4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
4BROA 4ISFA 2CGJA 3BP8A 5E84A 2A40A 5B8HA 1NGGA 4CZJA 5I9EB 3H3NO 4BR4A 1XC3A 2FSNA 4FWRA 4XH1A 1ESVA 2QWRA 2VCPA 4CZGA 1T6DA 2HF3A 3CI5A 5BREA 3WXKA 1NGJA 5FPNA 1HJOA 2E20A 3L4IA 2ITMA 3GDQA 4RCHA 1HKGA 5AQGA 3TPQA 2P9SB 5AQXA 2D1KA 2Q97A 5ADXH 4FWPA 4A62A 5AQUA 1MWMA 5BRFA 2GWJA 4EIAA 1QQNA 5KPZA 3WQUA 1KAZA 3VOVA 2P9KA 4WQ5A 4H5TA 4BRPA 4FWOA 1ATNA 2DPNA 3OHRA 4DCHA 4CBXA 1JCFA 3VEWA 4BRIA 4FO0A 1OKJA 2CH5A 4NO7A 4CBWA 4XEIA 2P9PA 4BG8A 4FWSA 3RSEB 1GLCG 2CH6A 1MWKA 1Z6RA 4H0OA 2EWSA 3VERA 1ATRA 2VYPA 4H0XB 2WUSA 5AQJA 4PKGA 4BRAA 4O5FA 3JS6A 1IG8A 3QFUA 4BR9A 1U6ZA 2A5XA 2VWBA 3VGMA 4H03B 1U2VA 1Q18A 5KQ8A 4RWTA 4IJNA 4BREA 3FGUA 2GUPA 2HMPA 3O5BA 4CZKA 3GL1A 1V4SA 3VGKA 4A2AA 4B1WB 4E1JA 4F9OA 4GNIA 2P9IA 3EL2A 1ATSA 2D0OA 3QMLA 4BC5A 3VEVA 2P9KB 2GEMA 4J8FA 3W3DA 1NM1A 3HSCA 1NMDA 4H5NA 3UKUA 4BR2A 5AQOA 3B8AX 1V4TA 4HTLA 1RDWX 3AY9A 3ENOA 4BR0A 2Q0RA 2P9PB 3CJ7A 2QM1A 4MO5A 3LM2A 4MO4A 4Y0WA 2E1YA 5EOYA 3AAQA 3EKSA 3CQYA 3ZX2A 4B1UB 3WEEB 5EVZA 2QWMA 2YJEA 2PAVA 3ATUA 4H0PA 5FPDA 5AQWA 3IFRA 1YAGA 3SMSA 3CQXA 4A2BA 3MN5A 2P9SA 1YVNA 1DGKN 3QBXA 4FWQA 4I6MA 1ZXOA 1NGDA 3VF6A 3MMVA 5AZJA 4PL8A 2QW9A 1HKCA 1QZ5A 2F9TA 1YUWA 5AQZA 3D7EO 4B1ZA 4FOEA 5AFUA 3M3ZA 1K8KA 3H3OB 4PKIA 5AQSA 1S22A 4CZHA 2QWOA 2F9WA 3IUCA 4M63C 4CBUA 2A3ZA 1HX1A 5BRHA 2P9LB 2E2OA 4WYBA 2AA4A 4H0TB 4AM7A 3H1QA 3U9DA 2ZGYA 3L0QA 3CJAA 5JLHA 1EQYA 1R59O 5AQRA 4CZLA 3I8BA 3QICA 1BA0A 1NGEA 4IXCA 1HUXA 4FPAA 2W41A 4L3QA 4H5WA 5JMVA 2A42A 1RFQA 2YCHA 5F1XA 3IDHA 5F2RA 2KHOA 4B1YB 4I6MB 3SK3A 3A5LC 2E8AA 5AZJB 4H5RA 3QBWA 3A0IX 3LM9A 4KBOA 3BEXA 5AQTA 3U8XA 1NLVA 2QWQA 4BC4A 2IVPA 3W0LA 1NGIA 3VEXA 4LC9B 4BC3A 2OANA 