2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Moloney murine leukemia virus
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
4W5OA 2Z1GA 3DRSA 2QK9A 1L3VA 1ZBFA 3OVNA 2FBVA 4Z4GA 1NOZA 2ZQBA 4M3WA 4B9SA 1BIZA 1TV6A 2AJQA 3V9SA 1EP4A 3MECA 2OPQA 4CJ4A 4DU4A 1K6YA 3ISNC 3QINA 4O5BA 5SZTA 3AVKA 3PO5A 3LPTA 4KB1A 1SKSA 4DLGA 1KVBA 4RW9A 3NCIA 4OLBA 1J53A 4CHPA 4NYFA 2VG5A 3THVA 1LV5A 2YNIA 5FRNA 4I2QA 4BE1A 4AHTA 4IG3A 4ELTA 2F96A 5KGXA 2P5OA 4M3YA 1GOAA 3VQCA 2ZD1A 1B92A 3LPUA 2KZMA 3AVFA 4BDYA 4DTSA 3VQ5A 1SKRA 4Y1CA 1C0UA 3O4NA 1BIUA 1ZBUA 4E7LA 4DF8A 1NK0A 3NF9A 3KD1E 1EXQA 3AVNA 1BGXT 1DTQA 4EZ6A 1LW0A 2YV0X 5CY4A 3VQ4A 3QEVA 1EETA 4F3OA 2OYQA 1GOCA 3M8SA 1LAWA 3F73A 2GV9A 3F9KA 3QIPA 3JSMA 2HB5A 4AHVA 4Q0BA 4CHOA 2JGUA 4I9QA 3VQBA 4DSJA 4GVMA 3HO1A 4DWIA 1S9EA 4YNQA 1HYZA 3NAEA 4M42A 3I0SA 1RDDA 3QEXA 4ZTJA 4KHUA 3LANA 3OYDA 4FLTA 4B3OA 3V9XA 4F3TA 3HJFA 4RW7A 4CIGA 1F21A 3RWUA 4F2SA 4HCBA 4G1QA 4CJRA 2OA8A 4OPKA 1RBTA 3QEPA 1IG9A 1LAVA 2Z1IA 1BISA 3OYFA 3PY8A 1WSGA 2FC0A 2HNDA 4CIFA 4C8KA 1A5XA 5C24A 1ITGA 1VRUA 2GBZA 4N56A 4FLZA 3SV3A 4CJQA 4OGEA 2YHBA 3U3GA 5DMRA 3OYGA 4CFAA 3NFAA 4B9VA 2EX3A 2GUIA 1C1CA 3DRPA 3VQAA 4E19A 2RN2A 1KLMA 1NJWA 2HVHA 3PO4A 3DI6A 3SYZA 4CF8A 3L2VA 4E7JA 1U48A 5FDLA 4IFYA 1D8YA 1SL1A 3LZJA 1SL0A 3SV4A 3QEIA 2DFHA 1RDBA 3LP1A 3EY1A 4TSXA 5HRPA 4DLEA 4FK0A 1XWLA 2BE2A 4KREA 3CFPA 4DTMA 4JS5A 3HVRA 4DQRA 3G10A 1VK0A 1SUQA 3LWLA 2ATQA 4AHRA 1RDCA 4CFBA 3TAGA 1L3UA 3OS0A 1RT6A 3ZSOA 1ASVA 4DSEA 3CM5A 4E1MA 1YT3A 1C1AA 3TR8A 4MQ3A 3AVBA 4CEZA 5C42A 1NK8A 4O44A 4W5QA 1MU2A 3I8DA 4DSFA 4M3RA 3TAEA 4IKFA 3KLIA 4FJNA 3VQ6A 1C6VA 3ZT0A 4H8KA 4Z4CA 4FYDA 2DFFA 4DS5A 4B9LA 5CYMA 4Z4IA 5CZ1A 5HRNA 5JS1A 1RT1A 3M8PA 3NBPA 4OJRA 1RT5A 4DF4A 3AVIA 1FK9A 1SL2A 3SUNA 1T8EA 1T03A 4FCYA 4FW2A 4CEDA 1W0HA 1RT4A 4C8NA 3B6PA 4N47A 1CZBA 2VWJA 3OYMA 4I2PA 1JLCA 3AVLA 3TAQA 3PX4A 2IC3A 1J54A 2LSNA 4CGIA 2WONA 3QEWA 3SQ0A 4KPYA 1C1BA 4KI6A 4FM0A 2RPIA 4HUEA 2E6MA 4CK2A 2Y1JA 3AO5A 3SUPA 3RMDA 1FKOA 3L2WA 1IH7A 4HVJA 3LDSA 3LZIA 