5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
1Q18A 4K25A 3WEEA 3IDHA 1BDGA 3WXIA 2QWQA 4BR7A 4BRKA 2E88A 1G99A 2ASMA 3JS6A 2P9IA 2FSJA 4FOIA 3B8AX 5AQRA 4WYBA 2AA4A 3HTVA 5ADXH 1JCEA 2GUPA 4IO8A 4B1YB 2Q2RA 1YVNA 2D0OA 5F2RA 5LJVA 4YDUC 2Q36A 3ATUA 5AQWA 2VWBA 2BTFA 2QWRA 4YDUA 1NGDA 2YHWA 4GNIA 5JLHA 2BUPA 2P9SB 2V7ZA 4JD2A 2E1YA 3WXLA 4XH1A 4FWLA 3VEVA 5LJWA 3A5MC 4PKGA 5TKYA 3VF6A 1JCFA 3QFUA 4CD1A 4BQLA 3H1VX 2GTDA 4BC2A 4WQ5C 4WQ5A 2P9PA 4FSVA 2E2QA 4RTFD 4CBXA 3R6MA 5AQQA 3C7NA 4CJ7A 2V51B 3ULEA 2PAVA 2W41A 1TUUA 1RFQA 5AQJA 1RDWX 2ZF5O 4BREA 4DB3A 3DXKB 4H5TA 2UYTA 4PL7A 1S22A 5AZJA 2E8AA 1X3NA 5ADXA 3DWLA 2F9WA 4AM7A 2P9SA 4CZKA 1ESVA 4RWTA 3CHWA 2V7YA 1TYQB 1YAGA 3HI0A 3O08A 2I7NA 3ZX3A 2VCPA 3FZKA 1NGBA 2A41A 1ZC6A 3AY9A 4BVPA 3VENA 2A42A 1GLDG 3U9ZA 3O6WA 5E84A 3D2EB 4BRFA 5F1XA 1NGHA 2VYPA 4BVOA 5KQ8A 1NGIA 2ASPA 1ATNA 4CZLA 2FXUA 3GDQA 5FPNA 3M1FA 4H5NA 4EAHD 2FF3B 3FLCO 5EY4A 3MN9A 4H03B 5AQYA 4JNEA 3AAPA 5B8HA 5KPTA 3LDLA 4A2BA 4CZIA 1NGEA 1QQOA 2A40A 3QMLA 4FO0A 4K41A 5AQPA 1MA9B 4IWVA 4NB4A 2P9IB 1DKGD 4BR5A 3GL1A 2P9NA 3R9PA 4PKHA 4CI6A 4H0VB 3QDKA 3MCPA 4IJNA 1KAZA 3BP8A 3O1WA 3UKUA 1NGCA 4I6MA 4C23A 3A5LC 3D2EA 1BA1A 1J6ZA 3EKUA 1XUPO 4HTLA 4BRMA 1GLFO 3MN5A 1X9JA 3CJAA 1NGGA 4A61A 4BRCA 1NBWA 1HUXA 1JCGA 4FL9A 3HM8A 5AQKA 3WXJA 4EHTA 3FGUA 1XQSC 2Q31A 3A8YA 3UE5A 3VEOA 3WXKA 2GWKA 4ISEA 1TUYA 3LL3A 3QICA 2P9PB 4FWPA 3VF2A 4BRAA 1T6CA 3A0IX 3HZ6A 4Z94A 4DCHA 3C7NB 2HMPA 1DEJA 1EQYA 4E1JA 3ULEB 2DPNA 5CE3A 5BN9A 4M7YA 2KHOA 3MK6A 2YJEA 4Y0WA 3WQTA 3WT0A 3SMPA 3BF3A 3EL2A 4O5FA 4MO5A 1GLLO 4AM6A 3FE1A 1GLEG 3ZX0A 3VPZA 5AZJB 4GY2B 4XH5A 5JLFA 4FWQA 4QS9A 4H5RA 5EX5A 1GLJO 3LM2A 5KPZA 1GLAG 2V52B 1NMDA 4CBUA 1WUAA 3GG4A 3O5BA 3D2FB 4FWMA 4JHDA 5AQHA 3SK3A 4IZ9A 1D4XA 2HF4A 4IXCA 4H0PA 5FPEA 2CH5A 3BF1A 2A6AA 2IVNA 3CIPA 1T44A 3KVGA 2YHYA 1HJOA 2H3GX 3VERA 1NGFA 