5DMRA

Crystal structure of c-terminal domain of mouse erf1 in complex with rnase h domain of rt of moloney murine leukemia virus
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
139
Chain Sequence
PDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHIHGEEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCPHSAEARGNRMADQAARKAAITETPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/translation
source organism Moloney murine leukemia virus (isolate shinnick)
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 37
structure length 139
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dmrA00
3QEXA 4OPJA 3AVHA 2DY4A 1ASUA 1RBSA 4DTJA 3O4NA 4DSEA 3IAYA 2D5RA 3OYHA 1R0AA 3DLBA 4E0DA 3TWHA 3LP2A 4KHSA 1ITGA 3AVJA 3MEEA 3OYNA 3OYKA 4H8KA 3AVFA 3AVGA 4GMJB 4RW7A 3ZSRA 1BHLA 3L2UA 1WSIA 3QEWA 2HVIA 1RCHA 3E01A 1C6VA 4BWMA 3TARA 3OYJA 4CK1A 2OZSA 1X9MA 4CJQA 4B3OA 4CGIA 1U45A 4FW2A 4KB1A 2IOCA 5I42A 4J2EA 3NGIA 1W9HA 3DOKA 3HL8A 4CESA 4E19A 1VSMA 3OS0A 4Q5VA 1HMVA 2Z1GA 3TAMA 1X9WA 1HQUA 4Z4CA 4JS5A 4FLYA 4E1MA 3SUPA 4HCCA 1VSIA 4CIEA 4DQSA 2XY8A 4KHQA 1T7PA 4I2PA 4M3TA 4CJUA 2ATQA 3SPYA 2KW4A 4F4KA 1VSLA 4I9LA 3SJJA 4F2SA 3O4QA 1VSKA 4RW4A 4CEFA 4DU3A 1NK9A 4KI6A 3AVBA 4ZTJA 1QQCA 3TI0A 4AHSA 3DYAA 3KLFA 4BE0A 4MQ3A 3RMBA 4NCBA 3ASMA 3ALYA 1K6YA 2VWJA 1YT3A 3OYCA 3AA3A 4H4MA 3OYGA 2X78A 1CZ9A 2ZD1A 4DQRA 1NK8A 2B6AA 1S6QA 1YTUA 1QS4A 4FK4A 2HNYA 3OS2A 2WOMA 4CHPA 2QXFA 3AVNA 2FBYA 1XWLA 1TKDA 1U47A 2IAJA 3SUQA 2OZMA 3KD1E 4M42A 1RILA 4FJ7A 4M3WA 4CJTA 3QEPA 3OVNA 3SQ1A 1QHTA 2YV0X 1IKVA 4G1QA 2BGGA 1UA1A 1SL1A 3AO1A 4DFPA 4RW8A 4DTUA 2ZE2A 2PYLA 1C1BA 4LSLA 2YKMA 2HNZA 3THVA 1ZBUA 3C94A 3S9HA 3QLHA 3LP3A 1NJZA 4CIGA 3AVMA 4LY7A 5JS2A 4KHWA 