2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Moloney murine leukemia virus
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
1VSMA 1U48A 4QAGA 1F21A 4HCCA 2KZMA 4EP4A 2X74A 3JYTA 3K59A 3V9SA 2PY5A 3PY8A 1QQCA 2KW4A 1C1CA 2KQ2A 3MECA 3VA3A 2YNGA 3S3MA 2YV0X 3V1QA 3I8DA 1J53A 2B5JA 3VQDA 3RTVA 4FK0A 1Z25A 1WAJA 1WN7A 3L3UA 4E3SA 1RT3A 4KHYA 1HNVA 1HNIA 3NDKA 3U6FA 3PX0A 2GV9A 4CF2A 1BL3A 4CJ5A 2HNYA 4KKOA 3OYEA 2PYJA 2D0AA 1JLBA 4KTZA 3K5OA 3QETA 1NK0A 4FM1A 1KVBA 1Z26A 1SV5A 2XRIA 4W5RA 4CJLA 3T19A 4BACA 3TAGA 1KVCA 2HHUA 5K14A 4NCGA 3T3FA 2IGIA 2ITGA 2NUBA 4ID1A 5EU7A 5HP1A 1Q9YA 2YNHA 2KFNA 4B8AB 3M8QA 3OS1A 3WNFA 1FKOA 1HYZA 3IS9A 4FJMA 4QOZB 3KK3A 1J9AA 1EETA 4OLAA 1LWFA 4CGIA 2G8WA 3ZSVA 2BGGA 1RBRA 1XC9A 3KD5E 3L2VA 2R7YA 4CF1A 3WNGA 2OPRA 3LWLA 4DSJA 1I3AA 3KKRA 3OYCA 3TAQA 3HPGA 4J2AA 4FLXA 3NBPA 2HW3A 4M3RA 5C42A 3AA3A 4DTRA 1X9MA 3AVCA 1O1WA 4PUOA 3RR7A 3AVNA 3V9UA 3QEPA 5KGWA 1L3SA 2OZMA 3AO4A 4FLYA 4H8KA 2XY8A 1WSJA 4CJQA 1B9DA 4EP5A 3LP0A 1S1UA 3AA2A 1VK0A 2ATQA 3CFOA 2DTUA 4CJWA 3I0RA 3AVGA 3OYAA 1HJRA 1S6PA 3NHGA 3TR8A 4FLZA 2D5RA 1NK9A 4M3WA 3HM9A 3SV3A 3HVRA 4CJRA 4FJHA 2EHGA 4CIFA 4F4KA 3VQQA 3DLGA 5C25A 2GUIA 1C6VA 1FKPA 1TK8A 4OJRA 1RT5A 1KFDA 5HRRA 5HRNA 4PA1A 4JLHA 3QO9A 3E01A 4JS4A 3K5LA 4C8KA 1JLGA 3FFIA 1XWLA 3LAMA 4HCBA 2B6AA 4KTQA 1HYVA 4IG3A 3P1GA 3D45A 2HVHA 3KKSA 1A5XA 1RT4A 3V9XA 2YHAA 4OGEA 3VQ6A 3SQ1A 3AVAA 4DFJA 3HP6A 4I2PA 4B9VA 4W5OA 3V81A 5DK5A 4FJIA 1LW0A 4CE9A 4FJLA 1LAVA 3CFRA 1JLEA 4UQGA 3QNNA 1MU2A 1CZ9A 1BCMA 3DLEA 3JSMA 1JL1A 2ZD1A 4N5SA 3TAFA 3CM6A 4CF8A 2E4LA 3KLGA 4CEBA 1T7PA 1RT6A 4CCHA 4TSXA 2RKIA 1KLNA 2Z1GA 4CK3A 2HNDA 4KHSA 1HYSA 1C1AA 4R5PA 1N6QA 2G8IA 3QLHA 2A1RA 3MXMA 2DFFA 1TV6A 2X6SA 3V9WA 5KTQA 1TKZA 4F2SA 1RT1A 2DY4A 2FBYA 3BDPA 3CM5A 4OPKA 3PO5A 4OGCA 3U3YA 3ZT2A 1BI4A 3SCXA 3LALA 1IO2A 1EKEA 4AHCA 4DQSA 1D8YA 3B6PA 2G8KA 4CEZA 2XO7A 1ZBFA 4OKJA 4KI6A 1U04A 1S5JA 3MEGA 1NKCA 2IAJA 2XY5A 4XIUA 1NJZA 1ZBHA 3C95A 4I7FA 5HBMA 3OYNA 2WOMA 4CECA 4YFUA 4KB0A 1LWCA 4Z4GA 4E7LA 1HQUA 