1X3NA

Crystal structure of amppnp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA02
2A5XA 3D7EO 4EHTA 3BF3A 3QB0A 1BA1A 3ENHA 3ZETB 2BUPA 3VGLA 1TYQB 2CGLA 4EIAA 4BRKA 4RCHA 3VEWA 1E4GT 1X3NA 2P9UB 4CBUA 4BRDA 3SLCA 3MN5A 1KAZA 2PBDA 5BRHA 3LDQA 4CZMA 2A3ZA 3A5MC 3B8AX 3LDNA 3CJ7A 3EL2A 3CJ9A 3ATUA 3CERA 2IVPA 1XC3A 3WUHA 3WXIA 2ASPA 3D2EA 1ATRA 4DHYA 2D4WA 4AM7A 4BC3A 2OANA 3BUZB 1Q18A 4FWQA 3CJCA 5AR0A 2CGKA 3H1VX 3CI5A 4BRLA 3VETA 4DQ8A 1WOQA 2YJEA 3SK3A 1EQYA 2CH6A 3P4IA 4M7YA 5AQJA 4CJ7A 3CQXA 4BRIA 3QBXA 5AFUH 2YCHA 3MK6A 4EHUA 1SZ2A 4H0VB 1RGIA 5AQQA 3HM8A 2QWLA 2FXUA 3KVGA 2P9PA 4CZLA 4NO7A 4F9OA 5F2RA 5E26A 2I7NA 3ZX0A 3O8MA 4BRGA 3UKUA 2ASMA 4H5RA 4FPAA 2FF3B 3VEOA 4CBXA 1QQNA 4BR0A 4JD2A 5AQLA 1GLAG 5AQSA 3WXLA 1ESVA 1K8KA 2ASOA 3MDQA 3QDKA 2V7YA 3CJ1A 3KZBA 5LJVA 3ZEUA 2AA4A 2Q36A 4H5NA 5JLFA 3ZX3A 5BRFA 1GLLO 2QW9A 2YHYA 1ATSA 3WXJA 4JHDB 5EVZA 4Z94A 3H3NO 3MN6A 3VF6A 4IJAA 1G99A 1RFQA 4BRHA 4M7XA 3TPQA 2HOEA 4PKHA 1V4TA 2P9SB 4BRMA 1NBWA 4FWKA 3UKRA 4WQ4A 3QBWA 3U9DA 4MLHA 3D2FA 4HTLA 2FSNA 1KAXA 4WQ5A 3WEEA 4FWPA 5B8HA 2QWPA 4K43A 2HMPA 4PL8A 2P9KB 1TUUA 3GG4A 3RSEA 2ZGYA 3ATVA 3O5BA 3DXKA 3O80A 2A42A 3O08A 2NRHA 3VENA 2QXLA 4H0OA 3U9ZA 4B1VA 1ATNA 4PKIA 1X9JA 1CZAN 3G25A 5AZJB 3IFRA 1NGCA 4JNEA 4MO5A 5AZIA 1BWFO 3FR0A 2H3GX 4QS7A 3EN9A 2IVOA 2QWQA 1R59O 1RDWX 3HZ6A 5AQVA 5AQGA 3WQUA 2Q2RA 3VEVA 5EY4A 3GDQA 2ITMA 3A8YA 3MN7A 4CZJA 4WYBA 3ULEA 4B1YB 1WUAA 4IJNA 3HSCA 2CH5A 3VEXA 3BP8A 3H45C 5JICA 2QWRA 2A41A 3DWLA 3O1WA 4YDUC 4H0TB 4BG9A 5BREA 4CZHA 1KAYA 1XUPO 5AQZA 3W3DA 3ZETA 3LM2A 3DXMB 4BQZA 1TYQA 4XEIA 3R8EA 2GEMA 2IVNA 3AAQA 3LL3A 3U8XA 5ELZA 2E2QA 4FOEA 1NGHA 2P9UA 5AQRA 2A40A 4ISGA 2GTDA 1BUPA 2V7ZA 5KQDA 2E20A 2W41A 3A5LC 5KQ8A 2P9LA 4BC4A 4LC9B 5FPEA 1GLEG 3EKUA 3HTVA 4BC5A 1NWKA 5JMVA 1LCUA 4IWVA 1HKGA 1ZXOA 1Z6RA 1GLCG 4CZIA 1NGEA 3H46O 2Q0RA 4ISEA 4A61A 4BGBA 5AQOA 