4FWLA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with phosphate (po4)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
395
structure length
392
Chain Sequence
EFPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
total genus 128
structure length 392
sequence length 395
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA02
4FOEA 3HI0A 3LDQA 5AQVA 2ASMA 5AQPA 5BREA 1DEJA 4BRPA 3D2EA 1BU6O 1NM1A 1BOTO 3VGLA 5AQFA 2Q0RA 3GG4A 4EHUA 5BN9A 3L0QA 1NGIA 1RGIA 3A0IX 2F9TA 2Q97A 2Q0UA 4FWLA 3TPQA 4EFHA 3U9ZA 3I33A 2NRHA 4H5RA 5FPNA 1HX1A 3CJ9A 3EZWA 4C23A 4CBXA 3M6GA 5BPLA 2QXLA 1ATRA 1ATNA 4I6MB 3EKUA 4JD2B 1BWFO 4BR0A 3P4IA 4MO4A 4BR9A 3I8BA 3UKRB 2YHXA 1XUPO 3AAPA 1T6DA 4BROA 3QFUA 5EX5A 1V4SA 3B8AX 4BRFA 4PL8A 4QS7A 4BC5A 1K8KB 2W41A 4HTLA 3U4LA 5AQKA 5F2RA 2QWPA 5BN8A 3VEXA 3WT0A 2A6AA 2P9NA 4HWIA 2WUSA 3AAQA 5EVZA 4BREA 3W3DA 3FZFA 4CZMA 4BRQA 4CI6A 1J6ZA 4FWKA 5TKYA 3WQTA 5FPEA 5LJWA 4FWQA 5KPRA 3CETA 3GBTA 1JCGA 3A8YA 5AQSA 5CE3A 2P9SB 4K42A 1BUPA 1GLAG 2EWSA 2YI1A 3UB5A 5AR0A 3CQYA 4CZKA 1S22A 3KZBA 3TU5A 1EQYA 3SLCA 3IUCA 4PKGA 1NGEA 4EIAA 4FPAA 3ATVA 4L3QA 4O8KA 2ITMA 4M7YA 3H45C 2P9LA 2D4WA 1T44A 2V52B 1QQNA 3ENHA 3DXKA 3C0BA 5BR9A 1V4TA 2Q31A 4H0YB 3FLCO 1QZ6A 4YDUC 1E4GT 3WEEA 4QS9A 3HM8A 4JHDA 4JNEA 4BC2A 2E8AA 3QFPA 1TYQA 2IIRA 3IMXA 4FWPA 4BRNA 1XC3A 2FXUA 1NMDA 2V7ZA 3H3OB 5AQMA 3ZX2A 1BA0A 4K25A 1BG3A 2VCPA 5LJVA 3A5LC 1T6CA 1R59O 3VOVA 4A62A 5JLFA 3WEEB 3ZX3A 2Q2RA 2FSNA 1P8ZA 3AY9A 3DJCA 3O80A 3O6WA 5AQJA 5JMVA 3O08A 1U2VA 3RSEB 4FWSA 3VEYA 3FFKB 1ESVA 3ULEA 5ADXA 1BA1A 4CZHA 3VPZA 4FPBA 2GTDA 1ATSA 4WQ5A 4H5TA 5AQZA 1HKGA 2QWMA 4BC3A 3CJAA 5EOYA 5BPNA 3CJ7A 3D2FA 5EY4A 2Q36A 3VGMA 2E1YA 1BDGA 5AQQA 3BF1A 3H1VX 1HPMA 4DCHA 1GLCG 4B1ZA 3LM9A 2E2OA 3DXKB 4WYBA 4BVPA 3VENA 2E1ZA 5ADXH 5AQLA 4CD3A 4CZEA 3KVGA 2FLOA 2CGJA 3CI5A 5LY3A 3ID8A 4FWNA 3W0LA 5KPTA 3CJCA 3WUHA 4A61A 2E2QA 3HZ6A 3H6EA 1CZAN 2P9IA 3VF6A 3FR0A 3IFRA 3HSCA 1XQSC 