4FWLA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with phosphate (po4)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
395
structure length
392
Chain Sequence
EFPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 128
structure length 392
sequence length 395
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA02
2A41A 4MLEA 1HKGA 2Q0UA 1NGHA 3GG4A 5CE3A 5AQWA 2P9NB 1XUPO 4M7YA 3SLCA 1QQMA 3HZ6A 4FWLA 3ZEUA 2BUPA 1YXQA 3ATUA 4B1ZA 4WQ4A 1HKCA 1H1VA 4JNEA 3VGMA 4XEIA 3UB5A 3W0LA 5AQHA 3IDHA 1JCGA 2HOEA 4BR7A 2A40A 5KPZA 2P9KB 4DQ8A 5EOYA 4CI6A 4H0TB 4PL8A 3WXKA 5BN8A 3MCPA 3S41A 3WUHA 3LDOA 1ZBSA 4BGBA 2FF6A 3VEWA 3DXMB 1E4FT 3VETA 3VOVA 5AQMA 2EWSA 2P9SB 4BVPA 1HJOA 4BG9A 1HLUA 5FPMA 2V52B 2CGLA 2QW9A 3FGUA 2IVOA 4JHDA 5ADXA 5AFUH 5KQ8A 4PKGA 1DGKN 1BO5O 2P9LA 2D4WA 3O1BA 5ADXH 3C7NA 4IJAA 5I9EB 4BC3A 3FZHA 4WYBA 1KAXA 2E2NA 4EFHA 3A5MC 3ZEUB 1HKBA 1SAZA 2P9UA 1QZ6A 3RSEA 5JLFA 4BRCA 2HF4A 2Q36A 3SK3A 1KAZA 1ESVA 5EY4A 1NGCA 4BR5A 1TYQA 2E1ZA 2V7YA 2CH6A 1GLDG 4QS7A 3VGLA 5BPLA 1BUPA 3QFPA 3CERA 3CIPA 3EO3A 4PKIA 3EL2A 5BPNA 1X3NA 1GLFO 2CH5A 3IFRA 3G25A 2A5XA 3GE1A 5BPMA 4AM6A 4BC4A 1BOTO 3L6QA 1ATSA 4FWKA 1MA9B 3WXLA 1NGIA 3JS6A 4B1WB 3KVGA 1NGDA 3EKSA 4FWOA 2E20A 4JHDB 4FWQA 3UKUA 2Q31A 1QQNA 2P9LB 4MLHA 3TU5A 2QWOA 2QWMA 2P9PA 3DXKB 4IJNA 1Z6RA 3AAPA 3O4WA 3ENHA 5AQRA 2NRHA 2Q1NA 4B1YB 2Q97A 3ZX0A 2HF3A 2FSNA 1GLLO 1BDGA 5AQPA 3RSEB 4BRAA 3MN6A 3CJ9A 4I6MA 3VPZA 3CI5A 2ZGZA 3QFUA 4MO5A 2ZWHA 5E26A 4FWSA 3O8MA 4AM7A 4CZIA 3MN7A 4EHTA 2P9IB 2QWLA 4A61A 1U2VA 1QHAA 3SJHA 5EX5A 3M1FA 3VEVA 3MK6A 2ZGYA 2ITMA 3CJBA 4CBXA 1QQOA 3DWLA 3VEXA 1ATNA 1YVNA 4M7XA 4BG8A 5AQYA 3H45C 1NMDA 2OANA 1NGFA 1NGJA 4BRNA 3VF4A 4FL9A 1K8KA 1RGIA 1C0FA 4FOIA 4FWMA 3CJ7A 2IIRA 2YHWA 1NLVA 3WQTA 2FLOA 3ZETA 4WQ5A 1LOTB 4RCHA 5AZIB 1TUYA 3QICA 3AY9A 4K43A 3U9ZA 3D2FA 3QB0A 3R6MA 4XH5A 1ZXOA 1XQSC 3DJCA 5F1XA 3CHWA 5AQSA 3FR0A 1DEJA 5AQFA 3QDKA 2ASOA 3VEZA 4H5VA 4QS8A 