2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords glycerol kinase
publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
source organism Cellulomonas sp.
molecule tags Transferase
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
4BC2A 1NGIA 2YCHA 5ELZA 3VGLA 1RDWX 1NGFA 3WQUA 3FE1A 2UYTA 3VEXA 3BP8A 2CH6A 2F9WA 2CGJA 2P9NA 2GEMA 3H3OB 5BRHA 5AZJB 1K8KA 3S41A 2E8AA 1KXPA 1NLVA 3O1WA 2H3GX 3ZX0A 4PKHA 4CZGA 1TYQA 3CI5A 3D2FB 4EAHD 2QWQA 4FOIA 2FSNA 1GLLO 4MLEA 1NMDA 4IJNA 4O8KA 3R9PA 2KHOA 4BRKA 1BG3A 1NGCA 5F2RA 1YAGA 2ZGZA 3BF3A 3QICA 2VYPA 4CZEA 3WXIA 4IZ9A 3QDKA 4BGBA 5BPNA 1SZ2A 3L6QA 3QBXA 2OANA 2Q31A 1X3NA 1X9JA 2NZTA 5AQWA 5EX5A 5AQUA 3D7EO 4MLHA 2ASMA 1MWMA 1WUAA 3VESA 5JMVA 2P9PA 4AM6A 3VF4A 5KQDA 4H0XB 3CETA 3JS6A 2YHXA 3WXJA 3O5BA 4FWNA 4H5VA 3CQYA 1IJJA 1R59O 4BQZA 3D2EB 5KPTA 3U9DA 4B1UB 2CH5A 5JICA 3H1QA 2VCPA 4M7YA 4ISGA 3A5OC 1T6CA 5BRFA 1XQSC 3DXMA 5AQJA 3J8AA 5EOYA 4CBXA 5AQIA 3B8AX 3L0QA 1LCUA 3ENOA 3OHRA 4JHDA 5I9EB 2E1YA 3CJ9A 4H5TA 1IG8A 2E2NA 3WT0A 4BR7A 2IVPA 3O6WA 3LM9A 5TKYA 5AQMA 4CZHA 5FPDA 3M3ZA 1JCEA 3ZX2A 5ADXH 2YJFA 1HX1A 2IVOA 3FLCO 1BWFO 4BR4A 4DCHA 4BREA 1EQYA 2J4RA 2V7ZA 3IUCA 4JD2A 3ZEUA 3VEZA 4H0TB 1NGGA 1SAZA 2FF6A 5E84A 1KAYA 4NB4A 1HUXA 1MWKA 4Z94A 1X3MA 3U9ZA 1NGEA 1ESVA 1ATSA 4PL8A 2GWJA 4H0YB 3W3DA 1OKJA 2VWBA 4I6MB 5AQOA 3H45C 3VF6A 3EL2A 1QQOA 2QXLA 3D2FA 3EKSA 2V7YA 3FZHA 3VEYA 4BRGA 4YDUA 3SJHA 2E88A 1BA1A 2YHWA 4O5FA 2QWLA 2IIRA 5AQXA 5BN8A 3EO3A 4DQ8A 2D1KA 3SLCA 3O1BA 3VEWA 3QFPA 1QZ5A 3H1VX 1ZBSA 4J8FA 3H3NO 5BN9A 3IMXA 4K42A 4BC3A 2P9UB 4H0PA 1YVNA 2A41A 3CJCA 3QBWA 3ZETA 4CZJA 3BEXA 3UB5A 3ID8A 4BR5A 1RGIA 5AQKA 2HOEA 1Q18A 2E1ZA 2QWNA 2YHYA 4FWQA 1MDUB 1NBWA 4F9OA 4NO7A 1NGAA 1T6DA 1YUWA 1HKGA 4MO4A 4BRHA 4RCHA 3C7NA 4CZFA 2AA4A 2E2OA 1QQNA 4H0OA 1T44A 4BQLA 5AZIA 2Q0RA 4HTLA 5KQ8A 5AQQA 4CD3A 1DGKN 4BROA 5ADXA 2A5XA 4HWIA 1NWKA 1SQKA 2P9IA 2QWMA 3UKRB 4EIAA 1BU6O 