3O9QA

Effector domain of ns1 from a/pr/8/34 containing a w187a mutation
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
molecule tags Protein binding
molecule keywords Nonstructural protein 1
total genus 34
structure length 121
sequence length 121
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9qA00
3P31A 2KKZA 3EE8A 3KWIA 2GX9A 3P39A 2RHKA 3O9RA 3RVCA 3F5TA 3EE9A 4OPHA 4OPAA 3O9TA 3KWGA 3P38A 3O9SA 3O9QA 3L4QA 3OA9A 3D6RA 3O9UA 3M5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GE1A 3M8PA 3SAFA 4CD1A 2V52B 4FOIA 4KHWA 2YKMA 1A5VA 1OKJA 2HBLA 1IBLK 2G8UA 2IVOA 2PY5A 4FOEA 3F9MA 4HWIA 3V6DA 1WSHA 2P1JA 3MK6A 2I5JA 4H0XB 2P9UA 5FPEA 1RT7A 3VPZA 1Q18A 4KTZA 1J6ZA 4BQLA 2P51A 4HHTA 1SZ2A 4JRPA 1Y64A 3LPUA 3FFKB 1WB9A 3QERA 4DU1A 1W97L 4KH5A 2VG5A 3SUNA 2P9NA 2P9IB 3MCAB 3H08A 3NMUA 3TSUA 4OO1J 1LV5A 5JVHL 4E7LA 1GOCA 4CJ4A 1HR0K 4EHUA 4EFHA 2YI1A 5ADXA 3CERA 4JKDA 4CZHA 4M7YA 2FC0A 5AQNA 4PKIA 3ZEUB 3ZSYA 3TR8A 5CHIA 3OYFA 5M1NA 1E3MA 2D0CA 3I0RA 3J7AP 4JI7K 4NLCA 3AA2A 2Q0UA 4ISGA 3LL3A 5HRSA 4H5RA 3VQ4A 2G8HA 3TAFA 3C7NB 2UXDK 1YF5L 3UKUA 2OZMA 1N6QA 3VGMA 2D5RA 4YHHK 3L2QA 1K6YA 3AVBA 4CJEA 4Z4FA 4CEEA 3TPQA 4CHYA 4O8KA 4QS9A 4E1NA 5LY3A 2ZJRL 1WSGA 2Q0RA 3TAMA 1NBWA 1OVYA 3HPOA 3LAMA 1BI4B 1YUWA 3EO3A 4C1NK 4DCHA 3DLLL 4DV2K 2ZWHA 4FK0A 1S6QA 3AO5A 2BE2A 3PLAA 3IKMA 5F1XA 4Q0BA 4CHNA 4FWQA 3A0IX 3VF4A 1FXXA 4LD0A 2GX9A 3ASMA 3OYCA 1KLNA 1GLEG 2P9SB 3ZEUA 2PZSA 4DQ8A 4AHRA 3M1FA 4WFAL 4CZMA 4U7BA 4DS5A 4JV5K 1ZBIA 1RDCA 4C23A 1S9EA 1IO2A 1T05A 2WTUA 2VG6A 2FBXA 4FJMA 3F5TA 4CZJA 4DR6K 4OPHA 3M8QA 1REVA 4YDUA 1RDAA 3KD5E 4H8KA 2Z1GA 1LWEA 4RG8A 1JCFA 4EP4A 2ASPA 4LFCK 2JLEA 4KHQA 4EZ9A 4CJLA 2KFNA 3A5LC 3NBPA 3R3LA 2O4IA 2Q1NA 3VA3A 1JLFA 2PFUA 4RW9A 3NFAA 3OBWA 3ULEB 4FJIA 3CCVN 2AJQA 4DSLA 4YFUA 3NGIA 4LF9K 4O55A 4DFMA 3THWB 4FWMA 1NK5A 4FXDA 2Y1IA 4C8LA 4FSVA 5SWMA 2JGUA 2VWBA 4GKJK 1C0GA 5AQPA 3O8MA 3IDHA 1NOZA 4JD2A 1BQNA 3PIPL 2PYJA 1EO1A 3M6GA 5I9EB 4LF6K 2E2QA 3OYLA 1XC3A 3SAGA 1HQEA 4WYBA 2UUAK 3GG4A 1S1UA 3LDQA 1WN7A 3OYNA 4ELTA 