2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
source organism Cellulomonas sp.
molecule tags Transferase
molecule keywords glycerol kinase
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
4IWVA 1C0FA 4FWOA 4RTFD 3A0IX 1T6DA 4B1YB 3VEYA 2NZTA 1NGJA 3RSEB 5FPEA 1EQYA 1YVNA 4JHDB 1JCEA 1ATSA 4YDUC 1NGHA 5ELZA 1Z6RA 5AZIB 4WQ4C 3H1QA 4BRKA 2Q31A 4QS9A 4BC2A 3VGMA 4CZHA 3O1WA 3L4IA 3RSEA 1K8KA 5F0XA 4H0YB 1TYQA 3FZMA 3IUCA 2QWLA 3UE5A 4O5FA 3MN9A 3QBWA 4BR0A 5AQOA 5AQRA 3CERA 2P9PA 2Q97A 5EXWA 5KQDA 2GELA 5AQVA 1NGBA 4BROA 3VEXA 4BRGA 3VETA 1BDGA 2FF6A 5AQLA 2E2NA 5JICA 2KHOA 3CQXA 3C7NA 3W0LA 2P9LB 4XH4A 5AQGA 2OANA 3FGUA 2FSJA 3O80A 2GUPA 2IVOA 2QWRA 2ZGZA 1C0GA 2P9NB 1QQOA 4L3QA 5BR9A 4BRIA 1LCUA 5AQYA 4BC3A 1DEJA 4MLEA 2P9IA 4H0OA 4J8FA 4QS7A 4I6MA 3EO3A 3D2EA 3CJAA 2VYPA 4CBWA 2QWQA 4B1UB 3CJ7A 5AQWA 2NRHA 3FFKB 2Q0RA 2YJFA 2FSKA 3ZEUA 3HI0A 4BRHA 4I6MB 3ATUA 3WXLA 4BR9A 5AQQA 4CZLA 1NGCA 2P9KA 3VEVA 4DHYA 2E1ZA 2P9IB 5JLFA 1NBWA 3KZBA 1NGFA 5AQSA 3GOIA 4FWNA 1E4FT 4CZGA 3BP8A 2ZWHA 2J4RA 3EKSA 4K25A 4Z94A 2QXLA 3KVGA 3ZX2A 3H3OB 3P4IA 4FWKA 1Q18A 4FWLA 2A5XA 3R8EA 5BN8A 3C7NB 3LDQA 2VCPA 3FLCO 4RWTA 4Y0WA 1WUAA 5AFUH 3WUHA 4BRMA 3LDLA 3DXMA 5BPMA 3WXJA 2I7NA 3SMPA 3SK3A 2AP1A 3AAPA 1JCFA 1ATRA 4H0TB 3F9MA 3R9PA 2E20A 2FXUA 3DXMB 1ESVA 4FPAA 5AQMA 2D1KA 4CJ7A 4WYBA 4IZ9A 1V4SA 2Q1NA 5AQNA 4BRLA 1JCGA 5KPRA 1U2VA 4BR5A 4NB4A 1R59O 3VGKA 1WOQA 3JXUA 4MO5A 3BUZB 4B9QA 2D4WA 5BPLA 3EN9A 4K42A 1MWKA 3R6MA 1NGIA 3FZHA 4K43A 2QM1A 4CZFA 3OHRA 2DPNA 1IJJA 1BA0A 4PKHA 3HM8A 3DWLA 3ENHA 4IXCA 2ASMA 3O1BA 4BG8A 3MN7A 5BREA 3CETA 2QWNA 4IJNA 3VGLA 3VERA 2YHXA 1BO5O 3LDOA 2HF4A 4H5NA 5FPNA 1YXQA 1BG3A 3ULEB 4RCHA 1BU6O 1P8ZA 1RGIA 1XUPO 3M3ZA 3GL1A 2YJEA 3VESA 5AQZA 3H6EA 2NLXA 4HTLA 3GE1A 4CZJA 3WEEA 4FWSA 3U9ZA 5F2RA 2ITMA 1XQSC 1QZ6A 3BF1A 3MMVA 1TYQB 3VPZA 2P9KB 4BRDA 4B1ZA 3QMLA 2E1YA 4H03B 4CZKA 3IMXA 5AQTA 1RDWX 1BA1A 