3O9QA

Effector domain of ns1 from a/pr/8/34 containing a w187a mutation
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Nonstructural protein 1
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
total genus 34
structure length 121
sequence length 121
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9qA00
4OPAA 3KWIA 3O9UA 3L4QA 2GX9A 3O9SA 3O9QA 3O9TA 3F5TA 3P31A 3EE8A 2KKZA 3EE9A 3P38A 3O9RA 3M5RA 3RVCA 3P39A 2RHKA 3OA9A 3KWGA 4OPHA 3D6RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WEEA 3WNFA 3VERA 4H4OA 1DTTA 4KH4A 2IVNA 4O0IA 3CJ1A 4DLEA 1VQNN 3VF6A 2YNGA 4W5QA 3M8RA 2OA8A 2V51B 3C6AA 3K57A 2O4IA 4FOEA 4H4MA 3RVCA 3QICA 4CZLA 3VQPA 4EAHD 4FSVA 4YDUC 4CIEA 2X6NA 4Z4EA 4B1UB 3SAFA 3CF5L 2CH5A 1DTQA 3CHWA 3MCAB 5FLXO 1QQMA 1S22A 4EIAA 4B1YB 4E7LA 3HPGA 2A5XA 3KTQA 1U48A 5ELZA 3VENA 3T1YK 2O8FA 4W5TA 2E2PA 1VRUA 4O5FA 1KAYA 4CK2A 4IG3A 3EKUA 3KWGA 4BREA 3U8XA 4TSXA 1TK0A 1X9WA 1XC9A 1KLMA 3KWIA 3AVIA 1L3SA 2PFUA 4CZGA 4JAXA 3PX4A 2KFZA 5KRTA 5AJ3K 4JI7K 5AQMA 4DQRA 4JI2K 1J5OA 1FKOA 4M63C 1Q9YA 3A5NC 3L0QA 5EX5A 4AF1A 4BRHA 1G15A 4PL8A 1GOBA 3FZHA 3DXMB 4B8AB 3JAMO 4A61A 1ZBSA 2E2OA 3H3NO 1WAFA 1RCHA 4MO5A 4BQLA 1K9MO 4CJ5A 4WFNL 3C95A 2P9SB 3NFAA 1XHXA 3BF3A 3QINA 2GBZA 2YHBA 5KGXA 4NCAA 4B8CA 4M3TA 3ZSZA 4IDHA 1LV5A 1BGXT 2BDPA 4FL9A 4DV1K 1CZBA 3DM2A 3CCLN 3ZEUB 4CJ4A 1HKGA 2UXDK 4FLTA 2OZMA 5BREA 4BGBA 2HMPA 1BDGA 4CBWA 2GTDA 4A2AA 4FJLA 2YNHA 4DR7K 4LF8K 3DLLL 1ZBUA 1U2VB 2O4GA 4GW6A 4RW7A 1BQNA 3DJCA 3K5LA 1TL1A 3DLRA 3QETA 4CFCA 4CFDA 1NGIA 1NGGA 4H0TB 4DQ8A 4O55A 2NUBA 1KRPA 4B3TK 2WC9A 4H8KA 1KVBA 3J7AP 4FPAA 4DR4K 1N8RO 4C8LA 1MDUB 1VSMA 3KLHA 1GLBG 1EQYA 4O44A 1QHAA 4EHUA 4RTFD 5BR9A 1QSYA 2AP1A 1FXXA 2IC3A 3DLKA 5K14A 4CZEA 4E1NA 3NF6A 4Z4HA 1H1VA 5JS2A 4QS9A 4AHSA 2HHSA 1P90A 3U3GA 5SZTA 4DQSA 2BUPA 4CJ7A 3R3LA 2FLOA 1GOCA 2Q97A 1BCMA 1NWKA 3NBPA 3LWLA 1DEJA 4A62A 1QVGM 3QERA 3L4QA 4AHCA 3FZKA 3O8MA 3VEVA 4BC4A 1A5WA 3P5JA 1XMQK 3QMLA 4O5BA 1HJRA 4O8UA 1C0TA 3MN9A 3LAMA 3CM5A 1Q8IA 4DU1A 1RT1A 5F2RA 2VWJA 4NO7A 4FZYA 2OTLN 