3CM5A

Crystal structure of cell-death related nuclease 4 (crn-4) bound with mn
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Crystal structure of CRN-4: implications for domain function in apoptotic DNA degradation
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Hydrolase, apoptosis
total genus 86
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cm5A01
4O0JA 3QEWA 4KB0A 5JS1A 1GOCA 1U47A 1RBRA 5HRNA 1UWBA 3CFOA 3AO1A 4AHTA 4EZ6A 4NCBA 2VWJA 4Z4EA 4FM0A 3QNNA 4CGFA 3DRPA 3K2PA 4FLTA 4HTUA 1L3VA 1KTQA 3RR8A 1IKYA 2Z1IA 1Q9XA 5C24A 3LALA 3SI6A 4DQQA 1O1WA 4AHSA 5HLFA 4C8OA 4OKJA 1NK5A 4CF8A 2PYJA 3OYNA 2YKNA 4CJKA 4FCYA 4CK2A 3HSTB 4KTWA 3DMJA 2ATQA 1LW2A 3T3FA 3QINA 3DM2A 1SKRA 4DSJA 4FJLA 1RCHA 4FZZA 4N56A 2FBTA 3VQBA 1GOAA 4TSXA 3KLIA 2FBVA 4OGCA 2KTQA 3AVMA 3CM5A 5C25A 4DFPA 2IAJA 4M3ZA 1DTTA 1QQCA 2F96A 1UOCA 1LAVA 3RMBA 4E3SA 1SV5A 3ZSZA 4DTSA 1C0UA 1LWCA 3WNGA 1KFDA 2ZQBA 2QKBA 3PV8A 3TABA 4FK4A 3DOLA 4CIFA 4LSLA 1VRTA 3QLHA 5CYMA 1WSGA 2D0BA 3WNHA 1T8EA 1BL3A 2XRIA 1KFSA 3SJJA 1XHXA 4DF8A 1BCOA 4KHNA 2D0AA 3NBPA 4CJFA 4CEZA 4YFUA 1NJXA 2AJQA 3AA5X 4KO0A 1JKHA 2ETJA 4GMJB 3VQEA 3JYTA 1JLAA 3PX0A 4IDKA 4F8RA 1BIZA 2X74A 1RTHA 2P5GA 1TKZA 1JLEA 2P1JA 1X9MA 3V1RA 2OZSA 4CJPA 4FK0A 1B92A 2DY4A 3PUFA 4C8MA 2E4LA 4CJTA 4LSNA 4O0IA 1KLNA 1VSIA 1ITGA 1J53A 2LSNA 4B8AB 4CEDA 1N5YA 1RDDA 4IBNA 3K5NA 1EETA 4XIUA 4DQIA 3NAEA 4FJGA 4PY5A 1KVBA 5HBMA 3OYDA 4OPKA 4DU1A 4DS5A 1SL2A 3MECA 4CHPA 2HHUA 4C8NA 4W5QA 1NKEA 1Q9YA 4DSEA 4CGJA 2YKMA 3TWHA 3ZSWA 3DYAA 3S3MA 1SKSA 3KJVA 1ZBLA 2IS3A 1T7PA 4K8XA 4GVMA 4JLHA 3CM6A 1S1TA 3SUQA 2QXFA 1TGOA 3VQ9A 1NKBA 4DMNA 1UA0A 2RN2A 4MQ3A 1KCFA 2D0CA 4DSFA 3ZSVA 