2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords glycerol kinase
publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
source organism Cellulomonas sp.
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
3FZFA 3MN6A 1NMDA 3O1BA 2FF6A 1JCEA 2QWLA 3D2FA 4JNEA 1T44A 2I7PA 4B1UB 2BTFA 3H45C 2YHYA 3P4IA 3QBXA 3QICA 1TUUA 4QS7A 5AQWA 4B1VA 4DB3A 4DCHA 2E2NA 1LOTB 4IZ9A 4H5RA 5AQTA 1GLBG 1WUAA 3SLCA 3MN7A 4CZEA 4EIAA 5BR9A 3HTVA 3R9PA 4BGAA 1XC3A 2Q0RA 1TYQB 3TPQA 2CH5A 2HF4A 2P9KA 3UKUA 4FWSA 3MN5A 3CJBA 4EHUA 1E4FT 5F1XA 4H5TA 4JHDB 1X3NA 5KPTA 2YCHA 4WQ5A 4I6MA 4GY2B 3D2EA 4H03B 4MLHA 4BRFA 4IWVA 3LDPA 1YXQA 5AQUA 1GLJO 4A2BA 2V52B 4JD2A 1RGIA 3WEEA 4CBWA 3IFRA 3AY9A 4BRAA 4FWOA 4MLEA 5BRHA 1XUPO 5AQLA 4BROA 1BO5O 3ATVA 1U2VB 5AQMA 4NB4A 4C23A 4FPBA 3CI5A 3U9ZA 5AQGA 5AQRA 3WQUA 4HTLA 3DJCA 3DXKB 2VYPA 2ASOA 4MO4A 4JN4A 2IVOA 4CZLA 3LM9A 4CD1A 3B8AX 5I9EB 3KVGA 5ADXA 3H1VX 2P9PB 2HF3A 3IDHA 3HSCA 4BRIA 4FO0A 2P9UA 1R59O 1EQYA 3VGKA 3M6GA 3HI0A 2D4WA 3W0LA 4XH1A 2NLXA 4MO5A 4BR0A 3EKUA 1BA1A 3ENOA 3CETA 3C7NA 4XH5A 4BC3A 2F9WA 2E2OA 3DXMA 1NWKA 4AM6A 1ATSA 1JCGA 5AZJA 1C0FA 2YI1A 2ZGYA 3CJ1A 3EKSA 3VGLA 1SZ2A 2QWOA 1BG3A 3IMXA 3W3DA 5LJVA 3ENHA 3L0QA 1HKGA 5JMVA 3VESA 3FZLA 4CZHA 3BP8A 2OANA 1ATNA 4BQZA 1HLUA 2Q97A 5AQKA 3CJCA 3SJHA 2QXLA 2NRHA 1HKBA 2W40A 1YVNA 3FZHA 4XEIA 2Q1NA 2A5XA 5FPNA 4BRPA 1GLCG 4H0XB 3UKUB 4CI6A 4A61A 4GNIA 4B1XB 1OKJA 1MDUB 5BREA 1TUYA 3AAPA 3QDKA 5B8HA 2PBDA 3MCPA 4M63C 3LDLA 2P9IB 1RFQA 3SK3A 3VETA 4BR4A 3A0IX 3GDQA 4BG8A 4WYBA 4H0VB 4JD2B 4H0TB 2P9SB 3EL2A 5AZIA 2EWSA 1QQMA 3CJ9A 3WT0A 2QWNA 1YUWA 3SMSA 5EX5A 1LCUA 3O4WA 3VF4A 3GG4A 2D1KA 3FE1A 4CZGA 5AQVA 2BUPA 4JAXA 3QBWA 3O6WA 2E88A 4FWPA 1HJOA 3RSEA 1QQOA 2P9LA 1NGJA 4BQLA 3UKRA 5AQFA 2A42A 1RDWX 5JLFA 4IO8A 4LC9B 3EN9A 4PL7A 3U4LA 3I8BA 4QS9A 3ZX2A 2QWPA 4FOIA 4H5WA 1NGHA 2Q2RA 3MK6A 3WXIA 3DAWA 4CZKA 2D0OA 3O8MA 3HZ6A 3LL3A 3ATUA 1KAZA 