3QFPA 3GE1A 1ZC6A 1HJOA 1NGBA 4GY2B 4XH5A 1NGJA 1MA9B 1HX1A 2E1ZA 1BU6O 3VGKA 4C23A 3WT0A 2P9PB 3WXKA 5AQWA 4CD1A 1U2VB 2EWSA 2IIRA 4B1ZA 5KPZA 1OKJA 5LY3A 3L6QA 4I6MB 1TUYA 4CZEA 2WUSA 2BTFA 4BR5A 4BGAA 5AQTA 2E2OA 3C7NB 2YHXA 4GNIA 5AQKA 3H6EA 4HWIA 3LDLA 5AQYA 1MDUB 4BQLA 1SQKA 4K42A 3LM9A 3SMSA 3TU5A 2CGJA 2YI1A 2Q0UA 5E84A 2QWMA 1NGGA 1GLBG 1T6CA 4RWTA 4QS8A 4AM6A 3H3OB 3I8BA 3VERA 5LJWA 4H0XB 4H0PA 5CE3A 2P9NB 5EX5A 1QQMA 2E2PA 3M3ZA 1GLFO 2J4RA 4BR2A 5AQPA 2W40A 5F1XA 1DKGD 3HI0A 4B9QA 2D0PA 3U4LA 4CBWA 5EXWA 4JHDA 5ADXA 4O5FA 4ISFA 1IG8A 3AAPA 3GBTA 4Y0WA 4QS9A 3VF2A 2VCPA 3FZKA 3WQTA 4BG8A 2P9IA 5EOYA 1NMDA 3S41A 1LOTB 2QWNA 2P9SA 4FWOA 4H5WA 4RTFD 3VGMA 2ZWHA 2NLXA 3EZWA 2Q1NA 3H1QA 4CD3A 4NB4A 1JCFA 5AQNA 1NGFA 3MMVA 4FWLA 1E4FT 2GUPA 3AARA 4FPBA 3SMPA 1Z05A 2E2NA 3EO3A 3C0BA 3VF4A 4BR7A 2P9KA 2Q97A 1T44A 4BRCA 1YUWA 3I33A 1BOTO 2VYPA 2DPNA 4K25A 3L4IA 3FZLA 2UYTA 3BF1A 5AZJA 4BREA 3KHYA 3FGUA 1HPMA 2QM1A 1BDGA 2NZTA 3OHRA 4L3QA 2F9WA 1HKCA 1QZ5A 1MWKA 5AQFA 4BRQA 5AQXA 2YHWA 4B1WB 4BRFA 4BROA 2V51B 3AY9A 3O1BA 1HKBA 3D2EB 3IDHA 1QHAA 3CQYA 4BRNA 1YAGA 3A5OC 4XH4A 2GWKA 4PL7A 1GLJO 3FLCO 4B1UB 2FF6A 2ZGZA 5BN8A 5BPNA 2E1YA 5FPNA 1D4XA 4A2AA 2D1KA 1Y64A 2A6AA 2P9LB 3ZX2A 1SAZA 4DCHA 4IZ9A 4WQ4C 5JLHA 5I9EB 3DXMA 3HBTA 4WQ5C 1BA0A 2QWOA 3IMXA 1C0GA 2E88A 1MWMA 3IUCA 1NGDA 4B1XB 5KPRA 2ZF5O 4DB3A 1BO5O 3VOVA 3EKSA 5AQHA 4JAXA 3JXUA 1GLDG 1BG3A 1KXPA 3VEYA 4BR9A 3A5NC 2Q31A 4BC2A 1ZBSA 4FWSA 3CJAA 4KBOA 1JCGA 4A62A 3CJBA 4H0YB 3ID8A 5FPMA 5ADXH 4BRAA 2VWBA 2PAVA 2E8AA 2FSJA 3UKUB 1XQSC 4IXCA 3MCPA 1T6DA 5AQIA 3GL1A 1X3MA 1V4SA 3MN9A 4FO0A 1S22A 2GWJA 4JD2B 4MLEA 4CI6A 1NGIA 2HF3A 1QZ6A 4FWMA 1DEJA 3J8AA 5BRDA 4FOIA 4XH1A 4M63C 1K8KB 3QMLA 1NLVA 2KHOA 2AP1A 1U2VA 2FSKA 4BVPA 3ZEUB 1H1VA 1QQOA 4FWNA 1DGKN 4I6MA 5BPLA 3VEZA 3FZFA 1JCEA 3FZHA 4BVOA 3R6MA 3GOIA 3C7NA 3CIPA 5BPMA 3O6WA 4FL9A 3L0QA 