2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
b'ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords glycerol kinase
publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
source organism Cellulomonas sp.
molecule tags Transferase
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
4K41A 2QWRA 3CQXA 3EZWA 3O1WA 1NGIA 5EY4A 4BGAA 5JICA 3LDQA 3D7EO 4QS9A 4BR5A 2Q36A 1C0FA 2QWQA 4NB4A 3VEXA 1RDWX 4BG8A 3ZX2A 2P9SA 5AZIB 1K8KA 3O6WA 2QWLA 4IO8A 1HUXA 2E8AA 5AQTA 4ISEA 1P8ZA 2Q0UA 3FR0A 3WXLA 2A3ZA 1ATRA 1ZXOA 3CHWA 3BF1A 2OANA 4FPBA 1TUUA 1HPMA 3H1VX 3M6GA 2V52B 3FE1A 4H5VA 4KBOA 3VETA 4CD3A 4A62A 4XEIA 1RGIA 2CGJA 1JCGA 2IIRA 4BRNA 4BR0A 3UKUA 3RSEA 1GLFO 2I7NA 4GY2B 5JMVA 5BR9A 4M7XA 3L6QA 3ENOA 1GLAG 2P9KB 3WUHA 2NRHA 4CZGA 3C7NB 2A42A 1LCUA 4FOIA 4B9QA 4H0OA 3J8AA 1NBWA 4CZHA 2E2QA 2E1ZA 4FWKA 4B1XB 1GLBG 3H1QA 4FWQA 2KHOA 3EN9A 4O8KA 2DPNA 5BREA 2P9IA 4H5NA 5AZIA 3VOVA 3JS6A 5AQOA 4JD2B 1NGHA 4H0PA 1HKCA 5LJWA 1V4TA 1YAGA 4H5RA 2E88A 3LDNA 1T6DA 3AAQA 5JLFA 4B1ZA 4Y0WA 4CBUA 5BN9A 4FWLA 2FSKA 3ZEUB 4DHYA 3M1FA 5BPMA 2QXLA 3GL1A 2QWPA 3I33A 2P9LB 2I7PA 4BR4A 2AP1A 3WT0A 4HWIA 2D0PA 3WXKA 3QB0A 5CE3A 2HF3A 2E2NA 2YHYA 3GOIA 5AQZA 2P9KA 3SJHA 5BRHA 2F9WA 3C7NA 4FL9A 4BVPA 3L4IA 3BUZB 4I6MA 4FWNA 4M7YA 4BROA 3DXKB 1NGCA 2WUSA 3QICA 5AQJA 2VYPA 4NO7A 1NWKA 3MN6A 1KXPA 4MLHA 4A2BA 1HKGA 4JD2A 3KZBA 2IVNA 4MLEA 2PAVA 5AQPA 2E20A 4JNEA 2FSNA 3H3NO 4BR7A 4IJNA 5ADXH 5AQFA 1H1VA 2ZF5O 1E4FT 4B1UB 4K42A 2CH5A 2V7YA 3FFKB 4IWVA 1QQNA 1V4SA 3FZLA 1NGFA 2Q0RA 3EO3A 5FPMA 3FZHA 4BC2A 2E1YA 3ZEUA 1BOTO 3H3OB 1MDUB 3O08A 4PKGA 5ADXA 4BC3A 1NGBA 4RTFD 4PL8A 4BRPA 1TYQB 2P9LA 4BVOA 1NGGA 3LDOA 2PBDA 4CI6A 3AAPA 1EQYA 4A2AA 3VPZA 5AQVA 4PKHA 5AQSA 3LM2A 1CZAN 1QQMA 3EL2A 1NLVA 1SQKA 2NLXA 2GEMA 3O4WA 3CI5A 3ZX0A 3SK3A 3HTVA 1QZ6A 1BU6O 3ULEB 2YHXA 4K43A 4Z94A 5AFUA 1GLDG 3DXMB 4BRIA 3IFRA 5B8HA 3DXKA 2VWBA 4CZEA 3GE1A 1U6ZA 5AQXA 2YHWA 2Q97A 3HI0A 