4K43A 3WQTA 1BUPA 2Q31A 1IG8A 4DQ8A 3A5OC 1NGBA 4BR2A 5AZJB 4O8KA 3ZETA 4BRMA 1NLVA 2IIRA 2H3GX 2P9NA 1NGDA 3H46O 3QFPA 4PKIA 3G25A 3VENA 4BC2A 4AM7A 5BPMA 5BRFA 4FOEA 5KPRA 1P8ZA 4L3QA 1E4GT 2YHWA 4BVPA 2QWRA 4ISGA 2FSKA 1DGKN 1T6CA 3GE1A 4ISEA 3JS6A 4XH4A 5KPZA 3VEZA 5KQDA 4BREA 1NGEA 3VEYA 2FXUA 4BR7A 5BRDA 5FPMA 4K42A 3HM8A 1HPMA 5TKYA 4WQ4C 1NGFA 3MN9A 2ZGZA 3C0BA 4BC5A 1J6ZA 2CGLA 5JLHA 2QW9A 2DPNA 2CGJA 1S3XA 5F2RA 4A62A 1H1VA 5AQIA 4H5NA 4K25A 1NM1A 3UE5A 3O1WA 1SAZA 3VF2A 5FPEA 5AQQA 4BRNA 3A5MC 2I7NA 4CZFA 1MA9B 5E84A 4IJNA 3RSEB 2VWBA 2HMPA 4BGBA 3MDQA 4FWRA 5EXWA 1MWMA 1S22A 3A8YA 4FWQA 4A2AA 3H3NO 2CH6A 3D2FB 4BRLA 3JXUA 5EOYA 2A6AA 3QFUA 4PKGA 4BRKA 1BA0A 1SQKA 5BN8A 4BR5A 4B1WB 3VEVA 4BC4A 3L4IA 3CJ7A 4B9QA 3FGUA 4YDUC 2FF3B 2AP1A 2FSNA 4FWKA 2ITMA 1TYQA 3AAQA 1GLAG 2A41A 1DEJA 4CBUA 3A5NC 2P9KB 4NO7A 4JHDA 4QS8A 4IXCA 2E20A 3BEXA 1BU6O 2IVNA 1KAXA 1GLFO 5AFUA 2P9NB 1K8KA 1U6ZA 1C0GA 2QWQA 4I6MB 4BRGA 4CBXA 3D2EB 4FSVA 4B1YB 5BPLA 2E2PA 3WEEB 3I33A 2GELA 5AFUH 1GLLO 5KQ8A 1QQNA 3DXKA 5BN9A 3ZEUA 1NGIA 5BPNA 3UB5A 5AQHA 4F9OA 1Z05A 3WXLA 2P9PA 2FSJA 2QM1A 2D0PA 3WUHA 2NZTA 1ESVA 1ZC6A 2P9UB 4J8FA 3ZX3A 4WQ5C 3CQXA 3M3ZA 2F9TA 3ID8A 4H0YB 4RWTA 4EAHD 1D4XA 4FWNA 4FL9A 3QMLA 2ASMA 3CJAA 2V51B 4Z94A 2WUSA 3C7NB 3O08A 1Q18A 4BR9A 1ZBSA 3DXMB 3J8AA 3AARA 3R8EA 3VGMA 3H6EA 3ULEA 2CGKA 3TU5A 2UYTA 2A3ZA 2ASPA 2W41A 1MWKA 3U9DA 2GEMA 3LDOA 4BRCA 3ZX0A 1QZ5A 3MMVA 3VEOA 2V7ZA 1HX1A 4IJAA 2AA4A 5JICA 4DHYA 2ZWHA 5AQNA 4CD3A 5AQOA 4CZJA 1YAGA 5EY4A 1NGGA 2PAVA 2P9IA 3O5BA 1X3MA 3VOVA 2A40A 1CZAN 1K8KB 4RCHA 4M7YA 2V7YA 4BVOA 3HBTA 3IUCA 5AQZA 2IVPA 2P9SA 1NGAA 3VERA 3VEWA 1V4TA 5AQJA 5AZIB 3CIPA 5AR0A 3FZMA 3L6QA 3BF3A 5AQXA 2QWMA 5F0XA 3DWLA 2FLOA 3KZBA 2Q0UA 3ZEUB 3LM2A 3O80A 3M1FA 5LJWA 3BF1A 3H1QA 4FWMA 3CHWA 5LY3A 2P9LB 3CERA 4E1JA 3FR0A 3UKRB 5AQYA 4FWLA 4BRQA 5ELZA 1X9JA 4CJ7A 3BUZB 5AQPA 4EFHA 1WOQA 3LDNA 4BG9A 1HKCA 