4QOZB

Crystal structure of the histone mrna stem-loop, stem-loop binding protein (phosphorylated), and 3'hexo ternary complex
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
288
structure length
277
Chain Sequence
FSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanisms for the regulation of histone mRNA stem-loop-binding protein by phosphorylation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna/hydrolase/rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords histone mRNA stem-loop
total genus 91
structure length 277
sequence length 288
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qozB02
1TGOA 4CJVA 4B3OA 1TAQA 3M8RA 4FM0A 3CYMA 4PUOA 1U04A 4CJQA 3K5MA 4DQSA 3PV8A 3NF8A 1S1WA 4CFBA 1HYSA 3PO5A 1FXXA 3AO3A 4JS4A 3KJVA 4PA1A 1ZBFA 4DTRA 3AVGA 4E19A 3ZT3A 4HUFA 3CFPA 3SQ0A 2IC3A 1TK0A 3V1OA 4KHQA 3ZSYA 3V9SA 4DLGA 3RMAA 3NH0A 2ATQA 3OYEA 3HSTB 5FROA 3AO5A 1NK6A 4EP5A 1VSMA 2RN2A 3LP2A 4K8XA 1YTAA 2NUBA 4C8MA 1RTDA 2Z1GA 1J53A 1Q8IA 3AA4A 4QOZB 2D0CA 4N41A 1IKWA 4OPKA 2O4IA 3V1QA 2VG6A 2VWKA 4DQQA 4CJ4A 3PX4A 1RT5A 1WLJA 3LZIA 1EKEA 1L3VA 3L8BA 3S9HA 4BWJA 1BCMA 4OPJA 3NF6A 1B9FA 1XWLA 4DG1A 1NK9A 4C8OA 5JS2A 2F8SA 1IO2A 4FLYA 4NYFA 3SCXA 4FZXC 3KLFA 1NK0A 4CK2A 1RDBA 3VQ9A 3V9UA 3ALYA 3OS0A 4I9LA 5CY4A 4YNQA 3L2WA 1LWCA 3L2RA 2HW3A 1RCHA 4C8NA 3C95A 3G0ZA 1ZBHA 2XO7A 3SQ2A 2D5RA 3VA0A 3SPZA 1O1WA 1VSHA 1WAJA 1N5YA 3IAYA 1JL1A 5KRSA 1GOAA 3ZT1A 3DRRA 4LH5A 3NH1A 1YVUA 2HVHA 1Z25A 5KI6A 4ID1A 5HRRA 2QKBA 2HVIA 2DY4A 4N56A 4FJLA 4HHTA 4M3TA 4FJNA 4LY7A 1HMVA 4JRQA 2YNFA 3AVKA 3NHGA 1WSFA 1SL1A 5C42A 4DS4A 1SUQA 4FJGA 4DF4A 2BE2A 4PY5A 3DLEA 4C8LA 1QE1A 3VQEA 3OYMA 4O4GA 4W5OA 3SV4A 2P5OA 4CJRA 3ZSVA 2HNYA 4ZTJA 4JLHA 2VWJA 4CJ3A 