4BC4A

Crystal structure of human d-xylulokinase in complex with d-xylulose
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
525
structure length
525
Chain Sequence
RRCCLGWDFSTQQVKVVAVDAELNVFYEESVHFDRDLPEFGTQGGVHVHKDGLTVTSPVLMWVQALDIILEKMKASGFDFSQVLALSGAGQQHGSIYWKAGAQQALTSLSPDLRLHQQLQDCFSISDCPVWMDSSTTAQCRQLEAAVGGAQALSCLTGSRAYERFTGNQIAKIYQQNPEAYSHTERISLVSSFAASLFLGSYSPIDYSDGSGMNLLQIQDKVWSQACLGACAPHLEEKLSPPVPSCSVVGAISSYYVQRYGFPPGCKVVAFTGDNPASLAGMRLEEGDIAVSLGTSDTLFLWLQEPMPALEGHIFCNPVDSQHYMALLCFKNGSLMREKIRNESVSRSWSDFSKALQSTEMGNGGNLGFYFDVMEITPEIIGRHRFNTENHKVAAFPGDVEVRALIEGQFMAKRIHAEGLGYRVMSKTKILATGGASHNREILQVLADVFDAPVYVIDTANSACVGSAYRAFHGLAGGTDVPFSEVVKLAPNPRLAATPSPGASQVYEALLPQYAKLEQRILSQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
pubmed doi rcsb
molecule keywords XYLULOSE KINASE
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 181
structure length 525
sequence length 525
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2012-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc4A01
2Q31A 4BC2A 3WQTA 5BN9A 3GE1A 4H0VB 3U9DA 1TYQB 5AQFA 5AQUA 3VGMA 3VF6A 3GBTA 2I7NA 2D1KA 4FSVA 2QWQA 1NGAA 3WXKA 5AQSA 3GOIA 4JHDA 3UKRB 3I8BA 4BR7A 4BRLA 4BQZA 3CIPA 2ASOA 3B8AX 4H5RA 5AQKA 5BRFA 3D2EA 2QWMA 3HZ6A 5BN8A 1GLEG 4BR0A 2HF4A 5ELZA 2Q2RA 1KAXA 3SK3A 2P9LB 2IIRA 3GDQA 2GTDA 3ENOA 3H6EA 5AZJB 4H0XB 3C7NB 3HBTA 5BPLA 3KZBA 2P9SA 4GNIA 1SAZA 3CQYA 4FPAA 4H5TA 1D4XA 4A61A 2YHXA 1Z05A 4A2AA 1MWKA 4B1YB 5AQNA 1HKCA 4BRIA 3AY9A 2E2OA 2D0PA 4BVPA 2E1YA 3O5BA 5AQVA 3ZEUB 4BROA 4H5NA 3QICA 2GEMA 1NGHA 1CZAN 3SJHA 2P9NB 2FSJA 3QB0A 2IVNA 4KBOA 2E2NA 1BUPA 4WQ4C 5AQHA 5F2RA 1NMDA 4BRHA 3HM8A 4PKIA 5FPNA 2AA4A 1OKJA 3VPZA 4CJ7A 1DGKN 1QZ5A 3R9PA 4CZFA 2CH6A 5AQXA 3MK6A 2A41A 3VF2A 4CZEA 2E2PA 5E84A 3MN5A 3CHWA 2ASPA 4BRDA 3L6QA 3L0QA 3VERA 4MLEA 4ISGA 4DB3A 4K41A 5BPMA 2E1ZA 1S22A 2YI1A 3WEEB 3FE1A 5I9EB 1YVNA 1T44A 2ZF5O 1X3MA 1NM1A 4BRPA 4H0OA 3P4IA 1E4FT 3MDQA 2QWRA 4FOEA 3FZKA 4MLHA 5AQPA 4DQ8A 4FWLA 3FZMA 1KAZA 3DXKA 3AAPA 4AM6A 5BREA 3UB5A 2V52B 1P8ZA 1H1VA 3EN9A 1NGIA 1NGJA 3H46O 3BP8A 3JXUA 1LOTB 4IO8A 3EKSA 3FGUA 5AQZA 