2Q0UA 1SAZA 3CIPA 3FZFA 4B1XB 1K8KB 2P9UA 2E88A 3VETA 4H5VA 4YDUA 5LJWA 3CJ1A 3O4WA 2QWNA 4JHDA 3R8EA 2A41A 1QHAA 3VPZA 3AARA 4WQ4C 3FE1A 2E2NA 3GOIA 4FPBA 4JAXA 4BRGA 2V51B 3WEEA 1NBWA 3MCPA 3FZKA 1GLFO 4JN4A 4K25A 1BWFO 3KHYA 1QZ6A 1XUPO 3U9ZA 4BRFA 3LDPA 2Q1NA 3M6GA 3ZX0A 1ZBSA 3D2EA 4EAHD 3CERA 2YHWA 4JD2B 2IVNA 1G99A 1LCUA 1CZAN 1QQMA 2GWKA 2NRHA 3G25A 5AQQA 3BF1A 3CETA 1D4XA 3KVGA 3ATVA 3MN9A 1E4FT 3DAWA 4GY2B 4NB4A 1BO5O 1TUYA 1HLUA 1BG3A 3H6EA 1NGCA 3ENHA 3IMXA 3EO3A 3FZMA 1C0GA 3UKRB 2P9UB 5AQFA 2H3GX 2P9LA 5AQVA 4BVOA 4JHDB 1Z05A 4FL9A 2Q31A 3EZWA 2I7PA 3A5OC 5AQYA 5KPTA 1SZ2A 3BUZB 3WT0A 2ASPA 3HM8A 3FFKB 3DXKB 2YJFA 3QB0A 4CD3A 4HWIA 1ZC6A 3A8YA 5AZIA 4WQ4A 5JICA 4BC2A 5LJVA 2ASMA 2CGLA 5AFUH 2ZF5O 4EHUA 1YXQA 3HZ6A 3D2EB 3O08A 4MLEA 3CHWA 3H1VX 5ELZA 4K41A 2BUPA 3I33A 3MK6A 2FF3B 2I7NA 4FWKA 4PKHA 3VF4A 1RGIA 5AQMA 3R6MA 3DJCA 4FSVA 2QXLA 4MLHA 1WOQA 2FXUA 3MN6A 4BR7A 1NGBA 1WUAA 3DXMB 3QFPA 3ZX3A 3L6QA 5CE3A 3MN7A 3FZHA 4BRCA 3WQTA 2D0PA 3HBTA 1X3MA 3VEZA 2NLXA 1H1VA 4BVPA 4K42A 5AQNA 4CZIA 3DWLA 2Q2RA 3O80A 5EXWA 1X9JA 5FPMA 3A5NC 5EX5A 1GLDG 3WXJA 4BR5A 5BN8A 1BUPA 1NGHA 2HOEA 3C0BA 3WXIA 3KZBA 4FWMA 3D2FA 3C7NA 3ID8A 4M7YA 4BRNA 1GLAG 4ISEA 2E1ZA 3LDLA 4B1VA 4Z94A 3EKUA 3CJBA 5AZIB 3ZEUA 2D4WA 1IJJA 4JD2A 2GTDA 4B9QA 3GG4A 3TU5A 2FLOA 3FR0A 5TKYA 2GELA 4BRKA 1GLEG 3CJ9A 1E4GT 2A6AA 3U4LA 4BRDA 3O6WA 3LDOA 4FWNA 2QWPA 3VENA 3UKRA 4FWLA 3H45C 3ZETA 1TYQA 1JCEA 2Q36A 3SLCA 3AAPA 1XQSC 4DB3A 1KAXA 3O1WA 5AQPA 4K43A 2E2PA 2YHXA 1BA1A 1MA9B 3F9MA 4AM6A 3VGLA 3DXKA 2ZGZA 3D2FB 4DQ8A 1LOTB 3C7NB 5AQLA 3GBTA 5BRDA 4QS7A 5ADXA 3CJCA 3LDQA 4CJ7A 1J6ZA 3R9PA 1NGFA 3ZEUB 2P9NA 5AQKA 4IJAA 2HF4A 1T6CA 4A61A 4JNEA 2IIRA 3VESA 4BRLA 1S3XA 