4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
5AR0A 1X9JA 1NGHA 2ASOA 4K42A 2FLOA 4L3QA 1C0GA 3WXKA 2BTFA 3WEEA 2V7YA 2ZGZA 3QDKA 4XH1A 3VF4A 1HLUA 3DXKB 2QM1A 4EAHD 3C7NB 1HKBA 5LJVA 1NGJA 4MLHA 5KPZA 4H0YB 4WQ4C 4FOEA 2Q36A 4A2AA 3FFKB 2QWRA 1IJJA 4BRIA 1NGCA 4BRGA 2P9NB 5AQPA 4PKGA 3MN7A 2ZF5O 4QS8A 5AZJA 1NGBA 5E84A 4RTFD 3U4LA 4DCHA 2AP1A 2OANA 4F9OA 5AQHA 4I6MA 4ISEA 4EHUA 4BROA 2HOEA 3SMSA 3ZETA 5AQIA 4B1VA 5KPRA 4JHDB 1XC3A 3EKSA 5AQLA 2D0OA 3SK3A 1QZ6A 1HUXA 3FZHA 2P9LB 4FWOA 4PKHA 5AQJA 2A42A 4CI6A 3WQTA 1YUWA 4FWNA 3EZWA 1KAZA 4E1JA 3LM2A 1QQNA 2CH5A 4CZGA 4JD2A 3VGMA 2Q2RA 3BEXA 3EL2A 2V52B 3O1BA 2GWJA 3WEEB 4YDUC 4FWPA 2VWBA 4FWKA 3F9MA 3D2EA 2IVOA 3H6EA 3VGLA 4DQ8A 2HF4A 2ASPA 4B1WB 3CQYA 5F1XA 1XUPO 1LCUA 4ISFA 4JAXA 1GLDG 3HI0A 1EQYA 3IFRA 3M3ZA 1QQMA 4FWSA 1ATNA 5AZJB 1MWMA 3A5NC 1RFQA 3GOIA 1NGAA 3VETA 2E2OA 4WQ4A 4J8FA 4I6MB 4BR0A 1MDUB 4BVOA 4CZLA 2QXLA 2V7ZA 1DGKN 1BWFO 4NO7A 5ELZA 2VYPA 1U6ZA 3AY9A 3UE5A 3CI5A 3JS6A 4WQ5C 5BN9A 3VENA 5EOYA 5ADXA 3UKUA 3O80A 2CH6A 3VEYA 3L0QA 4BRPA 4FWLA 1J6ZA 4M63C 4CZFA 2IVNA 4GY2B 5FPDA 1NM1A 5LY3A 4JD2B 1T6DA 1NMDA 3O6WA 4MLEA 3GBTA 1GLLO 4H0PA 3C0BA 3D2EB 3MDQA 2ASMA 5BPMA 2Q97A 4FWMA 1BU6O 3IUCA 5AQFA 2V51B 2QWMA 3IDHA 1BDGA 4LC9B 5AQXA 4YDUA 3ENOA 5JMVA 4ISGA 4BRKA 1TYQA 4JN4A 3WUHA 1GLCG 4EHTA 3RSEA 5LJWA 2E1ZA 2Q31A 4RWTA 2QWQA 2YHYA 4CBUA 1HKCA 4H03B 5JICA 3MN9A 2NZTA 2ITMA 2CGJA 2F9TA 1ATSA 4H0TB 5AQTA 3CJ9A 3LM9A 3WXLA 4O8KA 2QWNA 2D4WA 3FZLA 3HM8A 5AQNA 3W0LA 3LDNA 3QFUA 3UKUB 3CQXA 5KQ8A 3FZKA 1ZBSA 1T44A 2H3GX 3A5LC 3VEOA 4FWRA 1E4GT 1OKJA 4CBXA 4WQ5A 1RGIA 1G99A 2FXUA 5FPEA 2GEMA 3H3NO 1E4FT 2E88A 4BRQA 3ZX2A 3DAWA 3H45C 3VF2A 2HF3A 4H5TA 3D2FA 1CZAN 1TYQB 2A3ZA 5EX5A 2E8AA 2QWPA 3VEVA 4BGBA 3O4WA 2NLXA 3LL3A 3FZMA 3WT0A 2W40A 5FPMA 4BG9A 3QBWA 3R9PA 4CD3A 3O8MA 2Q0UA 4FO0A 5AQUA 2I7NA 4O5FA 3VEWA 2GWKA 3MCPA 