1X3NA

Crystal structure of amppnp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA02
4H5RA 3FZHA 3MN5A 1Z05A 3ENHA 3O1WA 4H5VA 1GLJO 1YUWA 2UYTA 2NRHA 3ZX3A 3GBTA 1XQSC 5KPZA 4EHTA 3CQYA 5LJVA 3C7NB 3U9ZA 1S3XA 1GLAG 5AQQA 3U8XA 3BEXA 2QW9A 1KAYA 1QQNA 2D0PA 4C23A 3EKSA 3CETA 1TUUA 3ZX2A 2V7ZA 1XC3A 4A2BA 5AQXA 1NGIA 3RSEB 3DAWA 4BR0A 4O5FA 4B9QA 5EY4A 3ZEUA 4XH1A 2NZTA 2GELA 5AQGA 5AFUH 1HKGA 2YHWA 3VGKA 5LY3A 1NMDA 3H1QA 4BRIA 1NBWA 1T6DA 3WT0A 3FGUA 2WUSA 2YCHA 1RFQA 4IO8A 2HOEA 2P9UA 1ZC6A 4XEIA 3R9PA 2A40A 4DQ8A 1K8KA 2VCPA 2DPNA 5AQRA 3KZBA 4FO0A 1NGFA 2E2QA 3CJAA 5I9EB 3I33A 5F0XA 5AQUA 3HTVA 5BPLA 1MA9B 1H1VA 3M6GA 3VOVA 2BTFA 2YI1A 2FSKA 3MN7A 3M1FA 4PKGA 2ITMA 3EKUA 4IJAA 1ZXOA 4FPAA 2P9KA 3CI5A 3BP8A 2VYPA 4BREA 2E1ZA 4NO7A 4WQ4A 2NLXA 2P9UB 4BR2A 2OANA 1K8KB 3U9DA 2P9NA 4AM7A 2FLOA 3EZWA 4FWOA 3I8BA 3LDPA 5BREA 1BUPA 3HI0A 1OKJA 1ATNA 1U6ZA 4IJNA 3CJCA 4CBXA 4BGBA 1IG8A 2E8AA 4M7XA 1GLDG 5FPNA 4DHYA 4BQLA 4CZEA 4K42A 4BRKA 4BRNA 3BF1A 4M7YA 3W3DA 1QQMA 3VGLA 3FZMA 3OHRA 3WUHA 1C0FA 1TYQB 2D4WA 3A5NC 3FE1A 1NGHA 3M3ZA 5AQOA 5F2RA 3R6MA 1E4GT 3SK3A 1DEJA 4BRMA 2P9NB 2YJFA 1U2VA 1ATRA 3H6EA 1GLCG 3S41A 2E20A 4EAHD 1NGGA 4WQ4C 2P9IA 2KHOA 1X3MA 1V4TA 2IIRA 2GUPA 4PKIA 3D2EB 3CJ1A 1KAZA 2ASPA 4JD2A 5KPRA 5AQWA 4H0PA 2BUPA 5FPDA 5JICA 1ESVA 2FXUA 3VPZA 4CZIA 3DXMA 1SAZA 1BU6O 4CJ7A 3H45C 3CHWA 4HTLA 1HUXA 4FOEA 5AZJB 2GEMA 3EN9A 5AQHA 3CQXA 3VEWA 4H5TA 3UE5A 2F9TA 4PKHA 4PL7A 4KBOA 1CZAN 5AZIB 5BRHA 5EOYA 5AQKA 4CZKA 3VERA 3KVGA 2PAVA 1KXPA 3A5OC 5AQMA 1X3NA 3FZFA 1G99A 5AQNA 3CIPA 5FPMA 3DXMB 4K43A 5JLHA 5JLFA 3VEVA 2P9LA 4BRCA 5BN9A 2F9WA 5EVZA 1BA0A 1HX1A 2IVPA 4BG9A 2ASOA 3QB0A 3GDQA 3VESA 4BRAA 2FSNA 3ATUA 5BPMA 2E2PA 4FPBA 4L3QA 2FF6A 2YHYA 1NLVA 3MMVA 4BVPA 2AA4A 4CD3A 3VF6A 3ULEB 3JS6A 4FL9A 2QWLA 3VETA 2EWSA 4FWNA 1HLUA 4H0OA 4H5NA 2IVNA 2I7PA 3UKRA 1DKGD 1BA1A 1BWFO 2CGKA 1MDUB 