2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Moloney murine leukemia virus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
3MEEA 3V9SA 2Y1IA 3HP9A 1RDCA 1D9DA 4RW7A 2XRIA 4KTZA 4H8KA 5SWMA 3NH1A 3TI0A 2JGUA 2VG6A 3LP0A 1L3UA 1XC9A 4RW9A 4C8KA 2OPQA 3AVKA 1BQMA 4M41A 3L8BA 5SZTA 3SJJA 1GOCA 2RF2A 2XHBA 1TL3A 4O0JA 2E6LA 3ZSYA 3LDSA 3QEPA 1TKTA 3TARA 1QTMA 4LSNA 4PQUA 4GMJB 3NH2A 2EHGA 3I8DA 3MXJA 3K5OA 4AHUA 3TWHA 3SPZA 3QIPA 3VA0A 3PY8A 4FCYA 4IG3A 2P5OA 4DU4A 1D5AA 3L2QA 3L2UA 3WNFA 4B9SA 3T19A 4W5TA 1FKOA 3SCXA 3M8RA 2ZE2A 3M8QA 3MXMA 4M3ZA 3D0PA 3ZSWA 4RW6A 3KKSA 4DU1A 3CFPA 3RRHA 2WONA 4IG0A 3VQAA 3AVIA 3CFRA 4RW4A 3PX6A 3LALA 3MXIA 3IS9A 2X74A 4TSXA 5CYMA 5JS1A 4WE1A 3VQ8A 3WNEA 4DTRA 3AA2A 4FJHA 1VSKA 3OYAA 1C1AA 5C42A 3NF7A 2PY5A 2IGIA 3VN5A 3DLHA 3SI6A 4O5BA 4CESA 4FM2A 2KFNA 1HJRA 3ZSQA 4FLZA 1L5UA 4CEQA 3RR7A 3AVCA 4CERA 3DOLA 3MAQA 4B9MA 3WNGA 1NKBA 1HYSA 3OYKA 3C94A 4FJXA 1TK5A 4CGJA 5HLFA 3ZSZA 1ZYQA 1CXQA 5FRNA 3SQ1A 1CLQA 1Z25A 1BHLA 4OGEA 3LWLA 1KLNA 2YNFA 3ZSOA 4DQIA 2AJQA 3PO4A 4FW1A 3QNOA 3EZ5A 4FJ7A 1UOCA 3AVMA 4JRQA 3CYMA 1JLFA 4FLWA 3RMDA 4I9LA 1JLAA 3NF9A 1DTQA 3LPUA 4O55A 2E4LA 3QLHA 4NYFA 4OKJA 2ITGA 2P51A 3H08A 3HPHA 4Z4HA 1LAWA 1TV6A 3JYTA 2QKKA 3ZT4A 1KVAA 1QS4A 3AA3A 1S1TA 4KB1A 1IKYA 1J54A 4HUEA 1WN7A 3B6PA 1HNVA 2BE2A 4N47A 4CHPA 1JXBA 3KK1A 3O3FA 4DQSA 5T7BA 4BWJA 4JRPA 3RMCA 4FK2A 4C8MA 2HB5A 1EP4A 4AHVA 4UQGA 4JS5A 3AO3A 1KFDA 5KGWA 3A2FA 1HQUA 4W5OA 4E1MA 4DSIA 3VQQA 3OYFA 3IG1A 3CQ8A 4AHTA 3OYIA 1S1WA 2ZD1A 4CJPA 4DTSA 4I9QA 1T03A 1UA1A 2YV0X 4J2AA 3K2PA 3ITHA 4DTXA 1NOYA 4FVMA 2X6NA 3S9HA 1C0MA 3G10A 4CGHA 2XY6A 2HHSA 3VQDA 4KTQA 4CFCA 3OY9A 1NKEA 3NGIA 4CE9A 4CF9A 3KJVA 4PUOA 4NCBA 1RTJA 2KFZA 1FXXA 1Q9XA 3ZT0A 1ASUA 1B9FA 4CEDA 4J2EA 1KTQA 3QO9A 1EETA 3QIOA 3OS0A 4Y1CA 4M42A 3EY1A 4CGDA 4CHOA 3HM9A 4CEEA 4CJRA 5KTQA 4OKEA 1TVRA 1BQNA 4QAGA 4N5SA 3OS2A 1N5YA 1TKXA 4HHTA 3HSTB 1RT7A 3QEXA 4YFUA 2OYQA 1QHTA 3HL8A 3O4NA 2G8UA 3OJUA 3ASMA 2F8TA 4FLTA 2KW4A 3V9XA 2B6AA 4Q5VA 1NJYA 2BDPA 4FJJA 4B8CA 