4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
1QQOA 4IO8A 1SZ2A 2PAVA 1RGIA 3LM9A 4JHDB 3WEEA 3R8EA 2AP1A 3ATVA 4WQ5C 1DEJA 3U8XA 5BPNA 4DCHA 3EKSA 4K41A 2FF3B 4H5RA 3FFKB 3EZWA 1NGIA 3O4WA 2A5XA 3GBTA 4XH4A 3VEXA 2OANA 5BRHA 3HSCA 4CBUA 1WOQA 2P9UB 1GLFO 1JCFA 3A5NC 2GELA 4BRHA 1KAXA 1ATSA 3WQUA 4NO7A 3BEXA 3W0LA 2CH5A 1GLBG 4FO0A 1U2VB 5AQJA 4MO4A 3D2EA 2P9PB 3L6QA 2ASMA 4CZKA 1LCUA 3EKUA 4FWLA 4WQ5A 2GWKA 3SLCA 3DXMA 4DHYA 1Z6RA 5ADXA 1RFQA 3QFPA 2PBDA 3CQYA 4CD1A 4JD2A 5AQPA 5EXWA 2CGKA 3CERA 3KVGA 4FOEA 4B1ZA 4B1YB 4CZHA 2KHOA 3LM2A 4IXCA 2CGJA 4RCHA 3ID8A 5F2RA 1SAZA 1J6ZA 4H5WA 3A0IX 1KAYA 4JHDA 2D4WA 3ZX2A 4BR7A 4FWNA 3VENA 1XQSC 1X3NA 1HPMA 2IIRA 3I8BA 4FSVA 2GUPA 1NM1A 1BO5O 1NGHA 1YXQA 3WXLA 5BREA 2YCHA 3D7EO 2FSJA 4QS8A 3FZHA 3LDOA 5E26A 2P9KA 2CH6A 4QS7A 1HJOA 3B8AX 4FWPA 1U2VA 4Y0WA 4ISFA 3VEVA 3L4IA 1QZ5A 4GY2B 2P9PA 3UE5A 3ENHA 3VEWA 1HUXA 2I7PA 2F9TA 2V7YA 3O8MA 2P9IB 3CETA 1DKGD 2P9LA 3R6MA 4A2AA 1D4XA 1BUPA 1S3XA 4EFHA 4K25A 2ASOA 3FZKA 3LDPA 3GOIA 1NWKA 3VEOA 4AM7A 3QBXA 4EAHD 1TYQA 2H3GX 3EL2A 3P4IA 4BRFA 3CIPA 1BU6O 3RSEB 4RWTA 3F9MA 3EO3A 4M63C 5I9EB 4BR9A 5AQQA 4BRMA 3H6EA 5AZJB 3GL1A 3MN6A 4K42A 3FGUA 2YJFA 3TPQA 3VESA 1XUPO 3O6WA 1XC3A 2D1KA 5FPNA 3JXUA 1E4FT 4BR4A 3WUHA 3M6GA 5BN9A 3CJBA 4RTFD 1CZAN 3VGMA 5FPDA 3KZBA 3W3DA 3BF3A 3VF2A 4KBOA 4BQLA 3CHWA 4H0VB 4B9QA 4I6MB 4BC4A 4FL9A 1T6CA 3MN9A 3VETA 4C23A 2ZF5O 4H0PA 1LOTB 4MLEA 2W40A 2YI1A 4NB4A 3D2FB 3ZEUB 2E8AA 2F9WA 1HKCA 2P9IA 5BPMA 4FPAA 3DWLA 3WXKA 1IJJA 1KXPA 3SK3A 1NGEA 5E84A 3CJAA 1BG3A 3QB0A 3ULEB 5KPTA 4A62A 3UKRB 3VGLA 4FWRA 2A40A 4F9OA 5AQZA 5AQHA 1NMDA 3QDKA 3AAQA 3MN5A 4CZIA 3O08A 3HZ6A 3BP8A 4L3QA 1BA0A 5AZJA 4BRCA 4CZMA 4B1UB 4YDUA 4BRNA 2ZWHA 4WQ4C 4BRLA 3IDHA 3UKUB 5F0XA 2IVOA 2A6AA 2BUPA 5AQLA 1GLJO 3H1QA 5EOYA 4HTLA 5BRDA 2QWRA 4H0XB 4CZFA 5KPRA 4PKIA 3LDQA 5AFUH 4I6MA 2P9SB 5F1XA 