4FWLA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with phosphate (po4)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
395
structure length
392
Chain Sequence
EFPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 128
structure length 392
sequence length 395
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA02
4FWPA 1T6CA 5AQYA 4O8KA 5AQNA 4B1ZA 1K8KB 1ZBSA 4CZKA 5BN8A 3VENA 1HKGA 2P9LA 2Q31A 5AQTA 3U8XA 4EIAA 1H1VA 3G25A 3BUZB 4JN4A 1QQOA 3KHYA 2NRHA 1JCGA 1ESVA 1KAXA 1OKJA 3MN6A 1XQSC 2BUPA 5E84A 4A2AA 5BR9A 3SJHA 3ZX0A 4BG8A 2PAVA 3DXKA 4H0YB 3ENHA 3DXMA 3VGMA 3WEEB 1P8ZA 3CJAA 3LDPA 5BN9A 3O1BA 3M1FA 4BRGA 5BRDA 4RWTA 2V7YA 4B1YB 3O08A 2E2NA 3GOIA 3JXUA 1HX1A 2J4RA 1DKGD 3I8BA 4F9OA 3O5BA 4CZIA 4PL8A 2QWPA 1QQNA 5AFUH 4JHDA 1X9JA 3CERA 3H1QA 3D2EB 3P4IA 3TPQA 4HWIA 2D1KA 5AFUA 1U6ZA 4H0XB 4E1JA 1CZAN 4H5WA 3D2FB 3ID8A 2IVOA 4I6MA 4BR0A 1WUAA 4PL7A 3WT0A 4BRMA 2ZGZA 3O80A 4BR7A 1E4FT 1WOQA 4CZHA 3ZETB 1QQMA 4BR4A 5AQRA 3CJ9A 2E88A 4BGAA 3VETA 3O4WA 4EHUA 3H3NO 4MO5A 5AQUA 1RGIA 1XUPO 4KBOA 5FPEA 4AM7A 3A5MC 2UYTA 4JAXA 1SQKA 3BP8A 4K41A 2ZF5O 2HMPA 3H3OB 3KVGA 5AQHA 1V4SA 3HZ6A 3H45C 3MCPA 2FSNA 3SMSA 4LC9B 3HTVA 3C0BA 2P9SA 2GUPA 3MMVA 5JLHA 1DEJA 3I33A 5KPRA 3QDKA 3GG4A 2P9UB 2IIRA 4PKIA 3LM2A 3ZEUB 4BVOA 4QS9A 3VGKA 3ZX3A 2P9PA 1KXPA 1S3XA 3VF4A 4M63C 3RSEB 4M7YA 5KPTA 2P9IA 3U9DA 3IUCA 4DQ8A 3IDHA 3WUHA 4BROA 1LCUA 1NGEA 2YHYA 4XH4A 1JCEA 4IO8A 3GL1A 1BUPA 4O5FA 5ELZA 4YDUA 2NZTA 3ULEA 4AM6A 2A6AA 3VEVA 1S22A 1NGGA 4BRHA 5BRFA 2P9UA 1TYQB 1V4TA 1BG3A 1BOTO 1NBWA 4FWQA 2KHOA 4WQ5C 4BC2A 2CGLA 4FWLA 2VCPA 4FL9A 4JD2B 5AQOA 3LDOA 3JS6A 3HBTA 5KQDA 2YJEA 2ZWHA 4H5TA 4H5NA 4CZGA 4K42A 3U4LA 3CJCA 3D7EO 1G99A 1Q18A 4FWMA 3O8MA 5I9EB 4BC5A 3H46O 1KAYA 1IJJA 3AAQA 2V7ZA 5AZJB 4CZMA 2E2PA 5FPMA 3R9PA 2W40A 5EX5A 1ATRA 4FPBA 1EQYA 2A5XA 1NGFA 5EOYA 3VPZA 3WXJA 4DCHA 3MK6A 3ENOA 3R8EA 3VEYA 2A41A 5AZIB 2E20A 4B1UB 3VEWA 1GLCG 2HOEA 1C0FA 4BQZA 