4CGGA 4CF0A 3LP3A 4IKFA 1NOYA 1J5OA 1B9FA 3IAYA 4DSLA 1U45A 1TKDA 1JL2A 4CJVA 5FDLA 4KTWA 3NGIA 1TL1A 3TAEA 4B9MA 2QK9A 3L3VA 5CY4A 4E1NA 3AVLA 1ZBIA 3OYFA 3V1RA 4E19A 3QERA 3VQAA 3MAQA 4M42A 3VQ4A 4AILC 4AHTA 4CEQA 4CJTA 1U49A 3EYZA 1CZBA 4F3TA 1BQMA 3HPOA 4W5NA 2BDPA 4CFCA 4LSNA 2VG6A 3LZJA 1TK0A 4FJJA 3AVFA 2JLEA 3HYFA 3NH2A 4C8LA 3SUPA 2Y1JA 4FCYA 1L3TA 3RWUA 3H08A 2LSNA 4E7IA 2HHQA 3AVMA 2O4IA 3ZSOA 4FLTA 2Q3SA 2Z1JA 3RRGA 1KSPA 4J2EA 3KLFA 1L3UA 5C24A 2QKKA 4CJFA 3ZT3A 4KHUA 3OYBA 4W5TA 2DFEA 4FJ9A 2IDOA 3KJVA 3L8BA 3LP1A 4NYFA 1JLAA 1X9WA 1TGOA 1UWBA 1C1BA 4ICLA 5J2NA 4H4OA 3AVBA 5I3UA 1ITGA 1HMVA 2Z1IA 1S9EA 4C8MA 3ALYA 4CIEA 3SPZA 3OYJA 1NJYA 1S1XA 4EZ6A 1S1WA 3VQBA 4YNQA 4LD0A 2AJQA 3M8RA 4M3XA 1VSDA 1YT3A 1D9FA 2YNIA 5KI6A 4E7JA 4FZZA 3NCIA 3TI0A 3VQCA 1DLOA 4AH9A 1NJXA 2RF2A 3SQ2A 3KD1E 3I0SA 1NK8A 1XI1A 3OJSA 3HT3A 3QNOA 1WLJA 3DYAA 4Z0UA 1Q9XA 4GVMA 1C0MA 3DI6A 3ZSQA 1G15A 1Q8IA 4CEOA 3K5MA 5HRPA 5SZTA 4KI4A 3SUNA 4CJSA 4E0DA 4IFYA 4DTJA 3VN5A 2OZSA 3DOLA 3NF7A 4DFKA 2PZSA 3QEIA 2KFZA 3AV9A 4CGHA 3QEXA 1A5WA 2P5OA 4RW7A 1I39A 3LWMA 2XY6A 1VSLA 4DU3A 3MXIA 4O5BA 5HROA 3G10A 4KFBA 3SV4A 2HNZA 4Z4FA 3L2WA 5KGXA 2XY7A 3O4QA 4ZHRA 1N5YA 4FJ7A 3OJUA 1K6YA 3OYGA 3ZSWA 4CHPA 4MQ3A 1CLQA 4O0JA 3ISNC 3RMCA 1S6QA 3SQ0A 3NH1A 4OPJA 2YKNA 1WNSA 5J2PA 3TWHA 1TKTA 2FBVA 4DQQA 4M3TA 2HHVA 1LWEA 4AHSA 4FXDA 1TKXA 1YVUA 2BANA 3K2PA 3KK1A 1KVAA 3ASMA 3LPTA 2IOCA 4C8NA 2ETJA 2HB5A 4LH5A 4CEEA 4FLWA 1HPZA 3SUOA 4BE0A 4NCBA 2IS3A 4FLUA 4FJ5A 1FK9A 3KK2A 4RW8A 4O4GA 3RMBA 1R0AA 1KRPA 4KHWA 4DS4A 3RRHA 3KTQA 4KAZA 4QCLA 3KLIA 3EZ5A 4M3YA 1IKWA 4CFAA 4DFMA 4PQUA 2RN2A 4WE1A 3O4NA 3C94A 3OVNA 4RG8A 2P1JA 3HJFA 4FM0A 4CJ4A 3OS2A 3IG1A 4DWIA 1SKRA 3DRRA 4CHYA 1HQEA 1JLFA 1VSIA 1XHXA 3CFPA 3OYLA 4DF8A 2HHXA 3C6UA 4KHNA 3LP2A 4B8CA 4JRQA 3DOKA 3WNEA 3BGRA 1BQNA 3C6TA 3KLHA 3DRSA 1LW2A 3SZ2A 4OLBA 5J2MA 5CYMA 2D0CA 3V4IA 1SUQA 1SL2A 5HLFA 3B6OA 3OY9A 4BDYA 4DSEA 2E6MA 3AVIA 3NE6A 4ZTJA 2I5JA 2G8VA 4PWDA 4FW2A 2KZZA 4DFPA 1IH7A 1NK5A 3P83D 3QEVA 1NKEA 4N76A 