2PYLA 3KKRA 3D0PA 4Z4CA 5D3GA 2OYQA 3G0ZA 3SUPA 4Z4IA 3QERA 4F2RA 4FJJA 3T1AA 1JLQA 2JLEA 4I2PA 3VQ8A 3KK1A 3TAPA 3TARA 1D9DA 4B9SA 3HP6A 4FW1A 3DLRA 4CJUA 3HVTA 1CXUA 1HQUA 1TKXA 2YNFA 3AVKA 3LANA 4CECA 4CJLA 3OS1A 4E7IA 3QEXA 1HQEA 3V81A 3I0RA 2HHTA 4HVJA 1S6PA 3A2FA 3OYKA 1YTUA 4O4GA 1ASWA 3ZCMA 2HHVA 4Y1CA 2HB5A 3M8RA 4H8KA 3L2QA 4JS4A 1NJZA 2A1RA 4KKOA 3BGRA 4AILC 4QCLA 2BGGA 3NFAA 3AVBA 4DSIA 4M42A 4CHZA 3LZJA 3O4QA 1BI4B 4DQRA 2OZMA 4OKKA 5KRTA 3CYMA 1WAFA 3P83D 3RTVA 3SYZA 4WE1A 2GV9A 5J2MA 2KFNA 3AA4A 3OS2A 1NK8A 4OGEA 4H4MA 4CF9A 2WOMA 2HVIA 1C0MA 3VQ6A 3C94A 1ASVA 1UA1A 2YNIA 5KI6A 2HNDA 4DS4A 1NK4A 1VSLA 4N76A 4DTOA 1SL1A 3IG1A 1J54A 2P5OA 4B9TA 2E6LA 1ZBHA 4RG8A 3VQDA 1S9GA 3NF6A 2PY5A 4FJMA 4M3WA 4F3TA 3P1GA 3HXMA 3QESA 3DLKA 4RW6A 4O44A 3VN5A 2Z1JA 3OYCA 4W5TA 2JGUA 3KLHA 4DU4A 1R0AA 3ULDA 1VK0A 4B9UA 1CZBA 3KKSA 4AH9A 2HNYA 4DSLA 3M8SA 3V9ZA 1B9FA 4OLAA 3OYFA 4OKEA 5FRMA 4M41A 1F21A 1JL2A 3C6UA 4AHVA 4DQPA 1ZBUA 5CYQA 3ZT1A 1IG9A 4IG0A 1ZYQA 2PZSA 4CERA 3CG7A 3EZ5A 4H4OA 4CEOA 3OJUA 1RBUA 1D5AA 3QIOA 4KV8A 4E1MA 3H08A 4BE1A 2Z1HA 1ASUA 3RRHA 1DLOA 3SPYA 3TI0A 1A5XA 5DK5A 4F3OA 3L3VA 4FJKA 1WSEA 3U6FA 3S3OA 4KREA 1XI1A 4C8LA 4FJXA 3TAFA 1KSPA 1WSIA 3L8BA 4ELVA 4B08A 4ID5A 2RPIA 3LDSA 1YT3A 1IH7A 3MXJA 4IFVA 3M8PA 4CHOA 5SZTA 1X9SA 2B4JA 3NDKA 3LP0A 3RWUA 4O5BA 4LH5A 4BWJA 3NE6A 4ELTA 1UAXA 1N6QA 2G8VA 2F8TA 2IC3A 4CJ4A 4BE2A 4BDZA 5HP1A 4JRPA 4IG3A 3TANA 3KK2A 3ZT0A 1QS4A 5J2NA 3AA3A 4I9LA 3SQ0A 4PUOA 3IRXA 4CCHA 4DTRA 2BDPA 4FZXC 4K8ZA 4FLVA 5FRNA 2YNHA 3MEEA 2G8WA 2FBXA 5CZ2A 3QEVA 5I42A 1G15A 1NK6A 4AHRA 3OYGA 1TAUA 2VWKA 1J9AA 4DFMA 1HNVA 3RMDA 2OPQA 3OYJA 2HHQA 4CJQA 4EP4A 5T7BA 