2P9KA

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with atp and crosslinked with glutaraldehyde
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
411
structure length
393
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin-like protein 3
publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
molecule tags Structural protein
total genus 126
structure length 393
sequence length 411
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9kA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9kA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9kA03
2GEMA 5AQPA 3CERA 4XEIA 1ATNA 1BDGA 3VEYA 2YHXA 4BG9A 4FWQA 3EKSA 1IJJA 4BR2A 2E8AA 2HF4A 5AQZA 4JHDA 2E20A 2E2NA 5FPEA 2Q97A 4K43A 2P9NA 3IUCA 3FZHA 4CJ7A 3OHRA 1H1VA 3EZWA 2GWJA 2PBDA 1Y64A 4FOIA 1BA0A 2F9TA 5FPMA 1BA1A 3I8BA 4H5TA 3CHWA 3CQXA 4BQLA 2D0PA 2YI1A 3IDHA 1MDUB 2A40A 2E88A 3O80A 3VF4A 4IXCA 4MLHA 5KQDA 2P9PB 4EAHD 4M63C 5EY4A 4Y0WA 3R9PA 1BG3A 2A5XA 1HKGA 3VGMA 5AFUA 1ATRA 3A5NC 4KBOA 2F9WA 1HKBA 2AP1A 3LDQA 1DGKN 2CH5A 4ISEA 1D4XA 3O6WA 4BQZA 3VERA 5AQHA 4WYBA 3ATVA 1RGIA 5LY3A 2P9UA 4ISGA 5AZJB 3TU5A 3HM8A 5AR0A 3VOVA 3VEWA 1X9JA 4H03B 3MK6A 1SAZA 4FWPA 3I33A 3M6GA 3VGKA 2DPNA 1NGIA 2Q36A 4I6MB 2AA4A 4C23A 2ASOA 3EO3A 4M7YA 5TKYA 4CZMA 4IJAA 3ZX0A 3ULEA 4B1YB 2GWKA 2D4WA 3U4LA 5F0XA 4BRFA 3A8YA 1NGAA 4BC2A 3MDQA 1TYQA 2HMPA 3ENOA 4A2BA 1V4SA 3QDKA 4XH5A 3ZETA 1XC3A 3ENHA 4JHDB 4H5NA 2J4RA 3BUZB 3D2FA 3WXKA 2PAVA 2P9NB 4FPAA 1S22A 4K42A 1WOQA 3ATUA 1NGFA 5BRDA 4WQ5A 5AZIA 2FSNA 2Q31A 1BOTO 3LM2A 1BU6O 3A0IX 4HWIA 2YHYA 4MLEA 3DXMA 2D0OA 3SK3A 4A62A 3AY9A 4YDUA 4CD3A 1Z05A 2EWSA 3JS6A 3KZBA 4PKHA 5FPDA 4BRMA 1BUPA 3D2EA 3H3OB 5E26A 1V4TA 2GUPA 3LDNA 4HTLA 5CE3A 2CH6A 3IFRA 5AQVA 3O1BA 1GLEG 5AQTA 4CZLA 4NB4A 4BGBA 1GLJO 2QW9A 3H46O 2ZF5O 4FPBA 4H0TB 2ZGZA 1R59O 3CJ7A 5ADXA 4QS7A 4BRLA 2VYPA 3BF3A 4BC4A 3H45C 1LOTB 2P9UB 4Z94A 1NBWA 5KQ8A 1GLAG 3ID8A 3DXKA 3FZMA 3WUHA 2BTFA 1HX1A 4BGAA 3MN7A 4DB3A 1KXPA 4MO5A 2A3ZA 1NGDA 3FLCO 1X3MA 1NGCA 