1SL1A 1GOAA 4C8OA 3TAPA 1BISA 4Q5VA 3LPUA 4E1MA 4CHQA 1NK4A 4ELTA 1WAFA 4DS5A 3M8SA 4BE1A 3HK2A 3VQ5A 4IFVA 4O44A 4ELVA 1TVRA 2HHSA 1HRHA 3MEDA 3MXJA 1IG9A 4B9TA 4BWJA 4CF9A 3SJJA 4FJXA 3AO1A 3THVA 3RR8A 3EY1A 4J2BA 4FJNA 1SL0A 3QEWA 1RDAA 5HRSA 5FROA 4KREA 1X9SA 2FBTA 3IRXA 2A1SA 2YNFA 3OYKA 1RBSA 2X78A 3S9HA 2VWJA 4DQPA 2HHWA 4DMNA 1C0TA 3AVJA 2VG5A 4O55A 4EZ9A 4FM2A 1QTMA 3OYIA 3NF8A 4LSLA 5KRTA 4Z4HA 1ZBLA 1LV5A 1VRTA 4B9UA 4F2RA 4B3OA 4FJ8A 4B08A 4B9SA 4JS5A 1TL3A 4CESA 4L8RB 2YHBA 3QINA 4KV8A 3ZSRA 1ZYQA 4MFBA 4HVJA 3G0ZA 4HUEA 4CEAA 1L3VA 1BIUA 3NFAA 1SKSA 1ASVA 3HSTB 1BIZA 2OA8A 3V1OA 2F8SA 4E7KA 1S1VA 4CGFA 1BI4B 4M41A 1RCHA 1U47A 4M3UA 5FRNA 4KRFA 3DLHA 3OYDA 3A2FA 1RTDA 3DLKA 2GBZA 2WONA 2QKBA 3K57A 3VQ8A 1DTTA 1FXXA 1X1PA 4HTUA 3AA4A 4CERA 3AA5X 3K58A 3HP9A 1T05A 3PUFA 4DTMA 3T1AA 3KIOA 4DSFA 2EX3A 2W42A 1NJWA 3AO5A 2G8HA 1GOCA 4B9NA 2B4JA 1VSFA 1RBUA 3AVHA 4CGJA 3L2QA 3KLEA 3LDSA 1TK5A 4LY7A 4DU4A 4FZXC 2HVIA 4NYNA 3O3HA 4DTPA 1JXEA 4I9LA 3PV8A 1WSGA 4CJKA 1RTHA 1VSKA 4BDPA 4ZTFA 1YTAA 2G8UA 4KPYA 3HVTA 4LH4A 4IBNA 4CEFA 5FRMA 1EX4A 3AO3A 4AHRA 3ZSXA 4FVMA 5CYQA 1NKBA 4K8ZA 1QHTA 3SYZA 3TABA 4FJGA 4K8XA 4NCAA 1Y97A 2F8TA 4BDZA 4B9LA 2HMIA 1IKXA 3PO4A 1T03A 5J2QA 1ASUA 4OKEA 3WNHA 5SWMA 4DTNA 1ASWA 3TANA 1RDCA 1QSLA 1JLCA 1CXUA 1NK6A 4M45A 1W9HA 1RT7A 3AVKA 1WSEA 4CHOA 4N56A 3RMAA 3ZT1A 1RILA 4DF4A 2PYLA 4FZYA 3NF9A 4J2DA 3AO2A 3QIPA 3V6DA 3NGYA 1REVA 4FW1A 3DM2A 4BE2A 4DTXA 3SPYA 1VRUA 1DTQA 1EXQA 4ELUA 4CFDA 3PX6A 1JLQA 4GW6A 1UA1A 2OPPA 3SI6A 1ZBUA 1KCFA 1YTUA 4N41A 5CZ1A 4Q0BA 3HO1A 3TARA 3DLBA 4CIGA 1RTJA 2OPQA 4DQRA 3L2UA 3SUQA 5KRSA 2VG7A 1IKYA 1UOCA 3ZT0A 4CEDA 3S3NA 4DSIA 3UIQA 3SQ4A 4I2QA 2JGUA 3VQ7A 1QE1A 4DG1A 3VA0A 1T8EA 4DTSA 1QS4A 4KO0A 2ZQBA 5D3GA 1TAQA 1RT2A 1RDDA 1W0HA 3DRPA 2DFHA 2Z1HA 3MEEA 1CXQA 5JS2A 4FLVA 5CZ2A 3QESA 3HXMA 4FJKA 1D5AA 1S1TA 1VSHA 3CYMA 4IG0A 1KTQA 4JRPA 4HUFA 1TAUA 4CHNA 5JS1A 1RDBA 2X6NA 3F9KA 3ITHA 1S9GA 1RBTA 3LAKA 4OVLA 3VQPA 4CJ3A 4O0IA 4Z4CA 1VSEA 2KTQA 4ID5A 4F8RA 1BCOA 4BWMA 4AHVA 3CQ8A 