3H1VX 3L4IA 3BF3A 3QBWA 2FSJA 4YDUC 4BR5A 3L6QA 4FSVA 5BPNA 2A40A 3EO3A 3C7NB 1YXQA 3UKRB 1K8KA 4H0PA 4XH1A 2QM1A 3FGUA 1HUXA 3EZWA 4BC3A 2Q2RA 1GLJO 5JMVA 2HF3A 3VF2A 4CBXA 1QHAA 3L0QA 1HKCA 3BF1A 1NM1A 5AZIA 3WQTA 4BGBA 3S41A 4EHTA 2YI1A 2Q1NA 4J8FA 4CBUA 1QZ5A 3WEEA 1NGDA 4IJNA 2GWJA 5E26A 2E2OA 1ATNA 1GLDG 3IFRA 1D4XA 4FWNA 4MO4A 3UKRA 4CZJA 4WQ5A 4BRKA 4H0OA 4H5VA 4BRPA 3WXIA 2GWKA 2Q36A 4B1VA 1SAZA 2GEMA 5FPNA 5EY4A 1Z05A 3D2EA 2A42A 1HPMA 5FPDA 4A61A 3D2FA 3QICA 3CJ7A 4FOEA 5F1XA 3SK3A 4BG9A 1U2VB 3M3ZA 2AA4A 4MLHA 3WXKA 2P9NB 2ASOA 1GLFO 3A5OC 3FZKA 3ZETA 1NLVA 1J6ZA 3LL3A 3MN7A 4QS7A 3FLCO 3VERA 3SMPA 2CH6A 2AP1A 3FE1A 5AQFA 4HTLA 4Z94A 2FSKA 4FOIA 3CQYA 2ASMA 3FFKB 4B1WB 1NGHA 3O6WA 2E8AA 4FPAA 5BPLA 3EKSA 3CJ1A 4BC4A 4NO7A 3GE1A 2VWBA 2Q97A 1GLBG 1NGJA 5AQWA 5AR0A 2IVPA 2P9NA 1Y64A 2FXUA 3A8YA 3W0LA 4BR2A 3CI5A 3A5LC 2YHWA 3EL2A 3ZEUA 3VESA 3U9ZA 2F9TA 5F0XA 4BR9A 1QZ6A 1XC3A 3RSEA 4H03B 5EVZA 2E1ZA 1BU6O 4B9QA 4K25A 4PKGA 2D4WA 2FF3B 2P9KB 1TUYA 4BRFA 3FR0A 5AQVA 2CGKA 2ASPA 4GNIA 4H0VB 4B1XB 4BRAA 2CGJA 4M7XA 3TU5A 1HJOA 4WYBA 1ZC6A 2FF6A 3CIPA 1Z6RA 1TYQA 1E4GT 1BA1A 1LOTB 1NMDA 4CZFA 3O1WA 3DXMB 4JD2A 3A5NC 4ISFA 1DGKN 3HSCA 3VEOA 4A2BA 4PKHA 5JLFA 4FO0A 3F9MA 2FLOA 2I7NA 1T6DA 2EWSA 2P9KA 3LM9A 1BDGA 1BA0A 2I7PA 5AQQA 4H0TB 2YJFA 4FWSA 2IVNA 5AZJA 4K43A 4ISEA 4IWVA 2QWQA 4JHDB 5AQJA 5ADXH 4FWKA 3AAPA 2CH5A 2NLXA 3AY9A 4L3QA 1MA9B 3QB0A 5ADXA 1RFQA 1R59O 3MDQA 5F2RA 4I6MB 3BEXA 3QBXA 4BVPA 5B8HA 5LJWA 4QS8A 3WQUA 1GLAG 1YUWA 3MN9A 3AARA 3UKUB 1GLLO 5JICA 3B8AX 4NB4A 4BRNA 4BRLA 2WUSA 3CJBA 4CI6A 4IZ9A 2YCHA 1KAZA 2E2QA 3GBTA 3IMXA 3R6MA 3DAWA 3QFUA 4A62A 3DJCA 3FZFA 1GLEG 4BRCA 1MDUB 2YHXA 3C7NA 2DPNA 2GTDA 2QWMA 4Y0WA 4BRQA 5AQIA 4CD1A 2OANA 2ZGYA 3EKUA 1HLUA 2HF4A 4BREA 3WXLA 1YAGA 2QWNA 3LDNA 1HKBA 1IG8A 4XH5A 2P9SB 4DHYA 1SZ2A 5AQZA 3OHRA 3VEZA 3FZMA 4WQ4A 3LDQA 4XEIA 3UKUA 4CZEA 3SLCA 5AQLA 1BO5O 4BQLA 4CZLA 4EFHA 5BRHA 1X3NA 3ATUA 1TUUA 