3M8SA 3AVJA 3NF6A 2VWJA 2DY4A 4CF8A 3TABA 1RNHA 3DRRA 2YNHA 1S6PA 4OJRA 2XY5A 3SV4A 4BWMA 3O3GA 3AA5X 1L3SA 1WSEA 1F21A 1ZBHA 4E7LA 4DTMA 3TAGA 3HJFA 3ZSRA 2G8FA 4W5NA 4K8XA 2JLEA 3K57A 1BIUA 4BACA 4E1NA 4J2BA 3LP1A 5CZ1A 5I42A 4FM0A 3KLHA 3UIQA 3HPGA 5C24A 1L3TA 3L3UA 3RWUA 3F9KA 2O4IA 1I39A 5J2MA 4DTUA 4I2PA 3KTQA 1QSYA 1SV5A 1YT3A 4CGFA 1Z26A 2BGGA 4Z0UA 4CHQA 3KLEA 3HVRA 3QESA 4Z4FA 1J5OA 5J2PA 2ZQBA 3LZJA 3E01A 1RBRA 3CFOA 4FLYA 4CJKA 2HHUA 2HHWA 4KV8A 3OS1A 3MECA 5CZ2A 1T7PA 4FJ5A 2KQ2A 4B3OA 1VSMA 1Y97A 2G8KA 3I0SA 4CF1A 1HYZA 1C1CA 4G1QA 4F4KA 4FZYA 1NJZA 1TAUA 3OYEA 3HXMA 3NFAA 4CJWA 1WSJA 4DFKA 1IO2A 1VSEA 5DMRA 3VA3A 3V1OA 3OYCA 4DSEA 4CJFA 3QETA 1NK0A 1RDAA 1TKZA 3ZCMA 1ZBFA 3SQ0A 2DTUA 3AV9A 4EP4A 1VRUA 1O1WA 2RKIA 4FXDA 4CFDA 3AO1A 1HPZA 1VSIA 1LWFA 4J2DA 2D0CA 4DTPA 3PO5A 4OLBA 1ZBIA 2HHXA 1S6QA 4H4OA 4DSJA 2IC3A 1BISA 1B9DA 4O4GA 4FLVA 4F3OA 3K5LA 1HQEA 5K14A 1Q9YA 1S5JA 2Z1IA 4OGCA 3RTVA 2YNIA 2QXFA 3V9WA 3V6DA 4IKFA 3QNNA 4MQ3A 3HK2A 3PX4A 3HPOA 3SYZA 1J53A 3VQ7A 2OZSA 2YHBA 4FZXC 4KPYA 4KHWA 2HNZA 2YKNA 4LH4A 1VSJA 2HHTA 1WSFA 4FM1A 1EXQA 1KCFA 2D0BA 2GBZA 4DTOA 2OZMA 5HP1A 4CEBA 5C25A 4E0DA 1IKWA 4E7KA 1JLCA 4HCCA 1XI1A 1CZBA 1LAVA 3ISNC 3TANA 1RT6A 2HHQA 3NHGA 4ZHRA 4DU3A 4XIUA 1RT4A 4NCAA 3NGYA 1BCMA 1BCOA 3TAPA 1LW0A 3O3HA 1N6QA 3DLKA 4Z4IA 1S1UA 4Y1DA 1NK6A 1KVCA 4FW2A 5J1EA 3NAEA 2G8VA 4FK4A 3TR8A 1ITGA 1TL1A 1A5XA 2HNDA 4CJEA 1C1BA 3DYAA 3V81A 5KRTA 3IRXA 1DTTA 3KD5E 4CJ5A 2G8HA 3SUPA 1U49A 3P83D 4CFAA 1T8EA 2OPPA 1LW2A 5D3GA 4CJ4A 4DG1A 3DLBA 4M3YA 3OYHA 2KTQA 1YVUA 4OPKA 1JL2A 3HYFA 3S3NA 1VSLA 3S3MA 4FZZA 4QOZB 2DFFA 3SQ2A 5J2NA 2PYJA 3NH0A 1X9SA 1RTDA 4DWIA 3SUOA 1RT3A 4FJLA 4BE2A 1B92A 1REVA 3DM2A 1NK8A 3T1AA 1JLBA 3AVBA 1YTUA 1A5VA 4CIEA 4C8NA 4YNQA 3SPYA 4GW6A 4K8ZA 1NK5A 4AHRA 3KKRA 1RTHA 1KRPA 5FRMA 3HVTA 1XWLA 2VG5A 3VQ5A 2W42A 4DQPA 4O44A 4DSKA 4KREA 1G15A 3LAKA 1WSIA 4HTUA 3VQ6A 3JSMA 4ELTA 2YHAA 4IFYA 4CHNA 3NDKA 2O4GA 4CK3A 3I0RA 4BE1A 3V4IA 4B9TA 4N76A 2X6SA 4CEAA 3OYBA 1U4BA 3KIOA 4E7HA 3RMAA 5EU7A 