2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords glycerol kinase
publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
source organism Cellulomonas sp.
molecule tags Transferase
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
3M1FA 4BVPA 2GELA 1BOTO 3WXIA 1RFQA 3O80A 2E2NA 2QWQA 3QMLA 1NM1A 1NGBA 5AQKA 3WXLA 2YI1A 3HZ6A 3W0LA 4BC4A 2F9TA 4GY2B 3U9ZA 2P9SB 4JAXA 3CI5A 3DAWA 5AQFA 4K25A 3CIPA 5E26A 3VEVA 3LDOA 3BUZB 2P9SA 2V7YA 5AQSA 2VWBA 1T44A 4EHTA 1HKGA 1Z6RA 4RWTA 1CZAN 1JCEA 2GEMA 4BR0A 5KPTA 2HF4A 4B1ZA 2P9PB 3HI0A 4CJ7A 1YVNA 4PKIA 2FLOA 4GNIA 1KAZA 4CZFA 4RTFD 1ESVA 4PL8A 1BUPA 3TPQA 4CBUA 2P9PA 3WT0A 4BRNA 1X3MA 4FSVA 1Y64A 1GLEG 2E20A 3GG4A 4O8KA 5AQXA 2E8AA 3C7NB 3L0QA 3LDLA 4FWOA 3IUCA 2OANA 4QS7A 3EZWA 3GBTA 4HWIA 4CI6A 1C0GA 2BTFA 4ISFA 1KAXA 1SAZA 3GL1A 3VEOA 1BWFO 3U9DA 3C7NA 3CJ7A 3I33A 3HM8A 4B1YB 1RDWX 4AM6A 2ITMA 3ZX3A 4BR9A 1GLBG 2P9IB 3VF4A 5FPMA 3WQUA 1ZXOA 5AQWA 3JXUA 3A5LC 3HBTA 5LY3A 1NGAA 1ZC6A 1NBWA 3L4IA 5AFUA 5AQQA 3VENA 3M6GA 4CD1A 2P9IA 2VCPA 1KXPA 1HUXA 4WQ5C 2J4RA 1WOQA 4B1UB 3M3ZA 4B9QA 4J8FA 2P9NB 2Q31A 5BREA 1NGJA 1HX1A 1HKBA 1YUWA 4JD2B 2DPNA 5FPEA 1EQYA 3FZKA 3LDPA 2P9NA 4H03B 2VYPA 4A61A 1BA0A 2QWMA 3WXKA 5F0XA 2FSNA 3VGLA 3WQTA 3R6MA 4JD2A 4QS9A 3CERA 1ATRA 5KPRA 4JN4A 4BR5A 1X9JA 3MDQA 3P4IA 1J6ZA 3H45C 2I7NA 4BRLA 4NO7A 4IXCA 4A2AA 2EWSA 2HMPA 3RSEB 2CH6A 2NLXA 4MLEA 2ASMA 5FPDA 5AZJB 5F1XA 2YHWA 2W41A 3BF3A 3RSEA 3SMPA 2F9WA 5AZJA 3FR0A 3A5NC 1QZ6A 2Q0UA 4BRAA 3CJ1A 5EX5A 1V4SA 2Q1NA 3O4WA 4K42A 5KPZA 4BQZA 4CD3A 4BRCA 2FF3B 3LL3A 4XH1A 2BUPA 4DHYA 4CBWA 5AQHA 2QXLA 4M7XA 3SLCA 2QWNA 4EIAA 5EVZA 4FWMA 1DEJA 3VEZA 1HJOA 3VOVA 3QDKA 2P9KB 2YHXA 3ATUA 4XH5A 5AQJA 3H1QA 4YDUC 3QFUA 1K8KB 3B8AX 5BRDA 1NGGA 1NGHA 2A40A 2P9KA 1TUYA 1GLDG 3FLCO 1NGFA 2D4WA 3QICA 1ATNA 2P9LB 3QBWA 4WQ4C 5BRHA 3VGKA 1K8KA 3H6EA 4H5WA 1HLUA 4CZKA 1GLFO 3UKRB 4C23A 5AQPA 5AQTA 4PL7A 3D2FB 2E2PA 2GWKA 