4CD3A 4B1VA 4A61A 1MA9B 1JCEA 4BG9A 4BROA 5BN8A 2QXLA 3CI5A 2Q0UA 5TKYA 4BC2A 5AZIB 3H3OB 1MWMA 4H0TB 2V52B 4HWIA 3EN9A 4WQ4A 5EVZA 1GLEG 3ZEUA 5JMVA 3U4LA 3J8AA 2NRHA 4JNEA 4BRGA 3ULEA 4BRKA 2P9UA 3BUZB 2YHYA 5BRFA 1ZC6A 1IG8A 2FSKA 4MLHA 2GEMA 3VF6A 4EHUA 1QHAA 3VGKA 3LL3A 3IMXA 3DJCA 2E1YA 2ZGYA 3CJ7A 3ZETB 4K43A 1V4SA 5LJWA 2D0OA 4XH1A 4BQZA 4IWVA 3UKUA 3SJHA 4BRDA 1GLAG 4O8KA 1K8KB 2E2OA 3O1WA 5AQYA 5FPEA 4BR0A 3L0QA 5AQIA 3ATUA 3TU5A 2IVNA 4WYBA 4FWQA 2ASPA 4CBXA 5AQWA 5AQRA 3VEYA 1NBWA 4GNIA 5ADXH 1T44A 3WEEB 3M1FA 3VPZA 4CI6A 3AAPA 5AQMA 2NLXA 2A3ZA 2YJEA 1MWKA 3CJCA 2FLOA 2GTDA 1NGFA 3CQXA 4BC5A 1G99A 4JAXA 3O5BA 4H5NA 3U9DA 3VEZA 4FWSA 1DGKN 1E4GT 1SQKA 3KHYA 3QBWA 4XEIA 2YHXA 4J8FA 1ESVA 2Q36A 2VWBA 5KQ8A 5FPMA 1OKJA 3QFUA 4IJAA 1YVNA 1GLCG 1NGGA 2V7ZA 2AA4A 3C0BA 4XH5A 1NGJA 2E2PA 3WXIA 4BRIA 4H5VA 3FLCO 3WXJA 1QZ6A 2UYTA 5B8HA 5JICA 1BOTO 3DXKB 4H5TA 4BVPA 3IUCA 2E2QA 3MN7A 3O80A 4AM6A 2WUSA 2E88A 4YDUC 2D0PA 3JS6A 3MDQA 1NGAA 4JD2B 3AARA 5AQSA 2P9NB 4A2BA 3SMPA 1HKBA 1R59O 2IVPA 2Q31A 1K8KA 5ELZA 5AQXA 4CZGA 1X9JA 2QM1A 1YUWA 2ZGZA 2A42A 2FF6A 5LJVA 1GLLO 4BRQA 1Q18A 2CGLA 4FPBA 4H03B 1S22A 3R9PA 4E1JA 2GWJA 3RSEA 3MCPA 1WUAA 3BF1A 3HTVA 5AQKA 3LDNA 1BA1A 3ENOA 5AQGA 4ISGA 1KAZA 3A8YA 1C0FA 2QWQA 4IZ9A 1BWFO 3H46O 1NLVA 3HBTA 1YAGA 5AQTA 3UB5A 4BVOA 1MDUB 2VYPA 4BC3A 3CJ9A 2Q97A 4EHTA 2P9KB 2ITMA 3S41A 4CZLA 1HKGA 2A41A 2W41A 1HX1A 5BR9A 4BREA 2HOEA 2QWMA 2V51B 3GG4A 3A5LC 4BR2A 3H3NO 4BR5A 1TUYA 3FZFA 2NZTA 2QWNA 3DXKA 4B1XB 3C7NB 2P9LB 1RDWX 3FR0A 3D2FA 3WT0A 2HF4A 2P9NA 2I7NA 2VCPA 3FZLA 1TYQB 3H1VX 1NGCA 4PKGA 3H45C 3UKRA 3MMVA 3VERA 4CZEA 5CE3A 3GDQA 2E2NA 5KQDA 1ZXOA 1NGDA 2QWLA 4BGAA 3QICA 5AQUA 4BGBA 2Q2RA 5LY3A 1NGBA 3ZX0A 4PL7A 3ZX3A 2QW9A 3G25A 4M7XA 4Z94A 5AQOA 1QQNA 1C0GA 2EWSA 3HI0A 2Q1NA 4PKHA 2FXUA 2J4RA 1Z05A 3A5OC 5EY4A 3U9ZA 3WQTA 2Q0RA 2HF3A 3A5MC 5KPZA 3MK6A 