4FWLA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with phosphate (po4)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
395
structure length
392
Chain Sequence
EFPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 128
structure length 392
sequence length 395
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwlA02
1G99A 4WQ4A 3VGKA 3ZX0A 3VERA 4A62A 2E2QA 5AQZA 2QWOA 3MN5A 3H1QA 5JMVA 3DXKA 4I6MA 3UB5A 1KAXA 3EKSA 3C7NB 5AZIA 5E84A 5KQDA 4H5WA 2I7NA 2CGLA 2BUPA 4H0OA 3KHYA 4K42A 5EY4A 4CZKA 3J8AA 4H0YB 4BREA 2FF3B 5LJWA 3DWLA 3R6MA 5KPRA 1X3NA 2P9SB 2Q36A 1T6DA 2NRHA 2GUPA 5AQGA 5FPDA 4DQ8A 2QWNA 1NGBA 1LOTB 5LY3A 4EFHA 3O6WA 2IVNA 2AP1A 3MK6A 1RFQA 4K41A 2GTDA 1ZXOA 5AQNA 1JCFA 2HMPA 2P9LA 1BUPA 1ESVA 3A5NC 5EVZA 3GDQA 4BQZA 1YUWA 4GNIA 2PBDA 3W3DA 3MCPA 2Q0RA 3U8XA 3FZKA 2ZGYA 3LDNA 1Z6RA 2P9NB 4QS8A 2D1KA 2ASPA 3LM2A 3WEEB 1XQSC 4B1ZA 5AQRA 1NM1A 4MLHA 1MA9B 1BA1A 2VCPA 4FWLA 1NBWA 3CI5A 4XH5A 2P9PB 4CZGA 3R8EA 5BPMA 3H6EA 5AR0A 3VOVA 2J4RA 5AQKA 3H1VX 4CZJA 5BRFA 3DXMB 4AM7A 2A6AA 4CZIA 2V51B 3IMXA 4RTFD 4ISFA 3A5OC 2PAVA 3WXJA 4BC2A 3BUZB 4BRMA 1QQMA 4E1JA 3LDLA 3CQXA 2QWMA 3UKRA 1S22A 2F9TA 4J8FA 1BA0A 2QXLA 5EXWA 2GELA 4BRFA 4BRLA 3VF4A 4EAHD 4FWMA 2ASOA 1P8ZA 5AQXA 4BRKA 2HF3A 3HBTA 1QQOA 2CGJA 1MWKA 1T6CA 2KHOA 4BRDA 3DXKB 3EN9A 4MLEA 3QDKA 4FWOA 4I6MB 1E4GT 4PKHA 3ZX3A 2QWPA 1GLJO 5AZIB 5AQJA 4CD1A 3HI0A 4H5RA 4ISEA 3VEWA 1R59O 4H0TB 1QZ6A 2E2OA 2QWQA 1NGFA 3SJHA 5FPMA 2H3GX 3FFKB 5JLFA 4WQ4C 4O8KA 4FWQA 1KAYA 2F9WA 4BG8A 3ZETA 3M3ZA 3R9PA 5AQPA 3SK3A 5ADXA 4YDUA 1S3XA 3IUCA 3CJ1A 4BVOA 5BRHA 3MN9A 3EZWA 3KZBA 4CJ7A 5AQIA 4B1UB 2VYPA 2P9IA 3ULEA 2IVOA 5AZJB 1BO5O 4AM6A 4FWNA 2FF6A 3D2EA 2Q97A 2P9LB 5AQVA 2FSJA 3FR0A 2YJEA 1XC3A 2E2PA 3TPQA 1JCEA 1BDGA 2V7ZA 5AQLA 4FL9A 1SQKA 3HZ6A 1BOTO 1E4FT 5ELZA 3FZHA 3IFRA 4PKGA 3VETA 4CI6A 3O4WA 3B8AX 4JD2A 3LM9A 2Q2RA 1ZC6A 5AQWA 3RSEA 4DB3A 1U2VA 2DPNA 2E8AA 3VGMA 2A41A 4A2AA 3OHRA 3H45C 