1XUPO 2P9LA 4MO4A 5ADXA 3UKUB 1Q18A 3FZMA 4BG9A 3UKRA 3FFKB 2QWRA 4EHUA 5BN8A 3MN5A 1U2VB 3D2FA 4DQ8A 4O5FA 3O8MA 3QBXA 4FPAA 1GLJO 4BR4A 3AY9A 3UKUA 4H0OA 4H5VA 2E88A 2CGLA 2FF6A 3CHWA 4FWKA 1RGIA 3L6QA 4FWRA 5JLHA 3QB0A 4BROA 2YHYA 4FWPA 1U2VA 4PKHA 3VEWA 4CZGA 3MCPA 1NGCA 1C0FA 4WQ5A 3EN9A 2AP1A 4CZJA 2V51B 1IG8A 2E1ZA 3VERA 4BRFA 3IMXA 2IVOA 2QWOA 5JMVA 2IVPA 5AQZA 4WYBA 5EOYA 3LM2A 2ZGZA 3H46O 2HOEA 3AAPA 1NGEA 1X3NA 1QQOA 4FL9A 3DXKB 2WUSA 4QS8A 3D2EB 4H5TA 5AQUA 1YXQA 4FOEA 2P9UB 3DXKA 3QFPA 3FE1A 1WUAA 3SJHA 4JHDB 2Q2RA 4XEIA 1T6DA 3D2EA 3ZETB 4DCHA 1YAGA 2P9UA 1P8ZA 2GUPA 1GLLO 2A5XA 4JHDA 2QWLA 3ZETA 3DWLA 3BEXA 3LDQA 3U4LA 4BREA 5BPLA 3O1BA 2E2OA 3SMSA 1U6ZA 2QWPA 3A0IX 1LCUA 4IO8A 3VF6A 4FOIA 5AQNA 1ATSA 1V4TA 4ISEA 2A6AA 1OKJA 1E4FT 3VPZA 4ISGA 5FPNA 3VEYA 1TUUA 4M7YA 4H0TB 1MDUB 2Q97A 3GE1A 5AFUH 1Z05A 4YDUA 4RCHA 3UE5A 3MN9A 4CZLA 4BRIA 1BDGA 4FWNA 3FGUA 2CH5A 2CGJA 4BGBA 1MWMA 5AZIB 3CJAA 1E4GT 3TU5A 2ZF5O 4F9OA 5JLFA 1XC3A 4WQ4A 3D7EO 5LJWA 3EKUA 1QQMA 2FXUA 5AZIA 1QQNA 4Y0WA 4A2BA 4EAHD 3ZX2A 3MMVA 3WXJA 5AR0A 1IJJA 3ZX0A 4A62A 1NMDA 5ELZA 2E2QA 4M63C 5KQ8A 1ZBSA 2PBDA 2GWJA 3VEXA 2ASPA 3FZLA 1BU6O 1MWKA 3H3NO 1LOTB 3EKSA 4I6MB 4IJNA 4BVOA 5BRFA 2Q0RA 1NGDA 3CJBA 3CJCA 1JCFA 4BRQA 5JICA 3KZBA 4FO0A 4I6MA 5AQVA 4KBOA 5EY4A 3UB5A 1S22A 3CQYA 2I7PA 3KHYA 1BA1A 5KQDA 3C0BA 5AQRA 3ID8A 3IDHA 3I8BA 1BO5O 1NWKA 2D0PA 3BP8A 3ULEB 1TYQB 3LM9A 1GLAG 4FWSA 5AQYA 3O08A 1XQSC 1H1VA 4NB4A 3R9PA 3A5MC 2W40A 2YJEA 3G25A 4MO5A 3ULEA 1TYQA 5BPNA 3W3DA 5B8HA 1QHAA 3DJCA 4FWQA 3AARA 2D1KA 2A41A 1DGKN 4H0PA 2HF3A 4CZIA 3A5OC 4BR2A 3GDQA 3IFRA 4BG8A 5LJVA 4PKGA 4H5RA 2FSKA 5AQOA 1NLVA 3VF2A 2D0OA 4CZMA 2YCHA 4MLHA 3KVGA 4BRPA 4BR7A 1S3XA 2AA4A 4B1VA 3O5BA 1SQKA 3GOIA 1HKCA 3FZHA 1R59O 4BRKA 3A8YA 5ADXH 1KAYA 3F9MA 5EXWA 4CZHA 3MN6A 4BRDA 2A42A 1GLCG 4XH4A 4BC2A 3MK6A 3R8EA 4FPBA 2ASOA 3WUHA 4BGAA 2QW9A 2UYTA 3CETA 4FWLA 4HTLA 4IJAA 4BQLA 2E1YA 