1X3NA

Crystal structure of amppnp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA02
2IVPA 3A5NC 2HMPA 1XUPO 4BR4A 2GEMA 2E8AA 1NGFA 4K41A 1BOTO 4FWOA 1ATRA 2YJEA 3RSEA 3O80A 2ASOA 4WQ5A 4CBXA 4I6MB 4BC4A 4BVOA 2D1KA 4IJAA 3CJ9A 5LJWA 5AQYA 1YVNA 3FR0A 3D2EA 4EIAA 4B1WB 2QWNA 3ATUA 2W41A 4JAXA 3UKUA 4BRCA 5B8HA 4PL8A 5AZJB 1U2VA 5BN8A 4BRLA 2H3GX 3CJ7A 3H3OB 3VEOA 3OHRA 3P4IA 3CQYA 3EZWA 1R59O 1GLAG 2NLXA 1HKCA 5AQVA 5BRDA 3HTVA 3VEVA 2P9PB 1BDGA 4GNIA 3ZETB 4BQLA 4BR0A 1ESVA 5BRFA 3VEXA 1NMDA 3LL3A 3H45C 2IIRA 1Z6RA 4RCHA 5EOYA 4BQZA 2PAVA 4H5VA 4JD2A 3CHWA 1K8KB 1XC3A 3FZKA 3VOVA 1YAGA 3CETA 1QZ5A 4MLEA 2IVNA 3WXKA 4IZ9A 3ULEA 2ASPA 5E84A 5AQPA 4MO5A 2J4RA 4BRAA 3AY9A 2AA4A 1D4XA 2D0PA 4QS8A 4CI6A 4B1VA 1NWKA 1GLDG 3FZFA 3BP8A 3L0QA 3I8BA 2E88A 4CBWA 4E1JA 4JHDA 4FO0A 3WEEB 2AP1A 3DXKB 2P9NA 3KZBA 2V7YA 2P9SA 3O4WA 1NGJA 3CJ1A 3VF2A 4PL7A 4HWIA 2FF6A 3H1QA 5KPZA 4A2AA 4H0VB 3C0BA 3UKRA 5AQZA 5AQUA 3QDKA 4BREA 4CZJA 3DXMB 2CGJA 2YCHA 1BA1A 1KAYA 3VF4A 1QQMA 1TYQB 4K43A 4EFHA 4KBOA 4EAHD 5AQNA 2F9WA 5AQMA 3W3DA 1KXPA 1GLJO 2A6AA 1BU6O 3L4IA 3MN7A 5AQWA 1HX1A 2E2NA 3A5OC 3VPZA 5BRHA 3B8AX 1C0GA 3EKUA 5FPNA 4H5RA 1EQYA 4I6MA 1ATSA 4LC9B 4M7YA 5KQ8A 4A61A 3J8AA 4BG9A 3F9MA 4PKIA 1C0FA 3GOIA 5AQGA 5AZJA 3WUHA 3WQUA 1GLLO 5BPLA 5AQKA 1NGCA 3FE1A 2W40A 1HLUA 3O1WA 5AQLA 4ISEA 4CZHA 1GLCG 1MWMA 3O6WA 5AQOA 5F1XA 3AAQA 2ZWHA 4BR2A 5TKYA 2P9PA 2VWBA 3U4LA 1H1VA 4L3QA 3JS6A 5ADXH 1T44A 3KVGA 4NO7A 2P9LA 1ATNA 1OKJA 2QM1A 1LCUA 1MWKA 4BROA 3ZEUB 3VGMA 4H03B 3O08A 5FPEA 1E4FT 1XQSC 4CD3A 1HKBA 3GG4A 3VETA 1KAZA 3R6MA 1MA9B 2QWQA 3CERA 4H0PA 2OANA 1LOTB 1QHAA 3FGUA 4MO4A 4BGAA 4K42A 3WXIA 2Q36A 4BR7A 3EL2A 2YI1A 3CI5A 5LY3A 2Q97A 2NRHA 4FWQA 3EN9A 5KQDA 4FPAA 1P8ZA 1ZC6A 2P9IB 2P9UB 3QBWA 1QQNA 5FPDA 3ENOA 4ISFA 4B9QA 4O8KA 3IDHA 2GWJA 2CGKA 2Q0UA 3VGKA 3WQTA 5FPMA 1NGDA 4B1YB 3GBTA 5AQQA 2VCPA 2P9KB 3D7EO 