1S3XA 3SJHA 4YDUA 4H5VA 5AQMA 4EAHD 5F0XA 3UKRB 3A0IX 4E1JA 2GELA 3D2FB 3DAWA 4O8KA 4CZGA 2D0OA 5AQUA 3WEEB 3VESA 2P9NA 3R9PA 5AFUA 4PKGA 3UE5A 2V52B 3LDPA 5BR9A 3RSEB 5KPTA 4MO4A 2P9IB 3CETA 3DXKB 3FZMA 3W0LA 3FFKB 3QFUA 1HLUA 1P8ZA 5TKYA 4CZKA 1HUXA 2I7PA 5AZIB 1YXQA 2YJFA 1NGAA 4FWRA 4FSVA 1U6ZA 3O4WA 1NM1A 4BRPA 3QICA 3ENOA 3F9MA 4BR4A 2F9TA 4CZFA 3ULEB 5FPDA 4K41A 1J6ZA 4J8FA 2FLOA 3M1FA 4H5TA 3FE1A 3LDOA 3M6GA 5BN9A 2HF4A 4H03B 3UB5A 3JS6A 1IJJA 1C0FA 4EFHA 3BEXA 4A2BA 3DJCA 1YVNA 3CHWA 4IO8A 3VPZA 4JN4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A5XA 2O4IA 4E7IA 3A2FA 1YI2N 3TSQA 3CFPA 1VRUA 4ELTA 1TYQB 3VQ7A 3SLCA 3MN5A 3AVBA 4FW2A 5BRHA 3LDQA 3O9TA 4DF4A 1W0HA 1RBRA 3OY9A 3L2UA 3EL2A 1QTMA 3DOLA 3CERA 2IVPA 1XC3A 3KLGA 3WXIA 2KKZA 1W7AA 3I56N 4CECA 4FCYA 1C1AA 4LSLA 4AM7A 1WSHA 4X64K 3BUZB 3HVRA 1JL1A 3Q7BA 5AR0A 3VTIA 3K5MA 4ID5A 2VQEK 2WBNA 3V6DA 4DQ8A 2CH6A 4M7YA 2DFHA 5AQJA 4I7FA 4V19S 3NGYA 3MXMA 4IDHA 3SUOA 1HQUA 2YCHA 4IOXA 5CYMA 3V81A 4FLZA 5C15A 4UQGA 3P39A 4M3WA 3JYTA 1RGIA 4DMNA 1I94K 1IBLK 3O9UA 3KVGA 2FXUA 4CZLA 3THYB 1YJWN 1NK5A 3S3MA 2OPQA 3OS2A 4FPAA 4CK1A 4FM2A 3VEOA 4DR7K 1QQNA 4JD2A 1GLAG 4DKWA 5M1QA 5AQSA 1ESVA 2W6KA 3P5JA 4OKJA 2O8CB 2ASOA 4I9LA 5DK5A 1U47A 4JI0K 3D0PA 1VSJA 3QDKA 2KZZA 1TKXA 4B9MA 4B9TA 3LAKA 3PSFA 4DLEA 3IRXA 1ZBFA 4Y1DA 3TARA 4JHDB 3HRGA 4HUGA 1RDAA 1VSMA 3MN6A 2YNGA 1G99A 1RFQA 4M7XA 4FZYA 1GOBA 2P9SB 4Y1CA 1NBWA 1OH6A 4CERA 4WQ4A 3RRHA 5B8HA 2YNIA 4FVUA 3OYCA 4B3SK 4WF9L 3GG4A 2ZGYA 3HSTB 1X1PA 3O08A 3AO3A 2DTUA 4WFBL 4U7BA 3U9ZA 3VQ5A 4PKIA 5GAHP 4JNEA 3QNNA 5AZIA 1RILA 4CFAA 1EETA 4DFPA 2IVOA 3T19A 2Q2RA 3K58A 2HVHA 3GDQA 3A8YA 3AVJA 3MN7A 4LSNA 4WYBA 4RW9A 3OYEA 2P51A 3AGRA 3M8RA 4C8LA 4K8ZA 2PZSA 4FZXC 3VQ8A 3VEXA 4JKFA 1WSIA 4E1MA 2QK9A 4ZTJA 4PHTX 1C0UA 2JWKA 2NRZA 3AVKA 4H0TB 2ATQA 5BREA 1XUPO 3ZSWA 2NRXA 5AQZA 3JAMO 3SAFA 3DXMB 