5J1EA 4DU1A 4RW9A 3OYMA 4HHTA 4KB1A 1A5VA 2BE2A 2FBXA 1D9DA 1C0UA 4KHQA 4Z4EA 4E89A 3ZT4A 3D0PA 4I9QA 4Z4IA 5T7BA 2D0BA 3RMDA 3NF6A 4Y1DA 4CJPA 1RBVA 3VQ9A 1RNHA 4CHZA 4Y1CA 3L2RA 4W5QA 3ZSYA 4E7HA 1UAXA 3V9ZA 2OPSA 3M8PA 3CG7A 1WSFA 4PY5A 4RW4A 3ZSZA 3P5JA 2RPIA 4DLEA 4IDKA 1NK7A 1SKWA 3ZCMA 2IC3A 4OKKA 4N47A 3VQEA 4GMJB 1KLMA 1JXBA 3LANA 4DQIA 4H4MA 2YKMA 4F3OA 2HHTA 3NGZA 4DLGA 1JKHA 4CK2A 1NOZA 3U3GA 3DMJA 5E41A 1LAWA 4DTOA 4FYDA 3SNNA 1RTIA 1GOBA 2E6LA 1KFSA 1QSSA 4RW6A 4CJUA 4G1QA 3DLRA 4M3ZA 1B92A 3F73A 3NH0A 2OYQA 1VSJA 4CGDA 3K5NA 3O3FA 2G8FA 3S3OA 1L5UA 4DTUA 1U4BA 1IKVA 3NAEA 1J54A 2ZE2A 3ULDA 5DMRA 2XHBA 4HUGA 2P51A 2VWKA 5I42A 4FK2A 3TAMA 1WSIA 2FC0A 4DSKA 3OYHA 2F96A 1BHLA 3HPHA 3QIOA 2Y1IA 1XHZA 1QSYA 4CJEA 2P5GA 3O3GA 4FK4A 2QXFA 4CK1A 3OS0A 1WSHA 4CFBA 1BGXT 2O4GA 1UA0A 3LZIA 4AHUA 3HL8A 1EP4A 3PX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QAGA 3ZLJA 4HCCA 4H0OA 2KZMA 2V51B 4WCEL 5BN8A 2PY5A 1QQCA 3E66A 3MECA 3VA3A 5KQDA 3CCUN 4KBOA 4EHUA 1J53A 3VTIA 2VQFK 4F9OA 4FK0A 2YX6A 3L3UA 3G71N 4MDAA 4BRIA 1HNIA 3VERA 4K42A 1KVBA 2P9LA 2BTFA 3T19A 1QHAA 3VETA 3CPEA 1GLCG 2E1ZA 4ID1A 1Q9YA 1RGIA 3PIPL 2KFNA 1W7AA 3M8QA 2CH6A 1QZ6A 5AJ3K 4JI8K 1EETA 4OLAA 1LWFA 1ATRA 3ZSVA 2BGGA 1XC9A 4K41A 1I3AA 3HPGA 2D0OA 4H5NA 3NBPA 4M3RA 1ZC6A 4B1XB 5GADP 4JI2K 3AVNA 3V9UA 3QEPA 5KGWA 1T6DA 4FLYA 1XNQK 5AQYA 1B9DA 4YDUC 2FLOA 2DTUA 3IKMA 2GWJA 4IOAL 3I0RA 3MWPA 1HJRA 3IFRA 1NK9A 4NLBA 4M63C 4CJRA 4CIFA 3CD6N 1KFDA 5JLHA 4JLHA 3J7YP 3LM2A 3SJHA 1XWLA 4M7YA 2QXLA 1EQYA 4IG3A 1RT4A 1BWFO 3V9XA 2YHAA 3A5LC 4W5OA 1WBBA 1VHXA 4FJIA 3F5TA 3U9ZA 2P9SA 4UQGA 1QQMA 1NGIA 2ZD1A 3M5RA 3H3OB 4ILHA 3O9UA 5FPEA 4CF8A 1RT6A 4CCHA 2WUSA 4CK3A 4JKGB 3C7NA 2G8IA 3MXMA 2DFFA 2NRZA 5KTQA 1S72N 1U2VB 3DXKA 3U3YA 1EKEA 5BPMA 2G8KA 3B6PA 3D2FA 1NGHA 4OKJA 3CIPA 1U04A 2XY5A 4FWSA 4CECA 4WFAL 4CF0A 1B9FA 3IAYA 1VQ6N 4CJVA 3MN6A 5FDLA 3NGIA 3TAEA 4OO1J 3OYFA 2VQEK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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