1DTTA 2FBTA 1W0HA 3K2PA 1JLCA 3ZT4A 4FJMA 1TKTA 1SKWA 3ZT2A 3SUNA 5FRMA 3O3FA 3DLEA 3AA2A 4K8ZA 1JL1A 1J5OA 4O55A 4BWJA 1RTDA 3KLEA 4BDYA 4HUFA 4YNQA 1JKHA 1XI1A 4FLWA 1KVBA 3CG7A 2Q3SA 3K5LA 4CFDA 3V6DA 3F73A 5HROA 3TAPA 1ZBLA 4JS4A 3U3YA 1TAQA 2B4JA 3ZSOA 4FVMA 4CIFA 5CY4A 4YFUA 4DTOA 4AHRA 4DF8A 2YNFA 4MFBA 3VQDA 3VQCA 3DLHA 3RR7A 4FZZA 4FJ5A 3SV3A 5HRPA 4BE2A 3NH0A 1TL1A 1ZBHA 2F8TA 4CHQA 1VSJA 3K57A 4BE1A 1HQEA 2BANA 4Y1CA 3NDKA 1JXEA 3OS1A 3S3NA 4CGFA 4F2RA 1J53A 3SUOA 2VWKA 4PUOA 1EP4A 3KKRA 4AHUA 3L2VA 3RMAA 1A5VA 3QESA 1HRHA 1S1UA 1IO2A 3ZT1A 4FJLA 4RG8A 4GW6A 4E7KA 1D9FA 3AVIA 3C6UA 2OPPA 2KTQA 3CQ8A 4CGDA 2HHWA 2A1SA 1RBVA 1VRTA 4NCGA 4LH4A 3L2WA 4HTUA 2YHAA 5J2MA 1RTHA 4GVMA 4J2DA 4ID1A 4BDZA 4IDKA 2P5GA 3DOLA 5C25A 3A2FA 3AO3A 4LH5A 1TK5A 4DSIA 1O1WA 2PYJA 1ZBIA 3LWMA 3OJUA 1BGXT 3LP1A 3OYMA 1D9DA 1KLMA 1SL2A 3F9KA 2RN2A 4CF8A 2YKNA 3MXJA 3QEIA 2KZMA 1FKPA 3LPUA 2QKBA 4AHTA 2RKIA 4CJVA 4DFMA 4F3OA 4CFCA 4DSLA 3NGZA 4KO0A 3TANA 4FLTA 4OPKA 4O0IA 1NJWA 1ZYQA 4FYDA 3RMCA 3SQ4A 4Z4GA 4IFYA 1J9AA 2GV9A 1XHZA 4KB0A 1Z26A 1TVRA 3LZJA 1TL3A 1YTAA 4QAGA 5C24A 1WSHA 1KFSA 3V9XA 3WNHA 4C8NA 1I3AA 3AO5A 3AV9A 3P1GA 1NK5A 4DSJA 2X74A 4CK2A 4WE1A 4E7IA 1KSPA 4CFAA 2G8IA 4B9TA 4PY5A 3PX0A 2HHQA 3NBPA 3L3UA 2BDPA 3LALA 4ELUA 4W5RA 4M3UA 1BI4B 3EY1A 5CZ1A 1L3TA 3TAEA 4CEZA 4B8CA 4CJPA 1TK8A 4CEDA 3NCIA 4E3SA 4DTNA 4DTXA 3MECA 3ZSWA 3PX4A 1N6QA 2DTUA 2IDOA 4FJHA 4CGGA 2Z1JA 5HRNA 3WNEA 4IBNA 4CF1A 4N56A 1LWCA 4Z4EA 2XHBA 1S6PA 2JGUA 4O0JA 2EHGA 1IKWA 3CM5A 2G8WA 3KD5E 1VSDA 2R7YA 4PWDA 4KAZA 1T03A 1JXBA 1RT4A 3RMDA 2DFEA 4DMNA 1T05A 1TGOA 4CJWA 3VQ5A 1CXUA 4KTZA 1VSHA 3NF8A 1SKRA 4W5OA 2FC0A 4CEQA 2ITGA 1BL3A 1WAFA 3IG1A 4E7JA 4KKOA 1RDCA 2LSNA 1WSFA 5FRNA 