2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
source organism Moloney murine leukemia virus
molecule tags Hydrolase
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
4DTUA 4DS5A 3V81A 1HYZA 1RBUA 3NDKA 4CJFA 3DLHA 3BGRA 3C6UA 1C0MA 4LSNA 2X74A 3VQ6A 2Y1IA 1QSLA 4CHNA 4FJ8A 1D5AA 4Z0UA 4CHPA 3RR7A 2ETJA 3KKSA 4CECA 4IKFA 3TARA 1KLNA 4HUGA 1YVUA 4DTSA 4DU4A 2G8VA 1SUQA 3HK2A 5C24A 3VQPA 1TK0A 2PY5A 4B9UA 1RT4A 2P5GA 3MAQA 4BWJA 3QEVA 1RT6A 4KO0A 4AHSA 1ASVA 1KVBA 3SZ2A 4R5PA 1UAXA 1S1XA 1FK9A 4E1NA 3KD1E 1S9EA 2OPQA 4EZ6A 1C0UA 1CXUA 2Q3SA 4RW6A 3T19A 3AVKA 4FVMA 4DTPA 3SUPA 1KFDA 4FK0A 4AHCA 3MXMA 4GMJB 3ZT2A 4Z4EA 1IO2A 5C25A 1RBVA 2X78A 4LH5A 4DFJA 3PO4A 4F2RA 4PUOA 3M8SA 4PY5A 1KVAA 3DRSA 4BDPA 4B9VA 4KPYA 1QS4A 3CM6A 1RDDA 5FROA 3SYZA 4CGIA 2OYQA 4GVMA 3V9UA 3SV4A 2P5OA 4IFYA 1K6YA 2HW3A 3AO3A 1JXEA 3NFAA 1QTMA 3CQ8A 5CYQA 1D9FA 1Q9XA 4C8KA 3OYJA 4QCLA 1JXBA 3U6FA 1HMVA 4ID5A 4ICLA 1I3AA 3RMCA 4DQQA 3S3MA 3RMBA 4DSKA 3NCIA 1RTHA 3V6DA 2RKIA 5E41A 1SKSA 1KRPA 3OY9A 3SPZA 1U48A 5DK5A 4DS4A 3A2FA 2QK9A 3MEGA 1TGOA 4IBNA 4PWDA 2D5RA 1NK7A 1VSDA 2EHGA 3K5MA 1IKXA 1NOYA 3PX4A 4ELTA 4FJKA 4KFBA 1D8YA 4CHZA 1WN7A 1JLQA 3HP6A 1BI4A 5HRRA 1EP4A 1RT7A 2E4LA 4HHTA 3OYMA 4FM1A 3VQEA 1GOAA 2DFEA 2P1JA 3O3GA 4DQPA 2XHBA 3G0ZA 1ZBHA 4HVJA 4CF2A 3LP1A 3QEIA 1ITGA 4ZTFA 4N41A 4H8KA 4Z4GA 2HHVA 3SUOA 3KD5E 4C8NA 1SV5A 2VG7A 5KRSA 3OYCA 3HM9A 4MFBA 3NF8A 1Z26A 2YHAA 3OS1A 3QESA 4DFMA 1LWCA 3RWUA 3LZIA 3AA4A 3DYAA 4YNQA 1ZYQA 1A5VA 3M8RA 1RT1A 2ZD1A 3S9HA 1QSSA 3MXJA 4DSLA 4Q5VA 1KLMA 1JL1A 2HHWA 3AVMA 2QXFA 3VQ8A 3TI0A 3K58A 5JS1A 3ZT0A 1ZBIA 3QNOA 1TK8A 4FLXA 4K8XA 3LAMA 4E7LA 5HRNA 5I42A 3TWHA 3KJVA 3C94A 3NH1A 4BDYA 4FJ7A 1RTIA 5HBMA 4KHSA 3L3VA 2EX3A 3AA5X 1WAJA 3OYKA 3AA3A 4KV8A 4CFAA 1J5OA 2BANA 2RN2A 3S3NA 4FJGA 2HHQA 1CZ9A 2RPIA 3TAQA 4CK2A 4DU3A 4RW4A 4FZZA 3KLGA 4OVLA 4I7FA 2G8KA 3SCXA 2B6AA 3B6OA 1U04A 1C6VA 4FLTA 3QERA 4B9SA 4ELVA 3VQCA 1TKZA 3AO5A 3PX6A 3ZT4A 1NK8A 1QHTA 1B9DA 2FBVA 2YKMA 4DSFA 3HPHA 2XY5A 4CIEA 3THVA 1HPZA 4TSXA 1BCOA 4AH9A 