4B8AB 4F2RA 4N56A 3VQ9A 3LAMA 3U6FA 4DS5A 4FJ9A 1X1PA 3LWMA 3KLIA 4BE0A 4DMNA 2OPRA 5I3UA 4RW8A 1ASWA 3DI6A 4M3RA 5KI6A 1J9AA 1TGOA 1W0HA 3TAMA 1S9EA 4OVLA 4AHCA 4Z4CA 2G8WA 3V9UA 4Q0BA 1A5WA 4CHZA 1BL3A 2XY8A 4BDZA 1RT2A 2D5RA 4B9LA 3L3VA 4CECA 4ICLA 2NUBA 2F96A 3FFIA 3NCIA 3SNNA 4B9NA 4FJIA 1HMVA 4FYDA 1KSPA 1SKRA 4FLXA 1NKCA 1VRTA 3C95A 1VSHA 5HRSA 4Z4EA 2YKMA 1KLMA 3U3GA 1S1XA 3VQ4A 4ELUA 2A1SA 4CK2A 4B9UA 2IS3A 4CFBA 5KGXA 1T05A 4FLUA 3RR8A 4CHYA 1WSGA 4CF0A 3DLRA 3LP2A 4KHQA 1RILA 1RCHA 4DFJA 1U47A 2Z1JA 4CIGA 3OYNA 1RT1A 3VQBA 1JLQA 1RBUA 4KHUA 1JXEA 4CEFA 3AO5A 4NYNA 2FBTA 4ZTFA 4C8LA 4IFVA 3SZ2A 1FKPA 4ZTJA 3KLGA 3SQ4A 3AVHA 4CJQA 1SL1A 3M8PA 1HYVA 2OPSA 4GVMA 3V9ZA 1U04A 1IKVA 2EX3A 4CCHA 4DLEA 4F3TA 3V1RA 4CJTA 3KK2A 2I5JA 4DTNA 2YNGA 2FBXA 1C0TA 3B6OA 3OYGA 4CEZA 4B9VA 5E41A 3HO1A 1CXUA 1RTIA 2Z1GA 1R0AA 3C6TA 3K5NA 3SV3A 3KD1E 1BGXT 4HUFA 3OJSA 4KHYA 1WLJA 1WAJA 1GOBA 4Z4GA 3MEDA 4HVJA 2GUIA 3MEGA 3IAYA 1IH7A 1ZBUA 4HUGA 4E7IA 4CJSA 5HRNA 4LY7A 1SKWA 2P5GA 3TAEA 1XHXA 3AO2A 1Q8IA 4CGGA 3F73A 3L2WA 4BDPA 5HRRA 1NJWA 4ID1A 1WNSA 4M3XA 4F2SA 1RT5A 4EP5A 3SUNA 1ASVA 2A1RA 4M3UA 2HVIA 4I2QA 3CM5A 4M3TA 1SUQA 3VQCA 3RMBA 2Q3SA 3O4QA 1HNIA 4L8RB 5CYQA 2R7YA 3OYDA 3D45A 1QE1A 3DOKA 2GV9A 3U3YA 1XHZA 1GOAA 3S3OA 1NK9A 2PYLA 4FJMA 3PX0A 2FC0A 3L2RA 4FJ8A 2F8SA 2P1JA 2HMIA 4FK0A 2D0AA 3QEVA 1HRHA 2VG7A 1JLEA 2HHVA 5FROA 4EZ6A 4KO0A 2KZZA 1BI4A 5FDLA 3NGZA 2XY7A 4H4MA 5CY4A 4LH5A 4IBNA 4CK1A 2DFHA 1UWBA 3AVFA 4DSLA 1TK8A 4KI6A 4CEOA 3NBPA 2FBYA 1D8YA 4FJKA 1SL2A 2IAJA 4FJNA 1S1VA 4KKOA 4EZ9A 3ULDA 4E3SA 1W9HA 2Z1HA 3VQPA 3BDPA 3L2VA 4CJVA 4F8RA 1SL0A 1EKEA 3QINA 2RPIA 4R5PA 4I7FA 4O0IA 3HP6A 3NE6A 1KFSA 3RRGA 5HBMA 1RBSA 4KTWA 4PA1A 1SKSA 1EX4A 2KZMA 1QSSA 3AVGA 3LZIA 1VSDA 1ZBLA 5KRSA 2HNYA 4OLAA 4ELVA 5HROA 4IDKA 3CM6A 3AVLA 1JKHA 4RG8A 4AHSA 3ZSXA 2DFEA 4CIFA 4E7JA 3QEWA 3OYMA 2QKBA 1VSFA 3ZT2A 3DLEA 1WAFA 2X78A 3ZT1A 1TKDA 3ALYA 3OYJA 3NF8A 4KHSA 4DTJA 1DLOA 4OKKA 4FJGA 4LD0A 4KHNA 4KI4A 1X9WA 1I3AA 2XO7A 3OVNA 1YTAA 1FK9A 3LP3A 2IOCA 1UA0A 