1NBWA 1BOTO 4BR5A 4O5FA 1WOQA 4JHDB 3WT0A 5LY3A 3VEVA 4QS9A 1YUWA 4CZJA 3D2EB 3ZX0A 2ASMA 2Q0RA 4H0TB 4H0YB 3CJCA 1ZC6A 1MA9B 2E2QA 1HKGA 3M1FA 4PKGA 4XH5A 4L3QA 3MMVA 2OANA 2P9KA 4K43A 3A5OC 2J4RA 2A3ZA 2P9SB 5BR9A 1GLLO 4BRMA 2P9IA 5ADXA 3MN9A 2ZWHA 4BR4A 2W41A 2YHYA 3EKUA 3GG4A 1C0GA 2A5XA 3A5MC 1NGFA 2F9WA 1QQOA 3LM2A 4ISEA 4M63C 1X3NA 1BG3A 4BGBA 5B8HA 4BRKA 3VEYA 5AZIA 3J8AA 5KQDA 2NRHA 3MCPA 3CETA 4RTFD 4WQ5C 4B1UB 1K8KA 3KHYA 3CJBA 5AQTA 2VWBA 4BC5A 3QMLA 1SQKA 3CJ9A 4NO7A 1RGIA 1RDWX 3ZX3A 3MN7A 3QDKA 2FXUA 4BGAA 3BUZB 3R8EA 3A8YA 3EZWA 2BTFA 2E8AA 3IUCA 4B1WB 4FWPA 1BA0A 2D0OA 3LM9A 5JLHA 3H1QA 1QQMA 4HWIA 4BG8A 4RWTA 1GLJO 2FSNA 4A62A 5AFUA 4H03B 3O1WA 4FPBA 1KXPA 5JMVA 1NGDA 2A42A 3EL2A 4BQLA 3CERA 2Q36A 2CGKA 4E1JA 1MWMA 3O6WA 4FWSA 3VGLA 5LJVA 3DXKB 5EX5A 2VYPA 4M7XA 1KAYA 1T6DA 4DCHA 2GWJA 3FLCO 3H1VX 3DXMA 3QBWA 3WXIA 2P9UA 1BU6O 5BPNA 3LDQA 4JAXA 4QS7A 4PL7A 4IZ9A 1EQYA 5AQQA 2IVPA 1HKBA 4FL9A 4CBUA 1HJOA 2HOEA 3VESA 2BUPA 3EO3A 4DHYA 2FSKA 2V7ZA 5TKYA 3S41A 4WQ4A 2P9KB 5AQYA 4FO0A 5EY4A 5JICA 5AQIA 2P9IB 3ZX2A 4QS8A 2PBDA 2V51B 4BRGA 1IJJA 1ATRA 4AM7A 4BRQA 2FF6A 1QQNA 2E20A 5JLFA 3L4IA 4B1ZA 2PAVA 5AZIB 5EVZA 4CZKA 3LDOA 3FZLA 1JCFA 3QBXA 5ADXH 3JS6A 3FZHA 2FLOA 1HPMA 3BF1A 3H3NO 4O8KA 1K8KB 3TU5A 3A0IX 3LDLA 1LCUA 1XUPO 3OHRA 3O08A 4FWRA 4BREA 5KPRA 4BR9A 2ZGYA 4BR2A 4FWMA 5FPDA 3U9ZA 3QFPA 4H5WA 4Z94A 2ZGZA 3HSCA 3GL1A 3QFUA 4YDUC 2Q1NA 1HX1A 4PL8A 3WXLA 1T6CA 4CZGA 3CJ7A 5EOYA 4Y0WA 3U8XA 3LDNA 1ATNA 4NB4A 4RCHA 3ZETA 4MO4A 1TUUA 1QZ6A 1ZBSA 2UYTA 2EWSA 1ZXOA 2QWOA 1DEJA 4EHTA 3FZFA 2YJEA 4JD2B 4EFHA 3AARA 3WUHA 4XH1A 1GLDG 2Q97A 5AFUH 5AQMA 3HTVA 4HTLA 2NZTA 3VENA 4K25A 4YDUA 2HMPA 1XQSC 2YHWA 5CE3A 3R6MA 4FWOA 5AQJA 3UKUA 1JCGA 2CH5A 2H3GX 3DXMB 4ISFA 4JN4A 2QW9A 3FR0A 1GLFO 2P9UB 3ENHA 3SLCA 5LJWA 2A6AA 2NLXA 4IWVA 3D2FA 1DKGD 4I6MA 5BRDA 4IXCA 1NLVA 1V4TA 3M6GA 2Q0UA 2AP1A 1ATSA 3DAWA 1BA1A 2V7YA 4JNEA 1V4SA 3IDHA 5AQOA 4WQ5A 1JCEA 2FF3B 4WYBA 3C0BA 3RSEA 3O4WA 2QXLA 3G25A 3D7EO 4CZHA 4A2BA 4MO5A 3SMSA 2QWLA 3VGKA 1NWKA 4BRAA 4JD2A 1C0FA 3O8MA 4CBXA 2DPNA 2VCPA 3A5LC 2P9PA 2YCHA 3DWLA 3BEXA 2E88A 4BRCA 