2P9IA 4H5RA 1KAYA 4B9QA 4I6MA 3HTVA 4BRQA 5KPZA 1DEJA 1QQOA 2I7NA 3FFKB 3ULEB 4PL7A 5AFUH 3QBWA 1RDWX 5I9EB 5JLFA 2GELA 1TYQB 2Q1NA 3UB5A 2KHOA 4CZJA 2HF3A 1U6ZA 3VESA 4H5WA 4CBXA 3ZETB 2NLXA 1QZ6A 4FL9A 3VGLA 3SMPA 5EVZA 3EN9A 3ZX3A 3D2FB 1P8ZA 5LJVA 2IVOA 2OANA 5AZIB 3GG4A 3J8AA 3QBXA 2QWQA 4QS8A 1IG8A 1NGGA 3VEXA 3DXMB 1E4FT 4CI6A 5BPNA 1XQSC 2Q0RA 3F9MA 2H3GX 3FZLA 4JN4A 2YHWA 3D2EB 4H0VB 4BG8A 4DCHA 4BRDA 4B1VA 4BR0A 4WQ5C 3O4WA 5JICA 2V52B 1QQMA 2ASPA 3DJCA 4PKIA 4RWTA 3H1QA 1MWKA 1DKGD 3MN6A 3VENA 2CGLA 2E2OA 3QMLA 3VEOA 2A6AA 2VCPA 4RTFD 1TUYA 2IVNA 4CZFA 4BRNA 1GLCG 3EL2A 1JCEA 1QZ5A 3MMVA 4J8FA 5ELZA 3MN9A 3JXUA 1GLBG 1TUUA 1X3NA 3DXKB 3LDOA 3VF6A 4BR5A 4L3QA 1HUXA 1KAXA 3UKUA 3DWLA 2WUSA 4AM6A 4B1XB 5AQKA 4FWSA 4JD2A 4FO0A 2P9IB 4NO7A 3LL3A 1CZAN 3L4IA 4BR7A 2FSJA 5AQWA 4IWVA 5AQMA 4BROA 3LDPA 2QWNA 2ITMA 4H0YB 2P9KA 3H3NO 4FSVA 4BRPA 5ADXH 3HI0A 3WXIA 5LJWA 4BVOA 1T44A 3VEVA 4BRGA 3G25A 1Z6RA 2FSKA 5AQRA 5BR9A 3SMSA 2E1YA 2IIRA 3SJHA 4WQ4A 1NM1A 3LDLA 5BRFA 1NGEA 4IO8A 1NLVA 4M7XA 5AQXA 4DHYA 3HBTA 3A5OC 3IMXA 2QWOA 2V7YA 3WEEA 2Q0UA 3A5LC 3FE1A 2QWPA 1ESVA 3TPQA 3HSCA 1NMDA 3FZFA 4ISFA 5EOYA 5AQNA 4RCHA 1HJOA 1K8KA 1QHAA 4AM7A 2I7PA 4CZHA 1NGBA 3A5MC 4MO4A 5JMVA 3FR0A 4B1UB 4CZEA 3FZKA 5EXWA 3VPZA 4QS9A 4PKGA 2W40A 3H1VX 3W0LA 1OKJA 5AQIA 2CGKA 1GLDG 1NGHA 1RFQA 2QWLA 3L0QA 4JNEA 1GLLO 1BWFO 5E84A 1LCUA 1JCFA 2BUPA 4CD1A 3CJ1A 4FOEA 1ATSA 4BR4A 2YCHA 3UKUB 3CQYA 2HOEA 2IVPA 3GOIA 1YXQA 4JD2B 2CGJA 3P4IA 4CZGA 3KHYA 4GNIA 5BREA 5AQOA 1ZC6A 1G99A 4FWNA 5AQLA 1C0GA 3O08A 4K41A 1HPMA 3LM9A 4BRIA 2FF3B 3GBTA 1MWMA 5BN8A 2P9LA 3UKRA 2A42A 2ZGYA 4E1JA 1ZXOA 3KVGA 5BRHA 2P9KB 5AQSA 3H6EA 3O1WA 3O8MA 5AQJA 4CZIA 1HKCA 2V7ZA 4BRAA 3L6QA 3M1FA 3C7NA 3WT0A 4BRKA 4BREA 5BPMA 4FWLA 3ZEUA 1YVNA 1S3XA 4H0OA 3U8XA 1BO5O 1QQNA 3D7EO 3QB0A 4IJNA 1EQYA 1GLFO 1NWKA 3GE1A 1T6CA 4A2AA 5KPRA 3GL1A 3WQTA 3WEEB 4YDUC 2Q2RA 4H5VA 1JCGA 3WQUA 2QWMA 2P9SA 5AQQA 4WQ4C 5FPNA 3RSEA 4BRHA 3QFPA 1K8KB 2VWBA 4H0PA 3ZX2A 1NGJA 3S41A 3AAPA 