5AQXA 3HI0A 2P9PB 1MWKA 1NGBA 2P9IB 2QWOA 3W3DA 1ATSA 3UE5A 5BREA 3FZHA 3UB5A 5LY3A 5TKYA 4IJAA 2QXLA 2QWRA 2D0PA 2VYPA 1NWKA 3A0IX 4CJ7A 3HM8A 2QWLA 2BTFA 3ULEB 4CD3A 3ZX2A 3GDQA 1ZXOA 2W41A 1YVNA 2F9WA 3CQXA 4ISGA 5AQMA 3ATVA 2H3GX 5AQPA 3VEXA 1U2VA 4RTFD 2PBDA 2Q0UA 5AQSA 2E1YA 3LDLA 3QFPA 3CETA 3VF6A 5EXWA 4H5RA 4BRIA 4CBWA 3J8AA 2Q0RA 5LJVA 1T44A 1JCFA 1MWMA 1NGAA 3EN9A 4BRDA 1X3MA 2GELA 5KPZA 2A3ZA 4FWRA 1NGCA 3DWLA 4FWOA 4WQ4C 3MN5A 3CHWA 1BWFO 2P9LB 2V51B 4DB3A 3KZBA 3VOVA 5BPMA 5KQ8A 2D0OA 3H6EA 5AQKA 3VGLA 1C0GA 4EAHD 4RCHA 4C23A 3FZLA 4GY2B 3DXKB 2V52B 3M6GA 1NGIA 5AQGA 2QW9A 5CE3A 3QMLA 4JNEA 2ITMA 4MLEA 1RDWX 4IXCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O44A 4B1ZA 1K8KB 5BN8A 4HCBA 4JKDA 3SAHA 1NK4A 2P9LA 2Q31A 4EIAA 1H1VA 3KLFA 3BUZB 3KHYA 4DTXA 1XWLA 4CEFA 3QETA 3C6HA 3OS0A 3SQ0A 2BUPA 2OZMA 4DR5K 2PAVA 3VQ7A 4H0YB 3WEEB 2OTJN 3LDPA 5HRSA 4LF8K 1K8AO 3M1FA 1SKWA 5SWMA 1C1BA 4H4OA 4B1YB 3QINA 1RILA 1TKZA 2E2NA 1IH7A 4CHOA 3QERA 2Y1IA 3SPYA 1DKGD 1BIZA 4JI8K 4DR6K 2QWPA 4DSEA 1Q82O 1NNEA 4H0XB 4E1JA 4H5WA 4X62K 2IVOA 4I6MA 3QEPA 2PFUA 1N34K 2HBJA 4BR7A 4BWJA 4GV3A 1WOQA 2VQEK 4C8LA 4DR4K 4JS5A 3THYA 4BR4A 3L2WA 1RT3A 1X1PA 2BE2A 2YNIA 3O4WA 1HRHA 4WF9L 1VRUA 5AQUA 3P39A 4CHYA 4DF4A 4MQ3A 4MDAA 1DTTA 1CZBA 1HYVA 4CHPA 4AM7A 2OYQA 2WFBA 3BP8A 1NOYA 3DI6A 3PLAA 3K0SA 1RBUA 2XO7A 3HZ6A 3H45C 1TL3A 3HTVA 3D0PA 1DEJA 3CFPA 4FJLA 3QDKA 4KB0A 4GV6A 1XNQK 3DRSA 3ZEUB 2VWKA 2X78A 4QS9A 3VGKA 1KXPA 3L2QA 3RSEB 3U9DA 4AHRA 3ALYA 4BROA 1LCUA 2YHYA 4CEOA 3NGZA 4CVNE 1W97L 3S3NA 3OBWA 4DTMA 4YDUA 4AM6A 4UQGA 2A6AA 3VEVA 3HJFA 1NGGA 3VQQA 3G10A 4GV9A 4Z4CA 3THXA 1TYQB 3LPUA 1IV0A 5HLFA 4M41A 1C6VA 2KHOA 2CGLA 3EYZA 4DQIA 2NNWA 4J2AA 3K5OA 2NRWA 4IBNA 3OJSA 3OBYA 1TGOA 3SBGA 4LF9K 4CZGA 1ILYA 3U4LA 3D7EO 1G99A 1Q18A 3G6EN 2V7ZA 2KQ2A 1BISA 1NOZA 3QLHA 3J7AP 1VHXA 1TKXA 1FKPA 1RCHA 1NGFA 4DCHA 4B3MK 4E3SA 3MK6A 1RDBA 1WSGA 4FJNA 4ZTFA 3MCAB 5AZIB 