4FWLA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with phosphate (po4)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
395
structure length
392
Chain Sequence
b'EFPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 128
structure length 392
sequence length 395
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA02
3WXLA 4BC4A 3IDHA 3IFRA 3MCPA 5AQOA 1QHAA 2E20A 5ELZA 2OANA 4HTLA 2P9SA 1HUXA 4DCHA 3VGKA 4JHDB 4XEIA 4BC3A 1XUPO 1GLFO 4FOEA 4CZMA 5F1XA 3A5OC 5AQKA 4JD2B 4IJAA 3SK3A 3QBXA 3U8XA 3VOVA 4H0YB 2E2QA 4A2BA 1KAZA 2P9NA 4EIAA 1SAZA 2YI1A 4FWMA 5E26A 3QFPA 4B1ZA 3ZX0A 4WQ5C 3ULEA 4MO4A 1XC3A 2YHXA 3DAWA 5BN9A 3RSEA 2QWRA 2P9IA 2GWJA 3A5MC 3AAPA 2QWNA 2ASOA 3C0BA 4EHTA 1CZAN 1WOQA 2V52B 5AQJA 4KBOA 1NGCA 3VENA 1TUUA 1U2VB 3GDQA 5AQUA 3SLCA 2F9TA 2FSKA 3GL1A 3WXIA 5BPLA 3VEVA 1IJJA 3QMLA 3ZX3A 1Y64A 4BVOA 5E84A 4EAHD 4FWNA 4YDUA 2ZGZA 4JHDA 5JICA 3UE5A 3LDOA 4JD2A 4BRKA 4C23A 1IG8A 2QWOA 1X3MA 3VEWA 2Q97A 5AQGA 1HKBA 4K43A 4MLEA 4BC2A 4CBXA 3O5BA 1ATSA 3LM2A 1T6DA 2A42A 4CI6A 1K8KB 1Z05A 2CH6A 3A0IX 3O1BA 3VEXA 3ZEUB 3VF6A 1BUPA 4GY2B 1X9JA 5BPMA 3I33A 3O4WA 3GBTA 4AM7A 3MN7A 2P9UB 3R8EA 3A5NC 1S22A 2D0OA 3J8AA 1HPMA 3I8BA 3LDQA 2FSJA 4FWRA 1QZ6A 2UYTA 4BR0A 1JCEA 4CZIA 4BRMA 1U2VA 3ATVA 3R9PA 3IUCA 1HX1A 4BRAA 2W40A 2YHWA 3R6MA 2GWKA 3WXJA 1P8ZA 4PL8A 4H0VB 5TKYA 1YXQA 3QICA 4IJNA 4EHUA 5FPMA 3ZETA 1YAGA 4FWSA 4CD3A 2YCHA 2QXLA 1NGJA 3D2FB 4IZ9A 3CJAA 3H3NO 1BA1A 3L6QA 3M6GA 3UKRA 1D4XA 3L4IA 3ULEB 5AQYA 2V51B 4QS7A 3FE1A 2KHOA 3RSEB 3U9ZA 4BC5A 4BRDA 1E4FT 1RDWX 4AM6A 1BO5O 1K8KA 5AQZA 2P9KB 1NMDA 3ZEUA 1E4GT 2E2NA 4M7YA 2FLOA 5AZIB 4BVPA 2P9UA 1BOTO 1R59O 1NGGA 1U6ZA 4DQ8A 3QB0A 2H3GX 4K41A 4MO5A 3WT0A 1T44A 1ATRA 2GELA 3BF3A 4QS8A 2A41A 3H6EA 1NGBA 3O6WA 3MN9A 5BPNA 4WQ5A 3GOIA 3FZHA 2FXUA 4BGBA 2IVNA 3KVGA 2ZWHA 5BREA 5BRFA 3UKUA 1NGDA 3CJ9A 3DXKA 3D2FA 3CJCA 2HOEA 4H5RA 3O80A 1WUAA 2ASPA 4WQ4A 4O5FA 2VYPA 4WYBA 1T6CA 2QW9A 4CZGA 