3CM5A

Crystal structure of cell-death related nuclease 4 (crn-4) bound with mn
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, apoptosis
source organism Caenorhabditis elegans
publication title Crystal structure of CRN-4: implications for domain function in apoptotic DNA degradation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
total genus 86
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cm5A01
1YTAA 3AA5X 4M3XA 2HHSA 4FK4A 3WNGA 1VSFA 3VQBA 2HB5A 1VSJA 4YFUA 3NH2A 4DFJA 1KTQA 2FBYA 4EZ6A 4KTQA 3AVJA 1J54A 4Z4GA 4DWIA 3CM6A 1J53A 4DQIA 3NE6A 4FJLA 4CJVA 4CECA 5SWMA 4ID1A 3V9SA 4E0DA 3TARA 2VG7A 3ZSVA 4CF9A 1T8EA 3AVCA 3M8SA 3KKRA 1JLBA 3VQ7A 4ZTFA 3NFAA 4OPJA 4O44A 5CYQA 3RMDA 3L2VA 3ZT4A 3G0ZA 3SPYA 4BDPA 1NOYA 3RR7A 3P1GA 4AH9A 2F8SA 3DYAA 4OGCA 4B9VA 5J1EA 3QLHA 4ZHRA 1TAUA 2IS3A 3VQ4A 1TKXA 4FJGA 3ZSRA 1SL1A 3OYIA 3NF6A 1X9SA 1KFDA 1JXBA 1DTQA 3OYCA 3LPTA 1SV5A 5J2MA 3NCIA 1BIUA 3PX4A 1HYZA 3SQ4A 2QK9A 4QOZB 5CY4A 3DLBA 3DLEA 4EP4A 3HM9A 4CJ5A 1JL2A 4PA1A 4CGIA 3SUQA 4J2AA 4CEDA 4BE1A 2B4JA 1BI4B 3KD5E 1D5AA 3ZCMA 4HUEA 5CZ1A 3PV8A 1HQEA 1S1UA 3SCXA 4O5BA 2X6SA 1L3UA 3K5NA 4FJ8A 3VQ5A 2A1RA 1UA1A 4CGGA 2G8FA 2GUIA 3DI6A 3LP0A 4IFYA 1JXEA 1C1CA 2D5RA 4C8NA 3V9WA 3QEXA 5KGWA 1HRHA 4M3WA 3VQ6A 1C1AA 2B5JA 4KHYA 1FXXA 5JS2A 4HUFA 2BANA 4CF0A 1RBUA 4OLAA 1NKCA 1NOZA 1TVRA 4AHUA 1NJZA 4Z4HA 3QETA 4DTOA 1NK8A 1J5OA 3NH0A 1WNSA 1RBSA 1WN7A 3QINA 2G8KA 3LANA 3AA3A 4F8RA 2OPSA 4CK3A 2W42A 3HP6A 1RDCA 2QKBA 4FM1A 4BE2A 3KLFA 3JYTA 3L2QA 1BIZA 3C94A 3TAEA 2P5OA 1S9GA 1HMVA 4CEQA 2EX3A 1WSJA 1RTIA 3SJJA 1RILA 2GV9A 3MECA 3RMCA 4DTRA 4RW7A 1LW2A 1ZBFA 4KV8A 4HHTA 4LY7A 2OPPA 4OGEA 1A5XA 1NJXA 3PO4A 