5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
4BQLA 2ASPA 2CGJA 5LJVA 3C0BA 3GL1A 3VEOA 1K8KA 5TKYA 2ZGZA 1E4FT 5AQMA 1BWFO 3EN9A 3ZEUA 4I6MA 4BC3A 3CETA 1GLAG 4BC5A 4BRPA 4NB4A 2V7ZA 3VEXA 3QB0A 4A62A 2P9KB 3FGUA 4JD2A 5KQDA 2P9UA 3MMVA 4QS9A 1D4XA 2E2NA 1EQYA 1T6CA 3QBXA 2P9PA 3FZLA 5EXWA 1R59O 3EO3A 4K41A 3MDQA 1SQKA 3FFKB 2P9LB 3MCPA 4K25A 2IVOA 1YXQA 3D7EO 3LDLA 1KAYA 2P9IA 4H03B 1IJJA 5AR0A 2P9NB 2E1ZA 4AM7A 1KAZA 3ID8A 5AFUH 3U9ZA 4H5VA 1QZ5A 3WEEB 4BGAA 2GELA 2YCHA 2QWOA 2A5XA 3AY9A 4H5WA 3O80A 4FWQA 4BRCA 5BPNA 5JLHA 4FWSA 1TYQA 5AQXA 4CD1A 1YVNA 5AQIA 4FWLA 1RFQA 2ASOA 1NGIA 2UYTA 5AQVA 2QWNA 3D2FB 2I7PA 3AAPA 4IWVA 1RDWX 4BRLA 3WXIA 3SMSA 3VESA 2E88A 1GLEG 3O08A 1HKBA 2Q2RA 4NO7A 4XH5A 5AQPA 3DXKA 4BRHA 5AQWA 2AA4A 2P9SA 2CGKA 5E26A 3DWLA 4K42A 4BQZA 4GY2B 3UKUB 5BR9A 4O8KA 4QS7A 1X9JA 1HPMA 4BRGA 4CBXA 5KPRA 3D2EB 3IDHA 2ZWHA 3VPZA 2ZF5O 1J6ZA 1K8KB 3L0QA 4M63C 4H0OA 1DKGD 2W40A 3R6MA 3M1FA 3WQUA 3ZEUB 3KHYA 1BO5O 4BG9A 3A8YA 1S22A 3HI0A 1GLJO 4KBOA 1QQNA 3A5LC 4JD2B 2P9UB 4Z94A 2GWJA 3CQXA 2W41A 1NGEA 2VWBA 4H0PA 2P9PB 2IVNA 1MWMA 2PAVA 1TUYA 3ENOA 3U9DA 1S3XA 1C0FA 1ZBSA 3WQTA 3BUZB 4DB3A 4H5RA 3ZX2A 4EAHD 5EVZA 1X3MA 1GLFO 3C7NA 2P9IB 4XH1A 1BG3A 1HUXA 4M7XA 4H0VB 5BN9A 3LDOA 3LL3A 5E84A 4CBUA 1KXPA 4H0YB 3SMPA 3CJCA 3BF1A 4FL9A 5AZIA 2GWKA 3CQYA 1TYQB 4CZJA 2EWSA 2CH5A 3GBTA 3O1BA 3A5OC 1ATRA 5F2RA 3O4WA 4IO8A 4HWIA 1NLVA 3GE1A 4B1ZA 4BRAA 4FWNA 4BGBA 1XQSC 1T44A 2VYPA 5AQKA 3DXKB 5AQRA 3U4LA 2IIRA 3J8AA 4RTFD 2P9SB 1BOTO 5AZJA 4GNIA 3A5NC 4BVPA 4E1JA 1V4TA 5I9EB 3WUHA 3EKSA 1HX1A 4JHDA 4IJAA 4FOIA 5JLFA 2NLXA 3FR0A 3QICA 4PKGA 1BU6O 1NBWA 1NGHA 1BA0A 3CI5A 4FPAA 4MLEA 3BEXA 3RSEA 1SAZA 4IXCA 1WOQA 4BRQA 2A41A 5ADXA 2BUPA 3IFRA 3CJ1A 4IZ9A 3FZHA 3CJ7A 2HOEA 1DEJA 5AQTA 2A42A 3VGLA 4FWMA 1V4SA 4FSVA 5AQSA 4A61A 1NGJA 4FWOA 5AQOA 3DXMA 3C7NB 4BG8A 1ATNA 2HF3A 1TUUA 