2E6LA 4CF8A 4PY5A 1NGAA 3OYNA 4OGEA 3VGKA 3OYJA 4DV0K 3M8QA 1UA0A 3DRRA 3VQQA 4FJ8A 5LJVA 4WF9L 5J2NA 3EYZA 1NGBA 1BI4A 2XY5A 1YT3A 1NK9A 3KK1A 1GLEG 4BGAA 2X74A 3WQUA 3AVNA 5AQYA 3ZSOA 3W3DA 4BR7A 2P9UB 3ENOA 2A3ZA 5HBMA 3CQYA 3TU5A 4CF9A 2J4RA 3SQ0A 1JL1A 3CG7A 4YFUA 4RW8A 3QBWA 2D0PA 2DFFA 1RTIA 4BC5A 4DFKA 2ZQBA 3ZCMA 4B1WB 5C2DA 1NU0A 4IG0A 2QM1A 4U7BA 5AQUA 4RWTA 3L4IA 4CF2A 4A57A 5SWMA 1TKDA 1ASWA 5KQ8A 1YUWA 2PY5A 2I5JA 1TYQB 4OKKA 4FLVA 1FJGK 3MEDA 1RILA 3ZX3A 1NGCA 3K2PA 4CEOA 3S3MA 3PUFA 4E19A 4AQYK 1EX4A 1N33K 3BZCA 5AQIA 3TAEA 1NMNA 3VTIA 3QIPA 4JI8K 3K59A 1BO5O 3HOTA 4FK0A 1JL2A 3A8YA 3U9DA 3HOSA 1QQOA 1B9FA 3AA4A 3OYDA 2P9NB 4ID1A 3SJJA 2HVHA 2YHYA 1WSFA 4DTJA 1KAXA 4GKKK 3GE1A 3NGIA 1HNVA 3RSEA 1SL1A 3R9PA 4C8KA 4LFAK 3M1FA 4ELUA 4BDPA 4B08A 3O3HA 2PYJA 1VSLA 4IFVA 3U9ZA 2YJEA 4O4GA 1RTJA 3ENBA 3SUQA 1RBRA 3BEXA 2OZSA 3WEEB 4DFJA 1DLOA 4Q5VA 3Q7BA 1N32K 3D2EA 4CF1A 3E9OA 4K41A 4OO1J 2QWNA 1VQ9N 3RRGA 3PLAA 2EWSA 1XHZA 4YOWA 3K0SA 4HHTA 1SL2A 3OS0A 1UAXA 1SKSA 5FRMA 3JXUA 5DMRA 3MEGA 3ZT4A 3I33A 3DOLA 1IH7A 2GV9A 3KK3A 4CD1A 2F96A 4BQZA 1VQKN 2HNZA 4JEPA 3LL3A 1XWLA 4DMNA 3L8BA 5AQWA 4K0KK 5AQNA 4CJTA 1NKBA 4B9VA 4FM1A 1SZ2A 2P5OA 1S1VA 1IBLK 1XC3A 3D0PA 3U3YA 1HX1A 5BPMA 2OYQA 5AQTA 1C1CA 4BDZA 5AQJA 2PZSA 3VMFB 5JMVA 3K9KA 4WQ4A 3NVKA 2P9KA 5CYMA 1KTQA 4F3TA 4Z4CA 4FLXA 2YX6A 3HVRA 5B8HA 1UOCA 2XY8A 3ULDA 1I94K 4JKEA 4B9QA 4KHSA 3HXMA 2P9IA 3WXIA 1EKEA 2G8UA 4JI0K 3AVGA 4FLUA 1UWBA 2ZGZA 2RE2A 1T3VA 5M1NA 4NCBA 2ZJRL 4B3RK 3B6OA 3EY1A 4BVOA 4JI4K 1VQMN 2XY6A 1MWMA 4FLWA 3P4IA 1TUUA 4DQQA 1NJXA 1JJ2M 1SQKA 4MLHA 1BISA 2WUSA 1QSLA 3MWTA 3CJ9A 3TAFA 3OW2M 4DV6K 5FPMA 1JKHA 5EVZA 1W2BM 4BR2A 4FJ7A 1RBTA 2UUAK 2IOCA 4BE2A 1TK5A 3UE5A 1ZBLA 3VESA 2D5RA 4ILGB 3AVAA 3F5TA 2E2NA 1C0UA 2FSKA 3HVTA 1NNEA 2BANA 4BRAA 4FWLA 3S9HA 4UQGA 1XNQK 4E7KA 3WNEA 1SS6A 4BDYA 4J2DA 2P9PA 4B9MA 3TAPA 1T05A 4NLBA 1S6PA 5GINA 3FR0A 1Q82O 3LWMA 3ZSWA 1RT3A 5DM7L 4CERA 3G71N 3F9MA 2G8KA 3CI5A 2ITMA 3WXKA 4JV5K 4LF6K 4WYBA 1TAUA 4KHQA 1IG8A 1QQNA 1OH6A 4DR3K 4CVNE 2FF3B 