5AQHA 5KQDA 4RTFD 4O8KA 2ASOA 4ISGA 3BF3A 3P4IA 4PL7A 3ULEA 3VEOA 3DXMA 4IO8A 5AQIA 3FLCO 3JXUA 5EY4A 4IWVA 5FPEA 5BPNA 4C23A 5F0XA 4H0VB 3ZETB 1QQOA 1TYQB 1P8ZA 3O8MA 5BPMA 1NWKA 3SJHA 4BRMA 3UB5A 5AR0A 1NGAA 1C0FA 5BPLA 2YI1A 1BOTO 3WXLA 2FSJA 3QDKA 4CD1A 1T44A 2UYTA 4CZEA 4BGBA 4BG9A 4EFHA 1JCGA 3GE1A 2YHYA 4BRHA 2CGKA 1DKGD 3VF2A 1SQKA 3MDQA 1DEJA 2AP1A 1BU6O 2PBDA 2NZTA 3FZLA 3WUHA 2P9NB 3LL3A 1BDGA 1KAYA 3HTVA 4BQZA 2W40A 3O1BA 2J4RA 1MDUB 4QS8A 4H0YB 3LDNA 5KPRA 4BRQA 3HI0A 3VEYA 2V7YA 1X3NA 3ULEB 2V7ZA 4BQLA 3M1FA 4IZ9A 3J8AA 4QS9A 5E26A 1GLLO 1HPMA 2QWLA 2ZWHA 5JLFA 5BN9A 4WQ5C 1HKBA 1U2VB 4DHYA 1GLBG 3S41A 4BGAA 4CZFA 3A5MC 4EHTA 1GLJO 4XH5A 2FSKA 4YDUC 5BR9A 1KXPA 2IVOA 2V52B 4CZMA 3EN9A 3H46O 2P9IB 1TUUA 4XH4A 4M7XA 3SMPA 1Y64A 4CI6A 2FF6A 3UE5A 4FOIA 3RSEA 5LY3A 3UKUB 2E2QA 2BTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BROA 4ISFA 2CGJA 5E84A 1HR0K 2OA8A 3TAMA 5I9EB 3CCQN 2FSNA 4K0KK 1IG9A 1ESVA 2QWRA 2HF3A 4CESA 3WXKA 2E20A 2ITMA 3V4IA 1ITGA 2PY5A 3IRXA 3SAFA 2RHKA 4A57A 5GIOA 2Q97A 4FWPA 1KQSM 5C24A 3CCUN 5M1FA 1RDUA 1W2BM 1JLGA 4EIAA 4O5BA 1QQNA 5KPZA 2P9KA 4C8NA 1YTUA 4FWOA 4PHTX 1ATNA 4Q0BA 3CXCM 2QK9A 3TAEA 1IH7A 3MEDA 1J53A 4XEIA 3LPUA 3M8RA 3WNGA 3CYMA 2WTUA 1NJWA 1GLCG 1WSFA 2CH6A 1X9MA 2DY4A 4DTJA 4N76A 3VERA 4FJLA 4LF6K 4YHHK 2HVHA 2YHAA 5AQJA 3PX4A 3O9SA 2NRXA 1U6ZA 2A5XA 4X65K 4WFBL 1KD1O 3HK2A 1U2VA 5KQ8A 4CIGA 3SUNA 3IG1A 1Y97A 1K6YA 3VGKA 2XY7A 1X9WA 1KRPA 1VK0A 3SV3A 1NJIO 3H08A 2YHBA 3AVKA 3F5TA 3QIPA 3ITHA 1M90O 3VEVA 2P9KB 1N36K 2GEMA 1XI1A 4JI5K 1NMDA 4H5NA 4BR2A 2YNGA 1V4TA 2B5JA 4HTLA 1RDWX 4CJ3A 4BR0A 4MO5A 2UU9K 2E1YA 1N5YA 4KTZA 3AAQA 4CW7B 3EKSA 4Z4EA 1U47A 1RTJA 4EZ9A 1TK0A 3K9JA 4JI0K 