4FZXC 3IAYA 3ALYA 4IG3A 1UWBA 4LD0A 3AV9A 3L2UA 3HSTB 4CHQA 4JRQA 4JS4A 1T7PA 3OYIA 3NGIA 1X1PA 1FXXA 2FBXA 2XY7A 1NK0A 1U45A 1WNSA 2HVIA 1TL1A 3OYAA 4Z4HA 2G8IA 4OKEA 2HNDA 1BCMA 3AVBA 3PV8A 4C8MA 4FJHA 1YTUA 4CCHA 5CY4A 4KHQA 2ZE2A 2O4IA 2W42A 2KQ2A 4CERA 1HQUA 3VQ5A 3OS2A 3KK2A 4F3TA 1VSMA 3VQ4A 1JLGA 1RT5A 4HCBA 5HP1A 2D0AA 3SQ0A 4KI4A 1EETA 1UOCA 4Z4FA 2F8TA 1RBTA 1S1WA 1WSEA 1IKVA 5KI6A 2IDOA 1WLJA 4DMNA 3TAFA 3SQ2A 4CEBA 2ATQA 1L3VA 2X6NA 4CF0A 4KAZA 2QKBA 1WSIA 3JYTA 2AJQA 5CZ1A 4NCBA 4CFBA 4DTXA 4CGGA 3ZCMA 2P51A 5J1EA 3AO1A 3HXMA 1BL3A 3O4QA 3CG7A 1LAWA 2G8HA 4FJNA 1JLEA 5K14A 3BDPA 4OLBA 4CJQA 1GOCA 1NJZA 1TAUA 4B9LA 1L5UA 4B9NA 1VSLA 1HNIA 1T03A 1WSFA 4UQGA 3NBPA 1A5XA 4CEAA 3AVGA 3O4NA 1TKDA 3OYBA 4KHYA 5HLFA 4AHRA 1RILA 1NJYA 3SUQA 3K57A 3UIQA 4NCAA 3SPYA 4FJ9A 3E01A 3TR8A 4DF8A 3LWMA 1IKWA 3VQAA 4J2EA 4G1QA 3DRRA 1DTQA 1EXQA 1S9GA 4N56A 4CEQA 4DQSA 2VWJA 4CJ5A 4DTMA 2A1SA 2ITGA 3HJFA 4M3RA 5J2QA 4W5NA 1LAVA 4CEEA 4GW6A 1BI4B 2HHUA 1GOBA 1VSKA 4I2QA 1BHLA 5KRTA 4O4GA 3LZJA 2F96A 2A1RA 3RRGA 3PY8A 1VK0A 1W0HA 5T7BA 2Z1JA 4BE1A 4CF9A 1NK9A 2HHXA 4B8AB 4BDZA 1BQNA 1CZBA 1RTJA 3AVAA 3LP3A 3NF9A 2FC0A 1S6QA 4FK2A 5D3GA 3K5LA 5CYMA 2KZMA 4NYNA 2IC3A 3ZSOA 1BIZA 1IKYA 2DY4A 2DTUA 3K59A 4B08A 1S6PA 4Z4IA 2YV0X 2WOMA 1LWEA 2HMIA 3JSMA 4ID1A 3DI6A 2HVHA 3NGYA 3V9SA 4KI6A 4E3SA 3OYGA 3CFOA 4PA1A 4M3XA 1NK4A 4I9QA 1U4BA 4M3UA 3VN5A 4J2AA 2HB5A 3OJSA 1B9FA 4CJPA 3VA0A 1C0TA 1NKCA 3V4IA 3T1AA 4FLUA 1SL1A 1WSGA 4CJ3A 2VG5A 4KHUA 3TAMA 1HYVA 4OGEA 5HROA 4CF1A 5FRMA 2KFZA 1JLFA 3P5JA 5DMRA 4CJ4A 4O55A 5J2NA 3SQ1A 4F3OA 2KFNA 4LH4A 3KKRA 3L8BA 5KTQA 3O3HA 4JRPA 3V1RA 4O0JA 3KLIA 3ZSXA 3VQDA 4E7JA 4DWIA 2KZZA 1NJWA 3OYEA 4F2SA 2DFFA 2HNZA 1WSHA 3MEEA 3S3OA 1RT3A 2YHBA 3DRPA 4C8LA 3M8QA 3LWLA 3AVLA 1D9DA 1J53A 2YNGA 1A5WA 2Z1HA 1T05A 3SQ4A 3K5NA 1SKRA 4F4KA 4FJ5A 1RCHA 3QINA 1KFSA 4XIUA 2LSNA 4CF8A 2NUBA 4BACA 5EU7A 3KLEA 3PUFA 1RDBA 3OJUA 1KTQA 4F8RA 4N47A 1DLOA 1S1VA 1HJRA 1XHXA 4M41A 4CIGA 4EP4A 4O44A 3NF6A 4KTZA 1REVA 4FW2A 4FYDA 4CGJA 2OPRA 5SZTA 4M3ZA 1JLCA 