4I9QA 4JI3K 3CC2N 2OZSA 2J4RA 1MDUB 4CFBA 1TAQA 1S5JA 4E3SA 4IDHA 4BG8A 4CHOA 4FK4A 3DOKA 2FF6A 1ZBLA 5AQTA 5BR9A 3DXMA 3A2FA 3LDSA 1SUQA 4CJQA 4KPYA 2PYLA 4IOXA 3SUPA 2I7PA 3TANA 1NNEA 3MDQA 1RDDA 3NDKA 1YTAA 3OS2A 4F3OA 3G6EN 1KVCA 2O8EA 4O0JA 1SS6A 4PQUA 3DI6A 2XY6A 3R6MA 4A5AA 2Q36A 4H0PA 4OPAA 4DV5K 4F3TA 3O9TA 3QLHA 1W7AA 3AO1A 2QW9A 4JI5K 2HW3A 4CCHA 1YXQA 3OS0A 4DSFA 4M3WA 3SQ1A 4ISEA 5DMRA 4QAGA 2HNZA 3ATVA 3HK2A 1IH7A 3EZWA 3RWUA 3FE1A 3MXMA 1L3TA 1NK8A 3HPHA 3SK3A 2IVNA 1RTJA 4J2DA 4BQZA 4WFNL 3QESA 4DSIA 2ZGYA 3SBGA 1VSEA 5AQFA 5JLHA 5C25A 1G99A 2Z1HA 1X9JA 5J1EA 1NK0A 3HPGA 4KI4A 5EVZA 4IFEA 2KQ2A 4ID5A 1TL3A 1DEJA 4CF1A 3SPYA 4BY9C 4CZGA 4JS4A 1HMVA 2W40A 1RBUA 1NJYA 3AO3A 4CJUA 1KD1O 4BACA 5CR4A 4B3TK 4PHTX 2FBTA 1IKVA 4CZIA 2EX3A 4K25A 1NJWA 2G8VA 4K42A 2XHBA 5JS1A 5DM6L 3OTOK 5JS2A 4KFBA 3VQCA 4BWJA 5AQOA 4FLWA 2NZTA 4FJ9A 4YOVA 5JICA 1QHTA 3VEVA 4FVUA 3A8YA 3H46O 4BG9A 2E1ZA 3O1BA 5I3UA 1YIJN 3CFPA 4MDBA 5DM7L 4H5WA 5JVGL 1ASUA 4B9SA 3HSTB 4WF9L 3CMEN 4M3TA 4FJ7A 4DR4K 1A5XA 4PKGA 1N8RO 3V4IA 5DK5A 3SV4A 1P90A 5H1SQ 4I7FA 2GELA 2QWOA 1K9MO 2OPSA 3WXIA 4DR7K 5CY4A 3ENOA 3NAEA 2BTFA 4WE1A 4BE1A 4BRQA 3U3YA 1BIUA 4C8KA 2Z1IA 5E84A 1QQNA 1SL1A 3B8AX 3KLEA 4BR9A 5C2FA 4DQRA 4JAXA 3L3VA 5BRDA 4CD3A 1B9FA 2P5GA 2X6NA 4JI1K 4E1JA 1JLAA 2VGMA 3BUZB 3Q7CA 1WAJA 5AQMA 5KQDA 1T7PA 1VQKN 4FCYA 3WXMB 1M1KO 3AA4A 4LC9B 3QIPA 1BU6O 3O6WA 1CXUA 3LP0A 3OYAA 1J53A 4ZTFA 3CF5L 2OCEA 4FYDA 1HUXA 1F21A 4XEIA 1JLQA 3J7YP 3LDNA 3THYB 4FWPA 5AQLA 4GNIA 3KK1A 3VMFB 4CF0A 1LW0A 3H45C 1DKGD 4YORA 2E4LA 4IDKA 4ELUA 5A2QO 3BF1A 1LCUA 4XH1A 3THXA 3VESA 4OLBA 4YOXA 3EKSA 3MEGA 4I6MA 5KGWA 1YJ9N 1QVFM 4LF7K 2F4VK 3CCLN 3I55N 4CI6A 4RWTA 2QXLA 1NMNA 4BC4A 4BRKA 4DF8A 4JNEA 3AY9A 4G1QA 1JCEA 2YNIA 4E7KA 4GVMA 5JMVA 3NVMA 3OW2M 2P5OA 1WSFA 1BA0A 2E6MA 1D9DA 3IAYA 4Q5VA 4W5QA 3QEPA 2V7YA 1U2VA 4FWLA 2A1SA 2DFFA 1N5YA 4MQ3A 1TVRA 2HOEA 1NG9A 3P5JA 4NB4A 2IGIA 2OPRA 5ELZA 4DQQA 1NGBA 1ZC6A 4X62K 1T44A 2GBZA 3GOIA 3W3DA 1OVQA 4CGIA 4I9LA 1U04A 4DSEA 3UIQA 2DPNA 2IC3A 3E9PA 