4NYNA 4OKEA 1EKEA 4ICLA 4CF2A 1GOCA 5KRTA 3RR8A 1VSHA 3KLGA 4E7KA 1NKEA 1XHZA 1A5WA 3OYHA 3S3OA 2PZSA 3ZSXA 4R5PA 1LW0A 2OYQA 3MEDA 1I3AA 1Y97A 2HNZA 3K59A 1RBTA 4EP5A 1TAQA 4IG0A 3K5LA 1C0MA 3S3NA 1Q9YA 3RTVA 2XY8A 3NF7A 5KTQA 4DSIA 4GMJB 3OYEA 3QEWA 2P5GA 4FJ9A 3B6PA 4JRQA 4CEFA 4H4OA 3F73A 3QEPA 3VQ9A 3VQDA 3LDSA 1ZBLA 1XC9A 4CIGA 4DTMA 3DLHA 1VSLA 3O4NA 3OY9A 4BDZA 4CHZA 4PUOA 1DTTA 4FJNA 1S5JA 1RDDA 3V6DA 4W5NA 1LAVA 5DMRA 4BWMA 1R0AA 4J2BA 1WAFA 3ALYA 4W5RA 4CHNA 3IAYA 4I9LA 1S1VA 3DM2A 3M8RA 4CJ3A 2JGUA 2BE2A 1NK7A 2PYLA 1RTJA 1NKBA 3HYFA 4CF1A 1RDBA 4N5SA 3D0PA 3TANA 1ZYQA 3BDPA 3VQAA 3SV4A 3O3GA 3AVMA 3LZJA 3TAGA 1C1BA 3AO2A 4CFCA 1BCMA 4LD0A 2ZQBA 4FZZA 3M8PA 3QIOA 4FVMA 2G8VA 2P51A 1X1PA 4M45A 1UA0A 3U3YA 5I42A 4KHQA 5D3GA 2HHQA 1ZBUA 4I2QA 4PWDA 3OYLA 3I8DA 2KZZA 4CJFA 3IS9A 4M3UA 2XRIA 2D0CA 2VWJA 4NCBA 4FW1A 4OVLA 4O0IA 1GOBA 1BGXT 4WE1A 5HRSA 3P83D 4DFMA 5J2NA 4MFBA 2PY5A 3DLRA 3OS1A 3SQ1A 3AVGA 2R7YA 4CJTA 1NJWA 2HNYA 1HNIA 3OJUA 4E7HA 2GBZA 3V9UA 4FJXA 1G15A 4FLTA 3AVLA 1S9EA 4IDKA 3KTQA 3VQ8A 3T19A 3OYKA 4OLBA 1LAWA 2A1SA 3I0RA 3ZSYA 4BE0A 4FJMA 1U45A 4M41A 2HW3A 3NAEA 3AVIA 3CYMA 3K2PA 4AHTA 3WNFA 1JL1A 4DSFA 4KHWA 4FXDA 1XHXA 1U04A 3AVNA 1RCHA 1T03A 4GVMA 4DF4A 3OJSA 3DMJA 3OYGA 2AJQA 3I0SA 3OVNA 3HPGA 3VN5A 3ZT3A 4FLUA 3VQQA 1RTHA 3AA2A 4CJWA 3SZ2A 4YNQA 3LALA 5HROA 4KI6A 1IKVA 1RT2A 3JSMA 1IKWA 4AHCA 2XY6A 4H8KA 1VSMA 3MXIA 3HO1A 1C0UA 3S9HA 1RBVA 4FM2A 3HPHA 4CGHA 2IDOA 4FK0A 3DOKA 3L3UA 3VQCA 3QO9A 4CFDA 4E19A 3LP1A 3ZSOA 4DLGA 2HHXA 1N6QA 4IBNA 4Z4CA 2XY5A 2G8WA 4B9UA 1RT5A 1SKSA 4CJEA 1QE1A 1CLQA 1IG9A 4XIUA 3L2RA 3LWMA 4I2PA 4DFPA 1WSEA 4CGDA 3AVBA 1EX4A 3KJVA 4DQQA 5E41A 1TKDA 2KFNA 