4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
4ISFA 3P4IA 1D4XA 4BR9A 4CBWA 2P9PA 4BRKA 4Y0WA 2D4WA 4BRCA 3IMXA 2ZWHA 1YVNA 2YJFA 2CH5A 4CBXA 4CZEA 2FF3B 3ENHA 2ZGZA 2NRHA 3RSEB 1NGAA 2QWQA 1K8KB 3U9DA 3VOVA 1MWKA 4FWLA 2E1YA 2QWNA 1NGCA 1KXPA 4JAXA 2BUPA 4JHDA 4H5TA 4B1YB 4WQ4A 1GLCG 3WQUA 5KQDA 5F2RA 5EXWA 4K43A 3WUHA 3H6EA 4FOIA 4BGBA 4FWOA 4FWPA 2GUPA 2Q36A 5AFUH 3GDQA 1GLJO 3QFUA 3FE1A 4CD3A 2YHXA 3MN6A 3ULEB 1RFQA 2E2PA 1G99A 1OKJA 4IJAA 3UKUA 4BGAA 3UKRB 5AQRA 3WEEA 1CZAN 4FWMA 1ZC6A 2H3GX 3W0LA 1J6ZA 3M1FA 2ZGYA 2P9NA 2P9IB 1NGBA 4HWIA 5EVZA 2P9SA 3O1BA 3FZKA 1BUPA 4DQ8A 3C7NB 3HI0A 2CH6A 3FLCO 2QWPA 4ISEA 3SLCA 1P8ZA 3VEXA 4EAHD 4BC5A 3ZEUA 2FXUA 3OHRA 3JXUA 4B1XB 2GWJA 1XC3A 4CBUA 2IVNA 5BREA 1NM1A 1TYQB 3LDOA 2W41A 5AR0A 3KHYA 3FZMA 3R8EA 4JD2A 3ULEA 2QWMA 2YCHA 1QQNA 1C0GA 4FPBA 4BR2A 1NGIA 5I9EB 2PAVA 5AQUA 3AY9A 2PBDA 3HTVA 3CJAA 5AQTA 2Q97A 3D2EA 5AZJA 3C7NA 4IZ9A 4BC3A 1LCUA 2J4RA 2D0OA 3SMSA 3BF1A 4BRIA 2P9NB 4YDUC 1Z05A 1ZXOA 3AAPA 3W3DA 4I6MA 3CETA 1X3NA 5ADXH 2Q2RA 2P9SB 4FL9A 2P9IA 3VF4A 3LDQA 1YXQA 4RCHA 1ESVA 1NGDA 3FR0A 4BRAA 5CE3A 4H0PA 2EWSA 3ATUA 4XH1A 3CQXA 4PKIA 1T6CA 2D1KA 4CI6A 3VF2A 2NZTA 2Q0UA 4L3QA 3CJCA 2FSNA 4E1JA 1QQOA 2YI1A 3AARA 1HJOA 4A2BA 1KAZA 4BRPA 4CZFA 2QW9A 2IVOA 3A5NC 3VESA 4EHTA 1HKBA 3CHWA 3R9PA 1JCEA 3WXKA 4H0YB 4C23A 4M7XA 4O5FA 3VEZA 3GE1A 3VEOA 3H46O 3BP8A 4JHDB 5AQXA 2CGJA 2E8AA 2P9LB 3FFKB 3WXJA 3JS6A 3MN9A 3I33A 1NGGA 5BRDA 4BVPA 3QFPA 2I7PA 4EIAA 4M7YA 3AAQA 4PKHA 1HX1A 1IG8A 5FPNA 3VEYA 5JMVA 3SMPA 3VEVA 1RGIA 3A5MC 4PKGA 4GY2B 4WQ5C 1U6ZA 5AQJA 4CZJA 4K25A 3FZHA 3HSCA 5BRHA 4FWNA 3ZX0A 4CZIA 4CD1A 4HTLA 3EO3A 3O5BA 1DGKN 1NLVA 1BG3A 3TPQA 2A40A 1E4GT 4BC2A 2E2QA 3QICA 1NMDA 3WQTA 3ZEUB 4MO4A 3A5OC 3LM9A 1MWMA 2CGLA 5JLFA 3EL2A 1WOQA 2A41A 3VETA 1HUXA 2P9KA 1NGHA 2DPNA 3A8YA 3GBTA 2BTFA 3ID8A 5EOYA 3GG4A 3WXLA 4XEIA 2F9TA 