5LA 1NOYA 3LP3A 2W42A 2PBDA 1BGXT 2HOEA 5AQSA 2Q36A 3FZHA 3SQ2A 3AA2A 3J7AP 1GOCA 4KTZA 5TKWA 2ATQA 3ZSOA 4FZXC 4HVJA 1GLJO 2E5LK 4GNIA 3CHWA 1A5WA 4O44A 2V52B 2O4GA 3ZSRA 2FC0A 4YOXA 4Q5VA 4DR7K 4FK0A 1XC3A 3LDNA 3IRXA 1TK8A 4FM1A 3U3YA 3G25A 1LOTB 4XH5A 2HHXA 2YX6A 4NYNA 3A5LC 1XUPO 3CJAA 1HJRA 5SZTA 5AQIA 3O3HA 3K9KA 5M1PA 4C8LA 2NRWA 1NGDA 5KGXA 1NMDA 4JS5A 1LW0A 2YNFA 4FLWA 3NF7A 3NF6A 1QS4A 4DFJA 1RT7A 5EOYA 5BPNA 1B9FA 1D9DA 2PFUA 3V1QA 4FXDA 4CEBA 3OY9A 1VRUA 3AVBA 1C0FA 1G99A 5BREA 1HJOA 3AO1A 3CCVN 4JK8A 2B6AA 3LDSA 2P9LB 4B3TK 2YKMA 4FJ5A 4N56A 5JICA 1M90O 1TK5A 5AQWA 4FJMA 3JXUA 2XY8A 1NU0A 4C8NA 1Q82O 4JHDA 4QAGA 3QINA 1BCMA 1OKJA 5AQTA 5JS2A 1ZC6A 4KI4A 4CD1A 3LP0A 2HBKA 5F1XA 5AQQA 4O5BA 4CEAA 4DLGA 1B9DA 3MK6A 4EZ9A 2X74A 4B9TA 4Z4CA 3CJBA 1REVA 3MXIA 2W41A 3O3FA 1WBDA 4KTWA 1VQON 1VSIA 2P9UA 2OPPA 3MXMA 3U4LA 1DGKN 1Q9YA 1NGEA 4K8ZA 4CZFA 5C12A 3THXB 4FK2A 1NG9A 4H0TB 1L3UA 2D5RA 4XIUA 4BRGA 1RT6A 4OO1J 3KJVA 3JYTA 2GUIA 4FWPA 3ZYYX 4CHNA 3AARA 1MA9B 2EX3A 4ILGB 3O6WA 2VG6A 2HMPA 1O13A 3QEWA 4JRPA 3NGYA 4O0JA 4BRIA 3RMAA 1C0TA 1KLMA 4DU3A 4CESA 4DTRA 3KD5E 1NGFA 1W9HA 4OGEA 4H0OA 1EETA 4E19A 4OKJA 1BIUA 5EU7A 4DUYK 4IFEA 1QHAA 4B1XB 3ZT2A 5KGWA 3M8QA 4J2DA 2NRVA 3EE8A 1QQMA 3T7ZA 4BGAA 4CJVA 1RCHA 1DEJA 4O5FA 3WXIA 4DV4K 5AQVA 1HKCA 4GW6A 5IWAK 3C6TA 2PZSA 3VEZA 1VRTA 1HNVA 3J7YP 3VETA 3VQBA 3Q7CA 2GWJA 2OANA 3AAPA 3O1BA 3THYA 1S1TA 4CJWA 3TSQA 4RWTA 3QESA 4FJLA 5BRFA 3K5NA 3C0BA 1C1AA 4JI2K 4FWRA 3DXMA 3BDPA 2D0BA 1YJ9N 4YOTA 4F8RA 4PL8A 5HRPA 1SZ2A 3KLFA 1I3AA 2JWLA 3ZEUB 3QLHA 3R8EA 4FJ8A 4KREA 2VGNA 4IWVA 1RBTA 3D2FB 1RDBA 1TAQA 2YNGA 3QNNA 4BVOA 4DG1A 1TAUA 4LSLA 3K5MA 1IH7A 1C1BA 1FW6A 1RNHA 4C1NI 4HCCA 3OYFA 4E0DA 4IOXA 3G4SN 3L4IA 1GLAG 3VEXA 3HZ6A 3IMXA 4CZJA 3WQTA 3TSPA 4LH4A 1HMVA 3C95A 5CYQA 3VQ5A 2W6KA 5BPMA 5EVZA 1NK0A 1KAYA 4JI5K 3ZETA 4EHTA 5HRSA 4BWJA 1DT9A 3K59A 4RW7A 4DU1A 5LY3A 4JK9A 3OYKA 1K6YA 3CG7A 1WOQA 3NF9A 4BROA 