1YUWA 2A40A 3VF4A 1C0GA 4HTLA 4BRMA 1BUPA 4M7YA 4WQ5A 4B1XB 5AZIB 4YDUC 3GOIA 5AQFA 3G25A 4WYBA 4K43A 5AQUA 2GTDA 5AQJA 1NGCA 1H1VA 1BDGA 4BRNA 3QFUA 1QQMA 1ZXOA 4BR7A 2NRHA 3WT0A 5BREA 1NMDA 3UKRA 2E1YA 3AARA 4WQ5C 5AZJB 3UE5A 3M3ZA 2YHWA 3ATVA 5CE3A 1P8ZA 3VOVA 1NGGA 4B1UB 3ATUA 4JHDB 3BF3A 3M6GA 4I6MB 3WXJA 4BR2A 2Q97A 2Q31A 1MDUB 2F9TA 2E8AA 4WQ4C 4EHTA 4B1WB 3RSEB 2ASMA 4JAXA 3ENHA 2FSKA 3HTVA 1LOTB 5JICA 1GLDG 1SZ2A 4H0XB 3B8AX 4MO4A 4F9OA 2QWRA 1WUAA 2H3GX 3LDQA 3DJCA 4FWPA 4FWKA 4FPBA 2OANA 3MN7A 3L6QA 2YHYA 3U8XA 4A2BA 4BRFA 1ATSA 3VETA 2KHOA 3DXMB 2AP1A 3JS6A 4PKIA 5KPZA 5EOYA 3CERA 3TU5A 4FWRA 2QWMA 3TPQA 3LDNA 3AAQA 3FZFA 2FSNA 3WXKA 4RCHA 5BN8A 5FPMA 2QWQA 2GEMA 4DQ8A 3H46O 2D4WA 4ISFA 4CZMA 4CZKA 4BR0A 3WEEA 3MN6A 3VGKA 4PKHA 3IUCA 4EHUA 4BC2A 4ISEA 1NM1A 2E2PA 3UKRB 4A2AA 4IJNA 2F9WA 3MK6A 3S41A 4H5TA 4EFHA 2Q36A 4EIAA 1OKJA 4H5NA 3F9MA 4BR9A 5FPNA 4C23A 3EKUA 3O6WA 3H1QA 1GLBG 2D0PA 3VENA 2YJEA 3HZ6A 4BROA 3ULEA 3CIPA 1U2VA 3L4IA 3SK3A 3ZX0A 4XH4A 2E2OA 3QFPA 1BA1A 2HMPA 1HLUA 4J8FA 5AQYA 5AFUA 3CJ9A 3QBWA 4YDUA 3VGMA 5F0XA 1NGDA 2A6AA 4MO5A 4XEIA 3VEYA 2Q0RA 3HM8A 4JN4A 3H1VX 5AQLA 4FOEA 5KPTA 4CZEA 2FLOA 1G99A 1XC3A 3O1WA 1JCGA 5LJWA 2A3ZA 2QWPA 3GDQA 4CBWA 3SLCA 3R8EA 4O5FA 2FSJA 1E4GT 2QWLA 1IG8A 4LC9B 4Y0WA 2VCPA 5AQGA 4BR4A 1GLLO 1CZAN 5ADXH 5F1XA 3MN9A 2E2QA 4PL8A 2PBDA 5FPDA 3VERA 2WUSA 2QW9A 1GLCG 4MLHA 2IVPA 3KZBA 4WQ4A 3ZETA 4BR5A 4ISGA 4CZLA 5AQNA 2GUPA 1HKCA 3JXUA 2E20A 1DGKN 2DPNA 5BRFA 3HBTA 3W0LA 5EX5A 1MA9B 3H3NO 4CJ7A 2FF3B 4BRDA 2ZGYA 1YAGA 3ULEB 1U2VB 5AQZA 4BRKA 5B8HA 1JCEA 3P4IA 3A5MC 3MN5A 3OHRA 3LM9A 4DCHA 1X3NA 3FZMA 2V51B 1Q18A 1NGBA 5KQ8A 1Z6RA 1Y64A 2HF4A 2ITMA 2FF6A 2CH6A 3FZKA 4QS8A 1T6DA 3SJHA 3H3OB 5AQQA 3I8BA 2P9KA 3IMXA 2Q1NA 3QMLA 2V7YA 4CZFA 3WXLA 3VEVA 1ESVA 4FO0A 4CZIA 3O8MA 5JMVA 1JCFA 2YJFA 1QQOA 1KAXA 3O5BA 4CD3A 3H6EA 4DHYA 1NGAA 1QHAA 