4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
1HJOA 3HI0A 4K42A 1E4FT 4H5RA 4CBXA 3UKUA 4BR0A 2ZGZA 4EFHA 4FWSA 1QQOA 3IMXA 1BOTO 1RDWX 1NGJA 3C7NB 4FWMA 2CGKA 5BRDA 3SMSA 5ADXH 3ZEUA 4DHYA 2Q31A 1ATNA 3CJ7A 4CBUA 2P9UB 1S22A 3H3OB 4BRIA 4FL9A 4JAXA 1U2VB 1KAZA 4RWTA 3VESA 2P9NA 4CZFA 4CD3A 3ZX2A 4BC5A 2H3GX 4MLEA 2IVOA 4H03B 3WEEA 1SAZA 3LL3A 2QM1A 3LDLA 2P9IA 4BRGA 3QMLA 4C23A 5I9EB 4XEIA 1Z6RA 4H0VB 3QFPA 1WOQA 4A2BA 4JN4A 3VF2A 1X3MA 3CETA 3W0LA 3QBXA 3FZFA 4MLHA 1NGDA 5EXWA 1C0GA 1YUWA 5AZJB 1NGIA 3OHRA 1YAGA 4CZGA 2GELA 2IIRA 4BRHA 1MWKA 3WXKA 4BGAA 4CZMA 3W3DA 2HF3A 4BRKA 3EKSA 2QWPA 4CZIA 3LM9A 5BR9A 1IG8A 5E26A 1JCFA 2FF6A 1T44A 2FXUA 3FGUA 5AQFA 3C0BA 1NM1A 4JD2A 4XH1A 1QZ6A 3FZKA 4BC3A 2W40A 3VEVA 3AARA 4BRPA 4BROA 3CJCA 3A5OC 3ULEB 1QQMA 3AAQA 4B1WB 5LY3A 5EX5A 3O1WA 2P9PA 4LC9B 1DEJA 3KVGA 4CBWA 3KZBA 3H3NO 1HKBA 3R8EA 3CJAA 3H1VX 4CZJA 4EAHD 3EO3A 3FLCO 3U8XA 5FPDA 4RTFD 4BREA 1BA0A 4IO8A 3MCPA 2A41A 1TYQA 5AFUA 4NO7A 4RCHA 4AM7A 2PAVA 4K25A 5AQRA 5F0XA 4BRQA 1X9JA 3MN9A 2D0OA 3F9MA 1GLJO 4H0XB 2E88A 3UE5A 1X3NA 2ASOA 2I7NA 5F1XA 1R59O 3R9PA 1J6ZA 1QZ5A 1ZC6A 4I6MA 3GDQA 1NGGA 4CI6A 1OKJA 4GNIA 3WXJA 2IVPA 4ISFA 3TPQA 3HSCA 5AQOA 4XH5A 4B1UB 1V4SA 4PKIA 2OANA 3O80A 3M6GA 4CZKA 3A8YA 2YHWA 2IVNA 4BC2A 3HZ6A 3R6MA 4Y0WA 3VF4A 3BEXA 1HLUA 3RSEA 1CZAN 4B9QA 4FWQA 5BREA 3GL1A 2P9SB 2GEMA 3D2EA 4A2AA 2QWOA 2E2PA 2V51B 1SZ2A 4BG8A 3SK3A 4CZEA 3CI5A 2V7ZA 2ZGYA 3VOVA 3WXLA 1S3XA 2Q36A 3VEZA 2PBDA 2VCPA 1EQYA 3S41A 5AQTA 1E4GT 3IFRA 2P9UA 2ASPA 4GY2B 4O8KA 4EHUA 2VWBA 2QW9A 1HKGA 4AM6A 2YI1A 4CD1A 2YHXA 4DCHA 4L3QA 2D1KA 1NGHA 2Q0UA 3QBWA 3ZETB 3UB5A 3EKUA 1RGIA 2P9LA 1HUXA 2A42A 1LCUA 4BQLA 3VEYA 1BDGA 3JS6A 4IXCA 2A40A 3ATVA 3SJHA 3I33A 3MMVA 4H5VA 5AZJA 3GOIA 2Q2RA 5AQQA 1GLBG 1LOTB 1G99A 5JMVA 4K41A 2BUPA 3M1FA 2Q1NA 1U6ZA 5AR0A 3ID8A 1DGKN 4M63C 1GLCG 5AQZA 3MN6A 3P4IA 