2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
molecule keywords glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Cellulomonas sp.
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
3VGKA 3CQYA 3L4IA 3WXKA 1GLLO 3DXKA 2HMPA 4Z94A 4BC2A 2QM1A 2A42A 3HSCA 3FZLA 2Q97A 4FO0A 2FF3B 3QDKA 4ISEA 1TUYA 1EQYA 2E8AA 3VPZA 1V4TA 5AQKA 3QFPA 3FZMA 5JLHA 3GDQA 3TU5A 2A5XA 5BRDA 2Q1NA 4I6MA 4BVOA 1V4SA 4IO8A 4EAHD 2D1KA 3MMVA 4QS7A 1LCUA 1NBWA 5EVZA 4BRPA 4NB4A 4BGBA 5AQXA 4CZMA 3QB0A 3QMLA 4CZHA 3FGUA 3UE5A 4WQ5C 1NGAA 2E2PA 3EL2A 2D0PA 5AQMA 3ZETA 3UKUB 2IVOA 1E4GT 5BR9A 2QXLA 3JXUA 3MCPA 4JN4A 5BREA 4WQ4A 4A62A 4CD1A 2NRHA 4RTFD 4BRDA 4XEIA 3WT0A 4BREA 4B1UB 4FWSA 3LL3A 4K25A 3O5BA 5LJWA 3D2FB 3AAQA 1BDGA 3FFKB 2GWJA 3CERA 3EKUA 1ZBSA 1OKJA 1BG3A 4BRKA 1WOQA 4AM7A 4YDUA 1NGIA 1Z05A 3F9MA 5AQZA 5FPMA 2W41A 4AM6A 5AQJA 2P9IA 1C0GA 4PKHA 3GOIA 2PBDA 1P8ZA 1TYQB 3IUCA 4CZGA 3MN6A 3LDOA 3CIPA 3RSEA 4PKGA 2ZGYA 1GLJO 2QWNA 2IVNA 3VEZA 1X9JA 3J8AA 3DWLA 4H5TA 4H5RA 5BPNA 4HWIA 2UYTA 2D4WA 4DB3A 4EFHA 1YXQA 2BTFA 3SK3A 1YAGA 2A41A 2V51B 1G99A 3KZBA 1NWKA 4FL9A 3WEEB 4BRHA 1NGJA 1NGBA 4C23A 4E1JA 1IJJA 4MLEA 4QS9A 5KPZA 2P9NB 1TYQA 2CH5A 1JCEA 1J6ZA 2KHOA 1D4XA 2P9SB 3WXJA 5EOYA 3BEXA 3AY9A 2HF4A 4IZ9A 2WUSA 2YHXA 4WQ5A 4CBWA 4FWPA 1HKCA 2ITMA 2P9PB 3WXIA 4M7XA 4JAXA 3VGMA 3ULEB 3CQXA 5ADXA 4PKIA 3FLCO 4CZEA 4BRMA 1QQNA 1KXPA 5AQTA 1T6DA 2CGKA 4I6MB 3O6WA 1QHAA 4FWQA 4FWOA 4BQZA 2P9KA 3IDHA 2D0OA 4EHUA 1BUPA 3M1FA 3ATVA 3QFUA 3SLCA 3VESA 2FSNA 3CHWA 1HJOA 3BUZB 3R8EA 2P9NA 1HLUA 3WQUA 3HM8A 3ZX2A 4PL7A 2E1YA 3ZETB 3S41A 2P9SA 1GLDG 2P9UA 2YJEA 3ZEUA 4B1XB 3FE1A 5AQPA 1HUXA 3H1QA 3LM2A 1NGHA 3BF1A 3GE1A 4BRFA 4FWRA 2P9PA 4FSVA 5BRFA 1GLCG 3ULEA 3CJCA 3OHRA 4CZLA 1SQKA 