4DUYK 4LF9K 2QI2A 4M7YA 2PYLA 3G6EN 2YI1A 2UUBK 1NKCA 1YAGA 3AA2A 4X62K 2VWKA 1VQLN 4IKFA 3ASMA 3NGYA 3AAPA 3VQ9A 3RR8A 3P31A 3AO1A 1VQ8N 3VEZA 1Z26A 2VG7A 4RW6A 3IKMA 5FPNA 3ATVA 1RDCA 4DCHA 1WN7A 2NRHA 3NDKA 4ELVA 3SMSA 4YOVA 4HUEA 5C24A 4CEBA 2IVPA 1CZAN 1BI4B 1C6VA 1S1XA 5A2QO 2Q0UA 3HZ6A 5M1OA 5BRFA 1HYVA 3HJFA 4BR5A 4DTMA 1OH5A 3NF9A 2GELA 2W41A 4EFHA 1IBKK 3DRPA 1ZBFA 4B9LA 4HUFA 1X3MA 3VEWA 4B9TA 4W5OA 3HP6A 2W6KA 4QOZB 3FE1A 2HNYA 2O8EA 1IKWA 3O3FA 2PAVA 4M3XA 3KK2A 2WBNA 3LDSA 1MA9B 1EETA 3O08A 4NYFA 1HJOA 1TKZA 3EZWA 4PA1A 5E84A 3CCJN 4FWOA 3FGUA 3N4PA 4CEZA 2O8CA 3AY9A 4CGIA 3HSCA 3T1HK 4IOXA 3AVBA 3P38A 4M42A 1BHLA 2D1KA 5HRPA 4FWQA 3M6GA 4IBNA 3KKSA 2A6AA 1VQ4N 4YDUA 4RW4A 4K42A 4GV9A 2G8WA 2RF2A 3O4NA 1ESVA 4OLAA 3MX5A 3WXLA 4CJRA 3CCMN 2ZGYA 2KQ2A 5AQGA 4OPKA 3MEEA 4V19S 2G8VA 1R0AA 1IKVA 1JXBA 3F9KA 4Q0BA 3LANA 5AFUH 3EKSA 4PWDA 4LSNA 3SQ1A 4CECA 1NJZA 3RSEB 5I9EB 3RWUA 4DTUA 3H1VX 2Z1HA 4CIGA 1ZC6A 5IT9O 4FW1A 3CCVN 3HYFA 1ILYA 4H03B 3H46O 3GDQA 3CPWM 5HLFA 1EWQA 1D5AA 4L3QA 1KD1O 5CY4A 1BIUA 2QWQA 3OYEA 1S1TA 1IO2A 4IOAL 1KQSM 4H0YB 5DK5A 1RT6A 3D2EB 3V9SA 3TSUA 3D2FA 4KH5A 1IBMK 3O3GA 2KZMA 3SAHA 3AVJA 3O4QA 4LSLA 4A2BA 4DS4A 1C0FA 4DTOA 4ZTFA 1RBVA 2PBDA 5JICA 5MLCQ 3MXIA 1QTMA 2XO7A 1VQPN 5J2MA 1KFDA 3CMAN 3WNHA 4GVMA 4OGCA 5GAHP 1WNSA 3OHRA 5CR4A 3PX0A 4AM7A 4FWPA 3V9XA 1Q9XA 2B6AA 1UA1A 3C6HA 1K8KA 1YVNA 1JLCA 3U6FA 4IDKA 2QK9A 1XUPO 3O5BA 1V4SA 1CXQA 1LWEA 4M3YA 5IWAK 4Z0UA 3R8EA 4CIFA 3BP8A 1SKRA 1NKEA 4C8OA 1J53A 2FSJA 4KHWA 4KTWA 1J54A 3CCRN 4HCCA 4FPBA 5KI6A 1SAZA 5EXWA 3FZFA 5JLFA 5FDLA 1N5YA 5HL7L 1WSHA 1HQUA 1NOZA 4FVMA 3IG1A 4GKJK 4JN4A 3CCUN 2D0AA 4CE9A 4CW7B 2P9IB 4O8KA 2LSNA 5C0YA 4DV2K 3KD5E 3WT0A 4E3SA 1JLFA 3HBTA 1HNWK 5HP1A 2OANA 2HHQA 1VSEA 2NRVA 3A2FA 3ZSQA 3RMBA 5HRRA 1X9MA 3ITHA 1Y64A 1R59O 1BOTO 5HRSA 3RTVA 2HF3A 4M3ZA 4CJLA 4DSJA 4CZKA 1TVRA 5EOYA 4KRFA 4C1NK 4JKAA 4R79A 4JI5K 3JS6A 4IJNA 1DGKN 2DY4A 4HVJA 4QS8A 3CC7N 3V1OA 2YHWA 2B5JA 5AR0A 2JGUA 2RPIA 3K58A 3ZT0A 1RFQA 3CYMA 4MO4A 2P9PB 4K8XA 2O8BA 1VQON 4B9SA 