4OVLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV integrase for compounds that bind--a SAMPL challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.1: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase.
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ovlA00
2B5JA 3H08A 3TAQA 4B9LA 3SCXA 1RBRA 1ZBLA 1FKOA 4IFYA 3QEIA 5HP1A 1X9MA 1Q8IA 1SL0A 3SUQA 4FK2A 2HHSA 1JLEA 3MXJA 3EYZA 1IH7A 3SQ2A 2Z1JA 1NKBA 1FXXA 1NOZA 2OPPA 1HMVA 5K14A 4CF9A 3HP6A 4M3ZA 1LAWA 3AVFA 2HNYA 4CHOA 3PUFA 3DM2A 4KB0A 2VG6A 1B92A 4CK1A 3M8RA 1UOCA 4DQSA 1VRUA 2IC3A 2G8KA 2VWKA 1S9EA 5D3GA 1BI4B 4Q0BA 4CJ3A 3AA2A 2GV9A 2JGUA 1CZ9A 3VQ6A 3KTQA 1VK0A 3OVNA 2F8SA 4CFAA 4DSJA 4KKOA 4ICLA 1C6VA 1RBUA 1RILA 1F21A 4IG0A 2BDPA 3RWUA 3AA5X 3L2QA 3ZSOA 1HYZA 1YT3A 2ATQA 2ZE2A 1RT2A 1RDAA 4OKEA 4B9NA 3HVRA 1VRTA 1BI4A 3F9KA 4G1QA 3L3VA 4CESA 4M3WA 4KHYA 2KFZA 1SUQA 4OVLA 3U6FA 3OYHA 3QO9A 3LAKA 2F8TA 4I2QA 4NCGA 3OYIA 3TI0A 2RPIA 3HYFA 1I3AA 1L3UA 4BWJA 1X9WA 1BCOA 4IG3A 2G8UA 3PO5A 4ID5A 3V9ZA 3NGYA 5C42A 3HJFA 3CM5A 2KZZA 2X6SA 4CHQA 4E1NA 3A2FA 1NK7A 1KLMA 1JXEA 3NH0A 2IAJA 3JSMA 4HUGA 4DU4A 4CHZA 3IS9A 3NE6A 3U3YA 1GOAA 1ASUA 1WNSA 3CFOA 3CFPA 2O4IA 4J2AA 4AILC 3DLBA 3AVHA 5JS2A 4HCCA 3TAMA 4IBNA 4OPKA 1QSSA 3AA3A 1G15A 1RTHA 4B3OA 3KIOA 3SYZA 1RTJA 3AA4A 2EX3A 3DLKA 2DFHA 1S1WA 4C8NA 3C95A 1QSLA 1TAQA 2PYLA 5C24A 3AVBA 4CFCA 4KRFA 5J2MA 1XC9A 3V9XA 3LWMA 2KTQA 4HUEA 2JLEA 3SPYA 1TGOA 3V9SA 4OKJA 3QETA 3SQ1A 1D9DA 3C6TA 4JRPA 3LP2A 3HT3A 3NGZA 1J5OA 3KK2A 1QQCA 2YNHA 2ZQBA 3SNNA 2G8IA 4DFMA 4CEQA 1B9FA 3QEWA 1RBSA 3ZCMA 5HRPA 1A5VA 1ZBFA 3MAQA 1KVBA 1FK9A 1BL3A 1REVA 4CF8A 4F4KA 3OJSA 4B8AB 4FJHA 1TK8A 1JLFA 2YNIA 3ZT2A 2P51A 3OYMA 4BE0A 4BWMA 3PO4A 4CK2A 3SPZA 3HO1A 1TKZA 1S9GA 3AVIA 4F3TA 3OS2A 4KV8A 1WSGA 4Z4HA 4KI4A 3KLEA 2R7YA 3O4QA 1HYSA 4OPJA 3B6OA 1EETA 2PYJA 3VQPA 3S3NA 3G0ZA 2OYQA 2HVIA 1WSJA 3NF7A 3PY8A 4YNQA 1WSIA 4KAZA 2HHVA 1JLAA 3I0RA 1D5AA 4OLBA 1Q9YA 4KTQA 1UWBA 1GOCA 2DY4A 2IS3A 1HYVA 3VQDA 3NGIA 3O3GA 3I8DA 3SQ0A 4PQUA 1DTTA 4FVMA 4WE1A 1KVAA 4F3OA 1KTQA 4CGFA 3TARA 1QTMA 4O55A 