3AV9A 4RW9A 3CFOA 1D9DA 4LH4A 4AHTA 3KK1A 4HUGA 1S6PA 3NGIA 4Z4IA 1LWFA 4GMJB 2E6MA 3D0PA 4CK3A 3S3MA 4FJ9A 4B08A 3LPUA 1REVA 4O44A 3VQDA 2W42A 3RR7A 4KTQA 1QHTA 4AHRA 4FJIA 3V1RA 4HUEA 4OKEA 1F21A 3NCIA 4CHPA 4CEZA 3AVNA 2QXFA 5J2MA 3QEVA 4KV8A 2ZQBA 1KSPA 4OVLA 2X6SA 4E7KA 4CF0A 4B9LA 3F73A 3DLRA 1VRTA 4DTOA 4M45A 4KTWA 3PO4A 4W5QA 4J2DA 1NK8A 4RG8A 4FJ8A 2Z1HA 1NKBA 1X1PA 5KRTA 1C1BA 3PY8A 4O0JA 5KGWA 4FLWA 3VQCA 4YFUA 5SZTA 4DLEA 1SL0A 1EP4A 1TL3A 4HCCA 4Z4GA 3O4QA 4CEFA 4KREA 3PX0A 4BDYA 3LANA 4DFKA 4CE9A 4CIFA 1JLFA 5HLFA 4ELTA 1QS4A 2OPSA 4BE1A 1HNVA 1WSIA 4FW1A 1NK5A 3F9KA 1DTTA 4E1NA 4JRPA 1Q9XA 3WNEA 3QETA 3DLBA 3BDPA 3KLHA 4KB0A 2KFZA 1HRHA 4CGIA 3V9WA 2IDOA 4L8RB 3SQ4A 3B6PA 3KD5E 2B5JA 4O55A 1HQUA 1QQCA 4KB1A 2XY7A 4WE1A 2D0BA 4DF8A 4EZ9A 1D8YA 4OGCA 3QERA 4CERA 1BGXT 1XHZA 4CFAA 1SKWA 1C0MA 1BISA 1HQEA 1C1CA 1BI4A 2Z1IA 3HP6A 3ZSWA 5HRPA 4N47A 4E7HA 3MXIA 4FK4A 4FYDA 1SL2A 1KRPA 4DTMA 2B6AA 1BL3A 3CQ8A 1NJYA 2YKMA 4B9UA 4DSLA 1RTIA 3KK2A 3NF9A 4F2RA 1B92A 5SWMA 3ZT0A 3KLEA 2HHVA 1KFDA 4IG3A 3KLIA 3PX6A 2GUIA 4CHZA 2FBXA 3I0RA 3L2QA 2ETJA 1IG9A 2RF2A 1KTQA 3VQPA 3SYZA 4DTXA 4J2AA 3LWMA 4OKKA 5DMRA 4FCYA 4OLAA 2YHAA 1NK4A 4K8ZA 3VQ6A 3V9XA 4E7JA 1RDAA 4QCLA 4M3XA 2GV9A 3CG7A 3K57A 3TAMA 4KTZA 4B9TA 1RBVA 4CEEA 1Z26A 1BQNA 4C8KA 4CF9A 4AILC 2X74A 1XHXA 4CGHA 2QKKA 3VQ5A 4F8RA 3AA2A 1QSYA 4CGDA 3NDKA 4BWMA 1VK0A 1GOCA 2JLEA 3OJSA 1ITGA 3TR8A 3NH2A 3HM9A 4FLVA 4DFMA 3HPOA 4QAGA 2I5JA 2E4LA 1YT3A 4DTJA 2PY5A 2HHWA 3THVA 4DSJA 4KHSA 3ZCMA 5HROA 3B6OA 1TKDA 1J5OA 5KTQA 4KI6A 4CJKA 4PQUA 4CJ5A 1ZBLA 1LW0A 1VSIA 1W0HA 3QO9A 3AVJA 3P5JA 3O3FA 2P5GA 4ICLA 3OYIA 4OGEA 2EX3A 2HHXA 1T8EA 3AVAA 4HCBA 1JL2A 4DTPA 3HL8A 4W5RA 1CXUA 3S3OA 4FLXA 3K5NA 5C24A 