3VGKA 4BRGA 1V4TA 1KAXA 2QWOA 3EN9A 2HF3A 2Q0RA 3W0LA 4EIAA 3L4IA 5AZIA 3S41A 3O80A 2A5XA 3VEZA 3LDPA 3CJCA 3CQXA 4H0XB 5AQUA 1BA0A 2P9NB 3QBWA 4K42A 3H6EA 3AARA 1YXQA 3ZETB 1HPMA 3D2FA 3CJBA 4J8FA 1NGAA 5AQMA 3I33A 2CH6A 4FWSA 2PBDA 3UKUB 4I6MB 1WOQA 3EKSA 1K8KA 4K43A 5AQTA 5LY3A 1QQMA 2Q0UA 2QWPA 2Q97A 3DXMA 3IFRA 4BG9A 4CZMA 3H46O 2E1ZA 2IIRA 2QWLA 4A2AA 5BREA 5FPDA 2ZGZA 4QS8A 3SLCA 3IUCA 4MO4A 1X3MA 1BUPA 1QHAA 1HX1A 4H0YB 4CZJA 3KHYA 3HSCA 5AQZA 4BC5A 4BR4A 4H0TB 4IJAA 1NGJA 3H3OB 4BRHA 1QQNA 3ID8A 4FPAA 3WUHA 3DAWA 1E4GT 4CZEA 3CETA 2QM1A 3L6QA 3MMVA 4BG8A 4BR9A 1HKCA 3ZETA 5AQIA 5AFUA 1XC3A 1GLCG 3FR0A 5BR9A 3ENHA 1MWKA 4F9OA 5KQDA 4PKIA 4H0OA 3H1QA 4BQZA 1BG3A 3VEWA 1U6ZA 4BRDA 3QB0A 3P4IA 3TPQA 2NLXA 3FZFA 1NLVA 3UKRA 5BRFA 4H5VA 5FPMA 3VF4A 2IVOA 1YUWA 4FPBA 3J8AA 5AQNA 2ASOA 4B1XB 1V4SA 3JXUA 4JHDB 1NM1A 1ZXOA 2HOEA 3UB5A 2ZWHA 2GWJA 1HKGA 3VEYA 4CZGA 1IG8A 2CGJA 4L3QA 4QS7A 1Z6RA 4BRIA 4BRLA 4CD3A 3ATVA 4NO7A 3MN6A 4BRPA 3A5NC 4HWIA 5EOYA 5BN8A 3M3ZA 3CJ1A 4PL8A 2D0PA 4CZHA 3U9DA 3LM9A 3SJHA 4BROA 4CBWA 2E2PA 2EWSA 5AZIB 5BPLA 4DHYA 4JAXA 4RCHA 1SQKA 4XH4A 5EXWA 3G25A 3FZHA 2AP1A 4BRNA 3LDQA 4BRQA 5AQXA 2P9LB 3H3NO 3R8EA 4BR2A 4BGBA 3CJ7A 2P9UA 3RSEA 2QXLA 1H1VA 4B1UB 5AQFA 1MWMA 1R59O 5JICA 1Y64A 2GEMA 3VETA 2IVPA 3VOVA 4B1VA 2FSKA 1K8KB 2WUSA 3DXMB 3ZEUA 5BRDA 3FZMA 1U2VB 2CGKA 3C0BA 4ISFA 1HLUA 2FF6A 3I8BA 3CJ9A 3LDOA 3SMSA 1KXPA 1SZ2A 3BEXA 3D7EO 3O4WA 5KPRA 3LDNA 3ZX2A 4BGAA 1NWKA 1SAZA 1C0GA 3CERA 1ATRA 2YJFA 3IMXA 4BR0A 5AFUH 3CI5A 5AQGA 1ATSA 4WQ4C 2E2NA 4WQ4A 5AQOA 1QZ5A 2I7PA 4B9QA 5JMVA 4O8KA 2P9LA 4M7XA 3EZWA 4B1ZA 5AR0A 2OANA 3CQYA 1GLBG 3OHRA 3QFPA 4EHUA 4MLEA 4FOEA 1BOTO 3GOIA 1P8ZA 2CGLA 4FWRA 1Z05A 2YCHA 4FWOA 1U2VA 2E20A 3UKRB 3ENOA 3KZBA 1BO5O 1LOTB 4MLHA 3L0QA 3VEXA 5E26A 5BPMA 3BUZB 4LC9B 2NZTA 1S3XA 2QWMA 3VGLA 1HKBA 3VESA 5ELZA 2A3ZA 1RGIA 2NRHA 3GBTA 4H5WA 