3HSCA 3J8AA 4H0XB 4H0YB 5AQLA 4EFHA 4CZEA 5TKYA 3U8XA 3EO3A 3O6WA 4AM7A 4BC3A 3ENOA 5BN9A 3AAQA 4H5NA 1T6CA 3S41A 3HTVA 5CE3A 4B1WB 3VGMA 4BRMA 3ENHA 3O1WA 1NGIA 5BPMA 3WEEB 4IWVA 3CJ9A 5I9EB 4H0VB 4IZ9A 2PAVA 1BG3A 1DKGD 2IIRA 3ATVA 2A3ZA 4B1XB 2NZTA 2Q36A 5E84A 3WEEA 2V7ZA 3ZEUB 3LDNA 2H3GX 2YJFA 4BRGA 3BF1A 3H1VX 2ZWHA 3ZEUA 1D4XA 2CGKA 2FSJA 5AQIA 3VESA 4DB3A 3H3OB 5F2RA 4Z94A 1JCGA 1HPMA 1SZ2A 3CQXA 2IVNA 3SK3A 3FZFA 2GTDA 4K43A 3DXMB 2QM1A 4K41A 4CBXA 1G99A 3OHRA 5AQMA 3EL2A 4BC5A 2ZGYA 5AQGA 4E1JA 3VETA 1MA9B 2KHOA 4JNEA 2NRHA 3DXMA 1QZ5A 4L3QA 5BR9A 3MN7A 4BRHA 2V52B 4LC9B 3JS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVPA 3HPHA 2F8SA 3P31A 1X9MA 3QMLA 1ZBHA 1P90A 5AQKA 3PSIA 5TKWA 3HZ6A 2Q3SA 4GKJK 5C2FA 5M1NA 4DFMA 1VQ7N 2F9TA 3C95A 2P9SB 4ELVA 1Q7YO 1QHTA 4JAXA 2P5GA 4DTSA 4HHTA 4O55A 4LD0A 3R3LA 3BUZB 2P9SA 5AQSA 3BZCA 2VWBA 1T44A 4DTUA 4O4GA 3NH2A 4EHTA 1NMNA 2F96A 1Z6RA 2HF4A 2O8FB 4ILGB 2P9PB 4CFDA 1N33K 4CJ7A 3PX0A 4CGFA 3QINA 4GNIA 3M5RA 1KAZA 4CZFA 4JI5K 1ZBFA 4RTFD 1YTUA 3TPQA 4IBNA 2O8FA 2IC3A 2P9PA 3SUQA 4HUGA 3O9SA 4JKGB 4AILC 1GLEG 4LF4K 2E20A 1EX4A 2B6AA 1T05A 3AVFA 3L0QA 3DI6A 3LDLA 4F2SA 4JKGA 4HWIA 5GADP 3I33A 2FBVA 4B1YB 4M3YA 3OJUA 3ZX3A 3TAMA 1BCOA 2D5RA 3VQ7A 3O3FA 3QESA 3T1HK 2UUAK 1ILYA 2P9IB 4OGCA 3VF4A 1HNXK 1YF5L 3K59A 3S3OA 3JXUA 1NGAA 5SZTA 3L4IA 2P9IA 2VCPA 4DSKA 4DV5K 2XY5A 3P38A 4DSJA 4A59A 3K5LA 2G8VA 1O1WA 1NGJA 1HX1A 1YUWA 3VQAA 5HRRA 5FPEA 1RBSA 3FZKA 2JWKA 4A61A 1HR0K 3VA0A 3WNFA 3KKSA 3WQTA 3R6MA 1I94K 1TK5A 1ATRA 3M8RA 1B92A 4JN4A 3VQ8A 3NF9A 3P4IA 3AA5X 4NO7A 4TSXA 2HMPA 3RSEB 2CH6A 1XNRK 4CHPA 4CF2A 3DRSA 3AO5A 4OGEA 3BF3A 1RTHA 4K0KK 3RSEA 1S6PA 4A5BA 2F9WA 2HNZA 5C12A 4AHVA 1WSJA 3A5NC 3E1YA 4CGDA 4LF7K 2KLAA 3O4WA 4PWDA 4CJQA 4PUOA 4XH1A 3JSMA 4K8ZA 5AQHA 4IFVA 2QXLA 4M7XA 5DM6L 1W2BM 2QWNA 4EIAA 5FROA 4FWMA 4XIUA 3AVIA 2P9KB 2YHXA 4XH5A 3QEXA 4NCAA 1VK0A 3H1QA 4Z4GA 4X66K 