3MN9A 1OKJA 3VF6A 1SQKA 2E2PA 3A5LC 3HSCA 5AFUA 3VF2A 3ULEA 2IVNA 1NGGA 3L0QA 5JLHA 4FPBA 3BF3A 5EVZA 3D2EB 1RDWX 1YAGA 1ZC6A 3FZLA 4JN4A 4BR0A 5AQXA 2FXUA 3WXIA 2E2QA 4L3QA 5KPRA 1T6CA 3U4LA 2W40A 1T6DA 2E8AA 3FZMA 4BRKA 2IVPA 3R8EA 4ISEA 3OHRA 4WQ4C 1J6ZA 2QM1A 5JMVA 1KAYA 3J8AA 2E1YA 4B9QA 4YDUA 3W3DA 4K25A 3ZETB 1IJJA 4CD1A 2QXLA 4O8KA 3L4IA 2E2OA 2ZF5O 2YJFA 3ID8A 2W41A 3WXJA 5AZJA 4FWRA 4RWTA 5TKYA 3WEEA 4B1VA 2H3GX 3IUCA 3I8BA 4BROA 1D4XA 2A6AA 1YUWA 3EKUA 4MO4A 3VGKA 3CQXA 1C0GA 1R59O 5FPEA 2V51B 5FPNA 4BC2A 3MMVA 3HBTA 4J8FA 2GTDA 3VEYA 3DAWA 1JCEA 3ULEB 4LC9B 3B8AX 5LJWA 3EZWA 3O1WA 4CD3A 1V4SA 3F9MA 4BQLA 1HUXA 4BVOA 3AAQA 3GDQA 4EHUA 3C7NB 2CGKA 1X9JA 1JCFA 3CJ1A 2GEMA 4RTFD 3HTVA 2D0PA 1BA1A 3WT0A 4C23A 4CBUA 4BR2A 1E4GT 3BEXA 2P9UB 5AQKA 5BRHA 2FSJA 5E84A 2GWJA 2GUPA 1BU6O 3ZX3A 4O5FA 4ISGA 1MWMA 3H3OB 2P9NA 1U6ZA 4PL7A 2ASMA 2F9WA 3WQUA 4PKHA 5F2RA 3SMSA 4A2BA 2D1KA 1TYQB 3H3NO 3M6GA 1NGBA 1NGEA 5F0XA 2VCPA 3BF1A 3LM9A 5AZJB 1S3XA 4H5WA 1BA0A 4BRHA 5AQOA 5EXWA 4NB4A 2FF3B 5AQUA 3WEEB 4IXCA 5AQIA 3CETA 3CJCA 4FSVA 4Y0WA 4BR4A 3U9DA 5AR0A 1HPMA 4H5TA 4F9OA 2VYPA 1ATRA 5AQTA 1KXPA 3O6WA 1CZAN 2NLXA 2YJEA 3O08A 2DPNA 3UKUB 4KBOA 4Z94A 3UE5A 2GWKA 4BGAA 1BG3A 2I7NA 3DXMA 3M3ZA 4H0YB 2BTFA 4CZJA 2Q0RA 3H6EA 2P9SA 4NO7A 3VENA 3ENOA 2P9PB 4BRPA 1WUAA 3R9PA 4QS9A 3UKRA 3C0BA 4BRLA 1BWFO 1GLJO 3I33A 4GNIA 2ASPA 4I6MB 4BC5A 1RFQA 4XH4A 4DCHA 3HI0A 1X3MA 4HTLA 4EAHD 4IO8A 1NWKA 4BRMA 2WUSA 1IG8A 5FPDA 3QMLA 4K41A 4CBWA 3EN9A 4H0XB 1U2VB 1QZ5A 4JAXA 1DKGD 5BR9A 4BRQA 3A5NC 3GOIA 5ELZA 3LM2A 3CQYA 4JD2A 1Y64A 1V4TA 4CZKA 3A8YA 5LJVA 2NZTA 1Z05A 4BR9A 3ZX2A 4A2AA 2AA4A 2UYTA 5KQDA 1P8ZA 5BRFA 5BN9A 1MDUB 3FZKA 3ATVA 4CZFA 4H5RA 1K8KB 3A0IX 4CZLA 3FFKB 2HMPA 4BRDA 1Q18A 4FWNA 1WOQA 2KHOA 2YCHA 2QWQA 3FLCO 3UKRB 4BRFA 4WQ5C 3BUZB 1GLEG 4FPAA 3D2FB 3DXKA 5AQZA 3LDPA 4BREA 1LCUA 4H03B 3KHYA 5B8HA 3BP8A 2I7PA 2D0OA 2YHXA 1HX1A 3D7EO 3JXUA 4K42A 3TPQA 1NGAA 1GLAG 