2BTFA 3VEZA 3VF2A 3KVGA 2P9LA 3VEWA 3CJAA 3CJBA 3LDPA 4H0TB 4JNEA 2P9NA 3DAWA 2QM1A 3EZWA 4B9QA 3A0IX 1HKGA 4CI6A 2CGLA 4B1VA 2YI1A 4BRIA 5FPEA 3H45C 5EY4A 3ZETB 4CZGA 2D0OA 3VF6A 4B1YB 3I33A 2FXUA 1HJOA 1NGFA 2J4RA 5BRDA 3R9PA 5ELZA 3D2FA 2Q0UA 2NZTA 3LM2A 3UB5A 4BVOA 1ZC6A 4BC4A 3GG4A 5BRHA 1MWKA 1LCUA 1Z05A 1XUPO 4CZHA 3CHWA 5BPMA 1NWKA 2D1KA 2I7NA 5LY3A 4RWTA 4AM6A 4PL7A 3FLCO 3W3DA 1U6ZA 2V52B 2YHXA 3FE1A 5BPLA 3UKUA 1RGIA 1QZ6A 2QXLA 3EL2A 4BREA 3HSCA 5AQHA 3QDKA 3D2EA 3ZX3A 4L3QA 3BP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BQLA 2CGJA 4Q5VA 4FJNA 5I42A 1OH7A 3NF6A 3EN9A 4AHCA 4EZ6A 2X6SA 4AHRA 1GLAG 3D6RA 4BRPA 5CYMA 3KK1A 3T1AA 3K58A 4B9LA 1D4XA 1T6CA 2P9PA 3FZLA 1KD1O 4CF8A 4K41A 3VQPA 3CFRA 1SQKA 3FFKB 1JLGA 3OYIA 3CXCM 3OS0A 2IVOA 1F21A 2F96A 3D7EO 1KAZA 1LWCA 5AFUH 1SKSA 3CM6A 4H5VA 2IC3A 2Z1JA 3ZT4A 2QWOA 4WCEL 4H5WA 4OPJA 5GIOA 4FWQA 5LL6Z 5BPNA 5JLHA 4JI7K 1TYQA 3QO9A 5AQXA 4CGGA 5KGWA 1T8EA 4PUOA 2QWNA 4JKEA 3BGRA 4IWVA 1RDWX 2G8UA 1GLEG 3O9RA 4C8NA 4YOYA 4MDAA 1HKBA 3KK7A 4JRPA 2HHUA 4IKFA 5AQWA 2G8HA 3RWUA 4EZ9A 4CGFA 2CGKA 3UKUB 1WSEA 5KPRA 4QS7A 1S5JA 1ZBIA 5GIPA 4HHTA 4M3ZA 4HUGA 1LW0A 1WSGA 2ZWHA 4DQIA 2ZF5O 1J6ZA 3L0QA 1XMOK 3Q7BA 4FLWA 2JGUA 4DR4K 3WQUA 3ZEUB 4KFBA 3CCJN 3KHYA 5E41A 3A5LC 4JD2B 2W41A 1NGEA 2VWBA 3WXMB 1C0FA 1NK4A 4O0JA 3E9OA 5EVZA 1X3MA 2ZM6K 3LALA 2WFBA 3ASMA 4CIGA 4XH1A 4RW9A 3DRRA 1S72N 4U67L 3F5TA 2PYLA 4E1MA 4CBUA 4H0YB 3BF1A 4FL9A 4FLUA 2GWKA 4B08A 2HHVA 5JS1A 2CH5A 2X6NA 4CJFA 1ATRA 3SUQA 1IKWA 2G8VA 4KHNA 3VQ8A 3CD6N 2YV0X 3DOLA 4BGBA 1XQSC 4KKOA 5HROA 1EETA 4HVJA 2VYPA 3HP9A 5AQKA 4CJSA 2IIRA 1VSDA 1UAXA 2ETJA 3KLGA 3L4QA 4BVPA 1HYZA 4LSLA 3MXIA 3WUHA 4AHTA 3M8RA 1HX1A 4GMJB 4C8OA 3S3NA 5JLFA 3QICA 4JI8K 3DLRA 1BA0A 4YY3K 3CI5A 4MLEA 1JJ2M 3BEXA 1IO2A 4R79A 3ITHA 1WBBA 2A41A 4Z4HA 1KCFA 2HOEA 3K5LA 3V9UA 3PV8A 3P83D 4KB0A 4B3RK 