5AQKA 3K9JA 1XMOK 1TKDA 3O3HA 4DFPA 5AFUA 1RTDA 4AHVA 3LWLA 4JI0K 2KW4A 4FWRA 4FWNA 4H0VB 2HHSA 3PO5A 3LM2A 4OVLA 1NKEA 1NGGA 1Q86O 5AQJA 4B9TA 2KFZA 4YY3K 2AP1A 4ZHRA 3HSCA 4WQ4A 5FROA 4GW6A 3FZLA 3HRGA 2UXBK 1C0FA 3I33A 4B9NA 2VYPA 3KIOA 1XI1A 1T8EA 2ETJA 5EX5A 3U9ZA 4BR4A 3HBTA 3I8BA 2E88A 4AHUA 4I2QA 4X64K 2XRIA 4RTFD 1VQLN 3O08A 3M8RA 3O9UA 4LH4A 4OKJA 1XC9A 4ZTJA 4IXCA 3VA0A 4E7IA 2HMIA 4JKBA 3WUHA 1XNRK 2FF3B 4JN4A 3IG1A 2X74A 3SYZA 4J2EA 3QICA 1WLJA 4AILC 4C1NI 5AQXA 3KHYA 4DR5K 1EQYA 3WNEA 3VQAA 4DR2K 5KI6A 3KD1E 3RR7A 5J2PA 3ENHA 2YHXA 4JI2K 1UWBA 3PUFA 4DTMA 4V19S 3SNNA 3AARA 1BO5O 4LY7A 2O8EB 1RBTA 2HHQA 2O8FB 1IKXA 4BRIA 5HOOA 2YHAA 1TGOA 3MWPA 1OH5A 3THXB 1BGXT 1MWKA 3KK7A 4JRQA 4CVNE 3CPWM 2VGNA 3SCXA 4HTLA 3K58A 5KPTA 4LF8K 4KREA 1IG8A 4JHDB 1KLMA 4I6MB 2F8TA 3V9SA 1MA9B 2ITMA 1VQMN 4B9VA 2EWSA 3DWLA 4FZZA 2HB5A 2NRWA 3MN6A 4JI4K 1NM1A 2QA4N 4CFDA 3AVCA 1QQOA 2HNYA 5EXWA 3WXKA 1X3NA 3RRHA 3EKUA 1ZBUA 3SZ2A 4M3YA 1GLLO 4F2RA 5BPMA 2Q97A 4KB1A 1RT5A 4PWDA 2A6AA 1VHXA 3LPTA 3TSQA 4BR2A 4DV1K 4DV4K 3OYGA 1JLGA 4PKHA 1UOCA 3OYKA 1VSLA 4CW7B 4K8XA 4OPJA 4H0TB 3V1OA 4L3QA 3WXJA 2FXUA 5AR0A 3PX0A 5BN8A 4DTOA 2YNHA 3OYMA 3U4LA 5FRNA 1BISA 5M1QA 3S3NA 3J80O 3QMLA 3ZT1A 1QE1A 3SV3A 5AQHA 3SPZA 3S41A 2O8DA 4B9UA 3K5OA 3QEXA 1QQMA 4I2PA 1ZBHA 3J7ZO 5AZIA 4W5TA 3WQTA 5M1PA 4W5RA 1K8AO 1RT6A 3N4PA 4CJ5A 3HO1A 1T03A 3CM6A 5E41A 3DXMB 3V1QA 4DFKA 1S1TA 5TKWA 1JJ2M 4BRGA 4DUYK 3C6HA 4CGFA 3BZKA 1NGHA 2GUIA 3O4QA 2VQFK 3NH1A 3CJ1A 1W2BM 1BQMA 4FPBA 2RF2A 1TK0A 3CC7N 1VQNN 5ADXH 3SBTA 1GLDG 1TYQA 4IEEA 4FM1A 4BWMA 2HHUA 3S3MA 4MFBA 3NF8A 3D45A 4IG0A 3TU5A 3D2FA 3JAMO 3QB0A 1J9AA 2I7NA 3DLKA 2F9WA 4X66K 1HYVA 5I42A 5CE3A 1LAWA 3ENBA 3ZYYX 3HP6A 3L2WA 4LH5A 3SQ0A 3IUCA 3JS6A 3HOTA 1GOBA 3CQYA 1NKCA 2B6AA 1ATNA 4ELVA 1V4SA 1HYZA 2ZGZA 4CBWA 1W9HA 4F9OA 1YVNA 3AAPA 4CEDA 4JKAA 1IV0A 1EKEA 4GKKK 2OANA 4W5NA 3RTVA 4IFVA 4BRFA 4OX9K 1JLEA 5J2MA 3RR8A 1DTTA 3UE5A 1NOYA 5GADP 2UUCK 3ZLJA 2NRVA 3DAWA 2HNDA 3VQDA 3O4WA 4HUFA 3O3FA 3AA5X 2BDPA 3MXIA 3QINA 3CXCM 3K5MA 