1U45A 1S6QA 3BGRA 1WSEA 4CCHA 3ZSQA 2F96A 3OYAA 3KLFA 1EKEA 5KGWA 5FDLA 3K2PA 4W5RA 2G8FA 4C8OA 4DSLA 3LP0A 3VQAA 3AVKA 1KFDA 2NUBA 4UQGA 3L2WA 3LWLA 3K5NA 3V9WA 1RTDA 3HVTA 1CXUA 2PZSA 3VQ9A 3I0SA 4KFBA 2YNGA 2RN2A 3KKRA 4DFPA 3OY9A 3ZSYA 1JL2A 4CJVA 1L5UA 5FRNA 3KLHA 4FLWA 1ASVA 3HPGA 4RG8A 4Z4CA 1ZYQA 1SL2A 4C8LA 2HHWA 3LZIA 1IKVA 4FJKA 4CF2A 1VSDA 4OKKA 2GBZA 1N5YA 4LY7A 1HQUA 1ZBIA 1JL1A 3KK3A 1VSEA 4E7HA 4I2PA 4JS4A 3K5MA 4DF8A 3M8QA 2YHAA 4B9TA 4N76A 4CIEA 4JRQA 3VQ7A 1EXQA 4DQQA 1RT3A 3SUNA 1IKWA 1KCFA 5HRNA 4KHNA 3G10A 2BE2A 1KSPA 2YKNA 3LDSA 1RCHA 1VSJA 1Z26A 4AHUA 1X9SA 4FK4A 4DSEA 4RW4A 4FJ7A 4J2EA 1T8EA 1ASWA 3NFAA 3MEGA 3AO1A 4N5SA 4XIUA 4DTUA 1WSFA 3K57A 1XWLA 1IKXA 1SV5A 3T3FA 3K5OA 4FLYA 2XY6A 4KI6A 4CJKA 4ZTJA 4BE2A 3LP1A 3C94A 3SJJA 4B9UA 1L3SA 1SL1A 1WAFA 4NYNA 1BCMA 4QOZB 2OPQA 3DYAA 1XHXA 4M3YA 1RT5A 3OJUA 3ITHA 3L3UA 1ZBUA 4KTZA 4DLGA 2YNFA 1K6YA 4CJTA 4NYFA 4CECA 2Q3SA 3OYJA 4C8KA 5CYQA 4CJSA 3SV4A 1LWFA 3L2UA 4JS5A 3WNGA 4DTSA 2OPSA 4I9LA 1JLGA 1IG9A 1NK0A 2DFFA 4KHUA 4CGJA 3HXMA 3AO4A 4DTRA 2RF2A 2DFEA 3ZSXA 1RNHA 4YFUA 4FZXC 3T1AA 4ID1A 2HB5A 2AJQA 1O1WA 2QKKA 4HCBA 2VWJA 3QIPA 1ITGA 3O3FA 3F73A 1UA1A 1TV6A 3OYKA 4DTOA 3LPTA 4O4GA 3NDKA 2P1JA 3V6DA 1QSYA 4RW9A 4FZZA 4R5PA 1S1XA 1Y97A 2VG5A 3B6PA 4MFBA 3NH1A 4I7FA 4DS5A 1TK5A 5CY4A 4ELTA 1S1VA 1BGXT 3ZSVA 4CEDA 4EZ9A 1BIZA 3VQ4A 1I39A 5DMRA 1VSFA 1T03A 1SKWA 2Z1GA 1ZBHA 5J2QA 1LAVA 4LD0A 3HSTB 1LWCA 1UAXA 4FJMA 3NF8A 1RDCA 3TWHA 1Z25A 5DK5A 4M41A 3OYLA 3M8SA 4IDKA 3V9UA 1NK8A 1QHTA 4K8XA 4DSIA 4DU1A 3OS0A 1D8YA 4E19A 2A1RA 1WSHA 4DMNA 4FLVA 4RW7A 1HJRA 1DLOA 4FM2A 3V4IA 2FBXA 4M3UA 2HNZA 4CJUA 3EZ5A 1JLCA 4CHYA 4KB1A 4M3XA 3NBPA 2HHTA 4DQRA 3KJVA 1XHZA 1L3VA 3LPUA 2QKBA 3PX6A 1J54A 1TKTA 1TVRA 4FJNA 2QXFA 4H8KA 5JS1A 4W5OA 4IKFA 1BQMA 1HPZA 1QS4A 4CEOA 4FXDA 4AHVA 2YKMA 4CK3A 2XY7A 4DFKA 1A5XA 4ELUA 3V1RA 3MXMA 1VSLA 3ZSZA 4B9SA 2HHQA 4AHTA 3OYDA 4KO0A 3AVLA 4Y1CA 3VA3A 4Z4EA 4HTUA 3LP3A 4B8CA 3AVMA 4PWDA 2BGGA 3K58A 3K59A 1MU2A 4E7KA 4FK0A 4CGHA 3V1OA 4FCYA 3RR7A 2E4LA 4CEFA 3FFIA 1HNIA 2X78A 2BANA 