4WQ5C 3HI0A 5AQRA 3FZHA 1QQOA 3IMXA 3UB5A 1HUXA 3VEYA 5AZIA 4CZLA 3FLCO 5AFUA 2HF4A 1SZ2A 1TUUA 5BPMA 2E20A 1DEJA 4Y0WA 2BUPA 2I7NA 4XH5A 2E1ZA 2YHWA 4FWPA 2KHOA 2Q2RA 1BWFO 4C23A 4BRMA 1NGAA 1TUYA 4BRFA 4IO8A 1U6ZA 4B1XB 3WXJA 3RSEB 2Q31A 3SLCA 5BREA 3SMSA 3H1VX 4H5WA 2FF3B 1JCFA 2BTFA 3ATVA 5ELZA 3D2EB 4XH4A 4A2BA 2DPNA 3LDQA 3A5MC 3UKUB 1V4SA 3WT0A 2A40A 2V52B 1NM1A 3I33A 1SQKA 1CZAN 1U2VB 3U9DA 4CZGA 3HSCA 2QWPA 3L6QA 3ENHA 1YUWA 3SMPA 2GWKA 4WYBA 5EVZA 4IJNA 1BUPA 3BF1A 4JN4A 4BC3A 4BVPA 2HOEA 4FWNA 3GL1A 3MK6A 1X9JA 2YJFA 4FWSA 3EO3A 4H5TA 4CZKA 1Z05A 5BR9A 5EY4A 5AR0A 4Z94A 4M63C 4M7XA 3D2FB 2E2OA 4H0YB 4JD2B 4RTFD 2A3ZA 3C7NB 4BRNA 3G25A 2ZF5O 1G99A 3DJCA 4DCHA 3QBXA 1RDWX 3HBTA 3ULEB 5KPTA 5LJVA 4PKHA 4EHTA 3HM8A 1IJJA 4O5FA 3VGLA 3A8YA 4AM6A 5JMVA 2QW9A 4FPBA 3U8XA 5EXWA 5BPNA 2FSJA 4CZIA 3MMVA 4QS7A 3LDPA 1BG3A 1JCGA 4AM7A 2E2PA 2P9UA 3ZETA 2P9SB 4K25A 4F9OA 1NGIA 3VERA 1NLVA 4BRDA 3FZMA 3UKRB 3CIPA 1SAZA 5AQXA 4FWKA 4CZFA 1K8KA 4J8FA 3DWLA 2FLOA 1S22A 5E26A 1BA0A 4BC2A 2GELA 2V51B 4BGBA 4PKGA 3HZ6A 3AAPA 4IXCA 4NB4A 3FFKB 2ASMA 5AQIA 4FWMA 1NBWA 3A0IX 2A41A 4B1UB 3WEEA 1NGHA 1GLBG 3CJBA 3LDLA 3BF3A 3DXKA 4ISGA 3H6EA 3O1BA 1NGEA 2A5XA 4MLHA 2CGLA 2E2QA 3LDOA 3SK3A 3QB0A 3DXMA 3FZLA 5EX5A 4CJ7A 2Q0RA 3QICA 4A62A 1RFQA 4WQ4A 3WXLA 4EHUA 1TYQA 2FSKA 2ZGYA 4BG8A 1WUAA 4BR5A 1WOQA 2Q1NA 5I9EB 1HKGA 4FWLA 3IUCA 5AQHA 4BRPA 1NGGA 4QS9A 4CZMA 2I7PA 4H5NA 4CD1A 1X3NA 2VYPA 2P9LB 2CH6A 3VENA 3TPQA 4CZEA 1GLFO 3GE1A 3D2FA 5AFUH 3ZX0A 1HPMA 5F0XA 1J6ZA 3C7NA 2V7ZA 5JLHA 3QMLA 4FL9A 5AQTA 2GTDA 1DKGD 3M3ZA 4BR9A 4H0OA 3LDNA 1DGKN 3S41A 2QWMA 2IVOA 3CJCA 3AARA 3QFPA 4FOIA 3VEZA 4BRQA 2WUSA 3IFRA 4WQ4C 3LM2A 1NGBA 3A5LC 4JNEA 4YDUA 4FSVA 2FSNA 1T6DA 2A42A 2D4WA 3VESA 1RGIA 3LM9A 3MDQA 2YHYA 1V4TA 3SJHA 3GDQA 5KPRA 3DAWA 2NZTA 4BC5A 1IG8A 3U9ZA 2HF3A 3ID8A 1JCEA 1ZBSA 3ZX3A 1T6CA 1Q18A 3ZX2A 2PBDA 3BEXA 