4H0TB 3BP8A 5BRDA 2QWMA 1NM1A 1GLCG 2BUPA 3ZX2A 1GLEG 4ISFA 1LCUA 1DEJA 2P9KA 1RFQA 5AQTA 3M1FA 3C7NB 1TUYA 5AQHA 5F2RA 1NLVA 2D0PA 3CERA 5AZIA 1ZBSA 4O8KA 4FL9A 3LL3A 5JLHA 5KQ8A 3L0QA 2ZF5O 5I9EB 4HWIA 3WXKA 2CGLA 2EWSA 1V4SA 2VWBA 1KAYA 3QFUA 1ZC6A 4MLHA 1MA9B 1QZ5A 1H1VA 3LDLA 3ZETB 2HMPA 3A5LC 4IXCA 4CZKA 4FPAA 1MWMA 3B8AX 3QBWA 5EY4A 4FSVA 1EQYA 1Q18A 3UKRB 3HI0A 4A62A 2Q0RA 4XH5A 3FR0A 4B1VA 5JMVA 2FF6A 2GUPA 3CETA 5CE3A 1TYQB 2V7YA 3O1WA 3GE1A 5AQVA 3EZWA 4BRFA 2QM1A 2NZTA 3U9DA 4H5TA 4JN4A 3BF1A 5FPDA 3CJ7A 3C7NA 1GLAG 4M7XA 1DKGD 5AZJB 1ESVA 2NRHA 3D7EO 2E8AA 3VEOA 3VPZA 4BRIA 2ITMA 2QWLA 2YHYA 4I6MB 3HTVA 1NWKA 3SMSA 2FF3B 3FZFA 4XH1A 4H03B 5LJVA 3VGMA 3UKUB 4FWPA 2A5XA 3O8MA 3W3DA 4A2AA 3DXKB 4JAXA 1BDGA 4PKIA 2NLXA 2ZGYA 4A61A 3ENOA 5AQWA 1G99A 1MWKA 1Z6RA 3AARA 5AQPA 4J8FA 1GLJO 2J4RA 3CQXA 4BRQA 4LC9B 4H5NA 2Q36A 4CZFA 4RTFD 1S3XA 1TYQA 3D2EB 4FO0A 4RCHA 4XH4A 3VEZA 5LJWA 3CJ1A 4NO7A 1HKGA 5F0XA 3A8YA 3F9MA 4BRCA 4CJ7A 2IVPA 1MDUB 1V4TA 1NGIA 2GTDA 5AQIA 2QWQA 2HF3A 3DWLA 5EOYA 3WQUA 3IMXA 3AAQA 2E1ZA 1GLBG 5AZJA 4K25A 4H0PA 3W0LA 3HBTA 4I6MA 3EL2A 4BR5A 4CBUA 3WEEA 3H1QA 3VF4A 5BRHA 4B1YB 1YVNA 3O08A 5B8HA 3VF2A 2YJFA 3AY9A 4FWLA 3WQTA 4BRNA 4L3QA 3ID8A 2HF4A 3EN9A 4FWOA 4BRLA 2Q0UA 4BQZA 4BRHA 2Q31A 5KQDA 4BR2A 5AR0A 4BREA 2GEMA 3EKUA 4B9QA 4NB4A 3MN6A 4H0XB 4DB3A 4H5VA 2AP1A 1OKJA 3G25A 2P9PB 2IVOA 4BRPA 2W41A 3BUZB 3HM8A 3OHRA 5AQMA 3JXUA 4B1UB 1BWFO 2CGJA 3D2EA 3DXMA 5AQXA 4CZHA 1HKCA 3MDQA 2CH5A 1C0FA 4CZEA 5AQSA 3VESA 1GLDG 4IO8A 2D4WA 3EO3A 3WUHA 3SJHA 3ATUA 1LOTB 4EFHA 5FPNA 2Q1NA 3VETA 4BG9A 3CI5A 1SZ2A 1BU6O 4IWVA 1BA0A 2V7ZA 5KPRA 1BG3A 1HLUA 3VGLA 4RWTA 4DHYA 5LY3A 3FLCO 3MMVA 2A3ZA 4Z94A 2YJEA 4ISGA 4WQ4C 4BQLA 2I7PA 4BGAA 1X3NA 3H45C 3EKSA 3CIPA 1DGKN 1NGEA 1NGAA 2D1KA 4BROA 5AQNA 4H0OA 1NGFA 2WUSA 4CBWA 4PL7A 3LDPA 4B1XB 1J6ZA 2I7NA 1RGIA 3HZ6A 2P9PA 5EXWA 4BR4A 2FSNA 4CD1A 5AFUA 2E2PA 4CZJA 1SQKA 4BG8A 2PBDA 4GNIA 3SMPA 4JNEA 