1WSHA 3DRSA 3HT3A 2G8IA 3VQEA 1C6VA 1QQCA 1X9MA 1LV5A 4DSFA 4AH9A 4JS4A 1CZ9A 1TK0A 1JL1A 4E19A 3TAQA 1QSLA 4C8OA 4N41A 4KRFA 4B08A 4DQRA 1LWEA 3V1QA 4CJUA 2HW3A 3BGRA 3TAFA 2QK9A 3THVA 3DLGA 2HVHA 1KVBA 3LPTA 4AILC 2B5JA 3C6UA 3ZSVA 1NOZA 1IG9A 1C0UA 1L3VA 4KB0A 4CGIA 1RDDA 1S9GA 3P5JA 4QCLA 1RDBA 4ID5A 1UAXA 4M45A 3EYZA 1LWCA 4CF2A 3KLFA 2BANA 3QEIA 1NK7A 2OA8A 2IDOA 3WNHA 2E6MA 1JLGA 1RBTA 4CJ3A 2LSNA 1IKXA 4DF8A 1NK4A 1U48A 1D9FA 3KK3A 4PY5A 4DFPA 3PV8A 3AO4A 1MU2A 4W5QA 5JS2A 3OYLA 2Y1JA 3AVAA 5J2QA 4DLGA 3CG7A 4MFBA 1U45A 4W5RA 3T3FA 3K58A 4NCGA 4PWDA 1BIZA 3AA4A 1BI4B 1K6YA 2FBVA 4KFBA 4OPJA 2VWKA 4DS4A 4E89A 5HRPA 4JLHA 4DFMA 4M3WA 3P1GA 3ZT3A 4DQQA 3K5MA 3DMJA 1RBVA 2ATQA 4BDYA 1NJXA 5DK5A 2RN2A 4HCBA 3QERA 3PUFA 1VK0A 4CJLA 3SUQA 3AVNA 3LANA 3K59A 3DRPA 4KAZA 4LSLA 2ETJA 1TAQA 3G0ZA 2WOMA 2PZSA 4DF4A 2B4JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEEA 1V4TA 1RDCA 1D9DA 2HBJA 4JI2K 2JGUA 1XNRK 2OPQA 3AVKA 1BQMA 4H5RA 2RF2A 2XHBA 1VQNN 4LF5K 3L6QA 1NMNA 3AARA 3I8DA 3MXJA 3QIPA 4OX9K 3VA0A 1TUUA 4DU4A 3DXMA 1YJ9N 2ZE2A 4B3RK 5IT9O 4IJNA 3D0PA 4RW6A 3R1XA 3U8XA 4DU1A 3WXJA 2WONA 2KZMA 3MXIA 3WNEA 2HF3A 1VSKA 1C1AA 1RDWX 2PY5A 3VN5A 2E2QA 4EHTA 2E88A 1L5UA 1E4GT 4EFHA 3RR7A 4CERA 1W7AA 3MAQA 4JKEA 4FWMA 4LF9K 3OYKA 1HYSA 4FJXA 5HLFA 2QEXN 4YOVA 5FRNA 1CXQA 1DGKN 3CCUN 1Z25A 2AA4A 4OGEA 4LF6K 5EY4A 2NRHA 3CJ7A 3EZ5A 3TU5A 1VQPN 4DHYA 3DLLL 4WQ5C 1U2VA 5AQJA 1JLAA 3NF9A 3LPUA 1XNQK 2E4LA 2GELA 3QLHA 2ITGA 3H08A 3HPHA 1T3VA 4L3QA 2YX6A 3ZT4A 4CBWA 1S1TA 1WOQA 4B1YB 4KB1A 3VTIA 3A5OC 4CHPA 3O3FA 1ATSA 2FLOA 2HB5A 3KWGA 4AHVA 1NMDA 5F0XA 4X64K 4FL9A 4YOXA 3VQQA 5LMUK 3VEYA 3OYIA 4DTSA 4I9QA 1I94K 1T03A 5M1FA 1NOYA 1VQ4N 2WC9A 2X6NA 1VHXA 2FSNA 5AQTA 3VQDA 4CFCA 3GDQA 1TYQA 4PUOA 2ZJRL 1J5EK 5C2DA 4J2EA 3GBTA 3DXKB 4M42A 4O8UA 4CHOA 4CEEA 1TVRA 2P9NA 2Q0UA 1RT7A 1QHTA 2G8UA 4FLTA 2B6AA 4BR2A 3O4WA 2BDPA 4FJJA 2QA4N 3M8SA 2VWJA 4C1NI 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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