2P9PA 3QICA 4CZHA 4FWRA 1HKCA 3VEOA 2FSJA 2Q0RA 4ISEA 3GE1A 4JHDA 4BG8A 5CE3A 5AQIA 3HZ6A 3LM2A 4CZLA 4BRQA 5ADXA 4I6MA 1S22A 2Q2RA 1JCFA 3VF4A 3ZEUB 3QFPA 2QWRA 2QXLA 3O1BA 4CZMA 3FZLA 4BRFA 1SZ2A 4H0VB 2Q36A 2CGLA 3AAQA 3QDKA 5KQDA 1NGDA 3J8AA 4EIAA 4BC2A 4CZJA 3IUCA 2P9SA 4BR7A 3H3OB 2ZGYA 5AQPA 5AQTA 3WEEA 4B1ZA 3QFUA 3ZETA 3F9MA 4BRLA 4PL8A 4K41A 5BRDA 2HF3A 1EQYA 2J4RA 3CJ7A 3G25A 1XUPO 1J6ZA 5AQJA 3UKUA 3B8AX 2P9KB 4BVOA 4H03B 3KHYA 4B1YB 4DCHA 4IZ9A 3CJBA 2FF3B 3HBTA 4CBWA 3EL2A 1NGAA 3HSCA 1DGKN 2QWPA 4B1WB 4H0YB 4BRDA 4FWLA 4WYBA 1MWKA 3DXKA 3QBXA 4EFHA 5KQ8A 5F1XA 5EXWA 1QZ6A 3FR0A 1TUYA 2GWKA 3D2FA 2E88A 4JNEA 5AQYA 3AY9A 4BGAA 5AQVA 2A5XA 3GL1A 3MN9A 5AR0A 1MWMA 2D1KA 3SLCA 1R59O 3AAPA 4K25A 2E2OA 4BQZA 3SJHA 3D7EO 3ZX0A 4DB3A 3VEZA 1U2VB 3MDQA 4CBUA 1P8ZA 1JCGA 2P9IB 3LDQA 1LCUA 1NGEA 2QWNA 4MO4A 4XH4A 2VWBA 4BR9A 3O6WA 4JD2B 1YVNA 5E84A 1HPMA 3R8EA 3L4IA 4BRPA 2W41A 5JMVA 3VGMA 1BG3A 1Z6RA 1ATSA 3C7NA 1NGCA 3P4IA 3LL3A 4BC5A 2GWJA 3TU5A 3FZKA 3O8MA 5TKYA 3H1VX 4BRHA 4CZFA 1X9JA 3CJ9A 3BUZB 1D4XA 3FLCO 4B1XB 3WXIA 2Q0UA 4GY2B 4ISFA 4H0XB 3TPQA 3ATVA 2QWMA 2ZF5O 3RSEA 3DWLA 2ZGZA 1T44A 3VEYA 4GNIA 5ADXH 1QZ5A 4BC3A 4LC9B 5AQLA 2QM1A 3WXKA 1SQKA 1GLBG 2P9LB 3BF3A 1Y64A 5LJWA 4BRGA 3ENOA 2YJEA 4MO5A 4FWPA 4EHUA 4FOIA 3MK6A 3U4LA 1NM1A 4CI6A 4M63C 5E26A 2QWQA 2PBDA 1RDWX 5AQFA 3GG4A 1E4FT 5BPNA 2ASMA 4BR5A 3MCPA 4IWVA 4WQ5A 3L6QA 3LDNA 4J8FA 5FPEA 3WQUA 3L0QA 4QS9A 1T6CA 1ZBSA 1BO5O 3A0IX 3EO3A 4MLHA 5EX5A 2YHXA 3UKRB 4RTFD 3O80A 2V52B 2QWOA 2V7YA 1RGIA 2P9PB 1GLEG 3SMSA 1IJJA 2V51B 4A2AA 4H5WA 1NWKA 1HKBA 3VF2A 2GTDA 2CH6A 4JHDB 1BOTO 4JAXA 4QS7A 3WQTA 5BR9A 4I6MB 5AQZA 3H3NO 4Y0WA 3ID8A 1Q18A 3O4WA 4E1JA 5AFUA 3LDLA 4WQ5C 1GLFO 3H46O 1KAXA 4FSVA 5ELZA 4BR4A 1HJOA 2A3ZA 4FWSA 1YAGA 5AQSA 1TYQA 4YDUA 4CZGA 4QS8A 2AP1A 1BDGA 1WOQA 5BRFA 2P9SB 3IFRA 1V4SA 3CERA 4NB4A 3WEEB 1QQOA 3D2EA 3AARA 