2QWLA 4FO0A 3QB0A 5FPEA 4B1VA 5ADXA 3VGKA 2CH5A 3A5NC 3DWLA 1K8KB 4WQ5C 4QS8A 3DXKA 2P9KB 2YJEA 3VF6A 4M7YA 1MWMA 4QS7A 5CE3A 5AQUA 4XH4A 5BPLA 3O1BA 1BO5O 3ULEA 3EZWA 4DQ8A 5B8HA 4WQ5A 2E8AA 3GG4A 3WQTA 1HKCA 4KBOA 2YJFA 5AQLA 3H1QA 1D4XA 5AQGA 5TKYA 3U9ZA 1NGBA 1GLAG 5BN9A 3ZEUB 2AP1A 1Y64A 3CJBA 3MK6A 3H45C 2YHYA 1NGCA 2P9NB 3VENA 4M7XA 4ISEA 1Z05A 3VEOA 1KXPA 2F9TA 1QQNA 4BG9A 1ZXOA 3FR0A 4FSVA 3D2FA 3WEEB 2WUSA 3DXMB 3CQXA 3ZX0A 1NBWA 5FPMA 2FLOA 2P9IB 3H46O 2E2QA 4JHDB 4BRNA 5BRHA 1H1VA 3U4LA 2FSKA 4FPBA 3ATUA 2A6AA 4MO4A 5AQKA 1BA1A 3HTVA 2P9SA 2UYTA 1GLFO 3UKRA 2E2OA 4BRMA 5AZIA 2NRHA 4WQ4C 4BGBA 3L4IA 1NWKA 1NGEA 5AQIA 2ASMA 2D0PA 3GBTA 2KHOA 1NLVA 3FZHA 2QWQA 4H5WA 4FWKA 3FE1A 4BRFA 5BPMA 2D4WA 5AQHA 2Q0RA 3EN9A 3FFKB 3I8BA 1DKGD 5AQWA 1Q18A 1YXQA 4FWOA 2EWSA 4H0TB 1HX1A 4BRAA 4IJAA 4Z94A 2V7YA 5EVZA 1MA9B 4E1JA 1BUPA 3DJCA 2P9PB 4IJNA 3C7NA 2DPNA 2FSJA 3ZETA 3BUZB 2NLXA 5LJVA 1GLEG 4MO5A 1ATSA 1TYQB 2QWMA 2BTFA 1U2VA 4PL8A 4BR5A 1ATRA 1GLDG 1V4TA 4B1ZA 4FWNA 1XC3A 4FWPA 3VEWA 5LJWA 3LDNA 3QDKA 3L0QA 2E2NA 3VEXA 3AAPA 4PKGA 1TUYA 4PL7A 4BVPA 2V52B 1HPMA 3A0IX 2F9WA 4EHTA 2HOEA 3IDHA 4H0YB 2GWJA 1C0FA 2HF4A 2GTDA 5KPZA 3ENHA 4HWIA 3BF1A 2FF3B 1T6DA 3U9DA 1T6CA 2AA4A 3RSEB 4CZLA 1WUAA 2FSNA 4J8FA 5AQJA 3D2EB 4BR9A 1ZBSA 3WQUA 3MN5A 4B1YB 4DB3A 2ZF5O 5AQPA 4F9OA 1XQSC 4H5NA 3O4WA 2E20A 3O08A 5FPNA 4A61A 3CJ9A 4QS9A 5AQYA 4FPAA 3UKUB 2CGJA 3VERA 1JCEA 3VPZA 5ELZA 4H5TA 5BPNA 3O5BA 3IUCA 3WUHA 1NMDA 3O8MA 2E1ZA 2Q97A 3DXMA 5F2RA 4JNEA 4JHDA 3H6EA 2P9LB 1RFQA 3CIPA 1TUUA 4FOIA 2GUPA 3KHYA 1YVNA 5BN8A 2A3ZA 5AQMA 4O5FA 3M3ZA 3QFUA 2QWNA 3A5MC 4BQZA 5E84A 1BWFO 3JXUA 4IWVA 3GE1A 4FWLA 2E1YA 3O6WA 1ESVA 5KQDA 2CGLA 5JICA 4EIAA 1BG3A 5AFUH 3CJ1A 3LDOA 1JCGA 4FWRA 4CJ7A 3DXKB 2VYPA 1QHAA 2CH6A 3FZLA 3HM8A 3AY9A 2HMPA 3LDQA 4BRCA 4WYBA 3MDQA 3CHWA 4BRDA 3L6QA 4BVOA 4CZHA 2ZWHA 4NB4A 4B1XB 1XUPO 