3W3DA 4B1WB 5F1XA 3QFUA 4O5FA 1U2VA 3MCPA 4O8KA 3B8AX 3CJAA 5BN9A 3FGUA 2FLOA 2QWRA 4EIAA 5AQUA 4FWKA 1YAGA 3EKUA 3CI5A 3U9ZA 1WUAA 4CBWA 2ASMA 5F2RA 2E1ZA 4PL8A 2D1KA 1KAZA 3C0BA 1C0FA 3WXLA 2FXUA 3DAWA 2ZWHA 2QM1A 2V51B 2E2QA 2YJEA 2W41A 2NZTA 4BC5A 2GTDA 2E2PA 2QXLA 1SQKA 5AQYA 4LC9B 3AARA 1YUWA 4XH4A 4EHUA 3R6MA 1E4GT 4FWRA 4FWMA 3CJ9A 4DQ8A 4EFHA 5JLHA 3BEXA 4EHTA 3AAQA 4F9OA 3SLCA 3VETA 3R8EA 3BF1A 3QICA 3CETA 2P9LB 3UKRB 2NRHA 4BR9A 3VEZA 3O5BA 4CZKA 3WXJA 1XUPO 2P9PA 4XH1A 3C7NB 4A61A 5AQGA 3ZEUB 4JAXA 4B1ZA 1MA9B 3BP8A 3VF2A 3M3ZA 5BPLA 2UYTA 3HZ6A 1J6ZA 3U9DA 4FWOA 3CJBA 2YJFA 3MN5A 1HLUA 3GDQA 4GY2B 4CBUA 5EX5A 1T6DA 2P9SB 3RSEB 4BRCA 2A41A 4H0XB 4K25A 5AQFA 4BC3A 3CJCA 5AZJA 2FF6A 3UE5A 1U2VB 3CIPA 5B8HA 5KPTA 4IZ9A 4BVPA 1SZ2A 1Q18A 1ZBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GEMA 4EZ9A 3CERA 1ATNA 3VEYA 3F5TA 4BG9A 4JI1K 4FWQA 3EKSA 1O13A 1X9SA 3D0PA 3QEPA 3AVJA 3C6TA 4BR2A 4YHHK 4JHDA 3BDPA 4DTPA 3VQAA 4O44A 5FPEA 2O8BA 3WNEA 2P9NA 3HVRA 3OHRA 2ZJQL 3DM2A 1WLJA 4GMJB 4E1NA 3OYHA 1VQ9N 2GWJA 2F9TA 1Z25A 5A2QO 3SAGA 2Y1JA 3PX0A 1IBLK 1M90O 2X6NA 2HHQA 3RRGA 2D0PA 4FJXA 3IDHA 1QTMA 4IXCA 4MLHA 2DFEA 3AA4A 1ZBFA 4KHUA 3ZLJA 3A5NC 3V81A 2AP1A 3PX6A 3U3YA 1SL2A 5SWMA 1VSJA 3OYAA 2D0BA 1YIJN 3ALYA 4ZTJA 1VQLN 3CQ8A 4WYBA 1RGIA 3AGKA 1TGOA 1YTUA 4Z0UA 5AZJB 3TU5A 3HM8A 4IEIA 3VOVA 4HVJA 3VEWA 3TAEA 4H03B 4ID1A 1Q7YO 2HNZA 4GV3A 3T1YK 3VGKA 4JKEA 4CEBA 3ZCMA 2DPNA 1NGIA 4W5QA 4FJGA 4KHWA 2AA4A 4M7YA 4J2AA 5TKYA 1YJ9N 3V9ZA 2ITGA 4DFJA 3ZX0A 3ULEA 4CJWA 1NMNA 2GWKA 4IO9L 3U4LA 2O8CB 4BRFA 4BC2A 3KD1E 3NMUA 5HBMA 3OYFA 3RMAA 2X74A 3WNHA 4FK0A 3ENHA 3KWGA 4JKDA 4KPYA 4LF6K 2J4RA 3BUZB 4FPAA 4K42A 1T7PA 1WOQA 1RT5A 4FLZA 3M5RA 1S1TA 1RTIA 4H4MA 2Q31A 1BOTO 4AHCA 1BU6O 3A0IX 3CFRA 1EP4A 4MLEA 2O8DA 4A62A 1RT2A 1D8YA 5FPDA 1ILYA 4DS5A 3PLAA 1IV0A 1TAQA 3D2EA 2VQFK 1S1WA 3TANA 4HTLA 1KRPA 5HOOA 1WB9A 5M1OA 3HL8A 4WFBL 4FM1A 1QE1A 5BR8K 3CJ7A 3SUQA 5C42A 2HMIA 2B4JA 3LWMA 4F8RA 4NCBA 4CJTA 4K0KK 1B9FA 3DXKA 