4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
2YI1A 2E2OA 2I7NA 3O08A 3UB5A 1GLFO 3H3NO 4KBOA 4PL8A 3D2EA 3DXMB 3GG4A 3LM2A 3WXJA 3WT0A 4H0OA 4FWOA 2GWKA 4IO8A 2QWMA 4WYBA 3O80A 1KAYA 3VPZA 3MN6A 1RDWX 3KHYA 4BVOA 3A8YA 1ATNA 1T44A 3GE1A 2NZTA 4FL9A 3D2FA 3VETA 1BA1A 1XC3A 4H5VA 3QMLA 1BUPA 3VENA 1HJOA 4BR5A 4I6MA 4K43A 3AAQA 2BTFA 1NGAA 2FLOA 5AQPA 3LDOA 5BRDA 1E4GT 5AQZA 5KPTA 3CJCA 4BRDA 2GTDA 4O8KA 3FGUA 4B1VA 4BG8A 3ZEUB 2ASPA 1S22A 3U4LA 2E2QA 3TU5A 2FF6A 3EZWA 1BOTO 4XH4A 1ZBSA 3HSCA 4WQ5C 4BG9A 5JLHA 4B1XB 4FWKA 3VGLA 5EX5A 3WQUA 3ZETB 3J8AA 1CZAN 5AZIB 4NB4A 1H1VA 4B1YB 3FZMA 1U2VA 4BRLA 2YJEA 3H3OB 1P8ZA 4BRFA 4F9OA 2FSKA 5KPRA 2Q1NA 4FO0A 1XUPO 1BG3A 4B9QA 3ENOA 3GL1A 2Q0RA 1QQMA 5I9EB 4AM7A 3DAWA 4J8FA 2Q97A 2P9IA 4Y0WA 4FPAA 1R59O 4BREA 2IVPA 2W40A 2ZWHA 5AQVA 2IIRA 4JD2A 5AQTA 3H1VX 3A5LC 3H46O 2DPNA 4BR0A 1ATSA 1NGFA 2PBDA 3DXKA 4YDUC 1IJJA 4B1ZA 1C0FA 1S3XA 3CIPA 3MN7A 4XH5A 3ULEB 3C7NA 5FPEA 1K8KB 4FWMA 4BVPA 1Y64A 2E20A 1HKGA 5AQKA 4DQ8A 4CZKA 4EHUA 1GLLO 4FPBA 3IFRA 5AQXA 2VCPA 3ATUA 4YDUA 4BRIA 1GLAG 4BGAA 1XQSC 3WXLA 1GLEG 4BRKA 5B8HA 4FOEA 2GELA 1NGDA 2CGLA 3HM8A 5EY4A 3QFUA 1QZ6A 1NMDA 1V4SA 2YJFA 3LDNA 3ZX0A 4IJAA 2NLXA 3IMXA 5ADXA 2P9SB 4K25A 1QZ5A 1NGIA 4O5FA 4EFHA 3B8AX 4FWSA 4MLEA 2E8AA 4H5RA 3I33A 3BP8A 2P9KB 5AQSA 5AQYA 5AQFA 4CI6A 1YVNA 2P9LB 1EQYA 4CD1A 1KXPA 1JCEA 4ISEA 3TPQA 4BC3A 3CI5A 2Q2RA 2ASOA 1NLVA 2P9PA 3FZHA 3UKRB 4ISGA 4H0PA 3CJ9A 4K42A 4PKGA 5E84A 4FWRA 3UE5A 1JCFA 1T6CA 3ZEUA 3LL3A 4GNIA 1NGEA 2VYPA 1JCGA 1G99A 2J4RA 4E1JA 4BC5A 4HTLA 3WQTA 3LM9A 4H0VB 3S41A 1KAZA 1QQNA 2P9UB 5BR9A 1NGJA 3VEZA 2P9NA 3ZETA 4EAHD 3O6WA 1SQKA 5AZIA 1NGBA 3HZ6A 2E2PA 2QW9A 2CGJA 5AQJA 3QICA 4IXCA 4JNEA 3O1BA 1NBWA 1MA9B 2WUSA 1RGIA 5AQMA 3FE1A 2V7YA 3ZX2A 2FF3B 1X9JA 3O4WA 4BR2A 3ID8A 5KQ8A 3U9ZA 3WUHA 3IDHA 4BC2A 5JICA 2ASMA 1X3NA 1NWKA 3EN9A 2E1ZA 2D0OA 