4FWQA 4XH5A 1WUAA 3MN6A 4B1UB 3ZETB 4O8KA 4FWKA 3C0BA 3A5LC 3QBWA 3VENA 3QMLA 2HF4A 1NGJA 3IMXA 2HMPA 2E1YA 4Z94A 1QHAA 3UKUB 3WXJA 1C0GA 5B8HA 5AZJA 1YXQA 3WXLA 2W40A 4HWIA 4RCHA 2I7NA 3LM9A 2ZWHA 5AZIA 3HM8A 4YDUC 2A41A 3DXKB 5KPTA 5BN8A 3IDHA 3JXUA 3A8YA 2A42A 3D2FB 2Q1NA 3A5MC 1NGBA 2A6AA 3SMPA 1LOTB 2E2NA 4IXCA 3O08A 3FFKB 2Q31A 2IVOA 4H0TB 2CH5A 3O5BA 4JN4A 4ISGA 4MLEA 4BROA 4CD1A 2Q97A 3LDOA 4F9OA 3W0LA 1JCEA 2CGJA 3VEXA 4A62A 2H3GX 4A61A 3GOIA 3DJCA 3UB5A 4B1VA 2D0OA 4FWMA 4RWTA 3ULEA 1GLLO 4BC4A 4AM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOVA 2YNGA 3FZHA 3MN5A 4DTJA 3QINA 1U04A 4H5VA 4CF8A 2KW4A 2UYTA 3ZX3A 3GBTA 2DTUA 3O9UA 4ID5A 1GOBA 4DV7K 4FVMA 2XY8A 4DV2K 2QW9A 1KAYA 1D8YA 4O4GA 3DLBA 1LWEA 3EE8A 3EKSA 3CETA 3VQPA 3CCEN 3ZX2A 4Q5VA 4ID1A 5DM6L 5EY4A 2UXBK 2GELA 4LF7K 5AFUH 2O8FA 3LDSA 4BRIA 1Q86O 2P5OA 2YCHA 1A5WA 4IO8A 1ZBIA 3AGKA 1Q9YA 4XEIA 4B9MA 3D6RA 4FO0A 1NGFA 1EWRA 3KLEA 4LFBK 4CGJA 2YKNA 3M6GA 3MN7A 3M1FA 4FPAA 3CI5A 3MCAB 3BP8A 2I5JA 2XY6A 2F8SA 2VYPA 4CEEA 5CYMA 3THXB 3VQ6A 4WQ4A 2NLXA 3K5NA 3CC7N 3VQ5A 1W2BM 2D0AA 1K8KB 4DTUA 3I8BA 3P38A 4FJMA 5BREA 1BUPA 5HROA 3HVTA 1OKJA 2FBVA 3PY8A 1CLQA 3HOTA 1IG8A 1NJXA 4PUOA 4M7XA 1ASUA 4I2PA 4HUGA 4IFVA 1RT3A 4BRNA 3W3DA 4B8AB 3PSIA 1QTMA 2O8BB 1J5EK 1VSHA 3OHRA 3A5NC 4KI4A 4DF4A 5F2RA 2P9NB 2YJFA 1IKYA 2E20A 1WBBA 1D9DA 2G8KA 2P9IA 2IIRA 5IWAK 4LFCK 3CJ1A 5J2PA 4H0PA 4IDKA 4C8MA 2HB5A 4W5OA 4FM0A 4CF2A 5JICA 1ESVA 2FXUA 3DXMA 3D0PA 1SAZA 2G8UA 1UAXA 4F8RA 3J7YP 3CHWA 2JGUA 4DR4K 3OS0A 1HJRA 4FOEA 5AZJB 3ID6A 4IEEA 2GEMA 3EN9A 3CFPA 3CQXA 3CYMA 2NRRA 2F9TA 3QEXA 4PL7A 1CZ9A 5BRHA 4YOTA 3O9TA 2JWLA 3ZYYX 4YFUA 3T1YK 3KVGA 3G10A 4O5BA 3TABA 3OYEA 4I7FA 4CJEA 3SCXA 1YIJN 3CIPA 4ELUA 4CGHA 4M45A 1VQ4N 1LWFA 1HNIA 1RBVA 2RKIA 3O4NA 5DMRA 4DQIA 2FBTA 5EVZA 4DQRA 1GOAA 1BA0A 1RDDA 1HX1A 2IVPA 2O8DB 1BIUA 3L2WA 3SQ0A 4BRAA 