4CGIA 3KK1A 3E66A 1VSKA 4CF2A 3CFOA 3ASMA 3EKUA 2OZMA 4CEFA 3K58A 3LZJA 4AHRA 4KO0A 1GLDG 3CCRN 3AVAA 3EE9A 4C23A 3P31A 4JV5K 1HUXA 3CCUN 1BQMA 2YKNA 1BHLA 3K57A 2UXBK 2QW9A 3SUQA 2YJFA 1WB9A 4ISEA 1T3VA 4B9UA 5A2QO 4K43A 2QEXN 4DTOA 5KPZA 2VGMA 4YOVA 3D45A 1D5AA 2J4RA 3KK7A 4QS9A 1N34K 4YOYA 3A0IX 3DM2A 1IKYA 1BISA 4OJRA 2Y1IA 2KLAA 4KHSA 4F4KA 5CHIA 4CEOA 3EYZA 4PL7A 4CGGA 5I3UA 1ZBSA 2KZMA 3HO1A 1WLJA 2P9PA 4JKEA 4L3QA 3K5OA 5C15A 1T44A 4YHHK 1LW2A 3T3FA 1XWLA 3DLLL 4B3OA 2HHSA 4PKIA 3OYIA 5I42A 1BOTO 1N8RO 4OPAA 4GV6A 3U6FA 3AO3A 3LDLA 4FZYA 2W6LA 2ZQBA 3VERA 3L4QA 2P51A 4DTMA 4B1WB 3AA5X 4W5QA 3E01A 2WBNA 4FJNA 3TR8A 3DMJA 1J9AA 1HQEA 3H1VX 4MLEA 1SQKA 1NK4A 3EZ5A 1HKBA 4ID1A 2YV0X 3GDQA 4CEQA 4FO0A 4DV5K 4LF9K 3R3LA 4CERA 4C1NK 3HP6A 3NDKA 5AQMA 1RT3A 4E89A 3DRSA 3ZT0A 3RMBA 3SQ1A 4BRDA 1YT3A 3O9RA 2Q0UA 4OGCA 3EZWA 1QQNA 3NFAA 5FLXO 3CM6A 4NO7A 2Z1GA 4M7XA 3VQ6A 3UKUB 4KH5A 1NGAA 2E6LA 2Q2RA 2Q31A 4W5RA 1C0GA 2FF6A 3OYJA 1VQ6N 3CMEN 1FK9A 5GIPA 4CVNE 1A5VA 3V81A 3F5TA 4DSEA 4CEZA 4M42A 4H0PA 1UWBA 5ADXH 3TTFA 2G8IA 2CH5A 3EKSA 4TSXA 1S9EA 1WSEA 4K41A 5J2NA 3MXJA 4HHTA 1NKBA 3GL1A 2X6NA 3KLEA 2BANA 3I0RA 3AAQA 3C6HA 1NK8A 1XI1A 1G15A 3EY1A 4A62A 3LWLA 3FR0A 5J2PA 2P9SB 4MQ3A 4H5WA 2O8EB 1WUAA 3P4IA 4KV8A 5AQPA 1SV5A 4WQ4A 4B1ZA 4BRNA 4JS4A 1JLAA 4DR3K 2GELA 1W0HA 4CIFA 1U4BA 3PX4A 4YFUA 2ZE2A 1ZBLA 3GE1A 3WNFA 3QMLA 2AP1A 1N6QA 2O8CA 5DK5A 3CCEN 2FBTA 3WNGA 2WOMA 3I33A 3VTIA 1NJXA 3K0SA 5CY4A 1NJZA 2XY5A 4IOCL 3SBTA 4GKJK 3E1YA 3C7NA 3PSFA 5C24A 1Q18A 3D7EO 3MX2A 4DV6K 4BRKA 3LP2A 3CC7N 1Z05A 3DLBA 1QHTA 1I39A 3OYNA 1LWFA 4I7FA 1CZAN 3HP9A 3PLAA 4KHNA 4DR2K 4IDHA 3QERA 1CZ9A 3THYB 5GAHP 4YDUC 4E7JA 3A8YA 5BPLA 1QSLA 3ID6A 1BU6O 4XH1A 3SAFA 1RILA 2NNWA 3KK3A 3KKSA 2QWPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NJI O;  3PIP L;  1VQN N;  1YI2 N;  4WFA L;  3CCU N;  1YJN N;  5H1S Q;  3G6E N;  3CXC M;  1S72 N;  3CC2 N;  2QEX N;  3J7Z O;  1KD1 O;  