4FL9A 4H0XB 4IWVA 3ZX0A 1NGAA 1KAZA 3LDLA 4MLHA 1GLDG 1NLVA 2BTFA 4BR5A 2V51B 1JCFA 4BQZA 4BC4A 3LDNA 4IXCA 1IG8A 3C7NB 2V7YA 3EKSA 3FZLA 4FO0A 2GELA 4B1XB 4BRAA 3QMLA 4M7XA 4QS8A 4K43A 2BUPA 4MO5A 1H1VA 2QWOA 5KPZA 1X3MA 2QW9A 3CIPA 2E20A 4H0PA 4BRMA 2QM1A 2P9PB 3AARA 3EN9A 1MWKA 2YHWA 3J8AA 5AQHA 1WUAA 3GOIA 3LDPA 2D0OA 3FGUA 2HOEA 3R6MA 3UKRA 4EAHD 4JD2A 2A40A 4DQ8A 4M63C 1YUWA 1NGHA 2E2PA 4NB4A 3WXKA 5BRDA 3VERA 2YJEA 2P9KB 3H1QA 2FF3B 3VGKA 1QHAA 3ENOA 4FSVA 3HTVA 4BGAA 4CZFA 5AZIB 1TUYA 4BG8A 3CQXA 2Q1NA 3A5OC 1GLFO 2P9PA 3LDOA 2A3ZA 3FZKA 1GLJO 3CJ1A 1NGGA 5BRHA 3FE1A 2CGLA 1C0FA 3MN7A 3BEXA 4H5NA 1ZC6A 4K41A 3VF2A 1NGFA 2HF4A 2HF3A 5BRFA 1G99A 4PL7A 4IZ9A 3DXMB 3F9MA 4GNIA 1X9JA 3JXUA 2W40A 5AQUA 4XEIA 3VEVA 3SK3A 2QWRA 4ISEA 2HMPA 1GLLO 5KQDA 4ISGA 2A5XA 3QBWA 4BGBA 1KAYA 1RFQA 4FWOA 4IJNA 3D2FB 3H3NO 3KHYA 4BRGA 2CH5A 2P9KA 3A5MC 3HBTA 5B8HA 5BPMA 2ASOA 3BF3A 3ZEUB 1HUXA 3GDQA 3MMVA 2YCHA 3C7NA 4KBOA 2YHYA 4H5WA 4YDUA 3JS6A 4LC9B 3MDQA 5FPDA 3MN9A 3VETA 5F1XA 5EXWA 3L4IA 5AZJB 1MA9B 2IVPA 3MCPA 2AA4A 2CH6A 2FF6A 3FZHA 3VEWA 3ATUA 4CJ7A 4CZJA 1TYQB 1U2VB 1YAGA 2I7PA 3RSEA 4BRCA 3FZMA 4J8FA 4WQ4A 3M1FA 4JHDB 2A42A 4MLEA 2AP1A 4B1VA 1YVNA 5AQWA 1HJOA 4O5FA 3CHWA 5AQGA 4BG9A 3IDHA 2FSJA 2P9IB 3MN6A 2I7NA 1SQKA 1SAZA 1QQMA 4H5VA 1MDUB 5AQYA 1U6ZA 2E88A 3SJHA 1JCEA 3BP8A 3DWLA 5FPMA 3LM2A 2P9SA 3BUZB 3ZETB 2P9UB 3O1WA 3UKUB 5E84A 3ULEB 2GEMA 2ZGZA 1Z6RA 2P9LB 1DGKN 5AQIA 1NBWA 1IJJA 2P9NB 3WXIA 1WOQA 3EL2A 4IJAA 2PBDA 1MWMA 3EO3A 1QZ5A 1NWKA 5F0XA 3SMSA 3R8EA 5AQTA 3M3ZA 5KQ8A 3LL3A 1HKCA 1DKGD 3SMPA 4XH1A 4A2AA 4CD1A 4FWMA 3GL1A 4H0VB 4BR4A 1LCUA 4Y0WA 2H3GX 3L6QA 4RWTA 1GLBG 1LOTB 3WXLA 3QBXA 4AM7A 4B1WB 3QB0A 3UKUA 1D4XA 1YXQA 2A41A 2VYPA 4DHYA 3S41A 4F9OA 4CBWA 2ZGYA 4RCHA 1SZ2A 2GWKA 4JN4A 5AZJA 4B9QA 3CERA 4DB3A 2J4RA 4CBUA 4CZGA 1KXPA 1TUUA 1E4FT 1KAXA 2PAVA 3U8XA 1HLUA 2IVOA 3A5NC 4ISFA 2P9UA 2ASPA 4BR2A 2NZTA 3ZETA 3O5BA 2UYTA 3WQUA 2GUPA 1ZBSA 3O8MA 