1V4SA 5AQSA 2YKNA 4A61A 3TABA 1BQNA 3OYCA 1TAUA 1S9GA 3C7NB 4DR2K 4CK1A 3LDSA 3THWA 1TUUA 4DS5A 3PSFA 1Q7YO 3BZCA 1C0GA 1BUPA 4M7YA 4DSIA 2XRIA 2LSNA 4J2EA 1VSHA 3MEEA 2VG7A 3U3GA 1NK8A 3K5NA 3K59A 1RBUA 2GTDA 3KIOA 1NGCA 1KFDA 2BH1A 4DLGA 1H1VA 3HJFA 3AA2A 4BRNA 4BR7A 1HQEA 1BI4B 1X9WA 1N8RO 5I3UA 2E1YA 3SNNA 4M3WA 5AZJB 2FBVA 3LAMA 3VOVA 5M1FA 2O8EB 4KO0A 3ZSZA 2O8FA 3BF3A 4X66K 1Z26A 4BR2A 1XI1A 5GAGP 3O4QA 3RSEB 1ZBLA 4JAXA 4Z4GA 4WFBL 2RKIA 4DKWA 5JICA 1GLDG 3J80O 4OX9K 5J2PA 1KRPA 3TAMA 4OPHA 3EY1A 4FPBA 1S9EA 2OANA 4CJEA 1ASVA 2YHYA 2PY5A 4BRFA 3CCLN 3KLFA 1BISA 2AP1A 4LD0A 4PKIA 3PIOL 4QCLA 1RILA 3CERA 4B9VA 4KTWA 2QWMA 3LDNA 4OKJA 2OPQA 3CM5A 4DTSA 2XY6A 3H08A 1WBDA 2QWQA 1NOYA 4O44A 4DQ8A 1D9DA 2D4WA 4RW7A 1HRHA 1E3MA 3F2KA 3K57A 3WEEA 3MN6A 4PKHA 3OYJA 4FLXA 4ELUA 4LY7A 1RT4A 4H5TA 4EFHA 3NVKA 2Q36A 3MXJA 4RW4A 3AO3A 4JS5A 1FKPA 3QERA 3EKUA 4CK2A 1QSLA 3SPZA 3ZSWA 1EXQA 2E2OA 3TR8A 3KLHA 4LFBK 1D5AA 1HLUA 5AFUA 4IEEA 3PLAA 3CQ8A 4XEIA 4MO5A 4FJ7A 5BR8K 4NCGA 3VA0A 4CZEA 4KAZA 1VSFA 4CEDA 5LJWA 3AO1A 3VQQA 3KD1E 1J54A 1IG8A 4BE2A 4X62K 1ZYQA 4DU3A 4NYNA 2VCPA 3CC7N 4KHQA 3QIOA 3TWHA 1VQ4N 5ADXH 5F1XA 4E7HA 1D8YA 4JYAK 2D0CA 3THYB 4H4MA 2HBJA 3VERA 3CCMN 1MU2A 2WUSA 3NHGA 4PY5A 1M90O 4MLHA 3CPEA 3KZBA 4BR5A 1BCMA 2HNYA 1YJNN 3V6DA 3MXMA 3ZSQA 4GV9A 3EZ5A 1XNQK 2DPNA 2ATQA 3KKRA 3MX5A 3J7AP 4E7JA 2KZMA 4OJRA 4V19S 4KREA 1LW2A 3ULEB 1U2VB 5AQZA 4BRKA 3L2QA 1YI2N 1WSHA 3BZKA 4PA1A 3A5MC 5KTQA 2A1SA 3LM9A 1U04A 3K2PA 3NGZA 3FZMA 4FZZA 3AGKA 3E9PA 4C8KA 5KQ8A 1Y64A 2ITMA 1FKOA 1KVBA 2CH6A 3AVLA 3SJHA 3H3OB 5AQQA 3WXLA 3VEVA 4IG3A 5JMVA 1ZBUA 5C2DA 4CJKA 3NMUA 1U45A 1KVCA 4JK8A 4B9MA 1CLQA 4DHYA 1NGAA 1RT5A 3Q7CA 3PO4A 4Z0UA 3VF2A 3KVGA 2Z1HA 3CJAA 1TVRA 4KTQA 3CCVN 4H0TB 1RDCA 2D5RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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