1QQMA 1Z6RA 5B8HA 2E1ZA 5AQWA 4A61A 2GTDA 3GBTA 2NZTA 1MDUB 3SMPA 4CZKA 1BO5O 3LDLA 3VF6A 2VWBA 1NGCA 4CI6A 3WQTA 4DQ8A 2P9IB 2H3GX 2ZF5O 4BVPA 3MN7A 3VF2A 5LJVA 3A8YA 5BPLA 3MN5A 3RSEB 4XH4A 4H0OA 2HF3A 2FXUA 2FSKA 4BR5A 4H0YB 2YHYA 2J4RA 1QQOA 2V7YA 3CI5A 3EZWA 3MK6A 4RCHA 3ZX3A 3U4LA 3FR0A 3A5LC 1BOTO 3ZX0A 1ESVA 3JS6A 4FPAA 1TUUA 3FZKA 4BG8A 3QBXA 4K42A 3WUHA 2OANA 2ZWHA 4IXCA 5AFUA 4MO4A 3I33A 3WXLA 4BC4A 3FZFA 4CBXA 5F0XA 2Q36A 1GLAG 2AA4A 3VEVA 1RDWX 4BRAA 4BC3A 4BC5A 5BPMA 1NM1A 2FLOA 5AQNA 3KHYA 4Y0WA 1DKGD 3QBWA 1H1VA 3O8MA 2Q0RA 4MO5A 3A0IX 3HZ6A 3O08A 1NGFA 2E2QA 1RGIA 5E26A 2ASOA 3O4WA 1SZ2A 3TPQA 1X3MA 4H03B 1MWMA 5AQIA 4B9QA 5BRHA 4JD2B 5EX5A 2P9KB 1WUAA 3LM9A 2Q31A 1CZAN 3H3OB 1BWFO 2CH6A 3H6EA 3HBTA 1QZ6A 3LDNA 2E2OA 2F9WA 3R9PA 3VEWA 3ENHA 3ZEUB 2P9UB 4BRGA 2P9LB 5F1XA 5FPNA 4B1WB 1RFQA 3DJCA 4PL8A 4JHDB 4CZIA 5ELZA 4EIAA 4CZFA 3D2EB 5JICA 2AP1A 1S3XA 2V7ZA 4BROA 4FWKA 2GUPA 4FWLA 1BA1A 4A2AA 4H5WA 1BU6O 4JD2A 5AZJB 3VERA 4BR2A 2PAVA 3VOVA 1HX1A 3H3NO 1ATNA 3HI0A 5AQQA 4GNIA 1C0FA 3VF4A 5FPDA 4M7YA 1JCFA 2FF6A 4CBUA 3A5NC 4BR4A 1XUPO 5FPEA 1XC3A 1BA0A 4B1YB 5I9EB 5CE3A 3MN9A 4YDUC 3ATUA 5AQRA 2P9LA 3DXMA 1K8KB 1NGEA 1YVNA 2Q2RA 3C0BA 4IJNA 1T44A 4BG9A 4O8KA 4JHDA 2GWKA 4BR0A 2IVPA 5TKYA 2YCHA 5EY4A 3D2EA 4K43A 5AZIA 3UKRA 2FSJA 1ZC6A 3CJ9A 4FWMA 1QZ5A 2YJFA 1LOTB 3A5OC 4FWNA 4F9OA 1MA9B 2V52B 1DGKN 1U2VB 5AZJA 5F2RA 1MWKA 1KAYA 5AR0A 2A3ZA 3VGLA 4BRLA 3U9ZA 2VCPA 3O80A 4K41A 5LY3A 3IFRA 5KQ8A 3M3ZA 5AQLA 4FOIA 5JMVA 4BRQA 2VYPA 3QICA 1K8KA 3I8BA 4A2BA 3VETA 2CGJA 5KPTA 5AQFA 5AQHA 2ASMA 1T6CA 5JLFA 1KAXA 3H46O 5ADXH 2I7NA 2GEMA 3UB5A 5BN9A 1ZXOA 1HKGA 2A6AA 3CJAA 1U2VA 3AAPA 4FPBA 3EN9A 3VEYA 3LDQA 4H0PA 1GLBG 5KPRA 4BGAA 1NGGA 1ATSA 3W3DA 4HTLA 5KQDA 