3LDPA 3WXJA 5F0XA 4B1VA 5F1XA 1QHAA 4CBWA 2I7PA 2QM1A 2GELA 1NGEA 2A40A 4BVOA 4FOIA 4CD3A 1HUXA 1X9JA 3A5NC 2F9TA 3SMPA 1GLAG 1U2VA 1U6ZA 3LL3A 4FWNA 3ULEA 3KVGA 3O80A 4XH4A 4IJNA 1XC3A 3TPQA 1WUAA 3MN6A 1TYQA 2W40A 5EXWA 1Q18A 4CD1A 4CI6A 2CGJA 3CJ1A 4CZLA 4FWQA 5FPEA 3ZETB 3H3OB 4BRFA 1BO5O 3VEXA 3HI0A 3UKRA 4EHUA 4BC3A 4B1XB 3CI5A 5KPTA 1SZ2A 3DJCA 1S3XA 4EIAA 1NGBA 3U4LA 2GWKA 2P9LA 1GLCG 4J8FA 2GUPA 2HF3A 1BWFO 1IG8A 3WQUA 1E4GT 2WUSA 3VOVA 5AZJA 3UKUB 3W3DA 5KPZA 3C7NA 1YAGA 3AAQA 1NGCA 1Z6RA 1BDGA 4H5VA 4B9QA 3VEWA 4H0PA 1ESVA 3F9MA 3D2FB 4I6MB 2YJFA 5AR0A 1Y64A 1NGGA 3ZEUA 5BRHA 3CJAA 3ID8A 5KQ8A 2KHOA 3H45C 1TUYA 4K42A 1MDUB 3VF4A 4IJAA 4FWKA 1YXQA 4XEIA 2P9NA 2IVOA 2CGLA 5FPMA 3RSEB 3IFRA 3W0LA 3BF3A 1GLBG 3UE5A 2ITMA 1J6ZA 4LC9B 4GY2B 4EAHD 3ATVA 4CZIA 4BRNA 2QWPA 3ATUA 1HLUA 3VEOA 2D4WA 1R59O 2P9PB 3CQXA 4M7YA 4PKHA 4C23A 5AQGA 1RFQA 5AQWA 4CZMA 3IMXA 3M3ZA 5AQRA 3I33A 4BG9A 3WEEA 3VEZA 3VETA 5AQLA 3FFKB 1G99A 4F9OA 3O1BA 5E26A 4BC4A 3ULEB 2QWNA 1U2VB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ELTA 1HRHA 3WQTA 3DMJA 3DRPA 4CF8A 3U9DA 4X66K 3DLGA 1FXXA 4HCCA 1TVRA 5AQUA 3VGMA 4JKGB 2HVIA 5CR4A 3IRXA 3AA4A 3O9SA 2QWQA 3QIOA 1YVUA 3GOIA 3I8BA 1YIJN 3CIPA 3NGIA 5BRFA 4GKKK 3HZ6A 4M42A 2HF4A 5ELZA 2P9LB 4JEPA 2PY5A 3LWMA 2GTDA 5AZJB 1C1BA 3ZSWA 3HBTA 5BPLA 3SQ4A 3C65A 4HTUA 4GNIA 2KZZA 1NK9A 1Z05A 4A2AA 1MWKA 1BIZA 3TAGA 1IBLK 3EYZA 4BVPA 2E1YA 4BROA 2G8FA 2HNYA 2GEMA 3K58A 4Z4IA 3SJHA 2P9NB 3OYMA 2F8TA 3QB0A 2E2NA 4BWMA 3ZSQA 3HM8A 5JVGL 5FPNA 5C2DA 2AA4A 2G8WA 1HNXK 3SNNA 1D5AA 4E7LA 1KD1O 1Z25A 4CVNE 2A41A 4OPAA 1J54A 1UOCA 3AVNA 4ZTFA 4CGIA 2BDPA 4KHSA 1VQ9N 4E3SA 1JLFA 2HHHK 4JKCA 1NKCA 3M8PA 5BPMA 2E1ZA 3DLRA 5HP1A 4ELVA 1VQNN 1YVNA 1T44A 2ZF5O 5KI6A 4OGCA 1NM1A 2W6LA 3ZYYX 4BRPA 1VSEA 3HP9A 1E4FT 1HR0K 4K8ZA 1EXQA 4CHQA 1NU0A 5T7BA 3TAPA 3FZMA 1KAZA 3DXKA 3AAPA 4AM6A 3AVFA 3DOLA 4CJ3A 1NGIA 1NGJA 3H46O 4Y1CA 4X64K 1KVCA 3EKSA 3FGUA 4DR4K 5AQZA 3ITHA 3CF5L 3T3FA 4WCEL 3EEQA 4JI8K 1YUWA 1NJIO 3P5JA 3ZX0A 3O9TA 4H0YB 3C95A 3CJCA 1HKGA 4DUYK 3M1FA 2X78A 3HT3A 3MMVA 2OANA 4K43A 2VWKA 1DT9A 2Z1HA 4CJ5A 3OS0A 