4FWRA 2YCHA 1NGEA 2QWOA 1T44A 3VGMA 1NM1A 4FWOA 1GLLO 1KAZA 4B1WB 2HOEA 2V7ZA 3CJ9A 5LJVA 1DGKN 1YVNA 3CJ1A 3MDQA 4FPAA 5I9EB 5E84A 1QZ5A 1YUWA 4XH1A 2P9PB 4IJAA 1KAXA 1RFQA 5F0XA 1BWFO 2CH6A 1JCEA 5AQQA 4BQLA 4ISFA 1Y64A 3CQYA 3VGKA 4WQ5A 1SAZA 2FF6A 4EFHA 5KPZA 4J8FA 4FO0A 1XQSC 1KAYA 4DB3A 1TYQA 4FWSA 3LDPA 4CD1A 3DJCA 1NGDA 4EHTA 2V51B 4AM6A 3GG4A 3DAWA 5EX5A 3HSCA 4HTLA 5AQMA 1DEJA 2FSJA 3QBWA 4BQZA 3ULEA 5BPNA 3R8EA 3DXMA 5AQUA 3O80A 3C0BA 4BC4A 4BRFA 4H0TB 5KQDA 4CZLA 1S22A 4K25A 1E4GT 1ATNA 3W0LA 3MCPA 3M3ZA 1HLUA 3A5LC 4WQ4A 4M63C 4BR9A 2FXUA 3GBTA 3P4IA 3ENHA 3U4LA 4JAXA 5BPLA 3BF3A 5JLHA 4PL7A 2GUPA 3MK6A 1J6ZA 1IG8A 5BRFA 2A5XA 3BP8A 1TUYA 4FOEA 3W3DA 2P9PA 4H5TA 5LY3A 3HM8A 1WUAA 2Q2RA 4BC5A 3O1BA 4FWMA 3AY9A 2Q31A 3A5MC 3CJBA 3HZ6A 3UE5A 2D1KA 2ASOA 4AM7A 4BGBA 3H45C 5KPTA 2QWMA 4WQ5C 4CZJA 3KHYA 3R9PA 2CGLA 3FGUA 5AQLA 2FF3B 1XUPO 3VERA 2CGKA 2J4RA 1GLEG 4RWTA 5F2RA 3FZKA 3FLCO 4CZFA 5AQGA 1U2VB 4IZ9A 1WOQA 4WYBA 2P9UB 3VEVA 4BRDA 2ASPA 1G99A 4XH4A 2H3GX 4BRMA 1Z05A 3D2EB 3CERA 3LDLA 4H0XB 3ZETB 4E1JA 1ZC6A 5AQIA 4CBXA 2E2OA 2QM1A 4JHDB 4GNIA 5AFUH 5F1XA 4WQ4C 5AR0A 3MN7A 3GDQA 3UB5A 3F9MA 3UKRB 1MA9B 1SZ2A 4BRAA 2EWSA 3A8YA 4C23A 4H5WA 3G25A 3CJCA 4PKIA 3EKUA 4BRLA 4JN4A 2P9NB 3WQTA 3D2FB 2GWJA 1OKJA 4ISGA 3TU5A 4EIAA 1S3XA 3CETA 2A6AA 3QFPA 4FWPA 1ZBSA 5AZJB 3CJ7A 3MN5A 5KQ8A 3A5NC 5AQHA 3FZMA 2YJEA 3EKSA 2UYTA 2P9IB 2ZGYA 1Z6RA 2HF4A 1JCFA 3VF4A 1BDGA 1D4XA 1IJJA 1XC3A 4FSVA 5E26A 4CBWA 1U2VA 3WXJA 3IDHA 3I8BA 2ZGZA 1DKGD 4B1YB 2VCPA 4BRGA 2P9UA 3VESA 3AARA 4BRCA 4BRHA 5BRDA 3FZFA 3LM9A 2D4WA 1X3NA 3D2EA 2F9TA 3ZETA 4CZMA 4H0VB 3SMSA 4QS7A 2IVPA 3B8AX 3MMVA 3R6MA 2E2PA 1MWKA 4H0YB 4JHDA 2GWKA 5FPNA 3LL3A 4MO4A 2ASMA 1T6CA 3JXUA 4XH5A 3UKRA 4B1VA 3MN9A 4A61A 5EVZA 5FPEA 2BUPA 3H6EA 2D0OA 1NGAA 4I6MB 4CZKA 2P9NA 1HKBA 5FPDA 3IMXA 3D2FA 4BREA 2ZWHA 4YDUA 3WXIA 4CZIA 5AZJA 4QS8A 3HBTA 4O5FA 2YI1A 3QBXA 2QW9A 2Q1NA 3H46O 3WEEB 3DWLA 5BN8A 