4H0XB 2ITMA 2FXUA 3ZEUA 5CE3A 1YXQA 4DB3A 2CH5A 4BRGA 3BUZB 4HTLA 5AZIB 2QWRA 3MCPA 3CJAA 2EWSA 4XH1A 2QXLA 4FWRA 1E4GT 5BN9A 1X3MA 3M6GA 3CQXA 5AQFA 5F2RA 2QWOA 5JICA 2D0OA 3KHYA 3R9PA 2GUPA 3MN6A 3W0LA 3JXUA 4DQ8A 2F9TA 3O5BA 1GLEG 2UYTA 1KAXA 4CBUA 3M1FA 4XEIA 3MN5A 3VF6A 4JHDB 4YDUC 4GY2B 3UE5A 3H46O 2E1YA 3VEWA 4BRHA 5JLFA 2P9IA 2P9NB 1Y64A 4BRKA 4BRIA 4DHYA 1S3XA 2YHXA 4H0TB 3MN9A 1ZXOA 4IWVA 3TU5A 3O8MA 3R8EA 5AQSA 5ADXA 4B1ZA 2P9KA 3H3NO 4RWTA 2ZGZA 1HJOA 2QWLA 3QFUA 4FOEA 1BO5O 1MDUB 1QZ6A 3EKSA 5AQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BE2A 2VGNA 4EP4A 3A5NC 2HMPA 3ZCMA 1K6YA 1XUPO 4DV5K 2HBLA 1XC9A 1NGFA 3ZT4A 4LSNA 1O13A 1BOTO 4IG3A 2HHSA 4YHHK 3K5LA 3C6UA 1YITN 4BVOA 2D1KA 4IJAA 1UOCA 2DFEA 4FCYA 2BANA 1XI1A 4EIAA 4B1WB 3L3UA 2DTUA 5KGXA 5B8HA 1Q7YO 4BRLA 5HOOA 3VEOA 3SV4A 4Z4HA 1GLAG 1HKCA 1JKHA 4O8UA 5AQVA 3VEVA 4JS4A 4FJ8A 1KVCA 3R3LA 4N47A 4AHUA 4JKGB 5EOYA 4BQZA 1RCHA 2PAVA 3EEQA 1K8KB 3VOVA 2F4VK 2HVHA 1QZ5A 4E19A 1XNQK 3LWMA 4IZ9A 4DR1K 5CZ1A 4MO5A 2E5LK 4O55A 1D5AA 1D4XA 4QS8A 4CI6A 3Q7CA 1GLDG 3ENBA 3I8BA 1FW6A 2E88A 4DQSA 1KSPA 2F8SA 3WNEA 2OPSA 3NH0A 2P9SA 3O4WA 1YIJN 3VN5A 2O8CA 1QHTA 4KH6A 4HWIA 5CHIA 3H1QA 4H0VB 2E4LA 2BGGA 3VQ8A 1IKVA 3QDKA 4CZJA 1S6QA 1G15A 3PLAA 1TYQB 4K43A 2KZZA 2JWLA 3O9SA 4KBOA 4EAHD 3IAYA 1KXPA 4OLAA 4KFBA 3MN7A 3K58A 4JRQA 3AA5X 1NK8A 1C0GA 3EKUA 2WTUA 4I6MA 4JEPA 4FJ5A 4LC9B 4M7YA 5IT9O 4YOVA 4ELUA 4OGEA 1A5XA 2BH1A 4CGJA 1IH7A 1OH6A 2ETJA 4E7JA 1VQ9N 3O1WA 2X6SA 5AQLA 4DUYK 4LH5A 4JI2K 4KPYA 4K8ZA 4DR4K 5AQOA 2ZWHA 4CJ4A 5TKYA 3RMAA 2VWBA 1H1VA 4L3QA 4W5RA 5ADXH 3KVGA 4LF6K 1BISA 3LZIA 2O8BB 4HHTA 1ZBLA 3PIPL 1FXXA 3RRGA 1FK9A 4KHNA 4BROA 4A5AA 1RDUA 1C0MA 1GOCA 5FPEA 4JV5K 1E4FT 3SUNA 2A1RA 4CHNA 2YNHA 1KAZA 3HVTA 4B9MA 2IDOA 3NH1A 3CERA 4H0PA 3N4PA 5FLXO 2DY4A 3PSIA 3O3FA 1WBBA 4BGAA 1N33K 4BR7A 2YI1A 1TV6A 3G71N 3J81O 3OS2A 