4BRGA 4DB3A 2Q2RA 5BREA 4HWIA 1T44A 5AQGA 4A62A 4CZGA 3CJAA 5AQVA 4FO0A 4H0OA 2YI1A 3H1QA 3IMXA 4GY2B 3GBTA 4IZ9A 2PBDA 3MN5A 4B1UB 4B1XB 4JD2B 1GLBG 2P9IA 3SMPA 1S22A 3KZBA 1MWKA 2VWBA 2QWNA 3FE1A 4H0VB 3QBXA 3AARA 4EIAA 4CZHA 2PAVA 4CZMA 2QWRA 3LDLA 3H46O 2YHYA 3LL3A 4BQZA 3H1VX 3U8XA 1G99A 4DHYA 3O5BA 1EQYA 2AP1A 4YDUC 2A3ZA 2E88A 3VERA 3HM8A 2J4RA 3GL1A 5AQQA 5BRDA 4M63C 5KPTA 4CZEA 5JICA 2FSKA 5AQJA 5AQNA 4H0PA 1XC3A 2QWPA 4IWVA 5AZIA 3LDNA 2CGJA 3FZFA 2P9KA 4E1JA 3A5OC 2V7ZA 3P4IA 3LDQA 2F9TA 4FWPA 3MDQA 1SZ2A 1NM1A 2A42A 1TUUA 3O80A 4H5NA 1NBWA 1GLCG 4ISFA 4FOEA 4XH1A 5AQLA 3VESA 4BRIA 3VEOA 5LY3A 3QBWA 3D2EA 2GELA 4CJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBVA 3TWHA 1ASWA 5CE3A 5DM7L 3GG4A 4M7YA 3SLCA 1NU0A 4IG3A 1W97L 4KH5A 2R7YA 3DLKA 4FW1A 1YXQA 3ATUA 4DFJA 4JNEA 2BDPA 3VGMA 2WTUA 4NCBA 1X9SA 1U47A 1JL2A 3UB5A 5C0YA 4OKEA 4LF4K 2HOEA 1EWQA 4K8ZA 2P9KB 1W9HA 5EOYA 4H0TB 4DTPA 5GINA 3MCPA 1N32K 3SBGA 5M1NA 4FM2A 1RT3A 3DXMB 4KKOA 5LMUK 3VOVA 3SV3A 2EWSA 3SCXA 4BVPA 1HJOA 4BG9A 5C2DA 2IVOA 4JHDA 5KQ8A 5AFUH 4M3XA 4PKGA 5CYQA 2P9LA 2D4WA 5ADXH 3C7NA 4IJAA 4RG8A 1KLMA 4BC3A 5I9EB 2OTLN 4EFHA 3A5MC 4J2BA 4CW7B 3G0ZA 5FRNA 4KO0A 3ZEUB 1QZ6A 1D8YA 4OKJA 1XWLA 4C1NI 5BR8K 5EY4A 1OVYA 2V7YA 4JK8A 2B5JA 3VGLA 1FJGK 1BUPA 4AHSA 1HNXK 1L3VA 3CIPA 2QTDA 5HRRA 3L3VA 1X3NA 3G25A 3DOKA 1ATSA 2OCEA 4CEQA 3O3HA 3JS6A 3NH2A 3KVGA 2IS3A 3SAGA 2NUBA 4CF8A 3V9ZA 2Q31A 1L3SA 1HRHA 3JYTA 2QWMA 1Z25A 2P9PA 3DXKB 3WNHA 3AAPA 4YOTA 5FRMA 3SBTA 2LSNA 1GLLO 3I55N 5AQPA 1LV5A 3V9XA 3CJ9A 1FKOA 4I6MA 2HHXA 3CI5A 4DTXA 4IEIA 4MO5A 3E9OA 4N76A 3KKRA 1CZ9A 3O8MA 5J2QA 4JKFA 4CGJA 3VEVA 3O4NA 3L2QA 3MK6A 2ZGYA 1EKEA 1JL1A 3ZSWA 3MEDA 2DY4A 1EX4A 5GAEP 3H45C 4RW4A 1RTHA 4Z0UA 1NGFA 3VQ7A 1NGJA 4ID5A 4FL9A 2ZJPL 3CJ7A 2W6LA 1VQ4N 4KTWA 3ZETA 4OLAA 5AZIB 3NMUA 4PUOA 4IBNA 1HYZA 4N41A 3HK2A 4DQPA 4KHWA 1YJNN 1NOYA 1RBVA 3QB0A 3R6MA 4UY8O 3K5LA 4FJ5A 1VSJA 5AQSA 3C6HA 