1S1XA 3ZSQA 5JS1A 2HB5A 3MEDA 3WNGA 4CJEA 1N6QA 3TAQA 3SV3A 3S3NA 5HRNA 3OS2A 1VSLA 1BHLA 4FVMA 4Z4CA 2IOCA 3IS9A 3AVHA 3G10A 3OS1A 5J2NA 3TAFA 2HHQA 4EZ6A 1S9GA 1ASWA 1LAWA 3FFIA 1B9DA 3DOLA 3SQ1A 1WSEA 4O5BA 1JLBA 3V9ZA 3RMCA 3QEXA 1C0UA 2HHUA 4NCGA 3QINA 4NYNA 3OY9A 1NKEA 5D3GA 1WSJA 4ELVA 4OLBA 3QIPA 4B9NA 3SZ2A 1MU2A 4R5PA 4HTUA 1RT4A 2KFNA 3E01A 3AO2A 3T1AA 5HP1A 1T03A 4FJXA 4N76A 4CCHA 4Z4FA 4B9SA 4CECA 4KRFA 3HXMA 2G8UA 3KTQA 1BCOA 5CYMA 4AHCA 1RDCA 1TKZA 3IG1A 1LV5A 1BIUA 3DMJA 4E7LA 3KD1E 3MXJA 2FC0A 1RBRA 1XC9A 4FJKA 4Y1DA 3HK2A 2G8HA 3NGZA 1VSEA 1WN7A 2YNHA 4CGJA 3HO1A 4CESA 4FXDA 2PYLA 4E1MA 3M8QA 1Y97A 1ZBUA 3C6TA 3I8DA 2ZD1A 4Q0BA 1NKCA 1TKTA 5EU7A 2GBZA 1NK7A 4BACA 4M3WA 3K2PA 4KI4A 3IRXA 4CHYA 5T7BA 3LZJA 3QEIA 3TARA 1K6YA 2VG5A 4IFVA 1SV5A 4RW4A 3JYTA 2G8KA 1L3TA 1JLCA 1TV6A 1VSDA 2OPPA 4B9MA 3NGYA 3DOKA 4EP4A 2HNZA 4AHSA 3C6UA 4UQGA 3KK3A 2RKIA 2XY5A 3OVNA 3VQ4A 3OYAA 4FZZA 1CXQA 4M42A 2IS3A 1LWEA 1RT1A 4OJRA 1U47A 3HYFA 4F2SA 5I3UA 4GVMA 1J9AA 1KCFA 4IBNA 3DI6A 3L3UA 4M41A 4KKOA 3RMDA 3QESA 4FJMA 1RT6A 1WSGA 3A2FA 1S1UA 4E3SA 3TAEA 1T05A 1CZ9A 4W5TA 3NFAA 4CHOA 2KQ2A 2KW4A 1IKYA 4AHUA 1I39A 4B8CA 4CFCA 4RW7A 3HPGA 4CIEA 4CEAA 2Y1IA 1IKVA 1RDDA 3VA3A 4DQIA 5J2PA 3RMBA 4BE0A 1U49A 3RR8A 4KHYA 3DLKA 4M3ZA 1G15A 5CZ1A 4DSIA 4Q5VA 2F96A 4CJFA 3WNHA 3MAQA 4CEQA 4BE2A 3QEWA 1A5VA 3AVLA 1QSSA 1RNHA 3U3YA 3DLHA 1XI1A 3NAEA 1TL1A 3T3FA 1GOBA 3LP0A 3K58A 1X9MA 4KAZA 4MFBA 2WONA 3VQAA 1UOCA 1RT7A 1LAVA 1W9HA 2FBTA 1HYZA 2X6NA 4CJLA 4CJPA 2Z1JA 4FLZA 1R0AA 1RILA 3AVFA 1KLNA 3UIQA 2OA8A 4IG0A 5CZ2A 2XY6A 4N5SA 4XIUA 1DLOA 4HVJA 3SNNA 1C0TA 4OKJA 1SKRA 4E89A 1RBTA 4CFDA 4KPYA 3HJFA 4BDPA 1U4BA 3OJUA 1Q9YA 4FJHA 5FRNA 1EXQA 1BI4B 4ELUA 3ZSRA 2B4JA 