5AQJA 1Z05A 1DKGD 2P9UA 1GLJO 2YI1A 4H0PA 4BGBA 4CI6A 3O5BA 1J6ZA 2QWMA 1QHAA 3LDPA 2ZGYA 3QFUA 2W40A 2E88A 3B8AX 1NM1A 3BF3A 1T44A 2FSNA 4EHTA 2P9PB 3EL2A 1HPMA 2YCHA 4DCHA 3LDNA 2Q36A 5B8HA 1YAGA 2V51B 2A42A 5ADXA 4FWMA 5JLHA 3ATVA 1H1VA 3ZX0A 4A62A 3CJBA 4O8KA 3H45C 1GLCG 3VF6A 2BUPA 1D4XA 3FE1A 3L6QA 3WT0A 3WQUA 3HBTA 2E2PA 1Y64A 3QBXA 4FWQA 3MN5A 1QQNA 1BOTO 1GLEG 1SAZA 2A3ZA 3FR0A 4YDUA 4FSVA 2P9NA 3FZKA 1YUWA 1NLVA 5ADXH 1HKBA 5AZIA 4E1JA 4BC4A 1X9JA 4BVOA 3S41A 5JMVA 4BR2A 4CBXA 2V7YA 4BRPA 3I33A 5AQXA 4EFHA 2FF3B 3CIPA 2F9WA 1ZC6A 5AQIA 3ZETA 1QZ5A 4FO0A 4FOIA 4BRCA 5AQFA 4BRFA 5F1XA 1XC3A 3DAWA 2ZF5O 1KAXA 4H5WA 4NO7A 5EX5A 4MO4A 4LC9B 3SMSA 1SQKA 1NGDA 2HF3A 3VF4A 3QICA 3VENA 3HSCA 2EWSA 4M7YA 1HX1A 2V52B 4XEIA 3WXKA 3LM9A 1NGEA 3HTVA 3MDQA 3QFPA 4H5TA 4DQ8A 3D2FA 4ISGA 2FLOA 3AAQA 4B1XB 5BRDA 1GLDG 1HKCA 1BUPA 2VWBA 1NMDA 2A6AA 4FL9A 2V7ZA 3IFRA 4FPBA 3SLCA 4PKIA 1T6CA 4BQLA 4JHDA 3CJ1A 4FWRA 4QS8A 3AARA 3VOVA 1NGAA 1ZXOA 2IVPA 3FZFA 4H0VB 4CZMA 5CE3A 2YHYA 3CHWA 4JN4A 2F9TA 1GLLO 2HMPA 3MK6A 3U8XA 3UKUB 4A2BA 3TPQA 3ENOA 2PAVA 5AR0A 1NGGA 4JD2B 4M63C 3AY9A 1MDUB 2BTFA 3M6GA 4ISFA 4WQ5A 3UKRA 5AZJA 5AQUA 4BR7A 1ATNA 4AM7A 4WQ5C 4JNEA 4H5RA 4XH1A 1E4GT 3LM2A 4BC5A 4IJAA 5AFUA 2P9SA 4BG9A 5E84A 4ISEA 1RFQA 4PKGA 4EAHD 5LJVA 5KPTA 2IIRA 4HWIA 3TU5A 3A5OC 2D0PA 3CQYA 4WQ4A 5BN9A 5TKYA 5E26A 3UB5A 3DXKB 2GWJA 2YHWA 1SZ2A 3FZLA 4CBUA 3IDHA 3EKUA 3ID8A 3L0QA 4IO8A 3VF2A 5KPZA 4CD3A 4M7XA 5FPDA 2P9LA 3CJCA 3J8AA 2ASPA 2GEMA 3CJ9A 1KAZA 5AQKA 5LY3A 4BQZA 3DJCA 4H5VA 5EVZA 4K41A 3DXKA 1LOTB 1CZAN 3I8BA 3U4LA 3O8MA 4H0XB 1KXPA 3VEZA 2UYTA 1S3XA 4BREA 1OKJA 1DGKN 1TUUA 4XH5A 1MWMA 5EOYA 4F9OA 4JD2A 3SJHA 3QB0A 1U2VB 3WQTA 5AZJB 1IG8A 2E2QA 2P9UB 2CH5A 1X3NA 4A61A 3D7EO 3D2FB 3U9DA 4KBOA 5AQPA 1HKGA 3ZEUB 2E2OA 2QWOA 1NWKA 3GG4A 4EIAA 3HZ6A 4C23A 4B1VA 4BRAA 4BVPA 4CZIA 5BRHA 2P9SB 3G25A 2PBDA 4GNIA 2CH6A 2ASOA 1MA9B 3A5MC 