3OYHA 4BREA 2XO7A 3K5LA 4BC5A 3KLGA 3V9XA 1D4XA 1QSSA 2O8DB 2QK9A 2QWNA 3CHWA 3C0BA 1UAXA 4DV6K 4H0YB 1RTIA 2V7ZA 3M5RA 3JYTA 4WQ5C 3NH2A 1N33K 3SQ4A 2O4GA 1KTQA 3PX4A 2O8CB 1KAXA 4DTUA 3RMCA 2BUPA 3SMPA 1QZ5A 1K8KA 2YJFA 4H5TA 4FWKA 3TAEA 1D8YA 2OPPA 1GLFO 3NE6A 2IOCA 1Z26A 2D0PA 3DLEA 4CGJA 2GEMA 2BANA 3QEVA 1YITN 5KRSA 1GLCG 1QQCA 3E9LA 2CH6A 4A5BA 4IOAL 2GTDA 5HRNA 2DY4A 3TABA 1SKWA 3EE8A 3RRGA 5BRHA 4M3ZA 5TKYA 4BRLA 4H4OA 3G4SN 1N34K 1M90O 4OGEA 4JKGA 1WUAA 2ZJQL 1TKXA 5BPNA 1ATSA 3TWHA 3C94A 4KB0A 4DU3A 1BHLA 1E4GT 2PBDA 1FKPA 1J54A 3OS1A 4CJVA 3MCPA 1VSKA 3CJ7A 4YOYA 3ZCMA 2QI2A 1VSFA 3PSFA 3P4IA 3L6QA 2EHGA 5M1KA 2YNGA 1TK8A 4AHCA 1SKSA 4OPKA 2NRZA 1BCOA 4A62A 4CGHA 2RE2A 3SUOA 3HI0A 1VSMA 4B1YB 2NNWA 2HVHA 1GLJO 4IOCL 4FZYA 3MWTA 1I94K 1LAVA 4JEPA 1VSIA 4IO9L 1U48A 4JKHA 3UKRB 1HRHA 3VQBA 4EAHD 3O9RA 5CYMA 4JS5A 3HXMA 3VERA 4FJGA 3LANA 5M1OA 1BI4A 1CXQA 4CHZA 2WUSA 4FJJA 2HHWA 3T7ZA 5AQYA 5AZIB 3JXUA 4DTJA 1JL2A 3AVFA 4A59A 3G25A 3WEEB 3V9UA 2NUBA 4QS8A 2KKZA 1KQSM 4OKKA 2QWQA 5FLXO 2QWPA 3WEEA 4CGGA 2DFEA 4B1WB 4DR3K 2KLAA 2UYTA 1TKTA 4CJWA 1QTMA 5F2RA 3CM5A 3VQ5A 3BY5A 4CGDA 1YJNN 3KKRA 3DRPA 3O80A 4A2AA 3IRXA 4B3RK 3KLHA 5LMUK 5HROA 4FVMA 1GLAG 1U49A 3CCSN 5HLFA 4PL8A 1N36K 4B3SK 4CF9A 4NCBA 4E1MA 3LDLA 3LP1A 3VQ7A 3DLRA 3PSIA 2P9IA 1C0TA 4GV9A 3RVCA 2PAVA 1QSYA 3THWA 2NRTA 3VQEA 4MLEA 3PY8A 5C42A 1JCGA 2D0AA 2H3GX 3D7EO 2R7YA 3ID6A 1KFSA 3E1YA 4E0DA 1Q9XA 5HL7L 4CF2A 5B8HA 3KK3A 3K57A 1VQ5N 4BROA 3EL2A 2ATQA 2CH5A 1WOQA 2WONA 5AJ3K 1VK0A 2KZMA 4AQYK 5AQIA 3G71N 1BCMA 4CEQA 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3F9KA 3V1RA 5HRPA 3E01A 3ISNC 2O8FA 1JLCA 5BREA 3KK2A 1HJRA 3DM2A 1VQ6N 2NLXA 3L4IA 4JD2B 3HM8A 4KHNA 1NK4A 4Z94A 3DOLA 4M3RA 4HTUA 1SL2A 4DB3A 2HVIA 1I39A 4IBNA 3U9DA 3ZX2A 1RDUA 2HHTA 2NRRA 2ZF5O 1CZ9A 1D9FA 4JK7A 3CYMA 1RT3A 2E5LK 4CEBA 3NGZA 2YKNA 2E20A 3HT3A 3TAQA 4O44A 1IJJA 4FK2A 3AVLA 4YDUC 4DTRA 4NCAA 2E2OA 1N32K 3VEWA 1G15A 4M7XA 4AH9A 2HHHK 3L2VA 1KVAA 5EOYA 1JL1A 3O4NA 3CCRN 3L0QA 3G10A 4C8MA 3MMVA 1RT4A 