3L3VA 4CJ5A 1NJZA 4W5TA 4C8OA 4FLUA 2RF2A 3KK1A 4LSNA 5T7BA 1XHXA 2IAJA 4FW1A 4DTRA 4KHSA 4KRFA 4PA1A 1JLQA 4CGFA 2JLEA 1FKPA 3MAQA 1S1VA 1VSDA 3OYKA 4Z4FA 4ZHRA 3HXMA 1XC9A 4KTZA 1DTTA 1LWFA 1TL1A 1S1UA 3NF8A 4CHYA 4CJ3A 4KHYA 3AVMA 4E1NA 1CXUA 5JS2A 4KAZA 2BDPA 3ZSWA 2KQ2A 4E89A 4Z4HA 2ETJA 5I42A 1L3TA 3AA4A 1D9FA 4PUOA 4JLHA 2YNFA 3QLHA 4LH5A 5C25A 2NUBA 5KRSA 4CFCA 3O3HA 3HP6A 4BE0A 5J2NA 1RTIA 1QSLA 1UAXA 3NH0A 2Y1IA 4CERA 1SKWA 4M3TA 2IS3A 3SI6A 1X1PA 3TARA 4FLWA 2P5GA 1S6QA 2IGIA 4DTXA 3TABA 4CF1A 4CJKA 1N5YA 1DLOA 1KFSA 4OVLA 3HPGA 3NGZA 1KCFA 1Q9YA 1ASUA 1YTUA 3KK2A 1KTQA 4FJMA 4PY5A 4IFVA 3KLFA 4B8AB 2X6SA 3K58A 4E7IA 2A1SA 3L2RA 3S3MA 4ICLA 1QQCA 5FROA 1C0TA 4DU3A 3SUOA 1TK0A 3V1QA 5FRMA 3WNHA 1HYSA 1JLFA 1BI4A 3E01A 4I7FA 4CJEA 3SCXA 1RBSA 3M8RA 3VA0A 4CIEA 4PWDA 3NGYA 3AO2A 4DS4A 4CJFA 4NYNA 1D5AA 4R5PA 1VSLA 4CF9A 3SZ2A 2PY5A 2O4IA 2B6AA 4CHQA 2KZZA 1RT2A 4DTUA 1HQEA 1Z26A 4J2DA 3MXJA 5HRRA 1VRTA 1HRHA 4RW4A 5HLFA 1TKDA 2VWKA 1S1XA 2FBTA 1HQUA 4IG0A 4DFJA 4CJUA 4CGHA 3TAPA 5CYQA 4N41A 3IG1A 4W5RA 2HW3A 3RMCA 4B9NA 2OZSA 2XHBA 4B08A 4E7KA 4RG8A 4CHNA 1QS4A 3V1OA 1UOCA 3BGRA 3D45A 1U04A 3QERA 3OJUA 1X9MA 4FLXA 1UWBA 4AHSA 3PV8A 1IKWA 1I39A 1WAJA 4LD0A 2HMIA 1QTMA 4JRQA 3C94A 2OPSA 2HHUA 3V9UA 4WE1A 1S9GA 5E41A 4CEAA 3NDKA 1R0AA 4RW8A 4DQQA 4ELVA 1ASWA 4CJSA 4K8ZA 1NK7A 3OYHA 1YTAA 1RCHA 3AO4A 1HNIA 1XI1A 1NOYA 4Y1DA 3RMAA 4FZZA 1JKHA 1D9DA 2HHQA 3DM2A 3ZSXA 2G8FA 3EYZA 4H4OA 3QNOA 1YVUA 2RKIA 3A2FA 4MFBA 3T1AA 4CECA 4BACA 1IO2A 4CEEA 1W9HA 4BWJA 1NKBA 3ZCMA 4CGDA 1RBVA 4M3ZA 2BANA 2XY5A 1O1WA 4O0JA 2E6LA 3V1RA 4M3UA 4AHUA 1NJYA 5CZ2A 3CFRA 4QOZB 2ZE2A 3QNNA 4DFKA 4KHQA 3DLGA 5SWMA 4O4GA 3MEGA 1A5WA 1TKTA 5J2PA 1S6PA 1U49A 1FXXA 2G8KA 1WLJA 3HYFA 3K5MA 4M3XA 3DOLA 4HCCA 1X9SA 1WSEA 1BQMA 4E0DA 1REVA 1QHTA 1Z25A 4KO0A 3K5OA 4E3SA 3JYTA 3K57A 3NH1A 1CLQA 1JL1A 4DMNA 3LWMA 1WNSA 4FZYA 1G15A 4FJJA 4O0IA 5HRSA 2PZSA 3MXMA 3V81A 3EZ5A 2XY7A 3OYBA 1XHZA 2Q3SA 5I3UA 1A5VA 2FBYA 2R7YA 2KTQA 3PX0A 2KFZA 4B8CA 1VSEA 3C6TA 3U3YA 3SQ4A 1RBRA 