2ASOA 2F9WA 2HMPA 4BQZA 4H03B 5ELZA 3LM2A 4BG8A 3LDPA 5BPNA 2W40A 3EKUA 5AQWA 1ATNA 1X3MA 3F9MA 4I6MB 2P9KB 1QQMA 4F9OA 4IO8A 3SJHA 3VEWA 5LJVA 1GLDG 3ZETA 1BA0A 1QHAA 1GLLO 1BA1A 1BU6O 3VGLA 4NB4A 3B8AX 2FF6A 5BPMA 1BO5O 4B9QA 4KBOA 4EFHA 1Q18A 2E2OA 3IDHA 2A5XA 3L6QA 1U2VA 3VENA 3BEXA 4AM6A 3H45C 5BRFA 4CJ7A 2E1ZA 3ZX2A 4K41A 2NLXA 3IFRA 3DXKB 4FWQA 3GL1A 1LOTB 1K8KA 4FPAA 3RSEA 3ZETB 4H0TB 4QS9A 2V7ZA 1RDWX 5LJWA 1BWFO 5F0XA 1Z6RA 3DXKA 2P9UB 3CJ7A 3MN7A 2CGKA 5AQHA 4M63C 2GWKA 2QWRA 3CQYA 3FZLA 3IUCA 5ADXA 1V4SA 2HOEA 4FWRA 5AQGA 5FPDA 2GTDA 4BC4A 5AQSA 4FWSA 5EY4A 3QDKA 3BUZB 3UKRA 4A62A 4BQLA 3D2FA 3CI5A 3FZFA 1MDUB 5AQNA 5FPMA 1NWKA 2WUSA 4MO5A 1R59O 4GNIA 1NGEA 2YHYA 1YAGA 3CJ9A 3A0IX 5AQKA 4YDUA 5AQOA 5AQZA 2ITMA 2E2NA 4A61A 1H1VA 1GLFO 1S3XA 1DKGD 3VF6A 1QZ5A 2P9UA 2Q0RA 2I7NA 2FSKA 1SAZA 3O08A 4H5WA 3ATVA 2IVPA 3DAWA 3CIPA 4B1UB 1GLAG 3LDLA 1NBWA 4FO0A 4ISGA 3LDNA 5BN9A 3HZ6A 3GOIA 2YHWA 5KPTA 4O8KA 1NGJA 4BVOA 4WYBA 1GLEG 3O6WA 3UKUB 1SQKA 3EN9A 3U8XA 4JNEA 2V52B 4EHUA 3MN5A 3CERA 5AQVA 1EQYA 3G25A 3VGMA 5BR9A 2UYTA 4LC9B 5JLHA 4BROA 3QBXA 3SK3A 3M3ZA 3WXIA 1HKCA 3CJ1A 4Z94A 4DCHA 2HF3A 5AZIB 1BOTO 4BRLA 5LY3A 3I8BA 3H1VX 2GEMA 1TUUA 1HPMA 5BPLA 1WUAA 3KVGA 3VPZA 2GELA 1HKGA 3O8MA 2ASPA 2P9LA 3BF3A 1TUYA 3O4WA 3R6MA 4H0XB 2E88A 5KQ8A 4IJNA 1C0FA 1DEJA 2VWBA 3J8AA 4BRDA 5AQYA 5AQLA 4DB3A 3L4IA 2AP1A 4H0VB 1ATRA 3DWLA 5BN8A 4QS7A 3MCPA 4CZKA 4B1WB 2A42A 1IJJA 2A3ZA 3MDQA 5AQMA 3C0BA 5KPZA 3WT0A 3MK6A 1JCGA 1X9JA 5AQPA 4CZHA 4FWKA 3O80A 4NO7A 2Q31A 3MMVA 2V51B 4H0OA 4RTFD 4WQ4C 5FPEA 2QM1A 1E4FT 3U4LA 3CJBA 4BREA 3H3OB 3ZX3A 3U9ZA 5B8HA 3QMLA 1YUWA 3L0QA 4PL8A 4XH5A 3FGUA 1SZ2A 2FSJA 5AFUA 1KAYA 3HM8A 1QZ6A 4PL7A 4H5RA 3A5LC 4K42A 2A6AA 5KPRA 1U2VB 4IXCA 3QB0A 4CZGA 3VGKA 3H1QA 4QS8A 5AZJB 3TU5A 4RWTA 5E84A 2VCPA 3WEEB 2P9PB 1V4TA 1MA9B 4B1VA 4CZLA 2ASMA 3QBWA 4BR4A 1XQSC 2D0PA 4BRNA 