2E20A 3RMCA 1U04A 3H1VX 3BF3A 1BHLA 1RBTA 5BPNA 4DLGA 2A40A 3NF6A 4IFEA 4WFBL 4E0DA 4DSIA 3ZSOA 4WE1A 4BC3A 1GLJO 1RBVA 4DWIA 4L8RB 2O8EB 2UUBK 3BF1A 1NM1A 3TSUA 3K59A 2Q1NA 3DRPA 3V9XA 5E26A 1NJYA 3KLGA 5BR8K 1ZBFA 1ATNA 3L2RA 4IFVA 3LZIA 1YHQN 3UKRA 4CZJA 4BRKA 4H5VA 2KKZA 1OH8A 4M3UA 1VSLA 5JS1A 2P51A 5KRSA 4M3ZA 2GWKA 4ZTJA 1U47A 5EY4A 3D2EA 5M1KA 3TAGA 1I94K 1RBSA 3ENBA 4A61A 1TK8A 2P5OA 3D2FA 4KHSA 3QICA 3AV9A 3CCQN 3AVKA 3SK3A 1C1CA 1U2VB 2P9NB 3A5OC 3FZKA 4O8UA 3O9QA 3LL3A 4QS7A 5M1PA 3M8RA 3FE1A 5AQFA 4W5RA 4HTLA 4DF8A 4CW7B 1TKDA 1VQ4N 4CJUA 3ZT2A 4B1WB 3VQEA 4NCAA 2RPIA 3O6WA 3SQ2A 4FPAA 5BPLA 4EP5A 3L3VA 3CPWM 5A2QO 1D5AA 2G8VA 4DLEA 4F4KA 1NGJA 3DLEA 5AQWA 5AR0A 1XI1A 2IVPA 4OX9K 4WFNL 3W0LA 4BR2A 1RTIA 3A5LC 3P38A 3U9ZA 1LAVA 2HSTA 2YX6A 1XC3A 2E1ZA 1BU6O 2HHUA 1HYZA 3NFAA 3CPEA 3DOLA 1EWQA 5SZTA 4CK2A 2P9KB 1LWFA 1TUYA 3K5NA 4BRFA 2HHSA 1JXBA 2CGKA 4GNIA 2F4VK 3LP2A 4H0VB 4B1XB 1N33K 5DK5A 4IFYA 4M7XA 3TU5A 4C1NK 1HJOA 4DSLA 3CIPA 3A2FA 3AA5X 1VQON 4B3RK 1E4GT 3D45A 4DTSA 2HNZA 4JD2A 1D9FA 2FC0A 3VQ8A 4DUYK 1CLQA 4CIGA 4A2BA 4DFKA 1Y97A 5JLFA 4FO0A 3PV8A 2FLOA 1T6DA 2FBXA 1BA0A 1NG9A 3VQ5A 5AZJA 3ZT4A 4K43A 3PIOL 3SZ2A 4DV3K 2YKMA 3MXMA 5AQJA 2NLXA 3L4QA 4I6MB 3BEXA 1RNHA 4BVPA 5B8HA 1SS6A 1NK0A 1GLLO 4CIFA 5C2FA 2KZZA 3B8AX 4BRNA 4CHNA 3THYB 4PY5A 2A1RA 1XHZA 4YOWA 4C8NA 4JV5K 1VK0A 4ID1A 2WUSA 3CJBA 4CF1A 4CI6A 2YCHA 4GVMA 1KAZA 2E2QA 3R6MA 4FLUA 1N32K 1IBMK 1GLEG 4I2QA 1XMOK 3ZSRA 1Q7YO 1MDUB 4JI3K 4FYDA 2DPNA 4Y0WA 3THWA 3AA2A 5GAHP 2R7YA 3EKUA 2W6LA 2O8CA 2HBKA 4ELVA 1YAGA 4DHYA 4LF6K 1SZ2A 1U48A 1QS4A 4DTRA 3VEZA 1NKEA 3FZMA 4WQ4A 3UKUA 5BRHA 4EFHA 1X3NA 4OPAA 3OY9A 3C65A 3PO5A 2VG7A 4KTZA 3JYTA 4Z4IA 3FZHA 4IJAA 4C8OA 3SUOA 2VYPA 2G8HA 3CC2N 4ELUA 2QWLA 3VQAA 4BDYA 3WXMB 3LP0A 3K58A 3C6TA 3GDQA 1ZXOA 2W41A 3T69A 3THXB 5AQMA 3RTVA 3ID6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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