3EZWA 1Z6RA 4Y0WA 4CZMA 4O5FA 3GOIA 3H3OB 4H0PA 2GUPA 5ADXH 4ISFA 2GWJA 1XQSC 2J4RA 4M7XA 1BOTO 4WQ4A 2GWKA 2YHXA 1BWFO 2YJEA 5AQSA 2HOEA 2YJFA 5FPDA 5EVZA 2KHOA 1Y64A 3FZKA 3ULEB 3CQYA 3SMPA 3ZETB 3VEXA 3F9MA 2E2QA 3KHYA 3GBTA 3S41A 3WXKA 3EO3A 3A5LC 1T6DA 2E8AA 4BRHA 2GTDA 2VCPA 3FFKB 1DKGD 3VPZA 1BDGA 4PKHA 1U2VA 1GLDG 1NGCA 3D7EO 3VF6A 4EHTA 5E26A 1JCFA 1KXPA 2E1YA 3QB0A 4K41A 2ZF5O 2Q36A 1IJJA 3OHRA 3WXJA 3U8XA 4H0OA 4CZIA 1G99A 1QHAA 4BRDA 1ZXOA 4PL8A 4FPAA 4RTFD 5CE3A 3R6MA 3FLCO 4HWIA 1ATRA 4YDUA 4H5VA 1QZ6A 1V4SA 1GLEG 4B1ZA 3LDQA 1KAYA 1HUXA 3GL1A 4KBOA 2E1ZA 1NBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B9FA 2BE2A 3FZFA 4M45A 3O1BA 4I9QA 3OYNA 2FF6A 4FM2A 1D8YA 4HHTA 3DM2A 2XY6A 4JNEA 1T44A 5BR8K 1BQNA 2HNDA 3MCAB 3L2VA 5AQWA 3QICA 1KSPA 1T8EA 3NMUA 4IZ9A 5AJ3K 1JKHA 4H5RA 5AQTA 4HUFA 3J80O 3SLCA 3MN7A 4CZEA 4DKWA 5BR9A 3VA0A 3HTVA 4M41A 4CEEA 3TPQA 2P9KA 2JWLA 4FWSA 3CJBA 4EHUA 1HR0K 4JKGB 4H5TA 4OX9K 1RILA 4CJWA 2KZZA 5JS1A 5KGWA 1U47A 3THYB 4WQ5A 4CEOA 1WNSA 3D2EA 2D0BA 5AQUA 4M3YA 2UUBK 3DRRA 4MLEA 4N47A 1RT3A 3AVKA 5BRHA 1QTMA 4IOXA 1NK9A 1U2VB 2HHSA 4NB4A 3CI5A 5AQGA 5AQRA 3SPYA 4FLXA 3K9JA 1VRUA 2VYPA 3HRGA 4CFAA 4KREA 4JN4A 5LL6Z 4JKBA 5I9EB 3KVGA 5ADXA 3IDHA 3AVJA 5H1SQ 3ZSYA 5C12A 4MFBA 1R59O 4NLBA 3TAQA 1VQMN 4MQ3A 3TI0A 4XH1A 4MO5A 4DTNA 1NOZA 2NRZA 4DR3K 4TSXA 3EKUA 3LDSA 3T1AA 4X66K 2OZSA 2F9WA 3DXMA 1NWKA 4CJTA 4W5OA 3AVGA 3CJ1A 4NYFA 3VGLA 1NOYA 1UA1A 1BG3A 3IMXA 3I56N 3V9WA 3L0QA 1XHZA 3CCMN 1HKGA 4CEFA 4CZHA 3BP8A 4AH9A 4JKDA 2YV0X 3LPUA 4DU3A 1OH5A 1QSYA 1A5WA 2PY5A 4BRPA 4H0XB 3UKUB 3V9XA 4CGJA 4GNIA 4B1XB 3G10A 3AAPA 5B8HA 4CE9A 1NK8A 2P9IB 1B9DA 3K57A 3A0IX 3L8BA 1NK4A 3NGZA 1OVQA 4JD2B 2P9SB 3ZT3A 2EWSA 1HMVA 1YJWN 2IAJA 3VN5A 1WLJA 4LF8K 3F9KA 5AQVA 3S9HA 2B5JA 4DV2K 1EWRA 1I39A 4JK7A 4DQIA 4E1NA 2X6SA 1YJNN 4JI5K 4CIEA 1NGJA 4IG3A 4BQLA 4W5RA 1S5JA 2O8CB 4LC9B 1EXQA 2HB5A 3I8BA 4QS9A 