1C0FA 3CJ9A 3ZEUA 3I33A 1SZ2A 1YVNA 3EO3A 4IO8A 3QMLA 3VEVA 5F0XA 3GOIA 3S41A 3UKRB 2ZF5O 5AQHA 5BPNA 4WQ5A 2AA4A 1YXQA 3H46O 5TKYA 3W0LA 1SAZA 3O8MA 2WUSA 4JNEA 5AFUA 1BG3A 3O1BA 2Q0UA 3QFPA 4DHYA 3QBXA 4CZMA 3ENOA 1NGIA 4BR9A 5JLHA 3UE5A 1NWKA 3GG4A 4CZFA 1V4SA 1BU6O 2P9KA 3BEXA 5BN9A 2GWKA 4MO4A 5B8HA 1QHAA 3D7EO 4EHTA 1TUUA 1DEJA 3VGLA 3WQUA 4BR2A 5KPZA 2Q31A 4JAXA 4BRNA 5EOYA 3U4LA 4K43A 3VEOA 1ATRA 4H0PA 3ATVA 2GWJA 3U9DA 5I9EB 3KVGA 3LDOA 3P4IA 4BRPA 3VESA 2HF4A 2YHYA 4A2BA 2D4WA 5AQSA 4FPAA 4GY2B 5F2RA 1TYQB 4HWIA 5F1XA 5KPTA 3O80A 4L3QA 4O5FA 3AARA 4NB4A 2BTFA 3VEZA 4CBXA 1HKGA 3DAWA 1WOQA 2P9IB 3ULEB 1GLLO 1HPMA 3A0IX 3D2FA 3FGUA 2I7PA 1OKJA 3D2EB 4H5NA 4BROA 4CBUA 3M6GA 2QWRA 2E20A 3MDQA 3VPZA 3AAPA 3BF1A 3LDQA 1NMDA 4A61A 4F9OA 3CIPA 1NGEA 4YDUC 2GEMA 2CH5A 3FZFA 1GLBG 1T44A 2W41A 1TUYA 4BC4A 1D4XA 1GLEG 5AQFA 2CH6A 3M1FA 1MWMA 3GBTA 1NLVA 3BP8A 3WXLA 1RGIA 4FWRA 1QZ5A 2YHXA 1J6ZA 1X9JA 4H5VA 4JHDA 1Q18A 4BRQA 4JD2B 4BG9A 3UKUA 3FZLA 1NGAA 4Y0WA 3RSEB 3HSCA 4CZLA 1U2VB 1Z05A 4BR7A 2YI1A 4PKIA 3VENA 1NGJA 4H0XB 3ATUA 4MO5A 5LJVA 4IWVA 4FPBA 2HOEA 4CBWA 2E1YA 2UYTA 3WXIA 4B1VA 4H5TA 3ID8A 4BR4A 2QM1A 3O08A 4RCHA 2D0OA 3VEXA 2NLXA 3I8BA 4NO7A 4XH4A 3U9ZA 3L0QA 5JICA 3CJ7A 3DJCA 4IJNA 1DGKN 3MMVA 2ITMA 2P9UA 4M63C 4CZHA 2FSNA 4IZ9A 2EWSA 2P9KB 3A5LC 4BR0A 3CJAA 3LDPA 5FPNA 4PL7A 4BGAA 1X3MA 4HTLA 1DKGD 4M7XA 4WQ5C 3JS6A 5AQYA 1GLCG 1RDWX 2A5XA 2ASMA 4ISGA 3QB0A 2V52B 4BVPA 5AQTA 3WXKA 3QBWA 2YJFA 3VF2A 1NGGA 1LCUA 1QQNA 5BR9A 2VWBA 4FOEA 1U6ZA 1ZBSA 3A8YA 3HM8A 3CJCA 4B1WB 1V4TA 3H3OB 3ZX2A 1KXPA 1K8KA 4BC5A 1ATSA 1GLFO 3HTVA 3D2FB 3SLCA 1HKBA 5AZJA 2D0PA 2QWLA 3ENHA 2FSKA 2E2NA 4BGBA 2CGKA 4M7YA 4XH1A 3C7NA 4H0VB 5ADXH 4Z94A 3BF3A 1KAZA 3FLCO 4PL8A 3C0BA 4QS7A 2ZGZA 5EX5A 3SMPA 4WYBA 3VF6A 3CHWA 1MDUB 3QICA 5BN8A 1ATNA 3GE1A 3WT0A 4FWSA 2P9SA 4JHDB 2QW9A 3UKUB 3ZETB 4K25A 4BC3A 5BREA 1CZAN 2A3ZA 5BPLA 3G25A 1EQYA 4FOIA 4FWKA 3JXUA 5BRDA 1GLDG 5AQOA 