3QDKA 3VGLA 1GLCG 5AQWA 2W40A 4F9OA 2ITMA 3ID8A 5AQRA 1LOTB 1NGJA 3L0QA 3VF6A 3ATUA 1ESVA 5AQYA 3S41A 3O5BA 2GELA 3IUCA 3U8XA 2A40A 2NZTA 4H03B 1ATSA 5EOYA 1GLJO 4DCHA 3OHRA 4BG9A 1Q18A 4MO5A 3A0IX 1YXQA 3TPQA 4RCHA 3VEZA 1BO5O 2QWNA 2P9SB 4BR2A 1K8KB 2YJFA 3QMLA 4L3QA 3VENA 1X9JA 2W41A 3VEWA 3ZX3A 5AQKA 5ELZA 3VEOA 1BUPA 1C0GA 3VEYA 5AQNA 1X3MA 3CIPA 1HJOA 1QHAA 1QQOA 5EXWA 3WQUA 1BG3A 4LC9B 1NMDA 1BA0A 4EAHD 2AA4A 4DQ8A 4EHUA 4BRKA 4CJ7A 4YDUC 3CJAA 3KVGA 3WEEA 2BTFA 2IVOA 3ATVA 3UKUB 3RSEB 3BEXA 1R59O 2HMPA 1BA1A 1MWMA 4BRQA 3O8MA 5TKYA 2FLOA 4IXCA 3U9ZA 1HX1A 3A5OC 3SLCA 3SMPA 3VF2A 3QFUA 2GTDA 2A41A 3U9DA 5KPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7IA 4CHYA 1X9SA 5DM7L 3O4QA 3E9PA 4DV4K 3OBWA 4IG0A 5EY4A 1W0HA 3K5MA 5E41A 3OTOK 3D7EO 1C0UA 1VQ7N 2NUBA 4N76A 2O8FA 5HL7L 2YX6A 1P8ZA 2Q0UA 2OCEA 3DLEA 1ATRA 3E9OA 3WXLA 4B9LA 3OJUA 2OANA 2NRRA 4FPBA 3M6GA 4LSNA 4H5VA 4KBOA 4CEBA 5IT9O 4E0DA 4GKJK 2G8WA 4N41A 4KREA 1RBVA 4KI6A 4BDZA 2DFEA 3T69A 4XEIA 1W7AA 4BR0A 1IKWA 3RSEA 1MU2A 4B9VA 5BR9A 3ENOA 3WNEA 4JI7K 4B9UA 4B9QA 4AILC 4CK1A 4H0OA 3J8AA 3U3GA 4CJSA 2E2QA 3IKMA 4DR4K 4B1XB 3EN9A 4O8KA 5DMRA 5AZIA 1X1PA 1T05A 1L3SA 4K8ZA 5LJWA 3BY5A 2KQ2A 4H5RA 3LDNA 1HYSA 5H1SQ 4LF9K 4GKKK 3K5LA 5JLFA 1TKDA 4JI2K 1YJWN 4FM0A 3ID6A 2FSKA 1ASVA 5SZTA 5DK5A 4OGEA 4NLCA 1D8YA 3KD5E 3V1OA 1RTIA 2Z1IA 2W6LA 2RF2A 2I7PA 2QK9A 4M45A 4Z4CA 4BR4A 2AP1A 4FJKA 3CFOA 3P39A 4FJIA 5CE3A 3KD1E 2OTLN 3KK2A 4B3SK 2B4JA 3C7NA 4YFUA 4FCYA 3V9ZA 1VAZA 1IBLK 1QSLA 4B08A 3SJJA 2HHQA 4CGHA 4ILHA 1TV6A 2BH1A 3TR8A 3HP6A 3J81O 4FLYA 2JGUA 4PHTX 5M1NA 2OYQA 1W97L 1TL1A 2IVNA 4MLEA 5AQPA 4EZ6A 3TTFA 4JNEA 3OYCA 1VQKN 4B1UB 2YV0X 3FFKB 4IWVA 2HHXA 3FZLA 4ELUA 4RW7A 3PX0A 3PO4A 1YHQN 1SKSA 3EO3A 2E5LK 4JK7A 1C1BA 4MQ3A 3IAYA 3ZSWA 4BWJA 4KH6A 1DTQA 4BC3A 4RTFD 2KFNA 4BRPA 4DR1K 3AVFA 4BVOA 1NGGA 1Y97A 3AVJA 4MFBA 3SQ1A 3AO1A 4A2AA 5AQVA 4PKHA 1HNWK 1CZAN 4FK4A 1QQMA 3EL2A 1NLVA 