3VGLA 3DAWA 1NGAA 3ENOA 4YDUC 4IZ9A 5AQSA 4BR4A 3G25A 5EY4A 3LDPA 3WXIA 4HTLA 4A62A 2QXLA 1GLLO 3CERA 4WQ4A 5AQXA 3LM2A 5AQNA 4H0OA 4K43A 4JD2B 4H0PA 3MN7A 2NZTA 4BRLA 3D7EO 1KAYA 4YDUA 3VETA 3TU5A 3A5LC 3QICA 5JLFA 3BP8A 1KAXA 3FZMA 2J4RA 3CQYA 4PKHA 4FOEA 3D2FB 5EOYA 3EL2A 5AQVA 3BF3A 4BR7A 1P8ZA 3B8AX 5KQ8A 3SLCA 1NGFA 4BC4A 5BRFA 3SMPA 1MDUB 2GWKA 4BR2A 2I7PA 2QWRA 2YCHA 5KPTA 2A5XA 3UKRB 3HBTA 5JLHA 4ISGA 5AZIB 2ITMA 2W41A 3ZX3A 1BU6O 1SQKA 4I6MB 3J8AA 1K8KA 3VGMA 5KPRA 2P9KA 3WT0A 1IJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTMA 3HI0A 4K42A 1E3MA 4KI4A 1UA0A 1E4FT 2KFZA 3I0RA 4JKAA 4YHHK 4DKWA 4BE2A 3THXB 1WAJA 4C8LA 3ZYYX 2Z1GA 1NK8A 2HMIA 4J2DA 3CJ7A 4CBUA 3SQ4A 4DTMA 4FM1A 1S22A 4Z4IA 2KZZA 3U3YA 3VQ9A 3ZSVA 4CD3A 4DWIA 3T1YK 4OLAA 2D5RA 3SYZA 4B9UA 4B08A 3LL3A 3LDLA 4BRGA 4FJJA 4H0VB 3QFPA 3AO1A 4M42A 4JN4A 3DRPA 3KLIA 3S3MA 3W0LA 3ISNC 4MLHA 3OJSA 1C0GA 4EP5A 1NK6A 2GELA 4AH9A 4BRHA 2HBLA 2HF3A 5M1QA 4CJ5A 1KLNA 4IOCL 1WSFA 3HL8A 3M5RA 2FXUA 1N34K 4DTOA 1NM1A 3CPWM 4OPAA 4Y1CA 3RRGA 1YTUA 4KHPK 3VEVA 3CCJN 1VK0A 1R0AA 3A5OC 3SI6A 1QQMA 3AAQA 3C6HA 5EX5A 1TAQA 1REVA 2P9PA 4AHSA 2E5LK 1DEJA 4CBWA 5K14A 3CJAA 3L8BA 2HHTA 3OBWA 3FLCO 2BDPA 5FPDA 4BY9C 3E9LA 1HJRA 2HSTA 4CF2A 3AVBA 4RCHA 1IH7A 3AVAA 3L2UA 4AM7A 4DV2K 2PAVA 3MN9A 2D0OA 3F9MA 1N5YA 4DQPA 3AA2A 1YJNN 5HROA 4CJPA 5F1XA 3KD5E 1ASWA 3WNEA 1ZBUA 1BISA 3CC4N 1OKJA 1Q8IA 4CJ3A 1Q9YA 1CXUA 4ISFA 3C6AA 1QS4A 4E7IA 3O80A 3CG7A 4CZKA 2YHWA 2IVNA 3LPTA 2XY6A 1HLUA 4CESA 3L2WA 1S1TA 2P9SB 1KVCA 4DG1A 2QWOA 4C8NA 5HL7L 4FJ8A 2V7ZA 2ZGYA 4IDHA 3VOVA 4CEOA 4KHYA 1W2BM 3WXLA 3VA0A 3VQ4A 2VCPA 3TTFA 1EQYA 4M3ZA 4HUFA 4WE1A 4O8KA 1SS6A 4CF8A 4EZ6A 2VWBA 4NXMK 2QW9A 2YI1A 3RMDA 2AJQA 4L3QA 3QEWA 1NGHA 1KLMA 3QBWA 4H4OA 4DR1K 4CJLA 4CF9A 4F4KA 1RGIA 2P9LA 1JLBA 2A42A 1LCUA 4CJQA 3KK1A 1K6YA 3VEYA 4IXCA 2A40A 1KQSM 3KKSA 3I33A 