2HMPA 3S41A 4C23A 1WOQA 3ZX3A 4EFHA 2ZGYA 4BR4A 3EO3A 5E26A 2IIRA 5EY4A 3VF6A 4H0OA 1NGFA 3GL1A 4IZ9A 2FSNA 1NGGA 1Z6RA 3FR0A 5BRFA 3A8YA 5AQKA 3M1FA 4WYBA 3BUZB 5JLFA 5KPTA 4Z94A 2P9UA 3SLCA 4CZJA 4IJNA 1ESVA 2CGLA 1K8KA 4BC3A 4FWQA 2EWSA 3CJBA 5BRHA 1NGEA 1TUYA 5BN8A 3D2FB 3QICA 1DEJA 1JCEA 2P9IA 3ATUA 3VESA 4QS9A 3EKUA 2NRHA 5AFUA 3TU5A 3ZETB 3BF1A 3VEXA 1MA9B 4CJ7A 4DB3A 3FGUA 3QB0A 1SZ2A 1XQSC 3DJCA 3VPZA 4AM6A 4BRFA 3MN6A 2KHOA 3DXMA 1ATRA 1GLEG 5EXWA 5AZIA 2PBDA 3M6GA 1U2VA 1SAZA 3SJHA 4BRMA 4H0VB 4BRLA 4K41A 4CBWA 1NGDA 3VERA 4CZIA 4B1ZA 1Q18A 1HJOA 2IVPA 3A0IX 1HX1A 4B1UB 3AARA 3OHRA 3L4IA 2QWOA 2P9UB 4FOIA 5F2RA 2D1KA 3MK6A 2YHWA 3CJCA 4FSVA 5AQWA 4BR2A 1BOTO 1K8KB 4BRAA 4NB4A 4BR7A 1R59O 4EIAA 3CJ1A 3O08A 3ULEA 1QQOA 1YAGA 1Z05A 4IO8A 1WUAA 3TPQA 3HBTA 3A5OC 2YI1A 2Q1NA 1LOTB 3WXJA 3B8AX 5BRDA 2P9IB 3P4IA 3AAPA 5AQMA 5AQZA 1V4SA 5AQOA 1IG8A 4B1XB 1GLAG 3UB5A 2A6AA 5BR9A 2ZWHA 2F9WA 2E2QA 4DHYA 3LDQA 3HZ6A 4Y0WA 2YJFA 5ADXH 2I7PA 1X3MA 3H3OB 5AZIB 4JNEA 4H0XB 4H5VA 4BVPA 1U2VB 4BQZA 3ZEUA 4CZHA 3U9DA 4CZKA 2YJEA 1GLBG 2A40A 3CIPA 3CETA 3GDQA 3LDOA 4BRDA 1X3NA 4M7YA 5FPNA 4HTLA 1D4XA 3QMLA 4XH4A 1ZC6A 4MO5A 4A61A 4HWIA 4BR9A 1BA1A 3U8XA 4BC4A 5AQGA 1GLJO 3ULEB 2E1YA 3KHYA 3RSEB 3LDLA 2CGKA 1P8ZA 3ENHA 5AQSA 4XEIA 4CZEA 2FF6A 2QWLA 5AQQA 1KAYA 3CJ7A 4RCHA 1RDWX 1BG3A 5AQYA 5BPLA 4K25A 2QW9A 3BF3A 1H1VA 2E2PA 4PL7A 5BREA 3R6MA 2P9PA 1S3XA 2VCPA 2GELA 3W3DA 4IXCA 5AQVA 3R8EA 2FSJA 3CHWA 3ZEUB 3QFPA 2UYTA 3VOVA 3O5BA 4BG8A 4FPBA 3H1QA 4AM7A 3I8BA 1NBWA 1QHAA 2P9SA 4MO4A 3J8AA 5EVZA 4PL8A 4B9QA 1QZ5A 2AA4A 1T6CA 1ZXOA 3H1VX 4BREA 1NGIA 1Y64A 4H5NA 1DKGD 4K43A 1NLVA 4BC2A 5F0XA 2A5XA 3ATVA 2YCHA 3IMXA 1TUUA 3A5MC 5TKYA 1MWKA 3KVGA 3GE1A 3WQUA 1HPMA 2E2NA 3FE1A 4IJAA 1BO5O 5AQRA 4BQLA 2J4RA 2W41A 3UKRA 1HKGA 4BRCA 3O1WA 2DPNA 2Q0RA 1KAXA 3QBXA 2P9PB 2P9KA 4PKIA 2YHXA 3U9ZA 3GG4A 3H46O 1NWKA 