4O5FA 3HM8A 4BG8A 2P9SA 5AQNA 1TUUA 2BTFA 4ISEA 4JN4A 3I33A 4LC9B 1ATRA 5AR0A 2YHWA 3QMLA 1QQMA 4QS9A 5AQVA 4BRAA 5AZIA 2DPNA 3C7NA 3O1BA 4FWMA 5BPLA 1U6ZA 1X3MA 1V4TA 3SMSA 1JCGA 4H0OA 4PL8A 5JLFA 2FSNA 4CBWA 1P8ZA 4DB3A 1Y64A 3VF4A 2HMPA 3CJ1A 3IFRA 1ATNA 2E20A 3OHRA 3FZMA 2QWOA 3AY9A 1HLUA 3M3ZA 4FWKA 3D2EB 1H1VA 4CJ7A 1EQYA 4IJNA 1T6DA 4EIAA 4M7YA 1GLDG 4FOIA 3DAWA 3DXMB 3ZETA 5AFUA 2QWPA 2E1ZA 3LDLA 3VOVA 1BDGA 5EX5A 4B1WB 3FE1A 4DQ8A 4H0YB 5JLHA 5AQFA 3GE1A 1ZBSA 4MO5A 4BRPA 4FWOA 4CZJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8LA 4K8ZA 1SZ2A 2PAVA 3E01A 3WEEA 4Z4CA 5JVGL 4KH6A 5GIOA 1LWEA 2AP1A 1JKHA 4N41A 4IFVA 3VQQA 4H5RA 3O4WA 3GBTA 3VTHA 4DF4A 4JKBA 3G10A 3VEXA 2BANA 2OANA 5BRHA 3HSCA 1KQSM 2VG5A 2P9UB 4C8MA 3QNNA 4PHTX 4FVMA 2WOMA 4NO7A 3O9QA 4O55A 1XC9A 1KVAA 2ZE2A 2OPQA 3KKSA 1LCUA 2G8KA 4DHYA 1U04A 4M41A 1IKXA 1RFQA 4KTQA 3O4QA 3S9HA 4JD2A 2CGKA 3CERA 1NK5A 1WSGA 4JKHA 4B1YB 4CZHA 1SV5A 4LH5A 3ZSQA 1S1WA 4DQSA 4RCHA 3QLHA 5HRRA 3ID8A 5F2RA 4FJ9A 4YY3K 4M3WA 2BH1A 3B6OA 3ZX2A 5KTQA 4H8KA 3VENA 3HPHA 4CK2A 3V9ZA 1SKSA 4FK2A 1HPMA 2IIRA 4R79A 5JVHL 4Z4FA 2GUPA 1A5XA 3SAHA 1NGHA 3I0RA 3WXLA 4RW9A 4JK7A 3D7EO 3VTIA 3PX4A 1L3SA 3LDOA 3NH1A 2CH6A 4DSJA 4K0KK 4QS7A 4I2PA 3VEVA 3L4IA 3TAMA 1TGOA 3VEWA 3G0ZA 1HUXA 4B9VA 2I7PA 3NH0A 2QTDA 2OTLN 2HHSA 3WNFA 3CETA 4PQUA 3R6MA 1BUPA 1S3XA 4K25A 3FZKA 2HHTA 1OH8A 3P1GA 3I8DA 1NWKA 3VEOA 1T05A 3QBXA 4BE1A 2QKKA 4CIFA 4DG1A 2HHQA 4EAHD 3O3FA 3SAGA 3EL2A 4BRFA 3HRGA 1C0UA 2E5LK 1I3AA 4E1MA 3OYMA 4M42A 4DV3K 1J5EK 2ETJA 3F9MA 2PYLA 4DV4K 1KCFA 3EO3A 1JLQA 2HBJA 4M63C 5CY4A 5AQQA 4BRMA 2G8UA 1RDBA 3CM6A 3TPQA 3LANA 2Z1GA 3T19A 4CESA 4DFKA 3MEEA 3CC7N 5FPDA 3MXMA 3VQBA 2O8DB 2HHHK 3DLRA 4H0VB 4B9QA 4DUYK 3RR7A 1B9DA 2ZF5O 1TKTA 4NB4A 1N6QA 3NF9A 4FZZA 3J81O 3SK3A 4AHRA 4CGIA 3CJAA 4E7LA 4FJGA 4I2QA 2A40A 3NGIA 3AAQA 2HW3A 3KK2A 4K8XA 