3AVKA 1BG3A 2E20A 4I6MA 3SMPA 3SNNA 4DSFA 3K5MA 3V6DA 3CPEA 1WBBA 4BRGA 4CK3A 3HSTB 2VWBA 4CFAA 3CC4N 1TGOA 3CJ7A 1T7PA 1VAZA 5I3UA 3L3UA 2YJFA 5AZJB 1YIJN 3MECA 1NMDA 3HI0A 1BWFO 3QO9A 4PKIA 4CI6A 4ZTJA 1NK7A 4BWMA 1YJWN 2YNIA 3THYA 3SJHA 4M45A 5CE3A 4XIUA 4NYNA 4LH4A 2VGNA 3OJUA 5AZIA 4Z4IA 4HWIA 5AQPA 3O9UA 3VN5A 3L3VA 3MXMA 5KGWA 4PHTX 4DV5K 4IFYA 4JS4A 4CBXA 1TAQA 1RT2A 4OLBA 2NRZA 5ADXH 3MN6A 2Q0RA 3DYAA 1W9HA 2FSNA 2OPRA 1XI1A 1RTHA 2DFHA 4CGDA 2YV0X 1RT4A 1C1BA 4DTNA 4MFBA 3CFOA 1ATSA 2R7YA 4OPHA 1VRTA 1T03A 1QQCA 5AFUA 3DXKA 1NOYA 3TAGA 5JS1A 1XQSC 3OYKA 3F73A 4ISGA 4O0JA 2QKBA 1NG9A 3DLHA 4LF4K 3OBWA 1D9DA 4F2RA 2O8EB 1GLDG 3WXMB 3ZT1A 4ISEA 4CZIA 1IV0A 1B9DA 1S72N 1DKGD 2GUPA 4C1NI 3MN5A 1LCUA 4X65K 3BDPA 3N4QA 4CHOA 3RMAA 2D0OA 1X3NA 1W0HA 3VF2A 4QCLA 1QHTA 4MLEA 3QEXA 2E1YA 3CERA 1OVQA 3MK6A 1BIZA 4JK8A 1P8ZA 1NK4A 4LF7K 3K9JA 1JLBA 1E3MA 1KXPA 3MX2A 4F3OA 3VQDA 1OVYA 2VGMA 2VG6A 3A5OC 3OYHA 2NRRA 1U4BA 2FXUA 4KB1A 4UY8O 2VQEK 2VCPA 2ZF5O 2F9WA 4IO8A 1KLNA 3OVNA 1HNIA 3AA3A 4YY3K 4DV7K 1L3VA 4CJFA 4Y1CA 5F0XA 5EY4A 3VEXA 4CZFA 3CQ8A 3WUHA 4FWNA 4YORA 2E8AA 4DF8A 1BA1A 2QWPA 4MDAA 2F7TA 5AQOA 1BA0A 4IFEA 2WOMA 5JVGL 3O6WA 2KZZA 2RN2A 4EZ6A 5KPZA 5J2PA 1NK5A 2B4JA 2YHXA 4BR0A 4CK1A 3SUOA 4N56A 3FZMA 3ULEA 3LPUA 2HOEA 4I2PA 4KBOA 1C1AA 4EP5A 3D2FB 3KHYA 3V81A 2BH1A 3LALA 1G99A 3NGZA 3ZYYX 5J1EA 2P1JA 2Q2RA 2RKIA 2XRIA 3VEYA 2IGIA 4ILHA 4FJJA 2HHXA 3VA3A 1IG9A 2O8FB 2DPNA 4B1XB 3O80A 2HHVA 3SBTA 1JXEA 4CGGA 4CESA 2G8FA 1K8KB 3AVMA 1LW0A 3LP1A 3H45C 2ZJPL 1SV5A 1WOQA 4C8MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OPA A;  3KWI A;  3O9U A;  3L4Q A;  2GX9 A;  3O9S A;  3O9Q A;  3O9T A;  3F5T A;  3P31 A;  3EE8 A;  2KKZ A;  3EE9 A;  3P38 A;  3O9R A;  3M5R A;  3RVC A;  3P39 A;  2RHK A;  3OA9 A;  3KWG A;  4OPH A;  3D6R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WEE A;  3WNF A;  3VER A;  4H4O A;  1DTT A;  4KH4 A;  2IVN A;  4O0I A;  3CJ1 A;  4DLE A;  1VQN N;  3VF6 A;  2YNG A;  4W5Q A;  3M8R A;  2OA8 A;  2V51 B;  3C6A A;  3K57 A;  2O4I A;  