2EHGA 3QLHA 3VQQA 1JLGA 2G8VA 3SUQA 1QTMA 2F8TA 2HMIA 3AO1A 1HNIA 1ZYQA 2XHBA 2LSNA 1RTHA 3TABA 4CEBA 3DRPA 3SI6A 1J54A 3AA3A 2BANA 3DLGA 5CYQA 1WNSA 2DFFA 1RTJA 4IDKA 2FBVA 1KVAA 4J2EA 3O3HA 2OZMA 1D5AA 3LP3A 3MEEA 3OYGA 2ZE2A 4TSXA 4DTSA 2DFHA 4KO0A 3RRHA 5I42A 1UA1A 4KHNA 4BDZA 3M8SA 2PZSA 4CIGA 4KHUA 4H4OA 3ZT2A 3L2VA 1C1AA 3QNOA 1JLQA 2YHBA 1CZBA 1L3SA 1T7PA 4W5NA 3JSMA 3V81A 2OYQA 3LP1A 1NOZA 1VSKA 4CHNA 3HT3A 1S1TA 3LALA 3NE6A 3K59A 3TAPA 1L5UA 4DQPA 4J2BA 5HBMA 4FJ7A 2HNDA 2IAJA 1VSJA 3OYDA 4FLUA 3V4IA 4I7FA 1CLQA 4I9QA 4JS5A 4CGGA 4CF8A 4DSKA 2YV0X 4CJUA 2OPQA 4CK1A 2KZZA 1EETA 3EZ5A 4RW6A 4FJJA 1TKXA 1NJXA 3SJJA 3T19A 3RTVA 2PYJA 4G1QA 2G8IA 1UWBA 3KLGA 3ISNC 3TANA 4M3UA 4F3TA 1S9EA 1RBUA 3KIOA 1RT2A 1WAFA 2HHSA 4DU3A 4FW2A 1LW2A 1KFSA 4M3YA 4GW6A 3HVRA 1S5JA 1NJZA 1X9SA 2BDPA 1ZBIA 2OPRA 1FKOA 4F3OA 1SKSA 3VQ7A 1ASVA 2D0AA 1TVRA 2BGGA 4NCBA 4PWDA 4DTNA 2KZMA 3C94A 3EY1A 4KFBA 3SUNA 3ZT4A 1VRUA 4ID5A 3O4NA 3ZSXA 4B9VA 3M8PA 3SUOA 3LPTA 2VG7A 4DMNA 3OYJA 2O4GA 2XY8A 3ASMA 4CF1A 3HPHA 4H8KA 3ZSZA 4E0DA 3U3GA 3TI0A 1A5WA 4RW8A 3HVTA 4DU1A 4DU4A 2OZSA 1UAXA 3D45A 1D9FA 4CHQA 1HJRA 4CEDA 4CEOA 4I2QA 4O0IA 3VQBA 3LAMA 4E7IA 1TK5A 1QSLA 3AVCA 5FDLA 1FKPA 3TAGA 4CJSA 4ZTFA 1IH7A 3MECA 3NF7A 5C25A 4CJTA 3SPYA 2XRIA 4Z0UA 1X9WA 3OYNA 1S1VA 1ASUA 4ZHRA 3QEPA 1YTUA 3ULDA 2DFEA 1WSHA 2ITGA 2FBYA 1IKXA 1FK9A 4CF2A 3K5LA 4FZYA 2HHTA 4DFJA 1UA0A 2G8WA 1EX4A 3OYHA 4DWIA 2YNIA 1KVBA 4Y1CA 3AVBA 3LWLA 3AVMA 3SUPA 4F4KA 4FK0A 3DM2A 3L2UA 2Q3SA 4NCAA 5K14A 4AHVA 4DSFA 4CJWA 2QK9A 1S6QA 3TWHA 3L3VA 1L3UA 4Z4HA 4IKFA 2YKNA 3U6FA 3NBPA 3RRGA 2WOMA 3WNFA 4LSNA 3DRSA 3ZSOA 3AVIA 3CFRA 2G8FA 5J2QA 1JLEA 1KVCA 2JGUA 2RPIA 1U45A 3LDSA 5KGXA 2IGIA 1BIZA 2P1JA 3ITHA 3LAKA 