1NJIO 3PX4A 4ZHRA 3OYKA 4JKEA 4KHUA 2D0OA 4FJ7A 1UAXA 3KLFA 3VQDA 3ALYA 4C8KA 1NGBA 1TAQA 5GIOA 3TWHA 1BCOA 5AZJB 1CXQA 4O8KA 4W5TA 3PIOL 1BHLA 3RMCA 3QFPA 3VENA 3RRGA 3OTOK 4AM7A 1J9AA 3SJJA 5KPRA 3T1HK 4KB0A 4K8ZA 4L3QA 1U48A 2RKIA 1NJXA 4YOWA 4NYNA 3VA3A 4B08A 2HHWA 3NF8A 1VSHA 4FM0A 2OPSA 4CJ4A 3VEYA 4DTPA 2FXUA 1IBKK 3P1GA 3HM8A 3MXMA 1N8RO 1YI2N 4RG8A 4CGHA 3P83D 1HNVA 4FYDA 4DS4A 4DQSA 1J6ZA 3RMBA 2CGLA 4U67L 5C25A 3NGYA 2CGJA 2RF2A 1KRPA 2QKKA 3EE9A 1KD1O 3ITHA 4K25A 2F8SA 3KWIA 3O1WA 2I7NA 1MA9B 4KHQA 5E84A 3BZKA 4IFEA 5J2PA 3ZSOA 2VWBA 1W0HA 4CHNA 3SV3A 1ZYQA 2Z1JA 4A2AA 4DV6K 2HNZA 1W97L 4B3OA 5EOYA 3ZLJA 4GV9A 2A6AA 4PKGA 4Y1CA 4Z4IA 1SQKA 3U3GA 5BN8A 3CQ8A 3AO5A 3DLGA 4B1WB 3L4IA 4FK4A 1P90A 3FGUA 2FF3B 2FSNA 2ITMA 5J1EA 3AAQA 1GOCA 1DEJA 4CBUA 3AVIA 1NMNA 2HSTA 4FZYA 4H4OA 3MXJA 3BEXA 4LF5K 1KAXA 2P9NB 1K8KA 2EX3A 2KLAA 4DSIA 2QWQA 2Z1IA 4CBXA 3PX6A 3AVBA 4HUGA 3SAHA 5GINA 4FSVA 1RBVA 4CECA 3CFRA 2E2PA 3I33A 5GAEP 2GELA 3K58A 4EP4A 5FRNA 4CHPA 5KQ8A 4N41A 3M8QA 4FW2A 2VG7A 5MLCQ 3C94A 5GIPA 4OKJA 3G6EN 4NXMK 2P9UB 3ZT2A 1L3SA 3DOLA 3I0RA 3ZX3A 2E6MA 3M3ZA 2F9TA 4B3SK 1OH8A 5DMRA 3MAQA 4RWTA 1RT1A 3QMLA 1S6QA 1EKEA 4CJUA 3NHGA 3AA3A 1RTDA 1NU0A 4M3WA 4FK0A 1U49A 1S9EA 4BR9A 2O8DA 3J8AA 5T7BA 3AARA 3SV4A 5M1PA 4CHZA 4JI0K 2CGKA 2UYTA 1VQ6N 2YHBA 3AGRA 1JL1A 1MWKA 2GEMA 3LDOA 4BRCA 1QZ5A 3MMVA 1L3VA 4HCCA 2ZE2A 2ZQBA 2IC3A 4J2BA 5AQNA 3E9LA 5AQOA 1YAGA 2QEXN 3SAFA 2OPRA 3HT3A 1NGGA 2O8EA 3K0SA 5K14A 4BY9C 2OTLN 2W6KA 3KKRA 2A40A 3Q7BA 1QSLA 2V7YA 3HSTB 5KI6A 1W9HA 3H08A 1NNEA 2NRTA 5AQZA 3OYCA 3WNGA 4A5BA 1WN7A 1X9WA 3IG1A 1V4TA 5AQJA 4CVNE 1Q86O 3Q7CA 3TTDA 4DUYK 3FZMA 5KTQA 1BIZA 3RMDA 1K8AO 5AQXA 4M3ZA 3VQQA 1MU2A 1R0AA 3ZSVA 3M1FA 5LJWA 3CPEA 2DTUA 3CHWA 3FR0A 2W6LA 4BDYA 4FWLA 3NH1A 1X9JA 1KQSM 3LDNA 3VQ6A 4Z0UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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