3L3UA 3RMDA 4FW1A 4CJLA 4MQ3A 3D45A 3DLKA 3VA3A 1CXQA 1XI1A 4FJIA 1XC9A 3TAGA 2YNIA 1QE1A 4CK3A 4FJMA 2BE2A 5FRNA 2QKKA 2B5JA 3I0SA 3P1GA 4FCYA 4HUEA 1Y97A 1YTAA 5SWMA 3V9XA 3DLEA 4KTWA 2HNYA 1R0AA 3LANA 4ZTJA 1S1UA 1ZBUA 3HVTA 1FKPA 4RW9A 3NH2A 5KGWA 3VQ7A 3NH0A 1QQCA 4ZHRA 3SI6A 2DFHA 4RW8A 3V1OA 5HRSA 3QLHA 4CEZA 3KIOA 4CJTA 1WAFA 3IRXA 4E1MA 3CM5A 3OS0A 1QSYA 3ZSZA 3ZSWA 2G8FA 1EKEA 2X6SA 2O4GA 3VQQA 4CJWA 4DG1A 1RBRA 4AILC 3EY1A 3TANA 4AHUA 3K5OA 4H4MA 2IOCA 4KREA 4CJEA 1ASUA 3H08A 3KLFA 3SJJA 2OPPA 3OYNA 2XY8A 4C8OA 1Z25A 1NK5A 4KHNA 3TAEA 1DTTA 3OVNA 1JKHA 2WONA 1Q8IA 3KLHA 3HT3A 4DLGA 3LPTA 4CFDA 4OKKA 4DTNA 1C1CA 1NK6A 1NOZA 3I8DA 1HYSA 2E6MA 3TABA 3MEDA 4WE1A 3TAPA 3SUNA 1WSJA 1LV5A 4FJXA 2PYLA 3IS9A 2OZMA 3OYHA 4CJKA 2IS3A 1HQEA 1XHZA 4B3OA 4KHWA 5CZ2A 2PYJA 3AVFA 3QIPA 1ZBLA 3DLBA 4FLZA 1FKOA 1LW2A 3M8PA 1C1BA 3AVJA 3HYFA 3C6TA 1BGXT 1RTDA 4M3TA 2GV9A 4W5QA 3LALA 4QAGA 3DMJA 3L2WA 3QEPA 4EZ9A 4DSJA 1L3SA 3AO2A 2VWKA 1J54A 3LAKA 4E19A 4FLVA 2RF2A 4LSLA 4ELUA 1N5YA 5HRPA 2KTQA 3HVRA 4IG0A 4B9MA 4KB0A 4N76A 1TV6A 4K8ZA 4FLWA 3AO4A 1ASWA 2ZQBA 3P83D 4B9TA 4N5SA 3ISNC 4DF4A 1TAQA 2XRIA 4M45A 2IGIA 1TKXA 2XY6A 4EP5A 4RW7A 3LP0A 1X9WA 2BGGA 1T8EA 1VSJA 4NCGA 4DSIA 2GUIA 3QO9A 3MXIA 2VG6A 3L2VA 1Q9YA 4I2PA 1U47A 5JS2A 4JLHA 2B4JA 4FJLA 1TKTA 3NGZA 5KGXA 2OA8A 4CFCA 4FM2A 4AHTA 4O5BA 3DM2A 3EYZA 3V9ZA 4DTOA 3LDSA 4CEDA 3T3FA 2G8WA 1YT3A 1O1WA 3KK3A 1L3TA 4DQIA 3G10A 4CHOA 4M42A 3ZSRA 2GBZA 4DQRA 4KRFA 4HTUA 1SL2A 2IAJA 4B8CA 4W5OA 3O3FA 1S1TA 3ULDA 1NKBA 1HNVA 2G8UA 3FFIA 2F8SA 3WNHA 4L8RB 3ZSQA 3L2RA 3OYLA 4KKOA 3AA2A 4BWMA 4BE0A 4CK1A 4DLEA 4DFKA 4J2DA 4CHYA 4QOZB 4CJUA 1MU2A 1RT2A 1W9HA 1LW0A 4OKJA 3I0RA 3OYDA 3CYMA 3L2QA 1B92A 4CEOA 2PZSA 1ZBFA 2I5JA 2Z1GA 1XWLA 1C1AA 3WNFA 3HPGA 4OPJA 4CGDA 3CFRA 3AVNA 3HL8A 4IFVA 4YFUA 1U49A 2D0BA 2KW4A 3ITHA 3QIOA 4CESA 4E7KA 1KSPA 1BIUA 4FK4A 4Q0BA 3AVIA 3QETA 2HHTA 1TL3A 4E0DA 1RBSA 3VQBA 3RRHA 3WNGA 1VRUA 1KCFA 1NKEA 3RR8A 3C95A 2YNFA 1SKWA 3DOKA 3V1QA 4W5RA 1EX4A 2Z1IA 1VSHA 1X9MA 3AVCA 4OLAA 3PX0A 4OGCA 