4HUGA 4X64K 1OVQA 5JMVA 5C2FA 4JEPA 4HVJA 3P38A 1HR0K 3QIPA 2IDOA 1S1WA 1U6ZA 1ASUA 2Q1NA 1DGKN 1T05A 3VQ5A 5JS2A 1VSIA 3P4IA 4HUEA 4UY8O 5C0YA 3G0ZA 1HYZA 3Q7CA 3DWLA 4WQ5C 3DRSA 2YJEA 1FW6A 4M7YA 3AVLA 1K9MO 4Q0BA 3QESA 3ULEA 3CD6N 4DQ8A 4NYNA 5B8HA 4H4MA 3GG4A 2D0BA 2P5OA 4FJLA 2YJFA 5CYQA 1KRPA 5AQLA 4KPYA 2ZD1A 4FVMA 1JLFA 1VSLA 2O8BB 2OPRA 1T8EA 3OS2A 1BIUA 1LWFA 1RT2A 4CF0A 2OYQA 3ZEUB 5M1NA 1Z26A 1DLOA 4OLBA 1T3VA 2B5JA 1X9MA 3OS0A 3O9QA 2P9NB 4JKFA 5FRNA 5KI6A 4I2QA 4J2AA 3L2VA 1ZXOA 4FSVA 4DUYK 2ZQBA 4CFDA 4GKKK 1NBWA 5FPMA 1JXEA 4B8AB 2NUBA 2YNHA 1TL3A 1XHXA 2YNGA 2E2QA 4JHDB 3SUPA 4KHSA 1LW0A 1H1VA 3U4LA 1D5AA 2FSKA 2A6AA 4MO4A 1KD1O 4A59A 3KLEA 1GLFO 4OPJA 2NRRA 3MECA 4BRMA 1QSSA 4BACA 1OH5A 4IFEA 2GV9A 2ASMA 4H5WA 1OVYA 3AO3A 4FJIA 5BPMA 1WSEA 4B8CA 2QKBA 3DLEA 4WF9L 1HX1A 3V1QA 1IG9A 3T1AA 4IJNA 3SAHA 2RPIA 2DPNA 1VRTA 3ZETA 4EP4A 4B9VA 4CW7B 5LJVA 4IKFA 2HVHA 3P83D 1Q86O 3AA4A 2QWMA 4BR5A 2IS3A 3EYZA 2YX6A 4O55A 3HXMA 3VEWA 3QDKA 3L0QA 4E7KA 4JI7K 4JI6K 3AGKA 1RDCA 3SAFA 3SQ1A 1YHQN 2F9WA 3THWB 1VQ4N 2HHVA 2GWJA 2HF4A 1WN7A 3AO2A 3RWUA 4CJWA 1BI4B 3RSEB 3ZSYA 2FSNA 3O9TA 1NKCA 3BZCA 4BR9A 1YTAA 3VA3A 1RTJA 4OGEA 4NXNK 1S5JA 2ZF5O 5AQPA 2F8TA 3SAGA 2X74A 3O08A 2G8HA 4PHTX 3ALYA 2WTUA 5AQYA 4MFBA 3EEQA 4CJRA 3B6PA 3VPZA 5ELZA 4H5TA 4PQUA 3O5BA 3T7ZA 3VQEA 4DV6K 5F2RA 4W5QA 1WB9A 1NKBA 2Z1JA 1L3TA 4A5BA 4DMNA 3H6EA 4NYFA 1WSHA 3CIPA 4FJ7A 2GUPA 1YVNA 3B6OA 4LY7A 5AQMA 2GX9A 3MEDA 4KV8A 4O5FA 1A5VA 3ASMA 3K9JA 4FM2A 3E1YA 3GE1A 4JK9A 2E1YA 4JYAK 2KFNA 1ESVA 5KQDA 1LWCA 2I5JA 4O44A 1BG3A 4JI5K 3LDOA 3PV8A 4CEFA 2O8EA 3LDQA 2ZJRL 1JLCA 4AHRA 3V1OA 4A5AA 4DFMA 3CHWA 4BRDA 4BVOA 2VGNA 4FZZA 5IT9O 1BIZA 4LSLA 1IBMK 4LF6K 3HOTA 2OTLN 1NGAA 4IO9L 4YDUC 3KLHA 3CCLN 3AVFA 1RT1A 4JKCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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