1KVAA 1WAJA 3NFAA 3V1QA 2B5JA 3HJFA 2GUIA 2NUBA 4DS5A 3WNGA 1BIUA 4CJKA 3NH2A 5FROA 4JRPA 1IH7A 3SPZA 3TR8A 4CK3A 3NF7A 3EZ5A 3U3GA 1X1PA 3TAQA 3HXMA 4Y1DA 2G8VA 1RT7A 1LWEA 3NHGA 4DU1A 1ZBFA 4NYFA 3DRSA 1HNIA 2VG6A 3KLIA 3MEGA 4FW1A 4OGCA 3LANA 3ZSQA 4XIUA 3M8PA 4EZ6A 4HCBA 4M3ZA 2P1JA 2HHTA 1B92A 4FXDA 1TAUA 5CYQA 1C1AA 1UAXA 4C8KA 1HYSA 1JL2A 4CECA 3D0PA 2YNHA 3CFPA 1RTJA 4DTPA 4AHVA 4JRQA 4NCAA 3KK3A 4ELVA 2JLEA 1RDAA 2IS3A 5J2QA 2OA8A 3G0ZA 3B6OA 3D45A 3ZT3A 4HVJA 2HNDA 1Q9XA 3PO5A 4DSKA 4FJNA 4OKJA 4DG1A 3P83D 1C0UA 3KJVA 3JSMA 1FK9A 4DQQA 3QERA 1RBRA 5KGWA 4ZHRA 4DTSA 1WLJA 3M8RA 3K59A 1SUQA 1Q8IA 3OYEA 3QETA 2OPQA 3TABA 4FLZA 4KFBA 1NK7A 1WNSA 2HVHA 4DTRA 1DTQA 1JLFA 4FZYA 1B9DA 1A5WA 3P5JA 3VQ8A 4HHTA 1NK4A 2RPIA 3TAFA 4DQPA 1QE1A 3NAEA 1LWFA 1RNHA 4RW9A 3LPTA 3K58A 3KTQA 3QNNA 3HSTB 3NF9A 4F8RA 4KPYA 3FFIA 1NK6A 4N41A 4DFJA 2YNGA 3HO1A 4CHZA 4AH9A 3KKSA 2X6NA 4CCHA 4W5NA 4KREA 1HPZA 2D0CA 1KRPA 1REVA 1L3SA 4CJ3A 1WSJA 1XC9A 1T8EA 3KLHA 4B08A 4DSFA 1VRUA 1CXQA 4BDPA 1HNVA 3B6PA 3SYZA 4CJFA 1Z25A 3AA4A 3ZSZA 1EXQA 1S1WA 4CEBA 4W5TA 2X6SA 1VK0A 5DK5A 3U6FA 1S1TA 4LSNA 1ASWA 3QIPA 1BIZA 3DMJA 4CEAA 4CGHA 4C8MA 4I7FA 4KTWA 3V81A 2G8FA 1RT2A 5JS1A 3NGYA 4KTQA 3AVCA 5KTQA 3L2QA 1KLNA 4IKFA 4DS4A 4K8XA 3RR8A 3LWLA 3AVKA 3QEVA 4FJKA 1CZBA 5D3GA 1RBUA 3VQ6A 4BACA 3HPGA 4Z4FA 1U04A 3CM6A 1EETA 1JLBA 1WSGA 2XY7A 3G10A 1UWBA 4CE9A 2QK9A 4ID5A 2XRIA 2Z1HA 3V1OA 4CJLA 1JLQA 3CFRA 5C42A 3JYTA 4FK0A 4FJGA 4FM0A 2VG7A 3HK2A 3HPHA 4C8LA 4CEEA 2O4IA 1WN7A 2E6MA 3DRRA 3ZT0A 4OLBA 3T19A 3K5OA 1KVCA 4Z0UA 4C8OA 2KQ2A 1S9GA 3KK1A 3SQ0A 3OYAA 4IFVA 1U49A 2KFNA 1U4BA 4M3RA 1S9EA 3V1RA 1EX4A 4Z4HA 2O4GA 4O4GA 4RW6A 3KIOA 1KTQA 2FBXA 3AO2A 4FCYA 4FK2A 4B9SA 3PV8A 