1S6QA 1WSHA 3O3FA 1TKDA 2G8IA 3DLEA 1TVRA 1Z25A 3CFPA 2IGIA 3LZIA 1QSSA 1IO2A 2QK9A 5I3UA 3QEPA 4HUFA 1FKPA 3V9UA 2DFEA 3SQ4A 5KTQA 4E0DA 1S1XA 5CZ1A 4CJ5A 4L8RB 1A5VA 3VQQA 1C1CA 1YTAA 3OY9A 3VQ4A 4M45A 3OYEA 1HJRA 3K5LA 5FROA 4FJ7A 2X6NA 3AVJA 4O55A 3ZT4A 4CGIA 5KGXA 1RT3A 1HMVA 4KTQA 3SZ2A 2OPRA 4NCAA 1REVA 3AVFA 3AVLA 2O4GA 3ISNC 3OYBA 3B6PA 3HT3A 4FM2A 3HVRA 4BE0A 1S9EA 2GUIA 2FBYA 2VG6A 4E89A 3OYAA 1QHTA 2KQ2A 1JLBA 1W0HA 1Z26A 3VQ7A 3PX6A 1S1WA 1MU2A 1RBTA 1TAQA 3LP2A 4Z0UA 3HJFA 4Y1DA 3ZT2A 4KHYA 4W5OA 1C1BA 3SQ2A 1WN7A 2XY8A 3S3NA 4IKFA 1TK5A 2HHWA 4ID1A 1HYSA 2DFFA 3F9KA 3HPGA 3M8QA 4FJ8A 4OLBA 3V6DA 4DSKA 3O4NA 4RW9A 4Q5VA 3QNOA 3MXMA 3HK2A 4ZTJA 4HUEA 1WSJA 3NF7A 1EX4A 4CJ3A 1XC9A 2X6SA 1QSLA 2XY6A 3V9SA 1QTMA 2OPSA 4N41A 3OS0A 4N47A 3D45A 4FJ9A 2EHGA 4DQSA 4Z4GA 1LW0A 3I8DA 4I2QA 5HRRA 3QO9A 1EKEA 3I0SA 4LD0A 4E19A 1J5OA 3QEIA 1XWLA 4GW6A 3QIPA 2G8KA 5KRSA 3LP1A 1HPZA 3DRRA 1LV5A 3LP3A 4PQUA 3KLFA 4R5PA 2KW4A 4FJHA 3O3GA 2VG7A 3E01A 1FXXA 1S1VA 3T19A 1RTJA 4DFJA 3F73A 4CEEA 4B9LA 3V1OA 3UIQA 4C8KA 4KI6A 1ZBIA 3AVIA 3KIOA 3RR7A 4E7KA 1VSFA 4YNQA 3C6TA 1VSKA 3TAEA 3ZT3A 3NCIA 3V9WA 2XY7A 1WAJA 3NGZA 1IKVA 3DOKA 3OVNA 1CZ9A 3IS9A 1L3SA 4KHQA 4B3OA 3SV3A 3HM9A 2GBZA 4FLZA 4B9NA 2G8HA 1C6VA 4AHUA 3MAQA 1RTDA 4KHWA 4F2SA 4FVMA 4DLEA 4J2DA 1RBSA 2KFZA 3VA3A 5HRPA 4EZ9A 5J2QA 3AVAA 3NF9A 1RDBA 4W5NA 3PX4A 2XO7A 1NKCA 1JLCA 2G8UA 2ITGA 3U3GA 2A1SA 4CGDA 1VSHA 3VA0A 3SCXA 4E7LA 3ALYA 3ZSRA 3OYIA 4FYDA 2YHBA 2B6AA 5SWMA 2RF2A 1U45A 1RDAA 1BQMA 1JXEA 4IFYA 4CF0A 3HPOA 3VQCA 4J2AA 2P51A 3NH2A 1NK9A 4CJVA 4UQGA 4BDYA 1KRPA 4CIEA 4KHSA 1IKXA 2X78A 1TKTA 4N5SA 3DLGA 1HYZA 4PA1A 2ZD1A 1Y97A 2Q3SA 2B5JA 4B9VA 