3QFUA 1K8KB 1LWFA 1RCHA 3NF8A 3SCXA 2P9KA 1YVUA 1IKVA 2P9LB 4WQ4C 4KHQA 2HHSA 3VGKA 3CC4N 1K8KA 4H5WA 3U3GA 4LFBK 1SL1A 2P9LA 1XUPO 3HVTA 1S1VA 5ADXA 1YJNN 1DLOA 4CJPA 2QWRA 4MDAA 5BN8A 2GUIA 4IOXA 4YOUA 1K6YA 3QBXA 3AO1A 4BR4A 2QA4N 4IKFA 4DR7K 4H0OA 3LPUA 4CFCA 2ZJRL 3OS0A 1HNZK 3CHWA 3ZT0A 4FWRA 5JLHA 4B9SA 3QB0A 4BROA 2YHYA 3TARA 4NLCA 4PKHA 3SJJA 5GAEP 4CZGA 4EZ9A 3TWHA 4KRFA 4WQ5A 2EHGA 4KTZA 2UXCK 1HNIA 3K2PA 4CGGA 4CJUA 2V51B 2OTJN 3VERA 1K73O 1LWEA 1VQKN 4I7FA 3AVMA 2IVPA 4CF8A 5MLCQ 3TABA 4GV3A 5AQZA 1T8EA 2QXFA 1J9AA 1LWCA 5J1EA 1D9DA 1X3NA 1IKWA 4IOAL 4B3OA 3D2EB 4H5TA 1WBDA 4KFBA 4RW7A 4CGIA 4ILJA 1WUAA 2PYJA 3SJHA 2UUCK 1G15A 3D2EA 3ZSQA 5C24A 2E6MA 2G8FA 3TSQA 1P8ZA 1S6QA 4Z4HA 1TK0A 2YHAA 3KJVA 3NH1A 4BY9C 4OLAA 3L3UA 4DTRA 3HPGA 1BGXT 3N4PA 2QEXN 4FJJA 3O1BA 3RR7A 1UA0A 3LWLA 1LCUA 1RT3A 1HMVA 1TKXA 2A1SA 4CJ3A 5AQNA 4DV7K 4GMJB 1OKJA 5FPNA 4FCYA 1JKHA 4FLXA 2Q97A 3O9QA 1Z05A 4RCHA 3ZSRA 1UOCA 3MWTA 4BRIA 1A5VA 5HBMA 1MWMA 3CJAA 4LFAK 2PY5A 3ZSVA 5C25A 3AA2A 3ZYYX 4AHRA 1T3VA 1RT6A 1QQMA 4DR4K 2FXUA 4Y0WA 4J2BA 4A2BA 2JLEA 4FLYA 3ZX2A 3MMVA 4YNQA 2O8DB 4OLBA 4BE1A 4JEPA 3F73A 4A62A 4IFYA 3M8QA 1NK0A 1TVRA 4M63C 4M42A 2O8DA 4DQPA 1NG9A 3P83D 2ASPA 1BHLA 1MWKA 1NK8A 3EKSA 2Q0RA 1JCFA 3OS1A 5HLFA 3DYAA 4FO0A 1YTAA 4JRPA 4DR6K 2I7PA 3KHYA 3E9PA 5KQDA 1U45A 3C0BA 1RNHA 1BO5O 1NWKA 4CJ5A 3AO3A 3ULEB 4HVJA 4FJLA 4C8LA 1H1VA 1S9GA 1JLQA 3LP1A 2F8TA 4CJWA 1J5OA 3QERA 3ULEA 3NGYA 4CJSA 5B8HA 1N8RO 2HVIA 1EWRA 4IG0A 2D1KA 1DGKN 2HHHK 3A5OC 4BR2A 3GDQA 3AVGA 4NYNA 1SS6A 3IFRA 5LJVA 2VWJA 2FSKA 2BGGA 3VF2A 1N32K 4CZMA 4E1MA 2YCHA 4C8OA 4CJVA 4JI0K 3AVHA 3KVGA 1RT2A 4YOTA 2AA4A 3K5OA 1SQKA 3CMAN 3GOIA 1M90O 3KD1E 4BRKA 1R59O 3NE6A 1OVYA 4CHZA 1TV6A 4BRDA 2A42A 5C2DA 4XH4A 3K0SA 4OPKA 5J2MA 2X6SA 1FK9A 4QOZB 1EO1A 2G8IA 3WUHA 3R1XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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