3R8EA 2IVNA 3U8XA 4JKGB 2E2QA 5AQRA 3CC4N 2A40A 4ISGA 1NOYA 2Y1JA 1LAVA 2NRVA 1S72N 3EE9A 1W2BM 3C6AA 1J54A 4BC4A 4CF2A 3QEPA 1NK8A 5KRSA 4IWVA 1XC9A 4OPKA 1Z6RA 3LAMA 1WBBA 3KIOA 3VQEA 3CF5L 3QINA 4EP5A 2LSNA 1HX1A 3PLAA 4M3UA 3S3NA 1U2VB 2EWSA 1VSIA 4JI2K 5KPZA 5LY3A 1KRPA 2JGUA 3NBPA 3L6QA 1JLFA 2WUSA 3NVMA 3G71N 1XI1A 4B3RK 4BR5A 4IG3A 2WONA 1IKVA 3LP1A 5I3UA 1L5UA 5CHIA 3BDPA 3SMSA 3TU5A 4B8AB 1XHZA 2NUBA 1UA1A 1UOCA 2WOMA 4Q0BA 5CE3A 2P9NB 4KH5A 1QQMA 1JLCA 3CCJN 3QEWA 2UXDK 5F1XA 4KTQA 4B9QA 4BE0A 3EZ5A 2P5OA 1ASWA 4N47A 3HVTA 4CBWA 2YKNA 4CGHA 2F8TA 4PY5A 3AVIA 5DMRA 4HVJA 1IG8A 4QS9A 3VF2A 4GV6A 4BG8A 1QE1A 2P9IA 5EOYA 1NMDA 3KKRA 2QWNA 4FWOA 3VGMA 3DRSA 4W5TA 3H1QA 1VHXA 1S9GA 4EZ9A 4AHUA 4YOUA 1N36K 3AARA 2KFZA 3C0BA 4BR7A 3QIPA 4CEQA 3I33A 1SKRA 1VQLN 2DPNA 3EE8A 1VSFA 1WBDA 3OYDA 3KKSA 5AZJA 4JI6K 1HPMA 3NGIA 1BDGA 2KQ2A 2KLAA 4PUOA 3S3OA 3THVA 3OA9A 5BR8K 1VQ9N 1U48A 3CCMN 3RMCA 3J80O 5C2FA 1QZ5A 1MWKA 5KRTA 4JRPA 1NK9A 1JXEA 1RT4A 2YHWA 5C12A 1OH5A 3SI6A 2HHUA 5FRNA 5IWAK 4BRNA 1YAGA 4K8XA 4FVMA 2GWKA 3HL8A 3PSIA 3NMUA 3Q7CA 1XMQK 5BPNA 1U45A 4DQQA 3QIOA 4DCHA 4FLWA 2A1SA 3AVGA 3HBTA 4WQ5C 4O55A 2E88A 1MWMA 5EU7A 4FJLA 4JK8A 5KPRA 1S1WA 2WTUA 1JKHA 3OW2M 2HHSA 5HLFA 4DSLA 3L2RA 4FWSA 4KBOA 3QLHA 3MEDA 4X65K 5FPMA 4IEEA 4LH4A 3ALYA 3PO4A 4Z4GA 2IS3A 1N32K 1QSSA 1XQSC 4IXCA 4QOZB 3VA3A 5CYQA 4JD2B 4MLEA 4CI6A 4E3SA 3SQ0A 1QZ6A 4FWMA 2RHKA 3J8AA 5J2QA 4M63C 4WFAL 1UA0A 1J53A 2AP1A 3BY5A 3ZSYA 4BVPA 1WSEA 1RDCA 3AVHA 1H1VA 3QNOA 1DGKN 4I6MA 4W5NA 1KC8O 3NGZA 3CIPA 3O6WA 1QVFM 3MX2A 4CK2A 2G8IA 1ZBHA 4CGFA 3QEVA 3SJHA 2F96A 1FKPA 3TTFA 4H5VA 5GIPA 4GW6A 1YITN 3BZKA 3L3VA 4KAZA 4YHHK 5KPTA 2UUCK 3K0SA 3FZMA 1TK5A 4FLYA 4BE1A 3VQPA 3HT3A 4ILJA 4JI3K 3DRRA 5AZIB 1W97L 3LZIA 4M42A 1YT3A 1NGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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