3R6MA 1ATRA 1IG8A 1R59O 4BRIA 2QWMA 1SAZA 4EHTA 4DHYA 2A40A 1NMDA 4BR7A 4LC9B 2E20A 1XQSC 4O5FA 4B1VA 1S22A 5AQYA 4MLHA 3MDQA 4BQLA 2GELA 4BRNA 1GLFO 3IMXA 2Q0UA 2QWQA 5AQGA 3H1VX 3C7NB 4NO7A 5BN8A 3UKUA 2QWRA 4CD3A 4IJAA 1YUWA 3VEXA 4H0VB 3CJBA 3L0QA 5AQUA 4WYBA 3EO3A 4KBOA 2ASPA 4CZJA 5AQOA 2NLXA 2EWSA 2ZGZA 4M63C 1JCGA 3SJHA 4QS8A 4L3QA 4DCHA 1KAZA 3EKSA 3DXMB 1GLEG 3P4IA 1HKBA 3ENOA 3D2FA 4BR9A 2F9TA 3CJ1A 1DEJA 4CJ7A 3L6QA 3KVGA 3BP8A 1U6ZA 2QWPA 4IWVA 5AZIB 3UKRB 1E4FT 4H5VA 2I7PA 3H45C 4GY2B 2QWOA 3ID8A 3U9DA 4WQ4C 3SMSA 3CJ7A 2YHWA 3HTVA 3C7NA 4XH5A 5AFUH 3W0LA 2BUPA 3G25A 3BF3A 3DXKB 1HPMA 1Q18A 2DPNA 2W40A 3M6GA 3CETA 1NLVA 2QWLA 2QW9A 3LDPA 3B8AX 3GG4A 3U8XA 5AQSA 3DAWA 2CGLA 5E84A 1X3NA 1Y64A 4H0TB 4B1ZA 3VEOA 3D7EO 3GL1A 5AQVA 3AARA 4BRCA 4FOEA 4ISGA 3A5MC 3O1WA 4JNEA 4XH1A 4H5NA 2HOEA 4RWTA 2IIRA 4J8FA 3WEEA 4ISFA 3VENA 3O1BA 2E2NA 2YI1A 1NGDA 2E88A 4H0XB 3FZHA 5EXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KTQA 3VGKA 3AO4A 3PX6A 2A42A 2Q97A 2OPQA 1T7PA 4FO0A 3SQ4A 4ISEA 3VPZA 4OPKA 4RW4A 3EE9A 2A5XA 4B9SA 5D3GA 3MECA 4IO8A 1VQ4N 2YX6A 4DQQA 4OKEA 1LCUA 1NBWA 1CXUA 2GX9A 3KKSA 4BRPA 1UAXA 4E3SA 3QB0A 4QOZB 4KTQA 3THWA 3SUPA 3TR8A 4CGDA 4J2AA 3JAMO 2QXLA 3MCPA 3ENBA 5BREA 3ZT0A 3SBGA 4BRDA 1REVA 4C1NK 3MWTA 3EEQA 2F4VK 2WOMA 3LL3A 1Q86O 3JSMA 3D2FB 3AAQA 5HRPA 1T8EA 3CERA 1ZBSA 4JKCA 1OKJA 3O3GA 4AH9A 2O8EB 1Z05A 3F9MA 2W41A 3AA4A 3TARA 5AQJA 3TAQA 5FRNA 1KLMA 2P9IA 3GOIA 2OZMA 4M45A 3RSEA 3I8DA 3THYA 1GLJO 2QWNA 2IVNA 1YHQN 1KFDA 1X9JA 3DWLA 3V4IA 4ZTJA 1WNSA 1LW2A 1SS6A 4Z4EA 4HWIA 3QLHA 1IKYA 1JLGA 1JJ2M 4DB3A 1YXQA 4CEEA 4B3RK 4I2QA 3R1XA 5CHIA 2O8FB 3I55N 1G99A 4I2PA 5CYMA 5TKWA 1JLBA 4BRHA 1NGBA 4DU4A 4O8UA 3PX4A 4KHNA 2O8CA 2RKIA 1NJXA 