4BVOA 2QWNA 3DXMA 4BRKA 3H46O 5I9EB 1Y64A 5E26A 3U9DA 3WXJA 4FOIA 4NO7A 4BRDA 1ZXOA 4AM6A 3VEZA 4XH5A 2NLXA 4EHTA 3GE1A 5AFUH 1NGDA 4JAXA 3QICA 3VESA 1NGBA 5AZIA 3R9PA 4RTFD 5ELZA 3QDKA 4FWRA 4I6MA 4BRLA 4BRHA 1S3XA 5AFUA 4PKHA 3ZEUA 1HKBA 4BR7A 2VWBA 1OKJA 2YJFA 3VEOA 1NGCA 3DAWA 1K8KA 2IVNA 4XH4A 3O4WA 4E1JA 3UE5A 3CJBA 4H0OA 3D7EO 2D1KA 4Z94A 4BQLA 4A2BA 4GY2B 3MK6A 5JLHA 4H03B 4CZIA 2FSKA 2QWQA 1QQOA 5AQRA 3D2EB 5JICA 1GLEG 4B1UB 2E2NA 2KHOA 2D0PA 3OHRA 4BRIA 2OANA 2F9WA 2ZF5O 2CGKA 5AQXA 4B1YB 1Q18A 1C0GA 1RDWX 4CZLA 5AQNA 1Z05A 2GWJA 1BO5O 3O1BA 3MN5A 3VF4A 4H0TB 3G25A 5AQOA 2DPNA 1NGJA 2ZWHA 4IO8A 1X3NA 2QWLA 4WQ4C 4PKIA 4WQ5C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSYA 4CFCA 1GOAA 1MU2A 5AQVA 4H4MA 5GINA 3K59A 3OS1A 4GVEA 4LY7A 4JK7A 3LAMA 5KTQA 1HNZK 1EXQA 5J1EA 3VGLA 4DV3K 2XY8A 1GOCA 3CC4N 1K6YA 5K14A 4N47A 1NNEA 4E7HA 2Q97A 4DFKA 4PA1A 4H5RA 2NRHA 4K8XA 1X1PA 4C8OA 3CJ9A 3THXB 1HMVA 3NHGA 2DFEA 3ZSOA 4FCYA 4FJXA 2NNWA 1NJIO 2QXLA 4JD2B 4MO4A 4HVJA 4DSIA 2YHXA 5CY4A 3LALA 5SZTA 3AAPA 4LFBK 4BRFA 1B92A 3SCXA 3VQDA 4BC5A 3I8DA 2WOMA 3OVNA 1WSEA 3VTIA 4CJTA 1HYVA 3RVCA 4OKJA 4OLAA 3V9XA 3VQ7A 5DM7L 3AAQA 4QAGA 3W3DA 4M3RA 5HRNA 1BGXT 2WBNA 3K9KA 4FLXA 1J6ZA 2DY4A 4BDYA 1I3AA 5FPEA 4FWQA 1XWLA 3CETA 4CEAA 5CE3A 2EWSA 3UB5A 3O3HA 2QA4N 3NAEA 4LF8K 3CQYA 4DU3A 3SLCA 4KTZA 3SZ2A 4FPAA 3ATVA 4X65K 2JLEA 2QEXN 1T44A 2V52B 1QQNA 3TAGA 5BR9A 4HUEA 4B9VA 1OH7A 1QZ6A 4YDUC 4JKFA 1REVA 4AH9A 1RT6A 3NF7A 4C8MA 3EYZA 2FXUA 1JLEA 1NMNA 1WSFA 4M41A 4LF4K 3OYHA 1BA0A 4YOXA 2G8FA 4KHSA 5FDLA 2OPRA 2HNZA 1T6CA 1R59O 5JLFA 3WEEB 4CK3A 4YY3K 2Q2RA 2O8BA 5AQJA 3O6WA 1I39A 2HHQA 3ZSWA 3AVJA 4Y1CA 1JL2A 3ULEA 4AHSA 2NRVA 4FPBA 1ATSA 4CJRA 1YI2N 3BDPA 3J81O 2ZJRL 5BPNA 3HPHA 5EY4A 4DV0K 1BDGA 5AQQA 4FJHA 3BF1A 1C1BA 3H1VX 3RMBA 2VG7A 3M8PA 4B1ZA 4CJSA 5IT9O 3NVMA 3LP0A 4CZEA 3KVGA 2O8FA 2A1RA 1WAJA 1RDUA 2EX3A 1L5UA 4A61A 4GVMA 4JI1K 3FR0A 1J9AA 4JKGA 3V9SA 4OGCA 