4A2BA 3ID6A 4CFAA 3ASMA 3QBXA 3G6EN 1J5OA 4I6MA 1RTHA 5AZJA 3SCXA 3TANA 2QW9A 2ETJA 3CCJN 4C8KA 5AQZA 3D7EO 4JKCA 4CF1A 4A5AA 4FLYA 2GBZA 3HM9A 4CZHA 1EETA 1NU0A 1NK8A 3WXMB 4NYNA 1B9DA 1MU2A 1VRUA 2ZE2A 2AA4A 4M3ZA 1S1UA 2HNZA 2NNWA 4AM7A 3U9DA 1Z26A 4DTNA 4CJQA 3L0QA 3RR8A 4FJMA 3J7AP 1NK7A 1WSIA 4ICLA 4LD0A 1KLNA 3I8BA 4FZZA 4IXCA 3P38A 1GOCA 4H5WA 2OTLN 4UQGA 4WCEL 3IDHA 1LWCA 5F2RA 4YOWA 3QERA 2KHOA 4B1YB 4I6MB 2E8AA 1CLQA 5AZJB 4H5RA 2HHVA 4DQQA 3LM9A 4JKBA 4OPAA 1C1BA 3MCAB 5FRNA 4HUFA 4B3SK 1XMQK 4BC3A 1WAJA 4G1QA 4LC9B 2OANA 1KVAA 3VEXA 2HBKA 3FZFA 4B1XB 2P9UA 4CHYA 3ULDA 1N6QA 5I3UA 5C2DA 3AARA 3DOKA 1OVYA 4CERA 2GX9A 3B6PA 1RT2A 4JAXA 1KLMA 3MXJA 2V51B 3MCPA 4H8KA 3FZKA 1REVA 1B9FA 4K25A 4O0JA 1Q81O 2XY6A 1UAXA 2E4LA 3AVAA 5M1PA 4JK9A 2Q1NA 3ZX0A 1ZBSA 3CERA 5KTQA 2YHWA 3CMAN 4J2BA 4YOUA 3V1OA 1RBVA 4O44A 5IT9O 3BF1A 4EZ6A 1VQ7N 3DAWA 3V9UA 1OVQA 2DFFA 1HLUA 1NG9A 4N41A 1VQ5N 1NGCA 3QNOA 3ENHA 3IMXA 3EO3A 4KFBA 2XY5A 3TWHA 4ELUA 4CGIA 4FK4A 3FZMA 1C0GA 1VQMN 4KB1A 2P9UB 2P9LA 1TV6A 4DU4A 2OCEA 4F4KA 3PLAA 4DFJA 4FL9A 4TSXA 3EZWA 3A5OC 5AQYA 3MAQA 1RDDA 1HNVA 3HM8A 1EP4A 1U49A 3DXKB 3QB0A 2JGUA 4CD3A 4AHCA 1VAZA 4DSEA 1LW0A 1R0AA 5GADP 3CCSN 4RG8A 2CGLA 1VSJA 2ZF5O 4EHUA 3H1VX 4DLGA 5SZTA 1ZBUA 3VF4A 5AQMA 3U3GA 1T03A 1DLOA 2O4IA 3CG7A 4MLHA 4DQIA 3NVKA 1X1PA 4OKKA 1WUAA 5CE3A 3L6QA 3HOTA 4BRCA 2D0PA 1X3MA 1VSLA 3ZT0A 2KKZA 1WSHA 4NCGA 4K42A 4KH4A 1RDCA 5LJWA 1X9JA 3WXJA 2VG5A 3E9LA 2O8EB 1NGHA 2HNDA 3VQ8A 3TI0A 4C1NI 1TL3A 4FWMA 3D2FA 3OYLA 4YORA 4WF9L 4KHNA 5JS1A 3SZ2A 3LDLA 4NXMK 2F96A 2VQFK 4B1VA 3T3FA 3EKUA 3ZEUA 1JKHA 4F2RA 3AVGA 1IJJA 3PUFA 4JD2A 4JI2K 3MXIA 3GG4A 4CJ5A 2FLOA 4OPKA 3VA0A 4FJ9A 2O8BB 5KRSA 4BRKA 4CECA 1E4GT 