2O4GA 1F21A 3NF9A 2ZD1A 5K14A 1HYSA 1YTUA 1L3SA 1WSFA 2IAJA 1O1WA 4BWJA 3KLIA 4K8ZA 1KLNA 4F2SA 2HHTA 1B92A 4DS4A 3PX0A 5SZTA 4RW6A 4DLEA 3ZT0A 4LSNA 2Z1HA 3FFIA 2B6AA 3DRRA 4B9TA 3T1AA 3VQEA 2KW4A 4CERA 4CK2A 4DTNA 2ZE2A 4KREA 2O4IA 5KRSA 4Q5VA 3TAFA 1LWCA 4N56A 3LZIA 3TWHA 1Q8IA 3HJFA 3SNNA 4CF8A 4DTPA 3KK2A 1XI1A 2DFFA 3ZSWA 5J2QA 5HRRA 1X9MA 1RBRA 3HVRA 1QSYA 3NGZA 3AVKA 2NUBA 2YNIA 4HCCA 1WSIA 1RT3A 2YNFA 4RW9A 5FRNA 1VSKA 1SKWA 4KRFA 4JLHA 2Y1JA 2FBXA 3QIPA 4O55A 4CESA 1BISA 1VRTA 2Z1GA 4B08A 4DS5A 4HCBA 1ZBIA 4FLZA 5KGXA 2FBTA 3KK3A 3H08A 3NF8A 3ITHA 3KKSA 5JS1A 1KRPA 4L8RB 1SKRA 3LPUA 4CEZA 1LWFA 5EU7A 4E89A 1JLGA 1L3TA 1KLMA 4CJPA 1TK8A 2YNGA 3OYFA 1ZBHA 4DTJA 1IKYA 2X78A 2KTQA 3CFOA 3C95A 3V9XA 2ITGA 4BACA 3V1QA 4FW2A 4KB1A 4FLXA 3DLKA 3OYMA 1JLQA 1A5VA 3EYZA 4F3OA 4QCLA 4OKJA 1QSLA 3DLGA 2FC0A 1BL3A 5C25A 1FK9A 3A2FA 1HPZA 3TABA 4LSLA 1QSSA 1D8YA 4HTUA 4FZXC 5J2PA 2OZMA 3ZSZA 4BDYA 3M8QA 1W0HA 1HNVA 3LP3A 1WSHA 4M42A 5CYMA 1GOAA 3ZT1A 2IC3A 1Q9XA 2DY4A 2LSNA 2D0AA 2VWKA 4NYFA 1WAJA 1S1WA 4CK1A 4FJJA 4M3RA 5C42A 4AHSA 4RG8A 5HRPA 4AHVA 4NCAA 1HJRA 1S1XA 3ZSQA 4QAGA 4CJ4A 4CFBA 3EZ5A 4B9NA 5KI6A 1RT7A 4CEAA 4CHPA 4FYDA 1ASUA 5C24A 3V81A 1JLAA 3MAQA 2BGGA 4CEBA 3NGIA 5I3UA 1S1TA 4JS5A 4N47A 3SQ0A 4W5OA 4HVJA 4I7FA 1TV6A 2QKKA 3RRHA 2ETJA 2P1JA 5FDLA 3D45A 1BHLA 3CFRA 3AVHA 2D0BA 1JLEA 3LAKA 4EZ9A 2JLEA 2Y1IA 4CJRA 3HL8A 4C8KA 3KD1E 4Y1CA 1HQUA 2HNDA 3CFPA 4KHSA 2YNHA 3BGRA 1IKXA 1KVAA 2RN2A 1KVBA 5DK5A 1ITGA 4KO0A 3LWLA 2X74A 1EETA 2RPIA 1QHTA 3QEVA 3SQ2A 3TR8A 2E4LA 3SUPA 1VSIA 3IG1A 1RNHA 3VQPA 4CHQA 4CGJA 4KPYA 3NHGA 3L8BA 3QNNA 1D9FA 4Z4FA 2EHGA 4NCGA 4B9SA 4KFBA 4KHUA 4IFVA 1BQMA 1W9HA 2Z1IA 1ASWA 