1NJXA 3MECA 2E6LA 4H4OA 2YKNA 4PQUA 4AHVA 5J2MA 2D0CA 1LWFA 2OZSA 4CE9A 4E7HA 1VSIA 4DU1A 2Y1JA 1L3UA 1TK5A 1RNHA 4CGHA 2JLEA 1J9AA 4E89A 3QNNA 1KVCA 4OPKA 4O0IA 4E7IA 3SNNA 2OPSA 1VSEA 1JLAA 1VSFA 3LPUA 3D0PA 3QEXA 4CEFA 1I39A 2FBYA 4HCCA 4J2BA 3AVHA 3SV3A 3NHGA 4BE2A 1X9SA 3DOLA 4Y1DA 5C42A 3V9WA 4FXDA 2BDPA 3HO1A 3F9KA 3VQ9A 3ZSVA 3ASMA 3CFPA 1TVRA 5FDLA 4HUFA 2FBTA 1N6QA 2YNHA 4IDKA 4CGFA 3U3GA 1CLQA 3F73A 2JGUA 3WNEA 3DLRA 4DTRA 3U3YA 3DLGA 3HP9A 3PO5A 4CJSA 1IH7A 4DSEA 1S5JA 1BISA 4Y1CA 3ZT3A 4CIFA 4FJJA 3KTQA 4I9LA 4CJVA 3OYFA 1G15A 1JLBA 4LY7A 4OJRA 3KK1A 5J2PA 4CJRA 3QEWA 4RG8A 1IG9A 1UA1A 3IG1A 3HPOA 1F21A 1JL2A 1UA0A 4DTJA 2XO7A 1HRHA 1VRTA 3B6PA 4KTQA 3LP2A 3ZSYA 1RDCA 4KB1A 4W5TA 4M3YA 3NAEA 1BQMA 4JS5A 4Z4CA 4DFPA 2R7YA 5I3UA 1SL0A 3NE6A 3EZ5A 4M3WA 2HHSA 1RDAA 3RMAA 3K2PA 4FM0A 4FLYA 4FZYA 3NF7A 3RTVA 4NYFA 3ZT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DS5A 4CJFA 3BGRA 1NMNA 3THXB 2X74A 5KQ8A 4H5NA 5B8HA 4FJ8A 1KXPA 2ETJA 3TARA 4HUGA 5C2FA 4LFCK 2V52B 3HK2A 1IBKK 2PY5A 2YI1A 3QEVA 1RT6A 4AHSA 3C65A 1KVBA 1S1XA 1FK9A 4GVEA 2OPQA 3U9DA 5C10A 5C2DA 4DV4K 4FVMA 1KFDA 3ZT2A 2X78A 3PO4A 4DFJA 4PY5A 1KVAA 5TKWA 3V9UA 2P5OA 3CMEN 3NFAA 4JHDB 1QTMA 4C8KA 4BR2A 1HMVA 3RMCA 3BZKA 2QK9A 1K8KA 2E88A 2P9KA 4JK7A 4IO9L 1NK7A 1DGKN 3PX4A 4ELTA 4FJKA 4H5TA 4KFBA 1I94K 1JLQA 1EP4A 5JMVA 3O3GA 4DQPA 3G0ZA 3QEIA 3LP1A 4N41A 4CZEA 3FGUA 2A42A 5GAEP 3KWIA 2YHAA 3LZIA 1ZYQA 4YNQA 4H0YB 2A5XA 1QSSA 2ZD1A 3CCSN 5AQMA 1JL1A 3ENBA 4GV3A 4HTLA 3TU5A 3AGRA 3ULEA 1U2VB 3QNOA 3OBYA 2WBNA 4B3SK 1J5EK 3J81O 4KHSA 2EX3A 1VQPN 3I56N 3OYKA 3CIPA 4KV8A 2BANA 4CZLA 2HHQA 3HZ6A 4RW4A 5DM6L 3KLGA 2Q97A 1C6VA 4BGAA 4B9SA 4ELVA 1TKZA 3ZT4A 1NK8A 1QHTA 1B9DA 1SAZA 3THVA 1DKGD 5F1XA 3BY5A 5EY4A 4BRLA 1U6ZA 4AH9A 3IAYA 3M1FA 1UWBA 4JKGA 4JS4A 1X1PA 2FBXA 2QWLA 3QBWA 4BRDA 2XY7A 3UKRA 1NGGA 4EFHA 4CCHA 5CY4A 4ILGB 4C1NI 4F9OA 4CERA 3OS2A 4F3TA 3VQ4A 5HP1A 2D0AA 2YHXA 1EETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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