4CZMA 3EN9A 3MN5A 2D0PA 1JCFA 4BR5A 3FZFA 3DWLA 4A62A 3G25A 4M7XA 2P9SB 3FLCO 2GUPA 1GLFO 1SQKA 4CD1A 3CERA 1S22A 3VEZA 3ZX0A 4BRNA 4A2BA 3DXKA 4H5RA 3JXUA 3VGKA 5BPNA 3C7NA 3WXIA 3LDPA 1YVNA 3AAQA 1YXQA 1C0FA 4FL9A 2E20A 1BUPA 5AFUH 4BGAA 2FSKA 5KQDA 2WUSA 4BC5A 1KXPA 2P9NA 4BRHA 3UKRB 4GNIA 3HSCA 3MMVA 2FF3B 3DXMB 3HTVA 5JLHA 4IWVA 5B8HA 3D7EO 4H5WA 2BUPA 3CJAA 3BP8A 4QS7A 5CE3A 2P9KB 3ID8A 3SMPA 2GTDA 4FPAA 2A41A 3I33A 5I9EB 4JHDA 1JCGA 2PAVA 3L6QA 4XH5A 4B1YB 2P9LA 1V4TA 4KBOA 3KZBA 1BA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X9JA 1NKBA 2ASOA 4DKWA 2FLOA 4JI2K 2ATQA 1C0GA 1SL2A 3WEEA 4A57A 3VF4A 4X64K 2VGMA 4EAHD 4IDKA 4BDPA 5KPZA 1I39A 3ZSWA 4FOEA 3CC2N 4OKEA 4Z4HA 2HHVA 3LPTA 1VK0A 4BRIA 5A2QO 4BRGA 4M42A 4PKGA 3MN7A 4FJ8A 5GAGP 4QS8A 3CMEN 2A1SA 1NGBA 4FM0A 1JLFA 3U4LA 4I6MA 4ISEA 4CJTA 4BROA 2HOEA 4M3ZA 4CK2A 1NKCA 5AQIA 4B1VA 3CG7A 4JI6K 3EKSA 4JK8A 3HK2A 3G4SN 1VQNN 2Y1IA 3M5RA 2UU9K 1X1PA 3HRGA 1SL1A 3NFAA 1QQNA 4JKHA 3ZT3A 4JD2A 4CEDA 2ZJRL 3O1BA 3DRPA 3WEEB 4FWPA 4CIFA 4M45A 3VTHA 4PHTX 3F9MA 4N56A 1BI4B 5CYQA 4N76A 2OTJN 3H6EA 4DQ8A 1U04A 2ASPA 2HMIA 1KQSM 5F1XA 3KLGA 4M3XA 3K5MA 2Z1IA 1VSJA 4DS5A 4OLAA 1UWBA 3M3ZA 4DR1K 1MWMA 1NGAA 3VETA 3TAFA 1XMQK 4I6MB 5DMRA 4CHNA 1MDUB 4BVOA 3TAEA 4KHWA 1T8EA 2NRRA 1BWFO 5ELZA 1HYZA 1U6ZA 3UE5A 3JS6A 4WQ5C 4ILHA 1C0MA 1TGOA 3B6PA 4AF1A 3V1OA 5FLXO 3L0QA 4V19S 4BRPA 4FWLA 1ZBLA 5FPDA 1NM1A 5LY3A 2YNGA 5SZTA 1HNXK 3RR7A 4JD2B 1NNEA 2GX9A 4MLEA 3QESA 3GBTA 1GLLO 2F7TA 4BDZA 3O9QA 3G0ZA 4W5TA 3MDQA 4C8OA 4GKKK 2ASMA 2O4IA 5AQFA 4OX9K 5JMVA 2XHBA 3QEXA 3KK2A 3MWPA 3AVBA 1IKWA 3HVTA 3RSEA 3VQEA 1QE1A 4KV8A 2HW3A 1EWRA 4OGEA 2QWQA 3ZLJA 4CBUA 4H03B 2DFHA 3DRSA 1D9DA 2NZTA 2CGJA 2F9TA 1CZ9A 4H0TB 4OGCA 5AQTA 4Z0UA 4DU1A 4LF8K 4F8RA 3TAMA 4JI1K 3HM8A 5AQNA 4NCGA 4CF2A 3T1HK 3WNEA 3ULDA 5KQ8A 3SUNA 4CJEA 3VEOA 1YTAA 3HSTB 1VQKN 3MEEA 