4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
3U9DA 4EHUA 2E88A 4IO8A 1E4FT 2GUPA 3ZETB 2V51B 3QBWA 4MLEA 4CZLA 2W40A 1MWKA 4NO7A 2Q1NA 4JAXA 3SK3A 1QHAA 5FPEA 4BVPA 5E26A 2ZWHA 3QBXA 4XH5A 2HMPA 3GL1A 4B1UB 3DJCA 1KAZA 4A61A 2QWMA 2A6AA 4EIAA 3KHYA 2EWSA 3ULEA 3O1WA 3LL3A 3C0BA 1CZAN 2QWOA 2P9LB 3ZX2A 4BQZA 3L0QA 2E8AA 4GNIA 4IJNA 4FWSA 3AY9A 4WQ4A 5AFUH 5AR0A 4YDUA 3AARA 2E2OA 3CJ1A 1ZBSA 3DXKB 4EAHD 5AQWA 3QDKA 3VERA 1NLVA 4CZHA 4I6MA 3JS6A 4QS7A 4H0XB 2ZGYA 5EXWA 3BUZB 3HTVA 2YJEA 2HF3A 4A2BA 4BRLA 2Q2RA 4CZEA 3C7NB 2P9UB 3VF4A 4BGBA 4J8FA 4BROA 4EFHA 3DXMA 5AQXA 4MLHA 5BPNA 2GWKA 4BRPA 4I6MB 4BRNA 1WOQA 4PKHA 5AQLA 3TPQA 1JCFA 1Z05A 2E1ZA 2A42A 4IWVA 3AAQA 3WQTA 3R8EA 1NGHA 5AQOA 1C0GA 4BR4A 2CGKA 2YHYA 3CERA 3O08A 4H0PA 5JMVA 1ATRA 2VYPA 2PAVA 3VEYA 3IFRA 3CJCA 2YCHA 1HKCA 1X9JA 4FSVA 5AQRA 3SMSA 1GLDG 2Q36A 4FPAA 1JCEA 1HKGA 4B1YB 3DXMB 1LCUA 3LDPA 3VEZA 4FWOA 3BP8A 3CJ7A 4FPBA 4BRQA 2P9SA 3MN7A 5AQFA 1ZC6A 4BRFA 2A3ZA 4FO0A 3VESA 1BA1A 3CJ9A 3KVGA 3H6EA 2V7YA 4BGAA 3M3ZA 1NGFA 3R9PA 4CI6A 4CD1A 5FPMA 1E4GT 1BUPA 3FFKB 4K43A 2P9LA 3MCPA 1HPMA 3A5NC 4BVOA 2CGLA 1QZ6A 2P9KB 4CJ7A 5ADXH 2QM1A 2AP1A 2CGJA 4JD2A 4IZ9A 5FPNA 3ATUA 3EN9A 5BPMA 4FWRA 2P9KA 3WEEA 2HOEA 1MWMA 1X3NA 3GDQA 1MA9B 2QWQA 1Y64A 2QWLA 3RSEA 4O5FA 3H46O 4YDUC 4DB3A 3I8BA 1BU6O 1H1VA 3QFPA 2ASMA 2BUPA 1KAYA 2Q31A 4F9OA 1QZ5A 5E84A 3HBTA 4EHTA 3CI5A 1C0FA 1BG3A 1NGEA 3MDQA 3UE5A 3BF1A 2DPNA 1GLLO 5F2RA 1T6DA 1D4XA 2P9SB 4B1ZA 1HUXA 2E2NA 4GY2B 3G25A 3VENA 3I33A 4Z94A 4WQ5C 5KPZA 2AA4A 5EVZA 1HLUA 3M6GA 5KQDA 2P9PB 3VEWA 2FXUA 2IVPA 3O8MA 1XC3A 1DKGD 5AQNA 4BC4A 3O5BA 4FWMA 3U4LA 3UKRA 5EOYA 1K8KB 4BRMA 5BRFA 4BRKA 3KZBA 3A5LC 2FSKA 3JXUA 4ISEA 4CZIA 2IVNA 5JICA 1R59O 4HWIA 5AQHA 3H3OB 2A5XA 5AFUA 4NB4A 3UKUB 3FGUA 3C7NA 2GWJA 3CETA 4H5WA 4CBWA 3GOIA 5AQMA 4JHDB 1TUUA 1NGIA 4DHYA 4QS9A 2J4RA 1BO5O 3W3DA 1J6ZA 