3O4WA 3ZX0A 4Z4EA 4KH5A 2UU9K 3CG7A 2F96A 1QZ6A 1Q82O 2XY8A 4Z94A 5AFUA 1HJRA 4BRIA 1D9FA 3IFRA 3RRGA 2HHUA 4EP4A 1U6ZA 1G15A 2RHKA 3VA0A 1NJIO 1JKHA 4FWRA 4JS4A 5D3GA 1U45A 1NM1A 2O8CA 3CJ9A 4OKJA 1VQ6N 1YVNA 1GOAA 3PSIA 1XI1A 5E84A 4HUGA 1BWFO 5JS1A 2NRTA 4KHPK 1JCEA 5LMUK 1Y64A 4LF4K 1LW2A 1SAZA 4FO0A 4CFBA 3V6DA 1XQSC 4OLAA 1RT5A 3J7YP 4CD1A 2XY7A 1VSFA 4J2DA 4IFVA 1ZYQA 1XMOK 2BDPA 4CCHA 1VSLA 1TK5A 3HO1A 5EX5A 3HSCA 4NCGA 1YI2N 3MEEA 4I9QA 4YOWA 4E1MA 5M1KA 3QBWA 4BQZA 3ULEA 5BPNA 1RBTA 4BC4A 3L3UA 4H0TB 4CJQA 1LW0A 1S22A 3JYTA 4K25A 1ATNA 2YHBA 4Y1DA 5HRSA 3E01A 2IS3A 4BR9A 2YKNA 3O9TA 4B9MA 3ENHA 3QLHA 4J2BA 3T3FA 3MXIA 1NK6A 1VSHA 2EHGA 1NU0A 4JI3K 4B9SA 4PL7A 5HLFA 3MK6A 1IG8A 4KTWA 1NK7A 4FVUA 3BP8A 1SKRA 1IBKK 5LY3A 3DRPA 2VGNA 1WUAA 4KHQA 1C0TA 4BC5A 3TAQA 3O1BA 2PYLA 4FLWA 3HZ6A 3H45C 5FRMA 4WQ5C 3AVNA 3C6HA 2CGKA 1JLFA 4JKCA 4DU1A 2UUCK 1RBSA 2P9UB 4KKOA 3VEVA 1QSSA 4DTUA 1KTQA 3ZSQA 4XH4A 1JLAA 1Z05A 3LDLA 2JWKA 4H0XB 3SZ2A 2UUBK 3R3LA 5AJ3K 1TKZA 1S1VA 5HROA 2GUIA 3DMJA 4JI0K 5AR0A 3TABA 5M1FA 3K9JA 3RR8A 4AHUA 3UB5A 3OYDA 2Z1GA 3F9MA 2KZMA 4I7FA 2D0BA 2EWSA 1LAVA 4DTNA 4H5WA 2W6KA 4PKIA 3EKUA 4CEEA 2XY6A 3NDKA 3WQTA 3NH0A 1VSMA 4ISGA 1JXBA 3CETA 4M3RA 2Y1JA 1WSGA 2A6AA 1CXUA 4FWPA 4KO0A 3A5NC 1S6PA 4H4MA 4CFDA 2HF4A 2A1RA 4B3TK 3VF4A 1D4XA 2YNGA 2D5RA 1XC3A 4IOXA 3ZT0A 4PUOA 5C0YA 3B6OA 4B1YB 1OH8A 4BRGA 1NJYA 3QEPA 3ZSVA 4FJ8A 1JLQA 2O8EA 3EEQA 4DFJA 3F5TA 3OW2M 4LD0A 4CZMA 1BCMA 3ZSYA 1NG9A 4BDPA 2IOCA 4JHDA 4C8OA 1IKXA 2GX9A 3ULDA 1DLOA 4AHRA 2ASMA 2VG5A 3JXUA 1XHZA 3LP0A 4LF8K 2D0OA 1NGAA 4IOCL 4I6MB 1JLEA 3CXCM 2RN2A 4YDUA 5DM6L 1VQ5N 4CZIA 5AZJA 3OYFA 3K2PA 3HBTA 4O5FA 2YI1A 3H46O 5BN8A 3MCAB 3SCXA 3VQCA 4HHTA 4DS5A 5AQWA 4M3WA 1T7PA 1RILA 4AH9A 2ITMA 4CHPA 4FLXA 3KLIA 1LOTB 2QKBA 2O4IA 1KCFA 2Q3SA 3K5NA 4FYDA 3HP9A 4KV8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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