4BDPA 1CXQA 2IDOA 4FYDA 2HW3A 1X1PA 2O4GA 3KD1E 3V1QA 1TKDA 4H4MA 4N47A 2XY8A 4O0JA 1RBTA 1HRHA 4O0IA 4C8MA 3T19A 4BDZA 4E0DA 1JXBA 4Z0UA 2WOMA 3ZT4A 1WAJA 3P1GA 1J9AA 1BHLA 3AVAA 3SUPA 4EZ6A 4DTXA 3RRGA 3AVGA 3MEDA 4FLZA 4JLHA 4DTPA 3NH2A 4MQ3A 5CZ1A 4W5TA 4OGCA 4CJLA 1NKEA 5C25A 1JLQA 3RMBA 4FLUA 2DTUA 4M3RA 3K5LA 3JYTA 3TANA 5HRSA 2E6LA 3L2RA 4I9QA 3RMCA 1LV5A 4FZYA 3ALYA 4Y1DA 1C0MA 1YVUA 3DLRA 3LANA 1NK5A 1UA0A 1S1TA 2FC0A 4BE1A 3QNNA 3VN5A 1EP4A 5E41A 3HL8A 1U48A 3WNEA 3VA0A 5HRRA 2XHBA 3UIQA 1L3TA 3MEEA 1VSKA 3EY1A 3L2VA 3ZSRA 4DFJA 4CJWA 3ULDA 5KRSA 5I42A 4FJ9A 3CG7A 2E6MA 3CYMA 4CJQA 4IFVA 5KGXA 3OYCA 4FLXA 2KW4A 4E7JA 1NKCA 2LSNA 4ELVA 4KHWA 2QK9A 4E7IA 1TKXA 4E7LA 3SQ4A 3RMDA 2HHUA 2XRIA 3DRSA 1LW2A 4H4OA 2B4JA 4CGDA 1RT6A 4L8RB 4DWIA 2G8WA 5T7BA 4OLAA 3QESA 3RMAA 5HROA 4FM0A 3KKSA 3KK1A 5I3UA 2X6NA 2IGIA 4CGIA 3VQ8A 4AHSA 5J1EA 3AO3A 2KZMA 3SUOA 4CF0A 2KQ2A 1CZBA 3QNOA 4DQPA 4OGEA 1A5WA 1IO2A 1CLQA 4LH5A 3E01A 1RT7A 5EU7A 3WNFA 1VSHA 4DTMA 2OPRA 3DOKA 3NF6A 2PY5A 4B9VA 4PUOA 3ZT1A 2D0BA 3MECA 4CEAA 4NCBA 4Z4GA 3P83D 4W5NA 3NCIA 1JKHA 3SZ2A 4FJ8A 2VG7A 3OYFA 3V81A 2FBVA 3TAGA 4GVMA 3IRXA 3CM6A 2D0CA 4CJFA 4ZHRA 1KFSA 3O3HA 3QEXA 3VQBA 2EHGA 1T7PA 4E1MA 3AVNA 1KLNA 1KVCA 5KRTA 1N6QA 3C6UA 3TAPA 1JLBA 1Q9XA 2GUIA 4FJXA 3PV8A 1TAUA 3AO5A 4RW8A 2X74A 4Q5VA 1NK9A 3IG1A 3OYBA 2Z1HA 2Z1IA 1C1BA 3DMJA 3P5JA 3PX0A 4DSFA 4FW1A 4BACA 3TR8A 4AHRA 4KHSA 4ZTFA 4PY5A 3OYEA 1R0AA 3M8PA 5KI6A 1DTQA 1YTAA 1RBVA 4F2SA 2W42A 3VQ5A 3QIOA 3HM9A 1C0TA 2OA8A 3U3GA 5FRMA 5KTQA 4FJ5A 3AVCA 2G8HA 2OZMA 3LAMA 4Z4IA 5CYMA 1BIUA 4NCAA 1S5JA 3TAEA 4HVJA 4DLEA 1T05A 1YTUA 4FJLA 3QEVA 3O4NA 3L8BA 3RRHA 1U4BA 1U49A 4LSNA 3ZT3A 5FROA 1LWEA 1HNVA 2FBYA 3AO2A 3WNHA 2D5RA 3AVJA 1QE1A 1W0HA 3KLIA 4O44A 5J2PA 3RR8A 2ETJA 4FJGA 3DLEA 4KTWA 4CHPA 1J53A 1NJWA 3S9HA 4KREA 3AV9A 5HBMA 3IAYA 1EX4A 4CHNA 2Y1JA 1SKSA 4J2BA 2WONA 1VSIA 4CERA 4CFDA 3HPOA 4FLTA 3TAFA 4F2RA 4FJJA 5SWMA 1B9DA 1TK0A 4B08A 5CZ2A 1C0UA 4DTNA 2HHXA 4RW6A 4QCLA 4FW2A 2I5JA 4Z4FA 2FBTA 2YHBA 4KHQA 3VQEA 1S6PA 1GOBA 4DG1A 3VQQA 3D0PA 2XY5A 2Y1IA 