3ZCMA 1BQNA 5DMRA 1BCMA 1U48A 1WSEA 4J2AA 4CERA 3DI6A 4AHCA 4CF9A 1JLAA 2I5JA 3O3HA 5HP1A 3VQEA 1NKEA 2KZZA 1J54A 1GOCA 4PA1A 3L8BA 3I0RA 3MAQA 3C6TA 2A1RA 4FJ8A 1KCFA 1S1VA 4M45A 3K5MA 3CYMA 3WNFA 1EKEA 3EYZA 1IKXA 2IC3A 1QSYA 3C95A 1N5YA 4CGJA 4IG0A 1FXXA 3H08A 3QO9A 3SV4A 1D8YA 5KI6A 4IG3A 4B9NA 2OYQA 4I2QA 5J1EA 1LAWA 3NE6A 3VQPA 2KFZA 4N76A 3IS9A 3OYLA 4HUGA 4B9UA 2PZSA 1UOCA 3DLKA 3PO4A 4B9LA 4OKEA 3HM9A 4FJJA 1HJRA 3LAMA 4AILC 2F96A 3OY9A 3M8QA 2HHVA 1UA0A 4OLAA 5E41A 4FJ9A 3VQQA 3IRXA 5HLFA 3DRPA 1BISA 3HYFA 4CF2A 4CF0A 4E7HA 2WONA 3LAKA 2DFFA 3RRHA 4B9VA 4NYNA 4CHYA 4FLVA 2GBZA 1ASVA 1NK0A 1LV5A 3VQ7A 4DWIA 2D0AA 3VQ9A 4DLGA 1RDDA 5KGXA 3DLGA 3MEDA 3RTVA 3RWUA 1TKXA 1MU2A 3SCXA 3UIQA 4DLEA 1XHXA 4H4OA 4O44A 5HBMA 3M8SA 1QSSA 5HRRA 3OYDA 3SQ2A 4M3XA 1A5XA 3T1AA 2XY6A 1QSLA 2E6LA 3O3GA 3SZ2A 1G15A 4EZ9A 3K5NA 5CZ2A 2HMIA 2DFHA 4KHYA 1Y97A 5CYMA 1S1XA 1BCOA 1LAVA 1LW2A 2ZQBA 3AO4A 4DTMA 3SNNA 4ELTA 1RT1A 2G8KA 2HB5A 3HVTA 2P51A 4CJEA 4EP5A 4Q0BA 1C1CA 3LDSA 1YVUA 2F8SA 3AA5X 3QNOA 1TV6A 1NKCA 4DQIA 1RT6A 2IGIA 3VQ4A 5HRSA 4N5SA 1RTIA 4CJ4A 3QIOA 3AVAA 4O5BA 4KHUA 3OYIA 3OJSA 3I8DA 4B9MA 3KLGA 4CFBA 1X9SA 4KI4A 3ZSVA 1Q9YA 3HVRA 1I39A 2ETJA 1RT3A 1FKOA 1C0TA 1TKZA 4N47A 2OPRA 3MXIA 1IKYA 1NKBA 5FDLA 3NF6A 3ZSYA 3MXMA 4F3TA 2HHSA 3AVLA 3HP9A 3V4IA 1B9FA 3PX6A 1SKSA 4M3YA 3ITHA 4CJSA 3OYFA 4FM1A 2Y1IA 4FJXA 3I0SA 1TK0A 2HHUA 3LP0A 1RDBA 2E4LA 1RBTA 5KRTA 4DFKA 2G8UA 1S5JA 4ZTFA 3NH1A 5J2NA 2HHXA 1GOBA 1L5UA 2XY5A 3L2RA 3PY8A 1IG9A 3VA3A 4W5QA 3PUFA 3VA0A 4FZXC 1CLQA 3HP6A 4B8AB 1L3VA 3DLRA 1C0MA 1BQMA 4DU4A 3V9WA 3OYBA 2OPSA 5EU7A 4CHOA 3HT3A 2D0BA 3QINA 1NJYA 3ULDA 1VSEA 3RRGA 2XO7A 4FLXA 4DF4A 5J2PA 2Z1IA 3KK2A 5KRSA 4M41A 4KV8A 4PQUA 4R5PA 4E7LA 