2BANA 4FZYA 3TAMA 4LY7A 3L2RA 1HRHA 1S5JA 1KVAA 1TV6A 4HHTA 3SPZA 1EP4A 3LAKA 5J2PA 4ZHRA 3O3HA 3DLHA 3ITHA 3EYZA 1QE1A 4KPYA 5EU7A 2DTUA 2EX3A 4KFBA 4CJWA 1JLGA 2I5JA 1TL1A 3C95A 4CJEA 3JSMA 3OJSA 3K57A 3CQ8A 3RMAA 4M3UA 3VQAA 2DFHA 1T05A 3QETA 2XHBA 4JRQA 3KK3A 5C42A 3L2WA 3HYFA 1RT2A 4W5RA 3KLGA 3K58A 4DTNA 1I39A 4FLUA 4E1NA 3VQ5A 4DF4A 5CY4A 4CJRA 1RT4A 3VQPA 3AV9A 3NHGA 1NJWA 1C1AA 4FW2A 5FDLA 4HCBA 4FM1A 3NH0A 1TL3A 3L2VA 1FK9A 3V1QA 1SL0A 1D8YA 4FJIA 2HHXA 4NYFA 4CFDA 1FKOA 3DLBA 3KD5E 3NF8A 4J2EA 1RILA 1RT1A 3HP9A 1C0TA 4ICLA 4CK1A 3PY8A 4RW4A 4FLXA 2IDOA 3HPHA 4RW7A 1U4BA 4J2BA 4KTZA 1VSDA 4OPJA 3IAYA 1NOYA 4DTMA 1RBVA 4KAZA 4DTPA 4M3YA 1QSYA 3KD1E 3MEGA 4FJ5A 3TAQA 4Z4HA 5K14A 4CGHA 3PO4A 2XY5A 2F8SA 4HUGA 2E6MA 1SKWA 3K59A 3MXIA 1NJYA 3THVA 1S1UA 4B8CA 1LWFA 1BQNA 3SUOA 4DWIA 2Y1IA 3NGIA 5HRSA 3K5MA 4FJNA 4OJRA 4CEBA 2YNGA 4CFAA 4JS5A 3MEDA 1X9WA 2QKKA 4CEFA 4QAGA 3WNFA 3U3YA 1RT6A 4CF1A 2G8FA 4KRFA 4F4KA 1GOBA 1WNSA 3V9XA 4NCGA 4CF2A 3LWLA 1BHLA 2RKIA 1WLJA 4BACA 3AO2A 4QOZB 2OPPA 4RW8A 4AHCA 3OYMA 3LPUA 1B9DA 1VSJA 3NH1A 3TAGA 1L5UA 4M3RA 1VSEA 4CEAA 1JL1A 1BIUA 3L2UA 1RT7A 3KLEA 3OYHA 4DTUA 1BI4A 4B9MA 4CFBA 1U49A 1K6YA 2WONA 4BWMA 3CFRA 4DU3A 3SUNA 3AO3A 1ZBFA 4LH4A 1BCMA 2HNZA 3RMCA 3HO1A 1TK0A 1YVUA 5DMRA 4G1QA 4ZTFA 3ZSXA 1RNHA 1RDCA 3ZSOA 4DTXA 3PO5A 3OYLA 4CK3A 1NK0A 3K5OA 4E7HA 1LWEA 1RT5A 4HCCA 2KZZA 4BDPA 1TK8A 3TR8A 4CJSA 1JXBA 1LAWA 1IKWA 4M3XA 3P5JA 2HHSA 2IOCA 2BE2A 3DI6A 1EXQA 4Z4FA 4Q0BA 3LWMA 4M3TA 1JLFA 1VRUA 3DRSA 3SQ1A 2HVHA 5KGWA 1HNIA 1I3AA 1T03A 2HW3A 4CEQA 3RRGA 3WNEA 4KB1A 3S9HA 2O4IA 1NK7A 4KHUA 3FFIA 4NYNA 2Y1JA 1U48A 4KI4A 4FLWA 1X1PA 1VSMA 1W9HA 1CLQA 3AVCA 