3O6WA 4IXCA 2H3GX 3LDNA 1BOTO 2FLOA 5AQKA 3VEOA 2E2PA 1JCGA 3S41A 3VF6A 5B8HA 2FF3B 5AQQA 2YHXA 3QFUA 3ENHA 3ZEUA 1KAXA 1ZXOA 3U9ZA 4BR0A 3WXIA 1V4TA 1T44A 3FE1A 4JHDA 2Q97A 1U2VA 4B1XB 3D2FB 3AAPA 4ISGA 4B1WB 5I9EB 1NBWA 4WQ5A 3VF2A 1GLCG 2A41A 4BRAA 3L6QA 4BR7A 4H5VA 3ZEUB 4BR5A 1NWKA 3FZFA 3H1VX 5BREA 2IIRA 4FWLA 5F0XA 2E2QA 3VETA 5AZIA 2P9IB 5AZJA 1NGGA 5AQPA 3GE1A 2NRHA 4FOEA 5BN9A 2FF6A 4M7XA 3VEXA 3HSCA 3WXLA 3W0LA 4FWKA 2W41A 4BC2A 1YVNA 2PBDA 5AQYA 5BR9A 1ATSA 3ULEB 3BF3A 3LM9A 3MN9A 4H0TB 4IJAA 5TKYA 3UKUA 1NGBA 3MN5A 2OANA 4A62A 1HX1A 5AQIA 1T6CA 1YAGA 3FZMA 4M63C 2YJFA 4BRIA 5LJVA 3CQXA 2P9UA 5ELZA 3QICA 5AQSA 4FL9A 4BQLA 2I7NA 3VGLA 3A5MC 3DAWA 3U8XA 3WQUA 3IMXA 5LJWA 2NLXA 3O1BA 4M7YA 5AZIB 2D0OA 1SZ2A 1GLAG 4PL8A 1G99A 3LM2A 3DWLA 4CZGA 1GLBG 2P9PA 3O80A 4BG9A 4FWNA 2P9NB 1RFQA 3LDOA 5KPTA 3UB5A 5AQGA 3CIPA 3EO3A 4MO5A 4E1JA 3LDLA 3WEEB 4FOIA 1IG8A 1RGIA 2FSNA 1MDUB 1GLJO 1P8ZA 1TUYA 4H03B 1U2VB 4XH4A 3FR0A 2GTDA 1Z6RA 3B8AX 3HI0A 4A2AA 1V4SA 4FWPA 4BG8A 4B1VA 5AQZA 3F9MA 2QWNA 1BDGA 1IJJA 1SQKA 1DEJA 3H45C 3A5OC 3VEVA 4RCHA 1WUAA 5AQUA 2I7PA 4H5TA 5CE3A 1NGCA 1TYQA 2CH6A 4FWQA 2QWRA 1YUWA 3FLCO 3HM8A 4WYBA 4BRHA 4BRGA 1NGDA 4QS8A 3ATVA 4ISFA 4XEIA 1S22A 5JLHA 4WQ4C 4BRDA 4CZFA 2D4WA 4CBUA 5EX5A 1HJOA 3WXJA 3FZLA 5ADXA 3EKSA 4CD3A 3IDHA 4H0OA 1DGKN 3TU5A 4JNEA 3A0IX 1K8KA 4PKGA 3UKRB 2QXLA 2D0PA 3CQYA 3SLCA 5KQ8A 4B9QA 4AM7A 5AQVA 3VPZA 3ZETA 2VCPA 2V7ZA 3MK6A 4H5RA 3L4IA 4BR9A 3P4IA 3WXKA 3RSEB 4RTFD 1GLEG 5BPLA 3BEXA 1S3XA 2VWBA 2FSJA 4O8KA 2GELA 1BWFO 4BRCA 1X3MA 5LY3A 4CBXA 3QB0A 4BR2A 2Q0RA 3VGMA 2F9WA 4JD2B 3MN6A 2ASOA 3OHRA 1XUPO 1NGJA 2F9TA 4K41A 1BA0A 2IVOA 2KHOA 3FZKA 2P9IA 5AZJB 4CZMA 3DXKA 4H5NA 5F1XA 3M1FA 1XQSC 3CJAA 1ATNA 1HKBA 1GLFO 4DQ8A 5BN8A 3ZX3A 1U6ZA 1ESVA 2E1YA 3CHWA 2ASPA 5AQTA 3QMLA 4PL7A 4AM6A 3ID8A 1EQYA 3IUCA 4LC9B 1KXPA 4DCHA 3H1QA 3ZX0A 4CZKA 3EL2A 