4XH4A 5AQZA 5AQHA 3W0LA 2FLOA 3G25A 4BR0A 2F9TA 1E4FT 1GLEG 2V52B 3KZBA 4B1XB 2Q2RA 3M6GA 3LDOA 1Z6RA 1J6ZA 4BRDA 4WYBA 2A42A 4E1JA 5AQNA 2GWKA 1HLUA 4BG9A 3TPQA 4WQ4C 3CJAA 3WEEB 4BRLA 1BUPA 4CI6A 2W41A 2DPNA 1D4XA 1HPMA 3DJCA 3FGUA 5FPMA 1NGBA 3FR0A 1BOTO 4XH1A 1U2VA 2HF3A 1C0GA 3DXKA 3MCPA 4AM7A 3A5MC 4BR2A 3ATVA 2CGLA 1HKCA 4BRNA 4BG8A 3LDNA 5AQVA 4K43A 5E26A 2PAVA 4WQ5C 5AQRA 3FZLA 3GL1A 1GLBG 2FXUA 3O8MA 4ISEA 4FWKA 3AY9A 2ZGYA 3EKUA 5B8HA 4BC5A 4BC4A 5AFUA 3U4LA 1P8ZA 4FPAA 2I7PA 3A5LC 1ATNA 4XEIA 2ZF5O 2YJEA 3FZKA 3GDQA 3VF2A 2P9NB 1S22A 4BRMA 3UKUB 3WQTA 3QFUA 4JAXA 3ZX3A 2P9KA 4EHUA 3C0BA 3BUZB 3MN9A 1WOQA 4XH5A 1TYQB 3IDHA 4B9QA 1JCFA 3M1FA 3QB0A 4IJAA 5CE3A 3KHYA 2NLXA 5AQFA 3GBTA 4FWMA 4H5RA 4A2BA 4QS9A 3VETA 1QHAA 2GTDA 1G99A 1TUYA 4CZMA 3GG4A 4JNEA 5AZJA 4C23A 3FFKB 3U8XA 2P9PB 3CIPA 4B1YB 4K41A 2D0OA 4H0VB 5AQSA 5EY4A 4CZIA 5EVZA 1RFQA 5AQLA 3LDPA 4CZKA 2A3ZA 3IFRA 1GLJO 2P9LB 3SMPA 3AAPA 3BF1A 5BPMA 2W40A 2BUPA 1GLFO 2IVNA 2FSKA 1CZAN 4CBUA 2ZWHA 3RSEB 3CERA 1BO5O 3DXMB 3VERA 4CJ7A 3UE5A 5KPZA 2GELA 2D0PA 4A62A 4JHDB 3AAQA 3FZFA 5BR9A 4BVPA 5AFUH 3VGMA 1GLAG 1XUPO 3HBTA 4H5WA 2FSJA 1S3XA 2FF3B 3F9MA 4FWSA 4FL9A 4B1ZA 2D4WA 3D2EA 4FOEA 1JCGA 4FPBA 3ATUA 2Q1NA 3P4IA 3R6MA 4BRAA 5F0XA 1KAZA 2P9SB 4FWPA 1NGJA 3ENHA 4LC9B 5EXWA 1ZXOA 3KVGA 3I8BA 4EFHA 1YXQA 3AARA 3ZEUB 3LDQA 3EN9A 1V4TA 2ASOA 3VEVA 2Q36A 3HM8A 2ITMA 1C0FA 2WUSA 4RWTA 3HI0A 4BRFA 3L4IA 3A5NC 3FZMA 2YI1A 3UKUA 2A6AA 4PL7A 5AQPA 4FWOA 4MO5A 3GOIA 3VPZA 5AQTA 3O08A 3CJ7A 3ULEB 4CBWA 3SMSA 1Z05A 4YDUC 1GLCG 1ATRA 3HSCA 4BVOA 5AQYA 4BRIA 3MN6A 2CGKA 3VEOA 2PBDA 2E2QA 3H46O 1GLDG 4BRPA 5BPLA 3CQXA 3ZETB 4I6MA 2BTFA 3A8YA 5LY3A 3VGKA 4BR9A 3LL3A 1XC3A 3DAWA 4BGAA 2Q97A 3WXLA 4CD1A 4H03B 2HMPA 2P9LA 4EHTA 5F1XA 4BRCA 3O80A 5JLFA 1H1VA 4PKIA 3C7NB 2QW9A 4QS8A 4FWRA 1HJOA 3H6EA 4CZLA 5LJVA 5AZIB 3RSEA 2E20A 4A2AA 3MK6A 1K8KB 3QMLA 4H5NA 4K25A 5BREA 2P9UA 1MA9B 2QWRA 1QZ6A 