2A6AA 4BRDA 3F2KA 3O9TA 4Y1DA 4FWNA 5D3GA 1IKWA 1TYQA 3HP6A 1JCEA 2NRTA 3K5OA 1P90A 2Q36A 4I2PA 3NMUA 4GKKK 3LZJA 3TABA 4Z4FA 1KAXA 1XHXA 4F8RA 3DM2A 4DV5K 4K43A 2E2PA 2YHXA 3J81O 1BA1A 3F9MA 2ZGZA 4FVMA 3D2FB 3OYFA 4FM0A 1FJGK 5BRDA 4QS7A 5CR4A 3CJCA 4NLCA 3NVMA 2IC3A 1J6ZA 3ZEUB 2P9NA 4LF8K 3IKMA 4BWJA 4L8RB 3L3VA 3VESA 5C42A 1O13A 4FJGA 3VN5A 4RTFD 1SKSA 4ISGA 4FYDA 3VTIA 4B08A 4CCHA 4DSKA 4AHVA 3FLCO 5C0YA 4IWVA 4DG1A 5BPNA 1VSKA 3CCRN 1QQOA 1TYQB 1P8ZA 3V6DA 4CEZA 1IBKK 1NWKA 2G8VA 4LF7K 3D6RA 1C0FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BRO A;  4ISF A;  2CGJ A;  3BP8 A;  5E84 A;  2A40 A;  5B8H A;  1NGG A;  4CZJ A;  5I9E B;  3H3N O;  4BR4 A;  1XC3 A;  2FSN A;  4FWR A;  4XH1 A;  1ESV A;  2QWR A;  2VCP A;  4CZG A;  1T6D A;  2HF3 A;  3CI5 A;  5BRE A;  3WXK A;  1NGJ A;  5FPN A;  1HJO A;  2E20 A;  3L4I A;  2ITM A;  3GDQ A;  4RCH A;  1HKG A;  5AQG A;  3TPQ A;  2P9S B;  5AQX A;  2D1K A;  2Q97 A;  5ADX H;  4FWP A;  4A62 A;  5AQU A;  1MWM A;  5BRF A;  2GWJ A;  4EIA A;  1QQN A;  5KPZ A;  3WQU A;  1KAZ A;  3VOV A;  2P9K A;  4WQ5 A;  4H5T A;  4BRP A;  4FWO A;  1ATN A;  2DPN A;  3OHR A;  4DCH A;  4CBX A;  1JCF A;  3VEW A;  4BRI A;  4FO0 A;  1OKJ A;  2CH5 A;  4NO7 A;  4CBW A;  4XEI A;  2P9P A;  4BG8 A;  4FWS A;  3RSE B;  1GLC G;  2CH6 A;  1MWK A;  1Z6R A;  4H0O A;  2EWS A;  3VER A;  1ATR A;  2VYP A;  4H0X B;  2WUS A;  5AQJ A;  4PKG A;  4BRA A;  4O5F A;  3JS6 A;  1IG8 A;  3QFU A;  4BR9 A;  1U6Z A;  2A5X A;  2VWB A;  3VGM A;  4H03 B;  1U2V A;  1Q18 A;  5KQ8 A;  4RWT A;  4IJN A;  4BRE A;  3FGU A;  2GUP A;  2HMP A;  3O5B A;  4CZK A;  3GL1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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