2YNIA 3V9ZA 2QKKA 4QCLA 1JLEA 1HYZA 1NOYA 4L8RB 1KFDA 3CFOA 1SV5A 1L3UA 2W42A 3VN5A 3V9UA 2PY5A 4ICLA 4KRFA 1RT5A 3ISNC 3SI6A 3S3OA 5SZTA 4OGEA 4OJRA 2AJQA 2YHBA 3HPOA 3S3MA 3LZIA 5K14A 4OVLA 1GOAA 4E89A 2G8HA 4TSXA 4QOZB 5I3UA 1LW0A 4CEOA 4JLHA 2Y1JA 4HUEA 3VQAA 3L3VA 3BGRA 1QTMA 2HW3A 1DLOA 4OKKA 3ZSXA 3V9SA 4CJ5A 4Z4IA 4EP4A 5T7BA 4UQGA 3VQBA 2P5OA 4J2BA 1HYVA 2RF2A 2EX3A 1VSFA 3BDPA 4CJRA 1NJXA 4E1NA 1SL0A 4FJIA 4I9QA 1D5AA 3DM2A 5SWMA 1JLGA 2FBVA 4LD0A 4FLUA 4KHNA 3T3FA 1BI4A 1F21A 4FM2A 4CHNA 1NOZA 3TAGA 2VG5A 2BE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OPJA 4BGBA 1ASUA 3FZLA 2HHHK 1RBSA 3O4NA 3IAYA 3OYHA 3TWHA 3THWB 1E4FT 4RW7A 3O8MA 3E01A 4B3OA 4B1WB 4CK1A 1YVNA 3CQXA 1U45A 4KB1A 4H0XB 4ILGB 4J2EA 3NGIA 1W9HA 3HL8A 4E19A 3OS0A 4Q5VA 1HMVA 2W41A 4JS5A 4YOTA 4E1MA 2QWOA 4JI5K 2V7ZA 4DQSA 4KHQA 4PL7A 4CJUA 2ATQA 4I9LA 4R79A 3CJ7A 3O4QA 1ATNA 1XMQK 2O8DA 1NK9A 4ZTJA 3EO3A 1QQCA 1IBMK 3O9UA 2YCHA 3E66A 3ALYA 1K6YA 4IZ9A 4H4MA 1MDUB 3OYGA 1TYQA 2X78A 1CZ9A 3HOSA 4M7YA 2ZD1A 1NK8A 1V4TA 2O8DB 3OS2A 2QXFA 3AVNA 3CJAA 2WC9A 3C0BA 5AR0A 2IAJA 5LY3A 3SQ1A 1QHTA 4G1QA 2BGGA 3FZHA 3AO1A 4RW8A 2J4RA 1TYQB 2ZE2A 3IKMA 3THVA 1XC3A 4LFAK 3C94A 3QLHA 4ISEA 1DTTA 3K2PA 4FJMA 1SKWA 5KPZA 4CZMA 3AA2A 5LMUK 4BWJA 3MCAB 3AGRA 4YNQA 1XI1A 3K5LA 5HROA 1ZBLA 4BVOA 4FVMA 4YFUA 4YOWA 4JAXA 2E2QA 5CR4A 3QDKA 2F8TA 1HQEA 3S3NA 4CGFA 1J53A 3L4IA 3QBXA 4PUOA 1HRHA 3MMVA 3ZT1A 4FJLA 4JD2A 1OVYA 2A1SA 4DV4K 4NCGA 3L2WA 3CCQN 3KWIA 4BDZA 1VQKN 4BRDA 3DOLA 2NRHA 2VGNA 4LH5A 2ASOA 3CJ9A 3D2EA 2HF4A 5EX5A 2PYJA 3LP1A 1SL2A 4CF8A 2YKNA 3MXJA 2YHYA 2W6KA 2ZGYA 4FL9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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