4IG3A 5J2QA 1TUUA 1EETA 2P9LB 3VQPA 1SQKA 5C10A 4E89A 3SAHA 5T7BA 1HYSA 4DU4A 3HM9A 2HSTA 2AA4A 4BRMA 1X3MA 3VTHA 1TUYA 2Y1JA 4J2BA 2RN2A 3AV9A 4PA1A 3ZSZA 1NGIA 1C0MA 4BRCA 3MX5A 5KRTA 1OH8A 1Y97A 4O5BA 2G8FA 4DFJA 2YJEA 4JKGB 1UA1A 1VQON 2D4WA 3VEXA 3U8XA 4DSJA 3V9ZA 5AQQA 1KAZA 1S22A 4KTQA 3BEXA 4J2AA 3MECA 2XY5A 2LSNA 2VCPA 2P9KB 5JLFA 1R0AA 2G8IA 3IMXA 4JHDA 1L3VA 2KTQA 2XY8A 1NK9A 4FZXC 3DLGA 3D2FB 3K2PA 3C65A 2D0OA 3LDOA 3AVHA 5LJWA 4BE0A 3I0SA 1C0UA 4B1XB 1FW6A 3MX2A 3RMDA 3LP2A 1BDGA 2F9TA 3SJHA 1TKZA 1NJIO 5FPMA 2ASOA 4MO4A 4O5FA 5AQRA 2G8WA 3BF3A 3VEYA 2GV9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P31 A;  2KKZ A;  3EE8 A;  3KWI A;  2GX9 A;  3P39 A;  2RHK A;  3O9R A;  3RVC A;  3F5T A;  3EE9 A;  4OPH A;  4OPA A;  3O9T A;  3KWG A;  3P38 A;  3O9S A;  3O9Q A;  3L4Q A;  3OA9 A;  3D6R A;  3O9U A;  3M5R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GE1 A;  3M8P A;  3SAF A;  4CD1 A;  2V52 B;  4FOI A;  4KHW A;  2YKM A;  1A5V A;  1OKJ A;  2HBL A;  1IBL K;  2G8U A;  2IVO A;  2PY5 A;  4FOE A;  3F9M A;  4HWI A;  3V6D A;  1WSH A;  2P1J A;  3MK6 A;  2I5J A;  4H0X B;  2P9U A;  5FPE A;  1RT7 A;  3VPZ A;  1Q18 A;  4KTZ A;  1J6Z A;  4BQL A;  2P51 A;  4HHT A;  1SZ2 A;  4JRP A;  1Y64 A;  3LPU A;  3FFK B;  1WB9 A;  3QER A;  4DU1 A;  1W97 L;  4KH5 A;  2VG5 A;  3SUN A;  2P9N A;  2P9I B;  3MCA B;  3H08 A;  3NMU A;  3TSU A;  4OO1 J;  1LV5 A;  5JVH L;  4E7L A;  1GOC A;  4CJ4 A;  1HR0 K;  4EHU A;  4EFH A;  2YI1 A;  5ADX A;  3CER A;  4JKD A;  4CZH A;  4M7Y A;  2FC0 A;  5AQN A;  4PKI A;  3ZEU B;  3ZSY A;  3TR8 A;  5CHI A;  3OYF A;  5M1N A;  1E3M A;  2D0C A;  3I0R A;  3J7A P;  4JI7 K;  4NLC A;  3AA2 A;  2Q0U A;  4ISG A;  3LL3 A;  5HRS A;  4H5R A;  3VQ4 A;  2G8H A;  3TAF A;  3C7N B;  2UXD K;  1YF5 L;  3UKU A;  2OZM A;  1N6Q A;  3VGM A;  2D5R A;  4YHH K;  3L2Q A;  1K6Y A;  3AVB A;  4CJE A;  4Z4F A;  4CEE A;  3TPQ A;  4CHY A;  4O8K A;  4QS9 A;  4E1N A;  5LY3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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