1E4FT 2QWNA 3W3DA 2YI1A 1ZBSA 5BRHA 5AQLA 2J4RA 4FWNA 3WQUA 4M63C 3O1BA 2YHXA 2P9KB 3FZLA 3GE1A 2FSNA 3WEEB 2QW9A 3AAQA 2Q1NA 3A5OC 5I9EB 3DXKA 3O8MA 2D4WA 3DJCA 2W40A 3TU5A 2GELA 4JN4A 4KBOA 1TYQA 3H45C 5AQVA 4FWKA 1T6DA 4A62A 1CZAN 1KAYA 3M6GA 1DGKN 2D1KA 5BPNA 5F0XA 4ISGA 3FFKB 4B1WB 2F9TA 1MDUB 2P9UB 5EVZA 3RSEB 1BWFO 3HBTA 1LCUA 5AQSA 3VGMA 3F9MA 4XEIA 4DQ8A 1OKJA 3U8XA 2ZGYA 4EFHA 4BC4A 3MN7A 1IJJA 1C0FA 4CZFA 3MDQA 2ITMA 3ZEUB 2E2OA 1BU6O 3QBXA 3U4LA 3EO3A 2FLOA 4JD2B 4BC3A 1QZ6A 2P9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q18A 5GIOA 3V9XA 3WXIA 1QVFM 4B9TA 1SL2A 4IG3A 1EXQA 4Z4GA 1RBSA 2HHTA 3MCAB 4FOIA 1B9FA 4WYBA 1CZBA 4B1YB 3K5LA 3VQ9A 2WFBA 1D8YA 2KFZA 3P31A 4YDUC 2Q36A 4TSXA 3NVKA 1XNRK 4DV7K 2YHWA 1ASWA 2BUPA 1FJGK 2ETJA 2P9SB 4JD2A 2XY6A 1WSJA 3V6DA 3A5MC 4PKGA 1Q8IA 4YOTA 3JSMA 3VF6A 3P38A 3S3OA 4WQ5C 4W5RA 2GBZA 4PUOA 1S1WA 2P9PA 1NG9A 4DG1A 4FSVA 2E2QA 4JKGA 4CBXA 4ILGB 4CJ7A 2HHVA 2V51B 2W41A 4GVMA 1RDWX 1JLFA 4BREA 3SV4A 1BL3A 4LFCK 4CFBA 1X3NA 1RTHA 4CJ4A 2F9WA 5M1FA 4RWTA 2V7YA 1TYQB 1VSLA 1Q9XA 4YOVA 3ZX3A 1NGBA 1T7PA 3R1XA 2Z1JA 4DV3K 2A42A 3VQDA 1EP4A 4CECA 5E84A 3D2EB 1WSGA 2WOMA 3TAEA 2O8BB 5JS2A 3K0SA 4M3XA 3ZYYX 5J2MA 5FPNA 3QNNA 5GAEP 4JNEA 4MDAA 4CJRA 4CZIA 4C8KA 1LW0A 2KZMA 3OYJA 2A40A 3NDKA 4C8LA 5DM6L 5AQPA 1MA9B 4IWVA 1KLMA 1LWCA 4NB4A 3KLFA 3CM6A 1DKGD 3D0PA 4KHYA 3GL1A 4NLCA 2PYLA 4AF1A 5EU7A 4CI6A 1M1KO 4F3TA 1FK9A 3NE6A 3UKUA 5HRSA 4I6MA 4M3UA 4C23A 3A5LC 4A5BA 1J6ZA 1NKEA 4KFBA 3I0RA 3AVLA 1NMNA 1YJWN 3IKMA 1NGGA 4A61A 5D3GA 1NBWA 1HUXA 3WXJA 4EHTA 3HM8A 4DR2K 1DLOA 2Q31A 3HOTA 4DMNA 1GOCA 4ISEA 1TUYA 4PQUA 2O8CA 3LL3A 1SL0A 3QICA 2P9PB 2VG5A 3VF2A 4KHSA 4GKKK 1RTJA 3OYBA 1JLQA 4CF1A 1EQYA 1U49A 2PZSA 1NK9A 3VTHA 2ITGA 3R3LA 4Z0UA 4BDZA 1Q82O 3MX2A 1VSDA 4M7YA 2KHOA 2VGMA 4PY5A 2YJEA 3WQTA 1J9AA 3EY1A 1I94K 3CCRN 3ZT0A 5KRTA 3VPZA 3NFAA 