3NE6A 2BTFA 1HX1A 4K8ZA 1KXPA 1S6PA 3K57A 3NH1A 3CCUN 4CF8A 1OVQA 1RBUA 1NJIO 2P9IA 3H08A 2BDPA 4BY9C 4H5RA 4N76A 1HYVA 2OPPA 4G9ZA 3L3VA 5KPZA 3FFKB 4PL7A 3L8BA 2XY5A 1K9MO 3QBWA 4DV6K 3LPTA 3RR8A 2Z1JA 1NG9A 4W5TA 3B6OA 4DFPA 1TYQB 2Q1NA 2NUBA 1KTQA 2FBXA 4CBXA 2NLXA 4GV9A 1QZ6A 4FL9A 4FJMA 3SMPA 3LPUA 2RN2A 5EVZA 1T05A 2DTUA 3AO1A 5H1SQ 3D2FB 1KC8O 2IVOA 3PO4A 5AZIB 2QWQA 4QS8A 1NGGA 4OLAA 3HPGA 3MXJA 3F9MA 3KIOA 4H0VB 4ILJA 2O4IA 4KREA 3P83D 4BR0A 4BE0A 3HT3A 3BZKA 2V52B 3ZT1A 4PKIA 2HHWA 4CIEA 1KLNA 3HRGA 4F3TA 1NKBA 1C0UA 2HBJA 1WAJA 3VEOA 3OYCA 4BWMA 2O8EA 3CC4N 1B9DA 1KD1O 4HUGA 4BRNA 3KD5E 3I0RA 1BIZA 3MMVA 2OPRA 1NJYA 4J8FA 1NK5A 1U04A 3MN9A 2HB5A 1L3UA 3ULDA 2DFFA 4NXMK 1XI1A 3SZ2A 1KCFA 2JGUA 4AM6A 4B1XB 4Q0BA 4YOUA 1WSJA 4RW7A 4B3SK 3LL3A 1BI4A 4DFMA 2OPSA 4A5BA 4AHRA 5AQMA 1NK7A 2QWNA 2P9KA 4FSVA 4C8NA 5LJWA 4BVOA 3SUOA 4EP5A 1RCHA 4CEQA 3NGIA 3VEVA 5T7BA 1YJWN 3UIQA 5M1NA 2E1YA 3SJHA 4FJNA 4DV1K 4GW6A 1NM1A 1NGEA 4M7XA 4DHYA 1IKVA 3A5OC 4IBNA 2UXDK 2Q0UA 2PFUA 1Q8IA 5M1FA 4NCAA 4DTSA 1HQUA 3F2KA 3TPQA 4JI3K 4JI6K 3FZFA 5EOYA 3SQ4A 1C1BA 4DKWA 3CC2N 3OJUA 1VSMA 3V9UA 4MO4A 5JMVA 3MX5A 3VPZA 1JXEA 2W40A 5KRSA 5J2NA 3J7AP 1JLGA 1GLDG 4FVMA 3K59A 4JNEA 4KH4A 5FLXO 5E84A 1LCUA 3T7ZA 3ZYYX 4AF1A 1WSEA 3VQ7A 1G15A 1WSIA 1ATSA 1RBVA 3CQYA 1IKWA 2HOEA 3B6PA 4CHYA 1NOYA 4I2PA 2CGJA 5BREA 3RMBA 2HHXA 5AQLA 4CGJA 1U49A 5BN8A 3T3FA 3HSTB 3KVGA 1W0HA 4CGFA 3O1WA 3J7ZO 1HKCA 4U67L 4F3OA 3ZEUA 4YY3K 3KK2A 3NF7A 3OA9A 2I5JA 1S3XA 3OYBA 4H0OA 1HNWK 3U8XA 1BO5O 3QB0A 2F7TA 1T6CA 3P5JA 4LSLA 2G8KA 4X66K 1KQSM 4YDUC 4CGDA 4CVNE 4Q5VA 1ITGA 1XHXA 4CEEA 1EXQA 5AQQA 3RSEA 2EX3A 5FPNA 4BDZA 4V19S 3AAPA 3W3DA 4O5FA 4PA1A 2VQEK 4Z4IA 2KZZA 1BHLA 1DT9A 4EIAA 3AVGA 1YAGA 4DFKA 1Y97A 4FJ8A 1ZBLA 2FBYA 1WUAA 2KKZA 4LSNA 2D1KA 4KAZA 3WXLA 3QINA 3J80O 2IC3A 1N32K 3DAWA 4LFCK 3NF6A 2NZTA 3VQBA 4BC5A 3L3UA 3SPZA 1T8EA 2OA8A 4DR4K 5HRNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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