3A5OC 3P4IA 5LJVA 4A62A 3C0BA 4L3QA 3VESA 1DKGD 5BPMA 4WQ4C 3IUCA 3H6EA 3ULEA 4HWIA 4I6MB 4WQ5A 1K8KA 5AQIA 1MDUB 3QB0A 3O5BA 2ZGYA 1NM1A 4NO7A 3VEOA 4CZHA 3L4IA 4B1WB 3VGKA 4PKHA 3VERA 2PAVA 5AZJA 3A5MC 5F2RA 1GLBG 2HF3A 3WEEB 2HMPA 3M3ZA 4WQ4A 1TYQB 4FWPA 4DB3A 2Q0UA 2FXUA 1DGKN 4CJ7A 4GY2B 3LDLA 3BUZB 1SZ2A 2KHOA 1MWMA 1U2VB 2F9WA 4K41A 3VF4A 3VF2A 4CBWA 4H0TB 5AFUA 2UYTA 1YUWA 4CZJA 3QFPA 5E26A 5AQGA 2QWNA 2F9TA 3FR0A 3MK6A 1V4TA 4JHDB 4IJNA 2OANA 5BN8A 4CBXA 1ATRA 3MMVA 2AP1A 2HOEA 5FPDA 3SMSA 2YHYA 1LCUA 4M7XA 3H45C 3EO3A 2P9IB 4FWNA 3ENHA 4FSVA 5BRFA 1BA0A 1U6ZA 1YAGA 2P9SA 2V51B 3MN5A 3DWLA 5F1XA 3WXIA 4H5WA 3MDQA 3DXMA 2P9LA 2QWPA 2A40A 2D1KA 4LC9B 4FWQA 5LY3A 4AM6A 3SJHA 5EVZA 2AA4A 3C7NB 5KPZA 3UKUB 4JAXA 1Z6RA 3ATVA 3BF1A 4MLHA 3UKRA 1WOQA 2E2NA 2YHWA 2E1YA 3FZLA 3VEXA 4QS9A 3R6MA 3HI0A 1D4XA 5AQNA 2QWQA 4BRNA 2QWRA 2QWLA 5AQRA 3CQYA 2QM1A 3AAPA 3VEVA 5AQOA 3U9DA 1HLUA 5AQUA 2P9UA 4BR9A 5JLFA 4MO5A 4XEIA 1YXQA 1HPMA 2H3GX 1NGCA 2GWJA 3A5NC 2IVNA 4CZFA 2QXLA 1HUXA 1Z05A 3F9MA 3CHWA 1HKCA 2QWOA 2A42A 3GOIA 4A2AA 4DHYA 4FWLA 3RSEB 3MCPA 4H03B 3CJ1A 1DEJA 4EIAA 4M7YA 3FFKB 3DJCA 3U8XA 4IZ9A 4BR7A 5ADXH 3ZX3A 1GLDG 5EOYA 4JN4A 3M6GA 1HX1A 3G25A 4PKIA 1NGHA 5LJWA 2V52B 3D2EB 3W0LA 5CE3A 3JXUA 1TUYA 1X3MA 3WXKA 1HKBA 4EHTA 2Q31A 2NRHA 1BDGA 4RWTA 3VGMA 3QBXA 1BWFO 4CZEA 2P9PB 3JS6A 5ELZA 3O1WA 2YCHA 4H0XB 4CZIA 1BO5O 3EKSA 3D2FB 1SAZA 3O8MA 3VEWA 2BUPA 3GBTA 2YHXA 3KVGA 5FPNA 2GUPA 3WEEA 3R9PA 2W41A 1TYQA 2P9NB 3M1FA 4A2BA 3VF6A 5AQWA 5BPLA 5F0XA 1ZXOA 3W3DA 3EKUA 1GLJO 3HTVA 1ZC6A 2I7PA 1ESVA 4BRHA 4IWVA 4RCHA 1NGGA 4BR4A 4BRCA 5BREA 4B1UB 3GDQA 3LDQA 3L0QA 3I8BA 4JHDA 3AARA 3LDPA 4BQLA 4FOIA 3CJ7A 3FZFA 4RTFD 3SLCA 1E4FT 4CZMA 4BQZA 2FSNA 3OHRA 2E88A 4BRAA 4DCHA 1QQOA 3MN9A 1OKJA 2CGKA 4CBUA 4BRPA 4BGBA 4QS7A 3FLCO 4BROA 2EWSA 1Q18A 5BPNA 3D7EO 1TUUA 1LOTB 5EXWA 4A61A 3VEYA 4H5NA 5BN9A 