3D2FA 3FZHA 4L3QA 4MO4A 4H0YB 2CH5A 2D1KA 3MMVA 4K25A 3EKUA 1OKJA 2ITMA 5BRHA 5KPRA 2P9NA 4K42A 3VOVA 1TYQB 2QW9A 3D7EO 2NZTA 2UYTA 4CZJA 2V52B 3WT0A 3EZWA 2E20A 4H0VB 4RWTA 4KBOA 2GEMA 3GG4A 3VGKA 2YI1A 3O4WA 3R6MA 2HF4A 1YXQA 3ENOA 1NGAA 1RDWX 2BTFA 1Q18A 3HZ6A 2ZF5O 2Q0UA 3D2EA 1SAZA 3CJBA 1QQNA 3J8AA 4JN4A 4PKIA 4C23A 5JLFA 2A40A 3SMPA 4BC5A 4HTLA 5EY4A 2WUSA 2YHWA 3LDQA 4Y0WA 3WUHA 4BREA 5FPDA 1LOTB 3GBTA 5AQJA 2ZGZA 3H3NO 1QQOA 4BC3A 1NM1A 4XH1A 3A8YA 5BRDA 2QWPA 1NMDA 3D2EB 1QQMA 3SJHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK3A 2GUPA 3QBWA 4DG1A 4MLEA 2UUCK 1TAQA 4CW7B 3TSUA 4DF4A 3MXMA 4DTMA 5E26A 3T1AA 4DUYK 4XH5A 3OYAA 4B1UB 1OVYA 4N76A 4A61A 1DT9A 3AVHA 4EIAA 3KHYA 2EWSA 1RBRA 3ULEA 3O1WA 4YNQA 5FRNA 2EHGA 4BQZA 3L0QA 1EX4A 2E8AA 4IJNA 3BZCA 4FWSA 3AY9A 4WQ4A 3DLHA 5KGXA 5AJ3K 1IKVA 4EAHD 3QNOA 4CHOA 3I56N 1UAXA 3KWIA 1S72N 4KHSA 4ZHRA 4IFYA 3CC2N 2DFHA 2ZE2A 3BUZB 2YJEA 3K59A 2Q2RA 2Z1IA 4CZEA 3C7NB 4CJVA 4KFBA 4A5AA 3PY8A 1CZ9A 3JYTA 4X65K 4E1NA 1XWLA 4H4OA 2YNFA 4KHYA 2GBZA 2GWKA 1WOQA 4PKHA 1N6QA 2VG6A 3THWB 2A42A 3ZSVA 1YHQN 1IH7A 3JSMA 2O8DA 3OYNA 1BQMA 3WQTA 1NGHA 2W42A 1C0GA 3ZCMA 3C6TA 2O8EA 3CERA 4O44A 3TSPA 3LWMA 4FJGA 1HJRA 2VYPA 4FJLA 1VQ6N 3VQCA 1XI1A 3ULDA 3RMBA 2Q36A 4FPAA 4N56A 1LCUA 4NCAA 4XIUA 3SAGA 3CJ7A 2P9SA 3MN7A 4C8KA 3QLHA 2A3ZA 3KIOA 1YTAA 4FO0A 1BA1A 1YF5L 4CEBA 4YY3K 2BH1A 1J53A 3B6PA 4DQQA 4K8XA 2Y1JA 4I9QA 3R9PA 3T7ZA 4AH9A 3V9WA 3KKSA 4BY9C 4FJ8A 3AVNA 2QTDA 1BUPA 1QVFM 1RTHA 1C1BA 3OYHA 4BVOA 2CGLA 2P9KB 4CJ7A 4PWDA 2KFZA 1WLJA 4CF0A 3THXB 2RN2A 2QM1A 4JD2A 2G8WA 4HCBA 5FPNA 1CLQA 5BPMA 3V4IA 3SAFA 5SZTA 3I0RA 4F8RA 5TKWA 4CERA 3GDQA 3VQ6A 1NK6A 1HNXK 1Y64A 4B9MA 4YDUC 3H46O 1EO1A 4ID5A 3P39A 1VQ8N 4FJ5A 4K0KK 3TAQA 3I8DA 2GV9A 4DTNA 2Q31A 2P5GA 3HBTA 1NJWA 5F2RA 3J80O 4CIGA 5HLFA 3Q7CA 2E2NA 2FBYA 2B4JA 4Q5VA 3HT3A 5EU7A 4Z94A 4CFCA 