2XO7A 1W9HA 4B9MA 4KPYA 3OYNA 2D0AA 1XI1A 4CEZA 1BQNA 1TL1A 1VSMA 4QAGA 4E3SA 1D9FA 5SZTA 4F8RA 4N41A 2KFNA 3CFRA 1NK4A 1BISA 4DU3A 4O5BA 1NOYA 3LALA 2YV0X 3OS1A 1C1AA 3HK2A 4CFBA 4CE9A 3ISNC 1RT4A 3DRPA 1NJXA 3SI6A 4N56A 1RDDA 3KD5E 3S3MA 1LW0A 3LZJA 4AH9A 1FKPA 3ZSWA 4CF1A 3DRRA 4CJ5A 4EP5A 1NK6A 2P5OA 4K8ZA 3D45A 4M45A 3CQ8A 4CEEA 3NHGA 3HPHA 4DF4A 3ASMA 4OJRA 4TSXA 4HHTA 4CEBA 4DS4A 2G8VA 2A1SA 3S3OA 4PA1A 3DLGA 2ITGA 1U47A 4J2DA 1WN7A 1IKYA 3NAEA 2HNDA 3QINA 3THVA 1NJZA 3OYGA 3BDPA 2OZSA 4DQIA 4FJIA 4W5QA 1U04A 4AHCA 1RTIA 2ZD1A 3PX4A 3DLHA 3ZT0A 3TABA 3SV3A 4DTJA 4E89A 5J2NA 4CIFA 4GW6A 3NF9A 4CJRA 4LH4A 4CGGA 3QEPA 1RDBA 4BDYA 1KRPA 4M42A 4GMJB 4CIGA 3DOLA 3HP9A 3MXIA 2RKIA 4CJPA 4LSLA 5HLFA 2IOCA 3QLHA 2B6AA 1RT1A 1S1UA 4FM1A 2P5GA 1C1CA 1NJYA 3KLGA 4CJ4A 4CJEA 4HUFA 2HMIA 3RTVA 1TL3A 3VQCA 4EP4A 3DI6A 3QERA 4DSKA 1WLJA 4M3TA 2HVHA 1SKRA 1HQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B5JA 1M90O 1X9MA 1MWKA 1Q8IA 1SL0A 3EYZA 1FXXA 2OPPA 2HNYA 2KLAA 4FVUA 3PUFA 3DM2A 4KB0A 4BGBA 5JLHA 1UOCA 1VRUA 2IC3A 2VWKA 2D0OA 1S9EA 1NGHA 1BI4B 2HMPA 4CJ3A 2GV9A 3WEEA 2JGUA 4DB3A 1YJWN 1KD1O 3KTQA 3BY5A 5AZJB 2F8SA 4ICLA 1RBUA 1F21A 2GWKA 3CQYA 3L2QA 3ZSOA 2ZE2A 1RT2A 4B9NA 3WEEB 3F9KA 4ILJA 1SUQA 2H3GX 1L3UA 4XH5A 1X9WA 1BCOA 1ILYA 3CCVN 3NGYA 5C42A 2IIRA 3VTHA 3HJFA 2X6SA 1NGDA 1NK7A 1CZAN 4JK9A 3C7NB 3IS9A 1GOAA 1WNSA 3CJ7A 1W2BM 1QVFM 1T44A 5AQTA 4H0YB 1RTHA 3WQUA 1BU6O 4C8NA 2P9UB 3WXJA 1QSLA 3I56N 4CFCA 3AVBA 5AQXA 4GV6A 3ATVA 4DV0K 3ZEUA 1N34K 4J8FA 3V9SA 3QETA 1J5OA 3B8AX 1BUPA 4DFMA 4CEQA 4WF9L 3MMVA 3QEWA 3ZCMA 3IUCA 1BL3A 1EQYA 4CF8A 3MWTA 2ASPA 1JLFA 2YNIA 4BE0A 4C1NK 4CD1A 5M1OA 3HO1A 1TKZA 4CW7B 3FZFA 3OBWA 4KI4A 2R7YA 1HYSA 1V4TA 3B6OA 4FWPA 3VQPA 3ENHA 2UXCK 3G0ZA 3VGMA 3NF7A 4FPAA 5E84A 1JLAA 1D5AA 3C65A 1YVNA 1HLUA 1TUUA 1Q9YA 1LOTB 4LF9K 2CGLA 3EO3A 1HYVA 3MCAB 3NGIA 2ITMA 4NXMK 3SQ0A 3MWPA 1X3NA 5EVZA 4FVMA 4DCHA 1KVAA 3THYA 1VQ9N 4F3OA 1QTMA 4WQ5C 3OYAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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