2WUSA 4PL7A 2CGJA 3A8YA 1HJOA 3VEOA 3W3DA 2QWPA 3A5NC 3M1FA 2CGLA 3H46O 3O6WA 3D2EB 3VEWA 2AA4A 3UKUA 5BRFA 1TUYA 3QDKA 4BR4A 3A5LC 1KAYA 3O4WA 4EHUA 1X3MA 4DB3A 2A41A 4BRQA 1G99A 2D0OA 3WEEB 1GLFO 5FPMA 2QW9A 3ZX3A 4B1WB 3GDQA 2IVNA 4FOEA 5EY4A 2Q0UA 2W41A 3ULEA 5AQHA 1GLBG 2GWKA 3MN6A 2HOEA 3ZETB 3C0BA 1QQMA 1U6ZA 1V4TA 4A2AA 4GY2B 4PL8A 4JAXA 1K8KB 3WXIA 4BRNA 1BWFO 3CI5A 3LL3A 2Q2RA 1GLAG 3KHYA 3BEXA 3H1VX 5BPNA 3MCPA 4MLHA 3EZWA 4CD1A 1S22A 1HLUA 3JS6A 5LJWA 5I9EB 3H3NO 2GTDA 4AM6A 4BGAA 3GBTA 2H3GX 3O08A 4FWPA 3UKRB 1HUXA 2E8AA 1ZBSA 2I7PA 2CGKA 2A40A 5KQ8A 4CZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0FA 1RT6A 4ELUA 3MXIA 1SS6A 3VEYA 3OS1A 3CF5L 5FPEA 2VGMA 1S9EA 1YVNA 3CCEN 3OYLA 3CFOA 2ZD1A 3LPTA 4WQ4C 3VA0A 2Q31A 4DR7K 1Z26A 4DV0K 4DSJA 3SUPA 4CZHA 3JSMA 1U47A 3KWGA 1K8KA 1VSHA 4GMJB 5F0XA 4JI8K 3CCLN 2QK9A 5BR8K 2O8CA 2KQ2A 4M3WA 1NJYA 3N4QA 2QWLA 3LP1A 4NCAA 3QBWA 5AQOA 3M8RA 1ZYQA 1X9MA 5AQRA 2OA8A 3ZSZA 2Q97A 5EXWA 3CMEN 4NCGA 1NJZA 5GAEP 3DRPA 2GELA 4BRGA 3VETA 4KH5A 5AQLA 3WNGA 4B3RK 2O4GA 3TANA 4GV3A 1CLQA 2P9LB 3LP0A 1QSSA 1GOBA 3O80A 1NOZA 3K9JA 3RMAA 2ZGZA 1S9GA 4W5RA 3BY5A 1C0GA 3JYTA 2P9NB 1QQOA 5GADP 1VQNN 3TWHA 3NF7A 1OH7A 3OA9A 1Q82O 4MLEA 2P9IA 3QEXA 4H0OA 2P1JA 4J8FA 3G0ZA 4I6MA 3EO3A 2QWQA 3CJ7A 2VQFK 2PYLA 4BE0A 2NRHA 2X74A 3H08A 2HNZA 3KD1E 3ATUA 4BR9A 3LALA 4JI5K 4DHYA 2QTDA 1LWCA 2E1ZA 1WNSA 4C8OA 2P9IB 1TAUA 4FM1A 1EETA 3ZCMA 5J2QA 1NGFA 3SBGA 4GV6A 3CG7A 1E4FT 5AJ3K 1HPZA 1YHQN 3BP8A 4RW8A 2ZWHA 1RDBA 3O9UA 3NE6A 5FRNA 3L8BA 4ID1A 1IV0A 2HHWA 4FWKA 2HNDA 4FLUA 3J80O 2A5XA 3RWUA 3C7NB 1OH6A 2VCPA 3FLCO 4NLBA 1UA1A 3MEEA 4BRMA 4DR3K 3E9OA 3DXMA 1CXUA 4DFJA 2I7NA 3EYZA 3CC4N 4M3UA 3AAPA 1ATRA 1JLQA 2DFFA 4LFAK 3V9ZA 5DM6L 5AQMA 2D1KA 4FLXA 4CJ7A 2Q1NA 1NK4A 2Q3SA 4BRLA 3L2QA 1WAJA 5GINA 2A1SA 3KLEA 2D0CA 1WOQA 3JXUA 3BUZB 2D4WA 1KC8O 3EN9A 4H4MA 3M8PA 3RMDA 1MWKA 3AO4A 4OGCA 3R6MA 3P39A 