5DMRA 2ZJPL 4YOXA 2QKBA 2DTUA 2FXUA 4CGIA 2QI2A 4RW4A 5AQNA 4BC4A 3TSQA 2W6KA 3UKRA 5BRFA 4BRKA 2FSKA 4OKJA 5KGWA 4ISEA 5C10A 3B6OA 4FYDA 3M8RA 4HWIA 5AQHA 5AFUA 2DFEA 4CJRA 4KTQA 4E19A 3AVIA 3KKRA 3CETA 3LPUA 4H5WA 3GOIA 3HP9A 5AQMA 1J5EK 4CIEA 2J4RA 3W3DA 5C25A 1KLMA 3LDNA 3QEWA 2FLOA 3RVCA 2XO7A 3S41A 3AVKA 3CCLN 3NMUA 2HB5A 4FJJA 2YHXA 3QFUA 3ENHA 3ZEUA 1KAXA 4BR0A 1ZXOA 3T1HK 3N4QA 1GOBA 1V4TA 1T44A 3SAHA 4IKFA 1EKEA 4FJ7A 4KAZA 2ZD1A 1U2VA 4F2SA 3D2FB 3VTIA 4DS4A 4KHPK 1EETA 4NLCA 4WQ5A 3VF2A 3E01A 3ZEUB 4CJ4A 4H8KA 1WAFA 2O4GA 1VQNN 5BREA 1WSIA 1P90A 2O8BA 3CC4N 4RW6A 2E2QA 3NH2A 4IFVA 1C1CA 1S6PA 1WN7A 2P9IB 5AZJA 5AQPA 5BN9A 3ZSYA 4M42A 4JI7K 3VEXA 3IKMA 2F8TA 3W0LA 2W41A 4A5BA 1YVNA 5E41A 4DSJA 1QSLA 3VQ7A 1TKZA 5TKYA 4EZ6A 4A62A 2OANA 3MX5A 4DV4K 1RT3A 2YJFA 2P9UA 2W6LA 3HM9A 3QICA 1JXEA 5GINA 4BQLA 4DTRA 3A5MC 1TAUA 1BQNA 3OYBA 5LJWA 3ZSQA 4W5QA 3LM2A 1RDDA 4G1QA 3O80A 1F21A 3A2FA 3CMAN 4FWNA 5KPTA 3OY9A 3KK1A 3EO3A 2D0BA 3LDLA 5HP1A 1IG8A 2FSNA 1P8ZA 1TUYA 1BL3A 4A57A 4JKBA 1HYVA 2EX3A 4JKCA 4AHUA 4B1VA 1HMVA 3EE8A 3OA9A 1WBDA 1TVRA 1IJJA 5FROA 1T05A 4CIFA 1K6YA 4GKJK 1NGCA 1TYQA 2QWRA 1YUWA 4WYBA 4BRHA 1HPZA 4ISFA 4IDKA 4OGEA 5GADP 1SL0A 3LALA 4CBUA 1HJOA 4B3SK 2KTQA 2WC9A 3FZLA 4DV2K 3KLHA 3AA5X 5BR8K 3A0IX 1D9DA 1WSEA 4UY8O 3KLFA 3MECA 4M3XA 5KQ8A 1S1TA 1NKBA 4IO9L 3ZETA 2VCPA 4ELVA 3LZIA 3K9JA 3QIOA 1SL1A 2VGNA 1KQSM 3ZT0A 3WXKA 2FBVA 5BPLA 4KKOA 1S3XA 1Q9YA 4FZXC 1X3MA 4FM0A 3QB0A 4YOUA 2HMIA 4DR4K 3PLAA 1BGXT 3NHGA 2XY5A 3HPOA 4FLWA 1U49A 2OTLN 2F9TA 5JVHL 3C6HA 2IVOA 4JI4K 1UWBA 2BE2A 3K5MA 4CZMA 5F1XA 1VSKA 1KSPA 3M1FA 3CJAA 1ATNA 4LY7A 1RDCA 4Z4HA 1GLFO 1C1AA 5BN8A 3PO4A 1GOCA 3QMLA 3IUCA 4DWIA 4KI4A 3ZX0A 3FZHA 3BDPA 4L3QA 3PX4A 2D1KA 2WONA 4K25A 2HVIA 2ITMA 3KK7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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