1KAZA 4JKHA 3MXIA 1WSIA 1Q7YO 2BTFA 4KH5A 2V51B 1A5WA 3AVLA 1KCFA 4BWJA 2E6MA 4BC4A 4JI5K 3LDNA 4KI4A 3FZLA 1ASVA 2GELA 3NF6A 3EEQA 3QEVA 3HM9A 3E66A 4RW8A 3NCIA 4I9QA 1H1VA 3OYBA 4G9ZA 3K5MA 4JKCA 4B8AB 3DM2A 3EN9A 5J2QA 2YHWA 3J8AA 4CGJA 3LDPA 2D0OA 4EAHD 5HROA 1VQPN 3NFAA 1KC8O 4JD2A 4AHVA 3TSUA 1NK9A 4NB4A 2E2PA 3VERA 3LWLA 2P9KB 3H1QA 1N5YA 3HP9A 3ENOA 5AZIB 4FJ8A 3VQAA 4BG8A 1UA0A 1T05A 4PWDA 2KZZA 4LFAK 4Z4EA 1YIJN 1NGGA 2YNIA 3FE1A 1QSLA 4CHNA 4YOTA 4DQRA 3MN7A 3BEXA 5KI6A 4H5NA 1VSJA 1YF5L 1ZC6A 3VF2A 5BRFA 1ILYA 3U3GA 3AO1A 2HBKA 4ELUA 4NCAA 1GOBA 4B9SA 3RR8A 4LF5K 1VQKN 3JYTA 3VEVA 2ZJQL 1YJ9N 3AVGA 4ZTJA 5KQDA 1VQ4N 1HNXK 3VQ8A 3VQ5A 2OTLN 4EZ6A 1L3VA 3QBWA 4BGBA 4CVNE 4OLBA 1IV0A 4IJNA 5C42A 3J80O 2O4IA 4BDZA 4HCCA 4CIGA 5IWAK 4WF9L 3F2KA 4BY9C 3BF3A 3V1RA 1RT3A 1HUXA 3GDQA 2NRXA 3DLEA 4KBOA 4AQYK 4DTMA 3QESA 1Q82O 4CGDA 3JS6A 4WCEL 4LC9B 4HHTA 2G8KA 3L2RA 1DTTA 3SUNA 3VETA 4AHCA 4DV6K 3R1XA 1MA9B 2IVPA 2AA4A 1S1TA 2FF6A 4CJPA 2WONA 1RT5A 1RDCA 2WC9A 4CJEA 3OYNA 3C6UA 1S9GA 3IKMA 2O8DA 4DS4A 4O5FA 5FRNA 3IDHA 2O8EA 1T3VA 4QOZB 2P9IB 4E7LA 4JLHA 3T19A 4R79A 4WFNL 1MDUB 3PY8A 2E6LA 1S1WA 1TAUA 3SJHA 2B5JA 1SL1A 2BANA 4CFDA 3KK3A 2YKMA 3V4IA 3O1WA 3LANA 3NF8A 3UKUB 1SL0A 2F8TA 3Q7CA 4DTXA 1FKOA 4H4OA 1NBWA 1IJJA 3KTQA 3CM6A 2UUBK 1WOQA 3LDSA 1KQSM 4YOYA 2UXCK 1QZ5A 3HO1A 2ZE2A 4LD0A 5AQTA 4CHPA 5KQ8A 4DTJA 1VSFA 1QSYA 4CFAA 3OBWA 4IOXA 3MX5A 1D8YA 3GL1A 3QIOA 4Y0WA 1EWRA 1LOTB 3VA0A 3EZ5A 4B1WB 4B3OA 4RG8A 3UKUA 3PLAA 1VSLA 3S41A 4CJLA 4DQSA 2ZGYA 4RCHA 3CYMA 5AZJA 3RTVA 1HRHA 1TKZA 5J2PA 2J4RA 1J5OA 2IAJA 2HBMA 3U8XA 2O8DB 3SQ1A 3A5NC 1YJNN 2P9UA 3ZT2A 1Y97A 4IEIA 1J53A 1TKXA 1ZBSA 4E7IA 3DOKA 1VQ8N 4E3SA 3VMFB 3DXMA 1NK4A 2LSNA 3ZT1A 5M1NA 1LAWA 4AM6A 3VEZA 1Q81O 3PO4A 2NLXA 4EHTA 3SUQA 1QS4A 1NGDA 1S1UA 4G1QA 1WSHA 5HLFA 5ELZA 4I6MA 5C15A 5J2NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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