4QS8A 3THXA 3K58A 4FJMA 4W5RA 3K9JA 4CCHA 3L0QA 2FBXA 1C0TA 2YHAA 3NH0A 5EVZA 4B3MK 4CVNE 3ENBA 4JN4A 4IKFA 4MQ3A 2E2QA 3U4LA 4GVMA 5H1SQ 2E8AA 3FZMA 3MWPA 3ALYA 4WQ4C 1J6ZA 3J8AA 1B9DA 4CGGA 2E1YA 4YDUA 3TR8A 3W3DA 4K25A 5JS2A 4AH9A 1HYSA 3PY8A 4DR5K 1RT2A 2QXLA 2E2OA 5LMNK 4JYAK 3KWIA 2GV9A 4B1VA 3IUCA 1D4XA 2A6AA 3EKUA 4MO4A 2DFEA 4FM1A 1C0GA 1B9FA 4KREA 4J8FA 2GTDA 2E5LK 1NMNA 1RBTA 2Y1IA 4F4KA 1R0AA 3F9MA 4BQLA 3AGKA 1HUXA 4BVOA 2JLEA 3VQ9A 2X74A 4O44A 4RW9A 3O9RA 3E1YA 3HVTA 3BEXA 5AQKA 5BRHA 3TSPA 5E84A 1BU6O 4HCBA 4O5FA 4ISGA 3K5MA 2F9WA 4CEBA 1Q8IA 3G4SN 3H3NO 1SL0A 1WSIA 5AZJB 2NRWA 3QO9A 1L3UA 2FF3B 5HP1A 3CETA 4DMNA 1BI4B 4ZTFA 1C1AA 4FSVA 4BR4A 1IBLK 3OYDA 1HNZK 4H5TA 1W7AA 4F9OA 2VYPA 3QERA 4M3UA 4AILC 1VAZA 3O08A 4U7BA 1SL1A 3UE5A 3ZSZA 4BGAA 1BG3A 2I7NA 3DXMA 4H0YB 1GOAA 1QSSA 3DLHA 2Q0RA 3ENOA 3TTDA 3RR8A 4BRPA 3R9PA 5CY4A 4CGIA 4KV8A 3V1OA 1QHTA 4BRLA 3T1AA 4WF9L 5KRSA 2OZSA 4CFCA 4DV5K 1O1WA 3HI0A 1XC9A 1KRPA 2YNFA 4FLTA 4KPYA 3AVCA 3AO4A 1VSIA 3C6UA 3P5JA 1XI1A 3M8RA 4FJ8A 2OZMA 4LF5K 3LM2A 1NJZA 1C0UA 3ZYYX 4M3WA 4JRQA 1RBSA 5CHIA 3HO1A 4AHCA 3LWLA 3VQDA 3KIOA 1LWCA 2AA4A 2UYTA 4CFAA 1MDUB 4CZFA 3A0IX 3FFKB 4L8RB 1C0MA 1O13A 1ILYA 4HCCA 4BRFA 4DTNA 4NLCA 4WQ5C 5FROA 2D0CA 1UOCA 4IDHA 3NVKA 4BREA 1A5XA 3D2FB 3DXKA 5AQZA 4CFDA 3KHYA 3BP8A 4K42A 3TPQA 2HMIA 4DB3A 2Q2RA 4QCLA 4H4OA 3ZT2A 3SUNA 5HROA 3F9KA 2KFZA 5AQGA 3CJAA 4JI2K 4M3YA 5AQVA 1TKZA 1U48A 1QS4A 4H0OA 4KHPK 3H1QA 4IZ9A 4K8XA 3AVNA 4I9LA 1HNIA 3TAPA 1LWEA 4B1UB 3SPYA 2HBKA 4JD2B 1GLBG 1UA0A 3THWB 3AO1A 1MWKA 3EZ5A 1NKCA 1BQNA 3QBXA 4FLWA 2DTUA 2PAVA 4CZMA 4JKAA 4F3TA 4CFBA 4FXDA 4ICLA 4C8KA 3HP6A 4DHYA 3O5BA 1EQYA 2XY8A 2YNGA 4JKHA 2E4LA 3HRGA 2J4RA 2YX6A 3GL1A 5AQQA 5BRDA 4ELTA 3T7ZA 4M63C 2HHWA 4B3TK 5GAGP 1TKDA 3OYCA 4C8OA 5AQNA 3K5NA 3RRGA 5AZIA 3IS9A 3KLGA 3LDNA 3I56N 4EP5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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