2ZE2A 1A5WA 5J1EA 3G10A 1BISA 2YV0X 3AO5A 3NGYA 4CFCA 4CHYA 2FC0A 1BGXT 1HYVA 4I7FA 3EY1A 2R7YA 5HROA 1L3UA 1U04A 4I9QA 2Z1GA 4FK2A 2YHAA 3AVHA 3AA2A 1WSFA 4OVLA 1SUQA 5E41A 4CESA 4DLGA 3LPTA 2VG5A 3L3UA 1D9FA 1DTQA 3ASMA 5JS2A 2HMIA 3ZSYA 4CE9A 3LAMA 1Q8IA 2D5RA 4CIGA 4FLYA 1KVCA 3AO4A 4EP5A 3BDPA 3KTQA 3SNNA 4PWDA 4MFBA 4CHQA 4DTJA 2NUBA 2W42A 1L3TA 2KZMA 4DFKA 1KLMA 1XHZA 1RTIA 4DG1A 3AVNA 4CGGA 4FXDA 3V4IA 1CXQA 1NOZA 2OA8A 3SV4A 4CHNA 4ELUA 4E7JA 3AVGA 3B6OA 3HL8A 3ZSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KB0A 3QEWA 5JS1A 5AR0A 2FF6A 1IV0A 1VQ4N 1UWBA 3OBYA 4AHTA 2Q1NA 5KQDA 2Q36A 3DRPA 4FLTA 5C15A 3RR8A 3RVCA 3G71N 3LALA 4BRDA 3CF5L 5HLFA 4OKJA 2YHWA 1Y64A 2YKNA 5AQPA 3I8BA 1HKCA 1SKRA 4CZEA 1YHQN 4N56A 3VQBA 4JN4A 2FBVA 5DM7L 1NNEA 2KTQA 5MLCQ 3MN5A 4DFPA 2IAJA 4M3ZA 1DTTA 4A5AA 2HBLA 4K42A 1E3MA 4DTSA 1C0UA 1LWCA 5AQHA 4JD2B 1LOTB 4FK4A 1VRTA 3WNHA 1BL3A 2VGMA 1RGIA 1XHXA 3UKUA 3H46O 4B1ZA 4KO0A 2IVNA 4GMJB 5F1XA 5ADXH 5F0XA 1BIZA 2X74A 1RTHA 3CCRN 1DEJA 2O8FB 3AARA 1TYQB 5AQGA 1VSIA 2NLXA 1ITGA 1J53A 2LSNA 4IOXA 3FLCO 4B8AB 1FW6A 2P9LA 4JKFA 3SJHA 4IEIA 3OYDA 4U7BA 4OPKA 4DU1A 2Q2RA 4W5QA 4CGJA 2YKMA 3TWHA 2UUCK 5AQFA 1SKSA 4BRNA 1ZBLA 1T7PA 3MCPA 4FWOA 3SUQA 2E1ZA 2RN2A 4MQ3A 4WQ5A 4Z4CA 3G0ZA 5AQLA 4JAXA 1HNZK 3A5OC 3VQ8A 4LF9K 1D9DA 4B9SA 2VQFK 3HVTA 2YNFA 1TKXA 3AVKA 4CECA 4CJLA 4HVJA 3A2FA 3OYKA 3DXKA 4O4GA 1N32K 4DR1K 4RTFD 4H8KA 3M8RA 1NJZA 3CQXA 3NFAA 4WCEL 4M42A 2P9SA 3LZJA 4DQRA 1WAFA 3P83D 3PSIA 3SYZA 3D6RA 3AA4A 1SQKA 3F2KA 2HVIA 3VQ6A 2YNIA 4BQZA 4DTOA 3IG1A 4JV5K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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