3DXMB 1S22A 2V7YA 1HLUA 2Q1NA 2QXLA 3EKSA 4MLHA 1ZBSA 4XH4A 2ZF5O 2IIRA 1GLBG 3DJCA 5F1XA 3LL3A 4BRQA 3S41A 5E26A 1Y64A 2HF4A 3VERA 3EZWA 4JD2B 4B1ZA 4JN4A 2OANA 2FLOA 5AQQA 4H5NA 1TYQA 3ENOA 4BR0A 1BDGA 3HBTA 2E20A 3KZBA 3UE5A 2KHOA 4BR7A 4BRHA 5AQFA 2QWOA 3M6GA 4DHYA 2AA4A 4FSVA 3UB5A 2VYPA 3H3NO 3O1WA 4IWVA 5AQIA 5TKYA 4BRFA 5JICA 4AM7A 4BR5A 3D2FB 4J8FA 4CZMA 4WQ5A 4MLEA 4H5VA 3D2EB 1T6DA 5AZIA 1NGFA 4BG9A 4BRGA 1KAXA 1ATSA 2QWLA 2YJEA 3D7EO 3DXMA 4BRMA 5EX5A 4FOEA 1JCFA 1T44A 4A2AA 1XUPO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9UA 3Q7CA 1D4XA 4BR9A 2GV9A 4UY8O 3NF6A 4OGEA 4CGFA 4YOVA 3K5NA 3ZSOA 4CBXA 4FK2A 3DLEA 3EZ5A 3RSEB 1WN7A 3U9DA 3HPOA 4KHUA 3LP0A 3NVMA 2E1YA 4JHDA 4JS4A 2JGUA 3M5RA 3TANA 2G8IA 5KQDA 4OGCA 3AVHA 2GBZA 4HUFA 3DM2A 4KH5A 4BGBA 3PX6A 1JL1A 4FVUA 4FWPA 4FM0A 3BZCA 3U3GA 5AFUH 4ILHA 3V6DA 1GLJO 3P83D 1RFQA 4IJAA 3TAFA 1S5JA 2G8KA 2H3GX 1KRPA 1LW2A 2DFHA 1VQMN 2P9NA 4HWIA 2P9SA 1U49A 2WFBA 3FZKA 4GV3A 4HTUA 3C7NB 3HI0A 1IG9A 3ZSRA 3FLCO 3SLCA 4DTXA 1FKOA 4O8UA 4W5OA 2HHWA 2FXUA 4DQSA 4OO1J 3JXUA 3NBPA 4PUOA 4CBUA 2KTQA 5TKWA 4CEAA 3HVRA 5AR0A 3K57A 4IOXA 2ZJPL 3CM5A 3FZMA 3R8EA 1IKVA 3SJJA 3ULEA 1SV5A 1QVGM 1QQNA 1C0GA 2HHHK 3LANA 3NCIA 4FZZA 4BR2A 4NXMK 1OH7A 1KD1O 1NJYA 3HTVA 4OKKA 2PY5A 1YJ9N 3D2EA 3VMFB 1BCMA 3UIQA 1JJ2M 3CETA 4I2QA 3V9XA 2P9SB 4FJHA 1JLBA 3D6RA 1Q8IA 3C6AA 3ZSZA 3AA4A 5HL7L 1YXQA 4M3TA 1ESVA 4X62K 4JKBA 1HR0K 3VA3A 4CGIA 4E19A 1NJWA 2HHQA 1CZBA 1SKSA 3CJCA 4U67L 3V81A 2FSNA 3R1XA 2VGMA 4GW6A 3RR7A 3AARA 1HJOA 4YFUA 1K6YA 1DTTA 3HXMA 4Q0BA 2NRRA 3A5NC 3QNOA 3KIOA 3THYA 1JKHA 4ILGB 3RVCA 2P5GA 4M7XA 1RTDA 3PO4A 3QO9A 3GE1A 4J2EA 1KC8O 3ZLJA 1VAZA 2UXBK 1QHTA 3JS6A 1NGGA 3RRGA 3QFPA 2I7PA 5DM7L 4M7YA 1IG8A 4BDPA 2A1RA 2RHKA 4EZ6A 1VK0A 3CCEN 2VQFK 4WQ5C 4IG3A 4CJTA 3V1QA 4FJMA 1G15A 4BDYA 4CZIA 4JKCA 4CD1A 4CJVA 2O8CA 4B3OA 3O5BA 4DR3K 