3UKUA 1C0GA 1QHAA 1BU6O 4CD3A 4JD2B 1MWKA 1WUAA 4QS8A 3SMPA 3EL2A 5JMVA 2ZGZA 5AQLA 5AQQA 2IVOA 4C23A 2HF4A 3QDKA 2CH5A 2D4WA 1T6DA 1J6ZA 2P9KA 4ISFA 5AZJB 3DXKB 2V7ZA 3L6QA 4BRMA 4MO4A 3CERA 3H1QA 3CJAA 2ITMA 4CZGA 2A6AA 4PL7A 1GLCG 5BRHA 3QBWA 3KZBA 2VWBA 2FSJA 4H0YB 1KAXA 3CETA 2CH6A 5TKYA 4CZLA 2A3ZA 3BEXA 2D0PA 4Z94A 3CQXA 2A5XA 5AFUH 3VOVA 4BRQA 2ZF5O 3HBTA 1RFQA 1IG8A 4H5TA 3FZKA 2GEMA 4XH1A 5AR0A 2Q36A 3RSEA 2A41A 3AY9A 5FPMA 4BC4A 3BF3A 4M63C 5AQHA 3A0IX 3SK3A 5KQDA 3R8EA 4BRGA 3CJBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QQCA 4ILGB 2YI1A 4RW4A 3O08A 1RCHA 1ASUA 1GLFO 4X64K 4FJKA 1WAJA 1NKCA 1WB9A 3J7YP 4KBOA 5CHIA 3QIOA 3D2EA 3DXMB 2RKIA 4DFMA 3GG4A 3T7ZA 4WFAL 4DUYK 4IO8A 4FJ8A 4WYBA 3O80A 3VPZA 2VG6A 1T44A 3PUFA 2NZTA 2W6LA 4FL9A 5C24A 1NJXA 1NK0A 1HJOA 1VSLA 4BR5A 4C8KA 4B3RK 4LFCK 1RBTA 1S1UA 1A5XA 4B3OA 3OJUA 2YKMA 5BRDA 3LDOA 4BRDA 4YOWA 3ZEUB 2ASPA 2E4LA 3U4LA 2DTUA 4CGDA 4CIFA 2E2QA 3AO4A 4FVMA 5KTQA 1J53A 3VQ4A 3WQUA 4FLYA 1H1VA 2JWLA 4KH5A 4BRLA 4FYDA 1FKOA 1RT2A 1YTAA 4DU3A 2Q1NA 1XUPO 5I9EB 3ID6A 4Z4EA 2O8EB 5HRSA 4FPAA 1R59O 2IVPA 3TSUA 2W40A 3MEDA 1BL3A 3RMBA 3H1VX 3A5LC 3NGYA 3H46O 2DPNA 3OYMA 4KHQA 2GV9A 1SL0A 3SAFA 2PBDA 3DXKA 2FBXA 3MN7A 1YJNN 4BVPA 4FXDA 1DTQA 1Q81O 3OYNA 2O8DB 1JXBA 5IWAK 3VQCA 3SQ4A 3AA5X 3ASMA 5J1EA 3O9QA 3CCJN 3F73A 1GLLO 2G8HA 4BRIA 3IFRA 3ATUA 4FLUA 1GLAG 4LF9K 4K8XA 1GLEG 4CJWA 4FOEA 2XY7A 1NGDA 4N56A 1LW0A 2CGLA 5EY4A 3ZSRA 3QFUA 3NDKA 4CJ4A 4CIEA 3I8DA 4DV2K 4CEQA 1S1WA 1DLOA 2YJFA 2W42A 2O4GA 1YTUA 4NYFA 1S1XA 5ADXA 2P9SB 4OPKA 4K25A 1QZ5A 4O5FA 3B8AX 3THWA 3NH2A 2GBZA 1FXXA 4GVEA 5AQYA 4CI6A 1YVNA 1N33K 2P9LB 2O8CB 4CD1A 1KXPA 1JCEA 2Z1IA 3OYBA 1VQPN 1IG9A 3AVLA 4JI8K 4BACA 4JV5K 4IOAL 4UY8O 2WONA 1KD1O 3FZHA 4DMNA 4YOYA 4K42A 4N47A 4Q5VA 1NGEA 3P1GA 1G99A 2J4RA 2OCEA 4BC5A 3LDSA 2YV0X 4CHOA 1S6QA 2KLAA 1U04A 3DRPA 1QQNA 