3PIO L;  4IO9 L;  5GAD P;  5DM7 L;  1K73 O;  1VQP N;  1VQL N;  4UY8 O;  4WFB L;  3CD6 N;  1ILY A;  1QVF M;  1Q86 O;  2QA4 N;  3CCJ N;  3OW2 M;  3I55 N;  3CCV N;  1Q7Y O;  1YIJ N;  1VQK N;  3DLL L;  4WCE L;  4U67 L;  1VQ9 N;  1VQ4 N;  1YJ9 N;  3CCS N;  3CC4 N;  1N8R O;  1M90 O;  1VQ7 N;  4WF9 L;  1M1K O;  4IOA L;  1VQ5 N;  3CMA N;  3CCQ N;  1W2B M;  3CCE N;  4WFN L;  1Q82 O;  3G71 N;  3CCR N;  4IOC L;  5DM6 L;  2ZJP L;  3CCL N;  5GAG P;  2OTL N;  5HL7 L;  3CF5 L;  1VQM N;  1YJW N;  3G4S N;  3CC7 N;  1KC8 O;  1YIT N;  2OTJ N;  1K8A O;  5GAH P;  2ZJR L;  1VQO N;  1QVG M;  2ZJQ L;  3I56 N;  3CCM N;  5GAE P;  5JVH L;  1Q81 O;  3CPW M;  5JVG L;  1KQS M;  1K9M O;  5MLC Q;  1OVY A;  1VQ8 N;  1YHQ N;  1JJ2 M;  1VQ6 N;  3CME N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HHQ A;  3V1O A;  1WAF A;  4AH9 A;  4PA1 A;  4AHU A;  2HBM A;  2FF3 B;  1KXP A;  1YJN N;  4Z94 A;  3WEE B;  3E9O A;  1KFD A;  2VWK A;  1TL3 A;  4M63 C;  1E4G T;  4J2B A;  3TAP A;  4DR6 K;  2BH1 A;  4DQS A;  4CJL A;  4H8K A;  2BGG A;  1RTI A;  2QWR A;  3ULE A;  3FGU A;  1KSP A;  4CF0 A;  2JGU A;  4E1J A;  3L6Q A;  1BO5 O;  4DLE A;  3ZLJ A;  3OHR A;  4BAC A;  3LAL A;  4BRE A;  4KHU A;  4O8U A;  1GOB A;  4E1M A;  4JD2 B;  3O4W A;  4M3T A;  3H3N O;  3VPZ A;  1VQK N;  3ZX2 A;  3DRP A;  1VQ9 N;  1JLC A;  2PYL A;  2OPR A;  1FKP A;  3AVI A;  4IG3 A;  1S6P A;  4CJ7 A;  1RDU A;  3FZK A;  3QEI A;  3MED A;  4FJ7 A;  2UXD K;  1ITG A;  3MCA B;  3TU5 A;  3M6G A;  2VWB A;  3VQE A;  1W7A A;  4IEI A;  3G71 N;  5BR8 K;  4KB1 A;  4CED A;  1U47 A;  3WXJ A;  4A61 A;  5GAG P;  3DRR A;  3HPG A;  4Y1C A;  5C25 A;  4FLY A;  1IKW A;  4G1Q A;  2A5X A;  2HNY A;  3DLE A;  4ILJ A;  3P1G A;  3RTV A;  5HOO A;  1U6Z A;  2QXL A;  1NLV A;  3CJ1 A;  2YHA A;  2A6A A;  3RR8 A;  2HST A;  4AF1 A;  4YOU A;  2ZJR L;  1EWR A;  4CJ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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