4FLYA 2OPQA 2Q3SA 4F3TA 1RDAA 2OA8A 2DFHA 3K57A 2PYJA 4B3OA 1NJYA 3PUFA 3HK2A 3QNOA 3AA4A 4TSXA 3RMAA 1RT4A 3E01A 3O3FA 3OYBA 3OYAA 3QEIA 1U49A 3K5OA 5HRNA 4G1QA 2F8TA 2ATQA 3F9KA 3O4QA 4AILC 4FK2A 1U48A 4K8XA 4DTXA 2YV0X 4B8CA 4B9MA 4FJ5A 1NK0A 4DSLA 4DSEA 2VG6A 3B6OA 3AVAA 3RMBA 3L2WA 3NDKA 2FBVA 1EXQA 2OZSA 1REVA 1NK9A 4CJSA 3MXMA 3OS2A 3G10A 4OKKA 2WOMA 3THVA 4MQ3A 1KVCA 4FJHA 4FJKA 1TK5A 4FJIA 3SUOA 4CIEA 3ZT2A 1VK0A 2I5JA 2HHUA 4IKFA 3K5MA 4DTUA 1LWEA 2IGIA 3RRGA 1JLFA 4E7JA 4DU3A 4E1NA 4CJKA 3SI6A 3HVTA 3AO3A 1SUQA 2E6MA 4E3SA 3DRPA 2KFZA 3U6FA 1QTMA 4PY5A 2XHBA 1Z25A 4JS4A 1C0TA 3SPZA 2KQ2A 4CIFA 3V4IA 1KFSA 4DSJA 3S3MA 4DQPA 4E1MA 3HXMA 3KLHA 3TI0A 3CM5A 3PX6A 1CXUA 4ZTJA 4J2EA 2Z1JA 3PY8A 4KTWA 4C8LA 2QXFA 1FKOA 4DG1A 3LP2A 4O4GA 4F2RA 1N5YA 1VSEA 1T05A 4DU1A 1UAXA 2YHAA 1SL0A 4N76A 3P5JA 4UQGA 4ELUA 1RTDA 3TAMA 4CE9A 4DTSA 4ELVA 3MEEA 4Y1DA 3HP9A 4IG3A 4Z0UA 1CXQA 1CZBA 1TKZA 3KIOA 4CGFA 4OPKA 4AHRA 4FCYA 3PO5A 3DOLA 4CJLA 4LH4A 1WSGA 4DQSA 1U4BA 4DMNA 1B9DA 1QS4A 1X9WA 3K58A 1J9AA 3V1RA 4GW6A 3V9ZA 1SL2A 1CZ9A 3SV3A 4CEEA 4LH5A 3WNHA 5HLFA 3U3GA 1MU2A 3LAMA 1RT1A 4Q0BA 3HSTB 1BI4A 1QQCA 4J2DA 1VRUA 4CFAA 4CCHA 1K6YA 1S6PA 3KK1A 1L5UA 2E6LA 4W5QA 1Z26A 3QESA 1NK6A 1JLCA 2YHBA 4O0JA 4W5TA 3IRXA 3OS0A 3V1OA 3SUNA 4Z4IA 4CJUA 3VA0A 3TAQA 4ELTA 4H4MA 4KTZA 3O3HA 1XWLA 3KLEA 4JRPA 2HVIA 1S6QA 2BDPA 5HP1A 3HT3A 1YVUA 2F96A 4FJ7A 3HPOA 1LV5A 4KI4A 3AO4A 1JKHA 3L3VA 4B8AB 2HMIA 4KAZA 1TKTA 1TGOA 1T7PA 1IO2A 1B9FA 4DF8A 1KCFA 1IH7A 3RWUA 1HYVA 3MEGA 4M3YA 4M3TA 3NH1A 4PQUA 2HVHA 3DRSA 2YKMA 5CZ2A 4E7LA 1C6VA 4ID5A 3AVFA 1TL1A 4M3ZA 1BQNA 1UOCA 4CHYA 3EY1A 4CJQA 3ULDA 1EP4A 3AV9A 3ASMA 1D9DA 3UIQA 1L3VA 3NGYA 3QERA 