4ID1A 2W42A 1K9MO 3EKUA 3K5MA 2PFUA 1VSMA 4M41A 2P5OA 1T8EA 2HHWA 3LM2A 2NRRA 4WF9L 1NJWA 5M1KA 1BG3A 3HVTA 1NJYA 1FW6A 2NRHA 3MCPA 4DSIA 5J2QA 3K5NA 4NXNK 2UXCK 1T3VA 4NLCA 2VWBA 1HNVA 3QMLA 1WSGA 4YOTA 1K73O 1N5YA 3OYNA 4YFUA 3HPOA 4LF9K 1QQMA 4NLBA 5GAHP 5AFUA 2JGUA 4FK2A 5JMVA 1T03A 3HO1A 3EL2A 2ZD1A 4BQLA 1VSJA 4JI0K 2Q36A 1VQMN 3O9QA 4DTUA 3MXIA 3I0SA 2WBNA 4WE1A 2GBZA 4FLZA 1Q9YA 3HVRA 3O4NA 2VYPA 5HLFA 2NRXA 2GWJA 1BU6O 5TKWA 4FCYA 1RDUA 4PL7A 1ZBHA 4IZ9A 4FJ5A 2IVPA 3VQ8A 1HKBA 4JKBA 4DTXA 5AJ3K 4W5QA 2HOEA 2BUPA 3QEXA 4HUEA 2V7ZA 4DS5A 4WQ4A 3J7AP 4FK0A 3G0ZA 3MAQA 1RTDA 4F2RA 3TAMA 1OH7A 3AVCA 4FJXA 4JI2K 3C6UA 1HYSA 1N36K 3ENBA 2NRZA 3HPHA 4CECA 3L2UA 3LALA 4BRQA 2FF6A 1QQNA 2E20A 5JLFA 3L4IA 1TKDA 2QTDA 1HNWK 1WSFA 1JCFA 2G8HA 4O5BA 3KD1E 4E7KA 4B9TA 4O8KA 2OPQA 1K8KB 4ZHRA 3L4QA 3LDLA 1RBSA 1Y97A 5BR8K 4BREA 5KPRA 5K14A 3SAHA 4BR2A 2O8DA 3SUQA 4LF6K 4I9QA 5FROA 1SKWA 1WBDA 4E1NA 2PYLA 2O8CA 3HK2A 1Q8IA 3LDNA 3ZSRA 4O55A 2UYTA 4HVJA 3PSFA 4IG0A 4JD2B 4EFHA 4OPKA 3WUHA 4CK2A 4DQRA 4KAZA 1B9DA 3AO1A 4K25A 3ASMA 3VENA 2WFBA 1XQSC 2HSTA 4GVMA 4CEQA 4DSEA 4FWOA 1JCGA 3RMBA 2RKIA 3QINA 2YKMA 5HRRA 1GLFO 2P9UB 3ENHA 4LY7A 2A6AA 3VQPA 1ASVA 2NLXA 4JS5A 3D2FA 3MCAB 2O8EB 2YX6A 4JRQA 1U47A 1A5WA 1ATSA 2YHBA 4A5AA 4KHWA 4E89A 3UIQA 1VQLN 3IDHA 4WQ5A 3NGZA 4I9LA 1JCEA 4H4OA 3KLGA 4DLEA 3O4WA 4CEAA 2YHAA 4CZHA 4MO5A 3O3GA 3NBPA 2QWLA 2UUCK 2O4GA 1IO2A 3O8MA 3ZCMA 3KWIA 4ILGB 4JYAK 3V6DA 1CXQA 2XHBA 2IDOA 3BEXA 4C1NI 3WXJA 2RF2A 1VSIA 1RDCA 3OYCA 2NUBA 4GVEA 1I39A 4JI4K 4FOIA 3CPWM 3ZLJA 1HUXA 4DV0K 2F9TA 3P39A 3LL3A 1KVBA 3KVGA 4X62K 3O80A 4XH4A 1RDBA 3BGRA 3P1GA 2Z1IA 3TPQA 1EO1A 3J7YP 1WUAA 3MN6A 3MX2A 5EXWA 2IAJA 1Q18A 4CD1A 4CHYA 2VG5A 4BDZA 5FPEA 5CYQA 4LFAK 3ZETB 2OTJN 3VEXA 1RT6A 3RTVA 1KC8O 4HCBA 3G71N 1RBVA 4M3XA 1BI4B 4OLBA 3CI5A 3A2FA 1NGBA 2GWKA 3Q7CA 2A1SA 1Q86O 4KV8A 3SUNA 1BWFO 1N34K 2WUSA 3VOVA 1TKXA 3P38A 3E9LA 3C7NA 5JS2A 3AAQA 1Z6RA 1BDGA 2YNGA 4H0PA 1JLQA 2YJFA 5AR0A 4FJIA 3VTIA 3KK7A 2Y1IA 1T7PA 3CCMN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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