4FOE A;  4H4M A;  3RVC A;  3QIC A;  4CZL A;  3VQP A;  4EAH D;  4FSV A;  4YDU C;  4CIE A;  2X6N A;  4Z4E A;  4B1U B;  3SAF A;  3CF5 L;  2CH5 A;  1DTQ A;  3CHW A;  3MCA B;  5FLX O;  1QQM A;  1S22 A;  4EIA A;  4B1Y B;  4E7L A;  3HPG A;  2A5X A;  3KTQ A;  1U48 A;  5ELZ A;  3VEN A;  3T1Y K;  2O8F A;  4W5T A;  2E2P A;  1VRU A;  4O5F A;  1KAY A;  4CK2 A;  4IG3 A;  3EKU A;  3KWG A;  4BRE A;  3U8X A;  4TSX A;  1TK0 A;  1X9W A;  1XC9 A;  1KLM A;  3KWI A;  3AVI A;  1L3S A;  2PFU A;  4CZG A;  4JAX A;  3PX4 A;  2KFZ A;  5KRT A;  5AJ3 K;  4JI7 K;  5AQM A;  4DQR A;  4JI2 K;  1J5O A;  1FKO A;  4M63 C;  1Q9Y A;  3A5N C;  3L0Q A;  5EX5 A;  4AF1 A;  4BRH A;  1G15 A;  4PL8 A;  1GOB A;  3FZH A;  3DXM B;  4B8A B;  3JAM O;  4A61 A;  1ZBS A;  2E2O A;  3H3N O;  1WAF A;  1RCH A;  4MO5 A;  4BQL A;  1K9M O;  4CJ5 A;  4WFN L;  3C95 A;  2P9S B; 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 3FZK A;  3O8M A;  3VEV A;  4BC4 A;  1A5W A;  3P5J A;  1XMQ K;  3QML A;  4O5B A;  1HJR A;  4O8U A;  1C0T A;  3MN9 A;  3LAM A;  3CM5 A;  1Q8I A;  4DU1 A;  1RT1 A;  5F2R A;  2VWJ A;  4NO7 A;  4FZY A;  2OTL N;  2E6L A;  4CF8 A;  4PY5 A;  1NGA A;  3OYN A;  4OGE A;  3VGK A;  3OYJ A;  4DV0 K;  3M8Q A;  1UA0 A;  3DRR A;  3VQQ A;  4FJ8 A;  5LJV A;  4WF9 L;  5J2N A;  3EYZ A;  1NGB A;  1BI4 A;  2XY5 A;  1YT3 A;  1NK9 A;  3KK1 A;  1GLE G;  4BGA A;  2X74 A;  3WQU A;  3AVN A;  5AQY A;  3ZSO A;  3W3D A;  4BR7 A;  2P9U B;  3ENO A;  2A3Z A;  5HBM A;  3CQY A;  3TU5 A;  4CF9 A;  2J4R A;  3SQ0 A;  1JL1 A;  3CG7 A;  4YFU A;  4RW8 A;  3QBW A;  2D0P A;  2DFF A;  1RTI A;  4BC5 A;  4DFK A;  2ZQB A;  3ZCM A;  4B1W B;  5C2D A;  1NU0 A;  4IG0 A;  2QM1 A;  4U7B A;  5AQU A;  4RWT A;  3L4I A;  4CF2 A;  4A57 A;  5SWM A;  1TKD A;  1ASW A;  5KQ8 A;  1YUW A;  2PY5 A;  2I5J A;  1TYQ B;  4OKK A;  4FLV A;  1FJG K;  3MED A;  1RIL A;  3ZX3 A;  1NGC A;  3K2P A;  4CEO A;  3S3M A;  3PUF A;  4E19 A;  4AQY K;  1EX4 A;  1N33 K;  3BZC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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