1NGDA 2E1ZA 3A5MC 1NGHA 3EKUA 4RWTA 3AY9A 4B1YB 3CETA 4BR5A 1IJJA 2A42A 2FLOA 2E88A 1IG8A 4BRAA 4BRGA 5CE3A 1JCGA 4CD3A 3CQYA 3CJBA 4BQLA 3O5BA 2P9NA 3L4IA 3MN6A 3CERA 2YHWA 3O1WA 4C23A 3WEEA 2YCHA 4IJAA 3MN7A 4FSVA 3SMSA 1HLUA 1C0GA 2V7YA 1HX1A 5FPEA 1NGCA 2P9UB 3F9MA 5AQUA 2NZTA 5KQ8A 2W40A 2P9PA 2IVPA 4XEIA 5AQQA 5AFUH 5E26A 1H1VA 3H3NO 4BRIA 4IXCA 3VEYA 3DXMA 3FE1A 4JN4A 4FWPA 3FZMA 2IIRA 3IDHA 4KBOA 4BRHA 3EL2A 4EIAA 3ZEUB 4CZEA 1BWFO 4BRCA 3L6QA 1HJOA 1YAGA 3WQTA 4H03B 1HKCA 3WUHA 2FXUA 1XUPO 3AAQA 1WUAA 1Y64A 2A40A 2OANA 5AQMA 3TU5A 2ZWHA 2Q1NA 4B9QA 1TYQA 4B1XB 3GL1A 1GLAG 3LL3A 4QS9A 4LC9B 4DCHA 4EHUA 1K8KB 1HUXA 4FO0A 3QFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C42A 3VGKA 4LH4A 4YORA 5K14A 4Y1CA 3H1QA 3QIOA 4I6MA 3EKSA 3C7NB 4E1MA 5KQDA 3J8AA 4FJLA 2FF3B 4A59A 1RBUA 4FJKA 4DS5A 1TKDA 3H08A 5AQGA 1NK7A 1NGBA 2QXFA 1RBVA 1CLQA 1EP4A 4W5QA 3O6WA 2HBKA 2AP1A 1QS4A 3SPYA 4C1NK 2KFZA 5LMUK 1C1BA 1HNWK 1W2BM 3OYEA 4KB1A 2RPIA 3FZKA 4CHQA 4ZTJA 3P39A 1Z6RA 5GIPA 2HHQA 1IKWA 4B9LA 4JS4A 3DI6A 1XHXA 4CW7B 2QKBA 3ZSQA 1NM1A 4CVNE 2VCPA 4ZHRA 1VQLN 4LF5K 3J7YP 1QVFM 4XH5A 3WNEA 2P9PB 4CGIA 4CJ3A 3H6EA 1ASVA 5BPMA 3VOVA 1LWEA 4AM7A 3KKSA 4CZIA 1Y97A 3IMXA 3SYZA 5GADP 4RTFD 4ISFA 3M8QA 3ULDA 2PAVA 4JKBA 4CHOA 3QNOA 1QQMA 1TK8A 1TAUA 5CR4A 3DLKA 1TK0A 4CJPA 1U48A 2F9TA 4DR7K 1BA0A 5EXWA 2GELA 4BRLA 4B3RK 2NNWA 1P8ZA 3CF5L 1K9MO 1QQOA 4CHNA 4LFBK 1FK9A 3TSUA 1BGXT 3EN9A 4NYFA 3QDKA 1W97L 4C1NI 4ILGB 3EE8A 3OYDA 3HRGA 1GLJO 4HTUA 2OPRA 4H5RA 3OYFA 5HRSA 1R59O 2W6LA 2E2OA 2QEXN 5DM6L 1NGFA 4JK9A 3SJHA 4J2BA 1VSMA 4BG8A 1HRHA 3DRRA 2B4JA 1QQCA 3VQ7A 1KTQA 2E6LA 3AV9A 3VQCA 1ZBHA 3IUCA 3CJ1A 4BVOA 1XNQK 1CZBA 1RT6A 3MN9A 3EZWA 1U45A 1VRUA 2VYPA 4K8ZA 5AZJB 3K5NA 4FWNA 5C2FA 3FR0A 3C6AA 2YJEA 3DM2A 2GX9A 3CC4N 4FW2A 1A5XA 1JCEA 4YOWA 2YHAA 4FL9A 2FC0A 4LH5A 5J2QA 4CHPA 3KIOA 5FDLA 2E4LA 4F2RA 4M3YA 3T7ZA 1NJZA 3HP9A 4WF9L 4DG1A 4JKFA 2HVIA 1OH6A 5AQWA 4BDPA 