1O13A 3ZSYA 3PLAA 1HPZA 3TPQA 4DV4K 4BC2A 3QICA 1VQ9N 3CM6A 5KI6A 2KLAA 4DR6K 5GAGP 3EL2A 1XHZA 4NCAA 2P9KA 4JV5K 3S9HA 5IT9O 3A8YA 3GBTA 2BTFA 4J2BA 1YT3A 3ALYA 3GG4A 3O4QA 4NYFA 5HLFA 3JAMO 3HOSA 3OYHA 2HHTA 3RMBA 1VQPN 3QEIA 3LDPA 1U45A 2W40A 3EKUA 1NK7A 3H08A 1QQMA 4F9OA 1RT2A 4IO8A 1ZBIA 1GLDG 4HVJA 4YOTA 2KZZA 4CGDA 1GLLO 1BA1A 4DV2K 2UUBK 1BO5O 1VQ7N 4B9QA 1L3VA 3DYAA 2VG5A 1U2VA 1BQMA 3VENA 4AM6A 5C42A 5CYMA 1WAJA 2NRTA 3H45C 4CJ7A 2JWLA 3VQPA 1YIJN 4Y1CA 3RSEA 2HBLA 1VRTA 3AVCA 1J53A 1SL0A 2V7ZA 1BL3A 3SQ2A 4DTSA 4YOXA 5CZ1A 2CGKA 3SV3A 1TK0A 3LAMA 2IC3A 4M63C 4KTWA 2QWRA 1ASVA 4DQRA 3CC7N 1V4SA 1YJNN 1L3SA 3NF7A 5AQGA 3TAMA 4DFKA 2DFEA 4BC4A 3DOKA 3HSTB 4CESA 3O9QA 4DV3K 3D2FA 4DMNA 4K0KK 3NE6A 4IFEA 3DLGA 4IO9L 4RW8A 1GOCA 1R59O 1NGEA 4KHSA 4B8AB 4DTMA 1VQON 3MCAB 1YITN 4DTPA 1CXQA 5AQZA 1JLQA 1H1VA 3VA0A 2FSKA 4FYDA 4E0DA 3ATVA 3OA9A 4B1UB 1UA1A 3LDLA 4ZTFA 1NBWA 2HBJA 4FO0A 3KLEA 3LDNA 4IOCL 4DV7K 3SAHA 4LFAK 3M8QA 3J7AP 2OZSA 2YNFA 5KPTA 2X6SA 4WYBA 1GLEG 3EN9A 3TABA 2V52B 1NKCA 1EQYA 4KV8A 3K9KA 4WFAL 1NU0A 1M90O 3M3ZA 1HKCA 4JI4K 4Z94A 1WSFA 3LPUA 3OBWA 1X9WA 1TL3A 1EETA 2HF3A 4BRLA 1UWBA 2G8WA 2GELA 2VQEK 2O8DA 2O4IA 2ASPA 1W7AA 4GV9A 1C6VA 1TUYA 3DLRA 4DU1A 1KFSA 2RKIA 1DEJA 2VWKA 5CY4A 3NH2A 5AQYA 4DR5K 2XO7A 3DWLA 3M8SA 4QS7A 4CZKA 4DUYK 4CGJA 4DTOA 1TAUA 2O8CB 3VQ4A 3V9SA 3C0BA 2OYQA 4O55A 3MK6A 5IWAK 4FWKA 3O80A 2E6MA 4LH5A 2Q31A 1D9DA 4CIEA 4RTFD 3L8BA 2QM1A 4HUGA 4BREA 3H3OB 4Z4FA 3K5MA 2DY4A 1T3VA 1TK5A 1OVQA 3J7YP 1E3MA 3QMLA 4MQ3A 3RRHA 1D9FA 1JLAA 4B9UA 4KB1A 3FGUA 5M1KA 3I8DA 1Y97A 4L8RB 1KAYA 1RTHA 3LALA 4FJ8A 2O8EA 1TK8A 2YNHA 3A5LC 4K42A 1IV0A 3K59A 1OH6A 3LWLA 4IXCA 2O8EB 4RWTA 5AZJB 5H1SQ 3OTOK 3HM9A 3JYTA 3PIOL 4DQPA 3WEEB 3AO3A 4LF6K 3HPHA 4DF4A 4BE1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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