1JLAA 4DFPA 3MEGA 1JXBA 1I3AA 3KKSA 3VQ8A 3AA5X 2E6LA 3OYCA 1NOYA 3P83D 3OYLA 4Z4EA 1TAUA 3P1GA 1KLMA 3KKRA 3EYZA 1RT3A 1HYVA 4MQ3A 1JKHA 4DTUA 3OYBA 3AO4A 3OYKA 3OYFA 4DQRA 2Y1JA 1HPZA 3H08A 2YNGA 1JXEA 2A1RA 3K5OA 4IFYA 5HRSA 2KTQA 4CGFA 3VN5A 5DK5A 3O3GA 4H4MA 3CM6A 4FK2A 2P51A 2DTUA 3PUFA 2R7YA 3CM5A 1A5XA 3I0SA 4LD0A 3MXMA 5FRMA 1C6VA 2AJQA 2A1SA 4FJ5A 3DYAA 1VSFA 4KHWA 4DS5A 3V6DA 1TK8A 2X78A 5E41A 1DTQA 1NJWA 4AH9A 3RWUA 4FM1A 3QNNA 3HP9A 4B8AB 4FM2A 1RBSA 1U48A 3BGRA 4LSLA 4M3RA 3QIOA 1BQMA 4FLTA 4DSEA 4I2PA 5J1EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3OA 3M8RA 4FM0A 4PUOA 3MN6A 4BRIA 4BRGA 2NLXA 1O13A 1VQ7N 4IEIA 1HYSA 3CJAA 3PO5A 1FXXA 2Q0UA 3ZT3A 2IC3A 3V1OA 4KHQA 4DLGA 3KWGA 3NH0A 2RN2A 4K8XA 1YTAA 2Z1GA 1Q8IA 3VESA 4QOZB 2O4IA 4DQQA 1MWKA 4K41A 1L3VA 3L8BA 1NGAA 4DG1A 1NK9A 1X3MA 4NYFA 1NGDA 3CERA 4FZXC 3KLFA 4DV6K 3R1XA 3V9UA 2HW3A 3L2WA 4XEIA 1XQSC 4YNQA 1GLAG 3G0ZA 1NGBA 4EHUA 3SQ2A 4JHDB 5KRSA 1M90O 1TUUA 3NH1A 2HOEA 4CZIA 2P9KB 2QKBA 5MLCQ 4N56A 4FJLA 4HHTA 3DWLA 4AF1A 1HMVA 4JRQA 4HTLA 4I6MB 4B3SK 1YJNN 1WSFA 1SL1A 3O8MA 2QA4N 3HM8A 5HL7L 5JVHL 4CJ7A 2YHWA 2P9NA 2PBDA 3ZSVA 4DR7K 2HNYA 4ZTJA 3ZETB 4A2BA 1IG8A 5KQDA 1D9DA 1WOQA 4AHTA 1S6PA 3NGIA 3HI0A 4CK3A 1RGIA 2V51B 4IOCL 1VQ5N 4KTQA 1QHTA 3K9JA 3TTDA 3V1RA 4HUEA 4FJIA 1F21A 2E2OA 2H3GX 2QM1A 3O9TA 3QEVA 2ZQBA 3HSCA 2X6SA 4OVLA 2KKZA 4E7KA 3F73A 4GY2B 3GL1A 3WEEB 4A5BA 4KTWA 4J2DA 3AARA 1MDUB 1X1PA 5KRTA 4O0JA 4B3MK 1SL0A 4CEFA 4DV5K 4BDYA 4IOAL 4CE9A 4CIFA 1JLFA 2O8FB 5KQ8A 1R59O 3LDOA 3BDPA 3F9KA 4JRPA 4E1NA 3QETA 4BC3A 3KLHA 3T1HK 3J7AP 2IDOA 3MN9A 2B5JA 1HQUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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