3DMJA 3K59A 3CG7A 1B9FA 4AILC 3SPZA 3V9WA 1JXBA 3AA2A 1N6QA 3HSTB 2DTUA 4K8XA 4FJ8A 1NK6A 1HYVA 3DYAA 3ZT3A 4DSKA 1JL2A 2P51A 4CF2A 3NF7A 1S1WA 4ID5A 3RRGA 2X78A 4NCGA 1TGOA 4OLAA 3HPOA 2D0BA 3O3GA 1L5UA 3RR8A 4GW6A 4Q5VA 4JRPA 1HPZA 4CJLA 2ITGA 1L3SA 4F2RA 3VQPA 2D0CA 1TK8A 1NK5A 3UIQA 1TKZA 3AVHA 2D5RA 1RTHA 3AVAA 2OPPA 3ZSQA 4AH9A 4CK1A 4PQUA 4DTOA 1NKCA 2PYLA 3AA5X 5KGWA 4ELUA 3LP0A 1WAFA 5K14A 5J2MA 3S3OA 1HMVA 2G8HA 4J2EA 1VSIA 3O3FA 3TANA 4OKJA 1ZBHA 4KI4A 3AVJA 1RTJA 1TKXA 4CGJA 4RW6A 1Q8IA 3OS2A 3SNNA 1TAQA 1NKEA 2KW4A 4KTWA 3AO1A 1QE1A 1VSJA 2X74A 3S9HA 2Z1JA 4EP4A 4C8MA 3V9ZA 2XY6A 2F8TA 4E7HA 4FLVA 2XRIA 4OKKA 3OYCA 4DQPA 4BE2A 3RTVA 4B9UA 1S5JA 3LP2A 4CEBA 3SUQA 3L2QA 3TAMA 4CF0A 4NCBA 4QAGA 4DSIA 4GMJB 2VG7A 3B6OA 3NF6A 3VQ9A 3D0PA 4KFBA 3DLRA 4Z0UA 4JS4A 1CZ9A 4DTNA 3OYJA 3C6UA 4N5SA 1U45A 3IAYA 1VSKA 3ZSYA 1WSHA 4F4KA 1BCOA 4CE9A 4CCHA 4FM1A 1VSFA 1U4BA 3KJVA 2WOMA 2B5JA 3PUFA 3ZSRA 3QIOA 3ZSZA 4CK3A 3S3NA 4FK4A 1KVAA 4FJIA 3SPYA 3VN5A 3NHGA 1T05A 4FJGA 4YFUA 1JLAA 3HM9A 1IKVA 2P1JA 3V4IA 4KHNA 3OYAA 3LAMA 3L2UA 1KVCA 2YNHA 4KV8A 3WNFA 3G0ZA 3KK3A 4ID1A 1BI4B 3WNEA 1TAUA 4FK2A 1LWEA 1Y97A 3HT3A 5DK5A 1RDAA 1TK5A 3ASMA 4Z4EA 3ZT4A 2QKBA 2G8VA 1Q9XA 4QCLA 4DFMA 4CJPA 1JLBA 3O4QA 4FJ7A 3TAFA 2HHSA 1VSHA 3ZT2A 4BDPA 1TVRA 3ITHA 3K5LA 1WN7A 4OKEA 2YKNA 4AHCA 3ULDA 1J9AA 4KTQA 3HL8A 3VQQA 1WSFA 2HHXA 3KLGA 1TL3A 4N76A 3H08A 5KRTA 4B9TA 3LP3A 4FJHA 2HHWA 1KRPA 1S1TA 5J1EA 3KTQA 4H4MA 3OYLA 4EZ9A 5D3GA 2HHVA 3ZT1A 3QESA 1NK4A 3I0RA 4DSLA 1KFDA 3VQDA 5HROA 4KHWA 3CFOA 3CQ8A 3AO3A 3SJJA 3WNGA 4CHZA 4FLYA 3BDPA 1QSYA 4M41A 3KKSA 3OYNA 3IRXA 1X9WA 2HVIA 4C8LA 3DLHA 4LH4A 4F8RA 1BHLA 3RMBA 3TI0A 1GOBA 4O55A 3HPHA 3NH2A 4FJKA 1WSIA 4DU1A 4FJXA 1B9DA 5HP1A 2PYJA 2OZMA 2OPRA 4HUFA 3HVTA 3NGIA 3V6DA 3AVCA 1RT3A 2DFEA 2XO7A 4B9MA 1QSSA 1HJRA 1JXEA 3LALA 2A1RA 4LSLA 1KSPA 2HNZA 3QETA 2I5JA 3CYMA 4FJ5A 4J2AA 2HNYA 3K2PA 4KB0A 3AVGA 2YKMA 3P1GA 3SQ1A 1ZBLA 1WSJA 1BCMA 1ZBIA 1JLEA 2BGGA 5J2QA 1RNHA 4J2BA 3T19A 3C95A 3DLBA 2G8IA 4DQSA 4ZTFA 3KLEA 4FXDA 