3H1VX 1ZXOA 5KPZA 3H3OB 4CZLA 1YUWA 2E2OA 1KAXA 3LDNA 4FPBA 4PKHA 5BR9A 3VERA 1QQMA 3JS6A 4FWQA 1GLLO 3KHYA 3S41A 2F9WA 1QQNA 2DPNA 4ISEA 4YDUC 1ATNA 3WEEB 2BTFA 4BRGA 5ADXA 5FPEA 3FZMA 5AFUH 2Q2RA 5BN8A 2P9LB 4F9OA 1C0GA 3GG4A 3CQYA 5AQFA 3M3ZA 2E88A 3MN5A 1HJOA 1NGHA 4BR7A 2E1YA 2IIRA 2AA4A 3ENHA 3H46O 1XQSC 3FZLA 2VCPA 3TPQA 4FOIA 4BR9A 4E1JA 5AQRA 3KZBA 5EVZA 4PKGA 5JLFA 2P9SB 4K42A 5AQLA 3LM9A 4H5WA 2CGKA 3CHWA 3QDKA 3CJBA 5KPTA 3DXMB 3FZKA 3BEXA 3UB5A 5ADXH 2A40A 1QQOA 2QWPA 2ASMA 1NBWA 2P9NB 1KXPA 4FWKA 4Y0WA 3HSCA 2A6AA 2PAVA 5EX5A 2P9IB 3FFKB 1JCFA 1JCGA 3TU5A 5AQQA 3FGUA 4B1WB 3P4IA 4M63C 3MK6A 2P9LA 4QS9A 3DJCA 3VEYA 3U4LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC4A 5SZTA 4XIUA 4N76A 3IFRA 3T19A 1QHAA 4PQUA 2E20A 1Z26A 3PSIA 3OYJA 3DM2A 3KKRA 4CZMA 4AHUA 1SKSA 4IJAA 1VQNN 3PUFA 1UAXA 1VSFA 3OYFA 1WLJA 4EIAA 4E7LA 2YI1A 3IG1A 3QFPA 4LSLA 4MO4A 3M8QA 4KH4A 5GIPA 1VSLA 3OJUA 5JVGL 4KAZA 3J7AP 2QWNA 4KKOA 3C0BA 4EHTA 1CZAN 4AQYK 3CCVN 3HP9A 1C0MA 4M42A 1RDBA 1NGCA 1U2VB 3SLCA 3K2PA 1T7PA 3AVNA 3VEVA 3RR8A 4NLBA 4QCLA 3QMLA 2XHBA 3ZX3A 1Y64A 4DG1A 3KK3A 1GOBA 4F2SA 4JLHA 2HHWA 4FWNA 3VQAA 3ZT3A 4CIEA 2G8WA 3HOTA 3LDOA 4FK4A 4CFCA 1U4BA 4C23A 3KLHA 2QWOA 4N47A 3NGIA 1X3MA 3BZCA 4FYDA 4CBXA 4BC2A 4CJUA 4PA1A 3O5BA 3HSTB 5J1EA 1BQMA 2IDOA 4FLWA 3VQBA 4CIFA 3LM2A 2I5JA 4CECA 5A2QO 1VQPN 4A5AA 2CH6A 4DTJA 3O1BA 4AF1A 3VF6A 3C95A 1X9JA 5BPMA 1A5VA 3QEPA 2D0BA 4AM7A 2P9UB 4BDPA 4CJVA 3DOLA 3I8BA 3F5TA 3ZSVA 3KLFA 2FSJA 1RBUA 3OYGA 4FWRA 3RTVA 4J2AA 4CJ4A 1NK5A 1U2VA 3AO1A 3R9PA 3IUCA 1IO2A 4U67L 4HUEA 4A57A 3SAHA 3E9LA 4IJNA 4EHUA 1YAGA 3E66A 4IEIA 1YIJN 4O4GA 4CD3A 4OLBA 1VQON 4Z4IA 4IZ9A 1HNIA 2P51A 2Z1HA 3CJAA 1D4XA 3KJVA 4CGJA 1HYZA 1GOAA 4CESA 3U9ZA 1HYSA 1YHQN 1NK8A 3HOSA 3SAFA 4FJIA 4B9VA 4PUOA 4OX9K 3CD6N 2E2NA 2YNGA 4FZZA 5J2MA 2JWLA 2P9UA 2OA8A 4DQ8A 4WFAL 1LWEA 4OO1J 1ATRA 3BF3A 1B9DA 4FJNA 4CCHA 2VGNA 3MN9A 1KFDA 1QVFM 4DV6K 3OYIA 3OW2M 