2P9IB 3DWLA 1QQMA 1BA0A 3GE1A 4L3QA 2A40A 3VENA 1TUUA 5BRDA 3WXKA 4KBOA 3WUHA 2HF4A 1KAXA 1NGDA 4IWVA 3CHWA 1BDGA 3VOVA 2ASPA 2V51B 4M63C 5AQGA 2P9SA 1HKBA 3MN5A 4Y0WA 1NGHA 4ISFA 3UKRA 1Y64A 5AR0A 4DHYA 4FWLA 4QS7A 4B1VA 1U2VB 2E2PA 2Q0UA 1V4SA 2NRHA 4A61A 3DXKB 5JLHA 2QWOA 4FO0A 5FPNA 3CJBA 3SK3A 5LJWA 3JXUA 3A0IX 5FPEA 2I7NA 5KPRA 1DEJA 3EZWA 4B1WB 2QM1A 3HZ6A 1E4GT 4WQ4A 3MN7A 3WEEA 4BRQA 2QWPA 1NM1A 3HTVA 3MDQA 3ULEA 3CJ1A 1LOTB 1ZC6A 3LM2A 4GY2B 1U6ZA 4RTFD 4JN4A 4FSVA 4PKGA 3R8EA 3I33A 4IO8A 2AP1A 4M7XA 3TU5A 2GUPA 3LDLA 2P9KB 4WQ5A 3O4WA 4GNIA 4IXCA 2EWSA 1DKGD 4DB3A 4JD2B 3MMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGIA 3WQUA 1RDWX 2CH6A 1W2BM 4RW9A 4KO0A 4MDBA 2P9NA 2GEMA 4DV6K 3H3OB 5BRHA 3O9TA 1KXPA 1C0MA 1U45A 2DFEA 1TV6A 2RE2A 4PKHA 4LFCK 2QWQA 1VQ5N 4Z4IA 3WNHA 1GLLO 4MLEA 4IJNA 1HYZA 3R9PA 1SL2A 1Y97A 1YJNN 5I42A 4IFVA 3T1AA 2VYPA 1TKZA 4BGBA 3QBXA 4M3WA 4ILHA 3HYFA 4AQYK 3RTVA 5AQUA 3D7EO 1VSIA 4YORA 4KI4A 4F4KA 3CCSN 2O4IA 5JMVA 2OZSA 1QS4A 2O8CB 4B9UA 4H0XB 5HRPA 4U7BA 5FROA 3CETA 3JS6A 4GMJB 3PIOL 4CECA 2HNZA 4H4OA 2BDPA 1A5WA 5KPTA 4A5BA 3TWHA 2NRZA 3NH0A 4KB0A 4M7YA 3A5OC 4YNQA 4JS4A 1J9AA 3J8AA 1WSJA 1EX4A 3B8AX 3ENOA 4JLHA 5I9EB 1VQON 3LPTA 1N8RO 1IG8A 3WT0A 4DFJA 2WC9A 3HL8A 2Z1GA 3O6WA 3J7YP 5AQMA 4KH6A 3SCXA 3V81A 3AVAA 3EE8A 4BR4A 4JKEA 2D0BA 4DV0K 3ZEUA 4LF5K 3TSPA 4H0TB 1NGGA 1MU2A 1KVCA 1SL1A 4NB4A 1HUXA 1Z26A 1RBSA 4BDZA 3LAMA 1MWKA 4Z94A 1NU0A 1X3MA 3LP0A 4HUFA 3AGRA 1Q9XA 4U67L 4B9LA 2GWJA 3OBWA 3O3HA 4IKFA 1JKHA 3FZHA 1TGOA 2BE2A 3QO9A 3SJHA 1HR0K 1NKBA 1VSEA 4O5FA 2IIRA 4F3OA 3EO3A 4DQ8A 2D1KA 3SLCA 4E7KA 2JGUA 1QSSA 1VSLA 3H1VX 4CHNA 1OH5A 5BN9A 2W6KA 1ASUA 3VQ4A 3DRSA 4Z4FA 3CJCA 5K14A 3ZETA 1Q9YA 3UB5A 4DTNA 2E1ZA 2VG7A 2XY8A 4LF6K 3VQ5A 2QI2A 3I55N 4CGDA 4NO7A 1T6DA 1YUWA 1L3TA 4PA1A 1GOBA 1C6VA 1HKGA 1VQLN 3CXCM 4H0OA 2HVIA 3DLGA 2Q0RA 1RTDA 3G6EN 4CD3A 1NK7A 3AVFA 3V9ZA 3K9JA 1CZ9A 