3C6UA 5JLFA 5E41A 4QS9A 4H5RA 5EX5A 4F4KA 4DF8A 2ZQBA 2YHAA 3SUQA 2B4JA 5AQHA 4IEIA 4DTXA 4QAGA 3LWLA 3O9QA 3QESA 2QXFA 3OYDA 3LAKA 4B9SA 2CH5A 3BF1A 3QEWA 2A6AA 4YY3K 3HOSA 1FKPA 4Z4HA 1T44A 2YHYA 2H3GX 3TAGA 4HUEA 4CEAA 4BRGA 3CFPA 2QWOA 3EN9A 3L3VA 2OZSA 3W0LA 1C1AA 1CXQA 2XY5A 4ID1A 2HBLA 4DSEA 4BWMA 3CJCA 3CQXA 2OA8A 2A1RA 1SKWA 1HNXK 2W6LA 4K42A 3H6EA 3DLEA 1HPMA 3C95A 3PO5A 4W5QA 3PY8A 5AQMA 2UU9K 4FWSA 4JI0K 4E1NA 4JKEA 3UKUB 3HVTA 4I6MB 4R79A 1K8KA 4K43A 5AQTA 5LY3A 3MECA 4CZMA 2QWPA 4NCGA 1TKXA 1G15A 5BREA 5FPDA 1YTUA 3SLCA 3VQQA 4NYNA 1S1VA 1BI4A 4MO4A 1QTMA 1S5JA 3VQPA 1HX1A 3THYA 3AO2A 3CD6N 3O3HA 3NAEA 4BR4A 4IJAA 3H3OB 4Z4CA 4DUYK 3WUHA 1W0HA 4K8ZA 3CCLN 3V9WA 1IKYA 4JK9A 2YV0X 5AFUA 3K5OA 3SUNA 5DK5A 3FR0A 4O44A 3LAMA 2D0AA 1NJIO 3T7ZA 4CJLA 1BG3A 1UOCA 3Q7BA 3VEWA 1VQKN 4BY9C 2OYQA 4CK1A 4X64K 1NLVA 1HR0K 4H5VA 3E01A 3J8AA 1ASVA 5AQNA 3K2PA 4B9VA 4BDPA 1CLQA 3QEVA 1V4SA 4OPHA 5FRNA 3PUFA 1NM1A 4IFEA 3CPEA 2X78A 3MAQA 2GWJA 3VEYA 3EE8A 4QS7A 1O1WA 3ATVA 4NO7A 4EP4A 3MN6A 5IT9O 1WB9A 3TABA 4LF7K 4CZHA 3U9DA 2LSNA 5J2PA 4CE9A 4M3YA 4IG0A 4PHTX 3AGKA 3OS1A 1KVCA 2AP1A 3FZHA 1K9MO 4DSKA 2O8DA 4IOAL 3SPYA 2P9LB 3H3NO 4I2QA 3AVJA 3R8EA 3NGZA 3ENBA 3CJ7A 4E7LA 4MQ3A 4DU1A 4B1UB 5AQFA 3WNEA 1R59O 5JICA 1Y64A 2GEMA 2G8IA 2FSKA 1K8KB 2WUSA 3ZEUA 3OS0A 2CGKA 2XO7A 1RBTA 4ISFA 3CYMA 3SMSA 1BI4B 1SZ2A 3O4WA 3D7EO 5KPRA 4JRQA 1W2BM 3THYB 4FM2A 3CERA 1ATRA 3VA0A 3AA3A 3HO1A 3ZCMA 1B9DA 4DR1K 1ATSA 3LPTA 3THVA 3T1AA 4R5PA 1L3SA 2DFFA 2I7PA 1BISA 4J2AA 4O8KA 4HHTA 3SPZA 2G8VA 4CGGA 3EZWA 4B1ZA 3TR8A 1Q86O 2OANA 3CCEN 4LD0A 4RW7A 1RT1A 3LP0A 4MLEA 4N41A 1BOTO 3GOIA 4E1MA 2YCHA 4FWOA 2NNWA 4DQQA 3NH0A 4LF5K 3KK2A 1LOTB 3CMAN 5BPMA 4HTUA 2E4LA 1U04A 4OGCA 3VQAA 1RILA 1HKBA 1WN7A 4KH5A 4C8NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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