3ATUA 5BPMA 1K8AO 4CF1A 4CEZA 2FF6A 3C95A 4OLBA 1RTHA 4BVPA 3HPHA 1KVBA 3T7ZA 4CHQA 2OPQA 4H0OA 4H5NA 4JK7A 2I7PA 1XMOK 3MXJA 4GV9A 3PX0A 1BWFO 4FK0A 4NLBA 2QI2A 3HO1A 4I2QA 3KK1A 4CZHA 4FZZA 3PO5A 4BACA 3HP6A 3K58A 4FCYA 2UXCK 5J2MA 3ENBA 3CQ8A 3P83D 2P51A 5CE3A 1Q9XA 4JLHA 4RG8A 4HUFA 4FM2A 3HJFA 3AO3A 4C8KA 4DMNA 3O9RA 3AVIA 4KH5A 3SAHA 1EXQA 4CZMA 2O8FB 1NOZA 4YNQA 1HNZK 3NDKA 2Q36A 2CGLA 5KRTA 3AAQA 5KQDA 2JLEA 3J8AA 4EIAA 3ZLJA 4CZJA 2UXDK 4UQGA 3SQ2A 5AQTA 4B8CA 3WEEA 4BE0A 1OH6A 5KRSA 4Z4HA 4A59A 5C42A 5BRDA 1EQYA 3CJ7A 4H4MA 3G25A 3PX6A 1XUPO 1N8RO 1NG9A 4BVOA 4B1YB 3M8RA 2VQFK 1NK0A 2KQ2A 1ZYQA 1Q7YO 4JKDA 2QKBA 3EL2A 3HSCA 3HP9A 4N41A 4H0YB 2R7YA 1JKHA 3VN5A 3G4SN 3KTQA 4OKKA 3D2FA 2GWKA 4JNEA 4B9UA 4O55A 3TI0A 4CJRA 1KSPA 4Z4CA 4ELTA 3GL1A 2O8CA 3CFRA 4MQ3A 3QNOA 3WNGA 4MFBA 2O4GA 4K25A 1D9FA 2E2OA 3U3YA 3P5JA 5GIPA 2X74A 2XY5A 4YOXA 1F21A 3VTIA 5KTQA 1P8ZA 2P9IB 3LDQA 4MO4A 1QE1A 4Z4EA 4H4OA 4BR9A 3NAEA 4V19S 1HQUA 5E84A 1HPMA 4OKEA 4DV3K 4HHTA 1N36K 2UUCK 4DLGA 4BRPA 4L8RB 5IT9O 1NJIO 4E7JA 4CF0A 1WBDA 3C7NA 1NGCA 3LL3A 2W42A 4MDBA 2IAJA 1XHXA 1X1PA 3BUZB 2NUBA 4B1XB 3WXIA 1HNVA 2O4IA 5K14A 3RSEA 4CJFA 2YHAA 1SV5A 4GNIA 1XI1A 4DWIA 4BC3A 3VQ7A 3WNEA 3OJSA 1GLBG 1X9WA 1IKWA 4FJ5A 4CK2A 4MO5A 3K5OA 4M63C 3ZSQA 3KWGA 5E26A 2X6NA 2ASMA 4IWVA 3TAQA 5DM7L 4J8FA 3QERA 4ZTJA 2KFZA 4KHPK 2RN2A 3OVNA 3A0IX 3EO3A 4CE9A 4DUZK 4DR7K 5EX5A 4RTFD 2ZJPL 1SUQA 4OGCA 3ZSVA 1DLOA 4KHNA 1K73O 2B6AA 1NWKA 2GTDA 2HHWA 1S1TA 1L3VA 3J7AP 4OPAA 1HR0K 1C0UA 1IBKK 2YNHA 4QS7A 3RR8A 4DFKA 4CJWA 3ID8A 5HLFA 3O4WA 3LWLA 1ZBFA 2FC0A 3LDLA 4WQ5C 2E5LK 2LSNA 3H46O 4OO1J 1TKXA 1KAXA 3NF6A 4FSVA 3DLKA 5ELZA 1HJOA 2A3ZA 4DU1A 1YAGA 1NK6A 4YDUA 4FJLA 4DV5K 1WNSA 1C6VA 3E9PA 4NXMK 3WEEB 1QS4A 3D2EA 3P31A 3L2VA 4DS4A 3QEWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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