1RBUA 1NJXA 1UA1A 2G8WA 2DY4A 4XIUA 1ZYQA 1JLGA 3PX6A 3DOKA 3TWHA 3U6FA 4DFPA 2FBXA 4LY7A 2IOCA 4FVMA 1VSMA 3RR7A 3MXIA 1I3AA 2VG6A 5HBMA 3OY9A 2E4LA 3KLHA 2B4JA 3CM6A 3QO9A 1RT7A 4I9LA 3OJSA 4DTPA 3T3FA 1BL3A 3VA3A 2YHAA 2Z1HA 3DLEA 2XY8A 1RILA 1KLNA 4DTJA 3RRHA 4CEQA 4HHTA 3ZSVA 4HUGA 4OPJA 4DQIA 3NE6A 3KD5E 1SV5A 1HNVA 1C0MA 3HP9A 2D0AA 1LWCA 1LW2A 4IBNA 2QKKA 4FJ9A 4CFDA 2G8UA 3P5JA 3ALYA 5EU7A 3MEEA 3VQEA 4CJVA 1CXQA 4UQGA 4CEFA 3OYIA 4HTUA 4FZXC 1IKXA 4NCAA 4CEOA 2IDOA 4BDZA 3KIOA 3FFIA 2O4GA 1EKEA 2QXFA 3M8QA 3VQ7A 5KTQA 2F8SA 1IKYA 1J5OA 2KFNA 3HK2A 1EX4A 3MEDA 3DLKA 4OGCA 4M45A 3DRRA 1NK9A 3OS1A 3L3UA 3AV9A 4BWMA 4CESA 1UA0A 4KKOA 4CJWA 3SQ2A 1U47A 2HHTA 4DG1A 2YNGA 1RTDA 3IS9A 4CGGA 3VQ8A 4L8RB 4CJTA 5KI6A 3K5NA 1T7PA 3OYEA 3P83D 2W42A 4W5NA 4FM2A 3AA3A 4EP5A 1BQNA 2EHGA 3KKRA 4FJLA 3LAKA 4IDKA 2X6NA 3L8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DRSA 2QK9A 2HF3A 3R6MA 1ZBFA 2RE2A 3OVNA 1NOZA 2O8CA 3MECA 3H46O 4DU4A 1T03A 1NU0A 3ISNC 3PO5A 4KB1A 3A5OC 5DM6L 4DLGA 3D7EO 4OLBA 1J53A 5AQMA 4JD2B 3A0IX 2YNIA 4X65K 1LV5A 4BE1A 4AHTA 1M1KO 3MX2A 2F96A 3C7NB 1B92A 1I94K 4JI8K 5E84A 3RSEA 1SAZA 5CY4A 5AZJB 1EETA 4YOYA 5AQRA 3EL2A 3J7AP 3BEXA 3OBWA 2NRXA 1QVGM 2YJFA 4YOXA 3E66A 4GVMA 1S9EA 4ZTJA 4FVUA 3OYDA 4FLTA 3V9XA 3HJFA 4DR1K 3FE1A 1K73O 4HCBA 4A61A 2OA8A 4OPKA 3QEPA 4C1NK 3OYFA 2GUPA 1WSGA 3CXCM 2O8FA 2F9TA 2HNDA 1A5XA 1VRUA 3SV3A 5DMRA 2E88A 4LF7K 3DRPA 1C1CA 3VQAA 1SS6A 1J5EK 5AZIB 4E7JA 5FDLA 1ATRA 3D2FB 2GX9A 3LZJA 3SV4A 5C15A 2P9IB 1RDBA 3HSCA 3B8AX 4TSXA 1XWLA 4KREA 4DQRA 4CFBA 4WFBL 1RT6A 4DSEA 3AVBA 4DSFA 1MU2A 5BRDA 2YHWA 1C6VA 3WXJA 4DS5A 5HRNA 5JS1A 5M1FA 3SUNA 2F9WA 1T8EA 4GNIA 4BR4A 1NGIA 5AQSA 4ILGB 1VQ7N 1J54A 4KPYA 4KI6A 4HUEA 2VCPA 3L3VA 4W5TA 4LSNA 4H0YB 4DTRA 3GOIA 4FW1A 4CGFA 3CERA 3D6RA 1C0FA 1TL1A 3LM2A 4CHYA 3AVMA 4E1NA 1S3XA 2YX6A 4KAZA 3QBXA 3ZSWA 3G71N 3MX5A 3AA4A 1G99A 2ZF5O 5C25A 4LH5A 1W97L 3HP6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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