2GX9A 3HZ6A 1NJIO 4DF8A 4OKKA 4BRCA 3LAMA 3UKUB 1JXBA 1NK0A 2A6AA 2BUPA 4CFDA 1KVBA 1N8RO 4CZFA 1VQ4N 1C1CA 3LDQA 4X65K 4BY9C 5C10A 4C8KA 3OJSA 5AFUH 4I6MA 2P9SB 5F1XA 4DSKA 1DTQA 4B1VA 1N32K 3WNHA 1MA9B 4BC2A 3H3OB 1MWMA 1S6PA 3LWMA 2P5OA 3O4NA 1GLEG 1RDAA 1BCMA 4HCCA 3OYGA 3CC2N 4IO9L 4PWDA 4J2EA 3NGZA 2GEMA 3R3LA 3V6DA 3DJCA 4CEAA 4KHQA 3CJ7A 4CF1A 2D0OA 1FKPA 3PUFA 3L2VA 1U48A 1KFDA 4OX9K 1WSJA 3T7ZA 5JS1A 1GOCA 5AQIA 2OCEA 3ATUA 5CR4A 2IVNA 3RRGA 5AQWA 4DR6K 1NBWA 4GNIA 2FBXA 3D0PA 4M3UA 3WEEB 3H08A 3PSIA 3VPZA 4CI6A 3RTVA 2NLXA 5GAGP 2A3ZA 2FLOA 3P31A 1NGFA 3CQXA 1G99A 4W5TA 3EE9A 4ELTA 4CW7B 3O5BA 4CJWA 3LDSA 2A1SA 3FFIA 1CXQA 3V1QA 3K2PA 4IOCL 2Q36A 4U67L 4AHVA 1OKJA 3ZYYX 4JLHA 1GLCG 4YOUA 2E2PA 1U49A 4DWIA 2JLEA 4OVLA 3L4QA 5B8HA 1OH7A 3DXKB 4H5TA 5DM7L 2HNDA 2E88A 2NRWA 1NJXA 1T3VA 3MDQA 1RCHA 2GBZA 4JD2B 2OTJN 4BDYA 4HVJA 2Q31A 4FJLA 2FBYA 4DLGA 5AQXA 4YORA 4CZGA 4EP4A 1TAQA 4JI4K 4B9TA 2QM1A 3CCLN 3E66A 2FF6A 1GLLO 3RMBA 4BRQA 1Q18A 3CYMA 5DM6L 4E0DA 3ISNC 4JKDA 3R9PA 2P1JA 3KKRA 3MCPA 3T3FA 1TK8A 1RBUA 1OVYA 3LDNA 1S1UA 1HQUA 1S9GA 4ISGA 3THYA 1KAZA 3LP3A 1C0FA 4IZ9A 1BWFO 5C2FA 1IKWA 5C12A 3CFOA 3WXMB 5KGXA 4X66K 1D8YA 4BVOA 2ZJPL 4EP5A 1HQEA 2B4JA 4EHTA 4LY7A 2ITMA 1JLFA 4N47A 4CEFA 4CJ5A 3C95A 4CZLA 5C15A 2HVIA 1HJRA 2UUBK 5J2NA 3BY5A 3FZFA 1FK9A 4CK1A 3C7NB 1N5YA 1SUQA 3D2FA 4M45A 3U3GA 2VCPA 1BIUA 4YOXA 3KLFA 1VK0A 5D3GA 3MMVA 3NF6A 2DFEA 2ZJRL 1L5UA 3TABA 4CHZA 4BGAA 3VQ8A 3OYEA 4OPAA 4BGBA 1M1KO 3EE8A 3JSMA 4M7XA 1B92A 4RG8A 1QQNA 4BDPA 1C0GA 3HI0A 4DU1A 2FXUA 4DR1K 4DMNA 3CFPA 1IG9A 1Z05A 4DR5K 1QE1A 2HHXA 2WC9A 4FLWA 3L2UA 1HNWK 1TV6A 1RBVA 1UOCA 1DT9A 4CECA 5AQNA 4G1QA 3NGYA 1ATRA 4CJSA 4CJTA 4BRAA 4PY5A 1YTAA 2IGIA 1BQMA 1EO1A 4MDBA 4CBWA 3QO9A 1YJ9N 1Y64A 2HMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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