4U67L 2P9NB 2NRXA 4FLUA 4CJVA 1CZBA 2VQFK 2P9SB 3WXJA 5JVHL 1BI4B 4NYNA 3CCSN 1IV0A 2HF4A 4IZ9A 1ASVA 2YHXA 2ITMA 2P9PB 3WXIA 4JRPA 4FK2A 3L2WA 3D45A 4M7XA 3ULEB 3CMAN 4FJHA 1Q9XA 1TAQA 3L2QA 4BRMA 1KXPA 4I6MB 4MFBA 4W5TA 3F73A 3O6WA 2FBVA 4DR5K 4PQUA 1XHZA 1BQNA 2OTJN 3IDHA 3VESA 2FSNA 4OLAA 1HLUA 1QTMA 5M1KA 1YIJN 2WONA 5GINA 4IKFA 1HUXA 3VN5A 4OGCA 1YT3A 1NGHA 2RN2A 4BRFA 3KLEA 4L8RB 3E66A 4HVJA 4LH4A 1QQMA 4I9LA 4K8XA 2UU9K 5B8HA 1LWEA 2GUIA 3QETA 1IKWA 1YJ9N 5MLCQ 3LDLA 3OTOK 4LD0A 4Q0BA 3VF6A 1VSLA 3WQTA 3I0SA 3NGZA 1QVFM 4BDYA 4DQPA 1IKXA 4ILJA 3A8YA 4R5PA 4YOUA 4AHRA 3HPHA 3O9UA 2BGGA 3ZX3A 3J81O 1TK5A 2BDPA 3CCRN 3D0PA 4CJEA 2A1SA 3ZX0A 4AILC 3PSFA 4OO1J 3A2FA 3PIPL 3HVTA 3FZKA 1NK4A 3K5LA 2OANA 4IXCA 3NF6A 1A5WA 4MDBA 3CD6N 4JI1K 5F0XA 3MEEA 2AA4A 3VEVA 2ZM6K 3VA0A 4BC5A 2OPPA 4CIFA 4LFBK 5AQNA 4HUFA 4KI6A 2VGNA 3TAMA 4CK1A 5C10A 3VQ8A 4CF1A 4KFBA 3HO1A 4FM2A 3VQPA 2E2QA 2G8KA 4N76A 3HXMA 5E26A 4BE1A 1BCMA 2ATQA 4M41A 2ASOA 1SZ2A 3TPQA 4YOTA 5AQIA 2UXCK 3TAEA 1X9SA 4JD2B 2BH1A 2P9KB 1K8AO 4JI0K 3LM9A 5M1NA 2Q31A 1CZAN 1TGOA 2CH6A 4CHQA 3H6EA 3HBTA 4JK8A 3NCIA 4DR7K 3LP1A 2F96A 1NK9A 1QZ6A 3U3YA 4E7KA 3QNOA 2P9LB 3O3HA 3PV8A 3IS9A 5F1XA 1Y97A 3DJCA 2YNFA 3TTDA 4JHDB 4OLBA 2KFNA 5JICA 5CZ2A 1HRHA 1D5AA 1EO1A 2NRWA 1LV5A 4Y1CA 1S1TA 4FWKA 2GUPA 3ZT1A 2OZSA 3KLFA 1TK8A 3VOVA 3RMCA 4YOYA 5KRSA 3LP0A 3VF4A 4KH5A 3O9QA 4M7YA 4CK3A 1U04A 4CBUA 2XRIA 5FPEA 3P39A 3G71N 4CF9A 2PZSA 2UXDK 2GWKA 2YCHA 3OYCA 3VTIA 4K43A 3V9UA 2FSJA 2XY5A 2HBKA 3CJ9A 3CM6A 4FWMA 1QZ5A 4JV5K 1C0TA 3A5OC 5AZJA 3HPOA 4ZTFA 2O4IA 4E1NA 3U9ZA 4DFPA 3IRXA 5AQLA 1CXQA 3ZLJA 4DSEA 2KFZA 4BRQA 3SAFA 1L3VA 2G8FA 1HNWK 3LZIA 1KD1O 1DTTA 1U48A 2NUBA 1L3TA 3CC2N 5AQFA 1EETA 1KCFA 3DLGA 1Q8IA 5JLFA 1KAXA 