1YT3A 4C8MA 4KKOA 4KB0A 5HBMA 1VSDA 3CQ8A 1ASVA 3ISNC 3L2UA 4OJRA 5FROA 4Z4EA 2IOCA 2G8HA 3VA3A 4HUGA 4FZYA 2DFEA 2OPRA 2KZMA 1KSPA 5FRMA 1BCOA 4FLVA 4CEOA 2HHWA 4DU4A 3CG7A 1NK5A 4KHNA 1TL3A 3AO5A 4DQRA 2DTUA 3OYNA 1WLJA 1FKPA 4FM0A 1TK0A 2G8UA 3C6TA 1DLOA 2X6NA 3AO1A 1RT6A 3C6UA 4I9QA 3OYJA 2G8IA 3NBPA 4RW4A 2HHVA 4B9LA 2WONA 2RF2A 3T3FA 4DFKA 2RKIA 2XY7A 3WNEA 4E7IA 1U47A 4DSKA 3SYZA 1I39A 3OYDA 2XO7A 5T7BA 4F4KA 1NK4A 3TAPA 4CHOA 4C8OA 4N41A 3MXJA 4RW8A 2VG5A 4FLWA 1UWBA 2YKNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z94A 4M3XA 2YX6A 3WNGA 2HB5A 1VSJA 2E1ZA 1J5EK 4JKFA 4DWIA 3CM6A 3QDKA 3NE6A 4CJVA 4BC5A 4CECA 5SWMA 2VG7A 3I56N 3ZSVA 1O13A 4CF9A 4XEIA 4ZTFA 3ZT4A 3C6HA 3G0ZA 3SPYA 4AH9A 4JKEA 2F8SA 2GUPA 3QLHA 3VQ4A 1TKXA 3ZSRA 3OYIA 1K8KA 2P9NA 1TUUA 4JI6K 2W6LA 1SV5A 5J2MA 1HYZA 3SQ4A 4QOZB 4RTFD 3DLEA 4EP4A 1BDGA 2FLOA 2JWLA 5CHIA 1OH6A 1NLVA 3KD5E 1D5AA 4BC3A 3KK7A 4BRCA 1HNWK 3PV8A 3SCXA 1S1UA 4FPAA 4IO9L 4O5BA 4EIAA 1VQPN 4CGGA 2G8FA 5AQNA 4IFYA 4M3WA 1HRHA 2KZMA 4BQZA 2NRZA 2B5JA 2BANA 2P9SA 4CF0A 3O5BA 4OLAA 1NJZA 4CBXA 1J5OA 4RWTA 2G8KA 3QINA 5M1QA 3LANA 1N32K 3AA3A 4F8RA 3UKUB 1VQ5N 2KLAA 4ISFA 4FM1A 5AQWA 3JYTA 4DUZK 3A5OC 3J7AP 4U67L 1HMVA 2EX3A 2FSJA 3RMCA 4B9QA 4BREA 2OPPA 1NJXA 4OKEA 5AZIA 3SAGA 4GV9A 2P9KB 4DV2K 3P39A 1NKEA 1A5WA 3S3OA 3C7NA 2OYQA 1I3AA 2HNZA 2PFUA 5BRFA 4EP5A 2F7TA 2CH5A 4B3OA 3VETA 3S3NA 4DSIA 2XY8A 1M90O 3ATVA 2P5GA 1IBKK 4IZ9A 4CZLA 4X65K 2P9LB 3VQ9A 4DTMA 4BRGA 1VSLA 3OY9A 3QFUA 1YAGA 3MK6A 1DTTA 2E88A 1RDDA 3PLAA 3ALYA 4OO1J 2ZJPL 1S1VA 4CJ3A 3CF5L 1RTJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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