3KIOA 4XH4A 1NJWA 1IV0A 3AGKA 5GAGP 4DSLA 1S5JA 4BR0A 2F9TA 1RBTA 4DS4A 3ZSYA 3RWUA 1VRTA 2Q2RA 4FK2A 1Z6RA 2G8KA 3V4IA 1DTQA 4BRDA 5GAEP 4CJLA 2A42A 4E1JA 3KD1E 4BG9A 4WQ4C 4B9VA 3CJAA 4C8OA 3E9PA 3WEEB 1RDDA 3MWPA 3F2KA 2GX9A 3LANA 3WNFA 4CI6A 2DPNA 1IKXA 1VHXA 2JLEA 3FGUA 3P38A 5FPMA 4AF1A 3THVA 4EP5A 4YFUA 4ELVA 3A5MC 3TSQA 1RTHA 3ATVA 2VG6A 2Z1IA 3C6TA 3LDNA 1XWLA 2P1JA 4BG8A 4N41A 3CD6N 4AHTA 5E26A 4NCGA 4CIFA 4K0KK 4B8AB 4WQ5C 5AQRA 1YJ9N 1Z25A 5JVGL 5M1OA 4CFCA 4CEOA 3AY9A 2ZGYA 4FJLA 1DT9A 1WNSA 5AFUA 4FLZA 1NK5A 3O9UA 3S3MA 1J53A 4CHOA 1ATNA 2HHVA 3G4SN 2YJEA 3HM9A 4OPJA 1S22A 3PSIA 3QETA 3QFUA 4EHUA 2WONA 1WOQA 4RW7A 1TK5A 1JCFA 4O55A 3ASMA 3OYMA 3IKMA 1VQMN 2DY4A 1CLQA 3KHYA 2DFFA 2NLXA 5E41A 4B08A 1KFDA 4OVLA 1LAWA 4FJJA 4QS9A 1QHAA 4JI0K 4JNEA 5AZJA 4KTQA 3FFKB 2P9PB 3ISNC 5EU7A 5AQLA 3LDPA 4A57A 2A3ZA 2FC0A 1CXUA 1GLJO 2P9LB 1RDUA 3VQDA 1OVYA 2W40A 3AVIA 2FSKA 1QQCA 4AHVA 1BQNA 2WTUA 4DFMA 4BE0A 2X6NA 3PUFA 4KTZA 2GELA 3D45A 4DQSA 1VSKA 4FJGA 4B9NA 4LFAK 1WN7A 4YOXA 3RR8A 3CCRN 4FWSA 3SUQA 4B1ZA 5C24A 4L8RB 4FPBA 1BCOA 4CGGA 1D8YA 4JK9A 4AHSA 3HPHA 4QOZB 3R6MA 1KAZA 1B9DA 2NRTA 1FJGK 1QTMA 2G8HA 1EWRA 1UWBA 3LZJA 2P5OA 3EN9A 4ID5A 2Q36A 2HHXA 4JI6K 3VTIA 4YY3K 3OYJA 5JS2A 4CFAA 2XHBA 4DTJA 1QHTA 3AO5A 2YKMA 4CF0A 4DSKA 1W0HA 4BRFA 3UKUA 3K58A 3M8RA 3GOIA 4IOCL 5TKWA 1FW6A 4DQRA 4CBWA 3K5LA 4B9MA 4IBNA 3PLAA 4BVOA 5CYMA 4DQQA 4BRIA 1QSLA 2KLAA 2NNWA 5CR4A 2VGNA 3H46O 1SV5A 1GLDG 1VQPN 4BRPA 4HVJA 3MEDA 5BPLA 3CQXA 3TANA 2BGGA 4DR1K 2BTFA 3A8YA 3SV3A 3KLHA 3VGKA 1KFSA 3LL3A 4FJMA 1EO1A 2Q97A 1VSJA 1H1VA 2XRIA 3VTHA 3C7NB 3PO5A 4O4GA 4KRFA 4A2AA 3VMFB 1S1TA 1K8KB 3QMLA 4H5NA 1VQ9N 4N5SA 4GKJK 1MA9B 1JXBA 3ZT1A 2P9IB 3VENA 3HVRA 1TUUA 3SZ2A 3KJVA 2EHGA 3MXIA 1NG9A 4NYFA 4X65K 1KAXA 3CHWA 1NOZA 2V51B 3E66A 4UQGA 4Q5VA 1Q7YO 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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