3H46O 4A59A 2YNGA 3AA5X 4BDPA 1SL1A 2HHQA 1U2VA 3EN9A 3K9KA 3LDQA 1DLOA 1GLBG 3NMUA 1KQSM 4FK4A 3W3DA 3NGIA 4Q5VA 5FLXO 1LAVA 3BZCA 1R59O 5HROA 1NMNA 1JLCA 4FXDA 1N5YA 4LC9B 3P31A 4B1VA 1S22A 3I56N 1XC9A 4M3YA 5AQYA 4MLHA 4CFAA 1VQ5N 3DLHA 2XY8A 1WSEA 3NF9A 1P90A 2KTQA 3SQ1A 3H1VX 4FZYA 3C7NB 5BN8A 1DT9A 4B9UA 1BISA 2UUAK 3L3VA 3AO3A 4JI7K 3L0QA 4WYBA 3EO3A 2ASPA 3OS0A 4LF4K 4MDAA 4B9MA 3L8BA 4WCEL 1CZ9A 4L3QA 3SV3A 4NCAA 4KHSA 4OVLA 3P4IA 3LPUA 1Z25A 1VSEA 1L5UA 4DSIA 2F9TA 1C1BA 3AVGA 1LWCA 3T19A 1L3UA 4AHVA 5AZIB 3UKRB 4H5VA 4FCYA 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4ELTA 4RW7A 1C1AA 2FBYA 2BTFA 4CHZA 2A41A 4FJJA 3KLHA 2YHBA 3AA3A 3AGKA 4V19S 3KZBA 4FL9A 1HYVA 3AO2A 4C23A 4C1NI 3V9WA 1CLQA 1RDAA 5KPZA 1TYQA 1VSDA 1JCEA 1J6ZA 2KHOA 3DRRA 4AHUA 3KWIA 5EOYA 3AY9A 3KWGA 3RMAA 4WQ5A 4LSLA 4CBWA 1HKCA 3O9SA 3G0ZA 2FBTA 5HP1A 2QEXN 3AVHA 1FW6A 3OYJA 3VGMA 4CECA 3THVA 1RCHA 1S1WA 2W6KA 4CHYA 4CZEA 5AQTA 2UXBK 1UA0A 3L2VA 4HTUA 1QHAA 4DMNA 4OKKA 1BUPA 3SLCA 4IFEA 4ELUA 4YORA 5FROA 1QHTA 3AV9A 1HJOA 3WQUA 2XY7A 3ZX2A 4PL7A 4DQRA 2P9UA 3ZSYA 4B1XB 1FKOA 3LM2A 3BF1A 3GE1A 4E7LA 1NU0A 1JXBA 4GMJB 1GLCG 4E0DA 4E19A 4FM1A 3CJCA 1RTDA 3OHRA 4DS4A 1ILYA 4DR4K 3V9ZA 3FFIA 3GBTA 1B9DA 3SMPA 1BO5O 5C12A 3EY1A 4DTUA 3CG7A 3ZT4A 1C1CA 5J2MA 3BY5A 1LWFA 4DTPA 3R3LA 3VQQA 2H3GX 4BVPA 3VF2A 3AVMA 5BPLA 4O44A 4DG1A 4FW2A 4XH4A 1RBVA 4M3RA 2FSKA 3T3FA 3L2RA 4BR5A 4PUOA 2V7YA 3MK6A 3EZWA 4RCHA 5HRSA 4DLGA 4J2EA 3FR0A 2XY6A 4LF8K 3OS2A 3OYMA 1WAJA 1TUUA 4BG8A 4K42A 4MO4A 3I33A 4BC4A 2VGMA 1WSHA 1U49A 2Q36A 1VSFA 4DTJA 4H4MA 4AHSA 4BRAA 5C2FA 2FLOA 1ASUA 3ZSXA 2X74A 4Y0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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