3QEVA 4FZZA 2LSNA 1FJGK 4BDZA 3ZT0A 3VGMA 1N8RO 5HRRA 4A57A 2RE2A 3O9QA 4IFYA 3CJ9A 3K2PA 1RDBA 3S3OA 1RDAA 1W7AA 2IC3A 3P5JA 4IO8A 3QINA 5C0YA 1EKEA 5AQHA 4YOVA 3J80O 3A2FA 3CFOA 2YX6A 4WCEL 4FJJA 1BG3A 3O1BA 3PX0A 2G8WA 1QSLA 1J9AA 1JLBA 1NGIA 2WONA 5JLHA 1NWKA 4M41A 3SQ4A 4H4OA 2P9KA 1BU6O 5B8HA 2OTLN 1TUUA 4PWDA 4CHZA 4EZ6A 1JLCA 2IOCA 4JAXA 4L8RB 5EOYA 1ASUA 1XC9A 5IWAK 3ATVA 5C10A 4FJXA 4WFAL 3EY1A 3CCVN 4FW1A 5HLFA 2YHYA 4A2BA 1NU0A 3WNFA 1JXBA 5AJ3K 3VEZA 3C6UA 4CBXA 2G8FA 4KH6A 1WOQA 3ULEB 3VQPA 2HHTA 1OKJA 4BROA 4JKCA 5J1EA 3ZSRA 3OJSA 3G6EN 2IDOA 3AAPA 1IKXA 2IAJA 3ZSWA 3K0SA 4KHUA 3CIPA 5A2QO 1J5EK 3QEIA 4ZTFA 4CJQA 4WFBL 4BC4A 3O4QA 1NOYA 2CH6A 2W6KA 3GBTA 4I9QA 1NLVA 1VSEA 3BP8A 1VQPN 4FWRA 3CCSN 1R0AA 1J6ZA 4JHDA 1U49A 4CF1A 3I8DA 4JD2B 5IT9O 3UKUA 1JL2A 5H1SQ 1Q8IA 3K5MA 1IH7A 4I9LA 3V9ZA 3NF6A 2OPSA 2IS3A 2YI1A 1NGJA 3LWMA 4DTSA 3G71N 1RBTA 4R5PA 3P83D 3ENBA 5LJVA 4HCBA 4E89A 2OZSA 1JXEA 4FPBA 2UYTA 4YOXA 3KJVA 4RCHA 4BE1A 1KRPA 4NCBA 4X65K 1LW0A 1DTTA 4NO7A 4RG8A 3V9UA 4B3MK 2P5GA 3KLFA 2AJQA 3L2RA 2O8EB 3MMVA 5KRSA 1XWLA 2P9UA 3SV3A 4CZHA 2FSNA 2EWSA 1SL0A 3EE9A 4BR0A 4PL7A 4GVEA 3AA2A 1X3MA 4M45A 4HTLA 1DKGD 3KTQA 4DS4A 1TKZA 1X9SA 3JAMO 3IS9A 4LF8K 2ASMA 3R3LA 3QB0A 2PFUA 4BVPA 1XI1A 2YJFA 5J2MA 1NGGA 1LCUA 3FFIA 3V6DA 3HL8A 3RMBA 4FOEA 1U6ZA 1ZBSA 1VQNN 4B1WB 4CJFA 3ZX2A 1KXPA 2HBJA 3CQ8A 3N4PA 3RMCA 4BC5A 1W9HA 4CEEA 3D2FB 2YNGA 1HKBA 2Z1JA 3AO2A 3RWUA 4BDYA 2XRIA 2HHWA 3I56N 3SZ2A 4LFAK 5KI6A 4H0VB 2DFHA 4Z94A 4FJ7A 3BF3A 1KAZA 5SZTA 4FYDA 3C0BA 1C0UA 3KD5E 5CZ2A 4DTPA 1K6YA 1NJXA 3V1OA 3T69A 1JL1A 1ATNA 4DTXA 3SJJA 3KD1E 3CXCM 1S9GA 3WT0A 2BGGA 4JS5A 3MEDA 2P9SA 1Q82O 1TL3A 3ZETB 2UU9K 1BISA 1KSPA 4N76A 3PUFA 4CECA 4E3SA 2VG7A 4FWKA 3JXUA 3OS1A 4JV5K 4B3SK 1GLDG 2O8DA 5AQOA 2E5LK 4KAZA 2E1ZA 2ZJQL 4RWTA 1I39A 3L3UA 4B1YB 4KTQA 2JGUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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