1ZC6A 2P9IB 4ILGB 4DTNA 5FPDA 3WQTA 2OA8A 3VGKA 1NGDA 1REVA 4N56A 3VTHA 4FM2A 3GBTA 2VCPA 4IEIA 2O4IA 4YY3K 1HUXA 3CD6N 3OJSA 5JVGL 4DQPA 1SZ2A 4M3WA 2KFZA 3PIOL 4M3ZA 3OYGA 4BE1A 1DEJA 4DTPA 4C8LA 2NRZA 3VA3A 4Z4EA 4XH5A 4NCBA 5M1QA 3DLGA 2FBYA 2NUBA 1BWFO 1GOAA 4C23A 3NGZA 4BRFA 1U6ZA 3WXJA 4CK1A 2ITGA 3SLCA 3QEIA 5J1EA 1M90O 1XMOK 1U45A 4NLBA 3MWTA 2W6KA 5KI6A 4XH4A 3NH2A 4KREA 4CEFA 3S3MA 1NM1A 4GV3A 2JGUA 4M42A 2ZQBA 3HSCA 4KTWA 3CC7N 2QWPA 3AVIA 1D8YA 3QEVA 4WYBA 5EVZA 1TKDA 4ELVA 2OTLN 3FFIA 4DV2K 4E7IA 3QNOA 4JN4A 4FWNA 1RBVA 2YJFA 3HOTA 3LAMA 1HNZK 5EY4A 5AR0A 4NCAA 4NXNK 1JLGA 4Z94A 4M7XA 3JYTA 3EY1A 3RR7A 2A3ZA 3C7NB 4OLBA 4W5TA 3TSQA 1S72N 2ZF5O 1G99A 1BQNA 3CCQN 4FVUA 1I3AA 1ITGA 4O5FA 4NCGA 3A8YA 5J2NA 1NJZA 1WSEA 5EXWA 3U3YA 2AJQA 4CZIA 3MMVA 2F96A 3LDPA 4DTXA 1IG9A 3K5MA 3LP2A 4O0JA 3ZETA 2P9SB 1NOYA 1CLQA 3O4NA 2O8CB 4OKEA 1WAJA 3FZMA 1XHXA 4YORA 3OBWA 3HK2A 3U3GA 1S22A 2HNZA 4I2QA 4FM1A 4DG1A 3SUQA 5HRNA 3ZSVA 2KLAA 1S1UA 1JLCA 1B9FA 4OPKA 2ASMA 3AV9A 4JI7K 2NRWA 4LSLA 1TKZA 1EP4A 3C6TA 3A0IX 3HPGA 1HMVA 1QSYA 2A41A 4OKJA 1GLBG 3CJBA 4NLCA 3BF3A 2KFNA 3H6EA 4JRPA 2A5XA 3CF5L 2CGLA 1SUQA 3M8PA 3LDOA 3KLFA 3O9UA 3FZLA 4FZYA 3VQ4A 3B6PA 1NK6A 1HYZA 3WXLA 3RRHA 2Z1HA 3LALA 2OZSA 2ZGYA 1NJIO 3LDSA 2Q1NA 3IUCA 3P83D 4BRPA 4MDAA 2I7PA 4KRFA 3VQ6A 3AA2A 1X3NA 4YOWA 2XY8A 3D2FA 5AFUH 2PYJA 5JLHA 3MAQA 1VSLA 4BR9A 2IGIA 1YT3A 3S41A 4LFAK 2VWKA 3ULDA 1K8AO 2XY6A 4X65K 2WUSA 3IFRA 3JSMA 4FJGA 5H1SQ 4MFBA 1T8EA 2OTJN 3RMBA 4CECA 2A42A 1ZBFA 3VESA 3MDQA 4J2EA 3SJHA 4FZXC 2YKMA 1RBSA 4JK8A 1JCEA 5GADP 3SQ0A 1YJWN 4K8XA 2QK9A 3ZEUA 2P5GA 4BRGA 3C65A 5HRPA 1Q81O 1I39A 1YTAA 2QXLA 3TWHA 3D45A 1EXQA 2HMIA 3M6GA 3K0SA 3F73A 3R9PA 4CJVA 3SAHA 1VRTA 3W0LA 1RDBA 1QS4A 1GLEG 3DLRA 3ZSZA 1M1KO 3WNHA 3M1FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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