4M45A 3OHRA 2DPNA 1IJJA 4PHTX 1D9FA 1XI1A 5MLCQ 4IO9L 4CFDA 4R79A 4DG1A 4LD0A 3TSQA 3VQ4A 2ASMA 4BG8A 5BREA 1JLBA 1RDDA 3UIQA 3VGLA 2YHXA 4CIGA 5FPNA 1NOYA 4CFCA 2XY5A 3VQEA 1BG3A 3F9KA 4AHUA 3I0RA 1P8ZA 1RGIA 4IG0A 4FK4A 3LWMA 3HVTA 3GL1A 2YJEA 3SQ0A 4JKGA 4CEZA 4FWSA 1TYQB 3C94A 4H03B 3AVBA 4DR2K 1RDWX 4B8AB 3NH0A 1Z05A 4CHNA 2P9UA 3NF8A 3O3GA 2YI1A 2YHAA 4H0PA 3AA3A 3O5BA 5K14A 2QWMA 1QHAA 4ILGB 4CVNE 1BIUA 1RBRA 3G10A 1Q9XA 3B8AX 1J53A 1NM1A 2YCHA 4YHHK 1A5VA 2A42A 4FWMA 5HOOA 1H1VA 3OS2A 1IBLK 1W0HA 3OTOK 4W5OA 3CJBA 3LP3A 4O8KA 3H45C 1VQ7N 3K5LA 4GVMA 5C12A 3CM5A 1HQEA 2O8FA 1HNZK 3QBXA 1BOTO 3HL8A 1FK9A 3AVGA 1RT4A 1TL3A 3P31A 3MAQA 4FYDA 4FJ9A 4DU3A 1BI4A 4BR2A 4CBXA 3NVMA 4LF9K 4KHNA 4JV5K 4YNQA 4EFHA 2FF3B 1J54A 4FO0A 1TK8A 1KFDA 4BRCA 4BRFA 5F1XA 4C1NK 4DV3K 1HYZA 3DAWA 2ZF5O 4E7KA 4KPYA 4LC9B 4ZTJA 2HBKA 3VENA 1KTQA 3HSCA 4M42A 1MU2A 3RTVA 3QFPA 3MDQA 3D2FA 5GAHP 3AAQA 2ITGA 3U6FA 4KB1A 3CXCM 4FLWA 3SUNA 3NMUA 1TGOA 2VWBA 1I39A 1QS4A 3THWA 3M8QA 3SLCA 1KQSM 4CJTA 1JLFA 3PSIA 4JHDA 4FWRA 4QS8A 4HVJA 1NGAA 2B4JA 3CFPA 4DUZK 5CE3A 1NU0A 2YHYA 3ZSXA 4M3RA 2NRXA 4JN4A 3U8XA 4CF1A 4NXNK 4B9MA 2BTFA 3UKRA 4OGEA 4BR7A 4Q5VA 1FJGK 1HNXK 3U3YA 4AM7A 2XY6A 1WAFA 2QI2A 4IJAA 5AFUA 1VQ8N 1KFSA 4DV6K 1RFQA 3AGRA 4PKGA 4EAHD 4FVUA 5KPTA 2IIRA 4HWIA 1KVAA 3RR7A 4FW1A 3OYEA 1ZBHA 1VSJA 5KQ8A 4OPAA 3TI0A 1X9WA 2DFEA 4DSEA 1RBSA 3M8SA 3IDHA 3EKUA 5KPZA 2HHUA 4DFKA 5FPDA 2P9LA 5J2MA 1UA0A 4FJXA 4ILHA 2GEMA 5AQKA 2IS3A 4AHCA 5CR4A 3O8MA 4H0XB 1KXPA 4JI6K 1R0AA 3MEGA 1OKJA 1LW2A 5DM7L 4W5TA 4XH5A 4CEAA 2YNGA 3CPWM 3O4NA 1VQLN 1SL1A 4JD2A 4B08A 3WQTA 3SV3A 3ZLJA 4FZZA 2P9UB 2E5LK 3LPUA 1WN7A 3WNFA 3D7EO 3U9DA 2B5JA 4KBOA 1WSFA 2IGIA 3TAEA 4WF9L 2QWOA 1N32K 3KKRA 3HZ6A 1KLMA 4B1VA 4IOCL 3HP9A 2ZM6K 3ZSVA 4KTZA 2P9SB 3HP6A 3A5MC 2WUSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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