3I8DA 4OLAA 3FZHA 2JGUA 3KLEA 2ZJRL 1BCOA 3UKUA 1NGDA 3TANA 3DXKA 3HPGA 2UXBK 3PX4A 1S1VA 2ASPA 2VYPA 2ITGA 3DRPA 4WYBA 2QW9A 4LFBK 5BRDA 1JL2A 4HCCA 2QKKA 3AVLA 1C0TA 3SUPA 2XY6A 1RFQA 3AVIA 2XRIA 5AQHA 1NLVA 3ZSYA 4X65K 2D0PA 3CERA 4H4OA 4KHQA 2FBTA 2HHVA 4YOYA 5C12A 1FK9A 5I9EB 1S9EA 2EWSA 1V4SA 4DR1K 3R3LA 1KAYA 4QOZB 4MLHA 1ZC6A 1MA9B 3TARA 3WNGA 2VG5A 4JRQA 3I0RA 4JYAK 3IAYA 3PLAA 4FPAA 3B8AX 1VK0A 3TSPA 1ZBHA 1G15A 4A62A 3L3VA 4FJHA 4DMNA 2R7YA 5HROA 1LW0A 3C65A 1JLFA 5JMVA 2OPRA 4BRFA 1RT2A 2NZTA 4I2PA 4M3ZA 3EY1A 3UIQA 3NGZA 4JN4A 3SQ0A 3SV4A 1RT6A 3SI6A 3C6AA 2F8SA 1VQ6N 4I2QA 3CPWM 4DTNA 2F7TA 3EEQA 5KRTA 1NKBA 4OGCA 3ZSQA 3AVCA 4ILJA 1HQUA 4DFJA 4WFNL 3NVKA 3HYFA 5FROA 2XY8A 4CW7B 3OYBA 4JI7K 3ENOA 4K0KK 5DK5A 1Z6RA 4JV5K 4J8FA 5J2NA 1ITGA 1ASUA 4BRQA 4CEQA 4H5NA 1KFSA 3OYNA 1S3XA 4ID5A 2Y1IA 3VEZA 5C24A 3TAEA 3OBYA 4O5BA 1T03A 2P5OA 5C42A 4DLGA 3CJ1A 4NO7A 3A8YA 3F9MA 2IVPA 3P31A 4DV2K 5AQIA 1M90O 2HF3A 1J5OA 4IO9L 1VQKN 3M8SA 5HLFA 1GLBG 4OKKA 5D3GA 4EP5A 5HOOA 1A5WA 3LP3A 2FC0A 1FXXA 2VG7A 5E41A 2WONA 3VF4A 3CCQN 4AHSA 5BRHA 3O08A 1OH5A 4DTXA 4B3MK 1NJWA 3AVFA 3AY9A 1W97L 4BQZA 3SUNA 5M1FA 4BR2A 4BREA 1NJZA 3EKUA 3M8RA 4B9QA 1VQ7N 1UWBA 4DB3A 1OKJA 2P9PB 4Z0UA 2IVOA 2O8BA 1ASWA 3HM8A 4GVMA 3V9WA 3O9QA 1SL1A 1JLEA 5HL7L 4FM1A 3DXMA 5AQXA 5CZ1A 2CH5A 5AQSA 1RT4A 1B92A 3PIPL 2D4WA 3G6EN 4CGHA 4EFHA 2WC9A 4BG9A 3CI5A 1SZ2A 3P39A 3VTIA 4DKWA 2ZD1A 3VQ6A 4V19S 2YV0X 1U47A 1BU6O 2DY4A 1NOYA 3J80O 2HMIA 2NRTA 1BISA 4WQ4C 3H45C 3EKSA 1C0UA 1JKHA 1WSHA 2D1KA 3CIPA 3D6RA 3Q7CA 4CBWA 1DTTA 2NRWA 3SZ2A 2I7NA 4BR4A 3HZ6A 4CD1A 2P9PA 3NE6A 4J2BA 4C8MA 4G1QA 5T7BA 4UQGA 4CZJA 1SQKA 4KHPK 1YVUA 4BG8A 1RTIA 4CEZA 2PBDA 4GNIA 3SMPA 4JNEA 1W9HA 2QA4N 1IV0A 3DOKA 5KPZA 3NF6A 4CZLA 4EP4A 4KH5A 1U48A 4DUYK 3JS6A 1KSPA 3S41A 2F9WA 4YDUC 3VTHA 5ADXA 1W7AA 3FZMA 4W5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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