3P38A 3DLHA 4JKCA 4H4OA 2OPSA 3K5OA 5M1FA 1G99A 3RR8A 5FPEA 3H3NO 3VA3A 2E88A 1JJ2M 3TAGA 1KFDA 4YORA 3DLGA 1HJRA 4A59A 1VSIA 3SQ1A 4YFUA 3OBYA 3ZSRA 2JGUA 5CHIA 5DK5A 3TSPA 2WTUA 2QWPA 3LPUA 3VEVA 5HROA 5CZ2A 3TSQA 4OKKA 3KK1A 3LZIA 3QBWA 4CD3A 1JXEA 3O8MA 2Q0UA 3TAPA 2P5OA 4FO0A 3TAQA 4EZ6A 4CIGA 2ZE2A 3OA9A 4KKOA 3RWUA 2YKMA 3S41A 1WOQA 3HPHA 4DV5K 3ISNC 4NYNA 4HUEA 4FK0A 3AVJA 5E26A 4CHZA 2R7YA 4FJHA 1YTUA 1L3TA 1NGFA 4DSKA 4LFBK 1J5EK 3N4QA 1JXBA 3OYJA 1S5JA 4IBNA 3OTOK 4FLYA 3U3GA 2CGLA 4E89A 1WSIA 1N36K 4GVEA 4CFAA 3SAGA 4B9VA 5BRHA 1DEJA 1K6YA 1JCEA 2RN2A 3EKUA 2O8FB 4E19A 5AFUA 2HHWA 3CC7N 1BCOA 3UIQA 3BF1A 3VEXA 4CJUA 4AM6A 2DTUA 2QEXN 2GUIA 1QS4A 3DXMA 1ATRA 1XHXA 1BQMA 3AA3A 3SJHA 4BRMA 1K73O 2ZQBA 4BRLA 4A5AA 4DTRA 5J2NA 2IVPA 1HX1A 3NGZA 5LL6Z 5C42A 4FOIA 3M8SA 5AQWA 3K57A 1VRUA 4CVNE 1R59O 3CJ1A 1QQOA 4IO8A 3V81A 4HUGA 3TPQA 4HHTA 2YI1A 1KLMA 3EEQA 1DLOA 3P4IA 3AAPA 4E1NA 1V4SA 2OPPA 4FK4A 1IG8A 3C95A 2Z1JA 1N33K 3NDKA 3NE6A 2A6AA 3SV4A 4CEAA 4Y0WA 2VG7A 5C2FA 1YF5L 1N34K 4JNEA 4H5VA 4EP5A 2QA4N 1JLBA 1VQMN 3C6AA 1SKWA 1TK5A 3MECA 3U3YA 4AILC 3SUPA 1JLCA 3OY9A 4CE9A 2A40A 4YNQA 1NK6A 1X3NA 2PY5A 4XH4A 3C6UA 2ZJQL 5FRNA 1NOYA 3CF5L 2YX6A 4HWIA 1X9MA 4BC4A 3U6FA 2E1YA 3KHYA 3ZT2A 3AA4A 3ID6A 3TSUA 2NUBA 3OJSA 4KHQA 4CHQA 2QWLA 4E7JA 4E1MA 3KLIA 1RDWX 1RTIA 5BPLA 1VRTA 2NNWA 1TK0A 3BF3A 2E2PA 4PL7A 1VQ6N 4B9SA 4R79A 3R6MA 4CHPA 3KKSA 1S3XA 3CCSN 1TL3A 3F5TA 1VQ9N 1RDUA 3EZ5A 4DTJA 3H1QA 4WFNL 1RBUA 2I5JA 4OPKA 3K0SA 3N4PA 3BY5A 1YJ9N 4CGGA 4MO4A 4M3YA 2XY6A 1NGIA 4HCBA 1DKGD 2GV9A 4K43A 3WXMB 4FJ7A 3ZCMA 3OYDA 3MCAB 2BANA 3WNFA 2JWKA 5TKYA 4FLUA 3WQUA 4WCEL 4B3RK 2E2NA 4KB0A 5HL7L 4IJAA 3L3VA 3K58A 4GV6A 5IWAK 2W41A 2HVIA 4B8CA 4IOAL 1C6VA 4DV3K 2KLAA 4CFDA 1KAXA 2KZMA 4ZHRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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