2P9UB 3DLRA 2P9NA 2WTUA 4HUEA 5D3GA 3QO9A 1NGBA 4AH9A 1J54A 1OVQA 4G1QA 4CJLA 4JNEA 2O8FA 2P5GA 3LAKA 3O4WA 2RHKA 2B5JA 4BR2A 1VSHA 4BC2A 4C1NI 3CCMN 1LWEA 1XMOK 4FW2A 1NJWA 4NXMK 4JRPA 1TV6A 3A5OC 4OGCA 4B9MA 4JS4A 1BIUA 4CF2A 5BPMA 5AJ3K 1RNHA 4KHSA 4N76A 4TSXA 4CERA 3OJSA 4FLVA 3QNNA 4Y1DA 3V81A 3O5BA 1RDUA 5JS1A 4LF8K 3L4IA 4PA1A 5AZJA 3DLLL 1BIZA 4DTSA 4FJJA 4DR2K 2WBNA 3SUQA 5HOOA 4I9QA 1W0HA 4DB3A 2Q0UA 2DY4A 1DGKN 4GY2B 3LDLA 5E41A 1SZ2A 4AQYK 3CXCM 2PYLA 3L2VA 3VF2A 2OA8A 3CMEN 2IS3A 3VQ8A 5E26A 3D6RA 4E89A 5AQGA 3NE6A 3DOKA 4IJNA 2WFBA 4CHYA 4M3XA 2OPSA 1KCFA 3EO3A 4HVJA 3ENHA 2XY5A 2OPPA 1QSLA 3MX2A 3V9XA 4DFJA 1YAGA 1OH7A 3NH1A 3L2WA 3KD1E 1ASVA 4CFBA 3RWUA 5F1XA 4BE2A 1FK9A 2HNZA 3MDQA 2QWPA 4FVUA 3LZJA 1SL2A 3EY1A 5KPZA 2AA4A 4X62K 5C42A 1WSFA 1Q9XA 1Z6RA 3BF1A 3UKRA 2E2NA 2YHWA 2D0BA 3ZSXA 3WNHA 4QS9A 3R6MA 4E3SA 3C95A 3HK2A 3VQQA 3THYA 1NK9A 2QM1A 4DTXA 5A2QO 4GVMA 2HBLA 3VEVA 4PWDA 2KTQA 3U9DA 3JAMO 1HLUA 1IKWA 5TKWA 1CXUA 4FLTA 2H3GX 4M45A 1IBMK 1M90O 3TSPA 2IVNA 2HHSA 1C1CA 1J5OA 1RBVA 1SUQA 2A42A 3EE9A 4DQSA 4FJLA 3RSEB 2NRZA 4LF7K 3SUNA 4IG3A 4C8LA 3AGRA 3L2UA 3DJCA 3L4QA 1GLDG 5EOYA 1HX1A 3G25A 3C6HA 1ZYQA 2RE2A 3KJVA 3KLEA 4KB1A 1ZBFA 1Z26A 1VQ5N 1QHTA 3V4IA 4FCYA 4DTPA 4DF4A 1HKBA 2Q31A 1BDGA 3IG1A 2HHXA 4DV1K 1UWBA 3QETA 4H0XB 3I0SA 5LMUK 4CZIA 1OH5A 1BCOA 1TL3A 4CJKA 1F21A 4JKHA 3OY9A 1TL1A 2XRIA 3K5NA 3R9PA 4CJFA 1TYQA 2P9NB 3M1FA 4A2BA 1NK6A 5KRSA 2QTDA 1TAUA 3ZSVA 3J80O 1TKTA 4RW6A 1ZC6A 2Z1JA 4H4MA 4BRHA 4IWVA 4RCHA 4BR4A 1JL2A 3E9LA 3GDQA 3G10A 3LDQA 3QERA 3LPUA 4JHDA 4C8NA 3LDPA 3OS1A 4U67L 2Z1GA 3FZFA 4JKBA 3UIQA 4HUGA 1Q7YO 4BQZA 4BRAA 4DCHA 5C0YA 3BDPA 4CK2A 4BGBA 4JYAK 2EWSA 2OZMA 1LOTB 3VEYA 4H5NA 5BN9A 3CPEA 5GADP 4B8CA 4NCAA 4YOTA 4JD2B 1WUAA 3SMPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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